3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
3KLHA 4FM1A 3ALYA 3O3GA 3VQCA 3S9HA 2GV9A 4OVLA 1JLCA 4Z0UA 3VQEA 4N5SA 3RMCA 2DTUA 4W5OA 4FCYA 4IKFA 3LP1A 1L3SA 3HSTB 4CFCA 4BWJA 1LV5A 1BGXT 1VSEA 2DFEA 3ZSVA 1TK0A 2KFNA 2HHTA 4E7JA 3QNNA 1MU2A 5SZTA 4DTNA 2B5JA 4KB1A 3MEDA 2AJQA 3KKSA 3TABA 1Q9YA 1CZBA 4KHQA 1VSFA 1VSMA 3MEEA 4N41A 4LSNA 4H4OA 3PY8A 4KTQA 3AVMA 3L3VA 3AO1A 2GBZA 3OYKA 4KHYA 3SPYA 4CCHA 4FXDA 1WSFA 4GMJB 3KLEA 2RN2A 4CJKA 5HRNA 1RCHA 3SPZA 5C24A 4CF1A 4CK3A 1KRPA 4W5NA 4CEDA 2DFFA 1RBRA 1NOZA 4CF8A 4FK4A 2F8SA 1JLBA 3SUQA 4Z4IA 3QEVA 1RT5A 2P1JA 3M8SA 4CJRA 4EP5A 5KTQA 4CJQA 2VG7A 5HRSA 3LAMA 4HTUA 3HYFA 3L2UA 4BDZA 4PWDA 4NYFA 3VN5A 3NGZA 4I9QA 3HP9A 4RW8A 3AO4A 1U45A 1XHXA 4CE9A 1D5AA 1JLEA 3AO2A 2OPRA 3HPOA 2W42A 1A5VA 3C6UA 2XO7A 2P5OA 1SL2A 3U3YA 2WONA 4CJ4A 1IKVA 4B9MA 1BI4B 3AVIA 4F3OA 1RDBA 1KSPA 3VQ4A 2KQ2A 4RW4A 2YNFA 4CEQA 4N56A 3QEWA 3QERA 3G0ZA 1BHLA 4KHNA 2BANA 1RT4A 1RDAA 1UWBA 2NUBA 3TAEA 2O4GA 1X9MA 5HLFA 4I7FA 3RRGA 1X9SA 4O0IA 4CK1A 1JL2A 4FJLA 3G10A 4B08A 1XHZA 1RBTA 1WAJA 4RW6A 4BACA 1KFDA 4C8LA 2X6SA 1FXXA 4W5RA 4N47A 3L3UA 1J9AA 3PUFA 4FJKA 3S3MA 2QKBA 2XY8A 2ZD1A 1RT6A 4LH4A 2G8WA 4FJGA 1WAFA 2YNIA 4FJ9A 1GOCA 3AVGA 1ZBIA 3JYTA 4OLBA 1IKYA 2PY5A 1FK9A 3KD1E 1Q8IA 2ITGA 4TSXA 1R0AA 4CEBA 4M3YA 1VRUA 1RTJA 4DLEA 5D3GA 2G8VA 1TAUA 3VQ5A 4DTXA 1S9EA 2X78A 1HYZA 4NYNA 2I5JA 3V1QA 4J2DA 3HK2A 5KI6A 3HO1A 3DYAA 4CF0A 4O55A 3AVNA 4M42A 2IC3A 4LY7A 4M41A 4AH9A 3AA5X 4EZ9A 4Z4HA 1BIUA 4H8KA 3HT3A 1B92A 4CHYA 4PY5A 2RPIA 3IG1A 3VQDA 1A5WA 4DTMA 3AVHA 3SV3A 2G8UA 1QSLA 1N6QA 4CGIA 4JLHA 3WNHA 4M45A 4OPJA 4BE2A 1VRTA 4I2PA 1NJWA 4FLTA 2PYJA 1VSLA 4FZYA 1CLQA 4KTWA 1QTMA 3AVJA 4IG3A 4CIEA 1BQMA 1DLOA 1EX4A 3ZSZA 1B9FA 4CHNA 1SKRA 2PZSA 4ID5A 4CGGA 4J2BA 4E1NA 1TKTA 4YNQA 2HHXA 1RBVA 1RT7A 3QESA 2B6AA 4M3ZA 5J2QA 1QQCA 4K8XA 3I0RA 1D8YA 4E7LA 1BL3A 3V9ZA 4W5TA 3B6OA 3KD5E 4KI6A 2YHAA 4CHOA 4DU1A 4AHTA 4NCGA 4FLVA 1S6PA 1QS4A 3L8BA 3OJUA 4KHSA 2FBVA 1A5XA 1ASUA 3AVBA 3HPHA 4B9NA 4C8KA 3CFOA 