The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 K; 3JAM O; 4LFA K; 4DR2 K; 2UXC K; 2VQE K; 1FJG K; 4NXN K; 4X64 K; 4JI8 K; 5BR8 K; 3J80 O; 1HNX K; 4LFC K; 4YY3 K; 4DUZ K; 4X66 K; 1XNQ K; 4LF9 K; 2HHH K; 4DV4 K; 1XNR K; 5IT9 O; 1HNW K; 5LL6 Z; 2UUB K; 5FLX O; 4JV5 K; 4GKJ K; 2UUC K; 4DR5 K; 2UXB K; 4DV1 K; 4DUY K; 5AJ3 K; 4DV7 K; 4CVN E; 5IWA K; 4DR1 K; 4JI6 K; 5LMN K; 1XMO K; 5A2Q O; 4LFB K; 4DV3 K; 4DV6 K; 2E5L K; 2UUA K; 4B3T K; 4JI2 K; 4B3M K; 4JYA K; 4DV5 K; 4LF6 K; 4LF7 K; 4LF4 K; 2UXD K; 4DV0 K; 4DR6 K; 4LF5 K; 1HNZ K; 1IBM K; 4JI3 K; 4JI7 K; 3T1Y K; 4JI0 K; 3J7Y P; 4NXM K; 2VQF K; 4AQY K; 4DR4 K; 4X65 K; 1N34 K; 4JI1 K; 4KHP K; 4JI5 K; 4DR3 K; 5LMU K; 1N33 K; 4LF8 K; 3J81 O; 1I94 K; 4CW7 B; 4JI4 K; 1N36 K; 4B3S K; 1XMQ K; 4V19 S; 2ZM6 K; 4YHH K; 4OX9 K; 1IBK K; 4X62 K; 3OTO K; 1N32 K; 3J7A P; 1IBL K; 1J5E K; 4GKK K; 4DR7 K; 2F4V K; 4K0K K; 3T1H K; 2UU9 K; 4B3R K; 1HR0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BRF A; 2VG6 A; 1KXP A; 3OYE A; 3KK2 A; 3P1G A; 4C1N K; 4QCL A; 3F5T A; 2UXC K; 5AQQ A; 3DWL A; 1BG3 A; 2Y1I A; 2RPI A; 2B6A A; 5BRE A; 1LWE A; 5BR8 K; 1I3A A; 2B4J A; 3ISN C; 2Q3S A; 4M3R A; 2WUS A; 4JD2 A; 2W40 A; 4B1Z A; 3AVL A; 5M1F A; 2FXU A; 3KZB A; 2QM1 A; 4KH4 A; 1NK9 A; 3OJU A; 1KVC A; 4KTQ A; 2UUB K; 1S1T A; 2FBV A; 5AZI A; 2F7T A; 1VQ5 N; 2O8C A; 1EWR A; 1HKC A; 5J2N A; 2G8K A; 1DEJ A; 3HBT A; 5AJ3 K; 4FWL A; 1QS4 A; 4JI6 K; 4B1V A; 2Z1G A; 3LAL A; 4BDZ A; 3M6G A; 3M8P A; 4BG8 A; 4DV3 K; 3DOK A; 1HYV A; 3GE1 A; 4DV6 K; 2HVI A; 1W0H A; 1NK0 A; 3AGR A; 3DLR A; 1NGF A; 3ZCM A; 3ATU A; 4DV5 K; 3CCV N; 2OTL N; 2QEX N; 2QKK A; 3NVM A; 1NKB A; 4FLV A; 1RDB A; 1SL0 A; 4M3Y A; 4JD2 B; 4LF5 K; 1RT6 A; 3O6W A; 2CH5 A; 3VA0 A; 3C6U A; 4A5B A; 1M1K O; 4Q5V A; 1VRT A; 3LP2 A; 3PIP L; 1TYQ A; 3KVG A; 3DLB A; 4LY7 A; 1IO2 A; 5AZI B; 1KAZ A; 1IKV A; 3FZL A; 2O8C B; 