The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X62 K; 4DV5 K; 4DV1 K; 4DUZ K; 2UXB K; 4DR6 K; 4DV2 K; 4LF6 K; 4LF7 K; 4X66 K; 4DV7 K; 5A2Q O; 4JI7 K; 3T1H K; 2VQF K; 2E5L K; 2HHH K; 4DR2 K; 4X64 K; 4LFC K; 4YY3 K; 4DV4 K; 3OTO K; 4X65 K; 2UXD K; 1N32 K; 4JI5 K; 5LL6 Z; 4DR4 K; 1HNX K; 1HNZ K; 4JI8 K; 1XNQ K; 4V19 S; 3J7Y P; 4LF8 K; 5FLX O; 4JI2 K; 4DR3 K; 4B3M K; 2VQE K; 4DV6 K; 5IWA K; 1IBK K; 4DR7 K; 1J5E K; 4DR1 K; 5AJ3 K; 4CVN E; 4YHH K; 4GKK K; 3T1Y K; 4JI0 K; 4B3R K; 1N34 K; 5LMN K; 2UU9 K; 4LFA K; 1N33 K; 4LF5 K; 1XNR K; 5IT9 O; 2UUA K; 3JAM O; 4NXM K; 1I94 K; 1IBM K; 4DR5 K; 4LF9 K; 4OX9 K; 2UUB K; 3J7A P; 4JV5 K; 1XMO K; 4K0K K; 4LF4 K; 1XMQ K; 4KHP K; 4DV3 K; 1FJG K; 4NXN K; 1IBL K; 4B3T K; 1HNW K; 2F4V K; 3J80 O; 4CW7 B; 4JYA K; 2UXC K; 4LFB K; 4GKJ K; 5BR8 K; 4JI3 K; 1HR0 K; 4B3S K; 4JI1 K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 5LMU K; 1N36 K; 4AQY K; 4JI6 K; 4JI4 K; 3J81 O; 2UUC K; 4DUY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZYQ A; 4AHU A; 5M1F A; 1S5J A; 4Z0U A; 5C10 A; 4DV1 K; 3CCQ N; 4H0X B; 1IKW A; 4DQ8 A; 3EEQ A; 4FLY A; 4B1V A; 4DWI A; 5AQO A; 1KSP A; 3OW2 M; 1KXP A; 1JKH A; 4FOE A; 4BR2 A; 3CIP A; 4YFU A; 2G8W A; 3QO9 A; 3BZK A; 1QVF M; 4UQG A; 3THX A; 5DK5 A; 4M3R A; 1XQS C; 2Z1I A; 3C6U A; 4CF2 A; 1CZA N; 4CZI A; 1TL3 A; 5JS1 A; 2G8V A; 4W5Q A; 4NYF A; 2QTD A; 5LY3 A; 5J2P A; 3KK2 A; 3SAH A; 2O8B A; 4HTL A; 1JLQ A; 4GMJ B; 4BRF A; 4FVM A; 4V19 S; 4BR0 A; 4M42 A; 2J4R A; 3TI0 A; 3WXJ A; 3PLA A; 3PO4 A; 1BO5 O; 1TKT A; 4M41 A; 4H0T B; 3V1O A; 1KAX A; 3VPZ A; 4B8A B; 2DTU A; 4H0V B; 3AAP A; 1WSE A; 1LOT B; 4MQ3 A; 5FRM A; 4JKF A; 2HF3 A; 4JS5 A; 3C65 A; 4DFP A; 4DFJ A; 5LMN K; 3DJC A; 5KGW A; 3DXK B; 1VQN N; 3MCA B; 1KVA A; 3QBX A; 1L5U A; 1RGI A; 3DLE A; 2ITM A; 1BCO A; 2FBX A; 2YJE A; 5AQG A; 3OS1 A; 1IBM K; 2E20 A; 2QM1 A; 3SQ0 A; 1K8A O; 