The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X64 K; 3J80 O; 4K0K K; 3JAM O; 3J7Y P; 2HHH K; 4JI6 K; 1HNW K; 1HNX K; 2UUC K; 4B3M K; 4LFA K; 5AJ3 K; 4KHP K; 1I94 K; 4DV0 K; 4DR5 K; 2F4V K; 2UXC K; 4LF8 K; 3OTO K; 4OX9 K; 4LF7 K; 4JI3 K; 4DV4 K; 2UUB K; 1N33 K; 1XNR K; 4DUZ K; 4DR7 K; 4X65 K; 4JI0 K; 1N34 K; 5IWA K; 4X66 K; 4YHH K; 1IBM K; 4NXN K; 4DR4 K; 4JI4 K; 4JI1 K; 5FLX O; 2VQE K; 1IBK K; 5A2Q O; 4LFC K; 4X62 K; 4CW7 B; 4LF9 K; 1XMO K; 4DR1 K; 2ZM6 K; 3T1Y K; 4JI7 K; 4DUY K; 4JI8 K; 4B3T K; 4DR2 K; 4GKK K; 4LF5 K; 5BR8 K; 3J81 O; 4GKJ K; 4B3S K; 2VQF K; 3T1H K; 2UU9 K; 4V19 S; 5LMU K; 5LMN K; 2UUA K; 1XMQ K; 4JI2 K; 4YY3 K; 4JV5 K; 2UXB K; 4LF4 K; 1HR0 K; 4DR3 K; 4DV6 K; 1IBL K; 5LL6 Z; 2UXD K; 2E5L K; 4B3R K; 1HNZ K; 4DV5 K; 4LFB K; 4NXM K; 4LF6 K; 4DR6 K; 1N32 K; 4JI5 K; 4DV2 K; 1J5E K; 4CVN E; 5IT9 O; 4DV1 K; 4JYA K; 4DV7 K; 4DV3 K; 1N36 K; 4AQY K; 1XNQ K; 1FJG K; 3J7A P; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VG6 A; 3PX0 A; 3UKU A; 4DTP A; 3DXK B; 1RBR A; 1IKW A; 4FSV A; 3UB5 A; 3WEE B; 4YNQ A; 1UA1 A; 4FWK A; 4DR5 K; 1U2V B; 4CIG A; 4DSE A; 3CC7 N; 4RW9 A; 3H3N O; 3THX A; 1Z26 A; 2D0B A; 4DSJ A; 3F73 A; 3CG7 A; 4CER A; 4CZM A; 3U3G A; 3K9J A; 4EHU A; 2BH1 A; 1NK8 A; 4BY9 C; 3ENB A; 3HPG A; 3HM9 A; 3UIQ A; 2IDO A; 3BY5 A; 2A5X A; 3Q7B A; 4O5F A; 4CIE A; 1T8E A; 1VQO N; 1WLJ A; 1S1V A; 4CGF A; 4JI4 K; 2FBX A; 4DTM A; 5AQL A; 1NGI A; 5KGX A; 1BO5 O; 3TAQ A; 3NMU A; 3LDL A; 4WCE L; 4GV9 A; 1V4S A; 4XH1 A; 2I5J A; 4CES A; 3V9U A; 4JKG B; 3MEC A; 4B3T K; 1KCF A; 3MN6 A; 1NJZ A; 3O3F A; 4FJL A; 1VQK N; 5KRS A; 1DEJ A; 4KV8 A; 3ZSW A; 2KZZ A; 2W6K A; 4I6M B; 5FRM A; 2QWQ A; 3EKU A; 4GKJ K; 4FLT A; 3TTC A; 3T1A A; 1KXP A; 4E7I A; 1QVF M; 2E2N A; 4JKD A; 4CZH A; 1LCU A; 3AVB A; 1RT2 A; 1NJY A; 4KHN A; 2A40 A; 4DR3 K; 5HRR A; 3O1B A; 2Q0U A; 3UE5 A; 5CY4 A; 2DFH A; 1CZ9 