2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
molecule keywords RNase H
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
4I9LA 1KLMA 2F8TA 4CHYA 3DMJA 4KI6A 2KZZA 3DLEA 4W5OA 2GV9A 3CYMA 3HL8A 4Y1CA 3U3GA 4CJEA 3NGIA 1QSLA 1HQEA 3VQ4A 4KREA 4AHTA 4C8KA 4IFYA 1L3SA 2IAJA 4KHQA 2XRIA 4ZTJA 4Q0BA 5FROA 3L3UA 3ZSRA 1W9HA 2GUIA 4DF4A 2OZSA 4KRFA 2DFHA 2KZMA 1C0UA 4EP4A 2P5GA 5J2NA 4F2SA 2DY4A 1BL3A 1IH7A 3VA0A 2XY6A 4EZ6A 4AHRA 3SPYA 2F8SA 4B9VA 4KTQA 4W5TA 3SV4A 4Z4FA 1EX4A 2AJQA 3PUFA 1G15A 1Q9YA 4M3TA 3AVGA 4GVMA 4DTNA 4JS5A 4CJWA 3D45A 3ZSZA 1BI4B 4KPYA 1S9EA 2IC3A 3KD5E 4I2PA 1DTQA 4BDYA 4J2EA 2KTQA 4DLEA 1ZBFA 3TANA 4J2BA 1JKHA 1HNIA 1VSMA 3OYGA 4AHUA 1NJXA 3AVFA 1IG9A 3NF9A 4CGFA 3F73A 2BGGA 4CGIA 4FJJA 5KTQA 1A5VA 3AVHA 4BDPA 2VWJA 3MEGA 4B9NA 3VQQA 3OS2A 3M8RA 3SJJA 1RT4A 3OYHA 4DFMA 4H8KA 4KI4A 3CM6A 1U45A 1S1XA 4DG1A 4F2RA 2YV0X 1S1TA 1RTIA 2OPQA 3ZCMA 5FDLA 2NUBA 4DSIA 3V1OA 1W0HA 4BE0A 3ZT3A 4AILC 5C42A 4FK0A 1S5JA 3CQ8A 4E7IA 4IKFA 2E6MA 1B9FA 3AVIA 4N47A 5I42A 1X9MA 5CYQA 4K8ZA 4FJNA 1HYSA 1YTAA 1KSPA 1XWLA 3V1QA 4CK2A 4GMJB 1L5UA 5C24A 1I39A 3MECA 4CIEA 4DWIA 3MEEA 4NYFA 2HNYA 3HSTB 1C1CA 2IOCA 4FW2A 1EP4A 1S1UA 2LSNA 3S3OA 4OGEA 3QIOA 2E4LA 4CEAA 2QKKA 4CERA 3H08A 4ICLA 4FK4A 3SV3A 1NK5A 2FBYA 4ID5A 4DLGA 4DU3A 4KHNA 4FM0A 4M3UA 4FM2A 3SZ2A 1SKSA 4B9UA 4CJUA 1CLQA 1FXXA 3WNHA 4PWDA 1KVCA 4CEFA 2X74A 3ZT0A 4N5SA 4DTXA 2ITGA 1T7PA 4O5BA 3LPTA 2HHXA 4CJFA 3KK2A 1IKXA 1YVUA 4KV8A 4B08A 4CESA 3OYLA 4Z4GA 3RWUA 4I7FA 3SUQA 3TAQA 3KD1E 3DRSA 3I0RA 4M41A 3HXMA 5I3UA 3NDKA 3DLBA 2ZE2A 1BIUA 4ELVA 1TAUA 4CJLA 4IFVA 1I3AA 3K5LA 3HVTA 4CFCA 3KKRA 4AH9A 3S3MA 4M3YA 5KRTA 1BQNA 3OYKA 3E01A 1RDBA 1RTJA 3QIPA 3NF8A 3D0PA 1WSFA 4DU4A 1JL2A 3QETA 1VSIA 4BWJA 4CF2A 4OLBA 4JLHA 1BHLA 4LD0A 1SV5A 4CHZA 1RNHA 3QO9A 2Y1JA 3AVAA 2JLEA 2FC0A 3DLGA 4CIGA 4B9SA 1GOCA 2KFNA 4YFUA 1EETA 3V9XA 5T7BA 2KFZA 5K14A 1NKBA 4JS4A 4BACA 3K59A 3SCXA 1JXEA 4WE1A 4FJGA 3OYIA 4F4KA 1HPZA 3ALYA 3ZSWA 2DTUA 2OPSA 3LAKA 4Z0UA 4DU1A 3U3YA 5CZ1A 5C25A 1C1BA 1TKXA 