4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
5LY3A 3KVGA 4XH4A 2EWSA 1NMDA 1BU6O 1XQSC 2ITMA 3ZETA 4FPBA 4PKHA 4IXCA 3R6MA 2VCPA 2QWPA 4BREA 3IUCA 2A5XA 4PKGA 4EFHA 4K43A 4BRCA 2CGLA 1DEJA 1GLEG 3A5OC 5AQPA 3MN5A 3U4LA 1RGIA 2E8AA 3A8YA 2Q1NA 4GNIA 3SMSA 4EHUA 2FSNA 5JMVA 2GELA 1E4GT 1QQOA 2VYPA 2VWBA 3ZX0A 4CZEA 3CJCA 1TYQB 2QXLA 3C0BA 2D0PA 1RFQA 3BF3A 2YHWA 3MDQA 4NB4A 1TUYA 3FGUA 3EL2A 1J6ZA 2P9UA 3ZETB 4B1YB 4BRGA 4BVPA 1JCEA 4CZGA 4H5NA 1NGEA 2P9IA 3CETA 3C7NA 3O80A 5AQMA 3A5NC 3WXLA 4JN4A 5AZIA 1YUWA 4BRQA 3HSCA 4AM7A 3DWLA 1U2VA 5AQUA 5FPMA 4IJAA 1GLLO 3KHYA 1K8KB 3EN9A 5AQHA 3LDNA 3MN9A 1SQKA 3I33A 1HKCA 2F9WA 4FO0A 4H0TB 2YHYA 3VGLA 5JLHA 4BRFA 3LDOA 5E26A 5FPEA 4FWLA 4PL7A 2A42A 4IWVA 1T44A 2V7ZA 3AAPA 3A0IX 4F9OA 2D0OA 3LDQA 5AZJA 3MK6A 5JICA 5BREA 4BC2A 1NBWA 3C7NB 1D4XA 5KPRA 4FWSA 1HUXA 3ZX3A 3TU5A 4CZMA 1NGBA 3QBXA 5AZIB 3VEYA 3FZHA 3QB0A 3BF1A 4H5RA 3W0LA 5BR9A 1X3NA 3CJBA 5TKYA 3D2EA 4BRDA 3LM2A 3FR0A 3WEEA 3ZEUB 3DXMB 4B1UB 3A5LC 1IG8A 1OKJA 2Q97A 3GE1A 3M6GA 3O8MA 3ZX2A 1BUPA 2ASOA 3HI0A 1TUUA 4H5VA 4JNEA 2ZF5O 4I6MA 2D1KA 1HKGA 2IVNA 2V7YA 3R9PA 4BGAA 1NWKA 5AQQA 5AZJB 2YI1A 5AQNA 4JHDB 2Q36A 3OHRA 2GEMA 5BPMA 1GLCG 4FPAA 1NLVA 3U8XA 3GL1A 2GTDA 1WUAA 1DKGD 3CIPA 3D2FA 3MN6A 3ATUA 2FF3B 1NM1A 4EAHD 4H0VB 4M7YA 4K42A 3D7EO 3S41A 4PL8A 1MDUB 2PAVA 4NO7A 3W3DA 1MA9B 2P9PB 2AP1A 4FOIA 3L6QA 5CE3A 4QS7A 5AQSA 3SK3A 3CQYA 3VGKA 2QW9A 2NLXA 4CBXA 4BGBA 1YVNA 3H6EA 4DB3A 1IJJA 2E2QA 5AFUA 2QM1A 3U9DA 3VOVA 5KQDA 5ADXA 4M63C 3EKUA 3LL3A 2AA4A 3RSEA 1JCFA 4K41A 1SAZA 3KZBA 2HF4A 3JXUA 4B1VA 1BO5O 2UYTA 4QS8A 2P9NA 4BC3A 1H1VA 2GUPA 2I7NA 2P9SA 5AQFA 4QS9A 2IVOA 4JD2A 2P9KB 4K25A 5EY4A 3CI5A 4CZJA 2H3GX 2YJFA 1E4FT 1KAXA 2P9LA 3L0QA 5BRFA 2YCHA 1XC3A 2HMPA 3QDKA 3VF6A 3UKRA 4XEIA 2FSKA 4BVOA 4CZKA 3G25A 3O4WA 1YAGA 1HLUA 5AQVA 5E84A 1ATRA 4ISGA 3BP8A 4H5TA 3B8AX 2YJEA 