A; 3JS6 A; 1LWF A; 3HSC A; 4NXM K; 4JRQ A; 4DTR A; 3D2E B; 4BRL A; 1WSE A; 5FRN A; 4M42 A; 3K59 A; 3AVG A; 1U04 A; 4Q0B A; 2DTU A; 3OYG A; 3T3F A; 1IKX A; 1FJG K; 2HHU A; 1YVN A; 4C8K A; 2ZF5 O; 4B08 A; 3WXI A; 4DQI A; 1S22 A; 3ZX3 A; 2G8W A; 4FJI A; 4IJA A; 3HT3 A; 4E7J A; 3AVJ A; 2O8B B; 3KJV A; 4CJ4 A; 2F4V K; 5EU7 A; 1D9F A; 1SS6 A; 2VWJ A; 3RRG A; 1T3V A; 5AQU A; 3VQB A; 1U48 A; 3AY9 A; 4WQ4 C; 2HHW A; 4LH4 A; 1GOB A; 3VOV A; 1NGG A; 1GLD G; 4FJ8 A; 4H5R A; 5J1E A; 1A5W A; 3QEI A; 4ISG A; 4F9O A; 4FLY A; 3SNN A; 4DR4 K; 4N56 A; 5T7B A; 3LPU A; 4CK1 A; 4A2A A; 4DFP A; 3U6F A; 2D0P A; 3V4I A; 4H5V A; 2OZM A; 2NRT A; 4J2B A; 1LWC A; 5BPM A; 3ZSR A; 1NGD A; 5AQY A; 3T1Y K; 2HST A; 3FFK B; 4L8R B; 1BCO A; 1WSH A; 4DU4 A; 1VQ5 N; 4GKK K; 4CZK A; 3O4N A; 4F8R A; 4AHC A; 4ELV A; 5C24 A; 4OKK A; 5BR9 A; 4YOX A; 1BDG A; 4CEO A; 3LZI A; 4JNE A; 5BRD A; 4DSF A; 4K8Z A; 2A1S A; 4FJH A; 4QAG A; 1N5Y A; 1W97 L; 2Z1J A; 1TKT A; 3EEQ A; 4CHZ A; 1F21 A; 1XWL A; 4LSL A; 4IKF A; 2Q97 A; 4ISE A; 5BN8 A; 4MDA A; 4WE1 A; 4FJG A; 3QEP A; 4FM2 A; 4E7K A; 1IBL K; 3M6G A; 2UXD K; 1TVR A; 4B3R K; 3SBT A; 3MED A; 3H08 A; 4DV5 K; 4FCY A; 2HOE A; 1SUQ A; 3JYT A; 3M5R A; 4YDU C; 4JK9 A; 1JKH A; 1Q18 A; 2G8H A; 3CHW A; 5AR0 A; 4MO4 A; 1XNQ K; 2QEX N; 4J2E A; 4BQZ A; 4CJU A; 1HYS A; 4EAH D; 2JWK A; 2GV9 A; 3EZW A; 4MLE A; 4LFA K; 3HZ6 A; 2GTD A; 5AJ3 K; 1TAQ A; 2P1J A; 3K5O A; 4EP5 A; 2WTU A; 2GUI A; 4UQG A; 1KQS M; 2VGM A; 2HVI A; 3DLH A; 3LDN A; 4B1Z A; 3HBT A; 3B8A X; 2QWM A; 4KO0 A; 4LF7 K; 2GWK A; 2UUB K; 4FYD A; 1IH7 A; 3MEG A; 1X3M A; 1K8K A; 3O8M A; 4X65 K; 3THY B; 4OKE A; 1BA1 A; 3OHR A; 4CK2 A; 4BR4 A; 2ZWH A; 4FWO A; 1U4B A; 3S9H A; 3O1W A; 1EQY A; 3NH1 A; 1J6Z A; 4F4K A; 1REV A; 3CCQ N; 1JCF A; 3OYH A; 1KVB A; 3HJF A; 3I55 N; 4BE2 A; 4ZTF A; 2G8V A; 1S1T A; 3OVN A; 1SL0 A; 4GV3 A; 2PZS A; 2FSN A; 3OS1 A; 