2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
2A41A 4FWOA 1CZAN 4CZFA 3UE5A 4CBUA 2CGKA 1NLVA 3QDKA 3EKUA 3VENA 4I6MB 1QQNA 3ULEA 1YUWA 2GEMA 2ZWHA 1SQKA 3DWLA 4MO4A 5TKYA 1P8ZA 4MLEA 4NO7A 3ENOA 3JXUA 4EAHD 2F9WA 2E1ZA 1TUUA 4Z94A 5AQWA 5AZJB 2D0PA 3GOIA 4PKGA 3ATUA 5AQHA 1BA0A 2NZTA 3KVGA 3DXKA 1Z6RA 5AQKA 3U9ZA 3WXKA 2Q0RA 1QHAA 2AA4A 4BRPA 5BPLA 3JS6A 3QBWA 3MN7A 5EVZA 3VOVA 1ESVA 4BVPA 3DJCA 1GLLO 2QWOA 4C23A 4RWTA 3O6WA 4BROA 2P9IB 4QS8A 1GLEG 2QWPA 5LJVA 5AQOA 4IZ9A 3BP8A 3VETA 2ASMA 4CZJA 2ZGZA 5EOYA 1HKGA 2P9KB 4PKIA 3QMLA 4Y0WA 1S22A 1MDUB 3O1WA 4JNEA 5AQSA 3ZX0A 3IUCA 4ISEA 4GNIA 4FL9A 5KPTA 3CHWA 5AQQA 3R8EA 4CZIA 3DXMB 3GE1A 4IWVA 4H0TB 5JMVA 5JLHA 4AM7A 3MCPA 3SJHA 4YDUC 3FZLA 4BRHA 2PBDA 4BRDA 1LOTB 5AQPA 1NGDA 4WQ5A 4WQ5C 3L6QA 2P9PB 3D2EB 4BGAA 3CJ9A 2FLOA 1NWKA 3VEOA 2NRHA 4BRNA 1NGAA 4BRFA 3F9MA 1KXPA 4CZLA 4CI6A 1QQMA 5BPMA 3FFKB 4CBXA 2IVNA 4BVOA 3OHRA 2VWBA 2P9LB 4RTFD 3HI0A 3LL3A 3U4LA 3VEWA 3R9PA 2I7PA 4BQZA 4M7YA 3TU5A 2D1KA 2D4WA 3TPQA 1TYQA 4FWMA 2P9SA 4BQLA 2CGJA 2ZF5O 2P9NA 4H5WA 4A61A 1U2VA 2HF3A 2YHYA 4FWLA 1G99A 2VYPA 2KHOA 3IMXA 2FSJA 3D2FB 3QICA 4RCHA 3VF4A 4CZEA 3LM2A 1NBWA 4BRLA 1BO5O 1ATNA 4K41A 4FO0A 2CH5A 1BU6O 1BDGA 3FZHA 4BG8A 3AARA 1BG3A 2Q0UA 4CZMA 5AQUA 3GL1A 1MWMA 3A8YA 3DXKB 2QWLA 5BRHA 1XUPO 3W0LA 4BR9A 2QWMA 3FGUA 5EX5A 2E8AA 1K8KA 2D0OA 1RGIA 3H3OB 3O8MA 1BA1A 3I8BA 2IIRA 2OANA 2WUSA 3WXJA 4B9QA 1HJOA 1JCFA 5JICA 5BREA 3D7EO 4PL8A 5KQ8A 5E84A 2GWJA 2NLXA 3SMPA 2VCPA 1XC3A 3H45C 1GLAG 3VGKA 2FXUA 3CJ1A 3GDQA 2ASOA 2V7YA 1QZ6A 3A5MC 2IVPA 3AAQA 1YXQA 3SK3A 3WXLA 1HPMA 1NGGA 3MN5A 5B8HA 2V7ZA 3SMSA 5BRFA 3CQXA 3ZETA 3MN6A 3MK6A 1NGHA 3QFPA 4DB3A 3ENHA 3HTVA 4BC4A 3WQUA 4M7XA 1R59O 1DGKN 1HX1A 5F0XA 2E88A 5AQYA 3FZKA 3M6GA 2ITMA 4EIAA 3I33A 4PL7A 3FR0A 3VF2A 4M63C 1YAGA 2V51B 3IFRA 4EHTA 2BUPA 1D4XA 3O5BA 3ID8A 3G25A 1V4TA 5E26A 3WT0A 