2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
4EHUA 3CQXA 2ITMA 5AQFA 1ATSA 1K8KB 4CZEA 5AFUA 1T44A 4FL9A 2ZWHA 3SK3A 4BRCA 3FZKA 5AZIB 2A41A 4CBWA 3VF6A 2FLOA 5AQZA 3FZFA 3LDNA 1IJJA 2V7ZA 4CZFA 1NGHA 3MN9A 1NGBA 4BRGA 3CJ7A 4B1ZA 3L0QA 4BGAA 2CH6A 3CHWA 3ZEUA 3SMPA 3DAWA 2GELA 3GE1A 2E8AA 5AQVA 3IDHA 2A3ZA 2QWOA 1GLLO 4QS9A 4KBOA 4BC2A 5AQRA 1XC3A 3KVGA 3VEXA 4H5RA 5AQMA 5JICA 2DPNA 3DJCA 1GLFO 1Q18A 3CERA 3U9ZA 5AZIA 2QWLA 4BRMA 1BA1A 2ZGZA 3JS6A 2EWSA 1T6CA 3FLCO 2P9UA 3HBTA 4MO4A 4XH5A 2P9SA 2GUPA 1P8ZA 2P9UB 5BRFA 1BA0A 1NMDA 2YHWA 3TU5A 1D4XA 2FSKA 3IUCA 3ID8A 3R6MA 3VF4A 4I6MB 4XH1A 5AQKA 2FF3B 3CJ1A 2F9WA 1HUXA 1ZC6A 4BC5A 1GLDG 3IMXA 2P9KA 3SJHA 3AARA 3I8BA 1IG8A 3R8EA 4CI6A 1YXQA 4FPBA 4K42A 1LOTB 4J8FA 3CETA 5AQIA 5JLHA 3QDKA 2VCPA 3ZETA 3SLCA 1TYQB 5AQXA 3FZLA 2E1ZA 2Q97A 4BR4A 4M7XA 3D2EB 4NB4A 1BOTO 2AP1A 4CBUA 4AM6A 3LDOA 3WT0A 3EO3A 4FOIA 3A0IX 4BR9A 3VGMA 4DCHA 2A42A 1YVNA 3WXJA 3M3ZA 4CD1A 3FE1A 1ZXOA 4NO7A 4H5NA 5AZJB 3VGLA 3O80A 4WQ5A 3DWLA 5F2RA 3U8XA 3VOVA 3I33A 1QZ6A 4E1JA 4HTLA 1XUPO 2BTFA 5AQQA 4BRPA 3H6EA 3A8YA 3AY9A 3ATUA 2GWJA 4H5TA 4IZ9A 4JHDB 3BF3A 3EN9A 4BGBA 1J6ZA 2ASPA 5BPNA 3U9DA 4CBXA 1NGAA 4O8KA 4ISGA 1TYQA 1KAYA 3F9MA 4BRFA 2IVOA 2P9IA 4EIAA 3A5NC 4M63C 3VEOA 4Z94A 4BG8A 1ESVA 3DXKB 1CZAN 1RGIA 3LDQA 1GLJO 5AQWA 2A6AA 1H1VA 4CJ7A 4PKIA 3UKRA 4MO5A 5BN9A 1DEJA 2Q0UA 1BO5O 2VWBA 4FWLA 3WXKA 1NWKA 3CQYA 1GLAG 4EHTA 3ZETB 3ZX3A 1YAGA 1NGCA 4RCHA 2D0PA 3A5LC 2P9KB 2KHOA 4BRKA 4H03B 4YDUC 4XEIA 4BR0A 4H0XB 5AQGA 1HLUA 3L6QA 5AFUH 4FPAA 3EKSA 2YJFA 2P9LA 3CIPA 4BVPA 3U4LA 2P9NA 3VESA 2YHYA 3MN6A 4A62A 1BG3A 5KPRA 3VF2A 2IVNA 2OANA 5JMVA 3W3DA 3MDQA 4BRDA 3O1BA 2E1YA 4QS7A 4IJAA 2QWQA 2GTDA 4IXCA 3DXKA 3WEEB 5KQDA 1T6DA 5BRHA 2A5XA 5AQHA 1QZ5A 1GLEG 5ELZA 1WUAA 5F1XA 3H3OB 1U6ZA 2P9PA 2HF4A 2CH5A 2Q31A 2QM1A 3UE5A 3VEYA 4A2AA 1GLCG 4BROA 2UYTA 2NLXA 