1RDWX

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rdwX02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rdwX04
3DXKB 3R8EA 3QDKA 2HMPA 5ELZA 2J4RA 4M7YA 3VEXA 4JD2A 3QFUA 3ZX0A 4XH4A 2VYPA 3CJAA 5JMVA 3H6EA 1ATRA 5BN9A 2P9LB 4IJNA 2VCPA 3QICA 4A62A 5ADXH 4BC5A 1BO5O 4B1YB 1NGFA 3LL3A 4H0YB 2Q0RA 1TYQB 2E88A 1WOQA 5ADXA 2V7ZA 1U2VA 3ZX3A 5BRHA 3D2FB 5AQZA 1C0FA 4Z94A 3C7NB 5AQLA 2E1ZA 3AAQA 2GUPA 4YDUC 4IXCA 1QQNA 4FL9A 2QWLA 1BWFO 5KQDA 5EY4A 2IIRA 3WT0A 3IUCA 2GELA 2QW9A 2E20A 1X9JA 4CZKA 3SMPA 1Z05A 3U9DA 3QFPA 3MN5A 4BQLA 4BR0A 2EWSA 2FXUA 3JXUA 4H0PA 5AQMA 3VEVA 3O8MA 4BREA 4H5VA 3WXIA 2ASMA 4H5RA 1BOTO 3IFRA 3QB0A 3O80A 4RWTA 3GBTA 3GG4A 2KHOA 3QMLA 3DWLA 1NWKA 1K8KB 3M1FA 3IMXA 5AQIA 2FLOA 3CJ1A 5AQKA 2H3GX 2ZGZA 4BRNA 2YHXA 4EHUA 3MCPA 1QZ6A 2YJFA 2BUPA 1V4SA 3UKRA 1NGJA 4O8KA 3H1QA 5F0XA 4K42A 4GY2B 5I9EB 1ATNA 3ZEUB 1BU6O 1GLDG 2D1KA 4M63C 5FPEA 3L4IA 3VERA 2YHYA 2OANA 4QS7A 1DGKN 2CGKA 3WUHA 4FWMA 3M3ZA 4ISFA 3BF3A 1BA1A 3WEEA 3UE5A 4JAXA 4BRPA 1XQSC 4ISGA 2ASOA 2E2QA 3ZX2A 3VEYA 1KAXA 4H5WA 2I7NA 4BVOA 3VOVA 1NGHA 2Q2RA 4F9OA 3A5NC 4FWLA 3BP8A 4CZFA 3UKUB 5BPLA 2A6AA 5AZIB 1Z6RA 4BG9A 2WUSA 3H45C 4IJAA 2P9IB 3AARA 2FF3B 2V51B 3ZETA 3VF2A 4FPBA 4E1JA 1X3MA 1NLVA 1LCUA 4MO4A 3SMSA 5FPDA 3F9MA 4LC9B 4PKHA 1NGAA 2YHWA 4DHYA 1KXPA 1SZ2A 4FPAA 4MLHA 3SLCA 3ULEA 3BUZB 3RSEB 4A2BA 4C23A 4QS8A 2VWBA 2E8AA 4BRHA 5KQ8A 4I6MA 2ITMA 4FWQA 4CZEA 4AM7A 2ZWHA 3P4IA 3H1VX 2E2NA 4H0VB 4J8FA 4B1WB 4H0OA 3H3NO 4JN4A 3C0BA 2D0PA 3LDNA 2A40A 1D4XA 5EXWA 1LOTB 2F9WA 3MMVA 2FSNA 4CZJA 3LDQA 3FZFA 4JNEA 1P8ZA 1T44A 1IJJA 3MDQA 4BR9A 1DEJA 4FWRA 4IO8A 3MN7A 2CGLA 3GL1A 3O1BA 5EOYA 4K43A 2HOEA 2QWPA 2YCHA 5AQRA 4BR5A 5BPMA 4AM6A 4B1XB 2P9UB 2I7PA 3MN9A 1XC3A 4ISEA 3WXJA 5AQWA 3L6QA 4HWIA 3CJBA 3O5BA 1NM1A 3O08A 1GLEG 1HKGA 1C0GA 2HF4A 1HPMA 2NLXA 4BQZA 4YDUA 3EN9A 3CERA 4FOEA 3DXMB 5AFUH 3WQTA 4WQ4C 4BRAA 