2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
4BR9A 1GLLO 5JLFA 1NGIA 4H0OA 3VF6A 5CE3A 2D0OA 2VWBA 1YUWA 2CH6A 3KHYA 5KQ8A 2ASOA 5BPNA 4BR4A 2I7NA 3GL1A 3LM9A 3H1VX 1Z05A 2IIRA 4FPAA 2F9TA 3D2FB 3WEEA 3R6MA 1Z6RA 4BROA 5AQIA 4H0TB 1U2VA 3QMLA 5JMVA 3G25A 3ZX2A 4Y0WA 4QS9A 3WXLA 4BC5A 3CI5A 1KAXA 2GWKA 3DXMA 3GBTA 3VEWA 1DKGD 4RCHA 1JCGA 1QHAA 3ENHA 4ISFA 5BREA 2ZF5O 1E4FT 1NGJA 5AQYA 4CZGA 1K8KA 2W41A 2BUPA 3FR0A 4A61A 4IXCA 2IVNA 2Q31A 2ITMA 4DQ8A 2FSJA 4BRHA 3O80A 4FWSA 5E26A 2HF4A 5EXWA 2GUPA 4B1XB 2A42A 3CJBA 1KAZA 4BQLA 1DGKN 1SZ2A 2GEMA 3VEVA 3ATUA 2IVPA 4JD2A 2A40A 4BRQA 4NO7A 4EIAA 1V4TA 2BTFA 1TUYA 2P9NB 2V52B 4O5FA 5AZIA 4BGAA 4BC4A 2P9UB 2PBDA 3U9DA 4CZMA 4NB4A 3FFKB 1GLFO 3WXIA 5BRFA 3H45C 3MN7A 1RDWX 5AQSA 5KQDA 2ZGYA 4M63C 3UE5A 5AQHA 1YAGA 2VCPA 1GLEG 5E84A 5AR0A 4BRKA 4BVPA 4M7YA 1QQMA 5AQVA 4FSVA 1ATSA 5AZJA 2QWOA 3ZX0A 5LJVA 3O1WA 4A2AA 3O4WA 2FF3B 1T6CA 5BN8A 4H5NA 3H46O 1HUXA 2F9WA 4PL8A 3EZWA 3ULEA 3VEOA 4B9QA 5LY3A 3CQYA 3WT0A 2Q1NA 1TYQB 3C0BA 3ZETA 4BRNA 3SMSA 4FWQA 1WOQA 1YXQA 2CGKA 2E2QA 5AFUH 3HI0A 5AQNA 4CD3A 4FWLA 3UKRA 2YHYA 4C23A 2V7YA 2QWMA 1P8ZA 3RSEB 2QWNA 3VOVA 4BQZA 3VGMA 3VEXA 4LC9B 2NRHA 4GNIA 2YJEA 4H0YB 2NLXA 3HM8A 4EFHA 1HPMA 2V51B 2FXUA 3LDQA 5AQRA 4A2BA 1TUUA 5JICA 3A8YA 2P9PB 1SAZA 1NGBA 4BR2A 1DEJA 1BA0A 3D2EB 4JAXA 3AARA 2GELA 4BR5A 1RFQA 3QB0A 2ZGZA 1K8KB 3QICA 5BRDA 1MA9B 2GWJA 1XQSC 1NM1A 2NZTA 4K43A 4MLEA 3I8BA 1NGHA 4B1YB 3O6WA 4GY2B 4HTLA 3SK3A 4CBWA 4K42A 4FWRA 3UB5A 4BRFA 3WUHA 4CZIA 5FPEA 3JS6A 3LDNA 4BRCA 2A5XA 3UKUB 1CZAN 4FOEA 3I33A 3WQTA 2P9LA 4EAHD 2E8AA 4BRGA 1BU6O 2FSKA 4PKGA 2P9IA 1NGDA 4FPBA 1QQOA 3CJCA 3CJ7A 3A0IX 3LL3A 4AM7A 3MK6A 3ATVA 1X3NA 3LDLA 2HMPA 1JCFA 3EKSA 5EY4A 3U4LA 3QFPA 2A6AA 3TU5A 3CIPA 3H3OB 4FOIA 2DPNA 3QBWA 5AZJB 3R9PA 3VERA 1S22A 2WUSA 5AQZA 4CZLA 1JCEA 3A5NC 1V4SA 1ZBSA 5AQUA 4KBOA 3MCPA 2HF3A 