The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBL K; 4JI1 K; 4YY3 K; 4GKJ K; 3JAM O; 1N33 K; 4DUY K; 1HNZ K; 4GKK K; 2UXC K; 2HHH K; 1XNR K; 4X64 K; 3T1Y K; 1XMO K; 4JI2 K; 3J80 O; 4X65 K; 2UUC K; 4NXM K; 4DV3 K; 4B3R K; 4DR4 K; 2UXD K; 5LMU K; 4DV5 K; 4CW7 B; 4JI7 K; 4JI3 K; 4X62 K; 5IWA K; 1N34 K; 4DR5 K; 4JV5 K; 4JI4 K; 4DV4 K; 3T1H K; 4JYA K; 4CVN E; 4K0K K; 2UU9 K; 4JI6 K; 4OX9 K; 5A2Q O; 4LF4 K; 4LF5 K; 1I94 K; 4NXN K; 4DR2 K; 1HR0 K; 4DV7 K; 1XMQ K; 5BR8 K; 2UUB K; 4KHP K; 1J5E K; 3OTO K; 4JI5 K; 4LFB K; 4DV1 K; 1N32 K; 4X66 K; 3J7Y P; 4LF8 K; 4DUZ K; 1HNX K; 4LF7 K; 4B3T K; 4DR3 K; 5FLX O; 4DV2 K; 5LMN K; 1IBK K; 5LL6 Z; 4B3M K; 4DR1 K; 2VQF K; 4DR7 K; 5AJ3 K; 4DV0 K; 1N36 K; 1IBM K; 4JI8 K; 2F4V K; 2VQE K; 2UXB K; 4LF9 K; 4V19 S; 4YHH K; 5IT9 O; 3J7A P; 3J81 O; 4AQY K; 4B3S K; 1FJG K; 4LFA K; 1XNQ K; 2UUA K; 4JI0 K; 1HNW K; 2E5L K; 4LF6 K; 2ZM6 K; 4DV6 K; 4DR6 K; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DSI A; 1JLQ A; 4FLV A; 1D9F A; 2BGG A; 2E2N A; 3F5T A; 3KVG A; 3ATU A; 3TAN A; 4EHU A; 4WFA L; 3P4I A; 3TI0 A; 2I7N A; 2QI2 A; 3O8M A; 3QDK A; 3DLE A; 4CZM A; 4M41 A; 4CEF A; 3S3N A; 4GV6 A; 5FPD A; 4CER A; 2FF6 A; 3C0B A; 4DTO A; 3SBT A; 1JCF A; 4HUE A; 1NK0 A; 3CJA A; 2QW9 A; 4M7X A; 1S1V A; 4K8X A; 3OYL A; 3CM6 A; 5K14 A; 3MK6 A; 1S1X A; 1HKG A; 3T1A A; 1D9D A; 3VGL A; 1D8Y A; 4ILH A; 1T6C A; 3VEW A; 3A5M C; 3AVG A; 4DR5 K; 3KLE A; 4KO0 A; 5CYQ A; 4CJR A; 3SQ4 A; 1ASW A; 4DV4 K; 4PQU A; 5AQO A; 4Z4H A; 2IAJ A; 3WQT A; 1EWR A; 2F9W A; 3C6T A; 2UU9 K; 3KWG A; 1L3V A; 3UB5 A; 1RGI A; 1NK7 A; 3KTQ A; 5F1X A; 1E4F T; 2FXU A; 3MWP A; 4B1X B; 3R6M A; 3AAR A; 3VEZ A; 2QXF A; 4M3X A; 1XMQ K; 3L2V A; 1TGO A; 2A1R A; 1RBR A; 1GLL O; 1HNI A; 4LFB K; 3H3N O; 3TAQ A; 4FPA A; 4CGI A; 3V9S A; 4CBU A; 1S1U A; 3G10 A; 2ZWH A; 3FZH A; 4FZX C; 4IXC A; 3PLA A; 1GLF O; 4H4O A; 3IFR