2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
4CEEA 4DTJA 3L2VA 4DWIA 3K5OA 3SYZA 4CEBA 4FJHA 3KLEA 4FXDA 1S9GA 1RT3A 4OGCA 3RMBA 5I42A 3M8SA 3OYMA 3F73A 3V6DA 1S5JA 1GOAA 3VQQA 2KFZA 2DY4A 5HRRA 4FZZA 3L3UA 1UAXA 1JLAA 4O44A 1T8EA 1KRPA 3QEPA 3S3MA 1EP4A 2P5OA 4BDPA 4BE0A 4FJMA 2ITGA 3LP2A 3CM5A 4BWMA 3DLEA 4KAZA 3OYIA 1NOZA 4CCHA 4UQGA 4O4GA 4RW4A 5HBMA 3QERA 3PO5A 2X6SA 4AILC 1NK8A 4FJKA 1FXXA 1QSLA 2F8TA 4Y1CA 4AH9A 2G8UA 3RMDA 4CHZA 2VG7A 4Y1DA 1G15A 3VA3A 1BISA 4FZYA 4OKJA 4E7KA 1O1WA 3CFOA 2OZMA 4KO0A 1RBRA 4CGFA 3AVAA 3MXJA 1A5XA 1LAWA 1YTAA 4TSXA 3LP0A 1NJYA 1TL1A 2A1RA 5D3GA 4IG3A 1L3VA 1VSMA 4CHOA 4W5QA 3RMAA 3LALA 3NF6A 3O4QA 5FROA 2ETJA 1BGXT 4CGJA 4JRPA 4E1MA 4CGGA 1TK8A 1RBVA 1QQCA 3O3FA 4W5OA 3SV4A 1XC9A 4FJ7A 1WSHA 2QXFA 1EETA 3LP3A 2A1SA 3AVKA 4Z4HA 1QE1A 2O4GA 1C0MA 3LAMA 1VRTA 4DS4A 4DFKA 2HHTA 3P83D 3V1RA 3CYMA 5E41A 3BGRA 2YNGA 4CJEA 1HYSA 4EP5A 4I2QA 2O4IA 1WNSA 2X78A 2YNHA 4CF9A 3OYHA 3LWMA 4DS5A 4F3TA 3AVMA 3LAKA 4I2PA 4ELUA 1TV6A 1IKVA 3AVLA 3L3VA 4ID1A 1C1AA 4E1NA 1TVRA 2BE2A 4BDYA 3VA0A 4DTNA 3MXMA 1YTUA 1X1PA 4QCLA 4H8KA 4CGIA 1BCMA 4BE2A 4E7LA 1J54A 3QEXA 3VQEA 3SQ0A 1R0AA 1RT5A 1ZYQA 1CZ9A 3WNHA 1IO2A 4B9LA 2DFFA 4BDZA 4CESA 4FLYA 2P5GA 4Q5VA 3WNGA 4W5TA 1BHLA 3MEGA 4Z4IA 2XY8A 3KIOA 3DLBA 1ZBFA 4KB0A 3EZ5A 1QTMA 1D8YA 4IKFA 1RT2A 4KPYA 3OYLA 1QS4A 4JLHA 4DF4A 3HK2A 3VN5A 4FW2A 4PQUA 2HHUA 4HTUA 1WLJA 4IBNA 3VQBA 3DM2A 5CZ1A 3B6PA 4I9LA 4OGEA 3ULDA 3IAYA 4EZ9A 4RW7A 5J2QA 1IG9A 2OPRA 1RDCA 4FJXA 4KTQA 1WAFA 2YHBA 1S6QA 4FJJA 5T7BA 2Z1IA 3OS0A 1QSSA 2HHWA 2G8IA 4DTMA 4CERA 1Q9XA 5DK5A 3PO4A 3DRSA 3H08A 3RRGA 1JXBA 1IKWA 1BI4B 4CJ3A 4FK4A 4JRQA 1L5UA 3VQ7A 4FK2A 3QO9A 4RW9A 5EU7A 4CK2A 4B9SA 3OS2A 2XY7A 3V4IA 3HXMA 2PYLA 2KTQA 3BDPA 4FM0A 4KTZA 3KD5E 4CEFA 1VSHA 4N47A 3HPOA 3NCIA 1EXQA 2QKKA 3KLIA 1NKCA 4KKOA 1ASWA 1LW2A 3VQ8A 1RILA 3ZSVA 4CJUA 3AVIA 4AHTA 1IKXA 3K5LA 3SI6A 2Y1JA 5CZ2A 3QEVA 4M45A 3DRPA 2FBTA 1RCHA 4OJRA 1S6PA 1F21A 3NH1A 1SL1A 3JSMA 3SV3A 3C6UA 3OVNA 2PY5A 3T3FA 1T05A 