1P90A

The three-dimensional structure of the core domain of nafy from azotobacter vinelandii determined at 1.8 resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
ERVPEGSIRVAIASNNGEQLDGHFGSCLRFLVYQVSAKDASLVDIRSTLDVALAEDKNAWRVEQIQDCQVLYVVSIGGPAAAKVVRAGIHPLKKPKGCAAQEAIAELQTVMAGSPPPWLAKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding
source organism Azotobacter vinelandii
publication title The Three-dimensional Structure of the Core Domain of NafY from Azotobacter vinelandii determined at 1.8 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords hypothetical protein
total genus 40
structure length 123
sequence length 123
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02579 Nitro_FeMo-Co Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.130 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1p90A00
2KLAA 2QTDA 1P90A 2WFBA 2YX6A 2RE2A 1T3VA 1RDUA 1O13A 1EO1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI4K 4DV7K 3C65A 1P8ZA 4B9NA 1RILA 4FJMA 4DR3K 1HX1A 2RPIA 1HKBA 2E88A 3CFPA 5A2QO 1DGKN 1KLNA 4FLTA 3HI0A 4CJ7A 3NF9A 3QBXA 4BR7A 3HM9A 2G8VA 3TWHA 2PFUA 5CZ2A 2I7PA 5LJWA 4GW6A 2HB5A 4CBWA 4IEEA 3VEXA 5EXWA 3MCAB 4YOUA 3MEEA 5KTQA 4CHZA 2HBKA 4AQYK 4XH5A 4DLEA 3NH2A 3J7YP 1I39A 3ZT4A 1UAXA 2D0OA 4CESA 2HBMA 3QFUA 1R59O 3NF7A 5AQMA 5C2DA 1KAXA 4YY3K 2HNDA 3L3UA 4PA1A 4CZLA 4C8MA 3CCJN 3TAPA 1KC8O 4OPHA 3VENA 4BR0A 1S3XA 4DUYK 1WAJA 5HP1A 2JGUA 2I7NA 4DR2K 1WSHA 4DF8A 5GAEP 1Q9XA 1I94K 4BWJA 4HVJA 4IG0A 4JI8K 2G8FA 2P9LB 3OBWA 1OH7A 5AJ3K 3IUCA 2XHBA 4NCBA 1KTQA 3ZSQA 5BRFA 3K58A 3WXIA 5LJVA 1SQKA 2ATQA 4CIGA 4M41A 3DOKA 3PLAA 1WBBA 1U6ZA 4YDUA 3G0ZA 2Q1NA 1RTIA 2P9UB 1WN7A 3TSPA 3V4IA 3NDKA 3KZBA 4O0IA 2VWJA 4JD2A 1VSKA 4JLHA 4CF2A 4HUFA 1VHXA 2XY7A 1HUXA 4UQGA 2QWQA 1QQCA 1RTHA 4FWKA 3V1OA 3WQUA 2ITGA 3U3YA 1S9EA 3FZHA 2KFZA 1ZXOA 3OYHA 4IEIA 4CHPA 3UE5A 3R1XA 1TUUA 3TAGA 1L3TA 2XO7A 3CC7N 1IKWA 1Y64A 4X66K 3DRRA 1VQ8N 3S3OA 2YNHA 2VGMA 1QZ5A 2P9UA 3TPQA 5DM6L 1UWBA 2YKMA 5AQUA 4U7BA 1ZYQA 4F3OA 3I55N 1BIZA 4KHPK 2NNWA 4E0DA 4KTQA 1BDGA 2YNIA 3ZETA 4ELVA 3WNEA 1TAQA 1OKJA 3V9WA 