3EZWA

Crystal structure of a hyperactive escherichia coli glycerol kinase mutant gly230 --> asp obtained using microfluidic crystallization devices
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIDGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEHD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structure of a hyperactive Escherichia coli glycerol kinase mutant Gly230 --> Asp obtained using microfluidic crystallization devices.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 196
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ezwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ezwA01
3L4IA 4JAXA 1HKCA 5FPMA 2E2OA 5EOYA 5F0XA 2HOEA 3FZFA 3VERA 3AAPA 3DJCA 5AQQA 1G99A 4WYBA 3L0QA 1KAXA 4CI6A 4PKIA 5BN8A 2Q0UA 4WQ4C 3MMVA 1QHAA 3CJBA 1IG8A 3KHYA 4MO4A 3CERA 4PL8A 2GEMA 1ATSA 1E4FT 4H5TA 3JS6A 2OANA 1C0FA 2P9LB 3ZETB 3O1BA 5AZIB 3CETA 1BUPA 1HPMA 4A61A 5E84A 3M1FA 4BQLA 3MDQA 4I6MB 4BRIA 4AM6A 1HKBA 3EN9A 3OHRA 3L6QA 3RSEA 2H3GX 4B1YB 3D2EA 2FF3B 2W40A 1GLJO 3CI5A 4H5VA 2GUPA 4CJ7A 2E2PA 3LM2A 3H1QA 4QS7A 2I7NA 3DAWA 2CGJA 4RWTA 1RGIA 3U9DA 1SZ2A 2D0OA 4RTFD 3QBXA 2FSNA 4HWIA 5KPTA 5AFUH 1BWFO 2YI1A 1SAZA 3SMSA 4BRLA 5KPZA 1ZBSA 5E26A 3UE5A 1XC3A 2YHWA 1MDUB 5AR0A 2V7ZA 4BRFA 2IVNA 1NGBA 2E2NA 2E88A 1BG3A 3RSEB 4FWPA 3H3OB 4CZMA 2HMPA 4IXCA 4H0PA 1YAGA 4M63C 4J8FA 4EIAA 4BR4A 3HI0A 2HF3A 3ZX2A 3O1WA 4BRAA 4BR0A 4E1JA 5LJVA 4K25A 3BUZB 3UKRA 2QWNA 4H5RA 2QWOA 3ATUA 3KZBA 4BROA 2P9UA 2A5XA 4EFHA 2V51B 5AQUA 3H6EA 4BVOA 3VEVA 5BPNA 4CZJA 4EHTA 3WXLA 3FGUA 4PKGA 4M7YA 5AQWA 3U4LA 5AQTA 4B9QA 3A5LC 1X9JA 3GE1A 4BVPA 1GLLO 1R59O 1GLEG 2NLXA 3EO3A 1RDWX 1IJJA 4Y0WA 5AQKA 4BRMA 3EZWA 5KQ8A 5JMVA 1NGAA 3IDHA 4XEIA 2A6AA 4JNEA 1NWKA 2GWKA 5EY4A 3WEEA 3HSCA 2NZTA 2ZGZA 3DXKA 4C23A 3LDPA 4PL7A 2CGLA 1GLDG 