The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
141
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sequence length |
426
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structure length |
419
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Chain Sequence |
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
|
| publication title |
Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
141
|
| structure length |
419
|
| sequence length |
426
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.1.5: Apyrase. |
| pdb deposition date | 2008-03-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01150 | GDA1_CD39 | GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Exopolyphosphatase. Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TUY A; 1RDW X; 4H5R A; 1GLF O; 2FXU A; 2P9K A; 4BRP A; 2ITM A; 3VES A; 2FSJ A; 3QB0 A; 4PL7 A; 3W0L A; 4BR2 A; 1ZC6 A; 4A2B A; 4PKI A; 4KBO A; 3MN9 A; 2H3G X; 3VGM A; 1QHA A; 4B1W B; 2HF4 A; 2VYP A; 4FWS A; 4RTF D; 3FE1 A; 4CZF A; 3CJC A; 5AQI A; 2P9I B; 4BRC A; 3KVG A; 1SZ2 A; 3BEX A; 2P9P A; 4WQ5 A; 5AZI A; 4BR5 A; 2ASP A; 2J4R A; 1V4S A; 3FZK A; 5KQ8 A; 5AQZ A; 4BQZ A; 3KHY A; 2ZF5 O; 2QWM A; 4BRF A; 4BC3 A; 3ULE A; 3IDH A; 5AQY A; 1YAG A; 2Q31 A; 5AFU A; 3LDN A; 3DXK B; 3H45 C; 4M7X A; 3SMP A; 3HM8 A; 1MWM A; 3LDL A; 1DEJ A; 1HUX A; 5LJV A; 2GWK A; 3DAW A; 5AQK A; 4AM7 A; 4E1J A; 2QWL A; 4H0Y B; 1BU6 O; 3SJH A; 2P9U B; 5BN9 A; 3GG4 A; 3L4I A; 4B1X B; 2E2O A; 1NWK A; 1Y64 A; 4H5T A; 1ZXO A; 4FL9 A; 2GEL A; 2ZGZ A; 3CJ7 A; 3DXM B; 2Q36 A; 4AM6 A; 1ZBS A; 1NGE A; 1LOT B; 3TPQ A; 5BRE A; 3BF1 A; 4XH4 A; 4M7Y A; 3WXI A; 5AQQ A; 4M63 C; 2YCH A; 5I9E B; 3EZW A; 3L6Q A; 4K42 A; 4C23 A; 3R8E A; 3D7E O; 3VER A; 1JCG A; 2P9I A; 5EOY A; 2OAN A; 1LCU A; 5AQW A; 3ZX0 A; 4CZK A; 3VF2 A; 1BA1 A; 4IZ9 A; 2GWJ A; 4BC4 A; 4EHT A; 1DKG D; 3LDQ A; 3ZX2 A; 3UKR A; 1SAZ A; 2E2N A; 5JLH A; 1NGA A; 5B8H A; 1JCE A; 1NGB A; 4FWL A; 3A8Y A; 2IVP A; 1OKJ A; 3EKS A; 4FSV A; 4K43 A; 3LDO A; 