4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
2ZGZA 3CJCA 2E88A 3GDQA 2FLOA 4FWPA 3A5MC 2P9UA 3O8MA 4RTFD 1MWMA 1OKJA 4CBXA 1YVNA 1XC3A 1BA0A 4FWMA 4M63C 2ASMA 3IMXA 5F0XA 2VYPA 3EO3A 3H6EA 3CJ9A 3VF4A 3LM2A 2E2OA 4FO0A 5AQNA 3QBXA 1GLDG 3BF3A 3UKUB 3H1VX 1MA9B 2FSJA 3AY9A 2DPNA 5FPMA 3D2FA 3ZX3A 4B1ZA 5ADXA 4FWOA 1X9JA 4HTLA 5AQKA 4K41A 1U2VB 2A42A 4ISFA 3WT0A 1G99A 4WYBA 3BP8A 3GBTA 1QZ6A 3KZBA 3CERA 3KVGA 4PKIA 2AP1A 3D7EO 1ZBSA 1GLJO 1NGFA 3D2EB 3C7NB 4XH1A 4CZKA 2OANA 4I6MB 5AQMA 5AQXA 1V4SA 1QHAA 1T44A 3CJBA 4CJ7A 3VETA 1GLLO 4DHYA 1DEJA 3HZ6A 4PKGA 4KBOA 3RSEB 2P9LB 2P9NB 4QS9A 2D0PA 2I7PA 3CQXA 4BVOA 5BPNA 3U8XA 5JMVA 2Q2RA 3EZWA 5BPLA 4MO5A 1IG8A 2ASOA 1NGEA 2QWQA 5E84A 1WUAA 3FR0A 1C0GA 5BN9A 3R9PA 5CE3A 4L3QA 5AQZA 4BRNA 1Y64A 1TUUA 3VF2A 3I33A 1U2VA 3JS6A 1ATRA 2E2QA 2P9PB 5ELZA 4B1WB 4FSVA 4FOEA 4DCHA 3LDNA 5AFUH 4WQ4A 2ZWHA 2GWKA 3D2EA 3VGLA 3U4LA 2YHXA 1GLEG 1X3NA 4GY2B 2Q97A 3O08A 1NGHA 2D0OA 4CZFA 4H5WA 3A0IX 1BA1A 3L6QA 3H3NO 3VEVA 1QQNA 4H0YB 5LY3A 3GOIA 2P9LA 3RSEA 1BO5O 5AQOA 1S3XA 4JAXA 2Q0RA 2P9NA 1TUYA 4BQZA 3IUCA 3A5OC 3A8YA 2GUPA 1R59O 1EQYA 4FOIA 5AQRA 3ZEUB 4B1UB 5BRFA 2NLXA 4FWSA 3WXLA 4BRFA 2PBDA 3AAPA 4BRQA 1RFQA 4A2BA 3IFRA 1ZC6A 4JHDB 1JCGA 1NGGA 3SMSA 3VPZA 1GLFO 1T6DA 4BRKA 1BG3A 3ID8A 3W0LA 5AQIA 3VEOA 1JCEA 3R8EA 1BDGA 2P9PA 3MK6A 4CZGA 2IVNA 4BRIA 4IWVA 2Q36A 3C0BA 5AQTA 1NLVA 3G25A 2BUPA 3QMLA 5AQJA 4BVPA 3VOVA 3O80A 4BQLA 4AM7A 3AARA 4F9OA 3GL1A 1K8KB 3O1BA 3BEXA 3LDPA 3JXUA 3SMPA 5AQGA 5AQWA 4DB3A 2Q31A 3WXKA 3LDLA 3FGUA 4H0VB 4CD3A 3H3OB 4IJAA 3ZEUA 1ESVA 1E4FT 3QB0A 5KQDA 5FPDA 2A41A 3FFKB 3MN7A 4BC5A 4JHDA 3ULEB 1BOTO 5JICA 2GELA 3VEZA 1H1VA 4B1YB 4CBWA 2IVPA 2UYTA 4FWRA 4BRAA 2ITMA 3R6MA 1J6ZA 4IXCA 2YJFA 4BRCA 5BR9A 2HMPA 4B9QA 5KPZA 5BPMA 5AZIB 1BUPA 3KHYA 3WQTA 1MWKA 4CZMA 2YHWA 4BG8A 1NWKA 2YCHA 3QBWA 1KAYA 3O5BA 1V4TA 4H0XB 2F9WA 