4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
4QCLA 2VG6A 3SCXA 2GV9A 3TANA 3ZSRA 3QEXA 1O1WA 4Z4HA 4HVJA 5FDLA 2G8FA 4KB0A 4FJHA 3KLFA 1UA0A 4HTUA 4CEQA 3PV8A 3S3OA 1S1XA 1DLOA 2F8SA 4OGEA 5C42A 4DS4A 3SPZA 3K59A 3LP0A 3RRGA 4DLGA 4DSFA 1Q8IA 4EP4A 2ZD1A 2YHAA 2IC3A 3AA5X 4C8MA 1WLJA 2KQ2A 4B8AB 1JLCA 3VQ9A 2YNGA 3THVA 3SYZA 4W5NA 4B9SA 1LWCA 2HHSA 3KLIA 2ZQBA 4OKKA 4ID1A 3NBPA 2HNZA 1RBRA 2A1SA 1RTJA 3QEVA 3KD5E 4FZXC 1U49A 3IG1A 4Z0UA 1BQMA 1XC9A 4W5QA 1B92A 3G10A 4FLUA 1SUQA 5FRNA 3K5LA 3NGZA 2PYJA 4FJJA 3AVHA 2HMIA 4B9VA 1FKPA 1FXXA 4OPJA 4R5PA 4W5TA 1LV5A 1JL1A 4DQRA 2Z1HA 3L8BA 1IO2A 1TAQA 3P5JA 3ZSXA 4NCBA 3KK1A 4CF8A 1NK6A 4N56A 4ZTJA 1C0MA 3HYFA 3WNFA 5J2QA 4DFKA 2KW4A 3HPGA 4CGDA 1QS4A 1REVA 5CYMA 3NE6A 3AO5A 4FCYA 4EP5A 4HCCA 5HRSA 4B8CA 4F2RA 1QSSA 4KB1A 1RDAA 3DLRA 4Y1DA 4CJKA 1VSMA 3NH2A 4HUGA 1IKWA 1T8EA 1TAUA 2X6SA 2HB5A 1SKSA 3QLHA 4DQIA 5D3GA 3WNHA 4HCBA 1RBUA 3P83D 4CF2A 1KSPA 4O4GA 4CJ5A 1RTHA 3HM9A 2E4LA 3HPHA 4FK4A 1ZYQA 3C6UA 3CM5A 1YT3A 3AVAA 2D0CA 4FVMA 4M3RA 3JSMA 3QETA 4KRFA 1UWBA 2HHTA 4CEAA 1Q9XA 1SL2A 3ZSYA 4FK2A 4OKEA 4CFAA 3AVLA 4M3TA 4DFMA 3OJUA 3M8SA 4DU3A 4KKOA 3PX6A 5JS1A 4CEBA 4CIEA 1BIZA 1LAWA 3OYCA 3L2QA 2IDOA 3CFOA 4CJUA 2OPPA 4FJMA 3O3HA 3RMAA 3OYBA 1S1WA 4J2AA 4Y1CA 4CJPA 1VSEA 1WSJA 2YV0X 3LANA 1C0UA 3HO1A 3VQAA 1XHXA 3TAMA 2XRIA 4HHTA 4FM1A 4DTXA 4M3UA 3S3NA 4Z4GA 3O3GA 4BE2A 1ZBIA 3PUFA 2KZMA 4DQQA 1KTQA 1RNHA 3V9UA 3P1GA 4BE1A 2D0AA 3V81A 3OS1A 1K6YA 5FROA 4AHUA 4FW2A 4DSIA 3TAGA 4OGCA 1TK0A 3ALYA 1S9EA 2ETJA 3QO9A 4C8KA 1ZBFA 2O4IA 3U3GA 4E7KA 4DSEA 4Z4FA 4IDKA 3VQQA 3OYAA 1TK5A 4O44A 1RTIA 4NCAA 4IKFA 3V1QA 1L3VA 4LD0A 5DK5A 1W9HA 3LZJA 1JLEA 1BI4B 1RDDA 5EU7A 3QNNA 3U3YA 3VN5A 1QE1A 1WSGA 1SL0A 1C1AA 1QHTA 5KTQA 1I3AA 4BDPA 1EETA 3LALA 3MXMA 1NKEA 4FJGA 2PYLA 3AO2A 4AHVA 3VQBA 3NDKA 4CFCA 4OLAA 1CZ9A 1ITGA 1S1VA 3KLHA 4CEDA 4E0DA 1EKEA 4DSLA 1Y97A 1WAFA 4YFUA 3SJJA 4ELUA 4RW7A 2FBTA 4FYDA 3G0ZA 4BDYA 1NJYA 4M45A 4DSJA 3NCIA 4DU4A 1J9AA 4L8RB 1U48A 4CERA 3SZ2A 1VK0A 