4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
b'MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
2OPSA 4M41A 4DQSA 3CG7A 1D9FA 2P5GA 2FBXA 3AO5A 4B3OA 4LY7A 4FLYA 3RR7A 3SQ0A 3EY1A 3VQCA 3G10A 3VQDA 3QNNA 1VSFA 1TL1A 3M8QA 5HP1A 5I42A 4DQIA 4O55A 1KVAA 1YTAA 4DU4A 3ZSVA 3AO3A 4G1QA 5DMRA 4C8MA 4OJRA 4C8LA 1UA0A 1WN7A 3RR8A 2X6SA 3QETA 4CHNA 1RT1A 3NF8A 4KTQA 4NYFA 1N6QA 5J2QA 3QESA 4RW6A 3DOKA 1RDAA 3LP2A 3NH2A 4HHTA 4NCAA 4FK4A 2AJQA 3QEVA 1S9GA 4KI4A 1XHZA 1HJRA 2G8HA 1RBUA 4ELUA 1VSJA 1VSHA 4F8RA 1RDDA 3E01A 4C8KA 4C8OA 3TABA 3THVA 1CXQA 1RBTA 1C0UA 3DRRA 3T3FA 4Z4CA 1W9HA 1SUQA 4FM2A 1WLJA 1S1XA 3ZT1A 2FC0A 4M3WA 3PY8A 3ALYA 2XRIA 3OYHA 4RW8A 2KW4A 3V9ZA 2ZQBA 3AVGA 4DF4A 3MXIA 4KHNA 4BACA 4DTPA 4OKJA 2P1JA 3HPHA 3MEGA 1HNVA 2YHAA 4CJSA 2DFEA 3NBPA 1ZYQA 2HHUA 2G8UA 2D5RA 2FBYA 4CK3A 1KSPA 4KHYA 1SKWA 4FJXA 4RG8A 4H8KA 4DMNA 4B9MA 4NCBA 4Z4GA 2HHSA 4DU1A 5FDLA 4CGFA 3F9KA 4CF8A 2E6LA 3SZ2A 1IH7A 1IKXA 1BQMA 3LANA 4DFMA 3QEIA 3H08A 3NF7A 4CF9A 1Q9YA 1A5VA 1TKTA 4CK2A 4MFBA 4DTJA 5JS1A 2NUBA 4FW2A 3MXMA 4Z4HA 4OGEA 4BE1A 4DF8A 3L8BA 3NAEA 1J9AA 3NF9A 3NH1A 4FLXA 4IKFA 4E7HA 4DFKA 1VSEA 3V81A 5C42A 4AHTA 1RT5A 1T8EA 2YHBA 3FFIA 1DTTA 4JS5A 5J2NA 2B4JA 4H4OA 1JLBA 3KLHA 1BCMA 3RMBA 1VRTA 1U49A 1RTDA 5HBMA 3MECA 4PQUA 4O5BA 4FJNA 3LWLA 3DRPA 4ICLA 3PO5A 5C25A 4DTXA 2VG7A 3B6PA 5HLFA 1KLMA 3BDPA 1U48A 5CY4A 3DLGA 3K5NA 4DFJA 3ASMA 1TAUA 4KTWA 1WSFA 1I39A 4Z0UA 2I5JA 1JLCA 3AO2A 4CJEA 4FK2A 3AVCA 2RPIA 2KZMA 1NK8A 3DLRA 1TK5A 1DTQA 3ZSYA 3TR8A 4ZTFA 2EHGA 4K8ZA 3L2RA 3HSTB 4CIFA 4I2QA 4B9NA 1C6VA 4HCBA 1HYVA 4C8NA 4FLUA 1SL1A 5KRTA 1J54A 1RNHA 1VSKA 4DFPA 3S3OA 1VSLA 2D0BA 3CFPA 3K2PA 3ZSOA 3OJSA 4DG1A 4DLEA 1T7PA 4CHOA 2Y1IA 2FBVA 5CYMA 4M3RA 1BCOA 3NFAA 4AILC 3PX6A 3RRGA 4DLGA 4ELVA 2KFNA 1TVRA 4CHQA 3L2QA 2PYJA 3LP0A 1NJXA 4FJKA 4AH9A 3LPUA 