3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
3C0BA 3ATVA 3EN9A 4AM7A 1TYQA 4WQ4A 5EOYA 3RSEB 3ZETA 4CBUA 1SQKA 4PL7A 4FWNA 3FZLA 2E2QA 3AARA 3A5NC 3IMXA 4H0YB 4RCHA 5FPNA 2CGJA 4JD2A 1NBWA 3CHWA 1SZ2A 2HOEA 3VOVA 3LL3A 4CZHA 1YVNA 3C7NB 2CH5A 4FWPA 4DCHA 4BRFA 3MK6A 4ISGA 4ISEA 3ULEB 2QWMA 3O6WA 3EL2A 5BN8A 3J8AA 5KPRA 3VF6A 4FWLA 4H5VA 4E1JA 4XEIA 2A42A 2A5XA 2I7NA 1BWFO 1GLDG 2HMPA 5KPZA 3P4IA 1HUXA 3HM8A 2QWRA 5AQXA 4B1YB 3CQXA 2DPNA 4BRPA 3CIPA 4LC9B 2CGKA 3R9PA 5AQVA 2P9UA 5JLFA 4MLHA 3VF2A 1NM1A 3QICA 2ITMA 1C0GA 2F9TA 5AQFA 4FOIA 1V4SA 4B9QA 3MDQA 1BDGA 3FZMA 2ZGZA 3ZX3A 1MDUB 1QQOA 4BVOA 3ZX0A 3WQUA 3TPQA 1MA9B 2P9IB 1ATSA 3LDQA 4J8FA 2AA4A 3CI5A 4CZIA 1NGIA 2FF3B 4CI6A 3LDLA 4MO4A 2FF6A 2HF4A 4K42A 3KZBA 2D4WA 3MN7A 3MN5A 2QWQA 4FWOA 4CD3A 4RTFD 4NB4A 4FPAA 3W3DA 4QS7A 5KQDA 3ULEA 1XC3A 3VF4A 2QWOA 1DEJA 4IJNA 1GLLO 5E26A 1GLFO 3H1QA 1X3NA 1ZC6A 1K8KA 4PKGA 4H5RA 4KBOA 1KAZA 5AQMA 3TU5A 4H0OA 1HKCA 1TUUA 3CJCA 3A5OC 3ENOA 3L0QA 3WXJA 3H45C 1QZ5A 3SJHA 1Y64A 5AZJB 1QZ6A 3ENHA 2Q36A 3GL1A 4WYBA 4BR0A 2A6AA 1YXQA 3WXLA 4YDUA 3JXUA 3HTVA 3GDQA 5AQKA 5BPMA 3D2FB 5BR9A 4FWRA 3D2EB 4CZEA 2AP1A 3QFPA 2GWKA 2Q0UA 1NGGA 3I8BA 3ATUA 2VYPA 4BGBA 3O1WA 2D0OA 3WQTA 1H1VA 1T6CA 3QMLA 1KXPA 3A0IX 3ZX2A 4K41A 4BRQA 3WEEB 4IWVA 2ZWHA 4I6MA 2YHWA 1QHAA 2FLOA 4FWKA 4QS8A 3AAPA 3QB0A 4DQ8A 2UYTA 3L6QA 1C0FA 2FSKA 4H5TA 1KAXA 4EAHD 4AM6A 1XQSC 1HX1A 3BP8A 2D0PA 2FXUA 2YCHA 3QBWA 5I9EB 5FPEA 3EO3A 5KQ8A 5LJVA 2A40A 4K43A 5F2RA 2VCPA 4A62A 2E88A 3M6GA 4BR7A 3VEOA 2V52B 1JCGA 5AQWA 4WQ5C 4NO7A 4BR5A 1MWMA 4JNEA 4PKIA 5JLHA 3EZWA 1HLUA 2P9LA 1BA0A 5AZJA 3QBXA 4CBXA 1OKJA 1WOQA 4FWMA 4BC3A 4BRHA 4EFHA 3B8AX 2P9NB 2E2OA 4BC5A 4C23A 5ELZA 3EKSA 3VETA 4FWQA 4A61A 2YHYA 4BRMA 2GELA 5ADXH 1NLVA 3DXMB 5AQQA 3VEXA 5AFUA 1X3MA 2Q2RA 3CERA 4XH1A 2QM1A 5EX5A 4CD1A 3CJBA 3QFUA 2YI1A 2YJFA 1KAYA 4H0VB 1GLAG 