3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
1VQON 3CCEN 5H1SQ 1M1KO 4IO9L 1Q86O 4UY8O 3CXCM 2OTLN 1W2BM 1JJ2M 1NJIO 3G71N 1K9MO 1KQSM 3I56N 3CF5L 4U67L 3PIOL 3DLLL 3CCRN 2ZJRL 3OW2M 3CCQN 5JVGL 5GAHP 1M90O 1YITN 1Q7YO 3I55N 4WCEL 3CMAN 3CC2N 1VQPN 1YHQN 5DM6L 3CCVN 3CC4N 5HL7L 1VQ6N 1YI2N 4WF9L 3CCLN 1S72N 1Q82O 1QVFM 3G4SN 1K73O 4IOCL 5MLCQ 5GAGP 1VQKN 3CCSN 1VQ9N 1OVYA 2ZJQL 1QVGM 3CCMN 3CPWM 4WFAL 2OTJN 1K8AO 1ILYA 1YJWN 4WFBL 1N8RO 1KD1O 2QEXN 3CD6N 3J7ZO 2ZJPL 1KC8O 5JVHL 1VQ7N 5GAEP 1VQ5N 2QA4N 1YJNN 3CMEN 5DM7L 1YIJN 5GADP 1Q81O 1VQNN 1VQMN 3PIPL 3G6EN 3CCUN 3CC7N 1YJ9N 1VQLN 4IOAL 1VQ8N 3CCJN 4WFNL 1VQ4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNFA 2BANA 4KHUA 3OS2A 5LMUK 3QNNA 3JSMA 1XHZA 2B4JA 3NMUA 4HUGA 4IXCA 3PLAA 1YXQA 4CZHA 1Q18A 4C8LA 3GOIA 1NOZA 3CERA 4DSJA 3R9PA 4FJIA 1C0MA 4YORA 4BR4A 3E01A 4ELTA 2QK9A 2YCHA 1NKCA 4MO5A 1V4SA 4CJWA 1NOYA 1SS6A 1DT9A 4CJ7A 3QBXA 4H5NA 2I7PA 3SMSA 1HX1A 4DSEA 4KHPK 1X1PA 4C8MA 3BF3A 3NVKA 1S6PA 1JLFA 4BDYA 4DR4K 1VSMA 2JLEA 3AO3A 3RWUA 4XH1A 2KQ2A 1T6CA 4AHVA 1SL0A 3KLHA 3OYCA 3ZT4A 5HROA 4DTMA 3HL8A 4QS9A 2BDPA 4BR0A 1WSGA 2WC9A 1N32K 3TSUA 5GIOA 5AQXA 1MA9B 2E2PA 2GUPA 3BUZB 3E9LA 3MXIA 4M3XA 4CESA 3VQ5A 1OH5A 1RNHA 5CR4A 1QZ5A 2ZJPL 2YHXA 1BCMA 4K25A 3IDHA 4CF0A 1DTTA 3CJAA 1N34K 3I8DA 3CM6A 1YUWA 5AQVA 3UE5A 3VESA 4CBXA 4CGFA 1Q81O 4PA1A 4B3SK 1ITGA 4ELUA 2D4WA 1I39A 1BI4B 4KH5A 4H5RA 4W5OA 4DV1K 3VQEA 1YJ9N 3VEYA 3CFOA 4WFNL 3LAMA 1S1VA 4FWKA 3SCXA 3NBPA 1L3TA 3R8EA 4A59A 3P39A 4X62K 3BZKA 5BR8K 2D0CA 3U8XA 4BDPA 3PX6A 1WSIA 4JI1K 3SUPA 2VGNA 2GBZA 3VOVA 1OH8A 2Q0RA 4CEAA 4I6MB 1J5EK 1BISA 1DTQA 1MWMA 1ZXOA 3DXMA 1HKCA 3ZX3A 4CJ4A 4PUOA 4DLEA 3GE1A 5IT9O 3F9KA 4BGBA 1XQSC 3VGKA 1BIUA 3SV4A 3O4QA 2W42A 4JD2B 3CMAN 4RW4A 1BOTO 4FWOA 1NWKA 5FPDA 1RT4A 3C7NA 3CM5A 5EVZA 2WUSA 3ZX0A 3IG1A 4CEOA 4ZHRA 1KFSA 3W0LA 1KVAA 3T3FA 3DLBA 1SUQA 3F2KA 3CFRA 1YTAA 4BRKA 1B9FA 1HJRA 4AILC 3E66A 4HTLA 3F9MA 4BC4A 4KAZA 5TKYA 4E7JA 1T6DA 3SQ4A 3OYHA 3T1YK 