The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ K; 4B3S K; 4AQY K; 1XMO K; 2UXB K; 5IT9 O; 2E5L K; 4OX9 K; 4DV1 K; 4V19 S; 4DV7 K; 5FLX O; 4CW7 B; 4LFC K; 2HHH K; 4JYA K; 1IBL K; 4JI8 K; 4LFB K; 1J5E K; 4LF8 K; 4DR5 K; 2ZM6 K; 5A2Q O; 2UXC K; 4NXN K; 4DR6 K; 4X64 K; 1N36 K; 1HR0 K; 4DR7 K; 1N34 K; 5AJ3 K; 4NXM K; 4DR4 K; 4JI5 K; 3T1Y K; 4LF4 K; 4DV0 K; 4DR2 K; 1IBK K; 4B3M K; 4JI2 K; 1HNX K; 1FJG K; 2F4V K; 4JI1 K; 1HNZ K; 4JI6 K; 1I94 K; 1XMQ K; 3J7Y P; 4K0K K; 5BR8 K; 4B3T K; 5LMU K; 4X65 K; 4JI4 K; 4GKJ K; 4X66 K; 4LF7 K; 4DR1 K; 4KHP K; 4LF5 K; 3T1H K; 4DV6 K; 2UUC K; 3J7A P; 5LL6 Z; 4JI0 K; 3OTO K; 4DR3 K; 1XNQ K; 5LMN K; 2UXD K; 2VQF K; 4X62 K; 4LFA K; 1N32 K; 4YHH K; 4DV5 K; 4GKK K; 4JI7 K; 4CVN E; 1N33 K; 4DV3 K; 4DV2 K; 3J80 O; 4LF9 K; 4JV5 K; 1XNR K; 1IBM K; 2UUA K; 4JI3 K; 4LF6 K; 3JAM O; 5IWA K; 3J81 O; 2VQE K; 4DUY K; 2UUB K; 1HNW K; 4B3R K; 2UU9 K; 4YY3 K; 4DV4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ATV A; 4W5T A; 4AHV A; 2PY5 A; 4JRP A; 3TAB A; 3P39 A; 1RT5 A; 4AQY K; 4FZY A; 3I8D A; 1IG8 A; 3SCX A; 4FJL A; 1QVG M; 4PL8 A; 1G99 A; 5AQX A; 2D0B A; 2V52 B; 4B1U B; 4I2P A; 2YHY A; 3KK7 A; 1TGO A; 1KAZ A; 3WXL A; 2O8D B; 4GV9 A; 3RMA A; 1VSF A; 4DSF A; 3QML A; 5ADX A; 3ZSQ A; 2ASO A; 3AVA A; 3O9U A; 2HST A; 2KFN A; 3DXK B; 4OKK A; 4CHQ A; 3TSP A; 1JCF A; 4BE1 A; 1WUA A; 5BN8 A; 2DFF A; 3K5L A; 3BF1 A; 2O8C B; 3THW A; 2NRR A; 3OYK A; 1WLJ A; 1N36 K; 1HPZ A; 1RGI A; 3TSU A; 4ZTJ A; 5K14 A; 3OJS A; 4QS9 A; 4G1Q A; 4UY8 O; 3O3F A; 5J2P A; 4DV0 K; 4HWI A; 2IVP A; 3VMF B; 3EYZ A; 3M8Q A; 3QEW A; 1G15 A; 3A5N C; 4KB1 A; 1A5X A; 1K6Y A; 5AQT A; 4CJT A; 1T6C A; 3MEG A; 3HP9 A; 1YJW N; 3LAL A; 4R79 A; 4CJ4 A; 3ULD A; 3QEX A; 4CHY A; 4JI4 K; 4H0P A; 4E0D A; 1VSD A; 4BE2 A; 3ISN C; 1RT7 A; 1VQO N; 1QQN A; 4O8K A; 1K8K B; 3CYM A; 4NO7 A; 5BR9 A; 3R8E A; 1N5Y A; 4NCB A; 