4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
1VK0A 3VN5A 4RW6A 3ZSYA 4B3OA 1RT2A 3ULDA 3QEIA 3KK1A 1J9AA 1JXBA 4IG0A 3NGZA 3LWLA 1W9HA 1HNVA 1S6QA 2IDOA 3KLIA 5J2QA 1NJXA 3PV8A 3VQ4A 4DQPA 1ZBHA 4CJRA 3EY1A 2G8FA 1HRHA 1S1VA 1B9DA 1C0MA 1JXEA 3VQCA 2E4LA 3EZ5A 3RRGA 1FKOA 3NH0A 1JLAA 1VSFA 2FBXA 3NF8A 4AHVA 1RDBA 3K2PA 3HSTB 4CESA 4CGGA 4CFAA 4BE1A 3AVGA 4FM2A 1LAWA 4E3SA 3VQ6A 3B6PA 1RDDA 2HB5A 4E7LA 1XC9A 3AO2A 2LSNA 4AILC 2XY5A 1ZBLA 4ELUA 3KLHA 4CGIA 4E19A 4MFBA 4FW2A 4DQIA 3L2RA 4CK2A 3SV4A 3AVJA 1WAJA 4DSJA 2GV9A 3PX0A 1KTQA 2DFHA 4CJUA 3QNOA 2OPRA 1NOZA 5KGXA 3V6DA 3B6OA 3OYAA 4BDPA 4HVJA 4CJ3A 3V9SA 1SL1A 3AVHA 1NK4A 3P83D 3LDSA 1X1PA 2DFFA 1C1AA 4CEQA 1RT5A 4CIFA 1LWEA 4CIEA 2Z1IA 4CF8A 4CFBA 4DFKA 1RTIA 3QINA 1NK7A 1N5YA 3CQ8A 3LZIA 3BDPA 4ICLA 3ZT2A 4DMNA 1QHTA 3L2UA 4JS4A 1A5XA 3P5JA 4W5NA 4FXDA 2PYLA 1QS4A 2HW3A 1RBSA 1S9GA 4FLUA 3LP0A 3OS0A 3SUNA 4CJTA 3SPYA 3V9XA 1Z26A 4FJ5A 1D8YA 1C0TA 2A1SA 3KLGA 4YNQA 3QERA 1GOCA 1YT3A 4DSIA 4CGFA 4KHQA 3C6UA 3WNEA 3AVIA 1RBTA 1RTJA 3WNFA 3QESA 5J2MA 2HVIA 1TGOA 1RT3A 1S1WA 3TAGA 4O0JA 1NKCA 4DS5A 3C95A 2G8UA 4DFMA 4M3ZA 4RG8A 5DK5A 1YVUA 2PZSA 1RCHA 4KI6A 2Z1GA 4N56A 4DLEA 1GOAA 2D0AA 5CY4A 2I5JA 3CM6A 3NH1A 3HYFA 3K57A 4FLYA 4FM0A 2PY5A 4M3TA 1JL2A 3HXMA 1CXUA 4FJIA 2G8WA 1C6VA 3SPZA 3P1GA 2B4JA 3OYNA 4CHNA 1EXQA 3BGRA 4C8KA 1X9WA 2KTQA 2O4IA 4GW6A 4I9QA 3MECA 3RR8A 4DFJA 3WNHA 3DLHA 4RW7A 3HP9A 2Y1IA 2WOMA 4B9MA 4J2AA 4C8LA 4N76A 3M8PA 4FJMA 4Z4FA 4CJKA 4AHTA 1EKEA 4CF0A 4CGJA 3NAEA 4NCGA 4RW8A 4L8RB 4CJSA 5KTQA 5CZ2A 3RWUA 3S3NA 1VSIA 1CZ9A 1RBVA 4OPKA 2ZD1A 4W5TA 1NK9A 3OYHA 3DI6A 2BANA 3MEEA 1XI1A 4B08A 3CM5A 4M3XA 3L2VA 1NJYA 4CEFA 1RBUA 4HTUA 5CZ1A 3AVCA 1FKPA 2BDPA 4NYFA 1VSLA 2YV0X 2FC0A 4E89A 3O3FA 4EP5A 1NK6A 2VWKA 4DTXA 5J2PA 3EYZA 2G8VA 4LSNA 3DLBA 5JS1A 2P1JA 5T7BA 4O44A 4WE1A 3SQ0A 3ZSWA 4CF9A 3V1OA 4B8AB 3OYFA 4FVMA 1R0AA 3DOLA 1KLMA 4DTJA 1WSIA 4AH9A 1CLQA 2IAJA 3AVFA 4FW1A 4TSXA 3TARA 2HHTA 4OPJA 4CJPA 3RRHA 5I42A 1L3SA 1NOYA 3C6TA 4DSKA 4LH5A 