The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N36 K; 2UXD K; 2E5L K; 4B3T K; 5AJ3 K; 3T1Y K; 2UUC K; 4K0K K; 4DV1 K; 1XNQ K; 4JI2 K; 4DUZ K; 4LF7 K; 1HNX K; 4JI3 K; 4B3R K; 1FJG K; 4LF6 K; 4DV7 K; 3T1H K; 4DV6 K; 4AQY K; 4NXM K; 4DV0 K; 5LMU K; 4X62 K; 2VQF K; 4JV5 K; 3J81 O; 4LFB K; 5IT9 O; 5BR8 K; 4X65 K; 4DV4 K; 5FLX O; 4DR6 K; 4DV2 K; 4DUY K; 2HHH K; 4LF4 K; 4DR3 K; 4YY3 K; 4LFC K; 4JI8 K; 4LF8 K; 4B3M K; 5LMN K; 2ZM6 K; 2UUA K; 4V19 S; 5A2Q O; 1IBL K; 4DR7 K; 2UUB K; 3JAM O; 4CW7 B; 3J80 O; 1N33 K; 4DR1 K; 4JI6 K; 1N32 K; 3OTO K; 4DV3 K; 4LF9 K; 1N34 K; 4DV5 K; 2UU9 K; 2UXC K; 4JI1 K; 4DR2 K; 4LFA K; 4OX9 K; 4YHH K; 4KHP K; 5LL6 Z; 4GKK K; 1XMO K; 4CVN E; 1HR0 K; 1J5E K; 1XMQ K; 2VQE K; 4JYA K; 4X66 K; 5IWA K; 4JI0 K; 4JI7 K; 4LF5 K; 4JI5 K; 2F4V K; 3J7A P; 4X64 K; 1HNW K; 4NXN K; 3J7Y P; 1I94 K; 1IBM K; 4B3S K; 1HNZ K; 4GKJ K; 4DR4 K; 4DR5 K; 2UXB K; 1IBK K; 4JI4 K; 1XNR K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CPE A; 4FOI A; 3K5M A; 4M3Z A; 3M1F A; 5AJ3 K; 4B3T K; 2R7Y A; 3AVL A; 3QO9 A; 2UUC K; 4KI6 A; 4M7X A; 5E26 A; 5BPM A; 4JI2 K; 2W6K A; 3VEV A; 4M3U A; 3PIO L; 4Y0W A; 3TAQ A; 2ETJ A; 3MWP A; 1S1X A; 4BR2 A; 4CJ5 A; 3ZSV A; 1OH8 A; 1E4G T; 4OJR A; 4M41 A; 1RDB A; 4CJV A; 4HHT A; 2NLX A; 3DLR A; 4CJL A; 3SAF A; 2QTD A; 1RBU A; 4MO5 A; 4DHY A; 4DLG A; 1TKD A; 1T8E A; 4AM7 A; 2AA4 A; 3G71 N; 3I0S A; 3CYM A; 5BPN A; 5MLC Q; 3PX6 A; 3WXI A; 4I6M B; 1A5X A; 4FWS A; 4CK2 A; 4DR6 K; 4R5P A; 3QEP A; 2PBD A; 4LH4 A; 4BVP A; 3VA0 A; 3VQE A; 1YUW A; 3DM2 A; 4KO0 A; 4FLV A; 3A5N C; 1QVF M; 2Q36 A; 3AA4 A; 4BRD A; 1FXX A; 3O4Q A; 3V9W A; 4M7Y A; 2YHB A; 3ZT0 A; 5LJW A; 3CQ8 A; 1ZYQ A; 2E6L A; 1KAY A; 1TK5 A; 3VER A; 1RT1 A; 1NJW A; 2DFH A; 1NGC A; 3VF4 A; 1Q9X A; 3EE8 A; 1RDD A; 4CEA A; 4RW4 A; 2UYT A; 4M42 A; 1RBS A; 4PKG A; 1MU2 A; 3NGZ A; 1ASW A; 2UU9 K; 4DV5 K; 2UXC