2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
4CBXA 3O6WA 2FSJA 3IDHA 1JCGA 4WQ4A 2QM1A 3WXJA 4A62A 3AY9A 2P9IA 3O4WA 1BG3A 4H5VA 5ADXA 3SK3A 3DXMA 5I9EB 4FWSA 2V7ZA 3O1BA 4BRCA 5BREA 2F9WA 2P9PA 2ITMA 5EVZA 4BC5A 3CJAA 3FFKB 3MN9A 2P9UB 4WQ5A 3EN9A 4H0YB 2V7YA 5F0XA 5BRFA 3IUCA 4K25A 4B1UB 1X9JA 3D2EA 1MDUB 2E2QA 5E84A 5AQKA 3ZX3A 4FOIA 4H0XB 1ZBSA 2NZTA 4IO8A 3CJBA 3VGKA 3H45C 4FPAA 3ENHA 3FZMA 2P9NA 3D7EO 4WQ5C 1XQSC 3VETA 3HTVA 4CZIA 1BUPA 3VGLA 4MLEA 5AQUA 4FWMA 3ZETB 3O1WA 2E2NA 4FSVA 4BRGA 2PAVA 4FO0A 4B9QA 2P9SB 2CGKA 3O8MA 3ZETA 4BRDA 5AFUA 4M7XA 3WT0A 4DCHA 3RSEB 5BR9A 3OHRA 3A8YA 4YDUA 3A5OC 2H3GX 2FLOA 2GEMA 3ULEA 5BPMA 2P9NB 2Q36A 3AAQA 3JS6A 3U9DA 1QHAA 4AM7A 2I7NA 3DAWA 1NGHA 4CZHA 2GELA 3QDKA 5E26A 5BRHA 5AQYA 1ZXOA 4FWOA 3VGMA 3ENOA 4CD3A 2ASPA 3TPQA 1XUPO 3M3ZA 4QS7A 4HWIA 4IZ9A 1NGDA 3UKUB 3BP8A 2P9UA 4RWTA 5AQZA 4CZGA 4MO4A 4HTLA 5AQLA 1KXPA 1BO5O 4DHYA 3I33A 5JMVA 3CETA 1HKBA 1JCEA 3ID8A 2FSKA 3H6EA 3ATVA 4A2BA 1NGAA 2ZF5O 4QS9A 4EAHD 2F9TA 1Z6RA 4O5FA 2IVOA 3VESA 2YI1A 3FZKA 5EX5A 3CI5A 1U6ZA 1TYQB 4B1XB 1V4TA 5AZIB 1HKGA 3TU5A 4DB3A 3WEEB 1NMDA 1V4SA 2QWLA 2VYPA 2GWJA 2Q0UA 3U8XA 3C7NB 5AQJA 2CH5A 2E8AA 1TUUA 2FSNA 4A61A 5JICA 1KAXA 1NGEA 2IVPA 3M1FA 3R9PA 2YHXA 3GOIA 2V52B 3CJ7A 3BUZB 4ISFA 3HM8A 4PKHA 1C0FA 4J8FA 2A41A 4FWNA 1BU6O 3VF4A 5AFUH 4PKIA 1GLDG 2FF6A 4K43A 4CBWA 5AQVA 4DQ8A 5AQNA 4H5TA 3S41A 5FPDA 4BR7A 3CJCA 2CGJA 3WUHA 3U4LA 1NGJA 2QXLA 1WOQA 1U2VB 5BN8A 4H5RA 2E1ZA 1HLUA 3MMVA 3D2FB 3H3NO 4WYBA 4B1YB 2AP1A 3VOVA 2BUPA 2CGLA 2E2PA 2HOEA 3H46O 4BREA 5ADXH 2Q31A 5AQGA 3HSCA 1BA1A 4K42A 4CJ7A 4EHTA 1NM1A 4Y0WA 5AZJB 1EQYA 2OANA 1IJJA 2QWOA 4MO5A 5F2RA 1LOTB 4PL7A 4M63C 3VPZA 1XC3A 4B1VA 3ULEB 1ATNA 3QBXA 2EWSA 4FWLA 3FLCO 3VF6A 3DXKB 4L3QA 4EIAA 1LCUA 3R6MA 3LDNA 4RCHA 4FWPA 2YJFA 1MA9B 1JCFA 3HZ6A 4YDUC 4Z94A 4FWRA 3WXKA 3LM9A 3CHWA 3GL1A 1BA0A 