The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR4 K; 4CVN E; 4JI3 K; 3J80 O; 5AJ3 K; 2E5L K; 4DV2 K; 4DV5 K; 4KHP K; 4DV6 K; 3JAM O; 4X66 K; 4LF5 K; 4AQY K; 5FLX O; 4JI5 K; 4DV1 K; 1HNZ K; 4B3S K; 4LF4 K; 4JYA K; 2UUC K; 4DV0 K; 4NXM K; 1N34 K; 1J5E K; 3J81 O; 4DR1 K; 4NXN K; 1XMQ K; 2UUA K; 2ZM6 K; 4K0K K; 1IBM K; 2UXD K; 4X62 K; 4V19 S; 2UXB K; 4LF7 K; 4B3M K; 1IBK K; 3T1H K; 4DR6 K; 4DUY K; 4B3R K; 4CW7 B; 5A2Q O; 1XMO K; 1HNW K; 1I94 K; 2VQE K; 4LFB K; 4LFA K; 1XNR K; 4X64 K; 1HNX K; 3J7A P; 1N33 K; 4JI7 K; 4B3T K; 4JI1 K; 4JI6 K; 2UXC K; 5BR8 K; 2UUB K; 4JI4 K; 4JI0 K; 4GKK K; 4DV7 K; 5IT9 O; 1HR0 K; 2F4V K; 4YY3 K; 4X65 K; 4LF6 K; 4YHH K; 4LF9 K; 4LFC K; 1XNQ K; 3T1Y K; 4DR5 K; 2HHH K; 4GKJ K; 1IBL K; 4JV5 K; 4JI8 K; 4DV3 K; 4DR3 K; 1N36 K; 3OTO K; 5LMU K; 4DV4 K; 4OX9 K; 3J7Y P; 1N32 K; 2UU9 K; 1FJG K; 4JI2 K; 4DR7 K; 4DR2 K; 5IWA K; 5LL6 Z; 4LF8 K; 2VQF K; 5LMN K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BVP A; 3LAM A; 3ZET B; 4KH4 A; 2E2P A; 4FWS A; 4DV2 K; 5C2D A; 4L3Q A; 3WNE A; 2P9L B; 2OPP A; 4QCL A; 4CHO A; 4E7J A; 2ASO A; 2XHB A; 3TAE A; 2O8B B; 4DSL A; 1ZBL A; 3BDP A; 2O4G A; 2IGI A; 5AZI A; 4B1Y B; 1KC8 O; 4ZTJ A; 3TTD A; 1F21 A; 1Z25 A; 1RCH A; 5F0X A; 5KPT A; 1KCF A; 3CFR A; 2F7T A; 1RTI A; 4CK1 A; 3I0R A; 2W6K A; 4CEO A; 3JSM A; 2OCE A; 3FR0 A; 3NVM A; 3V81 A; 3NVK A; 4FLW A; 3ZEU B; 4CF1 A; 4BDY A; 3FZH A; 4CFB A; 3HJF A; 1XMO K; 5AR0 A; 1EKE A; 4M7Y A; 4LFA K; 1LWE A; 3CCM N; 2VG5 A; 3J7A P; 4B9U A; 1JLB A; 1HKC A; 3H1V X; 3TI0 A; 4KRE A; 1NOZ A; 2YNF A; 3ZX3 A; 1HR0 K; 5EVZ A; 4CJT A; 3F73 A; 2YCH A; 3O9S A; 1QZ6 A; 3M1F A; 4YY3 K; 1T6C A; 1X3M A; 2CGK A; 4FJ7 A; 4DR5 K; 4W5T A; 2LSN A; 2OZM A; 4H5N A; 2WC9 A; 1BGX T; 4B9Q A; 4A5A A; 3QES A; 2PYL A; 4LH4 A; 3HM9 A; 1VQM N; 1C0T A; 1WNS A; 2E2O A; 3SAG A; 4BWM A; 5EY4 A; 5KPZ A; 2ZJR L; 1TL3 A; 4H5W