3MDQA 3IFRA 3DXKA 5B8HA 1R59O 2AP1A 5ADXA 3A5LC 4I6MB 3O8MA 2P9SB 3M6GA 2Q97A 2D1KA 4E1JA 2VYPA 2J4RA 3BEXA 4BRDA 3FZFA 4BGBA 3SLCA 2A3ZA 4B1VA 2P9KA 3C7NA 1LOTB 4CD1A 5TKYA 3CETA 1GLAG 3FZLA 4BRPA 5KPZA 4IO8A 4O8KA 2YHXA 3IUCA 2ZWHA 2AA4A 1WUAA 3CHWA 2E2PA 4JHDB 4DCHA 3A5MC 3VETA 4B1ZA 3IDHA 1NGCA 5AQMA 2QWLA 1NGFA 3IMXA 3ZEUB 3BP8A 3FZHA 4WYBA 5AQJA 3R8EA 4B1WB 4IJNA 3L4IA 5F0XA 3U8XA 3P4IA 2FSNA 1LCUA 3KVGA 3DAWA 1T6DA 1KAYA 1MWKA 1BDGA 5FPDA 4JNEA 3A5OC 3LDPA 3CJ1A 4FWMA 2E2NA 1D4XA 5ELZA 3KZBA 3CERA 3O5BA 3DJCA 3WEEB 1U2VB 3QBXA 4H5VA 4BR0A 2E20A 2QWQA 3ID8A 1MDUB 4PKHA 5AQQA 3DXMB 4MLHA 4HWIA 3HZ6A 1U6ZA 4ISGA 3W0LA 4MO5A 2YI1A 4FWNA 3QFUA 1C0GA 2P9NA 4F9OA 2P9UA 2FF6A 3GE1A 5F2RA 3SMPA 1GLJO 3WXJA 3HBTA 3GDQA 1T44A 4DHYA 4CZFA 1RGIA 1XC3A 3MN5A 3O1BA 2QXLA 3J8AA 5LJWA 4MO4A 4JD2B 3AY9A 2IVOA 4CZEA 5BPMA 5AZIB 3B8AX 1ATRA 1GLBG 3VEYA 5BRHA 1NGEA 3AAPA 3L0QA 3VESA 3MMVA 1BG3A 1E4GT 5AQGA 1GLCG 2EWSA 2Q0UA 3GG4A 1BUPA 4FO0A 2YHWA 3OHRA 1TYQA 4BVOA 4H5RA 3TPQA 2GTDA 2YJFA 3LM2A 4BG8A 4XH1A 5F1XA 2Q0RA 3VEZA 2CH5A 4FWPA 4WQ4A 5AQLA 3RSEA 1IG8A 3CJ9A 2E88A 2I7PA 3HSCA 4QS7A 4A62A 5BN9A 4BC2A 4BRAA 5FPMA 2ASMA 3ULEB 3CQXA 2Q2RA 4BR7A 2OANA 3HTVA 5ADXH 2H3GX 4CZKA 1EQYA 2FLOA 2D0PA 2Q36A 2QWRA 4PKIA 3ZETB 4BG9A 4CJ7A 2HOEA 2P9PA 3UKRB 4BRIA 4WQ5A 5EOYA 1XUPO 1YVNA 4YDUC 2D4WA 1ESVA 2QM1A 1HX1A 3D2EA 4Z94A 1C0FA 5EX5A 4CBXA 1HKBA 4AM6A 1BOTO 3EL2A 3EN9A 4H0XB 4FL9A 3VENA 3BUZB 3FE1A 1HLUA 2E1YA 5BR9A 3MN6A 3QDKA 3VGLA 3F9MA 3FLCO 4CI6A 3BF3A 3UKUA 3ENOA 1OKJA 3CJAA 4FWOA 3FZKA 1GLDG 4XEIA 1G99A 3BF1A 1H1VA 5FPNA 1NMDA 4XH5A 5AQXA 4BC3A 5AQOA 2V7ZA 3D2FA 5AQWA 1HKCA 1IJJA 3JXUA 2E2OA 1QZ5A 1KXPA 3WXKA 3DWLA 2P9LB 4K41A 1QQNA 3VPZA 4IJAA 4IZ9A 3H1QA 2YCHA 2P9IB 1NGGA 1NLVA 4K25A 2KHOA 1QZ6A 4EHUA 1ZXOA 3L6QA 2QWPA 4EHTA 4YDUA 1BO5O 2A41A 4RTFD 4CZHA 1BWFO 3O08A 3EO3A 3VF4A 3M3ZA 4IWVA 4ISEA 3VF2A 