4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
5AQSA 3UKRB 2NLXA 1P8ZA 3BUZB 4BG8A 1NGCA 4PKGA 5F2RA 2E20A 2QXLA 5LJWA 2ITMA 3ZX3A 5AFUA 3VEZA 2I7NA 2CGJA 3WQTA 5FPNA 5BRHA 3CQXA 4PKIA 4PKHA 4CZGA 3FZFA 1NGIA 4QS9A 5JICA 4NO7A 4IJNA 5AQHA 4BG9A 3VEYA 4ISEA 2IVPA 4K25A 3ZETA 4L3QA 1KAZA 2YI1A 3O1WA 5AQPA 1V4TA 2IVNA 5B8HA 4BGAA 3MMVA 3A0IX 4DQ8A 4FWRA 5BREA 3EL2A 1K8KA 1MWKA 2P9UA 3ENHA 3A5NC 3D2FB 4GY2B 4A2AA 4DHYA 5BPNA 2D0PA 4O5FA 3U4LA 1NMDA 1LOTB 4BRAA 4CD3A 4BRIA 2PAVA 2YHWA 3U8XA 2P9PA 2YCHA 4BRLA 5AZIA 3ENOA 1SQKA 4IO8A 4HTLA 4B1UB 5I9EB 3ULEB 5AQUA 5FPMA 3LL3A 1RDWX 3R8EA 3UKUA 4M7YA 4H5WA 1NM1A 5BPMA 3DWLA 3WT0A 1TYQB 1HKCA 1GLBG 2QWLA 3DXKB 1GLLO 4LC9B 3W3DA 4H5VA 3AARA 3KVGA 4MLHA 4WQ5A 4K42A 4WQ4A 1BOTO 1BWFO 1GLFO 5AQGA 3CJBA 4BRKA 3LDLA 3H3NO 4BR0A 3CJCA 3SK3A 5KQDA 3MCPA 4BRFA 1YXQA 2YHXA 1MDUB 1QHAA 4B1ZA 5F0XA 3BF3A 2P9LB 3D2EB 1ESVA 2YHYA 2P9SA 3VGKA 4BQLA 4IZ9A 4BRGA 3BP8A 4BROA 3QB0A 4BR2A 1HUXA 4Z94A 3WUHA 4CJ7A 1NGGA 2I7PA 2FXUA 5AQQA 4PL7A 2A40A 3HSCA 5AQTA 4BRNA 1NGEA 1SZ2A 4H0VB 5BR9A 3CJ7A 2P9IB 1YVNA 2E88A 3H46O 3WXJA 5AQKA 1Z6RA 3HI0A 2D4WA 3G25A 2V52B 3JS6A 5FPDA 3EKSA 3HBTA 5EY4A 5AQWA 4FWLA 2HF4A 3KHYA 3OHRA 1XUPO 3A5MC 3BEXA 3MDQA 4JHDA 2KHOA 5BRDA 4RWTA 4B9QA 1T6DA 1YAGA 3SLCA 4BR9A 4MLEA 1ZBSA 1X9JA 1X3MA 4BRHA 1KXPA 1SAZA 2P9KB 2V7ZA 2Q0RA 3VERA 1NGDA 3J8AA 1ATNA 2IIRA 3DXMB 2VWBA 5AQNA 1BA0A 4DB3A 1U2VB 2P9NA 4RCHA 2Q0UA 4CZLA 2GEMA 4CZKA 4FOIA 2A5XA 5E26A 5AR0A 5JLFA 3QBWA 5CE3A 3QBXA 1CZAN 4A62A 2E2QA 4E1JA 1GLEG 1U6ZA 1KAXA 5F1XA 1JCFA 3IFRA 4EFHA 3AAQA 2BTFA 4FSVA 1BA1A 3VPZA 2FSJA 3H6EA 4NB4A 3FR0A 3UE5A 5KPTA 1C0GA 3VENA 4IXCA 4CBUA 1Q18A 4YDUA 5AQIA 4BVOA 5EXWA 4BRDA 5JMVA 1IJJA 3D2FA 4FL9A 2QWNA 3LDOA 1WOQA 1Z05A 2QW9A 3DJCA 3RSEB 5AZJB 4IWVA 4FWSA 2D1KA 3ZEUB 3MN5A 3VF6A 1ZXOA 3D7EO 2H3GX 5AQOA 2ASMA 3O4WA 3QICA 4FO0A 1KAYA 1BG3A 4H0TB 