3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
2ZQBA 2GV9A 2DFEA 3FFIA 4CEAA 3OYHA 1ZBLA 4DS4A 4NYFA 4DQRA 3AA4A 4FVMA 4CEEA 4B3OA 3C95A 3NGIA 1CXUA 1NKBA 1QSSA 1X9MA 2RPIA 1KLMA 2F8SA 1RILA 5CY4A 5CYMA 4ZHRA 3HM9A 4M3ZA 5E41A 4FYDA 3OYLA 4CCHA 1RBTA 3M8RA 4HTUA 3HO1A 4DU1A 1J54A 3SPZA 1NK7A 4DQQA 1J53A 1SUQA 1VRUA 3KKSA 3QEVA 4WE1A 1U4BA 3I0SA 3DLEA 1R0AA 4Q0BA 3M8QA 1U04A 4HCCA 2QKKA 4CEOA 3C6TA 4CESA 3AVHA 4H4MA 4CGJA 1UA0A 2QK9A 1K6YA 2HHVA 3DMJA 3VQ5A 1BQMA 4YFUA 3OYBA 3SUQA 4NYNA 3SQ0A 3DLBA 3SV4A 2IOCA 4DTMA 4HUGA 4AHCA 1JL2A 1RT5A 2OPRA 2JLEA 4Z4HA 4OLAA 4KHUA 3DRPA 4DQSA 1T03A 2QKBA 1B9FA 3HPOA 4ELTA 4NCBA 4CJWA 5HRPA 2XY7A 3SI6A 4CECA 2E6LA 4CJTA 3ZT1A 3AVKA 4ID1A 3HPGA 4LH5A 2BANA 4OGCA 3HP9A 4OPKA 3QNOA 3SYZA 4Q5VA 1RBUA 1HYSA 3KJVA 3LWLA 2X6SA 3K5OA 2W42A 2KZMA 3DLKA 3ITHA 4FM0A 2Y1IA 3DI6A 4O5BA 4CF8A 1RDCA 1ZBUA 1HYVA 4GVMA 4R5PA 4BDZA 4DLGA 1TKTA 2PZSA 4DQIA 4DSIA 1JXEA 4DWIA 2DFHA 5CZ2A 3UIQA 1KRPA 5KGXA 4DSJA 4F8RA 3LP2A 2B4JA 3U3GA 3L2RA 4CEDA 2AJQA 2BDPA 4PUOA 3L2UA 2D0CA 3SNNA 1TL1A 1ASUA 3WNFA 3VQQA 3K5LA 1BCOA 3AVGA 1EXQA 3WNHA 4FJHA 1TL3A 1KLNA 1IKXA 4BWJA 1HYZA 3VQ6A 3AVBA 2R7YA 1VK0A 1RBSA 4N76A 3NF8A 3PO4A 4F3OA 2P1JA 5J2NA 4CGDA 1NJXA 5HRNA 3AVMA 3THVA 4E0DA 1YTUA 2F96A 4B08A 4DSEA 1XHZA 1Z25A 3V9ZA 3HVTA 4ZTFA 4F2SA 1REVA 4FJKA 3MXMA 4F2RA 1C1CA 1LWCA 4PY5A 4Z4CA 3OJSA 3U3YA 5J2MA 4FJ9A 4CF1A 4PA1A 3PO5A 3QINA 4DLEA 3VQEA 4DFKA 1QS4A 3S3MA 1U49A 1S1TA 4Z0UA 3OS2A 3BDPA 1VRTA 1BIZA 2Z1HA 4E3SA 3TAPA 2DY4A 3V81A 1L5UA 3ZSYA 3DYAA 3ZT3A 4CJLA 4CEBA 3OYCA 3KTQA 4DG1A 2Z1GA 4UQGA 3F73A 1C0MA 3L2QA 3AVIA 3RR7A 1BCMA 1TV6A 3LDSA 4DSKA 4JLHA 4DSLA 4CJKA 4FW2A 1T05A 2VWKA 4E7IA 1UWBA 2OZMA 4K8XA 4N41A 4IG0A 4LY7A 4CFCA 4QOZB 3AA2A 4KV8A 4DTNA 3CFPA 4BE2A 5I42A 3V4IA 3PX6A 1GOAA 1LW0A 1S6PA 1WSHA 3M8PA 3P1GA 3VQBA 5JS1A 1QQCA 4CIEA 3QNNA 4FJ8A 4CHOA 2O4GA 4BE0A 3AVCA 2HNDA 5C24A 2HHXA 1VSIA 2WONA 3DOKA 3VQCA 3E01A 4KTQA 4Y1DA 3TR8A 4JS5A 1YVUA 3O3GA 1NJWA 3QERA 1HRHA 1W9HA 2QXFA 3QEXA 1TK5A 4JRPA 