5GAGP

Rnc in complex with srp-sr in the closed state
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
b'MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gagP00
1VQ4N 1S72N 1Q82O 5JVHL 1YITN 3CC2N 4WCEL 3CCLN 1OVYA 4WFBL 3CD6N 5DM7L 5DM6L 1M1KO 4U67L 1YIJN 1Q81O 3G6EN 1YJNN 2QEXN 3CMAN 3PIPL 3CMEN 2ZJRL 1YI2N 1QVGM 4IOAL 3CCUN 4IOCL 3CCEN 1W2BM 3DLLL 3CF5L 4WF9L 1KC8O 1VQ5N 3G71N 1YJWN 5H1SQ 1VQ8N 5GADP 4WFAL 1VQPN 1KQSM 1M90O 1VQNN 1YHQN 1Q86O 4WFNL 3CCQN 2OTLN 1K8AO 2OTJN 1KD1O 1JJ2M 3CC7N 5GAEP 3CCMN 5MLCQ 1ILYA 5HL7L 3I55N 1VQMN 1VQON 1YJ9N 1VQ9N 1VQ7N 1VQLN 1N8RO 3OW2M 3CC4N 5JVGL 2ZJQL 1NJIO 3CCVN 1VQ6N 3J7ZO 3PIOL 2ZJPL 1QVFM 1VQKN 3CXCM 4IO9L 1K73O 1Q7YO 2QA4N 3CPWM 3CCSN 3I56N 5GAGP 1K9MO 3CCJN 3G4SN 4UY8O 3CCRN 5GAHP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 4CW7B 1EETA 1ZBSA 1Z26A 2VYPA 1WSIA 3CQXA 4JKGB 3CC2N 3OYLA 2O8BB 3LP3A 3FZLA 1YIJN 4DR1K 4FWPA 4PKGA 3VMFB 4KREA 4CJUA 2P5OA 3HYFA 3SCXA 1DKGD 2XHBA 3LDNA 2P9KB 4N5SA 3R6MA 1ZBFA 2YJEA 2WOMA 4BGAA 4X66K 4H8KA 3VA3A 4M63C 1GLDG 2VWBA 3V6DA 4JK8A 1NGJA 4CJFA 3QICA 4IEEA 2UXDK 2RHKA 3AA5X 3OHRA 5M1KA 4CD1A 1R0AA 3HXMA 1S22A 3VEOA 3H1VX 2D0PA 2QW9A 1GLAG 3C7NB 4CHQA 3O9UA 5EXWA 4CEZA 3CCQN 2ZGZA 4LFBK 2E2QA 4FLXA 3PUFA 3VQ4A 3G10A 1IV0A 3TU5A 4CGHA 5HOOA 2G8HA 4JS5A 2P9IB 3O3FA 1RBTA 2XY6A 3OYNA 4PUOA 4HTLA 4BRCA 5AZJA 4Z4FA 4B8CA 3MN7A 2PY5A 3NE6A 1HNWK 1HPMA 1HKBA 1VSIA 4IEIA 4BG9A 3QNOA 4A5AA 3ZSQA 4BG8A 4Q5VA 4R79A 4BRHA 3DXKA 1FJGK 3EE8A 3LDQA 4WQ5A 3LPUA 3SV4A 4JHDA 1XMOK 5C12A 4LFAK 3ENBA 5GAGP 2W41A 5AQFA 4AHVA 4X64K 2AA4A 3FR0A 3C65A 4PKHA 3NGIA 3KLFA 1U2VB 4PWDA 1NGIA 3BGRA 3WQTA 2Q2RA 3KK1A 2ASMA 5AQWA 1RT6A 3SAGA 3O5BA 4G1QA 4B3SK 4FXDA 3P38A 2KZMA 4RW9A 4NLBA 1IBMK 1BWFO 5KPTA 1REVA 3SQ0A 4DTUA 3ZT1A 3CMEN 3VPZA 4CJLA 3OYCA 1KSPA 3I33A 3LDSA 4IJNA 3OYEA 3P5JA 1XHXA 3GG4A 4AHUA 2O8CA 3G71N 4FPAA 1KRPA 4FLVA 4OLBA 4KTWA 4KHQA 1KLMA 3HOTA 2P5GA 1BISA 1IKYA 5F1XA 1IBLK 4H0YB 2JWKA 1TL1A 3AAQA 1VQPN 4BY9C 1QHTA 1HQUA 3SUQA 3OYBA 3O9QA 4YOUA 4OVLA 1Q86O 