2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
b'GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RNase H
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
1S1XA 3ZSRA 3ZSXA 1LV5A 4KHQA 1CXQA 4NCBA 1S6PA 3D45A 3MXJA 2HHXA 4O55A 1EETA 3WNGA 4I2QA 1SL1A 4M3ZA 3WNFA 4PA1A 3MXIA 3OS0A 1RBVA 2XY6A 3AVHA 2YNGA 2Z1IA 4KTWA 4DF8A 4FLVA 4FLWA 3NH1A 4CJ3A 5J2QA 4DSKA 3OYMA 3KLFA 3U3YA 4ZHRA 1U4BA 5CY4A 1NOYA 4W5NA 4PUOA 5FRMA 2HHVA 3VQQA 3V4IA 4CGGA 3RR8A 1A5VA 1LAVA 1S9EA 4CJTA 3SUQA 3HXMA 2QXFA 3OYNA 1VSHA 3QNNA 4O0JA 1C1BA 4CIEA 3NE6A 3TI0A 5I42A 1BQNA 3ALYA 4LH5A 3CFPA 3KLEA 4FJ9A 3OJUA 3VQ7A 2OPRA 1C0TA 3D0PA 1YT3A 3PX4A 3MEEA 5FRNA 3KTQA 1RDDA 1S9GA 4Z4IA 1O1WA 4I9LA 4E89A 4CK3A 4DSJA 4E7JA 3V6DA 3S3OA 3KD1E 4J2DA 3QESA 3F73A 1SKSA 1HNIA 1WSHA 2E6LA 2Z1GA 1WSFA 2RKIA 3CG7A 4E7HA 4DS4A 4CHQA 2OYQA 1NK4A 3RMBA 3MEDA 3L8BA 1HYSA 1GOCA 3AO4A 1LWCA 4KAZA 2HHQA 2B6AA 1IG9A 1S1UA 1NK5A 2YNHA 3NH0A 4E3SA 1JLGA 1U45A 2G8WA 5T7BA 4B9SA 4FJJA 1XWLA 1J9AA 1JLBA 1KFSA 1RDBA 3OYLA 1BIUA 4CEAA 1X1PA 2BE2A 3KKRA 4FVMA 4CK1A 3TANA 4B9VA 3V1RA 3KK2A 2ZQBA 3S3NA 1SKWA 1BHLA 1WSGA 1IKWA 4KKOA 4LSNA 2XY7A 3ZT2A 4CFBA 4M42A 3AVMA 4TSXA 4QOZB 1C1AA 4KRFA 2G8IA 2PYJA 1LWFA 4LY7A 2GV9A 4EZ9A 5C25A 3LP2A 1TVRA 3VQCA 1TL1A 3VQ4A 2IC3A 4YFUA 3NAEA 3TWHA 2E6MA 3ZSVA 3DLEA 4AHSA 2YNFA 1BIZA 1NJYA 4AHVA 3MEGA 3AO3A 4OGCA 4RW4A 4M45A 4CF0A 3SV4A 1B9FA 3NH2A 3PX6A 4HCBA 4M3XA 1L5UA 3TAFA 1ZBLA 4C8KA 4Q5VA 4I9QA 3VQPA 5J2PA 3NF7A 3AA4A 3ZSOA 2IAJA 4GW6A 4CJWA 4F3TA 2O4GA 3TAPA 2FBYA 4HVJA 2OZSA 3T3FA 1C6VA 2RN2A 1HPZA 2Z1HA 3AA5X 4OGEA 4BDYA 3PO5A 1U47A 4KTQA 4DU1A 3VA0A 2RPIA 1RT4A 1TKZA 3QNOA 3DRSA 4KI4A 2KTQA 1NJWA 2G8HA 3ZSYA 4DQPA 4CE9A 3HP9A 3TAEA 1NKBA 1SKRA 4DWIA 4N5SA 2EX3A 1IKYA 4BDZA 1QHTA 4OJRA 3K5MA 3ASMA 1RTJA 1LW2A 4JLHA 4BWMA 1TK5A 3LZIA 2FBXA 5HRSA 4LSLA 2W42A 4E7IA 1D9FA 3JSMA 2VG5A 3RRGA 3RMCA 4J2AA 1VSJA 1BISA 1D5AA 1I39A 3PO4A 2BGGA 2PY5A 3EZ5A 4FW2A 4N47A 4DTNA 5KRSA 1JLAA 3A2FA 2HHSA 3K58A 2ETJA 3VQAA 1ZBIA 2E4LA 3OYHA 3MXMA 4ID5A 4W5RA 3CFRA 3SQ0A 