2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
3NAEA 4IFVA 4ZHRA 5J2PA 3O3FA 4OLAA 3PV8A 3ZT4A 4E1NA 4DSKA 4C8NA 4CGDA 4CJQA 1VSMA 3KTQA 4M3TA 3HJFA 4Z4IA 3AVMA 1BQMA 4Q5VA 3S3MA 3OJSA 3OYAA 1ZBLA 4E7LA 3NF8A 4DSIA 5FRNA 4CERA 3I8DA 1WAJA 4E0DA 3SQ1A 1QTMA 4CE9A 3NHGA 3AVAA 5CYMA 4FK2A 3G10A 1ASWA 3V9ZA 5KTQA 4B9VA 5DMRA 1J5OA 2O4GA 3VQQA 1BQNA 3EY1A 1SL2A 2HVHA 1WLJA 3QEWA 4JRQA 3SCXA 1XC9A 4CHNA 2XY7A 4FJHA 4DG1A 5SZTA 3LP0A 4CEAA 2RN2A 1TKZA 4ELUA 3PO5A 3OYNA 1NOYA 3UIQA 2KFNA 3VQDA 3AO1A 3VA3A 3O4NA 3NFAA 1L3UA 3SJJA 3QEXA 2X6NA 3TANA 1ITGA 3AO4A 1LV5A 3U3YA 3U3GA 4KB1A 4NCAA 1ASVA 4CJSA 5HRNA 4UQGA 1D9FA 2OYQA 3WNEA 3ZSXA 1JLAA 4CCHA 2OPRA 1JL2A 3SYZA 3S3NA 3DM2A 1DLOA 1W9HA 1ZBFA 4QCLA 3QINA 3OYCA 3KIOA 4DF8A 1G15A 3D0PA 4DTSA 4CGFA 2O4IA 2JLEA 4KTWA 3THVA 1HMVA 1UOCA 1KRPA 3S9HA 4YNQA 1Z26A 1L5UA 3VQEA 1HRHA 1HQEA 1CXUA 2QKKA 3OYJA 4FCYA 3HO1A 1T03A 1RTIA 5KI6A 3KD1E 4E7JA 3ALYA 4JLHA 3PUFA 3QO9A 4OVLA 3KLGA 3QIPA 4CJ5A 4OPKA 1TK0A 3TAFA 2HHQA 3LAMA 3AVGA 3WNFA 1DTTA 4AHCA 4CJPA 5JS1A 1BIUA 1U45A 4F4KA 4PWDA 4CJEA 3LPTA 1Q9YA 1B92A 5KGWA 3OY9A 3HP9A 1QQCA 5HLFA 4M42A 5KRTA 4C8LA 1TVRA 3DRSA 3ZSYA 2YNIA 3ZCMA 3TARA 3JSMA 2HW3A 1UA0A 2HNYA 1BISA 4ZTFA 4CJTA 3HT3A 2Q3SA 2G8HA 3K2PA 4KI6A 2OZSA 5CY4A 4B8AB 2YNGA 3QLHA 3K58A 1YT3A 4E7IA 4ICLA 4IBNA 3V6DA 1X9WA 4F2SA 2E6LA 4CESA 4CGIA 4DQQA 2OA8A 4EZ6A 3NE6A 1Q9XA 4MQ3A 4M3UA 4CHOA 1L3VA 4OGEA 3LALA 3NF7A 1RT7A 1R0AA 4QOZB 4W5RA 2QXFA 3IS9A 1HPZA 3T19A 3IRXA 3NDKA 1KCFA 3LDSA 1IKVA 1KSPA 1NJWA 4B8CA 4BE1A 4CK3A 3D45A 3HYFA 5CZ2A 1LAWA 1SKWA 3SI6A 4DTJA 2D0CA 3O3HA 5KRSA 3MXMA 1VRUA 4IG0A 3V1QA 2YKNA 4ELTA 1TKTA 3IAYA 4DF4A 3HPHA 3CQ8A 4CK1A 1SL0A 3RR7A 3OYHA 1SV5A 3TWHA 1Q8IA 4FLWA 4NCGA 3PY8A 3B6PA 4CK2A 4DMNA 1VSDA 4CEBA 3NH2A 1S1XA 1RBTA 3AVCA 3NF9A 4KTZA 4HVJA 2VG7A 1T05A 1TAUA 1C6VA 4B08A 3SNNA 1A5VA 5FRMA 3KJVA 4DU4A 2G8IA 3K5MA 4E7KA 3RMAA 3SQ2A 4RW7A 4CHQA 1RDDA 3OYMA 5DK5A 1XI1A 2BANA 1Y97A 3AA2A 4FJNA 3SUQA 1WSFA 1UA1A 4GW6A 2P5OA 3SV3A 3WNHA 3QIOA 1RT3A 