5FPDA 4DTJA 3WT0A 4BDYA 3AA3A 4F3OA 2WC9A 2FBXA 3O9TA 4FWMA 1RTDA 4FK4A 4A57A 1EKEA 4FWLA 2GX9A 4DQPA 2OPQA 3CC4N 1HYSA 4TSXA 1IKWA 4BR2A 1N36K 2XRIA 1YVNA 3O6WA 3DM2A 4BC4A 3V9UA 1L3SA 1W97L 4CIGA 2BDPA 5FPEA 1MU2A 2P9LA 3AA4A 4IOXA 2UXBK 2E1YA 4ISEA 1C0FA 5FPMA 4BQLA 3AV9A 4IJAA 4YDUC 2BH1A 4B9UA 4JS4A 3IS9A 1Q7YO 1RNHA 1TK8A 1VSLA 1JCEA 2YHAA 4WE1A 1K9MO 4H0OA 5AQLA 3I0RA 4DV4K 2KKZA 4H4OA 3R9PA 4FW2A 1XC9A 3VQ7A 4DSFA 4DQRA 1RGIA 1CZAN 2P9NA 3NH1A 3HPHA 3ZSOA 4CJ5A 4U67L 1Q81O 2D0BA 2EHGA 4AHCA 3HBTA 2WONA 4FJGA 4ID5A 5E41A 4YFUA 3ZEUA 1D5AA 4PL7A 3ZETA 4JK9A 2XY7A 4CI6A 1W2BM 3V81A 4CF0A 2I7NA 4JKFA 2CGLA 1WOQA 4A2AA 3OYMA 4RW7A 1YXQA 4KI6A 3R8EA 3ZSXA 4EIAA 2O8DB 1QSLA 3LP1A 5I42A 1S1TA 2A6AA 4AQYK 1OKJA 4B3TK 1XC3A 4CJVA 4DU1A 4BDZA 2HW3A 4K8ZA 2NLXA 4WFNL 2QWQA 4NCGA 2Q31A 3RTVA 1KD1O 4FJKA 4DS5A 4B9SA 2P9LB 1XNRK 4DV6K 2FLOA 3T7ZA 2UUCK 4CEAA 4CGIA 4CK1A 1NK7A 5F0XA 1BO5O 2E8AA 4JKAA 2Q97A 4FZYA 5AQNA 4ZHRA 3HT3A 4CJQA 5DK5A 1C0TA 3AY9A 2G8VA 1VQ6N 1QQOA 3UKRB 1RT3A 1EXQA 2NRHA 4BACA 4E0DA 3VEYA 5TKYA 4O8KA 3KWIA 4JRQA 1LOTB 2QM1A 3ID6A 3PX6A 5J2QA 4L8RB 1RTIA 4FVUA 3CQYA 3SMSA 3THXB 4YNQA 4O5FA 3ZETB 1VQ4N 5BREA 5EU7A 5HROA 5JVHL 3SUPA 4E1MA 1VSMA 4CFAA 3CCLN 3THYA 4BR5A 4PY5A 4KHSA 4IFEA 3L2UA 2YV0X 4BE2A 3THWB 3P31A 2Q1NA 5AQMA 5JMVA 1TKTA 3QB0A 3SI6A 1VAZA 4LSLA 3VGMA 2W6KA 4J2EA 2NRZA 1WB9A 4C8MA 3AAPA 2HVIA 4ELVA 4DTOA 2KZZA 2FXUA 4KO0A 4B8AB 1BL3A 3WXLA 4CJ3A 4EZ6A 1X3NA 4A59A 2NRXA 5HP1A 2RPIA 1NJYA 4LF5K 4J2DA 4DF8A 4NO7A 2ZF5O 5AQPA 4GMJB 3AO2A 4WFAL 4AHTA 3MK6A 3HTVA 3J7YP 4B3OA 4JKEA 4X65K 1BDGA 4FWOA 3FZFA 4KTQA 4DR4K 3MXJA 3SYZA 4J2BA 2EX3A 4DV1K 3A8YA 5FLXO 4KHNA 5BPLA 3KD5E 5KPZA 5CHIA 4WYBA 1VSKA 2QTDA 5KGXA 3H46O 1HQEA 4DB3A 5J1EA 1C0UA 4ILGB 1QS4A 3D2FB 1RDCA 4N56A 1VQMN 4MFBA 1MWKA 4DR6K 5AJ3K 1NWKA 1BG3A 3NF7A 5JVGL 3MXIA 3OBWA 2DFFA 3PV8A 3SMPA 5AQSA 4H4MA 1NK5A 2BANA 3L3VA 2VGNA 1T3VA 4CESA 2QWRA 4J8FA 3NBPA 1I39A 4CIEA 1VSJA 1WN7A 3DRRA 2FSKA 3PIOL 1X3MA 4AM6A 3BP8A 1U47A 2G8IA 2XY5A 2H3GX 3C95A 4JAXA 4DHYA 