3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
4XH5A 3S41A 5AQWA 4FOIA 2A5XA 4CD1A 3A0IX 2VYPA 3BP8A 1MWMA 3G25A 4FWLA 4QS8A 4Z94A 1SQKA 2P9KA 1X3MA 2V51B 3FFKB 4B1UB 3GDQA 3VERA 5E84A 4BR2A 1V4TA 1BG3A 1Q18A 2Q1NA 1U6ZA 1YXQA 3O80A 4BRMA 4AM7A 2P9KB 4H0XB 3LDQA 3BF1A 3CJBA 3MCPA 1BA1A 3FLCO 4FSVA 3ID8A 1RFQA 5F2RA 3VEYA 2GEMA 1HUXA 1BDGA 1MA9B 2P9UA 3M6GA 1GLJO 2I7NA 4PL7A 4MO4A 1HKCA 2YI1A 4RTFD 4IZ9A 4BREA 5KPZA 2YJEA 2NZTA 4FL9A 4BR4A 5AQYA 1BO5O 4H0TB 4L3QA 2P9PA 4BC5A 1T6DA 2YHXA 3D2EB 3KHYA 2P9UB 2KHOA 2QXLA 4BRCA 4BRHA 4NB4A 3I33A 3ZX3A 5AZJA 1QHAA 5JLFA 2FSJA 4CZHA 2P9PB 3JXUA 2ASMA 4FWNA 5FPNA 5AZIA 3R9PA 2P9LA 2VCPA 5AZJB 4BVPA 1NLVA 4H03B 4ISGA 4K43A 1J6ZA 3SMPA 1RDWX 4IXCA 4CZFA 2E20A 4BGBA 4BVOA 4C23A 4CZKA 4BR5A 2E1ZA 4IJAA 5FPEA 1EQYA 3VEZA 1DKGD 1GLFO 1NGFA 3EO3A 2FSNA 2P9LB 4K25A 5AQJA 3QDKA 4HWIA 4CBXA 4CD3A 3R8EA 4Y0WA 5ADXH 4HTLA 3IUCA 3BUZB 3C0BA 4XEIA 5AQKA 2E2OA 3U9DA 1SAZA 1QQNA 4DB3A 3WXKA 2A41A 1OKJA 1MDUB 5F0XA 3ZX2A 5AQQA 4EAHD 5AQVA 2A3ZA 1KAXA 3O6WA 1BU6O 3VENA 2ASPA 3FZMA 2GELA 3TU5A 5LY3A 1Z6RA 5JICA 2D0OA 2GTDA 2HOEA 4RCHA 1JCFA 2ZGZA 5AQUA 4BC3A 3VF6A 3ENHA 1NGCA 3CHWA 3VGKA 4XH1A 3FE1A 3VEOA 1HKGA 3QFPA 3VGLA 4PKIA 4CZGA 1NGAA 4H5RA 5ADXA 1P8ZA 2OANA 3L4IA 1D4XA 2UYTA 2V52B 2FLOA 2YJFA 3WQUA 4BRKA 1S3XA 5AQOA 5BN9A 1NGIA 4GNIA 5E26A 2FXUA 4CJ7A 4EHUA 1ZXOA 2D1KA 4JHDA 4IJNA 4MLHA 2HF3A 1TUUA 4BR7A 5JLHA 5FPMA 1G99A 5AQXA 4PKGA 4A62A 4JNEA 1NGEA 1NWKA 4BRNA 2ASOA 5FPDA 3O1BA 3HBTA 4CZEA 2QWRA 4PL8A 3UKUA 4JHDB 1YUWA 2QWMA 1GLCG 3VF4A 2E2QA 3CERA 5KQ8A 4CBWA 1IG8A 1NGBA 3AAQA 4H5NA 5AQSA 2QWOA 2EWSA 2FF6A 5EVZA 1SZ2A 4EFHA 3ULEA 1GLBG 3ATVA 1QZ6A 2NLXA 4YDUA 3UKUB 3GL1A 4XH4A 3OHRA 1X3NA 3UKRA 2NRHA 3CJAA 4H0PA 4BG9A 3TPQA 4JAXA 1YVNA 3I8BA 3ULEB 4M63C 1Y64A 4FWOA 2ZF5O 4WYBA 4B1VA 3O8MA 4BRPA 1NMDA 3UKRB 4O8KA 2Q31A 3VGMA 3QFUA 4E1JA 2QWNA 1WOQA 