3HPOA 4DF4A 1HPZA 1ZBUA 4B08A 2OA8A 4J2EA 3QEWA 4F8RA 2D0BA 4Z4IA 3D45A 4BDZA 4ZHRA 1RDBA 1KCFA 4CCHA 4F4KA 4RW6A 3LP3A 3VQ8A 2DY4A 3OYHA 4E7IA 4CECA 3RMBA 3V9SA 4DS5A 1UA1A 3OYNA 4E7LA 4UQGA 3DRSA 4KTZA 2XY8A 3NF8A 3V6DA 4C8LA 3TI0A 4AHSA 4DFJA 2KTQA 2F96A 2A1RA 2PZSA 3LAKA 3VA3A 4I7FA 3MEEA 3NGYA 3NF9A 1HQUA 3ZSVA 1QQCA 1RBSA 4CJFA 2D5RA 2P1JA 3AV9A 3NF7A 1X9SA 3ZSOA 3WNGA 1G15A 1QSYA 5HLFA 5KGXA 4QOZB 3DOKA 1U04A 2RPIA 4KTWA 1WAJA 3DOLA 4JS4A 4FLYA 4CEFA 4FZYA 1RT6A 4FZZA 2AJQA 1LAVA 4PY5A 3HT3A 1YTAA 5J1EA 1TL1A 3TAPA 3C95A 4IG0A 3CYMA 1T7PA 1N6QA 1JLAA 3ZT4A 2XY6A 1U45A 4CK3A 1RBVA 4FW1A 4KI6A 1TKZA 1JLQA 4M41A 1CXQA 1CLQA 3DI6A 2Z1IA 1NK0A 5C24A 3EYZA 1A5XA 4CGIA 2PY5A 4B9TA 4LSLA 2VWJA 1BCOA 2JGUA 1VSDA 1JXEA 3HL8A 1B9DA 1RILA 3L2WA 1D8YA 2Y1JA 4E7HA 3SV3A 4BACA 4CHYA 4CEZA 5KRSA 3AVGA 3BDPA 3LZIA 3NHGA 4RW8A 3S9HA 3M8RA 2X6NA 4E1NA 4ZTFA 4HUEA 2IAJA 3L2RA 2LSNA 4CIFA 4DWIA 3V9ZA 3ZT3A 4KFBA 2EHGA 3AVBA 3MEDA 3LP1A 1ASVA 1WSEA 3SV4A 4FK0A 1WN7A 3C6TA 3QIPA 3ZCMA 4FLZA 4DFPA 4DF8A 1SV5A 1Z25A 2BE2A 3KKRA 2Q3SA 1RCHA 3U6FA 1IKXA 3VQDA 3RMDA 4H8KA 2RF2A 5E41A 4Z4EA 1UOCA 3LDSA 4F3OA 2DFEA 3NAEA 3KJVA 3RTVA 3OJSA 1NOZA 3AVMA 4XIUA 1X9WA 3K58A 1WNSA 2B5JA 3LPTA 2DFHA 1QSLA 1X9MA 2OYQA 4M3XA 3QEIA 5C25A 3PX4A 2G8KA 4B9NA 2KFNA 2YNHA 3M8PA 4M42A 1VSKA 3OYFA 4FJ9A 4O5BA 3HVRA 1NK5A 1HQEA 3KK3A 2XY5A 3VQCA 4CFDA 5HRNA 1WSFA 3AA2A 1LWEA 1F21A 4CGGA 4DQSA 4KI4A 3AVKA 1JL2A 3E01A 3OYGA 4C8OA 3KD1E 4Z4CA 4FJXA 4I9LA 1U4BA 2G8IA 1T03A 3O3FA 4MQ3A 3DLKA 1HYSA 1L5UA 1BIUA 4CJWA 1ZBLA 1RT2A 1RTDA 4GW6A 4CJ4A 3OYEA 4JRQA 2HHVA 2B6AA 1C0TA 1D5AA 1HNIA 4CJVA 4QAGA 4TSXA 4DLEA 1NJXA 2G8UA 4EZ6A 2HW3A 2WONA 2E6LA 4CEEA 1A5WA 3MXIA 3OYKA 1KVBA 4CGFA 3DRPA 3CM6A 3AVNA 3CFRA 4FLWA 4KO0A 2ITGA 5J2PA 1KFSA 4CGHA 4CK1A 4NCGA 4DTPA 2HHUA 1LWFA 3DMJA 3V9WA 4FJ7A 3S3MA 4CHZA 3ASMA 5KI6A 2R7YA 4W5RA 4FM2A 1S5JA 4ELVA 4H4MA 4OLBA 1W0HA 1YTUA 4DTRA 4KHWA 3ZT2A 2HHWA 3AA3A 3DLGA 4RG8A 2QK9A 3AO4A 4E3SA 3SUQA 4FJ5A 3SUNA 1TKDA 3PO5A 3T19A 4CIGA 3QEPA 