4B9N A; 2A41 A; 2Z1H A; 3OYE A; 3HP6 A; 2OCE A; 1N33 K; 1NGI A; 5BPL A; 4EZ6 A; 3SUQ A; 3C7N B; 5E26 A; 3QIC A; 1T3V A; 1CZ9 A; 2KLA A; 4JS5 A; 4F2R A; 2VQE K; 2UU9 K; 1F21 A; 3MX2 A; 3I55 N; 4CZG A; 2P9P A; 4CEF A; 5FPD A; 3BF3 A; 3ZX0 A; 2E6M A; 3H08 A; 1GLJ O; 3LPT A; 3U9D A; 2FC0 A; 1VSL A; 3DLG A; 4JRQ A; 1UA1 A; 2I5J A; 3SUP A; 1RTD A; 3ZCM A; 3VA3 A; 1Q82 O; 1XC9 A; 1ZBH A; 1V4T A; 5IT9 O; 2E5L K; 3ZSV A; 4DSE A; 1VRT A; 4FVU A; 5AR0 A; 2NRW A; 2HW3 A; 1MDU B; 2KTQ A; 4CFD A; 1RBS A; 4DS5 A; 3ULE A; 3VTH A; 3DRR A; 2O8D A; 2ETJ A; 3G0Z A; 3V4I A; 3CCR N; 1RBU A; 4BQL A; 2QWM A; 5AQF A; 3FZF A; 4NXN K; 5JLH A; 4CD1 A; 1WSH A; 4CHP A; 1O13 A; 4E7H A; 1HR0 K; 2P9U B; 3ZET A; 1XUP O; 4F2S A; 3KLI A; 1HNI A; 1U04 A; 2O8C A; 3CJ1 A; 1YXQ A; 2HBM A; 4CER A; 3HL8 A; 5CZ1 A; 3V9U A; 2B4J A; 2WC9 A; 4CIF A; 4FWS A; 3FZK A; 4BC5 A; 1YJN N; 1RTH A; 4J2E A; 4Z4E A; 3J7Y P; 4C8N A; 5AQM A; 3EY1 A; 3CD6 N; 3DOK A; 1YHQ N; 4BR9 A; 3T3F A; 3CCS N; 4CZH A; 3ENH A; 5AQI A; 1LAW A; 5BPM A; 1TV6 A; 4YDU C; 4IOX A; 5J2M A; 4CJ3 A; 2QW9 A; 1S72 N; 2HBJ A; 1NLV A; 4BG8 A; 3TAQ A; 4A61 A; 4DF4 A; 4DSJ A; 4KAZ A; 3A5O C; 3LWM A; 1IKY A; 2Q97 A; 4JV5 K; 4B9V A; 4DG1 A; 2QK9 A; 4DQQ A; 3A8Y A; 3J81 O; 2LSN A; 3JS6 A; 4IOA L; 1KTQ A; 1T44 A; 3VQA A; 4K41 A; 3C7N A; 3WUH A; 5C2D A; 4DV4 K; 3NFA A; 1SV5 A; 4RW6 A; 1X9J A; 1NOY A; 4PQU A; 1U49 A; 1KAY A; 1ZC6 A; 2G8W A; 1VRU A; 3C65 A; 4JNE A; 3VEN A; 4H8K A; 4OKJ A; 2OTL N; 4DSL A; 1RT1 A; 5CZ2 A; 4JEP A; 4W5Q A; 3O5B A; 5FPM A; 5GAH P; 3NF6 A; 4BR7 A; 1WAJ A; 4Z0U A; 3U3Y A; 5I42 A; 1YIJ N; 3LWL A; 5FLX O; 1RDA A; 4BR5 A; 1EWR A; 1W7A A; 3AVB A; 1JCE A; 4LH5 A; 4F9O A; 1Y64 A; 4YOU A; 3S9H A; 1U45 A; 1DT9 A; 4GW6 A; 2WBN A; 3QIP A; 4M42 A; 1NMN A; 4Y1D A; 4ZHR A; 4ISE A; 4JK8 A; 4H0V B; 2F7T A; 2IOC A; 1BA0 A; 2ZJQ L; 3RRG A; 4MDA A; 1LV5 A; 4MQ3 A; 4CF8 A; 3V6D