K; 1NKB A; 4OGC A; 4YHH K; 2PFU A; 1XMO K; 5ADX H; 3SBT A; 1VSM A; 2P9K A; 1ZBU A; 1B9D A; 5DM7 L; 1SZ2 A; 5EX5 A; 3KTQ A; 3CJ7 A; 4B1V A; 1GLA G; 3SQ1 A; 4DTU A; 5IWA K; 2ZQB A; 3IKM A; 4FCY A; 2G8W A; 4JI5 K; 3G10 A; 5JLF A; 3PV8 A; 4AHT A; 3DLK A; 1W2B M; 2PYL A; 4EZ9 A; 2OPQ A; 1K8K B; 1JJ2 M; 2E88 A; 1I94 K; 4B1Y B; 3EY1 A; 2NUB A; 4KAZ A; 1ZBF A; 3PSI A; 1S1V A; 4Z4I A; 5AQR A; 4FLT A; 2P9P B; 3DYA A; 3KZB A; 2E4L A; 2NRW A; 1U45 A; 1N8R O; 4C8L A; 3CJC A; 4CZH A; 4BGA A; 3NCI A; 1XNQ K; 4JD2 B; 1XHX A; 5AQT A; 1NWK A; 4F3O A; 2KLA A; 3EZ5 A; 3VEZ A; 4DU1 A; 2E2O A; 1Q9Y A; 4Y1D A; 3IAY A; 1HQU A; 3QBX A; 4IOA L; 1WAF A; 2Q1N A; 4RG8 A; 3CC7 N; 4JKE A; 3K5N A; 1TAU A; 2QWM A; 4XEI A; 3BZC A; 4H0X B; 3NF9 A; 2DFF A; 3CI5 A; 1LW2 A; 3HVT A; 4GW6 A; 4JKC A; 4X65 K; 1OKJ A; 4BQL A; 3OYB A; 2HMI A; 4JHD B; 3ZT2 A; 3RMD A; 3BDP A; 4DV2 K; 2AP1 A; 3W0L A; 4LF4 K; 3LAN A; 4A59 A; 2ASM A; 3VQ5 A; 1QSS A; 4Y1C A; 2Y1J A; 3OS0 A; 2O8B B; 2YJE A; 4HTL A; 3T3F A; 3SI6 A; 4KV8 A; 1SL0 A; 1LAW A; 4JK8 A; 5A2Q O; 4CJ4 A; 1N6Q A; 3LDP A; 2KFN A; 4CF0 A; 3V9U A; 3JYT A; 3WNH A; 2OPR A; 1N33 K; 1CXU A; 4H5T A; 5AQX A; 3LP2 A; 4FJI A; 4M45 A; 4CES A; 1N34 K; 1ZBH A; 3TAB A; 1OVQ A; 1NU0 A; 3F9M A; 3ZLJ A; 1E4F T; 4KHP K; 2G8V A; 1KVB A; 4G1Q A; 1HLU A; 3F73 A; 5HL7 L; 3VQP A; 3O3H A; 4CCH A; 4FWM A; 3LAL A; 2FSK A; 4FZZ A; 4H4M A; 4FWO A; 2O8C B; 3DXK B; 4OGE A; 1W9H A; 1IJJ A; 4ISE A; 4BRI A; 2IAJ A; 1GLB G; 3LDS A; 1RDW X; 4C8O A; 2NRV A; 3LM9 A; 4EFH A; 3HK2 A; 3K5O A; 4X64 K; 1IG8 A; 1HNW K; 3LAK A; 3HRG A; 3OYL A; 4ICL A; 1BA1 A; 3KD1 E; 3FZF A; 4KI4 A; 1S6Q A; 3C6U A; 2QWN A; 4YDU C; 4ELU A; 4FLY A; 1HJR A; 1C0U A; 3ALY A; 4DR5 K; 2UXB K; 3T69 A; 3CQY A; 4CZJ A; 5EU7 A; 2Z1H A; 2FBV A; 1T6D A; 1NOY A; 1TK0 A; 1XC9 A; 1KRP A; 4BC2 A; 1DTT A; 1BQM A; 4LF7 K; 4F9O A; 4FLU A; 1HNX K; 3OHR A; 3ULE B; 