2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
1TK8A 3NDKA 4DTUA 4R5PA 3M8QA 3SCXA 1S1TA 1RDDA 2HNZA 4FZYA 4FLVA 1S9GA 3LP2A 4F3TA 3ULDA 4RW9A 3QINA 3VQ4A 1NJYA 1FKPA 2FBVA 3IRXA 4CEOA 4FJ9A 2HB5A 1UOCA 2E6MA 5SWMA 1NK0A 3VN5A 4HUFA 1RDAA 4FM0A 3HP6A 4DQQA 4FZZA 4Y1DA 2ATQA 1LAVA 1BI4A 3MEEA 3AO5A 4KO0A 1WAJA 1C0TA 1RCHA 1CXUA 4BWJA 1TKTA 4DFKA 3ZSQA 4CJPA 4FJHA 3HP9A 3QNOA 1HYSA 1VSDA 2KFZA 3VQ9A 2G8UA 2G8IA 2O4GA 4FJ5A 4CJ4A 2Y1IA 3PX6A 3OYLA 1R0AA 4J2EA 1G15A 3DYAA 1VSMA 3MXIA 3LP0A 2JGUA 3NF8A 4DSEA 2RF2A 3S3OA 3D45A 3DI6A 3CFPA 2YHAA 5EU7A 3ZSRA 1Z25A 4CF8A 5C42A 3V81A 1A5VA 4KREA 3DLHA 1LWFA 1N5YA 2KZMA 3VQCA 3O4QA 1BCMA 3OYMA 1BIZA 1NK6A 4B9VA 4QCLA 1TGOA 2B4JA 1KCFA 1WSHA 4CJFA 3P83D 1WSIA 4OKKA 4C8OA 3CYMA 3LWMA 3V1OA 3SUNA 4B9SA 5KGXA 1D9FA 3DOLA 3AA5X 1EETA 2HNDA 3HSTB 4KFBA 4CEEA 4YNQA 3OYCA 4PUOA 2KZZA 4O55A 3AA2A 3SUPA 3DRPA 1ZBHA 4DTNA 5FRMA 4Z4IA 3VQEA 3K58A 4CK1A 4FJMA 3DLRA 3LPTA 4DLEA 1KVCA 2GV9A 1BL3A 3P1GA 4ID5A 1NK7A 1T05A 4CF1A 4CJLA 4F3OA 3K57A 4IBNA 3RMCA 5I42A 4FM2A 4CE9A 4N76A 1QS4A 3AVHA 2XO7A 4KHQA 1S1WA 3MAQA 1CXQA 4CFBA 1NJWA 3HPOA 4B8CA 2DFHA 4OPKA 4FJJA 3TR8A 1WN7A 2YKMA 1RBUA 4DQRA 2QKBA 1RT3A 4C8KA 1EXQA 1L3UA 4I7FA 3M8SA 3C95A 1CZ9A 2IS3A 2VWKA 1KLNA 1T8EA 3NF6A 4Z4CA 4DTPA 4CEZA 3L2VA 1HPZA 3QEXA 4HCCA 4N56A 4PQUA 1XC9A 1J54A 3C6TA 3I0RA 3VQPA 4DSLA 2KQ2A 5KTQA 5DMRA 2YHBA 4DQPA 2HHQA 3AO3A 1JLEA 3HXMA 3LPUA 1HYVA 1HMVA 4EZ6A 4ICLA 2F8SA 5HRNA 4OPJA 3CFOA 1RBVA 4BWMA 2P51A 3FFIA 4KPYA 4AHTA 4KB0A 1ZBIA 4B3OA 2XRIA 4KTZA 4KKOA 4C8NA 1TAQA 4IFVA 1U49A 4FLWA 3WNHA 3U3YA 1JKHA 1A5WA 3L2UA 2PY5A 4RW6A 1RT4A 4DTRA 4G1QA 3IS9A 3TABA 3I8DA 1VRUA 4HHTA 3TAMA 5KGWA 1XWLA 1RT6A 1NJZA 3AA4A 1NK9A 1FK9A 1N6QA 3RR8A 4KHNA 2HW3A 4J2AA 1BCOA 1HQUA 4ID1A 4BE0A 3THVA 4B9LA 3NH0A 3C94A 5SZTA 1WAFA 4DSKA 1IG9A 3SYZA 5C25A 3TAEA 4B9NA 1W9HA 5DK5A 1C6VA 1TKZA 4CGGA 4E7LA 2BANA 3CG7A 3NFAA 2XY5A 2EX3A 1C1BA 3MXMA 1RDBA 3S3NA 4O44A 4DFJA 4AHVA 4NYFA 4CJUA 4CHOA 1RBSA 4NYNA 4DLGA 4FXDA 4DSIA 2IGIA 3AVKA 