4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
3NAEA 4E7LA 1GOAA 4CJ5A 4C8LA 2KW4A 1HJRA 1HRHA 1LWFA 2RN2A 3KLHA 1WSIA 3ULDA 3QIOA 1TL1A 1REVA 1SUQA 1LV5A 5SZTA 4DTJA 4BE1A 4DF8A 1FKPA 3KKRA 2NUBA 3ZT4A 4EP4A 1BIUA 3LPUA 4FZYA 3OYIA 1SKWA 1S6QA 4M3UA 2R7YA 3DOKA 4FW2A 4FM1A 2ZE2A 3KIOA 4DTNA 4DQPA 4B9NA 2GV9A 3T19A 3AVHA 3ZSVA 3NH2A 1JLCA 1TKXA 3O3GA 3OYNA 2VWKA 4KHUA 3CFRA 1BI4A 4CJQA 2AJQA 2GUIA 1EETA 5JS2A 1BCMA 3AVGA 4YFUA 4KTWA 4IG3A 4FZZA 3NF6A 1LW2A 4FJ8A 3VQ7A 4W5RA 4I2QA 3O3FA 4NCAA 4EZ9A 3ZSZA 4HVJA 3M8RA 3DLBA 3V9ZA 4Z4FA 1CLQA 2B6AA 1NKCA 1ZYQA 3SJJA 4CGGA 4PQUA 1NKBA 3B6OA 3KLFA 3SYZA 1WLJA 4KB0A 4BE2A 3NF7A 1RT3A 1UAXA 3TAPA 1NJYA 2Q3SA 1C1CA 4CGDA 1KLMA 4KO0A 3WNGA 1EX4A 1RBSA 3LPTA 3PO4A 1YVUA 3DRSA 3OS0A 3WNFA 5C42A 3VQ4A 1FXXA 4BE0A 4OJRA 4DG1A 4DFJA 2BDPA 3OJSA 3VQCA 1R0AA 4K8XA 3S3OA 4DSEA 3RWUA 3L2UA 1C1AA 1TGOA 4M3ZA 4I9QA 1T8EA 4B9MA 1SKRA 2KZMA 1X9WA 1KTQA 3AA5X 4YNQA 1NJWA 3LWLA 4FLXA 5J2MA 3PX0A 4J2DA 1QS4A 2G8IA 2IS3A 1JLFA 1RNHA 2YKNA 3MEGA 3V9XA 4DS5A 4HUEA 4HTUA 4FJMA 3M8QA 2KFNA 1X9SA 4ZTJA 4I9LA 3T1AA 1L3TA 2HNDA 1S6PA 4KREA 2G8HA 1I39A 3S3MA 1CZBA 5KI6A 1JLBA 1KFSA 3DYAA 2ETJA 3WNEA 4B8AB 1DLOA 4F8RA 1QSLA 3P1GA 1TK0A 3AA2A 2RPIA 5HRRA 3SNNA 1IKWA 3HXMA 4ICLA 5C25A 4CF2A 1NJZA 4M3WA 1C1BA 3NCIA 4CECA 2YNHA 3LWMA 3HT3A 1QTMA 3P5JA 4Z4EA 4CEFA 3SQ2A 2QKBA 1LWEA 3QERA 1TKZA 3K57A 5DK5A 4KFBA 2P5OA 1FKOA 3RR8A 4Z4CA 4AHUA 1J5OA 3DLGA 4ID1A 1JL2A 3ZCMA 2F8TA 1U48A 1WN7A 3MEDA 3VQ8A 2PYJA 1CZ9A 4O0JA 2FC0A 1ITGA 1KVAA 4O55A 1Y97A 3DOLA 3ZSWA 4DFKA 1XI1A 4FYDA 3AVKA 1RBRA 4CGHA 4CK1A 3EYZA 4DTSA 4M45A 2KFZA 3DLRA 3DM2A 3NDKA 3SCXA 2YHBA 3HYFA 1S1TA 3MAQA 3PY8A 3TAMA 1IKXA 3VQAA 4CJTA 4KI4A 1C0TA 1L3UA 4J2BA 4LH4A 4CHNA 1JLQA 1UOCA 4NCBA 4BWJA 3NF8A 1CXQA 4AHCA 3SUOA 4CERA 4FLTA 4Z4GA 3K5LA 3SUNA 1T03A 3MXMA 3L8BA 4BACA 1XWLA 4MQ3A 3V1OA 2D5RA 4CFAA 3NH1A 3M8SA 1VSDA 3ASMA 1S1WA 5CYMA 5I3UA 4FJIA 3EY1A 4FJ9A 1RTHA 4B9LA 4FZXC 5J1EA 3L2RA 3CFPA 4KB1A 3VA3A 3QESA 4W5OA 3VQDA 1W0HA 1HNVA 3SZ2A 