3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
4BRIA 1Q18A 3EKUA 2YHWA 3WEEA 3ZX3A 2IVPA 3VEXA 1YAGA 2GTDA 4BRDA 3U9DA 2V7ZA 3MN9A 1QZ5A 2P9LB 1GLAG 4YDUC 3WXLA 4B1UB 4FOIA 4BGAA 4K43A 2A42A 4DCHA 4F9OA 3FE1A 3DXKA 3IDHA 3BF3A 2P9KB 3ENHA 4FWRA 4RWTA 3P4IA 3MN7A 4ISEA 5BN8A 4WQ4A 4CBXA 3LDNA 2D1KA 3WUHA 4B1ZA 3VF2A 1GLLO 3C7NA 3QFUA 4FO0A 5AQHA 3LL3A 2IIRA 1X3NA 3SMSA 2P9SA 4RCHA 4FWOA 5EOYA 4AM7A 2E2PA 3O6WA 5EX5A 3HZ6A 5AQPA 4BRQA 3GDQA 4JD2B 3ULEA 3FZLA 5AZIA 1HPMA 1HX1A 3D2FA 3JXUA 5E84A 4QS7A 2A6AA 1JCEA 2P9SB 4DB3A 3UKRA 3DAWA 1SQKA 2OANA 3VEOA 2GWJA 5FPNA 3VENA 1S3XA 5AQQA 4BQLA 1BU6O 2GWKA 5JLFA 5FPMA 1CZAN 1OKJA 3ZETB 1TUYA 5I9EB 1BA1A 1ATNA 4A61A 2HMPA 2YI1A 4MO4A 5AZIB 5LY3A 3J8AA 5AQTA 3O5BA 2Q0RA 4MLEA 1E4FT 5AQXA 4K41A 3H1QA 3EO3A 2VWBA 2A5XA 1NGEA 1NM1A 1NBWA 5ADXH 4H0OA 3W3DA 4L3QA 3H3NO 4JHDB 4CZMA 1MA9B 1LCUA 4EIAA 1DEJA 3FLCO 3R8EA 1YVNA 2QM1A 3A8YA 3DWLA 3IUCA 1NGAA 4WQ5A 2E8AA 2P9NA 5JICA 2Q1NA 4BR0A 3UB5A 4BROA 4H5RA 2ASPA 3H1VX 5AQMA 1Z6RA 2EWSA 2Q2RA 2W41A 3M3ZA 4BGBA 4Z94A 4IJAA 3WXJA 4PL7A 4E1JA 3FZKA 3VF4A 4AM6A 3MK6A 4IO8A 5B8HA 3ID8A 3RSEA 2P9PB 3HTVA 4H03B 1ZC6A 5AZJA 4LC9B 4IXCA 2QW9A 1C0GA 2NRHA 4CZFA 1HLUA 4MLHA 5AQSA 2J4RA 1T44A 1NMDA 1X3MA 2D4WA 1DGKN 2NZTA 3FZFA 3VGKA 2ZGZA 1U2VA 1RGIA 4H5NA 3L0QA 4BREA 3QDKA 5AQYA 3GG4A 3VETA 3BF1A 4XH4A 2P9LA 1ATRA 4IZ9A 5AQFA 4GNIA 2VYPA 4FPAA 3ZX0A 3UKUB 5AQOA 5AQWA 5BN9A 4QS8A 3GBTA 2P9UA 1NGCA 4XH1A 3R6MA 3QBWA 3AAQA 4NO7A 1V4SA 5AQIA 4BRNA 3S41A 2P9KA 4A62A 1BUPA 2QWNA 2W40A 4ISGA 4CZKA 3WXKA 1BO5O 5BRFA 2P9UB 2A3ZA 2HF3A 3O1WA 3O80A 4RTFD 4H5VA 2FXUA 3A5LC 2UYTA 3TPQA 1NGBA 2VCPA 3BP8A 3H6EA 3A5MC 3ATVA 1R59O 1V4TA 4A2BA 3FFKB 2YCHA 3B8AX 3M1FA 3VESA 3JS6A 2E1YA 4DHYA 3A0IX 4M7XA 1T6DA 4JD2A 1D4XA 3SJHA 1BG3A 3H45C 3BEXA 2D0OA 1RFQA 4BG8A 1XQSC 2ITMA 2NLXA 3AAPA 2CGKA 4CZEA 1IG8A 1KAZA 1NLVA 2E2OA 2BTFA 