1NGDA 4JHDA 3H1VX 2W40A 4M7YA 2IVOA 3MCPA 5AQGA 5JICA 1J6ZA 3VEZA 2P9PA 5JMVA 3DAWA 2IVPA 1JCFA 1NGJA 3L4IA 4WQ4C 1JCEA 4XH5A 3WXIA 2I7PA 4BRNA 1ZXOA 4JN4A 2ZF5O 4EHTA 3RSEA 1D4XA 4MLEA 4PL8A 1Z6RA 3H6EA 1RDWX 4O5FA 1NGCA 4CZKA 3VPZA 4EIAA 1HJOA 3VENA 3R8EA 3IUCA 3LDNA 4DB3A 3FZKA 2W41A 3C7NA 2QXLA 2GTDA 2PAVA 2GWJA 2E2PA 4FO0A 3A5LC 4CZFA 3VEVA 1T6DA 1HPMA 1E4FT 5FPDA 3FGUA 3IFRA 5EVZA 4CJ7A 5LJWA 5LY3A 1ATRA 3GOIA 1NGHA 3ZEUB 2P9NA 2QWNA 3JS6A 4BR2A 3IDHA 4CZJA 2P9SB 4BR9A 1WUAA 3WXKA 2Q97A 4A2BA 5EY4A 3UKUB 4MO5A 3DXMA 4BRGA 4BRKA 4H0XB 3UE5A 3MN9A 4BQLA 5AQOA 3FZFA 2V7YA 5F1XA 5AQSA 1X9JA 3OHRA 3LDPA 4IXCA 4K25A 4CZGA 1U6ZA 4ISFA 3W0LA 4B1WB 2FSJA 1GLBG 5E84A 2NRHA 4IO8A 3EKUA 4H5WA 2A41A 2BTFA 3O4WA 5BPNA 2V7ZA 2GEMA 3UKRB 1GLCG 2YHXA 5AQJA 1RFQA 2P9IA 3CQYA 1EQYA 5AQHA 5AQNA 1NGFA 5AR0A 4CZMA 1CZAN 5BPLA 3O1BA 2NZTA 3CJ1A 2QW9A 3H46O 1NGEA 4BRIA 2D1KA 3AY9A 3KHYA 4FPBA 3S41A 2OANA 4XH4A 3U9DA 1Z05A 4M7XA 3VERA 4BRLA 2J4RA 3M1FA 3H3NO 1DKGD 2QWPA 2WUSA 3ZEUA 4BREA 1BG3A 4BR4A 5AQPA 3G25A 1G99A 2CH6A 3DWLA 5AZIB 1P8ZA 3BUZB 5CE3A 4H0PA 1S3XA 4FSVA 4YDUC 5ADXA 4HWIA 2BUPA 3A8YA 3FE1A 1GLJO 3LM9A 1YAGA 3FFKB 2E20A 3D7EO 4O8KA 3UB5A 4Z94A 4CZLA 2CGLA 3VEYA 4BC2A 3D2FA 3WUHA 3D2EA 5AQIA 4BG8A 5AQYA 3GE1A 3U9ZA 2GUPA 3CETA 5AQRA 1BA1A 3CJ7A 3VESA 4BG9A 1HKBA 3UKRA 5F0XA 4QS9A 4BQZA 1BO5O 5AQZA 5BN9A 2P9KB 3WEEA 2F9WA 5AQUA 2YJEA 4PKHA 1NWKA 1ATNA 1K8KB 3GBTA 2Q0RA 4RWTA 2E8AA 5FPMA 4FWSA 3HBTA 2Q31A 1U2VB 3BEXA 5AQTA 4GNIA 4BRAA 1DGKN 2KHOA 2ASMA 2NLXA 3FLCO 3VGMA 1RGIA 1TUYA 2HF3A 4IZ9A 1BUPA 1SAZA 3FZHA 3O08A 3SK3A 5AZIA 1QQNA 5AFUH 2A3ZA 4BRDA 1HKGA 4H03B 3SMPA 2E1ZA 2V51B 3QDKA 3U8XA 1LCUA 3DXKB 4H0TB 2IIRA 3M3ZA 2PBDA 2H3GX 1NGAA 1MWKA 5BREA 3AAQA 3VGKA 4BVPA 3LM2A 4HTLA 4I6MB 5B8HA 2FSNA 3LDOA 2IVNA 3MN6A 5KPTA 1ZBSA 3KVGA 1Q18A 2ZGYA 4H5NA 4EHUA 1TYQB 3ZETB 1BU6O 2Q1NA 3HI0A 3O8MA 1QQMA 