3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
2ZJRL 1VQPN 3J7ZO 1JJ2M 1NJIO 5HL7L 3PIPL 5JVHL 1VQ9N 1KD1O 3CCVN 1VQNN 1M90O 4IO9L 3CCUN 1M1KO 2QA4N 1QVFM 1VQ4N 4WFNL 4WFAL 3CCMN 1Q86O 5H1SQ 5DM7L 1YHQN 1YI2N 1OVYA 1K9MO 2ZJQL 3CCQN 1Q82O 2ZJPL 4WFBL 1YJ9N 5DM6L 5GAGP 4WF9L 1K8AO 4IOAL 1ILYA 5MLCQ 2OTLN 3CCLN 3PIOL 3CCJN 1KQSM 5GAHP 1W2BM 3I55N 5GAEP 4WCEL 3CMEN 5GADP 1N8RO 1K73O 3OW2M 3CCRN 1VQ5N 3I56N 1VQ8N 3G6EN 3DLLL 3CMAN 4IOCL 3CC7N 3CF5L 3G71N 4U67L 1QVGM 1VQ6N 1VQKN 3CXCM 4UY8O 1YJWN 3CC2N 1VQMN 1YIJN 1VQ7N 3CC4N 3CD6N 2QEXN 1YITN 5JVGL 3CPWM 1S72N 1Q7YO 1KC8O 1Q81O 1VQON 1YJNN 2OTJN 3G4SN 3CCSN 3CCEN 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2OA 3AVAA 3CQYA 4WE1A 1NJIO 1YVNA 3MXMA 5AQLA 3FZKA 3AVJA 3V4IA 2E20A 1M1KO 2ZGYA 3ATUA 4KRFA 1BO5O 2KQ2A 3QO9A 1LV5A 4DV5K 4WFAL 3FFKB 3C65A 3WT0A 4M63C 4CBUA 2P9UA 1QE1A 2YHBA 3N4QA 3ZSXA 1ZBFA 2IAJA 2E5LK 5BPNA 3PX4A 5J1EA 2UXBK 4WFBL 3ZX0A 1IV0A 4CIFA 4QS9A 3U4LA 1C0TA 3QEWA 1U47A 4H0YB 4Z4CA 1HR0K 4W5RA 3AAPA 4CHZA 4FOEA 4EZ9A 3GE1A 5GAHP 3SV4A 2RE2A 5BRDA 4IFYA 4CZEA 4KHQA 3KLEA 3UKUA 4DR2K 1JLFA 1J6ZA 4BRAA 2IS3A 5LMNK 3TPQA 3VQBA 4PUOA 1KVBA 4DQ8A 3K59A 3R8EA 2X6NA 3CM5A 2OCEA 2PFUA 1U49A 4JKGA 3DLLL 2G8FA 2YHYA 2AP1A 3IS9A 1XUPO 4CEAA 4KB0A 2HSTA 4K25A 1Z26A 4DR1K 2P9LA 4H8KA 4BVPA 3HL8A 3SAFA 3SV3A 1WN7A 5TKYA 1KFDA 5C42A 4JHDA 4LD0A 3LP0A 2HMIA 4AM7A 3EEQA 3UB5A 2Q1NA 2D0CA 3I8DA 1RDWX 1GLCG 1KAXA 2F8TA 4OKKA 4DMNA 4WQ5A 4N76A 4E1MA 3ZT0A 4EP5A 4BE1A 5EX5A 1RT5A 3BDPA 4FZZA 3P5JA 2WBNA 1T6CA 1HX1A 2ZJRL 1TK0A 3C6HA 4IKFA 4HCCA 3P31A 3K5LA 1QS4A 4AF1A 1VSEA 1WNSA 2DFFA 1RILA 4CJ3A 3TAQA 4F2SA 1HNWK 4JNEA 2JWLA 4M3YA 2VG6A 4LFBK 5AR0A 4BRDA 1RT1A 4OJRA 2GEMA 3JXUA 2QKKA 5CYMA 4GV6A 1QQNA 2WFBA 1IBLK 4M3WA 1X9WA 3K5MA 3FZHA 1B9FA 3CFPA 2PAVA 2NRWA 3LWMA 5AQYA 4H5TA 1XMQK 4MLEA 3OBWA 2E4LA 4M45A 1SL1A 2KZMA 1KQSM 5AQGA 3I55N 1QZ5A 3B8AX 3ENHA 4WCEL 4FLTA 2Z1JA 3IMXA 4CZMA 4J2DA 3O9QA 3HOSA 1Z05A 1HYVA 4IEIA 1JLCA 4CF1A 4MO5A 5GINA 4X65K 