3A5LC

Crystal structure of a dictyostelium p109a mg2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
363
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAALNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Gelsolin
total genus 115
structure length 363
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5lC03
1KAXA 1P8ZA 2HOEA 3KHYA 4FWRA 4BGBA 1Z05A 5BRFA 2IVPA 4IO8A 1OKJA 2CH5A 4CZEA 3CJBA 2YHWA 4BGAA 1DGKN 2YHXA 2QWNA 4BRMA 1V4TA 4XH1A 5EXWA 4JNEA 2NLXA 3WEEB 4A2BA 2Q2RA 2P9NA 4M7YA 1TYQB 1JCEA 3WT0A 2P9UB 4FO0A 3DWLA 5AQVA 1MDUB 4CBUA 4FWPA 1GLDG 4YDUA 3U8XA 3ID8A 4H0YB 3F9MA 1ATSA 2Q1NA 2PAVA 5AQXA 4BREA 4MLHA 2V51B 1NBWA 1H1VA 4IJAA 5FPNA 4CZIA 5AZIA 2P9SA 3VGLA 1NGHA 4M63C 3P4IA 2I7PA 4BR0A 3DJCA 1V4SA 2CGJA 2ZGYA 1U6ZA 5FPDA 5KQ8A 3BEXA 2E20A 2F9WA 1RGIA 2E1YA 4BRIA 3MN5A 5AQLA 5JICA 3UB5A 5LJWA 3FLCO 5AFUH 2YCHA 3AAQA 3A8YA 4JAXA 1KXPA 3WXJA 1NGIA 3FZMA 3SJHA 3B8AX 3EN9A 3EL2A 4FWSA 5CE3A 1DEJA 3GE1A 1TYQA 2ASOA 4AM7A 2P9UA 4NO7A 4BROA 3HM8A 4XH5A 4IZ9A 1NGAA 3WQTA 4E1JA 1CZAN 3EZWA 4B1VA 1WUAA 2A5XA 4H5VA 3GG4A 2CGLA 1HUXA 4WQ4A 5AZIB 2YI1A 1HKGA 1BUPA 5ADXA 4EFHA 3LDNA 1QZ5A 5EX5A 4CZLA 5JMVA 1NGBA 3AY9A 4CZJA 3M1FA 1MA9B 2KHOA 3CJ9A 4KBOA 3ZX3A 2IIRA 5EY4A 1T6CA 5ADXH 5B8HA 3DXKB 4CBWA 2QWOA 4QS7A 3VERA 5KPZA 3VETA 4MLEA 3LL3A 3GDQA 2YJFA 4FWQA 4NB4A 5AR0A 4HTLA 3QICA 2GWJA 3SMPA 3EO3A 1BA0A 3WXKA 4FWNA 5I9EB 1Q18A 4Y0WA 3SK3A 3VF4A 2Q97A 1EQYA 2GTDA 4IXCA 4BC4A 3L6QA 3W0LA 2F9TA 1QQMA 5AQYA 1NGFA 3O08A 4JHDA 2A42A 2OANA 1BG3A 3WUHA 3G25A 1YUWA 1C0GA 3VF6A 2A40A 1BDGA 4JN4A 1C0FA 2D4WA 2P9PB 5AQRA 4CZGA 4BG9A 4BR2A 1JCFA 3VEXA 3FR0A 2QWPA 3H1VX 3DXKA 4PKGA 4C23A 1BU6O 5BRHA 3IMXA 1ATRA 4FWKA 3D2FA 4L3QA 4BRDA 4CZHA 3D2EB 5E26A 1WOQA 3VEWA 3CJ7A 3QBXA 2DPNA 3LDQA 