3BEXA 4BRQA 1V4SA 5FPEA 2A5XA 5F1XA 3QBXA 1X9JA 3CJCA 1NGFA 1IG8A 3VGLA 3LM9A 3AY9A 4BRMA 1C0FA 4KBOA 5BN9A 3P4IA 1ATRA 1BOTO 5AZIA 1ZC6A 1TYQB 3GBTA 2P9SB 1T6DA 2GUPA 2W40A 3H1QA 4H0OA 5AQXA 3AAPA 4XH5A 2P9NB 1E4FT 4YDUA 3C7NA 1QQOA 4H0YB 4BR5A 5BR9A 4FPBA 1U2VB 2HF4A 3LDQA 4FWSA 4FWPA 4H0XB 4O8KA 4JD2A 3WEEA 4BRIA 5AR0A 4DQ8A 4BR2A 3CJ7A 3WUHA 5LY3A 5AQJA 2W41A 4A62A 3HBTA 1WOQA 2YJFA 3O1BA 3ZEUA 2YHWA 4H5NA 1ZBSA 4JHDA 4EHUA 4FWQA 2YHXA 1C0GA 1RDWX 4K25A 3MDQA 3EN9A 3U9DA 4FSVA 3BF3A 2GTDA 3LDNA 3WXIA 1K8KB 4IJNA 2YJEA 1BWFO 4B1XB 3O08A 3UKRA 2HOEA 3VEXA 5ELZA 3VERA 4XH4A 3M1FA 2YI1A 3O4WA 4BC5A 1J6ZA 1NGEA 1DKGD 3ULEB 1NM1A 3U8XA 3BF1A 3ZX3A 4BRKA 1DEJA 2Q2RA 2QWNA 2F9TA 3CQYA 1X3MA 3EKSA 2E2QA 4CD1A 3UKUA 3VPZA 1NGJA 4FWKA 3SLCA 1BUPA 3GG4A 3S41A 1HUXA 3ZETB 3DXMA 4J8FA 3RSEA 4BC2A 4BR7A 1ATSA 2FSNA 4BRCA 1LCUA 4WQ4C 4WQ4A 4H5RA 4FOIA 4A2BA 2DPNA 3C0BA 5LJWA 4NB4A 1KAZA 2IVOA 3W3DA 4BREA 4DCHA 2E2NA 1SZ2A 3HM8A 5AQTA 3FE1A 2J4RA 2GWKA 3O80A 4HTLA 1GLJO 1ZXOA 3KZBA 5ADXA 2AP1A 2E1YA 3FLCO 5AZIB 3HSCA 5AQGA 3CERA 4AM6A 5AQLA 5ADXH 3ZX2A 5I9EB 5AFUA 4HWIA 3FZMA 4BC3A 4CZGA 3DAWA 4BRGA 5AFUH 1OKJA 2CH6A 2P9UA 4H0VB 3C7NB 4JN4A 4FWRA 5F2RA 5AQIA 5CE3A 3MMVA 4JD2B 1S3XA 2QWRA 3WEEB 3D2FA 5KQDA 4K42A 1GLFO 3H6EA 4B1VA 3ZEUB 2BTFA 4JHDB 5EXWA 2I7NA 3LDPA 5FPDA 5AQFA 2H3GX 5AQMA 4CZKA 2HMPA 4A2AA 2A3ZA 2A6AA 4EFHA 2E2PA 3UKRB 4E1JA 1T44A 4BG9A 1Y64A 3MN9A 4CJ7A 5AQVA 2QW9A 2ZGYA 4IXCA 5KPZA 4L3QA 3H46O 4JAXA 5FPMA 2PAVA 5JLFA 1H1VA 4B1YB 1JCGA 3H3NO 5BPNA 2Q1NA 3VESA 4DHYA 3EL2A 4F9OA 4I6MA 3VEYA 3KHYA 4QS9A 4H5TA 3UKUB 2QM1A 4FPAA 3CJAA 2CGLA 1TUYA 1EQYA 3J8AA 1JCEA 5AQZA 2EWSA 1HKBA 3UB5A 4FWNA 4CBWA 3RSEB 1XQSC 3CIPA 1KAXA 5AZJA 1NMDA 2FF6A 3VF6A 3WQTA 1KAYA 4B1WB 4CD3A 3VGMA 1E4GT 3CETA 5AQRA 4IO8A 4K43A 3H1VX 1MWKA 4FOEA 3QFUA 3HZ6A 4XEIA 3L0QA 1HLUA 1WUAA 2P9IA 3LDOA 3R6MA 1IJJA 2FSKA 1Z05A 