1RDWX

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 123
structure length 361
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rdwX02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rdwX04
3LDOA 5F2RA 2F9TA 2E2PA 4H0VB 3ZX3A 4CZEA 4XH5A 3R9PA 5BREA 2VWBA 3MMVA 3MN6A 4K25A 3ZETB 3IDHA 1CZAN 3DXKB 3BF3A 3QMLA 5EXWA 1Q18A 3D2FA 4H5NA 1LCUA 4FWRA 1SZ2A 2Q0RA 4H0YB 4CBXA 3O5BA 2AA4A 3EKSA 2AP1A 3O8MA 3OHRA 5BRFA 3FE1A 4EHUA 4BRQA 2ZWHA 4FWQA 3S41A 1KAYA 5I9EB 4BR4A 4I6MB 4BC5A 1RDWX 1TUYA 1BOTO 2GUPA 2YHXA 2P9PA 3CJ7A 5AQXA 2ITMA 3AY9A 3DJCA 4MO5A 4BRCA 3MN5A 5AFUA 2GWJA 5JMVA 5KQDA 1HPMA 4FWKA 4F9OA 1P8ZA 3HM8A 1NGBA 3ULEA 1NM1A 1ZC6A 2V7YA 5BN8A 5AQKA 3FZMA 5AQWA 3TPQA 2V51B 2YCHA 2YJEA 4JD2A 1QHAA 3BEXA 1QZ6A 1D4XA 2W40A 3EN9A 4H0TB 4XH4A 3KZBA 5BN9A 4BRIA 5FPDA 3EKUA 2HOEA 3C7NB 4CD3A 5F0XA 5EY4A 1X3MA 2P9IB 3L4IA 4JNEA 5BPLA 5E84A 2I7PA 1QQNA 2FSJA 4EIAA 3WEEA 4WQ4C 3CQXA 1GLLO 1X3NA 2E2NA 3CI5A 3FZFA 5LJVA 3VEZA 2P9KB 2D1KA 4WYBA 3UB5A 1V4TA 1BO5O 1TUUA 4ISFA 3ZEUA 2ASPA 4FWLA 4GY2B 4ISEA 4B1YB 5AQHA 4CBWA 4PL7A 2UYTA 4WQ5C 3G25A 3UE5A 3WQUA 2V52B 3UKUB 4FWOA 1S3XA 4DQ8A 3DXMB 2FF6A 5BRDA 4BQLA 5FPEA 3I33A 4BR2A 1J6ZA 2IIRA 4FWMA 4RCHA 3U8XA 5LJWA 2WUSA 3VEWA 4FWNA 2A3ZA 1BUPA 1ATSA 3GOIA 1BU6O 4AM6A 3QDKA 4C23A 5KQ8A 5LY3A 2IVPA 3AARA 5BPNA 4JHDA 4BRHA 1KAXA 5AFUH 2CGLA 1HLUA 4Z94A 1GLBG 1HKCA 2CH6A 2QM1A 2IVNA 4NO7A 4WQ4A 3RSEB 2F9WA 3H3OB 1U2VA 1NGGA 3CJBA 1E4FT 3WQTA 4CI6A 3C0BA 3I8BA 5ELZA 3H1QA 5EOYA 3BP8A 1TYQA 1Z05A 4M7YA 3H3NO 3QBWA 5AQIA 2P9LA 2V7ZA 2E8AA 3HZ6A 4FOIA 3H45C 4FPAA 1SQKA 3GL1A 4CJ7A 2HMPA 2FSKA 4IXCA 2P9SB 3EO3A 2E2OA 4WQ5A 3CJ9A 2OANA 3GDQA 1HX1A 2GWKA 4H5RA 3BUZB 2ZGYA 5AZJA 2A42A 4BR7A 4AM7A 1NLVA 3M6GA 4DCHA 1NGAA 3B8AX 4H03B 2FSNA 2NRHA 4FPBA 4K41A 1NMDA 2KHOA 5KPRA 3KHYA 1DKGD 3MN9A 3ENOA 2YI1A 4EAHD 3BF1A 3VGLA 3CJCA 5AQUA 3H6EA 1YXQA 1YVNA 2P9NB 3CJ1A 3A5LC 2P9UA 1XC3A 2E20A 3UKRB 