3CETA 4YHHK 3NCIA 2YV0X 4YY3K 2KHOA 4JI0K 2CH6A 2HW3A 1TVRA 1NGFA 4FM2A 5KI6A 1TYQA 4KHYA 2E88A 3DLGA 4FJLA 3ZYYX 3NF6A 4GNIA 4IOCL 3JSMA 1NGHA 3LP1A 3CXCM 4NCGA 3LDQA 1F21A 3QESA 1CZAN 2BUPA 3A5MC 1NK5A 4E7HA 3DXMA 1RT3A 3CG7A 4M41A 3S41A 1S6PA 4CHYA 1HLUA 1EP4A 1TKZA 3ISNC 1NGBA 1TKDA 4QS7A 3TAPA 3ENBA 4IFVA 4KV8A 4DTNA 2Q0RA 1MU2A 1TL3A 5E41A 1V4TA 3MDQA 3UKRB 1NM1A 2O8EB 4JKAA 2RN2A 4FYDA 1OH6A 4FLWA 3DLKA 2X6SA 1L3VA 4QS8A 4FZXC 3B6PA 3HTVA 2NRRA 2D0OA 2X78A 1ATNA 3E01A 3KLFA 1Q86O 2QK9A 5IWAK 1EWQA 5DM7L 3O3FA 5M1FA 3LDOA 4FJMA 1NGIA 1T03A 4LY7A 4CD1A 3FZFA 4BREA 3QINA 1KTQA 4PL7A 3V1QA 4A59A 1TUYA 2ZJPL 1RBRA 4DSKA 3L4IA 2Q0UA 4FJKA 4FWLA 4BWJA 4B1VA 5C10A 2DFEA 4MDAA 3WNHA 4FPBA 4KBOA 4DR5K 4CEFA 4BDPA 3SMSA 3M1FA 1ATSA 3VPZA 4DU4A 4ISGA 4OLBA 4JYAK 1TKTA 3PUFA 2ZQBA 1XHXA 3VEZA 3UKUB 2HF4A 2XY7A 4FK2A 1K73O 4B3RK 1WAJA 4B3OA 4BRCA 2A41A 4FWMA 1VQ5N 3DXMB 3TANA 4C8OA 1T44A 1TAQA 5BN8A 5HRPA 3PO4A 2ITGA 5ADXH 3BF3A 2HHSA 3K58A 4BRKA 3GDQA 3HM8A 3IFRA 4U67L 3AAQA 3P39A 1A5XA 1KAYA 1Y97A 4JI2K 3TR8A 1SL0A 4CJEA 3MXIA 1G99A 3O4WA 4WQ4A 1NK8A 1VQMN 3GBTA 4YDUA 3AA5X 1YITN 4B1XB 4XH1A 5CHIA 4NYFA 3ULEB 3VQDA 3VQ4A 4KB1A 3IG1A 4KPYA 4ID1A 5C2DA 2WONA 3KK7A 2FBYA 3QDKA 1W97L 3KHYA 2V7YA 3RSEB 2G8VA 4CEOA 2GUIA 3V9ZA 3OBYA 4JKEA 1KD1O 4M3RA 1P90A 4FSVA 1CZ9A 3CCUN 3ZT4A 3L0QA 2FBXA 4WFNL 4CZKA 1SV5A 2WUSA 3CCMN 3KVGA 2GUPA 3H1QA 2IC3A 1RFQA 4YOVA 2IGIA 2UU9K 3UIQA 3U3GA 4BE0A 5JS2A 4HUEA 3HOTA 4NYNA 2GWJA 4CK2A 1Q82O 4KHUA 4RW9A 4B9SA 5DM6L 2HVHA 5GAGP 2QWMA 2BH1A 3F9KA 3FFIA 1D5AA 4YOXA 3CYMA 1BA0A 2NUBA 1S1VA 3BY5A 4CHNA 3LZJA 3HBTA 4A57A 2G8KA 1S9EA 1NJXA 2UUCK 4ID5A 5JLHA 4CF0A 4M3XA 3VTIA 5F1XA 2HHVA 4Y1DA 2NRHA 3OVNA 1JL2A 3P38A 4FVMA 1VHXA 5J2NA 1BWFO 4C8KA 3VQCA 3QICA 5AQJA 5CE3A 4E7KA 1GLDG 2PYLA 1IH7A 1WSFA 2B5JA 4QAGA 3CMAN 4PKIA 5FLXO 3LWLA 3CC7N 3NGZA 1WOQA 3VQ5A 2VWBA 1VQ6N 1VQKN 5BN9A 4E19A 3G10A 3VTHA 5F2RA 2GELA 2RKIA 3SYZA 3ZSVA 4DSJA 1D4XA 3VGMA 5CZ2A 3O1BA 1RTJA 1YAGA 4FLYA 1RBSA 1RCHA 4FWQA 