1VHX A; 1L3T A; 3TTF A; 1HNI A; 1QQO A; 2XY6 A; 3QES A; 3BY5 A; 4Z4E A; 2DFE A; 1LV5 A; 5JIC A; 2I7N A; 3N4P A; 3NFA A; 1NOZ A; 4L3Q A; 4U67 L; 4Q0B A; 1SL2 A; 4JV5 K; 4BRH A; 1ZBL A; 3O5B A; 1EP4 A; 3DLG A; 4FJ8 A; 3VTH A; 1QS4 A; 4DV4 K; 5AQF A; 3PUF A; 4CHN A; 2FBX A; 3PX4 A; 4IOC L; 5CE3 A; 3FZK A; 1W0H A; 5ELZ A; 3KWG A; 4O4G A; 4CEQ A; 1QHA A; 3AAP A; 3NGY A; 1NK7 A; 4O5F A; 5M1K A; 3TTC A; 4DR7 K; 3DMJ A; 3V9S A; 1HNV A; 3QFU A; 2ZE2 A; 2HW3 A; 3OYH A; 3VQ9 A; 3ATU A; 4IDH A; 3LP3 A; 4OX9 K; 3ZEU B; 3AA2 A; 4B8A B; 1XUP O; 3ENB A; 4CZI A; 3SYZ A; 4A2A A; 2QI2 A; 3OYN A; 3UKU A; 5HRS A; 5AQI A; 3TWH A; 4JI7 K; 2XY5 A; 1HQE A; 3UKU B; 3MXI A; 4ISF A; 4B1Z A; 2VWJ A; 1YXQ A; 2B6A A; 2E2P A; 3K2P A; 1RT5 A; 4CF1 A; 4W5N A; 3SUQ A; 1P8Z A; 4KHW A; 1S9E A; 1SS6 A; 3PY8 A; 4F2S A; 4JHD A; 2LSN A; 3OVN A; 4CGI A; 5AQK A; 4A61 A; 4G9Z A; 4WQ4 C; 2A40 A; 5BN9 A; 4JKB A; 2YJF A; 3O8M A; 2IOC A; 3ZSY A; 3T1Y K; 3NGI A; 3AVC A; 2A5X A; 4EP5 A; 1F21 A; 4BGB A; 3EEQ A; 1BIZ A; 1EWR A; 2FBT A; 2D0C A; 4PUO A; 1WAJ A; 3NVM A; 4FZY A; 3U3Y A; 3IFR A; 4N76 A; 2CH5 A; 3SCX A; 3QEI A; 4PWD A; 4YNQ A; 3C6H A; 1YTU A; 3O9S A; 1NM1 A; 3F5T A; 2KW4 A; 1T03 A; 4NXM K; 1A5V A; 5F1X A; 3DRS A; 3JSM A; 3J81 O; 3H3N O; 4LFB K; 1EXQ A; 1B9F A; 2NZT A; 1WB9 A; 2ZD1 A; 3RRH A; 1FW6 A; 2HHH K; 2Y1I A; 2W41 A; 3HPO A; 4DR3 K; 1S72 N; 4CF8 A; 4YY3 K; 4FLZ A; 4MLE A; 1U47 A; 4JI8 K; 3KK7 A; 3HBT A; 4FK2 A; 2O8F B; 2YCH A; 4DSK A; 2G8F A; 5HRP A; 4CEO A; 1ATN A; 1LWF A; 2P9N A; 3Q7C A; 3DAW A; 3S3M A; 4K8Z A; 1RDA A; 3THW A; 1RT2 A; 3OW2 M; 5GAE P; 1NGF A; 5GAG P; 4YDU A; 3D2F B; 4QS8 A; 4CD1 A; 2IVN A; 2F9W A; 1GOA A; 4C23 A; 4DCH A; 4O44 A; 4CF9 A; 3SQ0 A; 4WCE L; 3AO2 A; 2A3Z A; 2F7T A; 2ZF5 O; 1VSK A; 4IZ9 A; 4CJT A; 4DS5 A; 3A0I X; 2QWO A; 1Z26 A; 3CER A; 1ZBS A; 1HR0 K; 5C15 A; 3HP6 A; 1UA1 A; 1ESV A; 5CYM A; 3O9T A; 