4UQGA 4QAGA 3NBPA 1NK9A 4CERA 4MQ3A 2G8HA 3DLHA 4BE0A 4B9UA 5HBMA 1ASVA 3OYGA 3NFAA 3AVFA 1NJYA 3MXMA 4DSIA 1GOAA 4CESA 1RDCA 1WN7A 3P83D 4QOZB 2HHUA 3QO9A 4BWMA 3QEXA 3O4NA 2YNHA 4H4MA 4CF2A 3VA3A 3RR7A 1RNHA 2EHGA 2QXFA 2YKNA 3VQ8A 4N76A 1C1CA 1QE1A 3V1OA 3OJSA 3OS1A 1DTTA 1WNSA 3K5LA 2LSNA 4AHSA 3PO4A 3VQ9A 1UA0A 1Q9XA 5CYQA 1U47A 1VSHA 1QHTA 4O44A 3KTQA 4HUEA 5KRTA 1TAQA 4Y1CA 4JRPA 4DQQA 4YFUA 5HP1A 3T1AA 2ATQA 1YTAA 3D0PA 3ZSOA 1JXEA 3C94A 1XI1A 3L2QA 3KKRA 3O4QA 1SL1A 2HMIA 1ZBFA 4Y1DA 2VG6A 1VSKA 3BDPA 3RTVA 3S3OA 4FJ5A 3OYFA 4L8RB 1W0HA 1REVA 4FJ7A 4RW9A 3LP0A 2HHVA 3KIOA 4CJPA 4ZTFA 3NF8A 1L5UA 3PX0A 3LPTA 3C6TA 2ETJA 4KREA 1LAWA 3HP6A 3CM6A 2BDPA 3NF9A 1WSGA 1YVUA 3CFPA 2OPSA 3KLIA 4FJHA 5SWMA 4FJ8A 3ISNC 4DQSA 2B4JA 1U4BA 4BDYA 5I42A 3P1GA 1T03A 4BE1A 4F4KA 3OYMA 3SJJA 3WNGA 1EKEA 3LP2A 1U48A 3VQ7A 2P51A 2OPQA 2PYLA 3VQBA 4CEFA 4Q5VA 4OLAA 4XIUA 3KK1A 3DM2A 2A1SA 3HL8A 3SQ2A 1RTIA 4DWIA 5EU7A 1JXBA 1VSJA 5FRMA 1HQUA 1SKSA 4DTSA 1YTUA 1CXQA 3AA4A 1N5YA 4CEOA 1TGOA 4HUGA 3TAFA 2BGGA 1JLGA 4PA1A 3WNEA 1SV5A 3AO3A 4C8MA 4CJUA 1RT2A 3SYZA 1NJXA 3ZT2A 4DTPA 3SQ0A 1BCOA 3V81A 1KVCA 4FZXC 4F8RA 5CYMA 4FM0A 1SUQA 4GVMA 2G8KA 2BE2A 2RKIA 1EXQA 4OPKA 4M3UA 4F2RA 4RG8A 2HHWA 1XWLA 1TK5A 4DS4A 3OYEA 3EY1A 4CJTA 2IGIA 2Z1IA 5E41A 2RF2A 2OZMA 3PX4A 1TL3A 4E7KA 4B9TA 3T19A 2A1RA 1T05A 1KFSA 3OS0A 1CZ9A 4E19A 1KTQA 3DLRA 4WE1A 3EYZA 3PX6A 4FJJA 2HVHA 4DTOA 1BCMA 3OYCA 3LPUA 5C42A 3MECA 5HRPA 3V4IA 3AVKA 4FLXA 1NK0A 1SKWA 2HHQA 1NJZA 3QETA 4FLUA 3OYDA 3BGRA 3T3FA 3C95A 4DSEA 4B8CA 4F2SA 1T7PA 3VQ6A 2D0BA 4CJSA 4ELVA 4J2AA 4MFBA 3CFRA 1ZBUA 4M3TA 5HRRA 1HJRA 1S1VA 4OJRA 4E1MA 4KTZA 3QINA 4M3RA 4AHRA 3SUNA 1LWFA 1BQNA 4DF8A 3AVAA 4DSJA 4CHZA 4ZTJA 4FVMA 5DK5A 3ULDA 1S9GA 5FROA 4CJFA 3QNOA 3TWHA 2IOCA 1TL1A 5DMRA 1HQEA 4CJLA 4HUFA 1BISA 4CFBA 1D9FA 4ID1A 1JKHA 4FW1A 5J2PA 4NCAA 3AVLA 5CZ1A 1S1XA 4LD0A 1JLQA 1S1UA 1RTDA 3IAYA 2D5RA 1HYSA 1S1WA 1HMVA 4C8NA 1T8EA 4Z4CA 4JRQA 2GUIA 1S6QA 1TKXA 2YNGA 1NK8A 2IDOA 1KLMA 1WSHA 1ZYQA 3VQPA 