A; 4DS5 A; 2D0P A; 2BAN A; 4B9V A; 3AA2 A; 4CD3 A; 4FVU A; 3KLG A; 5FDL A; 4DTS A; 3ID6 A; 2O8E A; 3O1B A; 1T3V A; 4YNQ A; 4I6M B; 4FLV A; 3OHR A; 4IFE A; 4PUO A; 1WBB A; 2A42 A; 3LDO A; 4H0Y B; 3VF4 A; 2H3G X; 2I7N A; 4BC2 A; 5C2F A; 3ZET A; 1HJO A; 5AQO A; 4I2Q A; 3TWH A; 5E84 A; 1BA0 A; 4JHD A; 4K43 A; 3NHG A; 4ZHR A; 1W0H A; 4CJ7 A; 3AO5 A; 1X9W A; 4E0D A; 3HVT A; 3SMP A; 1WBD A; 2JWL A; 1BQN A; 4DKW A; 1VSJ A; 3C6T A; 2YHB A; 1NGC A; 4CW7 B; 4KHS A; 2Q97 A; 4FW2 A; 2FSJ A; 1YJ9 N; 4K42 A; 3NH0 A; 1S3X A; 1TVR A; 4CJ3 A; 4CZM A; 4LFB K; 4IJN A; 4HTU A; 1NGG A; 3OYA A; 3OYE A; 4AHT A; 4CJS A; 4M7X A; 2O4I A; 1LAW A; 4DS4 A; 2Q2R A; 3H3N O; 3SCX A; 4CF0 A; 3DLR A; 4GMJ B; 2VWJ A; 4DV7 K; 1K8K A; 4M3T A; 2NZT A; 1ITG A; 2HHW A; 4AHU A; 4M3R A; 4CZE A; 1JL2 A; 3P5J A; 5FRO A; 4N47 A; 4DFP A; 5JS1 A; 3OYG A; 5HBM A; 3HRG A; 4FWL A; 3QEW A; 4DR3 K; 4I6M A; 3VGL A; 1MDU B; 4BGB A; 3KHY A; 3EYZ A; 2IVO A; 4CJQ A; 3J7Y P; 2P9K B; 4O0J A; 3WQT A; 3DJC A; 4DR2 K; 1SL2 A; 3MN6 A; 2G8H A; 1JLQ A; 2PAV A; 3SLC A; 3RTV A; 2AA4 A; 3HPO A; 2HBJ A; 4DR4 K; 4F2S A; 1B9F A; 2HHV A; 1WSI A; 1RT3 A; 3MXJ A; 4RWT A; 2ITG A; 2BDP A; 4N41 A; 4O0I A; 2RN2 A; 1YUW A; 3NCI A; 3VF2 A; 3S3O A; 3AAQ A; 4WF9 L; 1RDD A; 1W9H A; 2HOE A; 2A5X A; 4LF4 K; 4HCB A; 3B6P A; 1EWQ A; 3QIO A; 1NKC A; 4MQ3 A; 2IVP A; 3H45 C; 4JRP A; 4KTZ A; 2NRH A; 3C6A A; 3QFU A; 3MMV A; 5I3U A; 3J81 O; 3CCJ N; 2IC3 A; 1U04 A; 3H3O B; 4DR1 K; 1VSK A; 2YHY A; 4BRC A; 4K0K K; 4FJ8 A; 3SBG A; 4ILH A; 1XWL A; 5C24 A; 2CGJ A; 4AHV A; 1HUX A; 4FM1 A; 1RIL A; 5GAG P; 5AQX A; 1VSE A; 3QIC A; 3CJB A; 1TL1 A; 4HTL A; 2OYQ A; 1XC3 A; 4Z0U A; 4JS4 A; 3HVR A; 4DQQ A; 2D1K A; 3ZT2 A; 4JI6 K; 3NE6 A; 3PSF A; 1N6Q A; 1VQ8 N; 1GLE G; 3M6G A; 3C6H A; 1RDA A; 4GKK K; 3PX0 A; 4BRI A; 1QHA A; 1WSG A; 4IOX A; 2G8F A; 3I8D A; 3CQY A; 2IVN A; 1C0F A; 4EZ6 A; 1NKE A; 