3GL1A

Crystal structure of atpase domain of ssb1 chaperone, a member of the hsp70 family, from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
AEGVFQGAIGIDLGTTYSCVATYESSVEIIANEQGNRVTPSFVAFTPEERLIGDAAKNQAALNPRNTVFDAKRLIGRRFDDESVQKDMKTWPFKVIDVDGNPVIEVQYLEETKTFSPQEISAMVLTKMKEIAEAKIGKKVEKAVITVPAYFNDAQRQATKDAGAISGLNVLRIINEPTAAAIAYGLGAGKSEKERHVLIFDLGGGTFDVSLLHIAGGVYTVKSTSGNTHLGGQDFDTNLLEHFKAEFKKKTGLDISDDARALRRLRTAAERAKRTLSSVTQTTVEVDSLFDGEDFESSLTRARFEDLNAALFKSTLEPVEQVLKDAKISKSQIDEVVLVGGSTRIPKVQKLLSDFFDGKQLEKSINPDEAVAYGAAVQGAILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of ATPase domain of Ssb1 chaperone, member of the HSP70 family from Saccharomyces cerevisiae.
rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Heat shock protein SSB1
total genus 124
structure length 383
sequence length 383
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2009-03-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3gl1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gl1A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gl1A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3gl1A04
2E20A 3BUZB 1LCUA 2ASPA 5AQNA 3CIPA 2BTFA 3O8MA 4H0YB 2A5XA 1NGJA 4EHUA 4K42A 3R8EA 1D4XA 3HBTA 3ULEB 4WQ5C 1QQOA 1BO5O 1TUYA 2V7ZA 1ZBSA 2ASMA 2YJEA 3VEOA 1BA0A 5BPNA 3D2FA 3UE5A 3BF3A 2I7PA 4FSVA 2NZTA 3EZWA 3GE1A 1K8KA 3DAWA 4WQ5A 3VETA 2VCPA 3KHYA 4H0VB 3O08A 4RTFD 3S41A 3UKUB 2P9NA 3VGLA 4FWQA 5AQHA 3D7EO 1KAZA 4PL8A 4BR0A 1ZC6A 2UYTA 5ELZA 4PKGA 4IWVA 2HOEA 5AQLA 3H1QA 1DGKN 4H03B 1ATNA 3ULEA 4H5RA 2YJFA 4FPBA 2A42A 3MN7A 2Q0UA 3RSEB 4CZFA 5FPNA 4FOIA 4BRPA 3FZKA 4CI6A 3H46O 5AQXA 1QHAA 4CD1A 5BR9A 3P4IA 3CJBA 4BRIA 1ATRA 4F9OA 3G25A 3UKUA 5AR0A 2D0PA 5KPRA 4A62A 1HKCA 4DQ8A 5AFUA 1P8ZA 4HTLA 1RGIA 3WXIA 3LM2A 3SLCA 4H5TA 5EOYA 3IDHA 2CGLA 3W0LA 2DPNA 3CETA 5AQVA 3MK6A 2ASOA 5KQDA 4BC5A 3O80A 4JNEA 4ISFA 1S3XA 1NWKA 4GY2B 4BRCA 1HLUA 1SAZA 2ZWHA 