4EHUA 4A2AA 3FZHA 4XEIA 2HF4A 5LJVA 3U4LA 5EVZA 4H0PA 3CIPA 1BWFO 1ZBSA 5AQHA 3VENA 3MDQA 2J4RA 3UKUB 1IJJA 1SQKA 1TUUA 5BPLA 3DXMB 3JS6A 2E1ZA 2HMPA 4A62A 4FOEA 5BR9A 4JHDB 3LM2A 2FF3B 3JXUA 4BR9A 4DQ8A 2QWMA 3SLCA 4CZFA 4CZKA 3BUZB 1SZ2A 1YXQA 2P9PA 4BRAA 2FXUA 4CD1A 1X3NA 3BP8A 2HF3A 4H5TA 2AA4A 4ISEA 3MN9A 5BREA 5F1XA 5TKYA 3M6GA 2P9LB 1ESVA 1E4FT 3H6EA 2FSNA 3D2FB 3QDKA 3FZLA 3D2EA 4RTFD 3HI0A 3WQUA 5AZJB 2E2QA 4H0TB 5AQQA 1NGGA 1HJOA 1KAYA 3O1BA 4BC5A 4K43A 3CHWA 1Y64A 1RFQA 5F2RA 4FWMA 2W41A 4B1YB 3MN6A 3DXMA 4H03B 2FSJA 3RSEB 4FSVA 1ZC6A 3HSCA 4FWLA 5AQNA 3VEZA 3IUCA 4BRFA 3ZX2A 4ISFA 1GLJO 1S3XA 2ZGZA 3ZETA 4LC9B 4H5NA 2QWLA 1QQOA 3CI5A 3GL1A 3VOVA 3FZFA 4PKIA 5AFUA 2D0PA 4ISGA 1HPMA 3AAPA 5BRDA 1NLVA 3KZBA 3VESA 2E88A 2P9LA 2YJEA 3GBTA 3QMLA 4PL8A 1GLEG 3OHRA 2Q0RA 5AZJA 3ATUA 3L0QA 3U9DA 1NMDA 5E84A 3FFKB 5LY3A 5AQSA 3TPQA 4K25A 3W3DA 2FSKA 4BRCA 4O8KA 3CETA 4B1ZA 3CQYA 3RSEA 2Q36A 1HX1A 4WQ5C 2E2OA 3LDLA 2QWRA 2E2NA 4A61A 1G99A 3BF1A 3ZETB 4CI6A 2CGKA 2BUPA 5BN9A 3CJ1A 2ASPA 3A5LC 4MO5A 3HZ6A 3S41A 4B1WB 1MWKA 5AQUA 1R59O 2P9IB 2Q31A 4QS9A 2V52B 5KPTA 2A41A 3R8EA 5EOYA 3D7EO 4B1XB 1XUPO 4O5FA 1NGEA 3VEVA 4EHTA 4BQZA 3WXIA 5AQKA 4H0OA 3MN7A 4H0XB 4BG8A 1QHAA 3A5OC 1J6ZA 3H45C 3EKUA 2IVNA 3I8BA 3ULEB 4CD3A 1X3MA 4WQ5A 3CJAA 1YAGA 5BN8A 3VPZA 4HWIA 1HKBA 3O4WA 1K8KA 1NGDA 4BRHA 1X9JA 3O1WA 1BA1A 1XC3A 3MCPA 4BC3A 4EIAA 3VGMA 5AQWA 3ZX0A 3AARA 2D1KA 1NGCA 1YVNA 2ASMA 3I33A 2I7NA 4H0VB 5FPEA 3CERA 3H3OB 2UYTA 2P9IA 3VF2A 4JD2A 3O80A 5ELZA 5AQZA 5AQPA 3UKUA 3J8AA 2A6AA 4BRNA 3ENHA 2BTFA 2NRHA 3C7NB 5BPNA 3EKSA 2GWKA 3IFRA 4I6MB 2P9KA 3UKRB 1E4GT 1NGJA 3LDOA 4H5WA 3ULEA 1GLLO 1ATNA 2GEMA 5AQGA 2QM1A 2AP1A 4WYBA 1QQNA 1NWKA 1K8KB 4K41A 4BVPA 3QFUA 4AM6A 2NZTA 5KQDA 2FF6A 5AQOA 