3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
5CYQA 2G8UA 2I5JA 4N5SA 3V1RA 4FLYA 2GBZA 5CZ1A 3HSTB 1S6QA 2ATQA 4YFUA 2OA8A 4C8LA 3IAYA 2ZQBA 4CK1A 2Z1GA 3BDPA 4I7FA 3QERA 4DSFA 4LH4A 3WNGA 1FKOA 2FBYA 2OPPA 1ASWA 2FBVA 3L3UA 4PA1A 4CJFA 2XO7A 3AVFA 4DTRA 4QCLA 1QHTA 3K58A 1HRHA 4FLTA 2YKMA 1NJYA 5J2PA 3OJUA 3V9SA 4E7LA 4CJPA 4KHUA 4CHOA 1T03A 1ZBIA 3OYKA 3VQ4A 1LV5A 1ASVA 4M3RA 1ASUA 4OKJA 3U3YA 1VSKA 3RMCA 2FBTA 2P51A 3AVCA 2QXFA 1BQMA 4FVMA 2HNYA 4E19A 4UQGA 2Z1IA 3C6UA 5DMRA 3O3FA 1YTUA 2W42A 3ZSOA 1RNHA 4QAGA 3HYFA 3TAEA 2A1RA 4F8RA 4CEQA 1WSHA 4O44A 2QKBA 1D8YA 1D5AA 1RT1A 4E1MA 3QO9A 4M41A 4R5PA 4CJVA 2GV9A 3NF6A 1NKBA 4FJMA 5C25A 3VQEA 3V1QA 4FXDA 1KFSA 1SKSA 1WN7A 2YHBA 4NYFA 5HRNA 3C95A 4CJLA 1IKYA 5T7BA 1A5WA 4OLBA 4K8XA 3ZSXA 1HPZA 2VWKA 4KV8A 1NK8A 2OPRA 3KLIA 4FJJA 4QOZB 1NK9A 4IFYA 3AV9A 5KTQA 3AA2A 3TI0A 4DTOA 2BE2A 3WNFA 3ZSWA 4KTWA 1WAFA 2IDOA 3RR7A 4FLZA 3HL8A 4E89A 3NHGA 5CYMA 4CEBA 3ITHA 5CZ2A 4FM1A 4ID5A 2VG7A 4Y1DA 5HRSA 2B5JA 3HPOA 4HHTA 4DQIA 4HVJA 4HCCA 1TAUA 1ZYQA 3LZJA 3H08A 3OS2A 3QINA 3VQBA 4DLGA 2VWJA 4CIEA 3VQAA 5KRTA 4CJUA 1QSSA 2HNDA 4CK2A 5HROA 4OPJA 1DTTA 1C1CA 1ZBUA 4CJ4A 1N5YA 1JXEA 4B3OA 4FJXA 4N56A 4DTSA 4DQQA 1EX4A 3QNNA 1RT5A 3SZ2A 2XY5A 1J5OA 1NKEA 4FJLA 1KRPA 5I3UA 1XHXA 2G8HA 2X78A 1NK5A 1HMVA 1CXUA 1Y97A 2B6AA 4CJSA 4FLUA 4N76A 4OVLA 1SUQA 2WONA 4CHYA 3OS1A 3U3GA 3TWHA 2ITGA 1IKXA 1VSHA 3NE6A 4BE2A 4DWIA 3WNHA 1BIUA 2HHSA 4RW9A 3DRPA 2PYJA 3KLHA 2PYLA 2JGUA 4FZXC 3HP9A 1HNIA 1TGOA 3KLEA 3NCIA 1NKCA 4E7KA 1LWCA 1NJWA 4Z4FA 4C8NA 2VG5A 4KHQA 1JLCA 4H8KA 4AHCA 2X6SA 3L2UA 3DYAA 4E3SA 1IH7A 2G8IA 4CJEA 3NH2A 3KK2A 3RRGA 4FCYA 3M8SA 1TL3A 4AILC 1C1BA 4O55A 5I42A 1GOCA 4PY5A 3KK3A 1GOAA 4CK3A 4CJKA 3MEDA 3T19A 4JS5A 4LSLA 1QSLA 5FRNA 4CF0A 2BDPA 3LWMA 1CLQA 1J54A 4LD0A 3VN5A 3CFPA 2DY4A 3NH1A 4F3OA 1S1VA 3LP0A 4DMNA 1U48A 4DFPA 4OJRA 4J2EA 2HHWA 3AVNA 4Z4GA 3ZSZA 4KHNA 1XI1A 3IS9A 1QS4A 1G15A 3AVAA 4IG3A 1RBRA 4CEZA 3SQ4A 4B8AB 3V9XA 1N6QA 4KB0A 4FJIA 4DTXA 4BDPA 1K6YA 3I8DA 