4H0XB 3ZETA 2QWPA 3A5MC 3IMXA 2YHXA 5AZIA 4BQZA 3CJCA 3C7NB 3LDOA 1BA0A 5B8HA 1J6ZA 1YVNA 2E1YA 4H0YB 4EAHD 3R6MA 2FSKA 3DWLA 3WXJA 5AQNA 1T6CA 4GNIA 4BRCA 4FOEA 3VGMA 3VEYA 4EHUA 5EX5A 5CE3A 3A8YA 3FLCO 1XUPO 4DCHA 1KAZA 1QZ6A 1QQOA 2ASOA 4KBOA 4IWVA 3WEEB 3GBTA 1DGKN 1EQYA 4FWKA 4IO8A 1HKGA 3DXKB 1Z05A 3U8XA 3VETA 4DQ8A 1D4XA 2WUSA 1NBWA 3VENA 2D1KA 4MO5A 1GLCG 1XQSC 3S41A 1K8KB 3A5NC 1C0GA 3IUCA 2FXUA 2Q1NA 5I9EB 3FZKA 3AARA 4JHDA 4BC3A 3MN5A 1MWKA 4BRDA 1TUYA 3R9PA 2AP1A 3MN7A 3JXUA 3WQTA 5JLHA 4CZKA 2QXLA 1NMDA 3J8AA 1GLBG 4FOIA 3I33A 5BR9A 2A3ZA 5AQYA 5AQXA 4BRPA 1HLUA 2EWSA 4RCHA 3TU5A 4BG8A 5BRFA 2BUPA 2Q31A 1NGEA 3LL3A 4FWQA 2F9WA 4QS8A 1SQKA 2ZF5O 4H5NA 4FWMA 1NGFA 5LY3A 4WQ4A 1NGCA 4AM7A 3EL2A 3KVGA 4B1VA 5BPMA 3ATVA 4CZFA 1NGJA 2E2QA 4JHDB 2YJFA 3M3ZA 3IFRA 2QW9A 5AFUA 3GOIA 2PAVA 4H0TB 1V4SA 4M7XA 2NRHA 3FE1A 3WT0A 5BREA 1RFQA 1U2VA 4ISEA 3MK6A 2ZWHA 3VOVA 2UYTA 1DKGD 3HBTA 3CQXA 4Z94A 2Q0RA 4BGBA 4IJNA 2I7PA 2VWBA 1GLAG 4BC2A 1LOTB 3O5BA 4BC4A 4BRQA 5AQGA 3ZEUB 3AY9A 4FO0A 4XH1A 3HZ6A 3GG4A 2QWQA 4K43A 2GELA 2IIRA 2ASMA 1TYQB 2CH5A 4NB4A 3C7NA 2IVPA 4JD2B 1U6ZA 4BGAA 3O4WA 4H0OA 5JLFA 5TKYA 4FWSA 3I8BA 1NGDA 5ADXH 3DXMB 5AQSA 4FWRA 3VEZA 5AQVA 2F9TA 1ESVA 2E1ZA 3D7EO 1U2VB 4B1WB 5F1XA 3BEXA 3H46O 3QFPA 4XH4A 5BRHA 4CZEA 5BN9A 3VESA 1HJOA 2AA4A 4K42A 4BRGA 1ZC6A 2VCPA 3MCPA 4O5FA 3VF4A 2A41A 3QMLA 1NGGA 2QWRA 3G25A 2QWLA 3ZX0A 5AQIA 5FPEA 3WXIA 4FPAA 2Q36A 3WXKA 1DEJA 4CZIA 1K8KA 2FF6A 1NGHA 2GTDA 3LM9A 4H5WA 3BF3A 4YDUA 3SMPA 4LC9B 4BRNA 3VEWA 3O08A 2CH6A 3VF2A 1KXPA 2P9SA 4XH5A 3D2FA 4BR2A 1ZXOA 3ID8A 3LDNA 2A42A 4B1XB 4CZGA 1QQNA 1QZ5A 4O8KA 5FPNA 1Z6RA 4A2BA 4JN4A 2Q2RA 1BO5O 3MN9A 1E4GT 3SLCA 4WQ5A 1Q18A 1OKJA 3AAQA 3UKUB 3CJ7A 4A62A 3GDQA 4FWLA 2GWJA 2D4WA 1HUXA 1S3XA 2V7YA 3B8AX 3CHWA 4CZLA 2P9KB 3CJAA 