4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
4F8RA 3CFRA 1S9EA 3C94A 4AHRA 5KTQA 4DQQA 3HVTA 3ZT3A 5CYMA 1TK0A 3ZSQA 1JLEA 1VSJA 2PYJA 4LSNA 4CEZA 5FDLA 4Z4FA 2E6LA 4C8LA 3AVBA 1SKWA 4M3TA 3KK2A 1BHLA 3SV4A 3OVNA 3HPGA 1TKDA 1HNVA 4CGGA 3LP3A 3V1RA 4FJIA 1RTHA 1VSDA 2I5JA 2XY8A 4W5TA 3DLBA 3RR8A 4DSLA 4F2RA 5FRNA 2ZQBA 4E19A 4PA1A 2F8TA 4NCBA 2HHWA 4EP5A 2XO7A 4DTJA 2YNIA 4CEDA 2VG5A 3LALA 1BI4B 3OYGA 3BGRA 5HRPA 1YVUA 2Q3SA 2JLEA 3LPTA 1TAQA 4CJUA 3CM5A 3L2UA 4JRQA 1TK8A 1NK9A 5I3UA 2RN2A 2Z1JA 3PUFA 2WOMA 1TL3A 2QXFA 4OPJA 4KHNA 2BDPA 3NAEA 1ZYQA 4PUOA 3TARA 2OA8A 4KHSA 5CZ2A 1BIUA 3CYMA 1S1XA 3AVHA 3DM2A 1BISA 3CFOA 3IG1A 1Q9YA 4N76A 3KKSA 3RWUA 3LANA 2OZMA 5CZ1A 3K58A 2VG6A 1RT6A 3K57A 3RRHA 3NF9A 1ITGA 3ZT0A 3IS9A 1UWBA 4FZXC 2FC0A 1VSKA 4FW1A 4DSEA 4CK2A 1NJWA 4B9VA 1I39A 2XHBA 2QKBA 1KRPA 4B9TA 4CGHA 2PYLA 1RDAA 1C0UA 1RCHA 1RDDA 1S6QA 2IC3A 2D0BA 5C42A 4UQGA 4CJTA 2R7YA 3TAGA 2WONA 5CYQA 1J5OA 4M45A 4O5BA 5J1EA 1WSHA 2Z1HA 4DU1A 1LW0A 1VSEA 1KVBA 2IGIA 1T03A 5KGXA 1HQUA 4IFVA 4B8CA 4B08A 4FJXA 2EX3A 3C6TA 4LY7A 2HHSA 4FJ7A 1VSHA 4FJ5A 4EZ9A 4C8NA 1J9AA 2G8IA 3LP2A 3OYKA 3V9ZA 3VQAA 4F2SA 1D8YA 2G8UA 3HJFA 3T19A 3SPZA 2P51A 1BCOA 4M42A 5D3GA 1IKXA 1X1PA 4DTOA 2G8KA 4E7HA 4CFCA 4CGDA 3QINA 3JSMA 4K8XA 3O4QA 4FM2A 1ZBHA 3THVA 3AO5A 4Y1CA 3OS2A 1T8EA 3S3OA 1K6YA 4FLTA 1NKBA 4C8KA 3DLGA 2YHAA 3ZSYA 1LWCA 5HRRA 3DLRA 4CEBA 1Y97A 4DTMA 2BGGA 4FK4A 3MAQA 3PV8A 3ASMA 3DRRA 4IDKA 2OZSA 3ZSRA 1TKTA 4CCHA 3DLKA 3L2WA 3SUNA 4ELTA 4FJ8A 3OYLA 3KLFA 4KREA 3HSTB 1LWEA 3ZSZA 4HVJA 1T7PA 4CJQA 3ZSWA 4LH5A 2FBVA 1EX4A 1RTJA 3AA5X 2G8WA 3HP9A 3IRXA 1SUQA 1A5XA 3V9SA 1DTTA 3OYNA 1LW2A 3LDSA 3QIOA 3DLHA 4ICLA 4KHYA 3SUPA 2VWJA 4IBNA 2FBYA 4CE9A 4F3OA 3SI6A 3EY1A 3SPYA 1IH7A 4HUGA 1IKVA 3RMDA 4G1QA 4MFBA 4FK0A 1C1BA 3RRGA 4HCBA 1LV5A 1SL0A 4JS4A 3OY9A 4FXDA 4CJRA 4GMJB 4AHCA 1HYZA 3VN5A 2VWKA 4B9LA 4DQRA 4KTZA 4AHTA 4CF9A 1RT7A 3VQBA 1SL1A 2HNYA 1QSLA 4DFKA 3SNNA 1JLQA 3MXIA 1U49A 2LSNA 3AVKA 3LZIA 4FJHA 2HVHA 2D0CA 3V9XA 1L3SA 