2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RNase H
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
4W5TA 4KI4A 1TV6A 4FJLA 1VSFA 1FK9A 4DSIA 4IBNA 1GOBA 2HHXA 3V4IA 4KHSA 1B92A 4BDPA 2XO7A 3ZCMA 3M8PA 3LAMA 3MECA 1U04A 3MEEA 3AVHA 2OYQA 3CM6A 1ITGA 4HCCA 1C6VA 1WLJA 3PO5A 4CEAA 1TKDA 1NK5A 3AVMA 2ZD1A 1NJWA 3RWUA 2YNFA 4Z4IA 3KKRA 4O0JA 3KJVA 3VA0A 1HMVA 1JLFA 2G8HA 4DU4A 3ZSZA 3KLFA 2OZSA 2ZQBA 4CJQA 2YNIA 3DLEA 2KW4A 3AVNA 3I0RA 1C0TA 2HHVA 1CLQA 2WONA 4ID5A 3VQQA 1JL2A 4JLHA 4OKJA 1CZBA 1J9AA 4E7HA 2F8SA 4M41A 4CK1A 3ASMA 3ITHA 1L3TA 1C1CA 3OYKA 1XHXA 3U3GA 5J2PA 1IKYA 4Z4FA 1S1WA 1LW0A 1NOZA 1LW2A 1VRUA 2I5JA 4E19A 4FJ5A 3MXMA 4G1QA 2F8TA 4FJHA 2RKIA 3LAKA 4O55A 2XY5A 3CFOA 2VG5A 1EX4A 3DOKA 3L3VA 4FJNA 4CJFA 4AHCA 3VQ5A 3QEIA 4CJ5A 3DOLA 3KK2A 3IRXA 1C0MA 1UWBA 4OVLA 1YT3A 3VQ8A 4AH9A 4OPKA 1ASUA 4CJTA 3SQ2A 3SUNA 3HO1A 1KVAA 1HQUA 1JLBA 3P5JA 1RDBA 4RW7A 3VQ9A 3NH2A 2E6LA 3KK1A 3EY1A 3WNEA 3DLRA 4DTRA 3HPHA 1IKWA 4H8KA 3EZ5A 4DTNA 4QAGA 1JLGA 2OPRA 3RRHA 4FZYA 2XRIA 1HPZA 4CIEA 3T1AA 4FJ9A 5FRNA 2HMIA 1W0HA 4E7KA 5SWMA 4Z0UA 2XY7A 3TAQA 1SKRA 4FM0A 3G10A 4CHQA 4CE9A 2DFHA 4CEDA 1B9DA 3SPZA 4KHWA 3LZJA 4FK4A 2QK9A 5CYQA 4J2EA 4PUOA 2JGUA 5HBMA 2ETJA 4CJSA 1S6PA 4FLUA 4CEBA 3BGRA 1BI4A 4CHOA 1VRTA 4M3WA 3TR8A 4JS5A 4IDKA 4CJEA 4N5SA 1TVRA 1BHLA 1BIZA 3H08A 4BDZA 2YNGA 2HHUA 1L3UA 1NK0A 5FROA 1ZBHA 4KKOA 4FM1A 3PV8A 1RILA 5HRPA 3HVTA 4M3ZA 2P1JA 3K5OA 4HVJA 4FJJA 3HPGA 1JLCA 2PYLA 5I3UA 4C8NA 4CJPA 4CFBA 3OS1A 1CZ9A 4HUEA 1FKPA 2IAJA 2A1RA 1RBUA 1A5VA 4DU3A 2G8KA 4I9QA 2QKBA 5HRSA 1QE1A 4W5OA 1QSYA 1NK7A 2GUIA 4DTPA 3OYFA 4C8OA 3OJUA 3V6DA 3PY8A 3S3NA 1S5JA 2NUBA 1QS4A 4FYDA 2JLEA 3L2RA 3V9WA 4RW9A 3V1RA 3KLHA 2B5JA 4C8MA 3K5NA 2D0BA 3C6UA 1JXEA 4FVMA 4GMJB 3ZSRA 2ATQA 1Q8IA 3AVKA 2F96A 3ZT1A 4CF0A 4CEQA 3O3HA 1LAVA 4B9MA 4FJIA 1BIUA 4QOZB 1KCFA 3SCXA 3NH0A 3B6OA 3P1GA 3SJJA 3TAMA 4CJRA 4AHVA 3V1QA 1ZBUA 3TAEA 4NYFA 4O0IA 3RR8A 4HUFA 4BE0A 1RTDA 4HCBA 1KVCA 1U45A 1NKEA 1WN7A 3LP3A 5DMRA 3VQAA 3TANA 1I3AA 1VSEA 4DWIA 