4FWOA 3M6GA 5BRFA 2P9UB 3DJCA 5BPMA 3LDQA 4K41A 2VWBA 4DCHA 5EY4A 3O1BA 4BQZA 3LDPA 5BRDA 1R59O 3QBWA 3QB0A 5AQZA 1KAXA 4O5FA 5AQGA 2A6AA 2P9SB 5AQPA 1X3NA 3HI0A 2I7NA 4FO0A 5FPMA 1QQMA 4BR4A 3QDKA 1H1VA 5AQWA 5BRHA 5F1XA 3HTVA 3VF4A 3ZX0A 4B1XB 3L0QA 1Z6RA 5ADXA 4A2BA 1GLLO 2HMPA 3J8AA 1Q18A 4BRFA 2ZGYA 2YHYA 3FZLA 3VENA 2PAVA 1NGCA 4QS8A 3FLCO 1NM1A 3GDQA 2AA4A 3EKSA 4PKHA 3ZETB 1GLEG 1JCEA 4BGBA 2P9UA 4FWMA 2F9TA 2EWSA 4XH4A 4FL9A 3ZEUB 1YAGA 4QS9A 4BRGA 5BN9A 3IFRA 2V7YA 3VEVA 1ESVA 3LDLA 4FWNA 4NO7A 1NLVA 3HZ6A 1YVNA 1T6DA 2AP1A 4CZMA 1MDUB 2HF3A 4BG8A 3FZMA 4B9QA 2WUSA 5AQFA 2P9SA 3SJHA 1IG8A 1EQYA 2QWPA 4CD3A 1TUUA 2P9KB 3ATVA 3R6MA 3CQYA 3ID8A 5E26A 1DKGD 3R9PA 1XUPO 3CERA 3L6QA 2GELA 4JHDB 2QXLA 2NLXA 3ZETA 1JCGA 1BG3A 3I8BA 2E2NA 4KBOA 3U4LA 4XH1A 3ZEUA 2GWJA 3LL3A 4B1ZA 3CJ7A 2GWKA 2YI1A 4B1VA 4FWRA 3SK3A 4BRAA 3B8AX 2YCHA 1GLCG 1C0GA 1HUXA 2IIRA 2P9IB 1YXQA 3H3OB 3MN6A 5BREA 4CBXA 1JCFA 2CGKA 3JS6A 2Q0RA 2YHXA 5AZIB 2Q31A 4AM6A 2P9KA 3KZBA 3C7NB 4EAHD 3GBTA 4WQ4A 4JD2B 2IVPA 3A5NC 5AQJA 4PL7A 5I9EB 4BGAA 5AQMA 4JAXA 4BR5A 4BVOA 2QWQA 2GUPA 1RDWX 3ENOA 4RWTA 4BROA 3TPQA 4RCHA 2KHOA 4BRMA 2IVOA 2D4WA 4NB4A 4JHDA 2CGJA 5KPZA 3AY9A 3H1VX 5JMVA 2A40A 1T6CA 4B1WB 1OKJA 4BC3A 4BRNA 1V4SA 5EXWA 4CZJA 3A5LC 5JICA 1IJJA 1BUPA 1GLFO 3ATUA 1HPMA 4H5NA 3O5BA 3JXUA 5EX5A 4O8KA 4CBWA 4IJNA 5AZIA 3MCPA 5JLHA 2E8AA 3C7NA 1BU6O 4JD2A 3DXMB 2Q2RA 3VESA 4BC2A 3EL2A 2ITMA 3OHRA 4FPAA 4CBUA 4YDUC 3WXJA 4BRHA 5AQOA 4K43A 3IMXA 1E4GT 1SQKA 3I33A 3UB5A 1RFQA 2QWRA 3RSEA 1ZXOA 4BQLA 3U9ZA 3VEZA 4YDUA 3SMPA 4DHYA 4BREA 3L4IA 3A0IX 4CZGA 4MLHA 5AQIA 3KVGA 3WQTA 1XC3A 4MO5A 2FSKA 3MDQA 2A3ZA 2QWNA 1U6ZA 2ZGZA 4H0TB 3A8YA 1GLJO 3ZX2A 4BC4A 4H0PA 4BRKA 3FZFA 5F0XA 3QICA 4M63C 3WXKA 1U2VB 2Q36A 3CJCA 4CZKA 5CE3A 3WQUA 1TYQB 3QBXA 3DXMA 2QWMA 1MWMA 3U8XA 2FLOA 2FXUA 4BVPA 5LJWA 2FSJA 5AFUH 4FWLA 2J4RA 3H45C 3VEWA 3WEEB 3VEYA 4BRQA 1XQSC 1S22A 1V4TA 1WUAA 