3EZWA 1HKCA 1RFQA 3L4IA 4BR0A 2Q31A 2YCHA 4PKHA 3B8AX 2P9KA 3A0IX 4QS7A 1MA9B 3FZFA 5FPNA 2GELA 4ISGA 4B1UB 4BR4A 2A42A 2P9UB 3A5NC 3VEZA 3EO3A 2QXLA 4CZHA 5BN8A 4B1ZA 1X3NA 4ISFA 2FF3B 1GLCG 4XH1A 5BRDA 5AQNA 3BUZB 3A5LC 2E20A 2P9PA 2V52B 3D2EA 4WYBA 5EY4A 2A40A 5KPRA 1T6CA 3LDLA 4BRAA 3CJBA 1YVNA 3IDHA 1Q18A 4H5VA 2UYTA 3VEVA 1GLBG 4MO5A 1QZ5A 3M3ZA 2QWQA 3QB0A 4GY2B 2E2OA 4BGBA 4O5FA 1NGIA 2P9LA 4IJAA 3CI5A 4H03B 2Q36A 4H0PA 1GLDG 1NGCA 3A5OC 1SAZA 2Q97A 1U6ZA 4LC9B 3ATVA 1NGBA 2ASPA 4MLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A41A 3E66A 5AJ3K 4CBUA 4DFPA 1A5XA 3A2FA 2NRTA 4OPHA 3TSUA 3QDKA 3EKUA 4CHPA 1SL1A 3ITHA 1SQKA 2P51A 4FJMA 4MO4A 3AA3A 5TKYA 3THVA 4NO7A 2W6KA 2NRZA 4EAHD 3ZSRA 5AQWA 2Y1JA 2WONA 2D0PA 3GOIA 3TAEA 4KHWA 1EP4A 2NZTA 3KVGA 3ZSXA 1BISA 3DXKA 1Z6RA 4BRPA 3QBWA 4Z4CA 3ENBA 3VOVA 1RNHA 4BVPA 3HJFA 3RMAA 1XMQK 3ZT3A 5LJVA 4DR1K 4ELTA 3BP8A 2ZGZA 3QEIA 2LSNA 1S22A 1YHQN 3OYMA 4FW1A 5AQQA 3R8EA 4CZIA 3DXMB 4JI6K 5JLHA 3MCPA 5HLFA 3TAFA 4MDAA 4C1NK 3L6QA 3LAMA 1W7AA 2P9PB 1HR0K 5KRSA 3AVJA 1S1TA 3V1QA 4JKBA 2VG6A 5CZ2A 3QINA 4MQ3A 2BH1A 4DV2K 3F9MA 1KXPA 2HNYA 4BDPA 4IG0A 2X6SA 4O44A 4WFNL 2G8FA 3HI0A 3ZSYA 2FC0A 4B9TA 2O8DB 1KTQA 3TAPA 4ID1A 4B08A 3CCEN 2D1KA 2D4WA 3S3OA 3PIPL 3S3MA 2YHAA 2PZSA 1RT2A 4OGCA 4CF8A 1VQLN 4M3YA 2CGJA 5EU7A 2P9NA 4KTQA 5C0YA 4Z4HA 2HF3A 2Z1JA 1WBBA 2VYPA 2XY5A 4CEEA 1RT3A 5JVHL 1NBWA 1I39A 4L8RB 4FO0A 2W6LA 2CH5A 3OYGA 3T3FA 4CVNE 1ZYQA 4DU4A 3OYCA 4E0DA 3VQPA 4FW2A 3J80O 4B9SA 2GBZA 3CMAN 3H3OB 3K57A 1BA1A 1IKYA 4N41A 1N33K 1BQNA 3KLHA 2Z1HA 3NMUA 1QTMA 5CHIA 5BREA 2KFNA 4E7JA 5KQ8A 1WN7A 1XC3A 3H45C 2FXUA 1S1VA 3CJ1A 4IEIA 3WXLA 5GADP 1NGGA 2OTJN 5M1QA 1JLEA 3HOSA 4FJ9A 2O8FB 1NGHA 3HTVA 3WQUA 2F4VK 2ITMA 3RR7A 3VF2A 3VQ5A 2O4GA 2V51B 4IOAL 1D4XA 3DLGA 3ID8A 1RTDA 4CJTA 4M3XA 1U47A 3CJCA 2WC9A 2HMIA 1IG8A 3MWPA 5C15A 3OY9A 1FW6A 