The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXB K; 4KHP K; 4DV0 K; 1J5E K; 3JAM O; 2UUA K; 4JYA K; 4YY3 K; 1XMQ K; 3J7A P; 4NXN K; 1IBM K; 4X65 K; 3J81 O; 4YHH K; 1N34 K; 2UU9 K; 4LF4 K; 4DR2 K; 4DR4 K; 4JI0 K; 4CW7 B; 2E5L K; 1HNX K; 4JV5 K; 4DV1 K; 2UUC K; 2UXD K; 2ZM6 K; 2UXC K; 4LF9 K; 1XNQ K; 3J7Y P; 1IBK K; 4K0K K; 4CVN E; 4JI7 K; 1IBL K; 2UUB K; 1I94 K; 4DUY K; 1HNW K; 4OX9 K; 2HHH K; 4B3R K; 4JI8 K; 5A2Q O; 1XMO K; 4JI3 K; 1XNR K; 4LFB K; 5IWA K; 4LF7 K; 1N32 K; 4LF5 K; 4LFC K; 4LFA K; 4V19 S; 1HNZ K; 4AQY K; 5LL6 Z; 4DR5 K; 4DUZ K; 4X62 K; 4B3M K; 4B3T K; 3OTO K; 4DR1 K; 5LMU K; 5IT9 O; 4X64 K; 4DV6 K; 4JI4 K; 5FLX O; 4DR6 K; 1FJG K; 4X66 K; 4DR3 K; 5LMN K; 1N33 K; 3T1H K; 4DV4 K; 4JI2 K; 4DV7 K; 4DV5 K; 1N36 K; 4GKK K; 4DR7 K; 4NXM K; 3T1Y K; 4DV3 K; 4JI1 K; 5BR8 K; 4JI6 K; 2F4V K; 4GKJ K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 2VQE K; 4JI5 K; 4DV2 K; 4LF6 K; 3J80 O; 1HR0 K; 2VQF K; 4B3S K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CGH A; 4KHN A; 1BIZ A; 3H46 O; 3I8B A; 3SJH A; 4DSJ A; 1BL3 A; 2KFZ A; 3DM2 A; 4GNI A; 4DF8 A; 4BY9 C; 3JAM O; 4KFB A; 1RT7 A; 4DHY A; 4F2S A; 4IG3 A; 2IAJ A; 3QNO A; 4KHS A; 2B6A A; 1NJW A; 1J54 A; 4FJJ A; 4FW2 A; 4FZX C; 4AIL C; 1C6V A; 1DT9 A; 3LP0 A; 4IBN A; 1U48 A; 2OPS A; 4N41 A; 5JIC A; 2BGG A; 1Y97 A; 4J2D A; 3CJ9 A; 3C7N B; 3LM9 A; 3MEE A; 4DSI A; 3ZEU A; 3RR7 A; 2IOC A; 1XC9 A; 4CJ4 A; 3RSE A; 2R7Y A; 4QS8 A; 4A62 A; 2ZGZ A; 1RDB A; 1LV5 A; 3HP9 A; 1GOB A; 4RWT A; 2FF3 B; 4IFV A; 4F9O A; 2YHX A; 1BWF O; 1G99 A; 1SQK A; 3ZX0 A; 1S1V A; 4PWD A; 2G8V A; 4Q0B A; 1RBU A; 4J2B A; 3DLH A; 2HNY A; 3WUH A; 5HRN A; 2IC3 A; 1X3M A; 4CJF A; 1JLQ A; 3V9U A; 1G15 A; 3NH2 A; 5KPR A; 3QIC A; 3G71 N; 1C0G A; 2HBJ A; 4ELT A; 2OZM A; 4BRA A; 3P39 A; 5AQS A; 3VQE A; 4B3T K; 4M3Y A; 4BRO A; 1WSF A; 2ZQB A; 3QIO A; 3VEN A; 5J2Q A; 3T69 A; 