3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
1YJWN 3CC4N 1YITN 1M1KO 5HL7L 3CCVN 3CCLN 1M90O 1VQ6N 2QEXN 3CCQN 1YJNN 1VQ7N 5JVHL 4WFNL 3CC7N 4UY8O 1VQNN 3CCMN 1OVYA 3CD6N 3CCRN 4U67L 1VQMN 5GAEP 4IO9L 3DLLL 3CC2N 4WCEL 4WF9L 1VQ5N 2OTJN 1Q86O 2ZJQL 1YI2N 5JVGL 1KQSM 2ZJPL 5GAGP 1YHQN 1VQ8N 5DM7L 3J7ZO 1S72N 1VQLN 5DM6L 3CCSN 3CF5L 1Q82O 4WFAL 1JJ2M 5GAHP 1QVGM 1QVFM 5MLCQ 3CMAN 1NJIO 1Q7YO 3OW2M 3I56N 1KC8O 1Q81O 3CCUN 2OTLN 5GADP 3G6EN 1VQ9N 3PIOL 3CCJN 2QA4N 1K73O 1VQPN 1KD1O 1K9MO 4WFBL 4IOAL 3G71N 3CXCM 3CCEN 3G4SN 1VQKN 3CPWM 1VQ4N 1ILYA 1W2BM 5H1SQ 3I55N 1YIJN 1VQON 1N8RO 3CMEN 1K8AO 3PIPL 1YJ9N 2ZJRL 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X65K 4LF7K 3I33A 4FO0A 4FCYA 1XWLA 3QFPA 1L3SA 3EZWA 3AVNA 4JRQA 3CQYA 4H0OA 1LV5A 5AQFA 2VQEK 1YTAA 2NRVA 1SUQA 3TAEA 3D2EB 3AVCA 2A3ZA 1JCGA 1Q18A 1HKBA 3NGIA 1S3XA 5HROA 5FPNA 4BRMA 4RG8A 1SQKA 2FF6A 3DLGA 3OS1A 5JS2A 4CK3A 3AVLA 5JICA 1N5YA 4IO9L 2YHBA 1JXEA 3ASMA 3QEXA 3DXKA 4C8MA 3TR8A 3OBYA 3TAPA 3CM6A 1NK0A 4KREA 1KQSM 3WNEA 4ZTJA 3VQ7A 2E6MA 3ALYA 1J6ZA 3OYGA 4CJLA 5GINA 4CIGA 4IKFA 2ASPA 3TWHA 4QS8A 3KZBA 2HOEA 2P51A 5LJWA 1RBVA 2W6KA 4BRLA 4CECA 1Q7YO 3NH2A 1NG9A 4OKJA 4BRHA 3VF2A 2QWOA 3BZKA 1NJZA 4JK9A 3FFKB 1LW2A 2NNWA 3MK6A 1E3MA 1MU2A 1U45A 4GKKK 4FM0A 5HLFA 3O9SA 4Y1CA 4DV6K 2HNZA 3V1QA 4B1WB 4FLTA 1BL3A 2O8EB 3AGRA 3ZSOA 3OYAA 4YHHK 1JXBA 1BCMA 4IDKA 3NF8A 3KJVA 4DR3K 4CW7B 2IVOA 3B6OA 1KAXA 3IRXA 1U48A 5J2QA 1HQEA 1U47A 1HNVA 1NGJA 3P38A 4OKEA 2F7TA 3S9HA 5FRMA 1VSDA 2O4IA 3S3OA 5D3GA 1KLNA 3HTVA 4A62A 4BR7A 4GV9A 4DR7K 3JS6A 2ITMA 3WXJA 3WT0A 3A0IX 3VEZA 1IKVA 4NCBA 4KRFA 5IT9O 4YFUA 1RT5A 3VTHA 4CZLA 5SWMA 1M1KO 3E01A 2HHSA 1X3MA 1WAJA 4IDHA 2P9PA 3WXLA 1TVRA 3OS0A 2QWQA 1T6CA 4HUGA 1KFSA 3A5MC 4M3YA 3D0PA 3OYBA 4MFBA 4B3TK 4DQQA 1VQMN 2GV9A 5AJ3K 4JI1K 1JLQA 4CJQA 4DV2K 3BDPA 1NGGA 2NLXA 4ISGA 1GOAA 3DLLL 1ZBIA 1HX1A 1HPMA 4JKCA 2PAVA 4JN4A 3TSUA 5HRNA 1HKGA 4YOXA 1TKXA 4JKBA 3QEIA 5BN8A 1BIUA 3C7NB 1U2VA 4EHTA 3NGZA 5BR9A 