2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
3HP6A 3MAQA 5T7BA 1XWLA 4BWMA 4AHUA 3AO4A 4OLBA 4DQRA 3PO5A 1VSLA 4E7KA 1SL2A 3T1AA 4KPYA 1ASWA 1J54A 4Z4GA 5FROA 3NF9A 2D0AA 3SPZA 4CHNA 4ZTFA 1QS4A 3K59A 4CJPA 3DOLA 1NJXA 3QEXA 4EZ6A 2Z1HA 4HUEA 2HW3A 3OVNA 4OKJA 3AV9A 3DRPA 4C8MA 3RMAA 3AA3A 4IDKA 3LP1A 3OJUA 4JS5A 1XC9A 2B5JA 3QESA 3RMBA 2BDPA 1C0UA 4Z0UA 5HP1A 3QNNA 1NK7A 4AHRA 1ZYQA 2XRIA 4O0IA 2XO7A 1C1AA 4DTUA 2DFFA 3QETA 2IS3A 3DYAA 1VSFA 3AVGA 4IBNA 1VRTA 1WAFA 1LWEA 1K6YA 4OPJA 1JLAA 4DQSA 1X9MA 1RT3A 2HVIA 2Z1JA 3V6DA 5FRNA 3KK3A 1EX4A 2YHAA 3AVCA 4LY7A 3KK2A 4NCBA 4I7FA 1KSPA 4FJLA 4IFVA 2D0CA 4CJQA 4JRPA 4IFYA 3NH2A 1SKWA 4KTQA 4CIEA 4Q5VA 2XHBA 3E01A 3F73A 2DTUA 3K58A 2W42A 3RWUA 4FJ7A 4GW6A 2OPQA 4E1MA 4W5QA 1B92A 3AVIA 4LH5A 4FCYA 3SUPA 1RDDA 3QEIA 1L5UA 1TL1A 3ZT0A 4B9NA 1RDCA 4B9SA 4QCLA 3SQ4A 4G1QA 1B9FA 4CHPA 1LW2A 4DSKA 1NKEA 3MECA 1MU2A 2B6AA 2BE2A 3AVJA 3AVHA 4CEFA 1WN7A 2YV0X 1JLQA 4CEQA 1RT5A 3LZJA 3K5OA 4FK2A 3OYMA 2KQ2A 4ELTA 3NE6A 4DTJA 1TVRA 3ZCMA 3MEDA 3K2PA 3V9ZA 3AA2A 1D9FA 5FDLA 4FJGA 1L3TA 2IC3A 4M45A 3M8PA 4CECA 4JLHA 4C8OA 4LSNA 4CJWA 1ASVA 4EZ9A 3QIPA 3ZT1A 4AH9A 2VG5A 3A2FA 4DS4A 3QEPA 4CF2A 4FVMA 1TGOA 1WSFA 4DG1A 1JLCA 4JS4A 1SKSA 3V9SA 1WSGA 3LAKA 4KREA 3JSMA 3OS1A 1BI4A 3D45A 1CXQA 4KV8A 1VRUA 3ZSVA 4CF9A 3NHGA 4FJXA 3QERA 1D9DA 3NGYA 1C6VA 4BE0A 4OGEA 4WE1A 1NKCA 3ZSWA 3KLGA 3VQAA 3HVTA 3P83D 2PZSA 4R5PA 3RR7A 2E6LA 2QKBA 4O55A 4M41A 4CIGA 2VG7A 2G8IA 3OYDA 1C1CA 1Z26A 2GV9A 4ID1A 4O4GA 1C1BA 4ICLA 4AHSA 5C42A 1EXQA 1EKEA 3O4NA 4DS5A 1IKYA 3VQ4A 1KLNA 3NH1A 4K8ZA 1IH7A 3IAYA 4FJ5A 3HO1A 1CZBA 1RTJA 1I39A 4RW4A 1KLMA 4L8RB 1HRHA 4FM0A 3NF7A 1W9HA 3S9HA 1WSEA 1NJWA 3C6TA 1U47A 3CYMA 3NBPA 5I3UA 1B9DA 2Y1JA 1C0TA 4F3TA 5CYMA 4FJIA 2ZD1A 3TI0A 4FZYA 1RBVA 4DLGA 4PQUA 5DMRA 1SV5A 1I3AA 4CF1A 1D5AA 3QEWA 5C24A 3TAPA 1Z25A 3MXMA 4FJJA 1LAVA 4B08A 2P5OA 4M3YA 3G0ZA 3RTVA 3RMCA 3M8SA 3SPYA 2AJQA 1NOZA 1TKDA 4KHYA 3HYFA 3VN5A 2XY6A 1BQNA 3I0SA 1TKXA 3V9WA 3KIOA 3AVFA 3RRGA 1EETA 3SYZA 