2P9NB 4FWOA 2QWOA 1NGAA 3SLCA 3HTVA 3F9MA 2I7PA 2Q0UA 4BROA 4JAXA 3CERA 5B8HA 3VEOA 1CZAN 3DXKA 5F1XA 2E1ZA 4RTFD 4BRPA 4BR9A 2P9LB 5AQKA 3EZWA 1QQMA 2ZWHA 4DCHA 1S3XA 2P9UB 3H46O 3VEZA 1GLDG 4BRMA 3VPZA 3QICA 2FXUA 3BEXA 3EO3A 1SZ2A 2P9IB 2ASMA 1NGFA 3H1VX 1GLJO 3ATVA 3AY9A 2CGKA 4YDUC 4DQ8A 1KAYA 4E1JA 4CI6A 1U6ZA 3LDPA 3QBWA 2E88A 1U2VB 3MN7A 4O5FA 4O8KA 4YDUA 1BG3A 4ISEA 2BTFA 2IIRA 1NGIA 1GLAG 5LJWA 4BG8A 4H0XB 3O08A 2QWQA 4FOEA 3DXKB 4BG9A 5BRDA 3WXJA 1Q18A 1LCUA 3J8AA 4BR0A 1ESVA 1C0GA 1R59O 3H3OB 1Z6RA 5KPZA 2E1YA 3H45C 5AQIA 4LC9B 5BN8A 2QWMA 3HM8A 2A6AA 2NRHA 4B1WB 3I8BA 3WXKA 3M1FA 3QFPA 1BWFO 1XUPO 4H0YB 3FZMA 4WYBA 1ZBSA 4CZFA 3D2EB 4CBWA 4A61A 3FZLA 1X9JA 2E20A 2KHOA 4FWRA 3WEEB 1QQNA 3LM9A 5AQXA 5AQRA 3FLCO 4FWNA 3WXIA 4MO5A 4B1XB 3H3NO 4A2AA 1MWMA 3QFUA 4BRNA 1NGJA 5ELZA 3UKUA 4PKIA 4I6MB 3O5BA 4H0PA 2Q0RA 5EXWA 1HPMA 1JCGA 1C0FA 1T6DA 5KPTA 5AQGA 3AARA 1MWKA 3R8EA 4BRAA 1HKBA 5ADXH 3ENOA 1BOTO 1X3MA 2OANA 4H0OA 3VF2A 3CJAA 2BUPA 4EHTA 3D2FB 3MCPA 3U9ZA 1NGCA 4CZHA 3FFKB 3WQUA 2A41A 2CH6A 3CJ7A 2NZTA 3FZKA 4AM6A 2FSJA 3VERA 4BRIA 1YXQA 1RDWX 1BDGA 5I9EB 3GDQA 2HF3A 1NGDA 5AQOA 3UKUB 3EKSA 1QZ5A 4DHYA 1GLFO 3VEXA 4BQLA 4CBUA 4B1ZA 2Q2RA 1KXPA 5BPLA 2D4WA 3O1BA 4WQ4C 5AQYA 5LJVA 3SJHA 3GBTA 3UB5A 3VENA 2QWLA 3GOIA 2CGJA 3FZFA 3RSEB 3FE1A 5EOYA 4WQ4A 2YHXA 5FPNA 1K8KA 4CJ7A 4XH1A 4MO4A 3CQXA 3VESA 2P9SB 2J4RA 4JD2B 3VGMA 3ULEA 3IMXA 2GWJA 5FPDA 2E2OA 1ZXOA 3VEWA 4CZIA 4ISFA 3DJCA 4H03B 1DGKN 5KQ8A 1WOQA 1G99A 4M7XA 5BN9A 3O1WA 4Y0WA 3UKRB 4FWKA 3CJ1A 4A62A 4BC4A 4FWQA 3UE5A 1T6CA 5AQLA 3HZ6A 2ZGZA 4BR7A 2F9TA 1NGGA 3ZEUA 4XH5A 3VEVA 3DXMA 5F2RA 3SMPA 2A40A 3VETA 3WT0A 4FL9A 4BC5A 4FSVA 1EQYA 4FWPA 3ULEB 4B9QA 3O6WA 3WUHA 2WUSA 4MLEA 5AQTA 5AR0A 4CD3A 4BRKA 1HX1A 4JHDA 3IDHA 4BRHA 2E2PA 1Z05A 3JS6A 4WQ5C 5AQZA 1HJOA 4H5WA 1V4SA 3M3ZA 3P4IA 5BRHA 4A2BA 4WQ5A 2A3ZA 3MMVA 2W40A 1ATNA 