4GY2B

Crystal structure of apo-ia-actin complex
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Arginine ADP-ribosylation mechanism based on structural snapshots of iota-toxin and actin complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Iota toxin component Ia
molecule tags Toxin/structural protein
source organism Clostridium perfringens
total genus 115
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gy2B03
3OHRA 4H5RA 2OANA 5BREA 2E2PA 2P9KB 3JS6A 5AR0A 2P9LA 5BN8A 4CJ7A 3H45C 3U9DA 4EFHA 4KBOA 1WOQA 3MCPA 3M3ZA 5EX5A 3VERA 4BRIA 2QWMA 4BRQA 4BRHA 3QMLA 4BVPA 3HSCA 3O08A 3ZX2A 4FWNA 1NMDA 3L6QA 4IZ9A 2FLOA 3DXKA 5AZIB 2QWQA 3BUZB 3O80A 4BR4A 3A0IX 5JICA 4IXCA 5AQIA 1NGDA 1C0GA 3O1WA 3P4IA 4A2BA 2D1KA 3O4WA 3R8EA 3MN6A 2VYPA 5EOYA 5ELZA 4M63C 3ATVA 2VWBA 3H3OB 3IFRA 5AQMA 1Z05A 2NRHA 3ZEUA 1U2VB 2A5XA 4JHDA 2P9UA 4MO5A 2FF6A 4QS8A 1V4TA 4BG8A 4CZLA 4EIAA 2FF3B 3FFKB 3GOIA 2W41A 3VENA 5AQJA 5EVZA 3FR0A 3HI0A 4FL9A 3QBXA 2V7ZA 4PL8A 3R9PA 1JCEA 5AZJB 1NGFA 1NGGA 2Q31A 3A5MC 3DXMA 3W3DA 4BRKA 2IIRA 3VEWA 4XEIA 4Z94A 3CIPA 1GLDG 1DEJA 2P9KA 4RCHA 4FWMA 5LY3A 2E2OA 4FWPA 5JLHA 2Q97A 2I7PA 2ZGZA 1DKGD 2E20A 4PL7A 5FPEA 1GLBG 3LDOA 4BQLA 4BREA 2YJFA 1YUWA 2NLXA 4FWKA 4IWVA 4EHUA 2VCPA 5AQZA 4CZMA 1JCFA 1NLVA 4BRNA 5AZIA 2YI1A 5AQFA 5F1XA 3EL2A 3WT0A 4BRAA 4CBUA 4FOEA 4FWQA 2E1ZA 2QWNA 3UE5A 4AM6A 1KAZA 1RGIA 2E2NA 3MN7A 3WQUA 3CJCA 1SQKA 2CH6A 1QZ6A 1U2VA 2Q2RA 3D2EA 4NB4A 5B8HA 3HM8A 5KPRA 4FO0A 4WYBA 4DQ8A 2D0OA 4BQZA 3FGUA 1GLEG 1QQOA 3VESA 4EHTA 3GG4A 3CQXA 5AQRA 3GBTA 5AQSA 5BR9A 3HBTA 4BRGA 2E2QA 3ZX3A 2V7YA 4BC4A 4BR5A 5AZJA 4BRFA 1ZC6A 2P9PA 2PBDA 5AQVA 3VETA 2CGJA 4MLEA 3LDQA 1GLFO 3L4IA 3QB0A 5AQTA 4K43A 3DJCA 1ATSA 1NWKA 2QWOA 3RSEB 3VEXA 1BU6O 2DPNA 5EY4A 3U8XA 3LDPA 4Y0WA 1HPMA 5AQQA 