3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
4C8NA 4CFCA 3SQ0A 5EU7A 4KHYA 4OGEA 3RMCA 1U45A 2KZMA 2F96A 3AO1A 1VSHA 4DTPA 1JLGA 4CGIA 3CFRA 3KD1E 3K59A 3SZ2A 3LWLA 3KKRA 3WNFA 2RF2A 4YFUA 3OYJA 3QEXA 4DTOA 2X78A 3OYKA 4CHYA 4BDZA 4B8CA 1RDDA 4FLVA 1BIUA 3NF9A 2ZE2A 4CJLA 4FLTA 1WAJA 4J2BA 4Z4IA 1QSLA 4BWMA 4OKKA 3C6TA 4CF1A 3DLGA 1TGOA 3HPOA 4R5PA 1KLNA 3L2QA 3CYMA 2XY5A 2HMIA 4CE9A 2GBZA 4OPKA 4I7FA 3AVIA 2R7YA 1LW0A 4QAGA 1LWEA 3VN5A 2I5JA 1KVCA 4BDPA 4LSNA 4DSLA 4FJJA 1C0MA 3KLGA 3NGIA 1UAXA 4RW8A 4FJ8A 4CEEA 4ID5A 3OY9A 4CHQA 1WSGA 3DOKA 4DQPA 1WSJA 4CESA 4M3XA 1TKXA 1BCOA 2OA8A 1C0UA 3VQCA 4XIUA 2XHBA 1HRHA 1ITGA 4FCYA 5CY4A 4DU3A 3SV4A 3RR7A 4NCAA 3ZSYA 5FRMA 4LSLA 3KIOA 3NFAA 3ITHA 3KLHA 4N76A 4KHUA 1TKZA 5DMRA 4B9NA 4CEFA 1TL3A 3QO9A 4IFYA 5FROA 1NK5A 1DTTA 1TVRA 2HNDA 1RT4A 3A2FA 4M41A 1VSJA 2HHQA 2YNFA 3HVTA 1BQMA 1IKYA 2GUIA 1NOZA 3ZSVA 3SUNA 4CCHA 2HNZA 3CM5A 4DQRA 4PQUA 4UQGA 4E7KA 1RBRA 3RRHA 4CFBA 2EX3A 2LSNA 2RPIA 4RW4A 1YT3A 1RNHA 4KPYA 4K8XA 4Z4GA 2XY8A 2FBVA 3AVHA 4HUGA 2HHVA 3KTQA 4E7HA 1LWFA 2RKIA 2IOCA 1C1BA 4CJEA 1NJWA 2QK9A 4IFVA 5HRRA 4FLWA 3K5OA 3VQ4A 2QXFA 1JKHA 3LANA 2F8TA 4LH4A 1QE1A 1G15A 1RDAA 1U48A 1L3TA 3RRGA 1D9DA 4CHZA 2FBYA 4OKEA 4HUFA 3QNOA 1GOCA 3TAQA 1L3UA 3O3GA 4K8ZA 1ZBUA 3WNGA 3LPTA 4RW9A 3NDKA 5J2NA 4GVMA 3F9KA 3KK3A 1QS4A 3PO4A 4N41A 4JRPA 1S1VA 4CF0A 4KO0A 3AVJA 3OYMA 2EHGA 1BI4B 1WLJA 3FFIA 1T03A 1T05A 3TAFA 2HHXA 5HRPA 4CK3A 2F8SA 4B9TA 3OJUA 3QEVA 2YKNA 1JLCA 1RT3A 1T7PA 5I42A 4PY5A 4OJRA 4QOZB 1HNVA 2DY4A 4BE2A 4EZ9A 3SQ1A 1S1TA 3OYBA 3ALYA 1S1WA 2OPQA 4ICLA 3HJFA 3U3GA 2HHSA 4KI4A 3CQ8A 4OGCA 3HM9A 4CEQA 3AVNA 3SI6A 4AILC 4NYNA 3THVA 3AA3A 3M8QA 3DM2A 1HJRA 1S9EA 2Z1GA 3H08A 4GMJB 3QIPA 3T19A 3ZT3A 1SUQA 3NH2A 4FJXA 2AJQA 4FLYA 2GV9A 4KKOA 4AHRA 1LAVA 4OLBA 1XWLA 3OYLA 2HB5A 1RT2A 3MECA 3I0RA 4Y1CA 4CEAA 3EZ5A 5KTQA 2NUBA 2PY5A 5J2QA 3EY1A 1IO2A 2VWKA 3AVGA 4JLHA 4FJLA 4W5OA 3HXMA 3NCIA 1SKRA 1X9WA 2FC0A 4W5RA 4DSFA 2JLEA 1L3VA 4CF9A 1ZBFA 2BGGA 2WONA 1D8YA 2G8WA 