3AV9A 4DLGA 4CGGA 4X64K 5AFUH 2YI1A 4E7KA 4JRPA 3K5OA 4B3SK 3SLCA 4CJ3A 5EX5A 1JLAA 3P4IA 4YOWA 1XQSC 3T3FA 3CYMA 4M63C 1Z26A 2A3ZA 4B1YB 3HYFA 1JL2A 4JI2K 4CFCA 4BRKA 4PKGA 3FZFA 1RT7A 2KHOA 2UYTA 3KK3A 3L3VA 4AM7A 2G8WA 2D0AA 4BGAA 1VQMN 2E8AA 3AO5A 4KH4A 4H5NA 3ATVA 1J54A 1N34K 3I56N 4FJHA 4H5RA 2A42A 4BRNA 3MX5A 3T1HK 2FF6A 2Z1GA 3F5TA 3AVCA 4J2DA 3RTVA 2ZWHA 1RDAA 3DWLA 3M8PA 5JVGL 2NRZA 4JKGA 4EIAA 2HHUA 4ISEA 3ZT1A 2BGGA 4BRMA 4DV5K 2IS3A 3S9HA 1ASUA 1NGJA 4G1QA 1YI2N 3V6DA 4DV2K 1GOBA 3OS1A 4NXMK 3SZ2A 4IOXA 2HHQA 4GV3A 1DTQA 3DAWA 4FJ7A 5H1SQ 5C42A 2Z1JA 3VA0A 1XC3A 3BDPA 3OS2A 5I42A 2ZM6K 3SNNA 3OYEA 1WAFA 4M3RA 3CERA 5FDLA 4M3WA 3L2QA 1HNWK 2QWRA 1QS4A 4DSJA 5AZIB 1RBUA 3KK2A 1YITN 1QHTA 4FPBA 4L8RB 4H0PA 5BN8A 2FSKA 3H46O 4A57A 4W5NA 1E3MA 3C7NB 4JEPA 4Y1CA 4MLHA 5JVHL 5C24A 4JI6K 1K8KA 5BPMA 1IV0A 3R3LA 3DLRA 2F96A 1HKCA 1Z6RA 1ZBSA 4BVOA 3DMJA 1FK9A 4KKOA 1NG9A 3HXMA 1EKEA 4DR4K 2BANA 3HPOA 2IOCA 5AQJA 1A5WA 4HUGA 3HOTA 4HTUA 3ASMA 5KGWA 5AQGA 2YHAA 1XUPO 4ICLA 5HBMA 4H0XB 1QHAA 3IRXA 2F7TA 3TAQA 3DJCA 3PV8A 1RFQA 3PO4A 2A1SA 1CXQA 4FJLA 3F9MA 3NVKA 2V52B 4NYNA 3VQPA 3OS0A 3G10A 4C8NA 2FLOA 1N32K 3O1WA 5KGXA 1TKZA 1ZBHA 2KKZA 3ZX3A 3MX2A 3QIOA 4Q5VA 2Z1HA 5HRSA 4DV3K 1A5VA 3AVJA 4WE1A 2EWSA 4DV4K 4FWMA 3EO3A 4I2PA 4KHQA 4BC3A 2E1ZA 4JHDB 3U4LA 4AH9A 4CJSA 4ELTA 4BRGA 1HPMA 1YVUA 3JAMO 3TSUA 4FZYA 3ENBA 3WEEB 3CJ7A 3MEGA 3PUFA 4WF9L 1NBWA 3OYLA 4Z4HA 3SUPA 4GVMA 5C25A 3QFPA 3VEWA 4AF1A 4CBXA 4E7HA 1KRPA 1D8YA 1VRUA 3WXKA 1N5YA 3D2FB 3T7ZA 2HVHA 4JHDA 4WQ5A 2WTUA 4JAXA 4B9UA 3EZWA 2GUPA 3WEEA 3K57A 1KCFA 3L2UA 5BPNA 5HRNA 3CMEN 4DFJA 1TUYA 2GV9A 3B8AX 2P9SB 1YXQA 3HRGA 4BC4A 4KO0A 1BA0A 5IWAK 1ITGA 5LMNK 5FPNA 1KVBA 5CHIA 1VSDA 4YHHK 1S72N 4DTNA 5HLFA 5CR4A 3NAEA 1KVAA 3Q7BA 1U47A 4CFAA 1LWEA 1J53A 1RCHA 1SL1A 3S3NA 2ASOA 1S1VA 1TVRA 3H6EA 5LL6Z 3SQ0A 3PSIA 4Z94A 5HOOA 2Y1JA 4M3TA 3P83D 1L3VA 1OVQA 3QNNA 2BE2A 4FK0A 2BUPA 3EE8A 1C0TA 2WONA 2P9SA 2FSJA 1IG9A 4H0YB 1EO1A 3RSEA 3A5OC 3THWB 4H0VB 1NGBA 1HYSA 3WNGA 4CGFA 2PBDA 4I7FA 3QETA 3ZYYX 3L4IA 2X6NA 4OLBA 3ATUA 2NUBA 1ATRA 4E89A 3A5LC 2QKKA 