The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 4DR3 K; 4V19 S; 3J7Y P; 4JI5 K; 5FLX O; 1I94 K; 4JYA K; 4LF6 K; 4DR4 K; 1IBL K; 1XNR K; 4JI1 K; 4B3S K; 5BR8 K; 4AQY K; 4LF7 K; 4JI3 K; 2HHH K; 4X65 K; 3J7A P; 4LFB K; 5IWA K; 4X62 K; 4YY3 K; 4DR2 K; 3JAM O; 4JI7 K; 4GKJ K; 4DV4 K; 4DV6 K; 3J80 O; 5A2Q O; 1N33 K; 4NXM K; 1XMQ K; 1HNW K; 2UXC K; 2VQF K; 5AJ3 K; 2UXB K; 1HNZ K; 4B3M K; 4DV7 K; 2UU9 K; 5LL6 Z; 5IT9 O; 4JI4 K; 1FJG K; 1XNQ K; 4LF8 K; 1XMO K; 1N32 K; 4DV3 K; 3OTO K; 4DUZ K; 4LF4 K; 4JI6 K; 2VQE K; 1IBM K; 4JI0 K; 1IBK K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4DUY K; 4LF5 K; 4JI8 K; 4LF9 K; 4X66 K; 4DR1 K; 2UUA K; 4K0K K; 4DV5 K; 3J81 O; 2E5L K; 2UXD K; 4JI2 K; 1HNX K; 4B3R K; 2UUB K; 4NXN K; 4KHP K; 4YHH K; 4CVN E; 1N34 K; 4B3T K; 4DR5 K; 1N36 K; 4DR6 K; 4X64 K; 4LFC K; 4GKK K; 4DV1 K; 1J5E K; 2F4V K; 1HR0 K; 2UUC K; 4OX9 K; 4DV2 K; 4JV5 K; 4CW7 B; 5LMU K; 3T1Y K; 3T1H K; 5LMN K; 4DR7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JN4 A; 4FM0 A; 4FK2 A; 5HBM A; 4OPA A; 3AA3 A; 5BPN A; 5LY3 A; 3LP1 A; 1NGH A; 4BDZ A; 4JRQ A; 2QI2 A; 2KHO A; 3ATV A; 1Y97 A; 3KKR A; 4DR4 K; 2OTL N; 4CEZ A; 4DU3 A; 4M3X A; 2HHQ A; 3DMJ A; 1ASV A; 4CFB A; 4DTN A; 1S72 N; 3QEI A; 1O1W A; 3G4S N; 1K73 O; 1U47 A; 5DM6 L; 1W97 L; 1NK7 A; 1Q7Y O; 4BR5 A; 4F3T A; 1NGG A; 1GLD G; 2BDP A; 4CIE A; 3RSE A; 4EZ6 A; 1GLF O; 3JAM O; 4O8K A; 4F2R A; 4YOY A; 4FM1 A; 4N47 A; 3L2U A; 1NJX A; 3AVA A; 3O9T A; 3KK1 A; 1RGI A; 3Q7B A; 4IBN A; 4KHU A; 4H03 B; 3DM2 A; 5HRO A; 3EY1 A; 3VGL A; 1ILY A; 1N5Y A; 3U9Z A; 3AGK A; 2HHW A; 3AVH A; 4YDU A; 4M3Y A; 5F2R A; 4B1X B; 1RT1 A; 3CQX A; 5TKY A; 3THY A; 3AO1 A; 3CER A; 4LF8 K; 2P9N A; 3CC2 N; 4DF8 A; 3I55 N; 3C6A A; 1Z25 A; 3HL8 A; 2G8V A; 4ILG B; 4OVL A; 1X9J A; 1YTU A; 4MDB A; 3G6E N; 1XI1 A; 1NK5 A; 4JI0 K; 2ZWH A; 1ASW A; 2GUI A; 1GLE G; 4DUY K; 1T7P A; 