3SBTA

Crystal structure of a aar2-prp8 complex
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
AMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Mechanism for Aar2p function as a U5 snRNP assembly factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Splicing
total genus 84
structure length 253
sequence length 253
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3sbtA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sbtA01
4JKGB 4ILJA 4JK7A 3E66A 4JK9A 4JKFA 3E9PA 4JKAA 4JKEA 4JKBA 3E9LA 3SBTA 3ENBA 4JKHA 4ILGB 4JK8A 4JKGA 3E9OA 4JKDA 4JKCA 4ILHA 3SBGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWGA 3F9KA 2P9LB 4H5WA 1DEJA 1L3TA 4PL8A 4BC5A 3SPYA 3D6RA 1VQ4N 1RT7A 4EAHD 2EX3A 4FLUA 4P7IA 1GLLO 1C1CA 2IVNA 5JLHA 4IJAA 4O4GA 4WFAL 4M3UA 1EXQA 4I6MB 4WYBA 1RTIA 4B8CA 4DR3K 5AZJB 1GOBA 3HPHA 4FJ9A 3THWA 5M1QA 5HROA 2PFUA 1YT3A 4O55A 1RT4A 1JXBA 3RMBA 3QFUA 3PX0A 2PY5A 3LPTA 4F9OA 4W5TA 2P9NA 3T7ZA 3JSMA 3C7NA 3OJSA 3A8YA 2BDPA 2OZMA 4B3TK 1HNVA 4CGIA 2HHWA 1XWLA 4PKHA 1FK9A 2BUPA 3LDOA 3M5RA 2HVIA 4A57A 2QM1A 1IKYA 2G8FA 1YHQN 5BREA 3E66A 4IWVA 3JS6A 3L2WA 3SMPA 4B3MK 5GADP 1K8AO 1RCHA 1RT1A 3M6GA 4C8KA 3RWUA 2I5JA 2JGUA 2UXDK 3ATVA 5AFUH 1NK7A 4CJ3A 2P9LA 3D2FA 2V51B 3VA3A 4ELUA 5GAEP 3VMFB 3GE1A 5HL7L 5LMNK 5B8HA 1LWFA 4HDOA 1NJWA 1NM1A 4NXNK 3H3OB 2E1YA 4I6MA 5BRHA 3AO1A 1N5YA 4CGHA 1HNIA 2A41A 4FPBA 5AZJA 1ESVA 1NGEA 1S1VA 1SZ2A 4KPYA 1NK5A 3ZEUB 3MMVA 5SZTA 1XHXA 3FZKA 1Y97A 1SL2A 1TYQA 4C8NA 3RMDA 3KLEA 4O0JA 4CGDA 4O44A 3PZDA 3HVRA 3I33A 4E7HA 3V9SA 2WC9A 3WXIA 1HPZA 1YI2N 4CFAA 1D9DA 3WUHA 3NH2A 3TANA 1HBKA 1B9FA 2HMIA 3DXMB 1IG8A 2DFFA 2WFBA 2NRHA 3ITHA 4IZ9A 4JKFA 1C0FA 1YTAA 2HHUA 4O5BA 2HHVA 3A5LC 4LSNA 4CEBA 2KZZA 4BRIA 3H45C 4IOXA 2D0PA 3ZX0A 3EKUA 3VGMA 4LF7K 3C0BA 1OH8A 3ENHA 2X78A 3SQ2A 2QWPA 1BI4B 3CCQN 3LDQA 3OBWA 4BDYA 2KFNA 4OKJA 4H03B 4OGEA 3BF3A 4JN4A 5AQIA 1U2VB 1CZBA 1CZAN 4CF9A 4CGFA 5ADXA 3D45A 1BCOA 2J0JA 4RTFD 4I7FA 3DRRA 3ZSXA 1U47A 1TVRA 3VEVA 4DU1A 3ZEUA 2YX6A 3BUZB 5T7BA 4DR2K 1YITN 3WNFA 1NGCA 1EWQA 1VQLN 