4CGHA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cghA00
3HL8A 4O5BA 3O3HA 4CJRA 3IAYA 4FK4A 3EYZA 4NCAA 4OKEA 3ALYA 1D8YA 3F9KA 3U3GA 4KTQA 1BI4B 3HPHA 1G15A 1S1TA 3AO1A 4XIUA 1WAJA 5T7BA 1RTJA 5HLFA 3DLHA 4M3XA 3LALA 3JYTA 3TAPA 4FJ8A 3RR8A 3A2FA 4E7HA 4FVMA 4FJKA 1SV5A 4M42A 3SUNA 4FJJA 4DS5A 3NE6A 2OZSA 4CEOA 4KHUA 1EP4A 3TAMA 3OS2A 2W42A 3TWHA 3EZ5A 3C95A 5HRRA 4I9QA 1B92A 3L8BA 4IFVA 4FLXA 3KLFA 3AVFA 4LH5A 4FK0A 1NJXA 1JXEA 3OYNA 3V1OA 3OYDA 3MXIA 3O3GA 4KHYA 4WE1A 3CFOA 3NCIA 3LPUA 3PX0A 5C42A 3V9XA 1RT2A 3AO5A 4DSLA 3AVJA 2IDOA 4HHTA 1Q8IA 3LP1A 4OLBA 2ZD1A 1X1PA 1BISA 1HYVA 4DQRA 3ZSZA 4LD0A 2VG6A 4M3YA 4DQQA 1JLQA 5KI6A 1BHLA 3KIOA 2YNGA 3RRHA 3OYCA 3OYIA 2OZMA 4EZ6A 2FBVA 3AVMA 1XI1A 2F8SA 5FROA 5HP1A 4ZHRA 3ZSOA 4CE9A 4PUOA 2VG7A 1BQNA 2YKNA 1HMVA 1TKTA 4RW8A 3VQAA 1F21A 4OPJA 4FJ9A 1S1UA 2OPRA 2FBYA 3K5LA 2RN2A 3VQDA 1KCFA 1TKZA 3TAGA 1WSFA 3THVA 1S1WA 1UA1A 3KK3A 1X9WA 4IG0A 1YTAA 4C8KA 3IS9A 4F2RA 4HCBA 2HHUA 3K57A 3AVBA 4CGHA 2HNDA 4CHZA 5HRNA 3M8RA 3TAQA 1IKWA 1I3AA 1TVRA 1TAQA 1KFSA 4CCHA 4FJ7A 1HPZA 2BDPA 1HQEA 1WN7A 1I39A 1EKEA 1KTQA 1RTIA 1J5OA 3ZSVA 4Z4CA 5HRSA 3L2VA 5SWMA 5CZ1A 4HCCA 4Q5VA 3SUPA 2G8FA 4B9NA 2YNIA 1VRTA 1XWLA 1S5JA 3QLHA 4KAZA 3OYHA 2D0AA 4E89A 4E7LA 1JXBA 3ZSWA 3CFRA 4FW1A 4OPKA 1XC9A 1BIUA 1BIZA 2LSNA 4GW6A 2ETJA 4DTOA 3DLBA 4J2AA 1WSJA 3TAFA 1DTQA 3SQ4A 3VQ6A 3KD1E 3HJFA 1LWEA 3QEPA 4N56A 4RW9A 1UAXA 3HM9A 3HP9A 3LANA 4DFKA 3TAEA 4B9TA 2JGUA 2IAJA 1HYZA 2ATQA 4KFBA 4KRFA 4J2DA 4FJLA 4TSXA 3OJSA 4CJKA 4FYDA 3NAEA 4AHTA 3VQ8A 1KRPA 4CJ3A 1YT3A 4CFBA 1RT5A 1RDAA 3DOLA 4DSEA 1S1VA 4AHVA 1U49A 4KHNA 4F3TA 1CLQA 2IGIA 1L3SA 4DQPA 3QINA 1IO2A 3DRSA 4Y1CA 4CK2A 3HPOA 3K5OA 3OYEA 3VQQA 4CF1A 1L3VA 1L5UA 2HHVA 3C6TA 1BI4A 1ASVA 1D9FA 4BDPA 1SUQA 4C8LA 4DTMA 2RF2A 3NBPA 3B6OA 3CM6A 3IRXA 3JSMA 4CIGA 1Y97A 1CXQA 3AVIA 3ZT4A 4FJXA 3KLIA 3OJUA 2DFEA 4CIFA 1RTDA 5J2NA 1X9SA 3LDSA 3WNFA 4KTZA 1T05A 1VSHA 5CY4A 3U6FA 4Z4HA 2VWJA 5HROA 1IKYA 3F73A 1RBSA 1SL2A 2PZSA 1KLMA 3AVAA 3VQ7A 4FXDA 1QE1A 