4JI2K 3EKSA 4OJRA 3VQDA 4OLBA 3EN9A 2FSNA 3CQYA 3PUFA 1N36K 2YJFA 5AFUH 4CZKA 1BIZA 4F2SA 3VEZA 2YNIA 1KFDA 5KPZA 1EQYA 2BTFA 2QWPA 1GLDG 1ZBUA 4YDUC 5JLFA 1E3MA 3WNGA 1KAYA 3CJCA 4YOVA 3VN5A 3RMCA 3HK2A 4I9QA 5JS2A 5DM7L 3LZJA 2HNZA 4E3SA 2FBTA 3PIPL 1VSHA 3KLFA 4DFKA 2VWJA 2P1JA 3KKSA 4CJLA 3CCJN 4WQ5C 3R3LA 1S9EA 3CIPA 5HRNA 3TWHA 5EXWA 4JKGA 1RBTA 4L3QA 1VQON 2F9WA 3LANA 2HHTA 2QWRA 5HLFA 4JKHA 5SZTA 3ATUA 3PO5A 1B9DA 1VSJA 1MWKA 5EU7A 1YVUA 1S6QA 1O13A 4OO1J 4FOEA 3PY8A 3KK1A 5AQQA 4U67L 5EY4A 4RW8A 4RTFD 2Q31A 4DF8A 1UA0A 4G9ZA 3CYMA 3THVA 4JKGB 3I8BA 3OW2M 2OCEA 3QEPA 3VEOA 4LC9B 4KHQA 4FWRA 4ID1A 3SQ2A 4A2BA 3MWTA 4PQUA 2NRXA 1ATNA 4CZGA 3PX4A 4FO0A 3ZEUA 3G25A 4RW6A 1U47A 1IG9A 5T7BA 4KV8A 4BWMA 4CFCA 1LCUA 2Y1IA 4E1JA 5AQNA 5BRHA 4A5AA 3BGRA 4E0DA 3MDQA 4B8CA 1WAJA 1V4TA 3H6EA 3EY1A 4CJUA 2KZMA 4IO8A 3CJ9A 3VQ8A 5KGXA 4J8FA 5ELZA 5C2DA 1MDUB 1GLJO 4Z4FA 1VRTA 3D0PA 3UIQA 4E1NA 3J80O 3M1FA 3H45C 1EWRA 4B08A 4DTSA 1QSLA 2UUAK 2IDOA 1KD1O 4JK9A 2YNGA 4BREA 4ISGA 1U49A 4CIGA 1N33K 3ZSYA 3HJFA 3VA3A 4IFEA 3AAPA 3IFRA 4FL9A 1NNEA 3ENBA 3AV9A 2QWOA 5AQMA 1NK0A 1QSYA 2G8KA 3K5LA 4DR7K 3ZSVA 5GAEP 2PAVA 4F3TA 4YOYA 3D6RA 2HNDA 3O1WA 2ZE2A 4BY9C 3M6GA 2JWKA 2QWLA 1YIJN 2RF2A 3NF8A 4B1VA 3OYGA 5FLXO 3AA2A 3IS9A 4LY7A 2YJEA 4ISFA 4YOTA 4DR1K 1BUPA 4H4OA 2YHBA 4CE9A 4OKEA 1EP4A 5D3GA 5M1PA 4R5PA 2E88A 3TSPA 1CXUA 2YKNA 3AVGA 2HBLA 3NGYA 3JYTA 2QKKA 4FLZA 4K8ZA 3NH0A 2FBVA 4JRQA 4BR5A 2RN2A 1K9MO 1EKEA 1HKGA 1RCHA 1J9AA 4ILHA 1TUUA 3PIOL 2WFBA 1XWLA 3OY9A 2FSKA 2E6MA 3K2PA 3CCQN 3TPQA 3DI6A 3QDKA 4JN4A 1IBMK 1M90O 3FZMA 3ZT0A 4KFBA 3TU5A 3BZCA 3AVMA 4R79A 2A6AA 1HPMA 3DRSA 4CFBA 2O8CA 3WXLA 4ISEA 4BG8A 3MCAB 2P9UA 4FWSA 1NGHA 3MEGA 4XH5A 1YHQN 3PV8A 3VPZA 2NUBA 2R7YA 2O8EB 1NGEA 3P5JA 4MQ3A 3WUHA 3VQPA 4FPBA 2V52B 5HOOA 4FZZA 3BF1A 3SK3A 3CI5A 4CF1A 2PYLA 2O8CB 4FVMA 3S3MA 1XC9A 4CJ3A 4BRDA 3CCSN 1NG9A 3AO5A 2HMPA 3DYAA 3OYNA 4IEEA 3RMAA 5B8HA 4Z4HA 2GWKA 1HKBA 4JS4A 1ZBHA 3LL3A 4CFDA 1LW2A 4KB0A 1T3VA 4M3YA 4A62A 