4C8LA 1WSHA 3ISNC 4CFDA 3I8DA 2W42A 4M3TA 2YV0X 4PUOA 1NOYA 2X6NA 5E41A 4F2RA 4F2SA 1X9SA 2ATQA 4WE1A 3V1RA 3VQ7A 2RN2A 2HHWA 1VSFA 3NF8A 3UIQA 4ELUA 4FM2A 1WSEA 2OPSA 4IKFA 3DRSA 4B3OA 3HP9A 3NF7A 3DMJA 1HQEA 3O4QA 4B9UA 3ULDA 3QINA 4FJGA 3ZT0A 4AH9A 4Q0BA 1A5WA 2G8VA 1FK9A 5SZTA 4Q5VA 4FJIA 5CYMA 3DRPA 3V9XA 4M3RA 4DTMA 4LH5A 2G8HA 3PV8A 3TARA 3VQPA 3T3FA 3LDSA 1NKCA 3M8RA 3VQEA 4ZHRA 4CEOA 1R0AA 2BDPA 3L3UA 4CHNA 3OYGA 4DU1A 3MXJA 1C1AA 2ZQBA 4DS4A 3KLIA 1J9AA 4O5BA 3P1GA 3HPHA 1HYSA 3I0SA 4KTQA 1Y97A 2ETJA 1RBUA 4FM1A 4F3TA 3KD5E 4HTUA 3IAYA 4FJKA 4B08A 3BDPA 4KREA 4OVLA 2D5RA 1YVUA 1IH7A 2Z1HA 1WSIA 4O4GA 5CYQA 4DFKA 4F4KA 1FKOA 5HROA 5J2PA 4KHSA 1BGXT 3SUPA 1NK8A 3NF6A 1S6QA 2HNYA 2OPRA 4FVMA 4O0JA 5C42A 3V6DA 3SQ4A 4DSJA 1J53A 4B8AB 3V1OA 2HVIA 3ZSRA 1MU2A 4QCLA 4C8OA 1CZBA 1RTHA 3QEPA 2IDOA 5J2MA 3V9UA 3V81A 2P1JA 4O55A 4DSIA 4LY7A 3G10A 1J54A 4TSXA 3C95A 4HCCA 3HP6A 1REVA 1RDBA 3VQQA 1JLAA 4IG3A 5FDLA 4CEDA 4W5QA 3KK2A 1NK4A 4ZTJA 3ZSWA 4HCBA 4FJMA 3G0ZA 1KRPA 5FRNA 1HQUA 2DFHA 4AHVA 4CJRA 4Z4HA 4AHUA 4F8RA 3OYHA 4JS4A 3AA2A 3U6FA 4B9VA 5C25A 5KGXA 3QETA 1RT1A 4CJTA 1EP4A 4DTSA 5T7BA 1NJYA 1UOCA 2Z1JA 2Q3SA 3DRRA 3VQBA 5CZ2A 1RT6A 3K5LA 1N5YA 4FK4A 3SV3A 2FBTA 4FXDA 3ZSOA 2DFFA 2VG6A 3MAQA 1KTQA 4Z0UA 3V9SA 1U49A 4CJWA 2DFEA 3PUFA 3VQDA 5K14A 1S5JA 4KFBA 3T1AA 5KRTA 4FYDA 2PZSA 3ZSQA 3AVKA 3KLFA 3L2WA 1HPZA 3PX0A 4RW7A 3RR8A 1EXQA 2X6SA 4RW6A 2G8IA 4Z4FA 3U3YA 2YHBA 4LD0A 3DLHA 1KLMA 4FJNA 1I39A 3ZT4A 3F73A 5HLFA 1RBVA 3HSTB 4FZZA 3QLHA 4E0DA 4CJUA 1N6QA 1HNIA 4GW6A 3ZT1A 2G8UA 1TKTA 3K5MA 1L5UA 4KHNA 2WOMA 5HBMA 4N5SA 1F21A 3NGZA 1EKEA 3LP0A 4CGHA 3VQAA 4KAZA 1B92A 4CGJA 1VRTA 3CFPA 3JSMA 1SL1A 1RTDA 1JLBA 1KFSA 4J2AA 2HHTA 3RMDA 3KKSA 3V1QA 4FJHA 5KI6A 1BL3A 2KZZA 3LP2A 4OKJA 4CEBA 4OLAA 1NK7A 4O0IA 4DF4A 1JLFA 3QESA 3SPZA 4CJQA 1TAQA 1Z26A 1C6VA 2B6AA 4FW1A 1RTJA 1QSYA 3TAPA 3DLKA 3C6UA 3WNEA 3ZSZA 4DFJA 4FZYA 4KHQA 3KJVA 4DU4A 1VSEA 1S1XA 2YHAA 1IG9A 2VG5A 1DTQA 1VSDA 1VSKA 2BANA 3O4NA 4EP4A 3L2UA 1BISA 4NCGA 