4W5QA 1Q9XA 2HW3A 2X78A 4BACA 3DRSA 3TWHA 1BI4A 2VG6A 3ZSVA 3V9SA 4CJEA 2PY5A 2IC3A 4E7JA 3H08A 3F9KA 4FJIA 4B9MA 1DTQA 1A5WA 3MXIA 2YV0X 3B6PA 4IDKA 5KTQA 3K59A 4M3RA 2OPSA 1BISA 4ZTJA 3KLIA 2RF2A 4IFVA 2KFNA 1S1WA 1VSEA 1TAUA 3AO5A 4KO0A 2IAJA 3TANA 3TABA 4PQUA 1JXBA 4E89A 2P51A 5KRSA 5CYQA 1NKCA 3DOLA 1JLCA 1WLJA 1IKVA 4EP5A 3SQ4A 3SCXA 2OZSA 3SPYA 1NK9A 1J5OA 4KPYA 4FK4A 1S1VA 3MXJA 2G8KA 2YNHA 4CHPA 3S3NA 1JLAA 4O44A 1HQUA 2YNFA 4ID5A 3SUPA 5J2QA 1L3UA 2XO7A 1UOCA 1SKWA 3D0PA 3KK3A 2IGIA 4FJJA 3CM5A 3NHGA 1EETA 4FJXA 3VQ7A 3O3FA 1HJRA 3DM2A 3HYFA 4HHTA 3L3VA 4IG3A 4KAZA 4KHQA 1X9SA 3C6UA 3HSTB 4AHUA 4CJ5A 3JSMA 1RDDA 4KHYA 3TARA 4H4OA 4JS4A 2OPPA 3CFOA 4B9UA 1ZBIA 1QTMA 1L3VA 2YHAA 3NGZA 1SKSA 4NCAA 3NF6A 4MQ3A 4W5RA 3PV8A 1HNVA 3OYMA 1Q8IA 5J2PA 1NK4A 2FBYA 2LSNA 3CFRA 1C0TA 1WSEA 3TAFA 1SL1A 4M3XA 1QSLA 2HHTA 1KCFA 3SZ2A 4CJSA 1IH7A 3MEDA 4CF2A 3T3FA 5EU7A 3HT3A 4ELUA 1G15A 3I8DA 4DFMA 1TK8A 4O4GA 1SV5A 2ETJA 3ZSXA 5SZTA 3RMDA 3L3UA 5DK5A 4FM2A 1XWLA 2FBXA 3PX0A 4B9LA 2FBTA 4KFBA 2PYJA 3LALA 3G10A 4DU4A 2G8IA 4DTPA 4FLXA 1S9GA 4I2QA 5KI6A 5HLFA 1NJYA 1S1UA 2XY8A 5HBMA 3VQPA 4CHQA 1NK0A 1T7PA 4CEQA 3AO3A 4OVLA 3L2WA 1XI1A 3HVRA 3TAQA 2ITGA 3LZJA 3NGYA 1TKDA 2G8HA 2G8WA 3CG7A 1RT2A 1LV5A 1RTDA 3DLHA 4ELVA 5FRMA 1ITGA 3RRHA 1BL3A 1NK5A 1T8EA 4J2DA 3HJFA 4CEZA 4DSFA 2JGUA 2F8TA 4RW6A 3VQDA 2HVIA 1NK8A 3G0ZA 5KRTA 1RBVA 3OYIA 3AA3A 4HUFA 4AHSA 3TAMA 4DQPA 1WSFA 3OS1A 2VG5A 1D8YA 4FJNA 4E19A 3AO4A 3AA5X 2KQ2A 3I0RA 3VA3A 4Z4EA 2E4LA 4KI6A 1CLQA 4W5OA 5FROA 4TSXA 4M41A 3AVAA 5HRSA 3NH1A 2YKNA 3K5NA 1RT6A 4DU3A 1HPZA 3HK2A 2Y1JA 3RWUA 2DTUA 3PY8A 3NF7A 4RW9A 4CIFA 4B9SA 1FKPA 2BGGA 1U45A 3QIOA 3HXMA 5C25A 3EYZA 3AO2A 4O0JA 3ALYA 3PUFA 1RT7A 1BQNA 1LAVA 1TAQA 3M8SA 3K57A 1ZBFA 4FLTA 3LAKA 2OYQA 2YNIA 1RTJA 4L8RB 2HNYA 1LAWA 3V1RA 4B8CA 4N56A 1CZBA 2BE2A 2ZE2A 3OY9A 4DTRA 2RN2A 1NKEA 1QSYA 2Z1IA 1F21A 4C8OA 4FM1A 3B6OA 3OS0A 3IAYA 4FJMA 3TAGA 3V6DA 1ASWA 4FZZA 1IKYA 1KTQA 3AVFA 3CYMA 1VSFA 3LP0A 1EP4A 4LSLA 3LAMA 4CHZA 4CK2A 