2X78A 2IS3A 3VA0A 4E7JA 3KLEA 1BGXT 2Z1GA 4GMJB 4O55A 3ZSZA 1TK8A 1NKBA 3HP9A 1VSJA 5SWMA 4PQUA 1D9FA 4IG3A 4YNQA 1SKRA 2BGGA 4FJNA 4CJQA 3AA4A 1DTTA 5FRMA 1LW0A 3I0SA 3RWUA 1FK9A 1NK8A 1J53A 2HVIA 3L3VA 4LSNA 2YKMA 2OZSA 3VQEA 2G8HA 4NYNA 1C1CA 1ZBHA 1VSHA 3D0PA 2OPQA 4FJLA 3SNNA 3SPYA 4KAZA 4N47A 1TV6A 1J5OA 2YNFA 3OS2A 3UIQA 1SL1A 4PUOA 3SQ2A 1HYVA 1BISA 3PY8A 5CZ2A 4KHUA 2IGIA 4EZ9A 5I3UA 3MXJA 1NK7A 3NF6A 4DTNA 3PO4A 3VQ7A 2RN2A 4CJ3A 4CHQA 1EXQA 2ATQA 3QESA 1GOBA 1RT3A 1HYZA 3IRXA 3SQ0A 3AO3A 4ID5A 4B9MA 3K2PA 4JS5A 1XHZA 2X74A 3JYTA 3KTQA 3EZ5A 4KHQA 1IH7A 2GUIA 2GBZA 2P51A 2F8TA 3V1RA 3L3UA 4G1QA 2HNYA 3OS0A 4OKJA 3K5NA 3V4IA 1S1UA 2XY7A 1NJWA 4Q0BA 3LP2A 3SI6A 4CJSA 2P5OA 4CHNA 2HNDA 4CESA 4CF9A 2Y1IA 2G8VA 2YNIA 4DTJA 3WNEA 1LW2A 3VQ6A 4CFBA 3V9XA 1Z26A 3HXMA 4FLXA 1KFDA 1BI4A 1NK9A 3TAEA 1U47A 3LWLA 5HP1A 3HJFA 5CY4A 1UAXA 4CJRA 3K57A 4OPKA 1KLMA 4E1MA 3AVFA 4F3TA 3AVIA 4DG1A 3OYMA 1TKXA 4CE9A 1VSFA 2DFFA 3IS9A 1SKWA 3OY9A 3DLHA 3AVJA 3QNOA 2HVHA 5CZ1A 2VG5A 1HNVA 4OVLA 3I0RA 2QKBA 2FBYA 2FC0A 3DLEA 4N41A 2DTUA 3RR8A 1VSLA 4GVMA 1X1PA 5HRRA 4FJIA 5J2MA 2B4JA 3T1AA 4PWDA 4LY7A 1CXUA 1GOAA 1RT1A 1VRUA 2NUBA 2XO7A 2G8WA 1L3UA 1L3SA 3HP6A 4M3WA 1RT7A 5CYQA 2O4GA 1C1BA 3OYLA 5J2NA 4KHYA 2RKIA 3MECA 1R0AA 4C8NA 3TABA 2QXFA 1IKYA 4KTQA 3TAQA 4KHNA 3VQ5A 3RRHA 3L2VA 1XI1A 4N76A 2Z1JA 1JXBA 3O4QA 5KGWA 3V1OA 2P5GA 4E89A 1BL3A 1C6VA 1KRPA 3PX0A 3IAYA 1GOCA 4AILC 4KPYA 4B9UA 3SQ1A 1A5VA 3NFAA 4J2BA 2WOMA 3DYAA 4DSKA 4DMNA 4FM0A 1KLNA 4H4OA 1KVCA 4W5OA 3EY1A 1VSIA 2W42A 4HUFA 5JS2A 4M3YA 2KFZA 4J2DA 1BHLA 3CG7A 1NK4A 3C94A 1S6QA 4I2PA 1EX4A 1HMVA 4DU1A 1TL3A 1IG9A 2VWKA 2I5JA 1XWLA 3ISNC 1NOYA 4K8XA 4E19A 4FLVA 3VQ4A 3SUOA 4CJLA 1L3TA 5K14A 4CJTA 2FBVA 3TR8A 3H08A 3HVTA 3VQPA 3T3FA 2HHXA 1BQNA 5SZTA 3AVCA 4CGJA 3ZT0A 3CFPA 4FLTA 4B9LA 4BWMA 4BE0A 3DM2A 2VG7A 4KHSA 4ICLA 1TVRA 3KIOA 4CJEA 2JLEA 3FFIA 5KRTA 3OYIA 3TAFA 5I42A 1BCMA 1VRTA 1HRHA 2BANA 1N5YA 3SQ4A 2QKKA 1NKCA 4I2QA 4DTOA 1JKHA 3QINA 4KREA 2KZZA 1JLBA 1TKTA 3F73A 