5GAGP

Rnc in complex with srp-sr in the closed state
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gagP00
2ZJQL 3OW2M 1Q81O 4WFNL 1K8AO 3CMEN 3I56N 2ZJPL 1N8RO 3CC7N 2ZJRL 3I55N 5JVGL 3G4SN 5H1SQ 3CCMN 1VQNN 3CMAN 4IO9L 2OTJN 1Q82O 1Q7YO 3CPWM 1NJIO 4WF9L 3CCVN 3CCEN 1VQ4N 3DLLL 1Q86O 2OTLN 1VQ7N 1VQPN 1YITN 5HL7L 1VQ5N 1YIJN 3PIOL 1VQLN 1VQ9N 3G6EN 1W2BM 5GAGP 5DM6L 3PIPL 1K73O 1QVGM 5MLCQ 3CF5L 3J7ZO 4WCEL 1JJ2M 1KQSM 5GADP 4WFBL 2QA4N 3CCRN 1VQ8N 1YJWN 2QEXN 1KC8O 3CD6N 1KD1O 5JVHL 1M90O 3CCSN 4U67L 3CCJN 1YI2N 5DM7L 4UY8O 1YHQN 4IOAL 3CC4N 1OVYA 1YJ9N 1VQKN 3CC2N 1S72N 1QVFM 1VQMN 4WFAL 1M1KO 1VQON 4IOCL 1K9MO 5GAEP 1YJNN 1ILYA 3CCUN 3CCQN 3CCLN 3G71N 5GAHP 3CXCM 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QOZB 4BE1A 4B9LA 3ULEA 2YHWA 3P5JA 3V1OA 2RN2A 4LF9K 2KHOA 2G8IA 1WSGA 2FSKA 2NRRA 4GV6A 2V52B 1QTMA 4OJRA 5LJWA 3O3FA 3G10A 5AQWA 3IDHA 2QXFA 3O1BA 4JKEA 3AVLA 4LC9B 3NBPA 3C6AA 4AM6A 3GE1A 1JXBA 2E88A 5BRFA 3A5LC 3VGMA 5I42A 1LV5A 3N4PA 3GBTA 1T6DA 4I2QA 4H0VB 4IJNA 3ZSVA 5I3UA 3V9UA 3SV4A 4M3ZA 1G99A 1XHZA 4NCBA 3VGKA 2P9NA 2FF6A 3LANA 4OPJA 2BANA 4F2RA 1SQKA 4N76A 2GELA 4B3OA 5KGXA 4CEFA 3RRHA 4F2SA 4B9VA 4IKFA 3K5NA 3WXMB 2HNZA 4CZIA 1RTJA 3SV3A 3V9ZA 1O13A 4M3XA 5MLCQ 1JLAA 2RE2A 1NOYA 4WCEL 4CI6A 2QW9A 4BR5A 5D3GA 2HVIA 3V81A 3M8PA 1JL1A 3TI0A 4W5QA 4M3TA 3F9MA 1JLFA 4W5RA 4CZEA 4YDUA 3H08A 3U9ZA 3C7NA 3VERA 4JKFA 4PKHA 1NJYA 1HQEA 3HXMA 2NNWA 4PL8A 4X65K 4H03B 1VQON 1L3UA 1RT4A 2GX9A 4CJ4A 1WSFA 3TARA 3C94A 4CGJA 3H3NO 1D4XA 1KVBA 2P5OA 1NK5A 2BGGA 5HROA 3AVJA 1C1BA 3PO5A 3AA4A 4AF1A 3J7AP 3SI6A 1OH8A 4BVPA 1DTQA 4WFNL 4DUZK 5AQZA 4EIAA 2O4IA 4R5PA 3PX4A 2LSNA 5HRSA 3MWTA 3EE8A 1N8RO 1TVRA 4XIUA 1VK0A 4HCBA 4CEOA 1WBBA 5H1SQ 2NUBA 2V7ZA 3AVKA 4KKOA 2O4GA 3L6QA 3KZBA 4BG9A 2QWRA 1MA9B 4KHNA 3TAGA 4WYBA 3T19A 4WE1A 3CCEN 2P9SB 2RHKA 3VOVA 5C12A 4CJ7A 3TAFA 4DQRA 1VQ7N 3RWUA 4LF5K 5C42A 4M45A 5DK5A 3S3MA 5C15A 1U4BA 3LDPA 2YNGA 4CGGA 4DSKA 2E2QA 4CIGA 1NGHA 5HRPA 3QNOA 2O8CB 4F4KA 3OY9A 3HP9A 