3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
4IZ9A 2FF6A 5FPDA 3WXLA 4H5RA 4BC5A 2YHXA 3MN6A 2BTFA 4CBUA 4BR0A 3UKRB 2F9TA 2E2OA 3FZKA 4CZMA 4BC3A 1YXQA 2Q1NA 4BR7A 3WEEA 2NLXA 1QHAA 4RCHA 1H1VA 3IMXA 3ID8A 4ISGA 4BRAA 1BUPA 5BRHA 2ASMA 3FLCO 2YI1A 3H3OB 3EO3A 3A5OC 4WQ5A 1SQKA 2VWBA 4FOEA 1SAZA 5JLFA 2GELA 3O4WA 4XEIA 2P9NA 1TUYA 1ZBSA 4H0VB 4AM6A 3C7NB 5EVZA 1C0FA 4CJ7A 2E88A 2QWPA 2V51B 4EIAA 4PKIA 2ZWHA 2CGKA 3H3NO 4M7YA 2F9WA 1QZ5A 4FPBA 2I7NA 5LJWA 4FWMA 3VEVA 3H1VX 4GY2B 3CQXA 2HMPA 3KHYA 4FWNA 2Q0UA 4BRMA 3O8MA 4CBXA 5BRFA 5AQMA 2CGJA 4BC2A 5AQYA 3AARA 4M7XA 5AQRA 5AQZA 4BRLA 1MWMA 5F0XA 4A2AA 1RFQA 4B1ZA 1BDGA 5AQPA 1NGJA 4IXCA 3VF4A 3I8BA 4FWQA 2P9LB 2YJEA 4QS8A 1Y64A 5ADXA 2D4WA 3AAPA 4PL7A 5LJVA 4O8KA 4JN4A 1U6ZA 3CJBA 4K43A 3G25A 2W40A 5EOYA 5AFUA 2QW9A 4DCHA 2Q2RA 2GWJA 3M1FA 5AQGA 3H45C 3GL1A 5CE3A 2V52B 4Y0WA 4BGBA 5FPNA 3TPQA 4CZLA 5JICA 2IVPA 3AY9A 3BF1A 4M63C 2ZGZA 2CH6A 1BWFO 3FZMA 3JXUA 3CJAA 1ATSA 4IJNA 3HSCA 3ULEB 3UKRA 4JHDB 4IWVA 1GLEG 2NZTA 5BRDA 1X3NA 3HBTA 1E4GT 1MWKA 3VEWA 2FXUA 4B1YB 3GOIA 3GE1A 1J6ZA 2GUPA 3BEXA 3MMVA 3WUHA 1NGGA 3VESA 4XH5A 2QWNA 1Z05A 4BR2A 1Z6RA 3DAWA 3R6MA 4BREA 5B8HA 5EX5A 3VPZA 1BA1A 1HKGA 2P9IB 3SMPA 3U8XA 4B1UB 1G99A 3CIPA 4DB3A 3C7NA 3L4IA 1X3MA 4BRKA 5EXWA 1EQYA 1MDUB 4H0OA 3LL3A 4FWSA 2HOEA 3D2FB 3LM9A 5KQ8A 4WYBA 4EFHA 3WXKA 5TKYA 3RSEB 4WQ4A 3QFPA 3O6WA 2HF4A 3EL2A 3VETA 4CZFA 2E1YA 2VYPA 2ZF5O 4NO7A 3HI0A 1ZXOA 4FPAA 3EZWA 5AQIA 5AQSA 2DPNA 2P9UB 3LM2A 4JNEA 4IJAA 5AQWA 4BG9A 3CHWA 2YHYA 3CI5A 3U9DA 3O1WA 4H5TA 2E2PA 2Q97A 2P9LA 1HKCA 1GLLO 2PAVA 5F2RA 4PKHA 1NGHA 3ENHA 4C23A 1NM1A 3R8EA 2GEMA 2A40A 2QWLA 3VEOA 1P8ZA 1S22A 1KAYA 1RGIA 5LY3A 1IG8A 1KXPA 4H03B 1NGIA 4JAXA 3CERA 5AZIB 2GTDA 3BF3A 4B1WB 5JLHA 3I33A 2E1ZA 1NBWA 1SZ2A 4YDUA 3SMSA 1TUUA 4BR9A 3L6QA 1BO5O 3MN5A 2FLOA 1BU6O 4FO0A 5AQOA 3U4LA 4HWIA 5AQQA 4EAHD 