1ILYA 1SKRA 4LH5A 4WQ4C 3QNNA 3AO5A 1DT9A 4KHPK 2Q2RA 3CJ1A 1NJXA 4LF4K 5BRFA 4KH4A 3ASMA 3V9UA 4HWIA 4J2BA 3SQ4A 1HLUA 4FM1A 4NCGA 1KXPA 2WTUA 1R59O 3K2PA 3CC4N 3ZT1A 4E7JA 4H0YB 5K14A 3I55N 2P9SB 1LV5A 4G1QA 2IS3A 4M42A 4B3RK 3C95A 2QI2A 3SMSA 2HRJA 1BWFO 4CE9A 4BRNA 1TUUA 3SUQA 3V4IA 3O1BA 4CEDA 3CPEA 2IVPA 4OVLA 1BI4A 3VGKA 4HVJA 3ZSZA 3CC2N 1TKXA 4JK8A 3FZHA 3HYFA 1WN7A 3W3DA 4AHRA 3O3FA 1U2VA 4H5VA 3KTQA 3CI5A 3KD5E 3P38A 1BQMA 4AM6A 3U6FA 3U4LA 4L3QA 1EETA 4DFJA 1HQEA 1ST7A 3WA0A 4GV6A 1LOTB 2VGMA 3LAKA 4KB1A 1MIZB 1K8KA 2QWNA 1J6ZA 1RBRA 3CXCM 5JVLA 2OTLN 2W42A 1YJNN 3VEXA 2IC3A 3KLGA 4HDQA 5CYMA 4LF8K 4JKCA 3M1FA 1MWKA 3OYNA 5C2FA 3W0LA 2A6AA 1CXUA 1H1VA 3WQTA 4F8RA 1KFDA 4JK9A 3PIPL 2IDOA 3DMJA 4N47A 2P9SA 4OJRA 1JLCA 1ZBIA 4HHTA 5IWAK 4ID5A 3O9SA 4ZRIA 2O8DB 4RW7A 4NCAA 3EE9A 4IOCL 4DSIA 4AHSA 5F2RA 2ZM6K 1WUAA 2IAJA 4FJKA 2BE2A 3RR8A 5KQ8A 2P9UA 4FJIA 1S6QA 2G8IA 3LP1A 3K0SA 4FPAA 3CM5A 4B08A 3M8RA 3OYFA 4H5TA 1RDDA 4DQ8A 1HNZK 4HUEA 5FRMA 1NKCA 4EHUA 1EQYA 5JS1A 4CEFA 4CEZA 3RMAA 4FJJA 4AF1A 4LF9K 3GDQA 3UKRA 1NG9A 1SUQA 2FSJA 3RMCA 1VHXA 1W9HA 2YHWA 4RW6A 4H8KA 4W5QA 4O8KA 3NVKA 1U49A 3O6WA 2D0CA 3MDQA 3P1GA 4PWDA 2XY7A 3AA4A 1IBMK 4DTSA 5DK5A 4FJXA 4ZHRA 4I2QA 3A5NC 4DXAB 4NCBA 3QB0A 5LJWA 4CJTA 2E1ZA 4CJWA 3VQ5A 3ZX3A 1NI2A 2XY5A 1IBKK 1C0MA 3SQ0A 2WH5A 1X9WA 1J5EK 2ZF5O 2YVCA 4A2BA 3V1QA 3O08A 3A0IX 5EY4A 3SBGA 5F1XA 1GLBG 3OYBA 3DAWA 1YUWA 4KH5A 3BZCA 2XHBA 2NRZA 2QWOA 4PL7A 1J19A 4J8FA 5AQMA 2O8DA 3VETA 2FBYA 4E89A 4IO9L 1DGKN 3DLLL 4JI3K 3HL8A 3HO1A 3HBTA 4N5SA 3UKUB 1YIJN 1GGOA 3QIOA 1BU6O 1KAXA 4PQUA 1DTTA 1YF5L 3HXMA 1C1BA 4I9LA 4CEEA 1WSGA 3EN9A 3H08A 4IFYA 3K9JA 1BL3A 2OCEA 3A2FA 4CK3A 1FW6A 1UAXA 3L2VA 4W5NA 1YVNA 4K8XA 5JICA 1EX4A 1NGJA 4E7KA 5AQNA 3VQ4A 2Q36A 4V19S 1GLFO 2GWJA 3R3LA 1YJ9N 3G0ZA 4JKDA 3G10A 3VQAA 3PSIA 5M1KA 1IG9A 4RW4A 4FLZA 4JNEA 3CCLN 3K5NA 2HVHA 1ASWA 4ISGA 3CC7N 1J9AA 4JKEA 2ABDA 2CGLA 4DTMA 4N56A 4JI5K 3T1YK 4BRKA 3ZYYX 2E88A 3KJVA 3T19A 1VQ7N 3KVGA 1HYZA 3VQ6A 3D2EB 3J8AA 1RTHA 4BRLA 2F8SA 1RT6A 3AA3A 1HMVA 3QEVA 4JLHA 