The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 K; 5LMN K; 1HNX K; 4DV3 K; 4DV5 K; 4DR7 K; 4DV6 K; 4JV5 K; 4AQY K; 4B3M K; 4DR4 K; 4JYA K; 2UXD K; 5IT9 O; 4X62 K; 4LF9 K; 4X65 K; 4JI2 K; 4JI6 K; 3JAM O; 5LL6 Z; 4LF7 K; 2VQF K; 4DUY K; 1N33 K; 4YHH K; 2UXB K; 4LF4 K; 3T1H K; 4NXN K; 5BR8 K; 5A2Q O; 3J7Y P; 4JI7 K; 4X64 K; 4DV1 K; 1IBM K; 4K0K K; 1N32 K; 4LF8 K; 4B3T K; 2F4V K; 4DR1 K; 3T1Y K; 4DR5 K; 4B3R K; 4B3S K; 4V19 S; 4LF5 K; 3OTO K; 4CW7 B; 5IWA K; 4LFC K; 2UUC K; 4GKK K; 1FJG K; 3J80 O; 2VQE K; 4LFB K; 4DV4 K; 1I94 K; 2UU9 K; 4DR2 K; 1HR0 K; 5AJ3 K; 2UXC K; 3J81 O; 4JI3 K; 2ZM6 K; 4DR6 K; 1J5E K; 4LFA K; 1HNW K; 4NXM K; 1XNR K; 4JI4 K; 4YY3 K; 1IBK K; 4JI8 K; 4X66 K; 1HNZ K; 2HHH K; 1N34 K; 4JI1 K; 1XMO K; 1IBL K; 4OX9 K; 2UUA K; 4JI0 K; 1XNQ K; 1XMQ K; 5LMU K; 4DUZ K; 2E5L K; 4GKJ K; 4JI5 K; 4DV0 K; 4DR3 K; 2UUB K; 5FLX O; 4DV7 K; 4CVN E; 3J7A P; 4KHP K; 4LF6 K; 1N36 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FJ9 A; 5EXW A; 5C12 A; 2HHU A; 3U4L A; 4BGB A; 1JXE A; 1LCU A; 4AQY K; 4CJR A; 3OJU A; 2QWN A; 1IKV A; 5LJV A; 2P9K A; 4J2B A; 4DTJ A; 5KQD A; 3M8P A; 4JRP A; 4CHQ A; 1CXU A; 2GX9 A; 1VQ4 N; 4GV9 A; 4W5R A; 1NM1 A; 1VQM N; 2P9I A; 3EZW A; 4FJI A; 3PSI A; 4LH5 A; 4JS5 A; 2H3G X; 3FLC O; 4I2P A; 4ISE A; 3L4I A; 1C0F A; 5AQN A; 4UQG A; 4M41 A; 4H5N A; 4CEA A; 3AGK A; 2Q2R A; 3VA0 A; 1JKH A; 1NJI O; 1T05 A; 3HO1 A; 4GV3 A; 3CXC M; 1IBM K; 1NOZ A; 4KRF A; 3CCJ N; 4FLX A; 2FLO A; 1DKG D; 3BEX A; 3ASM A; 5M1O A; 3CME N; 4CFA A; 3O3F A; 1X3N A; 1FKO A; 5AFU H; 3VMF B; 4DR2 K; 1NJX A; 4LD0 A; 4XEI A; 4DSJ A; 4XH5 A; 4R79 A; 4KHQ A; 3IUC A; 4IBN A; 4ISG A; 4JHD A; 1NJW A; 1RGI A; 3HST B; 1T6D A; 3HM8 A; 2I7P A; 2YI1 A; 2A1S A; 4B08 A; 5E41 A; 1LAW A; 4BR2 A; 3FR0 A; 3VET A; 5C2D A; 4NO7 A; 1MDU B; 4CF9 A; 4I9Q A; 2E1Y A; 2Q0U A; 3K5L A; 3LDN A; 4DU4 A; 1JLF A; 4EZ9 A; 