5GAGP

Rnc in complex with srp-sr in the closed state
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
molecule keywords SRP 4.5S RNA
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gagP00
3CC7N 5GAEP 1K8AO 2QEXN 1YJ9N 5GAGP 3CCQN 5GADP 3CCMN 1OVYA 4WFBL 3CPWM 1JJ2M 1VQ6N 3CXCM 1KC8O 1VQON 3CC4N 2ZJQL 1QVGM 3CCRN 1K9MO 1ILYA 1M1KO 1VQPN 3CCLN 4WCEL 4U67L 1KQSM 3CC2N 1YJNN 5GAHP 4UY8O 3CD6N 3G71N 1K73O 5JVHL 3G4SN 1VQ4N 2QA4N 1Q86O 3PIOL 3CCSN 1VQLN 1VQ8N 1Q7YO 1YHQN 4IO9L 3CCUN 1M90O 3CMEN 1YJWN 5DM7L 5H1SQ 5DM6L 1VQ7N 4WF9L 4WFAL 5MLCQ 1VQMN 4IOAL 1VQ9N 3I56N 3CCEN 1Q81O 3I55N 5JVGL 1YITN 3PIPL 1S72N 2ZJPL 3CCVN 1N8RO 1VQKN 3DLLL 4IOCL 2OTLN 1YI2N 3OW2M 3CMAN 1NJIO 3CCJN 2ZJRL 1VQNN 5HL7L 1VQ5N 1W2BM 3G6EN 4WFNL 3J7ZO 2OTJN 1KD1O 3CF5L 1QVFM 1YIJN 1Q82O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGGA 3O9QA 4KO0A 2RN2A 5AQRA 4DV5K 4XH4A 3LDOA 4CJLA 4KREA 3V1OA 3ITHA 3H46O 3U4LA 3AAPA 4DQSA 3EKSA 3SPZA 4A62A 4CJSA 2PY5A 1BQNA 4DB3A 1ESVA 4CJFA 3TTCA 1NK5A 1N33K 2P9SB 1MWKA 1QQOA 3QIOA 2RPIA 3KD1E 3CERA 5AQTA 2PZSA 2XY5A 3CQ8A 3QDKA 4CGFA 5HRSA 4DR1K 3LZIA 4DUZK 3VPZA 4FWSA 1NMDA 3VOVA 1QSYA 3RMBA 3O1WA 5JICA 3DWLA 1CXUA 1HKGA 3OYCA 4FW2A 4J8FA 4DS5A 1RBSA 2LSNA 3WXIA 3OYAA 4NXMK 4DR5K 2UXCK 4HTLA 4Z0UA 5EX5A 3SBTA 2YJFA 3PUFA 3BZKA 3QO9A 5AQJA 4C8NA 2ZD1A 3SUOA 1TYQA 1RBRA 1VQ9N 1RNHA 4B3RK 3I56N 4DF4A 2WFBA 1IBLK 1QSLA 3FZFA 1NK9A 4RG8A 4CEZA 2QW9A 1BA0A 1W0HA 2HB5A 2OPQA 3ZETA 1EP4A 2YX6A 1N6QA 3CI5A 4FWQA 4JK8A 1T6CA 1J54A 4FJKA 5LJVA 2ZJRL 1K6YA 4M7YA 3RWUA 3VTHA 4A61A 2YNGA 3SUNA 4RW6A 4MO5A 3AV9A 4CJVA 1C6VA 4JRPA 3S41A 4ISEA 5EOYA 4B9UA 1UAXA 1RBUA 2BH1A 3LL3A 3LWLA 2OA8A 1F21A 3PX0A 3OS0A 3HXMA 1KVBA 3NGIA 2A5XA 4WQ4C 3PSIA 2D0BA 1L3SA 3DI6A 4LF9K 4FLTA 1VQ6N 4ILHA 1VSJA 3S3OA 2KLAA 2E2NA 4DU4A 4NCGA 5GINA 4CHZA 4Z4FA 3DRSA 3AVLA 3EE9A 4FJ9A 3CCLN 5HBMA 2P9IB 5CY4A 4WCEL 4FJ7A 1WNSA 1WBBA 2P51A 4B1ZA 3MEDA 1KSPA 3NF9A 2Q3SA 3WT0A 4B9LA 4DTRA 4G1QA 2HBJA 4V19S 2FBYA 1G99A 2FF6A 2P9NB 4BQLA 3HOTA 1NKCA 4AM7A 4GMJB 