3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
2P9KA 5AQNA 3EKSA 2D1KA 4BR0A 2ITMA 3ZEUA 3I8BA 2P9SB 5F1XA 2NLXA 2P9KB 2YCHA 4JN4A 4F9OA 4IXCA 5AQWA 3ZEUB 1BOTO 1TYQA 3VEVA 3HSCA 1ATNA 4FWOA 3AAPA 1TYQB 2FF3B 2P9IB 4EHTA 3EZWA 2QWQA 4BRNA 3VEZA 3VEWA 3CJ1A 3VF6A 3A0IX 4XH5A 3CJCA 1U2VB 4GY2B 4CZMA 2D0OA 1XQSC 3RSEA 3L6QA 3CJ7A 3LDPA 3AARA 1BA1A 5AQPA 3H46O 2F9TA 4PKHA 3OHRA 3UKRA 1QQOA 4GNIA 1NBWA 4XEIA 5AZIA 3IMXA 4K25A 4Y0WA 3VGLA 4CZHA 2P9SA 4CBUA 2WUSA 4WQ4A 4WQ5C 2P9UB 3EKUA 2ZGYA 4BC4A 3ENHA 3LM9A 1KAYA 1HX1A 3BEXA 5AQIA 3QICA 4B1WB 2E2PA 5KPTA 4BR4A 3U4LA 1LOTB 3WXKA 3WT0A 3D2EA 3WXJA 3HM8A 1TUUA 5AQVA 2KHOA 4B1VA 4H5TA 3A5MC 3BF1A 5AQSA 5BRDA 1DGKN 3MMVA 4BC3A 4O8KA 4E1JA 5KPRA 3U9ZA 2D4WA 3LDLA 5AQGA 2PAVA 2Q0RA 1WUAA 4H0YB 4HWIA 2CGLA 4C23A 4BC2A 4WYBA 1NGIA 3AAQA 3QFPA 4I6MA 2QWPA 3QMLA 2NRHA 1GLCG 4PL8A 2GELA 2HF3A 3VGMA 1QZ5A 4BRAA 2E1YA 3WEEB 3O08A 4BC5A 1ZBSA 1NMDA 3O6WA 5AQRA 3FZLA 2A42A 3H1QA 3BUZB 3QBWA 5KPZA 5LJWA 1DKGD 2W40A 3U8XA 2VWBA 3AY9A 2QWNA 5AQJA 1BDGA 3BF3A 4IZ9A 2QW9A 4FO0A 4H0XB 3O80A 1OKJA 3ZETA 4ISGA 4BRFA 2P9LB 4Z94A 3VEOA 4BQLA 3I33A 1QHAA 2GTDA 1JCFA 2F9WA 4FWLA 4QS7A 1GLEG 5LY3A 1JCEA 3VGKA 1RDWX 2ZGZA 5E26A 4K41A 3FZKA 3R9PA 3O1WA 3SMSA 1JCGA 3BP8A 2VYPA 2P9NB 2IVOA 1NGAA 3SMPA 4BRQA 1K8KB 2IIRA 2YHYA 4H0PA 4YDUA 1GLFO 1S3XA 5TKYA 3SJHA 5JLHA 4FWNA 2DPNA 4CZJA 1X3MA 2YJFA 1NGHA 1RFQA 2E20A 3FZFA 1Z6RA 5KQDA 1X9JA 3G25A 4ISEA 4BGBA 1NGGA 2QWLA 1NGFA 4H5NA 3CHWA 5AFUH 5AR0A 4XH1A 1GLJO 4BRKA 4WQ5A 4FWPA 4DB3A 2BTFA 3D2FB 4BRCA 4B1XB 3MDQA 3VENA 3WQUA 4EAHD 3MN7A 4WQ4C 2QM1A 4JNEA 2YHXA 5EVZA 3WXIA 2FLOA 5AZJB 4CI6A 5BR9A 4BRHA 3WUHA 1ATSA 3FE1A 1GLBG 5E84A 3D7EO 3MK6A 4CZIA 2V52B 4FOEA 1XUPO 5ADXH 5F0XA 1KAZA 2GWKA 4A2AA 1TUYA 2QWMA 3MCPA 2GWJA 3H3OB 3VERA 3CJ9A 4H0OA 1LCUA 1U6ZA 2FXUA 3DXKB 4BQZA 5EOYA 4HTLA 2W41A 4I6MB 4BRMA 3MN6A 1NGJA 3F9MA 