2QWMA 2IVNA 3CJBA 3CJCA 4ISFA 3ZETA 3O8MA 2GUPA 4I6MB 2CGJA 4EAHD 2Q31A 3LM2A 4YDUA 1BWFO 4FWSA 4CZIA 4JNEA 4FWPA 3QMLA 4B1XB 2V7YA 1J6ZA 3ENOA 4JHDA 2V52B 5AQLA 2F9WA 4PL8A 1ATSA 1GLCG 2FSJA 1NWKA 2CH6A 2HOEA 3SMPA 4Y0WA 3UE5A 3I8BA 4FL9A 4H0PA 3VOVA 1NGIA 1GLFO 1RDWX 2QWRA 3VPZA 3DXMB 5AQGA 1NGDA 1S22A 5BRHA 4H0YB 4CD3A 4CBWA 3VGLA 3O08A 1GLJO 3QB0A 1YXQA 4BRHA 1HKBA 1WOQA 1QHAA 3ZX2A 1U6ZA 2FLOA 2P9PA 4H0VB 3LDOA 3VEZA 3WQTA 1ZBSA 1GLDG 2QXLA 3TU5A 2E88A 2E1ZA 1KXPA 5ELZA 1MDUB 4BRGA 1BDGA 1E4GT 2HF4A 4B9QA 1SAZA 5BPMA 2AA4A 3U8XA 3WXIA 1HKGA 4FSVA 4BVOA 5FPDA 3DJCA 5F1XA 3CJ1A 3L4IA 3AY9A 1MWMA 2YHYA 4EHUA 1KAXA 4MO5A 4BG9A 5KPTA 4GY2B 3WQUA 2D0PA 3CJAA 1Z05A 4CBUA 2YJEA 4PKIA 4FOEA 2E2NA 3UKUA 1HUXA 5AQZA 1XC3A 1MWKA 3QICA 5TKYA 3GE1A 3MN6A 2QWQA 2Q36A 5BREA 5KPRA 4B1VA 4FWLA 3VEWA 4EHTA 2GELA 1H1VA 3VF6A 5AQRA 3R9PA 5BRDA 3CHWA 5AQVA 5KPZA 2FSNA 2AP1A 3W0LA 1EQYA 3CI5A 4KBOA 4CJ7A 5EXWA 4BRMA 4H5TA 5JLHA 4BRFA 2ZF5O 2P9IB 3EZWA 1NGFA 3O1BA 4O8KA 2V51B 5AR0A 3GL1A 2CH5A 4WQ4C 5AFUA 4FWQA 1ESVA 5EVZA 1HJOA 2ZGYA 1DKGD 3CJ7A 4B1YB 4BC5A 3D2EA 4CZLA 2ZWHA 4J8FA 3CQXA 4NB4A 4HTLA 4H5WA 3LDPA 1QQOA 2FF3B 3CIPA 3LDQA 1K8KB 1G99A 3ATUA 3MMVA 4FPBA 3SLCA 3C0BA 3FZHA 4FWNA 1TYQB 2H3GX 1TUUA 3D2EB 2A41A 4BR5A 3SK3A 4XH5A 3H46O 5EY4A 3A5OC 3IMXA 1SZ2A 3MCPA 2ASOA 5JMVA 5FPEA 4I6MA 4C23A 3FZMA 5LJVA 4BR7A 3VERA 4B1WB 1C0FA 3WEEB 3U9ZA 4BR2A 3EN9A 5KQDA 4BRLA 3D7EO 4WYBA 2ASMA 5F0XA 2Q97A 3MN5A 3FR0A 3KVGA 1NGJA 3GOIA 4PKGA 2QWOA 2PAVA 3L6QA 1GLEG 3CERA 4M7YA 3DXKB 4BC3A 4JN4A 3CETA 3G25A 2FF6A 4K25A 4BRAA 2KHOA 4BRCA 5KQ8A 1ZXOA 4A2AA 3DXMA 3MDQA 4WQ5C 4H0TB 2E20A 2YJFA 4BVPA 3C7NB 3LDLA 1QZ6A 1JCGA 3O4WA 5E26A 2CGLA 4BRKA 3EL2A 1IJJA 4BRPA 1BA0A 2E2QA 2I7PA 3VEVA 4CZGA 4QS9A 1NGGA 3ULEB 3EKSA 4IJNA 3D2FB 4JAXA 1X9JA 1Y64A 5AQKA 2FSKA 3I33A 4PKHA 2WUSA 4O5FA 3UKRB 5AQNA 1T6CA 4CZJA 4CZHA 3H3OB 