3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
3VENA 4M7YA 3VETA 4O8KA 3CIPA 3AARA 2V7YA 1YXQA 2Q36A 2EWSA 4WYBA 4CBXA 3ZETB 3D7EO 2CGLA 2YJFA 4XH1A 3VEZA 4A62A 1NMDA 4J8FA 3RSEA 3A8YA 2CH5A 2PAVA 4O5FA 2BTFA 3VGKA 4JNEA 2ASPA 2HMPA 4DCHA 2HF4A 3FR0A 5FPNA 2P9UB 4FOIA 1NGEA 4XEIA 3LDNA 3O6WA 3OHRA 3VGMA 1NLVA 1Y64A 2D0PA 2E2QA 2QXLA 4H0XB 4WQ4A 2ZGZA 5JMVA 4IWVA 2NRHA 5AQSA 5KQ8A 4PKHA 1RDWX 3M3ZA 3UE5A 1X3MA 1GLAG 4BC2A 4CD3A 4B1VA 4RWTA 4BRCA 1HKBA 2F9TA 3CJCA 3ID8A 4JD2B 3A0IX 1XQSC 3MCPA 2H3GX 1QHAA 1NGHA 3CQXA 3O1WA 3EKSA 2W41A 4IO8A 3VEXA 5AZJB 2ITMA 1RGIA 3BF1A 3CJ1A 2YJEA 4CZFA 2IIRA 3FZMA 1U2VA 4BRHA 5F0XA 3VOVA 1HLUA 2FXUA 1GLBG 1ATSA 3WUHA 4BRDA 4H5VA 3KHYA 2E20A 3VEWA 4A61A 3WEEB 2QWOA 3O08A 4BRAA 1S22A 4Z94A 3R8EA 3IFRA 4WQ5A 2Q2RA 3ZX0A 1WUAA 3BP8A 1LCUA 3D2FB 4H5RA 3WXIA 4PKIA 1NWKA 4H0TB 3GE1A 4A2BA 5BN8A 5TKYA 1WOQA 2P9IB 1MDUB 1ZC6A 1JCEA 3EZWA 3I8BA 2ASOA 1KAZA 1XC3A 3R9PA 4BRQA 4BR2A 4NO7A 2ASMA 2VWBA 3ZEUA 2P9NB 4MLHA 2DPNA 5ADXH 5AQLA 4QS9A 4BGBA 2A3ZA 3AY9A 1GLDG 4GNIA 4H0YB 3A5LC 2A5XA 5LJWA 4HTLA 3VEYA 3DXMA 3D2EA 1MA9B 3H46O 3QBXA 2E2NA 1E4FT 5B8HA 2A41A 4DQ8A 2BUPA 4F9OA 4CJ7A 4EAHD 1K8KA 4CZMA 2FSKA 5AQGA 1V4SA 1BA1A 1BWFO 3M6GA 1Z6RA 4IJNA 3L6QA 1EQYA 3H6EA 1KAXA 4MO5A 5BRDA 5BRFA 5AQJA 2IVNA 5EX5A 2QW9A 3MN5A 3ULEA 3DXKA 5FPDA 4EFHA 3ENOA 5AQHA 2YCHA 4CZGA 5AQNA 2P9KA 4CZHA 1QZ6A 1QQMA 3J8AA 2E2OA 3UKUA 4IZ9A 1NGJA 3IMXA 2GEMA 4GY2B 4CBWA 5ADXA 5BREA 1MWMA 2F9WA 1T44A 1YUWA 5AQFA 3H3OB 1YVNA 4FWMA 1NGAA 4NB4A 2KHOA 3U8XA 3VF2A 4BG9A 5FPMA 3SK3A 4PL7A 5AFUH 2ZGYA 3KZBA 5AQRA 3U4LA 4FWKA 2QWLA 3CERA 2E2PA 1J6ZA 4BG8A 3GDQA 2A42A 2A40A 5E84A 3UKRA 1ZXOA 1SQKA 3LDPA 1NGIA 1TYQA 4BC3A 5AQOA 5BRHA 4B1YB 4YDUA 3VERA 2WUSA 4CD1A 4BR4A 1OKJA 3HTVA 5BPMA 5AQZA 1NBWA 5AQQA 2E1ZA 3GBTA 4I6MB 3C0BA 4JHDA 4KBOA 3SJHA 3TPQA 3FFKB 2P9PA 3QFPA 2UYTA 4FSVA 3BF3A 2YHXA 