2CH6A 2GWKA 1U6ZA 1MWKA 4QS9A 1EQYA 1QHAA 1HUXA 5AFUA 4B1ZA 1IG8A 3CI5A 3AY9A 4BRQA 4H03B 4BVPA 5KPZA 3U4LA 5FPNA 1QZ5A 4BRGA 2P9KB 2QWNA 3EZWA 3KZBA 3KVGA 1MA9B 2Q36A 2D0OA 3WEEB 2YI1A 5AR0A 5BR9A 2P9LA 3R9PA 3ATUA 4H5NA 3B8AX 3H46O 3QBWA 4KBOA 1CZAN 2UYTA 4CZIA 1TUUA 1TYQA 1HKBA 3UB5A 4PKIA 1J6ZA 2A41A 5JLHA 2PBDA 1GLCG 3D2FA 2AP1A 3VPZA 2QWRA 4BC2A 1NGCA 4CZGA 2P9PA 3C7NA 3ZETB 5AZJB 2QXLA 1QQOA 5JLFA 3MK6A 3I8BA 4BC3A 3VESA 1QQMA 3BEXA 3LDPA 4NB4A 4EHTA 3W0LA 3A5OC 2QWQA 4WYBA 5AQTA 3EO3A 4FWNA 1X3NA 3CHWA 3M6GA 5FPMA 3D2EB 3J8AA 2E2PA 1ESVA 3VEZA 3KHYA 2P9NB 3A5LC 1G99A 5AQNA 3LDLA 1GLFO 2QWMA 4JHDB 4BRKA 3TPQA 1S3XA 5F2RA 1K8KA 3AAPA 4XEIA 4B1UB 4JD2B 3DAWA 4WQ5C 3VEOA 2P9SA 1ZBSA 1NBWA 3H3OB 2PAVA 1DKGD 4PKGA 4K25A 1NGEA 3O4WA 4WQ5A 4DB3A 3HI0A 2HF3A 3ZEUA 2GEMA 2IVPA 3WXKA 3OHRA 5AQOA 4CJ7A 3ID8A 1GLAG 1U2VB 4CZLA 5KPTA 3FLCO 3FZMA 3CQXA 3VF4A 2CGJA 3CIPA 4MLEA 5E26A 3L0QA 1GLBG 3R6MA 5BRFA 5E84A 4FWSA 4O5FA 2QM1A 1XUPO 3D7EO 4RTFD 1JCEA 3CJ9A 3VGLA 4CD1A 1S22A 3MN6A 4K41A 3FFKB 1RFQA 2FSJA 5AQFA 3S41A 4Y0WA 1WUAA 5BREA 2E1YA 5BRDA 2ASPA 5AZIA 3VENA 4BR2A 3FZKA 4BR4A 1E4FT 2P9IA 1BG3A 4BRCA 3EL2A 2IVNA 1GLJO 2FF6A 2Q97A 4H5TA 3TU5A 1E4GT 1MDUB 3I33A 1HLUA 3FR0A 1H1VA 4FWPA 3GDQA 5AQSA 2ZGYA 3RSEA 2DPNA 3ATVA 3FGUA 4NO7A 2NZTA 2V7YA 4BRLA 2A42A 3EKUA 1ZC6A 2YJEA 3CETA 4BRFA 5AQPA 4PL8A 1HX1A 3UKRB 1KAZA 3IDHA 4A61A 3FE1A 1R59O 3VGKA 1BA0A 3VGMA 1SAZA 4BC4A 2GWJA 2CH5A 4H0XB 3VEWA 4DQ8A 4BR7A 3A8YA 2IVOA 3U9ZA 1HJOA 1Y64A 2P9PB 4WQ4A 1ATSA 4GNIA 3DXKA 3HM8A 4EFHA 3CJ7A 3HTVA 1YUWA 3VF6A 5F1XA 4BRDA 1OKJA 3WXLA 4CZHA 1KAYA 4BRIA 1JCFA 5EVZA 3FZHA 4H0TB 5LY3A 2E2OA 4CBXA 1TUYA 5LJVA 1ZXOA 3HSCA 1YAGA 5BN8A 4EAHD 2P9UA 4B1VA 3O6WA 3DJCA 4FSVA 2AA4A 5AQGA 1GLLO 1NGDA 1BDGA 4BGAA 5B8HA 1NGBA 3WQUA 2A5XA 2P9SB 3ULEB 4FOIA 5AQYA 3DXMA 4I6MB 4DCHA 1JCGA 2A3ZA 3CJCA 1YXQA 3EKSA 5BPNA 1MWMA 3QBXA 3LM9A 1V4TA 3A5MC 