The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LMN K; 1XNQ K; 4V19 S; 4NXM K; 4B3R K; 5AJ3 K; 4DV4 K; 4DR3 K; 4DR6 K; 4DR1 K; 2F4V K; 3T1H K; 2UXD K; 3JAM O; 1IBM K; 4K0K K; 4LFA K; 2UXB K; 5IWA K; 4LF5 K; 1HNW K; 4KHP K; 3T1Y K; 3J7Y P; 4DR7 K; 4LFC K; 4JI1 K; 4DV5 K; 4DV2 K; 5LMU K; 2ZM6 K; 1HNZ K; 4B3M K; 4CVN E; 1HNX K; 1N34 K; 4DV7 K; 4LF9 K; 2UUB K; 4JI2 K; 4JI3 K; 4DR2 K; 3J80 O; 3OTO K; 1XMO K; 2UXC K; 4X62 K; 3J7A P; 2UUA K; 3J81 O; 4JI6 K; 1IBK K; 4LF7 K; 4DUZ K; 4NXN K; 4B3S K; 4DUY K; 1I94 K; 4LF8 K; 1IBL K; 4X66 K; 4LFB K; 4GKJ K; 5BR8 K; 4JV5 K; 1FJG K; 2HHH K; 4B3T K; 4LF6 K; 2VQE K; 4DR5 K; 1HR0 K; 4LF4 K; 5A2Q O; 4YY3 K; 4DR4 K; 1XNR K; 5LL6 Z; 4DV3 K; 2VQF K; 1N36 K; 2UU9 K; 4YHH K; 1N33 K; 1J5E K; 2UUC K; 4DV0 K; 5FLX O; 2E5L K; 4CW7 B; 4DV1 K; 4OX9 K; 1N32 K; 4X65 K; 4AQY K; 4JYA K; 4JI0 K; 5IT9 O; 4JI5 K; 4X64 K; 4DV6 K; 4GKK K; 4JI7 K; 4JI4 K; 1XMQ K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I9Q A; 3CJC A; 3QES A; 3AAQ A; 3PIP L; 5C25 A; 1A5W A; 4A57 A; 1Q82 O; 3KLF A; 1SQK A; 1SZ2 A; 3DOK A; 3MEE A; 1IBM K; 3WT0 A; 4FWS A; 3ENB A; 2E1Z A; 5IWA K; 3D2F A; 4W5Q A; 2HF4 A; 2ZWH A; 3L8B A; 3DYA A; 5FRN A; 3OYL A; 3J7Y P; 1W2B M; 1JL1 A; 3SQ4 A; 5HL7 L; 3RMA A; 5C0Y A; 1U49 A; 2BE2 A; 3CJ7 A; 4FJ9 A; 3O9S A; 2IAJ A; 2G8W A; 3ITH A; 4FLV A; 1T6D A; 2YV0 X; 1NWK A; 1NGF A; 2YHY A; 3QIP A; 3NCI A; 4B9L A; 2Z1G A; 4CZM A; 2YKM A; 5AQQ A; 2UUA K; 1MDU B; 2PBD A; 4PKI A; 1SL0 A; 2QKB A; 3SMP A; 1WUA A; 2E20 A; 3QBW A; 3HJF A; 3I8D A; 3ZT2 A; 1BDG A; 4LF8 K; 1WSJ A; 5EX5 A; 4GKJ K; 1W0H A; 1NBW A; 2OZM A; 3O5B A; 4FW1 A; 2YJF A; 2E2N A; 4BDP A; 4A2A A; 4BRI A; 2X74 A; 4DR4 K; 1KAZ A; 1IKW A; 4BVO A; 4IEE A; 5KPT A; 2VQF K; 1N36 K; 5BN8 A; 3TAE A; 3T7Z A; 4M3W A; 2O8B A; 1WAJ A; 4CZH A; 4CI6 A; 1QZ6 A; 4ID5 A; 4FLU A; 4CJR A; 4MFB A; 2E5L K; 3MWP A; 4O55 A; 1OKJ A; 4B9U A; 3UKU A; 3C65 A; 4DTX A; 1KSP A; 5M1O A; 4JYA K; 4ZHR A; 5KQ8 A; 4OVL A; 4PWD A; 1RT2 A; 4CBX A; 2FBT A; 4KKO A; 4R79 A; 1WSH A; 2YNG A; 2A1S A; 5BN9 A; 3WEE B; 4O4G A; 1RCH A; 4CK2 A; 3VER A; 4GV3 A; 1JXB A; 1VRT A; 3DAW A; 1WSI A; 2Q97 A; 3VQD A; 3DRS A; 5KGW A; 1VHX A; 4B3O A; 4FJI A; 3KJV A; 3CJA A; 3MEG A; 3CMA N; 4DS5 A; 3AVI A; 1VQN N; 4IOX A; 1YJN N; 2CH5 A; 1IKX A; 4BR0 A; 4FJK A; 1GLE G; 5KI6 A; 5I42 A; 3NF8 A; 4RTF D; 4CGF A; 4DSI A; 3I0S A; 3AVN A; 4YDU A; 3VQC A; 4FWL A; 4DG1 A; 4DTP A; 5I9E B; 3NGI A; 3AV9 A; 3QFU A; 4KBO A; 2VWJ A; 1N5Y A; 1QQM A; 4CJV A; 4WQ5 A; 3BF1 A; 1BIZ A; 1MU2 A; 1NK9 A; 4KHS A; 1EWQ A; 4ZTF A; 1HRH A; 4BR9 A; 1L5U A; 4FCY A; 3A5N C; 3LWL A; 1TAU A; 4YDU C; 4JKA A; 1WN7 A; 1NMD A; 2UXC K; 3OYJ A; 4ILG B; 3OJU A; 3D2E B; 4WQ5 C; 4WFN L; 3E01 A; 2PAV A; 1RIL A; 3THX B; 1BA0 A; 4ILJ A; 3WXK A; 1S22 A; 4F3O A; 2G8K A; 2JGU A; 4J8F A; 4NXN K; 1ASW A; 4K43 A; 3OBW A; 5AQF A; 3BF3 A; 3LWM A; 3VQE A; 4CF0 A; 2HHW A; 4I2P A; 3O9Q A; 3ZSY A; 3CQ8 A; 5HP1 A; 4JK7 A; 1D9F A; 3HT3 A; 2VQE K; 3OVN A; 1HR0 K; 2E2O A; 3VGM A; 4FW2 A; 4JKE A; 1OH5 A; 1YXQ A; 1C6V A; 3DI6 A; 1KVC A; 3AVB A; 3OYK A; 4OJR A; 3CCS N; 3D6R A; 1BQM A; 1SKR A; 1Z26 A; 3HP6 A; 3C95 A; 4PY5 A; 1G15 A; 5JLF A; 2YNI A; 4HTU A; 1CZA N; 2VCP A; 2EX3 A; 5CHI A; 3NH2 A; 2I5J A; 3THW B; 2FBX A; 3KKR A; 3A8Y A; 1NM1 A; 1RNH A; 4KRE A; 4FPA A; 5TKY A; 4CGI A; 1KTQ A; 4C1N K; 1JLC A; 2F8S A; 5CY4 A; 1S1U A; 4BQL A; 1ZBI A; 5BPN A; 3ALY A; 4EHU A; 4DWI A; 2IIR A; 3MEC A; 3H45 C; 3QML A; 3KK1 A; 3DMJ A; 4FJJ A; 2H3G X; 2P9S B; 4YOY A; 3LPU A; 2DFF A; 3KK3 A; 2YJE A; 3ULE B; 3G71 N; 1GLL O; 2OCE A; 4FLW A; 3M3Z A; 4ICL A; 4DLG A; 4J2B A; 4FM1 A; 2BAN A; 3DLL L; 2Z1I A; 1RTD A; 4DQI A; 1T7P A; 4I6M A; 3AAP A; 1D8Y A; 3CM6 A; 5SWM A; 1D9D A; 1YVU A; 3V1R A; 4H0P A; 4BC4 A; 3DM2 A; 4FM0 A; 4DQ8 A; 