4I6MB

Structure of arp7-arp9-snf2(hsa)-rtt102 subcomplex of swi/snf chromatin remodeler.
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
437
structure length
396
Chain Sequence
PFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 7
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 115
structure length 396
sequence length 437
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4i6mB03
3VF2A 3DJCA 4BRFA 4MLHA 1SAZA 1BA0A 4BRQA 4FWKA 1JCFA 2VCPA 4QS9A 3WXJA 3ZETB 2P9IA 3ENHA 2QWOA 2ZGYA 1MA9B 4FWLA 4BRPA 1KAXA 3GG4A 1T6CA 4FOIA 5AQZA 4CZIA 5F1XA 1XQSC 3OHRA 3SMPA 4HTLA 3D2FA 4J8FA 2P9LB 3ZEUA 2E2NA 2PAVA 3R9PA 3VEOA 1LCUA 3QFPA 2FF6A 3GDQA 3O1WA 3O8MA 3O4WA 1BOTO 3ZETA 4FWNA 1GLBG 3CQXA 4BC4A 5EX5A 1NWKA 3VEVA 2P9UB 1NLVA 4FPAA 3ZX2A 2P9PA 3FLCO 3IUCA 3C0BA 5AQUA 3KHYA 3VGMA 3MK6A 3ATUA 3HSCA 2YCHA 5BRHA 5AZJB 5BREA 1RGIA 4WYBA 4BC3A 3L0QA 3VEYA 5B8HA 3A8YA 1GLCG 4NO7A 4H0PA 3AARA 3GOIA 4CI6A 4PL7A 2E1ZA 2E2PA 3QBXA 1X3MA 2P9SB 4BR4A 4WQ5C 1TUYA 4DCHA 3VF6A 4CJ7A 3VOVA 4IJNA 3DWLA 5AQTA 5AQJA 5EVZA 1Z05A 4XH4A 4BRGA 4BQZA 2DPNA 1GLLO 4XH5A 3O1BA 2AP1A 1BG3A 3WEEA 2IVOA 2QWPA 2NZTA 1H1VA 4K25A 5BR9A 3GL1A 4CBXA 3VPZA 3BF3A 5JLHA 2Q2RA 2HF4A 2W40A 3FFKB 2D4WA 2D0PA 3H45C 3CJCA 3H1VX 5KPTA 2I7NA 2E88A 4FWRA 4BR7A 5AQQA 3BEXA 3FZKA 2ZF5O 1HJOA 1U2VA 4FOEA 3EL2A 5AQRA 3CIPA 3VGKA 4FO0A 1C0GA 1BA1A 1T6DA 4L3QA 4JAXA 4BQLA 2GELA 5AFUA 4A2BA 4BRKA 3A5NC 4XH1A 3CJ7A 4WQ4C 2E1YA 3ENOA 2PBDA 3WXKA 1ZC6A 5AQPA 3WQUA 3S41A 2GWKA 5AZIB 1XC3A 4BRDA 4CZKA 4B1XB 3LM9A 4H0OA 3WQTA 3H46O 5AQSA 3CI5A 4K42A 3G25A 5ADXA 1RDWX 2YJFA 4EIAA 1QHAA 3DAWA 4FWSA 3AY9A 3R8EA 3IDHA 1Z6RA 2YJEA 2FLOA 3HTVA 4FWQA 1C0FA 3I8BA 3EN9A 3ZEUB 1EQYA 4H0TB 4DQ8A 4H5VA 5AZIA 1ATRA 2D0OA 4JN4A 4IJAA 1TUUA 4BR2A 5BN9A 4BR0A 2V7ZA 5AQGA 2QW9A 3O80A 3LDOA 2A42A 1HKBA 2A41A 3DXKA 3ID8A 5FPNA 2IVPA 4EHTA 1V4SA 2P9PB 3FZFA 3JS6A 3P4IA 4BC2A 4C23A 3BUZB 2CH6A 4A62A 3EO3A 4CD1A 1U6ZA 3KZBA 3DXMA 2A6AA 4GNIA 4JD2B 