2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords RNase H
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
1X9MA 3HPOA 3HSTB 4LSNA 1S1TA 3WNFA 3PX6A 4KTWA 4DLEA 1C1BA 4OVLA 1QSLA 1RILA 2RPIA 4AHCA 4EP5A 1TKDA 1KTQA 3QIPA 4Y1DA 3V9ZA 4FLUA 3VQ6A 4KREA 3CG7A 2OPRA 1TAQA 3V9SA 1QTMA 5C25A 3NF7A 4M3UA 3DYAA 1N5YA 2D0CA 4CGFA 4H4OA 2G8VA 1TL1A 3PX4A 4Z4EA 2HHXA 4LSLA 4IG0A 2WONA 2OPQA 1O1WA 2VWJA 3QO9A 1RTDA 3DRPA 4CJFA 1T05A 4B8AB 2HMIA 2KZMA 2Z1HA 4DLGA 1D8YA 2QKKA 1SKWA 2P5GA 2QXFA 3KLEA 3QEWA 3C94A 3HO1A 3AVKA 1QSSA 3L3VA 4M41A 4N56A 4OLBA 3V9XA 3HPHA 3KLGA 3S9HA 4BDPA 4B9UA 1BGXT 4Z4IA 2NUBA 1BCOA 3KD1E 1UWBA 2JLEA 3TAPA 3OYFA 5JS2A 2FBYA 5KGXA 4DS4A 3V1OA 1EETA 3ZT2A 2HHTA 1YTAA 1EP4A 1RTJA 3AVHA 1U47A 1NJXA 3UIQA 3MEGA 3QNNA 3IS9A 3KK1A 1Q9YA 4F2SA 2HHVA 3DRRA 4CGJA 3HK2A 2YKNA 3QLHA 4CGIA 4HUFA 4FJ9A 1S9GA 4M42A 5CYMA 4OLAA 1BCMA 3B6OA 4YFUA 3K59A 1FXXA 4FLYA 3E01A 1QS4A 3DLGA 4EZ9A 4CESA 3HVTA 1RTHA 1VSEA 1JLCA 4I2QA 1XHXA 2GV9A 4DSJA 4W5RA 2Y1IA 1VSHA 4N47A 2HNDA 4F4KA 1WSIA 1GOCA 4E7KA 3SUOA 4FZYA 5KRSA 3V9UA 4B9NA 1Q8IA 2OYQA 1UA0A 1U48A 1X1PA 1T03A 4CF8A 4BDZA 1JLQA 4E0DA 1QE1A 4K8ZA 3NH2A 1RT1A 1TGOA 2E6MA 2YNIA 5SWMA 5HLFA 4B9LA 3LZJA 4I9QA 4J2EA 1W9HA 1ASVA 4J2AA 3DM2A 4F2RA 3HJFA 1FK9A 4DFMA 2HHQA 4W5NA 4BACA 3SZ2A 4Z4HA 3ZSVA 5KGWA 3OYBA 3SI6A 4FJ8A 1YTUA 2P51A 3G10A 3ZSQA 1TL3A 1KLMA 2X6SA 5HP1A 1KLNA 4CFAA 3ZT1A 3OYLA 2VG7A 1L3VA 3VQAA 2RF2A 4M3ZA 1L3UA 4CJTA 4IFVA 4FM0A 4HUGA 5DMRA 3ZT3A 1ASWA 2HB5A 3F9KA 4CEQA 2EHGA 4BWJA 1U49A 2AJQA 3P1GA 2YHBA 3AA4A 3KIOA 4KHYA 4CEBA 3NE6A 4BE1A 4RW8A 4KPYA 4HCCA 2Q3SA 3CFOA 3C6TA 4OGEA 3AO1A 4B8CA 4E1NA 4E1MA 2HNZA 1DLOA 2XHBA 4JLHA 4ELUA 4FYDA 4R5PA 4C8NA 1JL1A 2YKMA 3OJUA 3O4QA 3V4IA 4CK2A 4JS5A 2KFNA 3AVCA 3D45A 3AO3A 1IKWA 3NH1A 3PV8A 4DSEA 4AHVA 3AO5A 4DTNA 2OA8A 4NCAA 1C1AA 2XRIA 1RT3A 3MEDA 5FRMA 3ZSXA 4DTPA 4NYFA 4CF0A 5SZTA 3QETA 4KHNA 1RNHA 4E7JA 2F96A 4BWMA 4E7IA 3OYGA 3SCXA 3PO5A 4QAGA 4CHQA 3VQ9A 4FJJA 1VSMA 1KVBA 1BIZA 4BE0A 4DTRA 2ITGA 2YV0X 3AO2A 1EXQA 5CYQA 