2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
3D7EO 1DEJA 3I33A 5AQVA 3JS6A 4K25A 3ZX0A 2BTFA 3QFUA 1XUPO 4FWKA 5BPLA 2GELA 3RSEB 4EHUA 1ZC6A 1Z6RA 4CI6A 1HJOA 1KAYA 3IDHA 3L4IA 3EZWA 3GE1A 1JCEA 5ELZA 2P9IB 3VF6A 5FPDA 2E20A 1QQNA 4WYBA 3VEVA 4CZGA 1P8ZA 1RFQA 1IG8A 2I7NA 4NB4A 4BVPA 1ATSA 2FF6A 3VETA 4Y0WA 4CZHA 3VF4A 4HWIA 2Q31A 4QS8A 1YVNA 1HX1A 4FWNA 4FOEA 5ADXH 1X3NA 1K8KA 4PKHA 4IJNA 4BC5A 4B1YB 3ZX2A 3BF1A 2P9SA 5AQZA 5BRHA 3WEEA 2VYPA 4JHDB 2ASPA 1QZ6A 4ISFA 1ZXOA 1GLJO 2D1KA 3O5BA 3U9DA 5AFUA 5LJVA 2KHOA 1ZBSA 3EKUA 3FZHA 5AQFA 3JXUA 4BR0A 4BRDA 3SLCA 1K8KB 4H0TB 5AQUA 3EL2A 1HLUA 3H3OB 5JLHA 4JNEA 3C7NA 4IZ9A 3UB5A 4IJAA 1X9JA 4I6MA 3WXJA 2GEMA 4B9QA 3LDQA 1NGIA 3C0BA 3DJCA 4EHTA 5AZIB 2E2NA 3L6QA 4BRNA 5AQIA 5AR0A 3SJHA 3VEWA 2FSNA 2IVNA 4BR9A 2QM1A 2P9NA 1T44A 3AY9A 3GL1A 3CJ9A 4BR4A 1KAXA 2HF3A 2QWQA 3A5MC 3MDQA 3I8BA 1HKGA 1BUPA 1ATNA 3A5NC 3CJ1A 4CD3A 1G99A 4A61A 1BDGA 3D2EA 3CJAA 1S22A 2P9LB 4NO7A 5FPNA 1Y64A 3HI0A 4GNIA 1GLEG 4FWQA 1RGIA 3O8MA 3MMVA 4L3QA 4RTFD 3VERA 3CJCA 2D0OA 2V7ZA 4BRQA 3MN7A 2AA4A 3H1QA 1GLAG 1T6DA 4BRGA 5EY4A 2J4RA 2YHWA 3MN6A 4BGAA 2QWRA 4M63C 4BRLA 1QQOA 4JD2B 2ZF5O 3ULEA 1XQSC 3S41A 1J6ZA 3D2FA 2FLOA 4YDUC 2D4WA 3HTVA 4CZLA 3VEYA 3AARA 4BRHA 3ZX3A 2AP1A 4J8FA 2NZTA 4DHYA 4XEIA 1S3XA 4FWMA 5F2RA 5LY3A 2P9IA 3R8EA 3WQUA 4FPAA 3U9ZA 4JAXA 4BRPA 4C23A 1NGJA 4HTLA 4PKIA 3KVGA 1QHAA 5FPEA 1NMDA 5AQTA 4AM6A 2P9UB 3CETA 5FPMA 2GUPA 2ZGYA 3ULEB 3SMPA 3A5OC 3D2FB 3FLCO 3L0QA 5KQDA 3QMLA 1TUUA 4MLEA 3H6EA 5KPZA 2PBDA 3J8AA 3DAWA 2E1YA 4JHDA 1X3MA 1MWMA 1BU6O 1NWKA 3DXKB 3H3NO 4MO4A 4BRAA 5AQSA 2F9TA 2EWSA 4A2AA 4M7YA 1ESVA 3EO3A 4FPBA 3CHWA 2DPNA 3A5LC 3IFRA 3QBWA 4H0VB 3VGMA 5EOYA 3FE1A 2ASOA 2QWOA 5BN8A 5KPRA 3MK6A 5AZIA 5BPNA 4Z94A 1DKGD 3MCPA 2BUPA 3G25A 2ZWHA 1SAZA 4BC3A 4BRFA 3A0IX 5E84A 3LDOA 1U2VB 4O5FA 4QS7A 2E2QA 2D0PA 1TYQB 4GY2B 4WQ5C 