1NOYA 1QHTA 4ZTFA 4E89A 1NK8A 1LV5A 1RTIA 3ZSVA 1NJXA 3SZ2A 3NE6A 4W5TA 3V9XA 4DU3A 3ZT4A 4IFYA 3ZSXA 3KK1A 4FLXA 4DQSA 3QESA 2HMIA 4Z4HA 4I2QA 3QERA 4K8ZA 3RMDA 4CJSA 1LW0A 1WNSA 1TK0A 2HHVA 3AVGA 4LD0A 3A2FA 1WSFA 3ZCMA 4CHNA 2ETJA 3F73A 4Z0UA 4M3ZA 4ZHRA 2DTUA 3PV8A 3VQ6A 4J2BA 2DFEA 2OPPA 3NHGA 4O5BA 2JLEA 4CJ3A 1SL2A 1KFDA 1RNHA 4CIEA 4CK3A 4O0IA 1CLQA 1QQCA 3SV3A 4FM1A 4IKFA 4IG0A 1NK5A 2F96A 1L3TA 1TKDA 4NCAA 3B6PA 3KK3A 4XIUA 4M3YA 3MEGA 1NOZA 4K8XA 3KD5E 4RG8A 4AHUA 1S1UA 4CJEA 2Q3SA 4LH5A 3EY1A 4HUEA 4Q0BA 3WNGA 4OGEA 4CEFA 1U47A 4W5QA 3G10A 4LY7A 1D8YA 1U04A 2D0CA 3HVTA 4CGFA 4HTUA 1SUQA 4B9MA 3EYZA 3CM5A 4L8RB 4Z4GA 4NCGA 2I5JA 3QETA 4N41A 4CJWA 3OJSA 2F8TA 1YTUA 1RT5A 1B92A 1HNVA 1ASUA 2OPSA 3O3GA 3SQ2A 2FBYA 3LANA 5FDLA 4ZTJA 1RILA 4FW2A 3QEPA 1Q8IA 4DSFA 3KIOA 4Y1CA 3QLHA 3F9KA 1L3SA 1BGXT 3AVBA 4E7KA 4KHWA 2OZSA 4PY5A 2IOCA 3DOKA 1IO2A 3NAEA 4M3WA 1JLCA 1J53A 4GW6A 3E01A 3K5MA 4M3TA 3JYTA 4OLAA 4GVMA 4CJRA 1NKCA 1BI4B 4DWIA 4HUGA 4CIFA 3AO2A 3TAFA 1SL0A 4EZ9A 4CF0A 4NCBA 2RN2A 3QEIA 1WLJA 2E4LA 4OKJA 2W42A 4HCBA 1WSEA 3HT3A 4OVLA 1IKVA 1CZBA 1TKXA 2HVHA 4DTOA 3V9WA 1TVRA 1U45A 1HRHA 1J9AA 4FK0A 2YKNA 3L2RA 3ITHA 1ZBLA 3LP1A 1ZYQA 3RTVA 3SV4A 3CM6A 2FC0A 4JS5A 1RT2A 1UA0A 1I39A 4IDKA 3VQ5A 5T7BA 1VK0A 1YTAA 2XY8A 3B6OA 2R7YA 2A1RA 4CHZA 3L3UA 4E7HA 4I9LA 4FJGA 5C24A 3SI6A 3ZT1A 3JSMA 2X6NA 1S5JA 3LDSA 2G8WA 3DLEA 3K59A 3ZSWA 4H4MA 4BACA 4E3SA 4AILC 4E1NA 2X78A 1IKWA 4Q5VA 3HPHA 2FBTA 1KVBA 3PUFA 3V9UA 4LSLA 1GOAA 1XI1A 3VQDA 5CZ1A 3OS2A 3K2PA 3AO1A 1TL1A 4W5NA 1I3AA 3T3FA 4FJNA 4CEQA 5KRTA 1U48A 1NKBA 4KRFA 4KHSA 3OY9A 2YV0X 3IAYA 3OYDA 2WONA 2XY7A 3SUQA 1QSSA 5JS2A 4FJLA 1A5XA 4Z4FA 4IG3A 2VG6A 3V1RA 2YNHA 3P5JA 3NGZA 3NCIA 3SPYA 3AVFA 5J2MA 4I9QA 2OPQA 1RTJA 1WSJA 3AVNA 3LZJA 2D0AA 2Z1HA 1DTQA 1RBTA 1ITGA 2ZQBA 1YVUA 3HJFA 3SJJA 5FRNA 2OPRA 1REVA 4JRQA 3DLBA 4W5RA 3AO4A 3MECA 1JLAA 1KFSA 2PYJA 4B9TA 2HHXA 4M3RA 4F2RA 4QAGA 1RT1A 4FCYA 1SV5A 2IC3A 4JS4A 2Y1JA 1JL1A 4CIGA 2XY6A 2QXFA 2X6SA 4FLUA 1D9DA 3EZ5A 