A; 3E66 A; 1JLE A; 3RRG A; 4WF9 L; 3HXM A; 3SUN A; 5H1S Q; 4OKJ A; 4C8N A; 5I9E B; 3AVK A; 5AQX A; 2QTD A; 1EET A; 4JI8 K; 2P9I A; 4DSK A; 1NGE A; 4IOC L; 4DQP A; 3EE8 A; 4J8F A; 2WTU A; 3MN7 A; 3H45 C; 3WNF A; 2NUB A; 3HT3 A; 1S6P A; 3VQ4 A; 3RMB A; 1ATR A; 1DKG D; 1HNW K; 3KLF A; 3R8E A; 1MU2 A; 2A41 A; 3PSI A; 5I3U A; 1Y97 A; 4CFB A; 2YKN A; 4CEO A; 2OPP A; 5AZI B; 1C6V A; 4JI1 K; 4CHQ A; 1ZYQ A; 1NGF A; 1WUA A; 5FPE A; 3I56 N; 3ZCM A; 4DTP A; 1BI4 A; 4C1N K; 1TUY A; 5AZJ A; 2FBX A; 4H5V A; 2HBK A; 4OGE A; 4EFH A; 3VQ9 A; 4ICL A; 4CJK A; 3K2P A; 2ZJP L; 5C0Y A; 4MO4 A; 4B1U B; 1SL0 A; 1TK8 A; 3M8P A; 2F96 A; 1EQY A; 3LP0 A; 4CF2 A; 5AQH A; 2YNI A; 2YKM A; 5HL7 L; 2KKZ A; 3NF7 A; 4EIA A; 3G6E N; 4N5S A; 3ZSO A; 3EKS A; 3BP8 A; 1O13 A; 3V1R A; 5C25 A; 5HRN A; 1WSE A; 3V6D A; 4CBX A; 2HBL A; 4K0K K; 3KK2 A; 1NOY A; 4CD1 A; 3OYB A; 1YAG A; 4DS4 A; 4YDU A; 5A2Q O; 3CXC M; 4CEA A; 1WAJ A; 3RMC A; 3AVN A; 4KHY A; 2OTJ N; 4I9Q A; 1BCM A; 1VQ4 N; 3WNG A; 1VRT A; 3OY9 A; 5FRO A; 1BCO A; 3K5L A; 3ZX2 A; 2GEM A; 1OH7 A; 3KKR A; 3LWM A; 3THY B; 3U4L A; 3M3Z A; 4DV1 K; 1N32 K; 3L0Q A; 3PX4 A; 4BDY A; 4YOX A; 5CY4 A; 1HKC A; 5CYM A; 2ZGZ A; 5M1N A; 4B9V A; 3G71 N; 2YHB A; 4WFB L; 3CD6 N; 3LWL A; 3U6F A; 2ASM A; 4ELV A; 4NYF A; 5LL6 Z; 4BQL A; 4B1Z A; 1REV A; 3RTV A; 4CZL A; 3TSU A; 4LY7 A; 5BRF A; 4AHC A; 4LF9 K; 4AF1 A; 3EZ5 A; 3H08 A; 1QS4 A; 1BWF O; 3LP3 A; 4CK1 A; 4XEI A; 2X6N A; 2DFF A; 3WNH A; 5C2D A; 3VQB A; 4CEC A; 4ZTJ A; 3UKU A; 2OZS A; 1U49 A; 1XNQ K; 5BPM A; 2I7P A; 2HBM A; 4KTQ A; 4BGA A; 3AAP A; 2ZJQ L; 4BE1 A; 3CFR A; 3CHW A; 1OH8 A; 3EKU A; 1VQK N; 1RDU A; 1KFD A; 4H8K A; 1KTQ A; 1ZBF A; 2EWS A; 3AA3 A; 1OVY A; 3ENH A; 3SZ2 A; 2BAN A; 3A5L C; 3FLC O; 5B8H A; 4CF9 A; 3SAG A; 4W5O A; 5GIN A; 4BR2 A; 1YJN N; 3F9M A; 4JI2 K; 4X65 K; 4KI6 A; 3NCI A; 3D45 A; 2P9P A; 4PKH A; 3K5O A; 2Y1I A; 