5GAGP

Rnc in complex with srp-sr in the closed state
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SRP 4.5S RNA
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gagP00
3CXCM 4WCEL 5JVHL 3CPWM 1K8AO 2QEXN 3CCJN 4U67L 1NJIO 4WF9L 1YITN 1M90O 3CCUN 1Q81O 5DM7L 3CC4N 1VQ5N 1VQMN 4WFAL 1W2BM 2ZJQL 5MLCQ 1YIJN 3CF5L 1VQPN 1YJNN 1VQLN 3CMAN 1VQ6N 4IOAL 3G4SN 1KC8O 3G6EN 3I56N 3I55N 5H1SQ 1K73O 1K9MO 3J7ZO 3G71N 1VQ9N 3OW2M 3CCRN 1VQKN 1Q7YO 1S72N 5GADP 4IOCL 5GAEP 3CCLN 4UY8O 1KQSM 1M1KO 1VQON 5DM6L 1YJWN 2OTJN 1Q82O 2OTLN 1OVYA 2QA4N 4WFNL 3CC7N 1QVFM 1ILYA 1YI2N 2ZJRL 3PIOL 3PIPL 1VQ8N 5GAHP 3CD6N 3CCQN 1JJ2M 5JVGL 4IO9L 1YJ9N 1Q86O 5HL7L 1N8RO 3CCMN 3CMEN 2ZJPL 4WFBL 5GAGP 3DLLL 1KD1O 3CCEN 1YHQN 3CC2N 3CCSN 1VQNN 1VQ4N 3CCVN 1QVGM 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OVNA 1N33K 3D45A 1VSJA 5T7BA 4JKAA 3LPUA 2QI2A 4BQZA 1ATRA 4AHCA 5JVHL 4CIGA 3MXJA 3A0IX 1FK9A 4OPKA 3KLHA 4CJSA 3GG4A 1TYQB 5E41A 3QIPA 4JI5K 3KTQA 3THXA 1S6QA 4KHSA 2E88A 4KBOA 4FWLA 4BRFA 4WF9L 5KPRA 4Z4HA 3K9KA 4CVNE 1J5OA 3R8EA 1BIZA 4DU4A 1VQ5N 3VN5A 3LDSA 1JLFA 2VYPA 1RBTA 1VAZA 2WONA 1P8ZA 2JGUA 2KZZA 4IOAL 4F4KA 1RCHA 1QSYA 3J7AP 1I3AA 1Y64A 5BREA 3NAEA 4F2SA 1K73O 1ZYQA 4LSNA 5SWMA 1X9MA 2NUBA 4CZEA 5E26A 4FO0A 2FF6A 5FRMA 4DQPA 3RMBA 4IBNA 4FJJA 2X6SA 1NGEA 1XHXA 2XY8A 2PY5A 3L2QA 3CJBA 2I7NA 4CIEA 2EX3A 3O3GA 3TI0A 3CG7A 5AR0A 1ZC6A 3C7NA 4OPHA 4O5FA 2Q2RA 3KKSA 2DPNA 2YCHA 3OYKA 4ELUA 3TTFA 1J5EK 3CJ9A 1SZ2A 4FJLA 3ZSQA 1ILYA 1QSSA 1YI2N 3CJAA 2Y1JA 2A6AA 3OYGA 1T7PA 3CD6N 1O1WA 1C0FA 1C1BA 4CEDA 4CF9A 1KAYA 4DFKA 5FPEA 4B9MA 1TL1A 3TSQA 1LV5A 5JVGL 2OZSA 4JRQA 3V9ZA 1MDUB 1RT5A 3O4NA 4O55A 3FGUA 1RBRA 5C25A 2QM1A 3LP2A 4CJ7A 4CEQA 2YHWA 4X62K 4I9LA 2LSNA 4E7IA 3SK3A 3L4QA 2ITGA 3HPHA 3DAWA 4DLEA 4CCHA 3LWLA 3DXMA 2D1KA 5HLFA 1NU0A 1RT1A 1L3VA 2NZTA 2ZM6K 4FWNA 3F9KA 3PLAA 2HBJA 2R7YA 3KLFA 3DLEA 4E1JA 3ATUA 1K6YA 2W6LA 5F0XA 3EZ5A 3QETA 3TANA 4FZXC 3TSPA 2Z1HA 2F9TA 4FJNA 5DM7L 2OPPA 4FWPA 1T05A 1DTTA 4B1XB 1S1XA 4Y0WA 2ZJQL 2E5LK 