2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RNase H
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
3DRSA 3NH2A 4FLWA 5DMRA 4J2EA 1QQCA 4FJ9A 2GV9A 3VQ7A 4I7FA 1KVAA 2G8WA 2HHWA 4MQ3A 4FJNA 3AVCA 1JXEA 1NOZA 2E4LA 1C6VA 4DTNA 1IG9A 3QEWA 3AVIA 4HUFA 3AO4A 3ZSWA 3QESA 1XWLA 3NFAA 4I2QA 4K8XA 2HHUA 2KFNA 3NH1A 3SUNA 2YNFA 4CCHA 3KLFA 3RTVA 5KRTA 4OLAA 4IFVA 3HT3A 3RWUA 4BWJA 2YHAA 3L2WA 3S3MA 5D3GA 3AV9A 3PUFA 3HP6A 1LAVA 1RT7A 1S1WA 4DTMA 3TAQA 4Y1CA 3EY1A 3NAEA 4DTUA 3CM6A 5J2NA 4IKFA 1TL3A 3F73A 2HHQA 1RT3A 1NK5A 4PY5A 1BQNA 2OYQA 2FBXA 4DLEA 3MXJA 4M3TA 4NCGA 3LWLA 5HROA 3SZ2A 4GMJB 3DM2A 4YFUA 3DLBA 2HVHA 1UA1A 3O3HA 3K5NA 2D0AA 1HQEA 2P5GA 4FZZA 4E1MA 4B9NA 3MXMA 3QIPA 4FJGA 4F3TA 4BACA 2Y1IA 3LP0A 4CFBA 3DI6A 4BDPA 1GOAA 1GOBA 3B6OA 1Z25A 3TAEA 4DTPA 4DQPA 3G0ZA 5EU7A 1QSYA 3AA4A 5T7BA 1QHTA 2RN2A 2OPRA 3HPHA 1ZBLA 4NCBA 1UWBA 1S5JA 4FJKA 4M3UA 1J53A 2E6LA 4CHNA 3FFIA 4E89A 5CZ1A 1NKBA 3TARA 4ICLA 4AHTA 4KB1A 3DLGA 4AH9A 1C1BA 1TVRA 1ZBFA 4W5OA 1Q9YA 2VWJA 5SZTA 4PQUA 4HUEA 4OKKA 4C8MA 4DG1A 4CEAA 3CFRA 3OS2A 1N6QA 1KSPA 1S1VA 4W5RA 3OYHA 3HPOA 1FKOA 1GOCA 1WSFA 2YV0X 3HYFA 4RW6A 4CK2A 1NJZA 3ZT2A 2QKBA 3AVFA 2YNIA 1J54A 3C95A 4ID1A 4E1NA 4JRPA 1JLEA 2DFEA 1X9WA 1BI4B 1SKWA 4FJHA 1CZ9A 3AVKA 4BE1A 3JYTA 3TAGA 4FJXA 1KVCA 4BE2A 1EETA 3SPZA 3E01A 2KZZA 3G10A 1RBVA 3AVNA 1YTAA 4DSJA 4RW4A 3LAKA 3OYIA 2DFHA 4KAZA 4HCBA 5HRSA 4J2DA 3L3VA 3OS0A 3VQPA 1IKYA 2IC3A 1C0TA 1K6YA 1A5XA 2DY4A 3ZT0A 1ZBUA 3NBPA 4EZ9A 4IFYA 4CJVA 3WNEA 1D9DA 4OPKA 1DTQA 1WLJA 2GBZA 4M3RA 4CGDA 3ZSVA 3M8SA 1JLQA 4CGIA 3K5OA 2KFZA 3EYZA 3RRGA 3OYCA 2ZQBA 4DS5A 1JLAA 3QLHA 3C94A 3CM5A 3NGIA 1LW0A 1S6QA 3HM9A 1A5WA 1TKDA 1L3SA 4HVJA 5FROA 4FCYA 1WN7A 3AVLA 3OJSA 3ZSZA 4CHZA 3WNHA 3PO4A 3QNOA 4LD0A 4KKOA 3LZIA 1BCOA 3S3OA 4KHYA 3SUOA 5CZ2A 2EHGA 1HYSA 4B3OA 1YVUA 3BDPA 1JLBA 3L2UA 3PO5A 4H4MA 3AO5A 4NYFA 3VQCA 3NH0A 5KTQA 2Z1IA 1QTMA 4CEEA 4DSIA 1LWCA 3PX4A 4OKEA 1RT6A 4J2BA 3NF8A 4N41A 3KTQA 4CJTA 4Z0UA 3KK2A 4DU3A 1SKRA 5J2MA 3KIOA 1IKWA 4F2SA 1JLGA 