5KQDA 4LC9B 5J2MA 3PX0A 1WAJA 4B9QA 1DGKN 3OVNA 2BE2A 1WAFA 4IFVA 4UY8O 1HNZK 3VGLA 3OYKA 4KHWA 3VGKA 1F21A 3NF6A 1JLFA 5AZIB 1EWQA 2P9PB 4DQ8A 4IZ9A 3LWMA 1UOCA 4IO8A 2LSNA 1QSSA 3CD6N 2BTFA 4A62A 1N32K 5K14A 3I0SA 3W3DA 2GELA 3B8AX 3OA9A 3CMAN 2VWJA 3QMLA 4BRQA 2QWMA 4DR3K 3C6UA 1NKCA 4KB1A 2IVOA 3U4LA 3AVLA 4ISGA 3ATUA 4Q0BA 1RBRA 4CF9A 3H1QA 1RCHA 4CF8A 3T19A 1QTMA 2B4JA 3QEXA 1X1PA 4N41A 1GLCG 3DLEA 4DV5K 1YUWA 1S5JA 4GV3A 5LMUK 4CGDA 5FRMA 1B9FA 2FBYA 3M8PA 4JI3K 1IJJA 1ITGA 3LDPA 4H5WA 3SAFA 4DFKA 3TARA 2KTQA 5M1QA 4FLTA 1IG9A 1HNXK 2JWLA 3ZSYA 4BRKA 2UXCK 1QZ6A 3ZSWA 3K5MA 2HMPA 3CCMN 5MLCQ 1LWCA 4NB4A 3ZT0A 1IKXA 4NCAA 5CYQA 4LH5A 4CHOA 1ZBUA 4JI8K 2OCEA 2NNWA 2IVNA 4AM7A 5M1OA 4I2PA 4DV0K 3DMJA 3DJCA 2IDOA 2YHYA 1J6ZA 1RDBA 5AQRA 3KTQA 4F3TA 1K73O 4CZKA 3KHYA 4BRNA 1FKPA 3O4NA 4BRPA 2OPRA 1L3UA 2FBVA 1YTUA 2A41A 4IXCA 3DXMA 3OTOK 3ENHA 1A5VA 3R3LA 4FZXC 4FJXA 3QEPA 3HK2A 5E26A 1MDUB 2RF2A 5B8HA 4WCEL 1TAQA 2OA8A 1CZ9A 4JK7A 2Z1IA 3E66A 5KRSA 1WBDA 1M1KO 3RR7A 2P9UB 3VTIA 2IC3A 2ZD1A 3A0IX 3H3OB 2F8SA 1S6QA 3PIPL 2DY4A 3C6HA 1OH5A 4JN4A 3VENA 4IOAL 2HNZA 3AA2A 4JI5K 1N34K 4KTZA 3H08A 4KH6A 4B1VA 4BVPA 2YJFA 1VQ5N 3L2VA 1KLNA 3O8MA 1J53A 3EEQA 4FM2A 4CCHA 2CGKA 1UA1A 4DSLA 1WLJA 3M5RA 3EKUA 4FJHA 5AQZA 4MLEA 4OLAA 3L8BA 3DAWA 1DTQA 1YAGA 4FWKA 3K5OA 5FPNA 3TSQA 4DQQA 3MX2A 3L2RA 2VQFK 2KW4A 3WNFA 1KTQA 2QXLA 1HPZA 2QKBA 3AO3A 5T7BA 2RE2A 3MMVA 1VQ9N 4K41A 2O8FA 3VEXA 2YHWA 1GLJO 3CJBA 4DSJA 2V52B 3V1QA 2HHUA 4DSIA 4CGFA 2UU9K 3CG7A 1HNVA 2DPNA 2YNFA 4A2BA 2HF4A 4FJ9A 4MDAA 2O8EB 5JLFA 2HBKA 3TSPA 4YOVA 1K6YA 3CPWM 5CZ1A 4FO0A 3MEDA 4YOYA 4BGBA 3HZ6A 3G4SN 5AFUA 1SS6A 1DLOA 1IO2A 4IDKA 3N4QA 1DTTA 1Q82O 3E9OA 5EX5A 3D6RA 4B1ZA 4HHTA 3VEWA 4JKHA 3DLBA 4YOTA 3T3FA 3P83D 4CJSA 3IUCA 5DM7L 1KVCA 5FDLA 1IG8A 4NXMK 3TPQA 3VQ8A 3G6EN 4ZTJA 4DTNA 2ASPA 2F4VK 4E1NA 1W9HA 4OO1J 1RDAA 4BROA 3KKRA 4F2RA 2ZE2A 4ILHA 1CXUA 3H6EA 3AVFA 4H0XB 3OJUA 4GVEA 3SQ4A 4K43A 3M8QA 3GL1A 4MO5A 3TTCA 1VRTA 4CIFA 4ZTFA 5KTQA 1X9JA 1GOAA 1ZBLA 4EP4A 4FM0A 3DRSA 