3HT3A 3EZ5A 3QIOA 1JLGA 1RT2A 1S1WA 3O4NA 3V1OA 4RW8A 4AHUA 1VSJA 3SI6A 3HVRA 3LPTA 3MECA 3OYMA 1CZ9A 1BQNA 1MU2A 1RCHA 1VSMA 2KTQA 1HYVA 3NAEA 3HPGA 4Y1CA 2E6MA 3TARA 3S9HA 3PUFA 1IG9A 4CIFA 3HO1A 2HVIA 1D9DA 3RMBA 1W0HA 3QEWA 4CEFA 5HBMA 4FLXA 2DTUA 3PX0A 3IG1A 3S3NA 2EX3A 3C6TA 4O5BA 4W5TA 2DFHA 3NF7A 4FJNA 2IOCA 4CEOA 4FJGA 4W5NA 3PO4A 2HMIA 3VQ7A 1VRTA 3ZSRA 1XC9A 4B08A 4PQUA 1C0MA 2LSNA 3ULDA 1SKWA 4MQ3A 3LAMA 3CG7A 4YNQA 1Q9XA 1Z26A 1SV5A 4CFAA 4B9LA 3UIQA 3QNOA 4CIGA 1HQUA 2YNHA 1JLFA 3ZT3A 3OYLA 1JLQA 2RF2A 1VSLA 3AA3A 4ZTFA 3L8BA 1WSFA 2Y1IA 1TV6A 3NGZA 2HHUA 2E6LA 3TAMA 3B6OA 3QEXA 4NCGA 5J1EA 4KI6A 4M3YA 3OYBA 1C6VA 3LWLA 4I9LA 1RBVA 5HP1A 4E0DA 3A2FA 4KHSA 4CJ5A 4M3UA 3VA0A 4G1QA 5DK5A 4H4OA 4LY7A 4OPKA 4BDYA 4B9UA 1O1WA 3OYGA 1Q9YA 1ZBLA 1UA0A 1L5UA 2G8FA 4FZZA 3TAGA 2HW3A 3VQDA 4CGHA 1F21A 1RT4A 4C8MA 5D3GA 4DTPA 2KQ2A 3LPUA 4L8RB 1FKPA 2Y1JA 1T8EA 2A1SA 4FM2A 4DQPA 3SNNA 4FLVA 3WNEA 3KD5E 4NCBA 2KFNA 4O0IA 4N47A 3DLRA 4Q5VA 3RMAA 1QE1A 4E7JA 1RTJA 4LH5A 4DSEA 4NCAA 4GVMA 3SUOA 1A5VA 4CFBA 2PZSA 1TKXA 4GMJB 4H4MA 3DRRA 4CHZA 3PV8A 3MXJA 3O3GA 3QEVA 2HNZA 4DFKA 3JSMA 4FK2A 1L3TA 2XHBA 3DOLA 3QEIA 4FJ5A 4BDZA 3KTQA 3G10A 3KLFA 1WSIA 1NOZA 4AHTA 4FYDA 1WAJA 3SQ1A 2F8SA 3ALYA 4N41A 3I0RA 4HUFA 4KKOA 4DFMA 1RDDA 2Z1HA 1U04A 3MEEA 4ELTA 1VRUA 1KVCA 1LAVA 3HP6A 4DTJA 4FW2A 4FZYA 1TK5A 2RPIA 3LP2A 4KHWA 4HUGA 4CEDA 4IG0A 1IO2A 2OZSA 3M8QA 4DSJA 4CHQA 1S1XA 1LWEA 1RILA 2X6NA 4OKEA 3CQ8A 1SKRA 3SJJA 1HQEA 4B9NA 4C8KA 2P1JA 1BCOA 1GOBA 1TAQA 3LALA 3QIPA 1A5XA 4NYNA 3ZT2A 1S9EA 3OJSA 1L3UA 1BGXT 1Q8IA 4W5RA 1WSEA 3AVLA 3VQ5A 4B9SA 3ZSVA 4FJKA 4ZTJA 4E7HA 3DOKA 4OLAA 1XWLA 2ZE2A 3RRHA 2IS3A 4CE9A 1NK6A 4KB1A 1WLJA 1VSDA 1LAWA 3K2PA 4DQRA 4OKKA 3SCXA 1J9AA 2G8WA 2OZMA 4J2BA 1VSIA 2P5GA 3LAKA 1YVUA 1BISA 1KLMA 1NK0A 2YNIA 3OY9A 3AVHA 3QEPA 4FK0A 2DFEA 2ETJA 4B9TA 3L2RA 2O4GA 1T05A 3B6PA 3ZSYA 2RKIA 1JLAA 4MFBA 4KFBA 4ID1A 1CXQA 4CFCA 2XY8A 3DLKA 2Q3SA 4IFVA 1Z25A 1KVAA 2G8VA 1WSJA 1BIZA 4CEAA 1RT6A 4GW6A 1TKDA 4ELUA 1L3VA 