A; 3IMX A; 3AGK A; 2I7P A; 4M3T A; 3VQ6 A; 4LSN A; 2Z1G A; 3ATU A; 3LZI A; 1NGD A; 1T05 A; 1HNX K; 3T69 A; 1LWF A; 2QXL A; 1B9F A; 3F9M A; 3ZX3 A; 4KH6 A; 4GVE A; 3QIN A; 1ZBL A; 2Z1J A; 1NK4 A; 5F1X A; 3MX5 A; 2O4G A; 2YKN A; 2P9S B; 4CGD A; 5EY4 A; 4BRK A; 4KHP K; 3TAR A; 1SUQ A; 5HOO A; 3NE6 A; 1I3A A; 4DTN A; 3C6H A; 3WXJ A; 4BQZ A; 4JKB A; 3EE8 A; 4UQG A; 1JLA A; 2B6A A; 2PYL A; 3VQ4 A; 1NJX A; 3GG4 A; 4OGE A; 5DMR A; 2Q0R A; 3SPY A; 2RKI A; 4CF9 A; 3DYA A; 5GAG P; 1ATR A; 1HYV A; 3RSE B; 3EKS A; 4GV6 A; 3EZ5 A; 4B3R K; 4F4K A; 3LP3 A; 3T19 A; 1NKC A; 1V4S A; 4EAH D; 3F73 A; 1S3X A; 3MXM A; 2RPI A; 3M3Z A; 3DJC A; 1KFS A; 2Q2R A; 3THV A; 4F3T A; 2ZJR L; 1BHL A; 4E7J A; 3O1W A; 3O9T A; 3S3O A; 3QES A; 3SAH A; 4PUO A; 3AO2 A; 1RDB A; 3VQB A; 2HHW A; 3A5L C; 3HM8 A; 3LDN A; 4K25 A; 3SV3 A; 1C0T A; 4A59 A; 2GUP A; 4WQ4 A; 3DMJ A; 5BRE A; 3SLC A; 3CJ7 A; 1S1V A; 2P9K B; 3NH1 A; 1O1W A; 5EX5 A; 4I9Q A; 2B5J A; 1HUX A; 3ID8 A; 4BRC A; 1QSY A; 1NGH A; 3OYF A; 1U48 A; 4HCB A; 4WFA L; 5KGW A; 3THY B; 4NXM K; 4A5B A; 2YNF A; 4KTZ A; 4DFJ A; 2VWJ A; 2IAJ A; 1ZYQ A; 1NJI O; 3NAE A; 1TUU A; 1OVY A; 4KPY A; 4H5R A; 1IBK K; 3ZT3 A; 3CME N; 1BU6 O; 3EE9 A; 5AQQ A; 4BGA A; 3VQP A; 1Z6R A; 4CJU A; 3WXK A; 3NVM A; 5AFU A; 1HNZ K; 4YOX A; 5BRH A; 4BC3 A; 4YNQ A; 2A1R A; 4CGF A; 1TAQ A; 4FPB A; 2NNW A; 3HO1 A; 4NYF A; 4OPA A; 2E20 A; 4BGB A; 3FLC O; 4B9M A; 2DTU A; 4E1M A; 4DV6 K; 1DTT A; 4AIL C; 4A57 A; 3CMA N; 1QZ5 A; 3LZJ A; 3CC4 N; 3U3G A; 4CK2 A; 4YOT A; 3AY9 A; 4BDZ A; 1RTJ A; 5EVZ A; 3AA3 A; 3QIO A; 5AQU A; 4DV5 K; 4GKK K; 4FK4 A; 1TK8 A; 1HX1 A; 4B9T A; 3VER A; 1HMV A; 4IWV A; 2JWK A; 3P38 A; 1JLE A; 3CJA A; 4MDB A; 2O8B B; 3O08 A; 3ZSR A; 4FWQ A; 3A0I X; 1HJR A; 1TKD A; 3U6F A; 4AHU A; 3L8B A; 3PIO L; 3RSE A; 1SL0 A; 3SQ4 A; 1D4X A; 4ILJ A; 3K57 A; 2XY6 A; 3V9S A; 2D0O A; 2KHO A; 1M1K O; 2FSK A; 