3OHRA 4CF0A 4A59A 4BDZA 3D2EB 4EHTA 4DWIA 1ASUA 1CZBA 4FJXA 4CECA 4L8RB 5LMUK 2NRTA 1UOCA 4CEZA 3SJJA 4CEFA 4OLAA 4E7LA 3F9MA 1ZXOA 2RPIA 3LDOA 4WQ4A 3EZWA 2IC3A 1NJXA 3ZSWA 1TUYA 4DF8A 4ID1A 3T1YK 2HHHK 2ASPA 1QSLA 4AM6A 1VQON 3QO9A 4OKKA 4FJ5A 3PUFA 3VEVA 1LWEA 2WFBA 1MA9B 3O6WA 3RR7A 3ZX2A 2OTLN 3TARA 1KCFA 2NRXA 3CM5A 5SZTA 4O0JA 2YJFA 3QIOA 1DGKN 5JLFA 1FXXA 2OCEA 1NGCA 4CGHA 4JI6K 2ZGZA 1D9FA 3KD1E 3AA2A 4PL8A 4EZ9A 3HVTA 1WSEA 4LFAK 3ENBA 5I42A 1ITGA 2O8DA 2A5XA 3OYMA 3LM2A 3AVHA 1GLAG 3THVA 1WSGA 4FM0A 3VQDA 4DSFA 4OKJA 1TAUA 3CCEN 1YHQN 4LF7K 2E1YA 3C65A 3CCSN 2P9KA 3FR0A 4E3SA 2F4VK 2YJEA 1VQ4N 4CF8A 1BA1A 5AQUA 5A2QO 1H1VA 3K57A 1L3UA 5BRHA 4KB1A 3G25A 3MDQA 5BR8K 2VWJA 2G8KA 3DXKA 1X9SA 3CCJN 3SPZA 3EYZA 2KLAA 1D9DA 4JK7A 4KHPK 4PWDA 4ZHRA 1GLEG 5I9EB 4NB4A 4BY9C 3H46O 4LC9B 4BRDA 4HUGA 1G99A 3ZT4A 1EP4A 2W6KA 1NMNA 3G10A 4FJ9A 5LJWA 3O9RA 4GMJB 1ASWA 1NGIA 2P9UA 1VK0A 3UKUB 3WUHA 3LP3A 2V7YA 1WN7A 1HQEA 4FXDA 2QWMA 4HHTA 4NLCA 1TVRA 4J2AA 5B8HA 3FZKA 1BCOA 3GL1A 1KAZA 3P83D 1FKOA 3EKSA 3ZSXA 3OTOK 4CD1A 3TWHA 4MDAA 3VPZA 2F9WA 4N76A 3OS2A 2A1SA 1A5WA 4OGCA 1XUPO 2OTJN 1OH8A 2EWSA 1S1VA 5J2PA 3NGYA 2O8EB 2A40A 1GLLO 3VA0A 1TL3A 2YNHA 5AQKA 4B9TA 3MX5A 4KAZA 2RN2A 1CZAN 3WT0A 3QERA 4LF8K 3SQ1A 1RTDA 2KHOA 4JKEA 3J81O 3WNGA 4B1YB 5EVZA 3RMDA 3CMEN 2ZJPL 3DOLA 3A5LC 2IDOA 3IFRA 4CGFA 3M1FA 1WAJA 3DWLA 3WXLA 3S3NA 4H0TB 1UA0A 3H3OB 4FOIA 4JRPA 4FLZA 2NRVA 2O8BB 3NGZA 2ZQBA 3RWUA 3ZYYX 4CJFA 4XIUA 4MQ3A 1QZ6A 4JAXA 4W5OA 3NH1A 4N5SA 1Z25A 3OJSA 4FW1A 1C1CA 3EL2A 2QWPA 5KRTA 4GV6A 3TU5A 3VA3A 5AQXA 4CJLA 3IKMA 1FJGK 3I8BA 1ASVA 1NWKA 2KFZA 4F2RA 1UA1A 4GW6A 3THXB 4IJAA 3VQ8A 4BWJA 2UUCK 2B4JA 2P9PA 1RT4A 1E4GT 3L3VA 1WLJA 4RW4A 3VEZA 3J7ZO 1MU2A 1KFDA 4ELVA 4DB3A 3SZ2A 3I0SA 3L2UA 2Z1IA 1Q7YO 3OYNA 1S72N 4M7YA 5GADP 5M1FA 4IOCL 1SL0A 2O8FA 3DLHA 4YOWA 1TGOA 3RMAA 5GAEP 4C1NI 2OPRA 1BOTO 2NRHA 4AQYK 3VEOA 4JN4A 1JLEA 1YUWA 4FL9A 3AV9A 4JS4A 3AVGA 4LFCK 3SAFA 1BO5O 3Q7CA 4FJ8A 1ZBHA 3U4LA 2Q0RA 1HNIA 1EQYA 5EXWA 3NH0A 4RW7A 4OJRA 4CERA 5GAHP 3KK1A 1CXUA 4BR5A 1WSIA 1N34K 4O5BA 4CGJA 1JJ2M 4BG8A 2VCPA 5CE3A 4CZHA 2FXUA 2V7ZA 4DUYK 1JXBA 3C7NB 3M8SA 4KHYA 3MN5A 3VGKA 4EFHA 1T8EA 1QHAA 4BWMA 4DSJA 3KKRA 1GLDG 3KJVA 1KXPA 4DQRA 4JI1K 1YT3A 4YORA 4B8AB 1IJJA 4H03B 1VSKA 3L2WA 4H0XB 1S1WA 3CXCM 2G8FA 4M3ZA 3OY9A 3H3NO 3E9LA 3O1BA 4B9LA 4B1VA 1NGJA 3CQ8A 1C1AA 4B3OA 1MWMA 4Z4CA 3CETA 4O8UA 4DTUA 4DTNA 5FROA 3AAPA 4FWOA 3L3UA 3HXMA 2AA4A 3KLEA 1N36K 4JV5K 4ISGA 2GTDA 2VGNA 3BDPA 3OJUA 1S1TA 3FZFA 3DXMB 2HHQA 2RKIA 4CJVA 3OBYA 3A5MC 1XMOK 5BPLA 5LY3A 2PYLA 2X78A 3AVMA 4R79A 1ZBFA 4GV9A 4QS7A 1KAXA 3LANA 3LL3A 1K9MO 4AHRA 2D5RA 3MN9A 4IEIA 3R6MA 2YHBA 4ZTJA 4W5NA 5I3UA 4FWMA 4FZZA 4I9QA 4B08A 1VRUA 1TKXA 2UYTA 4JKHA 3S3MA 3ZETA 4JD2A 4I6MA 1WNSA 3AVAA 4G9ZA 4IJNA 5HP1A 3U3GA 1M1KO 5C10A 2IS3A 4KTZA 4M45A 1HPZA 4C8LA 4MO4A 3VTIA 2HF3A 3LALA 1QVFM 1RTJA 4C23A 4E7HA 3DMJA 4L3QA 5KPZA 3CERA 4DKWA 3D2FA 1NGAA 5F1XA 1U45A 2HHXA 4FWKA 2G8IA 3CCQN 4DQ8A 4RW8A 3VF6A 2GWJA 1NKEA 3E9OA 5AZIA 1WSFA 1HJRA 3ID8A 3CCMN 3TAPA 5HRSA 4C8OA 2E1ZA 3V9SA 3VQ4A 4Y1DA 4CZJA 4C8MA 4JI4K 3VEYA 2XY7A 5AQOA 2UU9K 2O8BA 3VEWA 4DV7K 2CGLA 2O8DB 1QQOA 1WUAA 4CZKA 4K8XA 1TK8A 2AJQA 1K8AO 2KQ2A 3EO3A 1T03A 3K5LA 3NH2A 2YHXA 5BN8A 3C95A 3MWPA 3O3HA 1J54A 3K0SA 2E4LA 3CHWA 3N4PA 5ADXH 1HYZA 4BE2A 2V52B 2GELA 2XRIA 1NK5A 2A3ZA 1Q18A 3TTCA 4QS8A 2B5JA 3DXKB 3FZLA 4N47A 1RDBA 3UIQA 4M3UA 1LW0A 5AFUH 3SUPA 4M3TA 4LH4A 3VF2A 2KFNA 4J8FA 4PA1A 4CFDA 3AA3A 1B9FA 5HRNA 4FJIA 2PZSA 1IKVA 1DT9A 3BY5A 4KHNA 3D7EO 3THWA 5J2MA 2Q31A 4B9QA 4IEEA 3ZSYA 3WXMB 5AJ3K 2IVOA 3O9UA 1TV6A 3AVBA 2P9UB 4LF5K 2YKMA 3L8BA 1MWKA 4CK2A 1WBDA 4DHYA 1SS6A 2D0OA 4AH9A 4JI2K 2QXFA 5AQZA 3EN9A 5F2RA 3CJ1A 3CI5A 3MXMA 4OX9K 4AF1A 3T3FA 3AGKA 3ZEUA 5AQLA 4WQ5A 2CH6A 3QB0A 2XY5A 4IZ9A 2ASOA 2FF3B 1IKYA 2YX6A 4H0VB 3I33A 3BEXA 4CZFA 3T1HK 1YJ9N 1N8RO 1KVBA 3H6EA 4M3WA 4X65K 5D3GA 1KVAA 4OLBA 2HHSA 3KLIA 3MEEA 3AO3A 4WQ5C 4GV3A 4LF9K 2KW4A 4M63C 1IKXA 2Q36A 4DR3K 1QVGM 1X9WA 3SUNA 2FBXA 4Z4GA 4WCEL 3HO1A 4NCGA 5LMNK 3D6RA 1EXQA 4MLEA 4HTUA 4KV8A 