3KK1A 1RTDA 3VQ4A 3AVLA 4FLUA 3AVCA 4DSIA 3T3FA 3NH2A 3F73A 4AHSA 3KLEA 5I42A 4LSLA 4DSFA 1JLFA 1LAVA 5HBMA 1QS4A 4YNQA 3OYBA 3OYFA 3KLGA 2G8VA 3AVIA 3VQ5A 1FKOA 1L5UA 1C0TA 3EYZA 3HPOA 4FLVA 1ASUA 3OYAA 1S1UA 1SV5A 1TVRA 5DK5A 1KFDA 1Z26A 1B9DA 4H8KA 1RT1A 1ZBLA 4B9SA 1S5JA 1HMVA 1XWLA 3PO5A 3LPUA 3PX0A 4EZ6A 3L3UA 4FJLA 3ITHA 1WSGA 4CEEA 4CJVA 1W9HA 4FLYA 3B6PA 4CJLA 3QEWA 1QQCA 4FYDA 4OGEA 1XI1A 4C8MA 1DLOA 3NGYA 4CGJA 2OPSA 1X9MA 3LP1A 3V4IA 1D9FA 4CESA 4B8AB 1UAXA 1GOAA 5KI6A 4E3SA 3RR7A 3FFIA 1XC9A 3CM6A 4OGCA 1TL1A 3SV3A 4NCGA 5T7BA 4DTNA 4FLZA 4AHVA 3KK3A 3V6DA 3ULDA 2HVIA 1B9FA 1WLJA 1JLBA 3LAMA 3TAMA 2HW3A 3AVNA 1YTAA 2YV0X 5J2QA 1FKPA 5C25A 4W5OA 1S1TA 3WNHA 3LZJA 1QE1A 3AA3A 2D5RA 3KLHA 3JYTA 4IFYA 3OYJA 3TAFA 4DLGA 1NK5A 4E7JA 3PY8A 1TAUA 2ITGA 2G8FA 4QOZB 1HYSA 4E7LA 3M8PA 4NYNA 1DTQA 2HMIA 1EXQA 1HQEA 2X78A 4DS5A 1SKRA 3V9WA 3CFPA 3NF8A 4Z0UA 2OPRA 4N56A 1IKWA 1UA0A 2YKMA 1ZBUA 3HK2A 1VSIA 1REVA 3TANA 1NKEA 4J2DA 3HPHA 3EZ5A 3WNEA 3MXMA 3RMAA 4O44A 3RMCA 4DU4A 3OJUA 4RW6A 4BWMA 4CK1A 4DMNA 1XHZA 1U4BA 5C24A 4HCCA 3VA0A 4I9LA 3SZ2A 1W0HA 1C1CA 1WSFA 4I2QA 3HT3A 3P1GA 5SZTA 3SCXA 1WAFA 3QLHA 5HROA 4DU3A 3AO1A 3CG7A 3DLEA 4BWJA 4W5RA 1VRTA 4FZZA 3P83D 2OPPA 2X74A 4CHPA 4ZTJA 4KHQA 1ZBIA 3LWLA 2BE2A 3AO4A 3P5JA 5HP1A 3S3NA 4C8OA 4FJMA 2X6NA 3I0RA 4Z4CA 3S9HA 4Y1DA 2DFFA 4JLHA 3V1QA 3ZT2A 2BANA 2HNDA 4CIGA 3TWHA 4DQIA 3NH1A 2OPQA 3OJSA 4PY5A 4Q5VA 2HHVA 3SYZA 4E7KA 1RDBA 3DI6A 4JS5A 3A2FA 3SQ2A 3U3GA 2E6MA 3WNGA 1S9GA 4KAZA 4CFDA 3AO3A 4H4MA 3D0PA 1MU2A 5K14A 3QNOA 3SQ0A 3S3MA 4E0DA 4EP4A 2GV9A 1YTUA 1NKCA 2AJQA 2O4IA 1RBUA 1TKZA 4CJ5A 4DF4A 4OJRA 4QAGA 2YHBA 5JS1A 3DOLA 3VQEA 4CHOA 2YNGA 2F96A 1JL2A 4RG8A 3QIPA 1KVAA 3NHGA 4CJEA 3NH0A 3K5OA 3M8RA 1RILA 4RW8A 4CHZA 4KTQA 3G0ZA 2PZSA 3O4NA 4FCYA 1C6VA 1LWFA 4B3OA 3O3GA 4Z4GA 3SJJA 1S6PA 2Z1IA 3E01A 4HTUA 4O0IA 4CHYA 3LWMA 2HHTA 3O3HA 3M8SA 2DY4A 3L2QA 4M41A 2XY6A 4RW9A 1NOZA 4KI6A 1JLCA 1HPZA 4AHUA 1N6QA 2HHXA 3AVFA 4KTWA 3TR8A 4FM0A 4RW4A 1HJRA 4CF0A 3QETA 1VSLA 