2Z1JA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1jA00
3KLFA 3NGZA 1W9HA 4NCBA 1L3VA 2VG7A 3E01A 3K58A 2E6LA 2YNFA 2XHBA 1TAUA 4CJTA 2OYQA 4FJ9A 3LP1A 4RW7A 1LAWA 4CIFA 3ZSXA 3SPZA 4L8RB 1WSGA 5HRSA 5HBMA 3HVRA 1ZBLA 1SKWA 4CJQA 3RTVA 3U6FA 4E3SA 2YKMA 4OGEA 1NK9A 3L2UA 1RBUA 4PQUA 1NJWA 1D9DA 3THVA 4AHVA 2ITGA 1BHLA 5CZ1A 2HHQA 4H4MA 2X74A 3OS0A 4I9QA 1S5JA 2Z1GA 4AHUA 4DF4A 4FJ7A 4DWIA 1RTDA 3QEPA 1HMVA 4KHNA 2HNYA 4DTJA 1ASUA 4DQSA 4HVJA 2KFZA 4FJLA 1RBRA 1RTIA 3ITHA 1HRHA 3K5OA 3WNFA 1DTTA 4CHNA 5J2PA 3SQ4A 3O4QA 4CFCA 1K6YA 4E1MA 4Z4GA 3NFAA 1HQUA 2HNZA 4FZYA 3OYHA 4W5OA 3RMCA 4W5QA 3V1RA 2YNGA 3K2PA 4DTXA 3SV3A 4FLZA 5CZ2A 1BGXT 3HL8A 3LP3A 4FLXA 5HROA 4CEZA 4B9TA 2HHXA 1ZBFA 1VSFA 2HNDA 3NF7A 4I9LA 1YVUA 2DFFA 3WNGA 4M3WA 2ETJA 3D0PA 1U48A 1J9AA 1RT5A 1EXQA 4CESA 3I8DA 4Z0UA 4B9VA 1RT4A 1CXQA 1U4BA 1LV5A 1W0HA 4BDPA 2R7YA 4Z4FA 1BISA 3HPOA 4XIUA 1DTQA 4AH9A 1UAXA 1B9FA 2RKIA 4TSXA 3L2QA 3AA5X 4KPYA 4DU1A 2BE2A 1YTAA 1S6QA 2I5JA 4RG8A 3V4IA 1KVAA 3TWHA 3KKRA 4O4GA 3UIQA 2YNHA 1HYSA 5FROA 4PY5A 3T19A 3ZCMA 4FJXA 3QEWA 1RT1A 2O4GA 2OPSA 3HVTA 4WE1A 4RW8A 1QS4A 4JS4A 2HHTA 3RMBA 1F21A 4IDKA 1NK5A 4RW9A 2OZMA 3AO2A 1JLBA 1VK0A 2FBTA 4E19A 3OVNA 1NK6A 3KKSA 4FK0A 4FJJA 2HHWA 1Z25A 3AO1A 1T7PA 3HT3A 1QSSA 4KI4A 2YHBA 3SYZA 3HP9A 2XY6A 3VQ4A 3MEGA 4BE1A 3T1AA 3TARA 1T05A 2EX3A 4BACA 4DFJA 4C8LA 1J54A 4FZZA 1I3AA 3AA2A 1JKHA 1LW2A 4CFDA 4EZ6A 3I0SA 3HP6A 3VA3A 1IH7A 2XY8A 4IFVA 2X78A 4CEBA 3DMJA 3M8RA 4AHTA 4FM1A 2RPIA 5JS2A 1SV5A 1QSYA 4FJNA 4C8KA 1IG9A 4KRFA 4F3TA 1HYZA 1TL1A 4CF1A 4DG1A 1C1CA 3ALYA 4JS5A 1QHTA 1VSLA 4DSEA 3B6PA 5HRPA 3ZT4A 4CERA 3F73A 4DFMA 4CFAA 4BE2A 3IG1A 4CHZA 4F3OA 3AVJA 3ZSYA 2PY5A 4CEOA 4HHTA 1VSMA 3V9XA 3TAFA 1CLQA 3DRRA 3L3VA 3KK1A 2B4JA 2X6SA 1TKDA 2G8VA 1NKCA 4HCBA 3LZJA 4FK2A 3FFIA 3VQ7A 3M8QA 2VG6A 1LWCA 1U49A 1FKPA 2IS3A 3S3MA 1C0UA 4NCGA 4W5TA 2W42A 3KD1E 4M3YA 2KZZA 4E0DA 1JLGA 4CHPA 3OS2A 3NDKA 3LDSA 4K8ZA 1EX4A 4B9MA 4Z4EA 2ZE2A 4GMJB 4FJHA 3NBPA 3TAEA 1SUQA 1WSIA 3DLKA 1ASVA 4IFYA 