1LW2A 1VSFA 2D5RA 3O4NA 4FK2A 1S6QA 4CHYA 1LWCA 1VSLA 3O3HA 1JLGA 4DTSA 3K5OA 4C8MA 2BDPA 4FJ7A 4M41A 4CEBA 3WNEA 1HNIA 1ASVA 1HYZA 2VWJA 1X9MA 3K5LA 3LAKA 1C0UA 2IAJA 2BE2A 3T1AA 2FBXA 4CJTA 4FVMA 1SKRA 4DF8A 5D3GA 3KKSA 4KHUA 2HHUA 3QIOA 4M3XA 1D5AA 4BDPA 4PWDA 1C1CA 1RTDA 5J2QA 1O1WA 1VRTA 1VSKA 1X1PA 2EHGA 3DM2A 4H4OA 4LSNA 1K6YA 3PY8A 4FJ8A 4FW1A 1EKEA 4HVJA 4UQGA 5HLFA 4KTWA 4CGJA 3HK2A 1TAUA 1MU2A 5HBMA 2KTQA 3ISNC 3HM9A 3ZT0A 1RBRA 2HHTA 3KLIA 3VA3A 4F8RA 1C0MA 3DRRA 1F21A 3VQ8A 4DS5A 4DQIA 1UAXA 4KV8A 2GUIA 4B8AB 4CJ5A 1X9SA 1T03A 5J1EA 2OA8A 1EP4A 3PO4A 3BDPA 1YT3A 3SPZA 2LSNA 4GMJB 5FROA 2X74A 4AHRA 3HL8A 1S1XA 3L2QA 2YNGA 5J2NA 1C1AA 3AVCA 4CF9A 3KLEA 1UWBA 3AV9A 4WE1A 2OYQA 4CF2A 1B9DA 3RMBA 3M8RA 1S1VA 3AVIA 3RR7A 3NGYA 2KW4A 1RDCA 2P1JA 2D0BA 4AHCA 3NH1A 2ZD1A 4E7JA 4PA1A 4CERA 1DLOA 5HROA 2QKKA 3AVMA 3NGIA 1FKOA 3TAGA 2ITGA 4CCHA 3OYFA 5HRRA 3OS0A 1XHXA 3TARA 3AA3A 3OJUA 2O4IA 3CFRA 3D0PA 1HQEA 3TAPA 4N47A 1LWEA 3KLHA 1SKWA 4CEAA 3V9SA 1L5UA 3TI0A 3L3VA 3LWLA 2AJQA 3AVLA 4DTXA 2Z1GA 3ASMA 4CJQA 4YFUA 3HO1A 2B6AA 1VSEA 4RW4A 3K5NA 1NK4A 3UIQA 4OKEA 3T19A 4KHYA 3PX4A 2A1SA 4W5OA 5KI6A 3QIPA 3ZT3A 3HVRA 4E0DA 3V9ZA 3KKRA 2P5GA 4B08A 5CYQA 3OYEA 2OZMA 4DFMA 4CK2A 4B9UA 4CFAA 1U4BA 3OYBA 4CGHA 3OYKA 4JLHA 4DU1A 3SQ4A 3KJVA 1KVAA 3NH2A 3VQQA 3QEWA 1Q9XA 2G8VA 4KAZA 4KI6A 3RWUA 1DTTA 2RKIA 4E7IA 3G0ZA 3U6FA 4BDZA 4O0JA 3SNNA 4CECA 4KTQA 1Y97A 1JL2A 4M45A 3DMJA 3LALA 3ZT2A 3O3FA 2VG7A 4FJXA 4F4KA 3QO9A 4DTMA 3VQAA 1JLQA 1RT7A 4M42A 1J5OA 3ZSOA 5KRSA 1KLMA 1X9WA 1KTQA 4CEDA 3NBPA 5K14A 3L2WA 4BDYA 3RRHA 2G8FA 4Z4EA 2B5JA 2G8HA 3LAMA 1W0HA 4E1MA 3QEVA 1TV6A 4FLYA 3DLGA 3V1QA 4CFCA 4JRPA 4DMNA 1JLFA 1L3VA 4KB1A 2BGGA 2P5OA 1IKXA 4CGDA 2KFNA 2YNIA 4E19A 3KLGA 1SL1A 3MXJA 3KTQA 4DSJA 4ELTA 3CQ8A 1ASWA 4DFPA 5CYMA 4CJVA 1BQNA 5E41A 1XHZA 2PZSA 4ELVA 4ELUA 5JS1A 3LP3A 4OLBA 3KK2A 4DTJA 3AVJA 2DFFA 4DU4A 4O4GA 2PYLA 3OVNA 1S9EA 4H8KA 3OYJA 4MFBA 4CFDA 4FZXC 3NF7A 2GBZA 4LH4A 4CESA 1BISA 1HJRA 3DRSA 1T7PA 4CHQA 1SKSA 1GOBA 