4F2SA 4JRPA 3LPUA 3M8QA 3A2FA 3NGIA 3OVNA 3ZSQA 4KV8A 2YHBA 1T05A 3NH0A 3QIOA 4IFYA 4BWJA 1RDCA 3KKSA 4IFVA 4PA1A 4RW4A 4DTSA 3MAQA 3RMCA 4O0IA 3CQ8A 2BDPA 4M3ZA 3L2UA 2OPSA 5DMRA 4JLHA 1TGOA 3K5MA 4N5SA 1B9FA 1WSHA 1NJZA 5HBMA 4NYFA 1RT5A 3SUPA 4FJ8A 4K8ZA 1YVUA 4DTUA 4LH5A 2ZE2A 4CK2A 2IOCA 1S1TA 1J54A 4MFBA 4LH4A 5HRPA 3NH1A 2HHQA 1FKOA 3DRRA 4ELTA 1WSIA 5T7BA 1D9DA 4CF1A 4CF0A 4CHOA 3RR7A 1RT4A 1S9GA 2EX3A 3ZSWA 4IBNA 4FJKA 1JLGA 4AHTA 3LWMA 1JLFA 4B3OA 3OYDA 3ULDA 3ZT1A 1HJRA 4AH9A 1DTQA 3I8DA 1MU2A 4AHCA 3KK2A 4CEOA 3LAMA 4Q5VA 5HROA 1IKVA 3DLBA 1I39A 2YKNA 3AO1A 3B6OA 2E6MA 3O4NA 4CHPA 1ASUA 3F9KA 3KLGA 2FBXA 4DTMA 4DQPA 3TARA 2OPRA 4RW9A 3HSTB 4I9QA 1QTMA 4WE1A 3HK2A 4AHRA 1EP4A 2OZMA 3B6PA 1KVAA 1CZBA 3BGRA 4O0JA 4OJRA 2XHBA 3TWHA 3ITHA 3K5OA 1ASWA 3OYJA 3QERA 4FXDA 1RBTA 1Q9YA 3MEGA 1S6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC3A 3SCXA 2GV9A 4DR1K 3QEXA 2G8FA 4B1ZA 2W6LA 4CEQA 5IWAK 5C42A 1HPMA 4RTFD 3SPZA 5ADXA 2IC3A 3AA5X 4GKJK 3VQ9A 3OTOK 2YHXA 4OKKA 3M5RA 2HNZA 1RBRA 4FZXC 1RTJA 3C0BA 3KD5E 1XC9A 3G10A 4FLUA 2WUSA 4JNEA 1FKPA 1FXXA 1RFQA 4R5PA 2Z1HA 3CERA 4BR5A 3KK1A 1S3XA 4N56A 4ZTJA 1NK6A 4EHTA 3WNFA 2KW4A 1VQLN 2UXBK 1QS4A 4FCYA 4EP5A 5HRSA 4R79A 4CZIA 4F2RA 5DM7L 3CCQN 4KB1A 4FOEA 3NH2A 3CCSN 3EO3A 2P9SB 4IEEA 1SKSA 3P83D 4PL8A 4O4GA 1KSPA 1YIJN 3HM9A 2A5XA 2ZWHA 3MWPA 3PSIA 3C6UA 2D0CA 2E2QA 4NXNK 2Q2RA 3WT0A 1SL2A 4LF6K 3AVLA 3LL3A 3UKUB 3M8SA 4CIEA 4FWKA 1LAWA 1GLFO 4J2AA 4CJPA 2YV0X 3VQAA 1XHXA 3TAMA 2XRIA 5AQQA 2KZMA 5BR8K 4AHUA 4JI0K 2FSNA 1ZBFA 3M6GA 4V19S 4IDKA 1TK5A 2QWLA 4BRCA 1KC8O 3VMFB 5JLHA 5DK5A 2CH5A 3QNNA 1JLEA 1RDDA 5EU7A 3U3YA 3DWLA 2UUCK 1C1AA 2ASMA 3D2EB 1EETA 4FJGA 3MXMA 2O8CB 2E2NA 1VQ8N 3DLLL 3NDKA 4CFCA 4OLAA 5M1FA 3FE1A 4EAHD 4CZHA 3KLHA 1NGCA 1TUUA 4JYAK 3BEXA 1HJOA 4DSLA 1Y97A 1WAFA 2NRHA 2QW9A 4ELUA 1VQKN 1GLDG 3W3DA 4DU4A 5AQGA 1U48A 5CHIA 5CR4A 3SZ2A 1CZAN 4CW7B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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