2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
1ASWA 2IOCA 3O3HA 1U4BA 2O4IA 4L8RB 4Z4HA 1QHTA 3OYLA 2OA8A 4KB0A 3THVA 3NFAA 3ZT3A 5CYQA 1S1XA 3SQ4A 1U45A 1XI1A 1ZBFA 4FJLA 3SUPA 4FLTA 1NK4A 4OVLA 1FKPA 1RT4A 1JLBA 3LANA 4G1QA 1YTUA 3NF9A 1ZBHA 3LAMA 3HO1A 2KTQA 4ID1A 3P1GA 1U49A 4ZTFA 3ZSOA 3C6TA 3VQ6A 3HPGA 3RMDA 1J54A 5FROA 1RDDA 4WE1A 1TK5A 5HRSA 4DS5A 2F96A 3ZSYA 4Z0UA 1SL0A 1XHXA 2A1SA 3G0ZA 3TAMA 4M45A 1TL1A 1UA0A 4CFDA 1EX4A 4DMNA 4F2RA 4OKEA 4CFCA 5HP1A 4GVMA 5J2QA 3HP6A 2OYQA 1TV6A 3O4NA 3KD1E 3V9UA 4FJJA 3SUQA 3LP2A 2DFFA 4KAZA 1DLOA 3MAQA 3HT3A 4DTSA 3QEPA 3F9KA 4J2BA 4IFYA 2PZSA 4IBNA 4KO0A 4CIFA 1LAVA 4ZTJA 1QSYA 4PQUA 5JS1A 4DQRA 3IRXA 4KHSA 1I39A 1UWBA 3DYAA 1JL1A 4KV8A 3CFRA 2RN2A 4FJNA 4E7KA 3OYDA 4FLVA 1SKWA 2IAJA 2YHAA 1EKEA 4R5PA 3S3MA 1SKSA 4W5NA 5KRTA 2IGIA 5KGWA 2I5JA 4M41A 4AHCA 4CF0A 3NF7A 3O4QA 4Y1CA 4Z4CA 3LDSA 4HUGA 4B9MA 1IO2A 5FRMA 4CE9A 1SUQA 4F3OA 2VG6A 3BGRA 4CIGA 1VSLA 1HYSA 4FJIA 1C0UA 2OPRA 1TKZA 3DRPA 5C24A 4DQPA 4DSKA 4HUFA 1ASVA 3QEXA 4GMJB 1C1AA 1S5JA 2YNGA 1S1UA 3NGYA 3C94A 3NGZA 3ZSQA 4J2EA 3MEEA 3WNHA 5HROA 4DS4A 3KLEA 4PUOA 1W0HA 1BIUA 3DLEA 4MFBA 3VQ9A 4NCAA 2JLEA 2HHTA 1CXUA 3DOKA 3EZ5A 3S3OA 4B9SA 2HHWA 1RT6A 4CJKA 1NK9A 1S9GA 4B8AB 3QEVA 2YKMA 3RMBA 4DLEA 4FJ5A 1EETA 2B6AA 2WOMA 1TKDA 1VK0A 3MECA 1TK0A 3V1QA 1A5WA 2HNYA 1RDCA 4CIEA 1NOYA 3BDPA 3K5NA 4RW9A 2Y1IA 5I3UA 3DI6A 3ITHA 1YVUA 4OPKA 4OLAA 2YKNA 3A2FA 3C6UA 3AO3A 4NYFA 1RDBA 5FDLA 3AVCA 4DU1A 1NJYA 1UAXA 4DSLA 4KI6A 2OPQA 4CHOA 4Q0BA 3AVAA 4AHVA 4CJSA 4CK1A 1NK5A 1D9FA 1Z26A 4DQQA 2KZMA 2P5OA 3QIPA 3IG1A 4LSLA 2XY5A 3TARA 2Z1HA 4E1NA 1WNSA 3SUOA 4FM0A 3ZCMA 4DQSA 4O0IA 4EZ9A 4E7IA 4CEAA 2ZQBA 1TL3A 2EX3A 5SZTA 1D8YA 4F2SA 2O4GA 1Y97A 4KKOA 4DTUA 3QNNA 3AA4A 1KVAA 1K6YA 2KW4A 1QTMA 2E4LA 3VQ7A 3V9ZA 3K2PA 1U47A 1JLQA 1IKWA 2IDOA 1X9WA 1NKBA 3VQ5A 4K8XA 4CJPA 5T7BA 3AV9A 2F8TA 1Q9XA 3L2VA 3V1RA 1CXQA 2DTUA 3PX0A 4CK3A 4CJFA 3OYIA 1SKRA 1HJRA 4DWIA 3TI0A 5KTQA 1HNIA 1RT7A 3CFOA 4LSNA 3MXMA 4XIUA 2G8KA 3ZSZA 1BI4B 