3U4LA

Cryocooled bovine profilin:actin crystal structure to 2.4 a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
370
structure length
353
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGDSYVGDEAQSKRGIKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
molecule tags Structural protein
total genus 102
structure length 353
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3u4lA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3u4lA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3u4lA03
3GBTA 3LM2A 1Z6RA 3SMPA 4WQ5A 3WEEA 3VPZA 3WEEB 1ATRA 5JICA 2I7PA 3HZ6A 2GWKA 3WQTA 2YJEA 1DEJA 1TUUA 2NZTA 3BF3A 3A5MC 4JAXA 1R59O 2QWNA 3ZX0A 3TU5A 4BRQA 1NGAA 3ZETA 3ZETB 3GDQA 2IIRA 3CJ1A 5AQZA 1GLDG 3VERA 4BRNA 4BR5A 4I6MA 4EHTA 3CQXA 1E4FT 1BA1A 2Q0RA 4H5WA 3O4WA 4H0XB 3U8XA 1QZ6A 1GLJO 2QW9A 2D1KA 2Q36A 4BG9A 3O1WA 5BREA 5AQYA 5AQKA 3KZBA 3EZWA 1HLUA 4FWLA 4WQ4C 2A41A 2GELA 4B9QA 3VEOA 1V4TA 3ID8A 1T6CA 3QICA 3P4IA 5ADXA 4MLHA 4XH5A 2D4WA 2ZWHA 4PL7A 1ATSA 3D2EA 4H0YB 1ZBSA 4BRMA 2EWSA 3A5NC 4B1YB 2D0OA 3H3NO 4BC5A 4FWMA 3JXUA 5AQTA 2VYPA 4BR4A 1QZ5A 4YDUC 2OANA 2Q1NA 3KVGA 5I9EB 5BPNA 4BR7A 2GTDA 4ISFA 1BDGA 3ZX3A 3QDKA 3FZMA 2AP1A 1SQKA 3RSEA 2A5XA 3W3DA 2V7ZA 5AQOA 5F2RA 4MO5A 1Z05A 4H03B 3IFRA 4M7XA 1HJOA 3TPQA 4Y0WA 5EVZA 4BRAA 1HKCA 2V51B 4Z94A 4C23A 1RFQA 1NGGA 2J4RA 3LM9A 4WQ4A 4DQ8A 3CJAA 4CJ7A 5F0XA 2ASMA 3DWLA 3H3OB 3VF4A 1GLAG 2E88A 1NLVA 3CJCA 1BWFO 4CZIA 5AQWA 3B8AX 1QQNA 4H5VA 3O8MA 1IG8A 3MN9A 5AQSA 4CZFA 1QHAA 4CZKA 5ELZA 1DKGD 1H1VA 3VOVA 5AQFA 4RTFD 2IVPA 5AQRA 5ADXH 2F9TA 2A42A 3QBWA 4H0PA 4PKIA 4M63C 2Q0UA 4H0VB 1BO5O 3MDQA 3GL1A 2P9LA 3WUHA 3ZX2A 4QS8A 2GWJA 4B1ZA 3C7NB 1T44A 3KHYA 1ATNA 3UE5A 2A3ZA 3AAPA 3L4IA 3MN6A 2GEMA 3U4LA 4BRFA 5BRDA 4B1UB 1GLFO 1MDUB 4BGAA 1DGKN 4CZJA 4BRDA 3VGLA 