3LP0A 4DFKA 5EOYA 4FJ9A 3MEEA 4CD1A 1CZBA 3W0LA 4ISEA 1GLLO 4JKHA 5AFUH 4IG3A 1LAWA 5CHIA 1XI1A 3ENHA 2PBDA 3FZLA 4BR4A 5LY3A 1I3AA 4BRAA 2Z1GA 5DM7L 1N6QA 4GKKK 3ZT2A 4DTNA 4YOYA 3TWHA 1HNWK 4DTOA 1YF5L 2WBNA 3ZX0A 4CJPA 3CFPA 2D0AA 3DRSA 1XMQK 3D2FA 3AO3A 4IZ9A 3JXUA 4FLZA 2W6LA 1IO2A 4LD0A 4M3WA 1HJOA 3CG7A 3OYEA 4CJSA 3ZT4A 5AQLA 3CCQN 5A2QO 3TANA 3ZETB 5GAHP 3J7YP 3K0SA 3SMSA 3RR7A 4B9UA 3K57A 3S9HA 3KHYA 2ZM6K 4ID5A 4FYDA 1S1VA 2O8FA 4DU4A 4LY7A 1RT1A 3R8EA 4M3RA 4BR0A 1U47A 2CH6A 3I55N 1NK9A 1FK9A 2E5LK 3QEVA 1EWRA 1FKPA 2HNYA 4CZMA 2X74A 4X66K 4BR9A 2ZWHA 1U2VB 2OTJN 3R6MA 4RG8A 4ISGA 5AQTA 2KZZA 4DB3A 1QHAA 1GLEG 3QNNA 1Q9YA 1WBDA 4OGCA 5AQFA 1IKWA 4CJRA 4DKWA 1ATSA 4Q5VA 2OYQA 2O8CA 1NOZA 4BRQA 2W6KA 3L0QA 4R79A 4BROA 4FJHA 3D6RA 5FROA 3ZX2A 4FWSA 4E1MA 1X3NA 4FJIA 2W42A 5KPZA 3S3OA 1QZ5A 3PIOL 4FWKA 4CJEA 1S1WA 3S41A 4JI3K 1U04A 3NHGA 4LFBK 1W97L 2E1YA 4AHRA 1C0MA 3O4NA 5HLFA 3QBWA 3THWB 4B8CA 4JHDA 1IKVA 1ZXOA 3HYFA 4FZXC 3KLHA 3L4QA 5M1NA 4HCCA 1S1TA 4CZLA 4CK3A 1IV0A 3CCJN 4FVMA 4FJKA 4AHUA 4AILC 5C2DA 3ZETA 1BDGA 4IO8A 5JLFA 1T6CA 4I9LA 3A5OC 3WNGA 3ZT0A 1WLJA 1B92A 3DYAA 3P38A 1O1WA 3KWGA 5EVZA 3OJSA 1D9DA 3DLBA 5CYQA 4H4OA 5C24A 1IKXA 1KVAA 4M3UA 1HYZA 3HSCA 3A5NC 1J53A 2GTDA 2QXLA 3VA3A 3K5MA 2ZJQL 2KTQA 3OW2M 2OANA 3L2UA 1K8AO 1SV5A 3QO9A 3EZ5A 3A2FA 1U6ZA 1QHTA 2ZJRL 3U3GA 2I5JA 1QSSA 4BE0A 4PA1A 4HVJA 2HHTA 3H1QA 1N5YA 2ZGYA 4RTFD 4CF2A 4LF6K 4I6MA 2Q2RA 3E01A 4EAHD 3OTOK 1BOTO 3H46O 2FF3B 3OYKA 2J4RA 3OJUA 4DV2K 3TR8A 4JYAK 2YV0X 1MU2A 4IDKA 2A1SA 1VSHA 3P1GA 2KQ2A 3AO5A 3DMJA 4AHCA 3L4IA 3LPUA 1TAUA 2O8EA 3SUPA 1TKXA 2PYLA 1W0HA 2GBZA 2Q0RA 3NF9A 3THWA 1N36K 3AARA 5GINA 1NMDA 3AVFA 3FZHA 2X6SA 1NJXA 4DQQA 3PSFA 3CM5A 2UUAK 5LMNK 4BRPA 1ATNA 1BO5O 4EHTA 2I7PA 3SLCA 3ZX3A 4AHSA 3SAHA 3NCIA 3MXJA 3V6DA 3M3ZA 3LWLA 3VTHA 1MWKA 1ZBHA 5GADP 1HR0K 3U3YA 2G8VA 2CGKA 4CHZA 4DSJA 5KPRA 5FDLA 4Y1CA 4YDUC 4JN4A 1MDUB 1JLBA 4I9QA 4KHUA 3VN5A 4FPAA 1B9FA 2WC9A 4DR4K 1KLMA 1BUPA 4BG8A 5BPMA 3DWLA 1BA0A 4JK8A 