1KD1 O; 1C0G A; 1XMO K; 1L3S A; 3B8A X; 5AQV A; 3AVG A; 1KLN A; 4K8Z A; 3SJH A; 1TL3 A; 2FBV A; 1WSJ A; 2W6L A; 4R5P A; 3AA4 A; 3AGR A; 1SZ2 A; 2E8A A; 4ILG B; 2CGJ A; 4DQI A; 2UXC K; 4CEC A; 3R6M A; 1H1V A; 1KAX A; 3AAQ A; 1FXX A; 2P9K A; 3KWI A; 4I6M A; 1RT4 A; 1X9S A; 3I33 A; 3VEX A; 4FWK A; 3MXI A; 1B92 A; 5AJ3 K; 3CQX A; 1MA9 B; 3AVH A; 2P9L B; 4CIE A; 1OKJ A; 3C94 A; 4FJX A; 4KTW A; 3CPE A; 1A5V A; 3TSQ A; 4BRD A; 4JKG B; 1VQ6 N; 4YOV A; 3IAY A; 4DTJ A; 4BY9 C; 2FF6 A; 3TAF A; 3L4I A; 4H5N A; 3EEQ A; 4FK2 A; 1CXU A; 4K0K K; 1NGA A; 4QS7 A; 4DU1 A; 1CZB A; 5F2R A; 3SBT A; 2O8F A; 4I2Q A; 2RN2 A; 1W97 L; 4YFU A; 1RCH A; 1VSH A; 1DLO A; 4U7B A; 3CFP A; 3MED A; 4W5R A; 1S1W A; 4M3X A; 3N4P A; 4FL9 A; 3M8S A; 4XH4 A; 4AHR A; 3K59 A; 4YHH K; 1UA0 A; 4DLE A; 2UYT A; 4CVN E; 1RT2 A; 1YTA A; 3QBW A; 2OTJ N; 3CM5 A; 4B1X B; 2O8B A; 2G8H A; 4YDU A; 2W6K A; 2IVN A; 1IH7 A; 3HOT A; 3V1O A; 4DTM A; 3IS9 A; 4DQ8 A; 4JLH A; 2QWP A; 1IV0 A; 3L4Q A; 4PKG A; 1CZA N; 3WNG A; 3PIP L; 3KD1 E; 1QHT A; 4FK0 A; 1C1B A; 1SKW A; 4FVM A; 3OYA A; 3I0R A; 3T7Z A; 1BO5 O; 2ITM A; 3QFU A; 3TTC A; 4CF0 A; 3O3H A; 1J5O A; 4IEE A; 3L6Q A; 4WFB L; 4JYA K; 1S5J A; 1Z26 A; 1DGK N; 1NGG A; 2GX9 A; 3M5R A; 1ASU A; 2P51 A; 3SUO A; 4LF8 K; 1QSS A; 2R7Y A; 3OY9 A; 3P31 A; 3PO5 A; 5ADX H; 3S41 A; 3KJV A; 4JKC A; 3F5T A; 3MAQ A; 3OYL A; 4JKF A; 4DFP A; 4IDH A; 2ZD1 A; 4PKI A; 1FKP A; 4H5V A; 2IDO A; 2NRX A; 3CJB A; 3ULE B; 4C23 A; 1QQO A; 4CJR A; 3TTD A; 2EX3 A; 1KFD A; 1ASW A; 4FWP A; 2P9L A; 1NMD A; 1NK7 A; 5M1O A; 4PA1 A; 4O4G A; 4JKG A; 3V9X A; 2Y1J A; 4KTQ A; 3ZET B; 4B3T K; 1S1T A; 3V9Z A; 3O8M A; 4X65 K; 4FW2 A; 2Z1I A; 4DR1 K; 5HRS A; 3J7A P; 4WQ5 C; 1D5A A; 2XY8 A; 5LL6 Z; 4CGG A; 5FRN A; 5AZJ A; 3NBP A; 4WF9 L; 1REV A; 4AHC A; 3VQC A; 3QO9 A; 4H0T B; 2YI1 A; 4JN4 A; 4WFN L; 3WNE A; 4ILH A; 5AQG A; 3CC7 N; 2GWJ A; 4KI4 