3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
5GAEP 2ZJQL 3CCUN 1VQ7N 1YJ9N 2QA4N 1YI2N 3CC2N 1YIJN 5JVHL 1VQLN 4WFBL 1M90O 1Q82O 2OTJN 1VQ6N 4U67L 4IO9L 2OTLN 2ZJRL 3J7ZO 3CC4N 1KQSM 1K9MO 5MLCQ 3CCQN 1VQON 3CCRN 4UY8O 1YHQN 3G71N 1OVYA 3CCEN 1VQPN 1M1KO 3I55N 3CCLN 5H1SQ 1KD1O 3CCJN 1K8AO 1NJIO 4WFNL 1YJWN 1Q7YO 2ZJPL 3PIPL 3CCSN 3CXCM 1VQKN 1YITN 5GAHP 1ILYA 1VQ8N 5JVGL 5GAGP 1VQMN 4WF9L 4IOAL 3PIOL 1VQNN 4WCEL 1QVFM 1K73O 3G4SN 3CD6N 1QVGM 1S72N 3I56N 3CF5L 3CPWM 1KC8O 1JJ2M 5DM6L 3CC7N 1Q81O 1YJNN 3CCMN 1Q86O 5DM7L 1VQ5N 1VQ9N 3CMEN 1N8RO 4IOCL 3DLLL 4WFAL 3CMAN 3CCVN 5GADP 1VQ4N 5HL7L 2QEXN 3OW2M 1W2BM 3G6EN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLHA 5AQVA 1NK6A 4YOUA 1KXPA 1ZBSA 2JWLA 1X9JA 5EY4A 2Q36A 4YHHK 2X78A 3R1XA 3O9RA 4FWOA 4FLXA 2BDPA 3CJAA 3M8SA 3V1OA 2QXFA 3HPHA 4IXCA 4DSEA 5C42A 5IT9O 4DU4A 1SKSA 3UB5A 4DB3A 3CCQN 4IJAA 4FJLA 1IBLK 3IMXA 2UXDK 4QAGA 1KTQA 1LAVA 1Z25A 3VEWA 1S1TA 4BE1A 1OH8A 3B6PA 2HNZA 3F5TA 3QEWA 1DT9A 1IJJA 3VQEA 3ZX0A 3AVAA 3FLCO 3RR7A 3ISNC 1K8AO 4NYNA 3EO3A 1NJIO 2WOMA 4M3RA 4CBWA 1NMNA 1BQNA 2IS3A 2KZZA 1IO2A 4F2SA 4CGDA 4BR4A 4CFCA 1WAJA 4H4OA 4H5RA 1NK0A 4JHDB 4CJ7A 3KVGA 1FKOA 2ASOA 3LALA 1EO1A 2A41A 2VWKA 1Q9YA 1VK0A 1QZ5A 4WF9L 2A5XA 1S1WA 4EHUA 3VA3A 1U47A 4NCAA 1VQNN 4AHSA 4FWPA 4CF8A 1GLLO 4BQLA 4B3OA 5AR0A 3AVFA 5BRDA 1VHXA 3KLGA 1XQSC 4CBUA 1KFDA 2E6MA 5BPNA 2P9SB 3K5OA 2IVNA 3H1QA 2HVIA 4O55A 5DM6L 4CEEA 2NRHA 3FR0A 3P4IA 1Q81O 5AQYA 4JN4A 5DM7L 2G8FA 4FCYA 1BWFO 3R8EA 4GV6A 2F7TA 4HUFA 4DV5K 2LSNA 2RE2A 4DFPA 1HNIA 5AJ3K 4CGHA 3NFAA 4O5BA 3EYZA 4OGEA 4NLCA 3V9ZA 1BHLA 3DRPA 4BRLA 3O4QA 4DTSA 4B3MK 2FSKA 1M90O 3H45C 2HHTA 1I3AA 4XIUA 3O1WA 3WQTA 1T6CA 1KAYA 1LWFA 2HOEA 3KTQA 1K9MO 1E4GT 2OANA 3KHYA 1DTTA 3OYDA 4UY8O 3WQUA 4FM1A 3V1QA 3VQ6A 3VF6A 3F73A 1CLQA 