3L2Q A; 3QBW A; 4LF4 K; 1G99 A; 5AQN A; 1XUP O; 3HK2 A; 4N5S A; 4NCB A; 4NB4 A; 4KHP K; 3DLL L; 5CYM A; 3K5O A; 4H0O A; 4B1Y B; 2HB5 A; 3ZT2 A; 1VSK A; 4MLE A; 4BR5 A; 1YJW N; 4EFH A; 2UXC K; 1JXB A; 3AV9 A; 1TV6 A; 3EKU A; 2YNH A; 1GOA A; 4C8M A; 3TR8 A; 1KLN A; 2BE2 A; 5E41 A; 1N36 K; 3TAG A; 4FK2 A; 4F2R A; 4DLG A; 4DTP A; 1TAU A; 1HX1 A; 1EX4 A; 1G15 A; 4FWM A; 1BA1 A; 3MWT A; 4WFB L; 4CZJ A; 4ICL A; 1YXQ A; 4OGC A; 4ELT A; 1P8Z A; 4CK2 A; 4JKG B; 1VQL N; 4E3S A; 4E1N A; 5HOO A; 3PIO L; 1RT2 A; 3O8M A; 3LDO A; 4B9S A; 3EN9 A; 2JGU A; 3NCI A; 4CF0 A; 5KPZ A; 5D3G A; 3DAW A; 4J2B A; 1VSE A; 3QEX A; 3RMB A; 2Z1J A; 3P38 A; 4JKB A; 3G4S N; 1NJZ A; 2ZE2 A; 4IOC L; 3CJ7 A; 4OPA A; 4O8U A; 1WBD A; 2GV9 A; 3L3V A; 2IVN A; 3K5L A; 3DRR A; 4DR4 K; 3AVH A; 2NZT A; 1HNZ K; 2ASO A; 3OBY A; 5B8H A; 1K6Y A; 2P9K B; 3GG4 A; 1T7P A; 4FPA A; 3RTV A; 1NJY A; 1RT7 A; 2E2Q A; 2A1R A; 2QWQ A; 5GIO A; 4GW6 A; 2OYQ A; 1QSS A; 4CIG A; 5HBM A; 4B3R K; 4NYN A; 2VGN A; 1VSM A; 4GV3 A; 1IKV A; 2NRH A; 1YJ9 N; 1TK0 A; 1MA9 B; 2OAN A; 4BRM A; 3SAG A; 3JS6 A; 3KLI A; 2IOC A; 3CI5 A; 3DLG A; 3DLB A; 3M1F A; 3M8S A; 4FJ8 A; 4I6M B; 3LP1 A; 5BRE A; 5I9E B; 3H1V X; 2F8S A; 2OTJ N; 3NF9 A; 4BRP A; 1JL1 A; 3BUZ B; 4IWV A; 3ISN C; 2HHV A; 3RMC A; 4ISF A; 3THX B; 4ISE A; 1KTQ A; 4OPK A; 4H5V A; 5AQZ A; 1VQO N; 1C1A A; 3HVT A; 1NOZ A; 2JWK A; 4C1N I; 1D9D A; 3NHG A; 4XEI A; 3HYF A; 3ZEU B; 4FYD A; 2W40 A; 4AQY K; 2OPP A; 4JI6 K; 2VYP A; 3VTI A; 4IJA A; 1YTA A; 1Z05 A; 1I3A A; 1NLV A; 1C1B A; 1LWE A; 1O1W A; 2FBT A; 1WSF A; 4MO5 A; 3WNH A; 2AJQ A; 1BDG A; 1HNI A; 1Y64 A; 1RCH A; 3KWG A; 3KK7 A; 1S9E A; 5GAG P; 2QWP A; 2P9N B; 5AZJ B; 3LZJ A; 2YCH A; 4CJW A; 3NF8 A; 4OJR A; 2RF2 A; 3K58 A; 2HHT A; 2AA4 A; 4W5N A; 1RIL A; 1SV5 A; 2Q0U A; 2NLX A; 1IG9 A; 5JIC A; 1S1T A; 1QHT A; 4H4M A; 3W0L A; 2P9L B; 2A5X A; 1OVY A; 3O9U A; 4FZX C; 4A59 