3RRHA 2IGIA 4H03B 2Q97A 1VSIA 3AVKA 1U04A 2ITGA 1W7AA 1LWEA 4N56A 5JVHL 1VQ7N 3IAYA 3K9JA 1OH6A 3J7AP 1NLVA 3MXMA 4DU4A 3MCPA 1LW0A 5AQPA 5J2NA 4FJLA 2FC0A 4FJ7A 3FZFA 3QB0A 2HHXA 3AA4A 1KAXA 3CCUN 2E6LA 4DTXA 1QSSA 3ASMA 3SUQA 4BRAA 1D4XA 1LV5A 3SBGA 3WQTA 2GEMA 2FXUA 2VQEK 2ASMA 3J81O 3EZ5A 3CCEN 2F9TA 3HSCA 4EAHD 3ZETA 1I3AA 4FLXA 3CETA 4K43A 3ZT3A 1Q86O 3ZCMA 3A5MC 4FW2A 1GOAA 4UY8O 1FJGK 1JJ2M 4O8KA 4X66K 3O4WA 1HPZA 5F2RA 5LJWA 4IFVA 1EX4A 5ADXA 1YTUA 1NK7A 2VGMA 3WXMB 3CG7A 4CJPA 3L8BA 4OX9K 3AO1A 3AVHA 4CEBA 3SYZA 2F7TA 3PSIA 4Z4GA 4H0YB 5J2MA 1WB9A 4CJEA 2VG7A 3ZT2A 2G8FA 1NGAA 1N6QA 1X9MA 4U7BA 4BRLA 1RDCA 4DR2K 2AP1A 4ID5A 2X78A 3AVNA 3M8QA 1UOCA 5BRFA 1IBLK 2P51A 4FM0A 2E2OA 3F73A 4IOXA 3OJSA 4BRNA 3QICA 3M8RA 4KKOA 1SAZA 2B6AA 4CK3A 5I3UA 3VETA 3DLGA 4BC3A 1RTDA 4CHOA 1YVNA 3C95A 1Y97A 3HYFA 3MN6A 1WOQA 2KFZA 4CF9A 4J2BA 1KVBA 3VTIA 4KI4A 2NRWA 4GKJK 2D5RA 5CY4A 1S5JA 3GG4A 4CHNA 2WBNA 2DTUA 1TK8A 1NJXA 3V9XA 3OBWA 4M7YA 1WSHA 5LMNK 3DM2A 4CHZA 4PWDA 4FM1A 3V4IA 1VQ4N 1HNIA 1JLBA 3BEXA 4Z0UA 4BRPA 4BDZA 2IVNA 4I9LA 3VF6A 3M3ZA 4W5NA 2B5JA 4RWTA 2D0BA 2P9NB 2ZGYA 3IKMA 3QFPA 3AVBA 1S1TA 2Z1IA 4GW6A 2IIRA 3FFIA 3ZLJA 4HCBA 1EXQA 1S9GA 2D0AA 2IVPA 2HBJA 3FGUA 2HB5A 3MN9A 4LH5A 1HJOA 4ZTFA 4G1QA 5E41A 4FWMA 1ESVA 1XI1A 3O3GA 4FSVA 1G15A 4EFHA 3L2VA 4CBUA 3C6HA 4M3TA 3L4IA 3HVRA 5BR9A 2XO7A 1D8YA 1VQ6N 1DKGD 4CEZA 1U4BA 4DR6K 1JCEA 3M8SA 3LZIA 1QVFM 3OYEA 3M8PA 2HHWA 4M42A 2EHGA 1VQKN 3T7ZA 1RT5A 2I7NA 3OJUA 1QVGM 1IKYA 4OPKA 1HNVA 1UAXA 2ASPA 5A2QO 3VERA 4B1ZA 3DWLA 3O80A 1N8RO 4IDHA 3QBWA 4EZ9A 1QHTA 1WSFA 3HTVA 5C24A 2A42A 3VQ6A 3ZYYX 1FKPA 2XY6A 4V19S 4QS7A 2QWNA 4FLWA 3J7ZO 2XRIA 3ZT1A 3S41A 1RT7A 3HOSA 3KWGA 2FBXA 5AR0A 4IJAA 3QERA 3KJVA 1C0TA 1WLJA 4JLHA 4YY3K 4LSNA 2E1YA 2P9PB 3LDSA 1TV6A 3VGMA 3SNNA 4KHSA 4CGIA 5BPLA 3LP0A 1CLQA 4BR2A 5JICA 4ICLA 2WOMA 3U9DA 3WXIA 3NF9A 1BI4A 1VSFA 3MAQA 4O5BA 3EO3A 4PKGA 1A5XA 2BUPA 5I42A 1KSPA 3VQBA 3EE9A 4IO9L 4DSKA 3WNFA 1RBUA 3DJCA 3AVIA 4CHPA 3C6AA 1WSEA 