1R59O 1GLJO 3ULEA 2ASPA 3ENOA 2QWQA 4JHDA 4CZKA 3MCPA 4FWKA 3D7EO 3VEXA 3H6EA 1BG3A 5AQHA 3O1BA 5BREA 1JCEA 4GNIA 4BR4A 3ZX0A 2YJFA 1BOTO 4B1XB 4H5WA 3IUCA 3FR0A 2EWSA 3DXKA 1NMDA 3KVGA 4LC9B 3DWLA 2QXLA 5F1XA 3MDQA 3O08A 3B8AX 1HUXA 2P9IA 3ATUA 4DHYA 1JCGA 1GLAG 3LDPA 1NGEA 3GG4A 3QDKA 3S41A 2QWMA 4FOIA 3QBWA 4FWOA 3W0LA 2IVOA 1XUPO 3QB0A 4B1VA 3H1QA 3CETA 4FL9A 5AQKA 5AR0A 3SJHA 2KHOA 3WXJA 3VF2A 3EKUA 1LCUA 4BVPA 1DGKN 4K25A 5JMVA 5BPMA 4Z94A 3C0BA 3FE1A 1U2VB 5FPMA 2ITMA 3J8AA 2E8AA 5KPRA 2Q36A 2P9UA 3LDOA 1NLVA 1HKBA 1ATNA 1NGBA 5BN9A 5AQJA 1ATRA 3M3ZA 1YAGA 2J4RA 3WQUA 3OHRA 5FPEA 3ZETB 1T44A 1KAXA 1NGAA 4BQZA 4RWTA 2FF3B 1X9JA 3A0IX 4BC4A 1T6CA 4H0TB 4BRIA 1TYQB 5AZIA 3KZBA 2V7ZA 3UKUB 4WQ5C 4PL8A 4IO8A 4BRGA 1K8KB 5BPNA 3DXMB 2AA4A 3MN7A 3D2EB 2E2QA 3QMLA 3LDLA 1HLUA 1OKJA 1ZC6A 2D1KA 3EN9A 4ISFA 4H5VA 3CJ1A 5AQXA 1Q18A 4BGAA 5KPZA 3FZLA 2P9KB 1NGCA 3VGMA 4XH4A 1NGFA 3IDHA 4JD2B 1S3XA 2QWOA 2WUSA 2P9PB 4K42A 4A62A 4B9QA 1NWKA 3GBTA 5ELZA 3CQYA 4BQLA 4CZEA 4CZIA 3VF6A 2CGLA 4KBOA 5AQLA 5KPTA 2AP1A 2YCHA 4BVOA 2CH5A 2FSJA 4BRPA 2GWKA 4BROA 3FFKB 5AQVA 2A5XA 3UE5A 4DQ8A 3ZX2A 5AZJB 4BRNA 5I9EB 4PKGA 3ZX3A 4H0XB 2A3ZA 3AAQA 3M6GA 1YUWA 1WUAA 3CJ9A 3QBXA 3GDQA 4BRQA 5BPLA 1XQSC 2D0PA 1GLDG 1QQNA 4RTFD 3FZFA 1HPMA 3QICA 5AQTA 1U2VA 1NGDA 4QS9A 4CZGA 3U9ZA 3O80A 3FGUA 4AM7A 3CJ7A 2IIRA 3VERA 2P9SB 1JCFA 3VGKA 3TU5A 3IFRA 4H0YB 3ZETA 1HJOA 4BRFA 4K41A 4EHTA 2VCPA 4A2BA 1RDWX 1LOTB 3CJCA 3DJCA 4XH1A 1WOQA 2PBDA 3HZ6A 4FWLA 3VOVA 3QFUA 4F9OA 5KQDA 4MO5A 2I7PA 4I6MB 3VEYA 2BUPA 2HF3A 3MN9A 5AQNA 1IJJA 4FWRA 1TYQA 3EKSA 3BP8A 2A42A 3WQTA 4ISEA 2QM1A 3SK3A 4FSVA 3UKUA 3ZEUB 1GLBG 4EHUA 1K8KA 4E1JA 3DXMA 4L3QA 2FSKA 3UB5A 1BA0A 2ASOA 3D2EA 1V4SA 3P4IA 3MK6A 3WXIA 3VGLA 1GLFO 1D4XA 3D2FA 4H0PA 1V4TA 3RSEA 3LDQA 3VENA 3WEEB 2P9KA 1HX1A 1YVNA 2YHWA 1DEJA 4MO4A 5AQFA 4QS7A 4JD2A 1QZ6A 3JS6A 4WQ4C 