4JI2K 2VG7A 2VG5A 2G8IA 1TKZA 2FBXA 3VMFB 4R79A 4FJ8A 4FJJA 1HUXA 2HHQA 4ELVA 4OPKA 3HSCA 3ZT0A 3WQUA 2IAJA 3OHRA 3QFPA 1C0MA 4WYBA 3VA3A 1LOTB 4WF9L 1JCGA 4A2BA 4AHVA 2I5JA 5K14A 3AO5A 1T03A 4K42A 1NU0A 4CZFA 3O3GA 4JS5A 4BR5A 2A1SA 1RBTA 3NMUA 3SQ0A 3C7NB 3ZSWA 5BR8K 1B9FA 4BDYA 1REVA 1BI4A 3OVNA 4CJTA 3A5OC 2GWKA 4DV3K 1U45A 2YHXA 4E7IA 5FDLA 3DLHA 4ZTJA 3O9RA 2YI1A 1JL1A 3KLIA 1QSSA 4JI8K 4DTOA 1NGCA 1U2VB 3ENOA 3CYMA 3V9UA 3PO5A 2GELA 4B3MK 2OTJN 3NDKA 4GV3A 2E2PA 4DV2K 5CZ2A 5FROA 4OGCA 5KQDA 5KI6A 3TSPA 4CFDA 2XY6A 4AM6A 3J7AP 4KH4A 2QWRA 4CK2A 4HHTA 3N4QA 1ZYQA 3M8SA 3QBWA 3O3FA 2KZMA 3DAWA 2OPPA 2NRVA 3BDPA 4BR2A 4F2RA 3TAPA 1Q9XA 1LAVA 2D0PA 2ATQA 3SZ2A 3CJ7A 1VQPN 2PYLA 4H5TA 4IG3A 4JI3K 1NNEA 1GLLO 2Q36A 4DR2K 1LCUA 4BREA 3OYLA 1Q86O 1Q18A 4DR7K 3HM9A 3NVKA 4FWRA 1D8YA 3QFUA 5AQGA 1YXQA 3NBPA 3NH1A 3BP8A 4CHNA 4H0VB 3BF3A 3EL2A 4O55A 3L2WA 3O9SA 3HPGA 1NG9A 5KQ8A 1KLNA 1I39A 3AARA 2P9PB 4RW8A 4FXDA 2BTFA 5AQFA 4KHNA 2O8EA 3G10A 3T7ZA 3O08A 3NHGA 2IS3A 2BUPA 4K8ZA 4Q0BA 4B9TA 4FK0A 3PIPL 3VQDA 4O4GA 5BRDA 4M41A 5AZIA 3THXB 4O8KA 4FJNA 4FL9A 1XUPO 3V4IA 1VQNN 1IBKK 1VQ5N 3KVGA 4KB0A 1W2BM 2F9WA 5F0XA 2WTUA 3P83D 4M3XA 3KLHA 4I7FA 2I7NA 3ISNC 1WSEA 3J8AA 2FXUA 4U7BA 4FPBA 1OH7A 3ZX3A 2OPSA 1W7AA 3D2EB 3E9OA 2P9UA 1NGAA 3HO1A 2WOMA 4CW7B 3L8BA 2ASMA 2HMPA 5GADP 2Y1JA 2G8KA 3L2QA 3AO2A 4B1VA 4DUYK 3P5JA 4BRPA 1Z05A 4DSEA 3V81A 2ZJQL 4JKGB 2PAVA 3HP6A 3T1AA 4HTUA 3SQ1A 4Z4CA 5EVZA 4YHHK 3PX6A 1BOTO 1W97L 2IVNA 3DXKA 3H3NO 4KKOA 4FM0A 1NK8A 1JLBA 1HNWK 3QICA 2E6MA 4IEIA 3ATVA 4UY8O 4H5RA 4GV9A 1FW6A 3MXMA 1S9GA 4FZYA 5JVHL 5AQLA 4Q5VA 4MFBA 2IVOA 1NKBA 4CFBA 3K5LA 3K2PA 5JLHA 4Z4HA 4FJIA 3ZSOA 5FRNA 5ELZA 4F9OA 2OPRA 2QM1A 2GUIA 1Q8IA 3NE6A 1YHQN 1T44A 2D5RA 2B5JA 4KH5A 3QINA 4OLAA 3GE1A 3OY9A 1TK8A 3SV4A 1YAGA 5CR4A 3W3DA 3UE5A 2HF4A 1BDGA 5HRNA 1NGIA 3WXJA 4BR9A 5KRSA 5ADXH 3GDQA 3KZBA 1IJJA 5AZIB 3ZSQA 3THXA 4IWVA 1VAZA 2ZF5O 4I2QA 3VQCA 3OYJA 2OYQA 4N41A 3HJFA 1BUPA 4I9QA 3VEOA 3SK3A 3CETA 4TSXA 4M45A 4L3QA 4QOZB 1BO5O 2E20A 4GVEA 