4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
3AAQA 5AQGA 5AQFA 5AQUA 3UKUA 3GDQA 4BRCA 2E2QA 5AZIA 3UB5A 3FZFA 1Y64A 1QZ6A 2E1YA 3UKRB 4H0YB 4BGAA 5EVZA 3VGMA 3AARA 4BQZA 5JMVA 3G25A 4H0XB 4FL9A 3O5BA 3SJHA 2GELA 3SMSA 4DHYA 4H0TB 5KPRA 5F2RA 3WT0A 5JLFA 3CJCA 3H6EA 2ASOA 2NLXA 4RTFD 1NM1A 3VF4A 1BA0A 4ISEA 3GE1A 4GNIA 1YUWA 1BO5O 4AM7A 4FWKA 3HM8A 2IVNA 3J8AA 5F0XA 1KAYA 4PKIA 5KQDA 4E1JA 3ZETB 1HKBA 3FZHA 5E84A 5BRHA 1TUUA 2D1KA 4IO8A 4H5VA 4B1YB 4BRNA 1BWFO 4FSVA 1HKGA 2I7NA 4GY2B 4H5WA 4B1VA 3HTVA 4BC5A 3HI0A 2E2NA 5EX5A 4BRDA 3DAWA 4FWNA 3R8EA 3EKSA 3O6WA 4CZHA 3GBTA 3FR0A 4H5RA 1ATSA 2Q36A 5AQWA 2CH5A 3DXKA 5AQIA 4RCHA 2P9SA 3IMXA 3ZX3A 2FF6A 4FOIA 4C23A 2QM1A 4L3QA 5KPTA 3QDKA 1J6ZA 1LOTB 2IVOA 1E4GT 2V51B 4BREA 3KZBA 3VOVA 4JHDA 2PBDA 5AQHA 4NB4A 2GTDA 1BG3A 3ATVA 1MWKA 4DCHA 3VEZA 4Y0WA 4I6MA 1T44A 3EZWA 3M1FA 5JICA 4WQ4C 3FE1A 2HF3A 4MO4A 2FF3B 4FWSA 3WQTA 1SQKA 1KAZA 4B1ZA 2QW9A 3W0LA 3FLCO 4RWTA 2QWNA 3KVGA 5TKYA 4XH5A 1DGKN 2DPNA 4B1UB 4EIAA 2P9LA 4CZKA 1XQSC 4BRKA 2V7YA 3DJCA 3QFPA 5AQNA 2QWMA 2OANA 4M63C 1NWKA 3EKUA 1G99A 4BRLA 1SAZA 4CZJA 1XUPO 1LCUA 3MCPA 1T6DA 2H3GX 3KHYA 1V4TA 5AQMA 3R9PA 4EHTA 3IDHA 3WEEB 3CETA 3L0QA 2GUPA 2FSJA 5F1XA 5AQTA 3ULEA 5FPNA 2IVPA 4BRQA 2PAVA 4CJ7A 3C7NA 2P9PA 3CJ9A 1GLLO 1U6ZA 3O80A 1P8ZA 2FSKA 4KBOA 3VENA 4BRAA 2YHWA 4JHDB 1DKGD 2CH6A 1GLJO 3GL1A 3ZX2A 2CGLA 1JCFA 4H5TA 1CZAN 2ZF5O 3I33A 2IIRA 3VETA 1HLUA 4WYBA 2P9UA 2F9TA 3U9DA 1WOQA 3ENHA 4H5NA 5AQLA 3ZEUB 3WXLA 3QMLA 3A5MC 3UE5A 2AP1A 3FZLA 2CGJA 3D2EA 3MN6A 5BPNA 5AQVA 5BPLA 1NGBA 3S41A 4BRGA 4IWVA 3MMVA 2E2OA 3DXMB 1NGFA 4HWIA 2A5XA 2WUSA 3SMPA 1V4SA 2Q31A 2ZWHA 3HSCA 3BF3A 2FSNA 5AQRA 1D4XA 4CI6A 5I9EB 4PL7A 4BVPA 3H46O 1HKCA 4CBWA 5FPMA 2CGKA 2GWJA 5ELZA 1YVNA 4MLEA 5AR0A 2A42A 5CE3A 5AFUA 2ASMA 4IJNA 5E26A 4CD3A 5FPDA 3LDNA 1NGAA 3ULEB 1Q18A 1MA9B 3FZKA 4BR0A 4CBXA 3A8YA 