4FPBA 5AQRA 1NM1A 4BRQA 4LC9B 3AAPA 4M7YA 4B9QA 3LDPA 3EL2A 3H3OB 3C7NA 4YDUC 1JCEA 1XUPO 4B1ZA 3DWLA 3WXIA 3QBXA 1ATSA 4DQ8A 3A5NC 1TYQA 4QS9A 2CGKA 3WEEA 5AQIA 3HZ6A 5BPLA 1HJOA 4H5WA 3FGUA 5AQPA 3CETA 4M7XA 3A5LC 3CIPA 5AZIB 4EHTA 5LJVA 1ATNA 1TYQB 3UB5A 4I6MA 4FWMA 2GUPA 3H3NO 1HX1A 2W40A 3MK6A 2V7YA 3WEEB 4NO7A 2FF3B 2BTFA 5B8HA 2I7PA 2QWQA 3R6MA 3BF3A 5AQLA 1NBWA 3GE1A 4I6MB 4A2BA 1BA0A 1K8KA 4H0OA 1NGGA 5AQTA 4KBOA 1S22A 2J4RA 2BUPA 5AQHA 2IIRA 3AY9A 1K8KB 3B8AX 4A61A 2Q97A 3QB0A 5EY4A 4DHYA 5AQGA 3LDNA 2IVPA 3L0QA 2P9IA 4BGAA 4K42A 4J8FA 4WQ4A 5BR9A 4ISFA 1LOTB 4H0VB 4BRLA 1QQMA 5BPMA 1WUAA 2E2NA 5BRDA 1HPMA 4A2AA 4F9OA 3FZFA 3RSEA 4JN4A 3LM9A 3M3ZA 3ATUA 5JMVA 2P9IB 4FWQA 3QICA 4B1XB 2GWKA 5BPNA 3EKSA 4IWVA 1XQSC 1ZBSA 1DGKN 3EKUA 3DAWA 4WQ5A 4K41A 4JD2A 3SLCA 1BOTO 1E4FT 4CZLA 1C0FA 1NGHA 3RSEB 4CZJA 2AP1A 1BWFO 4BQZA 5BREA 3H1VX 4WQ4C 4BC4A 3VPZA 1U2VA 3ZX0A 3A8YA 1IJJA 3CJCA 2YCHA 1GLAG 1QZ5A 2YHYA 3FR0A 4FO0A 4JD2B 2F9WA 2W41A 1HKBA 4H0YB 2PBDA 4FWPA 2QW9A 4B1YB 3U9ZA 1GLDG 2E1YA 1C0GA 2VWBA 3GOIA 3VEXA 1R59O 3W0LA 1U2VB 4BRGA 2D0PA 5LJWA 3MMVA 4WQ5C 5EX5A 3DJCA 3M1FA 2CGLA 2CGJA 5EXWA 2A42A 3F9MA 3D7EO 3FZHA 4B1WB 1GLEG 3H46O 4CI6A 4H5VA 1YAGA 4FWKA 3LDLA 4BQLA 3LDOA 3H45C 1T6CA 3DXMA 2ITMA 3O1WA 3MN9A 3EZWA 3IDHA 3KVGA 4QS7A 5AQFA 3D2EA 4CBUA 1V4SA 2V7ZA 5BRHA 3A5MC 2E2PA 1H1VA 1KXPA 2Q0UA 5AQNA 4FOEA 1ZC6A 3QMLA 1NGJA 3A5OC 1T44A 4FPAA 3WXJA 4CZMA 3DXMB 2E8AA 2IVOA 3HSCA 5EOYA 4BRIA 4RWTA 5KPTA 4BR0A 3CJ1A 3ENOA 3IFRA 1LCUA 3C7NB 2DPNA 3CQXA 3ZETA 1JCGA 3CI5A 1KAYA 3CJ7A 1ATRA 3H1QA 2IVNA 2WUSA 3O08A 3HTVA 4BRFA 3MN5A 4BC2A 1TUYA 4O5FA 2P9NA 3ZETB 1DEJA 5AR0A 3HI0A 3U8XA 3WT0A 3EN9A 4BROA 2PAVA 4CZIA 3FZKA 3O4WA 1E4GT 2YHWA 4MLEA 4BRDA 1CZAN 1GLLO 2P9NB 3BEXA 1NGDA 1MWKA 3CJ9A 3ZEUA 2HF4A 4MO5A 3CQYA 3H6EA 4GY2B 3VF2A 2P9SA 2A40A 2HMPA 2QM1A 2Q0RA 3LL3A 4PKHA 5ELZA 3VEVA 3MDQA 