1CXQA 3TAEA 1N5YA 1UA0A 4CGDA 3PV8A 5J1EA 2XRIA 3AO2A 4DTUA 1YVUA 2R7YA 4KHWA 3JYTA 3OYKA 4KV8A 1HQUA 1Q8IA 3L2QA 4B08A 1BCOA 1HNIA 1FK9A 1EX4A 1WSFA 2VWJA 4DSLA 1SL0A 1VSJA 3PX6A 2HMIA 4CHQA 1KFSA 2OPQA 4KHSA 4DSJA 2BGGA 5HP1A 4CJ5A 1KTQA 4KHYA 1KVCA 1C1CA 1VSEA 4RG8A 2FBVA 3VQPA 4CIGA 2G8KA 4DLEA 1SV5A 4BWJA 3KKRA 3QIOA 3VQ6A 4DU3A 1XHZA 3SUOA 4FJ8A 4Z4EA 3T19A 4CF1A 1RDBA 2PYJA 5JS2A 3NDKA 4AHRA 1X9SA 2PZSA 4BACA 3MEEA 5KGWA 4DU4A 3ZT2A 2EX3A 2KZMA 1JLGA 3EY1A 2AJQA 1S1XA 4ID5A 3VQAA 5I3UA 1HYVA 5CYQA 1Z26A 3V9SA 4KHUA 4CJRA 4B3OA 4OLAA 4B9NA 1GOBA 3LZJA 4LY7A 3WNFA 4M3TA 4HCBA 3UIQA 4O0IA 1SUQA 4E19A 4E89A 4FJLA 4M3WA 3NGZA 1L3SA 1T03A 3AVHA 3M8QA 1S1UA 4DFPA 4E3SA 1XHXA 2VWKA 2BDPA 1S9EA 3VQ9A 5J2NA 2HW3A 3K5MA 2YHAA 2D5RA 4LH4A 1KVBA 2Y1IA 3SQ4A 3AVCA 4DSKA 4FJ9A 1TAUA 2KQ2A 2RPIA 3NGYA 1I39A 3SUNA 3AA2A 2Z1GA 1RDAA 3CM6A 4DG1A 4CF8A 4M42A 2HVIA 3NBPA 5C25A 1RTDA 1ZBUA 3DLHA 4J2DA 4M3YA 1NK6A 1TAQA 4HHTA 4CEQA 4DFJA 3C6TA 1NJWA 1NOYA 3P1GA 1CLQA 4B8CA 5HLFA 4PY5A 3PY8A 4GVMA 3K5NA 3V1QA 3MECA 4AHVA 5HROA 1NK7A 1DTQA 1HJRA 3MXIA 4DQIA 3OYGA 4E7IA 1GOCA 5KTQA 4OLBA 3LPTA 4DSFA 4DSIA 1VSKA 4L8RB 1UA1A 3SQ1A 4QAGA 4C8OA 3OYNA 3TAMA 2HHXA 4ICLA 4KI4A 3NF8A 4FLVA 3V9XA 1RTHA 4KFBA 2X74A 1A5WA 3HT3A 4C8KA 4CFBA 3LANA 2QK9A 4NYFA 4CJFA 3LWLA 4C8LA 4NCGA 4M3XA 3HL8A 4IDKA 4JS5A 1JLBA 1B9DA 5CYMA 4DF8A 3ZT0A 2XHBA 4DTOA 1I3AA 4FLWA 3RMCA 3SNNA 4M3ZA 3OYFA 4LH5A 2KZZA 3HP6A 3U3GA 2B6AA 3CFPA 1J53A 1D5AA 1KVAA 2HB5A 1A5VA 1NJZA 4DSEA 4FK0A 5K14A 1J5OA 3NE6A 4DQQA 3AVNA 3TAGA 4EP4A 1TK0A 4J2AA 3TAQA 2RN2A 4F2RA 2OZSA 2P1JA 4CFCA 3L8BA 4FM1A 3QEIA 2JLEA 3OYCA 4KHQA 2IOCA 3NF9A 1DTTA 1KFDA 5SZTA 1VSDA 5KI6A 1SL2A 3DOLA 4RW8A 4EZ6A 4NCAA 2ATQA 3LZIA 4G1QA 1JLEA 3CQ8A 2KFNA 3NHGA 3IRXA 4CJKA 2G8WA 2HNZA 3P5JA 2KW4A 1NJXA 1EKEA 4FYDA 3DRRA 2OPPA 4AHUA 3AVBA 3AO4A 4E7JA 2D0BA 1S1VA 3SUPA 1BIUA 3IG1A 3ZT4A 1S1WA 4MQ3A 1VK0A 4DTPA 3VQDA 3ZSWA 3S3NA 1YT3A 1U45A 1RT1A 3K59A 2WOMA 3DI6A 4WE1A 3TAFA 3V9ZA 2OPSA 3U3YA 1HNVA 4PWDA 5HRPA 1JXEA 