1HNIA 1TKXA 4JRPA 1IKYA 2DFFA 4LD0A 4CIGA 3O3GA 5C25A 1NJZA 3NBPA 5CZ1A 1LWFA 1D9DA 5C24A 3OYBA 1RBSA 3SV4A 1JLQA 4F3TA 1RCHA 1DTQA 3ZT3A 4XIUA 4HUEA 1KFDA 4DSLA 1SUQA 5CYQA 3S3OA 1J54A 3AO2A 4DS5A 4CJKA 1IH7A 1YTUA 4DFJA 3DRRA 1IKXA 4B9TA 2HHVA 3PX6A 4KHQA 2RPIA 1LWEA 1TK8A 1J9AA 2P5GA 3V1OA 4HTUA 1XHXA 4J2AA 3AVHA 3V9XA 4LSNA 3NH1A 5I42A 3QESA 4ELVA 3T3FA 2OZMA 3HK2A 3QERA 1FK9A 2HHSA 4DQSA 2PYJA 4AHSA 3ASMA 4RG8A 3QNNA 3QNOA 4KPYA 2ZQBA 4E89A 3RTVA 4KFBA 4BDPA 1KVAA 3E01A 4N5SA 3KLEA 3RMDA 4FJLA 1HYZA 1J53A 3DLKA 1JLCA 3HPGA 3CFRA 4DLEA 4CJ4A 1NKBA 4EZ9A 4FJXA 4KTQA 4Q0BA 4FM1A 1EXQA 4FJGA 4OKJA 1JLEA 2Z1GA 2YHBA 3KKSA 1TK5A 4FZYA 4KHSA 2HHUA 3KK2A 5I3UA 3AVFA 4WE1A 1X9SA 3L2UA 2X78A 4CFDA 4DTNA 5JS2A 3VQBA 4CF0A 2D5RA 3I0SA 3AO3A 4DTMA 1S1WA 4CF2A 3MXJA 2P51A 3HP6A 1UAXA 4F2RA 4IFYA 3VQ5A 1ZYQA 1BI4B 1VSHA 2KQ2A 4CEFA 1ZBUA 1RT1A 1JL1A 2HNDA 5J2QA 4DTUA 4J2BA 2FBTA 3G0ZA 3ZSWA 4GMJB 4CEZA 3LANA 1A5WA 4CGJA 4B9MA 4DQIA 1NJXA 5T7BA 3OYIA 2R7YA 1ZBHA 3DLRA 4FXDA 1JLBA 4PA1A 4NCBA 1IG9A 3OYDA 1RBUA 2OPSA 2QK9A 2G8KA 4W5OA 3ZSOA 4FJ8A 4KI4A 3F73A 2KZZA 3AV9A 3RR8A 3KK3A 4C8OA 3V9WA 4CIFA 4CEQA 5HROA 3V81A 3M8RA 4F3OA 3K5OA 2OPPA 3DLBA 3HSTB 2P1JA 2VG6A 3KK1A 1TKDA 4LH5A 3SQ0A 4B9UA 1S9EA 2GUIA 4OGCA 5HRPA 5K14A 2DY4A 3ZSQA 4FLTA 4AHUA 1QSLA 2XO7A 3K57A 1S1UA 3BGRA 4CIEA 4KHWA 1I39A 3CYMA 4BWJA 4AHTA 4FLZA 1RDBA 5J2MA 3QEVA 4B3OA 1K6YA 4CFCA 4FW2A 3L2VA 4O5BA 4Z4HA 4BDZA 3ISNC 2PYLA 2X74A 4FJ5A 4DFPA 3OS1A 2B4JA 3PO4A 5D3GA 4AHRA 2F8SA 3AA4A 1NK7A 4ID1A 1HQUA 3NGZA 3K59A 3TI0A 3ZSRA 4W5QA 1RDAA 3KLIA 4H4OA 3QEIA 2KZMA 4OLBA 4FZXC 3OS0A 4O4GA 4DU1A 4B9SA 3VQ7A 4OPJA 3ULDA 2FC0A 3OYGA 3L2WA 2Z1HA 1KFSA 3TAMA 4FJ7A 1QHTA 1JLGA 1XHZA 1NKCA 4DWIA 1RNHA 1HJRA 5HRRA 3ZT1A 3CG7A 3U6FA 3AVJA 2XY5A 3AVNA 3DLEA 3KLFA 1CXQA 3T1AA 2IGIA 5FDLA 4E1MA 2HHTA 1WSIA 2IC3A 4CEOA 4CHZA 3HVRA 4N76A 4J2DA 1C0TA 3QETA 4I9LA 4LY7A 1S6QA 4O0JA 1NK8A 4CF8A 2IAJA 4KHNA 1EP4A 4CJVA 1D8YA 4MFBA 3AO5A 1C1BA 3BDPA 3NGIA 2HHXA 3ITHA 3RMBA 3JYTA 2YKMA 3P1GA 