4KTQ A; 4BC2 A; 1NNE A; 1L3U A; 3TSP A; 4DTM A; 1EQY A; 3OVN A; 3P39 A; 3OYF A; 1KD1 O; 1X9W A; 2P9L A; 3P1G A; 3HK2 A; 3AVB A; 4U67 L; 1HNX K; 1QZ6 A; 4CZL A; 1ZBI A; 3U6F A; 1S6Q A; 3VEZ A; 3T1A A; 3V9X A; 4IDK A; 1K9M O; 4YFU A; 4FWN A; 3AA4 A; 3F9M A; 3LP0 A; 4QS8 A; 2A6A A; 4U7B A; 4NYN A; 5E26 A; 3T1Y K; 3MN5 A; 2WUS A; 3QBW A; 3CJC A; 1IKW A; 4RWT A; 4JHD B; 3AA5 X; 4W5O A; 1WB9 A; 2GUP A; 3V9W A; 1NJI O; 3WEE A; 1K8K A; 2E2P A; 3VQC A; 3CHW A; 4A57 A; 3CYM A; 1YVU A; 3RR7 A; 3OW2 M; 1W2B M; 1HQE A; 1QZ5 A; 2YJE A; 5KGW A; 3JXU A; 3NGY A; 3MAQ A; 4FJ8 A; 1NK4 A; 1IKX A; 3HRG A; 4GW6 A; 4DSK A; 3IUC A; 3ZSY A; 4W5T A; 1DTQ A; 1NWK A; 3HT3 A; 4FWP A; 3AVC A; 3LAL A; 4GVE A; 4JKB A; 3D2F B; 3CME N; 1HUX A; 4FZY A; 2OZS A; 4GKJ K; 4W5N A; 3CCL N; 1NGJ A; 2QWP A; 4EHU A; 3O5B A; 1OH7 A; 3ENB A; 1VQM N; 2UU9 K; 1RT2 A; 3U3G A; 3OYK A; 2QW9 A; 5C2D A; 3V9U A; 2D0B A; 5J2M A; 3WNE A; 4J2B A; 3OS2 A; 4DTU A; 5HRR A; 4PL7 A; 4H0T B; 1NOZ A; 3PO5 A; 4O5F A; 2DFE A; 4ILJ A; 4BRG A; 2ZF5 O; 4E7J A; 3AVI A; 4CJQ A; 1KC8 O; 1C0T A; 1T44 A; 4L8R B; 3U3Y A; 4DQS A; 1U45 A; 3KWI A; 4MO5 A; 1VRT A; 4JI8 K; 3HVR A; 4M3T A; 4CHZ A; 1EX4 A; 1VSM A; 4Z4F A; 1EO1 A; 1JLG A; 2Q1N A; 4DS4 A; 3BF3 A; 4B3R K; 2HOE A; 3P83 D; 1NMN A; 3SJJ A; 1VQ5 N; 3EZW A; 4HTU A; 1CXQ A; 5BR9 A; 1HJR A; 4JKA A; 3TSQ A; 3S3O A; 5BPL A; 3V81 A; 3T1H K; 1S3X A; 2VWK A; 1SQK A; 4YOX A; 2BGG A; 1BUP A; 3ZT4 A; 2F8T A; 3VGM A; 2CH5 A; 3OYM A; 1D4X A; 1HQU A; 2DFF A; 1YF5 L; 2HBL A; 4BG8 A; 4KH5 A; 5CY4 A; 1ZBL A; 1BU6 O; 3ZSX A; 5HRN A; 4M3Z A; 4JYA K; 3TTD A; 1W0H A; 2ASM A; 3DLB A; 4DQ8 A; 1YUW A; 4Y1C A; 3VEO A; 3ATU A; 1QE1 A; 1YI2 N; 5CYQ A; 4CFA A; 3CC7 N; 1QQC A; 1KAY A; 1DTT A; 1NJY A; 4UQG A; 3W0L A; 1J53 A; 3LDQ A; 3RTV A; 4B9V A; 1R0A A; 2VG6 A; 4YOW A; 4DV6 K; 4E89 A; 4K41 A; 1JXB A; 4BRC A; 2VQF K; 4DB3 A; 1WAJ A; 3TAG A; 