1BA1A 3GBTA 3WXIA 3VEVA 4YDUC 3KVGA 4FWPA 5JICA 1NGJA 1HJOA 3LDPA 3WT0A 4B1XB 4BREA 2Q97A 1MA9B 4H5VA 4H0PA 1ZXOA 2GTDA 1BG3A 4CZKA 4PKIA 1NGCA 2CGKA 4IWVA 3TU5A 1T6DA 3JXUA 3D2EB 4IO8A 5CE3A 3ZETA 3DXKA 1MDUB 1HKBA 1XQSC 2D4WA 4K43A 4BC4A 2NZTA 3O80A 3SMPA 1MWKA 5JLHA 2Q2RA 4O5FA 4CZGA 4H5TA 3JS6A 1NGHA 1HKGA 2ASMA 5KPTA 4JAXA 4QS9A 4BR5A 4BR9A 1Y64A 4H5WA 2FXUA 3A8YA 2ZGZA 4HWIA 5AQZA 3WXLA 5FPNA 3A5MC 1WUAA 1MWMA 2QWQA 2YHWA 3CETA 3VGMA 5BPMA 1ESVA 5JLFA 3VEOA 2PAVA 4CBUA 1S22A 5AZIB 3IFRA 4L3QA 2IVOA 4B1WB 4I6MA 3R8EA 4MLEA 3R6MA 2E88A 2W41A 4CZFA 3WXKA 4YDUA 3ATVA 3O4WA 4ISGA 5ADXA 3ENHA 3CJAA 2DPNA 1K8KB 4RTFD 3QICA 3ZX0A 1E4GT 5AQOA 1H1VA 4M7XA 4GNIA 4FWSA 3VEYA 2H3GX 4A2AA 3EL2A 1C0FA 2FLOA 4IJAA 4BRNA 4XEIA 3VF4A 3F9MA 1U6ZA 1NBWA 3MCPA 5AQSA 3FZLA 1GLDG 3FR0A 2A40A 3C7NA 1GLFO 3A0IX 3CQYA 1GLEG 3LDQA 1QQMA 1JCFA 2P9IA 3D2FB 5AQQA 3A5NC 4JN4A 1KXPA 5AQNA 5AQMA 2Q0UA 4MO4A 2A5XA 2D0PA 4DB3A 4A62A 4BR0A 2P9KA 2A41A 3VERA 1YAGA 2J4RA 3GG4A 1SAZA 4J8FA 3VGKA 4BROA 1RGIA 3DAWA 1KAZA 3L0QA 3IUCA 4PKGA 4BRPA 2P9PB 4CD1A 4M63C 3J8AA 3U4LA 1XUPO 1RFQA 3M3ZA 3MDQA 1DEJA 3MN7A 1V4SA 3UKUA 3SLCA 3HTVA 3QB0A 3DXMA 2HF4A 3ULEB 4HTLA 2QXLA 4H0XB 2GEMA 2QW9A 3LDLA 4CZJA 5B8HA 4JD2B 4O8KA 3ID8A 4FL9A 1DGKN 4BC2A 5AQFA 2YJFA 3O6WA 3FZHA 1IG8A 2BUPA 4KBOA 2NLXA 5AQRA 1OKJA 4DHYA 3CHWA 5ADXH 2ZF5O 1ATNA 3RSEA 3SJHA 3VF6A 4BRAA 4K42A 4Y0WA 3W3DA 3WEEB 3CERA 1EQYA 3LM2A 4BG8A 4BVPA 2QWPA 5EVZA 2QWOA 3VOVA 4PL8A 2P9SA 2E1YA 3H1VX 5KPZA 3VEXA 2QWMA 5BRHA 4EFHA 3U9ZA 1QQOA 5F1XA 3O08A 1JCGA 1GLAG 1YUWA 3AAQA 3ZEUB 1ATRA 4QS8A 3VETA 4CZLA 3FZKA 4LC9B 2GELA 1X9JA 3ZX2A 4CZMA 2I7NA 3HSCA 3DWLA 4PKHA 4FO0A 4BRMA 3FGUA 3WUHA 4B9QA 2PBDA 4E1JA 3QFPA 2CGJA 5EX5A 3VESA 4H0OA 4IZ9A 4BRFA 2QWNA 1NWKA 4B1VA 2P9NA 4XH1A 3UKRA 2FF3B 5AQTA 5AQYA 3H46O 4MLHA 5AQGA 4B1UB 4B1ZA 2BTFA 3AAPA 3CIPA 1NGEA 3LM9A 1IJJA 2QWRA 4BG9A 4JHDB 2EWSA 1NGIA 2ASOA 3QFUA 