4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
4CD3A 3QBWA 3CQXA 1T6CA 2GEMA 2ZGZA 1U2VB 4BC2A 1QQOA 3O6WA 2P9IB 3R8EA 1SZ2A 5BPLA 4PKIA 3MN6A 3IFRA 5AQFA 2E1YA 2F9TA 2NLXA 3W3DA 3L6QA 1BWFO 2P9UA 1NGHA 2P9PB 4BC3A 3D2EA 2A3ZA 1ZC6A 3UKUA 3ATUA 4M7XA 1BA1A 2UYTA 4FWPA 3KVGA 3BUZB 2W40A 3ENHA 2QM1A 4A2AA 2V52B 4BREA 3F9MA 4FWOA 3L0QA 1KAZA 1J6ZA 3QFUA 1GLJO 1ATRA 3L4IA 3WQUA 2P9UB 2PAVA 1V4TA 4O5FA 2BUPA 3VPZA 5AQGA 2NZTA 3D2EB 3UKUB 3SMPA 3G25A 2P9NA 4BRMA 3AAPA 3MK6A 4FWKA 5BRFA 4O8KA 2GUPA 1H1VA 4BRNA 2YJEA 2Q31A 4A2BA 4M7YA 3ZETA 4FPAA 3R6MA 3DXMA 1ATNA 2ITMA 1KXPA 1XC3A 3BF1A 4RCHA 5AQQA 3FZMA 4BQLA 1Q18A 5AQMA 2P9NB 3ZX0A 4FSVA 2BTFA 3WXLA 3KZBA 4DHYA 4L3QA 4AM7A 3VEOA 4EFHA 2ASMA 3QICA 1GLAG 4BROA 3HI0A 4DB3A 1WOQA 3ZETB 1ESVA 5EXWA 1DKGD 1IJJA 4IO8A 4ISEA 3DXMB 3M3ZA 3CJCA 2ASPA 3QFPA 2P9SA 4XH1A 1T44A 5FPEA 4JD2A 3ID8A 3ENOA 1GLDG 4FL9A 5AZJA 3VF4A 3IMXA 4QS8A 1TUYA 3BF3A 5EVZA 3VF6A 3EKUA 1HJOA 4CZJA 5KPRA 1NGAA 3CJAA 3MCPA 4BGBA 3QMLA 1NM1A 5EOYA 3B8AX 2P9SB 4JD2B 3LDOA 5ELZA 3FZLA 3ATVA 4A62A 4FWMA 2A5XA 2V7ZA 5BREA 4PL7A 3ZEUA 4CBUA 1S22A 3SMSA 5AZJB 4DQ8A 1GLBG 1NWKA 3FZFA 4IJNA 3M6GA 1HKGA 4MLEA 1NGBA 3EKSA 1R59O 4KBOA 4FO0A 4CZHA 2FF6A 4WQ4C 3GE1A 1MA9B 4XH4A 1RGIA 2OANA 3MN7A 2IVPA 4PKGA 5AQWA 2V7YA 1D4XA 3HTVA 1X3MA 2QWRA 3FE1A 2A42A 4BQZA 3VGMA 1NGGA 3ZEUB 2QWOA 2YHXA 3FGUA 1NGDA 5AQHA 5BPMA 4WQ5A 3CJBA 1OKJA 5E26A 2HOEA 5AQVA 5AQZA 4BG9A 1GLFO 3WUHA 1QQMA 4CZFA 3KHYA 3LDNA 1BDGA 1TYQA 4CZLA 4BRIA 1BA0A 4RTFD 3GL1A 3IDHA 4F9OA 3VEVA 3LDQA 3MDQA 4YDUA 3DXKA 5FPMA 1BG3A 3A8YA 5AQOA 1HKBA 5AQIA 5JICA 5AQJA 1RFQA 4BC5A 4AM6A 5BR9A 4H0XB 5I9EB 2VWBA 3GDQA 1NGJA 1TYQB 5TKYA 4BRLA 5KQDA 2D1KA 4B1VA 3GBTA 1E4GT 5LY3A 4H5VA 2J4RA 2F9WA 1P8ZA 2HF3A 4MLHA 3D7EO 1ZBSA 3DXKB 5F2RA 5AQYA 3U9ZA 1HX1A 3LDPA 5KQ8A 1RDWX 3WXIA 4GY2B 2FSNA 5AZIA 5AQLA 3VERA 2FSKA 1WUAA 3R9PA 4NB4A 