A; 2G8F A; 2F9W A; 2XRI A; 1TL1 A; 3AGR A; 3LP0 A; 4N47 A; 2Y1I A; 4B9L A; 2LSN A; 3AVA A; 4XH1 A; 3A5M C; 4DQS A; 3LDS A; 3SYZ A; 1YIT N; 2E88 A; 3THW A; 3THY A; 2X78 A; 1HLU A; 2DY4 A; 3BF1 A; 1RTD A; 1FW6 A; 2HVI A; 4JKE A; 1B9F A; 3L8B A; 1D4X A; 3OYG A; 5CHI A; 1GLC G; 2YHW A; 1QHA A; 4FWP A; 3O08 A; 4IFV A; 4H8K A; 3KD5 E; 3LAM A; 2A41 A; 4CJL A; 3A5L C; 3BZC A; 5HRO A; 3N4Q A; 1C0G A; 1KLM A; 2O8E B; 4KH5 A; 4L8R B; 2FF6 A; 3M5R A; 2GTD A; 2KFN A; 3HL8 A; 4OX9 K; 4Q0B A; 4C23 A; 3O9S A; 4FLX A; 1KRP A; 2HHX A; 2NUB A; 4K0K K; 1UAX A; 3SUO A; 5AQV A; 3EY1 A; 1NKC A; 4PHT X; 1FJG K; 1A5X A; 5CY4 A; 3UIQ A; 1CXQ A; 5EXW A; 3SK3 A; 1NK9 A; 4CHY A; 4O8K A; 4CW7 B; 3V9X A; 3QFP A; 3M8R A; 1N8R O; 3V1Q A; 4DTM A; 1OH5 A; 1U49 A; 4FJN A; 4IJN A; 1KC8 O; 3IRX A; 3VOV A; 3V6D A; 3U3G A; 4BG9 A; 3AO1 A; 1QS4 A; 4DTS A; 4DUZ K; 4B9M A; 4UY8 O; 1RNH A; 4W5T A; 4N56 A; 4TSX A; 4FCY A; 2QKK A; 3SLC A; 1JXE A; 1SL1 A; 3TTF A; 4IFY A; 3P39 A; 4DQP A; 1CZ9 A; 3S41 A; 1RTJ A; 5KPR A; 4OPH A; 1WBB A; 4JK9 A; 1WSI A; 4PL7 A; 3E1Y A; 1KAY A; 2F8T A; 2VQF K; 2D4W A; 1ZBU A; 3CFR A; 4CF9 A; 5M1P A; 4H5R A; 4BRL A; 4CK1 A; 2W42 A; 1RTH A; 4AHC A; 1TGO A; 3OHR A; 1HQE A; 1ATN A; 3QLH A; 5GIP A; 2FXU A; 2ATQ A; 1VQ7 N; 1SL0 A; 2CH5 A; 2P9U A; 4BRA A; 1RT1 A; 5SWM A; 2GX9 A; 3S3O A; 3T7Z A; 2VWK A; 4QCL A; 4O0J A; 5FLX O; 3WUH A; 4B9V A; 4DF8 A; 4DV6 K; 5JMV A; 1L3T A; 2WTU A; 4DTJ A; 4DQI A; 3OY9 A; 2JWL A; 3OYE A; 4HVJ A; 3A5N C; 3QB0 A; 1KFS A; 2HMI A; 5ADX H; 3U8X A; 4CBX A; 3AVC A; 4I2P A; 4Z4I A; 2UU9 K; 2O4I A; 2UUA K; 3UE5 A; 4JV5 K; 3OA9 A; 4O55 A; 1EET A; 3VQ5 A; 3ENB A; 2BTF A; 4FWN A; 1GLD G; 1HYS A; 2NRT A; 3O5B A; 3I0S A; 3HM8 A; 1BU6 O; 3P83 D; 3KLF A; 2HVH A; 5J2N A; 4FO0 A; 4BE2 A; 4RW8 A; 3HOT A; 3HBT A; 3PY8 A; 3WXM B; 1T44 A; 4LC9 B; 1X9W A; 4NO7 A; 1BCM A; 4Z4G A; 2EX3 A; 1WAJ A; 5TKW A; 3HPO A; 