The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
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| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX O; 4LFB K; 1XNR K; 4DV2 K; 4JI3 K; 4B3M K; 1XMQ K; 4DV1 K; 1N36 K; 4LF7 K; 1HNW K; 4DUY K; 5LL6 Z; 1FJG K; 4NXN K; 1I94 K; 4DR1 K; 4LFC K; 4JI6 K; 3OTO K; 4LF4 K; 4LF9 K; 1IBL K; 2HHH K; 4DR7 K; 3J81 O; 4B3T K; 4OX9 K; 4KHP K; 5BR8 K; 4DR6 K; 4JI5 K; 4YHH K; 4JI4 K; 4DV7 K; 5IWA K; 4DV5 K; 4X62 K; 4YY3 K; 4DV3 K; 3J7Y P; 2ZM6 K; 4K0K K; 5A2Q O; 4DR2 K; 4AQY K; 4B3S K; 5LMU K; 4JI7 K; 4DV4 K; 4X65 K; 2UUA K; 4GKJ K; 4GKK K; 2UUB K; 4B3R K; 4JV5 K; 2F4V K; 4DUZ K; 4CVN E; 1N33 K; 1HR0 K; 2UXB K; 4V19 S; 3T1H K; 1IBM K; 1N32 K; 2UUC K; 2VQF K; 3J7A P; 1XNQ K; 4JYA K; 4LF6 K; 3J80 O; 4X66 K; 4DV6 K; 4JI0 K; 4LF8 K; 4DR4 K; 2E5L K; 2VQE K; 4DV0 K; 1IBK K; 2UU9 K; 1HNX K; 4LFA K; 4JI8 K; 1XMO K; 5LMN K; 4DR5 K; 5IT9 O; 4CW7 B; 4DR3 K; 3T1Y K; 4NXM K; 4JI1 K; 4LF5 K; 1HNZ K; 4JI2 K; 1N34 K; 1J5E K; 2UXC K; 5AJ3 K; 4X64 K; 3JAM O; 2UXD K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E7I A; 4AF1 A; 3DLG A; 3DI6 A; 3LAL A; 5DM7 L; 3LDS A; 2NRV A; 4HCC A; 4CBU A; 3SK3 A; 3RWU A; 3E9L A; 3SAH A; 1TK0 A; 1K9M O; 2YNG A; 1NK8 A; 4IDK A; 3L3U A; 4JHD A; 4FJL A; 1RBR A; 4OO1 J; 4FJ5 A; 4FZX C; 1CXQ A; 3MX5 A; 4OPH A; 3DLK A; 5AQW A; 4B08 A; 4I6M A; 5J2N A; 5BR8 K; 1U2V B; 4FWK A; 3WEE B; 4I9Q A; 3SV4 A; 3SZ2 A; 3FE1 A; 4JK9 A; 2HBL A; 2O8D A; 3KIO A; 4K42 A; 3O4N A; 2A6A A; 1OH6 A; 3NDK A; 3AO4 A; 3OYE A; 5ELZ A; 3QNO A; 3DLR A; 1E3M A; 5CZ2 A; 3UKU A; 3VEN A; 4YNQ A; 4CHZ A; 3HP9 A; 3MX2 A; 3AVJ A; 3ITH A; 3ZSY A; 4JK8 A; 4Q5V A; 5HRO A; 4JRP A; 1NLV A; 1UWB A; 2FBX A; 4IJA A; 1WBB A; 5LJV A; 3OYD A; 2JWL A; 1BQN A; 3TAQ A; 4NLC A; 1WSE A; 4CJ3 A; 2NUB A; 4A2A A; 5AZJ A; 1WSI A; 4LH4 A; 1EX4 A; 2Q0R A; 3ATU A; 3H1V X; 4CJ5 A; 4KBO A; 2YI1 A; 1KQS M; 4JI8 K; 4CF2 A; 1U47 A; 4BC3 A; 1C0G A; 4H4O A; 5J2Q A; 2YX6 A; 1MWM A; 3TSU A; 1X9S A; 4N56 A; 2E1Z A; 4PQU A; 4E7L A; 1O13 A; 4M7Y A; 4FO0 A; 4BAC A; 3C65 A; 1BQM A; 4XH4 A; 1BCO A; 4R5P A; 4B9M