3B8AX 1ZC6A 3L4IA 3WUHA 4BC4A 2QWLA 1JCEA 1NGJA 1TYQB 1HPMA 1HX1A 3A5NC 4F9OA 5LJVA 5AZJB 5EXWA 1NGEA 4CZFA 2P9NA 4YDUA 4WQ5A 4BG8A 4B1WB 5AQYA 4B9QA 4BVOA 3UKUB 3OHRA 2E88A 4CZGA 5B8HA 5BRDA 5ADXH 1E4FT 1R59O 5AZIB 2P9UB 1T6CA 1U2VA 2Q0UA 4XEIA 2VWBA 3VESA 2Q1NA 4CBUA 3FGUA 2ITMA 2P9IA 4FOEA 4IJAA 4ISGA 1RGIA 5AQSA 2FLOA 2W40A 2A3ZA 1GLEG 1GLDG 1QQOA 1WUAA 3D2EB 2UYTA 4QS9A 1DEJA 1JCGA 3D7EO 1Z6RA 3H1QA 4NO7A 5BREA 2P9KA 4HTLA 3LM2A 3F9MA 3BF1A 4BRHA 2ZGYA 5BR9A 1SZ2A 4FWQA 3RSEA 1MWMA 3VEWA 2A41A 5BN9A 3A5OC 3MN9A 1QHAA 3HBTA 4A2AA 2D0PA 4DQ8A 2E8AA 3U4LA 3LDQA 3UKRA 4XH4A 3O8MA 1X3NA 3O4WA 4BC3A 3BP8A 3WXIA 3WXJA 1GLAG 3TU5A 2V52B 3DXKB 2VYPA 4QS7A 2P9SB 1X9JA 2FXUA 1ATRA 3H3OB 2P9NB 2ASPA 4IXCA 1H1VA 4IZ9A 3QFUA 3EN9A 1KAXA 3JS6A 4JD2A 5AQKA 2EWSA 4FWPA 4J8FA 4CZIA 3O08A 1KXPA 3ZETA 3ATUA 4Z94A 3LL3A 4JN4A 1IJJA 1QZ5A 3L6QA 3VEVA 3WXKA 3VF6A 2P9IB 4BGBA 1NGHA 3BUZB 4EFHA 3DWLA 3GG4A 4FWRA 4FWMA 4MLHA 1TUYA 3CJAA 4I6MB 1ESVA 3ZX0A 1IG8A 3CJ7A 4MO5A 4H03B 3SLCA 4A62A 4PKHA 4QS8A 2E1ZA 4B1XB 4M7YA 4CZLA 1MDUB 2Q97A 2NRHA 4YDUC 1NGCA 4H0OA 4WQ5C 5AQZA 3O1BA 2P9LB 2VCPA 4K25A 3VPZA 4CD1A 3LDPA 2GEMA 4BC2A 3M6GA 4FPAA 4PL8A 1Z05A 4BQLA 5BN8A 1K8KA 4H0VB 3MN5A 3MDQA 4PKGA 3LM9A 5EOYA 5KQ8A 1HJOA 1NBWA 1NGGA 5AQOA 4M7XA 3CQYA 4BRMA 4BR4A 2HMPA 5LY3A 2AA4A 3QB0A 5KPZA 3C7NB 1ATNA 2P9PB 4BRFA 4JD2B 3VERA 3A0IX 3U8XA 1BU6O 4EAHD 2QWQA 3VF2A 4BRIA 2YI1A 4DB3A 4O5FA 1OKJA 2QWRA 2YJEA 2ZGZA 1ZBSA 1NLVA 1YAGA 3SK3A 2KHOA 3R6MA 1BOTO 2YJFA 3H45C 5AQPA 3VGKA 3A5LC 1GLFO 1S3XA 1GLCG 1QQMA 2F9WA 2NZTA 3CIPA 3FZMA 4FWLA 3WQUA 4CZMA 4O8KA 1QQNA 5AQJA 3WEEA 3H3NO 2Q0RA 2HOEA 1S22A 3EO3A 3LDLA 5LJWA 3C0BA 3BEXA 4FWOA 4EHUA 3FFKB 3AAPA 2A40A 5JLHA 5AQXA 5BRFA 4H0PA 3QBWA 3P4IA 4JNEA 2QXLA 1K8KB 4BG9A 2D4WA 3TPQA 3CERA 4ISFA 3D2FA 4XH1A 2BUPA 4FO0A 2GWKA 4CZEA 4FPBA 3MK6A 4BR9A 3CHWA 1NGIA 4A61A 4LC9B 1C0GA 4JAXA 