4A62A 5BN8A 5E26A 1TYQA 1TYQB 4FOEA 4BR0A 2UYTA 3VEYA 2DPNA 1NGHA 4B1XB 3R8EA 1K8KA 2IVNA 1K8KB 4K43A 5AQHA 1P8ZA 4ISGA 3SMSA 3ATUA 2GUPA 2E2OA 1HPMA 1U6ZA 4RCHA 1JCGA 3EKUA 2E8AA 4FPAA 2F9WA 1NM1A 3QBXA 3DXKA 5KPRA 3DXKB 4PKGA 1NGBA 4BQZA 5AQUA 2QWPA 1HKBA 2FSKA 3JS6A 3IUCA 3O1BA 3R6MA 4I6MB 5AFUA 1ESVA 3VEZA 2HMPA 3LDPA 2YHWA 1E4GT 4DB3A 2E2PA 1RGIA 3VEXA 3AAQA 5E84A 4M7YA 3LDLA 5AR0A 4CZGA 3H45C 5BPMA 1IJJA 2W40A 4BC3A 1QQOA 3UKUA 4CZLA 3UKUB 3OHRA 1NGJA 3MMVA 4FWKA 4HTLA 4BRIA 4BRGA 5BPLA 3M6GA 3D2EB 4BRKA 3FLCO 1S3XA 4PKHA 3LDQA 2FXUA 3ATVA 3ULEB 3ULEA 1NGFA 2E1YA 5LJWA 4IWVA 3GE1A 4FO0A 3QFPA 2A40A 3VENA 4RWTA 2FF6A 1Q18A 1BU6O 2ITMA 1GLLO 3RSEB 4CD1A 3R9PA 5BRFA 1LOTB 3HSCA 2E20A 1KXPA 1NGDA 1XC3A 3FGUA 2PAVA 5AQNA 2P9IA 1NGCA 3U9DA 3MK6A 4JN4A 3CERA 2KHOA 5AZIB 5AZIA 1J6ZA 5BN9A 1U2VA 1U2VB 2QWLA 4MO4A 1KAZA 3J8AA 3SK3A 5AFUH 4BC4A 4FWSA 3DJCA 2I7NA 2QXLA 4FWRA 3H46O 3UKRA 5AZJA 5AZJB 2VWBA 5AQLA 3WXLA 4E1JA 3BEXA 2QWRA 1G99A 4K42A 5AQIA 4BC2A 4YDUA 4BROA 4CBWA 5BR9A 1X3NA 1BOTO 1YVNA 4XH4A 1GLBG 4CZHA 1SZ2A 4QS9A 2H3GX 4FWPA 3F9MA 2BTFA 4CD3A 4BR9A 1C0FA 2HF3A 2P9LB 5AQJA 1NBWA 3SLCA 4IJNA 2FLOA 2ASOA 4ISEA 2CGKA 5KPZA 3M1FA 1Y64A 4BGBA 1RDWX 3IDHA 3VESA 3LDOA 2A6AA 4BREA 4GNIA 4BRPA 2CH5A 4EAHD 3CI5A 4IO8A 2QWOA 2CGJA 1CZAN 1ZXOA 1KAYA 1KAXA 4A2AA 4AM6A 3DAWA 2P9SA 4FL9A 2P9SB 4F9OA 4PL8A 4EIAA 4XEIA 4NO7A 5AQVA 1QQMA 3VF2A 4B1WB 1HKGA 4BRHA 3HBTA 3GOIA 5EOYA 4BVOA 3U9ZA 4DCHA 2FF3B 3EO3A 2Q2RA 3LDNA 2P9NA 1SAZA 4FOIA 5AQQA 2W41A 3VETA 1X9JA 3HTVA 3C0BA 1NGEA 3WXIA 1MWKA 3QMLA 1NGIA 2ASPA 2ZF5O 4FWOA 4EHUA 5FPEA 3FZFA 4LC9B 2BUPA 2D0PA 2YJFA 3H6EA 1BG3A 3O5BA 3WXKA 4XH1A 1V4SA 5CE3A 3ENHA 3BP8A 3A5OC 3D7EO 3BUZB 3ENOA 3CQYA 2E2QA 2P9UA 2P9UB 4A2BA 1JCEA 3DXMA 2FSJA 3DXMB 1ZC6A 4BRCA 4B1VA 4GY2B 4HWIA 4CBXA 3EN9A 