3CQYA 2V7YA 1V4TA 1NGAA 4LC9B 4BG9A 1QZ5A 5B8HA 2YHXA 5KPTA 4PL8A 4F9OA 4ISGA 4B1WB 3VEOA 5AZJA 4XH5A 3UKUB 3LDPA 1NGGA 3IMXA 2P9LA 2ZGZA 1Q18A 4XH1A 3VGLA 5AQWA 4YDUA 4K43A 3R9PA 2QWMA 1BA1A 1YXQA 2UYTA 5JLFA 5JMVA 5AQJA 1RDWX 3QDKA 4BRMA 3VEZA 3EN9A 5F1XA 2A5XA 2PAVA 3ZETB 3ID8A 3H1VX 1BOTO 5AZJB 3ZEUB 5BREA 2ASMA 3CJ7A 1GLCG 4JD2A 2QXLA 1NBWA 1GLBG 3GOIA 4IXCA 5BN9A 1V4SA 1OKJA 5F0XA 4BREA 2NLXA 4EIAA 4H5NA 4RCHA 4FWOA 5E26A 4CZFA 3SMSA 4H0PA 1C0GA 3LL3A 4BRKA 2CH5A 3UKRB 5KQ8A 2OANA 4BROA 4H5WA 2E2OA 3A8YA 1SQKA 2P9KA 4FWRA 3FR0A 1MA9B 5AQXA 5BPMA 3O08A 2CGLA 2E88A 2P9UA 3LM9A 3QICA 3MN5A 3WXKA 1GLDG 2E1ZA 3FFKB 3HSCA 3WQTA 3FZKA 4WQ4C 2HOEA 1TUYA 2Q2RA 2WUSA 3FZLA 3CJBA 2A42A 2YI1A 4H5VA 2FXUA 4H03B 3LDLA 4B1XB 3BF3A 2V51B 3QFPA 2E2PA 2YJEA 4H0YB 4BGBA 4CZKA 4DQ8A 4FWLA 5BRFA 1NGFA 2IVOA 3DXKA 5LJWA 3VOVA 4FWPA 3O80A 5AQOA 4E1JA 2P9KB 5AQRA 3TPQA 3FZFA 2QWNA 2FSJA 3O1BA 5AQGA 5AQQA 3HM8A 4BG8A 3IUCA 3WUHA 3BP8A 3CI5A 1GLLO 2QWLA 5AQMA 4WQ5A 5BR9A 4AM7A 5CE3A 2I7PA 5ADXA 5TKYA 4CZIA 3LDNA 3HBTA 3B8AX 4CD1A 1SZ2A 1HUXA 1YAGA 4O8KA 3SK3A 4RWTA 3CIPA 4BR2A 3GDQA 5AQNA 4CJ7A 2V52B 1NGDA 3DXMB 4BC2A 2F9WA 4K41A 1U2VA 4FWSA 4ISEA 4A2BA 3OHRA 1TYQA 3O4WA 4BRIA 1U6ZA 4EFHA 4PL7A 1BWFO 1E4FT 3M6GA 4H0OA 3VGKA 4M7XA 3HZ6A 1MDUB 4FSVA 1HKBA 3M1FA 3M3ZA 2FSKA 4XH4A 3AAQA 2YJFA 5I9EB 3UKUA 3ATVA 1NLVA 1BO5O 1HKCA 2HMPA 1KXPA 1HPMA 3WXIA 2VWBA 3U4LA 1EQYA 1IJJA 4DCHA 2QW9A 2GWJA 1GLFO 1DGKN 4CZEA 3ATUA 4IO8A 1LCUA 2FF3B 3KHYA 3FGUA 4JN4A 2IIRA 4BQZA 2ITMA 3UE5A 3ZETA 2GTDA 3P4IA 1NM1A 1YUWA 2W40A 1ATRA 3ZEUA 2E8AA 1H1VA 5AQHA 2NRHA 2Q1NA 4CBWA 4A62A 3EKSA 5AQPA 3H46O 4WQ4A 5AQKA 2GWKA 1T6CA 4B1ZA 3CERA 3FZMA 4K42A 1WOQA 1CZAN 3MN9A 2VCPA 1D4XA 4CZMA 3O1WA 3UKRA 1E4GT 1XC3A 3VENA 3O6WA 2P9SB 4BRCA 5AFUH 4BR5A 3ENOA 3WEEB 5EVZA 3TU5A 4H0XB 4DB3A 2P9PA 1C0FA 3GBTA 2QWPA 1NGCA 3VEXA 2H3GX 3WXLA 3AAPA 