3D2EB 5EVZA 5JLFA 1ATSA 3SMSA 4MO4A 4QS7A 4B1UB 3H6EA 2FF3B 1NBWA 5F2RA 3MN5A 3HM8A 4PKIA 5AQUA 1BA1A 1G99A 4I6MB 5KPTA 3CHWA 4CZEA 3UKRB 3AARA 3GG4A 2E2QA 1U2VA 2F9WA 1TYQA 3AAQA 3VF2A 2Q1NA 3A5OC 4LC9B 4IXCA 4J8FA 1NGEA 2YHWA 1T44A 1GLBG 3EO3A 3WEEA 1NGBA 2E2PA 5ADXH 3D2EA 4ISEA 4A2AA 3DWLA 4HWIA 3HSCA 1GLDG 4BRDA 2W41A 2HF4A 4IJAA 5FPDA 5LY3A 2P9PB 4H5WA 3CJ1A 1HKBA 4WQ4C 2FF6A 1WOQA 4FOEA 2QW9A 1BOTO 1QQNA 4I6MA 3M3ZA 3UKRA 4Z94A 3EN9A 3VPZA 3CJ9A 2FSNA 1E4FT 2Q97A 4K25A 1C0FA 2ZF5O 5E84A 1LOTB 4IZ9A 5B8HA 2QWLA 2QWOA 3QMLA 3O6WA 3ZX3A 4ISGA 1NGIA 4EHTA 3CQXA 3A5MC 1GLAG 3VOVA 3QFPA 3ENHA 4EFHA 1DEJA 1BDGA 2OANA 2CH6A 2P9PA 3IUCA 3DXKB 4CZHA 2GTDA 3VGKA 3W3DA 4BR7A 4CZIA 3O4WA 2P9IA 2D0OA 3BP8A 3EKUA 4EIAA 4AM7A 2IVNA 2GEMA 1BWFO 2W40A 2E1YA 3CI5A 1KXPA 4BRLA 4H0OA 1Z05A 1SZ2A 3F9MA 1HKGA 1X9JA 3BEXA 4DB3A 1QZ5A 2QM1A 3VF6A 5AZJB 3FFKB 5BPLA 5AQTA 3VGMA 4CJ7A 3LDNA 4M7XA 4FWKA 1J6ZA 4H0XB 3VERA 3WUHA 2E1ZA 1NGHA 3LDOA 3DXKA 3GOIA 5FPEA 5AQSA 2D1KA 2P9LB 4BR2A 3QFUA 5AQQA 4IO8A 1NMDA 4XH5A 2NRHA 3AAPA 1HJOA 1QZ6A 2A41A 1NGFA 3C0BA 4JN4A 3MMVA 2E88A 5LJVA 2H3GX 5AZJA 5KQ8A 1MA9B 1KAYA 2V52B 2VYPA 3O1WA 3FGUA 3WT0A 3WXLA 5AQYA 1NGDA 4FWPA 3BF1A 3VEXA 1NGGA 3FR0A 3LM9A 4WYBA 4BG9A 4CZLA 2PBDA 5AQRA 4XEIA 3H3NO 1X3MA 3GL1A 2P9LA 2V51B 4L3QA 4BR9A 1MWKA 3CJAA 5TKYA 1NGAA 1YUWA 1HX1A 2CH5A 1Y64A 4GNIA 3U9DA 3FE1A 4A61A 4FWSA 4MLEA 2E2OA 4Y0WA 3TU5A 3D2FB 4H5VA 5BN8A 4C23A 1K8KB 3MN9A 3FZHA 4E1JA 3M1FA 5AQKA 4B1YB 1CZAN 2P9NB 4M7YA 2BUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBVA 2E20A 2HMIA 3RTVA 3KLEA 4CQKA 3ZSWA 4F2SA 2XRIA 4M3XA 2HHSA 2O8DA 4AHCA 3T1HK 1REVA 1S9EA 1NGJA 2C1GA 4CW7B 1NE5A 4IFYA 3OYNA 1D4XA 3LWMA 1BO5O 2ASMA 1Z25A 3OS2A 3D2FA 1HYSA 4DV2K 2I7PA 5M1NA 3GE1A 4IFEA 3K5NA 1BRZA 4ILGB 3S41A 2P9NA 4ZTFA 4FWQA 1JKZA 1X9SA 2Y1JA 2UYTA 1RBSA 1XRSB 5ELZA 3H1QA 2JWKA 3TABA 3K9KA 4H03B 3AVMA 5CZ1A 5IWAK 2YNGA 1R0AA 1KFDA 