5AFUH 4BR9A 2E88A 5BRFA 5I9EB 3IMXA 3JS6A 3GG4A 3ZEUB 4ISEA 5AQZA 5CE3A 3SK3A 1RGIA 2AA4A 2P9SB 3SJHA 3D2FA 2QWPA 2QWLA 3SMSA 1KAZA 2D4WA 3MN7A 3WUHA 4BG8A 3MN6A 3VESA 3U4LA 2ZWHA 4IO8A 4FWRA 4DCHA 2ZGYA 2F9TA 3DXKA 3FZLA 3VETA 3WQTA 2Q36A 3UE5A 5BN8A 3J8AA 3O5BA 3GBTA 5KPRA 2CH6A 1Z05A 3LM2A 3D2FB 5F1XA 2A6AA 1QQOA 5TKYA 3AARA 1BUPA 2CH5A 3HM8A 4H5TA 2FSKA 3DXKB 1ESVA 3WXLA 2H3GX 5KQDA 1XC3A 4FWSA 3VOVA 4AM6A 5AQMA 3L6QA 3VEWA 5AFUA 1HLUA 3QBWA 3P4IA 3KZBA 2GWJA 4BRAA 3W3DA 4EIAA 1X9JA 2Q2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FOIA 5C2DA 4CD1A 3TARA 2VYPA 4M41A 4CJVA 4C1NK 2E5LK 3G0ZA 4WCEL 3QINA 4QS8A 4Y1CA 4FVMA 3GDQA 2R7YA 4JI3K 2KFZA 4AHVA 4AHSA 1RT5A 3PSFA 1BG3A 4BRMA 3CF5L 1VQON 2OZSA 1GOCA 3LDQA 3CJBA 1BA1A 3LAKA 4JK7A 1OVYA 4O44A 5I3UA 4BWJA 4CE9A 5T7BA 1BQMA 3VEYA 2GEMA 1HYZA 4CEFA 2P9UA 3M6GA 1DT9A 4DSJA 4PL7A 3CCSN 2YI1A 3NMUA 4N5SA 4B9MA 2RF2A 5M1FA 1BO5O 3NF7A 2P9PA 3LZIA 4KRFA 2YNIA 4IOCL 4FJKA 4BRCA 1B9DA 2BH1A 4DQIA 4NB4A 4OPJA 3I33A 3WNGA 4YNQA 2HB5A 1QHAA 3VQ6A 1TKDA 2G8HA 2HBLA 3AVAA 3JXUA 3SAGA 1SL2A 4YY3K 4CJPA 3ZT3A 4LF4K 5AZIA 2P9LA 5AZJB 2F7TA 3EZ5A 1I39A 3NF8A 3NGZA 1LAWA 4CZFA 4B3SK 2ZJRL 4FCYA 4DFPA 2E20A 4DFMA 4BVOA 4C23A 4BR5A 5FPEA 3VEZA 3T1HK 3BY5A 3KJVA 1NGFA 2HHXA 1SS6A 4C8MA 3T3FA 4H8KA 4KHUA 3I8DA 4CBXA 4IEIA 1UOCA 3CPEA 3VA3A 4Y0WA 5ADXH 4IG3A 4CJSA 1GOAA 1BHLA 3C0BA 3U9DA 1YI2N 2UXDK 4B9UA 3EEQA 4X62K 2A41A 5F0XA 3KTQA 2A1RA 1FKPA 5HOOA 3VENA 3WNFA 4PHTX 2GUIA 4LH4A 4J2AA 2GELA 1T7PA 4GV3A 1F21A 4DR5K 4A5AA 3P1GA 5AQUA 1KFSA 4DU3A 1NGCA 3FE1A 4NYNA 3VEOA 4DSKA 1HKGA 3VGLA 3LDSA 3AA5X 3PLAA 4FJLA 1D4XA 3K2PA 1QQCA 1N34K 5KGXA 1BIZA 4QCLA 1S3XA 4IEEA 4CFAA 1IH7A 3PV8A 2FBYA 4HUFA 3P39A 4JHDA 2IOCA 4IJNA 3MWTA 2HF3A 3AGRA 2B4JA 4JKFA 4PKGA 4A62A 1NGEA 1QVGM 2ASOA 2NRTA 4AILC 1RT1A 3O1BA 3KD1E 5C24A 4C8NA 4CK2A 5KTQA 3SUQA 3UKUA 3TSQA 2QWMA 