2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
4JAXA 5AQFA 1Y64A 2F9WA 2P9PA 3FR0A 1ZBSA 4PL7A 4EHTA 3EZWA 4BVOA 4JHDB 1T6DA 3C7NA 4BRMA 1LCUA 1KAYA 1ESVA 1QHAA 3H46O 1NWKA 4MO5A 3KHYA 2ZWHA 2NLXA 4CZGA 4JD2B 2J4RA 1MWKA 3ID8A 4LC9B 1SAZA 3GE1A 3BEXA 5KPTA 3BF1A 5AZJA 3QBWA 3CJ1A 1NMDA 3ENHA 3U4LA 4CZIA 3A0IX 3QFPA 4WYBA 3IDHA 4FPBA 5JLFA 2P9LB 2A3ZA 3MN5A 1JCFA 2D0PA 4FWRA 4H5NA 1X3MA 2FSJA 5F0XA 4E1JA 2QW9A 3WEEA 4IWVA 3CQYA 1BU6O 1H1VA 3H6EA 5JLHA 1SZ2A 4CBWA 3HI0A 1T44A 1GLJO 1ATRA 2ZF5O 3GBTA 4Y0WA 5KPZA 1C0FA 4BC2A 2ZGZA 4YDUC 3VGMA 2P9NA 2H3GX 2YI1A 1U2VB 3B8AX 2Q1NA 3VEOA 3ZEUB 3A5NC 4K43A 3O5BA 3BUZB 3LDNA 2E1ZA 4IJNA 1P8ZA 4BR5A 1BOTO 4B9QA 3GOIA 2P9KB 4JN4A 5AQPA 4BRGA 5AQUA 3CHWA 3H1VX 4BQLA 3DAWA 3VEWA 2CH5A 2E2NA 4L3QA 4FWNA 2E2OA 2I7NA 1BA1A 1XC3A 4B1UB 3SJHA 4BC3A 5EX5A 4RTFD 2E1YA 1NGJA 5AQJA 4BR7A 4FO0A 5FPEA 5JICA 4B1ZA 5AQHA 5AFUH 4O5FA 3RSEB 4F9OA 3QDKA 3WXLA 4H5TA 3VEZA 4IXCA 1EQYA 3ZETB 3VENA 3FZFA 3KVGA 2BTFA 2FSNA 1HPMA 3QB0A 2HF4A 3I8BA 4CJ7A 5JMVA 3LM9A 3U9DA 3A5OC 5AQOA 1KAZA 1QZ6A 5B8HA 2YHWA 2AP1A 1Z6RA 2IVPA 4DB3A 4DQ8A 5AQQA 4FPAA 4CZKA 4JHDA 2Q2RA 1QQNA 1GLBG 2YCHA 4FWMA 4QS9A 2D4WA 3A8YA 5BREA 4CBUA 3WUHA 4BC5A 3MN6A 3LM2A 4XH1A 4JD2A 3WQTA 5BRDA 3QICA 1E4FT 2GELA 4NB4A 1IG8A 1NM1A 3VEVA 1V4TA 5FPMA 3W0LA 4FWLA 4GNIA 4BGBA 4XH5A 5LJVA 1NGAA 2Q0UA 2ITMA 2ASMA 5LJWA 1TUUA 3QFUA 3UKRB 4AM6A 3CJ9A 2V7YA 3SMPA 1MDUB 2PBDA 3FFKB 3WT0A 4I6MB 4J8FA 1BDGA 1JCGA 4BGAA 2V52B 2P9SB 1GLAG 5BPLA 4ISEA 3ZEUA 3DXMB 1TYQB 4FWQA 3WQUA 4M7YA 1HJOA 1YUWA 3CIPA 4CZMA 4QS8A 3DXKA 2FSKA 1YXQA 3DJCA 1NGIA 2IIRA 4PKGA 3CETA 3MMVA 2PAVA 2ZGYA 4IZ9A 4NO7A 2QM1A 3VGLA 3SMSA 3VF4A 3W3DA 4QS7A 3R9PA 4ISGA 4CI6A 1DKGD 3UE5A 4BRHA 3C0BA 4K42A 3O1WA 1BG3A 4PKIA 1BUPA 3MN7A 4H5RA 4K25A 4CZJA 1CZAN 4MLEA 3EL2A 4BRKA 5ADXH 5AQIA 1D4XA 3EN9A 2E88A 3IMXA 5AR0A 2E8AA 1NBWA 3MCPA 3O08A 