3DLK A; 1QQC A; 1LW2 A; 3PUF A; 1NJI O; 4BY9 C; 4FJ5 A; 3O3H A; 2ASP A; 2NRR A; 3D6R A; 3LL3 A; 4IXC A; 4DG1 A; 4YOW A; 4GV6 A; 1D9F A; 4DV0 K; 3Q7B A; 1Q7Y O; 3SBT A; 4DS4 A; 1J6Z A; 3CQY A; 4I7F A; 5C15 A; 5KTQ A; 1VSD A; 3EE8 A; 1YVU A; 1QSY A; 1Q86 O; 2PYJ A; 4X62 K; 3PX6 A; 4GNI A; 3VGM A; 1TKX A; 4E89 A; 3CET A; 2OPR A; 3J7Z O; 4HCC A; 1HQU A; 1Q81 O; 1VSJ A; 4HWI A; 3TU5 A; 4FW2 A; 2WFB A; 1SKS A; 1XHX A; 4JD2 A; 3VQ4 A; 3WQT A; 1NJX A; 3LDQ A; 1D5A A; 1BIS A; 5KGX A; 4BC2 A; 3KLH A; 4FSV A; 1TKD A; 3AVG A; 4DSI A; 4NLC A; 4FJI A; 4KAZ A; 2YHA A; 4M3U A; 4R5P A; 4OGE A; 1KCF A; 3NVM A; 4CZH A; 3OJU A; 4BRD A; 3FLC O; 2HW3 A; 2VCP A; 1HNX K; 4BGA A; 4FK0 A; 4FM1 A; 3MK6 A; 3PO5 A; 5F0X A; 4EP4 A; 4GVE A; 5KRS A; 4IG0 A; 4CVN E; 1XI1 A; 1KD1 O; 1A5V A; 1H1V A; 3R9P A; 1NKB A; 3UB5 A; 4CE9 A; 3C7N A; 3KWI A; 4CJR A; 3AO5 A; 4M3Y A; 4FZY A; 2HOE A; 1LWF A; 3O80 A; 2GEM A; 3CMA N; 3QNN A; 3OJS A; 5DM6 L; 3AA3 A; 1TUY A; 2XY7 A; 2D0B A; 2GEL A; 3PSF A; 3LP3 A; 3OYC A; 1Q18 A; 3SUQ A; 3J7A P; 2IS3 A; 3RSE B; 3QIN A; 2KZZ A; 5F1X A; 4EIA A; 1XMQ K; 3AA2 A; 5I42 A; 4CEB A; 5EOY A; 1C1C A; 3AVK A; 4E7L A; 5C0Y A; 5AQX A; 1J53 A; 1Z6R A; 2FLO A; 2F4V K; 3DXM A; 5J2Q A; 3CXC M; 4FL9 A; 1QSL A; 1ZC6 A; 1XC3 A; 4LFB K; 1X9S A; 3U9D A; 5DMR A; 1VQ5 N; 4JI3 K; 3V4I A; 2RE2 A; 2ETJ A; 3ULD A; 2X6S A; 3BDP A; 1BG3 A; 1HYZ A; 2RKI A; 3THY B; 1RDD A; 3V81 A; 1NU0 A; 3ATU A; 4CHZ A; 1RT6 A; 4B9Q A; 4FJX A; 4PY5 A; 3VF6 A; 4B9N A; 4YOT A; 3VA3 A; 1BQM A; 1M1K O; 1W0H A; 3W3D A; 5BPM A; 2E1Z A; 4IG3 A; 5EU7 A; 5AQF A; 4H5W A; 3O6W A; 3VQP A; 4CZK A; 1ASU A; 3MX5 A; 1E4F T; 1ASV A; 5MLC Q; 5JLF A; 4CHP A; 4A62 A; 1B9D A; 2RHK A; 5E84 A; 4ELV A; 5AQH A; 2UXD K; 3S3N A; 1VQ4 N; 5J1E A; 2ZGZ A; 3P4I A; 3KLG A; 3CF5 L; 4Z4H A; 3G6E N; 3T69 A; 3HVR A; 1S1X A; 3O1B A; 4DTO A; 1DTQ A; 3F9K A; 5IWA K; 4WFN L; 3PX0 A; 2CGK