3U9ZA 2CGJA 4WQ4C 4M7XA 3VGKA 1ZC6A 4I6MA 1NGAA 2E1ZA 2P9SA 5AQTA 5AFUA 3SJHA 4H0VB 5I9EB 5AQFA 5KPRA 4H5TA 4JN4A 4QS8A 4L3QA 5AQPA 3H3NO 5BPLA 5AQKA 3FZMA 3M1FA 3D7EO 2CGLA 5JLHA 2W40A 3WQUA 1ATNA 2QW9A 4WQ5C 3GOIA 3H6EA 2PAVA 3EKUA 3DXKB 1J6ZA 4BRMA 1MWMA 4DB3A 3MN9A 4BREA 1HJOA 1HKGA 4XH4A 3AAQA 3FGUA 3LDOA 4CZJA 1X9JA 4H03B 1BA1A 2ASPA 4JHDA 5KPTA 4H0PA 4RWTA 4PL7A 3ZX3A 4CBUA 4J8FA 1X3MA 2P9KB 3C7NB 1Q18A 4FWKA 1S3XA 2UYTA 3ZEUA 1Y64A 4H5WA 3S41A 5EVZA 1NBWA 1NWKA 1SQKA 4B1UB 3W3DA 4BRLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0OA 3VF6A 5HRNA 1M90O 4CF9A 2D0OA 1YUWA 5FLXO 2W6LA 4CIFA 2JWKA 4BR4A 3KK3A 1TGOA 4H8KA 1LWCA 4FPAA 3WEEA 3R6MA 1Z6RA 4BROA 5JMVA 3DMJA 1HYSA 3G25A 4Y0WA 4DTMA 1VQON 5C15A 4DTPA 4DR3K 3P5JA 2GWKA 1WBBA 4X65K 3GBTA 3ALYA 4ID1A 2ZJQL 1JCGA 3DLEA 3ENHA 4ISFA 1BHLA 5BREA 1YJ9N 1E4FT 3O3GA 2QA4N 4FXDA 5TKWA 2BUPA 4JI3K 3HL8A 3ISNC 4DQIA 4B9MA 3M8QA 4B1XB 1SS6A 1YJNN 4W5RA 2NRWA 3ATUA 4NO7A 3ZLJA 4YOVA 2BTFA 2V52B 4ID5A 3K2PA 2P9UB 3CMAN 3AVKA 4NB4A 3Q7BA 3H45C 1EXQA 5AQSA 4ELVA 1IH7A 5KQDA 2ZGYA 4FJNA 4HUEA 4X64K 5HBMA 1GLEG 4KV8A 1UA0A 1QQMA 4O5BA 5KTQA 2OPRA 3LP0A 3VQPA 2FF3B 1T6CA 4PA1A 1WSFA 2F9WA 4PL8A 3EZWA 5HRRA 5LY3A 5K14A 3ZETA 2KLAA 3THXA 4M3WA 1RT2A 2CGKA 2NNWA 2E2QA 2QEXN 3HI0A 2P5OA 3S5TA 5CY4A 2YHYA 4C23A 2V7YA 2FBXA 1L5UA 1U45A 1P8ZA 4C8LA 1OVQA 1W0HA 3VGMA 4GNIA 2G8KA 4H0YB 4EFHA 3HM8A 1HPMA 4JI4K 4C8OA 4CERA 3CCQN 2KKZA 3THWA 2FXUA 1MU2A 4A2BA 4YOWA 1TUUA 3HOSA 4A5BA 4B3SK 2W42A 3AO5A 4CJLA 4CK2A 4DSIA 3D2EB 1L3VA 2O8EB 4CHPA 3AARA 3S3MA 3F9KA 3VQ8A 5BRDA 5M1NA 1NM1A 2HHSA 2E4LA 3DM2A 3I8BA 4CJUA 4KHPK 4FM1A 4DSJA 3CCVN 3UB5A 3WUHA 3TAMA 3JS6A 4BRCA 1BL3A 2Z1JA 3UKUB 4CFCA 4EAHD 2WC9A 3G10A 1EWRA 2QTDA 1QQOA 3CJCA 3ZYYX 2WBNA 3A0IX 1DT9A 3MK6A 4CEEA 1X3NA 1ZYQA 1A5XA 4CCHA 3VQ7A 3CC7N 1VQ5N 5IWAK 3CIPA 1S9EA 3VERA 2DFFA 3QBWA 4E0DA 2WUSA 