1GLBG 2YHYA 3QMLA 2GTDA 1KAYA 2YHWA 3M6GA 4BGBA 3QFPA 4H03B 1GLFO 3D2FA 2W41A 3QBWA 4BG9A 1YXQA 3DXKA 3H1VX 5AR0A 3GBTA 3SMPA 3D2EB 1QZ5A 4FOEA 1QQOA 4CZEA 4F9OA 3MDQA 1NLVA 2QW9A 3L6QA 5AQTA 1NGGA 3RSEA 3R8EA 4NB4A 3WXIA 1SQKA 4BRKA 4FWKA 5AZJA 1T6CA 3DXMB 3VEZA 4BRHA 1NBWA 1NWKA 3GE1A 2ZGYA 4JD2B 1X3NA 2J4RA 5JLHA 3KZBA 1HPMA 3LDQA 4BROA 4WQ4C 1ESVA 3U9ZA 3C7NA 4BR4A 1U2VA 4H0VB 4IJNA 1WUAA 2WUSA 5F1XA 4C23A 4BG8A 1DEJA 4QS8A 3UKRB 1TYQA 3VEXA 3H1QA 2UYTA 3F9MA 3J8AA 1E4FT 1MWKA 5BPLA 5AQXA 4CZKA 2QWNA 3BF1A 4H0OA 3FZLA 5KPZA 2P9KA 3FGUA 3A0IX 4BRLA 4EHUA 5BPNA 2P9LB 3LDOA 5FPNA 3B8AX 4PKGA 1C0GA 3CQYA 5LY3A 4GNIA 3BEXA 2HF3A 1IG8A 4BRPA 1DKGD 4H5NA 1RGIA 4JNEA 3VF2A 2AA4A 1T44A 3UKUA 5B8HA 1OKJA 1NGCA 1X3MA 4BR2A 5KPRA 4BRIA 1SAZA 3WEEA 1GLAG 3L4IA 3SMSA 1BWFO 3CIPA 3LDLA 3A5LC 2VCPA 3CERA 1KAZA 3UB5A 1R59O 1GLLO 3KHYA 3CJ1A 3L0QA 4BGAA 1GLJO 4ISEA 4CD1A 5KQ8A 1K8KA 2A5XA 4JD2A 3ATUA 4XEIA 1ZC6A 4B1ZA 4CZMA 4XH4A 1P8ZA 3A5NC 4PL8A 1J6ZA 1S3XA 4KBOA 5FPMA 3UE5A 4BQZA 1D4XA 4BRMA 1ATSA 5FPEA 5EXWA 4A2AA 4O8KA 1HKCA 3EO3A 3HI0A 4CZLA 4IJAA 3EZWA 2A40A 5LJWA 3W0LA 1MWMA 5JLFA 2IIRA 3SLCA 3UKRA 1NGBA 1YUWA 2A6AA 4XH1A 2V51B 3EKSA 2Q2RA 4E1JA 4JHDA 3GDQA 1E4GT 4H0PA 4JAXA 4I6MB 4GY2B 3MCPA 4MLHA 5AQSA 3LDPA 3BF3A 5BRDA 3ZX2A 3W3DA 1BDGA 2D0PA 4ISGA 5AQRA 3QICA 3LL3A 4FPBA 3A5MC 3H3OB 3P4IA 1RDWX 3EKUA 4BRQA 2D0OA 1Y64A 5LJVA 2GUPA 4BC3A 2P9IB 2Q0RA 2ASMA 2YJEA 3VERA 5AQMA 2A42A 3WQTA 5AQQA 2PBDA 3HBTA 2ASOA 5ELZA 1G99A 3MN5A 2W40A 2QWMA 3I8BA 3GG4A 1HUXA 4CZJA 4LC9B 1CZAN 4BC4A 5AQHA 2CH6A 4AM6A 4IXCA 1HJOA 3CJ9A 4BC2A 2ZWHA 2Q97A 5KQDA 5TKYA 4XH5A 2HF4A 3EL2A 3DWLA 2I7PA 3VEOA 1HX1A 4FWQA 5AQFA 4K41A 3WQUA 2NRHA 2Q1NA 3VEYA 1TUYA 3C0BA 1QZ6A 2P9LA 5AQPA 1S22A 5EY4A 3AAPA 5CE3A 3G25A 2DPNA 5BN9A 4B1WB 1YAGA 2NLXA 2E88A 2A3ZA 1BOTO 4CZFA 4RTFD 2P9SA 3DJCA 2E2OA 3VEWA 4M7YA 3VENA 1QQMA 1NGIA 4NO7A 