3HSC A; 5AQR A; 3U8X A; 4XEI A; 4H5W A; 4IXC A; 4IWV A; 2A40 A; 4FWO A; 3HZ6 A; 2WUS A; 2EWS A; 3WUH A; 2FSK A; 1E4G T; 2FSN A; 3GBT A; 3UKU A; 4CZM A; 4BG9 A; 4BR0 A; 3EN9 A; 3O80 A; 3FZM A; 1G99 A; 1KXP A; 2E1Z A; 3FGU A; 4FWQ A; 3H1Q A; 4BRA A; 3BF3 A; 4Z94 A; 1BWF O; 2QWQ A; 2I7N A; 2NLX A; 3HI0 A; 3R9P A; 4H0O A; 2P9U A; 1BUP A; 1S22 A; 1GLL O; 4NB4 A; 4H03 B; 3WEE B; 3IUC A; 5AQP A; 5BRF A; 2HOE A; 3O1B A; 2GEM A; 4EIA A; 3FZF A; 1EQY A; 3O5B A; 3UB5 A; 5E26 A; 5AQS A; 3A5M C; 3QFU A; 5BPN A; 5BR9 A; 2YI1 A; 3DXM A; 2YHW A; 2P9N B; 3VF6 A; 1RGI A; 4HTL A; 4CZL A; 3CJA A; 3MMV A; 5EXW A; 1NGG A; 3O1W A; 2P9S A; 2V7Y A; 4FPA A; 4RCH A; 3O08 A; 4FOI A; 1R59 O; 5AQM A; 1QQM A; 5EY4 A; 3FZH A; 4H0X B; 1C0F A; 3VF4 A; 3WXL A; 4BRG A; 4B1V A; 2QWN A; 1HKB A; 1NGC A; 4BQL A; 4BRO A; 4ISG A; 5AQT A; 1V4T A; 3BUZ B; 4WQ5 C; 4WQ4 C; 1S3X A; 5AQG A; 1ESV A; 3R6M A; 3U4L A; 3CER A; 3ZEU B; 4BRM A; 3CJ9 A; 2A6A A; 1GLJ O; 1YVN A; 3AAR A; 4WQ4 A; 1DGK N; 1GLA G; 1HX1 A; 4BRQ A; 4BC5 A; 5AQL A; 3OHR A; 3UKR B; 4GNI A; 1NGI A; 3SMS A; 4BRI A; 2FF6 A; 2IVO A; 5BRD A; 3FFK B; 3U9D A; 4CBX A; 2A3Z A; 4MLH A; 4CZI A; 1QZ6 A; 3CJB A; 4PL8 A; 4YDU C; 3A5O C; 3WEE A; 4B1Y B; 4BVO A; 3AAQ A; 4O8K A; 4XH1 A; 4CZE A; 4MO5 A; 3QIC A; 3UKU B; 4K41 A; 3VEZ A; 4JN4 A; 4BRN A; 5ADX A; 2P9N A; 5JLF A; 1NGH A; 2IVN A; 4EAH D; 4YDU A; 5EVZ A; 5FPD A; 3QFP A; 5JIC A; 3LM9 A; 2YHY A; 3MN5 A; 3KZB A; 5CE3 A; 3HBT A; 4DB3 A; 3RSE B; 4JNE A; 1Z05 A; 4EHU A; 2KHO A; 2ASO A; 1BDG A; 1BO5 O; 2D0O A; 2AA4 A; 4H5N A; 3EL2 A; 3CHW A; 1X3N A; 2V7Z A; 3ID8 A; 2IIR A; 2YHX A; 2D1K A; 3LL3 A; 2UYT A; 2E2Q A; 2GTD A; 2I7P A; 1NGF A; 5AQU A; 5EX5 A; 2QM1 A; 3WQU A; 3ATV A; 4WYB A; 3ZEU A; 2P9S B; 2W41 A; 1TYQ B; 5LJW A; 2FLO A; 4FWK A; 4IO8 A; 4CJ7 A; 1GLD G; 1HPM A; 3P4I A; 4H0T B; 5F0X A; 3IFR A; 4RWT A; 2F9T A; 2Q0R A; 3VEO A; 3HTV A; 4BRE A; 5AQV A; 4BR4 A; 4CZG A; 5AQH A; 1WUA A; 3A0I X; 4MO4 A; 4BG8 A; 1NLV A; 2D4W A; 4H0P A; 3JS6 A; 4F9O A; 5AQO A; 1HLU A; 