1CZ9A 3EKUA 3GL1A 2OTLN 4DS4A 1JL2A 3GBTA 5AQKA 3HPHA 4DUYK 4ELVA 5FRNA 1IG8A 3QFUA 4I6MA 5BRDA 3B6PA 3D7EO 1D9FA 5HRPA 1SKSA 1JXEA 5KGWA 3AO2A 3MXJA 4KHYA 3R1XA 1JLGA 4CJKA 3HOTA 4DV0K 2UXCK 4X64K 3ID8A 4KTWA 4JD2A 3VEWA 1JCFA 2V51B 3K5NA 2J4RA 4FJHA 1TGOA 3U4LA 4YFUA 1YI2N 4FJMA 3ULDA 4Q0BA 1CZBA 3H08A 3V1RA 2HHHK 2OPRA 4C8KA 3G4SN 4M3WA 3O9TA 3CJBA 2O8BA 4JS5A 1BU6O 4CJSA 1VQ9N 4L8RB 2OPSA 1BQMA 4CW7B 3CCMN 4QOZB 1NM1A 4RG8A 3VTHA 4CJ5A 3QETA 2P9SA 1SQKA 4PHTX 3QESA 2HF4A 1R59O 3ENHA 3HP9A 1XNRK 3KLGA 3RRGA 4YDUA 1BG3A 2UUBK 3RMDA 1HYZA 3A5NC 3K58A 5E84A 2O8BB 4CVNE 3OYBA 5LL6Z 1J6ZA 2QW9A 1NK8A 4IJNA 2Z1JA 1VQ5N 4H5WA 4BQZA 3HRGA 1BCOA 2P9SB 4OPHA 4X65K 3HO1A 3JXUA 5GADP 1NGGA 1HYVA 3P38A 4OLAA 4B9TA 2HHVA 4WQ5A 4BVPA 4C8OA 4JI5K 3EZWA 3DOKA 4J2DA 1IKVA 1E4FT 2P9KA 3KK7A 4JK7A 4CJQA 2KZZA 3AGKA 4DU3A 4B3MK 2NNWA 4W5RA 3SI6A 4DSLA 3Q7CA 3LM2A 4GV3A 4PKIA 2DFEA 1RFQA 4FPAA 3NF7A 2CGKA 3HXMA 4AM6A 4DQQA 3SQ1A 4DLGA 3ID6A 2HBMA 3CXCM 3DAWA 4CGDA 4BC2A 3NCIA 3TARA 1KQSM 1REVA 3O3FA 1SKRA 2P9KB 3CPEA 3JAMO 2EWSA 4A2AA 3CCRN 4YOXA 3RR8A 3S3NA 5AZIA 3OA9A 4LF7K 1BDGA 4DV4K 3AVJA 3RSEA 3SPZA 3LP3A 4MO4A 3RMBA 4O4GA 4O0IA 1C0UA 4IKFA 1ASWA 1RT1A 2NRVA 2E2NA 4H0TB 5AZIB 3S9HA 4O55A 1K73O 3LDLA 3NH1A 3KD1E 4JRPA 4BRFA 1NKEA 3MWPA 4BRHA 2P5GA 1GOCA 1S1WA 3RSEB 4IBNA 1RBRA 1GLEG 1OVYA 2ZJQL 4J2AA 3CPWM 1RT2A 4DR3K 2RE2A 1RBSA 3A5OC 3UKRB 1S22A 2QI2A 2VG5A 2NZTA 3L6QA 4CK2A 4JI3K 4BRMA 5AQRA 1FXXA 3NDKA 4FXDA 4W5QA 4IZ9A 3K5MA 1QE1A 4DU1A 3A5LC 4FM2A 3GDQA 4IFYA 5C12A 4WQ4A 1KC8O 4AHTA 1DEJA 5BN8A 1VK0A 1J5OA 4LF8K 5F1XA 4LH4A 3PSFA 4C23A 2X6SA 3KD5E 2UYTA 2OPQA 3P4IA 3T1AA 2Q2RA 4A57A 3ZSWA 1VQ8N 1X9SA 2IAJA 4PL7A 4KTQA 4YOWA 2OANA 3RTVA 5KI6A 4LFCK 4WYBA 4GY2B 5J1EA 1KLNA 3ZX2A 4BVOA 4CD1A 2E8AA 4WQ4C 4FJKA 3OS1A 1RILA 4M63C 4CGHA 5C25A 2Q0UA 1Y64A 5EOYA 1JLAA 1IKWA 3G0ZA 2H3GX 1BQNA 3QEXA 3AA3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQO N;  3CCE N;  5H1S Q;  1M1K O;  4IO9 L;  1Q86 O;  4UY8 O;  3CXC M;  2OTL