4F9OA 1S22A 3HSCA 1E4GT 1R59O 3MMVA 3GG4A 2P9KA 4JD2B 1T44A 2ASPA 4JAXA 3O5BA 3CJAA 5EXWA 5AQLA 3BF3A 4B1XB 3I33A 1U2VA 3A5MC 2P9LB 4WQ5A 1IJJA 3R6MA 4GY2B 1LOTB 1NMDA 3U4LA 3H3OB 4IJAA 1BOTO 2VWBA 3VGLA 3ID8A 1ESVA 5BRHA 4Y0WA 3CJ9A 1GLEG 4BGAA 4M63C 3HZ6A 3F9MA 4BRCA 4L3QA 3BF1A 4A2AA 4BC4A 4DHYA 1XUPO 2E1YA 3SMSA 3FR0A 4FOEA 2P9UB 4BROA 3VEWA 5BRDA 1V4TA 1NGBA 3DXKA 1IG8A 4JHDB 2QWLA 4B1VA 4CBWA 2E2NA 4FL9A 3WT0A 4B1UB 2P9PB 2P9SA 3O80A 3SLCA 2ASOA 5TKYA 2EWSA 4B1ZA 5BRFA 3DJCA 1YUWA 3UKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C0BA 2XY5A 3EN9A 1TYQA 5EOYA 5D3GA 1SQKA 2X74A 3FZLA 2E2QA 4M3UA 3SAGA 4RCHA 3F9KA 3PIOL 2ETJA 3AVMA 2HB5A 4DR4K 4CGFA 5FROA 4FWPA 3CYMA 4R5PA 2ZM6K 3NGIA 2QWMA 3EL2A 4JI2K 4DTNA 5KPRA 4H5VA 2JGUA 4E1JA 1KLNA 4OKEA 4CHQA 2UXCK 4XEIA 3L2UA 2I7NA 1GLDG 2HMPA 3CCVN 3P4IA 4B1YB 4XIUA 3CQXA 4CGDA 4ZHRA 4B8AB 3CCSN 5MLCQ 4F3OA 3R9PA 5JLFA 1LV5A 4MLHA 2QEXN 3AO2A 3ZCMA 4EZ9A 4JK7A 4HUEA 2F9TA 4RW4A 4CHZA 2ZGZA 2RN2A 4CEEA 4B9TA 3SAHA 3AVLA 1QQOA 4NYNA 3ZX0A 2QK9A 1YJNN 3TPQA 1MA9B 2HBKA 3MEEA 1IO2A 1U4BA 2IOCA 3CI5A 4Q5VA 1WBDA 2DTUA 1WAFA 3V9WA 3LDLA 3D6RA 2FF6A 2Z1GA 2HF4A 1NJZA 4FK0A 4K42A 3KZBA 4E7LA 3PIPL 3QEWA 1VSJA 4DUYK 2AJQA 2IS3A 4QS7A 5KTQA 1DEJA 3NVKA 4E1MA 2HW3A 3H08A 4H0OA 3CM6A 3CJCA 1T05A 4I2PA 1KFSA 3H45C 3SUPA 4O44A 1QZ5A 3GL1A 5HP1A 2Q36A 2HHQA 1D8YA 1YXQA 3WXLA 3KWGA 3JXUA 4IEEA 5BPMA 3AVCA 4JKAA 3KTQA 2ZJPL 3PX0A 4DSJA 1QSLA 3L2WA 3HM9A 3KLIA 1EWRA 4DV4K 1REVA 5GIOA 3KD1E 1WSGA 3ATUA 2VYPA 3O1WA 1N5YA 1KXPA 1NKBA 2WONA 3VQPA 4DSEA 1A5VA 2X6SA 3T19A 4I6MA 2YHWA 3O4NA 3HJFA 3ZSWA 2OZSA 2B5JA 4DTRA 4JYAK 3L6QA 4H5TA 3TAQA 1VQ8N 4AM6A 4X65K 1HX1A 2FXUA 4CJTA 3L2VA 3QBWA 1KSPA 1NKEA 5KQ8A 5LJVA 5F2RA 3DRPA 3E9LA 2E88A 4DQSA 4KTZA 3M6GA 3THYB 3TWHA 1DT9A 4BR7A 3VEOA 1WB9A 4AF1A 1J9AA 1TL1A 1NK9A 3AVGA 5JLHA 1HLUA 1UWBA 3F73A 1VSIA 3LP0A 4BC3A 