The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
ERVPEGSIRVAIASNNGEQLDGHFGSCLRFLVYQVSAKDASLVDIRSTLDVALAEDKNAWRVEQIQDCQVLYVVSIGGPAAAKVVRAGIHPLKKPKGCAAQEAIAELQTVMAGSPPPWLAKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Three-dimensional Structure of the Core Domain of NafY from Azotobacter vinelandii determined at 1.8 A resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Azotobacter vinelandii
|
| molecule keywords |
hypothetical protein
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| total genus |
40
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-05-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02579 | Nitro_FeMo-Co | Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1T3V A; 1P90 A; 2QTD A; 1O13 A; 1EO1 A; 2WFB A; 2KLA A; 2YX6 A; 2RE2 A; 1RDU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KPR A; 3R8E A; 1FKO A; 5KTQ A; 5EOY A; 3MCA B; 3PIO L; 4FSV A; 1KCF A; 1C1C A; 1TV6 A; 1GLC G; 1RT3 A; 4DTN A; 3AVC A; 4HCB A; 1HR0 K; 1JLB A; 2P51 A; 1N34 K; 3AVK A; 5JVG L; 3KZB A; 5JLH A; 5BPL A; 4L3Q A; 3TTD A; 1Q86 O; 2D5R A; 5J1E A; 2O4I A; 3OS0 A; 2PZS A; 3SYZ A; 1DGK N; 1X9W A; 5I9E B; 2FSK A; 3D0P A; 4IFE A; 5AR0 A; 3HPG A; 4Z4I A; 5KGW A; 4BC5 A; 1YVN A; 4DB3 A; 1NK9 A; 2QWP A; 3QDK A; 4JI5 K; 2E2O A; 2P9S B; 3R1X A; 4AQY K; 3ZEU A; 4BWM A; 1BU6 O; 4KH5 A; 2NRZ A; 1HYS A; 3V6D A; 1NNE A; 5JS1 A; 2YJF A; 2F8S A; 4B1Z A; 3ZT3 A; 4CFA A; 1LW2 A; 4BRH A; 2X78 A; 1IBM K; 4FWP A; 4BY9 C; 3U9D A; 3NBP A; 3O1B A; 4N56 A; 4W5O A; 3WNG A; 1K9M O; 2BDP A; 4BQL A; 2KHO A; 1U2V B; 2BE2 A; 4H0O A; 2UXB K; 2X6N A; 1IG9 A; 4GV9 A; 1RTH A; 2NNW A; 4CBU A; 1SS6 A; 4BVO A; 5AQL A; 2FBY A; 4WYB A; 1TKZ A; 3K57 A; 2GUP A; 3OY9 A; 2OZM A; 3V1R A; 1JXB A; 1RBT A; 4FWM A; 1VQ6 N; 3DOK A; 1L3U A; 5C24 A; 3CQY A; 4F9O A; 1XMQ K; 4BRG A; 1JLF A; 4JKG A; 1T44 A; 2VWB A; 1S9E A; 1VHX A; 3WQT A; 1Q81 O; 1NMN A; 5FRM A; 1JCE A; 4DTS A; 1ILY A; 4N47 A; 2KTQ A; 3C65 A; 1OH7 A; 3IS9 A; 4W5T A; 3CD6 N; 3MXI A; 2D0O A; 4OLB A; 4HWI A; 4TSX A; 1Q8I A; 3LWM A; 3CC2 N; 3DLK A; 3EZW A; 3THX B; 4O8U A; 3ULE A; 1VSE A; 4FK2 A; 3J7A P; 3FZL A; 4I6M A; 1KAY A; 3BP8 A; 1GOA A; 1Z25 A; 2UYT A; 5BR9 A; 2UU9 K; 5C0Y A; 1FK9 A; 3MN9 A; 1YT3 A; 4LFC K; 5E26 A; 4H5R