4KI6A 5FRMA 3F9KA 4JRPA 2XY6A 5K14A 1LWEA 1S1UA 4LD0A 3RMDA 1QHTA 2B6AA 1HYVA 1RBRA 4CERA 3U3YA 3ZSOA 1GOAA 4DTOA 3V9ZA 1BQNA 2GBZA 3MEGA 3I8DA 4FZXC 4DFPA 4B3OA 1NJZA 1VSIA 3O3FA 2XY8A 1EETA 3AVFA 3AO4A 2DTUA 3KLEA 4JS4A 1J53A 3NF7A 3AO5A 4FLZA 3KKSA 3HVRA 2B4JA 4CF1A 4DF8A 2KZMA 2G8WA 2EX3A 1JKHA 3LANA 3VQ7A 4CF9A 3OYIA 1U48A 4BACA 3HSTB 1WSGA 4DTUA 1RBSA 3T3FA 2O4IA 4FJ8A 3CYMA 1WSJA 1LWCA 1RBTA 1BCOA 4KV8A 3ZT2A 3PX0A 1JLQA 1RBVA 4FCYA 4FJXA 4N76A 4LY7A 1RNHA 3QIPA 3DLKA 3OVNA 3A2FA 3NFAA 4DSKA 4F2RA 1UA1A 4CFDA 1U49A 1RTHA 3FFIA 4CJUA 2FC0A 4E0DA 1ZBLA 3DI6A 3O4QA 4CEEA 4DMNA 1DTQA 4OGEA 3L2QA 3OYDA 4KO0A 2D5RA 1DLOA 4KHYA 2Z1HA 3JSMA 3CFRA 4FW1A 2DFEA 4DFKA 4KB1A 3K5MA 3S9HA 2VG6A 3QETA 2HNDA 5CZ1A 4DSLA 4RW4A 3AVIA 3K5LA 2W42A 4M3UA 1YTUA 4CGJA 2FBTA 1D5AA 4IG0A 3KLIA 1QQCA 4GVMA 4OKEA 3DLHA 1N5YA 3OS2A 4EP5A 1RT2A 4EP4A 4R5PA 1Q9YA 3ZSWA 4F2SA 1KVBA 2KTQA 3O3GA 4O4GA 3KD5E 1KTQA 2Y1IA 4M3TA 2HNZA 5D3GA 1WAFA 3AA3A 3C6TA 2BDPA 4I2PA 3DRPA 3OYAA 4KHUA 4EZ9A 3MXJA 4CJ4A 5T7BA 3S3MA 2G8IA 1DTTA 1MU2A 1TAQA 3SYZA 1JLEA 2HB5A 1U4BA 3SQ1A 4CCHA 4B9SA 3JYTA 4W5NA 1YTAA 4FW2A 4FJGA 3V1OA 2Z1IA 3IS9A 5C42A 3ZSYA 5KTQA 3L3UA 2KFZA 3D45A 1ASVA 2QKKA 2P5GA 3LALA 4OGCA 5KGXA 1BQMA 2FBYA 1BL3A 3RMCA 4DQIA 4ELUA 5E41A 3E01A 1T7PA 3TAGA 1IO2A 4CEZA 4CF8A 1VK0A 3M8RA 4WE1A 4KTQA 3HJFA 3AA5X 4IFYA 3ZT3A 3RMAA 3QEXA 1WAJA 4F3TA 3SZ2A 1ZYQA 3VQBA 3MEDA 3V9SA 1SL1A 5HROA 1W9HA 4ZTJA 2Z1JA 4TSXA 3NHGA 1T03A 4DTSA 1R0AA 3DYAA 3OS0A 3HPOA 1SKSA 1RDAA 4M3YA 5KRTA 3RTVA 1HYZA 4LSLA 3AA4A 4GW6A 3VQEA 2IOCA 4CK2A 3QEVA 3AVLA 3VQPA 3OYJA 4DQPA 4M42A 4BWJA 3OYHA 1RT6A 1X9SA 1T8EA 4ZHRA 2IC3A 3LP0A 4UQGA 4BE1A 4FLTA 4ZTFA 1S1XA 1TKXA 3HYFA 4J2DA 4Y1DA 4J2AA 4PWDA 1D9DA 4CFAA 4DQRA 5J1EA 1TAUA 2BANA 3QESA 4W5RA 1D8YA 2HVIA 4LSNA 1C0UA 1GOCA 4E1MA 4BDYA 1WSEA 4H4MA 3PX6A 4CF2A 1NK4A 1VSJA 4I9LA 4JRQA 1L3VA 2A1SA 3QO9A 3M8SA 3LWMA 4BWMA 3UIQA 4Z4HA 3TAPA 2YNHA 5HP1A 3G0ZA 1HRHA 1XI1A 4DTMA 1NKCA 2KQ2A 4KHNA 1U47A 4Q5VA 5J2MA 1BGXT 1L3SA 4Z4EA 3SV4A 1N6QA 2P5OA 1HNVA 