2WFB A; 1BL3 A; 3CHW A; 5CYQ A; 4JI0 K; 2E6M A; 3WQT A; 1RDW X; 1JCE A; 4N76 A; 3CC7 N; 5AQR A; 1XC3 A; 1LWC A; 3K5O A; 3KLF A; 4BDP A; 2QA4 N; 4A2A A; 3KD5 E; 3HOT A; 3VPZ A; 3O9Q A; 1TV6 A; 1WLJ A; 3EKU A; 3UKR A; 4BY9 C; 4DV5 K; 4DR7 K; 1RCH A; 1RTI A; 4DLE A; 3B6P A; 4DFJ A; 2KKZ A; 1FW6 A; 1KVC A; 4FM2 A; 4FK0 A; 4BC5 A; 4BRF A; 4BR5 A; 5KQ8 A; 1Z26 A; 1QVF M; 2P1J A; 2QWM A; 3W3D A; 2P9K B; 4PUO A; 4HTL A; 3AVC A; 4LF7 K; 3OYE A; 3D2F A; 5I3U A; 3THX A; 3AO1 A; 3CJ1 A; 3DXM A; 3C0B A; 3PX4 A; 4RTF D; 2OZM A; 4LH4 A; 3MEG A; 5KTQ A; 3V6D A; 1KVB A; 3AVA A; 4FZY A; 4OKK A; 4KHS A; 2HHT A; 1HRH A; 1YI2 N; 3TTF A; 4OPA A; 3G4S N; 2QXL A; 3OS0 A; 3ENB A; 4FWK A; 4HCB A; 1GOB A; 4JKG B; 4B3T K; 2F4V K; 4G9Z A; 1FK9 A; 4LC9 B; 4OPJ A; 2QWO A; 1HJR A; 3RVC A; 4B1Z A; 3A0I X; 3E66 A; 5AQL A; 3MCP A; 3ULD A; 2NRT A; 3KVG A; 5HL7 L; 4H4O A; 4JKE A; 2PFU A; 5K14 A; 1S9E A; 4RW6 A; 1ATN A; 2G8W A; 4H5V A; 1BI4 A; 4M7Y A; 3M5R A; 4FWP A; 2V52 B; 3T1A A; 1VQP N; 3O3G A; 1NJZ A; 1T6C A; 3SCX A; 1VSE A; 4OJR A; 4PWD A; 2W6K A; 3IRX A; 4AF1 A; 3E01 A; 1SKW A; 3L3U A; 2P5O A; 2YKN A; 4DQ8 A; 4CD1 A; 3BF3 A; 1KAY A; 1NGF A; 4PQU A; 4JD2 A; 4JLH A; 1S3X A; 1DT9 A; 2G8I A; 1KSP A; 2I5J A; 3HBT A; 4CEB A; 1NKE A; 1LW0 A; 3LPT A; 4K8Z A; 2QI2 A; 2CGK A; 5HOO A; 3M8R A; 2E2P A; 3E9O A; 2HMI A; 1WSF A; 1LWE A; 2FSJ A; 1VRU A; 1HUX A; 3C95 A; 3LP2 A; 5C10 A; 1D4X A; 3L8B A; 3QDK A; 1NLV A; 2X78 A; 3MED A; 4WCE L; 2ZGY A; 2KTQ A; 3JSM A; 1N36 K; 4YOT A; 4C23 A; 4ZHR A; 3WXI A; 3QIP A; 5AQO A; 3D2E A; 3CFR A; 1QQO A; 4CF2 A; 5AR0 A; 1XUP O; 2O4I A; 3HPH A; 5I42 A; 2O8D B; 4XH4 A; 3O1W A; 4IFY A; 5EVZ A; 4A59 A; 1YAG A; 3R9P A; 4FWM A; 1CXQ A; 4LF9 K; 4BRD A; 4GY2 B; 4CF0 A; 1A5W A; 1JLQ A; 1G99 A; 4E7K A; 3JS6 A; 1BIZ A; 3VQ7 A; 4Y1D A; 5AZI B; 3BZK A; 3E9L A; 1Y97 A; 4OGC A; 3RRH A; 2ZJR L; 5FDL A; 4H5W A; 4BWM