4IFVA 1D9FA 3H6EA 1QQCA 4DV7K 1RT6A 4YOTA 4CF0A 2X78A 1C6VA 3WXKA 4BWMA 3BZCA 3L2WA 1DTTA 1LCUA 1V4TA 2NZTA 1ESVA 2D5RA 1S6QA 1BQMA 3CQXA 4DQIA 4YOWA 4B1UB 3OBYA 5F0XA 3A0IX 4U7BA 4KTQA 1TYQA 3PV8A 2VG7A 4FWMA 3ID8A 3GOIA 4EHUA 2HMPA 5KQDA 4DQPA 3EE9A 5AJ3K 2VWJA 5GIPA 5AQNA 4FM1A 4J8FA 5GIOA 4Z4IA 3AY9A 4EP5A 1SUQA 2ZGZA 3NF6A 2FBXA 4K41A 3LDNA 3UKRB 3T3FA 2HB5A 1NJZA 1HMVA 4OO1J 4E7KA 5C10A 1QE1A 4PKIA 3V9XA 2B5JA 3SYZA 3WQTA 4FCYA 3RSEB 4CF9A 3SZ2A 1DGKN 2UYTA 5AR0A 1T7PA 3WNEA 3HOTA 4B8AB 1B9DA 3VQPA 5J2MA 5M1PA 3NE6A 4H0OA 3AA2A 3VQBA 3BGRA 3EYZA 1TK5A 3PSIA 1QSLA 3H3OB 3RR8A 2F4VK 3QICA 3HRGA 3TU5A 1TL1A 2JWLA 4ELUA 1DT9A 1OH5A 4B9MA 3SBTA 4HUGA 2ASPA 2E20A 4CECA 5E26A 3UIQA 4A5AA 5B8HA 5HRNA 3SNNA 1ZC6A 3C65A 4CEZA 5AQVA 3VEYA 3FZKA 1RTHA 1YJ9N 4FL9A 1QVFM 4JI1K 1S3XA 2A1RA 1N33K 5AQQA 1WN7A 5BRDA 1X9MA 2YX6A 4E7IA 1NKCA 4OKKA 4KTZA 3T69A 1NK0A 3SUOA 2FLOA 3J80O 1GLBG 4DG1A 3L2RA 4BDYA 3OYJA 4BE2A 4F3TA 4DV6K 4DQSA 2Q36A 4KAZA 1KXPA 4FPBA 3O9RA 3CQYA 4FLWA 3R9PA 4CJWA 1QQOA 4MLEA 4IJAA 3G4SN 2E6MA 3QEWA 3WXIA 3I0RA 1BCMA 4DSEA 1U48A 3LDOA 3CMAN 3SMPA 1S9GA 3LAMA 4GY2B 2O8DB 4DCHA 2YCHA 4H5VA 3SUNA 1X3MA 3O9SA 3OYDA 3CPWM 3QFPA 4YFUA 2E6LA 3BP8A 3RSEA 3UE5A 4DR7K 3AVHA 1VSLA 4ISFA 1NMNA 1BWFO 4DF8A 3AGKA 5IT9O 1VSMA 4FJ8A 3QEPA 1UA0A 4C8LA 3E66A 1HYVA 4DR5K 1VSJA 4IG0A 1HX1A 3CJBA 3NF7A 4ZHRA 5T7BA 2NRZA 3VQDA 2Q31A 1JXEA 4DSLA 4FJ5A 2AP1A 4Y1DA 4H5RA 4M7XA 4CFAA 4WQ5C 2NLXA 5KTQA 4LH5A 1QVGM 3UKUB 3LP1A 3J7ZO 3MECA 2KFNA 1JJ2M 1BHLA 3MN7A 5KRSA 4JEPA 3E1YA 2EHGA 1X9JA 1N32K 2DFFA 4NO7A 4DR3K 1VSDA 3M5RA 4CEBA 4FJJA 2FSNA 4MQ3A 4LFCK 3AA3A 2B6AA 3T1AA 4CZHA 1YI2N 1NKBA 4CCHA 3SJHA 2BDPA 4IFEA 3BZKA 3HM9A 2GUPA 4JS4A 5FRNA 1LW0A 1UOCA 3VEOA 4WFAL 4Z4GA 1M1KO 3B6OA 3IS9A 4K43A 4AM7A 3VEVA 5AQUA 4CHQA 5SWMA 2A6AA 2HBJA 3T1HK 3C0BA 2P5GA 1U49A 3CCLN 3D45A 4DU3A 4E19A 2PY5A 3DXMA 2CH5A 4N56A 1NU0A 4B1VA 5HOOA 4GV9A 2P9LB 2Z1IA 4M42A 2HHVA 3THVA 4CJLA 4KTWA 1BI4B 1TV6A 5CE3A 4KI4A 3OVNA 5JS2A 3SQ0A 1KSPA 4QS8A 2BE2A 2V51B 