2P9KA 4W5NA 4JV5K 4B3OA 3FZMA 1JL2A 3DLEA 2KTQA 3MN9A 4O5FA 3H45C 1QHTA 1XHZA 3F9KA 1NMNA 3O9QA 3TAQA 2OTLN 4J8FA 4FWOA 3U9ZA 3Q7BA 3B6PA 1RBSA 1ATRA 4M3ZA 5AQMA 4AHTA 4GKJK 4CBUA 1YAGA 1SV5A 3SJJA 3FE1A 4WFBL 3KD5E 2KW4A 4CJWA 3CFRA 2FSJA 1D9DA 4IEIA 2YKNA 1VQKN 4CZGA 2P9LA 4RW6A 3VEYA 1E4GT 1NK6A 3HZ6A 4IZ9A 3FZFA 3ZX0A 2F8SA 3D2FA 3L2UA 5H1SQ 3BY5A 1YIJN 1FKPA 1NK7A 3R9PA 4FPBA 1OH5A 4UQGA 3NGYA 1VSMA 4E1NA 3SQ2A 1B9FA 3HXMA 2YHWA 3QEPA 3H3NO 4FJ8A 4H8KA 1U49A 1TKDA 4BDZA 4EHUA 2YI1A 3T1YK 1VQ6N 4Y0WA 1VAZA 2P1JA 3UKUA 1RDAA 5KRSA 2E2PA 4DLGA 4B3RK 4HUEA 2I7NA 3BGRA 3KVGA 3DRSA 5AQKA 1NM1A 2ZGYA 4FJ5A 3KD1E 3GE1A 3SI6A 4M45A 3FGUA 2YNIA 3EE8A 4IG3A 4TSXA 2E4LA 4A2BA 2WC9A 2Z1HA 4DUYK 3ZEUB 4BQLA 4CEBA 1TYQB 4K25A 3K58A 2IOCA 2CGKA 3C6TA 4QS9A 3E9PA 3HPGA 4CF1A 1IKXA 5FLXO 5F1XA 3GL1A 1JL1A 3M8SA 1VHXA 4KHSA 3THXA 4XEIA 3OYLA 4CEEA 3NF7A 1XMQK 1GLAG 1NJIO 5KI6A 2P5GA 3LM2A 4HWIA 4OPJA 3KLFA 4BR5A 2O8EA 5AQTA 3C6AA 2Q3SA 4FJXA 4B1ZA 4FYDA 3H6EA 4JI8K 3CM5A 2QXFA 1X1PA 4GVMA 4CFCA 3PIOL 4E7HA 5C10A 1HQUA 2D1KA 4ID1A 3KKSA 1S6QA 1K8KB 1CLQA 4IWVA 2UYTA 4JLHA 2UUBK 3PO5A 2P9IA 2F9WA 4CJVA 1WSJA 4DR2K 3HVTA 3CXCM 4KHUA 4BWMA 4FVMA 4FVUA 3ID6A 2HVHA 4BRAA 1VQ4N 2O8FA 4IG0A 5CY4A 2ZJRL 4DQ8A 1A5XA 3FZKA 4H0VB 2KFZA 3OHRA 2HHWA 3V9ZA 2A1SA 4C8LA 1RBTA 4MLHA 1WSGA 3ENHA 3MEGA 2XHBA 3DMJA 3RMBA 4FW1A 4JKGB 1G15A 3QEWA 1QSYA 1BA0A 2J4RA 5C2FA 4ELTA 3N4PA 4AH9A 1DGKN 3A8YA 4EAHD 2B4JA 2W6LA 2X6SA 4DQIA 4M3UA 3SAGA 3AVHA 4CJ5A 2W41A 2OPQA 4ILGB 4BDPA 2FBYA 2OPPA 3VQ8A 3OYFA 3WEEB 4YOYA 3CFOA 4WF9L 1WBDA 1S9EA 4J2BA 2O8DA 3GDQA 1I94K 3H08A 1ZYQA 1HYZA 3AVAA 3CIPA 4KB0A 1IBLK 1SAZA 4O4GA 2CGLA 3TU5A 1ZBUA 3I0SA 3OY9A 1FK9A 1X9MA 3RVCA 4JK8A 3D7EO 4K41A 4KHNA 2Q31A 1QE1A 1F21A 3ISNC 2GEMA 4M63C 4KO0A 3PUFA 3O9UA 1S1WA 1Q82O 3CJBA 2D0PA 2WUSA 2XY7A 3BF1A 1NJWA 3LDSA 4KI6A 5AZJA 4FWPA 3TPQA 1X9SA 5CZ2A 1XMOK 4MO5A 3MN5A 4WQ4A 4OVLA 4BR4A 4EZ6A 3KWGA 3AO4A 1QZ6A 4EFHA 3DWLA 2VWJA 4EZ9A 1MA9B 2FBTA 4MQ3A 3CJAA 2O8CA 4DR6K 3OA9A 