2Q36A 2QXLA 2D4WA 4FJHA 3O4QA 2B6AA 1Z6RA 4X66K 4JHDB 4YNQA 3HSCA 2HHXA 5AQXA 3QETA 1XNQK 1VQ9N 1ASVA 3VA0A 1NOYA 4BRIA 4OX9K 1WUAA 5CYQA 3KWIA 4CGJA 1H1VA 3RRGA 4C8NA 3VEYA 4AQYK 2AJQA 4MFBA 3MX5A 3NAEA 2OZMA 3DLRA 3KIOA 4BACA 3OYBA 1YHQN 4IJNA 3I33A 5EXWA 3R9PA 4FWPA 3VF4A 2QW9A 1XC9A 4KFBA 4N5SA 4AHSA 2HB5A 1G15A 3A8YA 2EHGA 3HP6A 4B8CA 2WOMA 4BQZA 1WAFA 5AQVA 3LM9A 3CERA 1RDUA 2WTUA 2DFHA 4BDYA 4GV9A 4QOZB 3HT3A 4CJPA 4LH4A 3NVKA 2NRTA 3HPGA 4MQ3A 5KQ8A 1W2BM 1S3XA 4XH4A 2OYQA 2HBJA 1BIUA 1T3VA 3OYGA 3IKMA 4MLHA 1RTIA 3O9UA 4DLGA 4NO7A 3H1VX 3VQ7A 4BRNA 2F4VK 2DTUA 5DK5A 5KPRA 4OGEA 4O8KA 1BQMA 3T69A 1XI1A 1K8KB 3QEIA 1QQOA 3N4PA 3RMAA 3DYAA 2P9LB 5AZIA 3AVFA 4DTRA 5C24A 1NNEA 4UY8O 3GL1A 2P9KA 3CC2N 1IKVA 3Q7BA 4IDHA 2IIRA 1BIZA 3CC4N 3RMCA 2QWPA 3H3NO 2IVOA 4B1UB 1KSPA 4EP4A 1LAVA 1JXEA 4LF8K 1KC8O 4N41A 4BRLA 3DXKA 4JS4A 3V81A 1QSLA 3NF7A 4JI4K 2OTJN 2D0BA 4LH5A 4YORA 4CGIA 3CCEN 4M7YA 2QWQA 4DFPA 2XY6A 4H0TB 5ELZA 2F7TA 1GLEG 5HRSA 4JI1K 2HMPA 5JVHL 5E26A 5KTQA 3CCVN 1I39A 4W5TA 3E1YA 3VETA 2FBVA 4CECA 3CJBA 2A6AA 5HRRA 3L2VA 3RR7A 5H1SQ 4CFAA 4DSEA 5C25A 2RHKA 1NWKA 2OZSA 2D0AA 3SJJA 3VQQA 1RGIA 3SUOA 4NXMK 2E2NA 3HJFA 4CF8A 5KRSA 1LW2A 2LSNA 3THVA 1OH7A 3ID8A 1SUQA 2RF2A 3OYDA 2WC9A 3D6RA 1JCGA 2Y1JA 1NJZA 1WSGA 4E7JA 2G8HA 3MN6A 1K8KA 3WNEA 5AQIA 2YJFA 4FW1A 2OA8A 3EKSA 1N33K 1ZBUA 3LPTA 3THXB 3OYAA 4CJWA 5C15A 4OVLA 5BPMA 4BY9C 3THYB 3AVGA 3ZCMA 4X64K 4B08A 1R59O 4B9NA 3ATVA 4DWIA 4AM6A 1ZXOA 1KRPA 1UOCA 4CJKA 3L3UA 3KKRA 1I3AA 3T3FA 2ITMA 3DRSA 3THWA 4ZTJA 3ZEUB 4CJLA 2O4GA 2A42A 5KGXA 4DU1A 3IAYA 5KRTA 4BWMA 1KLNA 4FJ7A 4ZHRA 1YJWN 4JEPA 4H03B 3KWGA 4DHYA 4BRHA 4CIGA 4OGCA 4W5OA 3VQPA 3NH2A 1KXPA 2A3ZA 2QWOA 4Q0BA 1EKEA 2P9NA 1NKEA 2OPPA 4BC2A 4DQRA 1MWMA 4FLXA 4GV3A 3M8SA 3VESA 3D45A 1V4SA 4FJJA 1JJ2M 4DU3A 4FCYA 3MK6A 3QFPA 3DRPA 5AQUA 4CJFA 1VSKA 2YNFA 3SUQA 1JL1A 1D9DA 5M1QA 2ZD1A 4CJTA 3KLGA 1MDUB 4IO9L 4JD2A 4LF5K 2Z1IA 5C2FA 3WQTA 4F3OA 4EFHA 1NOZA 1UAXA 3ZETB 3HI0A 3K0SA 4KKOA 1S1TA 5BRFA 