3A2FA 3DXMB 3KKRA 5M1QA 4JD2A 3AVGA 4UQGA 3OS2A 3HBTA 1K8AO 3I8DA 4BROA 2QEXN 1HJRA 4E19A 3VESA 5GAGP 3DLBA 3NVMA 1TAUA 2HOEA 1EO1A 2H3GX 1GLAG 4I6MB 3U9DA 2VG6A 4CF0A 4DLEA 1GLEG 4N76A 4GY2B 3AA4A 4FWPA 3VF2A 3I0RA 5C0YA 1ZC6A 2E2OA 1SL2A 2HHXA 1VHXA 3AA5X 3H3OB 2W42A 1SQKA 1RT2A 4NYFA 3AGRA 1S1VA 3LPUA 3FFIA 2RKIA 3QB0A 2HSTA 3GG4A 5AFUA 3RMCA 2XRIA 1C1CA 2AA4A 3ZLJA 5AJ3K 5AFUH 3IDHA 3MXJA 2D4WA 1U49A 3S3NA 1L3UA 4K43A 1KFDA 5EY4A 1VQLN 1WSJA 3PLAA 5KRTA 1ITGA 3QBXA 4NCAA 2VYPA 2OANA 2DFFA 2DTUA 4C8KA 4E1NA 4ZTFA 2GV9A 2A1RA 4KHQA 2HVIA 1HPZA 4CESA 3U3GA 4GNIA 3DM2A 1FK9A 2P1JA 2HNZA 4ISGA 1U04A 3KJVA 3CQXA 3DRPA 4BRFA 4J2DA 3NGYA 1T3VA 3D2EA 4AHSA 2BANA 2RHKA 4CECA 4WQ5C 3QMLA 3J80O 3ZSRA 2ZJPL 4CEEA 2QWQA 4ICLA 4KTWA 5AQXA 1NK0A 4CJ5A 4LFBK 2HF3A 1HNZK 2V51B 5BPLA 2HNDA 3AVBA 4MDBA 3HZ6A 4CZGA 4ELUA 4AHUA 1TUYA 3T69A 1C0GA 3T1HK 4LFAK 4H0YB 1RCHA 2CGJA 3BZCA 3I0SA 3SPYA 1QVFM 3VGLA 1BIZA 1WSGA 3VQBA 2X78A 3CJ1A 3CIPA 4DTJA 5AQMA 4JNEA 4BY9C 4H0TB 4FOIA 4M7XA 2ITMA 3M6GA 4BG9A 1L3VA 3SAHA 4JHDB 1T8EA 3LWMA 4JI7K 2G8VA 1P8ZA 1SV5A 1WSFA 1QHTA 4AH9A 2F8TA 3E1YA 4J2BA 1QQNA 2UUCK 2P9KA 1UWBA 4FJXA 2E2QA 3UB5A 4CHOA 3HK2A 4IFEA 5C2DA 3O4NA 3OBWA 2P9KB 3ULEA 4EHUA 1X9SA 4E7HA 2YV0X 1SZ2A 2R7YA 4DSLA 3G4SN 5M1PA 3PX4A 1BCOA 4GKKK 3MWPA 3QEIA 1IKWA 1HPMA 4JHDA 2KQ2A 4NB4A 4GVMA 1RDDA 1BWFO 2ASPA 2QWMA 4CJEA 1EETA 2EX3A 3OBYA 4CBWA 3VGKA 3CM6A 1G15A 2O4IA 3ID8A 1LV5A 3AVHA 3ZEUB 1EQYA 3MMVA 4EP4A 4KTQA 3S9HA 1VQ7N 4PQUA 2X74A 4YNQA 1TK5A 2YHAA 4B1YB 4HCBA 1V4TA 3O9UA 4AHTA 1IG8A 4W5RA 5AR0A 3SMPA 1JL2A 3CFPA 4BRNA 4LC9B 4WQ4A 3GL1A 4H8KA 4E1MA 1ZBFA 3V9SA 3IKMA 1D4XA 4IOCL 3AY9A 4CK3A 1JLEA 4FJGA 3SQ2A 1FKOA 4YOVA 4CJWA 4FWOA 1L3TA 4Z4IA 1BHLA 5J2NA 3G6EN 3NF7A 1Y64A 2G8WA 4DTMA 3FZMA 4LY7A 4RW7A 4B9NA 1GLFO 3CF5L 4JK7A 2BE2A 3SJHA 3DLKA 4CGHA 5DMRA 1U4BA 3C7NA 2FF3B 1HX1A 4FVUA 4E0DA 2BDPA 1MU2A 3HPOA 4JKGA 3EYZA 4KHSA 3WXLA 4CI6A 3NF6A 4CIFA 4CZLA 1ASUA 1YVUA 1UOCA 2ZE2A 4CZEA 4DR4K 1JKHA 1K9MO 3OYGA 3BF1A 1RDAA 3VQ8A 1VSLA 2P5GA 1HKCA 4GV6A 