3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
2NUBA 3CG7A 4CCHA 4F3TA 3F9KA 1WSGA 1S9EA 3O3HA 2W42A 1U04A 3ZSQA 5HBMA 4CJWA 4HHTA 4AHRA 4ELTA 4B3OA 3AO5A 1RT3A 1Q9XA 3TARA 1X9SA 2AJQA 1S9GA 4DTUA 1Z26A 1VRTA 3AVBA 3QIOA 4OKJA 4CJ3A 3DLRA 3LWMA 3V6DA 1KSPA 1B9FA 5KGWA 1BQMA 2JGUA 3MAQA 4DLGA 3RMBA 3O4NA 4CIGA 2HHVA 1WSJA 3HVTA 3LP2A 2P5GA 3VQQA 1SKWA 5HLFA 1TL3A 4GW6A 2IDOA 4CF2A 3C6TA 4CJVA 3AO1A 2HHUA 3VQ6A 3K2PA 4CEDA 4ZTFA 3TR8A 3VQ5A 4CJ5A 4KTQA 1S6QA 3SUQA 2DFHA 4CHNA 1KLNA 2D0AA 4ID1A 1C1AA 1RNHA 4M3YA 4C8KA 1WSIA 2IOCA 3HP6A 1L3TA 1BHLA 4CK2A 4I9QA 4K8ZA 4HUGA 2DFFA 4O5BA 3ITHA 3CM6A 3OYIA 3T1AA 3RMCA 3QETA 3SUPA 2BGGA 3LP1A 3QEIA 3HP9A 1XHZA 4Z4IA 2G8HA 1NKBA 1TL1A 1KTQA 1CZBA 3HJFA 4DTPA 2PYLA 3SZ2A 3DM2A 2XHBA 1CLQA 2P5OA 2ZD1A 1JLBA 1BQNA 2RF2A 4EP4A 4HUEA 3OYKA 3ZT2A 1REVA 3K57A 4FM2A 2ZE2A 3M8RA 3CYMA 4M3XA 1LW0A 5D3GA 3TAFA 4HVJA 2HHXA 4CEOA 4W5TA 2OPSA 4NCGA 3PY8A 1BL3A 1TV6A 3AO4A 1C0TA 4MFBA 3S3OA 1KVAA 3SQ4A 3LPUA 3LP3A 1WSEA 4DU4A 4ID5A 4OKKA 3SUOA 1QQCA 5DMRA 4B9NA 3OYCA 4CFBA 2HNZA 1BGXT 3RMAA 3NH0A 4F3OA 2D0CA 5J2MA 4IG0A 3P1GA 3HK2A 2A1SA 3C94A 3VQDA 3L2RA 2Y1JA 3P83D 2FC0A 4FJ8A 4UQGA 2PY5A 4J2EA 4J2DA 3SQ1A 3SV4A 1U4BA 4DQRA 5FDLA 4KHSA 1D9FA 1EKEA 2OPQA 1S5JA 1VSHA 1BIUA 3BGRA 4LD0A 4DS5A 4DLEA 3KK2A 3L2WA 5DK5A 2ITGA 5J1EA 3V9UA 4DTJA 3LWLA 2R7YA 1JLCA 2KQ2A 3VA3A 1BIZA 2Z1HA 1VSFA 3QEPA 3OS1A 4KREA 3THVA 3H08A 3S3MA 4CIEA 1S1TA 5I3UA 1LAWA 1JLFA 2QK9A 1FK9A 4CGFA 1FKPA 2HNDA 3NF9A 3HXMA 1SKRA 4GVMA 4FZZA 1DTQA 2OZSA 4DMNA 4KFBA 4IFYA 1IKYA 3I8DA 4HTUA 3P5JA 3L2VA 2VWJA 1UA1A 4CIFA 1X1PA 1WAJA 1NOZA 2IGIA 4FW1A 1YTUA 3SJJA 1BISA 4NYFA 3PX0A 4OJRA 4CHPA 4YFUA 4KV8A 1MU2A 1NKEA 4OVLA 3WNFA 4E0DA 4M42A 3IS9A 3VA0A 1J5OA 4BDPA 3OYBA 3ZSOA 3AV9A 1NK6A 2FBXA 5FROA 3TAMA 5HRNA 3WNGA 1CXQA 3AVLA 4DTOA 3U3YA 1NJYA 1TKZA 1NK0A 1T7PA 3NF8A 5C25A 3O3FA 4Z4HA 3OS0A 1EETA 4BDYA 3HSTB 4QAGA 4CEQA 1VRUA 3FFIA 1HJRA 3VQ9A 4CGHA 3JYTA 2G8UA 2G8IA 1TK5A 3CM5A 1BCOA 4CF9A 4QOZB 1Q9YA 4JLHA 4OPJA 4IKFA 2Q3SA 