1OVYA 4CD3A 3F73A 3WQUA 3OA9A 1K9MO 3KD1E 5LY3A 4RG8A 4TSXA 3U9DA 3BEXA 2OPQA 1GOBA 1ILYA 1JKHA 5MLCQ 3RRHA 4XIUA 5AQMA 3PIOL 5FRMA 4DQSA 3WXLA 2XO7A 4NXNK 3AO2A 3SLCA 1XC3A 4JV5K 4CVNE 4DR4K 4NCBA 3HP9A 1S22A 3SUPA 4Z4GA 3V9UA 4JI8K 4FOIA 1XMOK 3ALYA 4O0JA 3KD5E 3AVLA 1VRTA 3PLAA 2PBDA 3L6QA 1HNVA 3KKSA 4KI6A 1HNZK 3K5OA 1HUXA 3HZ6A 4I6MA 3TTDA 2VG7A 4OPKA 4W5NA 2YJEA 3A0IX 1VAZA 1BQNA 1JXBA 4DTMA 4DR3K 3M8PA 4KHWA 4FM0A 3ZSOA 3TTCA 4PA1A 2P9KB 4CF9A 1ZBSA 2Q31A 1VSDA 2D5RA 3VQ6A 3RVCA 2OANA 1VQ7N 3QIOA 1OH8A 5JVGL 1SL2A 4KHSA 2YI1A 1WSIA 2F8SA 1SQKA 1A5WA 3J8AA 1DT9A 3CCSN 5LJWA 2QKBA 2Q3SA 1RT6A 4F3TA 4PQUA 1UA1A 4Y0WA 1BU6O 4B8AB 3K57A 4DV3K 4BC3A 1KFSA 1JLGA 5HBMA 5JS1A 1M90O 3PX6A 4WQ4C 3VEOA 4CEDA 3O3HA 1BI4A 4EHTA 4BG8A 4JI5K 2O8CB 3C6UA 3E9LA 5FROA 1N6QA 4DS4A 4OLAA 1X9SA 1E3MA 1WSJA 5GIPA 4W5QA 1LWEA 4DFKA 2ZM6K 4FJNA 3L4QA 2VG5A 4C8MA 2A5XA 2KZZA 4YOUA 4YOTA 2O8FA 5AQKA 4DQPA 2EX3A 3E9OA 3SK3A 3CI5A 4ISFA 5AQSA 3VQ9A 3AO4A 1E4GT 4CHPA 4FJGA 4IWVA 4EIAA 5AQRA 3CMEN 5GADP 3SNNA 4FWNA 5AQQA 2NNWA 2QWLA 2VYPA 3DMJA 1J5EK 3BF1A 4KTQA 4ICLA 2GX9A 3CCRN 3PV8A 3D2FA 1YT3A 3VEXA 1CXUA 3VOVA 2I7PA 3T1HK 1JLAA 5FRNA 4M3ZA 1YVUA 4OPAA 2XY5A 3TSUA 5F0XA 3ZT3A 4FLVA 3MCPA 1SKRA 1ESVA 4AHUA 4G1QA 1W0HA 2FSKA 3MN7A 3ASMA 4FJ5A 4FL9A 4G9ZA 4FJIA 1J5OA 2YNHA 3TABA 3FLCO 4H0XB 2HBKA 3K9JA 1Q81O 3AARA 1HNXK 1NK6A 1C6VA 4CJRA 2NZTA 2HBMA 1JCEA 1RDCA 4CZLA 4AILC 1QTMA 5DMRA 3E9PA 4Y1CA 4YDUC 2P9PB 4E7IA 4CCHA 3L2UA 4H5RA 3JAMO 2Q2RA 3AO5A 2O8EA 1J9AA 3W0LA 1VQNN 1ASUA 3UE5A 2ATQA 1QHAA 3H3OB 4RWTA 5FDLA 3V1RA 1HJRA 1IBMK 3TSQA 2P9UB 2W6KA 1YI2N 2YCHA 4F9OA 2XHBA 4BR4A 3K9KA 1QSYA 4Z4HA 3AA2A 3EKUA 3QB0A 4FLUA 2PZSA 3C6AA 4JK8A 4WQ5C 1YJ9N 5KQDA 1X9MA 3KJVA 2ASOA 3SQ0A 4J8FA 4PL8A 1IBKK 2ASMA 3LDSA 3OS2A 2YX6A 4BR9A 4CHOA 5EOYA 3C7NA 5HP1A 4OPHA 3P1GA 4UQGA 3I0SA 1WB9A 2CGLA 2O8DA 3J7AP 1NGEA 4DTSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJR L;  1VQP N;  3J7Z O;  1JJ2 M;  1NJI O;  5HL7 L;  3PIP L;  5JVH L;  1VQ9 