4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
4XH4A 4FPAA 5FPNA 4L3QA 5BPLA 4MLHA 4PL7A 2ZGYA 4Z94A 2Q36A 1NLVA 2V51B 4BR9A 2J4RA 4B1VA 4H0OA 3GL1A 1NWKA 4BC3A 2ZWHA 1NGIA 5JLFA 3LDNA 1KAZA 2FSNA 2P9LB 2Q1NA 3MN5A 4MO5A 3WXLA 5AQVA 3ULEA 2A5XA 2YHYA 1QQNA 4XEIA 2Q97A 4PL8A 3FFKB 4BR2A 1E4GT 3CJ1A 3MCPA 3C7NB 5AQNA 3MMVA 4Y0WA 4CZHA 4YDUC 4JAXA 1BDGA 5BPMA 4H0TB 2FSKA 2E2OA 4K43A 4BREA 1NM1A 3ATVA 3WEEB 4CZJA 1HJOA 1D4XA 2P9NA 3VEWA 5BN9A 5AQTA 3EZWA 3SLCA 5B8HA 1NGBA 5JLHA 1BG3A 1IG8A 2QXLA 5E84A 4QS8A 2YJFA 1NBWA 3H45C 1K8KA 1DKGD 2A3ZA 3VEOA 1MA9B 3A0IX 4H5RA 2GWJA 3EN9A 3QBXA 2F9TA 4BRHA 2P9SB 3HM8A 3O1WA 2IVNA 4HTLA 3D2EA 4BC4A 4B1WB 5KQ8A 3I33A 3GE1A 3WT0A 5BN8A 3BF3A 1T44A 3F9MA 2FSJA 4FWRA 1U2VB 4CZFA 1JCEA 1ATNA 4XH5A 5BRFA 1NGDA 1KAYA 4LC9B 5LY3A 5AQFA 2QM1A 2P9UB 2QWQA 4A61A 2V7YA 2FF6A 4B1ZA 5EXWA 2E1ZA 3H1VX 3SMPA 1GLFO 3VGMA 3WXJA 3L6QA 2H3GX 3IUCA 1J6ZA 1C0GA 4H5NA 1BUPA 4JN4A 4CI6A 3FLCO 3WXKA 1BU6O 3ZEUB 1GLCG 4BGAA 2YHXA 4BVOA 4DB3A 3VEXA 3CQXA 2P9SA 1G99A 4FWMA 4BRIA 4CZGA 4EFHA 2A6AA 3UKRB 3G25A 5EVZA 4BR4A 1HKBA 4CBXA 5JICA 3GDQA 3GG4A 3C7NA 3P4IA 5AQWA 3WUHA 5KQDA 1KXPA 3LDQA 1E4FT 2VWBA 2BTFA 3DXKA 4H0PA 4CZMA 3HI0A 5AQIA 1WUAA 5AQUA 3AAPA 2FLOA 3QDKA 5AFUH 2E8AA 2CGLA 4A2AA 5ADXA 4FWQA 5KPTA 4GY2B 3D2EB 3C0BA 2P9UA 1BA0A 3ENHA 5ELZA 5AQMA 2W40A 1Q18A 3L0QA 4BG8A 1BA1A 1C0FA 1QHAA 4IO8A 3A5OC 4H5TA 3R8EA 3SMSA 4CZEA 3UKRA 1MWKA 3O5BA 3IMXA 4KBOA 1MWMA 4IZ9A 5EX5A 3GOIA 3EKUA 3MDQA 4IJAA 5KPZA 3RSEB 1QQMA 3H3NO 4WQ5C 4WQ5A 2GELA 2HOEA 1BO5O 2V52B 3VEVA 3SK3A 4BR7A 3MN6A 3LM2A 2WUSA 3J8AA 2P9PA 2CGKA 1NGGA 3S41A 1Y64A 3A5LC 3M3ZA 5AQPA 2YHWA 5AZIB 5BRHA 2QWPA 1T6CA 4H03B 4WYBA 1YXQA 2IIRA 2D0OA 3O8MA 3H46O 3SJHA 2W41A 5AQXA 2P9LA 2HMPA 4DHYA 2P9IB 1TYQB 4DQ8A 3OHRA 2E2QA 2YJEA 4FWPA 3ZX2A 5F0XA 3W3DA 3EL2A 2P9KB 2NZTA 2ASOA 3QMLA 3ZX3A 3R6MA 3D2FB 4FWNA 1X3MA 