1T6DA 5E26A 3ATVA 2P9PA 2UYTA 4MLHA 2OANA 3SLCA 4CD3A 2D0OA 1KAZA 2P9NB 2IVNA 4BR5A 3A5NC 1CZAN 3H46O 4BRDA 3A8YA 4CZHA 2A6AA 3F9MA 1MA9B 5AZJA 1E4FT 1XC3A 3HM8A 3L0QA 4CI6A 4O5FA 2W41A 3VEZA 3FZHA 4J8FA 2V7YA 3BUZB 2QWRA 3WT0A 2NRHA 1DKGD 4CBWA 4FWPA 1C0GA 4BG8A 5BR9A 1ESVA 2Q31A 4YDUC 5BN8A 1QQOA 5ADXH 3DXKB 4H5NA 4BRCA 2E2NA 4HTLA 3LDNA 2P9SA 2E20A 1QQMA 3W3DA 4A61A 2A41A 5AFUH 4BRHA 3R9PA 2ZGYA 2Q0RA 3A5LC 1GLCG 2FSNA 4I6MA 2H3GX 4MLEA 5AQUA 4CD1A 3HTVA 5EY4A 3A5MC 5E84A 3O5BA 4CZJA 3ZEUA 4NB4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 4X62K 2FF6A 1S1WA 5FPDA 4B3RK 3ENBA 4ICLA 4CBUA 2BTFA 2W42A 2G8WA 2FBVA 3HJFA 3CC7N 1VHXA 4OKKA 4BC3A 4BR7A 2NLXA 1RT7A 3PSFA 3ID8A 1NJWA 2O8FB 3KTQA 1YI2N 4KHWA 1SQKA 1CZBA 4A5BA 5JLFA 2GELA 4IO9L 1K6YA 1TUYA 3PY8A 1ZBSA 3VQAA 4AM6A 1VQ7N 4YNQA 4CJ7A 2E88A 1KTQA 1RDUA 4W5QA 4IOCL 2CGKA 3H3NO 4M7YA 5GAEP 2HHXA 3L3UA 1VQ6N 3VEVA 4F2RA 1D9FA 3KHYA 5BRFA 2Q0UA 4M42A 1D9DA 5AQMA 5J2PA 5AQYA 1IG9A 4OLAA 3HOSA 5AQZA 2QK9A 5FDLA 3CC2N 4IXCA 3VF4A 3I8BA 4HUFA 3CFPA 3EE9A 4YHHK 3AO2A 4R79A 1F21A 1Y64A 3BY5A 4PL7A 1OVYA 3N4PA 4AF1A 3HM9A 4DTSA 3QNNA 2W40A 5EOYA 4WCEL 4DCHA 2FBTA 4BGBA 2JWLA 1D5AA 1NKEA 4FLYA 3AGRA 3BF1A 1Y97A 5HL7L 2P1JA 3ITHA 1GOBA 3CJAA 4JK8A 4IJNA 5A2QO 3I55N 2BH1A 3JAMO 2BANA 3L2QA 3TSQA 5KRTA 3HBTA 1MWKA 4B1YB 3GOIA 3T1YK 4KHUA 4DTJA 4JI6K 4XH5A 2YHAA 2QWNA 4BR2A 3SBTA 4FYDA 4CEOA 3MEEA 4IG3A 5GINA 4DF4A 4BRKA 1KVCA 4KTQA 3A2FA 4IDHA 5SWMA 4NYNA 2X6SA 3IKMA 3NH2A 1ASUA 3AVCA 3LM9A 1VSHA 4FJKA 5TKYA 4WQ4A 1T05A 2HNYA 3OYBA 1BQMA 4KHPK 3T19A 1ZYQA 2OYQA 4FVMA 1TKTA 1ZXOA 3EZWA 2DPNA 1KRPA 3OVNA 5AQWA 3M8RA 3PSIA 4CF9A 4KH6A 1S1UA 1NM1A 4CJ3A 3R8EA 4KTWA 3IRXA 2A40A 2IAJA 1S22A 1RGIA 5LY3A 1Q81O 3VQBA 5JLHA 2E1ZA 1YIJN 1NJYA 3NFAA 2QA4N 4YDUA 1RT5A 4DR6K 3NF8A 3MN5A 3QIPA 5DM6L 4FO0A 3U4LA 5C2FA 1N32K 2QKKA 2A1RA 3E1YA 3JSMA 3ENOA 1RBRA 