3LL3A 4KBOA 3UB5A 1EQYA 4QS7A 5KQ8A 4H5NA 2E2NA 5LY3A 2HF4A 3MN5A 4IJAA 3QFUA 3EKSA 2CGLA 3FR0A 4A61A 2YCHA 4O5FA 1BA0A 4JHDA 4JHDB 2E1ZA 1XQSC 1TUYA 1NMDA 2V52B 3H1QA 4FWQA 5FPDA 3I33A 4CZEA 2IVOA 5JLFA 1D4XA 1YXQA 3A0IX 3M3ZA 2WUSA 3QB0A 2P9PA 4JNEA 2P9PB 5AQXA 3VGMA 1S22A 2NRHA 4J8FA 3AARA 1C0GA 3CETA 4BVPA 5FPNA 2YHXA 4FWNA 4BRLA 2YHYA 2P9IB 3G25A 4FSVA 3MCPA 5AQPA 1GLEG 3VEVA 4FPBA 3FZKA 4CI6A 4EFHA 2NLXA 5EY4A 3MN7A 5JMVA 3HI0A 5KQDA 3A8YA 3W0LA 5AQGA 3VF6A 3VGKA 3UKRB 1BUPA 3O6WA 5F1XA 3IMXA 4MLEA 4IXCA 2FSNA 2ZGZA 1MA9B 4WYBA 3L0QA 4CZMA 4K25A 2QM1A 3GG4A 3ZEUA 5FPMA 3ZEUB 1XUPO 5BRHA 3H1VX 5JLHA 3L6QA 3VEWA 1X3MA 3CJ7A 3O80A 3FZHA 3BF1A 1OKJA 3EL2A 4H0TB 4BG8A 1GLCG 4WQ5C 1YAGA 3D2FA 2PBDA 3D2FB 5AQMA 3SJHA 2Q97A 3O08A 3AY9A 4BQLA 4BR2A 2CH6A 5KPTA 3FE1A 1JCFA 3FZLA 1LCUA 4IZ9A 3WQUA 3HM8A 4H5RA 4AM7A 4H0OA 1HX1A 3CJBA 3S41A 2VCPA 2ZGYA 4DHYA 2YI1A 4L3QA 3CJ9A 1HUXA 3C7NA 4CBUA 2Q31A 5EX5A 1WUAA 1T6DA 5LJVA 2QWQA 3FFKB 1YUWA 2P9NB 1NWKA 2AA4A 5B8HA 2HOEA 3WT0A 5EXWA 5TKYA 1WOQA 3A5LC 3I8BA 4JD2A 2P9KA 2V7YA 2P9KB 4JD2B 3CIPA 4NB4A 3CHWA 4H5TA 2QWMA 4O8KA 3WXJA 1MWMA 4K41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 1BL3A 4ZTJA 1KCFA 3VPZA 3WEEB 1Q9YA 1S6QA 4Q5VA 2GWKA 3WQTA 1FJGK 4DR2K 3BF3A 3A5MC 3OW2M 2QWNA 3H08A 3ZX0A 2UXCK 1JXEA 1NGAA 3ZETA 4M45A 2JWLA 3QEXA 5TKWA 4M3UA 3LZIA 3GDQA 2YHBA 1YITN 1L3UA 1NK0A 3VA0A 3CQXA 2QXFA 2Q0RA 2A1RA 4O55A 4H0XB 3U8XA 3WNHA 3QINA 4DV4K 3HOSA 1VQON 2Q36A 1RDBA 3OJUA 3KZBA 1HLUA 4IO9L 1V4TA 4IDHA 3U3GA 4LY7A 3NDKA 2D4WA 4G1QA 1BI4B 3VQQA 1ATSA 1ZBSA 5CYQA 4HVJA 3NGIA 1SKSA 2HHXA 4B1YB 4GW6A 1RDDA 4YOTA 4BR4A 4J2EA 1QSSA 5I9EB 2Q1NA 4BR7A 4CJKA 3ITHA 2GTDA 3L2VA 3ULDA 2AP1A 3VMFB 3G0ZA 3W3DA 5FROA 2P1JA 3F2KA 5F2RA 4M7XA 3NMUA 3LAKA 4BRAA 4EP5A 1HKCA 1RFQA 1VSKA 4WQ4A 