1C6VA 2FBXA 2G8IA 4B9SA 4AHUA 2HVIA 2Z1HA 4CHPA 3U6FA 2HNYA 4OGCA 1NK7A 1IG9A 4CIGA 2KFZA 2XY6A 4Q0BA 3KLFA 3PV8A 1HRHA 1LAVA 3E01A 3OYHA 2OPPA 2HB5A 3HVTA 3V9XA 2HNDA 3KLGA 1WSEA 3K57A 2FBTA 1WSJA 3HM9A 4IFVA 3NDKA 2Z1JA 3VQAA 1S1TA 1WSIA 4LSLA 1RT1A 3O3HA 3AA3A 4CGHA 4DSLA 3LWMA 2JLEA 3K59A 4DFMA 4DFPA 1NKEA 4C8OA 1KVAA 3ZSRA 3VA0A 4CFDA 1NKBA 2XRIA 4DQIA 3MXIA 4R5PA 1EP4A 3LZJA 3IRXA 5CZ2A 2YHBA 2ZQBA 1NKCA 1B9DA 1RDDA 2HNZA 3L2RA 1TKDA 1KLNA 1TVRA 1IO2A 3ZSYA 4FLWA 1J5OA 3HJFA 1HNIA 2YKMA 5K14A 3V6DA 3DRRA 3SZ2A 1RILA 4CIFA 4Z4FA 4FJMA 3OVNA 3QEIA 1TK8A 3K5OA 3I8DA 4KPYA 2QK9A 2HHSA 3QIOA 4KHWA 1XC9A 4CJVA 2Y1JA 1QSYA 3TANA 4CECA 1W9HA 4KB0A 4FW2A 4IG0A 4OKJA 2F96A 1K6YA 2VG5A 4CGDA 4Z4EA 4Z4GA 3L2VA 3M8PA 3V1RA 3I0SA 4CJEA 1VSIA 4O4GA 1RTHA 3CM5A 3WNFA 3OYLA 4NCBA 1UA1A 1NK5A 1LWCA 3V9SA 4DQPA 4CF9A 3TAGA 4ZHRA 1JL1A 1X9WA 3MXJA 3HVRA 2XY7A 4B8AB 4DTJA 1EETA 2HW3A 3TAPA 2OYQA 4HCCA 4CJ3A 4PUOA 3O3FA 3KK3A 4I9LA 1FKOA 1O1WA 4DF4A 1ASWA 1YT3A 3DOLA 1C0UA 1TKZA 1U04A 5J1EA 3RMAA 4E3SA 5HROA 4HHTA 5CY4A 2Q3SA 4GW6A 5J2MA 3LAKA 3TAMA 1L3VA 3AO5A 2E4LA 2F8TA 1QSSA 2IS3A 4CK2A 2FC0A 1RBSA 4KV8A 4FZZA 2E6MA 4DU4A 1GOBA 1CXUA 2D0CA 3AV9A 1G15A 4FM2A 3NF7A 3ZT3A 4F3TA 1FKPA 3IS9A 1I39A 4KRFA 3LANA 3CG7A 4I2QA 4JS4A 4CHQA 4AILC 2JGUA 2KZZA 3HPGA 3NCIA 1X1PA 4CFAA 1C1AA 4IBNA 4DTRA 3TR8A 4O0JA 4E0DA 3LZIA 1UOCA 1LW0A 4CEZA 3ZSXA 2OZSA 4DS5A 3DMJA 1JLFA 3A2FA 3DLBA 5JS2A 1KVBA 4PQUA 2FBYA 3AVCA 4CEEA 4M3WA 4DSFA 1VSDA 1C0TA 2KW4A 3OYAA 3AA2A 1I3AA 1LW2A 1F21A 3DI6A 1DTQA 4IDKA 4E7IA 4DSKA 1BIZA 2D0AA 4AHVA 1NK4A 1IH7A 3NAEA 5KGXA 3NH0A 1HYVA 3H08A 2XHBA 3SUOA 2G8FA 4KHUA 4ELTA 1C0MA 1RT3A 3DLEA 2KTQA 5C25A 3OYNA 1JLAA 1KCFA 1LWEA 4LH5A 5FDLA 1ZBHA 4B3OA 3S3NA 2OA8A 3SQ4A 3NF6A 4OKEA 3ZSWA 2ZE2A 3KJVA 2WOMA 1SL0A 4ELUA 3NHGA 5KGWA 3LDSA 3SUPA 3QLHA 3DOKA 3SI6A 4IFYA 3OS2A 2KZMA 3THVA 1L3UA 4B9VA 4DQRA 1WLJA 3DLGA 1L3TA 3ZT1A 3ZT4A 3NE6A 2R7YA 4FK0A 3RWUA 1ITGA 3TAQA 3LP3A 4OGEA 4KKOA 3NH2A 1IKWA 1J53A 4CGJA 4M3XA 4B9LA 3M8QA 4ICLA 