4C23 A; 2NRV A; 4H03 B; 5TKY A; 3TAE A; 1JLQ A; 4FPA A; 3L2V A; 2E88 A; 5BRF A; 4K8Z A; 4RW8 A; 3G10 A; 1JKH A; 3KLH A; 3QBW A; 3TAN A; 1TKZ A; 3C6A A; 5I9E B; 4OLB A; 4L3Q A; 2P9K B; 4CGJ A; 2JWK A; 4FVU A; 3O3H A; 4CFC A; 1KSP A; 3NFA A; 1VQ6 N; 2Z1J A; 1GLD G; 2QWR A; 3V1O A; 3VEW A; 4W5N A; 3OYN A; 4BRH A; 2I7N A; 2HB5 A; 1HKG A; 1EO1 A; 1VQO N; 4DFK A; 4DR2 K; 2IDO A; 4BC3 A; 4JRP A; 4IDH A; 3W0L A; 2A41 A; 4BRD A; 4YOV A; 1TYQ B; 3AVI A; 3SQ4 A; 4GNI A; 3I0S A; 4NB4 A; 3FFI A; 3CQY A; 4CJP A; 5IT9 O; 1JL1 A; 3PSF A; 5GAH P; 1YJN N; 1HNW K; 2VYP A; 4W5T A; 3QNO A; 2Z1H A; 4N47 A; 4DFJ A; 5K14 A; 3CC2 N; 3ULE A; 1ASU A; 5CY4 A; 3KD1 E; 1CZB A; 3E9O A; 4FLZ A; 1X1P A; 4BR7 A; 5IWA K; 4FWS A; 3S3N A; 3LZI A; 4DSK A; 2GEL A; 4IBN A; 3NDK A; 3CET A; 4CJU A; 4IJN A; 2XY8 A; 2YCH A; 3EE8 A; 2AA4 A; 4G9Z A; 2QWQ A; 3OYH A; 1NGI A; 3VQ6 A; 4PKG A; 3SUO A; 1U49 A; 4FK0 A; 3K59 A; 4C8L A; 3M8Q A; 3THW A; 3Q7C A; 1R0A A; 1G15 A; 5AQU A; 3LDN A; 3KK3 A; 1HNZ K; 5CZ1 A; 4JI7 K; 4NCA A; 4BWM A; 1B92 A; 1NM1 A; 1JCE A; 4JLH A; 4B9Q A; 3AO3 A; 1L3T A; 2I7P A; 3QML A; 1NJW A; 4FO0 A; 3HM9 A; 1RIL A; 3AA2 A; 3OW2 M; 4DSF A; 3RSE A; 4PKI A; 4E0D A; 2QKB A; 1NJI O; 5JIC A; 1DT9 A; 2XO7 A; 4JI4 K; 2P9I A; 4J8F A; 3VOV A; 1BUP A; 3KK1 A; 2O4G A; 4FK4 A; 4YHH K; 3AGK A; 1C0U A; 2CGL A; 3AVF A; 4CZL A; 3VMF B; 1TL1 A; 2GUP A; 3J7A P; 5AQJ A; 3H1Q A; 3R6M A; 4GKK K; 4DR7 K; 4W5O A; 1BL3 A; 3T7Z A; 1NMN A; 3QB0 A; 3A0I X; 3ZSW A; 2W42 A; 3F73 A; 4K0K K; 3CCU N; 2P9S A; 3T1H K; 1KC8 O; 2VCP A; 4J2D A; 3BY5 A; 3CFO A; 2NRH A; 4K41 A; 4DHY A; 2BH1 A; 3THW B; 2IAJ A; 4IDK A; 4DKW A; 4U67 L; 1O13 A; 3O3F A; 1J6Z A; 3CXC M; 4FLU A; 2KZM A; 3WNE A; 5MLC Q; 4FJ7 A; 2G8U A; 4OPJ A; 3RSE B; 4MLH A; 4CIG A; 4ISF A; 1YJ9 N; 4LF9 K; 3ID8 A; 4ELT A; 1YVU A; 1UA0 A; 1S6P A; 2P9I B; 1WBD A; 3AVK A; 2JWL A; 5DMR A; 3VF4 A; 1HJO