1Z25A 1RTDA 2IC3A 3OS2A 3AO3A 3QEWA 3CFOA 1KVCA 5CZ1A 4O0JA 2RN2A 3LDSA 1JKHA 3VQAA 1XI1A 1RILA 3CFPA 4ELUA 1D9DA 5K14A 1WLJA 3LALA 2OPPA 4CJFA 5KRTA 3RRHA 2GUIA 3KIOA 1TAUA 4IBNA 3IAYA 3D0PA 4EZ9A 1WSFA 4CGIA 2BE2A 2XY6A 4CEZA 1ASVA 3VN5A 1LWEA 4KTZA 3WNEA 2OYQA 4FZYA 4FJ5A 1JL1A 1IKXA 2I5JA 2OPRA 5CY4A 1B9DA 3NF6A 3MEEA 3K5NA 3TAPA 1U47A 3NBPA 2VG6A 1RBTA 1RTIA 4CK3A 4CFDA 4KTWA 4B8CA 4KHNA 3TI0A 3PX6A 3ZT1A 4FZXC 2HB5A 1C6VA 3NF7A 3E01A 2HHWA 4BE0A 4FVMA 4YNQA 2EX3A 4E1NA 3T3FA 1YTAA 2XO7A 1YVUA 3ZT0A 4ZTJA 1RBRA 4CHOA 4FM1A 4CJQA 1RT1A 1U48A 1RCHA 2B5JA 2A1RA 1SKSA 4MQ3A 4NYNA 3QNNA 2DFEA 2G8WA 5CYQA 2G8FA 5J2QA 3VQ4A 3K5MA 4CJ4A 2IAJA 3L3UA 3LAMA 3OJUA 1KFDA 1VSIA 3QINA 1C1BA 3HM9A 3EYZA 1QS4A 3K59A 1KLMA 4DFKA 1D5AA 2X74A 4M3WA 1EXQA 5CYMA 4AH9A 1TKXA 1X9WA 4AHSA 2Z1IA 4M3RA 2X6NA 2P51A 4B9VA 1HMVA 3OYMA 1RT5A 3V1OA 4CHZA 4CJEA 1JLAA 1Y97A 1HPZA 1RTHA 1KCFA 4G1QA 3PO5A 1HYVA 3NFAA 4CEFA 2VG5A 4Y1CA 3DRSA 3S9HA 3PX4A 5T7BA 3VQEA 1EX4A 1NK9A 4FJHA 4KKOA 3G0ZA 4BACA 2P1JA 3KLHA 3MXJA 4FLWA 4AHCA 4KPYA 4RW9A 3QESA 5JS2A 1J9AA 2VWKA 1IG9A 3TANA 3ALYA 1C0MA 4CGGA 4DF4A 2HHTA 4DSLA 3VQPA 3AA2A 4FM0A 4CJKA 3V9WA 4KHUA 3VQCA 1W0HA 3ZSXA 2Z1JA 4W5RA 4JS5A 3BDPA 3I0RA 2YNGA 3KKRA 1F21A 1RT2A 1VSKA 3EZ5A 3MXIA 4JRPA 3K5LA 3SUNA 1NK7A 4KI6A 3HYFA 2O4GA 4KHYA 4OGCA 1RBVA 5E41A 2XY5A 1VSMA 4ICLA 1XC9A 1D8YA 4I9LA 2WOMA 3HO1A 1HQUA 1J53A 3OJSA 1LWCA 1XWLA 4ELVA 4E3SA 1BCMA 1RDAA 4H4MA 4WE1A 2X6SA 2XRIA 1TKTA 3CFRA 1NKCA 4AHUA 4CEEA 5J2PA 1QSYA 4DQPA 4CJSA 2E6MA 3AVIA 3AVCA 3M8PA 1GOCA 4LY7A 4OKEA 4DFPA 4IFVA 1NK4A 1N6QA 3VQ8A 3AVAA 1NJXA 5SZTA 3SPYA 3QERA 4FK0A 4Z0UA 3JSMA 3KJVA 1SL1A 2KZZA 4LH5A 1L5UA 1C1CA 2YNIA 1A5WA 2X78A 3HL8A 3AA4A 4FCYA 3PV8A 1RBUA 4C8MA 3AVJA 3ZT4A 4R5PA 2YKMA 3LAKA 4E7JA 2BDPA 1QSSA 2KFNA 4DF8A 1CXUA 1B92A 4F4KA 2YHAA 3RR7A 3QIPA 4E1MA 3I0SA 4DSFA 4J2BA 2FBYA 4FJ9A 2IS3A 2B6AA 2YHBA 1J54A 1SUQA 4N41A 1QTMA 1WN7A 1RT4A 2JLEA 3AVNA 5KTQA 1IH7A 3NGZA 1RDBA 4KB1A 1EP4A 1T05A 4OPKA 5C42A 4KHWA 2OZMA 2HHSA 4CFAA 