3PX6A 2A1SA 3QEVA 2HVHA 4CJSA 1QHTA 3MXJA 3HT3A 4CJ4A 2RF2A 2YNGA 2Q3SA 4CF8A 3DMJA 1JL1A 2RKIA 4CE9A 3AVNA 3ZSYA 4Z4FA 3DM2A 4DU4A 4H4MA 2F96A 3DRRA 4LH4A 4DFJA 3PX4A 1VK0A 4C8KA 3DOKA 1GOBA 2FBXA 1TL3A 4PWDA 3OYJA 4KO0A 4DFPA 3ZSZA 3SQ2A 4KHQA 3TAMA 1S1XA 4FLUA 2P1JA 3KLEA 4E0DA 3DLEA 4KFBA 1NOYA 4LSLA 3KLFA 1TKZA 4E3SA 3HSTB 1U04A 2KZZA 4GMJB 5HRSA 4NCAA 4C8NA 3L2UA 1NK4A 4F2RA 3OYNA 2PYJA 4BACA 4HHTA 3O3FA 4DTXA 3PO4A 3VA0A 4CJUA 2HHUA 1JKHA 3AVMA 3HP9A 1CLQA 3CM6A 4BE2A 3BGRA 4HUGA 5HBMA 3SV4A 3L8BA 3PY8A 2OYQA 2YHBA 1A5WA 1FK9A 4B8AB 4DSLA 3L3VA 3UIQA 1KCFA 4F4KA 1IO2A 4CHZA 2HMIA 1JLFA 1GOAA 3HPHA 4FJHA 1VSMA 4Y1DA 1SKRA 1RDBA 1J5OA 5C25A 4IG0A 4NCGA 3BDPA 1ZBIA 3KKRA 1RTIA 4Q0BA 4KHUA 1JLBA 3AVBA 3V9XA 3MEGA 5KGXA 3KTQA 1DTTA 2YNIA 1WSHA 4YNQA 1RT1A 4KTWA 4FK4A 2E6MA 3V1OA 3NF6A 1KRPA 3SI6A 1GOCA 4J2BA 4Z4IA 3HJFA 2PY5A 2HHXA 4HCCA 4DMNA 4ID5A 4CEDA 3CQ8A 1JLGA 2ZE2A 3V9UA 3ULDA 3NGZA 4DSJA 4RW7A 3TWHA 4HVJA 5J2PA 1T03A 3LALA 4CFAA 1KVCA 3SZ2A 4TSXA 4GVMA 5KI6A 3WNEA 2KTQA 1RNHA 3DRSA 3PV8A 1LV5A 3HM9A 1S1UA 1UWBA 3NF8A 4CK2A 1RTDA 4OKKA 4FXDA 1A5XA 4XIUA 4CCHA 3TAEA 3CM5A 4M3WA 3P5JA 3ZT4A 2YNHA 4E7IA 3KLHA 3HPGA 1QSSA 1NK9A 1HNVA 2ATQA 2HB5A 1BQMA 4B3OA 3HK2A 2IAJA 2G8HA 1J9AA 2Z1IA 3SNNA 3TAGA 1RDAA 4I9QA 1JLEA 3AA5X 4CEAA 4AHVA 4DF8A 4CK3A 1ITGA 3NH0A 2G8KA 4DTOA 4M3TA 5J2NA 3NDKA 1QSLA 4DSIA 1QSYA 2YKNA 2FC0A 2Z1GA 2BANA 1HNIA 3K57A 2VWJA 4AILC 3NGIA 2D0BA 3VQ9A 3OYEA 4E7HA 1RT4A 1NKBA 1LW0A 4QAGA 3OYCA 2GBZA 4E7JA 1VSHA 1RT2A 1W0HA 1VSDA 2O4GA 4KTZA 4I9LA 5JS1A 3VQCA 4BE1A 3VA3A 2G8UA 1REVA 1T8EA 4DLEA 4KB0A 1RTHA 1DLOA 1HYSA 1S1VA 1CXUA 1TK8A 1ZBUA 4F8RA 2XY5A 4Z4CA 2NUBA 1DTQA 5HROA 4DTSA 4FZZA 3AA4A 4UQGA 2HNYA 4O0JA 4FJ8A 3AO3A 4M42A 3SQ0A 5CZ1A 4RW9A 3QINA 4I2QA 4FLVA 1LAWA 2F8SA 3O3GA 5J1EA 3KK1A 1FXXA 2JGUA 3TANA 1TK5A 2HHWA 3OS2A 4FM1A 1O1WA 3LPTA 5K14A 3HXMA 4CHQA 1XHXA 2ZQBA 1FKPA 4CJLA 4OJRA 3ALYA 4KAZA 4KHNA 1IG9A 4OVLA 5KGWA 4CFBA 3T3FA 3C6UA 4MFBA 1TKTA 1KVAA 1G15A 1WLJA 5KTQA 1KVBA 4CJFA 3I8DA 