The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR1 K; 4OX9 K; 4YHH K; 4K0K K; 4DV1 K; 5AJ3 K; 1HR0 K; 4JI5 K; 2HHH K; 4V19 S; 4GKK K; 4DR7 K; 5IT9 O; 4JI1 K; 3OTO K; 1N33 K; 4DV0 K; 4DUY K; 4LF8 K; 1XNQ K; 4CW7 B; 5LMN K; 1J5E K; 4X66 K; 2VQF K; 4DV4 K; 2UUB K; 4DR5 K; 4LF7 K; 3J7Y P; 5LL6 Z; 1IBK K; 2UXD K; 3T1H K; 5BR8 K; 4B3R K; 4DV6 K; 2UU9 K; 2F4V K; 1N34 K; 2E5L K; 4JV5 K; 4DR2 K; 1XMQ K; 1HNZ K; 4X65 K; 4DR6 K; 2ZM6 K; 1HNW K; 3T1Y K; 4DV7 K; 4JI3 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 1FJG K; 4JI2 K; 3J81 O; 1IBL K; 4NXN K; 4NXM K; 4DUZ K; 1HNX K; 4JI7 K; 1N36 K; 4JI4 K; 2UUC K; 4LF9 K; 4KHP K; 4DV3 K; 5IWA K; 1N32 K; 4AQY K; 1IBM K; 4YY3 K; 1XNR K; 4DV2 K; 4B3S K; 3J7A P; 4B3T K; 2UXC K; 2UUA K; 4JI0 K; 5A2Q O; 2VQE K; 4CVN E; 4JI8 K; 5FLX O; 2UXB K; 4B3M K; 3JAM O; 4JI6 K; 4X62 K; 4LFA K; 4GKJ K; 5LMU K; 4DV5 K; 4LFB K; 1I94 K; 4X64 K; 4DR4 K; 4LF5 K; 4DR3 K; 4LFC K; 4JYA K; 1XMO K; 3J80 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QER A; 1FKP A; 2HHS A; 3ZT3 A; 4YHH K; 5J1E A; 1ZBL A; 1NK0 A; 3OHR A; 4DFK A; 1DTT A; 5BRE A; 3V4I A; 3I0R A; 4EZ9 A; 1RDA A; 2KHO A; 5F0X A; 2YNF A; 3LDO A; 4OKK A; 2ITG A; 4B1Y B; 3TTD A; 1OVY A; 4OKE A; 2PYL A; 2I7P A; 1J5E K; 4ELV A; 4W5R A; 1RT2 A; 2P9K A; 1NJZ A; 4CK2 A; 3DXM A; 3LP1 A; 4DQP A; 2CGL A; 5AQT A; 3CCV N; 4BG8 A; 5GAD P; 1SAZ A; 1QHA A; 4CJ4 A; 1TVR A; 4FLX A; 3RMA A; 2QW9 A; 1UWB A; 4BRM A; 4CK3 A; 1GOB A; 3B8A X; 2HHT A; 3HJF A; 4ILG B; 4K43 A; 4AHC A; 1YIJ N; 4EIA A; 2D0O A; 4EHT A; 1VRU A; 1HKB A; 3K5L A; 2ZD1 A; 2BGG A; 2ZJP L; 1WBD A; 4BRA A; 1U45 A; 3C6T A; 5DMR A; 3MED A; 3O5B A; 4IEI A; 3DOL A; 2DFF A; 3CMA N; 3DLK A; 1HNW K; 2KZZ A; 1HNV A; 4BGB A; 1KCF A; 4KHN A; 4FM0 A; 4FSV A; 1OH8 A; 1VSJ A; 4FJG A; 3F2K A; 5C10 A; 5GAH P; 2QTD A; 3P39 A; 1ITG A; 2GEL A; 4F3T A; 3J81 O; 4BR5 A; 1OH7 A; 4YOV A; 