The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
ELVFGVAHIFASFNDTFIHVTDLSGRETLVRITGGMKVKADRDESSPYAAMMAAQDVAARLKELGVTAIHIKLRASGGTKSKTPGPGAQSALRALARSGLKIGRIEDVTPIPTDSTRKKSGRRGRRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/inhibitor
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
18S ribosomal RNA
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| total genus |
21
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| P | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF4 K; 4YHH K; 1I94 K; 5LL6 Z; 4NXN K; 1N36 K; 3J7Y P; 4B3S K; 4YY3 K; 4DUZ K; 4DV2 K; 1N33 K; 1XNQ K; 4JI6 K; 4JI3 K; 4CW7 B; 4X64 K; 4B3R K; 4KHP K; 5BR8 K; 2VQF K; 4NXM K; 2UUA K; 1HNW K; 5LMN K; 2UXC K; 3OTO K; 4LF7 K; 5IWA K; 1HR0 K; 2UXD K; 3J7A P; 4JI4 K; 4GKK K; 4DUY K; 4DR3 K; 4JI7 K; 4LF5 K; 4DR7 K; 3J80 O; 4DR1 K; 4B3M K; 2HHH K; 4X66 K; 1J5E K; 4B3T K; 4OX9 K; 2F4V K; 4DR4 K; 3JAM O; 1FJG K; 4CVN E; 4LF6 K; 4DV5 K; 4X65 K; 2E5L K; 1N34 K; 2UXB K; 2ZM6 K; 1N32 K; 4LFA K; 4DV6 K; 4LFB K; 4DR6 K; 4DR2 K; 4GKJ K; 1XMQ K; 2UU9 K; 4DV1 K; 3T1Y K; 4DV0 K; 5IT9 O; 4V19 S; 4JI1 K; 4LF8 K; 3J81 O; 4LF9 K; 4X62 K; 4AQY K; 5AJ3 K; 4JI0 K; 1IBK K; 4JV5 K; 4JYA K; 5LMU K; 4JI5 K; 5A2Q O; 2VQE K; 4LFC K; 4JI2 K; 1XNR K; 5FLX O; 4DV4 K; 1XMO K; 2UUB K; 1IBM K; 2UUC K; 1IBL K; 1HNZ K; 4DR5 K; 4DV7 K; 4JI8 K; 4DV3 K; 4K0K K; 3T1H K; 1HNX K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RTH A; 4DCH A; 4B3S K; 1TK8 A; 3MCP A; 4FJ9 A; 1XNQ K; 1VSL A; 4JI6 K; 3VTI A; 4C1N K; 1YVU A; 3O80 A; 4IEE A; 3C7N A; 4J2A A; 1NGH A; 2ITG A; 1YAG A; 5M1N A; 5B8H A; 4N56 A; 5LMN K; 1G99 A; 2FF3 B; 3TPQ A; 3DLG A; 1MA9 B; 1RIL A; 2DFH A; 4LF7 K; 2FSK A; 3MWP A; 3ULE A; 1T05 A; 3O4W A; 1J53 A; 2DFE A; 5LJW A; 4A5A A; 2O4G A; 4BC3 A; 3AO2 A; 2GWK A; 4CER A; 4CFB A; 3MK6 A; 1T03 A; 2QWR A; 1NK5 A; 1IJJ A; 5CYM A; 2OZS A; 1OH7 A; 4FVU A; 4HUF A; 1VQ4 N; 3TU5 A; 3DYA A; 4FSV A; 1GLA G; 3KK7 A; 4GVM A; 1DKG D; 