1DKGD 2PBDA 3O6WA 3ZEUA 1SAZA 3H46O 5AQJA 3A5MC 2VCPA 5FPMA 2GUPA 5AQTA 4BRLA 4CBXA 3A0IX 1Z6RA 4FPAA 4BR7A 4GNIA 4JD2B 1T6DA 3DAWA 1U2VB 4WQ4C 2CH6A 2E8AA 2VWBA 1XQSC 3O5BA 2QWQA 4MO4A 3U9ZA 4RCHA 4BRQA 1GLAG 1BOTO 3TU5A 3C7NA 5F0XA 3R9PA 3VEYA 3ENOA 4F9OA 4I6MA 4BQLA 2P9KB 5AQMA 2A3ZA 3SMSA 2GELA 2H3GX 2QXLA 3UKRA 5KPRA 4FWOA 2WUSA 4Z94A 2ZWHA 2V7YA 2FLOA 1HKCA 3MMVA 4FL9A 5JLHA 2D0OA 3H3NO 4J8FA 3QB0A 3FE1A 3CJCA 1S22A 4M7XA 4QS8A 2VYPA 5AQFA 3FGUA 3FZKA 3M3ZA 3UE5A 4BVOA 3ATVA 3ZEUB 3LM9A 1KAZA 2QW9A 4XH4A 3VGKA 1LOTB 4FOIA 1HLUA 3L4IA 3CQXA 3IDHA 3GOIA 3HBTA 4BRKA 1GLFO 3BF3A 4PKHA 1RDWX 1U2VA 1IG8A 1BO5O 4H5RA 3KVGA 4K42A 4EAHD 3O8MA 4B1UB 4YDUC 4CJ7A 3WXLA 3H1QA 5BPMA 1GLCG 4FPBA 4BR5A 3C0BA 1MWMA 2E2PA 2Q0UA 3R6MA 1D4XA 4B9QA 3LDPA 1ZXOA 4BRGA 3WEEA 2IVOA 4DB3A 2P9NB 1JCGA 2ITMA 4DCHA 4PL7A 1LCUA 1NM1A 4BC2A 5AQIA 2ZF5O 1GLBG 2W40A 3QBWA 2EWSA 4DHYA 1T44A 1TUYA 4CZMA 3QFPA 4RWTA 1QZ6A 4GY2B 3A5NC 4BRPA 4IWVA 3VEOA 2V7ZA 3HTVA 4BR4A 4IJNA 2YHYA 5JLFA 3MK6A 2P9SB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAXA 3VQ7A 1P8ZA 2HNZA 3BDPA 3K9JA 1ASWA 4EZ6A 2IVPA 3D6RA 2PYLA 3QNNA 4IO8A 3CFPA 3RTVA 4KB1A 1RDUA 2ETJA 3AVFA 1EP4A 1U04A 2I5JA 3VQEA 1J54A 5DM7L 3OS0A 4XH1A 1WB9A 2OYQA 2O8BA 2NLXA 2Q2RA 1NK9A 5SZTA 4DFPA 2BGGA 1NJIO 1JL2A 4FO0A 4B3MK 5AQVA 3M8RA 4DKWA 3U8XA 3I55N 3Q7CA 4DTOA 4HCCA 4JKEA 4BREA 4IBNA 4JI4K 3KWIA 4CJUA 4U67L 2G8UA 3ZSZA 2P9SA 3VGLA 4CVNE 3OYEA 4J2BA 4FJMA 1K6YA 1V4SA 2G8HA 5FPDA 4M3UA 3B6OA 1SL0A 3AO4A 4BRIA 3L4QA 3MN5A 5AQLA 5LJWA 2HHHK 2O8BB 3ZSYA 5GINA 3SJHA 4OLAA 4FWSA 4M3YA 3GE1A 1DTTA 3VQ9A 3S3MA 4BROA 3LP3A 3WQTA 4B9VA 3CFOA 5J2MA 4FJNA 1NNEA 1RT4A 3QETA 4FJJA 3KKSA 4O55A 3HVTA 2A5XA 4E1NA 4JS5A 3GG4A 4WQ4A 1HUXA 5AZIB 1BUPA 1HKGA 3O3HA 2E6LA 4HUGA 