2E8AA 5JICA 5AZJA 3ULEB 3FZLA 3VEOA 2P9SB 2FSJA 4FWOA 3D2FB 1WOQA 4F9OA 3ENOA 4H0VB 4B1ZA 4NO7A 4BR5A 1CZAN 4A2AA 4FPBA 4HTLA 1MWMA 4QS9A 4DHYA 3LDLA 3QB0A 1ATNA 1ATRA 3CJ9A 3GL1A 4PKHA 4BG9A 3FFKB 3ZEUA 4CD3A 2ZGYA 3LDQA 3W0LA 1JCFA 4BC5A 5F2RA 3WQUA 2QM1A 1P8ZA 1TYQA 2E20A 1KAYA 3QFUA 4JD2A 2A40A 1NLVA 3HTVA 3MN6A 3A0IX 3HM8A 3DXMA 5ELZA 4H03B 2DPNA 2ITMA 5AZJB 1MA9B 4MLHA 1BU6O 5AQFA 3UB5A 1QQMA 4BR9A 3FZMA 5KPRA 1HX1A 3BP8A 3EKSA 1NGIA 1BOTO 4FWNA 2VYPA 2ASPA 2YJEA 2P9NA 4L3QA 3VF6A 3M6GA 5EXWA 3FZHA 5AQLA 3QICA 4CZHA 1YXQA 4IZ9A 3VGKA 1JCGA 3F9MA 5AQPA 5AQHA 3D2EB 2HF4A 4CBXA 4IJAA 3CIPA 3FR0A 4GY2B 1X3NA 4FL9A 4B1UB 3H1VX 1YUWA 3SJHA 1X3MA 1NM1A 4MLEA 1T44A 3A5OC 2P9PA 5AQZA 4BR7A 3VEXA 4YDUC 4BRHA 3BF1A 3ENHA 3CJ1A 2CGKA 3H3NO 3SK3A 2IVOA 5AQJA 5EVZA 3O80A 5KQDA 4ISFA 5BPLA 2P9NB 1LCUA 3WUHA 5ADXA 3O8MA 5AQMA 5FPDA 3P4IA 2P9IA 4DB3A 2W41A 3VPZA 3UKUA 4WQ5C 3CQYA 3U9ZA 3R8EA 1BDGA 4BRKA 5AQOA 3ZX3A 4ISGA 3C0BA 2J4RA 1TUUA 2YHYA 2P9KA 2BTFA 5BRDA 3O6WA 3ULEA 3TPQA 2D0PA 3UKRB 2V52B 1WUAA 2P9PB 4FSVA 2FLOA 2P9UB 2PBDA 4K41A 3QBWA 3VGLA 4BREA 1GLFO 5LJWA 4CBUA 2P9LA 4CBWA 1BA1A 1S22A 3QDKA 3W3DA 3H45C 2QWMA 1JCEA 2Q97A 1V4TA 5AQRA 4CD1A 1Y64A 1H1VA 1T6DA 4I6MA 2KHOA 2YCHA 2P9IB 3EKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PY8A 1NK0A 1HPZA 5F0XA 2O8CA 5FLXO 3DJCA 3EY1A 4WYBA 1KAXA 3OYGA 1LAVA 3L2QA 3MMVA 5KRSA 4H4OA 5M1FA 2HB5A 4C8LA 4JKEA 2GEMA 2KFZA 2ATQA 4JS4A 4IFEA 1SKRA 3VQEA 1T8EA 2OANA 3KD1E 2G8IA 3IKMA 2OA8A 4KREA 1BUPA 1HPMA 4HVJA 3MEGA 3D6RA 4BRIA 3ZT0A 4FVUA 4CERA 3S3OA 3OHRA 3RSEA 4DF8A 1RT6A 4RG8A 1EKEA 3D2EA 3WNGA 3RMBA 3VQPA 2W40A 4BDPA 3LP2A 4OPAA 3DMJA 3THXB 3CI5A 4H5VA 5EU7A 2GUPA 1WAJA 1L3UA 3AA2A 3DAWA 2CGJA 2D0OA 3CCJN 3QBXA 4FYDA 4CJKA 5KPTA 3LAMA 3SPZA 3OYNA 2G8KA 1KFDA 3V9SA 3LPTA 3SMSA 