4KB1A 4KI4A 4F4KA 4OKEA 2B5JA 2GUIA 2VG7A 4RW7A 4CFBA 3L8BA 1WN7A 3LWMA 3QETA 1X1PA 1S1XA 4CGHA 1RT4A 4FZYA 1VSLA 1N5YA 2G8FA 1B9DA 4CGFA 2KW4A 3VA0A 4DTSA 4CJUA 2OA8A 3QESA 4XIUA 4DF8A 3IS9A 4KTZA 4AHVA 1XHXA 3SQ2A 4GW6A 4FXDA 1IO2A 2XHBA 1BHLA 1JLFA 2O4IA 3RTVA 4LH4A 4OJRA 5K14A 5HROA 2KZZA 4CJQA 3S3OA 1L3SA 4CJ3A 4FJ5A 4C8LA 1C1BA 3LPUA 1D5AA 1WNSA 3ZSQA 3HP6A 3EY1A 2XY5A 3TAEA 4DTUA 2D5RA 3NDKA 2XRIA 3C94A 4Z4FA 4N5SA 4DF4A 3NFAA 5FRNA 4CFAA 3WNEA 4CJPA 2HHQA 1SKRA 4FZXC 4CGIA 4I9LA 4KHNA 1RTIA 1WSIA 1KFDA 3OYDA 1LWEA 3V9WA 4H8KA 1EX4A 1RBRA 3LPTA 4EP4A 4DMNA 4BDPA 4DS5A 3LP3A 3K58A 3ULDA 4FK2A 4AILC 1RTHA 1YTAA 1J9AA 1I39A 3KLGA 1U47A 4C8KA 2IS3A 4CK3A 3RR8A 1JLBA 1NOYA 4IKFA 3DRRA 4DTJA 3HPHA 4AHRA 2Z1JA 4M3UA 4M45A 1D9DA 2HHWA 1YT3A 1JLEA 2D0AA 4Z4GA 1TVRA 3P83D 5CZ1A 2HHUA 3OYGA 1HMVA 1RCHA 1B92A 3QIPA 4CJVA 3PX4A 4GMJB 1LW2A 3OVNA 1WAJA 3S9HA 1BGXT 4FJLA 3HL8A 4E1MA 4OGEA 1GOBA 1SL2A 4OLBA 3NF9A 1RNHA 3KLHA 3NH2A 3ISNC 4HVJA 2PYLA 1FKOA 1RT3A 3BGRA 1KVBA 1WSJA 4IBNA 3AVJA 3ZT2A 4DTXA 4HUEA 1JLGA 3SQ1A 3KD1E 5FDLA 4FJ7A 2HVHA 2X74A 5SWMA 3MAQA 1KFSA 4MFBA 4E7HA 4LD0A 2I5JA 3JYTA 2P5GA 2EHGA 3KKRA 2VWJA 2XY6A 2IDOA 3DLRA 4KB0A 1Y97A 3NH0A 4E7LA 1EKEA 1IKWA 2D0BA 2HB5A 2G8VA 1W0HA 1NOZA 2DFFA 3ASMA 4Y1CA 3SUOA 1LWFA 4G1QA 3V9XA 3O4NA 1DLOA 3SJJA 4M42A 3KK1A 1VSMA 4LSNA 4K8ZA 4I2PA 3LZIA 4FLYA 3KD5E 4CHYA 3MECA 1HQEA 4KTWA 1VSHA 3TI0A 1JKHA 4O0IA 3IRXA 3QEWA 1WSGA 3O3HA 3OYNA 4FLUA 1U48A 4CF9A 5J1EA 2KTQA 3ZCMA 3AO1A 5HRRA 4O55A 1IG9A 1S5JA 1N6QA 2P5OA 3RMCA 1ZBHA 2HHSA 4AH9A 4B9VA 3NBPA 4CK1A 4N47A 3A2FA 4AHTA 1MU2A 1ZYQA 4M3YA 5KGWA 4QCLA 1TKZA 3KLFA 4QAGA 5I3UA 4M3WA 4BWMA 3VQ4A 4J2BA 4KRFA 4KKOA 3K5MA 3CQ8A 3V9UA 2NUBA 3ZT0A 3RMBA 3RMAA 2HMIA 3QLHA 4F3TA 3V1QA 1JL1A 3LP1A 1UAXA 5T7BA 2A1SA 2Q3SA 4W5NA 1CXQA 1C6VA 1DTTA 1VSDA 3P5JA 2HNZA 1TGOA 3SUNA 4FJGA 4OKKA 1I3AA 3AV9A 4B8AB 4Z4IA 4KREA 4CERA 3DLGA 3T1AA 1Z26A 2YHBA 3OJUA 3NCIA 3VN5A 1QHTA 1NJZA 3KIOA 4OKJA 3VQAA 4CJRA 3AVNA 4RG8A 1HNIA 4FLWA 4FW1A 4EZ9A 3KLEA 