1JLAA 4CGHA 4W5TA 3HPGA 2ZE2A 4CK3A 1BISA 1NJYA 2HVHA 3NFAA 4O0JA 3L2UA 4FJHA 3KTQA 5FROA 2ATQA 4KI4A 4KHWA 1IKVA 2P1JA 4DS5A 1D5AA 2ZD1A 3DLBA 4OGCA 3IRXA 1D9FA 2KW4A 3O3GA 2D0AA 5FDLA 4AHTA 2YNHA 1HYSA 3ASMA 4IG3A 3VQ8A 3VA3A 5CZ2A 4E19A 1RTIA 1WN7A 3SJJA 3IG1A 3L2QA 4DMNA 4DU3A 3HL8A 1SL1A 2PZSA 5HRPA 3MECA 3RWUA 5E41A 1CZBA 3NF6A 3OYCA 4FLZA 1FKPA 3T3FA 3VQ4A 4Y1CA 2PY5A 4B9MA 4C8LA 4ZTJA 3KK3A 4DSIA 1FKOA 4I9LA 1TK0A 5HROA 2DY4A 5HRSA 1BI4A 1CZ9A 3V1RA 3NCIA 2WOMA 4IFYA 3C6UA 1VSLA 3SUQA 4KTQA 3K5OA 3TWHA 4FVMA 4CIGA 1VSFA 3TAQA 4CFBA 4WE1A 1NK7A 3SYZA 4CJLA 1X9SA 2PYLA 4NCBA 1HYVA 1XI1A 4ZTFA 3LP2A 2EX3A 4FK0A 4GMJB 3OS0A 4KHQA 4Z0UA 3OYNA 4W5OA 4HVJA 1G15A 3L8BA 1N6QA 3BDPA 4F8RA 3HT3A 1UAXA 3TABA 1SKSA 4OJRA 4FJKA 3CFRA 3WNHA 4DU4A 1TAUA 4LH4A 3LP0A 4C8MA 3I0SA 1IKYA 4MFBA 2KTQA 1RDAA 3MAQA 4E89A 3P5JA 3AA2A 3AVLA 4FW1A 4O55A 1NK6A 4Z4FA 3VQEA 3BGRA 2XO7A 4MQ3A 1SV5A 1J9AA 3SPYA 1LV5A 4PQUA 3ZCMA 3LDSA 4CFCA 3SV3A 3LP3A 4NCGA 1YVUA 4DSFA 4CCHA 1UOCA 2BANA 1HNIA 2X74A 3LAKA 1J53A 1GOBA 3HP6A 1BL3A 4W5QA 4CF1A 3HXMA 1X9WA 2HHWA 3VA0A 1WSJA 1ZBLA 1S5JA 1NK4A 3LP1A 4E7LA 4CJ4A 2A1RA 2W42A 1WSEA 1UA1A 4CEZA 4I2PA 3NGIA 2JGUA 2OZMA 1L3TA 1TKZA 3RMDA 2R7YA 3B6PA 2D5RA 4DQQA 3VQ7A 2G8UA 3M8SA 3VQQA 1WAFA 1GOAA 1LWFA 1RDCA 3WNEA 1VSIA 2FBTA 3PY8A 2OPPA 3QEPA 1JKHA 3HP9A 4B9VA 1VRTA 2XY8A 5J2QA 4OKKA 4JRPA 1ITGA 4CJPA 1ASUA 4DTJA 3VQCA 3THVA 4Q5VA 3RMAA 5HRRA 3V9WA 3S3OA 1WAJA 1T7PA 1KVAA 3OYJA 3NHGA 4B08A 3H08A 3ZSRA 2Y1JA 4B9SA 4GW6A 4LH5A 4AHSA 4KO0A 2G8WA 4PA1A 4PUOA 1ZBHA 1BQNA 3RMBA 1KRPA 2KFZA 3K5NA 3OS2A 5C42A 4HUEA 1JXBA 4FM1A 1XC9A 1ZYQA 1EKEA 3AVMA 3LPTA 2FC0A 1C1CA 1KVCA 1C0UA 4CJ3A 3PO4A 4Z4GA 4KHUA 4M3TA 1TKXA 4E7HA 1JLFA 3HVRA 3AVIA 1Y97A 1D9DA 4CJQA 1U04A 4M45A 5KI6A 4RW9A 1KCFA 4CHYA 1T8EA 5KTQA 1WSFA 2IOCA 4AILC 4IKFA 3OVNA 3G0ZA 1CXUA 1WSHA 3M8RA 3EYZA 1U45A 1NK5A 3SQ2A 4B9TA 4CHNA 1RBRA 4FJGA 4DTSA 1SUQA 3OS1A 2G8KA 4O4GA 5K14A 2VWKA 4KRFA 1BI4B 3DLRA 4CJ5A 3OY9A 3I8DA 2XY7A 5T7BA 2OPSA 4FJMA 4FZXC 4N76A 3D0PA 3A2FA 