2F9TA 2ZGZA 4QS8A 2P9UB 4BC2A 4Y0WA 3WXKA 5AQJA 3WQUA 2FSKA 3DXKA 1DKGD 1MA9B 5BN8A 2E1YA 5JLHA 2YJFA 3FZMA 1GLDG 4FWQA 2CH5A 3VGLA 2QWMA 2QWPA 3FZLA 4BC4A 3FLCO 3VF2A 2E2NA 2P9PB 2WUSA 4ISFA 4JNEA 4KBOA 5AZIB 4BR5A 5EOYA 3C0BA 2V51B 2P9LA 4BVPA 2HMPA 1MWMA 4EHTA 4XEIA 5BPLA 4XH1A 2UYTA 1ATSA 1H1VA 4H0OA 4MO4A 2E2OA 2GELA 2AP1A 1DGKN 4FWOA 3W0LA 3CQYA 3GOIA 3CJAA 1RGIA 4HWIA 3CI5A 5KPRA 2Q36A 3CETA 4M7XA 3VEVA 3IUCA 3M1FA 5AQVA 1T6CA 4IJAA 3MN9A 2IVOA 5KQ8A 3EN9A 2FLOA 1BUPA 3VEXA 3I33A 3QFPA 5BRFA 2E2PA 3QDKA 2P9IA 3C7NB 3O8MA 4B1VA 2GTDA 2FSNA 3M6GA 3VOVA 4FOEA 2P9SB 2QWRA 3O80A 3R9PA 4A61A 3QFUA 3VGMA 4I6MA 2GWJA 2E8AA 3KZBA 1C0FA 4EHUA 2Q31A 3SMSA 4CI6A 3I8BA 1S22A 2PBDA 3MK6A 4B1XB 5EX5A 1YUWA 4F9OA 2P9KA 2BUPA 1GLJO 3VETA 2Q1NA 1D4XA 3WXLA 1OKJA 3H45C 3GDQA 4JN4A 1NWKA 3DXMA 4C23A 3ATVA 1E4FT 3QMLA 4M63C 3FE1A 4JD2B 3S41A 3FZHA 3FGUA 5AQRA 2ASOA 3HTVA 2A6AA 3WEEB 3LDQA 3UKRA 2VCPA 2Q97A 3M3ZA 3MN7A 3DAWA 4CZMA 2ZWHA 2GUPA 4CZJA 4O8KA 1HKGA 1JCEA 3AY9A 3LDNA 3GL1A 3SMPA 4CZIA 1G99A 3F9MA 1DEJA 4H5TA 4RTFD 2NZTA 1JCGA 4WQ4C 4WQ5C 1GLCG 3O5BA 4WYBA 5AQMA 3VEWA 4BRCA 2YJEA 1HJOA 1QQNA 3GG4A 1QQMA 1QZ5A 1S3XA 5AQYA 2VYPA 4H03B 1TUYA 2D0OA 1E4GT 1HKBA 3RSEA 5AZJA 2Q2RA 5LY3A 3O1BA 3ZEUA 5LJVA 2J4RA 4JAXA 3VEOA 3VESA 3U9ZA 3LM2A 4BGBA 1NLVA 4EIAA 3FFKB 2A42A 3H1QA 3P4IA 3ULEA 1QQOA 3ZETB 2CGLA 5AQLA 4CZFA 1XQSC 1K8KB 1BU6O 1TYQA 1NGHA 4FWNA 4PL8A 5AQZA 1T44A 3TU5A 1ZC6A 1LCUA 3CJ1A 1V4SA 4CBWA 3GE1A 2CGKA 2GWKA 3AAPA 3ZX2A 1NGBA 3CHWA 3UB5A 5ELZA 3HZ6A 2CH6A 4H5RA 3D2EA 1ATRA 3ID8A 4MO5A 4BQZA 3CJ9A 3UKUB 4EAHD 1RFQA 4H0XB 1NGJA 3TPQA 3VF4A 2E1ZA 3LDPA 3MN6A 4A2BA 3EO3A 4BC5A 4CZEA 2A3ZA 2NRHA 4FWMA 5AQXA 4H5NA 1HX1A 1BO5O 2QWOA 5AQFA 2ZF5O 3SJHA 3BF1A 2DPNA 3A5LC 3HM8A 2EWSA 3O6WA 4H0YB 2W41A 3CERA 3L0QA 3C7NA 2F9WA 3LM9A 4BRPA 3ZX0A 4QS7A 2OANA 1IG8A 4AM7A 4BREA 1X3NA 3FZKA 1Y64A 3U9DA 3JXUA 