A; 4KRE A; 1D9D A; 4OVL A; 4NB4 A; 2BAN A; 3PSF A; 5CR4 A; 3WNH A; 5IWA K; 3CET A; 5CYQ A; 4HUF A; 1HNW K; 2BDP A; 1OH6 A; 2HHX A; 4FM1 A; 3HSC A; 4DTS A; 4FJ7 A; 1WSG A; 4FYD A; 4CZL A; 4BRI A; 4Q0B A; 5KGX A; 4Z4H A; 3OYG A; 5HRR A; 2A5X A; 2D4W A; 3MEE A; 2JWL A; 5JVH L; 3HYF A; 3KIO A; 3UKU A; 4KO0 A; 2KZZ A; 4JD2 B; 1JLQ A; 3OA9 A; 2E2P A; 5BRD A; 3HVR A; 5GIN A; 5JMV A; 4M3Y A; 4FW1 A; 3IDH A; 4O5F A; 1KSP A; 3NGZ A; 3U8X A; 5D3G A; 3LPU A; 4CBW A; 1T8E A; 4DR5 K; 1BGX T; 3CCE N; 3E1Y A; 2GV9 A; 4FJM A; 4AH9 A; 1QTM A; 5AQH A; 1U4B A; 1SL1 A; 2A6A A; 4ICL A; 3HZ6 A; 5M1K A; 3NF7 A; 3VQ7 A; 2F9W A; 2J4R A; 1N34 K; 3RRH A; 4O0J A; 2VYP A; 1JLB A; 5KQ8 A; 4IKF A; 3VA0 A; 3H1Q A; 2QEX N; 2KW4 A; 3BY5 A; 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2QA4 N; 2PYJ A; 4CEO A; 4AHT A; 5GAD P; 1VSE A; 1XWL A; 2NRH A; 1Q86 O; 3G71 N; 1NJW A; 2QWR A; 3BDP A; 3QLH A; 4F3O A; 3QET A; 4BVO A; 1LOT B; 4HTL A; 5AQS A; 4H4O A; 3G4S N; 1D8Y A; 3O80 A; 3K2P A; 4FZX C; 4KHW A; 2Q3S A; 4OPH A; 4LF7 K; 3LM9 A; 2BTF A; 3RMC A; 3O4W A; 3L2V A; 4BVP A; 4BR4 A; 1L3V A; 1NWK A; 3OS0 A; 2G8V A; 1P8Z A; 4IO9 L; 4JK9 A; 2EHG A; 1E3M A; 5EU7 A; 4HVJ A; 2VG6 A; 3KLG A; 1BL3 A; 5TKW A; 1VQ4 N; 3BUZ B; 2QI2 A; 4LFA K; 2OPR A; 4BRN A; 3M8R A; 4BG9 A; 3T1A A; 1S22 A; 1U47 A; 1FK9 A; 4MLE A; 3SMS A; 1Y97 A; 4CZJ A; 2ASP A; 2AP1 A; 3VQE A; 1XC3 A; 2ZF5 O; 3GE1 A; 1IKV A; 2E2O A; 3HBT A; 4FWR A; 4DTP A; 3C6T A; 3BZK A; 2KZM A; 2OPQ A; 2XHB A; 4B3O A; 3EZW A; 4FJK A; 5TKY A; 3ZT0 A; 4ISF A; 3DLH A; 4B9S A; 3K9K A; 3JSM A; 4YOW A; 3P83 D; 3H45 C; 2XO7 A; 3AVN A; 3VF2 A; 1R59 O; 1JLC A; 3K5M A; 3VF6 A; 1EP4 A; 2FBX A; 1TYQ B; 3U9Z A; 1VSI A; 3DOL A; 3KKR A; 1YI2 N; 3QEI A; 4CFB A; 3HJF A; 1SKS A; 5GIO A; 1GLE G; 4M3U A; 3VPZ A; 2KFZ A; 3NCI A; 2HND A; 4H03 B; 4DR4 K; 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