1GLB G; 3J7Z O; 5D3G A; 3C6H A; 2JWL A; 2AP1 A; 4CEZ A; 5CE3 A; 4N76 A; 3L0Q A; 4DV7 K; 3T7Z A; 3K58 A; 1YJN N; 3O9S A; 4A2A A; 3BZK A; 1SKR A; 2O8D A; 1K73 O; 4I2P A; 3THX A; 2Q1N A; 5GAH P; 4FJH A; 3KK1 A; 2HBM A; 1FW6 A; 2FF6 A; 3CCE N; 4JKA A; 3CPW M; 4YFU A; 2P9S A; 1WSI A; 1W7A A; 4FLZ A; 4B3S K; 3NH1 A; 5F1X A; 1HKB A; 4CEB A; 3H45 C; 3HXM A; 3C95 A; 1VRU A; 4KB1 A; 4M7X A; 4CZF A; 3NGY A; 2I7P A; 3AO1 A; 3R8E A; 1QSY A; 1RT3 A; 4PKH A; 2A5X A; 3D2E B; 3MED A; 2XY8 A; 2KFN A; 3MWP A; 3DXM B; 3QB0 A; 2XRI A; 4JS4 A; 1IBM K; 1YTU A; 4WE1 A; 4BRP A; 4CEA A; 3O5B A; 1TAU A; 3K9K A; 4DLE A; 4B3O A; 3MN6 A; 3AA2 A; 2AJQ A; 2O4G A; 1NJZ A; 3CC2 N; 1HUX A; 5J1E A; 3D6R A; 1NGF A; 1R59 O; 2XO7 A; 3WT0 A; 5I3U A; 4PL8 A; 1U45 A; 1EQY A; 4K8Z A; 5C12 A; 3OYG A; 4LF9 K; 3AV9 A; 4FOE A; 4RW4 A; 3WQT A; 5AZI B; 4FJM A; 3U8X A; 5AQI A; 4CZI A; 4BRD A; 1TVR A; 1TK8 A; 2P5O A; 1ZXO A; 4KB0 A; 3HVR A; 4DSL A; 4MLH A; 1SUQ A; 3SMP A; 5JMV A; 5C2D A; 3ZLJ A; 2D5R A; 1E3M A; 4LF7 K; 1NM1 A; 2VWB A; 3DRS A; 3FR0 A; 4H8K A; 3O1B A; 5I42 A; 4FK4 A; 1DEJ A; 1BDG A; 1P90 A; 4B9L A; 5FRM A; 1SKW A; 4I9Q A; 1D8Y A; 3IAY A; 3VMF B; 3C94 A; 4YDU C; 1A5X A; 4FJL A; 2QWP A; 4PA1 A; 1S6P A; 4RCH A; 5JVG L; 4NB4 A; 3DAW A; 4IEE A; 3HST B; 3THY A; 4N5S A; 1LW2 A; 4JKD A; 3HOS A; 2PAV A; 1IV0 A; 1QZ5 A; 4N47 A; 4X66 K; 3SV3 A; 4AHS A; 2HHS A; 2KW4 A; 1NKE A; 2G8K A; 4WFA L; 1VQM N; 4LY7 A; 3SAF A; 4DV5 K; 1N36 K; 3DXK A; 1VK0 A; 1S9E A; 2FC0 A; 1NGG A; 4JRQ A; 4JI6 K; 2Q31 A; 2FBX A; 4GKJ K; 3CHW A; 4R79 A; 3KIO A; 3V9W A; 4HTU A; 4B9M A; 3HYF A; 4J2A A; 3LZI A; 1WSE A; 4JD2 A; 2QA4 N; 3QFU A; 3OBW A; 2CGJ A; 3ULD A; 4CGD A; 4OVL A; 4CIG A; 4B8C A; 3D45 A; 4M3X A; 1TK5 A; 4BRM A; 1KAX A; 1GLE G; 2Q97 A; 1L3U A; 2Z1H A; 4GV6 A; 3UKR A; 2A3Z A; 3THV A; 4MO4 A; 4HUF A; 4FLT A; 4K42 A; 4JYA K; 1MU2 A; 1ASW A; 4O55 A; 3SUP A; 2QW9 