4I6MB

Structure of arp7-arp9-snf2(hsa)-rtt102 subcomplex of swi/snf chromatin remodeler.
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
437
structure length
396
Chain Sequence
PFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 7
publication title Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Transcription/hydrolase
total genus 115
structure length 396
sequence length 437
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4i6mB03
5CE3A 3VGMA 3MN6A 4FWKA 3I33A 2GEMA 1BDGA 4BR4A 5AZJA 3LM9A 1ZC6A 3LM2A 4YDUC 3DJCA 3D2FA 1HKGA 2QM1A 4LC9B 3H45C 3CI5A 2HOEA 3FLCO 4B1YB 3KVGA 3VPZA 3DXKB 1ATSA 3LL3A 4ISGA 1NGHA 3CJ9A 3KZBA 5KPZA 4I6MB 3A5MC 2QWLA 3LDQA 4JAXA 4H5NA 3WXKA 1X9JA 4O8KA 4BRKA 2NLXA 1HX1A 3U8XA 1RGIA 1TUUA 5KQ8A 4H5RA 4IZ9A 2FF3B 3IFRA 4K25A 1HKBA 3IDHA 4BRQA 2E1ZA 3ID8A 3MMVA 3MCPA 4FOIA 3UKUA 2V7YA 1ATRA 1C0FA 2QWPA 4HWIA 1T6CA 3AARA 4CBWA 2FXUA 2P9UB 1K8KA 1GLCG 1RFQA 3CHWA 4CBUA 3LDNA 3D7EO 3R6MA 2E1YA 3VERA 4FPAA 5EXWA 3VEWA 4H0YB 3O08A 3ZEUA 3AAPA 1OKJA 4FPBA 3QDKA 4HTLA 1SQKA 3CJBA 2A42A 3SK3A 2DPNA 5JICA 2P9LA 4AM6A 5BN8A 4FOEA 4BRCA 3FR0A 1BWFO 1IJJA 3CJ7A 2D0PA 5AQMA 5EY4A 3O5BA 5LJVA 3WQTA 5BN9A 3ENOA 4WYBA 4PKIA 3VEYA 3O8MA 3DXKA 4KBOA 2FSKA 2W40A 3FGUA 4I6MA 3UB5A 3AY9A 3HSCA 4DCHA 4EHUA 3H3OB 4BRFA 2A3ZA 4BR5A 4CZEA 3QMLA 5LY3A 5AQYA 2WUSA 2VCPA 2V51B 5FPNA 4FWMA 4B1XB 4A2BA 5JLFA 2FSJA 3M3ZA 5BPMA 4M7YA 1NLVA 2VWBA 3CQXA 2E2PA 1P8ZA 3FZKA 3GE1A 2ZF5O 2I7PA 5KPTA 5E26A 2Q97A 5AQFA 2P9UA 3UKUB 1HLUA 3ZX0A 4BC3A 3CJAA 3EO3A 2A6AA 3L4IA 5AQQA 5LJWA 5FPMA 2Q31A 4IJAA 5ELZA 4BC4A 3CQYA 3CERA 3R8EA 3WT0A 2P9NA 1NGCA 5F2RA 1WOQA 3I8BA 5AZIB 3C0BA 4Z94A 5BRDA 2HF3A 3S41A 4NO7A 1GLJO 3CJCA 1QQNA 2GTDA 3O1WA 2E2QA 3WXJA 1R59O 3O6WA 5AFUH 1MWKA 3O4WA 3ATUA 4RWTA 2P9LB 3A8YA 3CIPA 2P9PB 5AQHA 3MN9A 1NGJA 1V4TA 2IVNA 2IIRA 3HM8A 2GELA 3MDQA 1HJOA 4CZKA 4CZHA 1Z6RA 3VGLA 2AP1A 3M1FA 1NM1A 5E84A 3P4IA 1HUXA 3A5OC 2E8AA 4WQ5A 3WXIA 1T44A 4FWSA 4PKGA 5KPRA 3IUCA 