A; 1MDU B; 5M1P A; 5E26 A; 3A5N C; 3H08 A; 4FWQ A; 1K8K B; 4BRQ A; 4NCB A; 4HCB A; 2O8F A; 3AVC A; 4DS4 A; 1RDA A; 2NNW A; 3O4N A; 2P9S B; 2HNY A; 2VWB A; 1NJX A; 3P83 D; 1HKB A; 4LSL A; 4FWN A; 1FKO A; 4F3O A; 4B1Y B; 4RG8 A; 4KHU A; 2F8T A; 4FJI A; 4OO1 J; 3L4Q A; 4B3M K; 5SWM A; 3BZK A; 4DQS A; 2XHB A; 3ALY A; 4B9T A; 1FW6 A; 3VGM A; 1JCG A; 3EYZ A; 3FE1 A; 3MX5 A; 4IG3 A; 4ILH A; 3BF3 A; 3T1Y K; 2O8E B; 2RN2 A; 3SJH A; 1D4X A; 1RT3 A; 4OPA A; 2OPQ A; 4AM7 A; 3LWM A; 4QAG A; 2ZD1 A; 4JKC A; 2HBJ A; 4FZZ A; 3QEV A; 2G8F A; 1JLE A; 4GV3 A; 1DTQ A; 5KRS A; 2O8F B; 3A2F A; 3QIO A; 3ZT3 A; 4W5R A; 2VWJ A; 4B9N A; 4BRC A; 3OY9 A; 1RDC A; 3DLE A; 3CD6 N; 4J2A A; 4CF2 A; 4O0I A; 3CCR N; 4H0P A; 1RTJ A; 4AF1 A; 3QET A; 1KAX A; 1VSH A; 1VSE A; 3HPO A; 2PY5 A; 2G8I A; 3EE9 A; 3SPZ A; 4IOC L; 3IFR A; 5KI6 A; 1T7P A; 2D0B A; 1U6Z A; 1C6V A; 3V9U A; 3EN9 A; 3O4W A; 3VQQ A; 1SAZ A; 2VQE K; 2ATQ A; 1RTI A; 3LL3 A; 5BPM A; 5KQ8 A; 1S3X A; 4C8M A; 3SBG A; 3N4P A; 4DTN A; 3THY A; 1J53 A; 2YNI A; 3CM5 A; 1JLC A; 3VGL A; 3GOI A; 4BQL A; 2P9N A; 3SNN A; 4GY2 B; 2OTJ N; 1NGD A; 1S1V A; 3DLH A; 4DMN A; 1SQK A; 2FF6 A; 1L5U A; 4BGB A; 4FJL A; 3AAR A; 3SPY A; 3RR7 A; 3EZ5 A; 4WF9 L; 3K5N A; 4JS5 A; 3S3M A; 4C8N A; 3UE5 A; 3ENB A; 4M7Y A; 3JYT A; 3TPQ A; 1NGB A; 3S3O A; 3AAQ A; 5DM7 L; 4MLE A; 2NRZ A; 4DSJ A; 4KHW A; 4JKH A; 3AVH A; 3PUF A; 4BRP A; 3CCJ N; 2I5J A; 4I9Q A; 5AFU H; 1W7A A; 3RMD A; 1TV6 A; 4A62 A; 3CJA A; 2FLO A; 2PYJ A; 2HHQ A; 1HYS A; 2W6L A; 4CZF A; 3SQ0 A; 2WON A; 4FZX C; 3WXK A; 3A5O C; 3CJC A; 3ZET A; 3QBX A; 3M1F A; 4WE1 A; 3KKS A; 5JMV A; 4JK8 A; 3THY B; 1GLE G; 4MDB A; 4F3T A; 1RDW X; 3E1Y A; 2UXD K; 3L3U A; 4F2S A; 1UA1 A; 2P9N B; 1GOC A; 3KLE A; 1C1C A; 5DM6 L; 3DRS A; 3OYD A; 1VQK N; 2BDP A; 4AQY K; 3FZM A; 3HZ6 A; 3EEQ A; 3VA3 A; 1WSF A; 4BR9 A; 1NLV A; 3C6T A; 1VQ4 N; 1GLL O; 1U4B A; 