2FC0A 3I0SA 4CGJA 4ELVA 4E0DA 1RBUA 2ZQBA 2F8TA 4HVJA 4YFUA 4C8MA 1TKDA 3M8PA 4CJWA 2I5JA 1BQMA 4H4OA 3DRPA 2QK9A 1BCOA 2GV9A 4FLTA 3LAMA 1GOAA 2DFFA 4RG8A 4PA1A 4CJFA 2XY5A 4CK3A 4LY7A 2Y1JA 4FLYA 5K14A 3BDPA 4PY5A 1LWFA 4F3OA 3AVLA 3KLHA 3T1AA 1KVBA 4C8OA 1JLAA 4M3RA 1FK9A 4DTNA 1J53A 3SQ0A 3P1GA 3OS0A 3TI0A 1NJYA 3ZCMA 2OA8A 1ASWA 4I9LA 3NDKA 4YNQA 4DU3A 4M3UA 2ZE2A 4KI6A 3L3UA 3TANA 5CYQA 1W9HA 1UA0A 4KB0A 2F96A 1HNIA 3G10A 1SL0A 1C0UA 2YNHA 4ELUA 3K2PA 3LWMA 1NKEA 4PQUA 5DMRA 3BGRA 4OGEA 4DTXA 2HHSA 4DFMA 2PY5A 4E7IA 3H08A 4DTPA 2AJQA 1KLNA 1RTHA 4B8CA 1ZYQA 5D3GA 4FJNA 3AV9A 4W5QA 1FKPA 5FDLA 4KO0A 5CYMA 3VQ9A 4KTWA 3VQ4A 3MEEA 4CF8A 1RBVA 3OY9A 3QNOA 4FM1A 4KHSA 1YTUA 2QKBA 1NK8A 4EZ9A 3HXMA 5DK5A 2KZZA 1T7PA 4K8ZA 2XY7A 4CIEA 5J2MA 2VWKA 1QSSA 4O4GA 2Q3SA 1B9FA 3CFPA 3ZSYA 3CG7A 3NH2A 2HVHA 3RR7A 3TR8A 4CJQA 4KB1A 1D9DA 2NUBA 3HSTB 3VQBA 5KGWA 3MAQA 4ID5A 2XY8A 2Z1GA 4GMJB 4CF9A 4JRPA 4BE1A 3PX4A 2QXFA 1CXUA 1RCHA 3MECA 1QTMA 4IBNA 1WSHA 2A1SA 4QOZB 3O4QA 2YKMA 2XRIA 1R0AA 1UOCA 1NJZA 4FM0A 1RDCA 3KLEA 1BCMA 4AHSA 4QCLA 1U48A 1C6VA 1QS4A 3DM2A 1RT7A 1W0HA 3QIPA 2XO7A 1LV5A 3HPGA 4FZZA 4FZXC 4CEBA 1HRHA 3P5JA 2E4LA 4O55A 1RT6A 2HHXA 1T8EA 2OYQA 1S1XA 3LP3A 3ZT1A 4CEAA 3QIOA 4B9VA 1FXXA 3HVTA 4I2PA 4HTUA 1IH7A 3RMAA 1JKHA 4DTUA 1ZBHA 1JLBA 4UQGA 4M3TA 1SKWA 3O4NA 3ASMA 3AA4A 4Z4GA 3SJJA 1U45A 2G8VA 3DLRA 2YNFA 1BL3A 4IDKA 4DSFA 1S9EA 4CECA 4DTRA 4CERA 2B6AA 4EP5A 4B9MA 1RT4A 1QSLA 2FBXA 3AVGA 3OYBA 5I42A 3WNHA 1VSJA 4B9LA 2A1RA 1IKXA 2IC3A 3KKRA 1LW2A 4I7FA 4B8AB 5KGXA 1X9MA 4ZTFA 3L2WA 3QEVA 4OJRA 3D45A 5HBMA 1SL1A 1KSPA 2G8UA 3KLGA 2QKKA 3PO4A 4CJEA 3PV8A 1RNHA 1YVUA 2KQ2A 4CEQA 2HHWA 5KRTA 4NCBA 4FJHA 4OLAA 4Z0UA 1VRUA 1Z26A 4I2QA 4HUFA 3LZJA 3MXJA 5C25A 1EETA 3ITHA 3HO1A 4Y1DA 2D5RA 4IFYA 5J2PA 2DY4A 4FM2A 3KD5E 1HQUA 1Q9XA 3OYKA 4K8XA 3SUOA 2HVIA 4CFAA 3SPYA 3E01A 4JS4A 1TL3A 1VSLA 2X6NA 3QETA 3QNNA 4L8RB 3DMJA 1WSIA 2G8WA 4CHYA 4BACA 4DSJA 1MU2A 1WAFA 1Q9YA 1HYSA 2ITGA 4E7KA 3LP0A 4CEZA 1RT1A 1QHTA 1ZBIA 1JLEA 