3WUHA 1XC3A 3ZETA 3ENOA 4I6MB 4HTLA 3EKUA 3GE1A 3ULEA 1TYQB 2P9IB 5AQHA 3M6GA 1SAZA 4DHYA 1R59O 1ATRA 3UKUB 4CZJA 4H03B 4J8FA 4FWLA 3SMPA 2FXUA 2ZF5O 5AQUA 2GWJA 1YVNA 3FZFA 3WXJA 3MN5A 4H5VA 2P9SB 1HKCA 2Q0UA 1BA0A 4M7XA 3WXIA 3MMVA 5I9EB 4B1XB 3UKRB 4JNEA 1NGEA 2YHXA 1NGHA 2AA4A 5KPZA 1C0FA 1J6ZA 4H0YB 3H1VX 2GELA 3U4LA 5FPMA 3SK3A 3MN9A 3H1QA 4JD2B 4BRLA 2AP1A 2E1YA 2F9WA 3C7NA 3VPZA 2P9NA 4H0PA 4YDUC 1T44A 3VEYA 1NM1A 1MA9B 3SMSA 1MWKA 2Q36A 4B1YB 3BP8A 2GTDA 4JAXA 1GLAG 5AQXA 4XH4A 2CH5A 3HTVA 2EWSA 5AQNA 3CJBA 5KQ8A 1NGBA 3ENHA 4HWIA 4BGBA 3ID8A 2KHOA 1P8ZA 2IVPA 2A42A 3WEEB 2HF4A 4PKGA 3B8AX 1TUUA 4I6MA 1XQSC 1TYQA 2P9IA 4H5NA 4ISGA 5F2RA 4AM7A 3CJ9A 4LC9B 4FWRA 3UKUA 3QDKA 4FPBA 1SZ2A 3LL3A 4O5FA 4K41A 3S41A 4QS9A 4H0TB 2IVOA 2CGLA 1BDGA 3DWLA 3WXLA 4A61A 2FSJA 4ISEA 2GEMA 2P9SA 5FPDA 3TPQA 5BRDA 4B9QA 3ZX0A 1HJOA 4XH5A 3UKRA 4WQ4A 4K42A 3VGMA 4B1UB 4CZHA 4CZEA 2QWRA 3R6MA 3CI5A 1NGCA 1NBWA 3EZWA 3FZMA 3C0BA 2J4RA 2QXLA 1EQYA 2D0PA 3EKSA 2V52B 5BPNA 5AQGA 3VF6A 3WQTA 5CE3A 4BRDA 2PAVA 2P9LB 2V51B 5AFUA 4NO7A 1BG3A 4WQ4C 1Z6RA 1WUAA 1GLLO 1S3XA 2ASMA 4PKIA 4A62A 4IJNA 1CZAN 1QHAA 1HKBA 3A5OC 3JXUA 1Y64A 3FZLA 1Q18A 4PKHA 2CGKA 1TUYA 4GNIA 4BRCA 4DCHA 3LM2A 3LDNA 3WEEA 3MK6A 5AQWA 4BC3A 3DAWA 2ASPA 4IO8A 2F9TA 4BRPA 3KHYA 3D2FB 1S22A 1ZXOA 5AQYA 3O8MA 3VEZA 3CJ1A 3UB5A 1YAGA 2A41A 3EN9A 4B1WB 1BWFO 4MLHA 4H0OA 3SJHA 1K8KB 5JLFA 1OKJA 4GY2B 3W0LA 2P9UB 2YHWA 1NGIA 1QQMA 4BR0A 3J8AA 5AFUH 1ATNA 4YDUA 3CHWA 1T6DA 3CJAA 1D4XA 4CZFA 2IVNA 2I7NA 3O5BA 3A8YA 2YJEA 4MO4A 4BC2A 1NGAA 2Q1NA 4CBWA 4QS7A 3VOVA 1KXPA 3AARA 4FWSA 2NZTA 4EAHD 1HKGA 3QBWA 3FZKA 1IG8A 1X9JA 3CQYA 4O8KA 3AAQA 4M7YA 5BRFA 3BF1A 4H5TA 4FWOA 4K25A 3EO3A 5EXWA 1BUPA 3IUCA 3HZ6A 1E4GT 3TU5A 1KAXA 2ITMA 2GUPA 4BRMA 4FPAA 2QW9A 4ISFA 3QFUA 