1QHAA 3WQTA 2ASPA 5JLFA 3GG4A 5F0XA 5EVZA 2FF6A 3A5MC 4HWIA 4J8FA 3CHWA 1S22A 4EIAA 3IFRA 4L3QA 4CD1A 2P9PA 2V51B 4MLHA 3BUZB 3AAQA 4BQZA 2GWKA 3CJ9A 5EX5A 4HTLA 3HBTA 3DAWA 1KAZA 1LOTB 2DPNA 4BR5A 2E2NA 4CZLA 1BA0A 2ZGYA 1ATSA 4KBOA 2FLOA 1GLBG 2Q31A 2QWRA 5AQWA 2QWNA 5AQJA 4BR2A 3TPQA 1Y64A 1BA1A 3L4IA 4RWTA 5AFUH 4FWMA 4GY2B 2CH5A 4BR4A 2V52B 2PBDA 1ZC6A 2W41A 1QZ6A 3ID8A 4IZ9A 1P8ZA 5BPNA 3LDLA 4Z94A 2IVPA 3H1QA 4RCHA 1NGHA 3VF4A 4C23A 2P9KA 3ENHA 3QMLA 1V4TA 4IO8A 2HOEA 1TYQA 4BRLA 4IJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LY3A 3QINA 3EZ5A 4CGIA 4DG1A 3VQ5A 3RTVA 3OYDA 2OTJN 1CZ9A 3PIOL 1I94K 2Q3SA 4NYNA 1GLEG 3RVCA 3VQ9A 3U4LA 3TAEA 4BDYA 4GNIA 1KCFA 3NFAA 3V81A 1E4GT 4CK1A 4IFEA 4AHVA 2QXLA 3CD6N 3WNFA 3C0BA 2DFHA 3L4QA 2Z1JA 4NB4A 2ITGA 3OYAA 3O4QA 3IKMA 4BRGA 1RT1A 5EU7A 1EWRA 2ZE2A 5TKWA 4DQQA 3L2VA 1NGEA 5C10A 3NH1A 3C7NA 2OTLN 2NNWA 1VSEA 4F8RA 3WXLA 1VQ5N 4C8KA 2GBZA 5SZTA 4AM7A 2OZSA 1JJ2M 5AQUA 1NOYA 1GLLO 3KHYA 1K8KB 3CF5L 5AQHA 1NK8A 3OS0A 1HNZK 3S3NA 4H8KA 1B92A 3I33A 3P5JA 3K2PA 3VQEA 1WN7A 1HKCA 4EZ9A 1T03A 4H0TB 5JLHA 5LMUK 4B3SK 3MCAB 4IWVA 3LANA 1SL1A 4A59A 5JICA 3MK6A 1GOAA 3VQPA 1IH7A 4BC2A 3C7NB 3THXA 4FWSA 1HUXA 3ALYA 4JKHA 4J2EA 3SQ4A 3ZX3A 1WSFA 4CW7B 1N36K 3CM6A 2GUIA 5BR9A 4H5RA 1X3NA 3CJBA 5TKYA 3D2EA 3HOSA 3TTFA 4B1UB 5E41A 1IG8A 1OKJA 1ZBLA 4EZ6A 4CJ5A 4QAGA 1SKWA 4F2RA 2YV0X 1BISA 4CJTA 1ILYA 2ASOA 4JNEA 2ZF5O 4Z4IA 1Q9XA 3C6TA 3SUQA 5BPMA 3OBYA 1NLVA 3AO1A 3OYLA 4M3TA 3K5NA 3OS1A 3AA2A 2HB5A 1WUAA 3OW2M 4Z4EA 1DKGD 4E7LA 3D2FA 3ATUA 3V6DA 3J80O 1L3VA 5I3UA 2WTUA 3TSPA 1W0HA 3KLHA 1UOCA 1KQSM 1NM1A 4H0VB 1YJNN 1KTQA 1TK8A 3NF8A 4PL8A 4B3TK 2R7YA 4DWIA 1YTUA 2P9PB 4KHUA 3THYA 4HUFA 2HVHA 2QA4N 5CE3A 1XWLA 3SK3A 1XNRK 4ZTFA 1X1PA 3S5TA 3V1QA 3KK2A 4DSFA 4DB3A 4GVMA 4KTQA 3MXMA 5AFUA 3U9DA 4OPJA 3AVKA 3LL3A 3AVHA 1JCFA 4K41A 1SAZA 3JXUA 4LF5K 