N;  1KD1 O;  3CCV N;  1VQN N;  1M90 O;  4IO9 L;  3CCU N;  1M1K O;  2QA4 N;  1QVF M;  1VQ4 N;  4WFN L;  4WFA L;  3CCM N;  1Q86 O;  5H1S Q;  5DM7 L;  1YHQ N;  1YI2 N;  1OVY A;  1K9M O;  2ZJQ L;  3CCQ N;  1Q82 O;  2ZJP L;  4WFB L;  1YJ9 N;  5DM6 L;  5GAG P;  4WF9 L;  1K8A O;  4IOA L;  1ILY A;  5MLC Q;  2OTL N;  3CCL N;  3PIO L;  3CCJ N;  1KQS M;  5GAH P;  1W2B M;  3I55 N;  5GAE P;  4WCE L;  3CME N;  5GAD P;  1N8R O;  1K73 O;  3OW2 M;  3CCR N;  1VQ5 N;  3I56 N;  1VQ8 N;  3G6E N;  3DLL L;  3CMA N;  4IOC L;  3CC7 N;  3CF5 L;  3G71 N;  4U67 L;  1QVG M;  1VQ6 N;  1VQK N;  3CXC M;  4UY8 O;  1YJW N;  3CC2 N;  1VQM N;  1YIJ N;  1VQ7 N;  3CC4 N;  3CD6 N;  2QEX N;  1YIT N;  5JVG L;  3CPW M;  1S72 N;  1Q7Y O;  1KC8 O;  1Q81 O;  1VQO N;  1YJN N;  2OTJ N;  3G4S N;  3CCS N;  3CCE N;  1VQL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E2O A;  3AVA A;  3CQY A;  4WE1 A;  1NJI O;  1YVN A;  3MXM A;  5AQL A;  3FZK A;  3AVJ A;  3V4I A;  2E20 A;  1M1K O;  2ZGY A;  3ATU A;  4KRF A;  1BO5 O;  2KQ2 A;  3QO9 A;  1LV5 A;  4DV5 K;  4WFA L;  3FFK B;  3C65 A;  3WT0 A;  4M63 C;  4CBU A;  2P9U A;  1QE1 A;  2YHB A;  3N4Q A;  3ZSX A;  1ZBF A;  2IAJ A;  2E5L K;  5BPN A;  3PX4 A;  5J1E A;  2UXB K;  4WFB L;  3ZX0 A;  1IV0 A;  4CIF A;  4QS9 A;  3U4L A;  1C0T A;  3QEW A;  1U47 A;  4H0Y B;  4Z4C A;  1HR0 K;  4W5R A;  3AAP A;  4CHZ A;  4FOE A;  4EZ9 A;  3GE1 A;  5GAH P;  3SV4 A;  2RE2 A;  5BRD A;  4IFY A;  4CZE A;  4KHQ A;  3KLE A;  3UKU A;  4DR2 K;  1JLF A;  1J6Z A;  4BRA A;  2IS3 A;  5LMN K;  3TPQ A;  3VQB A;  4PUO A;  1KVB A;  4DQ8 A;  3K59 A;  3R8E A;  2X6N A;  3CM5 A;  2OCE A;  2PFU A;  1U49 A;  4JKG A;  3DLL L;  2G8F A;  2YHY A;  2AP1 A;  3IS9 A;  1XUP O;  4CEA A;  4KB0 A;  2HST A;  4K25 A;  1Z26 A;  4DR1 K;  2P9L A;  4H8K A;  4BVP A;  3HL8 A;  3SAF A;  3SV3 A;  1WN7 A;  5TKY A;  1KFD A;  5C42 A;  4JHD A;  4LD0 A;  3LP0 A;  2HMI A;  4AM7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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