3FZHA 3CETA 1LCUA 5AQOA 4CZIA 3WXKA 3KZBA 4BR7A 3A5LC 4BR2A 5ADXA 5E84A 3D2FA 3QICA 1LOTB 3RSEA 2QWLA 1T6CA 4CZKA 5BRHA 4B1VA 2YCHA 1V4SA 1BOTO 4BC5A 3CJ7A 3U9ZA 5TKYA 3H3NO 1XUPO 2WUSA 3A5NC 3D2EB 1K8KA 3I8BA 2GWKA 2HMPA 3AAPA 4F9OA 5KQDA 1GLJO 3F9MA 5E26A 1H1VA 2QWPA 1MDUB 3G25A 3H6EA 4DB3A 3QFPA 3AY9A 5KPTA 4BROA 1ZBSA 3BEXA 4BR9A 3VGLA 1GLCG 3FLCO 1HLUA 1RFQA 3CERA 2P9PB 4WQ5A 3FE1A 2A6AA 4IJAA 4XH1A 4C23A 2D4WA 5LJVA 1X3MA 5BPLA 3O1BA 3ATUA 4B1ZA 2HOEA 1RDWX 2BUPA 5ADXH 4JN4A 1BA1A 5BN9A 3GL1A 1G99A 2YHYA 3SLCA 4JD2A 4BGAA 4FOIA 4H0XB 1DGKN 5LJWA 3IMXA 4CI6A 3ZETB 4E1JA 3GDQA 2BTFA 2W40A 3LDLA 3VF2A 3ULEB 2QM1A 3M1FA 5BPMA 1KAYA 3I33A 3D7EO 3LM9A 4BG9A 3BF3A 2HF3A 1U6ZA 2ZGYA 2H3GX 5AQKA 2UYTA 4WQ5C 3O6WA 1HUXA 1QZ5A 1YXQA 2E88A 2A40A 2FSNA 3VEOA 1E4FT 3VEVA 3VGKA 3DXKB 2A3ZA 3IDHA 1NGJA 1IJJA 5FPNA 4H5WA 1JCGA 2E8AA 5AQPA 4A2AA 1MWMA 4CBXA 2ZWHA 3H46O 5AQLA 3C7NB 2P9NB 4CD3A 3ZEUB 2FSKA 2Q0RA 4H0VB 3VF4A 4L3QA 2ASOA 4JHDB 4CZGA 4CD1A 4FSVA 5F0XA 1QQNA 5JMVA 4RTFD 1X3NA 4RWTA 3L0QA 4BVOA 1HX1A 1ESVA 1BO5O 3DXMB 3MDQA 3KVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C2FA 5BREA 2OANA 3I55N 2JLEA 4W5OA 4CJ7A 3DOLA 3AO4A 3H45C 3U9DA 4KI6A 4KBOA 1WOQA 3MCPA 1U45A 3ZT3A 3NCIA 1NOZA 5HROA 3L6QA 2W00A 4O8UA 1K8AO 2FLOA 3DXKA 2QWQA 4FZXC 4KPYA 3VTIA 3DOKA 4IXCA 1RT7A 3P4IA 4FJGA 3O4WA 3K57A 3D0PA 4M3UA 5EOYA 1EXQA 4M63C 1TK8A 2VWBA 3T7ZA 1HNVA 1LW0A 3CFOA 5JENA 4MO5A 2FF6A 4KAZA 1U48A 1LV5A 2VGNA 4CZLA 1UAXA 2FF3B 4DS5A 3GOIA 4I7FA 4FL9A 3T3FA 1FK9A 1JCEA 5AZJB 4JI1K 3DXMA 2A1RA 3HYFA 4FM2A 1DEJA 2P9KA 3QLHA 1NK8A 5CYMA 3NGYA 1VSMA 4FK0A 1NJWA 4KH5A 2I7PA 1WNSA 2ZGZA 3G10A 1ZBUA 3S3MA 4JI7K 2P5OA 1QVGM 4FK4A 4M45A 3J81O 3CCRN 5FPEA 3KK2A 1YUWA 5C12A 4OPHA 4DSIA 4YOUA 1JCFA 1NLVA 4B3MK 2G8WA 2IAJA 3O9SA 