2DTU A; 4Y1C A; 5GIP A; 2PY5 A; 4CEE A; 3EL2 A; 4DR6 K; 3CCR N; 4CJE A; 5JVH L; 1KQS M; 2YKN A; 1RNH A; 4KKO A; 4B1W B; 1ZBI A; 1DT9 A; 2HHS A; 3M5R A; 4LF9 K; 3LZI A; 4MFB A; 3NF8 A; 4JD2 A; 1SZ2 A; 4XH5 A; 3NH1 A; 1RBR A; 2VCP A; 4RW6 A; 1C0F A; 3SQ0 A; 2CGL A; 3SPY A; 5BRE A; 1VSI A; 3EEQ A; 4N5S A; 4JI2 K; 4K41 A; 2HMI A; 4M42 A; 1WSI A; 3GOI A; 2KZZ A; 3DLK A; 2E6L A; 3AA5 X; 3TTF A; 4L8R B; 1WBD A; 4OPA A; 4O4G A; 4GW6 A; 4CBX A; 4ISG A; 3CG7 A; 1VSH A; 4Y1D A; 1YTA A; 2NZT A; 3PSI A; 4B9N A; 2V7Z A; 3O3G A; 3PIO L; 1NOZ A; 3CJB A; 1WN7 A; 1S1X A; 1VHX A; 3CCE N; 3VF6 A; 3AA3 A; 3KKS A; 1U49 A; 4BY9 C; 3DI6 A; 4HUE A; 3RRH A; 1U47 A; 4JLH A; 4JKB A; 3SBT A; 4IOA L; 2GV9 A; 2RF2 A; 2ZJP L; 1BQN A; 3VQ6 A; 3LP1 A; 5C25 A; 1KFD A; 4MO4 A; 2ITM A; 3HOS A; 4EZ9 A; 1LOT B; 4H5W A; 1A5X A; 4B9V A; 1BL3 A; 3DXM B; 1QS4 A; 2YHX A; 3KK3 A; 3CPW M; 4XH4 A; 5GAE P; 1WAF A; 2HOE A; 5M1Q A; 1NOY A; 5I3U A; 3ZX3 A; 4LC9 B; 4B3T K; 3O9U A; 2HBK A; 4I9L A; 2CH5 A; 1KAX A; 3QET A; 3R8E A; 4ILG B; 3D7E O; 4WFN L; 3IDH A; 1TKX A; 4WQ4 A; 4JHD B; 3CM6 A; 4CF8 A; 5AQR A; 3O3F A; 3K5L A; 1RDA A; 4HCB A; 2OTL N; 4BRM A; 3ASM A; 2QK9 A; 3M8Q A; 1TK5 A; 3M1F A; 1LAW A; 3SMS A; 3MED A; 1EQY A; 4DTN A; 3V6D A; 2G8K A; 1ITG A; 4W5R A; 3I8D A; 4CHY A; 3TR8 A; 1WLJ A; 1S6Q A; 1H1V A; 3GG4 A; 4O0J A; 3HXM A; 4W5Q A; 1ZBS A; 4DSJ A; 3V1O A; 3CER A; 2GBZ A; 2O8D A; 1N5Y A; 3ULE B; 2V51 B; 3AVA A; 4ILH A; 3UKU A; 3I8B A; 3U6F A; 4FW1 A; 3BGR A; 4KH6 A; 1MDU B; 1NMN A; 2B6A A; 4PKG A; 3LL3 A; 3OA9 A; 3T1H K; 3VET A; 1J6Z A; 4E1J A; 1RDC A; 5M1K A; 3FFK B; 1ILY A; 5M1O A; 3SPZ A; 2YNH A; 1W9H A; 2P9P A; 3J7Y P; 2PYJ A; 5DM7 L; 3GE1 A; 2PYL A; 3AO3 A; 3AVL A; 4PA1 A; 4BWJ A; 1C0U A; 4BRD A; 4H03 B; 1BI4 A; 4DSF A; 3SV3 A; 1KVB A; 3EY1 A; 1HPM A; 1EKE A; 3F73 A; 2DY4 A; 3FZM A; 3LPT A; 1VQO N; 4RTF D; 4FCY A; 1Y97 A; 4CZG A; 1KVC A; 3VQE A; 3BZC A; 5HL7 L; 4BVP A; 4WQ5 C; 2IC3 A; 1RBT A; 1C1B A; 4CFC A; 4JD2 B; 