5EVZA 3IDHA 1EQYA 3O08A 4BRQA 4DCHA 5FPEA 4YDUC 1R59O 4AM6A 2HF3A 1QZ6A 1J6ZA 4FWPA 1HPMA 3ATUA 4BR7A 4CBXA 3EKUA 3R6MA 1XC3A 4B1WB 4CZHA 4FPAA 1NBWA 1NGAA 4BRMA 2FF3B 3EZWA 1U2VA 4JD2A 3CIPA 2FF6A 3L4IA 3A8YA 4FPBA 3WEEA 4I6MB 4H0PA 4BC3A 4XH5A 5BN9A 2ASPA 2V7YA 1HLUA 2W40A 3IMXA 3L6QA 5ADXH 4JHDB 3H1VX 4GNIA 4K41A 2ZGYA 3H3OB 2AA4A 3WXIA 5TKYA 3A5OC 4FWKA 1BDGA 4K43A 5AFUH 4BR4A 5KPZA 4B1YB 3GBTA 2QM1A 2QWQA 2A41A 1WUAA 1NGFA 3B8AX 2P9NB 1TUUA 1GLAG 4CD1A 2HOEA 5E84A 4XH4A 5ADXA 4J8FA 4ISGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ4A 2NLXA 1P8ZA 3LWMA 3KK7A 1CLQA 3L4QA 1ZBLA 4YOVA 3TTCA 3ZX3A 3EZ5A 3E66A 4HCBA 3VEZA 1NJWA 4AHCA 4DU3A 4H4OA 3NGYA 3AO4A 4PKIA 3SAHA 4YNQA 4CZGA 4U7BA 1Q8IA 4NO7A 3VEYA 1KFDA 4K25A 4ELTA 3DMJA 3KLHA 2YI1A 4JS4A 2IVNA 4RW7A 4F3TA 4FWRA 4IEIA 4KB0A 2P9UA 3A5NC 4GY2B 4RW4A 3U4LA 1A5VA 4IG0A 1JLGA 2OA8A 2PAVA 4GW6A 1J9AA 3U8XA 4BRLA 3MAQA 3RMDA 3KLEA 3TTFA 3ENOA 1L5UA 3T1HK 3LALA 4IO8A 4GKKK 5KRSA 3QNNA 1NK0A 1M1KO 4M7YA 1O13A 1NM1A 5BPMA 3DWLA 3OYAA 4Q0BA 3AVGA 2QWLA 4MDBA 4OPAA 3DXKB 4LC9B 3W3DA 4H5VA 4WQ5A 4JI3K 1GLFO 1ILYA 3T1YK 4DFJA 4DV2K 1HYSA 1WLJA 4B3SK 5KQDA 3AVKA 3R1XA 1VSDA 4ILHA 1QHAA 4C1NK 3BF3A 5F0XA 3CQ8A 2XY8A 4FJ5A 4K8XA 1NJZA 3P38A 2YHYA 5IT9O 2P9SA 1YVUA 4N56A 4IZ9A 1RT4A 2W6LA 3QB0A 4BROA 1SL1A 1FXXA 4LH4A 4IDHA 4CJ7A 1NGGA 4IG3A 4JRQA 1EX4A 1Q7YO 5AQTA 4KI6A 1RDAA 3SUPA 5GADP 3O3HA 1SZ2A 4H0VB 1NK4A 2YHAA 2HHQA 4KH4A 2E88A 1Z6RA 3HI0A 2NRXA 3SAFA 4W5RA 1RBUA 3EKSA 3HBTA 5AQWA 2IGIA 2HF4A 1LW0A 2XRIA 1YAGA 2ZQBA 2O8FB 3NMUA 1ZBSA 1BISA 1X3MA 4DQRA 4DV7K 2Q0RA 2YHBA 4O44A 1N36K 4DR6K 1NGDA 4CIGA 4EZ6A 5CY4A 1KVAA 3CF5L 1HPZA 5AQNA 1TL1A 4RCHA 1JXBA 3VA3A 3BGRA 5E26A 5AR0A 4B9VA 1WSGA 4M3RA 3LP0A 4A62A 2E2QA 1QSLA 4E1JA 4AH9A 2G8KA 5F1XA 3K59A 3QETA 4F3OA 3NGIA 1U48A 5M1KA 3AAQA 3AGRA 3SV3A 4BY9C 2BTFA 4DTJA 1BA1A 3O9QA 4W5OA 1EXQA 