1QQMA 1JCFA 3VEYA 3U4LA 3HBTA 3OHRA 2QWPA 5AFUH 3BUZB 2GEMA 4BC4A 2A40A 1QQNA 3KZBA 3QFPA 5AQJA 4BR4A 1P8ZA 3F9MA 5BPNA 4FWKA 1XUPO 3FGUA 4BR9A 1YUWA 2Q0UA 4FWMA 4DQ8A 4EFHA 3AARA 3LM9A 4H0XB 3HI0A 4XEIA 2YHXA 1KAYA 2I7NA 2IVOA 2DPNA 2P9NB 4CI6A 3M6GA 5BPLA 2P9IA 5BR9A 1BOTO 4IWVA 3HSCA 4HWIA 1WUAA 4BQZA 4K42A 2BUPA 2QWLA 3ZEUA 3RSEB 2PBDA 3QBXA 4M63C 3A5NC 5CE3A 2F9TA 1K8KA 5AZJB 1GLBG 5ADXA 3IFRA 5F2RA 5LJWA 1TYQA 3WT0A 1LOTB 4BC2A 3HM8A 3CJ9A 1HKCA 5AQUA 3ZEUB 1U2VB 3CQYA 3VGMA 1NGHA 4CD1A 3KHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 3O9SA 2GUIA 5CZ2A 3ALYA 3E9OA 3NMUA 1Q18A 1GOAA 5MLCQ 1FKPA 3WEEA 4FVUA 3QEIA 3LP0A 4BRDA 2QKKA 2YX6A 1GLAG 4JEPA 3ZSYA 4E7LA 4G9ZA 4O8UA 2O8CA 4K43A 4NXNK 4FK2A 1W97L 4CHQA 4Z4CA 3IDHA 3K0SA 1T7PA 1QTMA 3OY9A 3ZT4A 4DFPA 4N47A 3P4IA 3MN7A 1BQMA 3E1YA 4WQ4A 4IG3A 4CBXA 1WNSA 3CM5A 3QFUA 2OZMA 4FO0A 3M8QA 2X6NA 3DM2A 3SMSA 1VQPN 3J80O 5FLXO 2F8TA 4CJEA 1J5OA 3OJUA 3V9XA 1VSDA 4E7HA 1J9AA 3GDQA 4JD2B 4Z4IA 3JXUA 5H1SQ 1VQ7N 4M42A 4ILHA 4X64K 4FK4A 1JCEA 4DB3A 3J7YP 3DAWA 2OANA 4JKBA 3VQ5A 2HHTA 3MECA 3VENA 2KFZA 1S3XA 1XHXA 2KTQA 3PX6A 2HSTA 3DRPA 5FPMA 3O3HA 1BA1A 4OLBA 4A61A 4MO4A 5AZIB 1IBKK 5AQTA 2Q0RA 4MLEA 2HBMA 2EHGA 1J5EK 2A5XA 4DTSA 4PQUA 3H3NO 1LCUA 4EIAA 4M45A 1S1VA 2Q3SA 2QM1A 5M1KA 4GVMA 4E7IA 4O0JA 2HW3A 4WQ5A 2E8AA 5CY4A 4BR0A 4CF8A 3C65A 1BI4A 3L2RA 5AQMA 4BE2A 3QEPA 4RW8A 2Q2RA 3AO2A 3TWHA 4CK2A 4E7KA 4E1JA 2GBZA 4CFAA 4IO8A 5CR4A 2D0BA 3ZT3A 4PWDA 2QW9A 3K5NA 3G6EN 3PV8A 3NF9A 2QA4N 1KVCA 2NZTA 1KLNA 4HUGA 3V9SA 3TAMA 1I3AA 4RW4A 4CEDA 4LF5K 5HL7L 1ATRA 3U3GA 5AQFA 4GNIA 4DV1K 2RN2A 4DU3A 1NGCA 1IV0A 3UIQA 4Z4EA 1BIZA 4J2BA 4C1NI 4CHOA 1BO5O 1LW2A 2A3ZA 3HO1A 3TTCA 3O1WA 1NK6A 4DTXA 5IT9O 4H5VA 1L3TA 3A5LC 3TPQA 1NGBA 4KHWA 3A5MC 1R59O 4A2BA 3CCMN 3FFKB 3ULDA 1BIUA 2E1YA 3T1AA 1U48A 4B9LA 1G15A 1CZBA 1S1UA 5CZ1A 4JD2A 3H45C 3BEXA 