1QQMA 3CQXA 4B1UB 4MLHA 4FOIA 4H5TA 3WT0A 2YCHA 2A41A 4FL9A 4EAHD 3C7NB 4IWVA 2CGJA 4I6MB 1NGEA 1NGHA 2IVPA 4CZJA 1NGBA 4BVOA 2P9PB 5AQYA 2A40A 1BA0A 3VESA 3U8XA 3VF2A 4MO5A 1LOTB 5JICA 5AQLA 2P9NB 4BR7A 3GG4A 3QBXA 2Q0UA 3H45C 4H5RA 5EXWA 1JCFA 3BEXA 3BUZB 5BRDA 1R59O 2HF4A 3W0LA 4KBOA 3F9MA 3DXMA 3ENHA 4QS9A 3VPZA 3R6MA 3D2EB 2CH6A 3KZBA 1MWKA 4BQLA 3DWLA 1Z05A 2Q97A 4CBXA 3RSEA 2A3ZA 4CBUA 1BG3A 1KAZA 4B1VA 1WUAA 3W3DA 2A6AA 2Q0RA 2YHYA 2Q36A 2CGKA 3LM2A 4FO0A 2W41A 4PKGA 1JCGA 5EX5A 4BC4A 3QB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 4CEOA 3ZX0A 3EYZA 3QFUA 1XUPO 3SAFA 1MU2A 2E6LA 4DU4A 3RMBA 2UXCK 1RTHA 5EU7A 4KHQA 1HJOA 3ZSYA 1KAYA 1IG9A 1HR0K 4CJVA 2YNFA 1RTJA 3EZWA 1IKVA 5ELZA 3V4IA 4OPHA 3VQQA 5J2PA 1YF5L 3VF6A 4OO1J 4WYBA 3VEVA 1P8ZA 1RFQA 3AA2A 4F8RA 1IG8A 4BVPA 4NB4A 3VN5A 3KD5E 2NUBA 3V1OA 5JVGL 2YX6A 1XI1A 4GKKK 2HVIA 2KTQA 1HX1A 5JS1A 1X3NA 1IO2A 3OYBA 4PKHA 3E9LA 3ZX2A 3ALYA 2QKBA 1EXQA 2P9SA 3MEEA 5BRHA 1VK0A 1B9DA 2ASPA 4JI2K 3U9DA 4ELUA 4KHNA 3J7YP 4C8KA 2KHOA 1ZBSA 1VQ9N 3FFIA 3JXUA 2XRIA 4O4GA 4BR0A 3OS0A 2EX3A 1LWFA 3SLCA 3T1HK 3EL2A 1HLUA 1A5WA 3H3OB 3CQ8A 5JLHA 2ITGA 3RTVA 3NFAA 4PUOA 3AO2A 5SWMA 3CCVN 2OYQA 3G6EN 3AA5X 3I8DA 1D9FA 4JI5K 3S5TA 4BR4A 4N56A 3A5MC 4OGEA 3ENBA 3SV4A 3AVGA 4M3UA 1SS6A 5CHIA 4OPKA 3R1XA 5FPNA 3VTIA 1Y64A 1G15A 3QERA 2NRXA 4FVUA 1RGIA 1HQUA 4W5OA 3PIOL 2D0OA 3PX6A 1L5UA 1NNEA 2V7ZA 3OA9A 1QHTA 3MN7A 4GVEA 2HHTA 2AA4A 1T6DA 3HPOA 4O55A 4BRLA 4JD2B 3KLHA 3SI6A 1D9DA 3ULEA 1XQSC 1WSEA 3S41A 2RF2A 3D2FA 3AGRA 2FLOA 4YDUC 3EZ5A 4JI7K 4FXDA 4DFKA 5GAHP 4DTSA 1LWCA 3DOKA 3VEYA 4BRHA 1CLQA 3ZX3A 2NZTA 4C1NK 2UXDK 3DLGA 3MWTA 3K0SA 2P9IA 3WQUA 3BZCA 1NMNA 4BRPA 4AQYK 3AO1A 4DSIA 3CFPA 3TAGA 3KVGA 2O8BB 1NMDA 2OCEA 4AM6A 1TK8A 3C6TA 3ULEB 4IDKA 3A5OC 3D2FB 3FLCO 3OYJA 4CF0A 3KK2A 4I9LA 1TUUA 1X1PA 3H6EA 5FDLA 2PBDA 4N47A 3CC7N 4FJGA 4B9TA 