3QLHA 3TTFA 4B3OA 1P90A 4BROA 3V9ZA 4BQLA 3C6TA 3C95A 1TK5A 3M8QA 1WB9A 1BO5O 4JV5K 3HSCA 3GG4A 4DV1K 3H1QA 4MDBA 4Q0BA 2NRVA 3THWA 3SPZA 5EVZA 1GLFO 3LAMA 1CXUA 3HZ6A 1J6ZA 4LD0A 3E01A 3UKRB 1JJ2M 4W5OA 3HK2A 3TTDA 3E1YA 4DHYA 3SUNA 4XEIA 5GINA 3VEOA 4DWIA 1QVFM 3KD1E 3VF6A 3WXLA 1HMVA 3C94A 1CZAN 2DPNA 4C23A 2PYJA 1RT4A 5ADXH 1EWQA 4HHTA 3THXA 3ZSWA 4IFVA 2G8KA 1IO2A 4F3TA 2X78A 3H08A 1T6CA 3BGRA 2OPSA 3KLHA 4KB0A 5FRNA 3BEXA 2E2OA 3LP0A 3PX0A 2KFNA 3UKRA 3PSFA 4PL8A 4QCLA 4DU1A 2HHVA 2P9PA 3C6AA 3O1BA 2QWOA 1NWKA 3SV3A 2YNFA 3O9QA 1XMQK 4B9MA 4BE0A 4OPKA 3SAGA 1K73O 1QSLA 3CM6A 5AQXA 3ULEB 4LH5A 2XY5A 5M1OA 4M3UA 3WT0A 2Q2RA 1NKBA 1EX4A 3ZEUB 1HYZA 1Q86O 3DRSA 4K41A 3DLLL 3CFRA 1N6QA 3P31A 4JNEA 4LF6K 3W0LA 2NRTA 4E7LA 3U6FA 3OYDA 5LMUK 4DTMA 5SWMA 4Z4FA 2Q31A 1RDWX 2WFBA 3SAFA 3ULEA 1W97L 1HNXK 1EQYA 2HBLA 4E19A 3ZEUA 3AVKA 2F4VK 2VQEK 2HHWA 5KQDA 3LM2A 3BF1A 4DB3A 5F0XA 2ZJQL 4KREA 2P1JA 1BG3A 1LV5A 4N76A 2HOEA 4FL9A 1CZBA 3TTCA 5GAGP 4DSKA 4CHQA 2OTLN 1MWMA 3CI5A 4FJXA 3KLFA 3G71N 2D0CA 2G8IA 3HVTA 4B9SA 1TGOA 3JXUA 4CHOA 3EKUA 3DLEA 3O9TA 1XC9A 4FK4A 2QK9A 1OH8A 2Q97A 2F8SA 1TYQB 2VQFK 3QICA 2O8DA 1QVGM 3TI0A 2LSNA 4QS8A 3CC4N 4CZMA 2OCEA 3MCPA 5C12A 1VSJA 2ZE2A 3KWGA 4ISFA 4BRLA 2HW3A 5AZJB 1YUWA 2UXDK 3E9OA 3QEVA 2E6LA 4KI6A 4IOCL 2OZSA 1TV6A 4N41A 4EZ6A 1GLBG 4A5AA 1SL2A 4C8LA 1TYQA 3TR8A 1VQ9N 2OPRA 3M8RA 3D45A 3D7EO 3LPTA 3BZKA 3V81A 4FPAA 4KHNA 4W5TA 5AZJA 2CGKA 5ELZA 4O0JA 2UUCK 3SQ2A 4OKEA 5C2FA 2P9KB 1VQLN 3VQ7A 4B9QA 4J2EA 3AVBA 4A62A 2AP1A 3K9KA 4LSNA 3KIOA 4OVLA 2GX9A 1NGFA 1BISA 1GLEG 2YJEA 4PY5A 4XH1A 2CH6A 1YT3A 4DQSA 3KK7A 2EX3A 4QAGA 1ZC6A 3LP1A 2KZMA 4BVPA 1YVNA 3VQBA 5JMVA 2HHHK 4KBOA 3CFOA 2KQ2A 3OYFA 4HTLA 3NE6A 4I9QA 4JK8A 1VQPN 3RR8A 2P9KA 4K42A 5MLCQ 4JD2B 2O8CB 1REVA 4EHTA 3KLEA 1KSPA 3NHGA 1MDUB 2BH1A 1NM1A 1X1PA 1BI4B 1UA1A 1U49A 5J2NA 1GLCG 2KLAA 2PYLA 1YF5L 3O4WA 3VEVA 4NO7A 1SV5A 3CMAN 3GBTA 4NCAA 3SPYA 4H0OA 3SQ1A 5C0YA 4BRQA 3E9PA 2W40A 1WSEA 3L6QA 5AQLA 3KLGA 1FJGK 4JKAA 1JL1A 2O8CA 4DQQA 2ZQBA 1HRHA 4H03B 3KJVA 3O6WA 3ZETB 3KKSA 3NVMA 1BI4A 3O3HA 3OW2M 3LWMA 4ELUA 