3M6GA

Crystal structure of actin in complex with lobophorolide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
366
structure length
353
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two molecules of lobophorolide cooperate to stabilize an actin dimer using both their "ring" and "tail" region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 125
structure length 353
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m6gA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m6gA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m6gA03
3MK6A 2P9LA 5AFUA 3ULEA 4BVPA 3BEXA 5AQWA 3BUZB 2FSNA 1QZ6A 5KPRA 2HMPA 5BPLA 3WQTA 2DPNA 1QQOA 5AZJB 5LJWA 4BRCA 3VETA 2P9SA 4WYBA 3H1VX 1NBWA 3J8AA 3EZWA 4FWQA 3AY9A 2ZGYA 3P4IA 2KHOA 3CETA 3VERA 1S22A 4JHDB 3M1FA 3A5NC 3O1BA 1BO5O 3FFKB 1YVNA 3AAPA 3UKRA 4NB4A 3WXKA 2YJEA 1Z6RA 2CH6A 4QS8A 2W41A 2NLXA 2A41A 4BR9A 1BU6O 3CJBA 1JCFA 2YJFA 4I6MA 5JMVA 3CJCA 1C0GA 1NLVA 1U6ZA 3LDLA 4ISFA 2ASOA 4JNEA 3GBTA 5JICA 2Q31A 3IMXA 5AQYA 1BA1A 3O8MA 4H0PA 5FPNA 1XC3A 3A0IX 2F9TA 3EN9A 3O08A 4LC9B 4BR7A 1GLCG 2P9NB 2BUPA 1U2VB 3W3DA 3WEEB 5F1XA 1T6CA 3WQUA 2FF6A 4C23A 5FPEA 4RCHA 2QWNA 3IFRA 3SJHA 4Z94A 2NRHA 3D2EB 1NGEA 1NGCA 2Q36A 2PBDA 5E84A 2A42A 1QQNA 3SLCA 1SQKA 1E4GT 2Q0RA 1T6DA 4YDUC 1RDWX 1SAZA 3ZX2A 1K8KB 3TPQA 1RFQA 4MLEA 3R9PA 2FLOA 2P9PA 2GUPA 2QWLA 3CJ7A 3U4LA 5FPDA 2E2OA 3R6MA 2P9IB 2GWKA 3MN7A 1D4XA 4MO4A 4L3QA 1GLAG 4FOIA 4QS7A 4DHYA 1NGAA 5ADXA 3C7NA 1GLEG 4IJAA 3QFPA 4BRHA 4BREA 5BRHA 4B9QA 5AQXA 3H46O 5AQRA 1JCEA 5BRDA 2VWBA 4FSVA 2QWRA 2QM1A 5FPMA 3GOIA 4CZFA 2P9UB 1E4FT 1P8ZA 2HF3A 3VF2A 3D2FB 3LDQA 4FOEA 4ISEA 1YAGA 2P9LB 3WUHA 2OANA 4H0VB 1HPMA 2ASMA 2HF4A 4BG8A 2VYPA 3VGKA 3O5BA 1WOQA 1S3XA 2P9SB 3QB0A 3CERA 3ZX0A 4WQ4A 2VCPA 4BR0A 1HKGA 3I8BA 3WXIA 3VGMA 4CZHA 1HJOA 1YUWA 4O8KA 5JLFA 3QBXA 4BR5A 5AQMA 2YHYA 1BA0A 2AA4A 2E20A 3UKRB 3QMLA 2CGKA 3H3OB 4FWNA 5EX5A 1BOTO 