1WSJA 4FLZA 4YNQA 3V9UA 4Z4FA 3HM9A 2HHVA 2HHSA 3OYEA 4M3RA 2XY5A 1LWEA 3DLRA 4MFBA 4NYNA 3NF7A 4LSLA 1NK4A 3K58A 4J2BA 4HUEA 3HVTA 5FDLA 4LSNA 2BANA 3RTVA 3B6OA 4N56A 4CHNA 4B9VA 1RT6A 3RRHA 3V9WA 2OA8A 3OS1A 4CGHA 1HQEA 4FW1A 5SWMA 1JLCA 4Z0UA 2XY6A 2F96A 4FJNA 5J2MA 4CJVA 3K2PA 4CJ4A 1RDDA 3I0SA 1X9WA 1IKYA 4FVMA 3AO5A 3AA4A 3AO1A 4K8ZA 4Q0BA 1XWLA 1Z25A 3AV9A 4FJGA 4OVLA 4CJSA 3O3GA 3KKSA 3KK3A 3QEWA 3ZSYA 2Z1HA 2E6MA 4W5RA 4DU1A 5C24A 1NKBA 4F2SA 2Z1JA 4CF2A 1LWCA 4IG0A 2YNIA 4N5SA 2B4JA 3TARA 1L3UA 4FLUA 3F9KA 4AHSA 3KD1E 3AA3A 4FJIA 3OYDA 3S3OA 3MAQA 4DLGA 3I0RA 1LW0A 3LDSA 1BI4A 5KRSA 4ELVA 1HPZA 3OJUA 1NK9A 2Q3SA 2YKMA 1JKHA 4GW6A 1SKSA 3ZT1A 4CEDA 3KLHA 3HJFA 1KCFA 3E01A 4CK3A 1JL1A 5FRNA 5J2PA 4B9TA 1LWFA 4CFAA 3NH0A 4B9MA 2DFHA 1RT4A 2XO7A 2W42A 1ZBLA 3PX0A 4O5BA 1KLNA 4CJPA 4DFMA 1RBSA 1IH7A 1QSYA 3OY9A 1HYZA 1ASUA 3RWUA 3OYAA 3C95A 2IDOA 2QKBA 2LSNA 4CF0A 2G8VA 2E4LA 2G8FA 4LD0A 3QIPA 1WSEA 3DOKA 1CXUA 4ZTJA 4I7FA 1NK0A 2DTUA 3V1OA 2GUIA 3NFAA 1WN7A 3KK1A 4M41A 3TANA 4N41A 3CFRA 1C1BA 1L3TA 4FZXC 1JL2A 3ZSQA 4BE1A 4CJLA 4FLTA 1Q9YA 4CHYA 3C94A 1KLMA 4CJWA 3KLFA 1U48A 4FJ5A 5FRMA 4CEZA 1J9AA 3D45A 1B92A 2VG5A 3AA5X 3O4NA 4HCCA 4CJTA 3NH2A 4K8XA 3OYBA 2YKNA 3PX4A 1SKWA 1WSIA 2YV0X 1FKOA 2I5JA 3AVGA 2EHGA 3NAEA 4DTRA 4N76A 4KTWA 2VG6A 1TKXA 3EYZA 3TI0A 3KTQA 3SZ2A 4CEAA 1D9FA 4DQPA 4CHPA 3ISNC 4IFYA 3TABA 3SPZA 2GV9A 4H4OA 3HP9A 1HMVA 3D0PA 1TKDA 4FCYA 1ZBIA 1REVA 3M8RA 4KB1A 2FBXA 3SPYA 3ALYA 3ZSOA 2E6LA 2IAJA 4E0DA 2ZE2A 3PUFA 1TL3A 4OPKA 3OYJA 3KK2A 4R5PA 3T1AA 5C42A 4C8MA 2HNYA 2HHQA 1TKTA 3QINA 4JS4A 1C0TA 1VSFA 1VRUA 1RNHA 3RR7A 4HUGA 2RKIA 3ZT3A 3O3HA 4O55A 4C8NA 5DMRA 2RF2A 1W9HA 3AVJA 4O0JA 1RBTA 3S9HA 4PUOA 3VQ4A 1DLOA 1TKZA 3U6FA 1SKRA 4QOZB 1D9DA 1TGOA 3QNNA 1RBUA 4CECA 3ZSZA 3SUQA 5KGXA 2DFEA 4H4MA 2G8HA 4HVJA 3SJJA 3IS9A 3M8PA 1RT7A 2B5JA 4CEOA 3SCXA 2FC0A 1U4BA 1WSGA 1BIZA 1S1TA 1K6YA 1UOCA 5CY4A 3SQ2A 3AVFA 1LAVA 3DLGA 3G0ZA 1U04A 3LP1A 4B8AB 3HPHA 4ZTFA 3AO3A 1XI1A 2D0AA 4ZHRA 2HNDA 3LPUA 3ZSRA 