4AH9A 4QOZB 3AVAA 1QE1A 4N5SA 1VSIA 2Z1IA 1VSHA 4BE1A 3OYIA 4DS4A 1IH7A 1QSYA 3VA0A 3DLKA 3L8BA 3LZIA 5I3UA 1QTMA 1JLBA 4CGIA 4EP5A 3OYAA 3MEDA 3PX0A 3S9HA 5HRPA 3HPGA 5CZ2A 3WNFA 4CJKA 3S3MA 2HNYA 3SQ0A 1KRPA 2DY4A 3RMAA 1FXXA 2Z1JA 2WOMA 3OYNA 1TL3A 3ALYA 3KLFA 1TK5A 4F2SA 1ZBUA 5CY4A 4FJKA 3VQ7A 1ZBFA 3HYFA 3NF9A 4C8LA 1RTHA 2E6LA 1S6PA 4M3UA 3SQ1A 4OJRA 1BIUA 4RW8A 1VSJA 3U3GA 3VQBA 4AHSA 4CHPA 2HVIA 2ZE2A 3C6UA 4J2DA 3OS1A 3V4IA 3KD1E 1JXBA 2G8KA 3H08A 4KI4A 1Q9YA 1B9FA 4OGCA 1UA1A 3IG1A 2XHBA 3OYGA 1WSGA 4TSXA 3I0SA 4MQ3A 2NUBA 4FLZA 3QNNA 3M8PA 4RW7A 1BQMA 2RPIA 3ZSYA 4FLTA 3TAQA 2IDOA 1BHLA 1IKYA 5HRSA 4FJIA 2YNFA 1NKEA 3OYHA 1QSLA 4EP4A 5J2PA 1GOCA 1KSPA 3RRGA 1LAWA 2VG5A 1JXEA 3SUOA 2HHWA 3V6DA 1EX4A 2QK9A 3ZSZA 4I2PA 4BE2A 5HP1A 3BGRA 4DF4A 4FYDA 3PO5A 3TANA 4FK4A 4DG1A 2HHSA 1Z26A 3TWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CIPA 1OKJA 2DPNA 1TK8A 3NDKA 4FLVA 1S9GA 3P4IA 1NJYA 3CCJN 2HB5A 5AQSA 1NK0A 4JKAA 4NLCA 1RDAA 4DQQA 2GEMA 2NNWA 5F0XA 1BI4A 1C0TA 1RCHA 1QHAA 2ASPA 3DYAA 3E9OA 4E1JA 1VSMA 5JICA 3DI6A 1ZXOA 4CF8A 5C42A 3CC7N 2E2NA 1A5VA 1N5YA 3O4QA 1BCMA 1BIZA 3DXKA 1NK6A 2B4JA 4DV3K 4U67L 3P83D 2KHOA 1WSIA 2E88A 4NXMK 3OA9A 4CBUA 4CJ7A 4BRHA 1EETA 3CJ9A 2UUAK 4BR4A 3O9RA 3AA2A 3DRPA 3C7NB 5FRMA 4XH4A 1ZBHA 3K58A 1HKCA 4FJMA 1IV0A 1KVCA 5M1OA 1BL3A 3L4QA 4ID5A 4F3OA 4HWIA 3EO3A 4YY3K 1BU6O 4M7XA 4KHQA 1S1WA 3EN9A 4V19S 1NJWA 3HPOA 4OPKA 4WQ5C 4IZ9A 1IBKK 1OH6A 1V4SA 4I7FA 4EHTA 3KZBA 4Z4CA 2HBJA 4CEZA 1YJNN 4LF9K 4HCCA 4N56A 1XC9A 1J54A 1EO1A 4BR2A 4DSLA 3BF3A 5LJWA 3LPUA 1HMVA 4ICLA 4AM7A 4OPJA 1RBVA 4H03B 4KPYA 4IOAL 4QS8A 1VQ7N 1JKHA 1A5WA 5EXWA 2UUBK 2PY5A 2QWLA 1XMQK 2NRTA 4FPAA 4DTRA 4G1QA 5KGWA 3CI5A 1NJZA 1NK9A 1FK9A 4J2AA 1BCOA 1KC8O 3NMUA 4DSKA 5C25A 4B9NA 5BN8A 1W9HA 3T1YK 3ULEA 4O44A 4DFJA 1GLBG 4CJUA 3OW2M 4NYNA 3N4QA 4DSIA 1NOYA 1QHTA 4BRMA 1NJXA 3UKUA 1CZAN 4W5TA 4DQSA 3QERA 3RMDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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