1RDAA 4EP5A 4AHCA 3TANA 1SKSA 3PO5A 3DYAA 2G8UA 4FJKA 3SV4A 3C6TA 3S3NA 3U3YA 4Q5VA 1TAQA 4RW6A 5SZTA 3P5JA 3TAQA 1Q9YA 1R0AA 4GVMA 3NCIA 4CK2A 2FBYA 4Z4IA 3M8PA 2ZD1A 3RRGA 4M41A 3SNNA 3ZSZA 1Y97A 1X9SA 4KHUA 2XO7A 1C1BA 2IOCA 4N56A 2VWKA 1XHZA 4LH4A 3JSMA 2DY4A 3WNHA 4CIEA 1BI4A 4E89A 4AILC 4CGDA 4CJLA 1WSFA 2OPQA 4IG3A 2FC0A 3DOKA 4CK1A 4DQRA 2Y1JA 4N76A 1DLOA 2GUIA 1HQEA 3AO4A 1HNIA 3AVHA 2HB5A 2OA8A 3OJSA 5JS1A 5I42A 1U47A 1FKOA 1T03A 1ZBUA 2FBXA 3AVLA 4FLWA 2G8FA 4CJ3A 4PA1A 3RRHA 2KZMA 1RTHA 1YT3A 3VQ6A 4R5PA 4HCCA 2F8SA 4QAGA 3QO9A 4BWMA 5C24A 1S9GA 1KFSA 2IGIA 3L2WA 1NK8A 4B8AB 3NGIA 4BE0A 1VSHA 4DTRA 2QXFA 3TR8A 4LH5A 4B08A 4HUEA 5FRNA 5HP1A 3NH0A 4DLGA 4CFBA 3HYFA 5SWMA 3QEXA 1ZYQA 2WOMA 2JGUA 5D3GA 4CJRA 3CFRA 3NGYA 1BCOA 1NOZA 1NOYA 4J2AA 4KHSA 4CJ4A 3SPYA 1L3TA 4FCYA 3OYGA 3RWUA 2E6MA 3KLHA 4FM0A 4NYNA 3SUQA 3PX4A 1U04A 1HJRA 2QK9A 4FXDA 4FJIA 4YNQA 3SCXA 4KFBA 3AVBA 3DM2A 4N5SA 3NH1A 2Z1JA 1CZ9A 1S1UA 4CEQA 1G15A 4MFBA 1VSIA 4M45A 3AA3A 1RTJA 4CIGA 3BGRA 3CM5A 3DLEA 3VA0A 4E7JA 1XI1A 1TL3A 3DLRA 3ZSWA 3HSTB 1LAVA 3MAQA 3AO5A 1RT2A 1RBSA 2A1RA 1UA0A 1HPZA 3HJFA 3K5NA 2KW4A 4KTQA 4DU3A 3SZ2A 1A5XA 2AJQA 1RBVA 3H08A 2GBZA 4MQ3A 4OJRA 4EP4A 3KJVA 1RDCA 4ZTFA 4ID5A 3L8BA 4KAZA 3C6UA 3O4NA 1N5YA 4LD0A 4DF8A 2PYJA 5HRNA 1J53A 3NHGA 4Y1DA 3VQCA 4N47A 2OPRA 4W5NA 1S9EA 1QE1A 4OKKA 4DSKA 3IAYA 2Q3SA 3DRSA 1VSJA 2P5OA 3EYZA 3QETA 4J2BA 4F4KA 4AHRA 2Z1HA 4CEFA 3ULDA 1A5WA 3EY1A 4O44A 1NK7A 1KCFA 3KK3A 2HHVA 4C8NA 2IAJA 1NJYA 2BDPA 4B9NA 4DSJA 4CEAA 1JLCA 1BI4B 1LWEA 3V1QA 3K59A 2PZSA 1RT6A 4M3ZA 2YV0X 1N6QA 3NF9A 3V6DA 1LW0A 2KTQA 5FDLA 4CGHA 3AVGA 3NF6A 4G1QA 3ZT1A 4KTZA 2VWJA 4CJWA 3OYDA 3VQ5A 4BDZA 4CGFA 4FW1A 1HYVA 2KQ2A 4OGCA 4OKEA 4CJ5A 4HUGA 4J2DA 2HVIA 2KFNA 4IBNA 3EZ5A 1D5AA 3VQ9A 4DQQA 3AVCA 4CGJA 5E41A 2HMIA 4CF8A 3QNOA 4JRQA 2F8TA 4FJ5A 2A1SA 4OVLA 3OYBA 4KHWA 1B9DA 3AVIA 3LAMA 4DSLA 2XY7A 1JXEA 2LSNA 3F9KA 4I2QA 1Q9XA 3OS1A 3T3FA 4CCHA 3QINA 3HPHA 4I7FA 4LSNA 1WAJA 3OJUA 1IKVA 5KRTA 1SL2A 5K14A 4DS4A 4E7LA 