1DKGD 3GE1A 2Q31A 1NGHA 4FPBA 4BG9A 3ULEB 4JNEA 1BO5O 4B1YB 2ZGZA 4NB4A 3SMSA 2IVNA 4DHYA 1P8ZA 2BTFA 3C7NB 1K8KB 3MN9A 1DGKN 4K41A 2FSJA 5AQFA 2P9KB 3LDQA 2P9NA 3TU5A 3FZLA 4FL9A 3U9ZA 3FR0A 2YHXA 3L6QA 5F0XA 1GLFO 3O6WA 4JD2A 1MWMA 3KVGA 2GTDA 3FE1A 3QDKA 3WEEB 1NGAA 2YHYA 3ULEA 4BR5A 4IWVA 4M7XA 2VYPA 4BVOA 1OKJA 3C7NA 3LDLA 1K8KA 4CZEA 1TYQB 3LDPA 3GBTA 1Q18A 3EZWA 2QWQA 4A61A 2P9KA 4O5FA 2CGJA 2E2QA 4MLEA 3VEWA 3B8AX 3MN5A 1J6ZA 3ATVA 4H0YB 1X3NA 4E1JA 3W0LA 5AQIA 1KXPA 3VERA 1U2VB 2HF3A 3F9MA 4CBWA 4YDUC 3LM2A 4MO4A 5EXWA 4BROA 5LY3A 2FF3B 1RFQA 3MN7A 3A5MC 4B9QA 1HPMA 1TYQA 2E2OA 4EHUA 4EFHA 1E4GT 4ISEA 1QZ6A 4FWOA 3SJHA 2YHWA 3WXIA 5BN8A 3J8AA 1YAGA 3CHWA 5I9EB 4WQ5A 1LOTB 2E20A 1NBWA 3CERA 4H0XB 5AQHA 3ZX0A 1NMDA 4RCHA 1T44A 4PL8A 3UE5A 4ISFA 5BPMA 1HKGA 1QZ5A 2V52B 3JXUA 5AQNA 4BG8A 5BPLA 3U8XA 3SLCA 4AM6A 2Q1NA 2ASMA 4BRCA 4H5RA 1S22A 1NGEA 5JMVA 1BWFO 1QQMA 3SK3A 4BRAA 5JICA 3H1QA 3W3DA 3DXKB 3BP8A 3MCPA 2HMPA 5AQKA 5E84A 3CETA 3D2EB 2ITMA 4BVPA 3CJ1A 3WT0A 1ATNA 2E8AA 3VGLA 4CZLA 4IO8A 4JHDA 1HLUA 2V51B 3DXMB 3FZHA 1E4FT 5AQMA 1NM1A 4IZ9A 3UB5A 3FGUA 2Q0RA 3ZX3A 1D4XA 2QWMA 2ASPA 4K43A 1ESVA 1YVNA 2HOEA 1HKCA 3I33A 1MDUB 4WQ4A 5EOYA 4B1UB 3UKRB 3AAPA 4IXCA 2QM1A 4BREA 3D7EO 3VEXA 2WUSA 3D2EA 5AQOA 4EAHD 1ATSA 2J4RA 4GY2B 5FPDA 2P9NB 1NGJA 3M1FA 2GWJA 5BRDA 1WOQA 5FPMA 1NGDA 4M63C 4BRHA 5F2RA 2GUPA 2AA4A 3HM8A 4H5TA 4LC9B 5LJVA 5BRFA 1G99A 4PKIA 5KPZA 4A2AA 1CZAN 2W41A 3MDQA 4BC5A 3UKRA 3M6GA 4QS8A 2F9WA 3AAQA 2NLXA 5AQLA 1XUPO 3HI0A 3QICA 2CGKA 2A5XA 2H3GX 3A0IX 2CH5A 5TKYA 3L4IA 1GLAG 5AFUH 3MN6A 3QBWA 3A5OC 4CZHA 4BGAA 3O08A 4BGBA 4I6MB 4PKGA 4BRLA 2QWRA 5JLFA 2QWLA 3CJ9A 3UKUB 1DEJA 4DB3A 2D1KA 1NGGA 2A40A 2GEMA 2VWBA 3H6EA 4H03B 5ELZA 4BRIA 1IJJA 3QB0A 2F9TA 3IFRA 2P9LA 5ADXH 1IG8A 1ZBSA 3VEZA 2YI1A 3QMLA 4M7YA 3IMXA 5BPNA 3H3NO 3WUHA 4QS7A 4F9OA 4CD3A 4I6MA 3R6MA 3LL3A 1BUPA 4ISGA 3O5BA 4BRMA 3EKUA 3UKUA 4Z94A 2CGLA 4FSVA 2Q97A 4CZFA 2P9UA 2OANA 4FWPA 1GLEG 