A; 5AQK A; 4H5V A; 4O8U A; 2YV0 X; 3T3F A; 1J6Z A; 1MWK A; 4BR9 A; 3OYC A; 5FPE A; 4GV9 A; 3ID6 A; 1SV5 A; 1UAX A; 3ALY A; 4M3Z A; 3WQU A; 1S1U A; 2GEL A; 1JXE A; 1QSS A; 4PHT X; 4K43 A; 4B9V A; 2GX9 A; 3CCU N; 2ZE2 A; 1K8K B; 3CF5 L; 5AQU A; 2W6L A; 3BP8 A; 2F7T A; 3OHR A; 2FBV A; 4Z94 A; 2VWK A; 3ULE A; 5KTQ A; 3L2Q A; 3B8A X; 1UOC A; 3OVN A; 2HHH K; 1VSK A; 2FLO A; 3OYF A; 3AO4 A; 4FL9 A; 3RR8 A; 4BGA A; 1WNS A; 4J8F A; 4RW9 A; 3GOI A; 5TKY A; 3NH0 A; 1J5O A; 3QFP A; 2F9W A; 3C6U A; 4CF1 A; 4X62 K; 4DUZ K; 4BRF A; 1REV A; 4CJK A; 1BIS A; 4M3U A; 2PYL A; 4L3Q A; 1VSE A; 4FVM A; 1DTQ A; 1U2V A; 3I0S A; 2D0P A; 4ID1 A; 5F0X A; 2FXU A; 4OO1 J; 4JLH A; 5EVZ A; 4DKW A; 2BDP A; 5LMN K; 2O8C A; 4M45 A; 4LSL A; 4BR4 A; 4ID5 A; 3SPZ A; 2HF4 A; 1WBD A; 1KFS A; 2YJF A; 4BRC A; 3CYM A; 3H08 A; 5BRD A; 4LF8 K; 2VQE K; 4A61 A; 2D0O A; 1VAZ A; 3OS1 A; 1C0F A; 5AR0 A; 3TSQ A; 5IWA K; 3RWU A; 3O08 A; 1B9D A; 2E2P A; 2OPR A; 1SAZ A; 1V4S A; 3AVK A; 4KRE A; 4CI6 A; 3RMA A; 4DS4 A; 2DFE A; 1JCE A; 2EHG A; 2HVH A; 1XI1 A; 1NLV A; 5KPT A; 4C8O A; 4JKG A; 4JKB A; 4K8X A; 4CEO A; 4RW7 A; 1TYQ B; 3VQA A; 4BC5 A; 2KZZ A; 4DG1 A; 3MX2 A; 4U7B A; 2Z1J A; 1KVA A; 4CEF A; 4DQ8 A; 4KPY A; 2G8F A; 1U6Z A; 4BRH A; 1N6Q A; 4DV1 K; 3QER A; 3CM6 A; 1O1W A; 4I6M B; 5AQG A; 1VSF A; 3KLH A; 4CJW A; 3C6A A; 4NYN A; 5ADX H; 3LDS A; 3KLE A; 5C42 A; 4DSK A; 3J7Y P; 1QVF M; 4MQ3 A; 5CZ1 A; 2BTF A; 3ZT3 A; 4CGJ A; 2VGN A; 3V9X A; 3D2F A; 1BA1 A; 3BF1 A; 4DQR A; 2Q0R A; 4CZE A; 4DUY K; 1BUP A; 1WUA A; 4EZ9 A; 3GDQ A; 3EE9 A; 1KVB A; 1FKO A; 2F96 A; 3AVL A; 1N32 K; 1HPZ A; 2QEX N; 4DTJ A; 4FZY A; 1NGD A; 1QQM A; 1ATN A; 4ZHR A; 2HF3 A; 3TTC A; 2QK9 A; 4Y0W A; 3TSU A; 3MXI A; 5LMU K; 5IT9 O; 2QWN A; 4JKH A; 3UB5 A; 3VQ6 A; 2HMP A; 4XH1 A; 4FWP A; 2PFU A; 3EZ5 A; 3VES A; 4WQ4 C; 3UIQ A; 2HB5 A; 1X9W A; 4H03 B; 4B1Y B; 4GKK K; 4G9Z A; 3FE1 A; 