4MLHA 3VF4A 4M7XA 3RSEB 4BR5A 3ID8A 5BN8A 2CGKA 5AQQA 3CIPA 3UE5A 3UKRB 1R59O 2P9NA 4BR2A 1BUPA 1Q18A 4BRGA 1ATRA 3QBXA 3HI0A 2CH6A 3W3DA 3C0BA 2ZWHA 3O8MA 2P9LA 5EY4A 3KVGA 2E88A 3CQYA 3DAWA 5ELZA 5JICA 3HZ6A 3KZBA 4H03B 4IWVA 4FWRA 1GLLO 2P9IA 2BUPA 4H0VB 3ATVA 2FSKA 1GLAG 3DJCA 1D4XA 1RGIA 1U2VA 2Q36A 3LM2A 4BVOA 2ZF5O 5EX5A 3VF2A 4FWMA 3VOVA 5I9EB 3FR0A 3O5BA 3VPZA 2YJEA 4H0TB 1HKGA 4YDUC 3W0LA 1HLUA 4CBWA 1ESVA 1HJOA 3IUCA 4BR9A 1HKBA 3DXMA 4BG9A 1NWKA 2D0PA 3CJBA 3GL1A 2A6AA 2H3GX 3MN9A 3O4WA 5AQTA 1H1VA 4BRLA 2FSNA 2J4RA 4K43A 4ISFA 3IDHA 2A3ZA 4RTFD 4M7YA 4FWQA 5B8HA 5JLFA 2V7YA 1NM1A 1NLVA 3H6EA 4BROA 3FZHA 3H45C 4A61A 5AZJA 1G99A 1ZC6A 2IVNA 4JD2B 4MO5A 4QS8A 4CZKA 4RWTA 1SZ2A 2UYTA 3CQXA 4FL9A 3FZMA 4L3QA 2PBDA 4MO4A 5FPDA 3S41A 4NB4A 5AQUA 1MDUB 4JHDB 5AQKA 2FF6A 1DEJA 3QFUA 4JAXA 2I7NA 1Z05A 5EXWA 2HF4A 1KXPA 3H1VX 2E2QA 5AQFA 3CI5A 2P9PB 1SAZA 4J8FA 4RCHA 2A41A 4CZGA 3ULEB 3U9DA 4B1YB 4DHYA 3LDOA 3CERA 2I7PA 2ASOA 3VESA 3JXUA 3D2EB 3ZX3A 4PL7A 1C0GA 3ENOA 3GG4A 4CD3A 5JMVA 1IJJA 3FLCO 4BREA 5BREA 5AQXA 2YI1A 2Q1NA 3J8AA 4FWSA 2ASPA 2Q2RA 1ZXOA 2HMPA 2A5XA 1T6CA 2HOEA 2VCPA 4JHDA 3HTVA 1EQYA 2QWRA 3GE1A 3A5NC 1MWMA 1SQKA 2E2OA 5FPMA 4BRDA 5BPLA 3QB0A 4CZLA 2E2NA 5BPMA 2P9PA 5AZIB 2AP1A 3CJAA 1BG3A 3A5LC 3WEEA 4DQ8A 3VETA 1YXQA 4JD2A 4PKGA 4CZFA 2Q0UA 3DXMB 5BRFA 2YHWA 3P4IA 3FFKB 3JS6A 5F2RA 2CGJA 3EN9A 3R8EA 3TPQA 4LC9B 4QS9A 1S22A 3LDQA 1YAGA 4CD1A 2ASMA 3ZETB 5CE3A 4IJNA 3KHYA 3HBTA 1BO5O 3LDNA 1HPMA 1P8ZA 3MN5A 1BWFO 4O5FA 3LL3A 4FWKA 1CZAN 2Q31A 2CH5A 5ADXA 3VEXA 4BVPA 3SLCA 1HUXA 1NGDA 4AM6A 1V4SA 1QQNA 4BGAA 1E4FT 4FPBA 1YUWA 3A8YA 4BRPA 4BRIA 3C7NA 1V4TA 3EO3A 1BA0A 1K8KA 4KBOA 3A5OC 1YVNA 4CJ7A 4DCHA 3B8AX 4M63C 4B1ZA 5BPNA 3ZX0A 3M3ZA 3M6GA 4B9QA 1T44A 4H5WA 4K42A 2A40A 3FGUA 3UB5A 4H5RA 3WXLA 2IVPA 1BU6O 2QXLA 2E8AA 3M1FA 4B1UB 4PKIA 1KAXA 3DXKA 1NGCA 2Q97A 1C0FA 