1RCH A; 3F9K A; 3A5L C; 1RFQ A; 1XC3 A; 2WFB A; 5M1Q A; 4CEA A; 3MK6 A; 1FJG K; 2O8B B; 1TL3 A; 4RW6 A; 5AQS A; 3LDS A; 2P9I B; 2G8U A; 1WN7 A; 2KFZ A; 1W9H A; 4PL8 A; 1FXX A; 3VEX A; 3M1F A; 2V7Y A; 4BRN A; 2FSK A; 3P5J A; 3K5L A; 3WXM B; 3NGI A; 4AH9 A; 1D8Y A; 3WXK A; 2FBY A; 4XEI A; 3HOT A; 3FR0 A; 2H3G X; 3AVJ A; 4MLH A; 3E9P A; 3TAB A; 1CZB A; 3NH2 A; 4AIL C; 1KTQ A; 1UA0 A; 4X64 K; 1BIS A; 2XY8 A; 3NF8 A; 3EZ5 A; 2V52 B; 3VET A; 3QEW A; 1BL3 A; 1LWE A; 3FGU A; 1I3A A; 3OA9 A; 3ZT3 A; 2OPR A; 1P90 A; 5GAH P; 3I8D A; 4K42 A; 5KI6 A; 3LPU A; 3SUN A; 4CBX A; 2QK9 A; 4CK2 A; 2W41 A; 2WON A; 4DG1 A; 4EHT A; 1NGI A; 5JS2 A; 2PY5 A; 3IRX A; 5DM7 L; 4M42 A; 4QS9 A; 2GTD A; 5AFU A; 1SKS A; 1A5X A; 2NRZ A; 1GOC A; 4BAC A; 2QKK A; 3ZSR A; 4KAZ A; 3NF7 A; 4OLA A; 3ZT2 A; 4AM7 A; 5AQQ A; 4FW1 A; 2E2N A; 3QFU A; 3E9O A; 4CJ4 A; 4CGG A; 3KHY A; 4JI7 K; 3LWM A; 1TYQ B; 4JK9 A; 4CEC A; 4EIA A; 1BI4 A; 3CC4 N; 5A2Q O; 3J8A A; 4K43 A; 1VAZ A; 4CEB A; 2ATQ A; 5AQI A; 4I7F A; 3NE6 A; 2IS3 A; 2LSN A; 3O9Q A; 5BRH A; 1GLB G; 3CIP A; 3MEE A; 4H0V B; 1FKP A; 1XC9 A; 3RWU A; 3PUF A; 3VN5 A; 4B1U B; 3EYZ A; 3G0Z A; 3CFR A; 4E7H A; 4RW7 A; 3TAN A; 4DSE A; 1BGX T; 5CHI A; 1S1T A; 2NLX A; 3QBX A; 4LD0 A; 3BDP A; 1C1A A; 1KAX A; 4GNI A; 3JYT A; 4DQI A; 1BQN A; 3VES A; 4L3Q A; 4O8U A; 3R9P A; 3OJU A; 3FZK A; 1J9A A; 4JI2 K; 1T05 A; 3MN7 A; 4CJW A; 2PZS A; 1WSJ A; 3MCP A; 1MWM A; 1NLV A; 1DKG D; 1LW2 A; 2Q36 A; 4IG0 A; 4BRQ A; 2R7Y A; 2Y1I A; 2PYJ A; 3KLI A; 4AHS A; 4C8N A; 1RBU A; 2Q31 A; 2A42 A; 2OPQ A; 4DS5 A; 3SAH A; 1HYZ A; 3MCA B; 4IO8 A; 2HHX A; 1JCG A; 3C6H A; 1D9D A; 1S9G A; 4EZ9 A; 4C8L A; 5B8H A; 3MX2 A; 3O3F A; 1NM1 A; 2XO7 A; 4WQ4 A; 3QES A; 4DLE A; 4FWO A; 3SNN A; 2WC9 A; 3K5O A; 1YJ9 N; 5FLX O; 1I94 K; 3O4W A; 3OBW A; 4CJ3 A; 3CJA A; 1E4G T; 4GV3 A; 4TSX A; 4B9Q A; 4PUO A; 1OKJ A; 5J2P A; 3ZX3 A; 3N4P A; 3BUZ B; 3SBG A; 2YI1 A; 4LF7 K; 3QIN A; 2HHV A; 1J54 A; 4CEF A; 2YNH A; 4OKK A; 4DLG A; 4CEE A; 1YXQ A; 2FLO A; 4WQ5 A; 5HLF A; 4BE0 A; 4FWM A; 1QVG M; 2O8E B; 2O8D B; 1XHX A; 1S9E A; 5FPD A; 2O8B A; 5M1O A; 3PSF A; 4CZI A; 3KVG A; 3OYL A; 4BWJ A; 1BCO A; 2P9I A; 4E1J A; 2QKB A; 3MMV A; 1ATR A; 3KZB A; 3HVT A; 4A5B A; 3L6Q A; 3MXJ A; 3QNO A; 5KPT A; 3V9S A; 3D0P A; 4KTW A; 5ADX A; 1ASU A; 4C8M A; 3I56 N; 2IVN A; 3WXL A; 4Z4C A; 4CJS A; 3SMP A; 3C65 A; 1NGC A; 4DUZ K; 1QSS A; 3ULD A; 3FFI A; 2OCE A; 2IC3 A; 1JCE A; 1VSH A; 1UA1 A; 1BQM A; 2VQE K; 4I2Q A; 2A40 A; 3L8B A; 2YHW A; 3RMD A; 4FL9 A; 2G8I A; 1WBB A; 1TKT A; 1UOC A; 3DLK A; 3HO1 A; 4DKW A; 1W7A A; 1SS6 A; 5AZI B; 3ZLJ A; 2HVH A; 2QWQ A; 4CI6 A; 2I7P A; 4IEE A; 4LH5 A; 4BR0 A; 1T3V A; 3MED A; 4CK3 A; 5EXW A; 3PX4 A; 3KK3 A; 4JRP A; 5M1P A; 1DGK N; 1VQP N; 4B3T K; 1MWK A; 1HPZ A; 2YHX A; 2QA4 N; 4JV5 K; 2X74 A; 3MX5 A; 1RTD A; 4FK0 A; 5J1E A; 2FSJ A; 4FOE A; 3TWH A; 2EHG A; 1ZBS A; 4I9L A; 3CCE N; 5SZT A; 1VQ9 N; 2D0O A; 2VGN A; 5CYM A; 1SL0 A; 3OYC A; 4YNQ A; 4LF6 K; 4FZX C; 2Q0R A; 1TYQ A; 1KAZ A; 1BHL A; 4B3S K; 1Q18 A; 4A5A A; 4MLE A; 3UKR B; 5AZJ B; 3GBT A; 2I7N A; 2GX9 A; 5JS1 A; 3M6G A; 4WFB L; 1TK8 A; 3KJV A; 3ZEU B; 4FJ9 A; 1HKC A; 5AQL A; 5IWA K; 4ID5 A; 4HUE A; 3PO4 A; 3VEV A; 3C6U A; 3CCU N; 4KB0 A; 3THW B; 4ZHR A; 4H0P A; 2GEL A; 2Z1J A; 5AJ3 K; 1BA1 A; 1KLM A; 3D2E B; 1SL2 A; 3SJH A; 2E1Y A; 4W5Q A; 3E1Y A; 5I42 A; 3ULE B; 3OYD A; 4CZF A; 1TKD A; 2F7T A; 4CJL A; 1NK0 A; 3ID6 A; 3SMS A; 4K8Z A; 2FBV A; 4IG3 A; 2QXL A; 1L3S A; 1G99 A; 2NRV A; 4N41 A; 5AQW A; 3IMX A; 3AVK A; 2CGK A; 4H8K A; 1QHA A; 4BDP A; 3O8M A; 3THV A; 4JS5 A; 1SAZ A; 4J2D A; 1S1X A; 1WSF A; 2E6M A; 5AQF A; 4PWD A; 3F5T A; 4JKE A; 3QDK A; 1OVY A; 4BDY A; 2X6N A; 3HST B; 4DTS A; 3GDQ A; 1GOA A; 3TTF A; 2UXD K; 3SAG A; 2HHT A; 1ZBU A; 5LJW A; 4NXN K; 4FK4 A; 4A2A A; 