4MFBA 4N47A 1RBRA 4CGFA 4BDZA 2IOCA 3KKSA 4RW7A 1O1WA 4CGIA 2KFNA 4E1MA 3AVHA 2PYLA 1C1CA 3QO9A 2OPSA 2HHTA 4W5OA 3G0ZA 2G8IA 2OPPA 4CJVA 4CJTA 4CESA 2EHGA 4W5RA 3V1QA 4EP4A 3HT3A 3V9UA 1VSEA 4CJ5A 4DFJA 1C0TA 3B6PA 1JLFA 2HNZA 1S6QA 3OYFA 3WNEA 3RWUA 3PX6A 2P51A 1TK8A 4ICLA 2FBTA 3OVNA 4CJPA 4W5TA 4O44A 1NKCA 4DQSA 1U04A 2JLEA 4O0IA 1WSEA 2P5GA 2OPQA 3V9SA 1D5AA 3PUFA 1QQCA 3V1RA 3ZSXA 4CEDA 4DLGA 3ZT3A 1HNVA 1WNSA 3AO3A 2HHQA 3M8QA 1J54A 1TGOA 1VSFA 3QEIA 3S3NA 4H8KA 3NF8A 3IG1A 3MXMA 1UWBA 4KHWA 3SZ2A 4OKKA 2VG5A 5J2QA 1LW0A 3DLGA 3ULDA 3L2QA 4LH4A 3QERA 1LWCA 3LWLA 1JL1A 2KZMA 4DTSA 1VK0A 1RDDA 4DTJA 3NH1A 3S3OA 3NF6A 4CJ4A 3QEXA 3K58A 2HB5A 1A5WA 3V4IA 2WONA 2D0CA 4MQ3A 3K5NA 4BDYA 4E1NA 3TARA 1LAWA 4Q0BA 5FRNA 4CF0A 4DMNA 3VQ5A 4AHCA 4DFPA 3KTQA 2X78A 3SV4A 4FCYA 2KFZA 2DTUA 4FJIA 1L3UA 1ZBFA 3CYMA 1NK5A 4JRQA 3VQCA 3VA3A 3HYFA 2D0BA 1ASUA 3ISNC 4C8NA 1GOBA 4E19A 3L2RA 2O4GA 3V6DA 3K5MA 1U47A 4ELTA 4Z4IA 4KV8A 4JLHA 1NOZA 2Z1JA 5C24A 4R5PA 4BE2A 3SV3A 4FJ5A 2BGGA 1WLJA 3LPTA 1SKSA 1U4BA 4CJLA 1IKVA 4NYNA 1WSGA 2YHAA 4N5SA 4ID1A 3NGIA 4DSIA 1TKXA 3SCXA 1RT3A 4N76A 1VSDA 4NYFA 1KVCA 2YHBA 2P1JA 4CHOA 1NOYA 3DLEA 4E3SA 1RBTA 3NGYA 3U3YA 4HUGA 3SQ1A 1EX4A 3SPZA 4OVLA 4CJUA 4DS4A 3O3FA 4FLUA 4FLVA 4FLZA 3VQEA 3MEDA 2P5OA 4FJMA 4KKOA 1C1AA 4BWMA 3T19A 2WOMA 1L3TA 5SZTA 3SQ2A 2B5JA 3D0PA 3HK2A 4FW2A 4LSLA 4N41A 4Z4FA 3WNGA 4G1QA 2YV0X 4AH9A 4KPYA 4M3ZA 4M45A 3ZT2A 4F2SA 3HVRA 2HW3A 4M41A 5JS2A 2HNYA 4O0JA 1NKBA 4F8RA 4DSKA 3L2UA 4CHQA 1A5VA 3SYZA 3VA0A 4B08A 3I8DA 3EY1A 3K59A 3V9ZA 1RILA 4FJGA 1REVA 4RW6A 5KRSA 4BE0A 4DG1A 3ZT0A 3RTVA 1KFDA 1FKOA 1VSMA 3OYMA 3RMCA 4CGGA 1A5XA 3DYAA 3KJVA 2R7YA 3QEWA 3C6UA 1DLOA 3VN5A 1TK0A 4FLWA 3FFIA 4KREA 2KTQA 3OYJA 5E41A 4OKJA 5FRMA 4B9SA 4DU4A 3DLKA 1B9DA 4Z4EA 1KVAA 4DQIA 2BANA 1QSYA 3ZSRA 1JLCA 3KK2A 1IG9A 2EX3A 3SUQA 1DTTA 3PY8A 3DRRA 1NK0A 1S9GA 1NK6A 4J2BA 3NF9A 3AA3A 4AHUA 3V81A 3AVKA 3OS1A 2G8KA 4E7JA 4KI4A 1TK5A 2BE2A 1XHXA 4H4MA 1ZBUA 4CK1A 3RMDA 3DOKA 1VSKA 4CFCA 4DF4A 4IKFA 1NJWA 