4LF7K 4NB4A 3ITHA 4DV6K 5KPTA 1D8YA 3L2QA 1Q18A 5AQIA 1KLNA 4BVOA 1BGXT 4BRDA 4KKOA 3NH0A 3KTQA 3VQAA 5HL7L 1VQ9N 2QW9A 2P51A 3MWPA 1KCFA 2E5LK 2D1KA 3ZEUB 4C8LA 4NXNK 3SV4A 3LP1A 3O4NA 4M3ZA 4KHWA 4FJ8A 1VHXA 4CHPA 3PV8A 4BE1A 1N32K 5M1PA 1BG3A 3J7ZO 4QS8A 2P9UB 2Z1JA 4Y0WA 3WXKA 4CECA 3VMFB 3WQUA 2FSKA 3C6UA 1DKGD 3VQ6A 1RT1A 1S6PA 1Q9XA 3AVHA 3FZMA 1KLMA 1BI4A 5JVHL 4CCHA 1RNHA 1BCMA 5HRSA 3DI6A 4ISFA 4BR5A 1OVYA 5JS2A 4DSFA 3TTDA 4BVPA 1NKEA 3DRPA 1JL1A 1MWMA 4E7LA 2UYTA 1TKTA 1H1VA 4ICLA 4JI0K 4FWOA 3W0LA 4DQPA 2WTUA 1LW2A 4M41A 4IJAA 3MN9A 2IVOA 5DM6L 2IC3A 3EN9A 4JKFA 4JKAA 3VTIA 3KK3A 3IKMA 4DTRA 5C42A 3TAGA 3OBWA 4B1VA 1HR0K 3ZSVA 3VQ7A 4DS4A 4FOEA 5FROA 1S1VA 4A5BA 2P9SB 4WF9L 4WE1A 3QFUA 4I6MA 2UU9K 5MLCQ 3SQ0A 3DLKA 2FC0A 4EHUA 1KTQA 3TARA 1L3VA 5M1OA 4CFBA 3OY9A 5EX5A 4F9OA 2P9KA 4X65K 1S1UA 2JWKA 2Q1NA 4Z4GA 1D4XA 3H45C 3CCUN 4JN4A 2QA4N 2YX6A 4C23A 4DV3K 1R0AA 1D9DA 3P1GA 1K8AO 4GV6A 3S41A 3FZHA 3RMAA 1C1BA 1JKHA 1B92A 2Q97A 3LP3A 3PIPL 3SUOA 4FJGA 1XI1A 2WFBA 4KTQA 1JCEA 1TAQA 2W42A 3GL1A 1Q81O 4JV5K 5DM7L 4OX9K 3F9MA 4H5TA 3HJFA 4RTFD 4BACA 2RF2A 3HRGA 2NZTA 2QKKA 2OTLN 5AQMA 4BRCA 4JKDA 5FDLA 3T1AA 4CJ5A 2O4IA 4JI2K 1HKBA 1JXEA 1S9GA 1TV6A 1W97L 3KK1A 1DTQA 5LY3A 3LWLA 2HHHK 5LJVA 4KRFA 1IG9A 3SQ1A 3VESA 5GINA 4FK4A 4BGBA 1NLVA 4OKEA 3P4IA 4KHQA 4B3OA 4DR3K 1IBMK 3V9UA 1GOAA 3P83D 1FK9A 3JYTA 1N5YA 4CE9A 5FLXO 1TYQA 2G8IA 1NGHA 4FWNA 2DY4A 3M8QA 3TAMA 4AHUA 5HLFA 1LCUA 3ULDA 2ZJQL 5HRPA 5IWAK 2CGKA 2GWKA 3AAPA 4UQGA 3CHWA 3IS9A 1IO2A 3CD6N 4FYDA 4OKKA 2VGNA 3UIQA 2CH6A 3D2EA 3BY5A 2O8CB 4JI8K 1VRUA 2D0AA 3CJ9A 3F2KA 4H0XB 3J81O 2E1ZA 5J2MA 1RT5A 3J7YP 4A2BA 3NF7A 3G4SN 1ASWA 1BI4B 4QAGA 2KW4A 1C0MA 5AQFA 4CHOA 4FZZA 1RDBA 4H0YB 2W41A 4OPJA 1RTJA 3TSPA 1YITN 3PO5A 2RN2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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