A; 1C0M A; 5AZI A; 4O5F A; 1HX1 A; 1WB9 A; 2P9P B; 1O13 A; 2E88 A; 4M3U A; 1NOY A; 1TL1 A; 1XWL A; 4F2S A; 4KHN A; 4J2A A; 3AVF A; 3C7N B; 3DXK B; 3M1F A; 1W7A A; 1RTI A; 4K43 A; 4CHZ A; 1E4F T; 3ZET A; 3VQC A; 3IKM A; 3QFU A; 3LAN A; 3FFK B; 3F2K A; 2A1S A; 2VGN A; 2XRI A; 4AHT A; 3NDK A; 3ISN C; 4FZX C; 4B1X B; 4A57 A; 2O8D A; 1ATR A; 4FPA A; 4I9L A; 4JK8 A; 3E9L A; 3CJ1 A; 1YAG A; 3EL2 A; 3V9W A; 1NK6 A; 4IXC A; 1RNH A; 4JI8 K; 3E66 A; 2XY5 A; 1Z05 A; 3ZCM A; 3NF7 A; 3KKR A; 3THY B; 4JD2 A; 2E6L A; 2DFE A; 5C10 A; 3HM9 A; 3CF5 L; 2WON A; 3PX6 A; 3SCX A; 4C8K A; 4CZL A; 3VF4 A; 4OGC A; 2QWL A; 2F4V K; 1T05 A; 4IOC L; 4DCH A; 4E7J A; 1TAU A; 1KD1 O; 3HVR A; 1N36 K; 5EU7 A; 3NGI A; 1D8Y A; 5AQO A; 5FRN A; 4PKI A; 4CD3 A; 2HHU A; 4CJW A; 2QI2 A; 2F9T A; 2HHS A; 3LDP A; 3MEC A; 3K5M A; 3KHY A; 5LL6 Z; 4CED A; 4XIU A; 4DQP A; 4FJL A; 1K73 O; 4CJQ A; 2CH6 A; 2YNF A; 3LAL A; 3P5J A; 1IKY A; 4M63 C; 2W41 A; 1RGI A; 1GLF O; 3SQ4 A; 4CHP A; 1ZBF A; 3P1G A; 3LM2 A; 1KVA A; 5FRO A; 1YF5 L; 4JKB A; 3EE8 A; 2QWO A; 3NMU A; 1NKB A; 1YXQ A; 3ZSO A; 1IG8 A; 5D3G A; 4C1N K; 4PHT X; 4HTL A; 1QVF M; 1TUU A; 4FJN A; 2IGI A; 1GLA G; 4FJ5 A; 2FSN A; 1GLB G; 4BE2 A; 1UA1 A; 4CCH A; 4BRF A; 3EO3 A; 1VQ5 N; 3VQE A; 2ZF5 O; 4GMJ B; 4H5V A; 3SBG A; 4H5T A; 4E1J A; 1QVG M; 1RT1 A; 5A2Q O; 4DUY K; 3OJU A; 4FJH A; 1XUP O; 2F96 A; 3HOS A; 4O0I A; 4FWN A; 1NM1 A; 2NRT A; 2YHW A; 3RR8 A; 4BRO A; 5DMR A; 3V1Q A; 2JWK A; 1NGB A; 2X74 A; 1JJ2 M; 3M8S A; 5DK5 A; 3ZT0 A; 3CFO A; 3ATV A; 4DV3 K; 1Q9X A; 1ASU A; 3CQX A; 2HHX A; 5EX5 A; 3O9T A; 3PIP L; 2J4R A; 1ITG A; 2VCP A; 1WBD A; 3LAK A; 4YDU C; 3L6Q A; 4JI4 K; 2B4J A; 4DV0 K; 4JN4 A; 5FPN A; 4BR5 A; 3O08 A; 3QEW A; 3A2F A; 3ZSR A; 3KJV A; 4CW7 B; 1RDB A; 2XY8 A; 3LAM A; 3MX5 A; 2E4L A; 5AQV A; 3MN7 A; 1L3S A; 2P9K B; 4EFH A; 4B9V A; 1BQM A; 3TAM A; 4O0J A; 1IO2 A; 1DTQ A; 4DSE A; 4CZI A; 2Q3S A; 2Q97 A; 2YV0 X; 2P9N A; 4DTR A; 1YTA A; 4FXD A; 4DUZ K; 1NGJ A; 5KPZ A; 3SQ1 A; 1BCO A; 3L0Q A; 3ENO A; 3E01 A; 3VQD A; 3U9Z A; 3VER A; 3NGZ A; 1ESV A; 2HBM A; 4DTJ A; 3A5N C; 2GEL A; 3VQ5 A; 4OLA A; 3V4I A; 1XI1 A; 4ISG A; 1MWM A; 3CC4 N; 4H0T B; 2QA4 N; 1IH7 A; 1Z6R A; 3E1Y A; 3LP1 A; 4U7B A; 4JLH A; 4BRI A; 1YHQ N; 1YI2 N; 3L2V A; 3QML A; 3VQ8 