3L2RA 1QE1A 3AV9A 1ZBHA 4M3RA 1CXUA 4FZYA 4DQQA 3DOKA 1LAWA 2PYJA 2D0AA 4RW7A 3QEWA 1RT6A 4KKOA 3VQEA 5HRRA 3NGZA 3TAGA 1S6PA 2X6SA 3RRGA 2HHWA 1BQMA 2FBVA 4Y1DA 3LP3A 3ZSOA 3MAQA 4K8XA 4M3WA 1L3TA 3O4NA 4Z4IA 4RW4A 3HPOA 3ZSYA 4N41A 2Z1HA 1IO2A 1SUQA 1TV6A 2RF2A 1TL1A 3CM5A 5KGWA 1NJZA 2YNHA 2HVIA 3QLHA 3AVJA 3AO2A 3AO1A 4CEDA 3C6UA 2G8HA 2OZMA 3OYAA 1WLJA 2Y1IA 1LWCA 4FLXA 3PY8A 4FXDA 1RT5A 2VWKA 4FVMA 1RBVA 4OKJA 4CEEA 4HVJA 4OLAA 2HHSA 4CJVA 3AVKA 4FZXC 2HHQA 1F21A 4M42A 3AVNA 4FCYA 1XC9A 3TR8A 3HPGA 3NF6A 3ZT1A 1TGOA 4HUEA 3TI0A 1L3UA 4FM1A 1B9DA 4FYDA 4Z4CA 3DLKA 1VSKA 2IDOA 2OPPA 2Z1JA 4PUOA 1TK5A 4RW9A 4CEQA 3A2FA 2KW4A 3DOLA 1KFDA 3B6OA 1LWEA 1C0MA 2F96A 3KK1A 4DTRA 2HVHA 4L8RB 3KLGA 4BDZA 1QTMA 1UOCA 4O4GA 4HHTA 1HQUA 1Y97A 4O0JA 4KTZA 4OKEA 4KHUA 1VSHA 4OPKA 2ETJA 3DLHA 4KB1A 3I8DA 1QSSA 4I9QA 1UA1A 2HW3A 2YKMA 3THVA 3JSMA 1VSFA 1N6QA 3AO5A 1T8EA 1BCMA 3O3FA 4F3TA 5JS2A 1LWFA 1U4BA 5HLFA 1T03A 5D3GA 2VG5A 3ZT2A 3NHGA 4DF8A 3NCIA 1UWBA 2P5OA 4CCHA 4EZ9A 4ZTFA 4IDKA 1TKZA 1NK4A 3HO1A 1Z26A 3TAEA 1TVRA 2A1RA 1RILA 3DRRA 3L3VA 4I2QA 4BE1A 5HROA 1ZYQA 2R7YA 4ZHRA 4C8MA 1SL1A 1HNVA 1SKWA 4AHVA 3VN5A 1TK0A 1JLBA 1BISA 1ZBUA 3P5JA 4DMNA 4DS4A 3RMCA 1FK9A 1RDCA 4DS5A 1NOZA 4LY7A 2W42A 1U04A 1VSJA 3LWLA 3RMBA 3HYFA 3OYEA 4DSKA 3KLIA 1JLCA 1JLGA 3OYNA 2YNIA 5SZTA 2G8VA 3ISNC 4HUGA 4FJXA 2VG6A 3LP1A 1VSEA 4H4MA 4BWMA 3K2PA 3KLFA 2IS3A 3CFOA 4DQRA 3SUOA 1KLNA 5FRMA 3RTVA 3AA4A 4CECA 4RW6A 1RCHA 3VQ8A 1JXBA 1IKWA 1QHTA 1REVA 2OPRA 3AO4A 4R5PA 2QXFA 2X78A 4KHSA 4PQUA 2HHVA 3IAYA 4W5NA 3V1RA 4CK3A 4W5QA 3SQ0A 4DSJA 2P1JA 2HNZA 3RMAA 1J53A 4CJKA 1VRUA 3V6DA 3VQ9A 3UIQA 2G8WA 4DQPA 1QQCA 3DI6A 2P51A 5HRNA 1BGXT 4B3OA 4RW8A 1NKCA 4E1MA 3VQCA 1SKRA 3F9KA 1FKOA 3P83D 3TAMA 4DTSA 3DYAA 4DFPA 4CF8A 1ITGA 3NH2A 5CY4A 3C94A 4M45A 3QNNA 2JGUA 3KLEA 4FJLA 4KHYA 3L2QA 1HJRA 1BI4A 4DSLA 1C0TA 1BIZA 1VK0A 4LH4A 1RTDA 3NGYA 4CJ3A 2RKIA 4GW6A 1SL0A 2WONA 4FW1A 4OVLA 4AHCA 1IKVA 1X1PA 2X6NA 4FLZA 1NOYA 3V81A 3BDPA 1WAJA 3VQDA 4E7KA 2FBXA 4C8LA 1X9WA 3AA2A 1UAXA 