3KLH A; 4DFP A; 1KFS A; 1NJZ A; 4IOX A; 4YNQ A; 1XHX A; 4DWI A; 1T8E A; 4FL9 A; 5AQT A; 5IWA K; 1N34 K; 1BIZ A; 1RIL A; 3L3U A; 4BDP A; 5AQP A; 1WB9 A; 3CJC A; 3VEO A; 4EAH D; 3RWU A; 4J2A A; 5HRR A; 1EP4 A; 4A5A A; 1T6D A; 3KD1 E; 4BR5 A; 3GG4 A; 4IFE A; 4LD0 A; 4W5Q A; 4B8A B; 2PAV A; 2GX9 A; 4JK8 A; 3THY A; 1VK0 A; 4AHS A; 3CCS N; 3MXJ A; 1S22 A; 4OPK A; 4KB0 A; 3AO5 A; 3CCE N; 2GWJ A; 3SJJ A; 3S3M A; 1SS6 A; 3ID6 A; 4DU1 A; 4DQS A; 2D1K A; 3FFK B; 1HNX K; 2HHW A; 4DR3 K; 3CM5 A; 4CJS A; 4FZY A; 3ENB A; 3SQ1 A; 1K8K B; 4WYB A; 4F3O A; 3SQ0 A; 1IBK K; 2X78 A; 4FOI A; 4CHZ A; 4IJA A; 1R59 O; 3ZX3 A; 4OVL A; 1VSM A; 4BRO A; 3MX5 A; 4CEE A; 4WQ4 A; 3TAM A; 5JLF A; 4H4M A; 3J81 O; 4K43 A; 3CME N; 1NK4 A; 3SBG A; 4BRP A; 2JWK A; 1I39 A; 4C8K A; 3LP2 A; 2ZM6 K; 4O5B A; 4DQI A; 4HWI A; 3O80 A; 5M1O A; 4CJW A; 1JCE A; 3CET A; 4B9L A; 1JL1 A; 4FLU A; 1CXQ A; 2OPS A; 3O5B A; 3K58 A; 3MEC A; 4KKO A; 5AZI A; 2HHH K; 1FK9 A; 3CG7 A; 4JNE A; 4CJT A; 4Y1C A; 1VSF A; 4BRC A; 4G9Z A; 3CQY A; 1WBD A; 4H0T B; 4FJ7 A; 2QK9 A; 2NRZ A; 3C94 A; 1NGA A; 2UUC K; 4BAC A; 1YTA A; 2X6S A; 4CZG A; 3KHY A; 1C1B A; 1HYV A; 1TAQ A; 3ZT0 A; 3L2R A; 4KHU A; 2P9L A; 1SZ2 A; 3NF6 A; 5AQM A; 2G8V A; 4JD2 B; 3TR8 A; 1SUQ A; 4FJ9 A; 3DRP A; 4FVU A; 3SQ2 A; 1DTT A; 3ATV A; 3OS2 A; 3VEN A; 3QER A; 4ILG B; 3SK3 A; 3WXI A; 3QIN A; 2NRX A; 1EXQ A; 4O0J A; 5EOY A; 3HPO A; 5F2R A; 1VSL A; 5HP1 A; 4I9L A; 4BRG A; 4LF5 K; 3K9K A; 2OPR A; 2P9I B; 3SV4 A; 2VGN A; 3D2F A; 1FKP A; 3O9S A; 4KH5 A; 5BR8 K; 4BC3 A; 1VSI A; 2HB5 A; 2HNY A; 4DB3 A; 2E1Z A; 3OS0 A; 4LF8 K; 2GV9 A; 5EX5 A; 3VET A; 4MDB A; 3WEE B; 1YTU A; 1NJX A; 4JKE A; 4B3T K; 1Z26 A; 2V51 B; 3V9X A; 1Y64 A; 2GTD A; 5LMN K; 2F8T A; 1RBS A; 5LJW A; 3V9U A; 1ASV A; 4FJK A; 1SL1 A; 4DG1 A; 1V4S A; 2VQF K; 1JJ2 M; 2CGL A; 4FO0 A; 1W97 L; 2QKB A; 2P9S B; 3HRG A; 3HOS A; 4BQZ A; 