5E26A 1NGCA 2ZWHA 4BRNA 1JCEA 1KAYA 4RTFD 5KPRA 1JCGA 3RSEB 5LJWA 1NGIA 5AZJA 2KHOA 3TPQA 1QQOA 3CJBA 4AM7A 1YUWA 3VF4A 2IIRA 3VENA 1R59O 3FZMA 2UYTA 2NRHA 2QWNA 4H0VB 2FXUA 2I7PA 3QFUA 5KQ8A 4MO5A 4B1ZA 2P9SA 5EY4A 3EKSA 3U4LA 4B1VA 1KAZA 1GLJO 3H3OB 5AQWA 4JHDB 1BDGA 3RSEA 4H5WA 4YDUA 5KQDA 3MMVA 2ASOA 1V4TA 2QXLA 5FPEA 2A3ZA 3U9DA 3CJAA 5CE3A 1GLDG 3VESA 1Y64A 2Q36A 5AQVA 2FSKA 1BU6O 4Y0WA 1X9JA 4CBUA 2FSNA 3BF1A 1HUXA 1S3XA 4BR9A 3A5LC 4PKHA 4CZJA 4CZGA 4RWTA 2EWSA 4H5NA 2Q0UA 4FWMA 4XEIA 1WUAA 3HBTA 3HZ6A 5AR0A 4B1WB 3CQYA 1NGFA 1QQNA 3LDNA 2P9IB 1SQKA 2BUPA 1NGBA 3M3ZA 4HWIA 1HX1A 4KBOA 2V7YA 5AQYA 3WXLA 3D2FB 1SZ2A 5AQXA 1MWKA 1YXQA 4O8KA 4CZMA 1ZXOA 3VETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0CA 3DJCA 4BRFA 3LP3A 4MLHA 1UOCA 4RW6A 1JCFA 4KTWA 2P9IA 1N32K 5D3GA 5E41A 2ZGYA 4I9QA 3GG4A 3QIOA 1T6CA 4FOIA 4E19A 4RW7A 1XQSC 5KTQA 4DQRA 5M1PA 3D2FA 4DV7K 2Z1IA 4M3YA 2P9LB 1L3VA 2HB5A 3R3LA 2NRTA 2GX9A 4RG8A 4WE1A 4J2BA 1LCUA 1Z25A 3O1WA 3O8MA 4Y1CA 3O4WA 4CIGA 2OCEA 2P5GA 1SUQA 3L3VA 1GLBG 1A5WA 3LAMA 4EP4A 1KFDA 1NWKA 3WNHA 1Q82O 1RDBA 2ZM6K 4FPAA 3KLGA 4DTJA 4AILC 1LW2A 3F2KA 3J7ZO 3T69A 5AQUA 3KHYA 3NF8A 2NRWA 3MK6A 4M3RA 2Z1JA 3HSCA 2O8FB 5FDLA 3EE8A 1EP4A 2ZQBA 1P90A 3VQQA 1TL1A 5HLFA 4AHRA 3GOIA 2VGNA 2E1ZA 4I7FA 3OBWA 3LDSA 3SQ0A 3QEIA 2HNYA 1U48A 4IJNA 3DWLA 4TSXA 4GMJB 3LZJA 2G8FA 3E1YA 4YHHK 1Q7YO 4BRGA 3ZSWA 4BQZA 1SKWA 2AP1A 3K9JA 4UY8O 1H1VA 2QEXN 3CC2N 4FZZA 3GL1A 4GW6A 4CBXA 3NAEA 2Q2RA 2D4WA 4LD0A 1TK5A 3I56N 1Q86O 3CCVN 3H45C 1EWRA 2HNDA 5CZ2A 1L3TA 4E0DA 1IBLK 1IKWA 3OS1A 4FWRA 1Q81O 3EL2A 4M3TA 1TAQA 3NVMA 3CIPA 1BA1A 4DQIA 3C94A 2O8CA 4LF6K 4ZHRA 1T7PA 3SQ1A 4BRKA 4CEOA 4MDAA 3L2RA 4DKWA 5HRRA 3CCJN 3WXKA 3WNEA 4NCAA 3S41A 3V6DA 4B1XB 1XMQK 4FJKA 1W0HA 1RT2A 5C2FA 3CI5A 4DTNA 1OH7A 3G25A 3QNNA 2XY5A 3M8SA 5J2QA 1KRPA 1VQ5N 4EIAA 4FWSA 3V1OA 3WXMB 4OGEA 3OYCA 1X9MA 3V81A 4FWQA 3AO5A 1WBBA 3MEEA 4H0TB 4CK3A 5BN9A 4BR0A 4NLCA 5AQGA 3O80A 