3HO1 A; 4BRQ A; 3LAK A; 2XY5 A; 3E9L A; 5I3U A; 3M8P A; 4O8U A; 3SUQ A; 4CEA A; 2P1J A; 4JI3 K; 4Y0W A; 3MN7 A; 4HTL A; 3LDS A; 3AO3 A; 1ZC6 A; 3K5M A; 1HKB A; 3H3N O; 3WUH A; 3SK3 A; 4OGC A; 1ZBS A; 2D4W A; 4FJ5 A; 3THY B; 3TAG A; 1JLQ A; 2HBJ A; 2D0C A; 4MDB A; 4IFY A; 1XHX A; 4IFV A; 4FLT A; 4GMJ B; 5J1E A; 3NVM A; 1D4X A; 2V51 B; 1DGK N; 2KLA A; 3BUZ B; 1LAV A; 1HQE A; 1BOT O; 2ETJ A; 4PL8 A; 3W3D A; 4JS4 A; 3SAF A; 2UU9 K; 3OYB A; 3OYE A; 2Q0U A; 2ITG A; 4DV0 K; 1VRU A; 4F9O A; 3LP3 A; 3FFI A; 3AAR A; 5EXW A; 3QER A; 2UYT A; 2VYP A; 3P83 D; 4GVM A; 5C42 A; 1KAX A; 1ASV A; 2HHQ A; 3RVC A; 3OHR A; 2GWK A; 3VEW A; 4AM7 A; 2O4I A; 2Q1N A; 5AQI A; 4A2B A; 1U2V A; 3D0P A; 4FJ8 A; 4OPK A; 3O9T A; 3ATU A; 3MWT A; 2BTF A; 4FWM A; 4NXM K; 1TK8 A; 2O8D B; 3PV8 A; 1E3M A; 2QWP A; 3OW2 M; 5KTQ A; 2UXD K; 4C1N I; 1OH8 A; 4M42 A; 3T19 A; 3LZJ A; 3VQ6 A; 4JKB A; 3F9K A; 4H0X B; 1Q86 O; 3QET A; 4H03 B; 1SL1 A; 3CC4 N; 4RW9 A; 2XHB A; 4OKE A; 3CCR N; 2IC3 A; 3N4P A; 1JKH A; 3CC7 N; 2QXL A; 4DFK A; 3D7E O; 4ISG A; 4BWM A; 2KFZ A; 4BG9 A; 5F2R A; 3F5T A; 3TAP A; 4NCB A; 2P9U A; 2O4G A; 4CHN A; 4EP4 A; 1P8Z A; 2FSN A; 4JN4 A; 4FJL A; 4OPH A; 3WEE A; 3J7A P; 2KZZ A; 1S72 N; 3J81 O; 4FSV A; 3KLG A; 1M90 O; 1LCU A; 4EFH A; 4WF9 L; 3H46 O; 3Q7B A; 5J2P A; 1FJG K; 3SV4 A; 3HI0 A; 4LH4 A; 5DM6 L; 5M1N A; 1UA1 A; 5BPL A; 1XC3 A; 1X9W A; 3UKR B; 5GAD P; 3MCP A; 1NK5 A; 4IOC L; 1NK8 A; 4BE2 A; 1IG9 A; 3MAQ A; 3K5N A; 3EE9 A; 3U3G A; 3JYT A; 3NF9 A; 3S41 A; 1YIJ N; 5JS2 A; 3VF4 A; 2OPQ A; 3SJH A; 3FZK A; 1J54 A; 1X9M A; 3OYM A; 2ASM A; 4AH9 A; 1RT7 A; 3FFK B; 4O0J A; 4O44 A; 3DLR A; 4B1W B; 3CIP A; 4DSJ A; 4CZJ A; 2YHX A; 4B9T A; 3D2E A; 3THX A; 3DXK A; 3HK2 A; 4CEQ A; 4BAC A; 1MWK A; 3ZET B; 3EL2 A; 1S9E A; 1BI4 B; 2GEL A; 4OKJ A; 3E9O A; 4M3Y A; 4JLH A; 3MDQ A; 1CZ9 A; 2QWQ A; 1RTH A; 3VGL A; 2P51 A; 3MMV A; 