3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
2GUPA 4FO0A 5CE3A 3HSCA 3VEZA 5E26A 3O6WA 3O8MA 4JD2B 2CH5A 2ZGYA 2ASPA 3VF4A 3VF6A 4BR9A 3CETA 4FWKA 4BREA 1BOTO 3MK6A 3QDKA 4FOEA 5EX5A 3UKUA 1HPMA 4H5TA 3JS6A 3HM8A 5BN9A 4BRFA 2DPNA 5I9EB 1TUYA 3J8AA 4ISGA 4B1XB 2F9WA 4PKHA 4BRDA 5LY3A 3EKUA 3CJ7A 3BF1A 2GEMA 4FWLA 2YCHA 3W0LA 4BRMA 1NGDA 4IZ9A 5LJWA 3AY9A 5BRHA 3F9MA 2NZTA 4RTFD 4BC4A 4XH4A 4B1WB 2QXLA 3S41A 4QS7A 1P8ZA 4IXCA 4J8FA 2E2NA 3BP8A 5AZJA 1XQSC 3FE1A 3M6GA 5JICA 3FLCO 1GLEG 3GL1A 1WUAA 3LDNA 5EOYA 2QM1A 3UB5A 4BGBA 2H3GX 2ZWHA 3O1WA 2YHYA 2YHWA 4FWMA 4B1UB 3ZETA 1QZ5A 4BRGA 5LJVA 3D2EA 4FWQA 4NO7A 2V52B 5JLFA 1TUUA 2P9IA 2HF3A 3L4IA 3CJAA 3WXLA 3FZHA 3WXKA 4FWSA 3VGMA 2GTDA 3WEEA 3ZETB 3A5MC 1BUPA 3D2EB 2VCPA 4JNEA 1QQMA 2FSKA 1V4TA 1YUWA 1LOTB 1NGAA 2P9IB 3UE5A 1MWKA 4FWPA 3A0IX 2Q1NA 1RGIA 4BRKA 3A5LC 4BR4A 4B1VA 3MN9A 3FZKA 1K8KB 4YDUA 3WEEB 2GWJA 3LM2A 4BRAA 1V4SA 4XH5A 3LM9A 3GG4A 1E4FT 3L0QA 4BRHA 4BROA 1SQKA 3FFKB 3H1VX 4A61A 3VEOA 4JAXA 3LL3A 5JMVA 3HTVA 2YHXA 4EIAA 4FWRA 4H5VA 4MO4A 2AA4A 3VENA 1GLCG 3B8AX 4H5WA 5AQXA 1HKCA 4BC3A 3VESA 1T44A 3KZBA 3TPQA 3R6MA 3FGUA 2HF4A 3GBTA 4FWNA 1OKJA 5BPNA 1J6ZA 3VPZA 5AZIA 5ADXA 1ZC6A 3CQXA 4BQZA 1DKGD 3H3NO 5FPNA 5AQNA 1HKBA 3EKSA 3ENHA 2FSJA 4QS9A 5KQ8A 5AR0A 5BN8A 1BDGA 4H0XB 4JHDA 2P9PA 2QWOA 5AZIB 3O80A 3I33A 3SMPA 3EZWA 2QWRA 3P4IA 4DCHA 4H5RA 3HI0A 1WOQA 4JD2A 2E88A 4GY2B 4JHDB 2P9PB 4WQ5C 4FWOA 4IWVA 2CH6A 2OANA 4FPBA 4H03B 1MWMA 2HOEA 1ATNA 3R9PA 2PBDA 3D7EO 4CZEA 3VEVA 2EWSA 2W40A 3O5BA 4BRLA 2UYTA 4Z94A 1LCUA 1Q18A 4CD1A 1ZBSA 5AQTA 2YJFA 2F9TA 3MN5A 4DB3A 2IVPA 1GLLO 2E1YA 1R59O 1HUXA 4CI6A 5AFUA 3DJCA 3ZEUA 2E2QA 5FPMA 3DWLA 2E20A 5FPDA 4WQ5A 5EVZA 1QHAA 1KAYA 5AQJA 1GLJO 4DHYA 4A2BA 3WQTA 2GWKA 1QZ6A 1Y64A 3ZEUB 2D4WA 2E2OA 1BO5O 3U9DA 4BRNA 3MMVA 3GDQA 3LDOA 1EQYA 4B1YB 4EHUA 4EHTA 4IO8A 4CBXA 2QWNA 5B8HA 