4KAZA 1W9HA 2XY8A 2OZMA 2HVHA 4ID5A 3VQQA 3LP1A 4C8MA 4HUGA 4W5NA 2FBXA 3C94A 4JS5A 4QOZB 3HO1A 4CFBA 4E1NA 4XIUA 1SKSA 1QSSA 1C0MA 3AO3A 2IAJA 4Z4HA 4FM0A 3AVJA 1CXUA 4PA1A 1RDCA 4N41A 4AILC 1SL2A 1F21A 3K5OA 4DSJA 1RILA 1QHTA 1U45A 3QIPA 3BDPA 4KPYA 3KTQA 3O3HA 1NK4A 3OYGA 4E7KA 4IBNA 4AHTA 4DTPA 3U3YA 3CM5A 1RT5A 1TVRA 3MXJA 4KKOA 5FROA 3RMBA 4JLHA 1U49A 3FFIA 4B3OA 1KSPA 3TAGA 1ASVA 3SUPA 4CFDA 1YT3A 3SQ4A 4Z4IA 4LSLA 3AVMA 4AHRA 3PV8A 4DSKA 2GBZA 1JXEA 5J2PA 1TK5A 3RMCA 1RTJA 2FBVA 4Q0BA 3AVAA 1J53A 1WSHA 2QKKA 1GOBA 1VSFA 3KK1A 4OGCA 3HP6A 3L2QA 1G15A 2X6SA 2O4IA 5CZ1A 4BDZA 4NYFA 3ZT2A 1KLNA 3IG1A 4B08A 3AVCA 2Y1JA 4RW8A 1TL3A 1A5XA 4TSXA 4J2AA 1L5UA 1NOZA 4DTMA 1Q9YA 4KHSA 3V6DA 4CF9A 4WE1A 4CF1A 1RTIA 2HHTA 3PO5A 5HRNA 3KK2A 4FW1A 4H4OA 4L8RB 1Q9XA 4FLUA 4E7JA 3OS1A 1JKHA 4HCCA 4JRQA 1BL3A 1EP4A 1IO2A 4CEEA 4DLEA 4OPJA 3S3NA 3CM6A 2A1RA 1ZBFA 4DU4A 2OYQA 1A5WA 1VSMA 4IDKA 4BDPA 4FLWA 2Z1IA 1QQCA 3QEWA 3OJUA 3LP3A 1D5AA 1JLAA 1MU2A 1HNIA 1VSEA 4LSNA 2D0CA 4FJJA 3PUFA 4DFPA 1LAVA 1Z26A 2VWJA 4DTUA 4O5BA 3RMDA 2G8VA 1VSHA 1FK9A 5EU7A 3PX6A 1EXQA 4O0IA 3NGIA 1NK6A 4E7HA 3QEPA 3DLKA 4CIFA 1EKEA 2KTQA 4B9SA 3V4IA 2G8KA 2OPPA 1NK5A 2HHVA 3O4NA 4AH9A 2XO7A 2OPQA 2YNGA 1SL0A 3L2VA 1NKEA 4C8NA 1WSJA 1BIZA 5KRSA 4UQGA 4DSFA 1N5YA 2PYLA 3KKSA 4I7FA 4BDYA 3OYEA 1KVBA 3C6UA 3AVFA 1NK9A 1C0UA 5C24A 2D0AA 4KI6A 4KHYA 3LZJA 4N5SA 4ZTFA 3ZSOA 3C95A 1DTQA 4CF0A 4FJNA 2DTUA 1LW0A 3LALA 3M8PA 2XHBA 1S1VA 2HHXA 1WAJA 1A5VA 4FLZA 2BGGA 3K5NA 2YNFA 4KHNA 4RW7A 1VK0A 1JXBA 5HROA 3OYHA 1NJXA 2F96A 4OKEA 2DFHA 4CEAA 3QEXA 4DLGA 1L3SA 4CK3A 4FJ5A 4CEOA 4PUOA 1RBTA 2Z1JA 4CHQA 3HJFA 1ASWA 1WSFA 1KCFA 2W42A 4CE9A 1D8YA 1RTDA 4PWDA 4H4MA 5FRMA 2P1JA 4FJGA 3RR7A 3OYAA 2RKIA 3TI0A 1Q8IA 3QNOA 1VSKA 4DQIA 4FK2A 3ZSRA 4FJHA 4CJVA 4ZHRA 3OYCA 2YV0X 5K14A 4CJWA 1NK8A 3WNHA 3QINA 3MXIA 4K8ZA 5CYQA 4CHPA 3ZSXA 3ZSQA 3OYMA 1L3VA 3LZIA 5HRSA 4F3OA 2HHWA 4LY7A 1K6YA 1XHZA 3DLHA 3V1RA 4CJFA 4HHTA 3AA3A 3NFAA 1RT1A 3SQ0A 4CEZA 5T7BA 1UA1A 4FLVA 4OKJA 2WOMA 