A; 3SYZ A; 3OYL A; 1ZBH A; 4M3T A; 2A3Z A; 4CHQ A; 4GVE A; 4JI3 K; 3HT3 A; 4CGF A; 3IMX A; 3QES A; 3AAQ A; 3TU5 A; 4KTZ A; 1N36 K; 4LF7 K; 4FLW A; 5KPT A; 3QML A; 4CJL A; 2E2O A; 2PFU A; 4TSX A; 3PLA A; 1VSM A; 4C1N K; 3VEV A; 2YKN A; 4BRL A; 2A5X A; 3KJV A; 3AAR A; 5B8H A; 1BI4 B; 3CMA N; 3ZSQ A; 3SPY A; 4CZJ A; 4OX9 K; 5J1E A; 2DTU A; 3VQQ A; 4DV7 K; 2KFN A; 4BWM A; 3I56 N; 1N6Q A; 2O8B A; 4QAG A; 3K0S A; 4H0V B; 3H08 A; 2FXU A; 3MN9 A; 2WOM A; 5BPM A; 2O8C B; 4J2D A; 3UKR A; 4BRA A; 4CFA A; 1TUU A; 2X74 A; 3S41 A; 4DKW A; 1RTJ A; 3ZSX A; 4C8L A; 4J2B A; 3HBT A; 5KPR A; 4FJJ A; 2BUP A; 1SL2 A; 2OZS A; 3O8M A; 1KRP A; 1KVB A; 2UUB K; 1S1T A; 3OYB A; 5AQT A; 4CGD A; 3ZCM A; 4H4M A; 2OTJ N; 1C0T A; 3VQ7 A; 2UXB K; 3SCX A; 4J8F A; 4BR7 A; 3LP0 A; 2Q1N A; 1KLM A; 3TAG A; 4KFB A; 4CJW A; 3SAF A; 5ADX H; 3CJ7 A; 1I39 A; 4O8K A; 3LDN A; 3WUH A; 2W40 A; 3RR8 A; 1HUX A; 2FF3 B; 4H8K A; 4E1N A; 3HK2 A; 3PX0 A; 3RRH A; 1HQE A; 1LOT B; 3C6A A; 3HZ6 A; 2QWP A; 4FWQ A; 2D1K A; 4O5B A; 2HW3 A; 1SKW A; 3ALY A; 2HHU A; 3P5J A; 1C0F A; 3P4I A; 4Y1D A; 1X3N A; 4CF0 A; 3HXM A; 3VTH A; 3GE1 A; 1FK9 A; 2VYP A; 4BVO A; 4CF9 A; 4DSE A; 3AO5 A; 3ENH A; 1BL3 A; 4ID1 A; 3VGM A; 4NO7 A; 2E4L A; 4DWI A; 2VG6 A; 4M3U A; 2FLO A; 4DF8 A; 3ZLJ A; 2HF3 A; 4I7F A; 4IKF A; 3LWM A; 4DUY K; 5LY3 A; 1JLF A; 3OS2 A; 3NH2 A; 2AJQ A; 3QLH A; 4FSV A; 3SUQ A; 4HUE A; 2G8I A; 2RKI A; 5FRM A; 3OHR A; 4DSJ A; 5GAD P; 1WLJ A; 1OVY A; 4OGC A; 3PIO L; 2G8W A; 2HHH K; 4DR7 K; 2D0P A; 3LDP A; 3OBW A; 3E9P A; 1EXQ A; 2ITM A; 2WFB A; 4W5O A; 3H45 C; 4DQQ A; 1NGB A; 1QQC A; 3PSI A; 1KAX A; 2XY5 A; 3OYG A; 3MN6 A; 4OKE A; 3UIQ A; 1D5A A; 3O9T A; 1NOY A; 4MDB A; 4E7H A; 3THW A; 3TAF A; 4CJK A; 4EZ9 A; 4OLA A; 2WUS A; 4HUF A; 1HNI A; 2UYT A; 1EKE A; 4FLV A; 4FM0 A; 2OTL N; 1BIZ A; 2OA8 A; 4JV5 K; 4FZY A; 2HHS A; 3K2P A; 4EAH D; 3RRG A; 2CGK A; 3DOK A; 2F9W A; 4KH5 A; 4E1J A; 2W41 A; 3A5L C; 1SKS A; 4CFD A; 3MCP A; 3SMP A; 3HOT A; 5HL7 L; 4AHT A; 3NBP A; 1CLQ A; 2B4J A; 3WNG A; 2Q31 A; 2Z1J A; 4KRF A; 1REV A; 4CJQ A; 2E5L K; 5HOO A; 3RTV A; 4FWO A; 2ZJR