3OYDA 1QHTA 4C8NA 4Z4GA 4CECA 1NOYA 3LP0A 1O1WA 2VG7A 1IO2A 2YKNA 3QO9A 4GMJB 1ZBUA 5SWMA 4XIUA 3OYHA 4E7IA 4FXDA 4TSXA 5HP1A 4RW7A 5EU7A 4E19A 4PUOA 1ZBLA 2F96A 4CJUA 4CGJA 5KI6A 1WNSA 3AVMA 4N5SA 1BI4B 3NCIA 4RW6A 3V9XA 2KTQA 4C8LA 1I3AA 4DQSA 3TAQA 4CEAA 5KGXA 3WNHA 1RBSA 4CESA 1JXBA 1HYSA 4W5NA 3CQ8A 4M45A 3IRXA 4CJLA 4CJRA 1DLOA 1TVRA 4KAZA 4OGEA 1TK0A 2KZMA 4PQUA 2QKKA 1WAFA 2Z1GA 3DLEA 3DMJA 3V9ZA 1S1WA 3QEXA 1KVBA 4OLAA 2RKIA 4CE9A 1UAXA 3TAGA 4FJIA 1S1VA 3KD5E 2XY7A 3ULDA 2YV0X 1VSEA 3S3NA 2LSNA 1RTJA 3MEGA 4LSLA 3MXMA 3KLFA 1XHXA 4FLYA 4DTMA 4CK1A 4E7KA 5JS1A 2D0BA 3M8SA 3OYAA 3ZSRA 1SV5A 2DTUA 3T19A 4B9UA 1HYZA 1HNIA 2PZSA 4J2AA 1RT6A 3QLHA 3NAEA 1Q8IA 3MECA 3SI6A 2HMIA 5FRMA 5HRPA 4FLUA 1HQEA 1VSDA 2RPIA 4EP5A 3ZSYA 1UOCA 3U3GA 5C24A 3DOLA 4NCAA 2HW3A 1LAVA 3AA3A 3SV3A 1VK0A 3DRRA 4IG3A 1I39A 3TWHA 3IG1A 4CJPA 1TAQA 3SPZA 4W5QA 4FJXA 1IKWA 3AVKA 1UA0A 1A5VA 3PO4A 4FJMA 4DTSA 3DLGA 3ZCMA 4CF0A 2OA8A 3UIQA 3AVGA 3G10A 4QCLA 4FYDA 4BE1A 5FRNA 4OLBA 2FBVA 3HPGA 4RG8A 2D5RA 4BE2A 3RTVA 4LSNA 3V9SA 1T8EA 1T03A 1QE1A 2YNHA 4I2PA 4CERA 2G8VA 2PYJA 4B9MA 3KTQA 4DSKA 3NDKA 3AO2A 3ZSZA 4FW2A 2ATQA 1L3SA 4KO0A 4O44A 4DWIA 4LH4A 4JRQA 3KLIA 3ZT3A 4FLXA 2FBTA 3SCXA 4DTXA 3AA5X 3NH1A 4F2RA 4DSJA 3OYNA 4O55A 3DLBA 1TGOA 3LANA 3HPOA 4JS4A 1KRPA 4FJJA 1ZBFA 3KLGA 1DTTA 4M3ZA 2KFZA 3DLHA 1C0UA 1L3VA 3L8BA 1SL2A 4KI4A 4E7HA 1NK5A 3VQ7A 5HROA 3TABA 1BI4A 2QKBA 3B6PA 2E6LA 1JLGA 1U45A 2GBZA 3AVHA 4H4OA 4FLVA 4B8AB 4AILC 1NJWA 4HCCA 4DU3A 1QSLA 1IKVA 4PWDA 2DY4A 4DSIA 4F2SA 4K8XA 1TKDA 4BWJA 3V1RA 3OYJA 4FLTA 1JL2A 4CGDA 2F8TA 4BWMA 4N47A 4W5OA 4B9SA 3ASMA 4B08A 1HNVA 4KRFA 3V4IA 2ZQBA 2XY8A 4CHYA 3KK3A 2EHGA 4I2QA 3LZIA 4PA1A 4DFMA 3NGIA 1HRHA 4CEBA 3HVRA 3OVNA 1U49A 4M41A 1S6PA 3PUFA 3L2UA 3KD1E 1ZBIA 3NH2A 4FJGA 4C8OA 4RW8A 4Z4EA 4CF8A 3SYZA 4CHQA 2KW4A 3V1QA 4DTRA 4DQIA 4O0IA 1GOAA 3LPTA 1CZ9A 4RW4A 3QNOA 3DRPA 1N5YA 2B4JA 4CJTA 1L3UA 4FJKA 4FJ7A 4DQQA 3RRGA 3RMDA 3KLEA 3C95A 3A2FA 3DOKA 3VQBA 1K6YA 4HCBA 1VSJA 3L3VA 3NHGA 4N76A 4B9TA 