1DEJA 3D2EB 2F9TA 3H1QA 2AA4A 1GLDG 3RSEA 5EY4A 1K8KA 4EIAA 2FLOA 5AQRA 2VCPA 2HOEA 3F9MA 5KQDA 3MK6A 5AQTA 3ZETA 3ATVA 5BPNA 4WQ5C 1X9JA 2QWMA 3D2FA 5AQGA 3R8EA 2QWLA 3SK3A 5ELZA 1IJJA 2FF3B 2W41A 1NGCA 1WUAA 4H0XB 5LY3A 2YJFA 3LL3A 2E20A 2V51B 1TUYA 2A5XA 2QWQA 3AARA 1S3XA 1GLFO 1NGFA 3TPQA 3VPZA 4CZEA 4FWSA 5EVZA 1NLVA 1Q18A 4BR0A 4FL9A 2FXUA 1ZXOA 3HZ6A 2GUPA 5ADXA 2E2QA 4BRFA 2A42A 1HX1A 4A62A 1YVNA 3H3OB 3FLCO 4Z94A 2HMPA 4BRDA 2VYPA 4EFHA 2WUSA 1DGKN 3FE1A 1ATSA 3ZX2A 2NRHA 3IFRA 1HUXA 1U6ZA 4WQ4C 3EKSA 3LDPA 3TU5A 3H45C 2P9NB 2A41A 2DPNA 5AQSA 4FOIA 2P9IB 3KZBA 1J6ZA 4BRNA 4BRIA 3EKUA 3ATUA 3H3NO 2Q31A 5TKYA 2HF3A 2P9SA 4MLHA 3DXMA 4PL8A 2UYTA 1TYQA 1XQSC 1Z05A 2ASOA 4FSVA 3O80A 4CZHA 3MDQA 5AQWA 1G99A 5EOYA 4RWTA 1XUPO 3FZHA 4CD3A 5AQVA 3HBTA 4BROA 5KQ8A 3L4IA 4BR9A 4YDUA 5AQMA 4DHYA 5BRHA 2P9LA 3I33A 4IO8A 5AFUA 2FF6A 3J8AA 4GY2B 1X3NA 4A61A 2P9UB 2BUPA 2IVOA 5AQXA 1HKBA 4H5WA 1NGBA 3JXUA 3O8MA 4BRCA 4CZFA 3EO3A 3VERA 5AQNA 3UB5A 3ULEB 3VESA 4BRLA 1U2VA 3CQXA 4M7XA 1RDWX 2OANA 2YHXA 3AAQA 3CJAA 3D2EA 3VGKA 3DWLA 2Q0RA 3LDLA 2CGJA 1ATNA 2W40A 4CBXA 1ZC6A 1BA0A 3R6MA 4FWPA 4H03B 3MN9A 4AM7A 3CJBA 2V7ZA 2D0OA 4XEIA 4B1WB 2P9KA 2QXLA 3FGUA 2GEMA 4BC4A 5E84A 1BWFO 3M6GA 3S41A 5BPMA 4B1VA 4CZLA 3SLCA 2Q36A 5FPDA 5F2RA 2GWKA 1GLEG 5AZIB 3UKUB 2CGLA 3LDQA 4DCHA 2YHYA 3BF3A 3CJ7A 2Q97A 4BR4A 3D7EO 5F1XA 1WOQA 2GTDA 3L0QA 4A2AA 1LOTB 1T6CA 4WQ4A 3FZLA 5AQZA 4B1XB 1KXPA 1QQMA 3O6WA 4EAHD 1QZ5A 4H0OA 3HM8A 2P9PB 5I9EB 3LDOA 2CH6A 3A5LC 4BR2A 1SQKA 3U8XA 2YJEA 1RFQA 3WXKA 1MA9B 2QWPA 3C7NB 5BRFA 2NZTA 3G25A 4H0VB 4RCHA 3VETA 2QWRA 3VOVA 3HTVA 1YAGA 4FWOA 1RGIA 5BN8A 3L6QA 1V4SA 3BP8A 2P9IA 3ZX0A 2EWSA 1JCEA 4BREA 3DXKB 5AZJB 4KBOA 4C23A 2QWNA 1OKJA 5FPNA 3FZMA 4BRPA 5E26A 3FZKA 3QBXA 4IJAA 3M3ZA 4H0PA 5KPRA 1HLUA 4FOEA 4BVPA 3WEEB 3ZX3A 3VF6A 1BO5O 4EHUA 5BR9A 4BRQA 3P4IA 2A6AA 3HSCA 2ASPA 4K41A 