1RT2A 1XHZA 1EP4A 1TKXA 1VSDA 3B6PA 1XC9A 4E3SA 5KGXA 4JS5A 1NK7A 2E6MA 2ZE2A 2XHBA 4CFBA 4OLBA 4M3WA 3E01A 4OKKA 4ELUA 3KLFA 1TGOA 4RW7A 3UIQA 1L3VA 2X6NA 2Z1GA 3RTVA 4HCBA 5HRRA 3HPOA 3LPUA 1RBVA 2D0BA 3QINA 3NDKA 3AVLA 4CJEA 4BDYA 1KRPA 2HHXA 3IAYA 4DSEA 3AVKA 3PUFA 3K5LA 4FZYA 3SNNA 3OYAA 2G8UA 1HQUA 1JL2A 1XWLA 3U6FA 3OYEA 4W5OA 4RG8A 4HHTA 1X9MA 4NCBA 4B9LA 2X74A 3LP1A 1NJXA 4KHNA 2WONA 1FKOA 4CGFA 2DFEA 1NK6A 4KHYA 1RDAA 4ELTA 1SV5A 4DFKA 4CJVA 1C6VA 3LPTA 1EXQA 4FZXC 4M3TA 4GW6A 4BDPA 2QXFA 1BCOA 4AHSA 4CFAA 3L3UA 2HMIA 1HPZA 3AO4A 2X78A 4PA1A 3M8SA 2RF2A 3LWMA 1VSIA 3TANA 4DTXA 4CJ4A 4CERA 1NOZA 3PX4A 3V81A 1FXXA 4FLWA 3ZSWA 4CJWA 1WAJA 1IKXA 3SV3A 1NJWA 3HYFA 1LW0A 2XRIA 4B9UA 3AVBA 2D0CA 3AVIA 1G15A 4RW8A 4EP5A 3K57A 2R7YA 1L5UA 1Q8IA 3PY8A 3OYGA 1QE1A 1VSJA 1RTJA 3CYMA 4ZHRA 3ASMA 3ISNC 3SYZA 2IC3A 5C42A 4CGGA 1J5OA 3DLRA 2HHUA 4DTNA 2ITGA 3MXJA 4I9LA 1T05A 3TAPA 3NBPA 2HB5A 5I42A 3VA3A 2VG7A 2YNFA 3V9XA 3DLGA 3SPZA 3QETA 3KK2A 1DTTA 1KVCA 3SQ0A 2HHQA 3OYFA 3EY1A 1NJZA 2G8IA 1U04A 1RT1A 4FJ8A 4AILC 4FZZA 3HM9A 1BGXT 4N76A 4IDKA 4LD0A 1BCMA 1S1VA 4E19A 4DQIA 1HRHA 3HVRA 1YTAA 1X1PA 3V4IA 4UQGA 3HXMA 3NE6A 2QK9A 4FK4A 1RILA 4FJHA 4IG3A 4PY5A 4FK2A 3CM6A 3SUNA 4TSXA 3B6OA 3DRSA 4DF4A 4Y1DA 4CJ3A 2JGUA 2RKIA 4OKJA 1VSEA 3V9WA 1A5VA 1VSHA 3K59A 1QSLA 3G10A 3I0SA 4KHWA 4EP4A 1S6QA 3TAGA 3ZSVA 4FJGA 3RWUA 4KREA 3OS1A 2BANA 2ATQA 4DTPA 3TAEA 1UA1A 3OY9A 5HLFA 2HNZA 3AA5X 4ELVA 3VQEA 1ITGA 1QS4A 3WNFA 1T03A 2OZSA 3SQ1A 1NKEA 4FK0A 2DFHA 4QOZB 3IS9A 4C8NA 3WNGA 4H4MA 3WNEA 3TAFA 2YV0X 4JLHA 4CJRA 4B8CA 3OYMA 1WSEA 4O5BA 3T1AA 4JRPA 3QNOA 4CEOA 4N56A 4CK2A 1QQCA 4CHZA 2G8HA 4FCYA 1L3SA 1IKYA 4BE0A 1TAUA 4BACA 4LY7A 3RR8A 2G8VA 3PO5A 3AVJA 2QKKA 4W5RA 4FJ7A 4CEBA 1RBUA 5EU7A 4OJRA 3VQ8A 1D5AA 4C8LA 3ULDA 1ZYQA 3U3YA 3V9SA 2B5JA 5DMRA 2Z1IA 3DM2A 4OGEA 1LWEA 1KVBA 4QAGA 5DK5A 4FJ9A 2EHGA 4FLZA 3T3FA 1FK9A 3D45A 3KIOA 3KLIA 2E6LA 4FJKA 5JS2A 3QERA 3O3GA 4C8OA 4FM1A 3OYCA 4HCCA 3AO1A 2KZZA 3KLGA 3F73A 3LZJA 3KD5E 3LP0A 1VSKA 