1CZ9A 2YNGA 4FYDA 1SV5A 3QDKA 3HPOA 3P39A 2QEXN 3D0PA 1I94K 3O08A 1HUXA 4DV0K 1B92A 2Y1IA 4Z0UA 1HR0K 4HCCA 2CGJA 4FZYA 5BN9A 4A5AA 4CGGA 1NGBA 5LJVA 1XWLA 4DFJA 3VGLA 3H1VX 4CI6A 1O13A 3FFKB 4I2QA 5AQYA 5AQSA 4CZMA 3TAQA 1XI1A 2DY4A 3RSEA 3QESA 1VRTA 2ETJA 4RG8A 1A5VA 4DUZK 4Z94A 1ZBLA 2WUSA 4O8KA 2E6MA 2W40A 4IG3A 3HOTA 2F96A 4CJKA 4CK1A 4RWTA 4FM1A 4OPJA 1HNWK 3TAMA 3W3DA 2AP1A 4FK4A 3C6HA 3VESA 1N6QA 1XNQK 2HVHA 4JKDA 4RTFD 1L5UA 1NK4A 3BZKA 4GKJK 4CEEA 1HYVA 4JS5A 2GEMA 5DM6L 3VQBA 2P9PB 4CZIA 4DTOA 1ZBUA 3C94A 4KPYA 2QTDA 4CHZA 2D0PA 3CC7N 2KKZA 5J1EA 5CHIA 5AQIA 4BRQA 2O8FB 4BROA 1BWFO 3AO2A 4A57A 2P9NA 4HVJA 4V19S 4ILGB 2HOEA 4B3MK 5AQPA 4CGDA 2BDPA 3P31A 2DFHA 4E1MA 4PL7A 3QICA 3AVJA 1XMQK 1KLNA 3IUCA 2ITMA 3IG1A 3R3LA 1N32K 5AZJA 3CIPA 3CFRA 1UAXA 1Q9YA 3AY9A 4NLBA 3SAHA 5DMRA 1G15A 2CGKA 1RT3A 1REVA 5AQQA 3K58A 1NGDA 1IKWA 1DEJA 3OYDA 1X9JA 4Y1CA 3MK6A 1L3TA 4H5WA 4BRKA 3TAGA 3CFOA 1K8KA 2VG5A 4TSXA 4BR0A 4IKFA 3NGIA 3PSIA 3SCXA 3NF6A 1U6ZA 1HLUA 4ISFA 4H5VA 3L2RA 1BG3A 4BR9A 1TKDA 2FBVA 2J4RA 4E89A 2IIRA 3DJCA 3VOVA 3UB5A 1CLQA 1JLGA 1W2BM 3LPTA 3RTVA 4LFBK 3O80A 3B6PA 1RBSA 1VQLN 2P1JA 3HM8A 4B1UB 3I55N 1RT7A 1DTQA 4FPBA 4CZGA 5IWAK 4CHPA 3V6DA 5K14A 4CHQA 3G71N 4DFPA 3FZMA 4RCHA 3ZCMA 3OYEA 3G0ZA 1BISA 2XO7A 3OA9A 3A5OC 3O9SA 3TAFA 2UUBK 5KGWA 4LSLA 4BDPA 3R9PA 4BC5A 2CH5A 3QBWA 4DR4K 1VSHA 1N5YA 1HKGA 1VSMA 3F2KA 1T3VA 3V9WA 3AVCA 3JS6A 3HOSA 2QA4N 3SUOA 4FJKA 3HP6A 4HUFA 4BRGA 4GKKK 5KQ8A 2QWRA 4ZTFA 3QEPA 2BANA 3ZETB 1HMVA 4JD2B 4I6MB 4WYBA 5BRDA 1ZBSA 3F73A 1C0UA 1JL2A 4B3SK 4KH4A 1Q86O 3HRGA 4QCLA 3SNNA 1BCMA 3LZJA 3MWTA 1WAFA 4KFBA 1RGIA 4M41A 3J7YP 1YAGA 2FSJA 1RDWX 4A2BA 1XHZA 1U2VA 4F9OA 3D2FB 4PKIA 4FK2A 3HYFA 3THYA 4CJ5A 3VEXA 1JCFA 2NNWA 4J2EA 4YFUA 2Q0UA 1GLFO 5AZIB 4AHSA 5EX5A 3SUQA 3SLCA 4DU1A 3JXUA 1Y97A 3V1RA 1C0TA 1I39A 4JYAK 4DU3A 1R59O 4JI8K 3AVLA 4DQIA 3CJCA 4FLXA 4JI3K 5C2DA 1M90O 2YNIA 2QKKA 1HRHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CXC M;  4WCE L;  5JVH L;  3CPW M;  1K8A O;  2QEX