1NLVA

Crystal structure of dictyostelium discoideum actin complexed with ca atp and human gelsolin segment 1
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
372
structure length
364
Chain Sequence
DVQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEQEMATAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of Non-Vertebrate Actin: Implications For The ATP Hydrolytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 364
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nlvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nlvA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nlvA03
5KPZA 2V52B 2Q31A 1WOQA 5FPNA 4BVPA 3VERA 3FLCO 3SMPA 5EXWA 2Q1NA 4QS7A 3DJCA 5AQXA 2OANA 4IO8A 5AQPA 3DXKA 4ISEA 5JLFA 2D0OA 1MA9B 3SMSA 2ZGZA 2F9TA 2AA4A 3FZMA 5ELZA 4BR5A 5AQIA 2IVOA 4B1YB 5AQRA 3UB5A 2IIRA 5AQQA 4BREA 4O8KA 4FWLA 3GE1A 2P9NA 3LDLA 4H5VA 3WXIA 1GLBG 3H45C 5AFUA 3VF2A 2GWKA 1TYQA 4JNEA 5KQ8A 3CJAA 3D2FA 1HUXA 5JICA 5KPTA 4IZ9A 5B8HA 1TUYA 4MO4A 4BVOA 3C7NB 2I7NA 4NB4A 2GELA 3TPQA 4C23A 4BRDA 1KAZA 1J6ZA 2UYTA 4BROA 3QMLA 1JCGA 1TUUA 2D1KA 3D2EB 3R6MA 4FWPA 4E1JA 1NWKA 2HF4A 3D7EO 1YXQA 4FWQA 4CI6A 4CBWA 4BRLA 4BC2A 2W40A 3WEEB 1CZAN 2E2QA 3LL3A 3VF4A 3AY9A 5FPEA 3I33A 1NGHA 5AFUH 2QXLA 4BQZA 1S3XA 3QFUA 2YCHA 4YDUA 4BR7A 1H1VA 3CHWA 4F9OA 3ZX0A 3R8EA 4PKHA 2FSNA 4K41A 3WT0A 5EVZA 5AR0A 3O08A 1ZC6A 4BRPA 2P9LA 4XEIA 4YDUC 2P9SB 4B1ZA 2FSJA 3U4LA 4CBXA 4CZHA 1DKGD 4CZEA 2H3GX 3WQUA 4H03B 3UKRA 4NO7A 2QWPA 1OKJA 4H5RA 4L3QA 4CZFA 2E20A 5AZJB 3FR0A 4FPBA 2QWMA 1X3NA 4EHTA 2QWQA 2V7ZA 4BQLA 3FZLA 4BC4A 1ATNA 2VWBA 4CZGA 3BUZB 1K8KA 4Y0WA 2ASMA 4XH4A 3CQXA 1SQKA 5BN8A 2P9IB 5JMVA 3WXKA 5BN9A 4FWRA 1GLJO 3H3OB 3MMVA 1T6DA 5AQFA 3SJHA 5JLHA 3U9DA 4BGBA 1YVNA 3EL2A 3MN7A 4FOEA 3VGKA 3U9ZA 1U6ZA 3JS6A 3VESA 1NGCA 4B1WB 5KQDA 1V4SA 2E1ZA 1LOTB 1ATRA 1X3MA 3LDPA 3J8AA 3QDKA 5BREA 2QWNA 2J4RA 1HJOA 2D4WA 1WUAA 3H6EA 3ZETA 4A2BA 2YI1A 4BR9A 3KHYA 4HWIA 4BR0A 4CBUA 3ATVA 3IDHA 3VETA 1NBWA 1NMDA 4MLHA 4PKGA 4BRMA 3HI0A 4EIAA 