3V9WA 3ZSZA 5I3UA 4JRQA 2HNYA 3LP0A 3RTVA 4H4OA 3EY1A 1BL3A 3DRRA 1RTIA 3ZT0A 1R0AA 4CGHA 2Y1JA 3AO5A 4AHUA 3THVA 4E7LA 3C6TA 1WNSA 4DTUA 2HW3A 2KQ2A 4FK2A 5CYQA 3AVCA 3P83D 1WSJA 4KHYA 3LWLA 2HVIA 3OYDA 2G8VA 3AV9A 2G8FA 1JLCA 4IDKA 3SYZA 4DS5A 1JL1A 1S1VA 4CF2A 4RW8A 1HYVA 4YNQA 2JGUA 2HNDA 1TGOA 5KTQA 4CGDA 5K14A 4KHSA 1ITGA 3IRXA 4FZXC 1QS4A 2YKNA 1NK7A 2OA8A 3DLRA 4FLXA 2D0CA 4DG1A 3SQ2A 2XO7A 3OYIA 1VRUA 4NCGA 4ELTA 3KK1A 4KV8A 1CXUA 3CM5A 5KGXA 1SL2A 4CEZA 3KLHA 3TAGA 3SCXA 4B9UA 4CHOA 1XC9A 3QIOA 3DOKA 1ZYQA 1KLNA 4J2BA 3B6OA 3DOLA 3TAMA 5FROA 4W5QA 3I0SA 1W9HA 3IG1A 3M8RA 1DTTA 4J2EA 1TV6A 4NCAA 1BI4A 1J53A 5KI6A 1TKDA 3K2PA 4KB0A 4FZYA 1VSLA 1L3SA 2P1JA 3VQBA 5JS2A 4F2RA 3LWMA 3DM2A 1BCMA 4IFYA 3NHGA 1X9WA 1S5JA 4CFCA 4FM0A 3KJVA 1NKCA 1XHXA 2KFZA 2P5GA 2QK9A 2BDPA 2KZMA 3L3UA 1J54A 2D0AA 3I8DA 3HT3A 5KGWA 3QEXA 2FBVA 3AVKA 3QEPA 3HYFA 3SQ4A 3SUPA 2XY5A 4QAGA 3NF8A 3AA2A 3T19A 4C8NA 2DFEA 4CEBA 3HJFA 1U48A 3G0ZA 4FJHA 4CEQA 1DLOA 4EP5A 2OPPA 4O0IA 2LSNA 4Z4HA 4PWDA 3L2VA 1VRTA 3DLHA 1T8EA 4GVMA 1QSSA 2HHWA 4FJGA 3SQ1A 1MU2A 1WSIA 4DTRA 3LPTA 2HHTA 1L3TA 4NYNA 4CIFA 1CZBA 2A1SA 1KVBA 2PYLA 2P5OA 4EZ6A 4FLZA 1Q9YA 4Y1CA 4B9NA 4Z0UA 1KLMA 1J5OA 2G8KA 1VSFA 4CFAA 1N5YA 1NK6A 3F9KA 1Y97A 4ID1A 5D3GA 3S9HA 4DLEA 4FJXA 1FKOA 2VG6A 1ASWA 3ZSWA 3DYAA 4DU4A 1X9SA 1BGXT 1K6YA 3BGRA 4DTMA 4CCHA 1IKVA 4DTSA 1UWBA 4UQGA 2RF2A 3KD5E 1CZ9A 2VG7A 3PY8A 4AHTA 1LW0A 3ITHA 4DLGA 4KFBA 1A5XA 4DTXA 3LP1A 4CEDA 1SUQA 4CF9A 3KK3A 4JS5A 3SJJA 4N41A 1FK9A 2O4IA 2WONA 4KREA 4FLUA 4BE1A 2HMIA 3V1QA 3WNEA 2HHUA 3CM6A 4W5OA 4AHRA 3QIPA 4G1QA 4CJLA 4CHYA 1XI1A 2YV0X 3DMJA 1RTDA 4OLAA 1VSKA 2OPQA 1ASUA 3CFOA 4R5PA 1RT5A 3OYJA 3K5NA 1F21A 1T05A 3SV3A 2IOCA 3CYMA 4JRPA 2IGIA 1UOCA 2PZSA 4IBNA 4FLTA 4BWJA 3DRPA 4I2PA 4FCYA 1L3UA 4OLBA 2XRIA 4ZTFA 2BANA 1ASVA 4CJPA 5J1EA 4Z4GA 3OYAA 1N6QA 3AVGA 4CEOA 1RT1A 5SWMA 3O3FA 1IKXA 1HNVA 4KTZA 4CGIA 4FZZA 4RW7A 4F3OA 3AVLA 3L2RA 1NOZA 1RDCA 4FM2A 3SI6A 4CHZA 5HRRA 2ZE2A 1JLQA 3C6UA 5J2MA 3M8SA 1EXQA 5DMRA 1HMVA 4CHNA 1ZBHA 1UA1A 4RW6A 