4CEOA 1ZBSA 3UE5A 2UUCK 3CQ8A 5LMNK 1K8AO 3KIOA 1X9SA 2HHSA 3PIPL 1BG3A 4KHWA 4FWPA 3NBPA 3H3OB 2HMPA 4GW6A 4CHNA 4IXCA 3BGRA 4H0PA 1YAGA 1WN7A 4J8FA 3TABA 3HI0A 1TK8A 3L4QA 2HF3A 4QAGA 3HP9A 2QWNA 4PY5A 1XI1A 1RBRA 1VQNN 4E3SA 2A5XA 4EFHA 4KI4A 4JRQA 1W0HA 1QVGM 1S1XA 1K6YA 5SWMA 4OGCA 4CHQA 3A5LC 1W7AA 3GE1A 4BVPA 3RMAA 1GLLO 1R59O 3HVRA 2NLXA 4CF9A 1IJJA 3CM6A 3K5LA 5AQKA 3KK1A 4B9VA 2OPPA 2HNZA 4B9LA 4FM2A 3QETA 3OJUA 4XEIA 2A6AA 2GWKA 5EY4A 3WEEA 2ZGZA 4C23A 3LDPA 3E01A 4F3OA 1GLDG 1L5UA 4HUFA 3V6DA 4CIGA 1REVA 1R0AA 3IMXA 5HL7L 5JS1A 2VWJA 5B8HA 3LDOA 4JK8A 1J6ZA 3L3VA 1YVNA 4CEDA 3R6MA 4B08A 1RT4A 2P5GA 1IKWA 3CM5A 3A8YA 1U04A 4FLVA 3FLCO 4AF1A 2ASOA 4KBOA 3QEPA 3HOTA 1EQYA 3AO5A 1LAWA 3V1OA 3VETA 3OY9A 1QE1A 3G0ZA 4LSLA 3CFPA 1CLQA 4KV8A 1VQKN 4MO5A 3NF9A 2X6SA 4FLXA 2O8BA 3A5NC 3AARA 3SI6A 4BC3A 5J2NA 2AP1A 3WQTA 3M8QA 2KQ2A 1RBSA 4DUYK 4IOAL 3L8BA 1GLBG 4FOIA 5BR9A 4LF6K 1J9AA 1KTQA 1YVUA 1ZBHA 4NCAA 1IBKK 2EWSA 4RCHA 4CJ4A 4BG8A 4GV3A 3DRPA 4FWQA 4OJRA 1NJIO 3KLHA 4H5NA 3M8RA 3N4PA 4OGEA 4KPYA 2GUIA 4BDZA 4TSXA 4DR2K 3KVGA 4B1VA 3QEIA 4FK4A 3IFRA 5AFUA 4LF4K 3HL8A 1RFQA 4IDKA 1YTUA 2BE2A 3MK6A 3VOVA 4F3TA 2UYTA 4EP5A 2YX6A 3SJJA 4BGBA 3VQ7A 5BR8K 3RR7A 2OZSA 1GLAG 4BC2A 2GV9A 4BC4A 4BRQA 4KH4A 5AQGA 3ZEUB 3AY9A 4FO0A 2HVHA 3LWMA 5GAGP 1OH8A 2GELA 1TYQB 4HTUA 3C7NA 1U6ZA 4XIUA 1N5YA 5TKYA 3VQAA 3TTFA 1HYVA 5M1KA 5C12A 1U48A 4LH5A 5FRNA 5AQVA 1D8YA 1OH7A 1GOBA 2QA4N 3D7EO 2OPSA 4R5PA 3NVMA 3QFPA 2IOCA 3QESA 3DM2A 4LFAK 4KI6A 4CEAA 4JI1K 4C8OA 1EO1A 4I2PA 3SQ2A 4KFBA 2PZSA 2G8WA 1BHLA 4FPAA 1KQSM 1K8KA 1SL1A 1QSSA 1TKTA 4B9MA 1N32K 3SMPA 4HCCA 3VEWA 2CH6A 3VF2A 1UA1A 2P9SA 4C8KA 4ZTFA 4CEEA 3NGZA 3BY5A 4XH5A 4BR2A 2WBNA 3ID8A 4ILGB 3ZSWA 4E7HA 1Q86O 4O8KA 1Z6RA 2ZM6K 4C1NI 2O8FB 1RT5A 1C0UA 4A2BA 1E4GT 1Q18A 4DR6K 