5GINA 4KBOA 4CJSA 4FLYA 4J2BA 5AZIA 5DMRA 1VQ5N 4M45A 4XH5A 1CZBA 2O8BA 3NHGA 3HVTA 3TSPA 4FZYA 2HF4A 3DLEA 4RW4A 4Z4FA 1HYSA 5C42A 4FWSA 4GMJB 3AO5A 4H0XB 4BRIA 4JD2A 1M90O 3VA0A 1NJWA 2D5RA 5LY3A 1QS4A 1RT6A 3CJ7A 3VQBA 4A62A 2RF2A 2YJFA 5J2NA 3ZEUA 3OYIA 2YHWA 4V19S 3EZ5A 5KRTA 1RDWX 4H4OA 2VG7A 4LF7K 2KFZA 3MDQA 3SUPA 3EN9A 3U9DA 3CCVN 3BF3A 3LDNA 2GX9A 5JENA 3BDPA 3O08A 2HOEA 1KFDA 2E6LA 4CJ4A 2IGIA 4AHVA 1S1WA 3P38A 1A5WA 3O4QA 1L3VA 2YI1A 2RE2A 1NGEA 1FJGK 4PHTX 3ULEB 4W5OA 2ZD1A 4BRKA 3AV9A 4I9LA 3QIOA 1CZ9A 2YKMA 3SZ2A 2E2QA 3TTDA 4CD1A 3VPZA 1NGJA 1CXQA 4EP5A 1IBKK 4CIGA 3MAQA 1A5VA 3VQAA 3ULDA 4ZTFA 4KB0A 3V1RA 4BC2A 5M1NA 1HRHA 1Y97A 3N4QA 4WQ4A 3CFPA 4X64K 1RT1A 4A2BA 3C0BA 1Q9YA 4JKGA 4Q5VA 4NB4A 3NF7A 3HM8A 3AVHA 2GWKA 3O3GA 4YORA 2B6AA 1UA0A 1ITGA 5FDLA 3QEWA 5AQGA 4ZHRA 1TGOA 3CERA 5ADXH 3ZX2A 3KKSA 3T1HK 5AFUH 5JS2A 4W5NA 3C7NB 4QOZB 1QE1A 2JGUA 5F2RA 4CIFA 5AQIA 5CE3A 3MMVA 1NKCA 3CC7N 1J5OA 1GLFO 3HP9A 4JHDB 4JLHA 4AHTA 4YY3K 5H1SQ 1U45A 5AQFA 3KK1A 1WNSA 4HCBA 1DTQA 2A3ZA 1U04A 3I56N 1T44A 3MN9A 3OYHA 3HT3A 2QW9A 2ZGYA 4N47A 1RTIA 1WSFA 3SUOA 3OVNA 4CGHA 4B1YB 3ZCMA 4FM2A 1S9GA 4Z4EA 4E7LA 3SBTA 4R5PA 4FPAA 3K5NA 3DLRA 5T7BA 4CERA 3VA3A 1KVAA 3U3GA 1T03A 2KKZA 3UB5A 1VSEA 3KIOA 3RSEB 3OS2A 1XQSC 1VSLA 5GAHP 4DQQA 3SQ0A 4CJ5A 3WQTA 3L2QA 3LP3A 1KAYA 4CD3A 2YV0X 5AQRA 4K43A 3KLGA 4FOEA 2D0AA 3E1YA 2X78A 4XEIA 1BHLA 1HLUA 5C25A 3CCUN 2BE2A 2PFUA 3SQ4A 3R6MA 1IJJA 2FSKA 2GV9A 4Z4GA 2XY7A 2Q31A 4CFCA 4DKWA 1SV5A 5HL7L 4PKHA 2P9KA 3F2KA 4BWJA 3DOLA 4B3TK 4BR4A 2A42A 2P9UB 4E1NA 3EO3A 4B8CA 1VQ4N 5CYQA 2ZM6K 4U67L 1FKPA 3IS9A 4OPAA 2ZJQL 3I0SA 4CF1A 3BUZB 3CYMA 4WYBA 1SL0A 4CK1A 3DLLL 1T6CA 3LWLA 4F3OA 4DTJA 4FJXA 2OPSA 3DLKA 2UYTA 4DV0K 1QZ5A 2VGNA 3QB0A 3AA4A 4BGBA 4O5FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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