1RT2A 4CGGA 1EX4A 5GADP 4E7IA 4DF4A 4GV9A 1FW6A 4AHSA 3I8BA 4CJ7A 3SQ1A 3HM9A 3VEVA 3DLKA 3D45A 2P51A 3LZIA 2KQ2A 1DT9A 5C10A 2FSNA 3FZMA 1RDWX 1T03A 3TAMA 1EP4A 4GNIA 3I55N 2UUBK 4KHYA 1XUPO 4I2QA 3MN5A 4FL9A 1YJ9N 2D1KA 2VGMA 1S6PA 4CZMA 4Z4GA 1ZC6A 4C8OA 2FF3B 4LF8K 1XI1A 1G99A 3ZYYX 3IKMA 3LM9A 5AZJB 3WEEA 1LW0A 1TUUA 4R5PA 5AQVA 5I9EB 2ATQA 1QHAA 1Z05A 5J2PA 3I8DA 1ZXOA 1QQMA 3SLCA 3SPYA 2IVPA 2DFHA 5BN9A 2B6AA 3AGKA 2DFEA 3J8AA 3QBXA 2F7TA 5HBMA 3SBTA 3DXKB 5C0YA 4AF1A 2PAVA 1Q18A 3MWPA 3EYZA 3AVNA 5D3GA 3ULEA 3OJSA 2X74A 4IG0A 4JHDB 4F9OA 5KI6A 2NRRA 4PQUA 1MWMA 5C24A 4BQZA 1NGHA 4Z4IA 3AVMA 3CJ9A 2FSJA 4MLHA 3C0BA 3BY5A 1KAYA 2HBMA 2ITMA 3DOLA 3V9SA 3LALA 3CERA 5ADXA 3GDQA 4HTUA 4Z94A 4N47A 1C1BA 3P4IA 4B9VA 3E1YA 1KVAA 2GV9A 4B1UB 3QIOA 3CJAA 2Y1IA 4FSVA 5M1NA 3PSFA 4CGJA 4JI2K 3JXUA 4WF9L 1X9SA 1LAWA 3NF9A 4CJRA 2E4LA 3FFIA 4JKDA 3OYDA 2BGGA 1XQSC 3NGYA 1SAZA 5JS2A 5AQTA 5BRFA 3E9LA 2O8CB 2CH5A 2GWKA 2VQEK 5JICA 1NOYA 4KHPK 3V1RA 4E89A 3KIOA 3S3NA 3MN6A 3E9PA 2G8KA 2V7ZA 3GOIA 1ASVA 3PO5A 4DTPA 1A5XA 1NU0A 4ID1A 5AQHA 4OX9K 5LJVA 3SUOA 1NGCA 3VF6A 3LWLA 3ZX0A 2RN2A 1TKZA 2XY8A 4E1JA 2OANA 3K2PA 4CFCA 4H5TA 2P1JA 1FXXA 4K42A 3FZKA 3QLHA 1WSFA 3K59A 2WBNA 3OW2M 1N8RO 2FBTA 5AQGA 3SQ2A 2PFUA 2PYJA 4J2AA 3AARA 4CEEA 1H1VA 4YHHK 3K58A 3ULEB 4FWSA 1TK5A 1NOZA 1HUXA 4W5QA 4FJNA 3MWTA 4JNEA 1YF5L 2ZM6K 4FLZA 3SPZA 2E20A 3TAGA 1I3AA 2UYTA 4MO4A 3OYIA 1BQNA 3O1BA 4DV3K 1BU6O 4H5RA 1Q9YA 2OPSA 4CZFA 4BRDA 3Q7BA 3VQ6A 3SJJA 2O4IA 4H0PA 3MX5A 4I9QA 4BREA 4CBWA 3QEVA 2VCPA 4GV6A 2J4RA 5C2DA 2P9NB 3AVCA 2E88A 3L0QA 4LSNA 4CJKA 1SUQA 4FVMA 4OJRA 4O8UA 5IT9O 2HOEA 3CETA 4C8NA 1QVGM 3ZEUB 3CCEN 3NMUA 1WSGA 2A5XA 2HHWA 4FOEA 1NM1A 3W0LA 1NGAA 2X6SA 2HHHK 1FKOA 4JD2A 1LWFA 1SKWA 3HI0A 4M3UA 2GEMA 2HHVA 1VSDA 3AVBA 2R7YA 2V51B 3SZ2A 5CY4A 2Z1GA 3F9KA 3AO4A 3EL2A 4KV8A 3U6FA 2VWKA 5KQ8A 4F4KA 1J5OA 1U04A 4M3WA 4O0IA 5FRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ4 N;  1S72 N;  1Q82 O;  5JVH L;  1YIT N;  3CC2 N;  4WCE L;  3CCL N;  1OVY A;  