1S1XA 4AHVA 3SQ1A 4N76A 2HMIA 4F3TA 1VSLA 2WONA 4FVMA 4CHOA 1NOYA 3KLIA 2B5JA 3D45A 4FJ7A 4CJUA 3V81A 2HW3A 5KRTA 2OA8A 1TKTA 2D0BA 4EZ6A 1WSEA 2IGIA 3QO9A 4DQSA 3HK2A 2HHQA 2EHGA 4ELUA 4EP5A 1T05A 4CK2A 1BISA 3THVA 4OPKA 4C8OA 4E89A 4FJKA 3NE6A 3VQ9A 4RW6A 3DMJA 5CY4A 3VQBA 4CJSA 4CCHA 2LSNA 3NBPA 1SL1A 4B9TA 3F9KA 4QCLA 4RW4A 4CJKA 2OZSA 4FJLA 3ALYA 4CGFA 1ZBUA 3K59A 1S9EA 4IFYA 1SV5A 1D9FA 2F8SA 3VQPA 5I42A 1RBUA 1I3AA 3KLGA 2B4JA 3B6PA 3U3GA 1VSIA 1U4BA 2FBTA 4ELVA 3AO2A 3SV4A 5J2NA 4KHWA 2KZZA 1J9AA 3F73A 4FCYA 4Y1CA 2XY5A 2HB5A 3KK3A 3IAYA 3A2FA 4DFMA 4CJ4A 2JLEA 1B9DA 1RDAA 4M3XA 1TAUA 1RDBA 4FLYA 1UWBA 4CESA 3OYJA 4DTOA 1X9MA 4OGEA 4E7IA 1IKYA 3S9HA 3AO4A 5CZ2A 1XHXA 3KLEA 1IG9A 3AVBA 1S1UA 3RTVA 3E01A 3VN5A 3OYBA 1BQNA 3HP9A 3QEIA 1X1PA 1BCOA 4CJ3A 4IG0A 5E41A 1DTTA 3ZSYA 4DQQA 1RDDA 2PY5A 3AV9A 3HSTB 1XC9A 4KTQA 4GW6A 4CHYA 1B9FA 3VA0A 3DRPA 3L3VA 4F4KA 5HBMA 4AHSA 4JS4A 4ELTA 1LWCA 4G1QA 4CIGA 4DQRA 1KRPA 3K58A 1HYSA 1HYZA 4DSIA 3V9WA 3V9SA 3TAEA 1ZBLA 2OPRA 1S5JA 4IFVA 2KQ2A 2Z1HA 4QAGA 4DU3A 3U6FA 1TAQA 2IDOA 2HNYA 1BI4B 4E19A 1WSGA 3LAKA 1NK7A 1YTAA 4CEDA 1BGXT 3DLEA 3K2PA 1KFDA 3L3UA 4M3RA 4CJPA 2QXFA 4N47A 4CJRA 3OS2A 3I8DA 4GVMA 3I0RA 1D9DA 3JSMA 2A1SA 3V1QA 3VQ6A 1HMVA 4CJEA 4CGIA 3JYTA 1WNSA 2E6MA 2JGUA 3AVIA 2E6LA 3OYKA 3KJVA 3SPZA 1JL1A 3RRGA 4CF8A 3LAMA 3AO5A 3KD5E 2G8UA 3G10A 2HHSA 4DTRA 1IH7A 3HL8A 4B9VA 3BGRA 4FXDA 4FJXA 4E3SA 1S9GA 3LDSA 2XY7A 4HCBA 1HQEA 3CG7A 2IC3A 1RT4A 4I2PA 1LAWA 1GOCA 3NH0A 3LP2A 4NCGA 1KVCA 3OYLA 3MECA 3EZ5A 3NHGA 3TANA 1NK0A 5JS1A 3ITHA 4H8KA 3PX4A 2HHUA 4FM2A 3DI6A 3SI6A 1RT7A 5J2QA 3O4QA 4R5PA 2PZSA 1UA0A 1C6VA 3QLHA 2DFFA 4CEQA 4W5TA 3KD1E 4OLBA 4DWIA 3IRXA 3VQEA 4NYNA 1O1WA 1RBVA 2X74A 3CQ8A 1RCHA 1VRUA 2P5GA 1U47A 2ITGA 4J2EA 1RT6A 3K5MA 1JLGA 2HVIA 1HPZA 2X6NA 2X78A 2VG7A 4CFCA 3T3FA 4DSLA 3TAQA 4FK4A 3LANA 2ATQA 4OLAA 3HVTA 3ZT0A 1U04A 2ZD1A 1VRTA 2FBYA 4MFBA 1TV6A 4O4GA 1WAFA 3ZT3A 4DMNA 4O44A 4CJLA 3NGZA 3D0PA 1B92A 2XY6A 3V9UA 1IKVA 1N6QA 3HM9A 5HLFA 4BWMA 3OYFA 