3QDKA 3UKRB 5AQLA 5AFUA 1K8KA 2GWJA 2V7YA 3CETA 1SQKA 1RDWX 1TYQB 4WQ4C 1RGIA 2V7ZA 5TKYA 2QWMA 4BGAA 2QWLA 2QWOA 2ZGYA 1U6ZA 4O8KA 1IJJA 4CZEA 3VGKA 4MLHA 3HTVA 4FWKA 3H1QA 3UKUA 2PAVA 4K43A 2D4WA 2CGLA 2E2NA 3VEXA 4BROA 3LM9A 3CQYA 3IDHA 3M6GA 1HUXA 2IIRA 3L4IA 2VCPA 4YDUC 3H45C 3ULEA 3TU5A 3U9ZA 2ZF5O 3VESA 3DJCA 4DQ8A 4EHTA 4O5FA 4IJNA 4BC3A 1D4XA 3C7NA 4MLEA 2E20A 2D1KA 4I6MA 5B8HA 2QWNA 1HLUA 2CGKA 3I8BA 4H03B 5AZIA 3ZX2A 2CGJA 3J8AA 2YHYA 3DWLA 4H5TA 3U9DA 2CH6A 4YDUA 3VERA 3EL2A 3UKRA 3AAQA 2CH5A 2Q0UA 4H0PA 3SLCA 4EAHD 1TYQA 3VGMA 4H5RA 4JD2B 2WUSA 1BU6O 5BRHA 1XQSC 3H46O 1MDUB 4MO4A 5EVZA 3ZX0A 4BR9A 4RWTA 3P4IA 5AQVA 5I9EB 1NGCA 1P8ZA 3B8AX 1WOQA 5FPNA 4FPBA 3O6WA 2QM1A 4FL9A 2J4RA 2VWBA 4BC4A 1HX1A 3CJ1A 3M1FA 4BRMA 5JLHA 5AQSA 1GLAG 4QS8A 3CJ7A 1NGAA 5F1XA 4BR4A 3M3ZA 3MDQA 4BRGA 1KAXA 1QQOA 1T6CA 3DXKB 2V51B 3ATUA 2QXLA 1QQMA 5KPRA 3WXIA 3CJAA 3ENHA 2A3ZA 3HBTA 3LDOA 3MN6A 3LDQA 3OHRA 5EX5A 1NGJA 5AQFA 4XEIA 1Z6RA 4NO7A 4CZLA 3EKSA 4BREA 2FF6A 3F9MA 1DGKN 3QFUA 2P9KB 2BTFA 1YUWA 4JNEA 4HWIA 3DAWA 4JD2A 1GLCG 3HI0A 3ENOA 4CZHA 3FE1A 3ZETB 4H5NA 5BREA 4Z94A 2KHOA 1NGDA 4BR5A 3UB5A 1Q18A 4C23A 4BG9A 4A2AA 4J8FA 2QWPA 3FZHA 2V52B 2HF3A 4BR2A 2W41A 3O1WA 4FPAA 1DKGD 1QZ5A 3QICA 4GNIA 3O4WA 3W3DA 1XUPO 3CIPA 1E4GT 4ISEA 2FSKA 3GE1A 4Y0WA 3DXKA 2A40A 5AQUA 2FF3B 2QW9A 4ISGA 5KPTA 5AQYA 2NZTA 3WEEB 4LC9B 1NMDA 3CHWA 4H0OA 1ZXOA 2A6AA 3EKUA 3QFPA 4CZIA 5LJWA 4FWLA 2W40A 2FXUA 2P9KA 1NGIA 2QWRA 2A5XA 5AZJB 3SJHA 2P9IB 3UE5A 5EY4A 2E1ZA 1SZ2A 3MN9A 3ZETA 1JCFA 4BRPA 2H3GX 1GLBG 5F2RA 5ADXH 3CI5A 4E1JA 3BF1A 4K42A 4BC2A 4NB4A 4BGBA 1NM1A 3FLCO 1HPMA 2EWSA 4QS7A 4RCHA 4M7XA 2HF4A 1ATNA 4BRHA 3DXMB 4EFHA 3MN5A 3VEWA 4BR7A 1X3MA 4JN4A 1HKBA 1NBWA 4A62A 4FWNA 3EN9A 1HKCA 2GEMA 2HOEA 2E1YA 5LJVA 4M7YA 1S22A 3WEEA 1BWFO 5EOYA 5BN8A 1LCUA 4B1VA 1Z05A 3SK3A 2F9TA 4CD1A 4EIAA 2P9SB 3FZMA 3FZKA 4WQ5C 