4J2E A; 4L8R B; 3VGM A; 3ZET B; 2B6A A; 3R1X A; 4O8K A; 1U47 A; 4AQY K; 4CEQ A; 3BY5 A; 4DTR A; 1W9H A; 2XY6 A; 4B1W B; 1ZBS A; 3WXK A; 1XUP O; 4U67 L; 3M8R A; 3TTC A; 4LFC K; 1S3X A; 4MFB A; 4YOW A; 3I8B A; 4F8R A; 4AIL C; 4IEE A; 4IO9 L; 1KVA A; 4BRI A; 5BRE A; 2J4R A; 4BE0 A; 1K6Y A; 1Q86 O; 1K8A O; 4JKG B; 3D2F B; 4CI6 A; 4JEP A; 3M1F A; 4FJI A; 1SV5 A; 4BRH A; 5T7B A; 1WSH A; 4BR0 A; 3EEQ A; 1XWL A; 4JRP A; 2HOE A; 1QHA A; 3RRH A; 4FLW A; 1RDW X; 4CF1 A; 4CK3 A; 4PY5 A; 2F8S A; 2P9N A; 2FC0 A; 4CJV A; 2FSK A; 3C7N A; 4IZ9 A; 2E2O A; 3LAN A; 1RTI A; 3HK2 A; 1NKC A; 3U3Y A; 4ISF A; 4DQ8 A; 1VQ5 N; 1BOT O; 4O8U A; 1I94 K; 3O6W A; 3P39 A; 4B9T A; 4M3Z A; 1JCG A; 3IMX A; 1HR0 K; 2RKI A; 3QET A; 3F73 A; 1NM1 A; 1U04 A; 5CHI A; 3PUF A; 3TU5 A; 4QOZ B; 4Z4F A; 3LPU A; 3SAF A; 1J5O A; 4GNI A; 3DLB A; 4C8O A; 3HJF A; 4OO1 J; 3K5N A; 3AO3 A; 4B9N A; 1CLQ A; 1UOC A; 1UAX A; 5AJ3 K; 2BUP A; 1RDD A; 3NH1 A; 4J2D A; 3L2Q A; 1JKH A; 5J2N A; 2OPQ A; 4TSX A; 2W42 A; 4A59 A; 4JS4 A; 1JLC A; 3NDK A; 1U2V A; 3GL1 A; 4BWJ A; 4JKH A; 3V1O A; 1Z05 A; 1VQP N; 1JLG A; 1SQK A; 1KVB A; 4BWM A; 1NJI O; 4IJN A; 2ITG A; 4QS8 A; 1VQ7 N; 3HL8 A; 4OKK A; 2PBD A; 5C2F A; 4NLB A; 1KLN A; 1HJO A; 2DFH A; 3QIP A; 5SZT A; 1Q82 O; 3AVB A; 3AO2 A; 2AP1 A; 5AQG A; 3SUP A; 1GLE G; 2RN2 A; 3P83 D; 4CJ5 A; 3HSC A; 4AHR A; 3OJS A; 3OYD A; 2FBY A; 1GLB G; 3LZJ A; 4NXM K; 4OJR A; 1TL1 A; 3IRX A; 3KKS A; 5GAD P; 4JI7 K; 1R0A A; 2D0C A; 4X62 K; 4DKW A; 4ZTF A; 3G4S N; 4KRE A; 1E3M A; 4IKF A; 3A5N C; 2WON A; 3NBP A; 4GVM A; 3SLC A; 5SWM A; 2Y1J A; 4GVE A; 4OLB A; 1EWQ A; 1T03 A; 2XHB A; 1QQC A; 1V4T A; 4M3T A; 2P9U B; 4F2R A; 4JI6 K; 2RPI A; 1IV0 A; 2Q3S A; 1WNS A; 3CCR N; 1YJW N; 4KAZ A; 4H5N A; 4CJQ A; 1RDA A; 5GIO A; 3T69 A; 4NXN K; 2FSN A; 1S1T A; 2OA8 A; 4JK9 A; 4KRF A; 3OYG A; 4I2Q A; 4CES A; 3DLG A; 4BRN A; 2E88 A; 4K41 A; 4DS5 