4KTZA 3HP9A 3DRRA 4MQ3A 4DU1A 3MXIA 1UA0A 3NDKA 1XC9A 4F8RA 4KAZA 5KRSA 1TGOA 4FLYA 1RT3A 1RCHA 2EHGA 2HNYA 1X1PA 3ZT0A 4PA1A 4DFMA 4B9LA 3LPUA 4FLVA 3VQ6A 3MAQA 4FLXA 1BCMA 3QINA 3RRGA 1B9FA 5C24A 3K59A 3ULDA 1SV5A 1NK6A 1VSMA 4HHTA 4CHZA 1D9FA 2O4GA 3DM2A 4FK0A 3NF8A 5KGWA 4E1NA 5C25A 3PX4A 2QXFA 4FK2A 1VSKA 1FKOA 1VSDA 1REVA 3KTQA 5DK5A 1QSSA 4KB0A 4FXDA 4OLAA 2IDOA 2WOMA 4DSJA 1A5XA 3IAYA 3SUPA 3TWHA 4DG1A 1RT7A 1S1VA 4YNQA 4OJRA 2LSNA 4ID1A 2BE2A 3I0SA 3OYCA 3C94A 3K58A 1NJYA 3L2UA 1NOYA 4O44A 2PY5A 4EZ6A 4FZZA 4CHNA 3L2VA 3DLBA 1K6YA 1Y97A 2VWJA 2E6MA 2D0CA 3B6PA 4Z4CA 1TK8A 2VG7A 3NAEA 4K8XA 1CXQA 2HHQA 2XHBA 1NKBA 1XHZA 1A5WA 4AHSA 3THVA 1QTMA 4F3OA 2Y1JA 3IG1A 3V9UA 2HW3A 2D0AA 3ALYA 1TKZA 3QNNA 4I2QA 3SI6A 1J5OA 4LH5A 2G8UA 2Z1GA 3NGZA 2Q3SA 1C1BA 4I7FA 4CJ3A 1RDDA 1WSHA 3TAFA 4KPYA 1VSHA 3O4NA 3SNNA 4NCBA 1F21A 3KIOA 2IGIA 3QIOA 4E7LA 3QEWA 2HHWA 5KI6A 1YVUA 3AVBA 3AO1A 1Q9XA 3BDPA 3WNFA 4KTWA 4CGFA 4DS5A 1HNIA 4E7JA 3T19A 2G8FA 1UOCA 2DFFA 3M8QA 1TK0A 3CM5A 5CZ2A 2R7YA 3EYZA 5JS1A 2X78A 1RT4A 4CJVA 2E4LA 1WSIA 3CQ8A 3AO2A 1SKWA 2X74A 3DMJA 3PUFA 1CXUA 3WNGA 4CEOA 3OYEA 3C95A 4IG3A 4B08A 2ZE2A 5FDLA 4DTJA 3V81A 4FJMA 3ZSVA 2YKMA 4FLWA 1NK9A 4NCAA 1SL0A 1HJRA 3LWLA 3RMBA 2OA8A 4CEFA 4ELVA 4F4KA 5SZTA 3HP6A 1G15A 2X6NA 4DQSA 3AVJA 3CG7A 3NGYA 1TK5A 3KK3A 4M3XA 4Z4GA 1SUQA 3ISNC 1ZBFA 2RF2A 4B9UA 4ELTA 5CY4A 1ASWA 3PO4A 3OJSA 4RW6A 3DRSA 5J2NA 3SQ4A 4QCLA 2P51A 4N47A 5HRNA 4DLGA 3NCIA 2YHBA 1EXQA 4N56A 4DS4A 3QEPA 4KFBA 2HVHA 2HHSA 4M45A 4ICLA 3ZSXA 2RPIA 5J2QA 1S9EA 4OPJA 1EP4A 3SUOA 1RDCA 2OPPA 4CGDA 3CFPA 4DQQA 3RR7A 3NH1A 1L5UA 4CHPA 3LPTA 4CJLA 4RW8A 4CJWA 1LWFA 3AV9A 1X9WA 1S1TA 4PY5A 3L2WA 4O5BA 4AHRA 3OYLA 1NJXA 3TI0A 1BISA 1ZBIA 3OYBA 4DSFA 4DF4A 3VQCA 2FBXA 4W5QA 4H4OA 2GV9A 1HYSA 1WSFA 2VWKA 4E89A 2HHTA 4CIFA 3P83D 4E3SA 1O1WA 2AJQA 4KHQA 2YKNA 1EKEA 2RN2A 3ZT4A 3F73A 2PZSA 2DY4A 2YHAA 3NF9A 1I39A 1X9MA 4OLBA 4IKFA 3K2PA 3LP2A 3K57A 1KFSA 5HRRA 4KREA 3SQ0A 1FXXA 4OKKA 3VQDA 2PYJA 1JL1A 1RTJA 1HQEA 3TARA 3AVGA 3NBPA 3LP1A 