3FZK A; 5B8H A; 3OBY A; 1RCH A; 1SZ2 A; 4CEC A; 3MDQ A; 4B1V A; 1L3V A; 1RIL A; 4BAC A; 4CBU A; 4A2B A; 4JNE A; 2WUS A; 1KAZ A; 1NGA A; 3AA5 X; 1Q81 O; 4JI5 K; 2XHB A; 4NCA A; 4BRG A; 2FSJ A; 3SBT A; 2VQF K; 4ISF A; 1RDC A; 5E84 A; 3M6G A; 3QBW A; 4JK7 A; 3CMA N; 4KHP K; 1NOZ A; 5GAD P; 5CY4 A; 4H5R A; 4C23 A; 4AM7 A; 3VQ8 A; 3EO3 A; 1JL2 A; 4BR0 A; 3TAR A; 1RT1 A; 1GLF O; 2QKB A; 3VPZ A; 2G8W A; 1T03 A; 3ZEU B; 1C0U A; 3B6O A; 5F2R A; 4F3T A; 1S72 N; 3ZSO A; 5T7B A; 3V4I A; 3ENB A; 3LL3 A; 2NZT A; 4UY8 O; 5EXW A; 1KC8 O; 1NMD A; 3AA3 A; 3LAL A; 2ZM6 K; 3WNG A; 3VQ9 A; 3A2F A; 4AHU A; 3EL2 A; 2IIR A; 4AHV A; 4W5Q A; 1IKX A; 4CJV A; 4CZK A; 1VHX A; 3OY9 A; 4H5T A; 4HCC A; 3G4S N; 2YHY A; 4CER A; 2BUP A; 4CZH A; 4JI8 K; 2YI1 A; 2KLA A; 3AVC A; 1H1V A; 1Z6R A; 3ID8 A; 3EY1 A; 2JWK A; 1NJI O; 3A5L C; 4CE9 A; 3F73 A; 4LFA K; 3NMU A; 1WN7 A; 1JLC A; 3EZW A; 5LL6 Z; 4DR5 K; 1MWM A; 4M3T A; 4H5W A; 3OYM A; 5HRP A; 1EWR A; 2QTD A; 3VQ7 A; 5CHI A; 2W41 A; 3TR8 A; 4OLB A; 1TUU A; 1QQC A; 2QI2 A; 3NF8 A; 1NK7 A; 5AQF A; 3H6E A; 2NRT A; 3SK3 A; 4O4G A; 2OTJ N; 2O8D B; 1N33 K; 3THX B; 4KHY A; 3THW A; 1CZ9 A; 3G6E N; 4BDY A; 5DK5 A; 4GV3 A; 1RDA A; 3VF4 A; 3LDQ A; 4DV3 K; 4CJL A; 3BGR A; 4DU1 A; 3LP2 A; 1A5V A; 2P9S B; 4JKE A; 1BQM A; 4IFE A; 1YIT N; 4LF6 K; 1SL0 A; 1BGX T; 4FJ8 A; 3E9P A; 4OKJ A; 3SUN A; 2NRZ A; 3MN7 A; 3HM8 A; 4JRP A; 2O8F A; 2ZJQ L; 5BRE A; 2OZS A; 3QNN A; 1Z05 A; 3F9M A; 1Q82 O; 2DFF A; 4IWV A; 4DB3 A; 3H1Q A; 3AGK A; 3O3F A; 3NFA A; 2HHU A; 4Y1C A; 1S1W A; 1XQS C; 1X9S A; 4J2E A; 1IKV A; 3SBG A; 1CLQ A; 2OPP A; 3ZSQ A; 1WAJ A; 5SZT A; 2WBN A; 4EHU A; 3TAB A; 4FM1 A; 1VQ4 N; 3CER A; 1NGE A; 1HNX K; 3EYZ A; 3TAG A; 3KWI A; 2HST A; 2WON A; 1JLG A; 2HW3 A; 1NK0 A; 3AVB A; 4OPJ A; 3KVG A; 3CXC M; 1D5A A; 2QWQ A; 3ZX3 A; 1S3X A; 2NRW A; 3L2V A; 1YIJ N; 3NE6 A; 2PY5 A; 1QTM A; 3O9R A; 3CCR N; 1TUY