4DTNA 4DSEA 1RT5A 2ZD1A 4F3OA 1ZYQA 2D0AA 4E1NA 4H8KA 1ASVA 4N47A 3WNHA 3O3HA 4ELTA 3TANA 3DI6A 1XI1A 4CJ3A 4DTJA 4KB1A 3VA0A 3TAGA 1XHZA 1RBSA 3LWMA 4JS5A 3TWHA 3SCXA 4KRFA 3DLBA 3SJJA 3S3MA 2KQ2A 2IGIA 2PYLA 3P83D 3RTVA 2YKMA 4FW2A 3K58A 3AVAA 3NBPA 3QIOA 1VSIA 4CHOA 3OYCA 4DWIA 1ZBLA 2QKKA 3B6OA 4Z4EA 3L8BA 3AO3A 1IKXA 1U04A 4KI6A 3O3FA 3QERA 1CXQA 3SNNA 4CK1A 1EX4A 3OYAA 4DQQA 2XY6A 5D3GA 3OYDA 4CIGA 1SL0A 2HHUA 2KW4A 4FLUA 4FJ5A 1NK0A 2O4IA 3HO1A 1CLQA 3LZJA 3RMAA 4E7LA 1Q9YA 1U4BA 3AO5A 1S6PA 1HYVA 3AVFA 3OS1A 1SV5A 4JRQA 4O44A 4M3UA 4BE0A 1EETA 3MXIA 1TK0A 4W5NA 1BIZA 3TI0A 3M8PA 1KSPA 1TAUA 1O1WA 4E1MA 3OYIA 1QSSA 1D9FA 5I3UA 2XO7A 2YNHA 1X1PA 3IRXA 4KTWA 3BGRA 4CF8A 1JLEA 3SUQA 1VRUA 1LW2A 3IS9A 1D5AA 1RILA 2E4LA 3VQ6A 3ZCMA 4CF2A 5J1EA 4EZ6A 3SUOA 4Z4CA 4DFMA 4M45A 3V9ZA 4J2EA 1S1UA 1K6YA 3SQ2A 4PA1A 1NKEA 1ASWA 4L8RB 3HK2A 1RTIA 3KLEA 2KFNA 3AVLA 3RMBA 4M3ZA 3D0PA 4DQSA 4B9SA 1U47A 4FJ9A 2O4GA 2DTUA 1I3AA 1T8EA 1B9FA 3OYNA 4I2PA 3S9HA 1UWBA 4I9LA 4CJ5A 2FBXA 4KV8A 1YTAA 3CM6A 1VSLA 4MQ3A 4W5TA 1BI4A 1TK8A 4E3SA 3NGYA 3TAEA 1XHXA 3AVMA 4Y1DA 3L2VA 2Y1IA 1JXBA 1ZBHA 3NHGA 5KRSA 4DTRA 4CJ4A 3VQ9A 4C8KA 1IKVA 3OYFA 2A1RA 5JS2A 3OS2A 2HW3A 1SKSA 4N56A 4BE1A 2Z1IA 1RT7A 3AVBA 4MFBA 3LPUA 1BCMA 1W0HA 3LAKA 5C24A 3PX6A 4M3WA 1JL2A 4M42A 1XC9A 3PO5A 1C0TA 2E6LA 3MEDA 3VA3A 4FJ7A 3SYZA 1ASUA 2XRIA 3AA5X 1YTUA 4FK2A 4IBNA 1NJZA 3HPGA 4DG1A 2VWJA 5HP1A 4DTXA 3LZIA 4KB0A 3L2RA 4CFAA 3K57A 4DLGA 1J5OA 3DYAA 1BQNA 4CECA 1A5XA 4CJVA 3K5NA 1FKPA 2PYJA 4DFPA 3JYTA 4FLXA 2P5OA 4E19A 1LWCA 3LP1A 5SWMA 1JXEA 1VK0A 3K2PA 1QQCA 2B5JA 3QEWA 4BDYA 2Y1JA 4AHCA 1KCFA 4PWDA 2OZMA 3MEGA 1LAWA 3EYZA 4G1QA 4ID1A 4CGGA 3VQ5A 3RWUA 4ELVA 1LV5A 3LAMA 1SL2A 3KK1A 4H4MA 1RBTA 4DSKA 4DS5A 2X74A 4FLZA 1TKDA 3ASMA 4H4OA 1NK9A 5DK5A 3HL8A 3OJSA 4E7IA 1IKWA 3VQ8A 1C1CA 4NCBA 5JS1A 4DQIA 4C8MA 1RCHA 1JL1A 4DMNA 2QKBA 3E01A 5CZ1A 4CIEA 5HRSA 2OZSA 4E7JA 1CXUA 4BACA 4J2DA 2KFZA 3SPYA 2OPPA 4KHWA 3OVNA 4E89A 3PY8A 1NJXA 2IC3A 1WNSA 4B9MA 4CGDA 4HUEA 3NE6A 