4RCHA 3WT0A 2QM1A 1QQOA 4B1XB 4E1JA 3QDKA 4B1ZA 1NGCA 4FPAA 3CETA 4FWRA 1NM1A 4EHTA 3CHWA 2V51B 4FWPA 3WQUA 1QQNA 4K41A 1IJJA 1BUPA 4JAXA 3VF6A 3M1FA 2D1KA 3HSCA 3S41A 1D4XA 3SMPA 2W40A 4FWNA 1BDGA 2QWPA 4WQ4C 3IUCA 4BRPA 3MN7A 4BGAA 3WXKA 3QFUA 5F2RA 2GELA 4EIAA 2D4WA 3R6MA 3FZFA 3HZ6A 3O80A 4MO4A 3ZX3A 1XUPO 1JCFA 1C0GA 3RSEB 1HKGA 3U9ZA 4JN4A 1BA0A 1HPMA 1NGGA 3QICA 5AZIA 2P9SA 1QZ5A 2CGKA 2Q0RA 3H45C 3DWLA 5JLFA 2YI1A 4LC9B 3JXUA 3QB0A 1BO5O 2QWRA 3O8MA 4CI6A 3CJBA 4EHUA 3WXJA 5KPTA 4PKGA 5AQKA 5JLHA 1ESVA 3U9DA 3VF4A 4FPBA 3CI5A 4FWOA 5AR0A 2VCPA 3ZETA 2GWKA 3SMSA 1TUUA 4BREA 2GTDA 3HM8A 4H5NA 1DGKN 2OANA 3A5MC 4FWSA 3WXLA 2ZWHA 1GLLO 3LDQA 2FSNA 4FWLA 2E1YA 5CE3A 2P9UA 4XH5A 4CBUA 3LDOA 4RTFD 4BR9A 1ATRA 3LM2A 4H03B 4BRMA 4I6MA 3VEVA 2V7ZA 3CJ7A 4K25A 5EY4A 3P4IA 4BR5A 1TUYA 4CZJA 2NZTA 4AM6A 2A6AA 3GL1A 1Z05A 1HKCA 4BRKA 3JS6A 3MMVA 3DAWA 2PBDA 2Q1NA 4BQZA 3EL2A 4JD2A 5BN9A 1E4GT 1RFQA 2FSJA 4IJAA 4BRLA 5EVZA 4BRFA 3EO3A 2QWQA 3CJ9A 3C7NB 5AQPA 3UB5A 5AZJA 1ATNA 4AM7A 1SAZA 1JCGA 3H1QA 5AQWA 3ZEUB 3ATUA 3GG4A 3W3DA 1C0FA 3A5NC 3EKUA 1CZAN 4BC4A 3MDQA 1HJOA 3O1BA 1YAGA 2J4RA 1NGDA 5FPEA 4PL8A 3WEEA 4BROA 4H0OA 3B8AX 3AAQA 1IG8A 1NGBA 2P9LB 3LL3A 3FE1A 2I7NA 4FOEA 5BPNA 5AQMA 1MWKA 3DXMB 2YHWA 1S3XA 3D2EB 5AQTA 3IDHA 1BU6O 3D2FA 4H5WA 4ISFA 2D0OA 4DHYA 2P9IA 3FZHA 3GOIA 1R59O 3ZX2A 2FF6A 5BR9A 1NGFA 1GLEG 4BVOA 3FLCO 1K8KB 2E88A 5LY3A 3ATVA 3H1VX 3DJCA 2FLOA 2HOEA 4HWIA 4MLEA 3FZLA 1T6CA 4YDUC 2VYPA 4BVPA 2P9NA 2QWMA 4Y0WA 3ULEB 3DXKB 4H0VB 3LM9A 2P9KB 5AFUA 4C23A 2YHYA 3G25A 3UKUB 3EN9A 1HUXA 2E8AA 5F1XA 4IXCA 4BQLA 4QS8A 5KQDA 2CH6A 2CGJA 4K42A 3I33A 1V4TA 4QS7A 1GLFO 3MN6A 3CQYA 4FL9A 4B1WB 4L3QA 4BRIA 2Q97A 1BOTO 3CJAA 3UKRB 4XH4A 3HBTA 3L0QA 1SZ2A 1TYQB 3FZKA 3W0LA 3A5OC 1HX1A 3VEOA 3QMLA 5EOYA 4A2AA 1GLJO 2Q31A 4M63C 3FGUA 2FF3B 4JHDB 3TU5A 5E26A 2P9PB 4ISGA 4B1UB 3AAPA 2HF3A 4WQ5C 