2QWRA 4BRFA 4BVOA 1K8KB 5EOYA 2ZGZA 3FZFA 3WXLA 2GWKA 3ZX0A 3O80A 4I6MA 4BRNA 3MN7A 1Z05A 3FR0A 3LM2A 3CQXA 4IWVA 4JHDB 4BQLA 3FZHA 3QB0A 3ZEUA 4EFHA 2VWBA 3AARA 2E20A 4H5WA 2D1KA 2QWQA 5AQIA 4BR0A 1RFQA 2BTFA 2D4WA 2QWPA 3FE1A 3SJHA 4BVPA 3QFUA 4FL9A 3VEVA 2FF3B 1YVNA 3JXUA 2P9PB 3O08A 1GLCG 1SZ2A 1ATRA 1DGKN 2IVNA 3ZEUB 1Q18A 1NGFA 2HMPA 1GLEG 5KPTA 2FXUA 5AQOA 2P9KB 2KHOA 3KVGA 4H0TB 2E1YA 4JN4A 2YCHA 3IMXA 5AQWA 3MK6A 3O5BA 4CI6A 5AZIA 4BRAA 1QQNA 4CBUA 3MN6A 1H1VA 4BR5A 3IFRA 1T6DA 4BR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBXA 4KTZA 2FSJA 3PSIA 4CJPA 3OYGA 4WQ4A 1Q81O 4BACA 2B4JA 4A62A 3SCXA 3AY9A 3CC4N 1RT3A 5ADXA 3LALA 4WFAL 1WN7A 2FBVA 4BRCA 3ZSXA 2ITMA 3CJAA 4M3WA 2P9UB 4CIGA 1KRPA 3EN9A 4H0YB 4B1UB 1BIZA 3D2EA 1MDUB 3F2KA 4IDKA 1U47A 4JKGB 4FOIA 3CJBA 3VGKA 1QVGM 3H45C 4FPAA 4KHSA 3ZSQA 3D7EO 5GAHP 1KCFA 1JJ2M 1XMOK 4CZIA 5C25A 1BUPA 3JAMO 4MLEA 3O4NA 4DV1K 2E2NA 4G9ZA 1G15A 4BRGA 3O8MA 4M7XA 4DCHA 3DOKA 5M1FA 2GEMA 4O8UA 2P9NB 1K9MO 4EZ6A 2HSTA 1NGHA 3AO3A 3ZT3A 2JWKA 5BRHA 4CD3A 4FWOA 3ENOA 1JLAA 3E9PA 3M3ZA 4IZ9A 3KLFA 4KO0A 1TKTA 3KK7A 1YF5L 5AQZA 5GINA 4MO4A 3BZKA 3AGRA 4B3OA 3NVMA 4DHYA 3CETA 1JCEA 4A2BA 4Z0UA 3KK2A 5JVHL 4IG0A 2XY7A 1Y97A 2ZF5O 1WSJA 5SWMA 4EAHD 1NU0A 2F9TA 4O5FA 2IVOA 3VESA 3FZKA 4M3XA 4FVUA 1LWCA 1TYQB 4B1XB 1HKGA 4KB1A 3V6DA 1U48A 1V4SA 3NBPA 2NRWA 3DMJA 3P31A 4JI4K 4JKCA 3C7NB 2IS3A 5MLCQ 3PY8A 2E8AA 1YT3A 1BI4B 2EX3A 2FSNA 4NCBA 4UQGA 2IVPA 2YHXA 3CJ7A 3MX5A 3BUZB 4ISFA 3HM8A 4PKHA 5HBMA 4JLHA 1VQ9N 3QO9A 1NK9A 4B3SK 2A41A 4CEDA 3DLGA 4PKIA 1L3UA 1GLDG 1YHQN 3AVCA 5E41A 4AILC 4FZXC 4G1QA 3N4PA 2DFFA 4DQ8A 4GW6A 4DS5A 4H5TA 4OVLA 4BR7A 1N33K 5BN8A 2HHWA 2DFHA 4H5RA 1HLUA 4JKGA 3V1OA 4B1YB 4M3ZA 3TR8A 2E2PA 1O13A 3NF7A 4BE0A 4DTXA 1VHXA 4EHTA 5AZJB 3CCSN 1EQYA 2OANA 4DU4A 3SUOA 4ZTJA 3PLAA 1WBDA 3SBGA 4MO5A 2O4GA 5F2RA 3DM2A 3DYAA 3THXB 