A; 1WSJ A; 4DWI A; 1NJI O; 4J8F A; 1FXX A; 3BZK A; 1NKC A; 2DFF A; 5HOO A; 1CZ9 A; 1NMD A; 4FJG A; 3VEZ A; 1NGA A; 3VQ6 A; 3HP6 A; 1YIJ N; 4IOX A; 1ZBI A; 4QS8 A; 4E7K A; 5FPD A; 3CJB A; 2ATQ A; 4JYA K; 1WSG A; 4FWL A; 3IRX A; 3O3G A; 3SI6 A; 4NLC A; 2IVP A; 5JMV A; 4C8L A; 4JK7 A; 2HHH K; 3QBX A; 2RE2 A; 4KKO A; 3K5N A; 1KFD A; 4C23 A; 1S9G A; 4L8R B; 3B6P A; 3MEE A; 1WSI A; 2EHG A; 4A62 A; 4YOV A; 2OYQ A; 3H3O B; 3OYL A; 3NFA A; 3ZT1 A; 1NGI A; 3ZX0 A; 2IIR A; 4NCG A; 2WC9 A; 4ZHR A; 3DJC A; 3O5B A; 2P5G A; 1OH5 A; 1U45 A; 3GL1 A; 3RRH A; 1QE1 A; 4LF6 K; 4CBW A; 4PKH A; 5AQZ A; 2OAN A; 3CCU N; 4WQ5 A; 4FLT A; 2QXL A; 4PKG A; 3P31 A; 4KI4 A; 4FM1 A; 1VQL N; 2NUB A; 4FK4 A; 1NJY A; 1XC3 A; 1HNI A; 3ASM A; 1YJN N; 5F2R A; 3QB0 A; 1W97 L; 1NWK A; 4JKC A; 1SL1 A; 1T7P A; 1U04 A; 4JKA A; 1SQK A; 4DSJ A; 3C6A A; 5JS2 A; 4IBN A; 4IWV A; 4BDZ A; 4CGI A; 3ID6 A; 2NZT A; 4JKE A; 4BDY A; 2O8E A; 3NAE A; 1NK5 A; 4K41 A; 2Z1H A; 2I5J A; 4CHQ A; 1B9F A; 3KK7 A; 4FVM A; 3K58 A; 2YJE A; 3SJJ A; 2D0P A; 4IG3 A; 4NCB A; 1TK5 A; 3T69 A; 3VES A; 4CE9 A; 5BPM A; 1T6C A; 1ATN A; 3KLE A; 1BO5 O; 1BWF O; 4Z4H A; 2YKM A; 2QWM A; 1KAZ A; 3OVN A; 4J2D A; 4KB1 A; 3G4S N; 5KI6 A; 4DLG A; 4DS4 A; 3TAB A; 4KBO A; 5FPM A; 1BUP A; 1SAZ A; 2YNI A; 1C0G A; 2B5J A; 4DQQ A; 4DQ8 A; 1VQ7 N; 1HYV A; 4H0X B; 1KLM A; 3QIO A; 4RCH A; 1ASV A; 3L2U A; 1S72 N; 3SUP A; 3U6F A; 5AZJ A; 4GY2 B; 1P8Z A; 4HHT A; 2FXU A; 5JVH L; 4IDK A; 3ZSY A; 4CJS A; 2ZWH A; 3NH1 A; 4JAX A; 4KRF A; 3FZF A; 2YHY A; 3AVI A; 1G99 A; 4RW8 A; 3RRG A; 4DR3 K; 5I42 A; 1WBB A; 4C8O A; 3G25 A; 1RT2 A; 2A42 A; 5SZT A; 3OYH A; 4FM2 A; 2P9I B; 3CYM A; 3RMB A; 4H03 B; 3F73 A; 1NJX A; 4JI1 K; 3NVK A; 2DY4 A; 1JLQ A; 5KRT A; 3VEO A; 1BI4 A; 4EP4 A; 3KD1 E; 2O8C A; 2KQ2 A; 3WXM B; 3O3H A; 1TKT A; 3UKR B; 1I94 K; 2VQE K; 1SL2 A; 1TUY A; 3JS6 A; 1YJ9 N; 2HF4 A; 4H5N A; 1LAV A; 3BGR A; 4Q5V A; 5CZ1 A; 1KQS M; 1J9A A; 4ISF A; 4CZF A; 2E5L K; 1RT7 A; 2FSJ A; 3H45 C; 3VTI A; 1VSK A; 3A5L C; 4EHT A; 3CXC M; 4KB0 A; 4O4G A; 1VQK N; 3QEX A; 1WUA A; 3VF6 A; 3BZC A; 3T7Z A; 4DFM A; 5DM7 L; 3O80 A; 3HPH A; 3QIC A; 4KHY A; 1S3X A; 4M3R A; 4ELT A; 4NCA A; 4FJ8 A; 1Q18 A; 3MWT A; 4FK0 A; 1CLQ A; 3MED A; 1ZBU A; 3JXU A; 3CHW A; 4BC2 A; 3LM9 A; 