4IO8A 5F1XA 1NGFA 2CH5A 3DWLA 4CZFA 3W0LA 2V7ZA 2Q1NA 1QZ5A 1KAZA 5ADXA 3L0QA 5AQPA 5AQUA 2BUPA 4BQLA 4DQ8A 1NGDA 3JS6A 3RSEB 4FWRA 2NZTA 3WUHA 1GLDG 3VENA 3TU5A 3ZETB 2IVPA 2YJEA 3GBTA 4DB3A 1ESVA 3MK6A 1JCEA 2YJFA 3FZFA 4BC5A 4A2AA 1BU6O 4H5TA 1TUYA 4O5FA 1NGIA 4BR9A 3EKSA 3BEXA 1YVNA 4ISFA 4A62A 5AZIA 4F9OA 5ADXH 4K42A 4BRPA 2ASPA 1KXPA 2P9NB 3GL1A 5BPLA 2PAVA 5I9EB 2PBDA 1GLBG 4BRMA 1MDUB 2QWRA 4BRDA 1IG8A 3FFKB 3VF4A 4FWLA 1DEJA 2P9PA 3DAWA 1LCUA 5BRHA 4MO4A 2I7NA 4BC2A 2D4WA 2GUPA 4J8FA 4JN4A 4B1ZA 3QFUA 4FWQA 4RCHA 3KHYA 3QB0A 2W41A 2YHWA 3U9ZA 3F9MA 2FLOA 4QS9A 4BR7A 2QXLA 3BP8A 3H3NO 4WQ5C 3VF6A 2D1KA 4JHDB 2YHYA 2QWMA 4H0VB 2ITMA 3O80A 3BUZB 4EFHA 1H1VA 2QWQA 4FWPA 2YHXA 4IXCA 5AQRA 1YAGA 2V52B 1GLFO 2GWKA 2OANA 4BRAA 2ASMA 2F9TA 3RSEA 4NB4A 2E2NA 3C7NA 5AQGA 4K43A 1YXQA 2NRHA 3ATVA 3U4LA 3ZETA 4XH5A 2IVOA 2A41A 1QHAA 4WQ4A 2ZGYA 3JXUA 1XC3A 3UKRB 4QS8A 5JMVA 3SJHA 5AQTA 3VETA 5TKYA 1BO5O 4L3QA 4BG8A 1TYQB 1NBWA 1JCFA 3BF3A 1T6DA 3HTVA 4BQZA 4FL9A 1E4GT 4IJNA 1LOTB 2UYTA 4JD2B 4MLEA 4BRIA 3TPQA 3ZX3A 4BGBA 4M7XA 1Q18A 1QQOA 3G25A 4BRHA 3QBXA 3VEOA 4RTFD 4B1WB 3HBTA 1NMDA 2J4RA 4FWNA 3VEVA 3WXLA 4A61A 1NGEA 3GG4A 3ZX2A 5AQOA 3VGKA 1X3NA 4BGAA 5EOYA 2P9KB 2FSNA 4QS7A 4AM7A 1GLLO 4CD3A 3EN9A 3HZ6A 4JHDA 4CBXA 1MA9B 4ISEA 4BR2A 1G99A 4JNEA 5AQIA 1S22A 2E88A 2VYPA 1X3MA 1MWMA 3EL2A 4C23A 4CZGA 4FWOA 1YUWA 2ASOA 1BA0A 1U2VB 2E20A 3CETA 4FO0A 2CH6A 3VESA 4H5WA 1DKGD 3A5LC 5AQWA 4CD1A 2KHOA 3AAQA 3D2EA 2D0OA 1GLAG 1U6ZA 2Q0RA 4CZMA 2ZWHA 1KAXA 3C7NB 3WQUA 4IWVA 3UKRA 4WQ4C 1Y64A 3J8AA 2Q36A 2P9IB 3UE5A 2H3GX 3QFPA 4GNIA 1TYQA 2FF6A 5KQDA 2CGKA 1GLEG 1WUAA 4EIAA 3VOVA 2EWSA 1ATNA 3GDQA 3CJ1A 4JD2A 3ULEB 3EKUA 4CZLA 1QZ6A 4BR0A 1V4SA 1SZ2A 5AQSA 3H1QA 2P9SB 4XEIA 5AQZA 4H03B 4BROA 5BREA 1BG3A 1QQMA 3LDOA 3HI0A 4B1VA 3LDLA 1J6ZA 3M6GA 4GY2B 4H0OA 3SLCA 3U9DA 3QICA 3H6EA 4BG9A 5AR0A 4CI6A 2P9KA 3IMXA 4PL8A 4PKHA 2YI1A 3OHRA 2Q2RA 2A5XA 3H1VX 2ZGZA 5FPEA 3O1BA 3SMPA 3W3DA 4H5VA 4BVPA 3WEEA 