5F0XA 3DJCA 4M63C 3SJHA 5BPNA 5AQXA 2V51B 3FR0A 2KHOA 3H3OB 1T6DA 3CERA 4FWSA 1QZ5A 1XUPO 3U9DA 3WXKA 5AQRA 3VEXA 2FSJA 2Q1NA 1TUUA 2WUSA 5KPZA 1DGKN 1KAYA 5AZIB 4MO5A 3QBXA 5LJVA 2A6AA 5AQTA 4B1ZA 3ZX3A 3A5NC 5BRDA 4DCHA 4JHDA 5BRHA 3MN9A 2Q2RA 3QB0A 3GG4A 2VCPA 2Q0RA 4BR5A 2FXUA 4XEIA 1CZAN 3SK3A 3S41A 4BRCA 4Z94A 5AFUH 4CBWA 2AA4A 4PKHA 3H45C 1QQNA 3O1WA 3ZX2A 1ATSA 4NO7A 4QS7A 4CZMA 5AFUA 3D2FA 2E2OA 3WXJA 1KAXA 4ISFA 4FWNA 3HZ6A 4JHDB 4BR4A 3AARA 4FWQA 2E2PA 1LCUA 4PL8A 3WEEA 3AY9A 1NGFA 3W0LA 5E84A 4C23A 3CIPA 4H0YB 1EQYA 4CBXA 2FLOA 3CJ1A 4BRFA 2E1ZA 4H0OA 5EX5A 4K41A 1X3NA 1YXQA 1Y64A 3H1VX 2YHYA 3D2FB 3SLCA 4H0PA 4JAXA 5B8HA 1NLVA 3CHWA 1YAGA 4BR7A 3FZHA 4BR9A 2CGLA 2QWMA 4JN4A 3WEEB 5FPDA 4FOIA 4WYBA 2QWLA 4B9QA 5EY4A 4J8FA 3M1FA 3I8BA 2Q36A 5BN9A 2ZWHA 4ISGA 3UKRA 4IWVA 4BR0A 3FFKB 3JS6A 1V4SA 3U4LA 2YI1A 2AP1A 1NGEA 2D0PA 3FZKA 4FWLA 3O80A 4BVPA 2HMPA 2IVOA 1X9JA 2ZGYA 4FPBA 1S3XA 4WQ4A 1U2VA 4K43A 1NBWA 3DAWA 3A5MC 4K42A 3O08A 3HM8A 4H5TA 3A0IX 5LJWA 2I7NA 1MWMA 3CI5A 2DPNA 3JXUA 1JCFA 3O1BA 4QS9A 3FLCO 4E1JA 2P9PA 3DWLA 1LOTB 2YHWA 1IG8A 1BU6O 2IVNA 3OHRA 2VYPA 5AQNA 2QWNA 4BVOA 3U8XA 4MO4A 2GTDA 3VOVA 2E2QA 1QZ6A 5ADXH 5F1XA 3H6EA 3MMVA 4HWIA 4CZKA 4B1WB 4BC4A 4HTLA 3H1QA 5JMVA 2Q97A 1JCGA 1NGCA 2I7PA 4CD1A 5ADXA 3AAQA 1GLEG 1NMDA 3CJ7A 4BRAA 5FPNA 4BRPA 2EWSA 1E4FT 3C0BA 1BO5O 1Z05A 4BRHA 5JLHA 2CH6A 3EN9A 2YCHA 3MN5A 3LM9A 3J8AA 2ASOA 3H46O 5BN8A 3VESA 2D4WA 2HF4A 2GWKA 4IZ9A 1ZXOA 2FF3B 4BG8A 4CZEA 3TU5A 3BEXA 3IUCA 2Q0UA 3LL3A 3VEZA 3CJ9A 4H5RA 3GOIA 3VEYA 2W41A 4LC9B 1Z6RA 1HUXA 2QWPA 3UB5A 2CGJA 2GELA 3H3NO 2QXLA 2P9KA 3HSCA 4JNEA 4EHUA 4A61A 4EIAA 1XQSC 4B1UB 5JLFA 5AQKA 3ULEA 2ZF5O 3C7NA 3LDLA 4BRKA 1YUWA 4CJ7A 1GLLO 5KPTA 1SQKA 4FWRA 4CI6A 1MWKA 4IJAA 3O5BA 4IXCA 2GWJA 4BRQA 3VGKA 4CZGA 4BGAA 4EAHD 1BOTO 4H03B 2CGKA 4H5NA 1GLCG 3VGLA 1C0GA 2P9KB 4FOEA 3VF2A 3EZWA 4Y0WA 