4O4GA 1R0AA 3NH0A 3AVHA 3KTQA 1KFDA 3TR8A 1LWFA 1WN7A 3VQQA 4Z4EA 2YNHA 4ICLA 3QEWA 2KFZA 2VG5A 4PWDA 2PYLA 3FFIA 1JKHA 1RBSA 1KFSA 4QCLA 2Z1JA 1VRUA 4AHTA 3VQBA 4CECA 4CGDA 3OYNA 4CGIA 3M8RA 3SQ2A 3SZ2A 1NKCA 4CF8A 5KRSA 1RT3A 1KLMA 3KK1A 1KSPA 3CG7A 5K14A 1C0MA 4CHYA 4C8MA 4KHQA 2DY4A 2QKBA 2P1JA 4OPJA 4Z4IA 1Z25A 3SJJA 3L2QA 1KCFA 4N47A 4DG1A 1GOCA 4BE1A 5J2PA 3NCIA 3RRGA 4NYNA 1LWCA 4M3YA 2HVIA 4BDZA 1MU2A 1VSFA 1CLQA 4Z4GA 4FW2A 2B4JA 3MXIA 4CHPA 4AH9A 3LALA 2BE2A 3NH2A 4HTUA 2FC0A 3TAQA 3PO4A 4CGHA 4FYDA 3VQDA 3EYZA 4FM2A 2NUBA 4CJUA 3OYJA 3K58A 3TABA 1T8EA 1S1TA 4KI4A 2FBYA 4DU4A 4DU3A 2A1RA 4FJMA 1C1CA 3ZT0A 1TVRA 1BI4A 3LWLA 2BDPA 2X6SA 3H08A 4CJ5A 3NAEA 3ZT1A 1N6QA 4B9VA 1S9EA 4B08A 4CESA 1IG9A 3ZT4A 5FRNA 3O3FA 4FLUA 3ZT2A 2AJQA 1BISA 3MEGA 2FBXA 3KK3A 1N5YA 3NF6A 1RTDA 5SWMA 4M3ZA 1WLJA 2KQ2A 3DMJA 2HHSA 4CCHA 1WAFA 5J1EA 1ZBUA 5KI6A 1RTHA 3RMCA 4DTJA 1JXBA 1JLAA 3HL8A 3M8PA 1JLGA 1KLNA 4RW6A 3ZSRA 3JSMA 3KKSA 3C95A 4FW1A 5J2NA 3PV8A 4CEDA 1Q9YA 1JLCA 3I0RA 3DLBA 4B9TA 4CF2A 4CHNA 3QLHA 4KTQA 2HHVA 1HQEA 2YNIA 2ZD1A 3AVGA 4W5TA 3SCXA 2F8SA 1BQMA 3AVFA 3QEIA 1JLFA 1VSMA 4CJQA 1SL2A 4JS4A 4F3TA 3LAKA 4LH4A 4LH5A 4CJLA 1U48A 2G8WA 2OPSA 1CZ9A 5HBMA 5C25A 2W42A 4AHRA 3K5MA 3CFPA 2XY6A 1WSHA 4B9NA 1RTIA 1D9DA 4O55A 1LW2A 4CEEA 1NK0A 3AO5A 3ZSXA 3DRRA 3V1OA 4DFJA 2FBVA 4KRFA 4RW4A 4BE2A 5CY4A 1BQNA 3NHGA 1LV5A 4BWMA 4CEZA 4E89A 4DSFA 3S9HA 4ID5A 4KTWA 3KJVA 4I2PA 1C0TA 1GOBA 4H8KA 3HJFA 3M8QA 4DF8A 4YFUA 1JLEA 4CEQA 1RNHA 1NK8A 2P51A 3AVMA 1IH7A 5CZ1A 4CJTA 4FXDA 1GOAA 3U3GA 5CZ2A 2Y1JA 1VRTA 2XY8A 1WSIA 3OYHA 4DTMA 1C1BA 4N41A 3TWHA 3DLHA 4M3XA 5D3GA 1HNVA 4EZ6A 1B9FA 1S1WA 4Z4FA 4E0DA 1HYVA 3L2RA 3LZIA 4BWJA 3CQ8A 1RBRA 4H4OA 2HVHA 1J53A 4OGCA 3VA0A 1ASUA 2HNDA 3SI6A 2RPIA 4CHQA 2GBZA 3OS0A 4M42A 1S6PA 4NCGA 3VQ4A 1HMVA 3NH1A 4DLGA 5CYMA 1ZBLA 4FLYA 1B92A 4IG0A 3P5JA 2Q3SA 3L8BA 4I7FA 3L2WA 5HRNA 1KTQA 4DFPA 3P83D 2GUIA 3QIOA 2G8FA 3PX6A 3HK2A 2P5GA 4E7LA 1LAWA 2ETJA 3L2UA 2IS3A 1TK8A 1IKVA 4DSJA 4FVMA 4K8ZA 1UOCA 