1C0UA 1S6QA 4C8NA 2OPQA 4EZ6A 2ZD1A 1FXXA 3MEGA 1A5VA 5DMRA 4KHSA 1S9EA 1UA1A 4FCYA 4ICLA 1QE1A 4CF0A 3OYKA 3OYAA 3VQ8A 3CM6A 4CJ4A 3U6FA 4J2EA 4J2AA 4W5TA 3QO9A 4RW4A 3O4QA 2G8UA 4B9NA 1A5XA 5JS2A 4BDYA 1FK9A 4DFJA 4CEFA 5HP1A 1NK6A 1RDBA 3MEEA 4C8MA 3VQ9A 3KK2A 1D9FA 2B6AA 2RKIA 1KVCA 1VSJA 3IG1A 3T19A 4HCBA 1RDAA 5D3GA 1TK0A 2X6NA 3NE6A 3ZSOA 3NAEA 4YNQA 2FBVA 4FLVA 1KSPA 3ZSZA 4CHNA 4JRQA 1BI4B 1GOCA 3ZSWA 1O1WA 1VSKA 3AVLA 4M3TA 2KFZA 4I7FA 3L2VA 4B9TA 4NCGA 1RT1A 4E7KA 1ASVA 4CE9A 4PWDA 4RW8A 4FK0A 1X9WA 3K2PA 4DTOA 1L3TA 4DFPA 2EX3A 3EZ5A 3OYEA 3RRGA 1KVAA 3QEPA 1TKXA 4I9QA 4OPJA 3OYFA 2FC0A 4CIGA 4IFYA 3SV3A 1CZ9A 1SL0A 5C42A 1Q9YA 4KHWA 2E6MA 3ZSRA 1C1AA 3D45A 4FLZA 3OYJA 1XC9A 3V1OA 2A1RA 3WNGA 4CGGA 4BE1A 1BIUA 3ZT4A 1JLQA 2YNGA 2YKMA 3LANA 2WOMA 4CFDA 4CJFA 4E1NA 1WAFA 3QEIA 2ATQA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZQBA 4CEAA 5JMVA 1HNXK 4DQRA 2O8BA 3C95A 3NGIA 3UE5A 2Q0RA 3MN5A 1GLAG 5CY4A 2F8SA 2YHXA 3SLCA 2Q31A 3M8RA 3HO1A 4DQQA 4DV5K 1TUYA 4JKCA 1R0AA 3R6MA 3M8QA 4FO0A 4HCCA 3AVHA 1K6YA 3H1VX 5LJWA 2WBNA 3DMJA 5E26A 1BQMA 3OYBA 3SUQA 4NYNA 3MN7A 3SQ0A 4JI3K 3DXMB 1RT5A 4BG9A 4Z4HA 1OVQA 4OLAA 2BTFA 4NLCA 4NCBA 3O9TA 4CJWA 4B1VA 3SI6A 3ZT1A 4ID1A 2BANA 3BZKA 3LDOA 4B9QA 3FLCO 1HYSA 3DLLL 3KJVA 2KZMA 5AQLA 2ASMA 3DLKA 3QDKA 4KI4A 4GVMA 3R1XA 1TKTA 1JXEA 2I7PA 5EVZA 4DWIA 2ZGZA 2E8AA 3LP2A 3C0BA 1MDUB 2V7ZA 2BDPA 4PUOA 1TL1A 3K5LA 4JKGB 2DPNA 3OBWA 2ZF5O 4BWJA 3SBGA 4FWPA 2R7YA 4JI1K 4F3OA 4BC3A 3AGKA 3THVA 3AVMA 3CCEN 1YTUA 4H0VB 2F96A 1K8KA 1XHZA 4F2SA 1BA1A 5AFUH 3V9ZA 1REVA 3CQYA 4F2RA 2QI2A 4PY5A 3OJSA 4DV0K 3U3YA 5AQJA 4PA1A 1X3NA 4DLEA 3M1FA 1S1TA 2VYPA 3EEQA 3DYAA 1ZXOA 4CJLA 4CEBA 2BUPA 1T3VA 5TKYA 1YVNA 3RR7A 3TPQA 3LDSA 4DSKA 3EL2A 2HBJA 4IG0A 2YJEA 4LY7A 5I42A 4BE2A 3PX6A 3CCJN 1K8KB 1S6PA 3ZYYX 3M8PA 5JS1A 1XQSC 4CIEA 3QNNA 4CHOA 2O4GA 2HNDA 2E88A 4GVEA 1LOTB 4DQ8A 1IJJA 5ADXH 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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