4CJKA 3ZCMA 1NK7A 3KLIA 3L2QA 3D0PA 3DOKA 4E7LA 4CJLA 1VSJA 4YNQA 1C0MA 3VQBA 1RTIA 3VQ9A 2DFFA 3VQDA 1C0UA 3K58A 5KGXA 3I0RA 1RNHA 1TKTA 2HNYA 2D0BA 5SWMA 4KHQA 2LSNA 4CHOA 3C6UA 4Z4FA 4BDYA 1F21A 4KREA 3S3NA 1S1XA 3F9KA 4IG0A 4CEFA 1BIUA 1REVA 2ITGA 2DTUA 1WSHA 1KFSA 3P1GA 4L8RB 3T19A 2VG5A 3MEGA 4HHTA 4N76A 2OZMA 1RT1A 1JXBA 1RDCA 1TL1A 3OVNA 2HMIA 1VRUA 4EP4A 4W5TA 2ATQA 4CGJA 3KD1E 4FM1A 1SUQA 2EX3A 5I42A 3H08A 2O4IA 3LPTA 1Q8IA 2Z1HA 4R5PA 3RRHA 3LZJA 3HO1A 2IOCA 2BDPA 4KHNA 5HLFA 3SV4A 3O4NA 1XC9A 2HHVA 3ITHA 1EXQA 1BQMA 1IH7A 2YHBA 4CF2A 1D8YA 2IGIA 1RBUA 4HTUA 4FZXC 3OYFA 1BL3A 4DTJA 2Y1JA 1ASUA 3CYMA 1SL0A 3DRPA 3TABA 4N47A 1CXUA 1RT4A 4G1QA 3M8PA 4K8ZA 1HNIA 1VSEA 1D9FA 1BI4A 2QXFA 1LW2A 3NF6A 4JLHA 1ZYQA 3KJVA 1L3TA 3UIQA 2D0CA 4M42A 3BGRA 3SNNA 4B8CA 4CJRA 1L3UA 1VRTA 1I3AA 4DQSA 4M3ZA 4FLUA 4CJQA 4CGGA 2XHBA 5JS1A 1LWEA 1W9HA 4FJJA 3AVJA 4B9SA 1HYVA 3NE6A 3OJUA 4Q5VA 3V4IA 4CECA 4O4GA 1FK9A 3ZT3A 3DMJA 3HPGA 3VQ6A 1TAQA 3I8DA 4O0JA 4AHSA 4HUGA 2B5JA 4ELUA 1FKPA 1VSHA 4JS5A 2XY8A 4OGCA 4DU4A 1J9AA 4FJ8A 4IDKA 2B6AA 1T8EA 3OS1A 3OYGA 3OYDA 4DQIA 2BE2A 4F8RA 2HNDA 4I9LA 4CIEA 5E41A 3K2PA 4DTSA 3OYNA 4F3OA 4CHYA 1ASVA 3D45A 3V1RA 3AVBA 4O44A 1KLMA 4AHUA 2ETJA 4ID5A 4CF1A 3VQEA 4DS4A 2ZD1A 3RMDA 2G8KA 2QK9A 1VSMA 1NKEA 3AO3A 1BIZA 3TAFA 1B9FA 4CEZA 3IS9A 3V9ZA 1XHXA 4JS4A 4B9TA 1HMVA 2GUIA 4EP5A 4UQGA 4RW8A 3ZT1A 3IG1A 4E19A 2R7YA 4FM2A 4FVMA 1U49A 3OYJA 1DLOA 4CFCA 1U47A 2WOMA 1QE1A 1WAJA 4E0DA 4I9QA 2G8IA 2OA8A 4N5SA 1JL1A 3ZSOA 2YKMA 3ZSRA 2YKNA 4B08A 3TWHA 3OYKA 1QS4A 4Z4IA 2KW4A 3DLKA 3OY9A 4DF4A 2FBTA 3TI0A 1UAXA 4QAGA 1TK5A 1L3VA 4KI6A 5HP1A 4B8AB 1ZBHA 1KLNA 3QEIA 2KQ2A 4OVLA 4ZTFA 5KGWA 2OPPA 3PX6A 1S9GA 4E7JA 3RR8A 3IAYA 4M3YA 3T3FA 1NJWA 3S9HA 3KD5E 1HRHA 2PYJA 1T03A 1IKVA 3V81A 3L8BA 3PV8A 2BGGA 2F8TA 3JSMA 1YTUA 4KV8A 4E7KA 3QEVA 1KFDA 3KLGA 1EX4A 3AVMA 3LPUA 3LP2A 4ELTA 4KRFA 3V9WA 3CQ8A 1NK8A 4KTWA 1U45A 2P1JA 4CJSA 4Z4HA 4DF8A 3WNGA 2PYLA 1IO2A 2I5JA 4MFBA 4OGEA 4CERA 2Q3SA 4PA1A 4DFMA 1U4BA 2RPIA 5J1EA 1S1TA 1G15A 