3EZWA

Crystal structure of a hyperactive escherichia coli glycerol kinase mutant gly230 --> asp obtained using microfluidic crystallization devices
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIDGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEHD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of a hyperactive Escherichia coli glycerol kinase mutant Gly230 --> Asp obtained using microfluidic crystallization devices.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 196
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ezwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ezwA01
2QXLA 4H5NA 5AQXA 3ULEB 1NGJA 5AQTA 2Q97A 4CI6A 5AQJA 5KPZA 5AZJA 1ESVA 4Y0WA 3AY9A 4JHDB 3H6EA 4EAHD 2ZF5O 3JXUA 2A6AA 4FOEA 1HPMA 1KAZA 3CJBA 3ATUA 5CE3A 4XEIA 3C7NA 2D0PA 5AQWA 3FZLA 5FPEA 2KHOA 3MN5A 2A3ZA 3GL1A 2P9IB 4IXCA 5BPNA 3O1BA 2NZTA 5LJWA 4FWMA 3A5OC 2Q0UA 1WOQA 2A5XA 4JN4A 1ZXOA 2FSKA 3BEXA 2A40A 3H45C 3VERA 4B1WB 4H5VA 5E84A 2P9UB 5AQOA 1C0FA 1SAZA 3J8AA 3MDQA 2FSNA 3W3DA 4B1XB 3SLCA 3CETA 4H0VB 4FWOA 2V7YA 3VPZA 3CJ7A 2CGKA 5E26A 3UKUB 3HM8A 3VEXA 3DXMB 2E2QA 5FPDA 2FLOA 3SK3A 5BREA 4H5TA 1RDWX 3VF4A 3SMSA 3CI5A 3GBTA 4CJ7A 1QZ6A 3EKUA 1X3NA 4EIAA 4ISGA 4E1JA 1BOTO 1E4GT 2VCPA 2P9NA 3U9DA 2FXUA 3CJCA 4BRMA 3QB0A 3ZEUB 2I7NA 4JD2A 5JLFA 4NO7A 1XQSC 4BRDA 4CZGA 5AQPA 3F9MA 2AA4A 1S3XA 1BO5O 1JCEA 5EXWA 3HZ6A 1J6ZA 1KAYA 2FF6A 2GELA 2Q1NA 3O1WA 1IG8A 4A62A 4H5WA 3UKRA 5JICA 2ASMA 4ISFA 1BDGA 3WEEB 5EVZA 3O5BA 5AQNA 2OANA 3BUZB 3CERA 3FLCO 1BWFO 4L3QA 5AQMA 3L0QA 4B1VA 2EWSA 1ZC6A 3AAQA 2ZGYA 3LDQA 4MLEA 5AFUA 3WQUA 4BRKA 4H5RA 1MDUB 1QQOA 2D1KA 3AARA 2P9LB 4O5FA 3VGLA 1NGCA 2V52B 3MN6A 4A2AA 3O8MA 1GLBG 1NGEA 4CZLA 3ZX3A 4BRFA 2P9SB 2HMPA 1WUAA 2E2NA 2GWKA 3L4IA 4BC4A 3R6MA 1V4SA 3VEWA 5LJVA 2CGJA 3OHRA 4QS8A 2UYTA 4BRQA 2P9PA 4FL9A 5BRFA 3LDPA 1NGGA 3A5NC 3FR0A 4CD1A 1MWMA 4EHTA 5AQUA 3VENA 3QBWA 4BROA 4BVOA 4BR7A 3LL3A 4FOIA 4BGAA 5AFUH 4IZ9A 4BG8A 3ZX2A 3GE1A 1GLLO 3D2FB 3UE5A 3ENOA 4QS7A 4FSVA 2NRHA 1EQYA 2YHXA 