2XY7A 1SL0A 1WNSA 3K5LA 1X9SA 3L2VA 3AVLA 4OPKA 1WAJA 4DSFA 1CZ9A 4CHYA 2QK9A 1BIUA 2X6NA 2RPIA 2DY4A 2D5RA 4C8LA 3VQQA 4CF0A 4CGFA 3O3HA 4CGIA 4Z4EA 3LZIA 1KTQA 3OJSA 4B9MA 3PX0A 4FLWA 1YT3A 4OGCA 3OYBA 1QTMA 3DLHA 2OPRA 1U48A 1BCMA 2OZMA 3AO5A 4PY5A 3DLBA 4CGGA 2HHVA 3FFIA 3QLHA 4RW8A 4CGDA 1RT7A 3ZSRA 4W5RA 1Q8IA 4FK0A 2YNFA 2IGIA 4PA1A 3QNOA 4FW1A 3THVA 4E7LA 1RCHA 2P51A 3C94A 3DI6A 3L3UA 2KZMA 1NK0A 1L3SA 1HPZA 1WSJA 1IKWA 3MEEA 5CY4A 4CGHA 4ELVA 4BDPA 1C0MA 1S9GA 3OYGA 1S1WA 3OYLA 3CFPA 1U4BA 3S3OA 2GUIA 2JLEA 1BISA 2YKMA 4CEZA 1S6PA 3L2QA 4FZXC 1A5VA 4CJKA 3QIOA 4FLTA 1Q9XA 3P1GA 3CFOA 4J2DA 1S9EA 1KFDA 4IKFA 2P5GA 1TAQA 5KRSA 1UAXA 3VQEA 3ISNC 1QE1A 1X1PA 1ASUA 4O44A 3V1RA 4B8CA 4CGJA 4CFDA 3OYHA 5D3GA 4W5NA 3LDSA 3KD1E 3B6OA 4DQQA 4M3UA 3IS9A 3LANA 3QO9A 2X6SA 3OYIA 1T05A 3U3GA 4FJ9A 3NAEA 4DU1A 4KB1A 1BIZA 3LAMA 4LD0A 1FKOA 1XHZA 1TK0A 4KKOA 3CG7A 3VQ7A 4PUOA 1HQUA 4AHTA 3TAFA 2OPSA 2F8TA 3DLKA 1LWCA 3PUFA 2WONA 3RR8A 2HNZA 5EU7A 1NK6A 4H8KA 1HYVA 4N56A 3K5NA 2R7YA 1S6QA 4FJMA 2OPPA 3OYFA 4N76A 1RBRA 4M3ZA 3VQ8A 3KLIA 3VQDA 3WNHA 3HL8A 3OS0A 3OYAA 2E4LA 4F2SA 1ZBLA 4DTRA 3VQ6A 3ZT2A 3V4IA 2A1RA 4CEOA 4E89A 3RMDA 1X9WA 2HNDA 4B9VA 4M3XA 1R0AA 4ZHRA 3ITHA 3I0RA 1F21A 2KFZA 1UOCA 4ELUA 1JL2A 5SWMA 4DTPA 1L3VA 5KRTA 4DWIA 1NJZA 4FLYA 4MQ3A 4CIFA 4DU3A 1IKVA 3M8QA 5SZTA 3KD5E 1NJYA 1LWFA 1N5YA 3LPUA 4CEBA 3IG1A 3RRHA 1S5JA 3NFAA 5CYQA 4FJNA 4RW6A 4NYNA 2QKKA 4KRFA 4BDZA 1HMVA 1RBTA 1NK5A 2LSNA 4DQPA 3D0PA 3EY1A 4H4OA 4CJ5A 1YTAA 2G8FA 4FYDA 5DK5A 2EHGA 1HQEA 1BI4B 3AO2A 3DLGA 3KKSA 3TAQA 2B4JA 1U45A 4KHSA 3DLRA 4IG3A 4FLXA 1EP4A 4DFKA 4W5TA 1Y97A 4N47A 4CFCA 2I5JA 5HRNA 1UA1A 1SUQA 2FBVA 2X74A 4QOZB 4B9UA 1QQCA 1VSIA 4DTMA 1J53A 2G8WA 4KHWA 3ASMA 5HLFA 2HHTA 1BCOA 4E19A 4CK1A 3MXIA 3KJVA 3S3NA 1NK8A 4N5SA 4DFMA 1N6QA 4DQIA 5E41A 3L2RA 2WOMA 4CEEA 3SQ1A 2ITGA 1TAUA 4DF4A 1HJRA 1YTUA 1SL1A 3S3MA 1JXBA 2RN2A 3VQBA 4CJRA 5JS2A 1YVUA 1L3UA 1KFSA 1HYZA 2X78A 3LWLA 2OA8A 4RG8A 4KI6A 4E1NA 4KI4A 4B9TA 2KFNA 3LP0A 5HRRA 3WNGA 