4OPJA 3CM6A 3VQEA 4B9TA 3AO1A 4BE0A 4FJLA 4DQQA 2F8TA 1JLGA 4I9QA 4KB0A 5E41A 1XC9A 3HJFA 4CJQA 1S1UA 3ISNC 2G8WA 1LWEA 4L8RB 1TKZA 4DQPA 3DRSA 3V1OA 1BISA 4CFBA 2O4GA 5SWMA 3SCXA 4B9VA 3AVLA 5J2MA 2YNFA 3AA5X 3S3MA 1NKBA 1HMVA 2BGGA 4O0IA 3G0ZA 2XY6A 2EX3A 4E1NA 4CEZA 3QO9A 3LP1A 3T1AA 3QEWA 4CJ5A 4YFUA 3SI6A 1D8YA 2OZSA 1JXEA 4E3SA 1WSIA 3P1GA 4DQRA 3SQ1A 1T05A 3PX4A 4FZYA 1NK4A 4QAGA 4LD0A 4OKEA 3DMJA 2OPQA 3CM5A 1HNIA 3DM2A 4E0DA 3TWHA 4JRQA 4AHRA 3DYAA 3PUFA 1RT4A 3WNFA 5KGXA 3QINA 4DTSA 2VG6A 3SUQA 4W5QA 4PA1A 3KLIA 3OYJA 1FKPA 1J53A 1DLOA 1Z25A 1UOCA 4R5PA 3S3NA 3TARA 4BE2A 3MAQA 1N5YA 5KRSA 4DTNA 1NJYA 4KO0A 3S9HA 1JLAA 3SYZA 4QCLA 4OGCA 4O0JA 1S1WA 3ZCMA 3K5MA 3OVNA 3OS0A 3RTVA 1ZBIA 2P5OA 1O1WA 5CYQA 3WNGA 1HPZA 3KKSA 4KKOA 2D0CA 4BWJA 4HTUA 3O3FA 2XY7A 2O4IA 4FK0A 4JS4A 1IKWA 2YNIA 3KD1E 3M8RA 3HL8A 1LW2A 2X74A 1JLEA 4FJMA 1QHTA 4I9LA 2F8SA 4CEDA 3OYBA 3DLBA 1X1PA 5T7BA 3OYGA 3VQ7A 5DK5A 4PY5A 2HB5A 1RBVA 1W0HA 2OZMA 5HRSA 4B8AB 2W42A 1U4BA 1S6PA 3SJJA 3ZT3A 2Z1GA 1BIUA 5EU7A 4DTUA 3AO4A 4KHQA 3TAGA 1FK9A 1LWCA 3CFRA 4ZTJA 2DFFA 2ZE2A 2ZD1A 1LV5A 3QEXA 4F3TA 3T19A 4E7KA 4FJJA 4N76A 2RKIA 4CEQA 4IFVA 3AVMA 4O4GA 5D3GA 1RTJA 4WE1A 4CGGA 3CFOA 1A5XA 1S6QA 1J5OA 3OYKA 1FKOA 3VQ9A 1L3SA 4CGHA 1C1AA 3LALA 4HCCA 1XWLA 4M3TA 3TI0A 1NKCA 4M3XA 3C94A 3IAYA 3L3UA 4B08A 3VA3A 3BGRA 4KRFA 2G8IA 2XO7A 4LSNA 1NKEA 3D0PA 4QOZB 3ZT2A 3V9SA 1WAJA 1ASVA 3HP9A 4DS5A 3VN5A 3NGIA 3C6UA 1U04A 5HRPA 3NGYA 4DTRA 3TANA 3AVKA 1NOYA 1UAXA 1ZBHA 4KFBA 1TV6A 4LH4A 4Q0BA 3KKRA 4DSEA 5CZ1A 1NK9A 1C1BA 4EZ6A 2PYLA 4J2AA 4KHUA 2BDPA 3OYFA 3RMAA 4OLBA 1HRHA 4Q5VA 2Z1JA 1Q9XA 1I3AA 1C0TA 3IS9A 4CF0A 4CJVA 1EP4A 1G15A 5FRMA 1BI4A 4FZZA 3ZT0A 3HK2A 3HP6A 4FJHA 4E19A 2RN2A 3V9UA 4KHSA 3LZIA 2YNHA 1QQCA 1RDCA 2IS3A 3KK2A 3AVIA 1HQEA 4E89A 3SQ4A 4CJKA 2HHVA 1CZBA 1S1TA 3OYDA 3ZSRA 3MEDA 