3CJCA 4H5VA 3WXJA 3ENOA 3GG4A 4BRAA 3UKRA 3VEXA 2GWJA 2P9UA 2CGKA 3CERA 2E2PA 1HKCA 3GDQA 5AQKA 4I6MA 4BG8A 5CE3A 3ULEA 1K8KB 1NGGA 4MO4A 1E4GT 1NGDA 4HWIA 4B1YB 4FWKA 3VEYA 3M1FA 3O4WA 1HKGA 4XH4A 5BN9A 3D2FB 4CD1A 1KAXA 5AQYA 2QWOA 1MWMA 5EXWA 1QQOA 3VF2A 1NGHA 2KHOA 4H0YB 3WXIA 2I7PA 2A40A 3JS6A 3CI5A 4HTLA 1NGEA 3O1BA 5AQLA 2IVNA 1GLLO 3IUCA 4M63C 1GLCG 3AAPA 3GL1A 1S22A 5AZIA 3UKUA 4O8KA 4BQZA 3QMLA 4WQ5A 4A2BA 4H0TB 2D1KA 2VWBA 3U9ZA 4ISFA 1C0GA 3AY9A 4JNEA 3OHRA 4PKHA 4BG9A 1R59O 3A5MC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JAXA 4CJQA 1Y64A 2A1RA 1U48A 3FR0A 4WE1A 3E9PA 1YJNN 4LSNA 4G1QA 1FKPA 4W5RA 1LCUA 1KAYA 4LSLA 4O44A 4X65K 1WAFA 1R0AA 4B3MK 1WN7A 4JD2B 3J80O 2HNZA 3AVHA 1MWKA 3RMAA 5GINA 3BF1A 5AZJA 3QBWA 3SV3A 3C65A 3HO1A 3DLEA 3CC7N 3A0IX 2WONA 3OBYA 1WSFA 1X1PA 1L5UA 2FSJA 1E3MA 1DTQA 3WEEA 4C8KA 1NMNA 4KI6A 1BU6O 1H1VA 2ZD1A 4JS4A 4OPKA 1SZ2A 1T44A 2B4JA 1C0FA 2ZGZA 3AA5X 2P9NA 2H3GX 3B8AX 3VEOA 3ZEUB 3O5BA 3BUZB 3LDNA 4IDHA 2YKNA 4Z4GA 1HYVA 5LL6Z 3HOTA 1N32K 1HYZA 4B9QA 3N4PA 1EP4A 4BRGA 4KHWA 4CHZA 4Z0UA 2ATQA 3OA9A 1VRTA 2DFFA 1JJ2M 3DAWA 1KVCA 3AA3A 4Q5VA 4FK4A 3KLGA 3AGKA 4EP4A 2CH5A 2E2NA 4CJPA 2I7NA 3LAKA 1BA1A 4KREA 1XC3A 4B1UB 3CFRA 2HHXA 1NJXA 5M1FA 5FPEA 3DM2A 4DWIA 1SV5A 4B1ZA 3N4QA 5CZ1A 5AQHA 3RSEB 4F9OA 1EX4A 1S1XA 3VQBA 1SKRA 2HHSA 4GW6A 3VEZA 1EQYA 3NCIA 3VENA 2BTFA 1HPMA 3QB0A 1L3SA 3U9DA 4CGFA 1N34K 2YHWA 3KK7A 2AP1A 4DQ8A 3SQ2A 3BDPA 4CZKA 2ZM6K 1KLMA 2D4WA 3A8YA 3T7ZA 4CEOA 4E1MA 4KI4A 4CHPA 4XH1A 4YOUA 1RT5A 4JD2A 1HPZA 2ZJPL 4DSIA 2VWKA 3T1HK 1RTHA 4CJKA 4OX9K 1WLJA 4ZTJA 5JVHL 5FPMA 4IOAL 4FWLA 4KB0A 4XH5A 5LJVA 1NK9A 2QK9A 3E9OA 2JWKA 1TUUA 2ZJQL 3CCQN 3UKRB 4AM6A 4KHSA 3E01A 4I7FA 3V9ZA 3BGRA 3J81O 3FFKB 3NGZA 3ZT1A 4FJXA 5M1PA 4DQIA 2P9SB 1RT6A 4ISEA 3ZEUA 4FWQA 2G8FA 1YUWA 4B08A 3S5TA 5M1KA 4C8LA 1YVUA 3DXKA 1I94K 4DV4K 4CIGA 2BANA 