1JLGA 1ZBLA 3V9WA 3SNNA 1TV6A 4W5NA 4NCGA 2KW4A 4DF8A 4CFDA 3KK1A 1TL1A 3AVCA 2X74A 3VQPA 2X6SA 4CF2A 3NGZA 1K6YA 3M8SA 2DFHA 1SKRA 1GOCA 5EU7A 3OYLA 3LZIA 5J1EA 3S9HA 3RRGA 2G8HA 4B3OA 4CEEA 1N6QA 4B9UA 4PWDA 5CZ2A 4JS5A 5HRPA 4GVMA 1J9AA 3OYGA 4AHRA 2Y1IA 1S6PA 1RDBA 5I3UA 3UIQA 2GBZA 3RMBA 1CZ9A 3P83D 1NK7A 3LP2A 4DLEA 1HJRA 4BWJA 4IG3A 3C94A 3NF7A 4CHPA 3TABA 3S3MA 2XHBA 4OGCA 1NK4A 3AO2A 1T03A 2XY6A 1LAVA 4KHQA 3PO5A 5KTQA 3LAKA 4M3WA 4CHNA 1BGXT 2RKIA 1TAUA 3NHGA 4RW4A 1EXQA 3I0RA 4LSNA 3MEGA 2IS3A 5JS1A 2B4JA 1N5YA 4F4KA 1C1BA 1ITGA 1JL2A 4CGDA 3AA2A 3T3FA 4J2EA 3QESA 1Z25A 3DI6A 2PYJA 4ZTJA 2E6LA 2Z1IA 1CZBA 3L3VA 1VSIA 4AILC 4QAGA 3CM5A 3AO4A 2RPIA 1XHZA 4FK2A 4FZYA 3ZSQA 3NFAA 3HP6A 1NK9A 2O4IA 2Z1HA 4CJSA 3OYAA 4DWIA 4DU1A 3AA5X 2HMIA 2E6MA 4HUEA 1C0MA 2GUIA 3AVNA 4CEFA 3SI6A 3NH0A 3CQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N4PA 3O3HA 3IAYA 3H46O 3EYZA 3ALYA 5AQFA 2NRHA 3U3GA 2V7YA 3CF5L 4KTQA 1BI4B 1G15A 3AO1A 3JYTA 5B8HA 3A2FA 1QZ5A 4RTFD 5ADXH 3ENHA 4DS5A 3NE6A 5BRFA 2HBMA 1EP4A 1NWKA 5ELZA 3TWHA 4I9QA 5GAEP 1B92A 3AVFA 2WBNA 1NJXA 3OYNA 4GY2B 4IOXA 4KHYA 3D2EA 4WE1A 3LPUA 1RT2A 2IDOA 3ZEUB 1K8KA 1X1PA 4FPBA 1JLQA 5KI6A 1HKCA 3VF2A 4DR3K 2OZMA 4EZ6A 2FBVA 3AVMA 2F8SA 1NGGA 1HMVA 2QWRA 3MN9A 4JYAK 1S1UA 2OPRA 2FBYA 2RN2A 3TAGA 1WSFA 3D7EO 1S1WA 3THVA 4C8KA 3WQTA 3AVBA 3GE1A 1IKWA 1TVRA 4CCHA 4AM7A 2BDPA 1WN7A 3R8EA 1J5OA 4Z4CA 3AARA 5BR9A 5CZ1A 5SWMA 4B9NA 1WBBA 1S5JA 2Q1NA 4KAZA 3CQYA 4BG9A 4DR1K 4FW1A 4MLEA 3R3LA 4GW6A 1YUWA 2ETJA 4J2AA 3VEZA 3TAFA 5C12A 3VQ6A 1LWEA 3QEPA 4N56A 4B3RK 3HM9A 4B1VA 4DFKA 4C23A 1HYZA 4BC4A 4KRFA 4PKIA 5AQRA 4JKCA 4CJKA 4BRHA 3VQ8A 2NLXA 1U49A 4YY3K 2P9KB 4CD3A 5C15A 1NNEA 1XC3A 4CZKA 4FOEA 1J5EK 4Y1CA 1ATNA 2OANA 3OYEA 1L3VA 3C6TA 2UUBK 2Q0UA 4BDPA 1SUQA 4C8LA 1DGKN 1TUUA 1Y97A 3ZT4A 2DFEA 3OBYA 1WOQA 1VSHA 5CY4A 3J7AP 3KHYA 1KLMA 1QE1A 4ELVA 2ZQBA 1ZBSA 4C8MA 2HHHK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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