2XY7A 2FC0A 4JK8A 5BN8A 3AA4A 3G0ZA 1HMVA 1VAZA 2Q0RA 3NDKA 3DYAA 2XRIA 3C6HA 1QS4A 1RBRA 2D0PA 4OX9K 3DJCA 2D4WA 3LDLA 3QB0A 2NLXA 3PX4A 1YUWA 4FWKA 4DR1K 1C0MA 3ITHA 1Z6RA 4EFHA 1IG8A 3QINA 2KLAA 2JLEA 1U2VA 2WUSA 1RT7A 4BGBA 3L2VA 2QW9A 1ASWA 3EE8A 1NBWA 4A2BA 1YF5L 4N76A 1V4TA 3CQYA 3CQ8A 2E6LA 2GBZA 2FXUA 4PY5A 5JS2A 1N34K 3RRGA 3FZKA 2VWJA 4JI2K 1RDDA 4CF1A 4JKCA 4AILC 4BROA 3SQ1A 1J5EK 1GLEG 4WQ5C 2Q31A 1RT6A 1NGEA 1GOCA 4B8AB 3HYFA 4FLUA 4FZXC 3QDKA 5FLXO 4YNQA 2OZSA 4FJHA 3CCMN 1D4XA 1JLQA 3AAPA 5LMUK 4B9SA 3L0QA 4WYBA 4DSFA 3SUQA 4Z4HA 2VG5A 2QK9A 2F8SA 4DWIA 4FLYA 2NRXA 1TAQA 2HW3A 4CJWA 4H5NA 4XH4A 1QZ6A 3AVCA 3E9OA 1W2BM 2XY6A 3OYLA 3D45A 1RT3A 3OVNA 1EKEA 2ZJQL 2V7YA 4FZYA 1RT1A 4B9QA 5GIPA 3MCAB 3DI6A 3CJ9A 4X62K 1C0GA 1RTDA 1SUQA 1JLCA 3VQCA 2IAJA 1ZBIA 4LFCK 3LAKA 1S6QA 5DMRA 3CFPA 3LANA 1RDWX 4EAHD 3O9QA 3LM2A 4KHYA 1BOTO 4B08A 3GBTA 4UQGA 1A5VA 1IV0A 5T7BA 1OH6A 4JAXA 3I55N 2DTUA 3PO4A 3H3OB 2HNYA 3ZLJA 2CGKA 2NNWA 4RW4A 3BP8A 3SMSA 1UA0A 4CGIA 2YCHA 3MN7A 1TYQA 4BRNA 5GAHP 4J2EA 5C0YA 2DFHA 5ADXH 5JVGL 2G8IA 3F2KA 2UUCK 4FJ7A 1QHTA 3OBYA 2OA8A 4CJSA 2B5JA 1JCGA 3M3ZA 4JI6K 4WCEL 3DAWA 2XY8A 3MN9A 2E8AA 2DY4A 3AVNA 4MQ3A 4K0KK 4CE9A 4ILJA 4CJKA 3EZ5A 4DF4A 4G1QA 1ITGA 4CEQA 1WUAA 3L8BA 1QVGM 5CE3A 2HBJA 2ZWHA 1S3XA 5JS1A 3C65A 3VGKA 3QNOA 2VG7A 5BN9A 2P9LB 3CI5A 3BZCA 3VQ8A 4AHRA 1EWQA 1YJNN 3HI0A 4B9VA 5LJVA 4RW7A 3TSPA 1VQ9N 5FPMA 3O80A 3VQPA 4JLHA 3CCVN 1NGCA 1WSEA 2A3ZA 4B3SK 2QEXN 3SJJA 3HBTA 3AVLA 1NKEA 3U4LA 4CJEA 3UKRB 3WUHA 4KRFA 5M1FA 3CCUN 3A5LC 3L4QA 3QETA 4A5BA 2NUBA 4CHNA 4GW6A 3PLAA 3ZETA 3U3GA 3C6UA 4CGJA 3CPEA 1CXQA 3SQ4A 1WSHA 3LM9A 3M1FA 4DV6K 4PWDA 3A5MC 4Z94A 5I9EB 1L3VA 2YJFA 4FJKA 2GUPA 1T03A 2HHSA 3O08A 2GWKA 4Q0BA 3THWB 1MDUB 1RTIA 3MX2A 4MLEA 2F96A 1TK5A 4CHZA 3RR8A 3CCLN 1BG3A 3KLEA 4YDUA 