3J81O 3DLGA 2E2QA 3CERA 4I2PA 1IG8A 3AAQA 4H5NA 4OKKA 4DLGA 1SZ2A 1DLOA 1GLBG 1NK7A 3E1YA 4KH6A 1VSLA 3AVCA 1VQ4N 3UKRA 3OYEA 3L2WA 1T05A 4JAXA 4FJXA 1HYSA 1YVNA 2OCEA 4DQRA 1KVCA 4WYBA 4BRPA 3QEPA 4O5BA 2Q31A 4C8OA 3VQ4A 3RMBA 3HPHA 1WOQA 3B6PA 5AQRA 4DQSA 3C6UA 3AAPA 2G8UA 3EL2A 5HP1A 4Z4FA 3THWB 3DWLA 4FJ9A 1Y97A 3QBXA 1RBTA 4GVMA 2ATQA 4FM0A 1HQUA 4PY5A 4FJ7A 1WBBA 2JWLA 3AVLA 5HRNA 1G15A 5LJVA 1QSYA 1ATNA 3H3NO 1S9EA 4NO7A 1VQ5N 1J5OA 4N41A 4I7FA 3BF3A 3CCUN 3AV9A 4DF4A 3GE1A 4FW1A 4I6MB 5AJ3K 1IBKK 3L4QA 3THYB 4DV0K 1K8KA 4CGHA 3M8PA 1RTHA 3K9KA 4F3OA 4J2EA 1A5XA 1NU0A 4DFJA 1A5WA 5AQHA 3AY9A 4A61A 4DTPA 4E1MA 1YTUA 3V4IA 1XMQK 1IG9A 1VQ6N 3OY9A 4LF8K 2P9IA 3G71N 3TTDA 1XMOK 4OKEA 1LOTB 1KC8O 4H0VB 4ILGB 4CJ4A 2PFUA 2DFFA 3M8RA 1SKRA 5M1NA 2E2NA 4OKJA 1ZBLA 2KZMA 3FZFA 3RSEA 1VSIA 3LPUA 3M3ZA 4FW2A 3ATUA 4Z4EA 3QICA 1ZBSA 3EKUA 3DAWA 4WQ5A 4K41A 3SLCA 3SI6A 1WSIA 4CJUA 2WC9A 2AP1A 4KI4A 1RTJA 4OJRA 4HUGA 1N6QA 3HO1A 3A8YA 4ZTFA 2YCHA 4E7LA 1Z26A 1KRPA 4H4OA 3ZSWA 1QS4A 2OPQA 3MEEA 1HNWK 1M90O 1BL3A 3U9ZA 3AVFA 3LP2A 2HHTA 3VEXA 4Z4IA 3W0LA 1JL1A 2D0PA 3AO1A 3O4QA 4WQ5C 2YNGA 2QK9A 2CGLA 3VA0A 3F9MA 3FZHA 3D7EO 1YJNN 1MU2A 4CI6A 1N36K 4FM2A 4BQLA 4NLBA 3G4SN 1DTTA 4I2QA 4JK9A 4FYDA 2NRVA 3LZJA 3EZWA 3IDHA 5AQFA 1VK0A 4Z0UA 1V4SA 2V7ZA 3M8SA 1H1VA 1KXPA 1NK4A 2OA8A 4FOEA 4M3WA 1ZYQA 2VGNA 3A5OC 3WXJA 2G8FA 3VTIA 4CZMA 4KO0A 3TAFA 4FLYA 3AVKA 4BR0A 1XNRK 4JRPA 3ENOA 3THVA 1KAYA 2IDOA 1ATRA 4R5PA 4JI2K 3DRPA 4JKGA 1IKWA 4NCGA 4BC2A 1TUYA 3QNNA 2ZJQL 4BE0A 4QAGA 2XY5A 3M8QA 5AR0A 3HI0A 3MXMA 3G10A 3EN9A 4BROA 3PY8A 3BGRA 2PAVA 2X78A 3KD5E 3FZKA 3O4WA 4DSFA 4CHZA 2YHWA 4MLEA 4FJMA 1CZAN 3BEXA 3HK2A 2W6KA 5GAHP 3OBWA 1FK9A 3VF2A 4U67L 2A40A 3VEVA 5I9EB 5FRMA 3MDQA 4YORA 2E88A 3LP0A 3CQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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