3O4WA 2I7PA 3QBWA 2YJEA 5AZIB 4FWMA 2PBDA 3TU5A 3H46O 1NGFA 1E4GT 2FF3B 4H0PA 4CZKA 4BRIA 5AQWA 2P9UA 1C0GA 2GTDA 3DWLA 2ASPA 4LC9B 1IJJA 1EQYA 3QBXA 1D4XA 1JCFA 5AQNA 4B9QA 1NGJA 1U2VB 2E2OA 2P9PB 3VPZA 4BC3A 2F9WA 4EAHD 1YAGA 4FSVA 4JN4A 3DXMA 4AM7A 5EOYA 3M3ZA 5BPNA 2EWSA 4BR2A 1R59O 2HOEA 3UKUA 5AQLA 4BRGA 5BPLA 4A2AA 5AQMA 3MN9A 1C0FA 4CJ7A 4EFHA 2E88A 3WEEA 1GLLO 4H5WA 3OHRA 2Q0UA 5AQVA 3ID8A 3A5NC 4RTFD 3FZKA 4BRNA 2VYPA 4HTLA 5F0XA 2D0PA 3H1VX 4K25A 2Q36A 1HX1A 4MLEA 4QS9A 4BRHA 2GWJA 1ATSA 1NGBA 4XH1A 2ZWHA 4RWTA 3GOIA 2Q97A 1ESVA 1Z05A 3CJ9A 3VGMA 2ITMA 2IVPA 5KPRA 3DXKB 4M63C 3BEXA 3I8BA 3LDQA 3VOVA 1RFQA 2DPNA 4FWKA 5AQYA 3GL1A 3CJ7A 5E26A 5AQGA 2KHOA 3VENA 1KAXA 2A40A 4H0XB 3WQTA 2HF3A 2YHXA 2QWOA 4BR4A 4I6MA 3ZX2A 2AP1A 2P9NB 3VEZA 1GLDG 3W3DA 2FXUA 3M6GA 4BRFA 2ZF5O 2NRHA 3O1WA 1KXPA 3EO3A 2ASOA 3L0QA 3QB0A 3ZEUA 3A5LC 4XH5A 4JAXA 1XQSC 3EKUA 1P8ZA 3ENOA 5BRDA 5AQOA 2PAVA 4AM6A 3BP8A 3CQYA 5AQUA 3GG4A 4FL9A 5EX5A 3R9PA 3CERA 1RGIA 2YHWA 1QQOA 2W41A 3O6WA 2FF6A 4JD2A 2P9KA 3MDQA 4PL7A 4CZJA 3VEVA 5AQZA 3HM8A 1NGEA 1HKGA 4PKIA 2WUSA 4FO0A 3ULEA 3MN6A 5AQHA 1QQMA 4BRKA 4CZMA 1T6CA 3BF1A 3RSEB 2ZGYA 1GLCG 1HKCA 3FFKB 4BG8A 2CGKA 4WQ5A 4BRQA 2VCPA 3A5OC 4DQ8A 2BUPA 4H5TA 4FWSA 3P4IA 2P9LB 1V4TA 2Q0RA 5EY4A 3QFPA 1BWFO 2A6AA 3EZWA 3A8YA 4WQ5C 4PL8A 2QM1A 3LM2A 5LY3A 2QWLA 1JCEA 3CETA 5FPMA 1YUWA 4GNIA 3VEWA 2E8AA 3UKRB 3CJBA 3HZ6A 1GLAG 3EN9A 4M7YA 3M1FA 4H0TB 4ISGA 1MWMA 2A42A 3H3NO 3SLCA 5F2RA 3B8AX 4BG9A 1GLFO 4DHYA 4O5FA 5BRFA 2CGJA 3GBTA 5AQJA 2A3ZA 1HPMA 1K8KB 3KZBA 1NGIA 3FGUA 3C7NA 3KVGA 4DB3A 5ADXA 3MCPA 1ZBSA 2Q2RA 3S41A 5LJVA 2NZTA 3D2EA 2QWRA 2A5XA 1MDUB 5AQSA 2QW9A 3FE1A 4FWOA 3VEOA 2FSKA 3L6QA 4JHDB 3LDNA 3ZETB 2GUPA 2YJFA 1QQNA 1HLUA 4IJAA 2IVNA 3DAWA 1NGAA 3VEYA 1BU6O 3VEXA 4B1UB 3O5BA 1Y64A 4J8FA 2HMPA 4B1VA 5LJWA 5BR9A 4FOIA 4RCHA 4CD3A 1Z6RA 3C0BA 5ADXH 1T44A 4ISFA 4A62A 3U8XA 2P9SA 2P9UB 4FPAA 4BRCA 3O1BA 1NM1A 2GEMA 3LDOA 1NGGA 3O8MA 1HKBA 5BPMA 1BO5O 1NGDA 4IXCA 5AZJA 3MN5A 2YHYA 3DXMB 1XC3A 