1RDWX

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rdwX02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rdwX03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rdwX04
4FWLA 4NO7A 4MO5A 4YDUC 3DXMB 4IWVA 2FLOA 2V51B 3H3NO 1RDWX 5BRDA 3LL3A 3LM2A 2CGJA 3B8AX 3MN5A 1V4TA 2F9WA 2E8AA 1G99A 4FWKA 2HF4A 2VWBA 1LCUA 2E2PA 4BRGA 5FPMA 2AA4A 1BOTO 2V7YA 3DXMA 4H0XB 1WOQA 2W40A 1YUWA 5FPDA 1BA1A 1BUPA 1GLEG 4PKIA 2QWPA 5KPRA 4CZGA 4CJ7A 3OHRA 3O08A 5BRFA 1QZ6A 4QS9A 4PL7A 5BPLA 1BO5O 3A5NC 2Q2RA 4CZKA 3GDQA 3CJBA 4BRPA 1DKGD 3QICA 4M7YA 1GLAG 1BDGA 1HKBA 2YJFA 1IJJA 4BRIA 5AQYA 1ATSA 5AR0A 2A41A 2Q1NA 3GOIA 3BF1A 5JLHA 3H46O 4K42A 3WT0A 5AQIA 5AZJB 3EN9A 3QBWA 4JHDB 1NMDA 2P9KB 4BRFA 1Z6RA 1QZ5A 1C0FA 2F9TA 1U6ZA 2QWQA 4CZEA 3ULEA 4BC3A 4DHYA 3L0QA 1NGBA 2QWMA 3I33A 4M7XA 5AQSA 4CZHA 2QWLA 5AZJA 5KPTA 2P9KA 5AQXA 3GL1A 3VEOA 1NGGA 4RWTA 2VCPA 3ENOA 2PAVA 3BP8A 1NWKA 2V7ZA 4CD3A 3VF6A 3DXKB 4A61A 4J8FA 2E88A 3FZHA 3CI5A 5AZIB 4K41A 5F0XA 2ZGYA 4C23A 3AY9A 3DWLA 1X3NA 4FWPA 3DXKA 1Q18A 3VERA 2HMPA 2OANA 3G25A 4I6MA 5AQOA 3IDHA 5AZIA 1MWKA 2E20A 5FPEA 4H5TA 1RFQA 3AAPA 4JAXA 5EX5A 2P9LA 3VF2A 2DPNA 3LM9A 2Q97A 1GLJO 4BR5A 5AQJA 5BR9A 2I7NA 4XH1A 3FZLA 3UB5A 4O8KA 5EOYA 4A2BA 1BU6O 1BG3A 3CJ7A 4WQ5A 3O80A 5AQWA 5ADXA 2CH6A 4BRHA 4ISEA 2QWNA 4BRMA 3HI0A 3JS6A 2YHWA 3VGMA 2NLXA 3IMXA 3A5OC 4H5NA 4MO4A 1E4GT 5AQPA 4JD2B 2A40A 5ELZA 4H03B 5AQNA 1Z05A 3HSCA 2QW9A 4IJAA 3CHWA 5BREA 1X9JA 1S3XA 4BVPA 5KQ8A 3GG4A 3HM8A 1T6CA 2QM1A 2IVPA 4FOEA 5KPZA 2A5XA 2QWOA 5KQDA 4Z94A 4H0TB 3VGKA 5ADXH 4QS8A 4JD2A 2YI1A 4FPBA 4K43A 3R6MA 4FL9A 3RSEB 2P9IB 5AQRA 3QMLA 3CJAA 3D2EB 1XC3A 3SLCA 3HZ6A 4WQ4A 1NGCA 5AQGA 4HWIA 4AM6A 2NRHA 1BA0A 1XQSC 2PBDA 3VGLA 5FPNA 4H0VB 5F2RA 1RGIA 4GNIA 3VOVA 3TU5A 3RSEA 2P9IA 1HLUA 2FXUA 1E4FT 3D2EA 4B1ZA 2IVOA 4FWRA 4BC4A 2FF6A 4BRDA 3VEVA 2ASOA 3MCPA 3UKUB 4PKHA 3IUCA 1NGIA 1BWFO 1QQOA 3BEXA 3MMVA 2E2QA 