5M1NA 3QNNA 3THVA 4FLZA 1YJNN 4WQ5A 3QEVA 5GAHP 3QEPA 1DGKN 3WNHA 3CHWA 3E9PA 3OYMA 4OJRA 1H1VA 1HRHA 2NRZA 1R59O 2VWBA 4MLEA 1NJWA 4BDPA 2ETJA 1BG3A 1X3MA 3HOSA 4BQZA 5KPZA 1ASWA 4BRIA 3AO4A 4HUFA 3R8EA 4BC3A 5KPRA 4FLVA 3V9XA 2FBVA 1RTJA 2G8FA 2ASOA 4CK1A 1TUUA 1MWMA 2P9SA 5KGWA 4CZKA 3IG1A 1OH5A 1KFSA 3MX2A 2XY7A 4DKWA 1C0TA 3WUHA 1SKRA 1RDCA 4DFKA 1IG9A 4K0KK 3WXMB 4FK4A 5JS1A 4ID1A 5AQIA 3P39A 3RSEB 3FR0A 5J2MA 4N5SA 4BRDA 4AQYK 1S72N 5AQZA 3D6RA 3LANA 1E4GT 4BDZA 1VQKN 2IIRA 3K58A 2KFZA 3G0ZA 5LMUK 1JLCA 4DFJA 3M8QA 3I33A 4BE2A 2Q0RA 4LFCK 4F3TA 3CG7A 3GOIA 3QETA 5E84A 4WFNL 3SYZA 4OPJA 4BRLA 3M8PA 2RE2A 4DU3A 1KD1O 1T6DA 2QXFA 1WAJA 3AAQA 4JI6K 1NOYA 2XHBA 2VGMA 3VQ5A 4OKJA 1BGXT 3MAQA 4BACA 3D7EO 4BR0A 4CF8A 2Z1JA 3VQ7A 3MECA 3CPWM 1CZ9A 2NRHA 4CBXA 3VEYA 3F9MA 2CH6A 4LF8K 4E7LA 4E3SA 1Y97A 1N34K 1BIUA 3LZJA 2PYJA 1UA0A 3V9WA 1VSEA 3GBTA 1HMVA 4JS4A 3U8XA 3TR8A 3IUCA 3CFRA 3CC2N 4BRHA 3K59A 4Y1DA 1MA9B 3O80A 3VA0A 5AQUA 3L2VA 5F2RA 3OS1A 4JLHA 4JKEA 4KV8A 4B3SK 4NO7A 1KAXA 3TAQA 1T05A 1B9DA 5M1KA 2B4JA 3FLCO 2JWLA 4OLBA 5HRPA 4FSVA 1M90O 1J5EK 1XMOK 1X9WA 3P4IA 1EWQA 3WXKA 1GLBG 3LM9A 3J7YP 2UU9K 1XNQK 3OJUA 3VEVA 1LW2A 1C1AA 4B9VA 5TKWA 4OKKA 3KLEA 4DQQA 3L2UA 4GKJK 1TKTA 4XIUA 4IEEA 3O9TA 4JD2B 1K8KB 1ASVA 4O8UA 2DFEA 3J81O 4JKHA 2O8EB 3TABA 1J53A 3OA9A 3K9KA 2YNHA 4BE1A 3EZWA 3QEXA 1R0AA 4CE9A 3DLRA 4FJMA 3H6EA 1X9JA 5CYQA 3CC7N 2Q0UA 3C95A 1D9FA 5FPMA 4N56A 4H5WA 1QHAA 4CJPA 3D0PA 1S1TA 4H4MA 2HHHK 4MQ3A 5AQVA 4IFVA 1IBMK 3C6UA 4B1WB 1JJ2M 4BRAA 1KAZA 5HOOA 1QE1A 3MEGA 3FE1A 1MDUB 2IOCA 3AVKA 1WUAA 1E4FT 3DRRA 3SUQA 3UKUA 2YCHA 1JCEA 2RF2A 2DFHA 4OO1J 3HSTB 4DV1K 3LALA 2HHUA 1V4SA 1CXQA 1TGOA 3B8AX 5HP1A 3MN5A 4A59A 3L0QA 3TPQA 1BCMA 4W5TA 3NAEA 3CFOA 1BISA 3D2FA 2QA4N 4DQIA 4DHYA 2QTDA 2KZZA 3C0BA 3HPHA 2HBMA 4AHRA 1XQSC 4O44A 2O8DB 4EZ9A 4DMNA 1NLVA 4JI4K 4LF6K 3TSQA 4AF1A 1NJZA 1JCFA 1FKPA 3NCIA 1SUQA 2P5OA 3HVTA 3LP0A 5AQKA 1VSDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC7 N;  5GAE P;  1K8A O;  2QEX N;  1YJ9 N;  