4Z0UA 3OYKA 4FLVA 4FJIA 4FYDA 3AVIA 5C42A 4DTOA 1CLQA 3SPYA 1C0MA 4CJFA 1YVUA 4CJLA 4O0IA 1IKWA 4DSJA 1TGOA 3CM6A 3VQCA 4FK0A 1TL1A 2HB5A 3B6OA 1N6QA 4G1QA 5EU7A 3F9KA 4KHUA 4W5NA 2ZD1A 1LW0A 3AVLA 4DSEA 1X9MA 2DFHA 4PY5A 3SZ2A 3OS2A 3VQ6A 3L8BA 3NCIA 1VSIA 1LWCA 5E41A 3EZ5A 4CF9A 4K8ZA 3LWMA 2KW4A 4W5TA 2PZSA 4H8KA 3DI6A 5J1EA 4DFKA 1NJYA 3VN5A 1WSHA 2YNHA 1A5XA 2B5JA 2GBZA 2Z1IA 3KKRA 4TSXA 1HYVA 1MU2A 2A1SA 3DMJA 4CFBA 3LWLA 3L2QA 4OKEA 2PY5A 3TR8A 3SUNA 1HYSA 4YFUA 2VG5A 4Y1DA 4BACA 1VRTA 3HXMA 1RT5A 1U4BA 1B9FA 4DTXA 2BGGA 3TAQA 3M8QA 2ITGA 2VWKA 2A1RA 4PQUA 1RT2A 1VSEA 3C95A 5HBMA 1LAVA 3LP2A 3VQAA 1RTHA 4J2EA 4FZZA 4PUOA 1Z25A 4EP5A 4O55A 4E19A 3OVNA 4N47A 1WSGA 1C1AA 1TV6A 4M41A 4FJ9A 3MEGA 4M3WA 4IG3A 4EP4A 1RT4A 1VSJA 1REVA 2ETJA 4CGGA 4C8KA 2G8FA 1RT6A 3VQPA 3I0RA 4HCCA 3NF6A 3AVKA 4OKKA 3L2RA 3SQ4A 1NKEA 4KB0A 2HVIA 3V9SA 3L3UA 1GOCA 1ASUA 2NUBA 3C6TA 3MEEA 1VK0A 1BIZA 5KGXA 1TL3A 4NYNA 3QEPA 3TAGA 2WONA 4CEEA 2D0AA 2IS3A 1SL1A 2HHWA 3OJUA 4F8RA 4Z4GA 1RTDA 1U04A 3L3VA 3DRPA 4AHVA 3DLHA 3DOKA 1UWBA 3DLGA 1TAQA 3FFIA 5FROA 4FLUA 4BDYA 2WOMA 4FM0A 4E3SA 1SKRA 1IO2A 2XY6A 1GOBA 1C0UA 1S5JA 4CF1A 2HNZA 4RW8A 1QSYA 1L3SA 1W0HA 2YV0X 4I7FA 2HMIA 1VSLA 2DFEA 3SUOA 3VA0A 2ATQA 1FKPA 2XHBA 3K5NA 2F96A 3OYEA 4HHTA 1BL3A 3RRHA 3PX0A 3HM9A 1EETA 1WSJA 2E4LA 5HP1A 3MAQA 1WN7A 2Y1JA 2QKBA 3P83D 2G8VA 1VSKA 3RWUA 4H4MA 2X6SA 2YNFA 3TAEA 1JKHA 4NYFA 3EYZA 4Z4EA 4M3ZA 1CZBA 4RW9A 4N56A 3O4QA 4M3RA 1BHLA 1S9GA 1X1PA 1T7PA 2Z1JA 4GVMA 4R5PA 3PX4A 2KTQA 2JGUA 4FJMA 2FBYA 4BWMA 2FBXA 1RTJA 1O1WA 1WSEA 1YTAA 4HUGA 3LPUA 4CEDA 4FLXA 4LSLA 2F8TA 3V1RA 4Z4CA 3TAPA 3HVTA 3LP1A 3VQ8A 4KRFA 1N5YA 4B9LA 1QS4A 3OYFA 2XRIA 3AA5X 3C6UA 4DLGA 2G8UA 1BCMA 3LZJA 1BI4A 2E6MA 4AH9A 1HNVA 2I5JA 4CFAA 4AILC 4B9NA 3DOLA 3TABA 4FLYA 1VSFA 3AVBA 3CFOA 3ZT0A 1JXBA 1KLNA 1S6PA 4FW1A 5SWMA 1JXEA 4I2PA 4CHPA 3RRGA 3WNGA 4CGHA 1EX4A 2G8WA 4RW6A 4ZTJA 3M8PA 2KFZA 1FKOA 3LP3A 3AA3A 4LH4A 4FK4A 1D5AA 4O44A 3C94A 4FVMA 4HCBA 4C8MA 1KLMA 1RBVA 1NK6A 2W42A 1XWLA 