3W0L A; 3ZT3 A; 1CZA N; 2AJQ A; 4OGC A; 1J54 A; 3R6M A; 1V4T A; 4CJ7 A; 3L3U A; 4CIF A; 1QHA A; 4H4O A; 4QS7 A; 2ZGY A; 4NYN A; 4GNI A; 1TYQ B; 4KB0 A; 4WQ5 A; 4FJM A; 2P9N A; 5E41 A; 3QEW A; 1HPZ A; 2IS3 A; 3CQY A; 4IEE A; 3WXM B; 1HR0 K; 1ZBH A; 2QWL A; 1TL3 A; 1ZBF A; 2H3G X; 2XRI A; 3SYZ A; 1OH6 A; 1C1B A; 3QBW A; 4H5T A; 3RMA A; 2HBM A; 3U4L A; 2JLE A; 3O3H A; 4GV6 A; 3E01 A; 5F0X A; 3VTH A; 1NM1 A; 1OKJ A; 2Q3S A; 4BDY A; 4OGE A; 3AVM A; 4FWP A; 4H0P A; 1J53 A; 4DU1 A; 4FW1 A; 5GAD P; 1YI2 N; 4IBN A; 1RDW X; 2D1K A; 1RNH A; 3J7Y P; 3ZX2 A; 5M1P A; 2UUC K; 3NVM A; 3VF2 A; 1X1P A; 2ZJR L; 4KI6 A; 3O80 A; 1E4F T; 1KAX A; 4B9T A; 3F5T A; 1YIT N; 1BUP A; 1HJO A; 2IIR A; 3LAN A; 3DLL L; 5KGW A; 3LAK A; 1JLC A; 5AFU A; 2E88 A; 3ZEU A; 3VQD A; 2X78 A; 2O8E B; 3DJC A; 1MDU B; 4BC2 A; 1K9M O; 1TAU A; 3SQ0 A; 2CH5 A; 3B6O A; 2A6A A; 2IC3 A; 1ITG A; 4CI6 A; 3QER A; 3SLC A; 1HYZ A; 2G8U A; 1GLL O; 3TAR A; 4CJL A; 4KH6 A; 2OTL N; 3OYB A; 3IAY A; 5E26 A; 3W3D A; 5AFU H; 3K9K A; 1S3X A; 4YFU A; 3DOK A; 2YNG A; 4MO5 A; 3WNG A; 1X9J A; 3A5N C; 1VK0 A; 2IVP A; 4BRA A; 1SKS A; 3TAG A; 3CPE A; 1C0T A; 4Z0U A; 1ZYQ A; 3QES A; 2E6L A; 2KKZ A; 3RSE A; 1BI4 A; 3CQ8 A; 4IG0 A; 3WXL A; 4HCB A; 2VGN A; 3KWG A; 5LMU K; 4KHY A; 4DTU A; 3NH2 A; 4B8C A; 1YF5 L; 4JK8 A; 5ADX H; 1U49 A; 1IV0 A; 1GLF O; 3PUF A; 1TKX A; 3MWP A; 5EVZ A; 3P5J A; 3CCM N; 5KI6 A; 2VWB A; 3AV9 A; 2HHS A; 4JV5 K; 2HHT A; 3SMP A; 4W5Q A; 1U45 A; 3HM8 A; 1LW0 A; 2FF6 A; 5JMV A; 2P5G A; 2HBL A; 2WOM A; 4KAZ A; 3E9P A; 1KLM A; 4AHS A; 3BZK A; 4Y1C A; 4EFH A; 1E4G T; 3CD6 N; 1SV5 A; 2X6N A; 3AGR A; 4M3W A; 1QTM A; 3EE9 A; 1QS4 A; 4BG8 A; 1NKB A; 2EX3 A; 2W6L A; 4DKW A; 4X64 K; 3ZCM A; 1X9W A; 2PFU A; 4HHT A; 3ZT4 A; 3DXM A; 4H4M A; 3AVC A; 2ETJ A; 1VQN N; 3NGZ A; 3R8E A; 3JXU A; 1VQ7 N; 1TUY A; 1WUA A; 3OYD A; 2RE2 A; 3NDK A; 1QQO A; 2F9T A; 3CC2 N; 