4I6MA 3U9ZA 5EY4A 1DKGD 3WT0A 3RSEB 3HTVA 4PL8A 3VGKA 4HTLA 4MO4A 5BPLA 4WQ4A 3VEZA 1TYQB 3DXKA 4B1UB 1NMDA 4XH4A 3CQYA 3QBXA 3D2EA 1X3MA 2E8AA 5AQZA 5F2RA 4YDUA 3SJHA 1NGIA 4B1YB 1SQKA 4BRIA 3G25A 3FGUA 1T44A 4BR5A 1QQNA 5AQLA 3EKSA 3SMPA 5AQYA 2IVOA 3ULEA 3HSCA 4IJAA 3WQTA 4WQ4C 4PKGA 3FFKB 3BF3A 4CZKA 4JHDA 2YJFA 4WQ5A 3CJ9A 5KQDA 4CBWA 3KZBA 4YDUC 3M1FA 3O80A 3IFRA 2GTDA 2PAVA 1V4TA 3LM9A 3IMXA 5I9EB 4JNEA 1JCGA 1D4XA 1ATRA 4KBOA 5KPTA 2D0OA 1P8ZA 3D7EO 3BF1A 4O8KA 2P9IA 5ADXA 4RCHA 2HF3A 3QICA 3GOIA 1NGBA 4K42A 4BR0A 3HI0A 4FWNA 2P9KB 5KQ8A 4WQ5C 5JLHA 1LOTB 1QZ5A 3GG4A 3VGMA 3VEOA 5AZIB 4CZMA 4CBXA 4AM6A 4DCHA 1TUUA 3LDOA 5AQQA 4FWPA 3TU5A 1BU6O 3LDLA 4FPAA 5AQKA 3WXJA 2P9UA 5FPNA 3QFPA 3R8EA 3EZWA 4IJNA 2YCHA 3UKUA 2BTFA 3DXMA 1K8KB 3MCPA 1T6DA 1XC3A 4BC2A 2H3GX 3FZFA 1H1VA 1BA1A 4BGBA 5LY3A 4BRCA 2GUPA 1IJJA 1Z05A 2QWLA 3DWLA 5ADXH 3ZEUA 4BC5A 4LC9B 4XH1A 4CZIA 1YUWA 1YAGA 2IVPA 2NLXA 4H0OA 2A42A 3MN9A 1U6ZA 1GLEG 3VEVA 1SZ2A 2Q31A 3UB5A 3H1QA 3KHYA 5EOYA 3MK6A 4FO0A 2QM1A 2E1YA 4GY2B 3LDNA 4PKHA 4CBUA 1JCFA 3WEEA 3ID8A 4BG9A 5BN9A 2QWNA 3A0IX 1NM1A 3ATVA 1U2VB 1GLDG 4B9QA 2AP1A 1QHAA 2E2PA 2Q36A 4RWTA 3ZETB 4M7XA 2ASOA 4Z94A 3C0BA 4DB3A 5BR9A 1BA0A 2P9LA 5AQSA 1NWKA 3U8XA 3L6QA 3U4LA 4EFHA 4FPBA 1E4FT 4A2BA 1KXPA 4H0XB 5KPRA 4IO8A 4CD3A 2P9SA 4CZEA 4H0TB 2CH6A 2J4RA 4MO5A 2HF4A 5AZJB 4EHUA 3W0LA 2W41A 3ZETA 1NGDA 3VESA 3O6WA 1MA9B 1BUPA 5B8HA 1HJOA 1LCUA 3C7NB 4BVPA 3H3OB 1T6CA 3O4WA 3CIPA 2F9TA 4NB4A 5BN8A 3D2FA 5BRDA 3VOVA 5BRHA 3VF2A 4WYBA 1Y64A 4F9OA 2A41A 3RSEA 4C23A 1MWKA 3CQXA 5FPMA 1R59O 4M7YA 1C0GA 1TYQA 5EX5A 4H0YB 4IWVA 3WXLA 5AQFA 1CZAN 3EO3A 4QS9A 3A5MC 4CZJA 4GNIA 2BUPA 1ATSA 1Z6RA 1HUXA 3TPQA 2YHYA 4AM7A 4BR4A 2IVNA 2FF3B 3R9PA 2HOEA 4RTFD 2QWQA 4BRNA 4PL7A 1HLUA 4MLHA 4FWQA 2GWJA 3WXIA 1Q18A 2P9NB 5AQHA 1OKJA 3KVGA 3GDQA 3FZKA 3O08A 4ISEA 5AQGA 3S41A 1RGIA 4BREA 2YJEA 4JD2B 5AQRA 3B8AX 1G99A 1NBWA 2QWPA 4CZFA 4CZHA 3IUCA 3QFUA 5AQVA 2YHWA 1ATNA 2WUSA 5AR0A 3QDKA 2QW9A 4B1ZA 3H1VX 4PKIA 2P9KA 2Q0RA 