1ILYA 3NGYA 1D5AA 2HBLA 1J53A 2D5RA 1JLCA 5JS1A 1ZBLA 4KTWA 3NH2A 3MAQA 3VQCA 3ZCMA 2O8CB 2X6NA 2X78A 3M6GA 1QVGM 4EZ6A 2W6KA 4C1NK 1JL1A 3E66A 3T69A 3PV8A 3P38A 1YT3A 4B1VA 2IGIA 1LOTB 1ITGA 1C0UA 2QKBA 1EETA 3CETA 4XJXA 4LY7A 4IO8A 1VQNN 4JV5K 2VG6A 3AO1A 5CZ2A 3AVAA 2YHXA 1KRPA 2ZWHA 3DLKA 4LF8K 4EP5A 3CHWA 1NKEA 1C1BA 4DCHA 1CZ9A 3VETA 3IDHA 4JK7A 4HCCA 2QWLA 3L3VA 1JL2A 3PIOL 4R5PA 5JENA 1NGFA 3AVFA 4JKDA 5M1PA 1TKDA 1HNVA 1YTUA 4B1WB 3FFIA 1LCUA 1UOCA 3VN5A 4DQSA 2Z1IA 1VQ8N 1CXUA 1JLGA 3CJ1A 2E2NA 1TAQA 3CM5A 1VQLN 1WSJA 2RN2A 1KFSA 4HVJA 4BR0A 1UWBA 4YHHK 4E7JA 4B8CA 4PKHA 2P1JA 2IOCA 2HHIA 4HWIA 4FCYA 3HZ6A 3K57A 1WSGA 3VQDA 4DLEA 4E7HA 3GE1A 4DHYA 3EEQA 4CZFA 3KKRA 2GX9A 3O1BA 2KZZA 3KJVA 4CGGA 4NCGA 3OYIA 4QAGA 3WNGA 3HT3A 4E72A 3OYKA 1TL3A 1ATRA 3SBTA 1BI4A 1GLBG 3VEYA 5GAGP 1SV5A 2Q0UA 4CFAA 4FO0A 1TYQA 4H5RA 1JLEA 1SL2A 3TAFA 5HOOA 1WSEA 2ZD1A 3L3UA 4JKGB 3D45A 3V9SA 2KFNA 2Q0RA 1KLNA 1X9MA 4IEEA 4JS5A 1IG8A 4A62A 3OS2A 1XWLA 3NHGA 1N36K 3SUQA 3T1HK 5ADXH 4DLGA 2FLOA 1YI2N 2F8TA 4FJ5A 4CHZA 1Q8IA 2P9PA 2OZSA 2QK9A 3OYMA 1RT7A 1TKZA 3C6TA 1YVNA 3DOKA 1RBTA 2BGGA 2D4WA 3KLEA 4Z94A 4NLCA 5T7BA 5EX5A 1RDAA 2PY5A 1KTQA 1BOTO 1WSHA 4N76A 1FXXA 4FL9A 3JYTA 4PUOA 4I9QA 4JK8A 2G8FA 1LW2A 2E1YA 1T8EA 1NJIO 1NKBA 4CI6A 3BF3A 3SV4A 3CJAA 4XEIA 3V9XA 1IO2A 3BF1A 4DR7K 5MLCQ 5IT9O 5AQXA 1U04A 4BC3A 4I9LA 5AQOA 4CIGA 3V9ZA 3V4IA 4FYDA 2IAJA 3U6FA 3OYAA 3TARA 3DRPA 4GV6A 3NF9A 4B08A 1KXPA 3ZT0A 3DWLA 2P9LB 4K41A 1C1CA 3LALA 3QNNA 4IJAA 4IZ9A 3TSUA 2P9IB 4CJPA 4JKCA 2KHOA 3CCRN 4ZHRA 1Z26A 1ZXOA 3VA3A 5CYMA 4E19A 4J2DA 1VSMA 3O08A 3VF4A 1N34K 3U9ZA 4FZXC 3OJSA 4YOTA 3T19A 3OA9A 2YNHA 4I6MA 1BCMA 5AQTA 3NH0A 5I9EB 5KPRA 3VA0A 3CQ8A 4E7LA 2HBKA 4CGFA 4IO9L 3H3NO 4AHUA 1LWEA 4CIEA 2QW9A 2ETJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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