3ZSQA 1NG9A 1TKDA 1EWRA 2WFBA 3BGRA 3RMDA 4JI6K 3TAEA 2WC9A 2HHVA 2HNDA 4CZJA 2D0AA 1LW0A 2AJQA 5ADXH 3DXKB 3AA2A 2QWOA 4QS7A 3VERA 1TAUA 5HRPA 3THWB 4MLEA 3LL3A 1RTHA 3GDQA 4OPKA 2UXDK 1VAZA 3SMPA 5D3GA 3SK3A 4KTWA 1NK0A 4JKAA 4BC4A 1KVCA 2F9TA 2ZD1A 4JK8A 5AQYA 1NGFA 3SI6A 3O08A 4CGFA 3AA4A 1VQ4N 1L3UA 2XY8A 4BWMA 1BDGA 4A59A 2P9PB 1QSYA 3DXKA 4CGDA 4DTUA 4PKGA 1RDCA 4FWKA 4BRDA 3D2EB 5E26A 4Z4EA 4CW7B 4FJ7A 4A2AA 1NK6A 4B9SA 5EVZA 3MXJA 1BWFO 3RVCA 2XHBA 2J4RA 1C6VA 1SQKA 1TUUA 1VK0A 5BPLA 2QKBA 3TSUA 3L8BA 5BR9A 1RBUA 3LM2A 2FF3B 4BR9A 4KKOA 3EZ5A 5EU7A 3T3FA 3BUZB 1SZ2A 3CQ8A 2P9PA 4C8LA 1X3NA 3V1QA 4CF8A 1S1XA 3BP8A 3NVKA 2NRRA 2AA4A 1QVFM 1SV5A 3HPHA 4E0DA 3MN9A 3CD6N 5TKYA 2PFUA 3O9SA 4AHUA 1E4FT 3H6EA 4Z4HA 3HP6A 3LALA 3D2EA 4RTFD 3WQUA 3OYJA 4H0TB 2QI2A 1KAYA 1L3SA 1LWFA 3ZSVA 1RT7A 1WLJA 4GVMA 4FWMA 3ZSOA 4B1YB 3T1AA 3MN6A 3C6HA 3HSCA 2WTUA 3PIOL 5AQNA 3VEZA 1VQLN 3ZX2A 4C1NK 2VQEK 2ZGZA 3U6FA 3I0RA 3ZETA 4LC9B 3TSPA 3L3VA 1KVAA 2VG6A 2ZM6K 1O13A 3LPUA 1HPMA 4FLYA 4DTXA 1XNQK 4OO1J 3KZBA 1N6QA 5FRNA 3I56N 3GBTA 5I42A 2HSTA 4PL8A 3CC7N 4GKKK 1LAVA 3RRHA 3ATUA 3HYFA 3V9SA 4E7HA 1NMDA 5E84A 5LY3A 3VQ8A 1TKZA 3J7ZO 3W3DA 3NH0A 1O1WA 4JKDA 2O8CB 1B9DA 1RBTA 3M8QA 4A61A 4KTZA 3KKRA 3BF1A 3ZETB 1XI1A 1KC8O 2HHQA 2BUPA 5BN9A 4ID5A 3CJ1A 5T7BA 4FK0A 1MWKA 5DM6L 3QERA 1GOAA 2Q31A 3NDKA 2V52B 5KPTA 3F9KA 1BGXT 3SV3A 4FZZA 2ZE2A 4B1XB 1KQSM 4O5FA 3O9TA 4EHTA 4E7LA 3WXIA 3SNNA 1P90A 2OTJN 3MN7A 4H0XB 4ILGB 4V19S 3CCVN 1J6ZA 3EKUA 2IVNA 3I8BA 3ULEB 1X3MA 1OVQA 2G8FA 2R7YA 3OYFA 2O8CA 4N56A 1HKBA 4FJKA 4BRHA 3AVKA 5CZ1A 2OPPA 2HHIA 1BA1A 3RRGA 3O9UA 3ZX0A 4DS5A 1NGCA 1YVNA 3N4PA 3V9WA 3I33A 4NYNA 4H0VB 5DMRA 3H3OB 1I39A 2P9IA 1WN7A 4CECA 1FKPA 4A5AA 3UKUA 3J8AA 2ZJQL 3S9HA 4Y1CA 4DU3A 4DQIA 