2OTL N; 3ATV A; 3OW2 M; 5KPR A; 3CC2 N; 3CCL N; 3RMC A; 2FSN A; 3WXK A; 5F1X A; 3VQQ A; 3CPE A; 4ISE A; 1EX4 A; 3O4Q A; 3V6D A; 3EO3 A; 1SQK A; 3CHW A; 4JKC A; 2XO7 A; 1QSY A; 4F3T A; 3ZT4 A; 4JI3 K; 4I2P A; 2O8E B; 3SMS A; 1EXQ A; 3CYM A; 3PIO L; 2QA4 N; 5HRO A; 1BA1 A; 1SKS A; 4UQG A; 5AFU H; 1NGB A; 1LWC A; 2KTQ A; 1ZC6 A; 1VSI A; 4QS7 A; 4KPY A; 3HPH A; 3TAG A; 1HNZ K; 5AQK A; 3D45 A; 4IEE A; 1Q82 O; 4CIF A; 3M8S A; 4RW6 A; 1Q8I A; 5JS2 A; 4FCY A; 3U4L A; 2P9N A; 1TK5 A; 2G8V A; 3K5M A; 4BG9 A; 2P5G A; 2HHS A; 1ATR A; 1JXB A; 1XMQ K; 3OBY A; 5HOO A; 1L3S A; 5K14 A; 3WQU A; 1VK0 A; 1S9G A; 3VQ4 A; 3HO1 A; 2QK9 A; 4H8K A; 2HF4 A; 2UXD K; 2GBZ A; 2O8C A; 4ILG B; 3WXJ A; 3ZT3 A; 1NGJ A; 4YOU A; 1X9J A; 4PKI A; 4YFU A; 1C1A A; 1OH8 A; 4FLZ A; 3ZT0 A; 4BRG A; 3D0P A; 3FGU A; 4YDU C; 4FM0 A; 3CD6 N; 3HOS A; 3KVG A; 4L8R B; 1TV6 A; 4FK0 A; 3Q7B A; 2VQE K; 4U67 L; 4CER A; 3UE5 A; 3CCE N; 3SBT A; 3WXL A; 3ASM A; 1YF5 L; 1HNX K; 1SAZ A; 3WEE B; 2O8F B; 4C8O A; 4F8R A; 4JKG B; 4YOR A; 1BCM A; 1YXQ A; 4IEI A; 4M3X A; 1J5O A; 3SAF A; 1QTM A; 1HJR A; 2F9T A; 4EAH D; 3FZF A; 2Q3S A; 4E1N A; 1Q81 O; 2F4V K; 1Y64 A; 3ZSW A; 3V9W A; 4DTO A; 3QNN A; 1A5X A; 3V1Q A; 5AQV A; 4FSV A; 1WB9 A; 2NRV A; 4IDH A; 5JIC A; 2J4R A; 3EZW A; 4CJF A; 1ASU A; 3F5T A; 1X9M A; 2KW4 A; 4DV4 K; 4BRL A; 4IG3 A; 4KI6 A; 4BC5 A; 2IOC A; 1JXE A; 1X9S A; 5TKY A; 1WUA A; 3FE1 A; 2JWK A; 4DLG A; 4W5N A; 3CET A; 2DPN A; 4E1M A; 1P8Z A; 1NK6 A; 1VQ5 N; 3LDP A; 4LC9 B; 2YV0 X; 2XRI A; 1IKX A; 3O3G A; 1KXP A; 1XI1 A; 1VQN N; 4KHY A; 3L2Q A; 3T1A A; 2Q0R A; 3E9P A; 4Q0B A; 3TPQ A; 4CEA A; 1W7A A; 1CXU A; 1X1P A; 3TSP A; 1ATS A; 1E4F T; 3V1O A; 1XQS C; 4E7L A; 3GDQ A; 1IKW A; 2F8S A; 3PV8 A; 4JYA K; 3NGZ A; 1J53 A; 3O3H A; 1IO2 A; 4DSI A; 2YHX A; 3BEX A; 3SV3 A; 3C94 A; 1S1X A; 5M1Q A; 2OTJ N; 1CXQ A; 3DLG A; 3TAM A; 4FYD A; 1NOY A; 1QS4 