2Z1JA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1jA00
1QQCA 1LWCA 3TARA 4M3YA 1KVAA 5KRSA 4DLGA 2GUIA 1RT2A 4E1NA 4W5TA 3V4IA 2PY5A 1BL3A 1HRHA 2I5JA 3I0SA 3LP2A 5KRTA 1IKXA 3PUFA 4ZTJA 1Q8IA 1S9EA 1TL3A 5T7BA 1C0UA 1QE1A 3D0PA 3QEIA 2JGUA 3K2PA 4DTSA 2IDOA 5J2PA 1TK5A 4OKKA 4CJQA 4JRPA 3TAMA 4Z4FA 3NF6A 1VSDA 3OVNA 3L3UA 4BWMA 5J1EA 4KHYA 1SKWA 4PY5A 3KLIA 1IKWA 3EZ5A 1U4BA 3P5JA 4XIUA 1X9WA 2BDPA 4RW8A 1NK6A 4IBNA 4M3RA 4OKEA 4FM1A 1UWBA 1VSKA 2X74A 1JXEA 3A2FA 1NK7A 1R0AA 4CCHA 1LAWA 4CEBA 1C0TA 4FJ9A 1I3AA 2XHBA 1RT5A 1YT3A 4O55A 2ITGA 4C8NA 3M8RA 1C1BA 3QO9A 3TAFA 4O5BA 1GOBA 5K14A 4W5QA 1FKOA 1RTIA 3OYCA 2EHGA 3S3NA 2YNHA 1WNSA 3DLBA 4KHQA 1XC9A 1FKPA 3KLFA 4E1MA 2G8VA 1VSIA 2YNIA 3DLRA 3OYKA 4KB0A 2HB5A 3S9HA 1EP4A 1RDDA 3MXIA 4CJPA 1UAXA 4ID1A 2QKKA 5CY4A 5HRSA 4O0IA 4DFKA 5J2MA 1ZBIA 4K8XA 2YV0X 3WNGA 4L8RB 1WSEA 1YVUA 2E6MA 3AVGA 1ZBLA 2KZMA 3C94A 4EZ9A 1QSLA 1BI4A 1WSHA 3C6TA 4OVLA 3EYZA 2X6SA 3NDKA 3L2VA 2WOMA 4DS5A 2R7YA 4DTJA 2QXFA 1XHZA 1UA1A 3K5NA 2F8SA 4M3ZA 4F3TA 3M8QA 4C8LA 3AVAA 4CJRA 3O3FA 4CHPA 2ZD1A 4DSJA 3OYBA 4CFAA 2KW4A 3KD5E 1S1TA 4B9MA 2HHQA 1KLMA 3PV8A 4PQUA 4QCLA 1NJWA 2QK9A 1RTJA 1W0HA 1RT6A 3AVMA 3SUNA 5HP1A 3QNNA 2DY4A 1JL2A 3L3VA 2HHVA 5CYMA 5I3UA 3AA3A 4CERA 3SJJA 3RRHA 3JYTA 3F73A 3DOLA 1RT4A 4RW9A 3OS1A 1TGOA 5C42A 1XWLA 4DFJA 3HT3A 3G0ZA 3ISNC 3SYZA 4Y1CA 2OPPA 1C0MA 2IGIA 3VA3A 3KLHA 3IS9A 4CJ5A 4FYDA 4KTQA 4DSEA 4JS4A 3HM9A 4I2QA 3K58A 2EX3A 1CXUA 3QIPA 4B9NA 4MFBA 4Z0UA 1T8EA 3FFIA 1JLQA 1S6PA 1VSEA 3VQ6A 4CJ3A 1N5YA 5CZ2A 3MXJA 5HRPA 3PY8A 3DLKA 2YNGA 4Q5VA 5FRNA 4CGGA 3SQ0A 3D45A 3V1QA 1NK8A 1EKEA 1IH7A 4CHOA 1NK4A 4M3WA 3VQ9A 4DSKA 1Y97A 4CHQA 3QIOA 3TAPA 4DFPA 1UA0A 4FJMA 4H4OA 3L2UA 4F4KA 2X6NA 4FZYA 4OGEA 2IOCA 4OJRA 1D8YA 3CQ8A 2FBVA 4DQPA 3QERA 4BE2A 4B9LA 3B6PA 4CEEA 4C8OA 4FM0A 4HHTA 2Q3SA 3L2WA 4CF2A 2E6LA 4QAGA 1SL2A 1VSLA 4FJGA 4HUGA 1RBSA 1SUQA 5HLFA 2HHWA 4CGDA 4TSXA 2HW3A 3OYMA 2XY7A 1RTDA 1KFSA 3RRGA 4MQ3A 3P83D 2ZQBA 1FXXA 1SKSA 2RPIA 1RT3A 4G1QA 1RBTA 1TKTA 