4WFB L;  3CD6 N;  5DM7 L;  5DM6 L;  1M1K O;  4U67 L;  1YIJ N;  1Q81 O;  3G6E N;  1YJN N;  2QEX N;  3CMA N;  3PIP L;  3CME N;  2ZJR L;  1YI2 N;  1QVG M;  4IOA L;  3CCU N;  4IOC L;  3CCE N;  1W2B M;  3DLL L;  3CF5 L;  4WF9 L;  1KC8 O;  1VQ5 N;  3G71 N;  1YJW N;  5H1S Q;  1VQ8 N;  5GAD P;  4WFA L;  1VQP N;  1KQS M;  1M90 O;  1VQN N;  1YHQ N;  1Q86 O;  4WFN L;  3CCQ N;  2OTL N;  1K8A O;  2OTJ N;  1KD1 O;  1JJ2 M;  3CC7 N;  5GAE P;  3CCM N;  5MLC Q;  1ILY A;  5HL7 L;  3I55 N;  1VQM N;  1VQO N;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  1VQ7 N;  1VQL N;  1N8R O;  3OW2 M;  3CC4 N;  5JVG L;  2ZJQ L;  1NJI O;  3CCV N;  1VQ6 N;  3J7Z O;  3PIO L;  2ZJP L;  1QVF M;  1VQK N;  3CXC M;  4IO9 L;  1K73 O;  1Q7Y O;  2QA4 N;  3CPW M;  3CCS N;  3I56 N;  5GAG P;  1K9M O;  3CCJ N;  3G4S N;  4UY8 O;  3CCR N;  5GAH P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TYQ B;  4CW7 B;  1EET A;  1ZBS A;  1Z26 A;  2VYP A;  1WSI A;  3CQX A;  4JKG B;  3CC2 N;  3OYL A;  2O8B B;  3LP3 A;  3FZL A;  1YIJ N;  4DR1 K;  4FWP A;  4PKG A;  3VMF B;  4KRE A;  4CJU A;  2P5O A;  3HYF A;  3SCX A;  1DKG D;  2XHB A;  3LDN A;  2P9K B;  4N5S A;  3R6M A;  1ZBF A;  2YJE A;  2WOM A;  4BGA A;  4X66 K;  4H8K A;  3VA3 A;  4M63 C;  1GLD G;  2VWB A;  3V6D A;  4JK8 A;  1NGJ A;  4CJF A;  3QIC A;  4IEE A;  2UXD K;  2RHK A;  3AA5 X;  3OHR A;  5M1K A;  4CD1 A;  1R0A A;  3HXM A;  1S22 A;  3VEO A;  3H1V X;  2D0P A;  2QW9 A;  1GLA G;  3C7N B;  4CHQ A;  3O9U A;  5EXW A;  4CEZ A;  3CCQ N;  2ZGZ A;  4LFB K;  2E2Q A;  4FLX A;  3PUF A;  3VQ4 A;  3G10 A;  1IV0 A;  3TU5 A;  4CGH A;  5HOO A;  2G8H A;  4JS5 A;  2P9I B;  3O3F A;  1RBT A;  2XY6 A;  3OYN A;  4PUO A;  4HTL A;  4BRC A;  5AZJ A;  4Z4F A;  4B8C A;  3MN7 A;  2PY5 A;  3NE6 A;  1HNW K;  1HPM A;  1HKB A;  1VSI A;  4IEI A;  4BG9 A;  3QNO A;  4A5A A;  3ZSQ A;  4BG8 A;  4Q5V A;  4R79 A;  4BRH A;  3DXK A;  1FJG K;  3EE8 A;  3LDQ A;  4WQ5 A;  3LPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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