2E20A 1QQMA 3ZX0A 5AZIA 4A61A 5TKYA 3UKRB 3WUHA 3FZHA 2E1ZA 3JS6A 1BG3A 4BR9A 2QWRA 4BQLA 1HKGA 1X9JA 1NGHA 3VEYA 3VF6A 2Q2RA 4H03B 1YVNA 3M3ZA 3FZMA 2IIRA 3DJCA 5JMVA 2ZGZA 2W40A 4J8FA 1GLAG 1K8KA 5BPMA 3EN9A 4BRAA 2CH5A 2VYPA 5ELZA 5AQIA 1GLFO 3A8YA 2V7ZA 1HX1A 4K25A 2F9WA 3H46O 2E2OA 3I8BA 4DQ8A 3LM2A 1DGKN 2QWOA 2QWMA 4M63C 3M6GA 3CJAA 4BC3A 4XH5A 1S22A 3HBTA 4H0PA 1TUYA 4BRLA 3BP8A 1RFQA 3EL2A 2ITMA 3MN7A 4BR2A 1DEJA 1NGAA 2GEMA 3IDHA 3CHWA 2P9PB 4BRHA 4BRGA 3CJ1A 3H3NO 5F0XA 3FE1A 4K43A 5F1XA 1YXQA 2ASPA 4JAXA 4BQZA 4FWRA 4DHYA 2FSJA 1NLVA 3MMVA 1KAXA 1HKBA 1ZBSA 3DAWA 3A5LC 3P4IA 1U2VA 3AAPA 4I6MB 2CGLA 2YI1A 3WXKA 4BRPA 3I33A 3ENHA 3QMLA 4FWSA 2D4WA 4FWLA 2VWBA 3DXKB 2PBDA 4FWKA 1HKCA 2I7PA 4HWIA 3VETA 2DPNA 1GLCG 4K41A 3D2EB 1NGFA 2E88A 2ZWHA 2V51B 1GLJO 1XUPO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P1GA 2BGGA 3O9SA 2IC3A 2UUBK 5KPZA 1YJNN 1OH7A 4FYDA 3H6EA 3SPZA 2DY4A 1RTIA 3CCQN 1LV5A 3L4QA 4OX9K 1RNHA 3GL1A 4IXCA 1NMNA 1BCMA 1QQCA 4CHZA 1VQMN 2Q0UA 2KTQA 3AVMA 4YHHK 4FLZA 2WONA 5E84A 4G9ZA 3V1QA 3ITHA 3MDQA 2FSNA 2XY6A 4H0VB 4JI8K 4F2RA 4FWOA 2HHQA 3RMAA 3CJ7A 4LF5K 4Z0UA 2E2QA 1QSSA 2FLOA 1KC8O 4KHSA 3ZSWA 4KHNA 2RPIA 5LMUK 4M3TA 3O3HA 1OH8A 4E1JA 2VCPA 2P9NA 3U9DA 3G71N 3WNGA 4DV1K 2B4JA 2E5LK 4ILJA 3MWTA 2WFBA 3F9MA 3ZSRA 3V81A 3SQ4A 3AO2A 2GELA 2Z1HA 4H5WA 1SKSA 1CXQA 4DV5K 4CJSA 3PX6A 4AHCA 1HJRA 4DTRA 1S1XA 3MXJA 1WAJA 3O5BA 1VRTA 3AVKA 3FLCO 1Y97A 5BR8K 4B1VA 4JKFA 1Z25A 1RTJA 3WQUA 4YOWA 1CZ9A 4N5SA 3KK1A 4FJIA 3DLEA 3VGLA 1EXQA 4HVJA 4DS5A 3ZSXA 1NGEA 4CZLA 4BRFA 3QINA 2KFZA 4CJRA 5I3UA 1BI4A 4E3SA 1VSDA 2CGJA 4ILGB 3JAMO 2GX9A 4QS8A 2O8BA 4FL9A 1VQ5N 4JLHA 3OJSA 1U45A 3G6EN 4EP5A 4YOYA 3FR0A 4CD1A 4BVOA 3HVRA 3JSMA 3GE1A 2FBTA 4FJ8A 4QS7A 3L2UA 1LW2A 4I6MA 1DKGD 1WSIA 4JI3K 4KI6A 4JKHA 1ASWA 2ZM6K 1BHLA 3DXKA 4KB1A 1NMDA 1FXXA 1HYVA 1L3SA 2NRTA 5CHIA 2E8AA 1LW0A 1RBRA 3PSFA 5AQZA 3OW2M 4B9VA 3FGUA 3EE9A 1T44A 3SMPA 1YF5L 3PO5A 3AVJA 5CZ1A 3ULEA 3HSCA 3CMEN 4CEAA 1IBLK 2QKKA 3T1HK 3SUPA 3FFKB 5GIOA 