4CJ7A 1VSJA 3ENOA 4BR9A 1IO2A 5AQSA 3AO2A 4H0OA 3CFRA 4ICLA 4PY5A 1SKSA 1HKGA 5AQWA 1HNWK 1WSHA 4RCHA 1S1UA 4X66K 1MIXA 3PSFA 4JI4K 4DSFA 3CYMA 4E3SA 4XEIA 3O5BA 3KLIA 2D4WA 4MDAA 3RSEB 3LZIA 1VSEA 4BRPA 1RTDA 3QERA 4KHYA 3TU5A 4IDKA 3KHYA 3DRPA 2YNFA 4GVMA 2GUIA 4FJ5A 1S22A 3IVFA 4K8ZA 1LCUA 1X3MA 2KW4A 4DTXA 3WNHA 5JVGL 4FWSA 1EKEA 3O9TA 3K58A 4O8UA 3SQ1A 1EP4A 3K5OA 1KLNA 2PYLA 3PVLA 5KPZA 3ENBA 5AQLA 5ADXH 1QQNA 1BA1A 3OYKA 3DLKA 4K43A 4Y1CA 3OA9A 4Z4EA 3THXA 3SZ2A 4CFDA 4FZYA 4M63C 1NK8A 4OPJA 2YJFA 2IGIA 3AV9A 4BR5A 1VSLA 4UY8O 5AQFA 5AQZA 4YOYA 2E6MA 2COPA 1MK7B 1TV6A 3IS9A 3IUCA 4CJKA 2AP1A 4TSXA 3QEXA 3D2EA 3NCIA 4RG8A 2NLXA 1RILA 3QEIA 5IJMA 3KLFA 1NK9A 5GAGP 3NGZA 1T03A 1XNRK 4AHTA 4MFBA 2Y1JA 1HPMA 4FWNA 4FL9A 3RVCA 4JI6K 3U7DA 4CESA 3MXMA 1JLAA 2KHOA 3DWLA 2HHXA 3VF6A 3WXKA 3NF7A 1HB6A 4JKBA 3THWB 2YV0X 3G4SN 4KHNA 5AQYA 1WOQA 1XUPO 4K42A 1TK5A 4IJNA 1NKEA 3CMEN 1QSSA 2P9NB 3C7NB 2ITMA 4QS7A 3AAQA 4LF6K 3IFRA 3CJ9A 4DSJA 4BDPA 3HM8A 3VQQA 3JAMO 3BF1A 3VQDA 4FM0A 3M8QA 3CJCA 3LZJA 3H3NO 3AVCA 3CFOA 4B1XB 4KI6A 4WQ4A 4BR7A 3JYTA 4C23A 5DM6L 1TL1A 2G8UA 3I56N 4NLCA 2X6SA 4KKOA 4CI6A 3E01A 3EE8A 4CBUA 4DTPA 4BWJA 4YOVA 3A5OC 3CQYA 1K9MO 1RDBA 3LDLA 3O80A 3FZLA 1NLVA 1GLCG 4BDZA 3D2FB 5BPLA 3E9PA 4FLTA 3V9XA 2QWQA 4OKEA 2D10A 2ASOA 3L6QA 5AZIA 1QQCA 2KKZA 4E1NA 2D11A 2JWLA 5AQGA 2ZJPL 1MA9B 3DLRA 4KHUA 3LP0A 1VK0A 4DV1K 4FJGA 3MX5A 4YOWA 4B1ZA 4DB3A 1T3VA 4IG3A 2V52B 1JCFA 4DFKA 4M3ZA 1TK8A 4FYDA 1BGXT 3CCEN 4B9TA 3CCJN 4FJ8A 4LFBK 1JL2A 1TYQB 4XH5A 4BR2A 3GBTA 1TGOA 4JS4A 3MEEA 2BTFA 3RR7A 1QS4A 2VWKA 4WE1A 3L2QA 2JWKA 3IKMA 2E5LK 4DV2K 1LWEA 3OHRA 5LMUK 2I7NA 5FPMA 3JXUA 3PX4A 1NKBA 3H46O 4JRPA 4DKWA 1NBWA 5M1FA 4U7BA 1KQSM 3DLBA 1WAJA 1RDAA 3U8XA 3AU4A 1NGAA 4AILC 1ZBSA 3NE6A 3R8EA 4XIUA 1K73O 5KRSA 3QBWA 3AGRA 3J80O 1XMQK 3V6DA 4FVMA 4OKKA 3F2KA 2NRTA 1A5WA 2ZPYA 3L0QA 4R79A 3D7EO 2HE7A 4YHHK 4LSLA 4A61A 2HBJA 2HHSA 1D4XA 2A1RA 4E0DA 2KQ2A 4AHUA 5CR4A 1Z6RA 5HLFA 1QVGM 1XNQK 4CJFA 1QHTA 2HF3A 2PYJA 1TUYA 1C1AA 2QWRA 4WF9L 4ILJA 4KTWA 4F4KA 4FLWA 1KD1O 