2V52 B; 1P8Z A; 1NBW A; 3A5N C; 3D2E B; 3ATU A; 4BRH A; 1HKC A; 1MWK A; 4NO7 A; 4DCH A; 5AQX A; 3AY9 A; 1TUU A; 3O6W A; 3WXJ A; 3FZL A; 4BR9 A; 2QW9 A; 2ZWH A; 3RSE A; 4H5V A; 4K25 A; 4QS9 A; 5ELZ A; 3WT0 A; 2BTF A; 4EFH A; 3WQT A; 4ISE A; 3SK3 A; 1QQN A; 2NZT A; 4B9Q A; 5BRH A; 1NGD A; 4O5F A; 1NMD A; 3SLC A; 4BGB A; 3VGL A; 3W3D A; 4CBU A; 4JHD B; 1YUW A; 1T6D A; 2YJF A; 1TYQ A; 3ZX3 A; 3H6E A; 3VEN A; 5BPL A; 3VEY A; 4FWR A; 3H3O B; 4BRL A; 3QBX A; 4DHY A; 1IJJ A; 1RFQ A; 1K8K B; 3AAP A; 4B1U B; 3MN6 A; 4Y0W A; 1JCF A; 4HWI A; 1BA0 A; 5AZJ B; 5KPZ A; 5FPN A; 2F9W A; 5AQN A; 3GE1 A; 1BG3 A; 2HMP A; 2ASM A; 3JXU A; 5KQD A; 2Q1N A; 3QDK A; 5AQF A; 2E8A A; 1HKG A; 3L0Q A; 1QZ5 A; 3A5L C; 3I8B A; 3D2E A; 3M1F A; 4CD3 A; 2E88 A; 2GUP A; 5E84 A; 3VET A; 1Q18 A; 3CQY A; 2E1Y A; 5AFU H; 2CGK A; 1C0G A; 3C0B A; 3M3Z A; 3VGK A; 1QQO A; 1X3M A; 5FPM A; 4FWN A; 3H46 O; 1XQS C; 5ADX H; 1Z6R A; 2VWB A; 4BRK A; 4GY2 B; 5BPM A; 2FF3 B; 3CIP A; 2A41 A; 4FO0 A; 1XC3 A; 3ENO A; 2D0P A; 3QBW A; 4IJN A; 4CZH A; 1KAZ A; 3O4W A; 2P9L A; 4A62 A; 1KAY A; 2VCP A; 4JHD A; 3H3N O; 2QXL A; 3TU5 A; 1XUP O; 1T44 A; 3H1V X; 3D2F B; 3UE5 A; 1U6Z A; 4I6M B; 2BUP A; 3GL1 A; 1IG8 A; 3BP8 A; 3C7N B; 3FLC O; 2Q2R A; 1ATS A; 1K8K A; 4L3Q A; 2Q97 A; 2CH5 A; 4QS8 A; 3VEW A; 1CZA N; 2CGJ A; 4MLE A; 2QWP A; 3MK6 A; 5AZJ A; 3VPZ A; 4CZJ A; 1MDU B; 3J8A A; 5LY3 A; 4J8F A; 3MN7 A; 5AR0 A; 5F2R A; 5FPE A; 4H0V B; 2A5X A; 4DQ8 A; 3G25 A; 3CQX A; 1X9J A; 3DJC A; 3U9Z A; 3ZET B; 5BN8 A; 4JD2 B; 3MDQ A; 2DPN A; 1U2V B; 3ENH A; 3MCP A; 3LM2 A; 3DWL A; 3CJ1 A; 3F9M A; 2NRH A; 2PBD A; 2V51 B; 4PKG A; 2QWO A; 4BVP A; 1SQK A; 3CET A; 2PAV A; 1KAX A; 4CBW A; 4FWM A; 3IMX A; 4FOE A; 4QS7 A; 1GLE G; 4ISF A; 3QML A; 2P9K B; 4A2A A; 1ATN A; 4IJA A; 3VEX A; 4CD1 A; 3O8M A; 1ATR A; 2CH6 A; 1NM1 A; 3S41 A; 4LC9 B; 3FR0 A; 4BC2 A; 1T6C A; 5KPR A; 2ZGY A; 2AP1 A; 3GOI A; 4BGA A; 1E4F T; 3D2F A; 4I6M A; 4B1Z A; 3DXK A; 1YXQ A; 1GLB G; 1GLC G; 2A42 A; 3C7N A; 3M6G A; 3B8A X; 4FPB A; 