1QE1A 3KWIA 4FM0A 2GTDA 1YTAA 4LF8K 4K25A 3EEQA 3CD6N 5I3UA 1ZBUA 1O13A 1IBMK 3ZSZA 3OYNA 3MN5A 2X6SA 3QEXA 3CCMN 3U8XA 3NGZA 5KPRA 3KVGA 2GEMA 3O3FA 4ID5A 4E1NA 4CK1A 2QA4N 5AQHA 1S1UA 2IDOA 4NYFA 4B08A 3LALA 4PUOA 4DSEA 4H0TB 4JI5K 2RF2A 4B8CA 3D0PA 4IXCA 4H4OA 3RMCA 3VQ4A 3EZ5A 5CYQA 4X62K 4DFPA 1TK0A 1X9SA 1WOQA 3HBTA 1IJJA 3VTHA 1WLJA 5AQVA 1W7AA 5DK5A 1RTJA 3JYTA 4FJNA 3TANA 2Q0UA 4FZXC 3C6HA 3V1RA 2QXLA 2OYQA 3HM8A 4E1JA 1UOCA 3M5RA 4JKGB 4EHUA 4JI1K 4OLAA 4KH6A 2UUBK 4DU3A 1GOAA 1QTMA 3P1GA 3FFIA 1EWRA 1D9FA 5CZ1A 1HR0K 5JS1A 4M42A 3TU5A 3ZSXA 3HT3A 4MO5A 1OH6A 1SKWA 4DCHA 2YV0X 2Z1IA 1VQ4N 2J4RA 3WNFA 1LWCA 2GWKA 4QS7A 3CQXA 2QW9A 3M1FA 2GBZA 1JXBA 4O44A 4CJPA 4PHTX 1U48A 3J7ZO 3SMPA 4O8KA 3P5JA 1MWKA 1RT3A 4A2AA 2OZMA 4DFMA 3RMAA 4LF7K 4JK7A 4CJKA 3CJCA 4OPJA 1NGHA 3VESA 4IZ9A 1C1BA 1KAYA 3WNHA 4WQ4A 1BOTO 1BUPA 4NB4A 3BP8A 4CJTA 1K8KB 4BR9A 1UA0A 1B92A 3ZT2A 2DY4A 4PKIA 3S41A 1JXEA 3S3MA 4CZHA 4I9LA 2O4GA 5J2PA 3ENHA 3N4PA 1GLJO 5BREA 2CGJA 3CCRN 2O8FA 2B4JA 1RBTA 2CGLA 4GY2B 3K0SA 2DTUA 3V9XA 1DLOA 1JLBA 1IH7A 5AQIA 3PIPL 1NOYA 4E7JA 1NK9A 3LWLA 1BCOA 3QESA 2HMPA 2OTJN 4AHTA 4BDYA 3IFRA 3A2FA 1NJZA 5AR0A 4KH5A 1HQUA 4RG8A 1VRTA 4RCHA 3OYKA 3OYAA 2JWKA 3RWUA 4HCBA 3VEYA 4DV0K 4IFYA 4H5VA 1J5OA 4FW2A 4FYDA 1BL3A 4TSXA 4DG1A 3QIPA 4CGJA 1NK5A 1EETA 2NRXA 1KLMA 4CIFA 4BR2A 4JI7K 4CECA 2Q36A 4CERA 1X3NA 3AAQA 4HUEA 4CEZA 2IIRA 1XNQK 3LPUA 4CEQA 2HF4A 4CEOA 4H8KA 3H3NO 3SBTA 2H3GX 2IVPA 4WFAL 4W5RA 1KAZA 3WUHA 5JLFA 2IVNA 4FWSA 2XRIA 3RR7A 3I8BA 3SK3A 1VK0A 5AQTA 1BQMA 1Q9YA 4CK2A 4EP5A 3CCSN 4CHYA 1DKGD 4ZTFA 4KHSA 3KKRA 1RDBA 4WCEL 4FCYA 1XNRK 3IKMA 2E6MA 1RT5A 1S9GA 4X65K 3TABA 1E4GT 3NH0A 1Q82O 3Q7CA 2KW4A 1T3VA 3LDPA 4CW7B 4YOXA 1TKXA 2JWLA 5FLXO 3FZMA 4A59A 1TKTA 3TAFA 5T7BA 3AVLA 3VOVA 1C1AA 1WBDA 2YHYA 4JKDA 2P5GA 3A5NC 4O5BA 5J1EA 2QEXN 3CXCM 4DTPA 1LCUA 2IAJA 3VQCA 1NGGA 3L8BA 3SCXA 3KTQA 4PWDA 2E5LK 2E2QA 3VA3A 4BRIA 3C6UA 5M1KA 4EZ9A 4I2QA 4QS9A 4FO0A 3AO1A 4YOVA 3ULDA 3OYJA 1CLQA 4FSVA 4RW8A 4IFEA 4DS4A 5F2RA 4L3QA 1TL1A 4R5PA 4CIEA 5M1FA 4DQPA 4JKBA 4W5QA 4JRQA 3CCUN 1T44A 2D4WA 3RSEB 3L2VA 