4DQ8A 3CQYA 4E1JA 2E1ZA 3WUHA 4BC2A 5JLFA 1NGEA 4BR7A 4BR4A 3WQTA 2P9NB 4MLEA 2A42A 4BRCA 4EHTA 3AAQA 1S22A 4B1WB 4FWSA 2A6AA 2KHOA 5LJVA 1NM1A 3O1WA 3VF4A 4CZMA 3M1FA 4B1VA 2P9NA 4FO0A 3ZX2A 2D4WA 4PL8A 3GE1A 1ZXOA 5EVZA 4BQLA 4F9OA 3DJCA 1MWMA 2GTDA 3U4LA 4HTLA 4DB3A 1DEJA 4BRQA 3FZMA 4JHDA 3A0IX 3CIPA 4IO8A 2E2NA 1ZBSA 4RCHA 4H5RA 2WUSA 3U8XA 4RTFD 3ENHA 5BN9A 1MA9B 3H1VX 3DAWA 3FGUA 3JXUA 4FWOA 4BRLA 3KHYA 3M6GA 5AQZA 4QS7A 1ATRA 3D7EO 3MN9A 3LDLA 4XH4A 4EAHD 5I9EB 2ZF5O 3ZX3A 4IJNA 4BG8A 4FSVA 2ZGZA 2CGLA 3FR0A 3QB0A 3C0BA 4L3QA 3FZFA 2H3GX 3WXJA 4BGBA 4IXCA 4JNEA 3CERA 1LOTB 3SK3A 3W3DA 3O5BA 3U9DA 1OKJA 3L4IA 2J4RA 4BREA 3ZX0A 3MN6A 3FFKB 5TKYA 4Y0WA 1JCFA 2AP1A 3A5LC 5AQKA 3LDOA 2ASPA 3D2FB 4IZ9A 3O1BA 3UKRB 3O6WA 2D0OA 3O4WA 5AQUA 2ZWHA 1GLFO 3ATUA 4A2AA 2VYPA 2Q36A 4M63C 1ESVA 1YAGA 3L6QA 4K25A 3D2FA 2FSJA 4FPAA 3TPQA 4CBUA 2YCHA 3UKRA 1QQNA 3QBXA 3U9ZA 1Y64A 4YDUA 3R8EA 1K8KB 3S41A 3BF3A 1MDUB 4BRKA 4ISFA 4BG9A 2ITMA 1YXQA 1NGAA 2YHXA 2CH5A 4H5WA 3I8BA 4EHUA 4FWMA 3LDQA 5AQTA 1K8KA 1SQKA 1C0GA 3WQUA 2FSNA 2D0PA 1KAZA 2P9PB 3WEEB 1JCGA 4WQ5C 3ID8A 1SZ2A 4BR9A 5F1XA 3WXKA 3EZWA 4JN4A 1HPMA 1HX1A 2GELA 1D4XA 1R59O 2P9PA 2QWRA 5AQVA 4MLHA 3WEEA 2YHYA 4BR0A 3WXLA 4B1XB 1TYQB 2HF3A 1HKCA 3A5MC 1QHAA 3VEYA 3EL2A 3VENA 2UYTA 1TUYA 3M3ZA 4CBWA 2GUPA 3A8YA 4B1YB 2A3ZA 1WUAA 1TYQA 3SJHA 3UKUA 4XH5A 3LDNA 4LC9B 1U2VB 2ASMA 2HOEA 5LJWA 4CI6A 4H0OA 3UE5A 1H1VA 3SMSA 3VEWA 3VETA 1NBWA 5E26A 4WQ4C 3ZEUB 4XEIA 3MDQA 3C7NB 3VPZA 1NLVA 2FSKA 1U2VA 1ATNA 4KBOA 3HBTA 2QXLA 1V4SA 4CZLA 1IG8A 2YJEA 1NGHA 4ISGA 3ZEUA 4DCHA 1GLDG 2Q0UA 1J6ZA 2P9UB 2GEMA 3VEXA 3C7NA 5B8HA 5BPMA 2Q31A 1T44A 4BVOA 3ULEB 3HTVA 3H45C 1NGFA 4PKGA 2E2OA 3IFRA 1XUPO 3AARA 2P9UA 2NZTA 3ZETB 4H0YB 3CJCA 3H6EA 4CD1A 5BN8A 4B1UB 4H0PA 4EIAA 4H5VA 3W0LA 4FWQA 3ZETA 3EKSA 3GBTA 2BUPA 1HJOA 1EQYA 1T6DA 4BRNA 2D1KA 2BTFA 1JCEA 4I6MB 3J8AA 4CBXA 5AFUA 3SMPA 1QQMA 4CZFA 