N;  1W2B M;  1JJ2 M;  1NJI O;  3G71 N;  1K9M O;  1KQS M;  3I56 N;  3CF5 L;  4U67 L;  3PIO L;  3DLL L;  3CCR N;  2ZJR L;  3OW2 M;  3CCQ N;  5JVG L;  5GAH P;  1M90 O;  1YIT N;  1Q7Y O;  3I55 N;  4WCE L;  3CMA N;  3CC2 N;  1VQP N;  1YHQ N;  5DM6 L;  3CCV N;  3CC4 N;  5HL7 L;  1VQ6 N;  1YI2 N;  4WF9 L;  3CCL N;  1S72 N;  1Q82 O;  1QVF M;  3G4S N;  1K73 O;  4IOC L;  5MLC Q;  5GAG P;  1VQK N;  3CCS N;  1VQ9 N;  1OVY A;  2ZJQ L;  1QVG M;  3CCM N;  3CPW M;  4WFA L;  2OTJ N;  1K8A O;  1ILY A;  1YJW N;  4WFB L;  1N8R O;  1KD1 O;  2QEX N;  3CD6 N;  3J7Z O;  2ZJP L;  1KC8 O;  5JVH L;  1VQ7 N;  5GAE P;  1VQ5 N;  2QA4 N;  1YJN N;  3CME N;  5DM7 L;  1YIJ N;  5GAD P;  1Q81 O;  1VQN N;  1VQM N;  3PIP L;  3G6E N;  3CCU N;  3CC7 N;  1YJ9 N;  1VQL N;  4IOA L;  1VQ8 N;  3CCJ N;  4WFN L;  1VQ4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YNF A;  2BAN A;  4KHU A;  3OS2 A;  5LMU K;  3QNN A;  3JSM A;  1XHZ A;  2B4J A;  3NMU A;  4HUG A;  4IXC A;  3PLA A;  1YXQ A;  4CZH A;  1Q18 A;  4C8L A;  3GOI A;  1NOZ A;  3CER A;  4DSJ A;  3R9P A;  4FJI A;  1C0M A;  4YOR A;  4BR4 A;  3E01 A;  4ELT A;  2QK9 A;  2YCH A;  1NKC A;  4MO5 A;  1V4S A;  4CJW A;  1NOY A;  1SS6 A;  1DT9 A;  4CJ7 A;  3QBX A;  4H5N A;  2I7P A;  3SMS A;  1HX1 A;  4DSE A;  4KHP K;  1X1P A;  4C8M A;  3BF3 A;  3NVK A;  1S6P A;  1JLF A;  4BDY A;  4DR4 K;  1VSM A;  2JLE A;  3AO3 A;  3RWU A;  4XH1 A;  2KQ2 A;  1T6C A;  4AHV A;  1SL0 A;  3KLH A;  3OYC A;  3ZT4 A;  5HRO A;  4DTM A;  3HL8 A;  4QS9 A;  2BDP A;  4BR0 A;  1WSG A;  2WC9 A;  1N32 K;  3TSU A;  5GIO A;  5AQX A;  1MA9 B;  2E2P A;  2GUP A;  3BUZ B;  3E9L A;  3MXI A;  4M3X A;  4CES A;  3VQ5 A;  1OH5 A;  1RNH A;  5CR4 A;  1QZ5 A;  2ZJP L;  2YHX A;  1BCM A;  4K25 A;  3IDH A;  4CF0 A;  1DTT A;  3CJA A;  1N34 K;  3I8D A;  3CM6 A;  1YUW A;  5AQV A;  3UE5 A;  3VES A;  4CBX A;  4CGF A;  1Q81 O;  4PA1 A;  4B3S K;  1ITG A;  4ELU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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