1S1TA 2RN2A 4CHOA 4FLZA 2GBZA 2XY6A 3U3YA 2EX3A 2ATQA 3VQ5A 1RTDA 1EX4A 3AA2A 2HHQA 1JLFA 3IS9A 4KB0A 3LALA 4CF2A 2HHVA 1UOCA 3KIOA 3LP2A 4O4GA 3AVMA 5D3GA 1YTUA 4ID5A 4M3RA 1RBRA 2ETJA 2JGUA 3VA0A 3M8SA 4I2QA 4FYDA 5E41A 1TAQA 4CK1A 3VQEA 4B9LA 2HHXA 3AVKA 4ZHRA 3KJVA 3TWHA 3PY8A 4QCLA 1LWCA 2VG6A 4CJFA 1NKEA 1UA1A 3KK3A 1RT7A 3SV3A 4DTRA 4FJHA 1Q8IA 3I0SA 4HCBA 3RMCA 4FLVA 1S1UA 4B9NA 2B5JA 5HRRA 1U47A 4I9LA 3CFOA 2OPSA 2Z1JA 4PUOA 1CZBA 4O55A 4CFCA 5SZTA 3VQQA 1RDAA 4Y1DA 4M3YA 3OYBA 1W0HA 3OYDA 1L5UA 4Z4HA 1J54A 2ITGA 1VSDA 4PQUA 4NCAA 4Z4IA 1JLBA 1S6PA 2HNDA 3HVRA 3AV9A 3T19A 3AVBA 2OZMA 2FBTA 1HPZA 4OGCA 4FLWA 1NK0A 4FK2A 1I3AA 1HYZA 5SWMA 3TAQA 4B9SA 4M3WA 3HPHA 4Y1CA 4KI4A 1B9FA 1X9SA 4M3UA 2QK9A 3DMJA 5HP1A 3NGIA 2Z1HA 4CEDA 4DF4A 1TKZA 3M8RA 4KTWA 3NF7A 4F4KA 4DTMA 1HJRA 1ASWA 4DTNA 4IKFA 3NDKA 1TAUA 3SQ4A 3VQ7A 1KLNA 4CEBA 1IG9A 2F8TA 3RTVA 4BWJA 2HVHA 2YNIA 4GVMA 4N47A 2P5OA 4KHNA 3O4QA 5CYMA 1KVBA 1BIUA 1ZBFA 2Q3SA 4RW9A 4CJLA 4CHQA 4BDZA 4FJJA 3ZSVA 4CJQA 3OY9A 2Y1JA 4ELTA 1T8EA 1T7PA 4QOZB 3SCXA 3OJUA 4DFPA 3QEXA 3G10A 4ZTJA 5DMRA 2YNHA 5HRNA 4H4MA 1NK8A 1WN7A 3UIQA 4FK0A 2A1RA 1RT1A 5HRSA 3D0PA 1Y97A 3TAPA 1JLCA 3IRXA 3TAMA 3OYGA 1DTQA 1SL2A 1QSYA 3V1QA 2FBVA 3NHGA 4Q5VA 1BIZA 2IGIA 4KHWA 4JS5A 1SKSA 3L3UA 3O3HA 1IKXA 4Z0UA 4CJ4A 3HT3A 4PWDA 4IG3A 1KVAA 3A2FA 1LAVA 1S9EA 1XWLA 4DTSA 3QNNA 3PX4A 1HNIA 3HK2A 2YNFA 3NE6A 4Z4GA 3HO1A 4FCYA 2B6AA 1REVA 2HNZA 1IKWA 3SNNA 3K5MA 3E01A 1C1BA 3LWMA 1NK5A 4R5PA 4CK3A 3TI0A 4CJVA 3K58A 1FK9A 3HPGA 3AVNA 3OYJA 2VWJA 3T3FA 3SQ2A 3NCIA 3TABA 1CXQA 1D9FA 4LH4A 2QKKA 4FLTA 2DTUA 4Z4EA 3I8DA 4JRPA 1KCFA 4EZ9A 2YHAA 3QO9A 3L2WA 3SJJA 4H4OA 1NJWA 3NF9A 5FDLA 4Z4CA 5J1EA 5KRTA 3KLEA 4DWIA 3KKRA 3VQBA 1EP4A 3LPUA 1TK0A 3K5NA 4FK4A 3S3MA 4E7HA 1F21A 1EETA 3I0RA 4CEEA 1U4BA 1VSKA 3DOKA 4DSEA 1IH7A 3ITHA 4CHZA 2X78A 4AHCA 3AO4A 2R7YA 3HJFA 3ZT1A 3DLRA 2RF2A 4W5OA 1YTAA 2OPQA 4CE9A 3HM9A 4N41A 4OLAA 3ZSOA 3ASMA 3C94A 3ZSRA 2X6SA 3OYKA 2X74A 1QE1A 1XHXA 1VRUA 3DLGA 4CJWA 4KHYA 1KVCA 