4CZMA 3BF1A 4BROA 3SJHA 2P9KA 3O1WA 5KPRA 3JS6A 3LDOA 1SQKA 3A0IX 4FWOA 3HBTA 4M7XA 1YVNA 1Q18A 2NRHA 4FO0A 1NMDA 1RDWX 2Q1NA 5AQQA 5AQUA 1T6CA 3ENHA 2BTFA 4IZ9A 1T6DA 4CI6A 3W3DA 3GOIA 4IWVA 4CBUA 5LJWA 4MO5A 4CBWA 2D4WA 5AZJA 3G25A 2GTDA 4XH1A 4B9QA 5AQJA 1NGIA 4BG8A 4BRMA 2FSKA 1HKCA 5AQVA 1NGGA 4CD3A 3U8XA 3FZLA 5AQHA 4FWKA 5AQXA 1RGIA 5TKYA 3HZ6A 3VETA 3GE1A 4L3QA 5CE3A 5JICA 1BUPA 3D2EA 2Q0UA 2V52B 2ZF5O 3CQYA 3SK3A 3ENOA 4HTLA 2F9TA 2Q31A 2P9NA 3LM2A 3UKUA 4RCHA 4BGBA 4EIAA 2W41A 5EX5A 4PL7A 2QWOA 4A2AA 4JHDA 4XH5A 2W40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M7YA 3VEXA 4KV8A 4C8OA 1X9WA 3ZX0A 4X65K 4XH4A 5J2MA 2E6MA 2HNYA 1ATRA 1TK5A 5BN9A 3SI6A 4A62A 3SPZA 1BO5O 3QEIA 3SV4A 3LL3A 3OYAA 1RT6A 1ZBIA 4CGHA 3V9UA 4B3TK 5BRHA 3D2FB 2ZJQL 1C0FA 4Z94A 2E1ZA 1HYVA 4CGGA 4JI3K 4YOXA 2HHWA 4YDUC 3P1GA 4CEFA 4CJQA 2GELA 1VSLA 3C6UA 3T1HK 4QCLA 2QA4N 4AILC 1VSFA 4LFCK 3N4PA 3QFPA 4BQLA 4LF5K 4FLWA 3VMFB 2EWSA 2FXUA 5AQMA 1YI2N 2O8CA 3KLIA 3WNEA 1UA1A 2ASMA 4H5RA 4FM1A 1BOTO 4ZHRA 3PX0A 2KHOA 2F4VK 5AQKA 4FJNA 2H3GX 3SAGA 1BISA 1N36K 3O9RA 2DTUA 4EP5A 1NGJA 2AJQA 3DLLL 4ILHA 2G8HA 3H1QA 4DKWA 4PQUA 4JKGB 1ZBFA 4JV5K 3PSFA 4GV9A 2D1KA 3ZSRA 4FK2A 3MEGA 4ELVA 1BI4B 1WBDA 1DGKN 1TVRA 3THWB 1JJ2M 3M3ZA 2O8BB 1TKDA 1WSIA 3WEEA 1K6YA 4RW7A 3TSQA 4EP4A 3AGKA 4FJ7A 3L2RA 3VOVA 3NH0A 4FJXA 3MXIA 4KB0A 3QETA 4DSEA 3B6PA 4CZFA 2A6AA 2IOCA 4BG9A 1LWEA 2V51B 3L3UA 3ZETA 3NCIA 1NLVA 3K5LA 4FJHA 4ICLA 4GV6A 3RSEB 3BUZB 1MU2A 3CCRN 4HHTA 2VWBA 4I6MA 4CZEA 3F9KA 4OLBA 3F5TA 3P4IA 3LAKA 1VQON 4J8FA 4H0OA 1TKZA 3SBTA 3OYGA 2D0PA 3SQ4A 5JS2A 2VQEK 2FSNA 4RW8A 2I5JA 3T3FA 4DUZK 4KTQA 3AV9A 4AHSA 2HOEA 2OYQA 1RTIA 5AQRA 3ZSVA 4AM6A 4BE7B 2RPIA 2P9UB 3DRPA 1XC3A 1NU0A 2Z1HA 4PA1A 4ISEA 3O08A 4ILGB 1GLEG 1QTMA 3CQ8A 1NK5A 3O4QA 1S1XA 4BQZA 1WSGA 3CG7A 5AFUH 4I2QA 3TABA 3QEPA 3CM6A 3CCEN 2WC9A 2QKBA 2CH6A 1U6ZA 4QS9A 2B6AA 