4B9QA 4BC5A 1H1VA 3HI0A 3QBWA 4FO0A 1X3NA 4BR7A 4K43A 3VPZA 4ISEA 1KAYA 2AA4A 4BRGA 3L4IA 3BEXA 5I9EB 5AQIA 1Q18A 3C7NA 1G99A 3LDLA 3MN9A 3SLCA 4FWQA 4H0PA 4BR0A 1T6DA 3F9MA 2IVOA 5AQUA 4BRNA 1LOTB 2Q0UA 1U2VB 2QWNA 2V52B 2IVPA 3H3NO 5KPZA 1ZBSA 1DKGD 2P9LA 1BG3A 5AQYA 2AP1A 5EXWA 5KPRA 5AQVA 4H5TA 3VESA 4M7XA 1P8ZA 2I7PA 3WQTA 5BPLA 3VGLA 3KVGA 5JICA 1GLCG 5AQXA 3O4WA 1KXPA 5ELZA 4CZKA 3MK6A 5LJVA 2GWJA 2GUPA 1DEJA 3BUZB 4CZLA 1U6ZA 5AZIB 2P9SB 3ENHA 3O5BA 4DB3A 4CZEA 2NLXA 1X9JA 4CZIA 2ZF5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VENA 3CIPA 2VGNA 4BDPA 1C1BA 4WYBA 3ZETB 2CGLA 2YJFA 4LFAK 3OYCA 1X9WA 3VEZA 1SKWA 4DR4K 4QAGA 4B8AB 1IV0A 3LZJA 5CY4A 4FJ5A 2HMPA 3KIOA 3FR0A 4DU3A 2G8HA 1NGEA 3AGRA 2OPQA 3SAGA 1NLVA 4KV8A 2QXLA 2Y1JA 3THXB 4JKEA 3OYKA 4K0KK 4IWVA 3VQCA 5AQSA 3WNGA 2WONA 4PKHA 2XY7A 4FW1A 3UE5A 1RT4A 2ZQBA 1HKBA 2X6NA 1NKEA 3VQ4A 4WE1A 2O8CB 4JD2B 4CERA 1XQSC 4N76A 3O1WA 3NDKA 4IO8A 3IKMA 3VEXA 1VSHA 1RGIA 3PV8A 2YJEA 4CZFA 3FZMA 4CK2A 4CJ3A 1U2VA 2NUBA 3VOVA 3QEIA 1ATSA 4BRDA 1VHXA 3LANA 3LZIA 4DR1K 4FK0A 2QWOA 1SL2A 3RR8A 4B3MK 3DLRA 5C2DA 1KLMA 2Q2RA 1YJWN 3CMAN 3AO2A 3D2FB 4H5RA 4RW9A 3S3OA 4JK8A 3TR8A 1UOCA 3B6PA 3CFPA 4TSXA 3DLEA 1KTQA 3EZWA 3NHGA 1XC3A 3LAMA 3R9PA 1Q9XA 4NO7A 2HNDA 2FBTA 4HUFA 3ZT3A 1OH7A 2DPNA 2KW4A 5ADXH 5I42A 3EE9A 3LWMA 1J5EK 1ITGA 1UAXA 1TV6A 4BGBA 4DLEA 1KSPA 2OCEA 4CGDA 3CFOA 4H0YB 3AO3A 3BZKA 2VG5A 4I9QA 1RDDA 1MA9B 3KK3A 4JK9A 2PFUA 1E4FT 1HMVA 5B8HA 4O5BA 2A1SA 4NLCA 1K8KA 4CZMA 3C94A 1S6PA 4IJNA 3L6QA 1EQYA 3H6EA 4MO5A 4E1NA 5BRDA 2PY5A 5BRFA 4CJKA 3CF5L 2QW9A 1TK5A 3ULEA 3ULDA 3LALA 5AQNA 4CHYA 4JKHA 4G9ZA 1QQMA 4OPKA 4DSKA 3A2FA 4JI3K 1SUQA 2F9WA 1YUWA 3T69A 5AQFA 3H3OB 1YVNA 4NB4A 4X62K 4JI6K 4JKFA 1W97L 4FJLA 5KI6A 3DOLA 5AQRA 3O3GA 2QWLA 1J6ZA 4BG8A 2A42A 3UKRA 4Z4CA 1SQKA 3KWIA 4JLHA 3JSMA 4JKBA 1NK7A 5AQOA 2XY6A 3ZSVA 4CD1A 