4FZXC 3QIOA 4E1MA 3HVTA 5C42A 1L3VA 3SUOA 4DSLA 3JYTA 2FBYA 1A5VA 3OYLA 4HCCA 1RDCA 2E6LA 2YKMA 1SKWA 2OZSA 4F3OA 4FJXA 2KZMA 3H08A 4CHYA 1C0UA 2XRIA 1TK8A 1MU2A 2OYQA 1LWFA 1QSLA 1LW2A 3OJSA 1U48A 4CGDA 5HRPA 1HYSA 4CGHA 3U6FA 3TANA 4CHPA 4CIGA 3NH2A 1VSHA 2PYJA 4BE0A 4CERA 3MXMA 1WSJA 4KTQA 3LAKA 1HYVA 4G1QA 2IS3A 4DS4A 1LV5A 2AJQA 2E6MA 4M41A 3HPOA 1IKYA 3KK2A 1KRPA 4C8NA 3PO5A 4XIUA 4HHTA 3QEPA 1QTMA 4IFYA 3V81A 1RT4A 1BHLA 3VA3A 1D9DA 1JLEA 3THVA 4DQQA 1DTTA 1RNHA 2G8KA 3KKSA 4KHSA 4HUFA 4E7JA 3SI6A 1HMVA 1T03A 5J2NA 3NBPA 3OYEA 1RILA 4B9VA 1FXXA 4HUGA 5FRNA 1DLOA 4YFUA 2RPIA 3AA3A 4KO0A 4KAZA 3G0ZA 1L3TA 1TKDA 1A5WA 4ID1A 3VQDA 4KTZA 1TL1A 4AHRA 2YNGA 3U3GA 3S9HA 3SZ2A 3V4IA 2YHBA 2KW4A 3LPTA 4I7FA 5C24A 2W42A 4F3TA 3S3OA 1HQEA 1WLJA 1VRTA 3K5OA 3ZSQA 1TL3A 5C25A 4NCBA 3PO4A 3LP3A 1U04A 1C1CA 1BQMA 2XY7A 3SUQA 2BGGA 3OVNA 3LAMA 3AA5X 4FLXA 3QEWA 3D45A 3MEDA 4FZZA 1SUQA 4BDYA 3DLKA 2D0BA 4FJLA 1U45A 4BWMA 3RMAA 1BCOA 1SV5A 1BQNA 2RKIA 3AVLA 4EP4A 3KLFA 2DFEA 4DSFA 3V9ZA 3SQ1A 4FJ8A 2YKNA 4M42A 2KFNA 4DQSA 1HQUA 3WNGA 4J2BA 3VQAA 4J2DA 4CJ5A 3LANA 3VQPA 4W5QA 3OYCA 2D5RA 4FJKA 3SYZA 2O4GA 3OYMA 4FJNA 4KV8A 2HHWA 4E7IA 1WSHA 3O4NA 3RMDA 3RR7A 4Q0BA 3OS1A 4B9TA 4OKEA 5HROA 3CYMA 3ISNC 3RMBA 4F2RA 4K8XA 4KB1A 4JLHA 4BACA 1VSJA 3NFAA 4LY7A 5FROA 2KZZA 2XHBA 4UQGA 4N5SA 4HUEA 1KFDA 3AO3A 3QLHA 3CFPA 4F2SA 3NF6A 1UWBA 4C8MA 4AHSA 4H8KA 1J5OA 3VQ9A 3VQ8A 3ALYA 5K14A 1ZYQA 4PA1A 4FJGA 3PUFA 5I3UA 3JSMA 1QQCA 4B9UA 2IC3A 2OA8A 3AO1A 4CCHA 3CFRA 2HHSA 1UA0A 3AVAA 1BGXT 3F73A 3ZSXA 1BL3A 5FRMA 2D0CA 3LP1A 1D5AA 1BCMA 2XY8A 3T1AA 4CFDA 3PX6A 2G8HA 3QETA 2KFZA 4KKOA 3FFIA 4CEAA 1SL0A 4OLBA 5EU7A 4LD0A 3MAQA 2HNYA 1VSMA 2VG5A 3TAEA 5HLFA 4ELVA 3ZT4A 4K8ZA 1UAXA 1Z25A 1L3UA 1I39A 1J53A 5HBMA 3M8QA 4DF8A 4KPYA 4FJ9A 1SKRA 4IDKA 3DRPA 1WSGA 4CEZA 4DU4A 4B8CA 4OKKA 3L8BA 1G15A 3IAYA 1TKTA 5CYQA 4NYNA 3L3VA 4JRQA 4BE2A 3ZT0A 1ZBUA 4CF1A 4DTPA 4ZTFA 3DRSA 1XHZA 1O1WA 4W5RA 2DY4A 1RTHA 4DG1A 4CECA 3CG7A 3DRRA 4PY5A 4O0IA 1KSPA 2BE2A 2EHGA 