2RHKA 4DF8A 1U2VB 1B92A 5HRSA 1RTIA 5LMNK 2GTDA 1IH7A 2FF3B 4O0IA 3TSQA 3DRRA 4HCBA 1HJOA 4DB3A 4N56A 4CD3A 3MEEA 4KHYA 3AY9A 4XH4A 3MMVA 3AAQA 3THYA 4X66K 4BE0A 4F2RA 1S22A 3PIPL 4LFCK 1D4XA 3VERA 2PYJA 1SS6A 2YV0X 3CG7A 4IXCA 4FPAA 5AR0A 1YJWN 3THYB 3R6MA 4O8UA 4BREA 1YITN 3FR0A 4OPHA 1WBBA 1S1VA 1K6YA 4J2EA 3K5NA 1LW0A 3LP2A 4BRPA 1VQ7N 1IBKK 4OLBA 4AHRA 3QNOA 4FZZA 4NYNA 2G8KA 1TUUA 4WFNL 1HYVA 1NGFA 4A5AA 3T1AA 4B9SA 3S3NA 4FWQA 3LZIA 2HF4A 4DSLA 3KHYA 1NGCA 3L0QA 3LP0A 3CERA 2XRIA 1NNEA 1NKCA 4BE2A 1C0TA 1FKOA 2BANA 3CJ7A 4LC9B 1JLAA 4LH4A 1Q86O 4AHCA 3PSFA 1YVNA 4FM1A 4CHPA 3UKUB 3W0LA 1HLUA 2RKIA 5LL6Z 1EO1A 3NFAA 4B1UB 3L2QA 4CGIA 3DXMB 3IMXA 2P9SB 1J53A 5I42A 4WQ5C 3UB5A 4A61A 3OW2M 2HMPA 4MO4A 3I56N 4YORA 4E0DA 3NMUA 1NGHA 5KRTA 2UUCK 2X6NA 3CCUN 4CVNE 5EY4A 3TABA 2ZM6K 1U6ZA 3SV4A 2IDOA 3SZ2A 4OPAA 3HJFA 3QFUA 4I2QA 2JWLA 5EOYA 3SAFA 1NJXA 2HHTA 4E7IA 5AQQA 2Z1JA 5TKYA 2QA4N 1NGBA 1VSEA 4JKEA 4DR5K 4CZMA 4H4MA 2XY5A 3T69A 3GBTA 4A59A 3U3YA 4CZKA 3D2EA 2CGJA 1RFQA 3FLCO 2PYLA 3NVMA 3AVJA 3KWIA 5C42A 2A40A 4DFPA 2NRHA 3V9SA 2NRZA 1VQON 5M1FA 5ADXH 3LPTA 1RDCA 3IFRA 4K0KK 4CZFA 2W42A 4NB4A 2OPSA 4RW4A 4BRNA 4OLAA 1ZC6A 1HYSA 2AJQA 2ASMA 4DTOA 3CCLN 2CH5A 2ITGA 3KLIA 4NLBA 4K43A 5C2DA 5I9EB 4DTPA 3PX0A 4IFYA 1ASVA 3EO3A 3E1YA 1G99A 2HHUA 4W5RA 3L3UA 2E6LA 3DLKA 3VOVA 5GIPA 4OGCA 3MXIA 1GLEG 2YJFA 3MAQA 4JAXA 3HBTA 2JLEA 4CD1A 4JKFA 4ICLA 5B8HA 4IO8A 1RT3A 4F4KA 5AQHA 3SPZA 5HRPA 4QAGA 3O3FA 4C8KA 4PWDA 4OKKA 4EP5A 3PV8A 4JHDB 1ZXOA 3JSMA 3J7YP 5FDLA 3RSEA 5AQUA 1V4TA 2Q36A 1B9DA 1EETA 3AAPA 5EVZA 3M8PA 5CR4A 1HUXA 4JYAK 1QVFM 4B3MK 3VQDA 4E7JA 3CQXA 1TV6A 3ZSVA 2B6AA 3PX4A 3AA5X 5BPMA 2OCEA 1TYQA 4DTUA 4CF9A 3CYMA 4FL9A 3D2FB 3R1XA 4KTWA 4CGGA 2NRXA 2VWKA 4F2SA 2YKMA 4FLYA 4B1VA 1T03A 3MXMA 1NKEA 1S1TA 3SMPA 2HBLA 3THWA 4BRGA 2UUAK 1YTUA 2VQFK 4E1MA 4W5TA 2WBNA 4B8CA 1C6VA 4CFBA 3CCEN 1JLBA 3AVMA 1LWEA 3NHGA 3VQEA 4DHYA 3Q7CA 3HK2A 4DMNA 3I55N 2R7YA 3TAMA 4CFAA 3OVNA 2X78A 4O55A 1XNRK 4NLCA 2QWPA 1IG9A 