4H0TB 1KXPA 2I7NA 2E2PA 2FSNA 4IZ9A 3TPQA 2P9IA 3VENA 1LOTB 2P9UB 5AZJA 3MCPA 1HJOA 4FWQA 1YXQA 1KAZA 2IVOA 4XH5A 3VF6A 4PL7A 2E8AA 4XH4A 5KQ8A 2NRHA 2Q1NA 3L0QA 2YI1A 3WXJA 3FZLA 4BRDA 5E26A 3A5NC 3FZFA 5AQPA 4WQ5A 1YAGA 1C0FA 1CZAN 4B1XB 4BRLA 3S41A 3DXMA 3LL3A 4PKHA 5AQQA 3WUHA 3MMVA 3ATVA 3D2FB 4CI6A 1SAZA 4IO8A 3WQUA 3GG4A 1NGBA 4H5VA 4EHUA 4K25A 2ASPA 2GTDA 4PL8A 4CZJA 4A61A 3HSCA 5JLFA 4CBUA 2YJEA 5AR0A 5AQHA 4BR0A 3HM8A 4AM6A 5FPEA 2P9SA 2AA4A 5EXWA 5BRDA 3VEYA 3A5LC 1HKGA 1ATSA 3BUZB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OPKA 2FLOA 3A5MC 4KV8A 3O8MA 4RTFD 1EWRA 1MWMA 1OKJA 3NGZA 4PUOA 1YVNA 3AVKA 4BECA 3OBWA 1XC3A 3N4QA 1BCOA 3DYAA 1OVYA 3IMXA 4CECA 3CCJN 3SV3A 3CJ9A 1KLMA 4FZZA 3KIOA 2E2OA 3HP6A 1YITN 3S5TA 3LP3A 5AQNA 2YHBA 1Q81O 5J2QA 1U4BA 4BE7B 2Z1HA 4CGFA 5FPMA 1IBKK 2O8DA 1G99A 3DMJA 3O9TA 3ENBA 2D5RA 3KVGA 3D7EO 3OTOK 1NGFA 5DMRA 4CZKA 4XH1A 4DFJA 1FXXA 4PQUA 4R5PA 2NRWA 4I6MB 3HVRA 2G8WA 4B3TK 3P83D 1V4SA 1QHAA 1T44A 4NXNK 4CF8A 4LF9K 3VETA 1VHXA 4E7KA 1TK0A 4PKGA 2P9LB 1HR0K 2PZSA 2O8EB 4JI4K 3AVHA 3CQXA 4BVOA 4V19S 4OPJA 5BPLA 4MO5A 2ASOA 1C0GA 1U49A 2GV9A 3AO4A 1S9EA 1VSLA 4WF9L 5AQZA 1N32K 1ZBUA 1Y64A 4NYNA 3VF2A 2OCEA 1L3SA 1U2VA 3BY5A 5HRPA 3RMCA 5KI6A 1ATRA 3AVCA 2NRZA 4IOXA 2ZJQL 5M1QA 4FSVA 4M45A 2KTQA 1M1KO 5AFUH 3SI6A 2ZWHA 1HMVA 3LP1A 3QO9A 3U4LA 4DSJA 3L2RA 4FJ5A 1NJXA 2D0OA 1TVRA 3AVGA 3H3NO 3L6QA 3HO1A 1QQNA 4H0YB 4LD0A 3L2WA 2NRVA 4FK0A 5AQOA 1S3XA 4JAXA 4FM1A 1YVUA 3A5OC 1HYVA 1R59O 3OJSA 2O8CB 4FOIA 5BRFA 1LAWA 3AAPA 1RFQA 4KHSA 3TARA 3SMSA 1FK9A 1BG3A 3ID8A 4NXMK 3VEOA 3NH2A 4DR2K 2P9PA 3MK6A 5JS1A 4BRIA 2Q36A 4I9LA 2VG7A 3T1HK 4WFAL 2BUPA 4JKAA 1RT5A 5AQJA 3OYJA 1QSYA 2VWKA 4AM7A 1XHXA 3RR8A 2IC3A 1S9GA 2RE2A 3SMPA 2ZQBA 5AQWA 1NG9A 1XWLA 4HCCA 3VQ9A 3TABA 1ESVA 1E4FT 4E0DA 3A2FA 1QVFM 4B8CA 2RHKA 3CCMN 1RBTA 3FFKB 4YOXA 1RBVA 4BC5A 4JHDA 