4KFBA 3L2QA 4QAGA 3V9UA 2X6NA 1BI4A 1GOBA 1IO2A 2GUIA 3IG1A 3ZSZA 3ZT3A 4OGEA 4AHUA 1S5JA 3DM2A 4CEOA 3HP6A 3V9WA 4DTUA 1U49A 1WSEA 3NGYA 4RW4A 5KRSA 3KD5E 1B92A 1TKXA 4FZYA 2IOCA 3K5LA 1Q9YA 2QKBA 4J2EA 3V1RA 3TR8A 2QXFA 3ZCMA 4KRFA 1ITGA 4EZ6A 1BISA 4GMJB 1LW0A 3HL8A 2OPPA 3AO5A 1NKBA 3LZJA 4LSLA 4DLGA 4FM1A 2HHUA 3OS2A 2HMIA 2F96A 4E1NA 3TAFA 4I2PA 1X9MA 4IFVA 1TV6A 1RT6A 5KGWA 2VG7A 5JS2A 3QEVA 2JLEA 2KQ2A 2XO7A 4MQ3A 3F9KA 1KFSA 4DU3A 1ZBIA 3K59A 1QSSA 4E0DA 4DQRA 3KTQA 1BI4B 3MXIA 1T05A 1IKVA 4O5BA 1JLQA 4IBNA 2ZQBA 2WONA 3DLEA 4FJ7A 3O3GA 4CJEA 1S1XA 4OJRA 1Q9XA 1ASUA 3MEGA 3KD1E 4OVLA 3QIPA 1TVRA 1TK5A 2F8SA 1JKHA 1WSFA 1WAFA 4OKJA 2G8IA 4KREA 2P51A 4E7KA 1ASVA 3OYIA 1VSEA 2ZE2A 4M45A 1NJZA 2P5GA 1K6YA 5KI6A 4F8RA 3AA4A 3MXJA 3SUPA 1JLGA 1JL1A 4DTOA 1N6QA 4C8OA 4DU1A 1WNSA 3DYAA 4KHUA 2NUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N4PA 1QQNA 1VK0A 2QWLA 3ZSYA 1RDUA 3LWLA 1J9AA 4NO7A 1HNVA 3CPEA 1GLJO 4LC9B 3EY1A 2D0PA 3EZ5A 2E4LA 2V52B 3RRGA 1FKOA 2FBXA 3NF8A 2ZJRL 3AVGA 3BUZB 1LAWA 4JN4A 1K8KB 2HB5A 3D2EB 4E7LA 2LSNA 3BY5A 3T1HK 1ATSA 3HOTA 3F5TA 3QMLA 4IXCA 2QTDA 3R6MA 1WAJA 4CJUA 3U9DA 1NOZA 1NWKA 1SL1A 4CJ3A 1X1PA 2DFFA 1C1AA 4FOEA 4CEQA 5BRDA 5E26A 4H0PA 4LF7K 1QS4A 2HW3A 1RBSA 4FLUA 5EX5A 3KLGA 4IJAA 1IBKK 1IBLK 1VQ4N 4CGFA 4KHQA 3C6UA 1VHXA 3OW2M 3WNEA 3AVIA 1RBTA 3WNFA 1TGOA 4MLHA 3D2FB 1NKCA 2QWPA 2G8UA 2YJEA 4RG8A 1RCHA 2Z1GA 4DLEA 3CC4N 2D0AA 2I5JA 1ZC6A 3CM6A 4FLYA 3WXKA 1Q81O 2W6KA 1C6VA 1N34K 3VTIA 3LDPA 5GAHP 4GW6A 3IUCA 3MECA 3RR8A 4JK7A 4RW7A 3HP9A 2Y1IA 4B9MA 4CZGA 4FJMA 3KWGA 4BRAA 3D6RA 5KTQA 3S3NA 1TYQA 5I9EB 1VSIA 3OHRA 1XI1A 3CD6N 3MEEA 3M1FA 4O5FA 3CM5A 2YHXA 3FZLA 4CEFA 3AAQA 4JI4K 2F7TA 4E89A 2FC0A 4EP5A 2VWKA 5J2PA 1R59O 1CZAN 4LSNA 3DLBA 2ZF5O 3H3OB 5T7BA 4B1VA 4YY3K 3PSIA 3DOLA 1CLQA 1VQ6N 4OPJA 5I42A 4BRQA 1NOYA 2GBZA 2XY6A 3U3YA 2ATQA 3ZX3A 5M1OA 1HJOA 2P9SB 4BR9A 4KB0A 3AARA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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