3M8PA 5CY4A 3VA3A 2HHVA 3P1GA 3ISNC 2IAJA 1B9FA 3VQCA 3ZT4A 4I9QA 4CF2A 4EZ9A 4CCHA 5J2QA 4OGCA 3NFAA 2KFZA 3BGRA 1RTIA 2F8TA 3NBPA 1JXBA 4PWDA 1RT7A 2YNGA 4CERA 4ELVA 3AVGA 3IRXA 4CHPA 1JKHA 3V6DA 1JLEA 3ZSQA 4DTUA 1SL0A 3OYHA 4Z4CA 4I2QA 3CYMA 3PO5A 2KW4A 4F2SA 5E41A 4CEEA 1VSEA 1WNSA 3AO1A 5KRSA 4F3TA 3NF9A 2ZD1A 3OYCA 3AVJA 4CESA 3OYJA 3NDKA 1NJXA 3KD1E 4DS4A 2EHGA 3VQ9A 2XY6A 5K14A 3HM9A 4BE0A 4J2DA 2O4IA 1CZBA 4DF4A 1RBUA 4WE1A 4CGGA 3HK2A 1VK0A 1BL3A 1QTMA 3VQ6A 3SUQA 5J2MA 2GUIA 3U6FA 4KHYA 4ICLA 3RMDA 4HUEA 5JS2A 1SL1A 4B9MA 4J2AA 3K5LA 1JL1A 5C24A 3L3VA 4DLEA 3M8RA 3P83D 4W5OA 1SL2A 1IKVA 4RW7A 1KSPA 1RBTA 3AVKA 2HVHA 3K59A 4M3XA 1UA1A 2IGIA 2OPQA 3OVNA 4CJRA 1TK0A 3AVMA 1TVRA 3L2WA 1BI4A 5C42A 1LWFA 1EKEA 1TL1A 4LSNA 2IC3A 1HNVA 3VQ8A 2F96A 1FK9A 1RBSA 4AHVA 1L3SA 5KGXA 3OYFA 3FFIA 2D5RA 1NK4A 5EU7A 4E1NA 1YTAA 4RG8A 3QETA 3THVA 1C0UA 1RDCA 3SUPA 3LP3A 4FW1A 4BWJA 3D0PA 1RT3A 5KI6A 1T7PA 1I3AA 4CF8A 1RDBA 1HYSA 3AO5A 2FC0A 4BWMA 2FBXA 4M3TA 4BE1A 3D45A 4DF8A 3QESA 4RW6A 1X9MA 3RTVA 2YHAA 2G8KA 1C1AA 3DMJA 4M3WA 4DU3A 2QKKA 3S3OA 4CGDA 4O0JA 1NOYA 3KKRA 3DLBA 1U45A 3DLGA 4M45A 4DSIA 4KI4A 4F4KA 1DTQA 2RN2A 4EZ6A 2HB5A 4DU1A 4B9VA 5HRPA 5SZTA 4FM0A 1D9FA 1ZBFA 4K8ZA 1EXQA 1NK7A 3ZT1A 2WOMA 4IDKA 2NUBA 3TR8A 3LZIA 1S1TA 5KGWA 3EYZA 1S1UA 1X1PA 3G0ZA 4AH9A 3K5MA 3L2VA 5FRMA 1C0TA 4I2PA 4EP5A 3HXMA 4FLWA 3CFRA 4B8CA 2AJQA 3RWUA 1WSGA 4JRQA 1JLBA 5SWMA 3T3FA 1I39A 4DTMA 2DFFA 2OYQA 1J53A 2D0CA 3O4QA 2YNFA 3KJVA 5HLFA 1XHZA 4JRPA 1KLNA 3CFOA 4OGEA 1X9SA 2OPSA 2HHXA 3CM5A 1S5JA 4CF9A 3EY1A 4FJ7A 4Z4EA 4BACA 2HHTA 1UOCA 1IKWA 1JL2A 2E4LA 4Z0UA 4DG1A 3P5JA 4AHRA 1B9DA 3TAQA 3LP1A 2XRIA 4O4GA 5FROA 3K5NA 3K57A 2YKNA 4DFJA 3SQ2A 3DLHA 5JS1A 4XIUA 3LANA 3VQPA 4DSLA 3KIOA 5FDLA 4CJWA 4HTUA 4CECA 3SV4A 1LW0A 3NGYA 3HVTA 1REVA 3AO3A 2P5OA 4KRFA 1YT3A 3CM6A 3MEGA 4FJ8A 4IBNA 4C8OA 3OYAA 3C94A 3OYIA 4KO0A 3QLHA 3OYEA 2D0AA 2VG6A 3DRSA 3F9KA 3NF8A 4CJTA 4DSKA 4JLHA 1QQCA 3DM2A 2YV0X 2HHQA 3PX4A 2BANA 4EP4A 3OS0A 1U49A 1S6PA 3SYZA 