4PHTX 3IFRA 2IGIA 4CHOA 4JKGA 1RT5A 2P9KA 4ILJA 3I0SA 4CJWA 2OZMA 1NGJA 3CC2N 3ULEA 3AGKA 2GEMA 1IBKK 5AQGA 3TAFA 1JLEA 1NWKA 1U4BA 4AM6A 4RW4A 1KRPA 4Z4CA 1DKGD 1LAWA 3IG1A 1X9SA 2W6KA 3IKMA 4FJ8A 4KHSA 1SAZA 3A5MC 2VCPA 3NGIA 4DLEA 3BZCA 1WSEA 3ZYYX 5GIOA 4E7JA 3U9ZA 3C6AA 3L2WA 4MO4A 5M1QA 4RCHA 1GLAG 1L5UA 3R9PA 3VEYA 3ENOA 1IBMK 1RILA 3SMSA 3DI6A 5KPRA 2GELA 2QXLA 4CFBA 2HBLA 1TGOA 2FLOA 3TARA 1HKCA 3MMVA 4FL9A 4ID1A 4AHTA 5TKWA 5AQFA 3V9XA 3WXMB 3FZKA 2QXFA 4RW6A 4BVOA 3ATVA 3PY8A 4DFMA 1NK8A 4NXMK 1KAZA 4FOIA 3DOKA 1YJ9N 2G8KA 5KI6A 3CQXA 4BRKA 3NVMA 1RDWX 3OYMA 1IG8A 2W00A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4WQ4 C;  3O5B A;  1OH8 A;  2QWQ A;  3TU5 A;  2D0B A;  4FVM A;  3OYB A;  2A3Z A;  2H3G X;  1XC9 A;  3C6T A;  3CCL N;  2V7Y A;  4H4M A;  5JLH A;  4J8F A;  3FE1 A;  3K59 A;  4QS8 A;  3ZSR A;  4U7B A;  3FGU A;  4X66 K;  4DSI A;  4F2S A;  3RMC A;  3MCA B;  3G4S N;  3UE5 A;  1N34 K;  4NYF A;  3LM9 A;  4BAC A;  1VSK A;  2QW9 A;  3HM9 A;  3QLH A;  1HLU A;  1IKV A;  4X62 K;  3KK2 A;  1EX4 A;  2O4I A;  3GOI A;  3HBT A;  3ZLJ A;  4CEA A;  2Z1H A;  1UOC A;  5LL6 Z;  3ZT2 A;  3KLH A;  1U2V A;  3J7Y P;  3KVG A;  3O8M A;  5M1F A;  4DQS A;  4B1U B;  2PY5 A;  1HNV A;  4DU1 A;  3O4Q A;  4KPY A;  1GLC G;  3NFA A;  4BR5 A;  1BI4 A;  4E7K A;  5MLC Q;  3TAG A;  1RTI A;  2Q0U A;  2YKM A;  4R5P A;  4DB3 A;  3WEE A;  2IVO A;  4N41 A;  1YF5 L;  4DCH A;  4OKK A;  2DFH A;  2KKZ A;  3VA3 A;  4LF7 K;  2W40 A;  2YX6 A;  3TAN A;  1EET A;  4CZM A;  3T1Y K;  4JRP A;  2ATQ A;  3EYZ A;  2IS3 A;  4DTJ A;  1K73 O;  1HNI A;  4EP4 A;  5C10 A;  4ELV A;  4IWV A;  3VEO A;  1BIZ A;  3CF5 L;  2P9S B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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