3CIPA 1NLVA 3G25A 1SZ2A 3AARA 3UKUB 3WXJA 3L4IA 1TYQB 4H5NA 3CI5A 3D2FB 2P9IA 3O80A 3VGLA 3CJ1A 4GY2B 4EHUA 3FZHA 5E84A 3RSEA 2E1YA 3HTVA 4CZLA 1BOTO 4K43A 3WUHA 4H0VB 3AAQA 3W0LA 4BRAA 5AQKA 1E4FT 1MWKA 3SK3A 4BC5A 4BGAA 3GDQA 3HSCA 1BUPA 2BTFA 3F9MA 3ENHA 4M7XA 3ZX3A 2CH5A 4MO5A 2A41A 3BF3A 1BA0A 4K42A 5I9EB 2E2NA 1DEJA 1Q18A 1QZ5A 1SAZA 2V51B 4DCHA 3JXUA 3A0IX 4KBOA 1BG3A 4WYBA 5CE3A 3QICA 4I6MB 1ZXOA 3HBTA 5AZIA 1X9JA 3EKSA 4QS8A 1DGKN 3A5MC 3IFRA 2V7YA 3IUCA 3UE5A 3CJCA 3ZEUB 3WXLA 5BRHA 1XUPO 2CH6A 1QHAA 3LM9A 5TKYA 3MK6A 1KAYA 1LCUA 2FLOA 2CGLA 4Z94A 1S22A 4WQ4A 4H0YB 3FZFA 1U2VA 1GLEG 2P9PA 3ATUA 4CZIA 1IG8A 1BDGA 5F1XA 4JD2B 2P9KB 4A61A 3AAPA 2E2PA 1G99A 4IJNA 1QZ6A 4IWVA 4H0OA 4FWNA 3IMXA 4WQ4C 5AQTA 1BA1A 3ULEB 1RDWX 3H1QA 4JHDA 2NLXA 4B1XB 5FPDA 4CD1A 3VF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V52B 5HP1A 4CF0A 3VERA 3SMPA 3OS2A 1SKRA 1J5OA 1S1UA 1VQON 1ILYA 5M1NA 3L2VA 2ETJA 4FK2A 2OANA 5A2QO 2E6MA 4I9LA 5TKWA 2D0OA 4ID5A 4JKAA 5LL6Z 1ZBFA 3FZMA 5ELZA 4BR5A 1OVQA 1HRHA 4JS5A 4DG1A 1FW6A 2HNZA 3GE1A 4FLUA 5CYQA 1NMNA 5AFUA 3CJAA 2ITGA 3DRPA 4DKWA 4FLXA 1NG9A 3ASMA 4HTUA 3QEVA 2G8KA 5CR4A 4DU3A 3C7NB 3PO4A 4OGEA 4Z4HA 1J6ZA 2UYTA 3S3OA 1JCGA 3LP1A 5HBMA 3G0ZA 4E7IA 3D2EB 4E1JA 4DR1K 3V1QA 4CBWA 1VQ8N 4NCAA 4KAZA 4BRLA 4JV5K 1VSLA 4XIUA 5J2PA 3LL3A 1IBMK 3I33A 1NGHA 3MX2A 3L2RA 3OY9A 3L3VA 3O9SA 3A2FA 1BIUA 4PA1A 5EU7A 3KLHA 3WT0A 2ZJPL 5EVZA 1ZC6A 3VMFB 2P9LA 4BRPA 4XEIA 3CD6N 5KGWA 2BDPA 2HBMA 3HXMA 1B9FA 1M90O 1K6YA 1KVAA 2H3GX 4H03B 3E01A 4NO7A 3DI6A 3WNEA 2E20A 4H4OA 4FPBA 4U7BA 2QWMA 1C1AA 1X3NA 4X62K 2YNHA 2V7ZA 3O4QA 3SQ0A 3BUZB 1JLQA 2ASMA 2KW4A 3CQXA 4DTXA 5HRRA 4CJFA 3H3OB 3MMVA 1T6DA 5AQFA 4CHPA 3K5MA 3HK2A 3U9DA 4C8NA 1RDDA 4H8KA 4BGBA 1YVNA 3U9ZA 1U6ZA 4B8CA 3VESA 3V4IA 1V4SA 2E1ZA 1ATRA 3LDPA 5LMUK 3HPHA 3QDKA 3P38A 1C0TA 1NK6A 2OYQA 1YJNN 3HRGA 4KHSA 3CC4N 3H6EA 1S6PA 3KHYA 4BR0A 4IOAL 4V19S 3HOSA 2Q3SA 3VETA 3THXA 4KHYA 1NMDA 4B8AB 3HI0A 1Z25A 2PZSA 4F2RA 3PX4A 1IBKK 2OZMA 5AZIB 4FWMA 3TU5A 