1E4GT 3GDQA 4A2BA 2P9UA 4BG8A 3H3NO 5AQLA 2V51B 3IFRA 3UKUB 3ULEA 4EFHA 4FOIA 3C7NB 3UKUA 1X3NA 2E1ZA 4XH4A 1NGEA 1QZ6A 3L4IA 3SK3A 2EWSA 1J6ZA 3GOIA 4H5VA 3DWLA 5AQMA 5AQHA 1Y64A 4A62A 2GEMA 2FSJA 4EIAA 3O1BA 2NZTA 2V7ZA 5AQOA 3L0QA 4CZEA 3QDKA 3ZX2A 5KQ8A 1QQMA 2OANA 4IJAA 4BR7A 4MLEA 3VEYA 4AM7A 1HKCA 3ATUA 1MA9B 3R6MA 4FSVA 1NGBA 4FPAA 2GUPA 4IO8A 3TU5A 4CBXA 5BRHA 3CETA 1MWKA 1WOQA 3WQTA 2AA4A 4EHUA 3D2FA 5FPNA 1GLDG 5AQZA 3EL2A 5LJVA 5AFUA 5AQYA 2QWOA 1XC3A 5FPEA 1IG8A 5BN9A 3GBTA 1T6DA 4NO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KA 2ITMA 3ZEUA 5LMUK 5F1XA 3TANA 4JN4A 4F9OA 1S1VA 1W9HA 3OYLA 2FBXA 1TYQB 2FF3B 1TKZA 3THYB 2E5LK 1K6YA 2QWQA 3KK7A 4FCYA 2RPIA 2A1SA 3CJ1A 3VF6A 1ITGA 3HVTA 3F2KA 4KTZA 4GY2B 3ZCMA 2GBZA 4JI1K 3AO2A 2NRRA 3TSQA 5GAEP 1S1TA 3L6QA 3R1XA 2YHAA 3ZLJA 3ID6A 3OA9A 4NLBA 1EWQA 5DMRA 4PKHA 3V81A 3F9KA 3P39A 4Z4IA 1NBWA 1Q7YO 3IMXA 5IWAK 2KZZA 1P90A 3QIOA 2OPQA 3AA3A 1ZBUA 2ZGYA 4BC4A 1JLBA 3B6OA 3ENHA 5E41A 3LM9A 3LPTA 3S3NA 5AQIA 1WBDA 1YF5L 3C6TA 4CJ4A 4DQIA 4DV7K 3D2EA 2KHOA 4RG8A 4Z4EA 3UIQA 3OS1A 4JI6K 3U9ZA 4CHNA 1Q82O 3LDLA 2PAVA 1WUAA 4H0YB 4HWIA 2CGLA 4BC2A 4B9LA 1NGIA 1HPZA 4I6MA 1NJXA 3QMLA 1GLCG 4PL8A 3QNOA 3THYA 3PIOL 3OYEA 4CF8A 4DQRA 5M1OA 2PYJA 1ZBSA 4B3OA 3QBWA 3CPEA 3HP9A 4JS4A 1DKGD 2NRZA 3U8XA 3QEXA 1BDGA 4WF9L 3V6DA 3PIPL 4MFBA 4KHQA 1OKJA 4ISGA 4ZTJA 4CIGA 4B9UA 4JKGB 3LP2A 4Z94A 1RBUA 3ZSOA 4N56A 2GTDA 1JCFA 3OY9A 4FWLA 5C25A 4CGHA 4DKWA 1JCEA 3MCAB 3BZKA 1BQMA 1YVUA 3O1WA 3SMSA 1EXQA 3T1YK 3V9WA 1T8EA 3K5MA 4KHWA 4BRQA 3MEGA 1K8KB 2O8BB 5C0YA 4CGGA 4GKJK 4CZJA 3THXA 1S5JA 1NGHA 3PSFA 1X9JA 2UXCK 2P5OA 1KVBA 1T3VA 4DMNA 5AR0A 2G8FA 4CFCA 4XH1A 3CQ8A 4BRCA 1NK7A 4BY9C 4C1NI 3BDPA 3VENA 2QM1A 3SQ4A 4DU3A 3WXIA 4LH5A 3CC2N 2FLOA 4BWJA 3SI6A 4BRHA 3SQ1A 3NF7A 3L3VA 4CEOA 3QEWA 4CHYA 3SUPA 2HBKA 1YITN 1KAZA 4BE2A 5KTQA 1N5YA 1L3VA 1Q9XA 