5GAGP

Rnc in complex with srp-sr in the closed state
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gagP00
4WFAL 1YIJN 1YI2N 1YHQN 1M90O 1YITN 4IOCL 1VQ8N 4IOAL 3PIPL 3CCMN 5DM7L 5DM6L 3CCJN 2QEXN 5GADP 3CC4N 1VQ4N 3CCSN 2ZJQL 5GAGP 1JJ2M 3CCLN 1QVFM 4U67L 1K8AO 3J7ZO 1VQKN 3CCVN 5GAHP 5JVHL 1YJWN 1YJ9N 1VQPN 3CCUN 4UY8O 2OTJN 3CMEN 3G71N 1NJIO 3G4SN 3CF5L 3CC7N 1VQNN 2ZJPL 1VQON 4WCEL 2QA4N 5JVGL 1KC8O 1VQMN 1VQLN 3I55N 1S72N 5HL7L 3CCRN 3CPWM 3PIOL 3CC2N 1W2BM 1K73O 4WFNL 3I56N 1M1KO 1K9MO 1VQ9N 2ZJRL 5GAEP 2OTLN 1ILYA 3G6EN 1Q81O 1VQ5N 3CCEN 1QVGM 1VQ7N 3CXCM 3CCQN 3OW2M 1KQSM 4WF9L 4IO9L 5MLCQ 1VQ6N 1Q82O 4WFBL 1N8RO 3DLLL 5H1SQ 3CD6N 1YJNN 3CMAN 1OVYA 1Q86O 1Q7YO 1KD1O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKXA 3HVRA 1YIJN 4HUEA 4F2RA 4LFBK 1REVA 3D0PA 3ZSXA 4BVPA 3PIPL 1B92A 4BRAA 3OYBA 2F8TA 4H5TA 3ZSRA 1N5YA 5AQUA 2QEXN 1Z05A 1WSGA 5DK5A 3BEXA 3DLEA 3P39A 1ITGA 1RTJA 2P9NA 3EY1A 1C0MA 4CF9A 1EETA 3DAWA 3VQ6A 4DUYK 1W97L 5HRNA 4NXNK 4DWIA 4PWDA 2HBMA 1X9JA 3FZKA 4JEPA 5BPMA 1DGKN 3PV8A 1RTDA 1KVBA 2P9IA 4J2DA 1JLAA 3LP2A 4DR1K 4OVLA 3OHRA 2RF2A 4YDUA 3HBTA 1FXXA 3MWPA 3VQ4A 3K57A 1QZ5A 3MK6A 4BG9A 4DU4A 4B1YB 4DQQA 1BIUA 1P8ZA 4CZLA 1C0FA 1G15A 3ULDA 3K58A 2HHTA 3WNEA 2YI1A 2RE2A 3HPOA 5JS2A 3CPWM 3CC2N 1DTQA 1W2BM 1TYQB 5JMVA 5TKWA 1KSPA 5HOOA 3R1XA 3NE6A 4FWRA 4DF8A 4FZXC 2NNWA 1RDBA 2E5LK 4IEIA 1NKCA 1VQ5N 4DR7K 4Z4EA 4KHQA 1VSJA 3DRRA 3QINA 3RVCA 3IMXA 3LALA 3WEEA 4WF9L 3THXA 2PY5A 3O4NA 1DLOA 1EWQA 1W0HA 4JI7K 3PLAA 4WFBL 1LWFA 1E4GT 4H0OA 3E66A 1N8RO 3L2WA 3ISNC 3RWUA 1NJZA 4LSNA 3V9SA 5AQSA 1GLDG 5LMUK 2D0AA 3BY5A 3DJCA 3CJ1A 3P83D 3EKUA 1S6QA 3CFRA 1CXQA 3VTHA 4HWIA 1O13A 1Q9YA 2W6LA 2A41A 3NF7A 4JI4K 5J1EA 5HLFA 3ATVA 2IC3A 1HNIA 3PSFA 3BGRA 4CFDA 4CZHA 4ELVA 1TUUA 4W5NA 4B3TK 1VQ4N 3U4LA 1A5VA 4JI2K 3TTCA 