5F2R A; 1OH6 A; 1VQ9 N; 2B4J A; 2YKM A; 3CCM N; 2JWK A; 1ZC6 A; 2YJF A; 4FLT A; 3V4I A; 3FGU A; 4KH4 A; 4BQL A; 3DLL L; 1ZBL A; 1X1P A; 3ZT3 A; 4IFE A; 4HVJ A; 2RE2 A; 4M3X A; 4MLE A; 1UA0 A; 4FJI A; 4CGG A; 2HND A; 4PL8 A; 4BRO A; 3WT0 A; 5KGW A; 3MWT A; 5GIN A; 2NRV A; 1S9E A; 1L5U A; 4H5T A; 4KHW A; 3F5T A; 1HYZ A; 4I6M A; 2QA4 N; 3T19 A; 1SUQ A; 1KC8 O; 4QS9 A; 3RMC A; 1KCF A; 3Q7B A; 5GAH P; 3AVI A; 4MQ3 A; 5IT9 O; 2FLO A; 4BG8 A; 4BC4 A; 4AQY K; 1NMD A; 3K9J A; 2FSJ A; 4CED A; 4DQ8 A; 1DTT A; 4GMJ B; 3EE8 A; 4Z94 A; 4OGC A; 3QNO A; 3D0P A; 4B1U B; 2YV0 X; 1SQK A; 4C23 A; 4DFJ A; 4M7X A; 4Z4C A; 4BRQ A; 3RMA A; 3NDK A; 3OYI A; 1BA0 A; 3NGY A; 1WB9 A; 4OLB A; 3EN9 A; 4CEQ A; 4XIU A; 1TV6 A; 4DV7 K; 3CFO A; 4IXC A; 3C6T A; 1S22 A; 4BG9 A; 4JN4 A; 2BAN A; 4E1M A; 4UY8 O; 3VF2 A; 2GWJ A; 2ZGZ A; 1XHX A; 3E1Y A; 1RBS A; 2IVN A; 2BE2 A; 1Q8I A; 3LDL A; 2VG7 A; 4JI3 K; 2QW9 A; 4B3R K; 5AQS A; 4HUG A; 5J2P A; 5AR0 A; 2KW4 A; 3C0B A; 2IDO A; 3KZB A; 3SAH A; 3WEE A; 3TAN A; 3M8P A; 3K2P A; 2A42 A; 3A5O C; 4CJP A; 3NVM A; 1VQM N; 2FBX A; 4GY2 B; 3CME N; 1MWM A; 2FBV A; 4GNI A; 4ELV A; 4CJT A; 1BIU A; 5BPN A; 4B1X B; 3JS6 A; 3LWL A; 2ZJQ L; 3PO4 A; 4NB4 A; 2F9W A; 4DR3 K; 3TAP A; 4KTW A; 4E0D A; 4ILJ A; 3EZW A; 4BRP A; 3L3U A; 2O8C A; 3A8Y A; 1J5E K; 4A62 A; 4OX9 K; 2O8D B; 1QVG M; 1W7A A; 3HPO A; 4NCA A; 5FRN A; 3SMP A; 3UKU B; 4PQU A; 4BE1 A; 4MDA A; 3SV4 A; 5EXW A; 3TAG A; 2CGJ A; 3O1W A; 1Z05 A; 2HBM A; 3DM2 A; 5BN9 A; 1RBU A; 5C2D A; 4LFB K; 3OVN A; 1C0G A; 1EWQ A; 2WFB A; 3D2E A; 4QS8 A; 2P9P B; 1HKB A; 3S41 A; 2UU9 K; 2Q31 A; 3LAL A; 3D2F B; 2RN2 A; 1XI1 A; 4ISF A; 3DRP A; 2FBY A; 5J1E A; 1U4B A; 1A5V A; 3D6R A; 5AJ3 K; 4C8O A; 1BI4 B; 2HHW A; 4OVL A; 4FJL A; 3QES A; 3C94 A; 1RGI A; 3NBP A; 1S72 N; 5A2Q O; 3E9O A; 4B1Y B; 1JLB A; 1QSS A; 1KSP A; 2W6L A; 2QXF A; 4DF4 A; 4JKC A; 2KKZ A; 4ICL A; 1JXB A; 2JLE A; 2A3Z A; 3RSE A; 1D4X A; 3ZSW A; 3QNN A; 1IKX A; 3T3F A; 2HF3 A; 3VQ5 