4DTOA 1WSHA 4OPKA 4BDPA 2X6NA 4BDZA 4PUOA 1IO2A 2RF2A 4B8CA 4OLAA 3PX0A 4DSLA 4FW1A 3OYNA 4NCGA 3NH0A 4W5OA 2VWKA 1LWFA 3OYEA 2OPRA 4CEAA 3OY9A 1L3VA 3AV9A 3CQ8A 2GBZA 4O44A 4F4KA 1FXXA 4CHZA 4CK1A 3OYAA 4CJ4A 4KREA 3KLGA 2HHTA 2KFZA 1XI1A 4IG3A 4AHVA 2DFHA 1QE1A 1NJWA 3DLEA 3KLFA 2JGUA 4CCHA 4Y1DA 3QNOA 4E1MA 1TKXA 3SV4A 5J2PA 1NK0A 4ELTA 3TAEA 1SL0A 3D45A 4KTZA 1KCFA 4H4MA 3VQ4A 3OYCA 4CEEA 3NF6A 1K6YA 1IKVA 3LAMA 2OPPA 4CEOA 3V9WA 4HUEA 3RMCA 1REVA 1NOZA 4I7FA 4RW4A 3VQ8A 2X78A 1B9FA 4CERA 5KTQA 5SZTA 3TAFA 3QEPA 2VWJA 1X9WA 2PY5A 1HYSA 4FLZA 3AA2A 4CFAA 3KD5E 3B6OA 3K59A 4FM0A 2DTUA 1KFSA 3HT3A 2OA8A 1ZBFA 1WSEA 3OS1A 2GUIA 1CZ9A 2ETJA 4LH5A 4CJRA 2XHBA 1TK0A 4F2RA 1EETA 4OVLA 1TKDA 1MU2A 3P83D 2YV0X 1RBRA 3QLHA 1RILA 4GMJB 4TSXA 4DSJA 1QTMA 4HUGA 3I0SA 4Z4IA 4CGJA 2B5JA 1U47A 4IFYA 3VQPA 3V4IA 1NK7A 2HNYA 3OYLA 3NHGA 4EP5A 3QIPA 3CYMA 3I8DA 3TAQA 2OYQA 4B9SA 4KB1A 2HHWA 3M8SA 3KIOA 2XY5A 3DLHA 1EX4A 1GOBA 3ITHA 4F2SA 2HNDA 3EZ5A 3SUOA 3HO1A 2XY8A 3HVTA 3WNHA 4DSIA 1YVUA 3K57A 1ASUA 4E7JA 4GVMA 1TAQA 2HVIA 4NYNA 3K5LA 1RTIA 4CHYA 4N5SA 3HYFA 1RT3A 4HVJA 3KJVA 1KLNA 1X9MA 3K58A 4CEBA 1VK0A 1B92A 1X9SA 2HMIA 1LAWA 2F96A 3C6TA 3SQ2A 3OJUA 4CFDA 4FLWA 3DOLA 4FCYA 4DSFA 1LAVA 4CF2A 4JRPA 3O4QA 4CGIA 1NK5A 1KTQA 3M8PA 1WSGA 2GV9A 1BL3A 1BI4B 2BE2A 4DS4A 1RCHA 2D0AA 4RW7A 5CZ2A 4W5RA 5KGWA 1R0AA 4AHUA 3TAPA 4FJGA 4Z4FA 4Z4EA 4CHPA 3OYMA 2JLEA 3ZSWA 3SUNA 3HXMA 1VSIA 3U3YA 3OYIA 4Y1CA 1XHXA 4YNQA 1JL1A 3VA0A 2PZSA 1VSMA 2IC3A 1Y97A 4OKKA 1YTUA 4CFCA 4DSKA 4PWDA 4FJ7A 3JYTA 1D5AA 2G8KA 4J2EA 4N47A 1HYZA 3F73A 1TGOA 4DU3A 3AVNA 2Z1IA 4ZHRA 1IG9A 4GW6A 2Y1JA 4FYDA 3KLEA 1S5JA 4ID5A 4F3OA 2IOCA 2YKMA 1NJZA 3NGZA 4FM1A 3O4NA 3SPYA 2P51A 1YT3A 1C0MA 4CIEA 3V9XA 2HHXA 3L2VA 3O3HA 4B9LA 3IRXA 4E7IA 2HNZA 5HRRA 5C24A 3MXJA 3L2UA 3AVBA 4CEFA 3A2FA 1SV5A 1S9EA 3LWMA 1CXUA 