A; 4IBN A; 4ELV A; 4FLY A; 4BR4 A; 4FJM A; 4FK2 A; 4KO0 A; 4OPA A; 3D7E O; 3R1X A; 3ZYY X; 3E1Y A; 2G8I A; 1IBM K; 3C0B A; 1VRU A; 4DTP A; 1RDC A; 1L3T A; 2VYP A; 4CEQ A; 4KH6 A; 4DLE A; 2HHT A; 5AQG A; 3GL1 A; 3O6W A; 1QSL A; 5C12 A; 1N5Y A; 4Y1D A; 1GLJ O; 4CF9 A; 4DTR A; 3SJH A; 4BRK A; 3O4N A; 3AVH A; 4B1X B; 4FXD A; 4WYB A; 5FPE A; 1RDB A; 3DLE A; 5BR8 K; 4MLH A; 3TAQ A; 2P9K A; 4O55 A; 3SPY A; 1LW2 A; 4NCA A; 2D4W A; 3VER A; 2B6A A; 3IMX A; 1NGI A; 1NGE A; 2QM1 A; 4ILJ A; 5AQH A; 3RSE A; 5BN8 A; 3RWU A; 1LCU A; 3AVB A; 3SJJ A; 3IDH A; 4AH9 A; 5DM7 L; 1GLF O; 2GEL A; 3AAP A; 3UKU B; 3KLE A; 4M42 A; 3KK3 A; 3R6M A; 2QXF A; 3AGR A; 4FWK A; 1NGH A; 3KJV A; 1FK9 A; 1G15 A; 3ID8 A; 3UKR B; 3VES A; 3ZX0 A; 3NMU A; 1QHT A; 4CFD A; 1SKW A; 1QQC A; 4NB4 A; 3T3F A; 2D0O A; 3I33 A; 5CZ1 A; 3KD5 E; 3OYF A; 4OKJ A; 2PFU A; 2ZJP L; 1M1K O; 1VQ4 N; 1NGF A; 4IDK A; 4U7B A; 1NGA A; 3K0S A; 2YJF A; 3PX6 A; 1QQN A; 1S5J A; 3KLF A; 2FLO A; 2VG6 A; 2HNZ A; 2ZJQ L; 4AF1 A; 2XY7 A; 2WTU A; 1UWB A; 3L3U A; 3CXC M; 4JKG A; 1B9D A; 5JLH A; 4X66 K; 3WT0 A; 1Y97 A; 2E6L A; 3DXM B; 2A1R A; 3OBW A; 1GOC A; 4NLC A; 1U47 A; 4CJ5 A; 1TUY A; 3JXU A; 4FO0 A; 3AVG A; 1H1V A; 1YJN N; 1NJZ A; 4E19 A; 2ZQB A; 4CE9 A; 2ATQ A; 1S1W A; 3CME N; 5CR4 A; 3EE9 A; 3O08 A; 3OYJ A; 4EIA A; 1HMV A; 3QEI A; 2QI2 A; 3HBT A; 1EO1 A; 4IFY A; 1REV A; 3EE8 A; 4PQU A; 3DLK A; 5AZJ B; 4DUY K; 3T1H K; 5A2Q O; 3MAQ A; 1KVB A; 3K2P A; 1TKT A; 1RBS A; 3I55 N; 3NF8 A; 1KLM A; 1S6P A; 3P1G A; 5DK5 A; 4BRM A; 3H6E A; 4B3O A; 2Q36 A; 5JLF A; 2X74 A; 3AVF A; 3EEQ A; 4DWI A; 4I7F A; 3P39 A; 1BQM A; 1JL1 A; 2XY6 A; 5GAD P; 4YOW A; 3QEV A; 3OJU A; 4B8C A; 1D5A A; 4X65 K; 4OPK A; 1GOB A; 4WCE L; 3U3G A; 5EU7 A; 2V52 B; 2ZF5 O; 3HM8 A; 2P5O A; 4DG1 A; 1K73 O; 2Y1J A; 4CK2 A; 4KHQ A; 2EHG A; 3VF6 A; 4DV3 K; 1YI2 N; 1RNH A; 3IUC A; 2IIR A; 3QBW A; 4IFV