1Z05 A; 3QNN A; 4IFV A; 4I2P A; 3GG4 A; 3ZSV A; 3TAN A; 4BRC A; 2OTJ N; 3DYA A; 3CJ9 A; 1YTA A; 3DWL A; 3O5B A; 2FLO A; 3ULE A; 4JD2 B; 5AQX A; 4I6M A; 5BPN A; 4FLV A; 4DF8 A; 5IWA K; 4M3Z A; 4CCH A; 1RBV A; 1FKO A; 2CGL A; 2ATQ A; 3T69 A; 4H0V B; 3UKR B; 4F2R A; 3GBT A; 4AHU A; 1OH8 A; 1XMO K; 1LOT B; 2DPN A; 3J8A A; 3QEV A; 2Y1I A; 1I39 A; 2XY6 A; 4BRK A; 3ZT2 A; 2XY7 A; 3I0S A; 4FLW A; 2QKK A; 1VQL N; 3QLH A; 1XQS C; 3I8B A; 4HVJ A; 2YKM A; 4CFB A; 4C8L A; 5BR8 K; 5BPL A; 3KTQ A; 3TTF A; 3LDO A; 3OYI A; 1KSP A; 2O8D B; 4M3U A; 5LMN K; 4DQP A; 3RR8 A; 4BWJ A; 3P39 A; 2I7P A; 3C6A A; 3H1V X; 1FXX A; 4H8K A; 1QE1 A; 3ULD A; 1M1K O; 4FJJ A; 2KTQ A; 1TK8 A; 2YKN A; 2YHY A; 4YY3 K; 1NU0 A; 1RT6 A; 1BU6 O; 3MN9 A; 3VQ8 A; 2P9L B; 1HNZ K; 4LFB K; 1KVC A; 2HF4 A; 1VRU A; 1EET A; 1ASW A; 3LAM A; 4CHY A; 4Q5V A; 3B6P A; 4PKI A; 4CJV A; 2OZS A; 3MDQ A; 3HVT A; 3CCU N; 2P9P B; 2ZJQ L; 5AQZ A; 2RF2 A; 2ITG A; 5CE3 A; 3IUC A; 2YHA A; 2BAN A; 3J80 O; 3SI6 A; 1Q7Y O; 3JAM O; 5HL7 L; 4JI6 K; 2VG7 A; 1C0F A; 1C0M A; 4B3M K; 3I8D A; 3SJH A; 2KLA A; 1OVQ A; 2BE2 A; 2VCP A; 2KFZ A; 3WNE A; 2W42 A; 1VQP N; 2V7Z A; 1BG3 A; 4CJT A; 3OBW A; 3WNF A; 3C7N A; 3O4Q A; 3V6D A; 2HNZ A; 4KRF A; 3VER A; 4FPA A; 3VQA A; 5E84 A; 1Q86 O; 3QIP A; 5AZJ B; 2G8F A; 5AQV A; 3KWI A; 5M1O A; 3NF7 A; 1RT1 A; 2QA4 N; 4DUZ K; 4E7H A; 3QNO A; 1BIS A; 2O4I A; 1EWQ A; 3DLK A; 4DTN A; 1S72 N; 5C12 A; 3DAW A; 4BRH A; 3K5M A; 3FZM A; 4CEB A; 4FJK A; 2P9U B; 3BZC A; 3CJ7 A; 3SQ4 A; 4C23 A; 3HP9 A; 1WBB A; 4LFC K; 4CHO A; 4B1V A; 3G71 N; 2Q1N A; 3V1Q A; 3GDQ A; 4FM0 A; 2IAJ A; 5FPM A; 1BIU A; 3CER A; 4DUY K; 4BC3 A; 3DI6 A; 1ZBS A; 4E1M A; 5AQM A; 3NF6 A; 1KFS A; 4CJ3 A; 4B3S K; 3BP8 A; 1SAZ A; 4AM7 A; 2HMP A; 5EY4 A; 5B8H A; 3NGY A; 2ZJP L; 4FOE A; 2Q0R A; 2GX9 A; 4KB1 A; 1ESV A; 3L2R A; 1TKD A; 2RKI A; 5J2Q A; 2OCE A; 4K41 A; 1WBD A; 1VSD