2WBN A; 3A5L C; 5I3U A; 1KC8 O; 3IDH A; 3CCE N; 3TAE A; 5KQD A; 1WBD A; 4BR0 A; 3H46 O; 3SQ2 A; 4FWN A; 4A2B A; 1Q82 O; 3AGK A; 3OS2 A; 3WXL A; 4CJF A; 3OYA A; 5AQP A; 4CE9 A; 4B08 A; 4JN4 A; 4E19 A; 4DR4 K; 2IGI A; 1NGA A; 5AQW A; 4F4K A; 4LC9 B; 1UA0 A; 1N36 K; 1RCH A; 3AVB A; 2PY5 A; 4IKF A; 2W40 A; 4M3W A; 1U2V B; 3P5J A; 3THV A; 4KHN A; 2JWL A; 4GVM A; 1NMN A; 4XH1 A; 2OTL N; 1FJG K; 5F2R A; 1RTI A; 2NRR A; 3AO1 A; 4LF6 K; 4BQZ A; 4CEE A; 4DV6 K; 3RMA A; 5JMV A; 5AR0 A; 4PHT X; 4IJA A; 4HUF A; 3CM6 A; 4CGG A; 3M8R A; 2OPP A; 2HBL A; 4FLX A; 4KTQ A; 1VRT A; 2H3G X; 5D3G A; 3TR8 A; 3S3O A; 2DPN A; 4GY2 B; 5GIP A; 1WBB A; 5BR8 K; 2PZS A; 3PO4 A; 1HYZ A; 4CEC A; 4Z94 A; 3FGU A; 3NDK A; 1SUQ A; 4CEF A; 5GAD P; 4ILH A; 3BUZ B; 4B9N A; 1X3N A; 1U4B A; 1LOT B; 3CPW M; 1K6Y A; 3P39 A; 3FE1 A; 4ID1 A; 1IKX A; 4DTN A; 3FFK B; 3SJJ A; 3QIO A; 4V19 S; 3R3L A; 5CZ2 A; 4WFB L; 3NF8 A; 4JKD A; 4U7B A; 1BL3 A; 4B9M A; 5I42 A; 3KK2 A; 3D45 A; 4CHO A; 5M1P A; 1NJI O; 4H0T B; 4W5Q A; 3L4Q A; 4H0O A; 2ZWH A; 3MXJ A; 5BRH A; 4HVJ A; 3CCR N; 3C95 A; 1SV5 A; 2NRH A; 4DSE A; 1Q7Y O; 4JI0 K; 2P9I A; 1MWM A; 2HB5 A; 4MDB A; 4FJL A; 2QKK A; 1WUA A; 1J6Z A; 3AVG A; 1ZC6 A; 4BRA A; 1N5Y A; 3IUC A; 4KB0 A; 1S1U A; 5FRN A; 4DSF A; 3VQQ A; 4FVM A; 1HPM A; 4B1W B; 3LM2 A; 5KPR A; 3TI0 A; 4DTS A; 1IV0 A; 1TUY A; 3VMF B; 1HYV A; 3L8B A; 4CF2 A; 2P9K B; 4DF4 A; 5FPM A; 3S9H A; 4JS4 A; 4CHZ A; 1NKC A; 1WNS A; 2O8C A; 3ENO A; 3MXM A; 3G6E N; 3E9L A; 4HWI A; 5J2Q A; 1M90 O; 4KHS A; 4DV7 K; 4CK1 A; 1VQP N; 1LCU A; 2O8E A; 3CCJ N; 1FKP A; 3MK6 A; 4JK7 A; 4AQY K; 3NHG A; 1CXQ A; 1JLE A; 3AY9 A; 4R79 A; 3QML A; 4BR9 A; 3IRX A; 5AQG A; 5SZT A; 1KFD A; 4BRL A; 3ZSO A; 1RNH A; 1Q18 A; 4AH9 A; 1GOC A; 3BP8 A; 3GL1 A; 3P83 D; 5KQ8 A; 3SQ4 A; 4BG9 A; 3RRG A; 3RMB A; 4CHP A; 5H1S Q; 2P51 A; 2ZJP L; 3AO3 A; 4N47 A; 2ZJQ L; 4C1N I; 3NMU