2P9P B; 3LDP A; 5AZI B; 4FWP A; 5AQJ A; 2E2P A; 3VEV A; 3EKU A; 3I33 A; 2P9L B; 4JAX A; 4A61 A; 1J6Z A; 1MA9 B; 1WOQ A; 3CI5 A; 3ULE B; 1D4X A; 2Q0U A; 5F1X A; 1HJO A; 2CGL A; 4BRD A; 1NGJ A; 3ZET A; 4BR7 A; 4JD2 A; 3VOV A; 2HF3 A; 2YJE A; 5KPT A; 1U2V A; 4CI6 A; 3EO3 A; 1H1V A; 2QWR A; 5TKY A; 2W40 A; 4PKH A; 3GDQ A; 3WXK A; 1BOT O; 5JMV A; 4XH5 A; 2E20 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RDW X; 3L2U A; 1NK8 A; 4NCG A; 2XRI A; 2BH1 A; 3W0L A; 1F21 A; 3MWP A; 1TKD A; 4JS5 A; 4BR2 A; 3SBG A; 3U3Y A; 3OBW A; 5HRS A; 2DTU A; 1Q81 O; 3CD6 N; 1QHA A; 3V9S A; 2VYP A; 1DTQ A; 1L5U A; 3M8Q A; 4A57 A; 2P9I B; 1SZ2 A; 4Z4H A; 1RTI A; 4WQ5 A; 1IKV A; 3RTV A; 3QEV A; 1S9E A; 4N56 A; 3R1X A; 2ZF5 O; 5M1N A; 2QWM A; 4BRF A; 4CF9 A; 2KTQ A; 3IDH A; 5AQY A; 4CFC A; 1ZBI A; 1YAG A; 4AHU A; 4E89 A; 3DXK B; 3KLE A; 2XY6 A; 4ID1 A; 1HUX A; 5LJV A; 4FK0 A; 2O8B A; 1TKZ A; 3EY1 A; 2UUB K; 2W6L A; 1BU6 O; 3IRX A; 3ASM A; 3NF8 A; 3DLR A; 3OYF A; 1M1K O; 1YTU A; 4C1N I; 2E2O A; 1NWK A; 1WSH A; 3VQD A; 4FL9 A; 5GAD P; 3DOL A; 3B6O A; 4OKK A; 2YX6 A; 3DXM B; 4XIU A; 1LOT B; 3NVK A; 4JI2 K; 1OVQ A; 3HYF A; 3CCL N; 3K5M A; 4LD0 A; 1WLJ A; 3TTD A; 1A5W A; 3VQE A; 3VER A; 3V9X A; 4I9L A; 1S1X A; 4A5A A; 5FLX O; 4A5B A; 3F73 A; 4IZ9 A; 2W42 A; 3KK3 A; 4EHT A; 1SAZ A; 1HJR A; 4CK2 A; 1JCE A; 3TTF A; 3EKS A; 3HSC A; 3K0S A; 1EWR A; 2G8U A; 4RW4 A; 3ENB A; 4BWJ A; 5JS2 A; 4CE9 A; 3CCJ N; 1WBB A; 2AJQ A; 4FWO A; 4JEP A; 2R7Y A; 3WUH A; 1E4G T; 4CGD A; 3O80 A; 3FZM A; 1TAQ A; 1G99 A; 1K73 O; 4HHT A; 4FWQ A; 3H1Q A; 3BF3 A; 2KFN A; 4FZX C; 4FJ8 A; 3VQ5 A; 1E3M A; 2PYJ A; 1S22 A; 3AVA A; 5IT9 O; 4NB4 A; 2GEM A; 3O5B A; 3WXM B; 3QFU A; 5BPN A; 4WCE L; 2P9N B; 3VF6 A; 5M1P A; 1RGI A; 1OH6 A; 1ASU A; 3J80 O; 3G6E N; 4RG8 A; 4BDY A; 1K9M O; 3WNE A; 1UA1 A; 2HBK A; 3VF4 A; 3WXL A; 4BRG A; 4B1V A; 2WOM A; 4J2E A; 3QES A; 1S3X A; 4LSL A; 3R6M A; 1S1U A; 3CER A; 4CJQ A; 2HB5 A; 1NMN A; 2VG6 A; 3CJ9 A; 1NJY A; 4FLY A; 5I3U A; 4WQ4 A; 1DGK N; 4O4G A; 4DSI