4AHTA 1HR0K 3HTVA 4J2BA 1NKBA 5BPMA 5AQZA 4R79A 5J2PA 4JI0K 5C2FA 2HNZA 2P9PA 2UYTA 3AVJA 1HQUA 5LMUK 4DTRA 4IOAL 4F2SA 1TGOA 1QSYA 1YTUA 4CHZA 1HNIA 1YIJN 3QDKA 3L3VA 1NM1A 1N36K 3CHWA 4YOXA 3AVBA 1QQNA 4K41A 3C6AA 3HP6A 2P5OA 1D4XA 1RNHA 3SMPA 2W40A 3OYHA 1TK0A 1XNRK 1BDGA 3L2RA 3VQQA 2OYQA 5A2QO 1XWLA 3SV4A 2NRWA 1VQ7N 1QHTA 1RDAA 4CEOA 5F2RA 3MWTA 4DSLA 2GELA 4HUEA 3C6HA 3QERA 3K9KA 1YVUA 1VQLN 3HZ6A 3CPEA 3TAMA 2OPPA 3K0SA 1OH6A 4JN4A 3OYLA 1SKRA 5HL7L 3T3FA 1BIUA 4B3RK 4CIFA 1BA0A 3M8SA 1Q81O 3QINA 2CGKA 2E6LA 3SPYA 4CJQA 5JLFA 4LC9B 4CI6A 3WXJA 3D45A 3S3MA 4NCBA 1ESVA 3CI5A 1C1AA 4JKCA 3VTHA 3ZETA 1WNSA 1VQ4N 4UQGA 3VQAA 2HHHK 1KVAA 3U6FA 3A5MC 4ICLA 3LDQA 2FSNA 3DLHA 1C0MA 1WSFA 5CE3A 3O9TA 4CFCA 4XH5A 3AO5A 1EETA 3J7YP 1X1PA 2I5JA 4BR9A 5HRSA 3ZT1A 3V6DA 4OGCA 1M1KO 3NVMA 4I6MA 1ZBUA 1BHLA 3VEVA 4K25A 5C0YA 3P4IA 4LH5A 4LSNA 1TUYA 4E1MA 5DK5A 3NF7A 3MMVA 4LD0A 3NF8A 4JI2K 3NGZA 3N4QA 2O8CA 1BI4B 4JD2A 5JS1A 4FXDA 3OS0A 1S1TA 2QXFA 5C25A 4FZXC 3C7NB 5CZ2A 1ATNA 3U3YA 4FK2A 2DTUA 1VQ8N 3GG4A 3W3DA 5KGXA 3A5NC 3N4PA 4RW8A 2F7TA 1NGDA 5FPEA 3K59A 3AAQA 1IG8A 2X6SA 1NG9A 4RW4A 3DXMB 4GVEA 3D2EB 5AQTA 3IDHA 2HMIA 4BDYA 4DSJA 3D2FA 5IT9O 3ASMA 2D0OA 4FM0A 2RN2A 3GOIA 1NGFA 4BVOA 4FJMA 4KH4A 1QS4A 4DTPA 1WSEA 4YY3K 2IGIA 4HWIA 4FJHA 4MLEA 1VRTA 3FZLA 4FM1A 4DUZK 2W6LA 4CJRA 1IBKK 4IEEA 1C1CA 2KKZA 5AFUA 2NRRA 4O8UA 3G25A 3UKUB 4QCLA 4O0IA 1WBBA 3NH2A 4IXCA 3ZYYX 1EXQA 4QS7A 4RW7A 4Z4GA 1W7AA 3OYDA 1NMNA 1YI2N 4ZHRA 3VTIA 1FXXA 5M1FA 4CVNE 4FZZA 2W42A 1LAWA 3CJAA 3HPOA 3L0QA 1EWRA 3FZKA 5FDLA 2B4JA 4B9UA 4A2AA 3RVCA 2G8VA 1KC8O 2KZMA 4JK7A 4DV6K 1UWBA 2FF3B 3AO1A 4JHDB 1VSJA 3JAMO 4ISGA 3RMAA 3AAPA 1I94K 2YKMA 3NAEA 3QBWA 3K5MA 1VQMN 1NK5A 3AA2A 2HBMA 1U47A 5EU7A 3E01A 2KTQA 3KD5E 4OPJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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