3LWL A; 1TK5 A; 2ZF5 O; 4BAC A; 3CME N; 2QWN A; 2AJQ A; 2EWS A; 3QIN A; 5HL7 L; 1TK8 A; 4ZTJ A; 1BA0 A; 4V19 S; 1ASV A; 1YJW N; 3DRR A; 4CGF A; 2IVP A; 2YNF A; 3A5L C; 2A5X A; 3CPE A; 1KAY A; 1Q86 O; 5F1X A; 3WXJ A; 5AQH A; 3T1A A; 3BZC A; 2BUP A; 3C94 A; 3CQ8 A; 1TL3 A; 3ZET B; 3TSQ A; 4DQI A; 1JCF A; 4Q0B A; 5BR9 A; 4HUG A; 1RTD A; 5C42 A; 4CHY A; 2DFE A; 4FWP A; 3AVJ A; 4MFB A; 4HVJ A; 4C8O A; 1REV A; 3SBT A; 3VQE A; 2ASP A; 3MX2 A; 4CJT A; 2KFN A; 3O80 A; 4BC5 A; 3ZX2 A; 1NKE A; 2PYL A; 4NO7 A; 3KLI A; 1BDG A; 4X66 K; 3IDH A; 4PKH A; 4KRF A; 1NWK A; 3CCM N; 3EY1 A; 2O8B B; 2ETJ A; 3VEY A; 3VEV A; 4BE2 A; 2IGI A; 4A57 A; 5EOY A; 5JVG L; 1KLN A; 1VQ9 N; 1CZ9 A; 3OYF A; 3ZT2 A; 2RHK A; 1EP4 A; 4M63 C; 1ATN A; 4FJJ A; 4DR5 K; 4B9U A; 4DU4 A; 1U47 A; 3WEE A; 3O9S A; 4H5V A; 5HRS A; 4CEO A; 3OJS A; 4BRI A; 1IKX A; 3O4Q A; 4DG1 A; 4CCH A; 5HLF A; 4CD1 A; 1QHT A; 3NGZ A; 4CJ4 A; 4YNQ A; 4DR6 K; 1MWK A; 1E4F T; 4CF0 A; 5AZJ A; 5E84 A; 2IS3 A; 3UB5 A; 3AO5 A; 1C0F A; 1RNH A; 3ASM A; 5I3U A; 1J9A A; 3V9X A; 2CGJ A; 3DI6 A; 4WFN L; 1VHX A; 3ZSQ A; 3VEO A; 3C95 A; 5HRN A; 4CGI A; 2A1R A; 2ZGY A; 3WQU A; 1UWB A; 3SAH A; 5GAD P; 4PQU A; 2OA8 A; 4EZ9 A; 4H0X B; 3OTO K; 3WEE B; 3OS1 A; 2XY7 A; 1D5A A; 2VGN A; 1LAV A; 1NK4 A; 4K42 A; 5EXW A; 1OH7 A; 3H1V X; 2YJF A; 3K9J A; 1DTT A; 1WSJ A; 3D2F B; 2X6N A; 2PZS A; 2JGU A; 2UU9 K; 3EKS A; 3CPW M; 1QTM A; 4KHQ A; 4GV6 A; 1OVQ A; 1LV5 A; 2EHG A; 4YDU A; 3TAQ A; 1R59 O; 2QTD A; 1BWF O; 5J2M A; 2PFU A; 4FJX A; 3VQ8 A; 1SKW A; 4NYF A; 1FJG K; 4O8U A; 4IFE A; 2P9U A; 1VQ7 N; 4NXN K; 4E1M A; 4JI8 K; 3QFP A; 1Q81 O; 4LH4 A; 4YOX A; 4A61 A; 1LWC A; 3O9U A; 4KTZ A; 4DF8 A; 4CJK A; 1TKT A; 3O3G A; 3L2W A; 4E1N A; 5F2R A; 1RT7 A; 1S1X A; 4QS8 A; 4E7I A; 1RBV A; 2ZE2 A; 3VEX A; 2ZJQ L; 4DUY K; 3IKM A; 1S6Q A; 3O9T A; 4PL8 A; 4W5Q A; 3V9W A; 3H3O B; 4TSX A; 2HOE A; 3DXK