A; 4BC5 A; 1WSI A; 4BRI A; 3SMS A; 2FF6 A; 3Q7C A; 3FFK B; 3E9O A; 5GAH P; 1RBV A; 4CBX A; 1S1T A; 4MLH A; 4CES A; 1QZ6 A; 4CZI A; 1NJZ A; 1HNV A; 3A5O C; 4FYD A; 4MO5 A; 4CGJ A; 2PYL A; 3ITH A; 4LF4 K; 2OPP A; 1VQ9 N; 4DV3 K; 3DRP A; 1NK6 A; 4BRN A; 3QIN A; 4EAH D; 3DI6 A; 3G0Z A; 1HNZ K; 5FPD A; 3LM9 A; 1IV0 A; 3MN5 A; 3KZB A; 3PSF A; 2VG7 A; 5CZ2 A; 4DV1 K; 3NE6 A; 2DY4 A; 4M42 A; 1BO5 O; 2X6N A; 4ZHR A; 2D0O A; 4RW8 A; 3NBP A; 3EL2 A; 3SUN A; 1CZ9 A; 3VN5 A; 3ID8 A; 3KD1 E; 2F96 A; 2GTD A; 1NGF A; 5EX5 A; 3WQU A; 3ATV A; 4WYB A; 1KQS M; 3ZT1 A; 4J2D A; 1TYQ B; 4X66 K; 2UUA K; 1I3A A; 2W6K A; 3DM2 A; 3SQ2 A; 4LF8 K; 1RBR A; 3G10 A; 3KIO A; 1ZYQ A; 1HPM A; 1EX4 A; 4OPA A; 1XNR K; 3HTV A; 1BL3 A; 3ID6 A; 4BR4 A; 4CZG A; 1VSJ A; 4WFN L; 3TTC A; 1XWL A; 4MO4 A; 1EO1 A; 1YIJ N; 4JKB A; 1HYS A; 5JVH L; 2B4J A; 2V52 B; 5M1K A; 4BRH A; 4X64 K; 2QA4 N; 3LAK A; 4GVM A; 4OGE A; 1ZBH A; 1BIS A; 4DTS A; 1J5E K; 3RSE A; 4DQQ A; 4KH6 A; 3WT0 A; 1FKO A; 1QHT A; 2BTF A; 4DQS A; 4B3T K; 4WF9 L; 4EFH A; 1VQM N; 3MXI A; 4ISE A; 3SI6 A; 3SK3 A; 1JLG A; 1QVF M; 4OKJ A; 3MEG A; 4FLU A; 2HHS A; 2UU9 K; 1YUW A; 2OTL N; 1TGO A; 2YJF A; 3SZ2 A; 3QER A; 3JYT A; 4GV9 A; 4PA1 A; 5BPL A; 3VEY A; 3H3O B; 3HL8 A; 4Y1D A; 1KC8 O; 3AVK A; 1HQE A; 3QIP A; 4YOW A; 1K8K B; 4CK3 A; 4FW2 A; 4LF5 K; 1KFS A; 4B1U B; 3MN6 A; 4PWD A; 5KGW A; 1BA0 A; 1TV6 A; 1S72 N; 3HPG A; 2F9W A; 1JXB A; 1BG3 A; 3GE1 A; 3PX0 A; 2ASM A; 3CC7 N; 2IS3 A; 3ZSV A; 3ZLJ A; 2BE2 A; 4M3Z A; 2E8A A; 1HKG A; 1M90 O; 4JKG B; 4OGC A; 2O4I A; 1R0A A; 2E88 A; 5GIP A; 3AVJ A; 4CIG A; 4IDH A; 3VQ6 A; 5CYM A; 5LMU K; 3K5L A; 3THV A; 4ILJ A; 5J1E A; 3VQ8 A; 3BZK A; 1C0G A; 3NHG A; 3MX2 A; 4B9T A; 3VA0 A; 1BHL A; 1XQS C; 5ADX H; 2VWB A; 2FBT A; 4CEB A; 3DLK A; 4GY2 B; 3THY B; 4ZTF A; 1XC3 A; 3OVN A; 3P31 A; 1NK5 A; 4IOX A; 3O4W A; 4DU4 A; 3S3M A; 2P9L A; 4A62 A; 3L2R A; 4JHD A; 3P39 A; 4JI0 K; 4YOT A; 1T44 A; 4FK4 A; 2WFB A; 3UE5 A; 3AVB A; 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