3ULEB 3BP8A 3C7NB 3TPQA 2NRHA 1C0FA 4RWTA 2E88A 3A5LC 1YVNA 1G99A 3WQTA 4BRDA 4BR2A 3VEWA 3EL2A 3VETA 4GNIA 5AQPA 2YJFA 1QHAA 2P9LA 1K8KA 2PBDA 3QDKA 3EO3A 3O4WA 5AR0A 1MDUB 3HBTA 1SAZA 3WT0A 4BRGA 1HPMA 2IIRA 4I6MA 5AQUA 4B1YB 4WQ5C 5CE3A 2H3GX 2A41A 1HLUA 3CETA 3CQYA 4H5WA 1NGIA 3I33A 3RSEA 3UE5A 4XH5A 3A5OC 1DEJA 2CH5A 1BUPA 2QWQA 3P4IA 2P9LB 1K8KB 4B1XB 4EHTA 3UKRB 4CZIA 2P9IA 4H0VB 2E8AA 3VENA 4K25A 4I6MB 4YDUC 1JCEA 2A40A 2QW9A 5AQSA 2E2NA 1U6ZA 2E20A 4H0TB 3O8MA 1HKCA 2D0OA 3RSEB 3LM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QBWA 2YNGA 1T6CA 4IEEA 3THWA 3VQ5A 3O6WA 1SZ2A 5BPLA 4LF7K 3QESA 3MN6A 1RT6A 3NF8A 4RW4A 2UUBK 3W3DA 3TWHA 1BWFO 4BWMA 4DTXA 4BC3A 3D2EA 4M7XA 4LF8K 4DV5K 2BANA 2UYTA 4FWPA 3KVGA 4Z4HA 1QSLA 3F2KA 3BZCA 1KAZA 4OPAA 3QFUA 4CEZA 3L4IA 4DTRA 3IAYA 1S1TA 2X74A 1UA0A 3NHGA 2BUPA 1DLOA 4CFCA 2NZTA 3BY5A 3SMPA 4BRMA 1T7PA 3RRGA 3AAPA 2O8BA 4FWKA 5BRFA 3DLRA 3PY8A 1EX4A 4F2RA 4CJWA 3QINA 2YJEA 2ZJQL 1CZ9A 4M7YA 1ATNA 1XC3A 3PO5A 1X1PA 2HHXA 4BQLA 1TAQA 2P9NB 1TK0A 1YTUA 4DHYA 1S9EA 1ASWA 4EFHA 2ASMA 3QICA 2Z1HA 3P5JA 4M3WA 4DB3A 3L3VA 2HNDA 5EXWA 3G4SN 1DKGD 1IJJA 1C1AA 2ZQBA 3DXMB 1TKZA 3CJCA 5FDLA 3JAMO 2P9SA 4DR4K 5FPEA 4JD2A 3QO9A 2E4LA 3CG7A 3VQ8A 4F3TA 2OTJN 1GLDG 1VSFA 3NF6A 4FL9A 4DQRA 3QNOA 3RVCA 4CESA 3BF3A 4JKHA 1HJOA 4CZJA 4YOVA 3MCPA 1C6VA 4B9LA 5EU7A 1YVUA 3OTOK 4FLXA 1UAXA 1RBVA 2WOMA 3AO4A 3S3NA 3A2FA 1N6QA 2NRRA 4JK7A 4W5OA 1S22A 3PX0A 3QIOA 2QA4N 1N34K 4GKJK 1EWRA 3M6GA 4MLEA 4YFUA 3EKSA 1JXEA 4M42A 1Q9XA 4CZHA 2FF6A 4J2DA 4LFBK 4Z4EA 1ZBLA 4I7FA 1RGIA 4NLBA 3KD5E 4FK0A 3DOKA 2QWRA 3DLHA 4BQZA 1TGOA 2EHGA 1NGGA 3ZEUB 2QWOA 1NOYA 3VTIA 2IAJA 3FGUA 1NGDA 1BIUA 3LPTA 3CJBA 3KTQA 1KLMA 4LF6K 1QQMA 4NXMK 3S3OA 3CFPA 1TYQA 4K8XA 1BA0A 4AHVA 3NDKA 4B3SK 3CCEN 3AVKA 3SBTA 3EE9A 4H4OA 4CEDA 4KHQA 5FPMA 5CR4A 4DU3A 4DLGA 3ZSXA 3ZSQA 4AM6A 3R3LA 5I9EB 