4CHOA 1JKHA 3L2UA 3K59A 1ZYQA 4JV5K 3C65A 1VQKN 4KI4A 4RW9A 4GV3A 4CGDA 1KCFA 4F2SA 4M41A 4C23A 3HL8A 4BR9A 1WSFA 4DTMA 2RHKA 2WC9A 3DLRA 4KB1A 1JLGA 3GE1A 5IWAK 4YHHK 3LP3A 4LC9B 4MO4A 3QBWA 1EXQA 5HRPA 2JWKA 2VCPA 5M1QA 4LSLA 4JI1K 1SL2A 2IGIA 3TAMA 5LJWA 3EZ5A 5HRRA 4N76A 1VSEA 1GLEG 3ZEUA 3TPQA 3VTIA 3JAMO 4FWQA 3IS9A 1RT2A 1ZBSA 3VQ9A 5C42A 1GLAG 1IKYA 3O3GA 2Q36A 3L2VA 4FWKA 4QOZB 3O9TA 3CETA 3E9LA 4CF8A 2YNGA 2YJFA 1D4XA 4CFBA 2ZJRL 4FLUA 2JLEA 1ILYA 2P5GA 3CJ7A 3SPZA 3AVFA 2BH1A 1VQ7N 3OW2M 4M3TA 3TTFA 1IKVA 3OYHA 3RMDA 2P9SA 4KHUA 2KHOA 4KB0A 1HLUA 4BVOA 5AQLA 4M3YA 1NJXA 4Z4FA 4BR4A 4QS9A 4CZJA 3FLCO 4DKWA 2HSTA 3DLLL 5AFUH 4K8ZA 1BO5O 3CJCA 2UUBK 1YJNN 5BPLA 1GLCG 3O9QA 4Z4HA 3VMFB 2DFEA 4YOUA 3V9WA 3B6OA 2E20A 3SV3A 4FXDA 3JSMA 1D9FA 3J80O 4BC2A 3VESA 4DR3K 2O8CB 3LM2A 3ZYYX 3BZCA 5B8HA 3VF6A 4W5QA 4DQRA 1WSJA 4RTFD 5AQZA 4JD2B 4FO0A 3KK7A 1WUAA 2ASPA 1NOYA 3BUZB 4FZYA 1KVCA 4JYAK 1K8AO 2AJQA 1NGEA 4BRHA 4PKIA 5CYQA 1YJ9N 1JLQA 2X78A 3HOTA 4UY8O 4E7KA 2HBKA 3R6MA 3VEYA 1XI1A 2D0CA 3PO4A 1QQMA 4H03B 2YJEA 4DCHA 3ZX2A 1IBKK 1TGOA 5AQKA 4M42A 5FPDA 3J81O 3CM5A 2KFNA 4CFCA 5CY4A 1VK0A 2QA4N 4B9NA 2IDOA 1QQCA 3TSUA 4Q0BA 2E4LA 1NM1A 4BDZA 3HPGA 4IFEA 1VQLN 4FLYA 4EP4A 3CCRN 3UB5A 1SUQA 1NGFA 4BRKA 1DKGD 4U7BA 1NJWA 1U6ZA 3UKRB 3SMSA 3CJBA 2P9UA 4LF9K 3BF1A 3U3GA 2XY5A 5CHIA 1SV5A 4HUGA 3OA9A 3AVLA 2VYPA 4Z94A 3OJUA 4CJ5A 1S1WA 1HQUA 2ZF5O 4FJMA 4RCHA 1SL1A 4JRQA 1E3MA 4OX9K 1U45A 1U2VA 3T1YK 2A42A 1J6ZA 2I5JA 3P38A 3LP0A 2FBYA 5AQFA 3TAQA 2KTQA 5EY4A 2OPRA 5D3GA 5AZIB 4GNIA 1EKEA 1RT5A 1NK8A 3CCMN 3A5NC 3VF2A 3ZETB 1G99A 3QNOA 2FC0A 3TSQA 4J2EA 2PFUA 2IS3A 4DG1A 4CJFA 3KWGA 3LANA 3MAQA 2D5RA 3DWLA 2AP1A 3SLCA 3HPHA 3DYAA 2P9PA 3CQYA 3M3ZA 4JKFA 1U47A 3UIQA 4GMJB 4KH5A 4DS4A 1L3UA 4FJ5A 2X74A 2OTJN 1IBMK 4CEEA 2HHUA 4I6MB 4DFKA 1BDGA 1GLJO 