1HYSA 1UA0A 1XC3A 3ULEB 2KFZA 2EWSA 1W7AA 1BCOA 4RCHA 4FWPA 5CY4A 1MA9B 1JCFA 3HZ6A 4CJSA 4Z94A 1T8EA 1KQSM 4UY8O 1HJRA 5IT9O 1WB9A 2E6MA 4YOTA 2UU9K 1I39A 2GTDA 4CFCA 3SAFA 3TAQA 3QFPA 2OPRA 4MQ3A 2W41A 1KFDA 4BG9A 3O4QA 1YXQA 4KREA 3V9ZA 4LF4K 3H1VX 3B6OA 4DR6K 3GBTA 3P39A 2HHSA 1XNRK 4N47A 4CZEA 1NLVA 3SNNA 1KLNA 1QSLA 5BR8K 3R8EA 3CCVN 3WXIA 2D0CA 4BRKA 2FBXA 3HOTA 1T6CA 3CPWM 3VEZA 1VAZA 2HBLA 1NWKA 2ZGYA 1X3NA 4DLEA 3CCUN 2O8CA 2J4RA 3KWGA 4M3TA 4ICLA 3F73A 4WQ4C 4BR4A 4C1NI 3KIOA 3OYHA 3F9KA 4QS8A 3UKRB 4Z4IA 5J2NA 3VEXA 2O8BB 3H1QA 4JS4A 3ASMA 3M8QA 3J8AA 3HPOA 4BECA 1N8RO 4DLGA 3J7AP 1J53A 2GX9A 3A0IX 4DR7K 2YNGA 2P9LB 3B8AX 1QSSA 4FJIA 2NRTA 5LY3A 3BEXA 1IG8A 1DKGD 4FW1A 4AHSA 3VF2A 1OKJA 1X3MA 5KPRA 2KZMA 4DSJA 3KWIA 3CFOA 3ZSRA 3CIPA 1W0HA 3DLKA 1VSDA 4DFMA 2VWKA 4KHUA 2KZZA 5DM6L 4OKJA 3NMUA 4N56A 5M1OA 4L8RB 2BGGA 4RW9A 1NNEA 3ATUA 3QEIA 3TANA 4B1ZA 1P8ZA 3A5NC 1J6ZA 4KBOA 5FPMA 4IBNA 5EXWA 4K8XA 4A2AA 5H1SQ 3EO3A 3TABA 3SUNA 2FC0A 4W5OA 1IKWA 4CJFA 3OYMA 1JLGA 3HVRA 4EZ9A 3J7ZO 3T1YK 3CCLN 3VQPA 2RHKA 1L3TA 2A6AA 4CK3A 3VQEA 1T05A 3TAEA 4U7BA 3GDQA 5DMRA 1E4GT 4GY2B 4CJUA 5AQSA 1NOZA 1IKVA 1X9WA 1OH7A 4Z4FA 4LD0A 3H3OB 1RDWX 4I2QA 5M1QA 3RTVA 1GOBA 2GUPA 4BC3A 2P9IB 2OA8A 4CGIA 1OH8A 1RDDA 4LF7K 4B3MK 2KQ2A 4DSIA 2A42A 4DFJA 1VSKA 5C0YA 5C10A 1JXBA 4B3TK 3LDSA 3HBTA 4DSLA 2ASOA 5ELZA 4OO1J 3I8BA 4ELUA 1CZAN 4BC4A 4YHHK 2CH6A 2QTDA 2WBNA 3I56N 3SUQA 3ZYYX 4MDAA 4XH5A 3VN5A 3EL2A 3EE8A 5AQFA 4FWQA 2NRHA 4FK0A 4ILJA 1QZ6A 2P9LA 3DI6A 5A2QO 4A59A 2E88A 3AVMA 4E7LA 1BOTO 1M1KO 5KI6A 3OYKA 1IG9A 4E1MA 3WNGA 4M7YA 3E9OA 4IFVA 1U49A 3LWLA 3L2VA 3OS0A 2IAJA 3ENBA 5CYMA 4LFAK 4X66K 1KD1O 4H4OA 3THYA 1C1BA 5EOYA 4BE1A 2F96A 2X6SA 4I6MA 4BRNA 1FKOA 4E89A 3FR0A 3PO5A 2YKMA 3DLRA 4X62K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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