A; 3L2W A; 4DSI A; 1QHA A; 2O8B A; 3IS9 A; 4IFE A; 4X64 K; 4K0K K; 4FLT A; 1OH7 A; 3RR8 A; 1E3M A; 1VQ5 N; 1ITG A; 4O0J A; 3EL2 A; 4CEF A; 3SQ1 A; 2X74 A; 1RBR A; 4LF5 K; 2UUC K; 4MDA A; 2LSN A; 3OJS A; 1D8Y A; 2ZJP L; 5BRD A; 1KD1 O; 2E4L A; 3WEE A; 3CCV N; 5C0Y A; 2G8F A; 3M6G A; 3KLI A; 3LDQ A; 5EX5 A; 2NRR A; 4KB0 A; 1WSJ A; 5DK5 A; 4B9M A; 2BGG A; 1X9S A; 1RIL A; 2FXU A; 4HTU A; 1W0H A; 2HBL A; 1NNE A; 4Y0W A; 3NGY A; 5DMR A; 3M3Z A; 2JGU A; 4AHS A; 1KAZ A; 3L6Q A; 3IAY A; 3Q7C A; 2QK9 A; 3NGI A; 3WNH A; 2E2O A; 4JD2 B; 4RW7 A; 4FJJ A; 1B9D A; 3PIO L; 2ZF5 O; 1RNH A; 3THW A; 2FF3 B; 4K25 A; 4CF8 A; 2HVI A; 1TAU A; 3ULE A; 4ELU A; 3MXJ A; 3WNG A; 2YJE A; 4KH6 A; 5I9E B; 5AZJ A; 1S1W A; 1GLB G; 3CC2 N; 3WXK A; 1T8E A; 4CVN E; 5HRR A; 4DF8 A; 4CBU A; 1VSI A; 2P9S A; 4WQ4 C; 3SUO A; 3ENH A; 3C6T A; 3DLK A; 4W5N A; 1HNV A; 2YCH A; 1C0T A; 5H1S Q; 5MLC Q; 3D2E B; 1L5U A; 3S9H A; 1FXX A; 3J7Z O; 3HT3 A; 4JYA K; 2HHW A; 5EU7 A; 3LDP A; 1S5J A; 2GV9 A; 4IO9 L; 4EFH A; 1IV0 A; 2PYL A; 1UA1 A; 4N5S A; 1X1P A; 3RMC A; 4H8K A; 3FZF A; 2Z1I A; 1BCO A; 3OYM A; 4KAZ A; 4DFK A; 1U4B A; 4RCH A; 3OW2 M; 2O8E A; 3NH0 A; 2VWK A; 4CGH A; 3TU5 A; 1GOC A; 3AAR A; 1BCM A; 3DOL A; 4N56 A; 4CGF A; 3N4P A; 1HPM A; 1MWM A; 1VQN N; 1BA1 A; 3DLL L; 3FZH A; 1J54 A; 4BRQ A; 5KI6 A; 1RBV A; 1LWF A; 3ZT0 A; 2A3Z A; 3ZEU B; 4FM1 A; 1Q82 O; 3QES A; 4IWV A; 3AO5 A; 3IG1 A; 3V9Z A; 4YOX A; 1YVN A; 3J80 O; 3WNF A; 4FWS A; 4O4G A; 1ZBL A; 2UU9 K; 1K6Y A; 4DTU A; 3MEC A; 4E7L A; 5SWM A; 1DTT A; 2WOM A; 4OGE A; 1KQS M; 3O80 A; 4WFN L; 3J8A A; 4NCB A; 4NCA A; 3M8S A; 2B6A A; 4DSK A; 2GEM A; 3Q7B A; 3VEY A; 4JI4 K; 3CC4 N; 3CJB A; 1TKT A; 4X66 K; 1P90 A; 1VHX A; 3NFA A; 4K43 A; 2YHX A; 5BRF A; 4JKC A; 3MN7 A; 1RT1 A; 2VWJ A; 3S41 A; 4QS8 A; 3DLG A; 4JI1 K; 4ELV A; 1JLA A; 3IDH A; 1RT5 A; 3V4I A; 1R59 O; 3QNO A; 2G8V A; 2B5J A; 