2FF6A 3VF4A 2HSTA 3SV4A 1NJZA 4NCBA 1WSGA 3IDHA 2Q0UA 3QEXA 2ZJPL 3PIPL 3MN6A 3A2FA 1QSSA 1NJYA 1JL1A 1N33K 1XMQK 4JI5K 3QBXA 1GOAA 4AHTA 2O8EA 2ETJA 1E3MA 3MMVA 4C8LA 1Z26A 4MO5A 3VMFB 4J2DA 4KTZA 5EOYA 2YHAA 4W5RA 2P9PA 1NKCA 3FGUA 4CJ3A 4KHWA 1GLDG 4OPKA 4FZZA 5AQPA 3WNHA 2XO7A 2E2QA 4HUGA 4JEPA 3C7NA 1YAGA 3WNGA 3WXLA 1HQUA 5B8HA 4BRQA 3IS9A 2FSJA 3AVIA 4CZIA 4GMJB 1NU0A 4CFAA 3QEIA 4O8UA 1B9DA 3THXB 2GUIA 3AVKA 2KTQA 3VQ9A 1KSPA 3DXKA 3V9WA 1YT3A 3VEOA 3SQ0A 1IKXA 4FWNA 1GLAG 5AQKA 3THYB 4DTRA 4LH5A 5EVZA 4BGAA 5HRPA 3RWUA 4M7YA 1EX4A 2NZTA 3GDQA 2F8TA 3UKUA 1G99A 4H0YB 5AQRA 4M45A 2PYJA 1VSJA 2GTDA 2O8BB 1NM1A 1MWMA 3OHRA 2P9IB 4BRDA 4FSVA 3BF1A 4ZTJA 3ZT1A 3PSFA 1D5AA 2Q2RA 3ZSYA 1ZBLA 4CJFA 1VQLN 4CZGA 1S1UA 3E9LA 4BDZA 1RDUA 2P9NB 1EWRA 4DFMA 3IG1A 4HCCA 4C1NI 2PFUA 4K43A 2P9KB 3G10A 4CGFA 4JKHA 3THVA 4U67L 4EZ6A 4BRIA 3SK3A 4BR7A 3CC4N 3RMDA 3AV9A 2QWQA 1VQON 2UYTA 3JS6A 2VWBA 1CZAN 1Q9XA 4FOIA 1NGIA 1QSLA 4K41A 5AQMA 4GVMA 4MDBA 4CJQA 4MO4A 4QS9A 4DSLA 3SI6A 4LF7K 2V7ZA 3PUFA 4M3YA 3ZCMA 5E41A 3LWMA 1Q7YO 2F4VK 5FRNA 4JKEA 4M3TA 3FFIA 5J2QA 3L3UA 1A5XA 1VQKN 1NG9A 4CFBA 1LWEA 4NYFA 3O1BA 1VQMN 4JS5A 4BVOA 1D9FA 1HR0K 3TSQA 1A5WA 4BWMA 3VQ5A 4MDAA 4KO0A 5KPRA 4O44A 1QVFM 3NVMA 3JXUA 1SS6A 3KKRA 3O8MA 3C6AA 1GLJO 2VGNA 2NRRA 3SMPA 3V9UA 3CERA 4FPAA 2UXCK 4KREA 2Z1GA 1BCOA 1HNVA 1OKJA 2QTDA 3NBPA 3H08A 4BDYA 3HT3A 3NGIA 2KW4A 4F2RA 4DR3K 4DTUA 5BPLA 3LZJA 4DR5K 4ID5A 4EIAA 3ATUA 4DTPA 1HNXK 2WC9A 1RDCA 4CESA 4OPJA 3T7ZA 3HSCA 4FWRA 4YOVA 5M1KA 3L2RA 4KAZA 1HKGA 3DOLA 1YI2N 4FL9A 1S9EA 4PKGA 1T8EA 1UOCA 4BRCA 5CYMA 1VSIA 3KWIA 3P5JA 3QEVA 3BY5A 4O4GA 4OO1J 1TL1A 2HHWA 3AY9A 3ENBA 1HNWK 1VQ6N 4IDHA 3OS2A 5FPDA 4CZKA 1RBVA 5HBMA 4IDKA 5J2NA 5F0XA 4DV1K 3TAPA 3D7EO 3SAFA 2ZQBA 2BANA 3E1YA 5AZIA 3EY1A 3ZT3A 2YJEA 4RWTA 2GV9A 4C8KA 