1Q18A 1JXBA 3OVNA 2BUPA 3D2EB 3M8SA 3HO1A 2QXLA 5HBMA 2NRWA 1NGCA 3VQ8A 4FWPA 2W41A 2O8EB 4F9OA 2WOMA 3MDQA 4BACA 4KBOA 4JKHA 1SAZA 3PUFA 4CD1A 4KTWA 5HL7L 3T7ZA 3AGRA 1XUPO 1O1WA 4CHYA 4RW6A 4XH1A 2GUPA 3PY8A 2E2QA 3D6RA 4FWNA 2Q97A 4JHDB 4GV6A 4BWJA 3VQBA 4FJGA 5GAEP 1NWKA 4OPHA 1RTHA 4IZ9A 4ZHRA 1KAYA 3VEOA 2RN2A 1QE1A 4PUOA 3DXKB 3SBGA 3OYGA 4IO9L 1HQEA 4CBUA 4E1JA 2ASOA 2O4GA 4M3XA 1P90A 3NH2A 4FYDA 4CJUA 3MEEA 3KLGA 3H1QA 3ULEB 1ZBUA 3SV4A 1FKPA 4CJSA 3HTVA 1UA1A 1XNQK 2NUBA 4JLHA 1B9DA 2ZGZA 4KV8A 1CZAN 3V9XA 4B9SA 3VPZA 1CLQA 3A2FA 3O4WA 4BR7A 1DEJA 1IO2A 2V51B 3M5RA 3OYFA 3B6PA 1NJYA 1K8KB 3W3DA 2IVPA 3ITHA 4AHSA 5BRFA 4H5RA 3L4IA 4DSJA 1IH7A 1BCOA 4QCLA 1L3SA 5AQPA 4AQYK 3T1AA 5K14A 3LDOA 1WBBA 1WBDA 1BA0A 5FPEA 5EVZA 4EZ9A 2Q0RA 2PYJA 3ZCMA 3O9RA 2I7NA 4BRGA 1WN7A 1VSLA 1CZBA 1HKBA 2EWSA 3J7YP 1MWMA 1HJRA 4CEQA 3F9KA 3KK2A 5CZ1A 3VQEA 3GDQA 4LY7A 4IBNA 1HNXK 4CEZA 2NRVA 4Q5VA 2DTUA 1JL1A 4CGFA 2KFZA 2XRIA 1S1UA 3EE8A 3HM8A 3OYAA 2YX6A 4CK3A 4NXMK 2V7YA 1ATNA 1Z6RA 3SPYA 4X62K 4MDAA 4M7YA 3OBWA 4BRNA 3C6HA 5FPNA 1X9SA 2KQ2A 4BRLA 3BDPA 3DLGA 4BRCA 3TWHA 2HNYA 4Z4IA 3D7EO 1T7PA 4DSKA 1J9AA 4CZKA 4CJ4A 1VQ6N 3FZLA 3L3UA 3ZLJA 3LL3A 2F7TA 1Z26A 5HRSA 4ID5A 3CD6N 4R79A 1VSMA 1F21A 3QNNA 2GBZA 1R0AA 4OJRA 4CHNA 1E4FT 2X6SA 1RT3A 2BGGA 3NFAA 4FJ9A 2LSNA 4X66K 1KVAA 3AA4A 4QS7A 3TSPA 1L3VA 3SUPA 3DLBA 2YCHA 3AVMA 4EAHD 1ZBFA 3E1YA 1XWLA 1NGIA 4AILC 1LOTB 1NOZA 3BF3A 3VGKA 4BG8A 4DR2K 3AA2A 5GADP 1J5EK 3RR8A 4BRPA 1SQKA 3KK1A 2FBTA 4L8RB 3CCSN 1NG9A 1QVFM 4BREA 3CI5A 3HSCA 1FW6A 2A40A 4I7FA 1T8EA 1XC9A 2OZMA 3KLIA 3NGIA 4CF1A 3O80A 1LAWA 4KI6A 4JKGB 2P9KB 3K9JA 3LDPA 2UXCK 4AM7A 4KFBA 3OYKA 2XHBA 3W0LA 1CZ9A 3SBTA 1BG3A 3SQ1A 4J8FA 5ADXH 3I33A 4DU3A 4W5OA 3UKUB 1IKWA 3P31A 1HUXA 4A57A 4OLBA 4G9ZA 1X9WA 3MECA 1T6DA 1VQMN 4M3UA 3CIPA 4PKGA 2HB5A 