4A2BA 2QWLA 3GE1A 4FOEA 1U2VB 1G99A 2HF3A 3SK3A 4RWTA 4BGAA 3IMXA 3D2EA 1C0GA 3FFKB 3D7EO 1TYQB 2Q31A 4BC3A 3L6QA 4A61A 4BRGA 3A5OC 1Z6RA 5AQLA 4CZHA 2P9LB 3EZWA 3W0LA 4BRLA 3M1FA 4CZIA 2CH5A 4QS7A 3LL3A 2E1ZA 2E2QA 5E26A 2VCPA 4BRKA 1R59O 3P4IA 4NB4A 5AZJB 1NGDA 5FPMA 3VENA 2A6AA 1HUXA 2YHYA 2VYPA 1LOTB 1BWFO 5AQPA 1QZ5A 1JCEA 5AZIA 1NGFA 3FLCO 5AQJA 1ZBSA 2Q36A 5AQVA 1T44A 3MK6A 5BR9A 4FSVA 2D0OA 5AR0A 4BRDA 3HBTA 1GLJO 1BDGA 1GLCG 1WOQA 3LDNA 3O1WA 4BGBA 3VF2A 3O1BA 4EHTA 3QBXA 3U9DA 1K8KA 3VPZA 2P9UB 1BA0A 2Q1NA 1T6CA 3SMSA 4BVOA 4IJNA 3HI0A 3WXJA 4BQZA 3ATUA 5TKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IDOA 3LDOA 3E9PA 3ZX3A 4CZEA 4KHSA 2YKMA 3VQDA 2W42A 2C1GA 4HUEA 3ZSRA 3CFPA 3R9PA 5BREA 2HNZA 2UUBK 3K58A 3HSTB 1CZAN 4L8RB 2HBJA 3BF3A 4CF1A 1N6QA 1Q18A 3D2FA 2Y1IA 1XMOK 1M1KO 3NVKA 3P5JA 2HHUA 4KTZA 3O5BA 1LAVA 4RW8A 3OHRA 1F21A 1LW0A 2ZD1A 3VQ9A 3ULDA 1VQ4N 1ZBHA 2DTUA 4BRQA 4U67L 4FWQA 3U3YA 3LWMA 3CM6A 1BIUA 1CXQA 4JLHA 1TKXA 3WXMB 4I6MB 5M1PA 1W0HA 1BOTO 1HNIA 5AQXA 1YHQN 3OYAA 4Z4CA 4MO5A 5JMVA 4IEEA 2FBYA 3D0PA 4KHQA 3PO5A 2PYJA 2YNIA 2V7YA 3NH0A 4DG1A 1EWQA 1VSJA 2YCHA 3SBGA 5TKWA 3V81A 4H0TB 3TAPA 1W97L 1X9WA 1S1XA 3KLFA 5BN9A 3B6PA 2NRXA 5C2DA 3EKUA 4FLVA 3E9LA 3O4NA 4B9VA 1X3MA 3L4IA 5E84A 1QQNA 5LMUK 1IV0A 4WQ4C 1WSFA 1GLLO 1X3NA 4GKJK 4DTOA 5JS1A 3P39A 1U45A 4C8NA 2OTJN 5KI6A 4I2QA 1TUUA 2ASPA 4GY2B 1BI4A 4ISEA 1NG9A 4CBWA 5HRSA 3G25A 4DR3K 4AHUA 3WQUA 4KPYA 4FWOA 3TTDA 3AVGA 4AF1A 2G8UA 3O4QA 5BRDA 3EYZA 5A2QO 1J6ZA 3T3FA 1U49A 1NMNA 3BZCA 5CYMA 3NAEA 2KZZA 2A3ZA 3ZT4A 1HNZK 3DRPA 4K8XA 4C23A 1TK8A 3QEIA 2F8TA 2IVPA 4DQRA 4B8CA 2CGLA 1I3AA 2O8EA 4WQ4A 2QM1A 3CC2N 4NXNK 4Z4IA 3RSEB 2BH1A 1HMVA 1U2VA 3CJBA 4BECA 4CI6A 3HOTA 3VTHA 1S72N 5ELZA 3OYGA 4FZYA 1GOBA 3AA5X 3H45C 3TWHA 4FPAA 2HMPA 5K14A 1FJGK 4H5RA 5AZJA 3I0RA 3SQ1A 1NK5A 1VQ6N 4Z0UA 4O44A 2B4JA 1L3TA 1DKGD 3MN9A 4FJ7A 1WAJA 4EAHD 3VGLA 3TANA 