5KRSA 4RW6A 4F2SA 4FLYA 1ZBIA 1RCHA 4CZKA 4DWIA 4DF8A 3O80A 4O8UA 1BIZA 5FDLA 3MWPA 1YHQN 3OYAA 4JNEA 4DR7K 5KPTA 2D0OA 3WNEA 2P9IA 3N4QA 4KKOA 2HF3A 4IDHA 3QICA 3OTOK 4RW9A 4BR0A 1LOTB 3SUOA 1ASUA 5FROA 3VQCA 4F3OA 1XNRK 1TUUA 5AQQA 1NKBA 3TU5A 3THYA 4Z4CA 3PX4A 5AQKA 1KFSA 4CK3A 1L5UA 2HHXA 5M1KA 5C15A 2O8FB 3HPHA 3LZIA 5FPNA 1HNZK 4DSLA 4N76A 4LY7A 2HVIA 3LALA 1KVCA 3TR8A 1RDBA 4IG3A 4CGHA 1K8KB 2Z1JA 1T6DA 4NXMK 4B9SA 3KLIA 4CEFA 4BGBA 4BRCA 2GUPA 3RRGA 4CF1A 1IJJA 1OH6A 1HMVA 4XH1A 4OPAA 1RT2A 4I9LA 1NU0A 1B9FA 4DQQA 4DR5K 2JWLA 1C0UA 1GLEG 4C8LA 1SZ2A 2Q31A 2A1SA 3MEDA 2HHHK 3MK6A 2QM1A 4GY2B 2VWJA 3ZT4A 3G4SN 4LFAK 1VSIA 4W5RA 5BN9A 5JS1A 3AVCA 1A5WA 1U2VB 2HBMA 1K6YA 2E2PA 4CJ3A 4IOAL 2PYLA 4RWTA 4A57A 1BA0A 2P9LA 3THWA 1HYSA 3E9OA 4QCLA 4CD3A 1QE1A 3ZSOA 4CZEA 4FZYA 4CCHA 3PO4A 3K9JA 1Q86O 3NCIA 4LSLA 3CC2N 3ZETA 3SAGA 3V1OA 1NGDA 4HUEA 4YOXA 1D8YA 4RW8A 4O55A 4NLCA 5B8HA 4C8MA 3L2VA 3C6AA 4K8XA 3V9ZA 4E7JA 4NB4A 5BN8A 3ALYA 1DLOA 3VOVA 3VF2A 5GIPA 4ILHA 3RSEA 4CGJA 4MQ3A 3CQXA 5FPMA 3KLHA 4M7YA 1C0GA 1TYQA 3J80O 3KLEA 4H0YB 4IWVA 3WXLA 4I9QA 4DTSA 1UOCA 5KRTA 1CZAN 3A5MC 4CZJA 4GNIA 3KD5E 1HUXA 4JKCA 4CGFA 3TPQA 2KW4A 4BR4A 4H4OA 4CIGA 2XRIA 3IKMA 1I3AA 3OYHA 1RTDA 1T03A 5CYMA 3AA4A 1HLUA 5EU7A 3QEIA 4MLHA 4CESA 3WXIA 1Q18A 2O4GA 5AQHA 3S41A 1WBBA 5KI6A 1KLNA 1VQKN 5AQGA 1RGIA 3TAGA 5AQRA 5C25A 3OYEA 1W2BM 1G99A 4E1MA 1NBWA 5DMRA 1WAFA 2QWPA 4CZFA 1C1BA 2YHWA 2KQ2A 2WUSA 2Y1IA 4FK2A 4B8CA 1I39A 3KKSA 4B1ZA 2P9KA 1I94K 2E20A 1REVA 1QQMA 4EP4A 3DLRA 5AZIA 5HP1A 2OZMA 3MCAB 5TKYA 3UKRB 3FZHA 3C94A 4BR9A 4KI4A 2OZSA 4FJXA 4BWJA 3VQ5A 3VF6A 3AO5A 4YOTA 5GINA 4CF9A 1C6VA 4ELUA 1J53A 2Q2RA 1G15A 1S1TA 4CJVA 3DJCA 5GADP 2XY8A 3KKRA 5BPMA 4CE9A 1SL2A 3EN9A 2CH5A 2VYPA 3HPGA 4FXDA 1S72N 4Q0BA 1YJ9N 2ETJA 2HSTA 4B08A 4CHQA 1TAUA 3I8BA 3AGRA 4DQ8A 4PY5A 3CCMN 4PWDA 3T69A 4MFBA 2G8VA 4M63C 4BC3A 3CJAA 1IV0A 3I8DA 3BP8A 2ITMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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