3RMBA 5HBMA 2FBVA 1HJRA 4HCCA 4NYNA 2A1SA 3DLRA 3AVGA 3AA5X 4FLZA 5CYMA 3SYZA 1I39A 1SL1A 1HNVA 3LALA 3SQ0A 3HJFA 1RT2A 3V1QA 1RCHA 2P51A 5K14A 1CLQA 4W5NA 1XHZA 3CG7A 2X6SA 4CF8A 4OJRA 3U3GA 4CEOA 1B92A 3WNFA 3OYLA 3ULDA 2BANA 3I0SA 1RILA 3B6PA 4CJ5A 4CJ4A 4KFBA 3DLHA 4M41A 4FK4A 4FYDA 3TANA 5FRMA 3EZ5A 2XO7A 1RDAA 3QEPA 3QEXA 2HB5A 3TR8A 3OYBA 3HVRA 3DYAA 3HL8A 3O4QA 4OPJA 1RBSA 1SKSA 1CXQA 2NUBA 4IG3A 1TAUA 1LAWA 1TV6A 5FRNA 4M3XA 3DOLA 4DSKA 1KCFA 4LH5A 1RDBA 4DTRA 3QERA 2G8FA 3KK3A 4ZHRA 1JKHA 1TGOA 1N5YA 3AVAA 4O0IA 1QSLA 2OZSA 1T7PA 2VG7A 4DU1A 3QINA 2XRIA 3ZSQA 3MECA 4BDZA 1NK0A 2P5OA 4CEQA 4DQQA 3MAQA 1X1PA 2OPQA 3VQ5A 3NCIA 5C42A 4CEBA 1MU2A 2HHSA 2Z1GA 1VSLA 3PX0A 1EKEA 1WSJA 1VSDA 1HPZA 1WAFA 1ASWA 2FBYA 3QO9A 1RTDA 3NGYA 3AVHA 3L2VA 5CY4A 3VQ4A 4N56A 1TKZA 4IBNA 3VA0A 3KK1A 1BCMA 4OKJA 4B9UA 4Q0BA 4FZYA 3O3FA 5FDLA 4DFKA 3P83D 3NGZA 1NJYA 3V1OA 3NHGA 2IS3A 3SQ4A 3ZSYA 2F96A 4GVMA 4CK3A 2QKKA 4GW6A 2E6MA 4CJEA 1BISA 1CZBA 1RDDA 4FW2A 3V9SA 3RMAA 4KHWA 2IAJA 4CHQA 1NKCA 4RG8A 4J2AA 5HRNA 3ASMA 4PWDA 1VSIA 4OLBA 4FJMA 3IRXA 1SV5A 4CIGA 4CIFA 3CFPA 5J2PA 4LH4A 4TSXA 4FLXA 4E3SA 1R0AA 1Q9XA 1EP4A 4CFAA 4M45A 2XY7A 3NF9A 1KRPA 1S6PA 4RW9A 3OYEA 5HRPA 3DRRA 3NDKA 4FW1A 3T1AA 1KTQA 3K5MA 3THVA 3AA3A 4WE1A 3V6DA 1WSGA 1NK6A 3ALYA 3V9UA 4LSNA 3MXIA 2X6NA 1UA0A 4FLYA 2HVIA 4FJIA 4KB0A 3SQ1A 4C8OA 3QETA 4Z4EA 3VQ8A 4H4OA 5KRSA 4Y1DA 4AHCA 3M8RA 3U3YA 1RBRA 3LDSA 4I2PA 3VQAA 1X9MA 3KLEA 3QNNA 4LSLA 2XY6A 4ELVA 4E7IA 1W0HA 2ZE2A 4Z4CA 1L5UA 1LWFA 4CGFA 4CJPA 1RTJA 3HSTB 3AO1A 3TAMA 2HNZA 3VQQA 3K59A 3V9XA 4DFPA 2G8HA 4KHSA 4QOZB 4F2RA 1JLFA 3K5LA 5KI6A 1BGXT 1IKXA 3PY8A 3VN5A 3KLHA 4CJ3A 1VK0A 4DWIA 4DFJA 1X9SA 5CYQA 4FXDA 2HHXA 4DTXA 2VG6A 3O3GA 1ITGA 2YNHA 1HQUA 3LP1A 4AHVA 3RMCA 1XI1A 5C25A 2G8VA 4NCAA 4FK2A 3ISNC 3LWMA 1RTHA 1WSIA 4W5QA 3DLEA 4B9LA 1JLCA 3LP3A 3SV3A 1J5OA 4B9MA 3L3UA 4KO0A 4E7HA 4KHUA 2JLEA 3MEDA 5C24A 3CFOA 3U6FA 1Y97A 4DSLA 1YT3A 2F8SA 4CGHA 3SUQA 1WSEA 3ZSXA 3LAMA 3QIOA 4CF9A 1HYZA 4CEDA 4KPYA 1NOYA 2OPSA 3M8QA 2KZMA 