2XY5A 3VQBA 2DTUA 4DQRA 4F3OA 4Z4CA 1YT3A 4FCYA 4DF4A 4KB1A 1HMVA 1JL2A 4J2DA 3MXJA 4CHOA 4DQSA 4H4MA 4CJKA 3RMCA 4N41A 2QKBA 3K2PA 3AO4A 2HVIA 4CHZA 1S1XA 3NF9A 1QSYA 3RR8A 1ZBFA 1LWEA 2A1SA 2PYJA 4FJIA 3NF8A 4HHTA 1A5VA 5DK5A 4KKOA 1VSKA 1NJZA 3T19A 1MU2A 3AVGA 1L3SA 1L5UA 1WSGA 4CGDA 3L3UA 3OYMA 4FJXA 2D0BA 4KAZA 1VSDA 2FBXA 4CEEA 5I3UA 4M3WA 1CXQA 4BDYA 1TK8A 1VK0A 2LSNA 2KZZA 1KSPA 1KFDA 4ICLA 3S3MA 2DFEA 2O4GA 1S1UA 2HHSA 3ZT0A 4FLTA 1RDDA 1TV6A 3MEEA 3T1AA 4FJNA 5J2NA 1RBSA 3OJSA 4DFPA 2ETJA 4CERA 3M8QA 1S9EA 4IBNA 3VN5A 3K58A 1NKEA 2VG6A 4B3OA 4FLVA 3KD5E 4GVMA 3RRGA 2G8FA 1C6VA 4BE2A 3SUPA 4J2BA 1IH7A 1CLQA 4CGGA 2I5JA 3L2RA 2FBVA 3O4NA 3AVAA 3RRHA 3S3NA 1NKBA 3WNGA 3KLHA 3CFPA 4AHRA 3AVJA 3KJVA 1KFSA 2QK9A 5FRNA 1XWLA 3AV9A 4DU1A 4XIUA 3U6FA 4QCLA 5J1EA 1HQUA 3P83D 3AA3A 4M3YA 3TAGA 3I0RA 1HJRA 3KKSA 3ZSOA 4FJ7A 1EX4A 3AVNA 2HW3A 3SNNA 1NJWA 4CEFA 4FK4A 3DOLA 1Z26A 1LWCA 3NH0A 3TANA 4CF9A 4OPJA 2BE2A 1NOYA 4FZZA 5EU7A 1A5XA 3SUNA 1S1WA 4Q0BA 4CJSA 1RT2A 3HYFA 4AHUA 4CEDA 2GBZA 4HCBA 3TAMA 3SPZA 4C8OA 1QQCA 4DTMA 4PWDA 5I42A 4DFKA 2XY6A 2DFFA 3U3YA 3LWLA 3TI0A 3O3FA 2B5JA 1HPZA 3SV4A 3QEVA 1NK8A 1BQMA 3SQ4A 2E4LA 1JLGA 3KLIA 5CY4A 2DFHA 3LWMA 4FK2A 4OKEA 3MXIA 1REVA 4AH9A 3OYIA 1Q9XA 3AVBA 3DLKA 4HTUA 1RT6A 2YNGA 3CYMA 4E3SA 4O0IA 4JRQA 1RT7A 4G1QA 4CHPA 3L2WA 4CJEA 4DTXA 4RW4A 1IKXA 3L2VA 3QNOA 3QEXA 1RBTA 3K5LA 3PX0A 2IAJA 3NGZA 1VRUA 2B4JA 3MXMA 1IO2A 3ZSYA 3QESA 4FLWA 3V6DA 4KB0A 1S1VA 4FM2A 4CJUA 3M8PA 1RDBA 4CE9A 2RKIA 4KFBA 1RBUA 1NOZA 4CK1A 3QEIA 1SL2A 3DI6A 3TAFA 1RT5A 3AVFA 4N5SA 2P5OA 1S6PA 3ULDA 1R0AA 2IDOA 4DTOA 4F3TA 2Z1IA 4KTZA 2Z1JA 1TKTA 1K6YA 1RBVA 1TK5A 3DLHA 4QOZB 1NK0A 3NBPA 4FLXA 5C24A 3TR8A 2YNFA 5CZ1A 2KQ2A 4CECA 3ALYA 1I39A 4YNQA 4I7FA 1LW0A 4H8KA 1Z25A 1WLJA 2BGGA 1LAVA 3IAYA 4ID5A 3DMJA 3VQ5A 1B92A 1SKRA 1U4BA 1QHTA 3QINA 4LD0A 4DG1A 3TARA 4DWIA 4FJLA 3PUFA 4FW2A 3KK2A 1ZBUA 2GUIA 1HQEA 4K8XA 4TSXA 3AA5X 1BHLA 4CJWA 3TAEA 4L8RB 2F8TA 4OKJA 4DQPA 4ELTA 2ZQBA 1ZBIA 3K5MA 5J2PA 3F73A 5HBMA 3V81A 4ID1A 4C8KA 