3U3GA 4CEAA 3RMDA 3QEPA 3PO5A 1HNVA 4G1QA 1Z25A 3ZT0A 3ZSQA 5J2NA 4CJ5A 3RMBA 2YV0X 2EX3A 4FK2A 1VK0A 3UIQA 4AHCA 4DU3A 4DFKA 4DMNA 2VWKA 3P5JA 4KO0A 2DFHA 3TARA 4FJNA 3HXMA 3TI0A 4FLZA 4FYDA 3OYIA 4JS5A 3CYMA 2X6NA 1J54A 4FLYA 3F9KA 3NH1A 3K2PA 3NGYA 3DRPA 4HVJA 2P5GA 3ASMA 3SQ1A 4DTUA 4FJIA 2O4IA 4OKKA 4KAZA 4DLGA 3DRSA 3KK2A 3JSMA 4CGFA 3MAQA 3RRHA 3SNNA 1NOYA 1BI4A 5FRNA 2X74A 3NGIA 3SV4A 2XY5A 5JS1A 4E7HA 1TV6A 2E6LA 3SCXA 3OYJA 1D9DA 4W5QA 4DG1A 4QCLA 3V9WA 4KFBA 3DLKA 4RW7A 3EZ5A 4EZ6A 4O5BA 3ZCMA 5I3UA 2VWJA 3FFIA 4CJWA 3MEGA 3VQQA 2Z1GA 3QIPA 5KRSA 1NK6A 3K58A 3LWLA 3ITHA 4K8ZA 3F73A 1Y97A 3K5NA 1RBUA 1HPZA 1Z26A 1UAXA 3B6PA 1S5JA 3M8RA 3L2WA 1ZBLA 3LALA 2QKKA 2DY4A 2Y1IA 3K5MA 5T7BA 4BDPA 4J2EA 4EP4A 3OYBA 4KI4A 1U49A 1C1BA 3RR8A 3CQ8A 3D45A 1IKXA 4DFJA 3V9UA 2IAJA 4E89A 3OY9A 4FJXA 4HCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLHA 3ALYA 1HKBA 2GV9A 1JLCA 3VQEA 4BRPA 4B1XB 5JLFA 1GLDG 1L3SA 3ENHA 4WF9L 4O5FA 2NLXA 3E9LA 2HHTA 4GKKK 3KVGA 4DTNA 1Q86O 2HBLA 4FWQA 1Q9YA 5GAHP 1H1VA 2GBZA 5KPRA 3ZX3A 3SBTA 3SPYA 1KAXA 4GMJB 3KLEA 3U4LA 4CJKA 3IDHA 1MDUB 4CK3A 4W5NA 4EHTA 4IEIA 1ATNA 4LC9B 1JLBA 3MK6A 4Z4IA 3M8SA 3CCJN 5KTQA 4CJQA 1YHQN 5HRSA 1QHAA 4PWDA 4I9QA 2XO7A 4CJ4A 4YOVA 4PHTX 5AQTA 1KSPA 4RW4A 2FLOA 5MLCQ 3G0ZA 2BANA 1RT4A 1RDAA 4A5AA 2PAVA 4A61A 1RBTA 3HTVA 1KFDA 4C8LA 2OTJN 1J9AA 3QBWA 2G8WA 3JXUA 4DV1K 3THWB 1ZBIA 4OLBA 4HTLA 4WFNL 1FK9A 2PY5A 3KD1E 1VRUA 5D3GA 5M1FA 1TAUA 3VQ5A 5KI6A 4H0PA 3GOIA 3DYAA 4CF0A 2GUPA 5AQOA 2IC3A 4AH9A 3AA5X 4Z4HA 4H8KA 3BF1A 1M1KO 4PY5A 2RPIA 3IG1A 3CCSN 3G25A 1BA0A 3AVHA 5LMNK 1GLJO 3WNHA 4JI2K 4FWRA 1VSLA 3VEVA 3GG4A 3MN5A 4KTWA 4JKEA 1SKRA 5AZIB 3JAMO 4YNQA 2HHXA 5J2QA 2NRHA 4DKWA 3B6OA 1YJNN 1K73O 4H5VA 3L8BA 1DT9A 3I8BA 3MCAB 4X65K 4QAGA 2GWKA 4MQ3A 2G8HA 5KQ8A 5AQYA 2HOEA 3TTDA 2ZM6K 1GOAA 1WN7A 4BVPA 4XEIA 3QO9A 1JCGA 4JK9A 4O8KA 2EHGA 2QXFA 4M7YA 3PO4A 5CR4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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