4M3RA 1WAFA 1CZBA 4KO0A 3ZT0A 2WONA 3SQ1A 3KTQA 4O0JA 4CEEA 1XHXA 4CF9A 4Z4CA 1NKBA 2IC3A 1S1VA 1RBTA 3CYMA 3IS9A 3LPTA 3LP0A 4CF2A 5T7BA 3KLEA 4FLYA 1ASWA 3ISNC 4O55A 4CE9A 5HLFA 3PY8A 1JXBA 5HRRA 3ZSOA 3HM9A 5I3UA 3G0ZA 4Z4HA 4CHQA 1VRTA 1HNVA 3DOLA 4DTOA 4DFKA 3HXMA 1WSJA 2G8WA 4F2SA 3CQ8A 4E7IA 1NK4A 1JL2A 3TI0A 1MU2A 4I2PA 3O3HA 5CYMA 1JLQA 3KLGA 1TK0A 3KD5E 1VRUA 1ZBHA 1BCMA 4EZ9A 4Y1CA 3QNNA 3VQ8A 1NJZA 3OY9A 2Y1IA 3TAPA 4CJPA 4B8CA 3VQAA 3OYIA 1JLFA 3LWLA 1GOAA 3IRXA 1RT7A 3SUNA 3CFOA 2OPPA 5EU7A 3AVKA 2YHAA 1WN7A 4OLBA 4ZHRA 3MXIA 3CM6A 1RILA 3MEDA 3KK2A 4CJFA 3MEEA 3OYMA 4O0IA 4DTSA 4ELUA 3VQPA 3QLHA 1KRPA 4FJGA 4M3XA 4Q0BA 3TABA 4DTMA 3OYLA 1IKXA 1EKEA 2G8HA 4KKOA 3V9UA 5KGWA 3MXMA 3NF8A 1WSEA 4OLAA 3AO3A 2ATQA 2E4LA 4DS5A 3P1GA 3VQQA 4UQGA 3LP2A 1TK8A 1C0TA 4B9SA 4KHQA 3QEVA 4KI6A 2BGGA 4DSIA 3HK2A 4B3OA 3JYTA 1VSDA 3SJJA 4DQPA 2RN2A 3DI6A 3SUOA 1GOCA 2HW3A 3LAKA 2B6AA 3OYJA 5J2QA 3PV8A 1C6VA 1WSHA 3K5MA 3V9ZA 2PYLA 2G8KA 1XC9A 1NKEA 3SQ0A 5KTQA 3HO1A 4FW2A 4ELVA 3AVAA 1SKRA 3SQ2A 3AVNA 1IKYA 2D5RA 1BIZA 2YKNA 2DTUA 4KV8A 4DMNA 3TAMA 3L2RA 4HUFA 3PX6A 4FZXC 4ELTA 4FJ8A 4FYDA 4DTNA 4FJMA 2BANA 4NYFA 3AVMA 5J1EA 1BL3A 4ZTJA 3CFPA 3WNEA 4RW4A 2OZSA 1WLJA 4OPJA 2YNIA 1NK0A 5C25A 3O3GA 1X9WA 3QESA 4E7KA 1UWBA 4AHSA 4CECA 3AA4A 1S6PA 3L2VA 1QSLA 3PO4A 2P5GA 1ITGA 2B5JA 4CGIA 5KGXA 3L3UA 3G10A 4JLHA 3M8SA 4DTUA 1LWFA 3I0RA 1XWLA 2HVHA 3NAEA 3KIOA 4IKFA 1L3UA 1IKWA 1BIUA 4FVMA 4QOZB 1JLEA 1D9FA 3RMAA 3U3GA 3S3OA 3RR7A 1L5UA 2O4IA 4BDYA 4YFUA 4FLTA 4OKJA 4CK3A 3QEIA 2DFEA 3VQBA 3S9HA 2HHUA 4HTUA 2P1JA 4GW6A 1VSKA 1WNSA 1U45A 3TAGA 2DFHA 1TKTA 4CJKA 4E7HA 4QCLA 2EHGA 3NE6A 1S1WA 1TGOA 3C94A 1NJXA 4PWDA 3OYEA 4DSFA 4J2EA 4M42A 3RR8A 3ZT2A 1TKXA 3K57A 3P83D 3DRPA 1C0MA 1GOBA 1RDBA 2X6NA 4FLVA 5J2MA 1CXUA 3QIPA 3C95A 3BDPA 1RNHA 2NUBA 3MECA 4LY7A 4FM2A 2GV9A 1KVCA 4FK4A 2FBVA 2D0CA 4CJUA 3HPGA 1VSEA 1SL0A 4PUOA 4LSLA 3B6OA 2VG5A 1A5VA 1REVA 2ZQBA 4W5RA 1ZBIA 2QKBA 3V9SA 3V81A 1J5OA 3ASMA 4ID1A 4O5BA 1TKZA 4CJEA 4CJSA 1KSPA 4CJVA 