3SUQ A; 3THW B; 1ILY A; 2VG5 A; 4DUZ K; 1LCU A; 3ZSW A; 1HYS A; 4DQI A; 2XY7 A; 3TAR A; 4WQ4 A; 1TGO A; 3PSI A; 1U4B A; 3V9U A; 3GOI A; 2KQ2 A; 4FJ8 A; 4FK0 A; 3CJB A; 4M3Y A; 1NWK A; 3EYZ A; 1TAQ A; 3K0S A; 2E6L A; 5I9E B; 3LAN A; 3VPZ A; 1VAZ A; 3E9L A; 3AGR A; 2YHY A; 3G0Z A; 1NK5 A; 4RW7 A; 3M8Q A; 3WEE A; 4OPH A; 2FSK A; 3I8D A; 1J9A A; 5GIO A; 1ZBS A; 4EZ6 A; 4DV5 K; 4KH6 A; 2OYQ A; 4Q0B A; 5KRT A; 5BRF A; 2XRI A; 1NGF A; 3LDQ A; 4JYA K; 4MLH A; 1WUA A; 3FZK A; 2IAJ A; 4DR1 K; 3R3L A; 3HOT A; 3S3N A; 3LWL A; 5JVG L; 2B4J A; 4F2R A; 3MXM A; 3C7N B; 4HUF A; 5H1S Q; 3HPO A; 4V19 S; 3VQ7 A; 1A5W A; 3OTO K; 4B9V A; 3MWP A; 3VEZ A; 4DUY K; 2EX3 A; 1T6C A; 3AA3 A; 1V4T A; 4FPA A; 4YNQ A; 1T6D A; 3M5R A; 2Q0U A; 5LJW A; 3NMU A; 1HQU A; 3U3G A; 4H5R A; 2P5G A; 2G8V A; 5HP1 A; 3AVK A; 1P90 A; 4B1V A; 3DLL L; 1VRT A; 1RDU A; 3D2E A; 4LC9 B; 3L2V A; 3VF4 A; 3EN9 A; 4KTW A; 3AVF A; 3CXC M; 5AQM A; 4FLV A; 1QQO A; 2G8H A; 5AQJ A; 3U9D A; 3VOV A; 3QIP A; 1YAG A; 3HTV A; 4B8C A; 2X6N A; 1NJX A; 1Q18 A; 3SV4 A; 2JWK A; 2GUI A; 4JRP A; 1NG9 A; 2WOM A; 3BZC A; 1I39 A; 4CJT A; 1ASV A; 3LDP A; 3D45 A; 2ZE2 A; 1NMD A; 4JD2 A; 4PHT X; 4W5Q A; 1HJR A; 1HNI A; 2P9N B; 3KK7 A; 4B9Q A; 3EZ5 A; 4CCH A; 3G71 N; 3V9Z A; 1TUU A; 3QBW A; 3UIQ A; 4DV3 K; 1HKC A; 4M3U A; 1E3M A; 1BDG A; 3SJH A; 5TKY A; 2YJE A; 5AQY A; 1NK4 A; 1RFQ A; 2ZGY A; 1U47 A; 4F2S A; 2QM1 A; 3RSE A; 1VSD A; 4A59 A; 4CVN E; 4BRE A; 2RKI A; 2RF2 A; 1U49 A; 3CCQ N; 3I55 N; 3TU5 A; 3UB5 A; 3MN5 A; 4DTS A; 2D0P A; 3ZX0 A; 3LPT A; 1HYZ A; 3S3O A; 3OYF A; 3NH0 A; 4O5F A; 2PZS A; 4ICL A; 1Y64 A; 3ZT1 A; 4B9T A; 3CJC A; 2Q2R A; 1HKG A; 4FK2 A; 3VQQ A; 1NGA A; 3RR7 A; 3MEE A; 3SUN A; 3J80 O; 3U8X A; 3NVM A; 4CJL A; 3NAE A; 2ASO A; 1NK6 A; 1HR0 K; 2WBN A; 3NHG A; 4LY7 A; 2DY4 A; 3ZSX A; 3PUF A; 4L3Q A; 4FWM A; 1KAX A; 2OA8 A; 4FLU A; 3VQE A; 3NCI A; 1X1P A; 3IKM