2D0BA 4CEZA 4O4GA 2A1SA 1WSJA 1QHTA 4CZFA 2F7TA 5M1QA 2KLAA 3AVHA 3IAYA 3OY9A 3BZKA 4HCCA 5AQXA 4CD1A 3EE8A 4WE1A 1ZVGA 4BRIA 2NRTA 4CFAA 3G25A 3UKUA 4F9OA 1TAQA 3C6HA 3F5TA 4DV1K 4A62A 4DQ8A 5J2QA 1N4NA 2D5RA 1RGIA 3HVTA 5GIOA 4XIUA 3TAEA 1JLFA 4KH4A 1BI4A 2CGLA 5FRNA 1RTJA 1TKZA 4QOZB 4J2BA 1C1AA 4ISFA 4LFAK 1YIJN 2KBJA 3CPEA 4CK1A 1SAZA 4FJMA 4FWOA 4AEIA 3SAGA 3LDQA 3O1BA 4IDHA 1WNSA 1I6GA 1R59O 1D8YA 3QBWA 3QB0A 4LFBK 1HQUA 1ICAA 2FBTA 2A6AA 3HRGA 1GOCA 2F96A 1SKSA 4B9TA 4KTZA 1X3NA 3HI0A 1U47A 5C12A 3ZX0A 1VK0A 4B1XB 1Z6RA 4A2BA 3K58A 1GLLO 2HW3A 1DLOA 2ZGYA 3TARA 4I9LA 1VNAA 2N2RA 3P38A 3SV4A 2PAVA 1NGCA 3GDQA 3EKSA 5AJ3K 1NJZA 1A5VA 1JCEA 4BGBA 2P9UA 3SUOA 2F9TA 3OYKA 1VQ5N 4FL9A 1AYJA 5BN9A 3IFRA 3O9QA 2V7YA 3VEVA 4WFAL 3JSMA 2P5OA 4NO7A 3E66A 5JS2A 4KHWA 3L2UA 4K0KK 3FZMA 1RTHA 1IBKK 2WUSA 3G6EN 1IG8A 3C95A 3VQEA 2QWPA 4CD3A 1XNQK 4IOAL 4DR4K 1CHZA 3AVIA 3VQ6A 1BHLA 1XUPO 2O8EA 3DLEA 1BQMA 4DV7K 2KKZA 2GELA 4UY8O 1BMRA 3J81O 4LF7K 1UAXA 4OVLA 2GWJA 4DSFA 2OZSA 2YC1C 4B1VA 2YI1A 1EETA 3CCRN 4FWRA 3SK3A 5J2MA 4O44A 3DLLL 3B8AX 1N33K 1K8AO 5GAGP 3P83D 1HUXA 1W0HA 5J2PA 2HBMA 4YFUA 3KOYA 4IBNA 1RT1A 4OLBA 1HJRA 1LQQA 1VQON 4ELUA 2Q31A 2E3GA 3KZBA 4O0IA 3AVLA 3GBTA 4JD2B 3OJSA 2IVPA 1CZ9A 4JAXA 4BR5A 4F3OA 2X6SA 3KKSA 4M3ZA 1SKRA 3ZLJA 1HNIA 1BQNA 3HP9A 3HP6A 4NB4A 2IDOA 4JHDA 1WB9A 1WSGA 2HB5A 1C0TA 3NF8A 3SQ2A 1N8RO 4CFDA 3AY9A 2DFFA 4CJQA 3R1XA 4N56A 4B1WB 4BC3A 1V4SA 3HXMA 5JICA 1BUPA 4O5BA 3NH1A 4LF6K 3E9OA 3U6FA 3O5BA 5EX5A 2IOCA 4DKWA 3AVBA 4IJNA 4DU4A 1B3CA 1ILYA 1VSHA 2YV0X 2E8AA 3C7NA 1BU6O 3BZCA 3V6DA 4L8RB 3NGYA 1ZFUA 3OYGA 3DXMB 3VQ4A 2Q2RA 1IBLK 1TL3A 1GOAA 3OHRA 4FM1A 4CBUA 3WXJA 1S1XA 3KD5E 1JXBA 1TK5A 3ASMA 4BQLA 3CF5L 4BREA 3O3FA 4UADE 4O0JA 2UUAK 1WAFA 3VQQA 4ICLA 2A3ZA 1GLJO 4JKDA 5CY4A 4FJGA 4MFBA 1QS4A 5F0XA 3TWHA 1Z26A 2HBKA 1N6QA 3ZT4A 2Q36A 4CZKA 5KK4A 1TYQB 2QWMA 3QLHA 1T7BA 2FLOA 2FXUA 4ZTJA 5AFUH 3GKUA 1RILA 