A; 3PIP L; 2UYT A; 4FOI A; 5AQM A; 1I94 K; 3HK2 A; 4KHU A; 1BOT O; 3K5N A; 4B1W B; 4JI3 K; 4B9U A; 4PQU A; 2E6M A; 3VTI A; 5AQY A; 4BQZ A; 4CZG A; 2YNH A; 2V7Y A; 2B4J A; 1ITG A; 2XY7 A; 1D9F A; 3THY B; 4R5P A; 1I3A A; 1N8R O; 3EN9 A; 4DTS A; 2RPI A; 3AO3 A; 3C6T A; 4DV6 K; 4JI4 K; 1FJG K; 4FLW A; 5JVH L; 1LW0 A; 2EWS A; 1KQS M; 4FZZ A; 3DXK B; 4JHD A; 5LJW A; 1VSJ A; 1D9D A; 4DR7 K; 4KTQ A; 4PKG A; 3OS0 A; 1T7P A; 1IJJ A; 4H0T B; 2ZF5 O; 5HP1 A; 5AQW A; 3BDP A; 5AJ3 K; 1LAW A; 2W40 A; 4JD2 B; 3PX0 A; 1CZB A; 4C1N I; 4FXD A; 3QML A; 1YJ9 N; 1VQ5 N; 3AVF A; 2D0C A; 4HHT A; 4HWI A; 1VSM A; 5JS1 A; 3O4Q A; 3ZYY X; 4CJP A; 3CJA A; 3J80 O; 3RRH A; 3QET A; 4M41 A; 2UXB K; 3UKR B; 3DLG A; 1L3T A; 4DTR A; 5HOO A; 4IDK A; 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2YKM A; 5C25 A; 3IKM A; 3UE5 A; 2Z1I A; 3P38 A; 4DTX A; 3VF6 A; 3CQX A; 1DLO A; 1EWQ A; 3LM2 A; 4CFC A; 2D0B A; 3DOK A; 4FJ7 A; 3K2P A; 4CJT A; 4JKG B; 3VQB A; 3CCL N; 2P5G A; 3DLE A; 1K6Y A; 3G10 A; 2GEM A; 2NUB A; 1VQP N; 1Q9X A; 3WXI A; 3SAG A; 5M1N A; 3AAR A; 3HPO A; 2V52 B; 4FJG A; 1CZA N; 3KK7 A; 4CES A; 1KXP A; 3CCJ N; 3ATV A; 3LDO A; 4BR5 A; 3VEX A; 4FWS A; 1SL2 A; 1OKJ A; 3HZ6 A; 1TKZ A; 3ZSZ A; 2OYQ A; 2RHK A; 4KV8 A; 2RKI A; 1B9F A; 3D2F B; 1WLJ A; 2PBD A; 4CJS A; 1JLF A; 3ZX2 A; 1IBL K; 1WBB A; 2OAN A; 1VQO N; 4OX9 K; 1KSP A; 3FLC O; 2A1S A; 3DRR A; 3IMX A; 2ZD1 A; 2QWL A; 3HL8 A; 2YNI A; 4HCB A; 3V9Z A; 3QBX A; 4H4O A; 4W5N A; 4V19 S; 2VG7 A; 1Q7Y O; 3K0S A; 4CEE A; 4CD1 A; 4B1X B; 4IOA L; 1NK4 A; 4AHT A; 5KQ8 A; 4XEI A; 1VQN N; 3PSF A; 4O0J A; 1ZBL A; 2Q3S A; 3CG7 A; 3N4Q A; 1ZBU A; 3MXM A; 5JS2 A; 3VF2 A; 1FKP A; 4FW1 A; 3SLC A; 4E0D A; 5JLH A; 3L2W A; 1RBT A; 1WSG A; 1HX1 A; 3QIN A; 4ELU A; 4C8K A; 4DQI A; 1S6Q A; 4KHW A; 4MFB A; 5BR8 K; 3QO9 A; 1HYS A; 1OH6 A; 4JK9 A; 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