5CZ1A 1BQNA 4CJTA 4IOXA 5EX5A 4CK2A 3IRXA 3VQ4A 4LH4A 3R3LA 4DMNA 3ATUA 3CHWA 3NGZA 2HHSA 3P83D 1NG9A 4AH9A 1HPMA 2F8TA 1YUWA 4KRFA 1RDDA 1J6ZA 4CHPA 3CPEA 4K25A 3CFOA 2XY5A 4DR6K 3AV9A 1VQPN 3EZWA 4DTMA 4GKJK 4YORA 1P8ZA 3OYHA 1D8YA 4B3RK 1L3TA 1NNEA 1RILA 4CZJA 3HPHA 3ZEUB 1ASVA 1SS6A 1J5OA 1YTUA 5CR4A 5AQXA 2GWJA 5DM6L 1GOAA 5BRHA 2YHBA 4QAGA 1GOBA 3FZMA 4CGDA 3DI6A 4E1NA 4BDZA 1GLFO 3ZSRA 3L8BA 1E4GT 4Z4CA 4RWTA 5K14A 3VQ8A 3V9WA 4FJNA 2QWPA 3AVCA 1NK8A 1OKJA 1NLVA 5E41A 2OZMA 1YT3A 2HBMA 4CZKA 1T05A 1QQMA 3MCPA 3ZYYX 5HRRA 4RW8A 1YHQN 4B9NA 4FJXA 5ADXA 4NYNA 1TUYA 3HBTA 3SBGA 4IOAL 4DV1K 5ELZA 4DTPA 4O0IA 3WEEB 4DLEA 2F96A 4HHTA 1L3VA 4IEIA 5IWAK 3O3GA 4CGHA 1BIUA 3AVBA 1KFSA 3DLRA 3VF6A 4BRFA 1YJNN 5KI6A 2YHYA 1NGGA 3OS0A 4BDPA 2VGMA 1NK6A 4M63C 2NRTA 4MO5A 5M1QA 2ETJA 1V4SA 3NVMA 3ATVA 4ZTFA 3VQ7A 1K8KB 1J9AA 4L3QA 4C8OA 2AA4A 3IG1A 2PFUA 4W5NA 1BA1A 3ZCMA 4TSXA 4FLUA 3O3HA 1Z6RA 2ATQA 4CJKA 1SL0A 4B1ZA 1N34K 3M8SA 4H0PA 3GL1A 3D7EO 4E89A 4MO4A 3PO4A 3QLHA 3CCVN 3U9DA 3DLKA 2RKIA 3OS1A 4YOXA 2HHXA 3C6HA 3OHRA 1SKRA 4F9OA 1GLJO 4KHPK 4NXMK 3J81O 1NGAA 4BGAA 4ID1A 2P9SA 3GDQA 1XQSC 4CHNA 4H5WA 3HZ6A 1DEJA 3A8YA 5BPLA 4J2EA 2RF2A 3KLEA 3MN6A 5BPNA 4IXCA 3THXB 1T8EA 3TAMA 3PIPL 1CXUA 3FZFA 3VETA 2A42A 4DUYK 1WUAA 4QS9A 3VENA 3K58A 1LWEA 4RW4A 4WFBL 1IBKK 4NXNK 3C6TA 3V4IA 5J2NA 1VQ8N 4JKCA 1LWCA 2CGJA 1SKWA 4E7LA 2G8HA 1UA1A 4U67L 4CJVA 4FLXA 4MDAA 3KK2A 5AZIB 2IVOA 5E84A 5J1EA 3CIPA 1IJJA 2RPIA 2OCEA 1RT3A 2IVNA 3V1RA 1X9WA 2VQEK 3BDPA 4GW6A 2D0PA 4X62K 1K8KA 1ATRA 2VG6A 3FR0A 1RDCA 4JRPA 1VQ6N 3TAEA 3HTVA 3ALYA 1F21A 1KAZA 1BCOA 4CEEA 4FK0A 2D4WA 3AO1A 3CERA 4CHOA 2P9IB 1IBLK 3BF3A 1X1PA 1LW2A 4O5FA 4DV5K 4IDHA 2GEMA 4J2BA 1YXQA 1KRPA 2A40A 2PAVA 3L2QA 3JYTA 1P90A 4BC4A 1Q18A 4F3OA 4DFPA 3QESA 1RNHA 3K5OA 3F73A 4O5BA 2QKBA 2G8FA 2UXDK 4H0TB 5HBMA 2B4JA 4DTJA 2YNIA 4KB0A 3JSMA 3M8QA 4O44A 1U2VA 3AAQA 2HF3A 3THXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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