3D0PA 3AVAA 5HLFA 4B8AB 2BGGA 1VSLA 3TABA 5CYMA 3VN5A 1J54A 1RT1A 3OY9A 2FBVA 4CK3A 3QLHA 2KFNA 4IFVA 3DLGA 4B9NA 3AO3A 1RTIA 2X6SA 3NGIA 3SV3A 3VA3A 1IKVA 4KRFA 2OPQA 1BI4B 5EU7A 3LZIA 4FM2A 3QNOA 4C8KA 4NCGA 4CGHA 3HXMA 4N41A 4NYNA 1KFDA 2ITGA 1KLNA 4AHTA 3QERA 2G8VA 1QSLA 4C8LA 3U6FA 4DSEA 2OPSA 4XIUA 1Z26A 3AA2A 3HT3A 1IH7A 4L8RB 3OYNA 4CFCA 3SPYA 4FJ7A 1LV5A 4E7IA 3NE6A 3OYMA 2KZZA 1S6QA 4HTUA 3HL8A 3NF6A 3AVCA 3KLGA 4CIGA 3V9XA 1KLMA 4DTXA 4AILC 5I42A 3S3OA 1WNSA 4Q0BA 1XWLA 1JLAA 4Y1CA 1KSPA 1Z25A 4RG8A 4YFUA 1C1AA 4DFJA 4J2BA 3HM9A 4HUGA 1KRPA 4AHUA 3WNHA 3LDSA 4PQUA 4B8CA 2YV0X 1T05A 1IG9A 1S9GA 4DLEA 5JS2A 3OYGA 1NK8A 4CESA 4CJKA 1TL1A 1UAXA 4LH4A 3HK2A 4CECA 1RT5A 1TKTA 2OZMA 4M3RA 4BE2A 4K8ZA 1TL3A 4MFBA 3ZSQA 1IKXA 4FJKA 2IS3A 1JXBA 3SUQA 4B9VA 3KD1E 4CGIA 1SL2A 1LAWA 3VQ4A 4B9TA 3L8BA 4CHYA 4CGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TV6A 3M3ZA 4IBNA 3V4IA 4C1NI 1B92A 4KHSA 3Q7BA 4YOTA 3MEEA 2OYQA 3HOTA 1BO5O 3PO5A 3CF5L 1NK5A 1NJWA 4DU4A 3CCVN 3I0RA 1C0TA 3H1QA 1CLQA 2GWKA 4B1YB 1CZBA 4WYBA 5BREA 3D7EO 3I33A 1IKYA 2D0PA 1LW0A 4E19A 1LW2A 3MXMA 2Q0UA 4O55A 3CFOA 3THWB 2VG5A 4FJNA 3E9PA 2A3ZA 4OVLA 1YT3A 3VQ8A 4AH9A 3K9KA 3SQ2A 4JI6K 3NH2A 1RDBA 2E2OA 1OKJA 4JD2A 1NNEA 4BC5A 4BGBA 1IKWA 2QWLA 3EZ5A 3FZHA 4QAGA 1JLGA 1HPZA 1TYQA 4CIEA 1IBLK 3T1AA 2QW9A 2H3GX 5KPTA 4E7KA 3TAQA 4Z0UA 1SKRA 3BY5A 1HR0K 4CHQA 2QWOA 2DFHA 3KK7A 1B9DA 4FK4A 2I7NA 4YOWA 2YI1A 3EN9A 4GV6A 3EKSA 4CEBA 3BGRA 4M3WA 4JS5A 4HWIA 2OCEA 3LDQA 1BHLA 1BIZA 3H08A 4A57A 1ZBHA 4KKOA 3QB0A 2P1JA 3K5OA 1JLCA 2G8KA 1RBUA 1A5VA 1P8ZA 3FLCO 5JMVA 1QE1A 5LJVA 3TPQA 1GLCG 3V6DA 4FWNA 3PY8A 1QQOA 3S41A 5C12A 2UUAK 3SAHA 1QS4A 3CC4N 4L3QA 2O8CB 3K5NA 2F7TA 4CZHA 2BTFA 2D0BA 1GLDG 1KAXA 4CEQA 2F96A 4RWTA 4FSVA 1QZ5A 4CJRA 1ZBUA 4HUFA 4H5NA 3DXKA 1RTDA 1WN7A 4DWIA 4JEPA 1I3AA 4KI6A 3VERA 4B3SK 1QHTA 3AAQA 1SAZA 3U3YA 4DTOA 3CD6N 5AZJB 5EXWA 1NJZA 3LL3A 1EETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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