3K5L A; 1VSD A; 4DLE A; 1RBS A; 2Q2R A; 3LZJ A; 3CI5 A; 5SWM A; 1Q82 O; 3AO1 A; 1BHL A; 3FFI A; 3SAG A; 4OPJ A; 3VQA A; 4FZY A; 4GV3 A; 4IOA L; 2JWL A; 1NBW A; 1LV5 A; 2BH1 A; 1KAX A; 3BEX A; 2PY5 A; 4KHU A; 1A5V A; 1NGE A; 4HTU A; 4LF4 K; 3LDQ A; 4IEI A; 5BRD A; 4E1M A; 2ZD1 A; 3T19 A; 3I55 N; 1NU0 A; 1Q9Y A; 4CJ7 A; 3C6U A; 3PX4 A; 2W6K A; 3TSP A; 3O8M A; 1QQN A; 1J6Z A; 1TYQ A; 3DWL A; 4R79 A; 4QS7 A; 2Y1J A; 1A5X A; 3HM8 A; 3OYJ A; 2VWK A; 1RDC A; 3HXM A; 4FLZ A; 4JKG B; 2A5X A; 4YNQ A; 5ADX A; 2G8I A; 1LWE A; 4DSF A; 1EP4 A; 2BUP A; 4CJK A; 1HKC A; 2Z1I A; 3THW A; 4CEA A; 1P90 A; 1S1T A; 3M3Z A; 4HUF A; 2UUA K; 3MK6 A; 4IKF A; 2OTJ N; 4DU3 A; 4B1W B; 2HNZ A; 2ASO A; 3ULE B; 2JLE A; 4BE1 A; 4B9Q A; 1HNW K; 4BRL A; 5BN8 A; 1X9M A; 4I6M B; 3OHR A; 5GIN A; 4E0D A; 4M3T A; 4BR2 A; 1A5W A; 3K9K A; 2ZJP L; 3S3M A; 2QTD A; 1W0H A; 2GWK A; 2Y1I A; 4FWO A; 5AZI B; 4K25 A; 1I3A A; 2OA8 A; 4FL9 A; 5F1X A; 3D2E A; 3PO5 A; 3ZSX A; 5E84 A; 4FVU A; 2BGG A; 3TTC A; 4JHD A; 4OKK A; 4FJX A; 1HUX A; 2KZZ A; 1VK0 A; 4BRP A; 3AVB A; 4GKK K; 3J7Y P; 4YHH K; 3MN6 A; 1RDA A; 5GIO A; 3LDL A; 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5K14 A; 3RWU A; 3VEY A; 5BRE A; 2P9U A; 3HP9 A; 4IJN A; 4CF8 A; 4FJM A; 4PY5 A; 2HND A; 4LY7 A; 1S22 A; 5C2F A; 4M3Y A; 3Q7C A; 3OW2 M; 4CJR A; 3TPQ A; 2E20 A; 1S1W A; 1WAF A; 2IVO A; 1KVC A; 3KLG A; 3G71 N; 4DR2 K; 4BRM A; 1M1K O; 2KFN A; 4LD0 A; 5CY4 A; 3PUF A; 2W42 A; 1YVU A; 5F0X A; 2G8W A; 1C0T A; 3EZ5 A; 2Q1N A; 3MX2 A; 4OPA A; 2WTU A; 1VSF A; 2QWQ A; 5AQJ A; 4Z4C A; 1NG9 A; 4HVJ A; 3QBW A; 4A2B A; 4FLY A; 4RW7 A; 1VAZ A; 4B9L A; 5AQN A; 3DOL A; 4F2R A; 4FLX A; 4CD1 A; 4LH5 A; 1CZA N; 5GAD P; 4C1N I; 4ICL A; 2GEM A; 2D0B A; 1XMO K; 4FCY A; 4HCC A; 3SPY A; 1JLA A; 2GBZ A; 2ITG A; 1TK8 A; 4NO7 A; 3HT3 A; 4DQI A; 5AFU H; 4KRE A; 3U4L A; 3ZT4 A; 1C0F A; 3SBT A; 3TI0 A; 1VSH A; 1JLC A; 4AF1 A; 3IAY A; 4CF0 A; 3SAH A; 3KK1 A; 3CCR N; 2P9N B; 4FWK A; 3P4I A; 3CM5 A; 3CQ8 A; 3WQU A; 2G8F A; 5C25 A; 3CJA A; 5J2P A; 4KHP K; 2FBX A; 3DLR A; 3PSF A; 2YKN A; 3IG1 A; 3R9P A; 3WXK A; 1TAQ A; 4JKF A; 4OJR A; 4Z4G A; 1RBV A; 4MO5 A; 5BRH A; 3TTF A; 3ZSZ A; 3NF9 A; 4CGG A; 1FW6 A; 2I7P A; 1HYZ A; 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