1T05A 3L2RA 1C1CA 3SUPA 4B9VA 3SPYA 4FLTA 1U48A 4CE9A 4FJ5A 4KTQA 4AILC 1WNSA 3KKSA 3P5JA 2HHTA 4C8LA 4CESA 1DTTA 3KKRA 2W42A 4CK1A 4DTOA 4CJUA 4FJLA 1BHLA 2KTQA 2HW3A 5J2QA 4RW7A 1A5VA 4CHPA 1NK4A 4DSEA 3NF7A 3K57A 3SQ2A 3A2FA 2O4GA 2PY5A 2WONA 1D5AA 1TK8A 3SCXA 4KTZA 3LANA 3OYMA 3OYAA 4Z4GA 3SI6A 3SJJA 4H8KA 2RF2A 4F4KA 2B4JA 4DSFA 4BE0A 1S1UA 1Z26A 4PUOA 1VSKA 4DQRA 1ZBIA 2VWKA 4O5BA 4XIUA 3TAPA 3HK2A 3HVTA 4AHRA 4FJ7A 3RR7A 1O1WA 2G8UA 5DK5A 1SL2A 1QSSA 4CJFA 1NJXA 3AA2A 4LY7A 1TK0A 2X78A 3HP9A 2AJQA 2FC0A 3C6TA 4CF0A 1LV5A 2PZSA 1U04A 3MEEA 4CFDA 2D5RA 4C8KA 3HXMA 2IDOA 4JRQA 3AO2A 4C8NA 2XY5A 1S9EA 1UOCA 1RBTA 1VSFA 1JL2A 2Z1JA 4O55A 4CJWA 4QCLA 4FM0A 4KI4A 4ZTJA 1C1AA 5HRRA 4FLVA 3VA3A 1B9DA 1KVBA 2YNGA 5I3UA 1RT5A 4BWMA 4DMNA 2RKIA 1NK9A 4EZ6A 4M3WA 3ZT4A 5JS2A 4FK0A 1FXXA 2A1RA 2X74A 2JGUA 4DLGA 1TKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G25A 5GADP 3NH2A 2GV9A 2G8WA 4JEPA 3R8EA 1HNXK 3WXLA 3F2KA 3QEWA 4HUFA 3NFAA 3ULEB 5BPLA 3SUNA 3I55N 4CZIA 3HT3A 2NRTA 4BWJA 4DR1K 3AV9A 4DCHA 1LAVA 4LF4K 3MX2A 4DTUA 4DR7K 4JK8A 5GIOA 5J2NA 2HHQA 1NK5A 4OO1J 4NCGA 5AQYA 4CVNE 3CJCA 4GMJB 3O3HA 2JWLA 4LC9B 4FZZA 3TTCA 2V7YA 4JN4A 3LP0A 4CFBA 3DI6A 4BDPA 3G0ZA 4KH4A 1QSYA 3AA4A 4KHPK 3L0QA 1S5JA 4FJKA 1J53A 3M5RA 4FO0A 1TVRA 3SK3A 4HUEA 2I7PA 4C8MA 5C2FA 4W5RA 3OYHA 3NMUA 2QKBA 2P9LB 3AVFA 1J54A 4E1NA 3T69A 2HHHK 3TAGA 4FJXA 4KH6A 3PSIA 2KZZA 3G10A 1RBVA 3AVNA 5D3GA 4M7XA 4RW4A 4DSJA 4EHTA 3VQPA 2IC3A 1K6YA 3AAPA 3BEXA 4XEIA 1ZBUA 3NBPA 3G71N 5M1NA 1EWQA 4CGDA 3ZLJA 3M8SA 1JLQA 2IVNA 4CJ7A 2YHYA 3CMAN 3C94A 3CM5A 3ZX0A 4GV3A 2W6LA 2O8DA 1X3MA 1L3SA 4HVJA 5FROA 3IKMA 1WN7A 3WNHA 1BCOA 1HYSA 4L3QA 4BVPA 2EHGA 3BDPA 4MO4A 3PO5A 2DPNA 4AF1A 2QI2A 2IIRA 4NYFA 4BGBA 2Z1IA 3EL2A 4A61A 3CJBA 3NF8A 1NJIO 2HBJA 3KK2A 5DM7L 3WEEB 3EE8A 4NLBA 3ZCMA 1NK7A 3BF3A 3L2QA 1O13A 1MWMA 3VQBA 5IT9O 1DKGD 4JD2B 3MX5A 4KHQA 4CZEA 2ZGZA 4BDYA 3LDQA 4KREA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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