2A6AA 5BPMA 2Q2RA 1BDGA 3CJ1A 3GOIA 5ADXA 5EY4A 4BR7A 3ZEUA 1BA1A 3ID8A 3QBXA 1XC3A 2E2PA 1ZXOA 2E20A 3CI5A 4K43A 2QWPA 3I8BA 1YXQA 4K41A 1NMDA 1RFQA 3DXMA 2D0OA 3VGLA 1RDWX 2YHYA 3QICA 4BR2A 2YHXA 2YCHA 3U9ZA 1U2VB 2I7PA 2BTFA 2J4RA 3W3DA 4AM6A 1C0FA 1GLBG 3JXUA 3EL2A 3IFRA 4BROA 2QWOA 3CJBA 4BR5A 1HUXA 1X3MA 4WQ4A 1BUPA 3AY9A 3LDOA 2V7ZA 1EQYA 2P9KB 3O1WA 3H1VX 3MN7A 1TYQA 2HF4A 4A2BA 3IUCA 2W41A 3M3ZA 4K42A 1NGDA 4BRPA 5AZJA 5AFUH 3VEXA 5FPEA 3RSEB 3CQXA 5AQQA 3VEOA 3ENOA 3VEYA 3D2FB 3HZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D5RA 1JLCA 1VQ4N 4E7KA 3HP6A 4RG8A 3SNNA 3K58A 3HK2A 5AZIA 3UB5A 4KH5A 1QZ6A 3SQ0A 3OS0A 3CFPA 5FDLA 3SJHA 4H0TB 1KVCA 4M3RA 3V9UA 3PX4A 4K8ZA 3WT0A 5JLFA 4FZYA 1VRUA 4C1NK 3H6EA 2ASOA 2NLXA 3K59A 1M1KO 1BA0A 4ISEA 1KCFA 3CPWM 4GNIA 3NGYA 3B6PA 1I3AA 4FWKA 4A59A 3TSQA 1XMQK 5KQDA 1UA1A 3FZHA 4I9LA 5BRHA 2D1KA 5GAEP 4H5VA 4B1YB 4FSVA 1VAZA 2I7NA 3BDPA 4C8LA 1C0MA 4A5AA 2O8FB 5C15A 1K73O 4CESA 3RTVA 2BGGA 5M1OA 3O6WA 3GBTA 1IH7A 3FR0A 5M1PA 1ATSA 4BWMA 4RCHA 3ZX3A 3AO2A 3LP3A 3LAKA 1QTMA 1J6ZA 1LOTB 3NGZA 2IVOA 3O4NA 3KZBA 1L3TA 4FCYA 3T69A 4H4MA 3DLRA 5DK5A 4X66K 1O1WA 3AV9A 3HVRA 1KRPA 4WFNL 2QKKA 4Y0WA 4DF4A 5K14A 3V9SA 4DLGA 2X6SA 4N76A 3KD1E 2HF3A 4MO4A 3V9ZA 4KI6A 1SL1A 4K8XA 1KFSA 2PZSA 3CCQN 3FLCO 2OCEA 4KHPK 3KVGA 3HYFA 1DGKN 4CZKA 3HP9A 3QFPA 2F8SA 4CW7B 4RW7A 1RT1A 3EKUA 3THXB 4B9UA 4BDPA 1VSLA 1SAZA 4LY7A 1LCUA 4LSNA 2R7YA 3HM9A 3M8PA 2IOCA 3BZKA 3IDHA 3LPUA 1SV5A 3ULEA 5JVHL 2IVPA 1TK5A 2FC0A 3PX0A 3C7NA 3CJ9A 1KTQA 5LL6Z 3F73A 2FSKA 3NH2A 3L2WA 4PUOA 2YHWA 3CYMA 5HOOA 3HVTA 2UUBK 1DT9A 1FJGK 3NFAA 4L8RB 4HVJA 3I33A 1HLUA 4YORA 2ZE2A 3P38A 2F9TA 1IKWA 3ENBA 5CR4A 2OZSA 3M8SA 3WXLA 3QMLA 1Q82O 4CEFA 4FJIA 3P31A 4DV3K 3D2EA 5GIOA 1VQ5N 1RTIA 1K9MO 1BI4A 4JRQA 1NGBA 3S41A 4CHYA 2E2OA 3DXMB 3AVAA 2FSNA 5AQRA 3VN5A 1D4XA 3NH0A 4PL7A 3I55N 3H46O 