2E1YA 5C42A 1X3MA 1LW2A 3SUPA 4AHCA 1BU6O 2HBMA 3H3NO 4BRAA 4MO4A 4CHYA 3E01A 3S9HA 2O8CA 3OW2M 4A2AA 1Q7YO 3ZSVA 4B3TK 1ESVA 3CHWA 4CIGA 3THWB 3VGMA 4JK9A 2X6NA 5HROA 1KSPA 2QWOA 4Z4HA 1RDDA 1VRUA 3C94A 5KPRA 3LALA 3PV8A 3MK6A 5BPNA 4Z94A 3AA3A 4EP4A 2Z1JA 4BC3A 2O4IA 3LDOA 1EWQA 2E2QA 3QO9A 3PO4A 4DSLA 2V7YA 2O8FA 4KPYA 3L4QA 1B9FA 1QZ5A 4IOAL 5B8HA 1WBBA 4RW4A 3VQ4A 4DR3K 1CZ9A 3ZSZA 4CCHA 3SJJA 2PFUA 5HLFA 3IMXA 2P9LA 4JKGB 5AQWA 1RTDA 2W00A 3R9PA 3T1YK 1BA1A 1RCHA 4FJHA 5CYQA 1RDWX 4BRMA 3VEZA 2O8FB 3P5JA 2A5XA 2NNWA 3CYMA 1TGOA 2YV0X 1WAJA 3DRSA 3NH0A 2ASMA 2A1SA 4M41A 4JI3K 4FK2A 2QXLA 1V4SA 1OKJA 5F0XA 4EIAA 1UA1A 4RCHA 3F9KA 1L3VA 2OZSA 4KAZA 4ZTFA 4CHZA 4BE2A 4CZFA 3L8BA 3SMSA 5FROA 2RHKA 4IFEA 4M3XA 1N8RO 1SQKA 1C1BA 1MA9B 4B3MK 4DKWA 2E88A 3LM9A 3QICA 3CCJN 1GLDG 2Q2RA 1TUYA 2WUSA 3CJBA 3FZLA 3SUNA 2A42A 2YI1A 3G4SN 3LDLA 4OLBA 3C6UA 4H0YB 1Q86O 4FWLA 2YHBA 5LJWA 4GV6A 1YIJN 3O80A 4CGJA 4E1JA 5AQRA 2HBJA 2QWNA 1YT3A 4BG8A 1TKTA 4J2EA 5FLXO 4BACA 3WUHA 1U49A 1GLLO 2QWLA 4AM7A 3LP0A 2F7TA 5CE3A 3LANA 2G8UA 4CZIA 3CCEN 4KFBA 1K8AO 1YAGA 4KI6A 3SK3A 4KTQA 1TK0A 2F9WA 3PO5A 4K41A 4DV4K 2ZE2A 4YY3K 4A2BA 3CF5L 3BZKA 4C8MA 4ELVA 4EFHA 3SNNA 1S6PA 4ELTA 3HZ6A 4CK1A 2VG7A 3M3ZA 1NJIO 2FSKA 3AAQA 1EO1A 4E72A 4KI4A 2QW9A 1W7AA 2HHUA 3C95A 2GWJA 3A2FA 1GLFO 3MXIA 1DLOA 3CPWM 1LCUA 4GV9A 3KHYA 3FGUA 3SQ4A 2IIRA 4B9NA 3UE5A 4JRPA 3P4IA 1NK4A 1NM1A 4DR1K 3UIQA 3QESA 2FBYA 5C12A 4A5AA 1YTAA 3EKSA 5AQPA 4FLVA 3AV9A 4CEEA 4C8LA 4YOYA 4WQ4A 4Z0UA 3CERA 4K42A 1TKDA 3VA3A 2VCPA 2YNHA 4IDHA 4BRCA 4B9MA 3VMFB 2PZSA 4YOXA 4H0XB 3HJFA 3SYZA 2P9PA 1C0FA 1ZBHA 3P31A 2H3GX 3THYA 1RBTA 4FJ7A 3CM6A 1R0AA 2YKNA 4EAHD 3C7NB 1GOAA 2CGJA 4I6MB 1NK5A 4BVOA 4PY5A 2P9PB 4DR6K 1ZBFA 3HO1A 1C1CA 3VF2A 4WFBL 3HP6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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