4F2RA 2XRIA 4ID1A 4NCGA 5AQUA 1OH8A 2HHQA 2JLEA 3CJ1A 3CCVN 1RBSA 4JEPA 1K6YA 1XC3A 1BA1A 3GBTA 4I9LA 4EZ9A 3TTCA 4RG8A 4EP5A 4CK1A 3LDPA 4H5VA 2NRZA 1JLGA 1BG3A 3CM5A 1CXUA 1BIZA 1NGCA 3KIOA 4BDPA 3H08A 4BY9C 1BQNA 3DLHA 1NJXA 1HYSA 3DXKA 1HKBA 1OVYA 1VHXA 1XQSC 1RDCA 4K43A 4BC4A 2NZTA 3O80A 2WTUA 4H5TA 1ZYQA 1TAUA 4FVMA 3L4QA 2QA4N 1NGHA 2QEXN 4O4GA 4C1NI 3TI0A 1CLQA 4QS9A 1S1WA 4BR5A 3TARA 4Y1CA 4KI4A 1VSDA 2W6KA 5AQZA 4DSEA 5FPNA 1VSIA 1W9HA 1WUAA 3VGMA 3CETA 4M42A 1S22A 4OPKA 3IFRA 3CPWM 4L3QA 1T03A 4CF2A 3NGZA 2IVOA 4B1WB 2NRWA 4B3OA 1T7PA 5ADXA 3O3HA 4FYDA 1IBKK 3T7ZA 3QICA 4FK4A 4ELVA 1M90O 1SS6A 3LZIA 2QI2A 3VEYA 4CEZA 4LSNA 3HO1A 4A2AA 3QEVA 2HB5A 2FLOA 3DMJA 4DTRA 4BRNA 4XEIA 3SZ2A 2UXDK 4DFPA 4CFCA 1DLOA 3V9UA 3C65A 3NFAA 4AILC 1XNRK 3MCPA 1GLDG 2PY5A 1BGXT 4B08A 3CC4N 3LDQA 3D2FB 1TKTA 5CHIA 2DFHA 3CYMA 1CZ9A 4CEFA 4TSXA 1FKPA 4RW7A 5AQNA 4X62K 5AQMA 3SYZA 1RT6A 2D0PA 4DB3A 4DQQA 2WFBA 1BHLA 4WF9L 2QXFA 1QE1A 1LWFA 1JLAA 3PX0A 1SAZA 3ENBA 4J8FA 4J2EA 3L0QA 3IUCA 3HRGA 4CD1A 4CFBA 4M63C 1X1PA 3U4LA 4B3TK 3M3ZA 4AHRA 1C1CA 3K5OA 4CGIA 3MEGA 2JWKA 4BEBA 2VG5A 1HNVA 1TL1A 4JRQA 4CEEA 4BE7B 4K8ZA 3ID8A 4CIGA 5IWAK 2HBMA 3OYCA 3THXA 4FL9A 4Q5VA 1DGKN 4OLBA 5AQFA 1GOAA 2YJFA 1NJZA 4IEIA 3VQBA 5SWMA 4PY5A 3CHWA 3VF6A 4K42A 2UXCK 1L3VA 3SCXA 3HJFA 1S5JA 3DM2A 3DRRA 4LFBK 4KAZA 4E72A 1TAQA 4QAGA 1ASVA 4IOAL 3RWUA 4LD0A 3SUOA 2P9SA 2KFZA 1W2BM 3VQEA 5GIPA 4IOXA 3SUPA 5F1XA 3AO2A 4IDKA 4W5QA 4LC9B 3VQQA 1BI4B 1LV5A 2XO7A 2G8VA 1WAFA 4FJXA 4PKHA 3HSCA 4DF4A 1RTHA 4BRMA 3FGUA 3CYGA 2A1RA 3EE9A 2PBDA 3NF9A 4E1JA 3KK2A 1QHTA 1SL2A 5EX5A 4E19A 4IZ9A 5M1OA 4AHTA 3QEPA 1IO2A 1N8RO 4XH1A 1QVGM 1Y97A 3UKRA 5AQYA 4MLHA 3CCRN 5GADP 2ITGA 5C12A 1NGEA 4X66K 3LM9A 4CIFA 4DLEA 1IJJA 3CD6N 3TSPA 2Y1JA 3FFIA 2O8EB 3ZLJA 1HNWK 4IFYA 1U2VB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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