A; 2W6K A; 3LPT A; 3AO1 A; 3WT0 A; 2HHV A; 2E1Y A; 3DMJ A; 2FSN A; 1NMD A; 3NE6 A; 3HP6 A; 1YXQ A; 3I8D A; 3DJC A; 1VQN N; 2P9U B; 3L4I A; 1YTU A; 2HST A; 1GLA G; 4JYA K; 3SUQ A; 2GWJ A; 3CCS N; 2D0C A; 4DV0 K; 3ZT4 A; 4CBX A; 4J2B A; 3W3D A; 3NF6 A; 1IBM K; 3P4I A; 1P8Z A; 5J2Q A; 4ZTF A; 1KTQ A; 4IWV A; 2DTU A; 5AQV A; 3J7Y P; 4XH1 A; 4L8R B; 4FWR A; 1RDU A; 4FZY A; 3VQ4 A; 1ZBU A; 3QEX A; 1RFQ A; 2OZM A; 3E9L A; 2P9K A; 2QXL A; 4AHR A; 4M3X A; 3NHG A; 3MED A; 3V1R A; 3J81 O; 1RDD A; 3ZEU A; 4BRE A; 1N36 K; 4CJS A; 5C2F A; 5FRN A; 4ID5 A; 4LC9 B; 1XHZ A; 4BG9 A; 3MWP A; 4FOI A; 3DXK B; 2HHS A; 5M1Q A; 4RW7 A; 3RVC A; 3KK7 A; 2YHB A; 4JNE A; 3KLG A; 1NK5 A; 4DLE A; 1OH6 A; 4BRN A; 4PWD A; 1X9J A; 3NH0 A; 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1NGA A; 1YHQ N; 1GLF O; 3I33 A; 4OLA A; 1T05 A; 1BGX T; 4HTL A; 5CE3 A; 3TTC A; 4AH9 A; 3D2E B; 1BQM A; 1K9M O; 2HMP A; 4BC2 A; 1JLF A; 1P90 A; 4JAX A; 4Z94 A; 3MEG A; 3TAG A; 3DXM B; 4X64 K; 3QEI A; 4IG0 A; 4BGA A; 4CEA A; 2A40 A; 1K8K A; 4YY3 K; 4CE9 A; 2F9T A; 4H5N A; 3F9M A; 3MCP A; 2P9P B; 3NAE A; 3OS0 A; 3WXM B; 3TAB A; 5AQS A; 5LL6 Z; 3OYC A; 2ZGZ A; 1WB9 A; 1BHL A; 2QWL A; 1VSD A; 1XQS C; 1E3M A; 4I6M A; 1HJR A; 4KHS A; 5CHI A; 4Y0W A; 4FJ9 A; 4BDP A; 4BC4 A; 1QE1 A; 3HYF A; 1TKX A; 5BN9 A; 4CZE A; 3LM9 A; 2O8E A; 3TWH A; 3CER A; 1BOT O; 2FBT A; 4DFP A; 4O44 A; 2H3G X; 5CZ2 A; 4CK1 A; 1WUA A; 4DCH A; 1IH7 A; 4MQ3 A; 4R5P A; 5H1S Q; 4IXC A; 4CER A; 4DSL A; 2Q36 A; 2XY5 A; 2YHX A; 2VQF K; 3JSM A; 4CHP A; 4LD0 A; 1N34 K; 3L8B A; 4O5B A; 1V4T A; 3LPU A; 1TKD A; 2E2Q A; 4I6M B; 4CW7 B; 4NYN A; 1VAZ A; 2GTD A; 3MXI A; 2ASM A; 2ZJR L; 3V9Z A; 2X74 A; 1VSK A; 3ZT0 A; 4X62 K; 3PO4 A; 3OVN A; 3HOT A; 4M3U A; 1ITG A; 1SKS A; 2A6A A; 3MN7 A; 1VQM N; 5T7B A; 4J2E A; 1NK7 A; 3CCE N; 3U8X A; 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