1BHLA 1ASUA 4E1MA 5KGXA 2Z1GA 3HVRA 4LH5A 3TAFA 3AVLA 1YTUA 2Y1IA 2OPSA 4RG8A 4JRPA 3TARA 4KV8A 3H08A 3L2WA 1T7PA 4HUFA 3OVNA 4Y1DA 2YNIA 3VQ5A 3TWHA 2G8WA 2ZQBA 4DU1A 3DRRA 1Z25A 1ZBHA 4M3TA 4GMJB 5FDLA 4M41A 4DTXA 2BE2A 2VG6A 3TABA 2E4LA 2DFEA 5SWMA 1TK8A 2YHAA 5HRPA 4DF4A 3HPHA 3AA4A 4Q5VA 1VSJA 1JLEA 1J54A 3SUQA 4IKFA 2RF2A 3LP0A 2BANA 4B8CA 3OY9A 4M42A 1QSYA 5FRNA 4CGJA 5KGWA 3RRHA 2YKMA 4C8KA 3ISNC 2P51A 3I0SA 4E0DA 3ZT1A 3C6TA 3P83D 1QE1A 4W5QA 3HPOA 4KTZA 4CHZA 4M3YA 3AVNA 2O4GA 3IS9A 3QEVA 5D3GA 2EX3A 2DY4A 3MEEA 2XRIA 3RMAA 4OVLA 2G8FA 4LD0A 4PY5A 1ZBIA 3AO1A 4Z0UA 5KTQA 3NGYA 4N56A 4OKKA 3QNNA 4CEBA 3HPGA 3NF9A 4F2SA 3SV3A 1HYVA 1TKDA 1BQMA 4F2RA 2I5JA 3CFOA 3TR8A 4DS4A 4B9UA 2VG5A 4CIEA 2QK9A 5HP1A 1RT2A 4KRFA 3CYMA 4FK0A 4RW9A 3SPYA 3OYDA 3G0ZA 1HQUA 2IOCA 5DMRA 2HNZA 3QETA 3UIQA 4KHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GWJA 1QZ5A 1GOAA 4CJ5A 4WFAL 2WFBA 1WB9A 2J4RA 2CH5A 1REVA 3TPQA 5SZTA 3OYIA 5C2DA 3N4PA 3DOKA 4FW2A 2P9IA 3KIOA 4B1YB 4NO7A 3AVHA 3FZHA 1TUUA 1SAZA 2AJQA 1EETA 5JS2A 4FZZA 4GNIA 3MN7A 4FOIA 4I2QA 2CH6A 4CZKA 1ZYQA 1P8ZA 1QHAA 2KKZA 3A5NC 4KB0A 3TAPA 3A5OC 3DJCA 1NJYA 2Q3SA 4CGDA 1HLUA 2NRRA 3SK3A 1KLMA 3BZKA 3LPTA 1RBSA 1YVUA 3DRSA 4DKWA 2KLAA 3WNFA 3VQCA 3S3OA 3RWUA 3R3LA 2NZTA 1TGOA 3E1YA 1T8EA 1VQ6N 4FWSA 1NU0A 3GL1A 1KTQA 5AQSA 3AA5X 4YNQA 4FLXA 5M1FA 1XNQK 2YKNA 3MEGA 4FJMA 4DS5A 2KFNA 1X9SA 5E26A 3R8EA 3CJCA 3CJBA 2QWOA 3KWGA 1EO1A 4B8AB 1QSLA 3E9OA 1TK0A 3AA2A 3UKRA 3B8AX 1W7AA 1WUAA 3UKUA 3SQ2A 1LWEA 3BF1A 3QERA 3K57A 2OANA 3MCAB 4CZJA 2P5OA 4Z4CA 1J5OA 2ZGZA 4LF9K 2F8TA 3MEDA 3VQ8A 2PYJA 1ITGA 1T44A 3ZSWA 4DFKA 4FYDA 3ZETA 5AQTA 4IOCL 1YAGA 5DM6L 2KFZA 3O9SA 4FWQA 3SCXA 4DB3A 3MAQA 1ESVA 1S1TA 3FGUA 4B1ZA 4KH4A 1I94K 1SZ2A 3QMLA 3VQAA 1JCFA 1BA0A 4CJTA 1C0TA 1L3UA 4J2BA 4LH4A 4CHNA 3VPZA 1VQKN 3CC2N 3L0QA 1GLFO 4BWJA 4AHCA 2ZJQL 1W2BM 5CR4A 4MQ3A 3NH1A 3T7ZA 1VSDA 3ASMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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