1X3NA 3AY9A 3VF4A 1GLLO 3MN7A 2HF3A 3O4WA 4O5FA 3DXMB 5BREA 3LM9A 5AQOA 4BRQA 1OKJA 2DPNA 1TUUA 3M6GA 1YAGA 4A2BA 1LOTB 2CH5A 2I7NA 3CETA 5AZIA 5JMVA 4FWSA 3H1QA 5AQZA 2A42A 4BRPA 3ATUA 2F9WA 1NGJA 3VF2A 3WXIA 3AARA 3UE5A 4WQ4A 3WQTA 4MO4A 2GEMA 3CI5A 3MK6A 1TYQA 3O6WA 2Q31A 3AAQA 1NGCA 4FOIA 4JHDB 4FWLA 4BRKA 2E88A 1JCFA 3CERA 3U9ZA 1SZ2A 5AQSA 3HSCA 5BR9A 3D2FA 3H3OB 3IFRA 1MDUB 4FWKA 4HWIA 4FSVA 3A8YA 2QWNA 4A62A 3FE1A 4PKHA 2P9PB 2IVOA 3ZEUA 1HKGA 4CD1A 1ATRA 4JD2B 1V4TA 2ITMA 3CJCA 5TKYA 4QS7A 2E2NA 4IWVA 4BC2A 4CJ7A 1QZ5A 3BF1A 3VEZA 1HPMA 2AA4A 2P9IA 4EHTA 3ZETA 1CZAN 3L4IA 4ISGA 3KHYA 4PKIA 3KVGA 3U4LA 3VGLA 3R9PA 4BROA 3BP8A 1NGAA 4RCHA 4BRNA 1DGKN 2OANA 4YDUA 5FPMA 3BEXA 3DXMA 4BRAA 3LDOA 1TUYA 4JHDA 3DXKB 3FR0A 2D1KA 4M7XA 2AP1A 4BRLA 4CBWA 5ADXH 3D7EO 3FZFA 4M63C 5LJWA 5AFUA 5KPRA 5BPNA 3LL3A 2ASMA 1T6DA 3UKUA 1GLEG 2QW9A 1R59O 4WQ4C 3TU5A 3H6EA 3VF6A 2E2PA 4JNEA 4J8FA 4BRDA 4BQLA 2A40A 3VERA 3LDPA 3HBTA 1XQSC 3ENOA 4FWOA 1S3XA 3RSEA 4RWTA 4GNIA 1ESVA 2QWMA 3EKSA 4B1UB 5AQJA 3MN9A 3DWLA 3CJ9A 1HX1A 3JXUA 2EWSA 4K41A 3ULEB 4H5WA 2CGJA 2I7PA 3A5MC 4H0VB 4I6MA 1ATSA 2VYPA 3A5NC 5CE3A 4CBUA 3FZKA 4RTFD 1XUPO 1ZC6A 4CZIA 3ZX0A 1Z6RA 3U8XA 3ZETB 3HTVA 3UKUB 1YUWA 4BR5A 3QBWA 1K8KB 2GTDA 4IJNA 2IVPA 5I9EB 3DJCA 1GLAG 4NO7A 3O08A 1KAXA 1YVNA 5LJVA 3FZLA 3W0LA 5AQHA 4XH1A 4B1YB 1LCUA 5FPDA 5AQKA 3GBTA 1U6ZA 1NGHA 4BVPA 4E1JA 2V7ZA 3O1BA 4CZKA 2HF4A 2E20A 2QWLA 2A41A 3CJBA 2Q0UA 3LDLA 4FL9A 4H0YB 1BWFO 4I6MB 3U9DA 1S22A 3BUZB 3FZMA 1EQYA 4C23A 2YI1A 2Q0RA 3FGUA 4BQZA 5BRDA 2ASPA 4ISFA 4EAHD 4BG9A 4M7YA 2UYTA 3QICA 4FOEA 3QB0A 1NGFA 2PBDA 5AQLA 4BRCA 4BRMA 1HKCA 5AR0A 3I8BA 1ZXOA 5EY4A 4QS9A 3CHWA 2PAVA 3WQUA 5EOYA 3HZ6A 2BUPA 2GWKA 3VEYA 1GLJO 1RFQA 3O80A 5E26A 4BRFA 1RGIA 2FXUA 1X9JA 4EHUA 5AZJA 3FZHA 3VESA 3VENA 1IJJA 4DCHA 4H5VA 1XC3A 3ID8A 3CJAA 5F2RA 1QQOA 2D4WA 2Q2RA 5AQYA 2ZF5O 4BR0A 