A; 2Z1G A; 3C0B A; 4DR5 K; 5KRS A; 4CIG A; 5HRR A; 3WXJ A; 4ILH A; 3SQ4 A; 4CJF A; 1WBB A; 3VQ5 A; 1OKJ A; 1CLQ A; 1WAF A; 4M7X A; 4DFJ A; 4BRG A; 2P9P A; 2X78 A; 4CES A; 5C15 A; 4W5O A; 4JNE A; 3A5L C; 1UA1 A; 3HL8 A; 1J5O A; 2YKN A; 2Y1I A; 4AH9 A; 3KLF A; 2B6A A; 1RT6 A; 2BUP A; 3O3F A; 3KKS A; 4QOZ B; 3TTF A; 3VEN A; 1ESV A; 3K57 A; 2OZS A; 3O9R A; 2NNW A; 1JLG A; 3NF8 A; 4CZL A; 3L0Q A; 5AQN A; 4CFD A; 2CH6 A; 2KW4 A; 3DLE A; 2ZF5 O; 4J2A A; 2D1K A; 4FK4 A; 2VWB A; 4O4G A; 5AR0 A; 5KGX A; 3J7A P; 4FWK A; 4BC5 A; 4A5A A; 5LJV A; 2X74 A; 4E7J A; 1RT1 A; 3AA4 A; 5GAG P; 1Z6R A; 3CPW M; 4GW6 A; 4CZI A; 1RT4 A; 2YNG A; 3VA0 A; 4BDP A; 3JAM O; 3QLH A; 1JXB A; 1SZ2 A; 2D0B A; 4JKG A; 3EY1 A; 2V51 B; 1MWK A; 1VK0 A; 3ENB A; 3WXI A; 4FWS A; 3CI5 A; 3HM8 A; 3ZX3 A; 4W5N A; 3O9T A; 1TKT A; 2FBV A; 3QNO A; 4FW2 A; 4CGG A; 4H03 B; 2E1Z A; 3WNG A; 5JS2 A; 2ZJQ L; 5FRO A; 1JLA A; 4DV1 K; 3C95 A; 2IVN A; 5AJ3 K; 1NBW A; 4IFV A; 5C25 A; 1REV A; 5CYM A; 3LL3 A; 4BRD A; 4E7K A; 5AQL A; 2NRZ A; 3TSP A; 4CGH A; 1K9M O; 3QDK A; 4BRH A; 1KLN A; 1SKW A; 2ITM A; 4DWI A; 3O9S A; 1XNQ K; 1EET A; 4K8X A; 3EKS A; 4FJ9 A; 3G4S N; 5J2N A; 1G15 A; 5AZI B; 4LSL A; 2Q97 A; 2E4L A; 4ISG A; 1IKX A; 2VWK A; 5BR8 K; 1K73 O; 4BC3 A; 4L8R B; 2HOE A; 2I5J A; 3HPG A; 1KXP A; 1RT7 A; 3G6E N; 3CYM A; 1XMQ K; 4KB0 A; 3CHW A; 5ADX H; 2O4I A; 3CCR N; 3TAQ A; 3SQ0 A; 4JKF A; 1YTU A; 2PY5 A; 3N4Q A; 4IBN A; 4FWO A; 1BQM A; 4WF9 L; 4CF1 A; 4M3T A; 4CEA A; 3SV3 A; 3HK2 A; 3EO3 A; 4OKJ A; 3L4Q A; 2QWN A; 3AVN A; 3JSM A; 4DSJ A; 4NCA A; 4NYN A; 4OGC A; 5IWA K; 4K41 A; 4DV2 K; 3SI6 A; 3LDL A; 2A1R A; 4CFA A; 3L3U A; 5AQP A; 3OA9 A; 1IG8 A; 1JL2 A; 4JI0 K; 4Y0W A; 1D9D A; 2OPR A; 5AQS A; 4CEF A; 1YJ9 N; 4CJR A; 2Q0R A; 3L8B A; 5BN8 A; 1TV6 A; 2QWQ A; 4I6M B; 3C94 A; 1KAY A; 4FJH A; 3V9S A; 1ZBU A; 2HHU A; 3C6U A; 2QKK A; 1RTH A; 5KPZ A; 3MN9 A; 