4IG3 A; 2VYP A; 4N47 A; 3ZT3 A; 3AVG A; 3VTI A; 3CG7 A; 4CZK A; 1EET A; 3L2Q A; 2HHQ A; 2NZT A; 3SAG A; 3RMB A; 1HNX K; 3O9U A; 4WQ5 C; 4JAX A; 1XWL A; 1VK0 A; 3MN5 A; 4FLU A; 4DTX A; 3ZCM A; 3LP3 A; 1VSD A; 4DS4 A; 4B1X B; 1EQY A; 4AHV A; 4JI2 K; 4J2A A; 4GMJ B; 3OYC A; 4FCY A; 1UOC A; 1NJY A; 4HHT A; 2O8F A; 5BRH A; 3T1H K; 4Z4C A; 3C6U A; 3SBG A; 1NGD A; 5GAE P; 3HP9 A; 5GIP A; 1XI1 A; 1RTH A; 3ZT2 A; 4E3S A; 3A5L C; 3CCE N; 4GNI A; 4IO8 A; 2A6A A; 2O8C A; 2WON A; 4LF8 K; 3TR8 A; 3R3L A; 1U04 A; 4MDB A; 1VQ7 N; 3NMU A; 4CGD A; 4B9T A; 4AH9 A; 1TAQ A; 2DFF A; 4FJG A; 3AGR A; 4BDY A; 3TAF A; 5IWA K; 1NGH A; 1SUQ A; 1HX1 A; 3L2U A; 4C8O A; 4H0V B; 4FLW A; 4AM6 A; 1C1A A; 2QWL A; 1I94 K; 4MQ3 A; 4OPK A; 4IOC L; 3O6W A; 4B9S A; 2W40 A; 1QSS A; 4FW1 A; 3F9M A; 2QXF A; 3C6H A; 4YNQ A; 1BO5 O; 3DAW A; 4M3Z A; 4DQP A; 1RT6 A; 2YHW A; 5AQQ A; 3OYF A; 4FVU A; 5LJW A; 4DTR A; 4CIF A; 4TSX A; 3LAL A; 4CJT A; 3I55 N; 1EWQ A; 1YTA A; 4H0T B; 4FZX C; 4DKW A; 2HNZ A; 3AVH A; 2E2N A; 2KHO A; 2WC9 A; 1S72 N; 4O8K A; 1HLU A; 3V9U A; 2YJF A; 4BQL A; 3SZ2 A; 4BRA A; 1YT3 A; 3PO4 A; 4F9O A; 4GKJ K; 3VF6 A; 3VA3 A; 4JI5 K; 3V9W A; 4H0X B; 4CEO A; 5KRS A; 1TK8 A; 4K8X A; 3F2K A; 4X62 K; 1TVR A; 3SV4 A; 1K8A O; 3TSQ A; 1WSE A; 4PKH A; 4RWT A; 3G6E N; 2Z1J A; 3CJC A; 4BAC A; 1E4F T; 3DRS A; 4ILG B; 2FF6 A; 3TAN A; 3H6E A; 1KLN A; 3I0S A; 1HPZ A; 3S3N A; 1LW2 A; 3NF9 A; 5LL6 Z; 1HNI A; 1S22 A; 3BZC A; 4C1N K; 3CYM A; 3GDQ A; 3TAB A; 3MN6 A; 1JCF A; 3CJA A; 5A2Q O; 3CCR N; 3WXM B; 5HRS A; 3IKM A; 1TK0 A; 2QEX N; 3NHG A; 2HVH A; 1QHT A; 3ID6 A; 4M3R A; 3G71 N; 4FJN A; 2P9P A; 1RT2 A; 3MK6 A; 1C1C A; 1IKW A; 4L8R B; 4DSF A; 4OLB A; 4B3R K; 3SBT A; 4V19 S; 4LFC K; 3RMD A; 2VQE K; 2V51 B; 4DV4 K; 4W5O A; 2ITM A; 2D1K A; 1UWB A; 3VQB A; 2HF3 A; 4FWL A; 3J81 O; 1Q81 O; 3DRR A; 3U9Z A; 4RW8 A; 1J9A A; 5KPT A; 3DXK A; 4A5A