4DFJA 4E19A 1RBRA 4OVLA 4FJ8A 4M3TA 1SV5A 4CEFA 1RDAA 3QERA 5CZ1A 4H4MA 2AJQA 4FM1A 1HQUA 4CJEA 1SL0A 4CESA 3NF9A 1HQEA 1QQCA 3P1GA 4DTJA 3KLGA 4IG0A 3MAQA 2QKKA 3IS9A 3NDKA 3DLBA 4F2SA 4O4GA 1NK0A 4RG8A 4AHCA 3ZT3A 2KW4A 4C8LA 1S1WA 4E0DA 3RR7A 1VSMA 2D5RA 4M41A 3NGZA 1WN7A 4O5BA 3O3HA 3HPHA 4WE1A 3FFIA 4BE0A 4E7KA 3E01A 3LP3A 3NFAA 3HVTA 1W0HA 1ZBUA 3HP6A 3HVRA 4DQIA 4KHNA 1DTQA 4O44A 4DU3A 3AVIA 3V81A 3HK2A 2R7YA 1HJRA 3RMDA 4FJ5A 1NK9A 4AH9A 3HSTB 4Z4EA 3QO9A 3LAKA 1JKHA 4W5TA 3V9UA 3SZ2A 4B9TA 3DLGA 4F4KA 1NJXA 3VA3A 4HUFA 3CQ8A 1EX4A 4KPYA 1FXXA 1RTHA 1RT7A 4DQSA 3QETA 1D8YA 3AVNA 2Z1JA 1GOAA 3AVFA 4HHTA 4CJ5A 2HNZA 1S1TA 4M3UA 1QE1A 3ULDA 1WLJA 3PV8A 4ELVA 4K8ZA 3VQ9A 3K57A 4B08A 5HLFA 2I5JA 4RW9A 4DFPA 3TABA 3QEWA 2IS3A 4CJSA 3V9ZA 4IFVA 2VWKA 3ZSQA 5EU7A 4B8CA 3SNNA 4FJ7A 4FXDA 4E1MA 4CK2A 3OYEA 4CGFA 1WSEA 3RRHA 3HL8A 1TKTA 2WOMA 4HTUA 2VWJA 1I3AA 4M3RA 3O4QA 3OVNA 1TK8A 3KLIA 3O4NA 4FJMA 3VQ6A 4CFDA 2G8UA 4FW1A 3AO1A 3C94A 1C1CA 2P51A 1NKEA 3H08A 1KRPA 3LALA 4I7FA 5HROA 4OKEA 4Z4CA 3RMAA 3OYCA 1D9DA 5CZ2A 3BDPA 3I0RA 4OKJA 4FK4A 2XHBA 4PQUA 1Q8IA 4CJUA 4OPKA 1C0UA 3OYKA 1X9MA 1VK0A 2OPSA 1KVAA 4IG3A 4CERA 3S3MA 4KHUA 3AVBA 4B9LA 2Q3SA 1BCOA 3AA3A 4CF1A 2ZD1A 3SPZA 5JS1A 2JLEA 3ZCMA 4CHPA 3OS2A 3KKSA 3U6FA 1B9DA 1RNHA 1Z25A 3NCIA 2D0BA 3AO2A 3B6PA 1REVA 1QTMA 2FBTA 4MQ3A 3IAYA 2KZZA 4DQRA 1GOBA 1S6QA 3EYZA 4CECA 1JXEA 1VSIA 5DK5A 5C42A 3O3GA 3TR8A 1YTUA 1IO2A 3JYTA 2A1RA 3HPGA 3M8QA 1RCHA 4BE2A 1A5WA 5KRTA 1NK8A 1U49A 1C0MA 1JXBA 2F96A 1JLEA 3LANA 3OY9A 3OYGA 1RBSA 4ICLA 5J2NA 2DTUA 3ZT1A 1T7PA 2Y1IA 2DFHA 3QEVA 4B3OA 1YTAA 3ISNC 2EHGA 3SUNA 3U3GA 1KCFA 1KFDA 4H8KA 4CF8A 4DFKA 2B5JA 2ITGA 1QSYA 3K5LA 3PUFA 4C8OA 3AVAA 4M3WA 4F8RA 4Q0BA 3LDSA 1HYZA 4OKKA 4DSFA 3DI6A 1RT6A 1RILA 3L3VA 1LAWA 4DSLA 4FJLA 1UAXA 3K59A 4ZTJA 4N76A 4CIGA 4CJKA 5CYMA 4B8AB 4KB1A 4KO0A 1YVUA 3HPOA 1B92A 4AILC 4GMJB 4EP4A 1KSPA 4N56A 4HUGA 4DSEA 3RWUA 4DMNA 5FDLA 4IKFA 1Q9XA 1WAJA 2B4JA 4HUEA 3L2UA 3VQ8A 4FJNA 1IH7A 3QINA 2X6SA 2X74A 3NBPA 1HRHA 1TK0A 1WAFA 2YNIA 4FK0A 