3OYBA 3KKRA 4HUEA 3MEDA 4KTZA 1WSJA 1SL1A 1L3UA 3JYTA 1BIZA 5J2MA 2HW3A 2D5RA 3D0PA 3VQAA 3AO2A 4KB1A 3AA2A 2OPPA 2XY7A 3AA3A 3QO9A 5HRPA 1BHLA 4W5QA 4J2DA 4E7HA 1X9SA 3QESA 3L3VA 4FJXA 3ALYA 1A5XA 1RT5A 3HPHA 4AHUA 2FBTA 4J2AA 4KPYA 5E41A 4HVJA 1RCHA 3OS2A 4F4KA 3DLKA 4CEFA 4CF1A 1J9AA 1O1WA 4E7JA 4DTRA 4FLXA 1I3AA 4DTOA 2GV9A 4JRQA 1JXEA 1B9DA 2PY5A 4C8KA 1DTQA 3AVNA 1TAQA 1RBTA 4KFBA 4O0JA 3RR7A 1REVA 3SPYA 3I8DA 1W9HA 3V6DA 1TKTA 4DFMA 3KLHA 2XO7A 3RRHA 3DOLA 3OJUA 1L3TA 4Q5VA 3CM5A 3S3NA 1YT3A 4N5SA 2KFNA 4M3UA 1QSSA 4MQ3A 3OYKA 3HSTB 4CGJA 2LSNA 4F8RA 3K5OA 4IFVA 4KHUA 3RMAA 1F21A 1WSGA 2OZMA 3HVTA 1T7PA 4IKFA 1WSFA 2YHBA 3NF8A 4O44A 2PYJA 4I9QA 1ZBIA 4DSIA 3OVNA 1CZBA 1HYZA 3NGIA 2D0AA 3VN5A 4YNQA 2VWKA 3SV4A 4CF9A 3LP3A 3T19A 2BGGA 3HP9A 1BL3A 4M3RA 3OJSA 2VWJA 3VQCA 4B3OA 4I2QA 4E1MA 3VQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASWA 2O4IA 4BR2A 2OA8A 5CYQA 3IDHA 1U45A 3S41A 1IV0A 2Q0RA 5JVGL 3O9QA 3KWGA 3VQ6A 2O8DA 3RMDA 4FPBA 5FROA 4FOEA 3HRGA 1SL0A 1XHXA 3G0ZA 4F2RA 2HMPA 1UA0A 4OKEA 3UKUA 5J2QA 4EFHA 2OYQA 3V9UA 3SUQA 4IOCL 3WQUA 5C15A 5FPMA 1LAVA 4PQUA 2F4VK 3IRXA 4JKGA 3DYAA 4LF5K 3EN9A 1N34K 1EKEA 4BQLA 3CCSN 4W5NA 5KGWA 2I5JA 4AHCA 3O4WA 3NF7A 5AQRA 4HUGA 5FRMA 4Z94A 4CE9A 2VG6A 4RCHA 2OPRA 1TKZA 1XMOK 2E20A 1ASVA 4CI6A 1U2VB 2UUCK 4GMJB 1C1AA 1S5JA 2YNGA 3ZSQA 4J2EA 3WNHA 5LY3A 4DS4A 4OX9K 1OKJA 3VQ9A 1D4XA 3J8AA 3EZ5A 1VAZA 4B8AB 2YKMA 2V51B 1EETA 2WOMA 1TKDA 1RDCA 3PIOL 4NLCA 2Y1IA 4DV0K 4DR6K 3A2FA 4CHOA 1HNWK 2Q31A 4AHVA 4CVNE 1NK5A 1I94K 1D9FA 5H1SQ 3LM9A 4WQ5C 2XY5A 1WNSA 3CJ7A 4KHNA 4XEIA 4CEAA 1TL3A 2EX3A 1D8YA 3CJBA 3AA4A 2HBJA 3VQ7A 1U47A 1JLQA 1NKBA 4OO1J 3FLCO 3O9SA 3VQ5A 2QI2A 4YOYA 3AV9A 3TSUA 3V1RA 1CXQA 3CJ1A 3PX0A 3FE1A 4A5BA 1HNIA 1XMQK 2VGNA 4WFBL 2G8KA 1RT2A 4NXMK 1OH7A 1VSDA 4E3SA 5B8HA 5KGXA 4JS5A 4CFBA 4M3WA 3E01A 4ELUA 4RW7A 2Z1GA 1Z05A 3HPOA 1VQNN 2D0BA 4BDYA 1KRPA 3PUFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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