3ATVA 1YUWA 3GG4A 3FZHA 1HKGA 3WXIA 3C7NB 3H3NO 2E2NA 3GDQA 2ASOA 4BR2A 3FR0A 1U2VA 5AQOA 5CE3A 1ATNA 3MK6A 1HKBA 3QFPA 4A2BA 2P9IB 4WYBA 4BRHA 5LJVA 4K43A 1NGIA 5EXWA 5BN8A 2A40A 2IVPA 5E84A 4PKGA 3H1QA 3MMVA 4ISFA 2QW9A 3RSEA 2Q2RA 3QICA 3AAPA 2Q0RA 2QWNA 5EY4A 5TKYA 2P9PB 4PL8A 3GBTA 2E2QA 2V7YA 3DXMB 4Y0WA 4H0VB 1BWFO 4B1VA 4BR7A 3JXUA 5I9EB 5FPMA 4JN4A 3A5OC 2W41A 3UB5A 3WEEA 4AM7A 3O6WA 4RTFD 2FSNA 3VEVA 1Z6RA 1MA9B 1V4SA 3ULEB 3CJBA 3ZX0A 1JCFA 1NGEA 2P9SB 5AR0A 2CGJA 1BDGA 2ZF5O 4RWTA 2Q1NA 2P9LB 4H0PA 1E4FT 5EOYA 3UKRB 4H0YB 2VYPA 2GWKA 4FOEA 4CZKA 2YHXA 3ENHA 4PKHA 4CD3A 3ENOA 3VEZA 3MN5A 1NGGA 3A5MC 5BR9A 1NBWA 2FXUA 5KQ8A 4BG9A 5AQYA 5EX5A 1LCUA 2NRHA 3BP8A 1HKCA 4FWQA 1G99A 4BQZA 2P9NB 4FWMA 1Y64A 4DHYA 4BRAA 3LDLA 5AQJA 4XH4A 4JAXA 3ZX2A 2QXLA 1X9JA 5FPEA 1ZBSA 3FGUA 5AQLA 4BVOA 3O08A 3M1FA 5EVZA 4WQ5C 1JCEA 3QFUA 3J8AA 4FWOA 2D1KA 2E2PA 4FSVA 1SQKA 2HOEA 3DXMA 4GNIA 4O5FA 1OKJA 4CZLA 2W40A 1DGKN 4DB3A 1NLVA 2YI1A 2E88A 2QWPA 3EKUA 4FWPA 5AQNA 4CZJA 3H1VX 2I7NA 2I7PA 4JHDA 1ATRA 4LC9B 2H3GX 4ISEA 4K25A 1E4GT 2HF3A 1GLBG 3VETA 2NZTA 1SZ2A 1C0GA 3WQUA 5BREA 3KZBA 5ADXA 3LM9A 3LL3A 1HJOA 3W0LA 1MWKA 5BRDA 3P4IA 5KPZA 5AQSA 3CI5A 3WUHA 4B1YB 3O5BA 3S41A 3VERA 1QQOA 3VPZA 2PBDA 1C0FA 4B9QA 4IWVA 2AA4A 2E2OA 3KHYA 3D2FA 4BC4A 2ZGYA 4FWRA 4K41A 2D0OA 1U2VB 3EZWA 3C7NA 3BUZB 4IJNA 4BC3A 4CZMA 3MN7A 4B1UB 4H0TB 5AQUA 1NM1A 2BUPA 4WQ4A 5FPNA 1TUUA 2QWRA 1TUYA 4GY2B 5E26A 3HM8A 3UKUA 1DKGD 3WXLA 3O8MA 1NGFA 3FZMA 3R9PA 2CGLA 4IO8A 4FWSA 1JCGA 2QWMA 3IFRA 4H5WA 4A61A 1MDUB 4JNEA 4L3QA 1XQSC 1RFQA 2E20A 2D4WA 4I6MA 3VENA 1QQMA 3C0BA 4FO0A 1Z05A 2WUSA 3B8AX 3O1WA 4BRIA 3CJCA 3TPQA 3BF1A 1KXPA 4MLEA 1S3XA 3HSCA 5JLFA 4FWNA 5ADXH 1NGJA 2CGKA 1MWMA 2YJEA 4MLHA 4B1WB 3EL2A 3HI0A 3M6GA 1X3MA 5AQTA 5LJWA 4CZHA 4EAHD 5F0XA 1RDWX 3CJ9A 3QBXA 3ZEUB 4CZIA 1V4TA 3O4WA 3VGKA 3QB0A 4H0OA 2YCHA 5BPMA 4F9OA 