3SQ1A 3LPUA 4IFVA 1REVA 4LH4A 2W42A 3CFOA 5SZTA 1RBRA 3VQQA 4PWDA 3QNOA 1MU2A 1RCHA 4N56A 4DFMA 1RTHA 1JLFA 1Z26A 4DU3A 3ZT4A 4Z4GA 1L3TA 3V9UA 3LWLA 4CIEA 3OJSA 3AVHA 1DLOA 3AO1A 3SUQA 2HVIA 2VWJA 3HPHA 4O0JA 4DTMA 4M42A 1VSHA 1WSJA 1CZBA 5J2QA 3DI6A 1QHTA 4NCBA 3AVFA 3RMAA 4B9UA 2Z1GA 3AA5X 3PO4A 4KB1A 2DFEA 4LD0A 4DSFA 1TV6A 2QKBA 4F2RA 3MEEA 3KJVA 3VQDA 4KRFA 3V81A 3AA2A 2G8KA 1RBVA 4CJWA 3AVCA 3DLEA 4CF9A 3VQ4A 3OYJA 4CJVA 4N41A 5C24A 4UQGA 3DRRA 1VSFA 3IRXA 1NJZA 1D9DA 1DTTA 4OKJA 2JLEA 4DS4A 4HCCA 4K8ZA 3K5MA 4CIGA 3SI6A 3OYIA 2NUBA 3DLHA 3AO2A 1EETA 4RW4A 4FJXA 3AV9A 4LH5A 4B08A 1NOYA 3RTVA 4J2AA 4DF8A 1RBUA 4ID5A 3HPGA 3TAEA 2FBYA 3NF8A 1WN7A 4CFDA 1VSJA 4OPKA 4B9SA 3K5LA 4Y1DA 2G8UA 1ZBHA 4CEAA 4FLZA 1LWFA 4YNQA 3V9XA 1SL0A 2F96A 1C1CA 4FW1A 3CM6A 2B6AA 1BISA 1JLBA 5HRNA 3B6OA 4E7IA 4DMNA 2G8HA 4CF1A 1TAQA 4E19A 1G15A 1KTQA 4FJIA 5HRRA 1CZ9A 4CK2A 1KSPA 4CE9A 2P1JA 4JS5A 1LWEA 4DTPA 3QETA 1J53A 4FW2A 2X78A 3DRPA 1IO2A 3VQPA 3OS2A 5I42A 4KHUA 1ITGA 4Q0BA 1J54A 1WAFA 4I2PA 4BWJA 3PO5A 4CF8A 1ASUA 3MEGA 4CJFA 2PYLA 4DSIA 4NCGA 4BDPA 2KFZA 3LALA 1TK0A 4LSLA 3SPZA 4PA1A 4E7KA 1D9FA 3WNEA 3ZT3A 3U3YA 3RMBA 4CIFA 4KO0A 4DWIA 2KZZA 4CJEA 3NH0A 3BDPA 4B9TA 2IC3A 3HYFA 3LPTA 3V9ZA 1ZYQA 4OLAA 3RMCA 3LZJA 3LDSA 3ASMA 4DTOA 1KCFA 4DQQA 1HQUA 5CZ1A 4KFBA 4KTWA 3ZT2A 4CJ4A 3NF7A 4Z4IA 4NYFA 5C25A 3VQAA 1NKCA 3V1RA 1TKDA 3QEPA 4KHSA 4CEQA 4KHWA 1S1VA 3HSTB 4FLUA 2O4IA 4FVMA 1IG9A 1LAVA 2BE2A 1NJYA 1T7PA 4W5NA 4NYNA 4IFYA 1U47A 4FCYA 2VWKA 2A1RA 1U48A 4FZXC 2FBXA 4CHZA 4ELVA 1WSIA 4CEZA 1BI4B 2P5GA 2YNFA 3S3MA 2Z1HA 4C8MA 4DF4A 2ETJA 4LSNA 4HTUA 4O4GA 4RG8A 5JS2A 3SV3A 1X9SA 1I39A 2XRIA 4KAZA 1HJRA 2GV9A 2XY6A 3ZSRA 1NK0A 2YHBA 1Q9YA 4BDYA 1N6QA 4ELTA 1CXQA 4Z4EA 3LP1A 4FJHA 3IAYA 1HNVA 4FJLA 2D5RA 3WNHA 3F9KA 2DFHA 1T05A 4IDKA 3KK2A 2HMIA 4FXDA 1VSMA 1VRUA 4LY7A 3ZT1A 1WLJA 3VQ7A 4CGJA 1S5JA 4DTXA 3QEVA 3LP0A 3OYEA 1S9GA 5D3GA 3LZIA 1CLQA 2FBTA 1X1PA 2HNYA 4HUFA 4FK4A 1TKZA 3ZSOA 3NHGA 5JS1A 3ZSZA 3MAQA 1JLAA 1K6YA 4M3XA 3CG7A 