4IXCA 5AQQA 5FPEA 5AQRA 1QZ6A 3EO3A 1NMDA 1BOTO 3B8AX 4MLEA 3JS6A 4B1XB 2NRHA 1ZBSA 4BGBA 4EIAA 4O8KA 3VGKA 2CH6A 4JD2A 3VOVA 1P8ZA 1Z05A 3UB5A 2YCHA 3KZBA 1HLUA 2QWOA 1GLDG 4CZLA 1DEJA 4K42A 4H0XB 2P9NB 3CJ7A 2KHOA 1WOQA 4PKGA 1GLBG 1RDWX 2NLXA 3VETA 5AQGA 5AZJB 2ZGZA 3CQYA 3WEEA 2E1YA 1V4SA 3CIPA 4B9QA 3QFUA 4FPBA 4K25A 4NB4A 3VPZA 3DAWA 3M1FA 3QFPA 4F9OA 4FO0A 1HUXA 2QWRA 1SAZA 1NGEA 2D0PA 4ISEA 2FF3B 1SQKA 4BRGA 5F1XA 4BC5A 2P9KA 2VCPA 4CD3A 4AM7A 1JCGA 1H1VA 3TPQA 3IDHA 1U2VA 2GUPA 4AM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLHA 1SS6A 1NLVA 4C8OA 4FW2A 1W7AA 3DLRA 4BR9A 2BH1A 1Q82O 4BC3A 4KB0A 2ZWHA 5FDLA 4CEZA 2FSNA 4MO5A 3CCJN 5AQVA 3S3NA 3ULEA 1JXBA 1QQNA 4XEIA 2Q97A 5J1EA 3FFKB 1E4GT 1XMOK 3DLHA 3CJ1A 3M8PA 1Z26A 3RMBA 1VQ7N 3MCPA 3EYZA 5AQNA 3MMVA 2YHAA 4YDUC 4GV6A 2E2OA 3N4PA 4ID1A 3ATVA 3PY8A 3DMJA 1D4XA 5GAHP 4JI8K 2BGGA 4DR1K 3MEGA 3J80O 4DR7K 4KHSA 1IG8A 1ASVA 5E84A 4QS8A 3ZT3A 3UIQA 4W5OA 2A3ZA 1YIJN 1MA9B 3QBXA 4B9SA 4BRHA 4IOAL 3AO1A 4O4GA 2P9SB 3HM8A 5SZTA 2IVNA 4HTLA 3KD1E 1NK9A 5KQ8A 3VQEA 4OLBA 3GE1A 5H1SQ 3HP6A 3F9MA 2FSJA 4KPYA 5HRNA 4CZFA 2KFNA 5LY3A 3MAQA 3TARA 3VQ5A 3F73A 2E1ZA 3L2RA 1GLFO 4B9TA 3L6QA 1J6ZA 1TGOA 1VSMA 1XHZA 1GLCG 3LAKA 3CQ8A 4FLWA 4BGAA 4ICLA 3CCSN 1RCHA 3VEXA 3CQXA 2P9SA 1S6QA 4CK3A 3HVRA 3NCIA 3UKRB 2HHWA 3CC7N 3C7NA 3P4IA 3WUHA 3LZIA 4HTUA 3WNHA 1OVQA 2BTFA 3DXKA 3TR8A 4A57A 4HUGA 5M1PA 3NMUA 4DTNA 2P51A 5KPTA 4GY2B 3QIOA 3RR7A 1J54A 2GBZA 3LALA 1D9FA 3ENHA 2XRIA 5AQMA 2G8KA 1Q18A 4N5SA 1JL1A 1TK5A 4YORA 4H5TA 3T1HK 3OYAA 1MWMA 4IZ9A 3F5TA 3EKUA 3HOSA 3MCAB 2QI2A 3NE6A 3DRRA 3KK2A 1NK4A 4NCBA 4DSIA 2HOEA 1BO5O 4LSLA 3QNNA 3VN5A 4FJ5A 3LM2A 4GVEA 4KKOA 3K5OA 4EZ9A 3J8AA 2CGKA 1M90O 1Y64A 1NK5A 4DSKA 3M3ZA 1WSEA 3J7ZO 1IO2A 1IV0A 2OPPA 3D6RA 1OH7A 2B4JA 2IIRA 1BIUA 5M1KA 2D0OA 2XO7A 1Q7YO 3H46O 1BCMA 3SAHA 2OCEA 1RT3A 2P9IB 1TYQB 