2BUPA 2IGIA 3OYIA 1GOBA 3U3YA 5BRFA 3K2PA 5LL6Z 3SBTA 3BEXA 4H5TA 1DTQA 3ENOA 4H0PA 4Y1DA 1YITN 3OYMA 1RNHA 4XH1A 3SZ2A 3AARA 1N32K 1KVCA 3SUPA 4DMNA 1QTMA 2KQ2A 1ZC6A 1BCMA 5GAGP 2D0AA 3H46O 4ID1A 5BREA 2UUAK 4JD2B 4E89A 4DUZK 5KGXA 5AQHA 1BO5O 3HO1A 2JGUA 1L3TA 2FBVA 3U9ZA 3WXIA 4BC2A 3CM6A 4CJLA 1U49A 3HJFA 4PL8A 4DR7K 3LDNA 4ELTA 2CGJA 5FROA 1JL2A 2PAVA 4YDUC 3K9JA 1ESVA 2KFNA 4GVEA 1KAZA 4F8RA 5TKYA 3BUZB 4N5SA 1YTAA 3VQAA 4E0DA 3M8RA 3IFRA 3NAEA 3K5NA 3P39A 4M3XA 3K9KA 3NF8A 3DLEA 3G6EN 4GV3A 5GAEP 2PZSA 4JK9A 2AP1A 1CZBA 1RDBA 1LW0A 3WT0A 4PHTX 1Q8IA 3CHWA 1VSHA 1HKCA 5AQXA 4O0IA 3KD1E 4DSIA 5LJWA 3FE1A 4FW2A 4KTWA 4OPAA 1NJWA 4OGCA 4NXNK 2RF2A 1VSDA 2YI1A 1KQSM 1TVRA 1FJGK 4DG1A 1OVYA 3QFUA 4FK0A 4YOYA 1TK8A 4W5TA 4FJXA 3VQ4A 2J4RA 3SAGA 3NGYA 1BA0A 4BC3A 2F9TA 4Y0WA 3TABA 3ENHA 1WB9A 2HHXA 3V1RA 1CZ9A 3CCSN 4PL7A 3EE9A 3V6DA 4B1VA 4B9MA 2YKMA 2JWKA 3G25A 1C1CA 1ZBHA 3O3FA 4HHTA 2Z1JA 1LOTB 2B6AA 2G8UA 2W40A 5HRSA 1OH7A 3AVHA 4ILGB 4IOAL 3LP1A 4WQ4A 4GV9A 1HYZA 1W0HA 1L3SA 3M6GA 2FSNA 3P38A 3U9DA 4AHUA 3EZWA 3G4SN 4DLEA 4X64K 2ASPA 2B4JA 4BR0A 4DKWA 4DTOA 4G9ZA 4JS4A 1TYQB 4CJUA 3LDOA 3NCIA 4OKKA 3DLHA 4IOXA 4H0OA 1U4BA 3TPQA 2RHKA 5EX5A 5JMVA 2X74A 2QWMA 2W41A 1T6DA 4FWLA 4DV7K 2YKNA 4MFBA 2OPQA 1VSFA 2P9UB 3CMEN 4KHSA 3HRGA 4WE1A 3OTOK 4IEEA 4RG8A 2QI2A 4CJVA 1JLEA 2YNFA 3AO3A 5AFUH 1VQ4N 1IBMK 3OW2M 2Q1NA 4JRPA 2GX9A 4B3RK 5GINA 2Q3SA 3OYCA 2DPNA 3HTVA 1S22A 2D0BA 2GWJA 2OPPA 4ISGA 1L3UA 4H0XB 4JNEA 3JAMO 3DRSA 3E9PA 5AQQA 4LFAK 3O9SA 4IWVA 2UXBK 5CHIA 2E88A 4CF9A 1U45A 4YORA 5F2RA 2QWRA 2P9SA 1WNSA 3ULEA 4M42A 4DQPA 4CZHA 1SZ2A 2IOCA 1C0TA 3CCRN 4BRMA 4CEFA 4H4MA 3IUCA 3SNNA 5EXWA 4BWJA 4EP5A 3ZETB 1VSEA 4CF0A 1ZXOA 1ATRA 4XH5A 4DR2K 4H0TB 2YNHA 2ZM6K 4LY7A 2FBXA 2FLOA 1NGAA 1Y64A 2ZF5O 1HPZA 3NF7A 3O9UA 1HLUA 2O4GA 