A; 5LY3 A; 1IKW A; 4K43 A; 1YT3 A; 3L2R A; 3TAQ A; 3K5M A; 1YUW A; 3F2K A; 4CBW A; 1VAZ A; 4KH5 A; 4KHP K; 1QZ6 A; 4DSK A; 3HBT A; 3AO4 A; 2OPQ A; 2GUI A; 4DLE A; 2OYQ A; 3LDQ A; 3M6G A; 4CZE A; 3IAY A; 3RMD A; 2X78 A; 5AQV A; 4JEP A; 1NG9 A; 3KTQ A; 2BGG A; 3IS9 A; 4L3Q A; 2P9L A; 1D5A A; 4BDZ A; 4DS4 A; 1NNE A; 4F2R A; 1U6Z A; 2P5G A; 3O5B A; 4H0P A; 4QS7 A; 1VSF A; 4OKK A; 4NLB A; 4FM0 A; 4JRQ A; 3WXM B; 4B9T A; 1ASW A; 1HKG A; 4A61 A; 3HVR A; 3THY A; 5JS2 A; 3OYA A; 3CJ1 A; 3RMB A; 3AVG A; 2VG6 A; 4CGH A; 4LF6 K; 4IO9 L; 2O8B B; 2QWN A; 4N47 A; 3I0R A; 4DV5 K; 3UIQ A; 4X65 K; 1FKO A; 4FWQ A; 1K73 O; 5HBM A; 2IOC A; 4CZM A; 1FK9 A; 4M41 A; 1S1W A; 2E2O A; 3H3O B; 3ZX2 A; 1QZ5 A; 3VMF B; 4BRH A; 1BOT O; 2I5J A; 4DV1 K; 3THV A; 1KXP A; 4BR4 A; 4LF8 K; 3KD1 E; 1LW2 A; 3SCX A; 4DTO A; 4QAG A; 4RW9 A; 1UAX A; 4FVM A; 5CE3 A; 3LZJ A; 3WEE B; 1NBW A; 4IOC L; 3QEW A; 2ETJ A; 3LWM A; 4DWI A; 4KHQ A; 5EOY A; 3CC7 N; 1HYV A; 2NRT A; 4CK1 A; 3QO9 A; 3LP3 A; 4FJG A; 3U9D A; 1GOC A; 5AQQ A; 2NRR A; 5I9E B; 2O8C B; 1Q18 A; 3DLB A; 3VN5 A; 3ZSX A; 3ZSV A; 3ZEU A; 5GAD P; 2FF6 A; 1N33 K; 3OYF A; 4J2B A; 4FLZ A; 1HJR A; 3OYB A; 1WOQ A; 2CGK A; 3P5J A; 5AQI A; 4BRF A; 5FDL A; 3AVK A; 2UUA K; 2QWM A; 4CJ3 A; 1HNW K; 1M90 O; 3O4Q A; 4FM2 A; 3CPE A; 3WXJ A; 2IAJ A; 3D2E B; 3KWI A; 1JKH A; 1Z6R A; 5IWA K; 1U48 A; 4FM1 A; 2ZWH A; 3SJH A; 4FJN A; 2KFZ A; 1BCM A; 3O1B A; 4G1Q A; 2WON A; 4CF9 A; 3G25 A; 3H1Q A; 4DTU A; 3R9P A; 2HHH K; 3IG1 A; 3SAF A; 5FRM A; 3K9K A; 4Z4F A; 5AQW A; 3BZK A; 2KFN A; 3AY9 A; 3PLA A; 3THW A; 4IZ9 A; 3TSU A; 2I7N A; 3CF5 L; 3OS0 A; 2FXU A; 1L3S A; 3RSE B; 3WXL A; 4DKW A; 4C8M A; 4PWD A; 4E7I A; 4KI4 A; 4AM6 A; 4AM7 A; 4FJH A; 3VES A; 4DLG A; 4YOV A; 2XY7 A; 2NLX A; 4O8U A; 2RKI A; 3ZLJ A; 2E6M A; 1LWE A; 4CHO A; 1ATS A; 3ITH A; 1KD1 O; 4CD1 A; 5GAG P; 2Z1H A; 1YJN N; 4CJK A; 3NH0 A; 3THX B; 1UOC A; 4JV5 K; 3WQU A; 3ATU A; 3ISN C; 5F1X A; 4KHS A; 3VQP A; 1Q7Y O; 1G15 A; 5JIC