3OYLA 5FPMA 4IFVA 5AR0A 5CE3A 5AFUA 1NK5A 1NG9A 3AVKA 4YOWA 3VQ4A 1VQ8N 1MA9B 4KREA 4DWIA 5IWAK 3A8YA 1ZC6A 3L4IA 3WUHA 4BC4A 4YFUA 3S9HA 4OGCA 1JCEA 1HX1A 3A5NC 4FJNA 2P9NA 1NK7A 4O0IA 4BG8A 1WSFA 3OHRA 3P5JA 3O3FA 2G8VA 5AZIB 1T6CA 1U2VA 3M5RA 4Z4IA 2W6KA 3K57A 2Q1NA 4FLZA 4OX9K 4AHTA 4IJAA 4ISGA 4LF7K 2W40A 4B3SK 1QQOA 3SUQA 1HNXK 2GV9A 4M45A 5J2PA 3D7EO 3DLEA 2HHHK 4CJLA 4N47A 1C1BA 4NO7A 3CG7A 4HTLA 1NJZA 3SAHA 3LM2A 3F9MA 1NMNA 4Z4CA 5BR9A 5JVGL 4FWQA 4FVMA 3CFRA 4HHTA 2OYQA 4OVLA 1MWMA 2A41A 3MWTA 3A5OC 2E6MA 4A2AA 4WFBL 4E3SA 1GOAA 3UKRA 4XH4A 3O4WA 1ZBLA 3WNHA 2HHXA 4GW6A 3WXIA 3D0PA 4JKGB 3WXJA 3TU5A 1S1UA 3CCVN 5C24A 4N41A 4IO9L 4GKKK 2FXUA 1REVA 4DV0K 3SYZA 2HHWA 2O8CA 3N4PA 4IXCA 4CEEA 1KAXA 3JS6A 2ZM6K 4E0DA 4M3XA 4M3TA 5HRPA 4FWPA 3QEPA 3NMUA 4J8FA 3C6UA 3O08A 4CZIA 4JN4A 1QZ5A 1KVBA 3RMCA 1I94K 4AHVA 4J2AA 3WXKA 1L5UA 4FK4A 5JENA 4CJUA 4DTOA 3BUZB 4JI7K 4CJPA 1K6YA 4FWRA 4BE7B 4FWMA 3TI0A 1D9FA 1RDAA 1ESVA 3OVNA 3VTHA 4Z4FA 4A62A 4QS8A 4LF6K 2E4LA 1MDUB 2Z1JA 4FM1A 1O13A 3SPZA 5CZ1A 2HHQA 4KFBA 3LZJA 4K25A 3VPZA 3J80O 2GEMA 4M3YA 4BC2A 3AVLA 3TANA 5FRNA 5BN8A 2A1SA 4CIFA 5IT9O 2ATQA 1U47A 3O4QA 2EHGA 4WE1A 2IDOA 4JI5K 5KQ8A 1HJOA 4FM2A 4M3ZA 5M1NA 1WSJA 1DLOA 3KTQA 2AA4A 3QB0A 3C7NB 4FLUA 4BRFA 4CGIA 3U8XA 1BISA 2QWQA 3C6AA 4DB3A 4BWJA 1KFDA 4DLEA 1LW0A 3SK3A 3O3HA 4DUZK 1BOTO 5AQPA 1GLFO 1N32K 1S3XA 4CZMA 2KQ2A 3WQUA 3CC2N 1IKVA 3AO1A 5AQJA 4KH4A 1VSKA 1ILYA 3KK2A 5A2QO 3EO3A 3LALA 5LJWA 3C0BA 3BEXA 4FWOA 1LAVA 1BI4B 1G15A 1S1TA 3AAPA 4DV2K 2A40A 5JLHA 4H0PA 3NH1A 1IG9A 3V1OA 2YNFA 1RTDA 1HNIA 2GWKA 1OH6A 4B3MK 3SAGA 2HHUA 1C0GA 3SCXA 2Q2RA 4DSIA 1BDGA 4X64K 4AILC 4BR7A 1WBBA 3PV8A 4NXMK 2VG7A 3VQ5A 4DU1A 3RWUA 3V81A 4FLTA 3I8BA 3K2PA 1T3VA 1RFQA 3VQBA 4B9MA 1OH8A 3KWGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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