L; 2BAN A; 2VG5 A; 4UY8 O; 1WSG A; 1ILY A; 4DQP A; 4GY2 B; 1KTQ A; 3HJF A; 2E6M A; 3HOS A; 2NRW A; 2QXF A; 4L8R B; 3AVF A; 1G15 A; 1JJ2 M; 1TV6 A; 5EXW A; 3CCS N; 3CCE N; 3DXK B; 3G4S N; 1FKO A; 4CIE A; 3LP3 A; 4X64 K; 3HI0 A; 3VQ9 A; 2RHK A; 1IO2 A; 2UXD K; 4A5B A; 4FJK A; 3VF2 A; 3VEY A; 3KD1 E; 1ASV A; 5C42 A; 3EE8 A; 2F96 A; 4CZH A; 4IZ9 A; 4YDU A; 3WXK A; 3QEX A; 3SQ1 A; 4MDA A; 3AVC A; 2A1R A; 4DTR A; 4E19 A; 4KHY A; 3VF4 A; 5TKY A; 4LD0 A; 1ZBI A; 3Q7B A; 4FJ8 A; 1L3S A; 4JI6 K; 4W5R A; 3OTO K; 3P38 A; 3D6R A; 4E1M A; 3EZW A; 1SQK A; 2QA4 N; 3K9K A; 1BUP A; 5EX5 A; 4B3T K; 1CZ9 A; 2P9S A; 4BR5 A; 5KRS A; 1ATN A; 3LAN A; 3THX B; 2HVI A; 2HST A; 2I7N A; 4JKE A; 4PHT X; 3VEX A; 1TKD A; 5KQD A; 1CXU A; 4HCB A; 5E84 A; 3ZEU A; 4R79 A; 5JLH A; 4DQS A; 4DQI A; 3L8B A; 2GV9 A; 4JKH A; 4BRC A; 3AA3 A; 1BHL A; 2XY7 A; 3CJ1 A; 3QIP A; 3PX6 A; 4CK3 A; 1RT7 A; 1C1A A; 3MED A; 3VES A; 3OW2 M; 1W97 L; 3QDK A; 3VMF B; 4DUZ K; 1VSF A; 2IGI A; 3KVG A; 1QSL A; 2HF4 A; 3L2W A; 3QFP A; 4YOY A; 1WSH A; 3J8A A; 5BN8 A; 3FFI A; 2QW9 A; 3KWG A; 1JLB A; 1TKX A; 4CIF A; 3LZJ A; 4FJ7 A; 2XHB A; 4BRQ A; 1UA1 A; 3TPQ A; 2GEL A; 1VRT A; 1JLC A; 3K5N A; 3NE6 A; 3C6H A; 3CM6 A; 4BRI A; 3EL2 A; 1HNX K; 1S22 A; 4RW8 A; 2CGJ A; 3VER A; 5HP1 A; 3VQ6 A; 3LAK A; 1NOZ A; 1LW0 A; 3DWL A; 1JCG A; 3VQE A; 4EP4 A; 3L2Q A; 3DJC A; 5C2F A; 3CCU N; 4JI1 K; 1YF5 L; 3HTV A; 3VQC A; 4B3O A; 4AHS A; 3QEV A; 1RDC A; 3FZK A; 4B8C A; 4J2A A; 3VQ5 A; 1NGH A; 2HBK A; 1L3V A; 3V4I A; 3O4Q A; 1F21 A; 1IKV A; 5M1P A; 4C8N A; 3WXL A; 4DSF A; 3AO3 A; 1M90 O; 3T3F A; 3CFP A; 3RMD A; 1VSK A; 3G0Z A; 5ADX A; 3ZSO A; 2D0A A; 4JN4 A; 4AIL C; 4DTO A; 3E1Y A; 2P9K A; 2P1J A; 4M3X A; 3ZYY X; 4FOI A; 4JLH A; 1VQK N; 3VGL A; 3OYA A; 5KI6 A; 4DTJ A; 4KTW A; 5J2P A; 3VPZ A; 4BC4 A; 4O0I A; 4OGE A; 1K8A O; 4XH1 A; 3TAM A; 3CCV N; 4DTX A; 1NK0 A; 2PZS A; 4X62 K; 2P9N A; 4DV3 K; 1LAV A; 2PYJ A; 4JKC A; 3O3F A; 3V9X A; 3JS6 A; 5D3G A; 2KKZ A; 3IDH A; 3RSE B; 1TK8 A; 2Y1I A; 3OJS A; 4F9O A; 3LWL A; 2LSN A; 3EE9 A; 1P8Z A; 1JXB A; 4CJR A; 3NHG A; 1HX1 A; 1S9E A; 4C1N