2D0AA 3G10A 4DFPA 4ELUA 2KTQA 1JLAA 1KTQA 3VQ9A 3L3VA 3MEDA 2Y1IA 4FJNA 4N41A 1RBSA 4KFBA 5FRMA 1CLQA 5HRSA 4J2AA 1TGOA 3MXJA 2KZMA 4I2PA 1D9DA 3HO1A 4W5NA 1GOBA 4CJKA 1X9WA 4ELVA 2KFZA 1IKYA 1U47A 4FW2A 4M3RA 1VK0A 3ZSOA 4FJ9A 1F21A 4O0JA 1FK9A 4ZTFA 1RTIA 2P5GA 4CJFA 3OYIA 4N5SA 4M3XA 4B9NA 4OKEA 1RT3A 4YFUA 1BCMA 4FLXA 4JRPA 4FZYA 3AVMA 4DTSA 4J2EA 2DFEA 2RKIA 2HNZA 1J54A 1RBTA 5EU7A 4CJPA 3L2RA 3KTQA 3UIQA 1RDCA 2ATQA 1VSFA 2ZD1A 4FM1A 1NJYA 4CHNA 3L2VA 1RT2A 3VQDA 1Q8IA 4DTRA 4PWDA 1WN7A 2RF2A 3NF6A 4TSXA 2IAJA 3TABA 4BDPA 1Z25A 2HHUA 3SQ1A 2JGUA 5DMRA 4AH9A 4Z4IA 4M3ZA 1WSEA 3L8BA 2KZZA 3RMBA 1I3AA 1YT3A 4FVMA 4I9QA 4CIEA 2DTUA 1LAWA 2NUBA 5E41A 1BQMA 3QO9A 4MQ3A 4CJ3A 1CXUA 1TK5A 1GOCA 1S1WA 3SUOA 4IKFA 4CF8A 1WSIA 5CY4A 3NBPA 3QEIA 4DSJA 3MEEA 4DWIA 4KRFA 3QNNA 3QEXA 1JL1A 3HXMA 3PX4A 1NK4A 1BIZA 1JXEA 1RBRA 1TKXA 4FJJA 3SQ4A 4DFMA 4KO0A 1NOYA 3DRPA 4ID5A 4CF2A 3QEVA 1VSMA 4E7IA 1NK6A 4NCAA 3ZCMA 3K59A 1UOCA 3LAKA 1KLMA 4BE0A 2XY5A 4CERA 1QTMA 2G8HA 1RT4A 4AILC 4CJWA 5JS2A 2OYQA 2B5JA 1HNIA 4DFJA 4KB0A 4M3UA 1L3TA 1KVCA 3SUQA 2PY5A 4DQSA 4OLAA 4BE2A 3VQ8A 1NJZA 1WNSA 3I8DA 4DLEA 3HYFA 2FBXA 4K8ZA 1EKEA 3KIOA 3VQPA 3MECA 3BDPA 1RNHA 3KKRA 1JKHA 3LP0A 4CJSA 5KRSA 2Y1JA 1NK7A 1IG9A 1QSSA 4F3TA 1JXBA 4M3YA 2QK9A 3V1OA 1SL2A 4OLBA 3HM9A 2A1SA 4E1NA 4J2BA 4L8RB 4CJ4A 3U6FA 4CECA 3OYEA 4DG1A 4FLWA 1EP4A 5J2MA 4FK2A 1ZBFA 3U3YA 5SWMA 1G15A 3DRSA 4M3WA 2XY7A 4CFBA 1NK8A 4R5PA 4OVLA 2IS3A 2GUIA 4ID1A 3MEGA 3K2PA 1U48A 1NK0A 4BDYA 3TAPA 3KJVA 1HYVA 4E1MA 2YNFA 5HLFA 2KQ2A 5FROA 4XIUA 4FJKA 3I0SA 3TAEA 1RBVA 2Z1GA 3TI0A 3DOKA 1A5WA 3ZSVA 3PX6A 4BE1A 1JLGA 1KLNA 3DMJA 4WE1A 2O4GA 4CGFA 3V81A 4KB1A 4PQUA 1EETA 3PO4A 3HL8A 2A1RA 2KFNA 3AO2A 2YKNA 4B9MA 3KLIA 1BGXT 3VQQA 2W42A 4W5QA 1KFSA 4QCLA 4B9UA 2VG7A 1QHTA 3AVJA 3NF7A 3HVRA 1VRUA 1Q9XA 2KW4A 4E89A 4KI4A 1CXQA 2HB5A 4KHUA 1ASVA 3NGZA 1KCFA 1N5YA 2RPIA 3QERA 4OPKA 3K5MA 4IG3A 3H08A 1IO2A 4KHWA 4GW6A 3VQ6A 3OYMA 3NGIA 1UA1A 4CEQA 3AA4A 3AVGA 4BACA 1O1WA 1CZBA 4HUFA 4N47A 1B92A 