4IG3A 3ZSOA 1GLAG 3G10A 2C1IA 2E88A 5C0YA 1CXUA 3DOKA 3BZKA 5AQWA 3S3MA 3B6PA 4H5VA 1NU0A 3O8MA 1EKEA 2X6NA 3K5MA 4N5SA 3F73A 4LF7K 4AHVA 3MN9A 5CR4A 1DKGD 3MCAB 4BEBA 5AQRA 2IAJA 2F9TA 4H0PA 4FJ8A 3CPWM 4M63C 3OY9A 4A59A 4HCCA 2HHWA 4DFMA 3TAPA 3WUHA 4CGIA 1TGOA 4JKBA 1T44A 3KHYA 2HVIA 3UE5A 3AAPA 2GEMA 3OYCA 3THVA 1BISA 4FM0A 1NJXA 4LFCK 1DGKN 5FDLA 1XMQK 4FK0A 2HBJA 2ZQBA 3THXB 5M1FA 4DR4K 3CC7N 2UYTA 4B08A 2D0CA 3BDPA 4O8UA 1YHQN 3M8SA 2IVNA 4LD0A 1NK5A 1HNIA 3ZSVA 2HSTA 2RF2A 2X74A 4CF2A 5SZTA 1HPMA 2YNHA 1UWBA 3EKUA 2E8AA 2B4JA 2O8FB 3R3LA 3LWMA 4B8AB 3HOTA 5J1EA 4LH4A 4X65K 5C24A 4UQGA 3IUCA 3O1BA 4I6MB 5AFUA 2Z1HA 4A5AA 2XO7A 1W97L 3P31A 1ESVA 5GAHP 1JJ2M 4LF4K 2AJQA 1IO2A 2YHWA 4DTJA 2F4VK 1RGIA 3AAQA 1MU2A 4CZGA 1RILA 1IJJA 2W40A 1VQ7N 3UKUA 4CZLA 4F3OA 3VQCA 4FWKA 4BRGA 4CJUA 3D2EB 4W5QA 3VQDA 4PY5A 2HHVA 4PKHA 4N47A 4JI2K 3ATVA 3PO4A 2E1YA 2OPPA 3PLAA 1Y97A 4IWVA 1HYSA 3AO5A 3J81O 3GE1A 4RWTA 2A40A 2FF6A 4LSLA 3FFIA 4Z0UA 4YOVA 3R9PA 4LF9K 4I2PA 4KH5A 3F5TA 1KSPA 2GUIA 1KFSA 2P5GA 3CCVN 1QQCA 2O8DA 2P9IA 3Q7BA 3MK6A 5AZIB 3VQEA 2HBMA 1J6ZA 3P39A 4DR1K 1YJNN 3PO5A 2ATQA 4BE0A 3QEIA 1O13A 3NBPA 1Q7YO 1S9EA 4F2RA 5M1NA 1KC8O 5EU7A 3H46O 2D5RA 3CMEN 2RKIA 5AZJA 2UU9K 1N5YA 3BEXA 3OS0A 2QWRA 4JK7A 1L3SA 1BIZA 4PQUA 1RTIA 5BR9A 1YVNA 4E1MA 4XH4A 3UIQA 4ID1A 4QS9A 2QEXN 3PIOL 4LF8K 1Q8IA 1VSEA 4BE1A 4OLBA 2P9LB 1NG9A 4FLWA 3V9UA 4FCYA 3CPEA 4FJ5A 4BGBA 2JWKA 3LDOA 2A6AA 3CM5A 3L2QA 3OYLA 4V19S 3SUOA 2CH5A 4IO8A 2CGJA 4H8KA 1QSLA 4JLHA 4FL9A 4F9OA 4O5BA 4EIAA 5BR8K 3VF2A 1HKGA 3WXMB 3HBTA 4M3XA 5EOYA 4AHTA 2Q2RA 4JI3K 1O1WA 2E5LK 1RT3A 3BZCA 2W41A 4KV8A 4CFDA 3RWUA 3C0BA 3KK1A 4LF6K 2ZF5O 3CM6A 3FZFA 2PZSA 4OO1J 2D0PA 1HNXK 1BG3A 3O5BA 4CECA 2KFNA 1V4SA 3ZYYX 1FKPA 3ENHA 5C15A 1D9FA 4E0DA 3BP8A 5HROA 3A5OC 3ENOA 3CQYA 