3E01A 3ZCMA 1KFDA 1RTHA 3V9ZA 3SUNA 1RTDA 1TK8A 3KKSA 4CHNA 1TKTA 4DU4A 3MXMA 3AA4A 4JS4A 3KLGA 1U47A 1DLOA 4KPYA 2R7YA 4KAZA 3SQ0A 3V9UA 1KTQA 1NJZA 4FJ9A 3AA5X 4AHSA 4CGIA 4Z4HA 3L2QA 3TAPA 2QK9A 2BGGA 1UWBA 1BI4B 2X74A 4DS5A 4IKFA 1W9HA 3JYTA 2PY5A 3ZT0A 4DTNA 5J2NA 4HCBA 3TABA 3NGIA 4M3ZA 2B4JA 3DLEA 4M42A 3VQQA 1FXXA 1QSYA 1VSFA 3K5OA 3AVBA 4E7IA 2XY7A 2JLEA 3LDSA 4ZHRA 3V81A 3OYDA 4CF1A 4KTZA 4CGFA 3F73A 4TSXA 2D0BA 4FK4A 3MAQA 4CJ3A 4CGJA 4W5QA 4RW4A 3HPHA 3S3MA 3MXIA 3NH0A 3AO4A 3TANA 1ZBHA 2Z1JA 1ITGA 3DI6A 3T1AA 1HJRA 1UAXA 1KVBA 3V9WA 3OYNA 3SPZA 3HJFA 4PUOA 1X9WA 4Q0BA 1HYZA 3ASMA 4Z4IA 1BHLA 3SPYA 4FJHA 1EP4A 5HRRA 1LW2A 3TAFA 1BCMA 1S9GA 1KCFA 4F2RA 2KZZA 3RR8A 3I0SA 3O3HA 4DQSA 1U4BA 4CJQA 1EETA 3AO2A 1R0AA 4CFDA 1RDAA 3KK1A 1TKZA 3V4IA 3SV3A 3AVIA 3PX6A 3PY8A 4KTQA 2KZMA 1B92A 4KREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W6KA 5CYQA 2GBZA 3FGUA 2ATQA 2YCHA 5LJWA 5KPRA 3IAYA 4LF5K 2O8FA 3L3UA 2OPPA 1ASWA 4PA1A 1DGKN 4DV1K 4QCLA 4B3SK 2AP1A 2YI1A 1HRHA 4BG8A 4FLTA 1WBDA 4JI6K 3VTHA 4BRLA 1ZBIA 4WQ5C 3D2EA 2UU9K 1ZBSA 3AVCA 2QXFA 2HNYA 1YTUA 3O3FA 4YOVA 3LDLA 4QAGA 3HYFA 4JK8A 3EZWA 1RT1A 3R3LA 2OTLN 4JI2K 3WUHA 4M41A 2GV9A 3EE9A 3V1QA 3VQEA 3OBWA 1GLBG 3ENHA 3CCVN 4FJJA 2O8DB 1S3XA 3AA2A 4KTWA 4BY9C 3RR7A 3ID8A 4FLZA 4V19S 3NHGA 5CYMA 3CMAN 1OH7A 2VGMA 5HRSA 4ISFA 1TAUA 3LZJA 2YHYA 3QINA 4JI1K 5B8HA 1IJJA 4CIEA 3VQAA 5KRTA 2NRTA 4H5NA 4IWVA 3C6AA 4NO7A 1OH5A 1S22A 3QBXA 1RT5A 1NKEA 4CJ7A 1NK5A 1HMVA 1Y97A 2B6AA 4OVLA 1R59O 4EHUA 4HTLA 3OS1A 3NE6A 4BE2A 4DWIA 2HHSA 1Q81O 1X3NA 1ILYA 2OTJN 3KLHA 1T3VA 4MO4A 5C12A 4E7KA 1KXPA 2VG5A 4DR2K 3VOVA 1IH7A 3RRGA 3KK2A 2YJEA 4FCYA 1TL3A 1RFQA 5I42A 3LL3A 1VQPN 4JS5A 3AY9A 1NJIO 1QSLA 3LWMA 3VN5A 3CFPA 2F9TA 4F3OA 4OJRA 4J2EA 1KAXA 1HKGA 4KHNA 4FWOA 4R79A 1QS4A 3CCMN 4YOTA 4GV9A 4GV6A 2QWNA 4DTXA 3I8DA 3HT3A 4EAHD 1JLGA 4RW8A 2A42A 3HVRA 2V7ZA 1BQNA 1QHAA 3SAFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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