A; 4DS5 A; 4Z4C A; 2QW9 A; 2P9P A; 3AA5 X; 1GLF O; 1NGG A; 1K9M O; 2O8E A; 5JS2 A; 4DFM A; 1ZBF A; 3CC2 N; 3ITH A; 3R3L A; 4E19 A; 3DI6 A; 3CQX A; 3ZET B; 3VQE A; 4CHO A; 4C8O A; 1QQN A; 4K25 A; 2G8K A; 2UUB K; 1NBW A; 1NGA A; 1TKZ A; 1Z25 A; 3V1R A; 3PV8 A; 1U4B A; 3KJV A; 1XMO K; 5ADX A; 3O1W A; 4XIU A; 1E3M A; 5AQP A; 2IC3 A; 3A2F A; 3KHY A; 1FKP A; 1ZBL A; 4CJQ A; 3IUC A; 3MEG A; 1ATS A; 3VGL A; 1NK6 A; 3NGZ A; 4IOA L; 2HHQ A; 1SS6 A; 4FJ9 A; 4QOZ B; 2O8B B; 1Q9X A; 4FJ7 A; 3LP2 A; 4DF4 A; 4Y1C A; 3I0R A; 3T19 A; 3G25 A; 1DT9 A; 3CHW A; 4FWR A; 2UUC K; 3A5O C; 4KH4 A; 3AAQ A; 4N76 A; 1DGK N; 3C0B A; 4X66 K; 2NNW A; 1TK8 A; 4DSJ A; 1SL2 A; 3QEP A; 2ZD1 A; 3CG7 A; 4DV7 K; 2FBV A; 1W9H A; 2VWJ A; 1LAV A; 3K5M A; 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2E4L A; 2Q0R A; 3NMU A; 4YOV A; 5A2Q O; 1RBR A; 1OH6 A; 3T1H K; 2HMP A; 2NRZ A; 4DR2 K; 3QES A; 1JLF A; 3K9J A; 3HO1 A; 2I5J A; 3ZSX A; 2B6A A; 2QI2 A; 4JKD A; 4BE0 A; 3U3Y A; 2F7T A; 4FWO A; 3V9S A; 2QWR A; 1L3V A; 2QWM A; 2WBN A; 3T1A A; 1BOT O; 4J2E A; 3WXK A; 4JN4 A; 4JKG A; 5ELZ A; 5C24 A; 3SBG A; 2QKB A; 3IAY A; 1YVN A; 1NM1 A; 3VEX A; 3I8B A; 2ZQB A; 3O4Q A; 4CJF A; 1IBK K; 3L0Q A; 3LAK A; 1J5E K; 2I7P A; 4R79 A; 1NK5 A; 5HRS A; 2GWJ A; 1BGX T; 1VSI A; 3M8Q A; 4KHS A; 3IKM A; 3RVC A; 3ZSV A; 1YI2 N; 5SZT A; 4GKK K; 3LDN A; 1N34 K; 3HM9 A; 3MEC A; 1WSJ A; 1ZXO A; 4MO4 A; 4CGD A; 1VSF A; 3D2E B; 3D7E O; 3OYM A; 2VG6 A; 3BGR A; 5HL7 L; 4CI6 A; 3E9O A; 5AQM A; 3KK3 A; 3VQ9 A; 4KPY A; 3AO3 A; 4YOU A; 4ISG A; 5AQQ A; 2OZM A; 3VQ7 A; 3A0I X; 2AP1 A; 1IKY A; 1S72 N; 1GLJ O; 3L2R A; 3KLE A; 3M3Z A; 3TSU A; 5TKY A; 3TAF A; 3V9U A; 3VES A; 2E2P A; 4JS4 A; 3VET A; 3V9W A; 2A1S A; 3CCR N; 3A8Y A; 1GLL O; 4AM6 A; 4KB1 A; 3IMX A; 2CGL A; 4BRH A; 4LH4 A; 2ZJR L; 4KTZ A; 4IEI A; 4A2A A; 2V51 B; 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