2YI1A 5AQFA 3IG1A 4BRAA 4CBUA 4OPAA 3MWTA 1OH8A 2QWNA 3BGRA 3MN7A 1JLGA 2ITGA 3VQ6A 4CJTA 1KQSM 1YVUA 3CJCA 1QZ6A 1U2VA 3OY9A 3HK2A 1A5WA 3MEDA 4FO0A 4V19S 2D0OA 4BQZA 1TKTA 4IFEA 1SS6A 5BR9A 2HNZA 3KK7A 4BR5A 4E0DA 1RDUA 3DLGA 4MLEA 4EP5A 4W5QA 3LAKA 1GLFO 4B3TK 4K43A 5CHIA 2UUBK 1T03A 3AGRA 3KLFA 2NRXA 3RSEB 2E5LK 1YJ9N 4RW7A 5AQQA 3WUHA 2ATQA 4CJSA 3DRRA 5HRRA 3WNFA 3ENOA 4NXMK 2UUAK 2UUCK 5HLFA 3EKUA 3ULEA 4IDKA 4OPKA 5K14A 1SL2A 3M6GA 4IDHA 4H03B 4J8FA 1VSKA 3TSUA 1RT3A 2GWJA 1YVNA 3NE6A 4DV4K 1X9SA 2DFHA 2Q0UA 4B9NA 4WF9L 5I9EB 1NK0A 1BI4B 3UKRB 4JNEA 4OKKA 3OYIA 3SCXA 2ZQBA 2ZE2A 2YNGA 1FXXA 4H0YB 2GELA 4E7HA 2B5JA 2FBTA 4CEDA 4LFAK 3MAQA 2HMIA 2AP1A 2E1YA 3U3YA 4AILC 1T44A 3LP0A 4IEEA 3VEYA 1NM1A 3SQ1A 2ZJRL 1MA9B 4B1YB 4CCHA 2GTDA 1D8YA 4XH4A 1C1CA 2CH5A 4DR5K 2EWSA 3WXMB 1SKWA 1N33K 3EE8A 5FDLA 5KQ8A 4FJMA 2QKBA 2A42A 3AVGA 4DUZK 1YTUA 1TUUA 3E01A 1DTQA 3MWPA 1U47A 4FPBA 3ID6A 4CEEA 4O5FA 3SUQA 4A61A 2VWKA 3WXLA 2ZD1A 5FPDA 2HVIA 2P5GA 5GIPA 4NCAA 1NJYA 4ID5A 3CC4N 3TAEA 5T7BA 2OA8A 3ISNC 4YOXA 2QWRA 1ILYA 3THYB 3CI5A 4J2DA 4YFUA 1RDCA 2J4RA 2A1SA 4JKGB 4JRQA 2V52B 5BPNA 3AVLA 4HVJA 4GV9A 4JI5K 2P9LB 3CG7A 2B6AA 1YTAA 4IG0A 4WQ4C 3OBWA 2ASMA 4DFMA 4GKJK 4DR7K 4A62A 2YNHA 5EU7A 3LWLA 4HCCA 3JXUA 4FZZA 4BRCA 5FROA 4GNIA 3THXB 2RPIA 4BC3A 3WEEA 1WAFA 3C6UA 1FKPA 1VQ7N 2YX6A 3PV8A 4DU4A 4BDZA 4BRPA 3RMBA 4AHCA 5AQYA 3O8MA 3N4PA 3ENBA 3I0SA 4Z4GA 3HSTB 4IFVA 4RG8A 1RTHA 3S9HA 3O9UA 1LW2A 4U7BA 1I39A 3W0LA 4KHUA 4JI0K 3KLIA 3J8AA 4FYDA 3HRGA 3VQPA 4N5SA 2IVNA 5JVGL 4HCBA 3MEEA 2YKMA 2HHWA 3PSIA 1WB9A 3V9ZA 1IG9A 2Z1IA 2XY8A 1SKRA 1IG8A 3LP1A 3QIOA 4KH4A 1KVCA 4C8MA 5LMUK 3J7AP 4CGIA 2X74A 4KH6A 3PO4A 5J1EA 3LALA 3BF1A 3L2WA 1UA0A 1BUPA 3VA3A 5GADP 3TU5A 4K8XA 1QTMA 3V9UA 3F5TA 2VWJA 2GUPA 4ISFA 3O4QA 