N;  3CCJ N;  4U67 L;  1NJI O;  4WF9 L;  1YIT N;  1M90 O;  3CCU N;  1Q81 O;  5DM7 L;  3CC4 N;  1VQ5 N;  1VQM N;  4WFA L;  1W2B M;  2ZJQ L;  5MLC Q;  1YIJ N;  3CF5 L;  1VQP N;  1YJN N;  1VQL N;  3CMA N;  1VQ6 N;  4IOA L;  3G4S N;  1KC8 O;  3G6E N;  3I56 N;  3I55 N;  5H1S Q;  1K73 O;  1K9M O;  3J7Z O;  3G71 N;  1VQ9 N;  3OW2 M;  3CCR N;  1VQK N;  1Q7Y O;  1S72 N;  5GAD P;  4IOC L;  5GAE P;  3CCL N;  4UY8 O;  1KQS M;  1M1K O;  1VQO N;  5DM6 L;  1YJW N;  2OTJ N;  1Q82 O;  2OTL N;  1OVY A;  2QA4 N;  4WFN L;  3CC7 N;  1QVF M;  1ILY A;  1YI2 N;  2ZJR L;  3PIO L;  3PIP L;  1VQ8 N;  5GAH P;  3CD6 N;  3CCQ N;  1JJ2 M;  5JVG L;  4IO9 L;  1YJ9 N;  1Q86 O;  5HL7 L;  1N8R O;  3CCM N;  3CME N;  2ZJP L;  4WFB L;  5GAG P;  3DLL L;  1KD1 O;  3CCE N;  1YHQ N;  3CC2 N;  3CCS N;  1VQN N;  1VQ4 N;  3CCV N;  1QVG M;  1VQ7 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OVN A;  1N33 K;  3D45 A;  1VSJ A;  5T7B A;  4JKA A;  3LPU A;  2QI2 A;  4BQZ A;  1ATR A;  4AHC A;  5JVH L;  4CIG A;  3MXJ A;  3A0I X;  1FK9 A;  4OPK A;  3KLH A;  4CJS A;  3GG4 A;  1TYQ B;  5E41 A;  3QIP A;  4JI5 K;  3KTQ A;  3THX A;  1S6Q A;  4KHS A;  2E88 A;  4KBO A;  4FWL A;  4BRF A;  4WF9 L;  5KPR A;  4Z4H A;  3K9K A;  4CVN E;  1J5O A;  3R8E A;  1BIZ A;  4DU4 A;  1VQ5 N;  3VN5 A;  3LDS A;  1JLF A;  2VYP A;  1RBT A;  1VAZ A;  2WON A;  1P8Z A;  2JGU A;  2KZZ A;  4IOA L;  4F4K A;  1RCH A;  1QSY A;  3J7A P;  1I3A A;  1Y64 A;  5BRE A;  3NAE A;  4F2S A;  1K73 O;  1ZYQ A;  4LSN A;  5SWM A;  1X9M A;  2NUB A;  4CZE A;  5E26 A;  4FO0 A;  2FF6 A;  5FRM A;  4DQP A;  3RMB A;  4IBN A;  4FJJ A;  2X6S A;  1NGE A;  1XHX A;  2XY8 A;  2PY5 A;  3L2Q A;  3CJB A;  2I7N A;  4CIE A;  2EX3 A;  3O3G A;  3TI0 A;  3CG7 A;  5AR0 A;  1ZC6 A;  3C7N A;  4OPH A;  4O5F A;  2Q2R A;  3KKS A;  2DPN A;  2YCH A;  3OYK A;  4ELU A;  3TTF A;  1J5E K;  3CJ9 A;  1SZ2 A;  4FJL A;  3ZSQ A;  1ILY A;  1QSS A;  1YI2 N;  3CJA A;  2Y1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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