1VQ9N 3WNFA 1S1UA 3WXMB 2GWJA 2IS3A 1T3VA 3U6FA 1P90A 3P39A 2V7YA 2X74A 3B8AX 3QNOA 2YKMA 3ID6A 2NRRA 3ULEB 1X1PA 3SBGA 4NLBA 2FSJA 4DSLA 1WOQA 4YOWA 4CHOA 4BR5A 1CZAN 3VQ8A 2W6KA 1ATNA 4M3ZA 1ATRA 3CJ9A 3GL1A 3QO9A 4LF8K 3NF6A 3DLLL 4LY7A 1IV0A 3ZT4A 4QCLA 4M3UA 3Q7BA 4ID5A 1P8ZA 4CEQA 1RTJA 3BZCA 1DLOA 4AQYK 3QFUA 4PUOA 1SV5A 3KLIA 1NLVA 3HTVA 2Z1GA 3MN6A 3HM8A 5ELZA 2ITMA 3WNHA 4FLYA 5AZJB 1XMOK 1CZ9A 3OS1A 2IDOA 5AQFA 4YORA 3RRGA 4BR9A 3FZMA 1Q7YO 3C65A 4FJLA 4Z4HA 2YNFA 3OYEA 5HRPA 1NGIA 3SQ1A 2ASPA 2YJEA 4E0DA 3NH0A 3FZHA 1VSIA 4CZHA 4ZTJA 4GV9A 4ELUA 4LF5K 2D0BA 4DTJA 4UY8O 5AQHA 3D2EB 2Y1IA 4BE0A 1JLEA 4DSJA 4HHTA 5JVGL 1EWQA 3H1VX 3ULDA 3SJHA 5HOOA 1NM1A 4MLEA 2P9PA 4BR7A 3VEXA 5I3UA 3H3NO 4I9LA 2IVOA 2B6AA 4N56A 1X9WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KO0 A;  3IAY A;  4IZ9 A;  1Q82 O;  1Q9Y A;  3MXJ A;  2PYJ A;  2YNI A;  3ZSO A;  2HF4 A;  3NE6 A;  3B6O A;  4IOC L;  3C6U A;  4IJA A;  3CIP A;  2HMI A;  4GY2 B;  1X3N A;  4FL9 A;  1NKC A;  4B9U A;  4B1U B;  4RW6 A;  1HJR A;  3MX5 A;  4Q0B A;  4YDU C;  4DTP A;  4FJH A;  4OVL A;  1UWB A;  3CJ1 A;  3QIO A;  4JRP A;  3CCL N;  5IT9 O;  4ISF A;  5BPL A;  2O8F A;  1LCU A;  4CGF A;  2VG5 A;  4DQI A;  2P9I A;  5HRR A;  2XHB A;  1BDG A;  3DLH A;  3THW A;  4ISG A;  5GIN A;  3CFO A;  2HW3 A;  1RDB A;  2BTF A;  4G1Q A;  1A5V A;  3ULE A;  1VQ5 N;  2D0P A;  3UKR B;  4I7F A;  2FLO A;  2G8U A;  2PBD A;  3VGL A;  5LJW A;  4DR3 K;  3SV3 A;  4CBW A;  1S22 A;  3QDK A;  3W3D A;  3CD6 N;  3HK2 A;  3H45 C;  1NMN A;  1RDD A;  1TGO A;  3P38 A;  4JKG B;  4EP4 A;  1QVF M;  1Y64 A;  3Q7C A;  4IDH A;  1H1V A;  4I6M A;  3E9P A;  1TVR A;  3DOK A;  3QEW A;  5M1N A;  3PO4 A;  4A5A A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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