2G8IA 3KLHA 3H6EA 5BREA 3OYIA 3CFRA 2O8DB 3HK2A 4IEIA 1NMDA 2Z1HA 1EXQA 4FLXA 3DLLL 2ZD1A 3AO4A 5GAGP 1QVFM 4Z4EA 3DWLA 4ILHA 5F1XA 3O08A 1HUXA 1UOCA 3ATUA 3AVJA 4CK3A 1GLAG 3OTOK 3KLEA 3EE8A 4DU4A 3GG4A 2NRVA 2KLAA 2KTQA 1XUPO 1RBVA 3QB0A 4GMJB 1GOAA 1S9EA 4FL9A 2HHWA 5AR0A 3SJHA 5GIOA 4YOUA 3WXJA 1LCUA 4B9LA 4I2QA 5C42A 3C0BA 4HCBA 2ITMA 2HBJA 1HNZK 3MWTA 3L4QA 1NGBA 4NXNK 2PZSA 4CHYA 1ATRA 1ILYA 2HNDA 3NF6A 2J4RA 3ZSVA 3OHRA 3VA3A 5FPEA 3ZETB 1OH6A 1NGAA 4BQZA 4IOXA 4HUEA 4AILC 4BACA 3KLGA 4DSKA 3AVHA 1BGXT 1VQLN 3DLBA 1OVQA 4H0TB 4EP5A 3TTCA 1JLQA 1UWBA 2X74A 3I0RA 5CZ1A 5AZIA 4U7BA 4E3SA 5KGXA 1K8KB 3DRRA 2E2QA 4DV5K 4NXMK 2D1KA 3EN9A 3HOTA 4H5VA 3CJ1A 1VQKN 5I3UA 5AQXA 3B6PA 2WC9A 3OYAA 1NGCA 1HRHA 3VGMA 3VTHA 1RTDA 1WSFA 4YOTA 3IDHA 3QEPA 3OYLA 1S3XA 2QWOA 3VQ9A 2P9PB 4A62A 3SBGA 2NRRA 3GBTA 5HOOA 3CQYA 3LAKA 2CGLA 1BIZA 2CH5A 2FSJA 4BRPA 3THXA 4CK1A 5AZJB 4PKGA 3TWHA 3RMAA 4CF0A 1JXBA 3AVLA 2A3ZA 1YUWA 1RCHA 4MQ3A 5HP1A 4DSEA 4JI4K 3NVMA 3PLAA 4PQUA 3FZFA 2VG7A 5AQTA 1U2VA 4DWIA 4FJ9A 1C1CA 1U45A 2NRZA 4JI7K 3TAQA 4OGEA 4AM7A 1QS4A 4Z4HA 4DFKA 1JLBA 3TU5A 2DY4A 4H0YB 2JGUA 1LW2A 2YNIA 2IGIA 4IG0A 4E1MA 2HHSA 3F2KA 3VN5A 3QINA 4XH1A 1WOQA 4ILJA 1IBKK 3OYJA 4I2PA 4OVLA 5AQNA 1A5WA 1IJJA 4W5RA 3ZT2A 5JS2A 3BP8A 3ZEUB 4NCBA 3UKUA 3FFIA 3K5OA 2KFNA 1VSMA 3D2EA 3ID6A 3SNNA 3LWLA 1L3VA 3SQ2A 3MX5A 4KHSA 4CFBA 4LF6K 3SUQA 2R7YA 2YX6A 3I8DA 4DV2K 1CXQA 3V6DA 2P9KA 4OPAA 2KFZA 4NCGA 1DEJA 2RF2A 1L3SA 1GOCA 3ATVA 1TK0A 2O4GA 3D45A 2OANA 4B8CA 4AHTA 5TKWA 3SLCA 3WNGA 2P9NB 3ASMA 4CF1A 4BR5A 4KH5A 1SL2A 3V1QA 4B08A 2A6AA 3C94A 5CY4A 3J7YP 4FJJA 3THVA 1TKZA 3ZT0A 4F2SA 5J2MA 2O4IA 1YITN 4J8FA 4ELUA 3LAMA 1IH7A 3LZJA 4FWPA 3J7AP 1JLGA 5BR9A 1ESVA 5HRPA 4WFBL 3E9LA 3VQ4A 3CPEA 2KZZA 4AHSA 5BN8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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