3P4IA 4O5BA 3E9OA 3K5NA 4RW4A 3MWTA 5AQIA 2RKIA 2GEMA 3VQAA 3AO2A 3ZSZA 3AAQA 2HNDA 1I3AA 4O55A 1SKWA 3U9DA 1KRPA 1K6YA 3G6EN 2D0PA 3LM9A 3IDHA 5C24A 4N41A 3HJFA 3VEXA 3V81A 1YXQA 3EL2A 2YV0X 3SQ2A 2P9LB 1NK4A 3KJVA 1Q82O 4WQ4C 1SZ2A 2VWJA 3SI6A 2CH6A 4LFAK 3OBYA 4DLGA 2NRZA 4GW6A 3WXIA 1LWEA 1N33K 2Z1IA 1KTQA 5GINA 3O5BA 1QHAA 3V9ZA 3DRPA 2OPSA 4DSFA 5DM7L 1VRUA 5TKYA 3IFRA 4K42A 1C0TA 4WFAL 3LPTA 3T1HK 1YI2N 1M90O 4HVJA 4LH5A 2ZWHA 1VSKA 1LW0A 1NGDA 3KTQA 4DQ8A 4AH9A 4E3SA 5JICA 4IOAL 3ZSOA 3ZT2A 3RMBA 4AHVA 4ISEA 4Y0WA 3DM2A 4MDBA 2NRHA 4FM2A 4M63C 1YAGA 1TVRA 1TKDA 5KPTA 3FZFA 5KGWA 3ZT3A 4PKHA 2HHWA 1TAUA 4IEEA 3UKRA 5GAGP 1JJ2M 3ID8A 3ENOA 2V52B 3ZT0A 3CCVN 2G8IA 3L3VA 5CE3A 1VSFA 3QDKA 3ID6A 3NBPA 3L2QA 4DV0K 4FLTA 1IJJA 4O5FA 4E7IA 3EEQA 1JLEA 2GELA 3MN7A 1WSIA 3CF5L 1HX1A 3TI0A 4LF5K 2XY6A 3KVGA 4CE9A 2A5XA 1VQNN 2NRXA 2QWNA 3HI0A 4F4KA 2AA4A 2IVOA 4YOXA 1EX4A 2ETJA 3WQUA 3I55N 4IXCA 1NMDA 4JS4A 1BHLA 5AZIA 3QETA 1J5OA 3U9ZA 3WUHA 1JLBA 4E0DA 2B4JA 2CGJA 4H4OA 1XC3A 4W5TA 1RBUA 2KW4A 2PBDA 3U8XA 5FRMA 4Y1DA 3U3YA 3AO4A 4NYFA 4BRMA 4N47A 2OTLN 1X9MA 5AQJA 3DOLA 3QIPA 1YTAA 5C15A 2Q1NA 3TAFA 2PZSA 2E6LA 3CXCM 3CCQN 3MMVA 2KKZA 4G1QA 5ADXA 3AVCA 3WNGA 4HCBA 3VA3A 1RT6A 3LDSA 1VAZA 4FM0A 3OS2A 2VQFK 4FJLA 3DLHA 4CBWA 1H1VA 4NCAA 1OVQA 4M3RA 4BQLA 3D2EA 3ZX0A 1TK8A 3L4QA 1YVUA 4H0YB 1SS6A 1Q7YO 3CM6A 4CEBA 3I0RA 4I9QA 4NO7A 4CGGA 3VA0A 2O8EA 4KREA 1FJGK 4CZMA 4B1UB 3P5JA 5KGXA 1ATRA 3NF8A 1JL2A 3C0BA 3LDNA 1GOBA 3K2PA 1Q8IA 1CXUA 4HHTA 3PX6A 4ISFA 5AQHA 3KZBA 5BR9A 1I39A 3TAPA 4DV7K 4FJKA 3M8QA 3HRGA 1QHTA 4B1XB 4CHQA 1YVNA 5CYMA 3LWLA 1YJWN 3E01A 2G8FA 1MA9B 3SMPA 4CIEA 4JKDA 3QBXA 4XEIA 1ZC6A 4E7LA 4CEOA 1XHZA 3E9PA 4JI5K 3RMAA 3C6AA 4JI8K 4FJNA 3LDQA 1EQYA 5JS1A 4CI6A 2QWRA 3AVKA 4BE1A 3TU5A 3VETA 3LZIA 4FVMA 4BGBA 3ZT1A 2O8BA 2Q3SA 2ZQBA 