3FE1 A; 2WON A; 4DR3 K; 2O8C A; 4JKB A; 1QS4 A; 3L4I A; 4KBO A; 1UAX A; 1KVC A; 4XH4 A; 4FM1 A; 4IDH A; 4C23 A; 2YJF A; 1NK8 A; 1NGJ A; 3R1X A; 4JI5 K; 3TAB A; 5DK5 A; 1D8Y A; 3T69 A; 1JLQ A; 3SK3 A; 3VF2 A; 1DT9 A; 4YOR A; 5GIN A; 4WCE L; 1TL3 A; 2ZJR L; 4CF8 A; 4FLY A; 2ZWH A; 1D5A A; 3KTQ A; 2QWR A; 2E1Y A; 4IKF A; 5M1P A; 2G8K A; 1B92 A; 1Q86 O; 4PL8 A; 2GEM A; 3TAN A; 3G25 A; 4OLA A; 2HB5 A; 4YOU A; 4EP4 A; 2FSN A; 5LL6 Z; 4DTX A; 4O8K A; 5HRP A; 3CC7 N; 5JS1 A; 1NK9 A; 4IFY A; 3CD6 N; 5F1X A; 1J53 A; 1JLB A; 3MXI A; 4CJS A; 4X65 K; 1U2V B; 4OPK A; 4FJN A; 3KD1 E; 4DTP A; 3NDK A; 2UYT A; 2QXF A; 3TAP A; 1QZ6 A; 3KK2 A; 4OGE A; 1WSJ A; 4Z4H A; 4JI2 K; 2GUP A; 4BRN A; 1VSE A; 5AZJ A; 4IWV A; 3QNN A; 4IO9 L; 2JLE A; 3K5N A; 1Q7Y O; 2HVI A; 4W5T A; 1XWL A; 2CGJ A; 3EEQ A; 1YHQ N; 1E4F T; 3MEC A; 2Z1J A; 3L6Q A; 1BL3 A; 1C0M A; 4RWT A; 4C8O A; 4TSX A; 4MDB A; 4PQU A; 2E20 A; 2IIR A; 3H46 O; 1WN7 A; 3VQA A; 3ULE B; 3P38 A; 4BRI A; 4DTJ A; 4Z4C A; 1XUP O; 5E84 A; 5KQD A; 1RT3 A; 1RBU A; 3TI0 A; 3DAW A; 1VSM A; 4HVJ A; 3M8P A; 1EWR A; 1ZBF A; 4FJJ A; 4LH5 A; 4WQ4 C; 3DXK B; 3NFA A; 1U48 A; 2O8F B; 4CK1 A; 3QBX A; 3P4I A; 2OAN A; 3VQC A; 3OW2 M; 2A1S A; 2YHX A; 4MLE A; 3MDQ A; 4HWI A; 2IOC A; 1I3A A; 4EAH D; 3A5O C; 3FR0 A; 1NNE A; 4CHY A; 5HOO A; 4AF1 A; 4Y1C A; 3O4Q A; 4GKK K; 1V4S A; 4JI1 K; 5FPM A; 4CEB A; 4J2E A; 1ZXO A; 3F5T A; 1L5U A; 4JHD B; 3FZM A; 3P5J A; 1NJI O; 3WUH A; 1YUW A; 2O8B B; 4DS4 A; 3U9Z A; 1QVG M; 4DTM A; 1BCM A; 1KAZ A; 2UUB K; 1DTQ A; 4F8R A; 2FF6 A; 3CPE A; 4C8N A; 1K8K A; 4CER A; 3FZF A; 1G99 A; 5EXW A; 1RNH A; 1IKV A; 1KC8 O; 1X3N A; 2NRR A; 3E01 A; 3FZL A; 1YTA A; 3AO3 A; 1HNZ K; 3NBP A; 4DB3 A; 4LD0 A; 2DPN A; 3NH2 A; 2AJQ A; 1L3U A; 3A2F A; 1GLB G; 3FZH A; 4CEC A; 4DFP A; 4Z4E A; 3ZT2 A; 2P9U B; 4CFC A; 3LWM A; 3VGM A; 4NXN K; 4NXM K; 2AA4 A; 3LP0 A; 3OYA A; 5F2R A; 2UUC