5GAHP 4A5BA 3VEWA 3V1OA 2W00A 4BRQA 4E1NA 3T69A 1S22A 2X74A 5M1PA 1V4TA 3D2EB 3CCJN 5EVZA 3SI6A 1BCMA 4DV3K 3LP2A 2XY7A 1LQIA 4O55A 5T7BA 2G8HA 4WFNL 3S9HA 3MN5A 3HM8A 4PKIA 3QEIA 1DT9A 1Q9XA 4N47A 4B08A 4OPKA 4A57A 3CHWA 3UKRB 1RT6A 1LW0A 1U2VA 4PA1A 4BDYA 1RT4A 1XC9A 3A5OC 3M5RA 1TI5A 1S9GA 1J5EK 2YHWA 1T44A 1NGBA 3T3FA 4KPYA 4V1DC 3JAMO 2G2KA 2E3FA 2I61A 3U3YA 3ZYYX 3HSCA 4AB0A 1GLDG 4DG1A 4BRDA 1S1TA 4KO0A 1SL1A 3CJ1A 3L56A 3VQBA 4KI6A 2FF6A 4K8XA 3PY8A 1WOQA 4FOEA 1BOTO 1MYNA 1NKBA 4CJVA 2X6NA 3M3ZA 4CJRA 1JLEA 4CGDA 3IG1A 3EN9A 3VQCA 3ZT3A 3CJ9A 1L5UA 1WN7A 2O4GA 3KLHA 1UOCA 2ZF5O 4OGEA 4AHRA 5B8HA 3OYJA 2XHBA 4FM2A 4LY7A 4MDBA 4ISGA 5SWMA 4JYAK 1IV0A 4FJIA 1NGIA 3PO4A 3SNNA 2A7TA 4JV5K 3P1GA 3VOVA 2QI2A 3CXCM 2OANA 3OS1A 3ID6A 3MX5A 5E41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RBV A;  2E20 A;  2HMI A;  3RTV A;  3KLE A;  4CQK A;  3ZSW A;  4F2S A;  2XRI A;  4M3X A;  2HHS A;  2O8D A;  4AHC A;  3T1H K;  1REV A;  1S9E A;  1NGJ A;  2C1G A;  4CW7 B;  1NE5 A;  4IFY A;  3OYN A;  1D4X A;  3LWM A;  1BO5 O;  2ASM A;  1Z25 A;  3OS2 A;  3D2F A;  1HYS A;  4DV2 K;  2I7P A;  5M1N A;  3GE1 A;  4IFE A;  3K5N A;  1BRZ A;  4ILG B;  3S41 A;  2P9N A;  4ZTF A;  4FWQ A;  1JKZ A;  1X9S A;  2Y1J A;  2UYT A;  1RBS A;  1XRS B;  5ELZ A;  3H1Q A;  2JWK A;  3TAB A;  3K9K A;  4H03 B;  3AVM A;  5CZ1 A;  5IWA K;  2YNG A;  1R0A A;  1KFD A;  2D0B A;  4CEZ A;  4O4G A;  2A1S A;  1WSJ A;  1QHT A;  4CZF A;  2F7T A;  5M1Q A;  2KLA A;  3AVH A;  3IAY A;  3OY9 A;  3BZK A;  4HCC A;  5AQX A;  4CD1 A;  3EE8 A;  4WE1 A;  1ZVG A;  4BRI A;  2NRT A;  4CFA A;  3G25 A;  3UKU A;  4F9O A;  1TAQ A;  3C6H A;  3F5T A;  4DV1 K;  4A62 A;  4DQ8 A;  5J2Q A;  1N4N A;  2D5R A;  1RGI A;  3HVT A;  5GIO A;  4XIU A;  3TAE A;  1JLF A;  4KH4 A;  1BI4 A;  2CGL A;  5FRN A;  1RTJ A;  1TKZ A;  4QOZ B;  4J2B A;  1C1A A;  4ISF A;  4LFA K; 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