1KVCA 3VQCA 4FK0A 1HYVA 1W9HA 3SV4A 2OA8A 2PZSA 4KV8A 3RR8A 4Z4HA 4HCBA 2HHUA 5FDLA 3OY9A 5HROA 1D5AA 1WAJA 3L2QA 4KTZA 1SL1A 4CFCA 4M45A 3KLGA 4B8CA 2OYQA 3T3FA 3V9SA 4E7JA 3DLGA 2F8TA 4FLXA 1BCOA 3V6DA 1WSGA 1Z25A 1HYSA 2KTQA 3NBPA 4J2DA 4AHCA 3SPYA 2G8WA 2Z1JA 3VQ8A 4KPYA 3ZSXA 4FLVA 3KIOA 3ZCMA 1JL1A 3KKSA 3BGRA 3ZSVA 4AHRA 3NE6A 4OLBA 2G8IA 4CJSA 4CGFA 5HBMA 4EP4A 3OYNA 3PX0A 4N47A 4FJ5A 1BQMA 4CF0A 4E89A 4DTUA 1JKHA 1TKXA 3NFAA 4I9LA 4CJLA 3KK1A 2VG5A 1KFDA 2Y1IA 3ZSWA 3HXMA 1DTQA 3AVJA 3LAKA 1HPZA 2RN2A 3SQ4A 2YHAA 3HK2A 3VN5A 1IKVA 4E7HA 2OZMA 5J2NA 2HNZA 4F3OA 3DRSA 3AA4A 3NGZA 4NCAA 3OYAA 1RT7A 3I0RA 3MEDA 3NH1A 1BCMA 1BIZA 2A1SA 3SUOA 4BDZA 1VK0A 3OYLA 4FJKA 2O4GA 3AVLA 4EP5A 3TAQA 2LSNA 1TVRA 2OPRA 3V1OA 1L5UA 4C8KA 4KHNA 4FZZA 2AJQA 4OGCA 3NH2A 4DQRA 3MXMA 1NK5A 3AVBA 2VG6A 1C1AA 4AHVA 3KKRA 3KLEA 3VQBA 3NGIA 1EX4A 2D0AA 3PX6A 4E0DA 3CYMA 3H08A 3JSMA 2HNDA 4DLEA 3HVTA 4DQSA 2BGGA 1GOAA 1EXQA 2BANA 2E4LA 4RW7A 5CYQA 1L3VA 3P1GA 1J5OA 2GBZA 5FROA 1RT1A 3AVIA 3O4QA 1X9MA 4J2BA 4M41A 3TI0A 2HHSA 3SQ2A 3RWUA 4BE0A 3TABA 2DTUA 2OZSA 4KI4A 1LV5A 3ULDA 3K57A 1SV5A 2G8FA 4CEDA 3O4NA 2RKIA 2OPSA 4F8RA 3ZSQA 1RDAA 3DOKA 3ALYA 4E7LA 1NK9A 1U49A 3V9WA 1VRTA 1B92A 4N5SA 4FLWA 4PUOA 4I7FA 1B9FA 4CGIA 4F2SA 3AO4A 3NF9A 1HYZA 4KKOA 3AVKA 3IG1A 5KTQA 4R5PA 4BE1A 4DQIA 3T1AA 3L2RA 1NKEA 4I9QA 3AO3A 3OS0A 1UOCA 1JLGA 3DYAA 3VQ5A 4GMJB 5SWMA 3QEWA 1ASWA 3PX4A 3U3GA 3ZT0A 1HQEA 3SZ2A 4DTNA 4IG0A 3OYDA 4DU4A 1KLNA 2Z1IA 4IG3A 4AH9A 4DSLA 3HO1A 3QINA 3HP6A 4RW6A 3O3HA 1XI1A 4W5RA 3OYFA 1SKRA 3ITHA 2PYJA 2OPQA 5EU7A 3VQEA 1S6QA 3HVRA 3U6FA 1ZBUA 2B4JA 1YTUA 4CK1A 5KGWA 3RMDA 4FJNA 4WE1A 3M8PA 3O3GA 3L8BA 1HNIA 4FJJA 3K5OA 1KRPA 1TAUA 4IKFA 4O44A 1S1XA 4CEOA 3VA0A 3QLHA 3OYHA 2Y1JA 1NJXA 1A5VA 4QOZB 4KI6A 2HVHA 3OYGA 1TL1A 3S3OA 4OPJA 1S1WA 3HL8A 4CECA 3SUPA 4EZ6A 4M3UA 2XO7A 1BHLA 3TAGA 4B8AB 1T03A 4CFBA 1U04A 1LW0A 1RNHA 4CEFA 4ICLA 1QSSA 4E3SA 3MECA 1BQNA 2YKMA 1JXBA 4CGHA 4ZHRA 4GW6A 1QS4A 1B9DA 1ZBFA 3WNFA 1Q9XA 3C6UA 3LAMA 3NCIA 2XY5A 