4BG9A 5LJVA 1QZ5A 4FWPA 4A2AA 3EO3A 3FZKA 2WUSA 3CI5A 3DXKA 2ZF5O 2D0OA 3KZBA 1YXQA 3LL3A 5AZIA 3SK3A 4M63C 4BR4A 1BUPA 2E2PA 4CI6A 2V51B 4B1XB 5B8HA 3H1QA 1MWKA 3ATUA 3LM2A 4CZIA 3ATVA 5EY4A 4EAHD 3VGLA 4IJNA 3H3NO 2IVPA 3UB5A 4CZEA 2J4RA 1ZC6A 3CJ9A 4DCHA 1DKGD 1HKBA 2E2QA 2E1ZA 5AQPA 3RSEA 3O80A 1H1VA 3AAQA 3FE1A 3FZFA 4B1ZA 4CZLA 1ATNA 2E8AA 1BG3A 5I9EB 2A40A 4MO5A 3HZ6A 3FLCO 3MDQA 3SMPA 2GTDA 3ZEUB 2GWJA 4XH4A 2QWMA 2P9PB 3QICA 5LY3A 1NGDA 1G99A 4PL8A 1GLLO 4BRGA 3GE1A 3R8EA 5CE3A 1GLFO 4IXCA 3ID8A 1NGIA 4K41A 3BF1A 3LDOA 4H5VA 4RTFD 3C7NB 2FSKA 2V7ZA 1X3NA 1OKJA 1XQSC 3ZETA 4BC3A 2P9KA 5KQDA 1X3MA 4IZ9A 2UYTA 4EFHA 3SMSA 1HKCA 4JD2B 1V4TA 3WXJA 3O4WA 3BF3A 1NGBA 4BRIA 5EXWA 3MN9A 5AQZA 3A5MC 3L4IA 4FWSA 3F9MA 3JXUA 5AQTA 3VENA 3FGUA 2PAVA 2NZTA 5AQNA 5EVZA 2YHWA 2HOEA 1DEJA 3LDNA 5AQJA 4H5TA 2W40A 2ZGZA 3HI0A 3M6GA 4K43A 5F2RA 3H6EA 3VEOA 4A62A 4BQLA 4H5RA 4FPBA 4GY2B 3A5OC 3I33A 4B1YB 4H0TB 5AQOA 3CIPA 3EL2A 5BREA 1NWKA 3S41A 4XEIA 1NGHA 3MN6A 3M3ZA 1HX1A 3VPZA 1TYQB 3VOVA 4H5WA 4FWKA 3CQYA 2GEMA 2P9NA 4EHUA 3VEVA 3U9ZA 3VEXA 4BGAA 1R59O 1Q18A 3CJ1A 4FWOA 3HSCA 4H0XB 3ULEB 4A2BA 4H03B 4CJ7A 2YCHA 4WQ5A 3HBTA 3DXKB 2Q1NA 1IG8A 2I7NA 2YI1A 1KAYA 3HM8A 1NGFA 3DXMA 1RGIA 4CBWA 5BPNA 1MWMA 4FWRA 3QDKA 4M7YA 1ATSA 3A5LC 2E1YA 3LDPA 4PL7A 4B1VA 3KHYA 1ATRA 4H0OA 4QS9A 1KXPA 2P9IA 3DWLA 2QXLA 3RSEB 3UKUA 1ZXOA 1NMDA 4WQ4C 4F9OA 2Q0UA 1EQYA 5AQFA 2ZWHA 3O1WA 5AQLA 1BWFO 4FO0A 5AQIA 5BN8A 4BC5A 4I6MB 4PKGA 4PKIA 2AP1A 2BTFA 4BQZA 4EIAA 1X9JA 4O5FA 4BC2A 3JS6A 1QQMA 4DB3A 4BRLA 5BRFA 4BVOA 3EKUA 4BRMA 4M7XA 1LOTB 3D2FA 3L6QA 1Z05A 3WXLA 4NO7A 3FR0A 3VF4A 4FWLA 4BRPA 1TUYA 4BRNA 1LCUA 5BN9A 3ZETB 2P9KB 5AQSA 3U9DA 1KAZA 4CBXA 2FSJA 2QWOA 3FZLA 2ITMA 3FZHA 1IJJA 4HTLA 3W0LA 1C0FA 3MMVA 5AQVA 3CHWA 1NM1A 2E2NA 1GLDG 1HUXA 1NGJA 1SZ2A 3B8AX 2Q97A 4BRKA 4CD1A 1HLUA 3GG4A 3LM9A 4BC4A 3FZMA 5KPTA 5AZJA 3IUCA 3EKSA 4CZKA 3UE5A 2CH5A 4DQ8A 2CGLA 