2E2OA 3A0IX 3FZMA 4BRLA 1ZXOA 3GOIA 5JLHA 1S3XA 5AQXA 3DXMB 4H0XB 3FZLA 1SAZA 2BTFA 5AQLA 1U2VA 5EVZA 3L6QA 3SMSA 2YCHA 5AQVA 5AZJB 4YDUA 1NWKA 1BA1A 4BRNA 4CZJA 4FSVA 1RDWX 1C0GA 1ZBSA 3D2FB 3D2EB 3VEZA 4M63C 4BRGA 4H0TB 2P9IA 4XH4A 4B1UB 3FZHA 4K41A 3EZWA 4EHTA 3LDPA 4BVOA 3MN5A 1KAYA 3ULEA 5AQJA 3VF2A 4CJ7A 4BREA 4PL7A 3R9PA 5BRFA 2QW9A 4E1JA 4MO5A 2A40A 5AQKA 1D4XA 2GWJA 2P9SA 2QWNA 2QWOA 5BR9A 3A5NC 1JCGA 1DGKN 1NGBA 5AQNA 3B8AX 4MLHA 3MN7A 2AA4A 2HF4A 5AFUA 1BOTO 4B9QA 1BUPA 3BF1A 1CZAN 5EX5A 1XQSC 4Y0WA 4CZIA 1K8KB 1EQYA 1Z05A 2Q0UA 5B8HA 2CGLA 2HMPA 3VEXA 1NGGA 1NGAA 4EAHD 1XUPO 4H0PA 4DHYA 2CGJA 3ENHA 3ZEUB 1E4FT 2F9WA 1HKCA 5F0XA 5FPDA 3H46O 4XH1A 3WEEB 3FE1A 3DXMA 5BPNA 3QBWA 1HPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CE3A 4FWKA 3I33A 4CGJA 4IEIA 2IDOA 3DJCA 3CMEN 3CI5A 3HJFA 2HOEA 3TTCA 3O9UA 3Q7CA 3VPZA 4CEBA 3DXKB 1D8YA 3VQBA 4J2AA 4MFBA 4I6MB 4FK0A 1NK4A 3A5MC 4BY9C 2QWLA 1HPZA 4H5NA 3WXKA 1HNXK 1NU0A 3S3NA 2NUBA 4DF4A 1KVAA 1RT4A 1HX1A 3K9JA 3U8XA 5KGWA 5D3GA 4DV2K 5KQ8A 1J53A 4H5RA 1S9GA 4K25A 4KI6A 3HOTA 1LAWA 4KHSA 3MMVA 4FOIA 2BH1A 4CF1A 3O3GA 2QWPA 5FROA 1TKTA 1FJGK 2DFEA 4IDKA 1GLCG 3MEGA 4OPHA 4FPAA 4H0YB 4CESA 4LFCK 3ZEUA 3B6PA 1OKJA 2UXDK 4FPBA 3QDKA 2KFNA 1Q9YA 4AHVA 4Q5VA 3CJBA 4E3SA 4LSNA 2A42A 5JICA 4FOEA 1VQ4N 4BRCA 4FJLA 5GIPA 1DT9A 3VQPA 3TAMA 3CJ7A 1O1WA 1RTHA 2D0PA 5C10A 4FM0A 4DSEA 3ENOA 2FC0A 3CCJN 3ITHA 4CEAA 3OYCA 3FGUA 3R1XA 2ITGA 3CC4N 4DV0K 3CC7N 4BR5A 4CZEA 3QMLA 5LY3A 4O0IA 4A5BA 5FPNA 1YJNN 1LW2A 4B1XB 3OYKA 2FSJA 2FBYA 4M7YA 4CEOA 2VG7A 4WCEL 3CQXA 1XC9A 1P8ZA 3SAFA 1FW6A 3FZKA 3GE1A 1VQPN 2B5JA 2Q97A 2G8WA 1Y97A 3ZX0A 3C6UA 4BC3A 1VQ6N 3TSUA 5LJWA 3PX4A 1NK0A 5LMUK 3CM6A 3ZSRA 2HSTA 4DLGA 3CERA 3R8EA 1NGCA 3CFRA 4OKKA 4IG0A 1ZBFA 5F2RA 4BDZA 4DMNA 3C6HA 2P51A 4G9ZA 4DR6K 4FLVA 5DM7L 1T7PA 2HNYA 5CZ1A 3WXJA 2XY6A 5AFUH 5BR8K 3O4WA 3ZT3A 3SQ4A 4B9UA 3MN9A 4DFKA 3NVKA 3AVJA 5C25A 3HM8A 4L8RB 3MDQA 4CZKA 3HVTA 1Z6RA 3VGLA 3M1FA 4OLBA 