A; 4OPH A; 3PX0 A; 3V9W A; 1KC8 O; 1TKX A; 1NJW A; 3K59 A; 2G8I A; 4JKC A; 1MWM A; 3AV9 A; 3E9O A; 4DV2 K; 1RT3 A; 3ULE A; 3PO5 A; 3GDQ A; 3TAF A; 1ZBU A; 5HRP A; 4WQ5 A; 3W0L A; 1NLV A; 1QZ5 A; 3C6H A; 3O1W A; 4AM6 A; 2EHG A; 4Z4C A; 1LW0 A; 4I7F A; 1SL2 A; 4BRL A; 4CJ4 A; 2UXB K; 2NRV A; 3D7E O; 1NU0 A; 1BA0 A; 3J7A P; 1VSH A; 3EN9 A; 4FLZ A; 3D2E B; 3ZEU B; 3SPY A; 2HVH A; 3CCM N; 2FF3 B; 4CIG A; 4OKE A; 4CFA A; 1NK8 A; 5BRD A; 2IGI A; 3CPW M; 2E6M A; 3ISN C; 2QEX N; 3QBW A; 1N5Y A; 4Y0W A; 2W6K A; 3RMD A; 4IOA L; 3FFI A; 4HUG A; 3RSE B; 4W5N A; 3SI6 A; 4A5B A; 4YOT A; 5M1F A; 4GKK K; 5C10 A; 3SYZ A; 2A1S A; 4M3U A; 1WAF A; 2A42 A; 4WQ5 C; 3TWH A; 4E7I A; 1M1K O; 4KHS A; 1VAZ A; 4FWK A; 1BGX T; 1ITG A; 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3CF5 L; 3KJV A; 4DF8 A; 4DR4 K; 1F21 A; 2OTL N; 2HHV A; 4K42 A; 2Q36 A; 3NAE A; 3EO3 A; 4JN4 A; 2QWM A; 4CGG A; 3MX2 A; 2Q31 A; 1OH5 A; 1C0T A; 1BUP A; 3HVR A; 4FLY A; 2BTF A; 1IKY A; 3TAR A; 1K8K A; 3FZF A; 4CED A; 5HRO A; 4JYA K; 5FDL A; 2CH5 A; 2YNH A; 3ENO A; 1HRH A; 3IG1 A; 1YIJ N; 3R9P A; 4O0I A; 5AQZ A; 2VWK A; 2RE2 A; 4O5F A; 4M3W A; 1DGK N; 3L4Q A; 2P51 A; 1TK5 A; 4A62 A; 3MED A; 4DTN A; 4XIU A; 5KI6 A; 2IC3 A; 3E01 A; 4JD2 A; 4O4G A; 3K0S A; 3RSE A; 4MLH A; 3TSP A; 4JI5 K; 2GBZ A; 4G1Q A; 5AQW A; 3THW A; 2O4I A; 2JWL A; 3MEG A; 1ZBI A; 2QXL A; 1NKE A; 5KGW A; 1S5J A; 3DXM A; 4GW6 A; 3KD5 E; 4CJ3 A; 5AR0 A; 3LPT A; 4EP5 A; 4R5P A; 5D3G A; 1L3U A; 4KBO A; 1S1W A; 3R3L A; 4AH9 A; 1Q9Y A; 4EZ6 A; 3AVC A; 2O8D A; 4DV0 K; 4CZH A; 3CCL N; 4JKF A; 3QIO A; 3V4I A; 2F4V K; 1T7P A; 2QM1 A; 3KIO A; 3BDP A; 1NG9 A; 1NGC A; 3L3V A; 4B9Q A; 1ESV A; 1NNE A; 1FJG K; 5JS2 A; 5BR9 A; 4LFA K; 3I55 N; 3VQC A; 5BRH A; 3QEV A; 2YX6 A; 1FXX A; 2E6L A; 1X9W A; 3EZW A; 4E0D A; 3QFU A; 1IBL K; 4GKJ K; 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