4Z4HA 4AHCA 4CJVA 3EYZA 3EZ5A 2DFHA 2KW4A 3CFRA 1UA0A 5J2MA 2G8VA 4HCBA 4CJ3A 1ZBHA 4OKEA 3VQPA 3L2WA 4ZTJA 3B6PA 2FBTA 3HVRA 4CERA 1Q9YA 3F9KA 3JYTA 3U6FA 4O5BA 4OLAA 4FLZA 1D8YA 1JXEA 2ETJA 2FBYA 2QXFA 4YFUA 3HPOA 3SV3A 1VSEA 1IKXA 4J2EA 1VSJA 3LWMA 4NYFA 3T19A 3WNFA 4CHOA 4EP4A 3ZT3A 5HRPA 4HUFA 3SUQA 3SUOA 3O4QA 1BGXT 2VG6A 3AVAA 4N41A 3C95A 4Y1CA 3SJJA 1T7PA 2Y1IA 1WSIA 3IRXA 2VWKA 1ZBFA 3OYKA 4JRQA 2BGGA 4EP5A 4I2PA 1TV6A 1S1TA 4FW2A 2IOCA 4HTUA 3SCXA 4K8XA 3V1QA 4BDYA 5FRMA 3AO1A 3VQ5A 4B9LA 4FJKA 3LP3A 3TARA 1BHLA 3ZSXA 3G10A 3NCIA 2PYLA 5I42A 3H08A 4CESA 1RBUA 3U3YA 2IDOA 4F3OA 2HHQA 3ZSOA 4FM2A 2OZSA 2EX3A 2HHSA 4W5OA 1RILA 3SUNA 3M8RA 4BWJA 4DSEA 3V81A 1RBSA 4DTNA 4M3RA 1RT6A 3ZSQA 3OY9A 5J2QA 1VSKA 5CZ2A 3AVKA 4CJEA 1XI1A 4CJTA 3TR8A 1U49A 2DFEA 3K5MA 4J2AA 3TABA 2O4IA 3LP2A 1BL3A 2XY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WEEA 1VQON 3O9UA 4E7KA 3BZCA 4KPYA 2D0AA 1YITN 4MO4A 3K59A 4CJPA 3DOLA 5FLXO 2Z1HA 3MN6A 1NGCA 3AV9A 3ID6A 1TYQA 4B1ZA 3AA3A 2ITMA 3OJUA 2B5JA 3QESA 2BDPA 4H0TB 1C0UA 4AHRA 3FLCO 3K9KA 2A6AA 4A5AA 2HBJA 1VQ5N 3QFUA 1XQSC 3DYAA 3AVGA 4FWRA 3ULEB 1JLAA 4OPJA 1RT3A 3MX2A 2HVIA 3O1BA 3V6DA 1EX4A 5AQLA 4ISEA 3R8EA 1KSPA 4IJNA 1QZ5A 1EO1A 1SKWA 4KTQA 4IFYA 2ZJQL 4CI6A 2V52B 5AQYA 1ATSA 4XH1A 1KXPA 2OPQA 3CCJN 1B92A 3SUPA 5M1FA 3IKMA 4B9SA 4FL9A 4CZIA 1LW2A 4JI3K 1NKEA 1MU2A 4EIAA 1NGFA 1I94K 2BE2A 2CGJA 3AVJA 4CEFA 3VOVA 1WN7A 1RT5A 4FK2A 3O9SA 2YX6A 2KQ2A 3K2PA 3AA2A 1T3VA 1D9FA 4YHHK 4ILGB 1ASVA 3CJBA 4BVPA 4AH9A 5EOYA 3RVCA 1WSFA 2YJFA 1JLCA 3V9SA 1WSGA 3LAKA 4BRGA 1BI4A 1CXQA 1VRUA 1U2VB 3HBTA 3ZSVA 4G9ZA 4DR1K 1C6VA 2AP1A 3IDHA 1NKCA 3ZSWA 5BR9A 2QXLA 3HVTA 4R5PA 2E6LA 5GIPA 2FLOA 2VG7A 3LL3A 4CZMA 3T7ZA 4KBOA 4DUYK 3ATVA 5M1QA 1N33K 2GEMA 1WSEA 4JKHA 1U47A 3NBPA 3H1VX 1C0TA 2Q0RA 4F3TA 4J8FA 4CF1A 3TAPA 1NGGA 4JV5K 3M8SA 2AJQA 1WOQA 4BVOA 4A2BA 3VN5A 3H3OB 3MK6A 1BA1A 1BQNA 3KIOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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