1O13A 3HL8A 2VQFK 3SPZA 4FWQA 3QERA 1K8KA 3NF9A 4CW7B 3LDQA 2ASMA 1J54A 3ZT2A 2A6AA 1Y97A 5C2DA 1L5UA 4LSNA 3D6RA 3T69A 1W9HA 3HXMA 3K57A 4O5FA 1W97L 1ZYQA 4RW9A 3DLRA 3M5RA 4U7BA 3DXMA 4JI8K 3GL1A 3LWLA 5J2PA 4N41A 1NGJA 4KHQA 3V4IA 1NKBA 2YX6A 3KWGA 2YHXA 2QWNA 3OA9A 3CF5L 4CZMA 1SQKA 2HMPA 4KHPK 3VEYA 1IBKK 3ZT4A 3EKSA 3ULDA 2O8EB 2ZGZA 4ILHA 3KLHA 4A61A 4OLAA 4M3UA 4Z4CA 4DF8A 4OKJA 3NE6A 2X6SA 3LAMA 1FKPA 5JICA 4CHYA 4BREA 4WFAL 3ID6A 3SV3A 1IG9A 1RFQA 5GADP 3VEXA 3QIPA 3EN9A 3RRHA 3C7NB 5JLHA 4CZJA 5I3UA 3CFRA 4IJNA 3DLKA 4QOZB 2WBNA 4JK7A 4RCHA 1BQMA 3T19A 5AZJA 2E1ZA 3LDSA 4DQRA 1YJ9N 3HVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MLH A;  5AQV A;  1NK6 A;  4YOU A;  1KXP A;  1ZBS A;  2JWL A;  1X9J A;  5EY4 A;  2Q36 A;  4YHH K;  2X78 A;  3R1X A;  3O9R A;  4FWO A;  4FLX A;  2BDP A;  3CJA A;  3M8S A;  3V1O A;  2QXF A;  3HPH A;  4IXC A;  4DSE A;  5C42 A;  5IT9 O;  4DU4 A;  1SKS A;  3UB5 A;  4DB3 A;  3CCQ N;  4IJA A;  4FJL A;  1IBL K;  3IMX A;  2UXD K;  4QAG A;  1KTQ A;  1LAV A;  1Z25 A;  3VEW A;  1S1T A;  4BE1 A;  1OH8 A;  3B6P A;  2HNZ A;  3F5T A;  3QEW A;  1DT9 A;  1IJJ A;  3VQE A;  3ZX0 A;  3AVA A;  3FLC O;  3RR7 A;  3ISN C;  1K8A O;  4NYN A;  3EO3 A;  1NJI O;  2WOM A;  4M3R A;  4CBW A;  1NMN A;  1BQN A;  2IS3 A;  2KZZ A;  1IO2 A;  4F2S A;  4CGD A;  4BR4 A;  4CFC A;  1WAJ A;  4H4O A;  4H5R A;  1NK0 A;  4JHD B;  4CJ7 A;  3KVG A;  1FKO A;  2ASO A;  3LAL A;  1EO1 A;  2A41 A;  2VWK A;  1Q9Y A;  1VK0 A;  1QZ5 A;  4WF9 L;  2A5X A;  1S1W A;  4EHU A;  3VA3 A;  1U47 A;  4NCA A;  1VQN N;  4AHS A;  4FWP A;  4CF8 A;  1GLL O;  4BQL A;  4B3O A;  5AR0 A;  3AVF A;  5BRD A;  1VHX A;  3KLG A;  1XQS C;  4CBU A;  1KFD A;  2E6M A;  5BPN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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