3F9KA 4G1QA 4H8KA 3OA9A 1BISA 4DQQA 1JLBA 3AAPA 4CZEA 1LAVA 1VSJA 3WNFA 3ZCMA 1OVYA 4ISFA 4JS4A 4EAHD 5D3GA 1ASVA 2Q31A 5LMNK 4YDUA 3IRXA 3RMAA 2JWKA 4FLUA 3ZSQA 3RMDA 4DR2K 3ENOA 1MU2A 5AQLA 1WSEA 2BDPA 3CCQN 4PL8A 1GLCG 3ZSWA 1TL1A 2CH6A 4OGEA 3SUPA 2HOEA 4O44A 2G8UA 3H08A 3UE5A 3NDKA 3I8BA 3VOVA 1SL0A 1NGIA 4B9NA 4HCBA 4CEOA 4I2QA 1S1XA 5M1PA 3OYHA 3I55N 3TI0A 4UY8O 4JKGA 3AVMA 4DQRA 3DRSA 1NGDA 5C2DA 1EO1A 3OVNA 4DTRA 3OYEA 5HBMA 4LD0A 3HT3A 1WOQA 1QHAA 3R1XA 3ZX2A 4CK3A 3K5LA 3TSQA 4C8KA 4M3UA 3ZSRA 2O8EB 3AO1A 2QXLA 3LP3A 2E1ZA 1FKOA 1BDGA 3VTHA 5BPMA 1RBRA 4B9QA 4W5NA 4BVOA 3HRGA 1VSFA 4FLWA 2OCEA 4I9LA 4MO5A 2ETJA 1DTQA 1KFSA 3M5RA 4E3SA 2O8FB 4KB1A 1KLMA 1N33K 3CJAA 3P1GA 1NKCA 1Q8IA 1YITN 2YJEA 4CGIA 1TL3A 5AQZA 3PSIA 1MWKA 3VMFB 4FWLA 4EHTA 2GELA 3VF6A 3L8BA 3P5JA 4FJNA 5AQVA 2FSNA 3CI5A 4W5TA 4OPJA 4BRFA 5DK5A 1KD1O 3O1BA 5AR0A 1C1AA 4CJPA 3GL1A 2PY5A 3V1OA 5AFUA 1HJOA 1DKGD 3DRRA 4CZLA 4J8FA 3NHGA 4FLVA 2FF3B 4CGHA 1RCHA 1VQ4N 3OYGA 4M3XA 3ATUA 4FPBA 4FWNA 3FZHA 4AF1A 2VWJA 1TYQB 2XY6A 1TUUA 3TAQA 3DYAA 2A41A 3CC2N 3AVCA 3QESA 4XH5A 2FBTA 1XNQK 4B3MK 1RDUA 3IMXA 3MCPA 5FPEA 4C23A 3KK1A 1DT9A 1VSIA 3C95A 3AVJA 3V6DA 4I9QA 4JLHA 4BRLA 2HVIA 3FR0A 4EP5A 3VQQA 4V19S 4CIEA 1GLEG 3C6UA 4M7YA 3QETA 1D9DA 3G25A 4U7BA 3O9TA 1JXEA 4FJMA 4WCEL 2IAJA 1IKYA 3C7NB 3NGIA 3C94A 3LDLA 1NK8A 1QZ6A 2XY8A 4PUOA 4F3TA 4CIFA 4CFDA 4BRKA 1IJJA 4BRPA 1BA0A 2I7PA 3VEVA 3AA2A 3V81A 4BDYA 5FROA 1NGGA 4OLAA 3D6RA 1F21A 1X9JA 5AQKA 3TAFA 4DS5A 1SL1A 2WUSA 4O5FA 5AQNA 1T6CA 4CZJA 3I0RA 3OHRA 2O8FA 1ZBLA 5AFUH 2HNZA 3IS9A 2O4GA 2GEMA 4DSEA 2A40A 1QQNA 1P8ZA 3F9MA 2OPPA 4FZXC 4FWKA 1XUPO 1JLQA 2QTDA 2HHQA 4EFHA 3AARA 4XEIA 2ZD1A 1C6VA 2VGMA 1KAYA 4FJ7A 4CHNA 3IKMA 1LAWA 4GKJK 2GX9A 1JLGA 2XO7A 1VSLA 5BPLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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