1JJ2M 3ULEB 1BOTO 2GELA 1H1VA 3WNGA 3KLGA 3DRRA 3OVNA 2UYTA 2FBYA 3OYKA 5K14A 4BRAA 4FJJA 2UXDK 3R6MA 4LF5K 3G6EN 3CPEA 2B5JA 3KK3A 4KHWA 5BPMA 3VQDA 2NUBA 3PUFA 1MWKA 4CZMA 3SQ0A 4CF9A 4M3RA 3MWPA 2JGUA 1T8EA 1NWKA 4JEPA 1NJZA 2O8FA 3OYFA 3KK1A 2OPSA 5C24A 4X62K 3SCXA 3MECA 5DK5A 1RGIA 5TKYA 4BGAA 2QWLA 1O1WA 4CZEA 2G8FA 1KVBA 4MLHA 1T7PA 3H1QA 4DG1A 1TKXA 4BACA 2C1IA 2CGLA 4KTQA 3VEXA 3ALYA 3NBPA 4CGGA 3ZCMA 3PSFA 3CQYA 3LP0A 3K9KA 3SPZA 4KTWA 4HVJA 3H45C 3CCEN 3U9ZA 2YNHA 4RW9A 2HHIA 2QA4N 4O5FA 4E72A 1CZ9A 1D4XA 4JKHA 4FJ8A 4IFEA 4YY3K 2FBXA 1CZBA 1VSKA 4CJ5A 3I8BA 3CM6A 3SPYA 4JS4A 3EYZA 1C0MA 2CH6A 3AAQA 4H0PA 2VQFK 3TAPA 1TYQA 1KD1O 5BRHA 1XQSC 1RDDA 3H46O 3HK2A 4BR9A 4C8MA 2ATQA 1VSIA 4H8KA 2G8VA 3CFOA 3VMFB 5A2QO 1HRHA 4J2EA 3PX0A 1VSMA 5JLHA 3RMBA 3CCUN 3AO2A 3NAEA 5F1XA 5JVHL 3MDQA 2F8TA 3V9UA 3CMEN 3CJAA 3TI0A 5TKWA 3LDOA 3OHRA 5EX5A 1NGJA 5AQFA 1TAQA 3OS0A 2NRXA 1VSFA 4CZLA 4BREA 2FF6A 3QFUA 3V9WA 3TTFA 4QCLA 2BTFA 5HRSA 3F9KA 3SQ2A 4OVLA 3C94A 2KFZA 3OYDA 4A5AA 3O4QA 1X9WA 4KRFA 4FJNA 1NGDA 1J54A 4CHOA 4A2AA 4XJXA 1N36K 2V52B 4TSXA 3M8SA 4UY8O 2W41A 4BDPA 3O1WA 1S1VA 4FPAA 1QZ5A 3E01A 3QICA 1JKHA 4FCYA 1D9DA 3OY9A 3W3DA 1XUPO 3CIPA 5AQUA 3DLLL 4DV7K 4RG8A 5AQYA 1CXQA 1WB9A 1JLAA 3WEEB 4JYAK 4YHHK 3K5NA 2OZSA 1ZXOA 2A6AA 3K5MA 3NMUA 3THXB 3PLAA 1ITGA 3NF9A 3LZJA 2W40A 2P9KA 3ZSQA 4E89A 5T7BA 2P9IB 5EY4A 2Z1GA 4DU3A 3VA0A 1SZ2A 1JCFA 4OKJA 4BRPA 5F2RA 1BL3A 4E1JA 4MDBA 4NB4A 4JI6K 3K9JA 1U47A 4CK1A 3PIPL 4M3ZA 3I8DA 1HPMA 4CJPA 3WXMB 3DXMB 1E3MA 4ELUA 4BR7A 3ZSWA 4KI6A 5HRRA 4FVMA 4A62A 4FWNA 4DTPA 4AHCA 3DLKA 2KZZA 4M7YA 1L3TA 1RBRA 3ZT0A 4B1VA 4DUYK 3SK3A 4EIAA 3EE9A 1RTDA 3FZMA 4GKKK 3FZKA 4H0TB 4E7LA 4B9NA 1A5WA 1K9MO 5DM6L 1VQPN 1KXPA 4IZ9A 3TPQA 4MQ3A 1RBSA 4G1QA 1LOTB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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