2YHA A; 1S1V A; 1VSJ A; 4LSL A; 3ID8 A; 4AHU A; 2D0P A; 3O9U A; 4B1Y B; 3ZT3 A; 2P9I B; 2KQ2 A; 3QBX A; 2PY5 A; 2CGJ A; 3P31 A; 3O4W A; 1RT1 A; 3WNF A; 3C6U A; 4B3M K; 3AVH A; 1TK5 A; 3P1G A; 5JLH A; 1TV6 A; 4WFB L; 3THW A; 2F9W A; 5AQV A; 3EYZ A; 2P9L A; 4H5V A; 2ZF5 O; 1TYQ B; 3I33 A; 1SL2 A; 4CGJ A; 4YOV A; 4HUG A; 5E41 A; 3E66 A; 1HJO A; 2P9S A; 3AVL A; 2YCH A; 3MXJ A; 3R6M A; 3HL8 A; 3OYI A; 1QS4 A; 3J8A A; 3TSQ A; 3QIN A; 3OS2 A; 3UE5 A; 1ATN A; 3ZSZ A; 3TSP A; 5M1K A; 4AHT A; 4Z4I A; 1BWF O; 2VG6 A; 2E6M A; 3TTF A; 1NJX A; 1K6Y A; 3RSE B; 3CM5 A; 3NGZ A; 4B1V A; 1VSM A; 4A61 A; 2E4L A; 1B9F A; 1O1W A; 4FOI A; 1GLJ O; 3CJ1 A; 3BZC A; 3ZSX A; 3VEX A; 2FLO A; 1REV A; 3L3U A; 4CHQ A; 4DQQ A; 3K59 A; 1YVN A; 3AVC A; 4QAG A; 4CES A; 4X65 K; 4C8L A; 3SZ2 A; 4W5R A; 3NDK A; 3ZSW A; 3SQ1 A; 1TVR A; 2W6L A; 4HVJ A; 2XY6 A; 2GUI A; 3VEY A; 1YTA A; 3GOI A; 5AQZ A; 4E7K A; 3CCU N; 3CCL N; 1FW6 A; 1RDU A; 5LMN K; 2P9P B; 3SAH A; 1NOY A; 2D5R A; 4CJS A; 4V19 S; 4CF8 A; 3VA3 A; 3U4L A; 3CCQ N; 3IG1 A; 1NJI O; 2W42 A; 3P5J A; 3IDH A; 3JAM O; 4LFA K; 4H5W A; 4K8X A; 1UOC A; 3BDP A; 4RCH A; 2PFU A; 3QO9 A; 4L8R B; 5AZI B; 4MLH A; 3OYG A; 4W5N A; 2BDP A; 4JKG A; 4E89 A; 5LMU K; 4CJP A; 3AO4 A; 4LC9 B; 2NRX A; 1YAG A; 5JS1 A; 5KQD A; 1S5J A; 1N34 K; 1IV0 A; 3H6E A; 3LZI A; 3CPE A; 1QE1 A; 4ELT A; 3CC2 N; 2ATQ A; 3FGU A; 4BE0 A; 2HHS A; 3PLA A; 1NGI A; 3DRR A; 4ISE A; 3TU5 A; 4CJT A; 4B9M A; 3L0Q A; 5C12 A; 2I7P A; 2RKI A; 4GY2 B; 4LSN A; 4DSE A; 2VGM A; 2O8D A; 2HVH A; 1RTJ A; 3WQU A; 3OYC A; 3AA4 A; 5FRO A; 2R7Y A; 2A41 A; 2NRT A; 4JS5 A; 5KRS A; 4BRK A; 5AQK A; 4YOX A; 4CEE A; 3I8B A; 3TAQ A; 3S3N A; 2G8V A; 1VQ5 N; 4FO0 A; 3AVG A; 3KLI A; 4K25 A; 4XEI A; 1NGB A; 3TSU A; 3CI5 A; 2QXF A; 3PSI A; 3LM9 A; 2RN2 A; 5LJW A; 3OYN A; 2HMI A; 4IFE A; 3ZX3 A; 3K5L A; 1QSY A; 4FWP A; 3G10 A; 2WOM A; 1RDD A; 3DRP