1BHLA 1F21A 2QK9A 1KFDA 2B6AA 2HW3A 4ID1A 1WSJA 4E7LA 2KQ2A 3SUPA 4J2DA 1BIZA 3VQQA 4M3UA 4KV8A 4CJTA 2KTQA 4CECA 1QSLA 1EXQA 1KRPA 4FJIA 4CE9A 1BGXT 4M42A 2G8VA 3HVRA 2R7YA 4FZXC 5FRNA 1IKYA 2DY4A 4N56A 3AVHA 3VQ5A 1ZBUA 3P5JA 1ZBLA 4AHSA 1D9DA 4N41A 1QSYA 1JLQA 1JXBA 3O3GA 3ZSZA 1KVBA 2HHQA 2IGIA 1RT7A 4FJ9A 1JL2A 5HRNA 2G8FA 1TL3A 1RT6A 2ITGA 4BWMA 3HM9A 3LDSA 4UQGA 3HPGA 4IG0A 1TK8A 3VQBA 1ASWA 4CJPA 3UIQA 3NE6A 3AVFA 3SPZA 3LAKA 1RTHA 3RMDA 1SKSA 2YNGA 3DLKA 4CESA 3ZSQA 1NK6A 5KI6A 3WNEA 1SKRA 3DI6A 4FJ5A 1RBSA 3IG1A 2E6MA 2IAJA 1WAFA 3C95A 1SL2A 3LZJA 2BANA 4EZ9A 3ZT4A 4CJLA 3MEEA 4CF1A 3PO4A 2ATQA 1RT2A 2QKKA 4KPYA 4LSLA 4M3ZA 1ITGA 4M3YA 1A5WA 1U45A 2A1RA 4FLTA 3RWUA 3QERA 3AA4A 4M45A 4XIUA 3LPTA 4KHWA 3ZSXA 3TAMA 4RW9A 4CJUA 4CJWA 1KVCA 1Z26A 2E4LA 4DTMA 2WONA 3KK3A 4K8XA 5K14A 3I0RA 2YKNA 3HPOA 4J2BA 1EKEA 4FXDA 4W5NA 2IDOA 3NCIA 3ULDA 4FLVA 3VQ6A 3RRHA 3AVAA 3AVJA 1Q8IA 4CIGA 4AHCA 1C1CA 1L3UA 4B9UA 4CJ3A 3SNNA 1JLFA 3KTQA 3LP3A 3QIOA 5HROA 4FJ8A 2QKBA 1L3TA 1UWBA 3L3VA 3SV3A 5I3UA 1VRUA 2QXFA 1QS4A 1QSSA 1GOCA 2HVHA 3KK1A 1CLQA 1HQUA 4IBNA 1L5UA 3K5OA 2FBTA 3V1QA 5J1EA 1LW0A 1RDBA 4W5TA 4IDKA 4CGDA 4KAZA 1JKHA 4DWIA 3EYZA 4EP4A 2Z1HA 1T03A 2VG5A 2A1SA 4KI6A 3U6FA 4JLHA 3L2WA 2WOMA 3U3GA 3V6DA 5JS2A 3NDKA 3AA3A 2Q3SA 1VSDA 4MQ3A 4FVMA 4I2PA 3OS2A 1S1VA 2KZZA 3V1RA 1GOAA 3VQAA 3JSMA 4CJFA 3PV8A 5FROA 1WNSA 1UA1A 4HUFA 1B9DA 4BDYA 2LSNA 1BQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN5A 3CC4N 3D2FB 3AO5A 1NMDA 2YI1A 2H3GX 2WUSA 3VQCA 3VQDA 5HP1A 4DQIA 4F9OA 1KVAA 1NGGA 4WF9L 4DU4A 3AO3A 2BH1A 5DMRA 4C8MA 1UA0A 1WN7A 1GLFO 2FSNA 5AQPA 3O5BA 3NF8A 4DV0K 1N6QA 3QESA 4HHTA 5KQDA 1RDAA 3LP2A 4NCAA 2O8EB 3QEVA 1S9GA 3EE8A 4ELUA 1VSHA 1RDDA 3E01A 3EEQA 2O8CB 3THVA 1C0UA 3T3FA 1WLJA 1S1XA 4H0TB 4Z94A 2XRIA 2KW4A 3V9ZA 3AVGA 1N8RO 3THWA 2P1JA 5GADP 