3ENOA 4H5NA 4BRIA 1YXQA 4ISEA 2BUPA 3W3DA 1HX1A 3FZMA 2E8AA 1NGFA 4B9QA 4CZJA 2QW9A 4BVPA 3BF3A 1GLDG 1ATSA 4FL9A 1SZ2A 2Q97A 4CZGA 4NB4A 3QBXA 3LDQA 4BRCA 1K8KA 3O4WA 1ZXOA 4A62A 2A3ZA 4CBWA 3ZX3A 1NGGA 5AQUA 4PL8A 2ZF5O 5AQQA 4MLEA 2P9NA 3BEXA 2CGKA 2V7ZA 2HMPA 5E84A 1XUPO 4EAHD 4BR5A 3H46O 3TU5A 3VGLA 3CJ9A 4BGAA 2P9NB 5F2RA 1X3NA 2PAVA 1C0FA 4PKGA 4BVOA 3C7NA 1E4GT 2D0OA 2E1ZA 1QQOA 2P9LB 3HZ6A 2YI1A 2A5XA 3IUCA 3M3ZA 3IFRA 1RFQA 2A42A 2AP1A 3CQYA 4XH1A 3MCPA 4M63C 1DGKN 1NBWA 1NMDA 5AQPA 3CJ1A 2ASOA 2D1KA 4FPAA 1NGBA 3CJCA 3U8XA 3VF2A 5AQZA 3C7NB 5AQGA 3FZFA 5ADXH 2Q0UA 3I8BA 3G25A 4WQ4C 3ULEB 4I6MB 3QFPA 3BUZB 3D2FA 3DXKB 5AQIA 2P9SA 3SLCA 3AAPA 4O8KA 3CERA 1HLUA 4HWIA 3MDQA 3VEWA 1TYQB 1X3MA 3D2FB 3VERA 1BU6O 2WUSA 2NLXA 2P9SB 1S22A 1KXPA 5AQLA 3ATVA 3C0BA 2D0PA 4WQ4A 4FOIA 3LDPA 3GE1A 3IMXA 3CIPA 5ELZA 2Q31A 2QWPA 2VYPA 3ZX0A 5AQYA 4EFHA 3A5OC 4PL7A 1SAZA 2FF6A 2BTFA 1NGHA 3AARA 2GELA 3HBTA 3CJBA 1DEJA 1NM1A 2W41A 4KBOA 3FZLA 2YJEA 2FXUA 3ID8A 5AFUH 2A40A 3L6QA 2NRHA 2FF3B 4BQLA 3SK3A 1C0GA 2QWMA 1KAXA 1T6DA 5AQSA 3M1FA 1KAZA 4L3QA 1HJOA 4MLHA 4BG9A 1BA1A 2Q0RA 4BRQA 3FR0A 5BR9A 5KPTA 4CZFA 4Y0WA 4WYBA 1HKGA 3EO3A 5BPLA 3GOIA 5KQDA 3KVGA 5KPRA 4ISFA 3U4LA 3H3OB 1BG3A 1D4XA 3O1BA 5AQMA 2I7NA 2QWLA 4K43A 5AQHA 1X9JA 3MN7A 3KHYA 3UKUB 1U2VA 5KPZA 4O5FA 3CHWA 5AQFA 3A8YA 3QBWA 3VGKA 4CZLA 1GLFO 3QB0A 4CZKA 3DXMA 5TKYA 5BREA 4FSVA 3SJHA 4B1ZA 1U2VB 2P9KA 4H0PA 3WXJA 2P9UA 3UKRA 1NGIA 1IJJA 1ATRA 1H1VA 2ITMA 4BR0A 3QFUA 4CJ7A 2CGLA 4YDUC 3LDLA 3ZX2A 5AQKA 3H45C 5AZJB 3DXMB 2IVNA 2P9LA 2P9KB 2V51B 2P9UB 4K42A 3UKRB 4QS8A 5F1XA 3A5NC 3R8EA 2IVOA 4CZHA 1MDUB 5AQWA 4JN4A 4BRPA 3WQUA 5JLHA 2V7YA 4AM7A 1NGJA 4HTLA 1S3XA 4CD3A 3OHRA 1RDWX 2A41A 4MO5A 3EL2A 3ATUA 1YAGA 3MN6A 3U9ZA 1NGCA 1CZAN 3ULEA 3CI5A 4I6MA 3DXKA 4AM6A 1BA0A 1YVNA 5F0XA 5AQVA 2Q2RA 4BR2A 2ZGZA 2ASMA 3SMSA 2QWQA 4K25A 1JCFA 2FSNA 