A; 4E1J A; 3MDQ A; 5CHI A; 2V7Z A; 4DMN A; 4ID1 A; 4BWJ A; 1CLQ A; 2PBD A; 1NG9 A; 4JN4 A; 4DU3 A; 3SJJ A; 3MWP A; 3PO5 A; 5CE3 A; 1KC8 O; 3PUF A; 4PY5 A; 1K8K A; 3RR7 A; 2KZZ A; 4CJ5 A; 3HI0 A; 5BPM A; 4MLH A; 1XHX A; 3ZLJ A; 4KHW A; 4BG9 A; 2GEL A; 1SL0 A; 3SMP A; 1NWK A; 4I6M A; 2V7Y A; 4KH5 A; 2GWK A; 4O0I A; 3TAP A; 3J7A P; 4LF6 K; 3NBP A; 3K0S A; 1S1U A; 1J5O A; 3CQY A; 3OVN A; 4CJK A; 2OTJ N; 4CED A; 1RTJ A; 2P51 A; 3AV9 A; 4FWN A; 4CZH A; 3MX5 A; 4CI6 A; 4YOU A; 4H5R A; 1VQ9 N; 3DLE A; 1OVQ A; 3CIP A; 4I7F A; 3DLR A; 5AQW A; 4NYF A; 1HMV A; 1KRP A; 3OS1 A; 4Z4E A; 1EX4 A; 1VSJ A; 4FJ8 A; 2RE2 A; 1S6P A; 3VEO A; 1I3A A; 4Z4G A; 1DEJ A; 4W5Q A; 5E84 A; 3EEQ A; 3C6A A; 4BRK A; 3VQP A; 3PIP L; 4JI7 K; 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1NK8 A; 5HP1 A; 1S9G A; 3A8Y A; 3TTD A; 4CJP A; 1VSF A; 4CCH A; 2ZE2 A; 3UKR B; 2A5X A; 3AAQ A; 5AQH A; 1WUA A; 1EXQ A; 3O8M A; 3UKU B; 3DYA A; 5AQI A; 4CF1 A; 3HPO A; 5C2F A; 3TSP A; 1Q86 O; 4Z4H A; 4C1N I; 3NVK A; 1QS4 A; 4M3T A; 4O5B A; 2Y1J A; 3D2F B; 2IVP A; 1WNS A; 3OYL A; 3THX B; 3DXM B; 2QTD A; 3GG4 A; 3DM2 A; 5GIO A; 4BRP A; 1BIU A; 1DLO A; 3SJH A; 1IJJ A; 4NXM K; 4A62 A; 3ZSQ A; 2IGI A; 4HUE A; 3K58 A; 1YIT N; 1C0M A; 1S6Q A; 4FPB A; 2OAN A; 2D0O A; 4A57 A; 1ILY A; 3AY9 A; 1HNZ K; 3I0R A; 2NNW A; 1Q18 A; 2QWP A; 1JL1 A; 3R6M A; 4B9L A; 5FRN A; 4CJV A; 1LOT B; 4NLB A; 3VGK A; 3LAK A; 3HL8 A; 1QSY A; 1BI4 B; 4KPY A; 2BDP A; 4C8K A; 4FOI A; 4JKB A; 3N4Q A; 2E5L K; 4HCC A; 3MN9 A; 1Q9X A; 3SQ2 A; 3CCS N; 3AVL A; 4FLV A; 3VQ4 A; 1L3T A; 3VEX A; 3CD6 N; 4YOR A; 5EOY A; 3KKR A; 3AVK A; 3W0L A; 2KLA A; 4CK3 A; 3MMV A; 2EWS A; 4DU1 A; 1TK5 A; 4CJF A; 3VQ6 A; 3LL3 A; 5M1N A; 3LP0 A; 4Z4F A; 3AA4 A; 2ASP A; 4FW2 A; 5JVG L; 1YJ9 N; 5FPM A; 2DPN A; 3KD1 E; 3UB5 A; 1X9M A; 2BE2 A; 5FPE A; 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