4DQRA 2OPQA 4KH6A 3SAHA 1WNSA 3G25A 3KKSA 1WSIA 3MECA 3CCSN 1KC8O 4CZGA 1Z26A 2Y1IA 2FBTA 4NYFA 3TAEA 3QEPA 4H5RA 3HVTA 4I2PA 4FWPA 1MU2A 4DQQA 3NBPA 2B5JA 4C8OA 2QXLA 5C0YA 2HBMA 1U6ZA 5D3GA 1IBLK 1K6YA 3CCVN 4BGAA 1S9EA 2NRVA 2Q97A 4BRMA 5AQJA 2D0BA 4CVNE 4Z4CA 4IEIA 1VQKN 1DTQA 1KVAA 1OVYA 2E20A 1VBHA 1YAGA 3GL1A 4HCBA 3EO3A 4BACA 3AVJA 3O9RA 5JS2A 3SUPA 3WT0A 1N36K 3N4QA 3OYGA 3AVAA 3B8AX 1KAYA 2RE2A 4B9SA 4BRDA 4KRFA 4LF5K 3IAYA 2XY8A 1H4RA 3QLHA 3DOLA 5AQOA 3V1OA 2YHBA 4FWMA 5C15A 3U9ZA 1KTQA 3ZSRA 3G71N 4FXDA 3BINA 3BZKA 4AQYK 1M90O 4ZTJA 4CJPA 4BC3A 4BG9A 3VQ8A 4E7LA 3T1HK 1S1XA 1NGGA 4YFUA 4FCYA 1OKJA 1X9MA 4FLVA 3HOTA 3E9OA 1NJYA 1K8KB 3NHGA 3K57A 3TI0A 1GC6A 5SWMA 4JRQA 3HPGA 1VQPN 5KTQA 2O8CB 3VEOA 3H1QA 5BR9A 1KCFA 5BRDA 5HRSA 4DR7K 3VQBA 5C42A 5MLCQ 1X3NA 1W97L 1L5UA 4CFCA 1ZXOA 3BP8A 4A2AA 3CF5L 3MCAB 1MK9B 1RNHA 4DQPA 3K9KA 3WNEA 4HTUA 3DI6A 4CEOA 3QO9A 3OTOK 3ZSOA 3QDKA 5I3UA 4FJNA 1BCMA 4OO1J 4CYEA 4FSVA 1QZ6A 5AQQA 2G8VA 4FWQA 4ISEA 2P9UB 1NOYA 3AVGA 4CJRA 3L2UA 4FWRA 5FPDA 1RT2A 1WBDA 3OYCA 3F73A 2OTJN 5LJVA 2YHYA 3SUOA 3ISNC 3AARA 5DM7L 3SPZA 3CIPA 2NRXA 4M7YA 3ZT2A 1TAUA 2ASPA 1JLEA 2WUSA 3UKRB 4OLBA 2V7YA 3AGKA 4OLAA 1KAZA 1NMNA 2NNWA 5JLFA 4J2AA 1QVFM 2QKBA 3VEZA 2OZSA 5GAHP 3O9QA 5HRNA 3LDPA 4A5AA 4I9QA 3KK1A 5BN9A 4FLXA 3HJFA 3DOKA 4JKAA 1VAZA 3EL2A 4RWTA 3HSCA 2ZWHA 1QQMA 1Q9YA 2UXBK 3DM2A 2F8TA 1U4BA 4B1UB 3WXLA 3PUFA 3FR0A 1T7PA 2HHTA 2D1KA 2O8CA 1DKGD 4DLEA 3QIPA 2HF4A 4BR0A 5ELZA 1SKWA 5KPTA 3WNGA 4DSEA 1TKTA 3CJ7A 3ZT3A 3MWPA 5TKYA 1NK0A 1NK4A 1KFSA 3TABA 4B9UA 4M7XA 3ZX2A 5FRNA 3WXJA 2G8HA 3H1VX 4FWKA 4DCHA 4LY7A 3TARA 1Q81O 1N6QA 4CF0A 2DFHA 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5BN8A 4FOIA 3WEEA 3K5LA 3VPZA 2YHAA 3O8MA 4CJVA 3P31A 3ZSYA 4IFEA 1VQ8N 5EX5A 1NNEA 2HBKA 3Q7CA 2KZMA 1TKZA 4CJLA 4TKNA 2RN2A 1FKOA 3TAQA 4N76A 1TL3A 1T05A 3AVHA 4CIFA 1ATNA 1W7AA 3AVFA 3NF8A 2I1JA 2AA4A 5C12A 3AU5A 4YNQA 1J53A 3QINA 1S5JA 2GUPA 5HOOA 2UUBK 4Z4HA 4MLHA 2J0MA 2P5OA 1S3XA 1KRPA 2QWMA 4CZLA 1GLEG 1QQOA 4JHDB 3PIOL 4GW6A 2ITGA 4F3TA 