4H0OA 3WUHA 4IJNA 5BRFA 1TYQA 5EY4A 1BWFO 4M7YA 3EN9A 3WXIA 3VEYA 4XEIA 4H0VB 4CZIA 2Q36A 1QQNA 2I7PA 3IDHA 4BG8A 1NWKA 2A6AA 1JCGA 4BC2A 1Z05A 1JCEA 1NLVA 3AAQA 3DAWA 4CZMA 1T6CA 3H1QA 3WT0A 4K41A 1U6ZA 3JXUA 4BR7A 2CGJA 3VETA 4E1JA 2IIRA 1Z6RA 4RCHA 1ESVA 3O08A 3RSEA 4CBUA 4M7XA 5BRDA 2J4RA 4BC5A 2KHOA 1IG8A 1MA9B 1NGEA 5EXWA 3H6EA 4C23A 2E2PA 4IJAA 4LC9B 4RWTA 3VOVA 5BPMA 1GLBG 4GNIA 5AQOA 1GLAG 1G99A 3RSEB 4DQ8A 4H0YB 3VEXA 4F9OA 5FPEA 3QICA 2FLOA 5AQRA 4H0TB 3QMLA 4A2AA 4PKIA 1XC3A 2VWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K73O 4FO0A 2WOMA 3G6EN 3E9LA 5E26A 4JD2B 1SKRA 3ZSOA 2IS3A 3O9UA 3NH2A 1BQNA 4JLHA 4FWKA 3CC4N 2EX3A 2HBKA 5I3UA 1BOTO 3MK6A 1WSEA 3K2PA 1EKEA 4JI2K 3U3GA 3UKUA 3JS6A 3PUFA 1VSJA 3HM8A 3MAQA 2VGMA 3SCXA 5HRSA 4BRFA 5I9EB 2ITGA 1KCFA 3IS9A 4B1XB 4PUOA 3ISNC 3RRHA 4OX9K 4BRDA 3TTCA 4NCBA 4OPKA 4BRMA 4KRFA 1KVAA 4FVUA 4CGJA 2OTJN 2NZTA 5GINA 2FBTA 3RVCA 4Z4IA 4DTPA 4B1WB 4A5BA 4J2AA 4QS7A 3BP8A 4R5PA 1HPZA 4DV7K 2DFFA 1XQSC 2VG7A 2XRIA 2XHBA 4FJJA 3FE1A 1L3SA 3QNOA 3M6GA 1EX4A 1C0TA 1HQUA 2QM1A 4RG8A 2HBMA 3ZETA 1QZ5A 1RDBA 1HYZA 4FWQA 4CK2A 2V52B 3TAQA 2P9IA 4W5NA 2HF3A 3L4IA 3CJAA 3FZHA 3WXKA 1SL2A 2Q3SA 2OZSA 5HOOA 1C1BA 1UOCA 4DSJA 4DSIA 3A5MC 1Q82O 2FSKA 1V4TA 1LOTB 1NGAA 3DI6A 1MWKA 4RW7A 1NOZA 3A5LC 3HXMA 4B1VA 1P90A 1CLQA 2GWJA 3HO1A 4JKFA 4CJFA 3LM9A 3L0QA 4Z4FA 4CEEA 1TAUA 4A61A 4DFMA 3NF6A 3PSIA 4JAXA 3AVIA 3HTVA 2E4LA 3SAGA 2Y1JA 2AA4A 3EZ5A 1XHZA 1GLCG 3B8AX 3OBWA 1OVYA 3WNGA 1C0UA 3P83D 4Z4EA 3L2RA 4M45A 4DR4K 1BI4B 1HR0K 2EHGA 1ZC6A 4F4KA 3NE6A 5A2QO 1DKGD 2HHVA 4DLEA 4ID5A 3ENHA 5KQ8A 1BDGA 2B6AA 4H0XB 2QWOA 1GOAA 3O80A 1C1AA 3I33A 4JS5A 1TKXA 3HP6A 3ZSWA 3VQQA 4IOAL 4JD2A 2E88A 2YHAA 5HL7L 1VQON 4FPBA 3CC7N 4H03B 1KFSA 1N6QA 1O1WA 3R9PA 3D7EO 2HHSA 2JWKA 1LAWA 4KHPK 3TAFA 1VQMN 4QCLA 4DFPA 4WCEL 4DB3A 2YNIA 1GLLO 4ELTA 4FCYA 4EP5A 2GUIA 