3P39A 4DF4A 3P83D 5F0XA 4AILC 3W3DA 4GKKK 1WLJA 4W5RA 3QMLA 4FLYA 1NK8A 4YOYA 3LP0A 3MN7A 2HF3A 3O4WA 4I9LA 1UWBA 1WB9A 4FJMA 4CHZA 4BRQA 1VQ8N 1TUUA 3IG1A 3G10A 1SUQA 2I7NA 5AZIA 5I42A 1ZBFA 5AQZA 2A42A 3L3UA 4AF1A 4N56A 3C6AA 3B6PA 3NFAA 4BDZA 3WXIA 5DK5A 3UE5A 3WQTA 4MO4A 2PZSA 3KK7A 3HRGA 4ILJA 5TKWA 1JLEA 3TAMA 3U9ZA 1HYZA 5AQSA 2A1SA 3HSCA 1W97L 1MDUB 4FVMA 4J2DA 3NGYA 4O0IA 3QEPA 2E4LA 2QWNA 2Z1IA 4A62A 4OX9K 3F9KA 2KW4A 3DI6A 1EKEA 5CHIA 2W6KA 4DMNA 4FK4A 1S1WA 1V4TA 1RBSA 4KI4A 1T8EA 3RMDA 1TAQA 4GKJK 5CR4A 4IG3A 4CJ7A 2OTLN 3EE9A 4FLTA 3VEZA 1HPMA 3PLAA 2AJQA 2A1RA 1CZAN 4ISGA 1T7PA 2WFBA 2JWLA 3R9PA 3OYDA 3BP8A 3RWUA 3HPGA 4YDUA 4M3RA 5FPMA 1CXQA 1NKCA 3BEXA 4BRAA 3V9XA 4FZZA 3HYFA 2Z1JA 4BRLA 4M7XA 5ADXH 1X9SA 3D7EO 4Y1DA 4M63C 4DV5K 5AFUA 5KPRA 3SBTA 3ZSXA 1T6DA 1R59O 3WXMB 4FLZA 1GOBA 4FJGA 1FKPA 1JLQA 3SUOA 1XQSC 3ENOA 4KTZA 2RE2A 3NGZA 3CXCM 3S3MA 4BY9C 1S3XA 4WFBL 4CGDA 3K9KA 4B1UB 2O8CA 3DWLA 3ZSOA 3CJ9A 2HHTA 1CXUA 3QIPA 5EU7A 1D5AA 3AA5X 1VRUA 4EP5A 4H5WA 5C2FA 3A5MC 3AVCA 4FJ8A 1RTHA 2VYPA 4CBUA 1VSJA 4RTFD 1XUPO 1ZC6A 4B9NA 3ZX0A 1QVGM 4E1MA 1NJXA 3U8XA 3UKUB 1RT2A 1YUWA 3OJUA 3QBWA 2GTDA 4IJNA 4IDKA 4JI0K 5D3GA 3FZLA 4LF5K 5AQHA 4XH1A 2E5LK 5FPDA 5AQKA 3GBTA 1TKZA 3SQ1A 1QS4A 3SJJA 2RN2A 4CEAA 4CZKA 1L3SA 3RRGA 4I6MB 4N47A 3U9DA 3FZMA 1EQYA 4K8XA 1N34K 1EETA 4EAHD 2Z1HA 4L8RB 1JLBA 1G15A 4BRCA 1HKCA 1YTAA 2X78A 3EEQA 4PY5A 4MFBA 4CECA 3I8BA 3LANA 2DFEA 5EY4A 3M8SA 4FJHA 4CJSA 1RT5A 5EOYA 5CZ1A 2YKNA 2BUPA 3VEYA 3MEEA 1TK8A 5E26A 1BCOA 5HL7L 3KLGA 1ZYQA 3PO4A 1NK7A 2FXUA 2ZM6K 3VQBA 2B6AA 3Q7BA 5LL6Z 4CJLA 4B3RK 3CFOA 4H5VA 2G8VA 1CLQA 4B8CA 1NKBA 1KSPA 3K59A 2IOCA 2RF2A 4CJ5A 4TSXA 1QZ6A 4MLEA 3TAFA 4KHNA 1Y97A 3HXMA 2NRHA 3SBGA 2NRRA 4EIAA 4AHSA 3VGKA 2CH6A 3E66A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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