3C95A 5SZTA 1KVCA 1NJZA 2OZMA 2ATQA 2F8SA 1CLQA 2KFNA 4LH4A 3VQEA 2IDOA 2X78A 1RT3A 3WNHA 3ZT4A 1RBUA 4CEEA 3SUOA 3OJSA 3V1OA 4FJKA 1G15A 3T1AA 4L8RB 3HO1A 4BDPA 4QCLA 3M8PA 4FYDA 1Z26A 4PY5A 2GBZA 2QKBA 3DLKA 1FKPA 2XY8A 5E41A 1UA0A 3LZJA 2F8TA 1VSDA 4DSIA 1VSEA 3PX0A 1EKEA 3NGIA 1QSLA 4CJVA 3NGYA 3QLHA 2YHAA 5HRPA 1BI4B 1TAQA 3P5JA 5C24A 3VQ5A 4FLYA 3L2WA 3AVJA 4OPJA 4KHWA 2YHBA 3MECA 4CJQA 3UIQA 4KI6A 2YKMA 4M3YA 4MFBA 4CGJA 4XIUA 4CJFA 4NYFA 3L2QA 3V9XA 1TKXA 4FJIA 1KTQA 4Z4FA 4DQQA 3VQDA 4BACA 3TARA 4HCCA 3QEIA 4K8XA 2DY4A 1ZBFA 4ELUA 2HVHA 1JL2A 4DFMA 1U04A 2X6NA 1LWEA 5HP1A 4Y1DA 4B9MA 3HM9A 1JLFA 3G10A 1TL3A 4DF4A 4JS4A 4DTOA 3LPUA 3OYFA 2NUBA 2DFFA 1BQMA 2FC0A 5HBMA 3NF6A 3LAMA 3OS1A 2GUIA 4CJ4A 1EP4A 4DTPA 1XHZA 1T03A 5HRNA 2HB5A 3TAQA 1RBTA 4C8MA 4CJRA 1TAUA 3KIOA 3SPYA 3K5OA 4LD0A 3VN5A 1L3VA 3OYBA 3V9SA 4E1NA 1RT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A6AA 1S6PA 3MXJA 2W6KA 4BRMA 2UU9K 4O55A 1EETA 3WNGA 2UUCK 3MN9A 1BA1A 5KPTA 4JNEA 3OS0A 2XY6A 3AVHA 5J2QA 3CJ1A 3KLFA 2VGMA 1NOYA 4GKKK 1XC3A 3FE1A 3VQQA 3O9SA 5AFUH 3OTOK 1VQ7N 3RR8A 1A5VA 4IXCA 4CJTA 1J6ZA 3QNNA 4O0JA 2ASOA 3NE6A 4JI5K 3ALYA 3KLEA 1C0TA 2YHXA 3D0PA 1YT3A 3PX4A 3MEEA 5FRNA 3KTQA 4Z4IA 5CHIA 4K0KK 3SK3A 3H1VX 4CK3A 4DSJA 3MMVA 3QESA 3F73A 3IMXA 4E7HA 3L8BA 3AO4A 1LWCA 3T69A 4BRIA 1S1UA 1IBLK 3DXMB 1JLGA 2GUPA 4WFNL 5T7BA 1KFSA 3OYLA 1X1PA 2BE2A 3TANA 1BU6O 2ZQBA 4PHTX 3KK2A 3S3NA 4KKOA 3ZT2A 1OVQA 3KVGA 1NGGA 4M42A 2Q1NA 4TSXA 2E1ZA 4QOZB 1NBWA 3R3LA 2YX6A 4LY7A 2O8DB 5C25A 2FF6A 4BROA 3ZEUB 3EE8A 3VQ4A 2IC3A 3ZSVA 1BIZA 2GWJA 3GG4A 3PX6A 3SV4A 1TYQB 4BR7A 2OANA 3VEVA 4Q5VA 3EKSA 5J2PA 3NF7A 3AA4A 3ZSOA 4GW6A 3DAWA 2OZSA 3MCAB 3L0QA 2RN2A 2Z1HA 4KTQA 3QB0A 1YAGA 2ZGZA 4PKIA 4CZHA 4DU1A 2RPIA 4FL9A 1TKZA 4KI4A 4G9ZA 4BC5A 4DQPA 4CE9A 5JVGL 5EVZA 1RFQA 3VF6A 5LJVA 4BDZA 4WCEL 3ASMA 3EL2A 1GLLO 2ZJPL 1QQMA 4E1JA 1D9FA 2IVOA 3U8XA 3Q7CA 3RRGA 3RMCA 1BISA 3PO4A 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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