2GUIA 3EN9A 3CHWA 2PAVA 2UU9K 4AILC 3K5LA 3SUQA 4J8FA 4C1NI 4OPAA 1BHLA 3OYCA 2FSNA 4FOEA 1S22A 3HO1A 5EU7A 3ZX2A 3V9UA 1V4TA 1SS6A 1GLLO 1QSYA 3J7AP 2FBTA 5E26A 3IDHA 1JCEA 2VG7A 3HTVA 4GNIA 4M7YA 1IKVA 1Q7YO 4IJNA 3PX6A 3AARA 1MU2A 3LZJA 1ZBLA 3CJ1A 3K9JA 3NF8A 3VEZA 4CD3A 1TK8A 4CEAA 1Q18A 5M1QA 1LOTB 2GWJA 3LDOA 5AFUA 1QSSA 4LY7A 3SAHA 3THXB 4KPYA 3LL3A 1W0HA 2XY6A 4B3MK 4OKKA 4DQIA 1ZBFA 3SJJA 4JI0K 1T7PA 1BQNA 3AAPA 4RWTA 1RGIA 1N8RO 2PZSA 4DUZK 3FZKA 4CGHA 1VAZA 2P9PB 4PKHA 5AQSA 3T69A 3AA3A 3THVA 1RT6A 2A5XA 1NK4A 3CJ9A 1R0AA 4BRFA 2O4IA 2P9IB 3QB0A 3EKSA 3KK1A 5AQZA 3IS9A 4Y0WA 2CH5A 1C0UA 5AQRA 3AO4A 1JCFA 1SKRA 4YDUC 4WFNL 3FZLA 3ZCMA 3V1QA 4CZIA 2ITMA 3WXMB 1RBVA 1NKEA 3DLGA 1D4XA 1IKYA 1NGEA 2A41A 5TKWA 3ENOA 1F21A 1J9AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KLA A;  2QTD A;  1P90 A;  2WFB A;  2YX6 A;  2RE2 A;  1T3V A;  1RDU A;  1O13 A;  1EO1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JI4 K;  4DV7 K;  3C65 A;  1P8Z A;  4B9N A;  1RIL A;  4FJM A;  4DR3 K;  1HX1 A;  2RPI A;  1HKB A;  2E88 A;  3CFP A;  5A2Q O;  1DGK N;  1KLN A;  4FLT A;  3HI0 A;  4CJ7 A;  3NF9 A;  3QBX A;  4BR7 A;  3HM9 A;  2G8V A;  3TWH A;  2PFU A;  5CZ2 A;  2I7P A;  5LJW A;  4GW6 A;  2HB5 A;  4CBW A;  4IEE A;  3VEX A;  5EXW A;  3MCA B;  4YOU A;  3MEE A;  5KTQ A;  4CHZ A;  2HBK A;  4AQY K;  4XH5 A;  4DLE A;  3NH2 A;  3J7Y P;  1I39 A;  3ZT4 A;  1UAX A;  2D0O A;  4CES A;  2HBM A;  3QFU A;  1R59 O;  3NF7 A;  5AQM A;  5C2D A;  1KAX A;  4YY3 K;  2HND A;  3L3U A;  4PA1 A;  4CZL A;  4C8M A;  3CCJ N;  3TAP A;  1KC8 O;  4OPH A;  3VEN A;  4BR0 A;  1S3X A;  4DUY K;  1WAJ A;  5HP1 A;  2JGU A;  2I7N A;  4DR2 K;  1WSH A;  4DF8 A;  5GAE P;  1Q9X A;  1I94 K;  4BWJ A;  4HVJ A;  4IG0 A;  4JI8 K;  2G8F A;  2P9L B;  3OBW A;  1OH7 A;  5AJ3 K;  3IUC A;  2XHB A;  4NCB A;  1KTQ A;  3ZSQ A;  5BRF A;  3K58 A;  3WXI A;  5LJV A;  1SQK A;  2ATQ A;  4CIG A;  4M41 A;  3DOK A;  3PLA A;  1WBB A;  1U6Z A;  4YDU A;  3G0Z A;  2Q1N A;  1RTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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