5AFUA 3DJCA 4BDPA 4M3YA 2E2QA 1IBKK 4FVMA 1WNSA 3P31A 3SPYA 5GAGP 5E41A 3TABA 5M1PA 4DR5K 5DM6L 4A2BA 1HNVA 3ZEUB 2D4WA 2QXFA 3MMVA 4FJMA 3KLGA 3GDQA 3NVKA 4HHTA 1IBMK 1D9FA 4FW1A 4EHUA 4CJTA 1FJGK 5HP1A 1RTIA 3HL8A 2QWNA 5B8HA 2AJQA 1BIUA 3NF9A 4CIGA 4ISEA 1ZBIA 4GVMA 1BCOA 3SJJA 2E8AA 3I0RA 2KTQA 4CZJA 4BVPA 3BF3A 2VQFK 4DR3K 5HROA 4NB4A 4YNQA 4BRCA 4AHSA 3O4WA 1Z25A 3IG1A 4W5RA 3CCLN 2ZF5O 1S1UA 3BEXA 2CGKA 4DUZK 1WLJA 1LWEA 4DTMA 1EXQA 4CEBA 1TGOA 4JI3K 3TU5A 3VGLA 3RMDA 4KAZA 4ELUA 5J2MA 1C0FA 4BVOA 3O9TA 3C7NA 2D0OA 2G8WA 2A5XA 4JK9A 2A42A 4CK1A 3SZ2A 1NOYA 1NBWA 1NMDA 1RBVA 4DTJA 3K9KA 2D1KA 4FPAA 3ZSYA 4WE1A 1FKPA 1YJWN 2XY5A 3QEVA 2WTUA 1IG9A 4LF4K 4WQ4C 2YNGA 1SV5A 5KRTA 4FM0A 4E7KA 3QEWA 4JYAK 3BUZB 3CCUN 1C1CA 5JVGL 1X9MA 3CERA 1LWCA 2X6SA 3VEWA 2OCEA 3D2FB 3VERA 4CHQA 4DSLA 1S6QA 3CYMA 2GV9A 2F8SA 4FLXA 5CYMA 2P5GA 3C0BA 5M1QA 4GV9A 4FOIA 4O55A 2F4VK 5GADP 3AVBA 3SQ0A 3CIPA 3DLBA 2Q31A 2QWPA 4DG1A 3KK3A 3CCQN 3A5OC 2FF6A 3AARA 4JI8K 1DEJA 1NM1A 4KBOA 3G71N 3OYAA 1OH7A 4H8KA 3AVJA 2A40A 3HOTA 2O8BB 1NMNA 1QE1A 3D6RA 1ZBHA 2NRHA 4MDBA 3SK3A 4J2DA 2QWMA 1J9AA 3CMAN 2OTLN 2FBVA 4BG9A 1W7AA 4CJ3A 2Q0RA 3NH0A 1LAVA 5KPTA 4CZFA 3P39A 1HKGA 3I8DA 4IOCL 4OGCA 5BPLA 5KQDA 5KPRA 4HCCA 1GOCA 4ISFA 3U4LA 1NKCA 2NRVA 3O1BA 3LPTA 4K43A 3K59A 5AQHA 4GW6A 4A59A 4N41A 4DF8A 4O5FA 3LALA 3L8BA 3L4QA 2UXDK 5HBMA 3OJUA 4CF1A 1Q7YO 5TKYA 3ZLJA 1TK5A 4H0PA 3ZT2A 2P9UA 3UKRA 1ATRA 2OA8A 4DWIA 4HUFA 4CJ7A 4C8OA 3ZX2A 4RW9A 3OYJA 1RNHA 3NMUA 5AQKA 3AA3A 3THVA 3DXMB 2P5OA 3MX5A 4K42A 1Q8IA 1OH8A 4JI1K 1NK5A 4E7HA 4JN4A 1T7PA 3WQUA 1Z26A 4HTLA 1S3XA 4CD3A 4EP4A 2A41A 1N5YA 1UA1A 2KKZA 5HRRA 1WBDA 1NJZA 3AO3A 5C10A 5AQVA 4W5QA 2ZGZA 4KHYA 4DR7K 3RMCA 3ZT0A 1X9WA 3NF7A 4O0JA 1BWFO 1I94K 3WXIA 1A5VA 4XEIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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