1OH6A 1C0TA 4CHQA 3ZT4A 4CGGA 4OX9K 3OY9A 2YCHA 3MCPA 4UQGA 3ALYA 2CB8A 1BIUA 3CHWA 3E1YA 4F7GA 4F2RA 1BUPA 3KK3A 4K25A 4FW2A 2ZJRL 3SLCA 4IOAL 4HTLA 2OYQA 4ELVA 2FBXA 4Z94A 5LL6Z 5BPMA 3TTFA 4E1MA 1O13A 1Q18A 4WFNL 4CEQA 4CF8A 3C65A 2Q3SA 4DMNA 3KK7A 1U48A 4O0IA 1GLAG 4Z4FA 4YY3K 1LAWA 1W0HA 5AZIB 4BG8A 1RDWX 3OYEA 1IV0A 1CZ9A 1Q86O 4X64K 3AAPA 3VTHA 2XRIA 3R6MA 3BGRA 4E19A 1J54A 4DV5K 4F3OA 1EWRA 4BRGA 3NGIA 4N41A 3DXKB 2CGKA 4B3OA 2ZJQL 2YJEA 3MN7A 3MWTA 2V7ZA 3OYHA 5E41A 4CIGA 3L8BA 2E4LA 1N33K 4DR1K 3SYZA 3SAGA 1BA0A 4DFPA 5AQTA 3RRHA 1VBGA 1OVQA 2J0KA 4GV3A 2WOMA 4JHDA 3HK2A 4IDHA 2HB5A 1JCGA 4PKGA 4M3WA 1ATSA 1JL1A 3KLHA 4NO7A 2A5XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKG B;  4ILJ A;  4JK7 A;  3E66 A;  4JK9 A;  4JKF A;  3E9P A;  4JKA A;  4JKE A;  4JKB A;  3E9L A;  3SBT A;  3ENB A;  4JKH A;  4ILG B;  4JK8 A;  4JKG A;  3E9O A;  4JKD A;  4JKC A;  4ILH A;  3SBG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KWG A;  3F9K A;  2P9L B;  4H5W A;  1DEJ A;  1L3T A;  4PL8 A;  4BC5 A;  3SPY A;  3D6R A;  1VQ4 N;  1RT7 A;  4EAH D;  2EX3 A;  4FLU A;  4P7I A;  1GLL O;  1C1C A;  2IVN A;  5JLH A;  4IJA A;  4O4G A;  4WFA L;  4M3U A;  1EXQ A;  4I6M B;  4WYB A;  1RTI A;  4B8C A;  4DR3 K;  5AZJ B;  1GOB A;  3HPH A;  4FJ9 A;  3THW A;  5M1Q A;  5HRO A;  2PFU A;  1YT3 A;  4O55 A;  1RT4 A;  1JXB A;  3RMB A;  3QFU A;  3PX0 A;  2PY5 A;  3LPT A;  4F9O A;  4W5T A;  2P9N A;  3T7Z A;  3JSM A;  3C7N A;  3OJS A;  3A8Y A;  2BDP A;  2OZM A;  4B3T K;  1HNV A;  4CGI A;  2HHW A;  1XWL A;  4PKH A;  1FK9 A;  2BUP A;  3LDO A;  3M5R A;  2HVI A;  4A57 A;  2QM1 A;  1IKY A;  2G8F A;  1YHQ N;  5BRE A;  3E66 A;  4IWV A;  3JS6 A;  3L2W A;  3SMP A;  4B3M K;  5GAD P;  1K8A O;  1RCH A;  1RT1 A;  3M6G A;  4C8K A;  3RWU A;  2I5J A;  2JGU A;  2UXD K;  3ATV A;  5AFU H;  1NK7 A;  4CJ3 A;  2P9L A;  3D2F A;  2V51 B;  3VA3 A;  4ELU A;  5GAE P;  3VMF B;  3GE1 A;  5HL7 L;  5LMN K;  5B8H A;  1LWF A;  4HDO A;  1NJW A;  1NM1 A;  4NXN K;  3H3O B;  2E1Y A; 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