A; 1I3A A; 2HST A; 5LMU K; 1YVN A; 3C95 A; 3O9U A; 4KBO A; 4OX9 K; 2KZZ A; 3K59 A; 2B5J A; 1MWM A; 3AA3 A; 3ENH A; 5M1K A; 5IWA K; 4BR0 A; 3F9K A; 3OYK A; 1HYS A; 5AQT A; 4M45 A; 5GAH P; 5CY4 A; 1TKZ A; 3LPU A; 5I42 A; 1YJW N; 2EX3 A; 4AHC A; 1BOT O; 4CJ4 A; 1LV5 A; 4CF2 A; 2YNG A; 5EXW A; 1C1C A; 4DV6 K; 4Z4F A; 3MCA B; 3ZEU A; 3ZSV A; 3LAN A; 4B8A B; 4BE2 A; 4DTN A; 1HX1 A; 4BGA A; 2NRX A; 3ZLJ A; 3OYN A; 4NXM K; 3SYZ A; 3WNF A; 3ITH A; 4JKE A; 3DXK B; 4ID5 A; 1NK0 A; 3EZ5 A; 4M3U A; 4BR5 A; 4CK3 A; 1L3U A; 4CGJ A; 1EP4 A; 2YKM A; 5AQI A; 4W5O A; 4AM7 A; 2ZM6 K; 4RTF D; 3EKU A; 2HBL A; 3SQ0 A; 5J2P A; 2ZE2 A; 4PKH A; 5AQR A; 4CIG A; 5ELZ A; 1K8A O; 1K9M O; 2XY8 A; 3A5M C; 5MLC Q; 3HP9 A; 5BN9 A; 3KWI A; 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5KGW A; 4CGG A; 1IBK K; 3VA3 A; 4WQ5 A; 4FW1 A; 3D2F A; 3VEY A; 4B3R K; 3ZSY A; 3AO1 A; 5HRP A; 2YNI A; 1T44 A; 3LP2 A; 5M1N A; 2X6N A; 2HVH A; 1IH7 A; 1KSP A; 1XNR K; 2G8U A; 4B1V A; 3PY8 A; 4O5F A; 1UA0 A; 4Y0W A; 4KTW A; 3LZI A; 3LM9 A; 4M3W A; 4H0T B; 3WEE A; 4FWO A; 4JI7 K; 2P9N B; 4EFH A; 3SUQ A; 4JEP A; 3SAH A; 5BPL A; 3CI5 A; 1MA9 B; 3MX2 A; 4CHY A; 3KKR A; 1EWR A; 2RE2 A; 4CJP A; 1UOC A; 2Z1G A; 3LM2 A; 4JNE A; 4FOI A; 5M1F A; 1RFQ A; 1S1V A; 3GBT A; 2P9P A; 4JK8 A; 4CZG A; 1U4B A; 4BRF A; 4DQP A; 4IOC L; 3CCS N; 3RR7 A; 3UKU A; 3S41 A; 4BE0 A; 3VEN A; 4CFA A; 2IAJ A; 2KQ2 A; 1J6Z A; 1FJG K; 4JI2 K; 4WQ4 A; 2WFB A; 3VEV A; 5FPN A; 3CER A; 2D0B A; 3W3D A; 3OYC A; 1A5W A; 2P9S B; 4AHS A; 5AQZ A; 1EET A; 2E1Y A; 1VQK N; 4FJI A; 2E5L K; 4XIU A; 3SQ4 A; 4BVO A; 3DXK A; 3HXM A; 4EZ9 A; 1YT3 A; 2YKN A; 3AA4 A; 3IRX A; 4OVL A; 3JAM O; 1JCE A; 3TAN A; 4BR9 A; 5I9E B; 4KFB A; 3P38 A; 4F9O A; 2GWJ A; 2P9I A; 2UUC K; 1M90 O; 4Z4H A; 4Z4G A; 3VPZ A; 2HW3 A; 1NMD A; 4KB0 A; 2AP1 A; 4LD0 A; 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