3RR8A 3CCSN 4Z4GA 1Q86O 4KV8A 4BRLA 4GMJB 1W97L 4H5VA 2J4RA 1YIJN 4WFNL 1LAWA 4N47A 4JI8K 4GVEA 4MLHA 2ZJRL 4DV0K 1VRUA 4CGJA 4YHHK 2GX9A 5F2RA 3U9ZA 2PZSA 2KTQA 3D0PA 1FKPA 5KQ8A 2KFNA 1DT9A 1RDWX 4GY2B 3CCUN 5KI6A 1GOCA 4HTUA 4CEBA 1NOZA 4FW1A 3M8RA 4BDZA 3NMUA 4FWSA 4YOTA 1HNVA 4CJTA 5AQRA 2Q1NA 1TUUA 4DFKA 1DGKN 3E1YA 3G0ZA 4Y1CA 3V4IA 3PX4A 1U47A 4MO5A 5HLFA 1VQ5N 5BRDA 2IOCA 3BZKA 3HVTA 4DCHA 1IKXA 4U67L 3MN9A 4CJVA 3MX5A 3P39A 1ITGA 4BR5A 4X62K 4JV5K 4BRCA 4Z94A 2OPRA 2OA8A 4OX9K 1JLFA 3HK2A 4DF4A 5DMRA 3WXJA 3TAFA 1HNWK 4ISFA 4JHDB 3O9SA 3AARA 3TANA 4CEOA 3WEEA 4PL8A 4EZ9A 2LSNA 4IDKA 1CZBA 4E1NA 3CIPA 1Q7YO 1IH7A 4CBXA 3WNFA 3CJ1A 5EX5A 1X3NA 3CCVN 4B9MA 1W7AA 2PYLA 1U04A 4JAXA 5B8HA 4JS4A 3CHWA 1YAGA 2P5OA 4C8KA 5LMNK 3VQPA 2CGLA 4JN4A 3ZT2A 4FOIA 4CIEA 4J8FA 3HPGA 4AQYK 5BN9A 2ZWHA 2UUCK 3V6DA 1WB9A 1V4SA 3U4LA 2YI1A 4CEFA 1SKRA 1U49A 2QXFA 4CECA 4J2AA 2D0PA 4BVPA 2KZMA 2HMPA 4B08A 2UUAK 5FRNA 4E1MA 3NH2A 4BE1A 1XMOK 1X9JA 2ZD1A 3QLHA 5A2QO 1TK8A 1LV5A 1RT2A 1NJWA 3O08A 3C6UA 1DTQA 1MWMA 3CI5A 4W5RA 1LWFA 3O1BA 3FLCO 4E1JA 4KHSA 2HB5A 3V81A 3OHRA 4DR2K 4HUEA 4DU1A 4MO4A 4A5AA 3T69A 4DTOA 4JS5A 1JLQA 5F1XA 3RMAA 4CZKA 2RN2A 3RWUA 4K8ZA 1NGCA 4JYAK 4CD1A 3CJ7A 3NH1A 3NAEA 3TAMA 5CZ2A 3WNGA 4Q0BA 4BRPA 1BISA 3CMEN 4JK9A 1BI4B 3F73A 1Z05A 4FLVA 3Q7BA 1JLCA 3CCRN 4LH4A 1ZBUA 2YCHA 3J8AA 2W6KA 3CM6A 1C0UA 4B3TK 4ELVA 1YF5L 2GWKA 4IZ9A 2UXCK 1ZXOA 3CXCM 4J2BA 3BEXA 3IUCA 3VQQA 4I9QA 2E6MA 3VEYA 2W41A 1YJNN 3EE8A 3VN5A 3H3NO 2QXLA 4EHUA 3KKRA 4EIAA 4FJHA 3I0RA 3ULEA 2ZF5O 3VA0A 4BRKA 1YUWA 2XHBA 3VQ9A 1VSIA 1YJ9N 4CFDA 1MWKA 4CEQA 1S9GA 1C0MA 2GWJA 4YOXA 4CZGA 1S1WA 2G8HA 2CGKA 4DSEA 1GLCG 3AGRA 2OCEA 1WSFA 3VTHA 1RBSA 3IKMA 4CVNE 4DUYK 4NYNA 1L3VA 4CIGA 3TPQA 2NRHA 4DR1K 3A5LC 3HP9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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