4F4KA 5JS1A 1CZBA 3QNOA 1C0UA 3CG7A 3L2UA 4F3OA 2X6NA 3A2FA 4IFVA 3VQ5A 4KI6A 1U49A 4CIFA 1JLQA 1VSIA 4PA1A 1U47A 2NUBA 1NK5A 1NKEA 4CK1A 3KLGA 3HSTB 3L2WA 4E7HA 1BQMA 2GBZA 2P51A 5KRTA 2FBYA 1MU2A 1RTIA 3ITHA 4OKKA 3DLKA 4CJQA 3ZSXA 4FM2A 4M3UA 4CFDA 1WAJA 1ASVA 3QLHA 2ZD1A 3WNEA 4Z4CA 3I8DA 3K57A 4GMJB 2IC3A 1Y97A 4OKEA 3V81A 4ELTA 1JLFA 1ZBHA 4J2EA 5HRNA 2OYQA 1UWBA 1BQNA 3NGIA 4W5NA 2IS3A 3DMJA 4CE9A 3DYAA 1HRHA 3VQCA 4KHNA 3HO1A 4DQRA 4CIEA 3OJSA 5HRSA 4B9UA 4KREA 1RTJA 3TR8A 1B9FA 2IGIA 2D0CA 1W0HA 4Z4GA 3TWHA 3TAPA 2ZQBA 1C6VA 2WONA 3THVA 3G10A 4HUFA 3QESA 4NCBA 1VSLA 3L2RA 2HVHA 3HPGA 3QETA 4OPJA 1QHTA 4I9QA 4YFUA 1TK5A 3ZCMA 1ITGA 4FLXA 3ASMA 1T7PA 2F8SA 4DMNA 1N6QA 4DQSA 3KJVA 1BL3A 2JGUA 4KRFA 3HVRA 3RR8A 2YNFA 1FKPA 4AHCA 4XIUA 1LV5A 4F8RA 4DTXA 3FFIA 1KSPA 4DTSA 1X9MA 3HYFA 4RW6A 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTJA 1P90A 3K5OA 1K8KB 1QQNA 4BRFA 5I42A 4FWNA 4QS7A 1GOAA 2KFZA 3L6QA 4CBWA 4BDPA 1EP4A 4BE0A 1MA9B 4YHHK 3P39A 4BWMA 4KAZA 3OYIA 1DT9A 4UQGA 3CIPA 1NK8A 4O8UA 4A5BA 1QSLA 5FPMA 2F8TA 4Y1CA 1G15A 3RSEB 4I6MB 4YOWA 1VQ7N 1TL1A 2V52B 4ISEA 4IG3A 3TTCA 2A1RA 1L3VA 3D7EO 4CHOA 4W5QA 3LALA 1N34K 3O4QA 2ETJA 1BGXT 4JRPA 4CGGA 1RBVA 4W5OA 3D2EB 3LAMA 2O4GA 1C0MA 1DGKN 5E41A 1OH6A 4A2AA 2YNGA 5FPEA 1HYSA 2YNHA 3AVMA 4ELUA 1IKVA 4E1NA 1YTUA 3O4WA 4JEPA 4MDAA 4YOUA 2P9LB 3ATUA 4E7LA 3QEXA 3SQ0A 1R0AA 3WNHA 2ZJRL 4W5TA 1BHLA 4Z4IA 2XY8A 1ZBFA 1QTMA 1D8YA 1RT2A 4KPYA 2HHUA 5LY3A 4PQUA 4IBNA 3JAMO 3EE9A 3B6PA 3ULDA 3IAYA 5J2QA 4FJXA 4DV4K 1DKGD 5AQPA 4KHPK 3OS0A 2G8IA 3THYA 3H08A 3RRGA 1EO1A 3VEZA 3HTVA 4CJ3A 4FK4A 3QO9A 3IUCA 1GLLO 1HR0K 4DUYK 3VERA 4CZHA 1E4GT 4B1XB 4DCHA 2PYLA 3HOTA 4FM0A 3SJHA 3NCIA 1N33K 4KKOA 1RILA 4CJUA 3AVIA 5BRFA 3O9TA 1IKXA 4FWSA 4JKGA 3QEVA 2FBTA 1RCHA 3LDLA 3WXKA 2PY5A 2P9PA 3PIPL 2XRIA 1YVUA 4KHWA 1U6ZA 1WSFA 1BCOA 4YOYA 2P9SA 3AAQA 1Q7YO 3VGMA 3U4LA 1KFSA 2OPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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