1BO5O 4IFYA 2ETJA 4Z4GA 4CGFA 3THYB 2G8FA 2X74A 4JD2A 4DFMA 4H4OA 4F2SA 2YJFA 1KD1O 4M45A 1U49A 4M3XA 2OCEA 1QS4A 1YJWN 3O3HA 2FSKA 4BVOA 2ZM6K 2NRRA 3PX0A 4CZKA 5CYMA 2HBKA 4H5TA 4JV5K 4FWOA 2Z1GA 1NGAA 4RW7A 3NH0A 3T19A 4JKEA 1KVCA 4BROA 1KLNA 1RTIA 3CERA 1A5VA 5F1XA 4BRPA 1KVAA 1KLMA 3CM5A 4FM1A 4DCHA 2P9UB 3H46O 4BRMA 3SPYA 1FXXA 4EP5A 1SZ2A 3KJVA 1BI4B 1XHZA 1NJYA 4CK2A 2PYLA 3H1VX 3ATVA 1KAYA 2XHBA 3RR7A 4E1JA 1M90O 3HP9A 4FK4A 1UWBA 4ID5A 1GOCA 3WNHA 2OPSA 1U2VB 4O8KA 4ISEA 4HVJA 2IIRA 1SL0A 1KC8O 1GLAG 2JLEA 3TARA 4DV4K 4FOEA 4KV8A 4BG9A 4G9ZA 4N56A 3AV9A 2ZD1A 3ZSWA 5KPZA 1F21A 2QEXN 3HK2A 2IS3A 4FJIA 2WONA 4FLWA 1VSFA 4B1WB 3MEGA 3JAMO 1J54A 4Z4FA 5HLFA 4CZFA 2D0CA 4A61A 4CBWA 3THWA 3EEQA 4OJRA 1LW0A 3O9QA 4FWNA 3NVMA 2HHWA 2BH1A 1NGJA 4KH4A 3UKUA 3KD1E 4I6MB 3O5BA 4H0PA 2Q0RA 1CXQA 4IEIA 1C0FA 5AQGA 1EXQA 1MWKA 3R8EA 1HKBA 4H0OA 1HRHA 2BGGA 4DV7K 4CESA 3VF2A 3AA3A 2BUPA 1K8AO 5HRNA 3U9ZA 4IDHA 4LF9K 1HYVA 1IKYA 4RW6A 3DLLL 4BWJA 1RBRA 4M3RA 4PQUA 3O9UA 4OKJA 2CH6A 2FC0A 2NZTA 4AM6A 3K58A 2VQFK 1YXQA 4KH5A 2IDOA 3FFIA 4RG8A 1FKOA 1C1CA 1U48A 1NGDA 3UKUB 4JYAK 4B9VA 1NJZA 3ITHA 3LPUA 5J2PA 5C0YA 3P31A 1GLFO 3VEXA 2KW4A 3EYZA 2Q2RA 4E19A 3O1BA 3SJHA 4UQGA 2QWLA 3GOIA 3FE1A 3KLGA 4WQ4A 1Q82O 2YHXA 3G10A 5FPNA 1Q8IA 4KHSA 2GV9A 5CHIA 4NXMK 3AVFA 4JS4A 3MXIA 3VESA 3CCVN 4AILC 3MWTA 4PWDA 4CZIA 2KTQA 4ISFA 4CFCA 2XY6A 3HRGA 1LAVA 4X65K 4I9QA 3HPOA 1WOQA 1G99A 4E1NA 3UKRB 4CIFA 4HCBA 4BC4A 1C0UA 3UE5A 4FWQA 1T6CA 1HNWK 4CIEA 4BR7A 1SUQA 4CEBA 4CHQA 1G15A 4DKWA 3Q7BA 3C65A 3DXMA 1OH7A 2A40A 1B9DA 1GOBA 4B9QA 4FJ7A 3QESA 5AR0A 4CD3A 2RE2A 1S5JA 4FZZA 1P90A 2E6MA 4JKAA 3DLBA 1TAUA 4WQ5C 2X6NA 4W5RA 2HMIA 2G8IA 4H5WA 4WFAL 3P4IA 2F4VK 2FBXA 1Z25A 4A2BA 4DTUA 2W40A 1ATNA 3M8SA 1YI2N 4KHNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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