1XWLA 4H0OA 5KGWA 4LF9K 1VQ5N 3DLGA 4JI0K 2B4JA 3KIOA 1O1WA 3ZT4A 4DV6K 1J53A 1NGJA 3V1QA 5FRMA 4MLHA 3VF4A 3ID8A 5BN8A 4A5BA 3L2QA 3OW2M 2WBNA 5HP1A 3S9HA 4I2QA 1DTQA 1RTIA 3KVGA 1RDCA 4YOWA 3IAYA 3FFIA 4M3WA 3QINA 5ELZA 1DT9A 4IO9L 1HR0K 2HHHK 1KLNA 1S1XA 1QTMA 4B9TA 2PYLA 3BY5A 3DJCA 1YHQN 1D4XA 1JL2A 1RGIA 3KWGA 3B6PA 2Q36A 3LM2A 2GUIA 2HHWA 4NCAA 4ELVA 4PUOA 4FWMA 5I9EB 3THWA 2P51A 5J2QA 3O5BA 3O3HA 1SL0A 3K5LA 4EP4A 2E6MA 4FLWA 2G8WA 1HKBA 1I94K 4CEDA 2D0PA 5KRSA 2A6AA 2H3GX 2HSTA 3SPZA 4FJ8A 4DV0K 1RBSA 2A3ZA 2FBYA 2WFBA 5CHIA 2V7YA 4BROA 3D6RA 4Z4HA 3E9OA 1TVRA 3NAEA 4A61A 1VQ9N 1ZC6A 2IVNA 5CZ1A 4CZKA 4BE1A 5GIPA 1RT6A 3SZ2A 5FPDA 4KTWA 5AQUA 1YI2N 4JHDB 3HL8A 2FF6A 2I7NA 1XI1A 5EXWA 5AQFA 5KI6A 2HHSA 1SAZA 3L2VA 3P83D 3SQ2A 3L3UA 4RCHA 2LSNA 4B9VA 5C42A 4H4OA 2W6LA 5J2NA 4DHYA 4JI4K 2I7PA 3JXUA 3VTIA 1CLQA 4O44A 3ZX3A 3CMAN 3IG1A 3ENOA 4FZZA 4HTUA 3FLCO 3HSTB 4OPHA 5BREA 3SPYA 3NH2A 3AVMA 2Q1NA 5HLFA 3NVMA 2ASPA 4EZ6A 3WNFA 4DLGA 1T6CA 2HOEA 4BRDA 3GE1A 1X9MA 2HHQA 4JK8A 1WSFA 5BPLA 3QB0A 4CEBA 4KHSA 3DRSA 3NF9A 2E6LA 3P38A 3ZSXA 2AP1A 3CJAA 2UU9K 2Z1IA 4PA1A 1Z25A 3HPGA 3AVBA 1YXQA 1BL3A 2HHUA 2VG6A 4PKGA 1RDDA 5FROA 4FM1A 3C95A 5SWMA 4DR5K 2YHWA 4E7KA 1XMOK 3FFKB 5DM7L 4E1NA 3TSPA 2CGJA 4KPYA 3G6EN 1C6VA 4JYAK 5C10A 2BH1A 1S22A 2O8EB 1YAGA 1FXXA 5HBMA 2UUAK 4GV6A 4IJNA 2F8SA 1P8ZA 3MN5A 4MQ3A 4NCGA 2Q31A 1C0MA 4UY8O 1HYSA 1NGDA 1RT3A 4YFUA 1SS6A 1QQNA 4DR2K 3EEQA 3A8YA 3LZJA 4NCBA 3DLEA 3OBWA 3C7NA 2KLAA 4CVNE 1V4TA 3AVFA 1K8KA 1BHLA 1N34K 1JLGA 3TABA 4M3UA 3VQEA 4M3TA 4E19A 1K73O 1U49A 4K42A 3FGUA 3UB5A 4AQYK 3WXLA 4JKGA 4LFBK 1I39A 4CCHA 2QXLA 2YHBA 1NGCA 3ZSYA 3GDQA 4A2BA 3HOTA 1TL3A 4A5AA 3H3NO 1BCOA 5AQLA 3ULEA 4EFHA 4FOIA 1X3NA 3C94A 1IG9A 4J2AA 4A59A 1S6PA 1QZ6A 3L4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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