A; 4PKI A; 4DV4 K; 4W5N A; 2P9L B; 1VSJ A; 1C6V A; 3CJC A; 2A5X A; 4AHC A; 4BR5 A; 4CK3 A; 2QWL A; 2QI2 A; 1EX4 A; 2Y1I A; 3IKM A; 4CF2 A; 1N8R O; 2O8E B; 1O1W A; 1REV A; 2PFU A; 4O55 A; 2D0P A; 5CZ1 A; 4BQZ A; 4WF9 L; 1SL0 A; 3THY B; 1QTM A; 2BUP A; 1CZB A; 1SKS A; 4CF1 A; 3CFR A; 4CW7 B; 3MAQ A; 3SJJ A; 3L3V A; 1HKC A; 4YNQ A; 5D3G A; 3ENH A; 2W41 A; 1GLB G; 4DB3 A; 4JKG A; 3CM5 A; 3M8S A; 3NH2 A; 3QIP A; 1BHL A; 2PBD A; 5CZ2 A; 5SWM A; 2LSN A; 3SZ2 A; 2YHW A; 2R7Y A; 3CC4 N; 2IGI A; 3SQ2 A; 3DAW A; 4CHZ A; 4X66 K; 3LPU A; 3K59 A; 1JCF A; 4M3Z A; 2ZD1 A; 1TAU A; 3E9L A; 3C95 A; 2D0A A; 3DXK B; 4KRF A; 4Y0W A; 3ID8 A; 3H6E A; 3VGL A; 4OPJ A; 3OW2 M; 3CCL N; 5HRP A; 4E7H A; 1HUX A; 4H5N A; 1XC9 A; 3L4I A; 5AQT A; 5E41 A; 3FR0 A; 1T6C A; 4NCB A; 1K8K A; 1NGA A; 2HHX A; 5SZT A; 4O44 A; 3ZEU B; 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2ZM6 K; 1JLF A; 3V81 A; 4WQ4 C; 4M3U A; 3P39 A; 1ATR A; 3LAK A; 5AQY A; 1GLL O; 3CET A; 4AHT A; 4ZHR A; 4DU1 A; 4U7B A; 1KLM A; 2Q0U A; 1VQK N; 3A5N C; 5ELZ A; 5LMU K; 4CHN A; 4DFM A; 3CD6 N; 3VER A; 4CJQ A; 3OYL A; 1VSK A; 4JKG B; 5KI6 A; 4AIL C; 2X6N A; 5HOO A; 1S5J A; 3RR8 A; 3FE1 A; 2UUC K; 3QFP A; 4CJR A; 4CGI A; 1TYQ A; 1SKW A; 3QLH A; 1ESV A; 2QEX N; 4FLV A; 3AVN A; 4DR5 K; 2WUS A; 4KV8 A; 3GDQ A; 1RDU A; 4F3T A; 1BA1 A; 1VRU A; 2YI1 A; 4JKA A; 4YHH K; 3OYC A; 2E2N A; 5TKW A; 4O8K A; 2GX9 A; 3M8R A; 5JLF A; 3TAM A; 1YVN A; 2OAN A; 1RT2 A; 5KGX A; 4J8F A; 4C8K A; 4I2P A; 4ELT A; 3K5N A; 2VQF K; 2Q2R A; 2O8B A; 2VWK A; 1CLQ A; 4IEI A; 3OYM A; 1P8Z A; 3CHW A; 4KO0 A; 3G10 A; 4B9Q A; 1K8K B; 3O6W A; 2Q36 A; 4H8K A; 2UXD K; 5LJV A; 3AVC A; 3EZ5 A; 1NGI A; 2OCE A; 3F9K A; 2JGU A; 4CJL A; 2ZF5 O; 3HYF A; 2YNF A; 3VEZ A; 5C0Y A; 1QQC A; 4DR1 K; 4RWT A; 3MMV A; 2HVH A; 4H0Y B; 1TVR A; 4OPH A; 4CZL A; 2XY5 A; 4YOY A; 2NRZ A; 1DTQ A; 4KHY A; 1BQM A; 1U2V B; 3ZT2 A; 4LD0 A; 3CCQ N; 1NK0 A; 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