3LDOA 1HKBA 2A41A 4YOYA 5J2NA 3JSMA 3PV8A 4FVUA 2G8UA 3FZFA 2YHAA 3P4IA 2O8EA 4C23A 2CH6A 3EO3A 5KRSA 1SS6A 4CD1A 4E7LA 4DU4A 4F2SA 4PA1A 1XNRK 1BIUA 4KHQA 3DXMA 4JD2B 4Q5VA 1HNXK 3GE1A 5CYQA 3ULEB 4F3TA 2ZGZA 4BEBA 3ASMA 3F5TA 4JI2K 2IVNA 1KLNA 1J53A 4DHYA 2QTDA 1P8ZA 4A5BA 3U6FA 1K8KB 4CFDA 1KSPA 3ID6A 3PIPL 5AQFA 4MQ3A 4JS5A 3LAKA 2P9KB 1DTQA 1X9WA 2GV9A 2PZSA 4LSLA 1R0AA 4N56A 1YJ9N 2YNFA 2PYJA 1BGXT 3IRXA 1BIZA 3U9ZA 5F0XA 4FLZA 3K0SA 1GLFO 1RTHA 3KVGA 2GTDA 3FE1A 3QDKA 3VQ7A 3WEEB 4CJUA 2YHYA 3CCSN 4IWVA 3TAQA 3LDPA 2OPPA 4FM2A 3EZWA 4A61A 3ZT1A 1F21A 3MCAB 2CGJA 1K6YA 1J6ZA 4WFNL 1X3NA 3DYAA 4E1JA 3W0LA 4I2PA 4PHTX 4YNQA 1ZBIA 3AVAA 4FVMA 4X64K 4W5OA 3VA3A 4CBWA 1U47A 2FF3B 3MN7A 1QTMA 1REVA 1NOYA 2E2OA 2YNGA 4CJEA 1KLMA 1QSSA 3CD6N 5JVGL 2Y1JA 2WOMA 3AA4A 3SJHA 3WXIA 2O4IA 4PY5A 4Z4IA 3NF6A 4H4OA 3S3OA 4KV8A 2E20A 1RDCA 4RW8A 1YITN 1NMDA 3AVFA 1W2BM 4FZXC 2RKIA 1QZ5A 3ZT2A 4BG8A 5BPLA 2NRXA 2Q1NA 1S1UA 2ASMA 4JYAK 4H5RA 3S3NA 2D0BA 1NGEA 3CFRA 3SK3A 4HUEA 1JLCA 4G9ZA 3AVIA 2F7TA 3DXKB 1BISA 2OA8A 3LP1A 3QETA 3F73A 5E84A 2JWLA 3CETA 3VQ6A 2ITMA 2OZMA 1IKXA 1NJXA 3WT0A 1ATNA 4DSFA 2E8AA 1XI1A 4JHDA 3AO3A 3SI6A 1E4FT 4DFKA 1NM1A 3FGUA 2QWMA 2OZSA 3VQDA 3VQ5A 2X6SA 3V1QA 3CG7A 3AAPA 4OO1J 3VQ4A 4BREA 1NKBA 4XJXA 5GADP 5C2DA 3V9SA 1C1BA 4NYNA 2X6NA 3KWGA 1CLQA 3TSUA 3O9UA 3LZIA 2P9NB 1GOBA 5BRDA 4H8KA 4CK1A 3EZ5A 1BCMA 3VQAA 1YVUA 2F4VK 3K5LA 1N5YA 2GUPA 2AA4A 4H5TA 1IBKK 1RBRA 4PKIA 1CZAN 3MDQA 3K2PA 3UKRA 1YJWN 3O9QA 4LF5K 4B8AB 1KFSA 4W5TA 3HVTA 1JLBA 3PO5A 4BGAA 3O08A 4JKCA 4CHPA 4WCEL 2HHWA 1S1XA 2QWLA 3CJ9A 1NK9A 1JL2A 3MAQA 5AJ3K 2KFZA 5IWAK 3I0SA 3N4PA 3DM2A 1S9EA 1NGGA 1ZBFA 4H03B 5ELZA 2YKNA 4N47A 3AGKA 2P9LA 1IG8A 2FBYA 1RBTA 5IT9O 3QMLA 4DLGA 2W00A 1VHXA 2P1JA 5BPNA 3H3NO 4MFBA 1KCFA 4CD3A 1T3VA 4I6MA 3ZCMA 3LL3A 3JAMO 3G4SN 4ISGA 2HVHA 5HP1A 3EKUA 3UKUA 3D0PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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