3VGLA 2OPSA 4IZ9A 4I9QA 2VG7A 3RR7A 2HHQA 3WXMB 4B3SK 1GOAA 3PLAA 1ZBHA 4BE0A 1C1CA 4CZJA 3QEWA 1TKTA 4BRKA 3V9WA 5FROA 1OH5A 3EN9A 3LALA 4JI1K 1NJIO 4JI4K 3CG7A 3H1QA 1N6QA 1BGXT 3RSEA 4CEZA 1K8KA 4QAGA 3RR8A 1RBSA 5AQRA 5AQTA 1LWEA 1X9JA 5AQGA 4H4OA 4CJRA 5BR8K 4PWDA 1IJJA 2W41A 3OS0A 3CCVN 2O8DB 3TSUA 2UUBK 2YJFA 3LL3A 5FDLA 4CIEA 3LZJA 5JS2A 4JRQA 1B9FA 1Q18A 5HLFA 4CEDA 3VQPA 4DTNA 4BRFA 1FKOA 4BE1A 3H3OB 3FLCO 4DG1A 4BRDA 3TSPA 3THXB 1DGKN 1XMQK 1XWLA 3KLIA 4NLCA 1ATSA 4DTSA 3NE6A 3IFRA 1U6ZA 4DU1A 4HHTA 4FLXA 3AO4A 3DLHA 4LF6K 5GIPA 4KAZA 1K73O 1IKXA 4DFPA 3KZBA 4CFCA 1VSKA 3ULDA 3EKUA 3ATUA 4ELVA 3K9JA 4E1NA 2HBKA 5TKYA 2KLAA 2P9SA 3OS2A 2UXCK 1Z05A 4FSVA 3LPUA 1J53A 3O80A 4CZHA 1G99A 2VG5A 1DTTA 4YOYA 4CD3A 1D9DA 3HBTA 1U47A 5IT9O 1HJRA 3OBWA 2YHBA 4YDUA 5AQMA 4DHYA 3K5OA 2O4IA 1VSFA 1BCMA 3I33A 4IO8A 3OY9A 2OZSA 2VGNA 3MXJA 4K8XA 4F3TA 1WBDA 3ZCMA 2OPRA 3G71N 3LWLA 1TVRA 1U49A 3O8MA 3DLLL 3C6HA 3EO3A 4IFVA 5AQNA 4JKCA 3J7ZO 3CQXA 3ZT0A 2Q0RA 4CBXA 3MN9A 4DSJA 3ZT4A 4XEIA 2Y1JA 3VQEA 1RT3A 3AA4A 3MCAB 5GAGP 4DTUA 3I0RA 1J5OA 2P9KA 5HROA 3FGUA 4F4KA 5E84A 3EE9A 1B9DA 1NJWA 1HR0K 3AVKA 1HYSA 3SQ0A 3DOLA 2GWKA 3NBPA 4LF7K 2HBJA 3V4IA 2YHYA 1BIUA 4BR4A 1TL3A 1IKWA 4IG0A 1QSSA 2GTDA 1LOTB 2PYJA 2HHHK 1KXPA 1QQMA 4JKBA 4RG8A 4EAHD 1QZ5A 4H0OA 1NNEA 2XO7A 2UU9K 4Y1DA 1SQKA 3OYDA 4IO9L 2NUBA 4DV2K 5EU7A 1NOYA 2D0CA 1MA9B 4OGEA 3G0ZA 2QWPA 3KWGA 4X62K 1VQ7N 3G25A 3VETA 4RCHA 3PIPL 1JLCA 3HTVA 4FWOA 2BGGA 4IOCL 4B9LA 3BP8A 4KFBA 3DRRA 4ZHRA 2EWSA 4F8RA 3LP1A 4B3TK 3ZSQA 3NF7A 4B3OA 1HQUA 3HPHA 3NF8A 5E26A 2O8CA 4FJHA 1W7AA 4FOEA 4CE9A 4FW1A 1K8AO 3ZX3A 3OYFA 3DI6A 1BO5O 4EHUA 5I3UA 3HSCA 2ASPA 2HHUA 1WSJA 3LPTA 4O5BA 4JV5K 1LW0A 3P5JA 5IWAK 2O8FB 3NAEA 3GDQA 1HKCA 1BI4B 3OVNA 4I6MA 3VN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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