A; 2DTU A; 1TYQ B; 3P4I A; 3O4N A; 5AQL A; 3VGM A; 4IJN A; 4K8X A; 5HP1 A; 3HM9 A; 1IBL K; 1TVR A; 2YKM A; 4DTJ A; 3VEN A; 4CD3 A; 3MEE A; 3J7Z O; 3I55 N; 4DR1 K; 4IOX A; 4H5N A; 4WFA L; 1HX1 A; 4O0J A; 3B6O A; 1KAZ A; 1U04 A; 4EIA A; 4DSL A; 4PY5 A; 3M5R A; 3VA3 A; 3LWL A; 3OBW A; 4CJK A; 1WSH A; 4FWK A; 4E89 A; 1RTH A; 1NGB A; 1SKS A; 3K9J A; 3QFP A; 3R9P A; 4CBW A; 3U6F A; 1YVU A; 2IVO A; 3KWI A; 1NGG A; 4FJG A; 3EZW A; 1EQY A; 2F4V K; 4CJE A; 3AVA A; 4DFM A; 4PQU A; 4NXN K; 3J7Y P; 1VRU A; 4DF8 A; 3SMS A; 2HHS A; 4F2R A; 3HJF A; 2V7Z A; 2P9U A; 3K59 A; 3UKR B; 2BUP A; 1OVY A; 4HCC A; 4FK0 A; 3SJH A; 4M3X A; 1VAZ A; 1RDC A; 2Q0R A; 4FJM A; 4K0K K; 4AHS A; 1VQN N; 5AQQ A; 1TKT A; 2QWP A; 3R8E A; 3QIP A; 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3IG1 A; 1SQK A; 4JI3 K; 3CD6 N; 4CFC A; 5K14 A; 4JKA A; 3TAN A; 3ZT3 A; 1YHQ N; 3QIN A; 3H45 C; 3QLH A; 1C0F A; 4IEE A; 5KPT A; 3A5O C; 1H1V A; 4KHU A; 2ASP A; 5FLX O; 5LY3 A; 3C7N B; 3O1W A; 3V4I A; 3AVJ A; 1C0M A; 3CCL N; 4CZL A; 4B9S A; 4FLW A; 2YNF A; 4E7J A; 4M3T A; 4PL8 A; 1HRH A; 4B3M K; 2RHK A; 2WTU A; 2FLO A; 4BC3 A; 4H5R A; 2ZM6 K; 1IKV A; 1C1C A; 4CJP A; 4CK3 A; 3SPZ A; 4BAC A; 3BZK A; 4BVO A; 1XHZ A; 2NRX A; 3EN9 A; 3KHY A; 3TAF A; 1VQ5 N; 4C8M A; 3OTO K; 3H1Q A; 3O08 A; 5CZ1 A; 4Z0U A; 2YHA A; 4LY7 A; 1JXB A; 3VN5 A; 1D4X A; 1WSE A; 4BRQ A; 3ITH A; 3EE9 A; 3L2R A; 3K5L A; 1NJX A; 3L2W A; 3CCV N; 4F8R A; 3ZET A; 2P5G A; 4BE0 A; 5AQS A; 2VQE K; 1OH5 A; 4K43 A; 2V51 B; 3HI0 A; 1KLM A; 5J2N A; 3D2E A; 1RBR A; 3WNE A; 3SAH A; 3NF7 A; 2Q0U A; 5JLH A; 1BQN A; 2V52 B; 1R59 O; 1IBM K; 4B9L A; 3MEC A; 3AA3 A; 3QET A; 4DQP A; 1K9M O; 4I6M A; 1REV A; 3M3Z A; 1MA9 B; 3CHW A; 3MEG A; 3CJ9 A; 1TGO A; 3DLB A; 4I2Q A; 2YNH A; 3V1O A; 2RKI A; 2E1Y A; 4EZ6 A; 4BWJ A; 1TL1 A; 4OKJ A; 2BH1 A; 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