3VTHA 1HUXA 4DV6K 1T03A 3KKSA 1U04A 5FPNA 4BRGA 4FLUA 1ZBHA 3OYCA 3SNNA 3RVCA 1XNQK 2GV9A 4H4MA 5AR0A 3M5RA 5BR9A 4XIUA 3R9PA 3ATUA 4B9LA 2LSNA 4H5NA 2QK9A 3B8AX 4KBOA 4CFBA 5DK5A 2XY8A 3RR7A 2RHKA 4DTMA 2A41A 1KC8O 2PBDA 3D2FA 3VPZA 2QWRA 3DM2A 1N8RO 3NF7A 4KI6A 2QXLA 3WNHA 1QQOA 1RDCA 5JLFA 3ZLJA 4E7JA 5JVGL 3P5JA 3OYIA 1N5YA 4LF9K 2HHHK 1TKXA 3BEXA 1HR0K 1NJXA 3ENBA 1KFDA 3LAMA 1RBRA 2IC3A 2QWQA 3A5OC 4AQYK 4CK2A 1RNHA 5LMUK 4KH4A 1M90O 1ESVA 1XHXA 3VEZA 3PX4A 2OA8A 4KKOA 4KTWA 4FLXA 4KHUA 1B9DA 3A5LC 5AQNA 3C94A 2VWKA 3TPQA 1S3XA 3MXJA 4I9LA 5F2RA 4XEIA 4JD2B 3MX5A 3DOKA 2O8EA 5HL7L 1NBWA 1RBTA 2PAVA 4UY8O 1T8EA 4WQ5A 3THXB 1KTQA 4FLZA 1RTJA 4JKGA 1HPZA 1JXBA 3HP6A 3CXCM 4CEOA 1BI4A 3TSPA 3MX2A 3THWA 2O8BA 1L5UA 3VF4A 2CGJA 1RTHA 4FWSA 3D7EO 4DQPA 3CJ9A 4YOWA 4K41A 5GIOA 2B4JA 3FFKB 1ASUA 1QS4A 3AVFA 1WAJA 3OBYA 1WUAA 4IOXA 3TR8A 1JLFA 4DG1A 4AHUA 1NK8A 1S1WA 3VENA 4B8CA 1LV5A 1DLOA 3V9ZA 2XY6A 4DFPA 4OPKA 4EZ6A 3S3NA 3EL2A 2IVNA 2FF6A 4TSXA 3L2WA 4E7HA 3HYFA 1HLUA 2P5OA 4ELTA 4KI4A 3RSEA 2A42A 1ASWA 2YJEA 1XHZA 2G8VA 1SL1A 5HP1A 3UKRB 3IDHA 1YTUA 1O1WA 4KH5A 5M1OA 3OTOK 1Y97A 1BQNA 3F2KA 4H0XB 4BR7A 3A8YA 2OTJN 1Y64A 5C42A 2P9PB 4OKKA 3DXKA 4A5BA 4EFHA 3QEXA 1NJZA 1YUWA 4BRDA 4N76A 1DTQA 2W6LA 2HSTA 4LSNA 2WFBA 1Q7YO 4CEDA 5EVZA 3HPHA 1O13A 5LY3A 1VQMN 1I39A 2YKNA 5FROA 5BN8A 1LW0A 2P9UA 4K8ZA 4CHZA 4NXNK 1NNEA 4LF4K 3NE6A 4LF6K 3ZSZA 3AO3A 4DQRA 4M42A 2AA4A 4I2PA 5AQGA 5GAEP 4W5TA 3O3HA 1GLLO 3MXMA 4CW7B 1BDGA 4BGAA 5B8HA 3NH1A 1NGBA 3J7AP 4ZTJA 4WFAL 4YOVA 2DFHA 1HNWK 2RF2A 1VQKN 4DCHA 3AVHA 1ASVA 3TTCA 1TK0A 3HPOA 3TAFA 4I9QA 1MWMA 1EWRA 1SL2A 3KK1A 1V4TA 5C24A 1IG9A 4CZMA 4B9SA 3O9TA 3LDOA 2HVIA 1XWLA 2HHVA 4E72A 2WONA 4FWOA 3HBTA 3K9JA 4Q5VA 1C0MA 1NMDA 1RDWX 2KKZA 4UQGA 3PLAA 3KK3A 1WNSA 1IV0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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