3I56N 4DUYK 4DQSA 4CZIA 1C6VA 4Q0BA 3WXKA 2XY5A 3VTHA 3SQ2A 4E1NA 3A5LC 5ADXA 4CECA 1LAVA 3RSEA 3VQ9A 3SI6A 3L3VA 4CZKA 2E4LA 1V4SA 2HHUA 4OGCA 3U9ZA 4FW2A 1C1AA 3ZSVA 5C42A 1K8KA 4DV0K 2DFFA 2GWKA 4F9OA 1WBDA 4DWIA 4M3WA 3TAQA 4DV6K 3CD6N 1VQPN 2IGIA 3QNNA 1GLCG 3FLCO 3CERA 3KWGA 4FLXA 1T8EA 3FE1A 4IJAA 4KTZA 3AVBA 5LJVA 2OTLN 5BPLA 4HUGA 4XJXA 3VQAA 5ADXH 4R5PA 1G99A 2YHYA 4JKEA 4AHTA 2QA4N 4CI6A 4NYFA 4JKAA 1ZBFA 2BTFA 4CJQA 4FLTA 2QM1A 3M1FA 3AVCA 3D6RA 2B4JA 4FCYA 4JK8A 2ZGYA 3WNEA 2UYTA 3OYGA 4A5BA 2A40A 4E7KA 4QCLA 3VEOA 4CJVA 1X9WA 1RT5A 1J53A 3KD5E 3DXKB 2A3ZA 2OPRA 1JLAA 1IJJA 5FPNA 1N32K 4DQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NNE A;  4L8R B;  1X3M A;  4XIU A;  4DTJ A;  3PO5 A;  3ATU A;  4CF2 A;  2NRZ A;  1S5J A;  3OYD A;  1RDW X;  4JN4 A;  4LH4 A;  3SLC A;  2RE2 A;  3AVK A;  4FOI A;  3O3F A;  5LJW A;  1DGK N;  4E1J A;  1N36 K;  1Q9X A;  4BWJ A;  3VQC A;  3LDL A;  3ULE B;  4ILH A;  2ZJP L;  1YF5 L;  5BPM A;  3I33 A;  3D7E O;  4CEQ A;  2P1J A;  5AQK A;  4M41 A;  2EHG A;  2JWL A;  3CCE N;  4DQQ A;  1QZ5 A;  1YXQ A;  2E88 A;  1XNQ K;  3SUN A;  4O44 A;  4X66 K;  3ZSZ A;  3R3L A;  3CCJ N;  3NF7 A;  1TGO A;  3VGK A;  3AO5 A;  3CPW M;  1NGJ A;  3DRP A;  1N6Q A;  1JCG A;  3OTO K;  4FLU A;  2BDP A;  2X78 A;  3CMA N;  2RN2 A;  4MDA A;  4IOC L;  4JI4 K;  4N41 A;  4B8A B;  2ZWH A;  3H46 O;  1CXQ A;  4BDP A;  1BL3 A;  4CD3 A;  3E9L A;  1VSF A;  4LFC K;  1RT2 A;  3VF4 A;  4L3Q A;  4DTS A;  3VMF B;  4CZG A;  4CD1 A;  2BE2 A;  4LD0 A;  3EYZ A;  4B9S A;  3QET A;  2XY7 A;  2C1G A;  3BZK A;  4LF6 K;  2G8U A;  4DS4 A;  4DTM A;  4IEI A;  3L0Q A;  4DF8 A;  4I2P A;  1IKV A;  1ESV A;  1QS4 A;  3KVG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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