3QFUA 1SAZA 1DGKN 4NB4A 1NGDA 1X3MA 3VEZA 4BRAA 3FLCO 3MN7A 2V52B 1HUXA 1KAXA 2P9LB 3KZBA 4BC5A 4EFHA 4AM7A 2W41A 3O8MA 5LY3A 5EY4A 2GWJA 5BRHA 5AFUH 5AQQA 2I7PA 1KAYA 5JICA 3CQXA 3R9PA 3CJ9A 5E84A 4B9QA 3F9MA 3P4IA 4CZIA 5AQMA 5AQFA 2GWKA 2EWSA 3LDPA 1TUUA 4FWNA 3CETA 3QDKA 3BUZB 3CJ1A 3H3OB 4WYBA 3QFPA 2IIRA 2Q0RA 3FZKA 4A62A 4CZJA 2P9SB 1GLCG 1GLLO 4BGAA 3KVGA 3WXIA 5JMVA 2E1YA 4BR2A 2CGKA 3FE1A 3MK6A 1YVNA 5BPNA 3EKUA 3ATVA 4O5FA 3VESA 2P9SA 4GY2B 1ZC6A 1P8ZA 5AQLA 4BROA 4BQZA 1NGJA 5EXWA 3EO3A 5AQHA 1HKGA 1GLBG 1KXPA 2IVNA 5CE3A 3H1QA 2FF3B 4FOIA 1CZAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSEA 3DXMB 2V51B 4KI6A 1HPZA 3NF7A 4E89A 4JKEA 2WONA 2HHWA 1LAVA 4BRGA 5FPMA 1BOTO 5M1OA 4JEPA 1VSIA 1S1UA 4DKWA 1BA1A 1BUPA 5KPRA 3OYJA 5SZTA 4IBNA 1K73O 3E9OA 5BRFA 3F9KA 1RT6A 4B08A 3A5NC 3PX0A 4M7YA 1BDGA 3AA5X 5GADP 4LSLA 5AR0A 2A41A 2Q1NA 3GOIA 3BF1A 3H46O 4BWJA 4FJHA 2XY5A 4N56A 1NMDA 1XHXA 4LY7A 1Z6RA 1XI1A 1U6ZA 2YNFA 3ULEA 4JV5K 4PUOA 4OPHA 4M7XA 2QWLA 2XHBA 4FJJA 4RWTA 3GL1A 2NRRA 4OPKA 3ENOA 2PAVA 5DM7L 3BP8A 2O8FB 3AO1A 2V7ZA 4FCYA 4RW6A 3ZT4A 3VF6A 4GV6A 2F96A 2E88A 3FZHA 4LFBK 4JI4K 4U67L 2ZGYA 3ZT2A 3RMCA 2P5GA 1X3NA 4KHYA 2HMPA 1HRHA 3TTDA 5AZIA 1FK9A 4DTXA 4H5TA 1RFQA 3P5JA 2KKZA 3AVBA 3AAPA 5DMRA 5EX5A 4E7IA 5HOOA 4J2BA 2DPNA 1VQKN 4KHQA 3CCLN 5M1FA 3DI6A 4DU4A 3O9QA 3VQ7A 4O8KA 5EOYA 2IC3A 4DR1K 2KFZA 1BGXT 3CJ7A 3O80A 4WFAL 4Q0BA 1G15A 1RBVA 4ISEA 4BRMA 5M1NA 3HI0A 3HYFA 1RTIA 4CFDA 1VAZA 3IMXA 4JKAA 3A5OC 1CLQA 4MO4A 4CEQA 1E4GT 5AQPA 2A40A 1NJWA 4H03B 1Z05A 3T69A 3GG4A 3ASMA 5KPZA 4UQGA 3M8QA 3C6AA 4ELUA 2QWOA 3DLKA 4H0TB 3VGKA 3R6MA 3NGZA 2O8BA 4DV3K 4FL9A 5K14A 2PZSA 3D6RA 3LWLA 2D0CA 3CFOA 1BA0A 1RBTA 2QI2A 2HHSA 2P9IA 1HLUA 1RT5A 1E4FT 1K6YA 4BRDA 1TAUA 4C8OA 4I2QA 2E2QA 2E1ZA 3WUHA 1NGEA 4JKBA 4Y1DA 4BR7A 1FW6A 3EZ5A 3WQTA 1TK5A 4ID5A 3NH1A 1S22A 3K58A 3FFIA 4W5TA 1W7AA 3PIPL 3O1WA 2HHXA 