3SUPA 2JLEA 2P51A 3DLBA 5DK5A 4B9UA 1B92A 5J2NA 2IDOA 4F8RA 3DLGA 1TV6A 4E1NA 4DFPA 1X9MA 2F96A 3NH2A 1KTQA 4C8MA 3ZSQA 1T8EA 4C8OA 3SI6A 4CHOA 1JL1A 4M3UA 3CG7A 4DTPA 4KB1A 1TVRA 1Z26A 4H8KA 4KREA 1KLMA 3OYAA 4N41A 1UOCA 3DLHA 1EETA 4M3TA 2Z1IA 3D45A 1IO2A 1Q8IA 1S1XA 3O3FA 4JRPA 1RCHA 4ICLA 4FLUA 3LWMA 3LPUA 4KTWA 2XRIA 3ZSRA 4DU4A 3VN5A 5CYQA 3OYFA 3ZT3A 4CHYA 3OYKA 4DLEA 1KLNA 3K5LA 1JLAA 5CY4A 1I39A 3MXJA 3PUFA 3VQDA 3LZIA 3LANA 1D8YA 4OPKA 1FK9A 2D0BA 1RT3A 3QERA 1FXXA 4IG0A 1YTUA 1QQCA 3A2FA 1EP4A 1UA1A 3LALA 4F2RA 4KB0A 4NCAA 3PX0A 3QIOA 2D0AA 4DQIA 2G8IA 2HHSA 1L3SA 4K8XA 1O1WA 5KRSA 2QKKA 1KVBA 1BQMA 5FRMA 2RF2A 4KHYA 4CGGA 4CEDA 3OYNA 1C1AA 2XY5A 1TK5A 5DMRA 1S1TA 4BWJA 3V1OA 1QTMA 4B9LA 1X1PA 3RMDA 5C42A 1SL1A 1RDDA 3KLIA 3V9WA 5KI6A 3OYCA 3VQEA 3AVFA 4CF0A 3ZSVA 1BQNA 4H4OA 1KFDA 3AV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K58A 2A41A 5TKYA 4NO7A 4FJ9A 4CIFA 3ZSXA 4FOEA 5HBMA 3HVRA 1ZBLA 1NJWA 2Q31A 4BROA 2X74A 3OS0A 2VQEK 4KHNA 1HMVA 5AQRA 4DTJA 1Y64A 1ASUA 4HVJA 5FLXO 2YJFA 3ITHA 3WT0A 1HRHA 4EAHD 1ZXOA 4LFCK 3J8AA 5HROA 1WBBA 4B9TA 2HHXA 3CCJN 3HBTA 3WNGA 2QM1A 1OKJA 4CESA 1U4BA 1BISA 2QWQA 4BR7A 4XIUA 3L2QA 3CCSN 3AA5X 1G99A 2I5JA 2IVPA 3UIQA 3CC2N 4DQ8A 4FJXA 2OPSA 1QS4A 2IVNA 1F21A 3N4QA 5KPZA 3IFRA 4BC4A 1NK6A 2OZMA 4E19A 4OO1J 4IOAL 4FJJA 5GADP 1T7PA 4GV3A 4WCEL 1OH5A 1T05A 2EX3A 1GLAG 3P31A 4U7BA 3O9UA 3DAWA 1I3AA 1LW2A 1EWQA 2Q2RA 2WFBA 3HP6A 2YJEA 5EX5A 4CEBA 3DMJA 4KRFA 4FM1A 5JS2A 3I55N 2NRTA 5ADXH 1TL1A 1VHXA 1C1CA 5EVZA 4JS5A 4NLBA 3ZT4A 4BG8A 3V9XA 1P8ZA 3DRRA 3L3VA 4HCBA 3LDPA 1NKCA 4BR4A 4FWSA 3UKUB 3M8QA 3O9RA 2IS3A 4DB3A 2W42A 2KZZA 4K8ZA 1QHAA 1EX4A 1NGJA 4DR7K 5AQTA 2ZE2A 3NBPA 4Z94A 3TANA 4AHCA 3DYAA 3FZMA 4IJNA 4YOTA 3EKUA 3NCIA 3M8PA 4M41A 2XO7A 4N56A 3AGKA 3WNHA 1NGGA 1BI4A 5MLCQ 4CJLA 4GVEA 1WSFA 4CK1A 4N76A 2H3GX 4DQRA 4BRIA 5BRFA 2HB5A 4K43A 2OA8A 3OJSA 1FKOA 2FBXA 4CJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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