I; 1RT5 A; 2IC3 A; 4L3Q A; 4CGH A; 3H6E A; 4DG1 A; 5C0Y A; 1NG9 A; 1HRH A; 4B1Z A; 1BU6 O; 3AV9 A; 2GBZ A; 1MDU B; 2EX3 A; 3O1W A; 1VQP N; 4PKH A; 4ELV A; 3ZX0 A; 3UB5 A; 1JCE A; 3C94 A; 3DXM A; 2A41 A; 3LP1 A; 1K6Y A; 2FSN A; 4ILH A; 4BQL A; 1NGC A; 2Z1H A; 3PUF A; 2P51 A; 4CEC A; 4CJP A; 4Z4I A; 3P1G A; 5C10 A; 3NH1 A; 4JKA A; 4JK7 A; 4RTF D; 4LF8 K; 3OYI A; 5MLC Q; 3CIP A; 2G8U A; 2J4R A; 3AGK A; 2W6K A; 3M6G A; 5LJW A; 3KHY A; 3LAM A; 2G8V A; 3SV3 A; 4FZZ A; 4W5Q A; 3NGZ A; 2HNY A; 2Q0U A; 4FJM A; 4CJU A; 1SZ2 A; 4IOX A; 3CC2 N; 4BC2 A; 3O4W A; 3FZM A; 3I8B A; 5KPZ A; 3PX4 A; 3FFK B; 4DTP A; 1ASU A; 1T6C A; 1VSJ A; 2IOC A; 4QCL A; 4DFP A; 4F2S A; 3ISN C; 2QWM A; 3CPW M; 4Z4C A; 5EY4 A; 4U67 L; 1QVG M; 3OVN A; 3I8D A; 1RIL A; 4CHN A; 4ELT A; 4BRP A; 1HKB A; 4G1Q A; 3CJ9 A; 2ZD1 A; 3MDQ A; 4DSI A; 4GV9 A; 1KD1 O; 3O6W A; 4F8R A; 3TTD A; 1Q9X A; 4FJI A; 3THY B; 2HMP A; 1SKR A; 4YHH K; 3WT0 A; 3C7N A; 5IWA K; 2QKK A; 4KB1 A; 3OYC A; 2P9L A; 2H3G X; 3J7Y P; 3MAQ A; 1X1P A; 4O0J A; 2B6A A; 1R0A A; 2F8S A; 3VTI A; 2QWR A; 2ZM6 K; 4OKJ A; 4BDZ A; 5M1K A; 4CF8 A; 3J7Z O; 2XRI A; 4CI6 A; 2PBD A; 3GG4 A; 3QEW A; 2KFZ A; 2I5J A; 3IRX A; 3KKR A; 4I9L A; 2W6L A; 4AHU A; 1YHQ N; 1L5U A; 4JKD A; 3HM8 A; 3L0Q A; 4PKI A; 4WYB A; 5AZI B; 3KZB A; 1RDW X; 2GWJ A; 1X9W A; 3VA0 A; 1E4G T; 1RBU A; 3OS1 A; 3IUC A; 3KWI A; 3J7A P; 3SQ0 A; 1ATR A; 1RFQ A; 4AH9 A; 1U2V A; 4A2B A; 2BDP A; 3N4P A; 3WEE A; 1XQS C; 4ZHR A; 4E3S A; 3QNN A; 1BG3 A; 1DTQ A; 2ZJQ L; 4CFC A; 4KHN A; 5CHI A; 5CY4 A; 1RNH A; 2HBM A; 3F9K A; 2ZWH A; 1TUY A; 2YJE A; 4AM7 A; 4YDU C; 4EIA A; 3R6M A; 4CW7 B; 4IFV A; 4BRK A; 3ZT1 A; 1VRU A; 1QHA A; 2IDO A; 4RWT A; 4KH6 A; 3V9S A; 3BY5 A; 5CR4 A; 1NJZ A; 3RMC A; 2HHT A; 4CHY A; 4KTQ A; 3ZSZ A; 1C1B A; 1JL1 A; 1FW6 A; 2EWS A; 1YXQ A; 1DGK N; 4ISE A; 3NF6 A; 2I7P A; 4JD2 B; 1RDU A; 2P9U B; 3S3O A; 4FWL A; 2E2P A; 3V9Z A; 4AM6 A; 4FYD A; 1BA0 A; 2HHX A; 3BDP A; 4KI6 A; 4CE9 A; 3TTF A; 3A5O C; 2D0O A; 4J2E A; 4K41 A; 2O8F B; 1YJW N; 5AQH A; 3V6D A; 2P9U A; 2FC0 A; 4KV8 A; 3TAP A; 1Q18 A; 3BF3 A; 4CHO A; 3SMS