1L3VA 2HB5A 3SUNA 5JS1A 2HMIA 4LSNA 4DTJA 4B9MA 3NAEA 3K5MA 3KKSA 3L8BA 2FBTA 3PX0A 4CGDA 3QESA 4QOZB 4CJ4A 2HHUA 3QEIA 3HVRA 4CFAA 5DMRA 3C6TA 1KVAA 1C1AA 2RN2A 3HT3A 3RRHA 5KI6A 3OYFA 3WNEA 1RT7A 4FZZA 2YNFA 4EP5A 4UQGA 2G8UA 4CEBA 1S6QA 3LALA 3LPUA 2XO7A 3LZIA 3PX4A 5HBMA 3SI6A 2YHAA 3TWHA 4KO0A 4NCGA 1J5OA 3K5OA 3G0ZA 3K57A 1VSDA 4CFBA 1Q8IA 4HUFA 4FJ7A 4M3XA 1S1WA 1JLFA 4CHNA 4CFDA 3QEVA 2ATQA 4TSXA 4CJ5A 1HMVA 1QS4A 3OS1A 1T05A 3V4IA 3KIOA 4FJKA 2Z1GA 1QSYA 4DSFA 4CHPA 4E89A 5CZ2A 4C8NA 1YT3A 4Q5VA 4FJMA 1B92A 1RBRA 1ZBIA 1BCOA 3VA3A 4CGHA 1IKYA 3RMDA 1TK8A 2XY8A 1NJWA 1A5XA 1S9GA 4DFKA 3ZSXA 3TAFA 3G10A 3QEPA 5DK5A 3HPHA 1HYZA 1RT3A 4FJ5A 3OYDA 1EXQA 1EKEA 4CJSA 3OYJA 1U48A 1FKPA 1WSGA 1JLQA 4ELTA 1RT1A 3AVLA 3MEDA 3IS9A 4FLVA 4DQSA 3LDSA 2D0BA 4E3SA 1JL1A 3QINA 1KTQA 4E1NA 1K6YA 3NBPA 3SPZA 3L2UA 3NF7A 2G8KA 2XY7A 1ZBLA 1VSLA 1DLOA 1RT2A 3M8PA 3ASMA 4NCAA 4JRQA 4KFBA 4CJQA 3MXJA 3PO4A 2ZQBA 4AHSA 2DFFA 3ULDA 4LH5A 1KCFA 4IG0A 4NYNA 3OJSA 1LV5A 2PY5A 3KK3A 1NK7A 3OVNA 3OJUA 3OY9A 4DSEA 3I0SA 1RBTA 2YNGA 1D9DA 4QCLA 2KQ2A 3ITHA 3WNGA 4OPJA 5J1EA 1CZBA 3KJVA 3O4QA 3PV8A 3RR7A 4B9LA 3AVBA 4CEZA 3ZSQA 2E6LA 4BE2A 4M3ZA 3CFPA 3LP2A 4DQIA 2O4IA 3AVCA 1GOAA 3JYTA 1ASVA 1MU2A 4CHQA 4CF1A 4E19A 1NJYA 3RR8A 1D8YA 1KFSA 3LZJA 1J9AA 5FRNA 1TKDA 3FFIA 3T3FA 3EZ5A 4B9TA 3KLHA 1NK9A 5SWMA 2D5RA 4KTWA 3SNNA 1CZ9A 4FJ9A 4MFBA 2XHBA 1C6VA 3V9WA 4ELUA 4N76A 4PY5A 2QKBA 2GBZA 2Z1IA 1LW2A 2HHTA 4E7LA 3K58A 3T19A 4B8CA 4O44A 3SQ4A 1KRPA 3V9ZA 3HK2A 3M8QA 4OKKA 4C8OA 4OGCA 1WN7A 1RBSA 3S9HA 4HTUA 5KRSA 3L2VA 1TAQA 4QAGA 3V9SA 3KTQA 4IBNA 4CJPA 4PA1A 3AA3A 3IRXA 2HNDA 3QEXA 4FK2A 5J2MA 4RG8A 5HRSA 1RDAA 3EY1A 5KGXA 3CFRA 2B5JA 5EU7A 3MXMA 1A5WA 2BANA 3DRPA 3AO3A 5HRPA 4HCBA 3O3GA 3SUPA 4OJRA 5E41A 4W5RA 4XIUA 5J2QA 2OYQA 3IG1A 4FLWA 4CK1A 2YHBA 2YKNA 3SYZA 3S3NA 3OS0A 4LSLA 1R0AA 1XHZA 3V9UA 3CG7A 2RPIA 2D0CA 4DTUA 3NFAA 3VQ5A 1VRTA 4DTOA 4F8RA 3HJFA 2ZD1A 1TL3A 1RBUA 1NK0A 2G8FA 3M8SA 3TAPA 1NKEA 3O3HA 1ASUA 4F3OA 3T1AA 4B8AB 3VQAA 3OYMA 3DLRA 1WSHA 3LWMA 