K; 4WQ5 A; 4FJX A; 1KFD A; 3HSC A; 2XY6 A; 1RDC A; 1XNR K; 1VSK A; 4EP5 A; 2QXL A; 3CER A; 3R6M A; 1IV0 A; 1NKB A; 3H6E A; 4M42 A; 1VQP N; 1D4X A; 1NJY A; 5B8H A; 4B3M K; 4KV8 A; 2JWL A; 3OYM A; 3DRR A; 2QEX N; 5AQZ A; 2XHB A; 2YV0 X; 1JKH A; 1YT3 A; 2QWL A; 3ZSV A; 5JIC A; 4BVO A; 1TK5 A; 1I94 K; 5EY4 A; 2P9L B; 1C0T A; 3UKU B; 4CJE A; 1LAW A; 1NU0 A; 4HUE A; 1EWQ A; 4FL9 A; 2VWJ A; 4AHV A; 3BDP A; 3AA5 X; 3ZET B; 1HQE A; 4HHT A; 3OYC A; 4E1M A; 1NK7 A; 2P9I B; 4H5T A; 2CGK A; 3FGU A; 2BH1 A; 3SZ2 A; 2B5J A; 3HI0 A; 3V9X A; 4DR7 K; 4M63 C; 5IT9 O; 3MCP A; 2LSN A; 3Q7C A; 5HRO A; 1VQ9 N; 4RTF D; 3NH1 A; 3VEY A; 3LP2 A; 4R79 A; 2RHK A; 3GG4 A; 3KZB A; 4AIL C; 4O55 A; 1X9S A; 4F9O A; 4DV6 K; 4CJU A; 3QET A; 1RTJ A; 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5HBM A; 3NE6 A; 4H0P A; 4DTR A; 4DF4 A; 5FPN A; 4IEE A; 1T03 A; 4X66 K; 4O44 A; 3I0S A; 3KIO A; 2HNZ A; 3CJ1 A; 4PA1 A; 3SPY A; 4M3Z A; 1Z26 A; 4YOT A; 5M1Q A; 1HPZ A; 1TKX A; 4CJQ A; 3AAR A; 4OVL A; 2WTU A; 5EX5 A; 1BI4 B; 3NF9 A; 1VQM N; 4N41 A; 1YVN A; 3QEI A; 3IS9 A; 1K6Y A; 3V1R A; 2W42 A; 1EKE A; 1BUP A; 2YHA A; 3PIP L; 5J2M A; 2E88 A; 4DTO A; 1FJG K; 1SUQ A; 1T8E A; 2FBY A; 2D4W A; 4XH1 A; 5BPN A; 3MCA B; 1Q9X A; 1YXQ A; 4ID1 A; 3SJJ A; 3GE1 A; 4ELU A; 3OYG A; 1HRH A; 1S9E A; 4CIE A; 4KH4 A; 2P9S A; 2E2Q A; 4CJV A; 3RMC A; 5AQU A; 1W2B M; 3RWU A; 4M41 A; 4MO5 A; 2F9W A; 1S22 A; 5AQI A; 4O0J A; 4E19 A; 5J2P A; 2UXB K; 1JLC A; 2RE2 A; 3D0P A; 2RPI A; 1TYQ A; 5LMU K; 4CZG A; 4DR4 K; 4LF5 K; 1RIL A; 2P51 A; 3M3Z A; 3PIO L; 2W6L A; 4DSI A; 4JKA A; 1GLC G; 1GLF O; 3CJ7 A; 1RBS A; 3LZI A; 3ZT0 A; 3PO4 A; 4PKH A; 2VCP A; 3CFR A; 2HVH A; 2HMI A; 4H0V B; 1TK0 A; 3D6R A; 4DHY A; 3SPZ A; 4A57 A; 3HRG A; 1L3V A; 4BG9 A; 1BHL A; 4NO7 A; 2P9K B; 1S9G A; 1EQY A; 2HNY A; 3DXM B; 5HLF A; 3P83 D; 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