3CF5L 3CCVN 4LF4K 3KK2A 2P9NA 1VSMA 3NAEA 3RRGA 1U48A 1N32K 4YOXA 3DJCA 1S6PA 4HHTA 4BRQA 3K5NA 1YF5L 3LPTA 3G6EN 4DR5K 4JHDA 1KD1O 4B9UA 4IO8A 1ZBSA 3P31A 4H5RA 4CHQA 3VN5A 3U8XA 3CFPA 3HOTA 1RTHA 3QEVA 4BRLA 2OPSA 4NYNA 1ATRA 4QS7A 2DFHA 3HPGA 3OBWA 4J2EA 4ELVA 4IJNA 5C10A 5HRPA 4FLVA 2CGLA 1IG9A 4KTWA 3T1YK 3WXJA 4DV0K 4BGBA 4EP4A 1WB9A 4V19S 4M3XA 5FDLA 4L8RB 5M1QA 1C0MA 3ZSOA 1REVA 3O5BA 3OYDA 3L4IA 4FLZA 1N6QA 3O9SA 1OH6A 3KTQA 3L3UA 3K57A 4CF0A 4CCHA 4QCLA 4DTSA 4F8RA 1CXUA 3KWGA 3MXIA 3LAKA 3L6QA 3D2FA 4FPAA 2YCHA 3L2RA 3S3MA 4E19A 3U9ZA 3K59A 1Y64A 4DR2K 4X66K 4BRKA 4W5OA 1MDUB 2ZE2A 3BY5A 3H08A 1N36K 1NGAA 2OPPA 3HP9A 1NJYA 3HJFA 4CF1A 4BE7B 2B4JA 2BANA 4KTZA 5AQTA 2O4IA 1RBUA 4G1QA 3PSIA 3WEEB 1X9WA 2OZSA 2XY8A 1JLFA 4BR9A 3WXKA 1OH8A 4FYDA 1YJ9N 1C6VA 2XY6A 2QWRA 1NJIO 3O9RA 4C8NA 2GBZA 1TYQB 5LMUK 3A5MC 4F2SA 2UYTA 1TUYA 3M3ZA 3AV9A 3I55N 4DV4K 4N41A 2PYJA 3I56N 2A3ZA 3UKUA 3SJHA 4XH5A 3JYTA 4LSNA 3OYGA 3L2VA 5LJWA 3QIOA 3IG1A 3G4SN 3VEWA 3VETA 1XNRK 1IKXA 1L3VA 3ID6A 3LP0A 4XEIA 1O1WA 2KLAA 3MDQA 3C7NB 4FJLA 1U2VA 2EHGA 3KKRA 5HP1A 3DOLA 4WF9L 3TAGA 2DFFA 1D8YA 3OYHA 4IOAL 1NGHA 4DCHA 3N4QA 3S3NA 4KH5A 1JLGA 1J6ZA 2P9UB 4ID1A 3VEXA 4HTUA 3THWA 3TSQA 5B8HA 2QXFA 2ZJRL 4OLBA 3OJSA 3S3OA 2DTUA 3IFRA 1XUPO 1JL1A 3AARA 4BE0A 4CK2A 3CQ8A 2GV9A 1R0AA 3DLLL 4EZ9A 4E72A 4JKFA 3T1HK 2NRZA 4J2AA 4CFAA 4B1UB 4B3MK 2UUCK 5HRSA 3EKSA 4FM1A 4M42A 1SV5A 3NGYA 2P51A 1EQYA 1T6DA 4BRNA 1HNZK 4B9NA 4I6MB 5AFUA 4LF6K 1UAXA 1DGKN 1MU2A 1NGDA 1X3MA 1BL3A 3VEZA 4CK1A 4BRAA 2YV0X 3B6PA 1CZ9A 4ILJA 3OYBA 1NJXA 1KAXA 3QEXA 4DU3A 4FLTA 4NLCA 3EY1A 1YTUA 2NRVA 2W41A 4JKGA 4B9SA 4CJTA 3M8SA 3CXCM 4H4OA 3CQXA 5E84A 4B9QA 3F9MA 4CZIA 5AQFA 2FBYA 3LDPA 4FWNA 4LH4A 3BUZB 4WYBA 3KLIA 3V81A 4JI7K 1SL0A 2HVHA 2P9SB 1YJWN 1GLLO 1L3TA 3O3HA 3EKUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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