4DV3K 2VGNA 5E84A 1HUXA 1SL2A 1NNEA 2E8AA 5CHIA 5K14A 4FWSA 4PKGA 3DMJA 4CE9A 4CZFA 4DTXA 2Q1NA 3L0QA 3V9WA 5AQUA 1N33K 4ELVA 1U47A 4BQLA 1HQUA 2GV9A 2WOMA 3JS6A 3M8QA 4LH5A 3WUHA 1VAZA 3TI0A 1K6YA 3THWB 2IVPA 3OYDA 4CF9A 5J2NA 4DS5A 4CJUA 2W6KA 2W6LA 4O5FA 3VQ4A 1RDBA 3ZSWA 3EKSA 4A62A 1YVNA 5AZIA 4K42A 4BRPA 1WN7A 3CYMA 4IFVA 2XRIA 5BPLA 3L2UA 3IS9A 3P83D 4CIFA 2VQFK 3CC2N 2PBDA 2ZQBA 4YOXA 2FBVA 2QWRA 4GV6A 3SI6A 3PIPL 4CJPA 4KTQA 2DY4A 3LANA 3NGZA 5BRHA 1ZBHA 4MO4A 3T1AA 2HHSA 2D4WA 2GUPA 4JN4A 4B1ZA 2VG6A 2NRVA 3HSTB 1NJZA 3OYHA 3KHYA 1FK9A 2O8EA 1J54A 4BDYA 3U9ZA 2FLOA 2QXLA 4DTOA 4CJ4A 4HTUA 3VF6A 4JHDB 2YHYA 4DU1A 2QWMA 3PLAA 3K0SA 3O80A 4DSLA 3S3MA 4O55A 5FRMA 2GBZA 1BCMA 3NDKA 3TANA 2OPQA 2QWQA 4IXCA 4N56A 5M1PA 1VHXA 2V52B 1GLFO 2OANA 3VTIA 3PUFA 3WNGA 2O8BB 1EKEA 1REVA 4Y1CA 5AQGA 3SUOA 3U4LA 4Z4GA 3V9UA 2F96A 4DQPA 3R3LA 1QHAA 4WQ4A 4KTWA 3RWUA 1XC3A 4IFYA 4EZ9A 1BO5O 3V81A 4CF0A 4BG8A 4C8KA 1TYQB 3HTVA 4KTZA 1T6DA 2KZZA 2O8DB 2UYTA 3OA9A 3MX2A 3SNNA 4MLEA 2QEXN 4AHRA 2Y1JA 2O4IA 3WNEA 5E41A 3QEXA 4CJFA 3VEOA 4RTFD 4A5AA 3HBTA 1DLOA 1SKRA 1F21A 3C95A 1A5VA 3NF6A 3VEVA 1A5XA 3VGKA 5EOYA 3OW2M 3ZT1A 5J2MA 1JXEA 4CD3A 3HZ6A 3T19A 4DTNA 4PHTX 3CCQN 4FJMA 1QSSA 3TSQA 4ISEA 5AQIA 3IRXA 3LAKA 1S6PA 1OH8A 2VYPA 1MWMA 4DWIA 1VSMA 1YUWA 4CJLA 5M1OA 3OS0A 4JI5K 2E20A 2HNZA 3I8DA 3WNFA 2DTUA 4CD1A 1TK0A 3T1YK 3D2EA 2D0OA 1U6ZA 2XY5A 1KAXA 3UKRA 4B3SK 3J8AA 2Q36A 2P9IB 4GNIA 2FF6A 5KQDA 3CYGA 4KHUA 2AJQA 2KTQA 1TKZA 4B3TK 2I5JA 3M8SA 4K0KK 2JWKA 1VRTA 4YOTA 3BDPA 4CZLA 5MLCQ 2HB5A 4GKKK 3SAHA 1YF5L 3AO1A 3VQ8A 2P9SB 2OPPA 4H03B 5C2DA 1BG3A 4B1VA 3QINA 3MXIA 2VWJA 4JK7A 4FJGA 2P9KA 4CERA 4F3TA 3OHRA 2O8CB 3C94A 1XNRK 4ILJA 1RT7A 5JS1A 5SWMA 2X78A 4QCLA 1I94K 2E2OA 2YV0X 2RF2A 3O3HA 4B3RK 3FZMA 3DI6A 1ZXOA 4JKCA 4B8CA 5AQXA 3DXMB 3THXA 4H0XB 3LWLA 3L6QA 1RBUA 3K9KA 5AQVA 3L3VA 3AVHA 4YDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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