1KTQA 1LW2A 4M3YA 2VWJA 1KVBA 4Z4FA 4E7HA 1C1CA 4IDKA 2LSNA 1NK4A 4M3XA 2DTUA 4I9QA 2RF2A 1NK9A 2GV9A 1T8EA 4KV8A 4DTPA 1FXXA 4N41A 2ZE2A 2BE2A 4KKOA 4KO0A 2FBVA 4KREA 1KVCA 3A2FA 4I2QA 4DTRA 3SPZA 2D0BA 1NK0A 1F21A 4RW4A 4BE2A 1GOAA 5HRSA 4CJ3A 2EX3A 1BCOA 1U49A 3MECA 4DFMA 1RBRA 1WAFA 3P5JA 1BGXT 4K8XA 2OPQA 1RILA 3KLHA 1NK5A 4DS4A 4L8RB 2B6AA 3LZIA 1RDCA 2YHAA 4FM2A 4DU3A 4CHYA 1U47A 4QAGA 2IOCA 2Y1IA 3ZT2A 4DQRA 1L3TA 3RMCA 2IDOA 1B9DA 4CJWA 3KD5E 4KHYA 3CM5A 1U48A 3NH0A 3MEDA 3OYLA 1QE1A 1NOZA 4ID5A 3HPOA 4CJRA 3V4IA 1ZBIA 3H08A 4M45A 3HL8A 5J2NA 2XY8A 4CJUA 4KAZA 2BDPA 3K5LA 3IG1A 3CFPA 4CECA 4IKFA 1JLFA 3ZSVA 3NGYA 2AJQA 1S1TA 3V9UA 1S1VA 3ZSZA 4Y1CA 2EHGA 3VQ9A 1WNSA 4DSFA 4FJKA 4JS5A 4HUFA 1I3AA 1QSSA 3VQ4A 1EKEA 3SUPA 3LAKA 4OJRA 3M8SA 4JS4A 1SKSA 4BE0A 3MXIA 1CZ9A 2RKIA 4FJJA 4DQPA 3DYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 4IFVA 4ZHRA 2BUPA 4FWRA 3O8MA 5E84A 3ZETB 4FOEA 3CJCA 4DSKA 2YX6A 1VSMA 3HJFA 4F9OA 1BQMA 3S3MA 3OJSA 5AQJA 4DSIA 4J8FA 3HOSA 4BVPA 4E0DA 1QTMA 3VTIA 1MWMA 5KTQA 4B9VA 5DMRA 1VQ6N 5BRDA 4K42A 3VQQA 2V7YA 3EY1A 1SL2A 3QEWA 4IO8A 1XC9A 4DG1A 1ATNA 4H0VB 3OYNA 3I56N 3VQDA 1YHQN 2X6NA 3AO4A 4KB1A 1ASVA 1K8KA 1JLAA 4CW7B 3I8BA 1YAGA 1DLOA 3MN6A 1ZBFA 5BR8K 4XH4A 1BA0A 3QINA 4DF8A 3D2EA 1C0FA 1EO1A 4YNQA 3VQEA 1HRHA 3RSEA 1RTIA 4JI0K 3I55N 1ZXOA 4CJ5A 4O8UA 5AQHA 3O80A 3AVGA 3EZWA 4AHCA 4CJPA 1X9JA 5M1FA 1U45A 4CJEA 3LPTA 1NGHA 2VQEK 3DRSA 2A3ZA 3ZCMA 5LMNK 1BOTO 4CJTA 2OZSA 4DV7K 1Q86O 3L6QA 1KC8O 4IBNA 3V6DA 1X9WA 2OA8A 1HKGA 4MQ3A 1L3VA 4OGEA 2UUCK 3EEQA 3IS9A 3T19A 3LDSA 4H0OA 1KCFA 3PIPL 3TTCA 1KSPA 4H03B 4CK3A 3SK3A 1U6ZA 3CCQN 5AQSA 3O3HA 5KRSA 1NGBA 3MXMA 4IG0A 1VQKN 4CVNE 3IAYA 3HPHA 4H0XB 3RR7A 4DV6K 4FLWA 2D0PA 3PY8A 4DMNA 3QBXA 1S1XA 3NF9A 3J81O 4G9ZA 1C6VA 2RE2A 4PL7A 3MCAB 4RW7A 4CHQA 1RDDA 5DK5A 1HNWK 1QZ6A 1HJOA 2UYTA 2IVOA 3SUQA 1WSFA 3VF6A 2HF4A 3SV3A 3WNHA 3QIOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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