1NGDA 3GL1A 4QS8A 4BRQA 3H45C 3CJAA 3QMLA 3LDPA 4BRNA 3ULEA 2V51B 4C23A 3FFKB 3AAQA 5AQPA 4HWIA 5FPDA 3HZ6A 3BEXA 4PL7A 3D2FB 4YDUA 2GEMA 3UKUB 4BR5A 3GOIA 4DQ8A 1BU6O 2ASMA 1R59O 4EFHA 1K8KA 2FSJA 2Q36A 1QQNA 2FF6A 3OHRA 4B1XB 4CZGA 1EQYA 3LM2A 3H46O 3WQTA 4BRLA 3D2EA 1WOQA 2HMPA 4FWKA 3G25A 1KAZA 3MCPA 2V52B 2PAVA 1BUPA 4WQ4C 1HPMA 5AZJA 4BREA 1SAZA 3HTVA 3SMSA 2IIRA 5BPLA 3RSEB 1QHAA 2F9TA 5LY3A 4M7YA 4JD2A 3L4IA 3QBWA 1S22A 4JD2B 5KPTA 1HX1A 5B8HA 1KAXA 3D7EO 1X3NA 3VEWA 4H5VA 2J4RA 4BQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S5JA 3CQXA 4CJRA 4XJXA 4CF0A 2O8EA 1RTJA 1T44A 5FRMA 3SK3A 1TV6A 1D8YA 3FZKA 1IBLK 2ETJA 2A41A 2DFFA 4CF2A 4X62K 3PV8A 4CHPA 4CF8A 5GIPA 3LDNA 1VQNN 1IJJA 4CHYA 4GV3A 2V7ZA 4CZFA 1NGHA 3OJUA 1JJ2M 4ELTA 4B3OA 1NGBA 1X9MA 4BRGA 1NU0A 3CJ7A 4B1ZA 4BGAA 1W2BM 2CH6A 3CHWA 3IRXA 1O1WA 2HHQA 2ZJPL 2E5LK 3C6HA 2A3ZA 3O9UA 1REVA 3AGKA 3I56N 1QTMA 4B8AB 3KVGA 4H5RA 3DJCA 4J2BA 4IOXA 1Q18A 2VG5A 3U9ZA 4FW1A 3L2QA 1BA1A 3NF6A 1UWBA 4MO4A 1NKEA 3ZYYX 2GUPA 1P8ZA 4MDAA 3ZSXA 1NMDA 1SV5A 4CEQA 3BZKA 2FSKA 3IUCA 3R6MA 5AQKA 2EX3A 3CJ1A 4DMNA 3ISNC 4HUGA 2P9KA 2PYLA 1IG8A 1YXQA 4FPBA 5AQIA 5I3UA 2FBYA 4BDZA 1SL2A 3ZETA 4E1MA 1YVUA 5AQXA 1M1KO 1EKEA 1J5EK 4LFBK 4M7XA 1KSPA 5FROA 1RTIA 3BGRA 5IWAK 3AGRA 4NB4A 3THXA 3SV3A 4G9ZA 1S9GA 5HROA 4BR9A 4DCHA 2A42A 1YVNA 3VQBA 3M3ZA 1XMOK 1VSKA 3FE1A 1ZXOA 4NO7A 3VGLA 4KB0A 3DWLA 3U8XA 1RBUA 3VOVA 3I33A 3VA3A 1QZ6A 4E1JA 1XUPO 5AQQA 3V1OA 3DLLL 1TVRA 1YT3A 4NLCA 3H6EA 3A8YA 4IZ9A 3OS1A 4E7HA 3U9DA 2HBLA 4N47A 1KAYA 2NRTA 1XHZA 2XHBA 4M63C 4GKKK 4CEBA 4BWJA 1U04A 2X6SA 3CYGA 2NNWA 3PUFA 1RGIA 4QAGA 3TAEA 3EE8A 4C8KA 2RKIA 5AQWA 2LSNA 1D9FA 1YTUA 2A6AA 1H1VA 1NK4A 4KFBA 5BN9A 2Q0UA 2VWBA 3AA2A 4BDYA 3TSPA 3T1YK 4EHTA 3ZETB 1OVYA 1TL1A 3CCVN 4W5OA 2HSTA 1NGCA 4RCHA 4EZ6A 1ZYQA 3QO9A 3A5LC 3M8QA 4BRKA 2OTLN 4BR0A 3PX6A 3KLHA 3G71N 