4FW1A 2ITMA 4N5SA 4JK8A 4E7JA 2E2PA 4NLBA 3SAGA 1TK5A 4F8RA 1S72N 3LZJA 3MCPA 4PY5A 3M1FA 3NAEA 4DU1A 4CGHA 4KHWA 2GTDA 4CZGA 2FBXA 5GIPA 2YHAA 1K9MO 3AO3A 1LAVA 4CW7B 4FCYA 3CCEN 1JCGA 5F1XA 3O8MA 4WQ5C 1IBLK 3VOVA 4FJXA 4DV2K 1HNZK 4DS5A 4DFPA 2G8HA 3HSTB 3H45C 3L2RA 3SUOA 4OO1J 3PX0A 4E1NA 4JKCA 3O3HA 3HXMA 2HMIA 4OPJA 1KAZA 2OPPA 3C95A 2OCEA 4BRIA 3SUNA 2OZSA 2BE2A 3CJ9A 4KH4A 4FK0A 2NLXA 4H4MA 3H08A 1KD1O 4C8KA 3WEEB 2FXUA 5FRNA 4CEDA 4YOVA 1HNWK 4O4GA 4CJWA 2IIRA 3D45A 1RILA 3FFIA 4MLEA 3H3NO 3K5OA 1HMVA 3AO5A 3K9KA 2R7YA 1C6VA 3QMLA 1SKSA 1NK5A 3SK3A 4NB4A 4CCHA 1NNEA 3CC4N 1NGGA 3PX4A 5AQOA 4YORA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TKX A;  3HVR A;  1YIJ N;  4HUE A;  4F2R A;  4LFB K;  1REV A;  3D0P A;  3ZSX A;  4BVP A;  3PIP L;  1B92 A;  4BRA A;  3OYB A;  2F8T A;  4H5T A;  3ZSR A;  1N5Y A;  5AQU A;  2QEX N;  1Z05 A;  1WSG A;  5DK5 A;  3BEX A;  3DLE A;  3P39 A;  1ITG A;  1RTJ A;  2P9N A;  3EY1 A;  1C0M A;  4CF9 A;  1EET A;  3DAW A;  3VQ6 A;  4DUY K;  1W97 L;  5HRN A;  4NXN K;  4DWI A;  4PWD A;  2HBM A;  1X9J A;  3FZK A;  4JEP A;  5BPM A;  1DGK N;  3PV8 A;  1RTD A;  1KVB A;  2P9I A;  4J2D A;  1JLA A;  3LP2 A;  4DR1 K;  4OVL A;  3OHR A;  2RF2 A;  4YDU A;  3HBT A;  1FXX A;  3MWP A;  3VQ4 A;  3K57 A;  1QZ5 A;  3MK6 A;  4BG9 A;  4DU4 A;  4B1Y B;  4DQQ A;  1BIU A;  1P8Z A;  4CZL A;  1C0F A;  1G15 A;  3ULD A;  3K58 A;  2HHT A;  3WNE A;  2YI1 A;  2RE2 A;  3HPO A;  5JS2 A;  3CPW M;  3CC2 N;  1DTQ A;  1W2B M;  1TYQ B;  5JMV A;  5TKW A;  1KSP A;  5HOO A;  3R1X A;  3NE6 A;  4FWR A;  4DF8 A;  4FZX C;  2NNW A;  1RDB A;  2E5L K;  4IEI A;  1NKC A;  1VQ5 N;  4DR7 K;  4Z4E A;  4KHQ A;  1VSJ A;  3DRR A;  3QIN A;  3RVC A;  3IMX A;  3LAL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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