3PX4A 3DLEA 3HVRA 3CFOA 2P51A 3MXMA 3S3OA 1B9DA 1UA1A 4I9QA 3MEEA 1Z25A 2ITGA 3DOLA 1BHLA 3M8SA 1JLQA 3IG1A 4CERA 4I2QA 4CJSA 4CK2A 3CG7A 1UA0A 4B9LA 3OYEA 4FK0A 2D0BA 3V4IA 1GOBA 4CEZA 3S3NA 1NKBA 4CGFA 3QEIA 3AVCA 4DLEA 4IDKA 1VSMA 1CZ9A 2P5GA 4IG0A 3HYFA 4EP5A 1QHTA 3D45A 2G8FA 3V9WA 1HMVA 1WAFA 2XY7A 1A5VA 4CJKA 2G8KA 1WN7A 2JGUA 3HT3A 3P5JA 1DLOA 3NH1A 4CJPA 1FXXA 1KVBA 1Q8IA 3ZSXA 1HYZA 3NAEA 3OS0A 1TV6A 4NYFA 4CJFA 4YNQA 3ZT2A 4FM0A 3AV9A 1ZBIA 1KFDA 3TR8A 2E6MA 3AO4A 1TL1A 4FZXC 2IAJA 3QNNA 1GOAA 4AHTA 4DF8A 4M3YA 2HVHA 2YNIA 1KVAA 4BWJA 3B6PA 4DTUA 1L3SA 3LALA 1Q9XA 4HHTA 2KTQA 3NH0A 5HRNA 1QTMA 4HVJA 1SKWA 2OYQA 1WSFA 2YNGA 3DLRA 4RG8A 4KTZA 3AA4A 4CHPA 2BE2A 1TK5A 3TAMA 4OPJA 2B4JA 1NK6A 3AO2A 2IS3A 5KGWA 4ZTFA 1W9HA 3LP3A 3L3VA 4AHSA 2D0CA 2A1SA 2VG7A 3C94A 4CIFA 3TABA 1X9MA 1S9GA 1RDCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1PA 5EU7A 2A3ZA 4H0PA 4OGEA 1U45A 2O8CB 2F96A 4CGIA 3KD1E 3SZ2A 3LWLA 2RF2A 3OYJA 4DTOA 3U4LA 3OYKA 1U2VA 4B8CA 4B1WB 4FLVA 4FLTA 3N4PA 4LF8K 1TGOA 3DXMA 4OPKA 4I7FA 3AVIA 2R7YA 1N32K 4DSLA 4BR5A 3NGIA 3OY9A 3C65A 3DOKA 4DQPA 1WSJA 1FW6A 1U6ZA 1TKXA 4I6MA 4M3XA 1C0UA 4XIUA 1HRHA 1ITGA 3RR7A 3ZSYA 3ITHA 5DMRA 4PKIA 3QO9A 4IFYA 4BROA 3MN5A 1XMOK 3A2FA 3VTIA 2BH1A 2HHQA 2YNFA 2UXDK 1BQMA 3SUNA 2GUIA 4CCHA 3ZSVA 4M63C 4BGBA 2HNZA 1RBRA 3RRHA 3D2EB 4CFBA 2EX3A 2RPIA 4JHDA 1YT3A 1RNHA 3KTQA 2CH6A 4IFVA 3J7ZO 1GLAG 1NGEA 2BUPA 1KAYA 4OKEA 4K8ZA 3QFPA 1VQ5N 4RW9A 4GVMA 3F9KA 5DM6L 1QS4A 3KK3A 4N41A 3I55N 4WQ5C 1T05A 3KHYA 1VAZA 1M90O 1GLBG 1JCFA 4BRDA 1WOQA 1VQNN 3ALYA 4KH4A 3HJFA 2P9IA 2HHSA 3HTVA 3CCJN 4A61A 4GMJB 3QIPA 4FJXA 1SUQA 4FWPA 4AHRA 2O8EB 3DXKB 3MECA 5KTQA 1YITN 2NUBA 1KXPA 2PY5A 3CCMN 4CBXA 1IBLK 2QWPA 1X9WA 3WEEA 2JLEA 1Q81O 4CF9A 4NB4A 1D8YA 2G8WA 3TSQA 3U9ZA 2YV0X 4JK9A 4PUOA 5E41A 4F2RA 1X9SA 1XNQK 2IVNA 1WBBA 2HHWA 3NF8A 2FSKA 3NVMA 5M1QA 4DV3K 1T3VA 4IKFA 3OA9A 4LF7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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