3M5RA 5AQLA 5BPNA 3J81O 4J2DA 3QMLA 4BR2A 3VF6A 4DG1A 3SNNA 3DLBA 2P5OA 3AA4A 2G8VA 5CYMA 4JKGA 4A2AA 2NUBA 3VN5A 3QESA 2HBJA 4YDUC 3OBWA 5KPRA 1XQSC 3KLGA 1N34K 4I7FA 3CJ9A 3CCRN 1XC3A 4QS7A 5CHIA 1T7PA 3K9KA 5AQXA 4BRDA 3SUNA 1KAYA 4YOUA 1ATNA 2WONA 2OYQA 4DF4A 2BGGA 2I5JA 2A5XA 3F9MA 3FFIA 5J2NA 1HNWK 3AO3A 3JAMO 3J7ZO 3QEVA 1GLLO 2BH1A 2ZQBA 4FWMA 5F2RA 3VF4A 4H5RA 4BGAA 4CHOA 1KXPA 1LWFA 4DU1A 1NGAA 1EX4A 4LSLA 1BIZA 2O4GA 3OYCA 4JKHA 3NE6A 2HHXA 2QKKA 1U04A 3NBPA 4WYBA 4E7KA 1ASWA 4FLVA 2HB5A 2YHXA 3DOKA 1RBRA 1BQNA 4DV4K 2BE2A 4FLWA 4KV8A 3L2WA 3ZT3A 3A5NC 3IDHA 3OYMA 4I9LA 5EXWA 3G4SN 1WOQA 2D0BA 1WNSA 4GW6A 3L4QA 3VETA 4N76A 4MDAA 1RT7A 4KFBA 1JLFA 3SQ1A 3ZSYA 4C23A 4BVPA 4JI3K 1FW6A 3OYEA 2IVPA 3VQ9A 3VA0A 4JI4K 1EQYA 3AO1A 1N8RO 3CHWA 3LALA 3OYKA 1Z05A 2OZSA 4LFAK 3K2PA 5FPMA 4CK1A 4H5VA 1TK8A 3AO2A 3MWTA 4DUZK 3ZT0A 4CGFA 4BDYA 4DSEA 2Q97A 4Z4GA 1T44A 2FXUA 4IJAA 4N5SA 5ELZA 3EN9A 4DCHA 2QKBA 4FK0A 4O8KA 2OANA 1VRTA 5AQJA 3VGLA 2AP1A 2P9SA 1BI4A 3CC7N 3M6GA 3J8AA 5GIOA 1KSPA 4B8AB 3SUOA 2XY8A 3L6QA 4XH5A 4CEQA 3LDLA 4JRPA 3LDQA 4OGEA 1RNHA 4CBXA 1ZBFA 2YHAA 3UE5A 1D9FA 3DJCA 1N32K 5KQ8A 3TTCA 1JCFA 3R3LA 4WQ4C 3WQTA 1OKJA 4BWJA 1HNXK 1TL3A 3WEEA 4CZHA 2ASOA 4ISFA 4CJPA 1VQLN 3P83D 1YT3A 3ID8A 2IAJA 3CF5L 1RTDA 3U3GA 3NAEA 1FXXA 2ZD1A 2H3GX 3WNGA 4KKOA 3AA2A 3LM9A 1IG8A 1HR0K 4JS5A 2PZSA 5E84A 3ITHA 5GADP 3ZSZA 3RSEB 3DLRA 1D5AA 1QQMA 2Z1GA 3P4IA 1QTMA 3LDNA 1KD1O 4KBOA 2E8AA 2ATQA 2V52B 3MDQA 3WXKA 4FZXC 1WAFA 3DXMA 2VWBA 1EWRA 4Q0BA 4CIEA 1IO2A 1HJRA 3SAHA 4JS4A 1IKWA 5EU7A 2G8FA 3AGKA 1W2BM 2VG5A 4R5PA 4BRIA 4YY3K 1YJ9N 1NWKA 3VESA 5LMUK 4ELUA 5M1QA 4MLEA 2GX9A 1VSKA 5HRRA 4A57A 4CJ3A 3SYZA 1KAZA 4Z4IA 5BRFA 5KQDA 4CJ7A 3L4IA 1UAXA 4M7XA 4E19A 4DTSA 2EX3A 1W0HA 5AQSA 1HNZK 3IUCA 4CJTA 2E1ZA 5KPZA 5FROA 4U67L 4ILJA 2B5JA 4DTXA 3KK3A 2Q1NA 4H0YB 3O1BA 3M8RA 4CCHA 4DSFA 3VQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW N;  3CC4 N;  1YIT N;  1M1K O;  5HL7 L;  3CCV N;  3CCL N;  1M90 O;  1VQ6 N;  