4CFAA 1QSYA 1TV6A 4CF1A 2YNHA 3C95A 4GVMA 5HRNA 3ZSXA 4CEFA 2E4LA 3O3FA 4Q0BA 3OS1A 4FJGA 1A5VA 3CQ8A 2F8SA 1BI4A 3WNFA 3C6UA 4KV8A 3OYCA 4DF8A 4IG0A 3V9UA 1R0AA 3ZT4A 4Z4EA 1WSJA 4DTPA 3OYHA 3VQCA 4CK3A 1CZ9A 1WAJA 1ASWA 4KPYA 3K5LA 3M8QA 4Z4HA 1D5AA 3VQ7A 4CEAA 1S1VA 1RT5A 3AA2A 3ALYA 4BDZA 2DFHA 3RTVA 1BQNA 3QESA 3NE6A 3QEPA 3KD1E 3OS0A 1L3UA 3T1AA 2ETJA 3NFAA 3NDKA 3VA3A 1NJXA 4HUEA 4O4GA 2QKKA 3B6OA 1U04A 4RW7A 5KGWA 4CGIA 1SKSA 4CIFA 4NYFA 3OYDA 2P1JA 3DYAA 4I7FA 2P5OA 1C1AA 4F4KA 4CEOA 3D45A 3IAYA 3HP6A 4HHTA 3AV9A 3TAQA 2B6AA 4CHQA 2EHGA 3KD5E 5KRTA 2B4JA 4LD0A 4OKJA 2ZE2A 3NCIA 2XRIA 2HHQA 1T05A 4OKKA 4DQPA 1XHXA 1X9SA 1KSPA 4LH4A 1C0MA 3ISNC 2IOCA 1U45A 2X6SA 3K5NA 3AVAA 3F9KA 4O55A 2FBTA 4DS4A 3ZT1A 4DTUA 1HRHA 1L3VA 5J2NA 4ZHRA 4DSKA 5J2PA 4KKOA 1BL3A 1FXXA 4DTXA 4H4OA 2GBZA 2IDOA 1J53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E26A 1S9EA 3C94A 3ZT3A 5CYMA 2NRZA 3ZSQA 2D0PA 1VSJA 4BRIA 4CEZA 4YOTA 4Z4FA 2E6LA 5AQZA 3W0LA 1BHLA 4CGGA 3V1RA 4GKKK 5FPEA 4CZLA 2XY8A 1GLCG 2QW9A 4H0YB 4BREA 4PA1A 5C12A 3CJBA 2FF3B 3SBGA 3W3DA 2XO7A 2YNIA 4CEDA 2VG5A 5AQMA 5AZJA 2JLEA 3A0IX 4CJUA 3L2UA 2E88A 3VMFB 2F9TA 3L4IA 1Z6RA 4PUOA 5CZ2A 3CYMA 1S1XA 3T69A 4N76A 2NRWA 3CPWM 1ITGA 3IS9A 2W41A 4JKAA 2HF3A 3QBWA 3J7YP 3MCAB 2QKBA 1C0UA 1RDDA 3DAWA 1S6QA 3QFUA 2R7YA 4CJ7A 4UQGA 1GLAG 4FOEA 4O5BA 5J1EA 1WSHA 5GAHP 5KGXA 4IFVA 4B8CA 4B08A 4FJXA 3C6TA 2E1YA 2HHSA 4EZ9A 4C8NA 2G8IA 3ENHA 1QQOA 4JK9A 3VGLA 3V9ZA 4F2SA 2FLOA 3C65A 1BCOA 4DV2K 3WEEA 4CFCA 3QINA 3M3ZA 3JSMA 1KQSM 3TTDA 3CCMN 1NKBA 1BDGA 3U9ZA 1LWCA 3MCPA 3EKUA 3D2FA 2Q31A 3EEQA 4BR7A 3ASMA 4IDKA 3ZSRA 4CCHA 3DLKA 3L2WA 4ELTA 4FJ8A 2QWLA 1O13A 3ID6A 4MO4A 1T3VA 3ZSZA 4HVJA 4CJQA 2FBVA 3BF3A 3HP9A 3IRXA 3GOIA 4WQ5A 3QIOA 4E1JA 2ZWHA 5HL7L 4H0OA 4HUGA 3RMDA 4FK0A 5KQDA 3RRGA 2O8CA 4A59A 1XMOK 1N34K 4B9LA 2HSTA 1GLJO 4DQRA 1S72N 1TUYA 4ILHA 3CERA 1RT7A 1EWRA 3O9UA 2HNYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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