1J9AA 3AVNA 1ASVA 1XHXA 3RR7A 3TR8A 1A5XA 4CJUA 4Z4CA 1QTMA 2FC0A 4H4MA 3UIQA 3HJFA 1IKYA 1C6VA 3CM5A 1KVBA 4YFUA 3K59A 1FK9A 4JRQA 4FLYA 2ZE2A 4J2EA 4AHUA 4FLTA 3OJUA 4DU1A 4B9VA 5KGXA 2P5OA 1JLEA 2DFFA 3LWMA 4KREA 3KK3A 2HHTA 4ELUA 4FM2A 1S1UA 3THVA 1F21A 1NOZA 1GOCA 1RILA 2B5JA 2RF2A 3NGYA 5KI6A 4AHSA 1NKBA 1L3SA 4FJ8A 4B3OA 3AO5A 3EY1A 2IAJA 4DTRA 1HMVA 4DG1A 4BACA 2HHXA 3ZSYA 4CESA 3LP3A 1O1WA 2IS3A 3KTQA 1BGXT 1YTAA 2D0BA 1LW2A 5DK5A 3KD1E 4CK3A 3LANA 3HP9A 4HVJA 1JLCA 4GVMA 4W5OA 3CFPA 3DMJA 3I8DA 2ATQA 1TK8A 3TANA 2D0CA 3G10A 1A5WA 1RDBA 1WSFA 3C95A 3DM2A 2WONA 3TWHA 1L3UA 4CHNA 4FK2A 4H8KA 3SCXA 3NAEA 4CJKA 4JLHA 1QSYA 3E01A 4M3TA 4ZTFA 5E41A 3HPOA 4HUEA 1U45A 4CJTA 5DMRA 3CFRA 2P51A 3T19A 3QEXA 4AHTA 3QESA 5FRMA 4CHYA 2KQ2A 3M8SA 4AILC 1BIUA 1RDCA 3SNNA 4FJ7A 2XY8A 2YKNA 4N76A 2KFNA 2VG7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AM6A 3TARA 1KVAA 3IUCA 4BREA 4E1NA 3QBXA 2CH5A 3THXB 2PY5A 2NRVA 2I5JA 5KRTA 1TL3A 5T7BA 1C0UA 1QE1A 3H45C 2HBLA 5GAGP 2IDOA 4OKKA 4DV2K 2W41A 1M1KO 3OVNA 3SMSA 3OW2M 1SKWA 1HR0K 1X9WA 4IBNA 5M1OA 1TYQB 2X74A 3O4WA 1NK7A 3VPZA 1R0AA 1LAWA 4O55A 3M8RA 2ITGA 4JI7K 2FSNA 4LF4K 2E2NA 4WQ4A 3R9PA 1N32K 1GOBA 3M1FA 1NGEA 1C0FA 3MX5A 1LOTB 3VESA 2G8VA 3DLRA 2HB5A 3S9HA 1EP4A 3MXIA 5C10A 5DM6L 5HRSA 4K8XA 3WNGA 4L8RB 1YVUA 3VEXA 4ILJA 4BRLA 1VQNN 1QQOA 3M5RA 4DS5A 3L2VA 1IJJA 4DTJA 5ELZA 2F8SA 4C8LA 2PAVA 3CPEA 4MLHA 4JKDA 5BRFA 3C6HA 3DXKB 4CJRA 5AQUA 4FWPA 3HZ6A 3J80O 4F9OA 3KD5E 1GLFO 1X9JA 3N4PA 4B9MA 1ZXOA 3PV8A 2NLXA 1W0HA 3AVMA 1RT6A 4CZJA 3QNNA 2VQEK 1WOQA 4H0VB 4JI3K 3RRHA 3DOLA 3OS1A 5AQTA 5DM7L 3HT3A 3SYZA 4FSVA 3KLHA 1XNQK 3IS9A 4CJ5A 3CJAA 4FYDA 4MLEA 4DV4K 4JS4A 4DSEA 4FWKA 4CJ3A 1S6PA 1XUPO 1N5YA 3PY8A 5HRPA 3MXJA 5AQIA 1YHQN 5KQDA 3V1QA 1NK8A 1ESVA 4CHOA 3O9TA 3CMAN 3C7NA 3ZYYX 1OH8A 4F4KA 4FZYA 2IOCA 4CZIA 3FE1A 4BE2A 4CEEA 4IFEA 4FM0A 2Q3SA 4FWMA 4QAGA 2HW3A 3OYMA 2QM1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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