4Q0BA 4H8KA 3DI6A 2HVHA 3EY1A 2HHQA 1ASUA 4E89A 3NGYA 4B9LA 3B6OA 1RDCA 4I7FA 4Z4FA 1RT7A 1YT3A 4NCBA 3QEVA 1ASWA 3M8QA 4N56A 1ITGA 3C6UA 3U6FA 1S1XA 5J2NA 5HRSA 3SNNA 4CFCA 2O4IA 4Z4CA 3KK1A 2Y1IA 5HRRA 4DS4A 4DFJA 3O3GA 3SQ2A 4AHVA 4ZHRA 4E7LA 1RDDA 4AHTA 3NE6A 3DYAA 4FLZA 1TK8A 1ZBHA 3TAEA 1JXEA 2HNYA 3D45A 2F8SA 4IDKA 4EZ6A 1W9HA 1FKOA 1LW2A 5CZ2A 3OYLA 3K58A 2GV9A 3RWUA 1JLEA 1WSHA 1FXXA 4DG1A 3ZSWA 1SL0A 1ZYQA 1LWFA 1NJZA 3F73A 4BDZA 4PY5A 4DSEA 3SQ0A 1JLQA 2ETJA 1VSLA 4FJNA 1R0AA 5KRSA 1LV5A 2G8KA 3ZSVA 1NK8A 3RR8A 3KKSA 3MEDA 1X9MA 3K5OA 1KFSA 4M3UA 4KB0A 4FK2A 1G15A 3HPHA 4O4GA 3OYGA 4M3TA 2WONA 1S1UA 4HUFA 4DU1A 4DTNA 3V81A 3HT3A 4FJLA 4CF1A 4Q5VA 4F8RA 4FK4A 3OYFA 2BANA 1A5XA 1GOBA 1UWBA 3AVFA 2E4LA 4L8RB 3L2QA 5I42A 4KHQA 3LZJA 3ISNC 3O4QA 2HVIA 3DLKA 4Y1DA 2YNFA 3OY9A 3OYEA 2QXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NUBA 4FWQA 1DKGD 4CCHA 4F3TA 1S9EA 4JI0K 1U04A 5MLCQ 4ELTA 2P9IA 1JCFA 1X9SA 2AJQA 3O8MA 3LWMA 1VRTA 5AQHA 4OKJA 4C1NI 3V6DA 5AFUH 4OPAA 1BUPA 3MAQA 1QVFM 2HHVA 2O8EA 3LP2A 1TL3A 3CJCA 4CEDA 3VQ5A 4KTQA 3ATVA 4A59A 2DFHA 3ZEUA 1RNHA 4IOAL 1WSIA 4JI3K 4K8ZA 4FWSA 2DFFA 4HUGA 3SUPA 2FLOA 3PIOL 2V52B 3QEIA 1EWRA 1BOTO 1NKBA 4IEIA 2O8DB 3HJFA 3NVKA 4YDUA 4JI8K 2RF2A 4EP4A 3ZT2A 4FM2A 3M8RA 2NRZA 3TAFA 3TSQA 1N8RO 4W5TA 3PY8A 3AO4A 4JKGA 3SQ4A 3LP3A 4ID5A 3MN6A 3SAFA 4K0KK 3MX5A 1BGXT 4DKWA 3C94A 4FJ8A 2FC0A 4J2DA 1W2BM 3M1FA 1U4BA 1EQYA 4GKKK 3BGRA 1S5JA 1VSHA 2E2QA 3KK2A 3OTOK 3QEPA 1VSFA 4CIEA 1S1TA 2GUPA 5AQRA 1SKRA 3MN9A 2OZSA 5C2DA 4WQ5C 4IFYA 2P9LA 3K9JA 2ASOA 3CJ7A 2UUAK 1ATSA 4FWPA 4H5VA 5DM6L 2KHOA 2UXDK 4JKEA 4YFUA 4H5NA 4OVLA 4QS9A 3WNFA 4M42A 1J5OA 4FWRA 3AV9A 5FROA 4DTOA 2P9PB 3AVLA 4X64K 3QMLA 3G4SN 3O3FA 3OS0A 3HSTB 4CEQA 2G8IA 1HJRA 3VQ9A 3CM5A 1BCOA 1MWKA 3DXKB 3FZKA 4OO1J 2IVPA 4IXCA 4CF9A 4OPJA 1RTDA 4RWTA 1OKJA 4KH5A 4BVPA 3QBWA 3CMEN 4O5FA 3RRHA 3IMXA 4IJNA 4CVNE 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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