3H46O 1GOBA 1NGFA 1E4GT 5DK5A 3OVNA 2FF3B 1LAVA 3AVCA 4H0PA 4FJ7A 3EY1A 4BRIA 4CEBA 5JS1A 2ASPA 1HNWK 1XMOK 5MLCQ 4G1QA 1VQ6N 4CJVA 4M3ZA 3PUFA 3C94A 4CCHA 5EOYA 2EWSA 3RR8A 2HOEA 4CIGA 3MN9A 1C0FA 3J7AP 4E7HA 3OHRA 5AQVA 4JYAK 4YOUA 3KKSA 1S9EA 4OPAA 4BRNA 2VYPA 4HTLA 4E1MA 5C2DA 1RTDA 2D0PA 1RNHA 2XY8A 1HX1A 1M1KO 4WF9L 1NGBA 4E3SA 4RWTA 2G8HA 3CJ9A 3O9RA 3OYAA 4CJ4A 4M3TA 3CPWM 3I8BA 1CZ9A 4OPJA 4LD0A 2DPNA 4FWKA 3SQ1A 3KTQA 1KAXA 1RT6A 2F4VK 5FLXO 2QWOA 4BR4A 3W3DA 1GLDG 4BRFA 4FLWA 4DF8A 2ZF5O 4KKOA 4CJLA 2VG5A 1C1CA 3OTOK 3PX0A 4NYNA 3SV3A 2B5JA 3CM6A 1XQSC 4LH4A 1J54A 1P8ZA 4KV8A 3AVJA 3THWA 1N36K 5AQOA 1VSDA 2VWKA 4FZYA 5CYMA 1VK0A 3T1YK 1RGIA 1XNRK 3KLGA 2YHWA 3O6WA 4BWJA 4PL7A 4JI2K 3HM8A 1N33K 2HHHK 1RT7A 4FO0A 4ILHA 1QVFM 3RSEB 2P51A 4O0JA 3ZSWA 3NCIA 1HKCA 2O4IA 4DV3K 4QCLA 3D45A 4FCYA 4DU1A 3P1GA 4WQ5A 1RBTA 5FROA 4BRQA 4Z4GA 2VCPA 4I9QA 4JLHA 3BDPA 4BE1A 3V9ZA 3P4IA 3PO5A 1YT3A 2ZQBA 4FJMA 1V4TA 5EY4A 3U3GA 2PYJA 3EZWA 4O5BA 3J80O 3A8YA 4WQ5C 5FDLA 3JAMO 4FJ5A 3LM2A 3K59A 3CETA 1JJ2M 5GIOA 1U49A 4K8XA 2EHGA 2E4LA 3IRXA 4ISGA 1G15A 4ILGB 4W5OA 1L3TA 4O5FA 2CGJA 4LF5K 3AA3A 2JWLA 3KZBA 2D0CA 1VSFA 1WSEA 1P90A 4KHQA 3MCPA 3AVGA 3TSPA 4ZTFA 4B3SK 2QWRA 2A5XA 2FBVA 4DSKA 1Q86O 4FJHA 1JLFA 3KJVA 4FWOA 2D0BA 3F9KA 4DV1K 4I2PA 4B3TK 4E7KA 4F2SA 4CFCA 3JYTA 4JK9A 4B9SA 1EX4A 2YJFA 2BGGA 5JENA 3QEXA 4DMNA 1QQNA 3DYAA 4B3RK 1FKOA 1HLUA 4X64K 3IAYA 3SCXA 1NGAA 2IS3A 3O3GA 3VEXA 4YOWA 1VRTA 1D5AA 3DOKA 5BR9A 2HHIA 4HUFA 3NGYA 2VG7A 5DM7L 5ADXH 4ISFA 2P9SA 1C1BA 2P1JA 5C42A 4BRCA 2HW3A 4CJEA 5I42A 3LDOA 3SPZA 2G8WA 2RF2A 1BIZA 5AZJA 5GAEP 1ZBUA 3CCLN 1TK0A 3G25A 3TR8A 1SZ2A 2O8BB 1WBDA 4CFBA 3UKUB 1Z26A 4DQIA 4DLGA 1NJIO 1WSFA 4BE7B 4YHHK 1LV5A 2P9IA 3CJ1A 1C0UA 3RSEA 4DU4A 3SZ2A 1BOTO 3EZ5A 4K43A 4Z4EA 5KRSA 3RMDA 4BC5A 3GDQA 3F9MA 3O9QA 5HOOA 3CC2N 1K73O 5SZTA 2O4GA 3ZX3A 1JL1A 4R79A 1LWCA 2E2NA 3PX6A 4QOZB 3ZSZA 1FK9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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