5GAG P;  3CCQ N;  5GAD P;  3CCM N;  1OVY A;  4WFB L;  3CPW M;  1JJ2 M;  1VQ6 N;  3CXC M;  1KC8 O;  1VQO N;  3CC4 N;  2ZJQ L;  1QVG M;  3CCR N;  1K9M O;  1ILY A;  1M1K O;  1VQP N;  3CCL N;  4WCE L;  4U67 L;  1KQS M;  3CC2 N;  1YJN N;  5GAH P;  4UY8 O;  3CD6 N;  3G71 N;  1K73 O;  5JVH L;  3G4S N;  1VQ4 N;  2QA4 N;  1Q86 O;  3PIO L;  3CCS N;  1VQL N;  1VQ8 N;  1Q7Y O;  1YHQ N;  4IO9 L;  3CCU N;  1M90 O;  3CME N;  1YJW N;  5DM7 L;  5H1S Q;  5DM6 L;  1VQ7 N;  4WF9 L;  4WFA L;  5MLC Q;  1VQM N;  4IOA L;  1VQ9 N;  3I56 N;  3CCE N;  1Q81 O;  3I55 N;  5JVG L;  1YIT N;  3PIP L;  1S72 N;  2ZJP L;  3CCV N;  1N8R O;  1VQK N;  3DLL L;  4IOC L;  2OTL N;  1YI2 N;  3OW2 M;  3CMA N;  1NJI O;  3CCJ N;  2ZJR L;  1VQN N;  5HL7 L;  1VQ5 N;  1W2B M;  3G6E N;  4WFN L;  3J7Z O;  2OTJ N;  1KD1 O;  3CF5 L;  1QVF M;  1YIJ N;  1Q82 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGG A;  3O9Q A;  4KO0 A;  2RN2 A;  5AQR A;  4DV5 K;  4XH4 A;  3LDO A;  4CJL A;  4KRE A;  3V1O A;  3ITH A;  3H46 O;  3U4L A;  3AAP A;  4DQS A;  3EKS A;  3SPZ A;  4A62 A;  4CJS A;  2PY5 A;  1BQN A;  4DB3 A;  1ESV A;  4CJF A;  3TTC A;  1NK5 A;  1N33 K;  2P9S B;  1MWK A;  1QQO A;  3QIO A;  2RPI A;  3KD1 E;  3CER A;  5AQT A;  2PZS A;  2XY5 A;  3CQ8 A;  3QDK A;  4CGF A;  5HRS A;  4DR1 K;  3LZI A;  4DUZ K;  3VPZ A;  4FWS A;  1NMD A;  3VOV A;  1QSY A;  3RMB A;  3O1W A;  5JIC A;  3DWL A;  1CXU A;  1HKG A;  3OYC A;  4FW2 A;  4J8F A;  4DS5 A;  1RBS A;  2LSN A;  3WXI A;  3OYA A;  4NXM K;  4DR5 K;  2UXC K;  4HTL A;  4Z0U A;  5EX5 A;  3SBT A;  2YJF A;  3PUF A;  3BZK A;  3QO9 A;  5AQJ A;  4C8N A;  2ZD1 A;  3SUO A;  1TYQ A;  1RBR A;  1VQ9 N;  1RNH A;  4B3R K;  3I56 N;  4DF4 A;  2WFB A;  1IBL K;  1QSL A;  3FZF A;  1NK9 A;  4RG8 A;  4CEZ A;  2QW9 A;  1BA0 A;  1W0H A;  2HB5 A;  2OPQ A;  3ZET A;  1EP4 A;  2YX6 A;  1N6Q A;  3CI5 A;  4FWQ A;  4JK8 A;  1T6C A;  1J54 A;  4FJK A;  5LJV A;  2ZJR L;  1K6Y A;  4M7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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