1RT4A 1JXEA 2IS3A 3CQ8A 4FJ5A 4LY7A 2HHUA 4EZ6A 4M3XA 1C0MA 3RTVA 3ISNC 3ZT4A 4EP4A 4JS4A 3QERA 5KRTA 3LALA 1J54A 1LAWA 5D3GA 3DRSA 3VQDA 4DSKA 2BDPA 1DTQA 4RW7A 3NAEA 4KI6A 1C0TA 2IC3A 4ZHRA 3U3GA 4OPKA 2O4IA 3DOKA 4M3RA 4DF8A 4CIEA 4CJVA 4O5BA 3QIOA 2E6LA 3LAMA 4CEOA 1J5OA 1BIUA 1I3AA 4KHSA 3LANA 1HRHA 3NDKA 4DQIA 4IDKA 3OYEA 3HM9A 3SQ0A 4DFJA 3VQPA 1JLBA 3NGYA 4CJRA 2F8SA 1JLEA 4DSLA 3KKRA 3V1QA 3KLFA 4ELVA 1W0HA 1WNSA 1SL0A 3DLEA 1DTTA 3CM5A 4CF2A 1IG9A 4RG8A 3O3HA 1VSJA 3JSMA 1NKCA 2X6NA 2X78A 4CFDA 4KV8A 4O44A 5HRNA 2G8IA 3OYDA 1B9FA 3ZSZA 3EY1A 5J2MA 3RR7A 2VG5A 3SQ1A 5JS1A 2B6AA 3JYTA 3LZIA 1NK9A 3FFIA 1HYZA 2Z1GA 4NYNA 3ZSWA 1LW2A 2HNYA 3ITHA 1XHZA 2OZSA 4PY5A 3C95A 3K57A 1HNVA 2IGIA 4DTUA 3OYAA 1S6QA 1F21A 1B9DA 2YHAA 1A5WA 3OYHA 3LPUA 2RN2A 3CM6A 4CEAA 4UQGA 3EZ5A 1TVRA 4RW6A 3OYKA 1RCHA 4FXDA 4CIFA 2G8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSTB 1YITN 3WNFA 4HWIA 1RILA 4EP5A 3QIPA 4Y1DA 3O08A 5KQDA 5EVZA 3V9SA 1OH8A 3NF7A 1N5YA 4JHDA 2G8VA 1TL1A 3F2KA 3VGMA 4JYAK 1D8YA 3THYB 3MWTA 3AVKA 1QSSA 2CGJA 3V9XA 1Q18A 1W7AA 4B9UA 2HHHK 3SMPA 1UWBA 3TAPA 3OYFA 5JS2A 2FBYA 3P4IA 1EETA 1EP4A 3AVHA 1U47A 5FPDA 3MEGA 3KK1A 3E66A 2HHVA 3QLHA 4M42A 4JKCA 4YFUA 1FXXA 1QS4A 3DLGA 5TKYA 3F5TA 3ENOA 2GV9A 4DSJA 1XNQK 3GBTA 2QW9A 4F4KA 3NVMA 4A2BA 3CJ9A 4JI6K 2OYQA 3LM9A 1X1PA 5AQIA 4BDZA 1JLQA 4E0DA 1RT1A 4I9QA 3R6MA 2VGMA 1VQKN 1Z05A 3O8MA 3SAGA 4IOAL 1KQSM 1YIJN 1FK9A 4F2RA 3IUCA 3LDQA 1W97L 1YTUA 1VQPN 3DWLA 3ZSQA 1TL3A 5HP1A 3CCQN 2VG7A 5AFUA 5AQRA 3EN9A 4FM0A 5M1FA 1ASWA 2HB5A 4CEQA 3P1GA 4JI3K 3NE6A 2VGNA 4BE1A 4BR2A 4RW8A 5AZIB 4KPYA 3A5NC 4JKDA 3U4LA 3C6TA 4ISEA 2HNZA 4JLHA 4JS5A 1X9JA 3NH1A 4LF5K 4RCHA 3VERA 1GLCG 3AO5A 4DTNA 4MDAA 2OA8A 2XRIA 4ISFA 5SZTA 4DR3K 3QETA 1RNHA 4E7JA 2F96A 4CD1A 3PO5A 4LFBK 3G25A 2ZF5O 3SK3A 4BE0A 1SAZA 1EXQA 2QWQA 4MO4A 1JLAA 1BISA 1NBWA 3NFAA 3UKRA 1OKJA 4KHWA 2P1JA 3CCLN 1D5AA 3DLBA 2D0AA 3VTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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