3VQBA 1WAFA 1WSJA 4YNQA 4IG3A 2BDPA 1J54A 1LW0A 2DFEA 1HRHA 4O55A 1Z25A 3AVMA 1RTHA 4G1QA 3PX6A 2OA8A 1LAVA 4KB0A 3WNFA 2A1SA 3MXIA 2I5JA 4FJ8A 2PZSA 1RDDA 4CF9A 1JLEA 1HYVA 3P1GA 1D5AA 5J2PA 5HP1A 4CEOA 1YTUA 3PO5A 3C95A 4DFJA 4DTPA 3HP6A 4ID1A 4CJTA 4FJIA 1Q9XA 3QERA 4FJHA 3B6PA 4CIFA 2PYLA 4Z4EA 1U47A 5CYMA 4CHOA 1TKTA 3NH1A 2IGIA 3LAMA 1XI1A 1SL2A 2G8IA 2B4JA 3U6FA 2O4GA 2EHGA 2EX3A 3ZSVA 1GOBA 4FLYA 2B6AA 3VQ6A 3L2WA 4E7JA 4N56A 4KAZA 3K5NA 4JRPA 3NH0A 3QNOA 1S1VA 4FLTA 1XHXA 1U49A 1NK8A 1O1WA 4E7HA 3LANA 1DTTA 4MQ3A 3DM2A 3NE6A 1CXQA 3ZT4A 2XY5A 2Q3SA 4NCBA 1D9FA 2WOMA 4CJRA 4O0IA 1JLAA 3TABA 4E0DA 4H4OA 3SQ1A 1ASWA 1X9SA 4HCCA 4J2AA 3SQ2A 2VG7A 1UA0A 3HP9A 3LP0A 1N5YA 1KVBA 1WSIA 4J2DA 3EYZA 3VQ7A 3OYCA 4FLUA 4Z4HA 1WNSA 3OYBA 3HM9A 3VQPA 2BE2A 1WSEA 3BGRA 4CF0A 4CE9A 4CGJA 4DTMA 3TARA 4CGGA 1NK6A 2QK9A 3AA5X 4KHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 4CZEA 2F8TA 3UKRB 2KZZA 4W5OA 4BR2A 3HL8A 4YY3K 1QSLA 3WXJA 1HQEA 2Q0UA 2QXLA 4AHTA 4C8KA 4IFYA 3NVKA 4KHQA 4ISEA 4Q0BA 1U2VA 3KHYA 1JCFA 2GUIA 3L3UA 5KPRA 4JAXA 3VA0A 1IH7A 4DV2K 2F8SA 4KH6A 3UKUB 1EX4A 3W3DA 4M3TA 3O5BA 4B1VA 4CJWA 3D45A 4JS5A 5CR4A 4BDYA 3TSUA 3TANA 3U4LA 1JKHA 1VSMA 4QS8A 3NVMA 2BGGA 1IG9A 3F73A 4CGIA 1NBWA 3U9ZA 4GV9A 1V4SA 5KTQA 3AVHA 3MEGA 3VQQA 3SJJA 4JEPA 1RT4A 4FPAA 1U45A 1TUYA 3THWA 4DG1A 4F2RA 2YV0X 3FGUA 2OPQA 1M90O 1QVFM 3V1OA 4EHUA 5C42A 4CBUA 1S5JA 5M1NA 3CQ8A 2CGJA 4IKFA 3AVIA 4DR4K 4JV5K 2O8BA 3CQYA 1XWLA 4CK2A 2O8FB 4JD2B 2YJEA 4H0YB 2HNYA 3MWTA 1VAZA 3ENOA 3CJAA 4OGEA 4ID5A 1KAZA 2UUAK 4FM0A 1IBLK 3WT0A 4CEFA 4DR7K 4DTXA 2ITGA 4O5BA 2HHXA 3T69A 4BC3A 5KPTA 3WUHA 3OYLA 2JWLA 1HNXK 3TAQA 3KD1E 3DRSA 3AGKA 3HSCA 1QZ6A 2ZE2A 3FZMA 3H46O 4ELVA 4BC4A 4CZFA 5AQJA 3S3MA 2IVOA 3E01A 4WQ5C 1RDBA 3QIPA 3MN9A 2A5XA 5TKWA 3VF6A 1VSIA 1XNRK 4JLHA 4LD0A 3QO9A 2Y1JA 3AVAA 2JLEA 2FC0A 4B9SA 3CCEN 4YFUA 4IJAA 4JI8K 1HUXA 2ASPA 1KXPA 3FZKA 5DM6L 3CJBA 2O8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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