4BRHA 1NK8A 1I3AA 4YOUA 3JSMA 2YHBA 3EEQA 5ELZA 3EKSA 1X9SA 1TAQA 2F8TA 4FWQA 4CJFA 4CF8A 4O4GA 4BRMA 1L5UA 3DXMB 3V9SA 1QSYA 3VEXA 5AFUA 3HT3A 1KD1O 1E3MA 1T8EA 2YI1A 2YJFA 3F5TA 2QI2A 4CJWA 3ZSOA 2ZE2A 2W40A 2P5OA 2IVOA 5JICA 5CYQA 3WXMB 4ILGB 2I7PA 3NH1A 3KLHA 4BRNA 2ZF5O 3THWA 4DR7K 3QERA 3OYAA 5DM6L 5C25A 2VGMA 4KPYA 2O8CA 4AH9A 4PL8A 1Z6RA 3OY9A 4IG3A 1I94K 2HNYA 3THYA 2A1RA 1LWFA 3VQ6A 3VPZA 3VENA 3VMFB 5HLFA 3QNNA 4CK3A 5FRNA 4B9MA 3C7NA 2VWJA 1Q81O 4ZTJA 3PSFA 5CY4A 2GTDA 2PAVA 3THXA 3C6HA 1KVCA 1VQ7N 3G6EN 1E4FT 5FPDA 4CK2A 4QOZB 2LSNA 4CJ7A 4IO9L 3ZEUB 3OYEA 4YORA 1GOBA 3HSTB 1IH7A 4MDBA 5C2FA 1WUAA 3OYGA 4RW7A 1NOYA 1HYVA 5EY4A 3P83D 3DXMA 4BRGA 4DV6K 4BDPA 4BQLA 3DI6A 4Y1CA 5AQOA 2V7YA 2D5RA 3BY5A 5AQSA 1X9JA 1FKPA 4K25A 4H4MA 4JKEA 3RR8A 2O8DB 4B1WB 2ZD1A 4FJMA 2FSJA 3EKUA 2A41A 1QQCA 3L4QA 1HYSA 2GEMA 3LAKA 2HMIA 4PA1A 2YHXA 4LFAK 2HNZA 2P9IA 1JLAA 5AQHA 4JEPA 5AR0A 4CZMA 5BPLA 3ZT2A 1ZBHA 2RKIA 3C95A 1U48A 2P51A 3H46O 3T7ZA 3KLEA 4DQQA 4AILC 4M7XA 1IG9A 3H3NO 1VSHA 3CD6N 4FLWA 5JVHL 3ZEUA 1QE1A 4K0KK 3KWIA 4DR2K 4BR4A 1NK0A 5AQPA 3G25A 4E7IA 4DG1A 3DWLA 1JL1A 4BDYA 4N76A 4F4KA 1QSSA 3E1YA 1S3XA 4FSVA 3T1HK 1J5OA 5ADXA 4HWIA 4OGEA 1VHXA 3A8YA 4DSIA 3D7EO 4O8KA 4CK1A 3CPWM 4CJQA 2QKKA 5DMRA 4CZLA 4EZ6A 4JKCA 1CXUA 1T3VA 3D2EA 2VQEK 5AQIA 4DTSA 3T69A 3QNOA 1KVBA 2GUPA 4GV6A 4NCGA 5AQRA 4BWMA 4GV3A 3P39A 4JRQA 2YJEA 1NWKA 1ATNA 1K8KB 4RWTA 4E7JA 2UUCK 1SS6A 4JKBA 1HR0K 3KK7A 3HP9A 3DRRA 3PO5A 1S1UA 4CIFA 2Z1IA 4BDZA 4O5BA 4GNIA 3I0RA 3CF5L 2KHOA 3MECA 1XWLA 4ELVA 4Z4FA 3DMJA 4YHHK 1BI4B 1ZBIA 4KHPK 3WNFA 2HF3A 1BUPA 4DU4A 4C8OA 2GBZA 3SK3A 4B3SK 5AFUH 1L3TA 2E1ZA 3TTDA 2WOMA 2HNDA 3P1GA 4Y1DA 1LCUA 3V1QA 2IIRA 1TKTA 1OH6A 2PY5A 4JK8A 4O55A 4CIGA 4IDHA 4ID5A 3K9KA 2P1JA 3E9OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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