2QEX N;  3CCQ N;  1YJN N;  1VQ7 N;  5JVH L;  4WFN L;  3CC7 N;  4UY8 O;  1VQN N;  3CCM N;  1OVY A;  3CD6 N;  3CCR N;  4U67 L;  1VQM N;  5GAE P;  4IO9 L;  3DLL L;  3CC2 N;  4WCE L;  4WF9 L;  1VQ5 N;  2OTJ N;  1Q86 O;  2ZJQ L;  1YI2 N;  5JVG L;  1KQS M;  2ZJP L;  5GAG P;  1YHQ N;  1VQ8 N;  5DM7 L;  3J7Z O;  1S72 N;  1VQL N;  5DM6 L;  3CCS N;  3CF5 L;  1Q82 O;  4WFA L;  1JJ2 M;  5GAH P;  1QVG M;  1QVF M;  5MLC Q;  3CMA N;  1NJI O;  1Q7Y O;  3OW2 M;  3I56 N;  1KC8 O;  1Q81 O;  3CCU N;  2OTL N;  5GAD P;  3G6E N;  1VQ9 N;  3PIO L;  3CCJ N;  2QA4 N;  1K73 O;  1VQP N;  1KD1 O;  1K9M O;  4WFB L;  4IOA L;  3G71 N;  3CXC M;  3CCE N;  3G4S N;  1VQK N;  3CPW M;  1VQ4 N;  1ILY A;  1W2B M;  5H1S Q;  3I55 N;  1YIJ N;  1VQO N;  1N8R O;  3CME N;  1K8A O;  3PIP L;  1YJ9 N;  2ZJR L;  4IOC L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4X65 K;  4LF7 K;  3I33 A;  4FO0 A;  4FCY A;  1XWL A;  3QFP A;  1L3S A;  3EZW A;  3AVN A;  4JRQ A;  3CQY A;  4H0O A;  1LV5 A;  5AQF A;  2VQE K;  1YTA A;  2NRV A;  1SUQ A;  3TAE A;  3D2E B;  3AVC A;  2A3Z A;  1JCG A;  1Q18 A;  1HKB A;  3NGI A;  1S3X A;  5HRO A;  5FPN A;  4BRM A;  4RG8 A;  1SQK A;  2FF6 A;  3DLG A;  3OS1 A;  5JS2 A;  4CK3 A;  3AVL A;  5JIC A;  1N5Y A;  4IO9 L;  2YHB A;  1JXE A;  3ASM A;  3QEX A;  3DXK A;  4C8M A;  3TR8 A;  3OBY A;  3TAP A;  3CM6 A;  1NK0 A;  4KRE A;  1KQS M;  3WNE A;  4ZTJ A;  3VQ7 A;  2E6M A;  3ALY A;  1J6Z A;  3OYG A;  4CJL A;  5GIN A;  4CIG A;  4IKF A;  2ASP A;  3TWH A;  4QS8 A;  3KZB A;  2HOE A;  2P51 A;  5LJW A;  1RBV A;  2W6K A;  4BRL A;  4CEC A;  1Q7Y O;  3NH2 A;  1NG9 A;  4OKJ A;  4BRH A;  3VF2 A;  2QWO A;  3BZK A;  1NJZ A;  4JK9 A;  3FFK B;  1LW2 A;  2NNW A;  3MK6 A;  1E3M A;  1MU2 A;  1U45 A;  4GKK K;  4FM0 A;  5HLF A;  3O9S A;  4Y1C A;  4DV6 K;  2HNZ A;  3V1Q A;  4B1W B;  4FLT A;  1BL3 A;  2O8E B;  3AGR A;  3ZSO A;  3OYA A;  4YHH K;  1JXB A;  1BCM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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