1HMV A; 3U4L A; 2P9P B; 1N34 K; 3SUP A; 2WBN A; 3M8Q A; 4B08 A; 3OY9 A; 4DR6 K; 3VQ8 A; 2ZGZ A; 1NGF A; 1RBR A; 1KVB A; 3IAY A; 3CXC M; 1EWR A; 1NK9 A; 5AQG A; 2E1Z A; 4CJP A; 4CZM A; 3D7E O; 4DR3 K; 1BIZ A; 3CM6 A; 1B9F A; 2QTD A; 1TK0 A; 2PAV A; 1YAG A; 3I0S A; 3OBY A; 3ZSW A; 1ATN A; 2O8E A; 1R59 O; 2CGJ A; 2FF6 A; 3LAN A; 4CHO A; 3RR8 A; 3F2K A; 5M1K A; 3HBT A; 5KQ8 A; 4YOT A; 3SLC A; 3F73 A; 1BCM A; 3M3Z A; 2RF2 A; 4G1Q A; 4DMN A; 2D0A A; 4CER A; 3CCV N; 1RDA A; 2ZD1 A; 1L5U A; 4FLW A; 1KLN A; 3VA0 A; 1KXP A; 4DTR A; 1H1V A; 1B92 A; 1NGB A; 4DV4 K; 1EXQ A; 3VF2 A; 3TAQ A; 1JLA A; 3KD1 E; 3VOV A; 3DRP A; 2I5J A; 3VF6 A; 4FWS A; 2E20 A; 1DT9 A; 4Q0B A; 3BGR A; 3SQ4 A; 3HPO A; 3VF4 A; 1TK5 A; 4BG9 A; 4CD1 A; 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3P31 A; 5MLC Q; 4FJI A; 4YOV A; 3T3F A; 2ZGY A; 2OPS A; 3BZK A; 2D4W A; 1Y64 A; 2W6L A; 1U48 A; 3R1X A; 4IWV A; 3A5N C; 3GE1 A; 1NKE A; 1YJN N; 3S41 A; 1D9F A; 1RT4 A; 2PFU A; 5CZ1 A; 2BH1 A; 4JKD A; 4AHT A; 4C8K A; 3CD6 N; 1WOQ A; 4O4G A; 1X3N A; 1QTM A; 4JKG B; 2YNF A; 4OJR A; 3LP2 A; 3VQQ A; 4CES A; 2P9P A; 3CPW M; 3ZSQ A; 4CJE A; 3EEQ A; 3L4I A; 3O08 A; 1OH8 A; 4WFA L; 2HBM A; 2E5L K; 1YTA A; 4O44 A; 3NF6 A; 3AO5 A; 4JK7 A; 4RW9 A; 1D5A A; 2BTF A; 2HNZ A; 4EP4 A; 3VGK A; 4AM6 A; 4KHP K; 4CHQ A; 3DXM B; 1YIJ N; 5JLF A; 2QM1 A; 2P9S B; 1VRU A; 1RBV A; 1FW6 A; 4FVM A; 4KH6 A; 2ITG A; 4KO0 A; 4NCB A; 4IFE A; 3NBP A; 3QET A; 1YJW N; 3U9D A; 3EKU A; 3AVG A; 3PIO L; 4H0O A; 3IKM A; 4JHD A; 2EX3 A; 4WFN L; 1UWB A; 1IBL K; 1KQS M; 4JI1 K; 1QSL A; 3L2Q A; 3LWL A; 3H1V X; 2ITM A; 4OO1 J; 3QEV A; 1KRP A; 4KRE A; 4CZG A; 1JL2 A; 3BP8 A; 5T7B A; 3SPZ A; 3E01 A; 3DLH A; 2O8C B; 3OHR A; 4DFJ A; 4RG8 A; 3PSI A; 3SAF A; 1TVR A; 1C0U A; 5I3U A; 2Z1G A; 1NMD A; 3D2F A; 3ZT0 A; 1JLB A; 2X78 A; 2QWM A; 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