2WFBA 3OYIA 2P9UA 3HJFA 4E7IA 3DXMB 1EO1A 4CK1A 3E9OA 2QTDA 4GY2B 4CBXA 2PY5A 1A5WA 4CHZA 4J2BA 2G8WA 1VSMA 1KFDA 4H5NA 3CFOA 4AHSA 4IJAA 3QFUA 3MX5A 3FR0A 2CGLA 4A61A 2YCHA 3SQ4A 3LP3A 4JHDA 1K8AO 1KRPA 1TUYA 2G8HA 2G8IA 4FK2A 4M41A 3C6UA 3H1QA 4C8NA 1D4XA 4C8OA 2I5JA 3TTDA 3A0IX 4DU4A 3G6EN 1C1BA 2WUSA 4DMNA 4JNEA 4FZYA 2P9PB 3DMJA 1DT9A 4KHYA 3S5TA 1C0GA 3CETA 4BRLA 4KHUA 1GLEG 4WFNL 1NK4A 3L2UA 1HQEA 4DR3K 3NF8A 3TTCA 3FZKA 3EZ5A 1TKDA 4JYAK 4E89A 3S3OA 2O8CB 4CJ5A 3U3YA 3A8YA 3ZSXA 2E6MA 2HB5A 5AQGA 4I2QA 2Z1JA 1N6QA 1CZ9A 3EEQA 2QK9A 3SAHA 3AA3A 4Z4FA 3V9ZA 2UUAK 1N33K 3ZSZA 2XY7A 4ID5A 1VHXA 1YTAA 1TKTA 3AVJA 4WCEL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VGN A;  1KTQ A;  1XNR K;  3VQ4 A;  4NCA A;  4FZZ A;  4DV5 K;  4FJK A;  4DQQ A;  3OYM A;  4FM1 A;  3HI0 A;  5KQD A;  3LPU A;  3W0L A;  4F4K A;  3VF6 A;  3HPH A;  3UKR B;  1D5A A;  1JKH A;  1BUP A;  1EWR A;  1HNW K;  1T8E A;  4Z4G A;  4IXC A;  4B8C A;  1JLG A;  3CCL N;  1VQN N;  4Q0B A;  2ZGZ A;  1Z25 A;  3L0Q A;  4PA1 A;  3V1R A;  2Y1I A;  1X3M A;  3WNF A;  4AH9 A;  2W6L A;  3ZSW A;  3T7Z A;  3EL2 A;  1B9F A;  4H0T B;  1TK0 A;  3DLR A;  3B6O A;  3D2F A;  1TKZ A;  2PBD A;  5AQM A;  3PV8 A;  4FJ9 A;  2O4I A;  3O08 A;  3K9K A;  2KW4 A;  4IZ9 A;  1WLJ A;  3TAN A;  4IG0 A;  4I9Q A;  4OPH A;  3C6T A;  1RTD A;  1A5X A;  4H5R A;  2G8U A;  2VCP A;  1DLO A;  4DHY A;  2YI1 A;  2ZE2 A;  3I56 N;  3CJ9 A;  4CEB A;  1YJ9 N;  3C7N A;  4NCG A;  4CBU A;  3D45 A;  5EX5 A;  3D0P A;  2NRT A;  3NHG A;  1T6D A;  3MXJ A;  1YUW A;  4B9N A;  2P9N B;  2AA4 A;  4DR7 K;  5B8H A;  4OPA A;  5EXW A;  5TKY A;  1WOQ A;  3OYH A;  4UY8 O;  5K14 A;  4JD2 B;  2V7Y A;  4H5T A;  4KRE A;  4K41 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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