A; 4KHP K; 1BCM A; 4JI5 K; 1NGE A; 2VGN A; 4JI4 K; 1Y97 A; 2OZM A; 2CH5 A; 3HPH A; 1RBV A; 2QEX N; 3KLG A; 2ITG A; 4ILG B; 4E7K A; 3K58 A; 3IFR A; 2EHG A; 4H0P A; 5AQS A; 4KHU A; 3NFA A; 2KTQ A; 3CCJ N; 1XC3 A; 3LPT A; 4DQ8 A; 4GKK K; 4FM1 A; 2Q3S A; 4B3R K; 2F4V K; 4KHW A; 4M45 A; 4E89 A; 5HRS A; 2ASM A; 4OVL A; 4CCH A; 1WN7 A; 3HL8 A; 3MXJ A; 1YIT N; 3WQT A; 1N32 K; 1BI4 A; 4KHQ A; 3QBW A; 4WF9 L; 3ULE B; 4LY7 A; 3KK7 A; 3GOI A; 1QSS A; 2YCH A; 3ZT0 A; 3S9H A; 3H46 O; 1NJW A; 4FWM A; 2R7Y A; 4I2Q A; 4BRD A; 4MLH A; 4M3R A; 1B92 A; 2P9I B; 3ZSV A; 4LFA K; 2O8C A; 3EEQ A; 4H0X B; 4DR5 K; 3TSQ A; 3T69 A; 3HST B; 4MLE A; 3KLF A; 3D2E B; 4LF5 K; 4PA1 A; 3MXI A; 1NGI A; 3AY9 A; 3K5L A; 4JS4 A; 2P9I A; 2QWL A; 2V7Y A; 1GOA A; 3A5M C; 3VQA A; 4OPA A; 3KLH A; 5KQ8 A; 1S6P A; 4IWV A; 2DFE A; 4C8M A; 3BGR A; 3LL3 A; 4DTM A; 5JLF A; 4IDH A; 3NGI A; 1XMQ K; 4CES A; 5J2M A; 1Q7Y O; 2Y1J A; 5LL6 Z; 4CEF A; 3VEO A; 2G8H A; 4FPA A; 3AGR A; 4LFC K; 4HVJ A; 1KVC A; 4H5R A; 3CQ8 A; 3ZSR A; 3MCA B; 3CHW A; 3JYT A; 3F9M A; 4QOZ B; 3V1O A; 1MU2 A; 2QWO A; 1C6V A; 1KVA A; 3G6E N; 2E2Q A; 5C24 A; 1QQN A; 3L6Q A; 4O55 A; 4WFB L; 4BG8 A; 1C1C A; 1OH5 A; 2NRH A; 2KQ2 A; 4OJR A; 3HO1 A; 5I42 A; 1RTD A; 1NGD A; 4DTN A; 4ILJ A; 1NGJ A; 4ELU A; 3O3H A; 1WSJ A; 2KZM A; 3U6F A; 3SUP A; 3ZT4 A; 4CGI A; 4JKG B; 2Q2R A; 1A5W A; 3NAE A; 3CF5 L; 1QHT A; 2GUP A; 2ZGZ A; 3EO3 A; 3FGU A; 4KH4 A; 4M63 C; 5EVZ A; 3GL1 A; 4JNE A; 1LW2 A; 1HR0 K; 4CJF A; 4C23 A; 5SZT A; 1U4B A; 1GLA G; 4BDY A; 4FJG A; 3SJH A; 2P9P B; 3BZC A; 4JKG A; 3L2R A; 3KTQ A; 1V4T A; 4IO9 L; 4H0Y B; 1ZC6 A; 3LDQ A; 4PL8 A; 5KGX A; 4IEI A; 1B9D A; 3SI6 A; 1VSI A; 4JEP A; 1JLA A; 3SQ2 A; 3DOL A; 3O9S A; 1VSL A; 2W42 A; 4YOV A; 3LM2 A; 3MEE A; 4N47 A; 1H1V A; 4WFN L; 2HND A; 4YOR A; 5FPN A; 4CBX A; 4F2R A; 1GLL O; 3ID6 A; 2OPS A; 4B1V A; 4NXM K; 3D0P A; 3G25 A; 1HNZ K; 1QVF M; 1Z05 A; 1NU0 A; 4N41 A; 4FK4 A; 3CJB A; 4BR9 A; 1VAZ A; 1IKW A; 4DB3 A; 3ULD A; 2YJF A; 4B1W B; 4IEE A; 1U45 A; 4YOX A; 4DTU A; 4B9S A; 3WXI A; 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