2DFEA 4H5TA 1ZYQA 3D2FA 3MN6A 4CBXA 4FJXA 4RG8A 3QEIA 3H08A 4CF9A 3FZHA 4MFBA 4OGEA 1J9AA 3NF9A 4IKFA 1VSEA 4EAHD 1T8EA 2O8EA 1IJJA 4H4OA 3KLHA 3UB5A 2UUCK 3DRPA 4DTXA 2HMPA 3BDPA 3QB0A 1NBWA 1HNXK 1ESVA 4KTWA 3KHYA 5F2RA 1WSFA 4Z0UA 1JLCA 4O8UA 3ZETB 1TK5A 3PIPL 1DTQA 3TR8A 4K8ZA 4CI6A 4H0YB 4HCBA 1HYVA 5E26A 4C8NA 5KRTA 1RNHA 4DFPA 3CFPA 4DLEA 3PX6A 2Y1IA 4AILC 2Q1NA 1BCOA 3AAQA 1P8ZA 4HTLA 3E1YA 1TVRA 4FSVA 2PYJA 3LL3A 4AH9A 5KPZA 3AO1A 5EXWA 3O6WA 1JLGA 1HR0K 1XC9A 3ISNC 4L8RB 5EVZA 1BISA 5AJ3K 3H1VX 3O9RA 4CFBA 3SCXA 2YNFA 3IDHA 1FW6A 2BGGA 4DHYA 2XY6A 3WEEA 3CXCM 4CEZA 5KPTA 3QEWA 4CJ5A 1D8YA 3R1XA 5AQRA 3SAHA 1WSIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MN5 A;  3CC4 N;  3D2F B;  3AO5 A;  1NMD A;  2YI1 A;  2H3G X;  2WUS A;  3VQC A;  3VQD A;  5HP1 A;  4DQI A;  4F9O A;  1KVA A;  1NGG A;  4WF9 L;  4DU4 A;  3AO3 A;  2BH1 A;  5DMR A;  4C8M A;  1UA0 A;  1WN7 A;  1GLF O;  2FSN A;  5AQP A;  3O5B A;  3NF8 A;  4DV0 K;  1N6Q A;  3QES A;  4HHT A;  5KQD A;  1RDA A;  3LP2 A;  4NCA A;  2O8E B;  3QEV A;  1S9G A;  3EE8 A;  4ELU A;  1VSH A;  1RDD A;  3E01 A;  3EEQ A;  2O8C B;  3THV A;  1C0U A;  3T3F A;  1WLJ A;  1S1X A;  4H0T B;  4Z94 A;  2XRI A;  2KW4 A;  3V9Z A;  3AVG A;  1N8R O;  3THW A;  2P1J A;  5GAD P;  2DFE A;  4H5T A;  1ZYQ A;  3D2F A;  3MN6 A;  4CBX A;  4FJX A;  4RG8 A;  3QEI A;  3H08 A;  4CF9 A;  3FZH A;  4MFB A;  4OGE A;  1J9A A;  3NF9 A;  4IKF A;  1VSE A;  4EAH D;  1T8E A;  2O8E A;  1IJJ A;  4H4O A;  3KLH A;  3UB5 A;  2UUC K;  3DRP A;  4DTX A;  2HMP A;  3BDP A;  3QB0 A;  1NBW A;  1HNX K;  1ESV A;  4KTW A;  3KHY A;  5F2R A;  1WSF A;  4Z0U A;  1JLC A;  4O8U A;  3ZET B;  1TK5 A;  3PIP L;  1DTQ A;  3TR8 A;  4K8Z A;  4CI6 A;  4H0Y B;  4HCB A;  1HYV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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