1HLUA 3AVAA 5AFUH 4FPAA 1KC8O 4AHCA 4CF1A 1WSJA 3SQ2A 3KK7A 3NGZA 3VESA 2P1JA 3VQ7A 1BG3A 3OS0A 2OANA 3W3DA 2G8IA 3MDQA 3O1BA 2E1YA 1X9WA 4DTNA 3DXKA 3J80O 3L2RA 3TI0A 4F3TA 4KI4A 3UIQA 4Q5VA 3THVA 3CMEN 5AQHA 1QZ5A 1SL1A 4O4GA 3HOTA 3E66A 3RMBA 1J53A 2HF4A 3SBGA 1C6VA 2NLXA 4DR2K 4ID5A 1RBRA 1RDBA 1HKGA 5J1EA 3O9RA 4DF4A 2E2NA 4JI3K 3GDQA 3CCRN 3QNNA 3NDKA 1ATNA 3V1RA 4N41A 3QFPA 3R1XA 4YNQA 3AA3A 4YOYA 4FJLA 4DQIA 4CK3A 2YNIA 1K8AO 5EXWA 1RBTA 5C24A 4B9LA 2IVPA 1SL0A 1N33K 3VA0A 5C10A 3MMVA 2QW9A 1NK5A 4E19A 3RSEA 2YV0X 2Q2RA 3AAPA 3QESA 2P9PB 4O5BA 2V7YA 3KIOA 3SQ4A 4H0VB 1WSFA 1J54A 4DS4A 1X1PA 5FPMA 1WLJA 3L2WA 3WEEA 3O6WA 2FSNA 3HPOA 4CK1A 4DFKA 3MEEA 1JCFA 3SZ2A 1N36K 4CHZA 2HNYA 1N8RO 5AR0A 1A5VA 4RWTA 3KLFA 4TSXA 2G8WA 3G0ZA 4EP5A 2P9LB 2HBJA 4H0PA 4KTQA 3T19A 4H0YB 3M8SA 2E4LA 2GWKA 4FOEA 3DOLA 2R7YA 2YHXA 5HOOA 3ENOA 4FJ8A 3N4QA 3HL8A 1Z25A 5KQ8A 3AO5A 3SYZA 5EX5A 1HKCA 2KQ2A 3DLKA 2VWJA 1NOZA 1Y64A 4BRAA 5KTQA 4XH4A 3OBYA 3QEIA 5FPEA 3FGUA 5AQLA 4CECA 4IKFA 3M1FA 3VQ6A 2Y1IA 5EVZA 5JVGL 2F7TA 3NAEA 3NHGA 4F4KA 4R5PA 3PY8A 4U7BA 4CJKA 3G10A 3DXMA 4RW7A 1UOCA 2A1RA 1HNWK 3EKUA 5AQNA 1QSLA 3O9QA 4FM1A 2DFHA 3VETA 4ISEA 1JLGA 1E4GT 1VSIA 4K25A 5T7BA 3T1HK 4NXNK 3MX2A 1SZ2A 1C0GA 3LM9A 4B3TK 4CJVA 2JWKA 1L5UA 1K9MO 2Z1IA 1MWKA 5GAHP 1FW6A 3P4IA 1OH5A 4B1YB 3CI5A 4E1NA 3TAQA 4NXMK 4KKOA 1QQOA 2GBZA 1C0FA 3SUNA 5KGXA 1N34K 2AA4A 3KHYA 4WCEL 3MCAB 1BL3A 3BY5A 2IOCA 1TKDA 4CW7B 4CJ5A 5AQUA 4JI0K 1TK5A 5FPNA 1TUYA 1DLOA 1DKGD 3LP3A 3UKUA 1ZBIA 3O8MA 4F3OA 4MDBA 3FZMA 4IO8A 3SPZA 5CHIA 3VQCA 4L3QA 2W6KA 2D4WA 5J2NA 1HMVA 4LSNA 4W5RA 4FO0A 1NJYA 3K5MA 4M41A 3CJCA 1CXQA 3MWPA 3MWTA 1KXPA 1JLAA 3P83D 3TABA 3NF8A 2RN2A 4FWNA 3LWMA 4Q0BA 2HVHA 1GOBA 1MWMA 3I55N 3T69A 2NRZA 5HRNA 5LJWA 1TK0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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