A; 3NH0 A; 4M7X A; 4FWN A; 3JSM A; 3ZT0 A; 1JLB A; 1L3S A; 3WT0 A; 4AHV A; 1NK4 A; 4GW6 A; 4XEI A; 3M3Z A; 5ELZ A; 4I9L A; 5C2F A; 4UY8 O; 3IKM A; 1X9S A; 2NRR A; 3T7Z A; 1VSF A; 4IOC L; 3MXM A; 3D7E O; 3P83 D; 2PYJ A; 4ELU A; 1I3A A; 3ZET B; 5CHI A; 3KVG A; 1WOQ A; 2RN2 A; 1HNW K; 4IOA L; 3VF6 A; 2P9I B; 5GAE P; 1S5J A; 1JLA A; 2KQ2 A; 3EO3 A; 3T19 A; 3NVK A; 4CHN A; 1I94 K; 1HQU A; 1EWR A; 2P9S A; 5AQR A; 1LAW A; 3THW A; 5GIO A; 2DFE A; 4K42 A; 1K8A O; 1SKW A; 3CCR N; 3CFP A; 4A59 A; 1YIJ N; 3VA0 A; 4O4G A; 3L8B A; 2WC9 A; 4PHT X; 3OYL A; 4CJQ A; 3VGK A; 1JXE A; 3FFI A; 3O4W A; 4E1N A; 4BC4 A; 1BQN A; 4JKF A; 4NYF A; 4CJF A; 3KLF A; 2HND A; 2PAV A; 4MQ3 A; 4NO7 A; 4RWT A; 5HBM A; 1B9D A; 3VN5 A; 3PY8 A; 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4BGB A; 3C94 A; 2V52 B; 3C65 A; 4JKA A; 4BRM A; 4OLA A; 1JLG A; 4H0Y B; 3O9T A; 3F9M A; 3QO9 A; 4BR2 A; 1MA9 B; 1R59 O; 1KC8 O; 4A57 A; 3VQ7 A; 1T7P A; 5AQN A; 3QET A; 1LAV A; 2G8I A; 1A5V A; 4CHQ A; 1YAG A; 4LF5 K; 4KTQ A; 3SK3 A; 5D3G A; 4IWV A; 4A2B A; 2Q31 A; 2YX6 A; 1NGJ A; 3SQ2 A; 1BL3 A; 2LSN A; 3NF8 A; 1L3T A; 2UUA K; 3HRG A; 1C6V A; 3RMD A; 4J2D A; 5I3U A; 1RFQ A; 2RPI A; 1NNE A; 1YUW A; 1ASV A; 1UWB A; 2UXB K; 5HRS A; 3S3M A; 4ILJ A; 2NRX A; 2E2P A; 2FSJ A; 3AVF A; 1NK0 A; 1QSY A; 1EKE A; 3CI5 A; 4LF6 K; 3FZF A; 4YOW A; 1QQM A; 3S3N A; 3VMF B; 4IEI A; 1HLU A; 2A3Z A; 3EE8 A; 1VQ6 N; 4B9V A; 5AQT A; 4B1X B; 4YOV A; 3AO2 A; 4CF9 A; 3DRS A; 2OPP A; 4W5R A; 1NKE A; 4HUF A; 4WFA L; 1IO2 A; 2BGG A; 3ATU A; 4DS4 A; 4N5S A; 3CM5 A; 3OA9 A; 3LPT A; 4KTZ A; 1K73 O; 5JVH L; 2FXU A; 3EL2 A; 1VQM N; 2DFF A; 3BGR A; 4H0X B; 3AO5 A; 5BRF A; 4CF8 A; 4LF8 K; 2YI1 A; 2B6A A; 1Q81 O; 3H6E A; 1G15 A; 4M45 A; 5C2D A; 5KTQ A; 4FK0 A; 4OPJ A; 1RTI A; 3RMC A; 4M3X A; 5EXW A; 4M41 A; 2ASP A; 4BRI A; 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