A; 5F0X A; 3M8R A; 2HHT A; 3V9U A; 3HRG A; 4E1N A; 5F1X A; 3OA9 A; 4Y1D A; 3TAF A; 1LWF A; 3KWI A; 1WSG A; 4BGA A; 1XMQ K; 4JI8 K; 1RBR A; 2F96 A; 4JEP A; 3ZEU B; 1S1W A; 2WBN A; 4DTJ A; 3WXI A; 4BRA A; 3PO4 A; 1FKO A; 5ADX A; 5HRO A; 1YTU A; 1EET A; 3ID6 A; 1J53 A; 4DF4 A; 3NHG A; 2QW9 A; 4FWR A; 5HRR A; 1FXX A; 3MXI A; 3UKR A; 2WUS A; 4KTW A; 4Z4G A; 1VSH A; 4DS4 A; 2VG5 A; 4LF5 K; 1UAX A; 4GV9 A; 5FPN A; 2VWB A; 4CCH A; 3H1V X; 4DV5 K; 4RW8 A; 3KK2 A; 1K8A O; 4FWO A; 1R0A A; 2Q31 A; 5GAG P; 2HND A; 2KW4 A; 3O8M A; 3VMF B; 3QEV A; 2Y1J A; 1HPM A; 1I39 A; 4N47 A; 3A5O C; 1KLM A; 4DTU A; 1T44 A; 4ISF A; 1BUP A; 4DTS A; 3AO1 A; 1XMO K; 2A1R A; 4BC5 A; 4BDY A; 4QS8 A; 1U04 A; 1VQ9 N; 4BC3 A; 4H0V B; 2QWR A; 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4FZZ A; 3IUC A; 3WXJ A; 1Q81 O; 5AQY A; 1SUQ A; 2FSK A; 2HW3 A; 4DFJ A; 1XI1 A; 3VQQ A; 4WQ4 C; 2P9K A; 2HVI A; 3JSM A; 1L3V A; 2P9P A; 5EOY A; 4FVU A; 3V81 A; 3SUO A; 3CQY A; 5T7B A; 3R8E A; 1NK0 A; 2AA4 A; 4JK8 A; 4XH1 A; 5BR8 K; 1NKB A; 4FJN A; 3KLE A; 3SCX A; 4KHW A; 2X6S A; 4BG8 A; 3VF6 A; 5C15 A; 1DTT A; 5FDL A; 3SJJ A; 4BRD A; 4DTR A; 1DT9 A; 3AGR A; 1XNR K; 3HM9 A; 1UWB A; 1KVA A; 4HHT A; 3LL3 A; 4M41 A; 4O8K A; 1FK9 A; 4IXC A; 3ATV A; 2E1Y A; 3M1F A; 4B9V A; 1CLQ A; 2P5G A; 3QB0 A; 1JL2 A; 4U7B A; 4DU3 A; 1VSI A; 3JS6 A; 1TUU A; 1U6Z A; 4LH5 A; 2YNF A; 5D3G A; 1N32 K; 1BQN A; 3QEX A; 1WSE A; 2HMP A; 2ZJQ L; 2HNZ A; 4JI7 K; 1DEJ A; 3U9Z A; 4DMN A; 1Y97 A; 3LDP A; 1JLG A; 5JVH L; 1G99 A; 3EEQ A; 1TKT A; 2ZQB A; 1BHL A; 3SMS A; 5HOO A; 1C1C A; 3V1Q A; 3C7N B; 1NGH A; 1GLD G; 1RT3 A; 4CED A; 4DSL A; 1Q9X A; 4M3U A; 2QI2 A; 1D5A A; 3L3V A; 1U4B A; 4JKC A; 1B9D A; 1L3S A; 1T3V A; 4M3T A; 5DM7 L; 4IDK A; 3IRX A; 1LV5 A; 4FZY A; 4DCH A; 4NYF A; 3VQ5 A; 4JRQ A; 3PO5 A; 1RT4 A; 4JI1 K; 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