1WUAA 4H0YB 3HTVA 2CGJA 3O6WA 1Y64A 4MLHA 4HWIA 4BR2A 5AQKA 4CZGA 3CQXA 3C0BA 4BROA 2YHXA 3QFUA 5AFUH 4A61A 2QWQA 4JHDA 4XH5A 3ZX3A 4FPAA 4GNIA 1BDGA 2QW9A 2E88A 4YDUA 5AQHA 4FWMA 1TUUA 4IO8A 4CBUA 3MN5A 5ELZA 3GDQA 1ESVA 4EHTA 3G25A 1MDUB 5JLHA 2V7YA 4B1WB 2A3ZA 4E1JA 4FL9A 1XUPO 2IIRA 3IDHA 3D7EO 5BR9A 2GELA 4BRAA 3DXMB 2D1KA 5KQ8A 2A5XA 3L0QA 4J8FA 5E26A 3ZEUA 4PKHA 3WT0A 3OHRA 2Q2RA 2IVOA 3MCPA 4IWVA 4JAXA 5KPZA 2IVNA 1CZAN 4H5NA 1U2VA 3CJAA 3ENOA 3U8XA 3WEEA 3UKUB 2ASPA 4AM7A 2D4WA 5AQUA 4CD3A 4CZJA 4BRDA 4BRFA 1QHAA 1GLBG 3VEWA 3D2EA 2A6AA 4JD2A 5AZIB 4B1UB 2V52B 2FF3B 5BPMA 3AARA 5TKYA 5EOYA 1V4SA 5AR0A 3VEZA 3A8YA 1K8KA 1ZBSA 4JN4A 1JCGA 4XH1A 3VESA 1GLJO 2D0PA 2F9WA 3VF6A 5F0XA 2EWSA 4WQ5C 4K25A 2QWPA 1KAXA 4ISGA 4BRQA 4BGBA 4K42A 3KVGA 1NGGA 2FXUA 4RWTA 2I7PA 3TU5A 1MA9B 5AQGA 3BP8A 5AQQA 1DGKN 3ENHA 3QBWA 2H3GX 3H45C 1J6ZA 1T44A 1TYQA 3VEYA 4KBOA 4AM6A 3GL1A 2P9UA 3DJCA 4Y0WA 5ADXH 4CZMA 3DAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OH6A 5AFUA 3PO4A 1QZ6A 2VWJA 3OS0A 4F3TA 1NK9A 3P1GA 5AZJB 4Z4GA 1HNIA 3NVKA 1SUQA 3H1VX 3J8AA 4FWQA 4AQYK 2WBNA 3E9PA 4KPYA 2D0BA 3CETA 2UXDK 1F21A 3M1FA 3VQQA 1BO5O 5C2DA 3UKRA 2W41A 4ZHRA 4JK7A 2A41A 4IOXA 4O4GA 2YJFA 4I6MA 5JMVA 4JI0K 3SAGA 1JLCA 4HTUA 3GBTA 4NCAA 5AQYA 1BA1A 4FJKA 4CEDA 2VWKA 4OO1J 1Q8IA 4DV2K 2FBXA 2HHHK 4CFCA 4OLAA 2O8FB 4JRPA 4KH6A 4YOWA 1W97L 3WXMB 2BUPA 5CZ2A 4KRFA 3W3DA 3WEEB 1QSYA 5F1XA 2DFFA 2RHKA 5FPEA 2QWNA 3HOTA 1RBSA 2RPIA 2OA8A 5C2FA 4PWDA 1Z25A 3OA9A 5E84A 2A42A 3SLCA 1SQKA 4CHYA 1E4GT 3G0ZA 1T6DA 3KLHA 3J81O 1RDWX 4J2EA 1RCHA 4B08A 4O5BA 3TPQA 1VQ6N 4MLEA 3VQDA 3SAFA 3ZT2A 1OVQA 2FLOA 3O4NA 3CF5L 2GUPA 3CJ7A 4HVJA 4IEEA 1RDCA 2QA4N 3U3GA 1GLAG 5DM7L 2OTLN 4WCEL 3QFPA 1NK7A 1D5AA 2QTDA 5AQXA 2XY5A 5BRDA 4IFEA 3CCJN 4RW9A 1S6PA 1IKYA 3LDSA 3MAQA 3D2FB 4FJ7A 4ISEA 2KTQA 1JKHA 4YOXA 3O3GA 3THVA 5C15A 4LFAK 3NE6A 3QEVA 3G6EN 5BR8K 1LW2A 2G8WA 3CMEN 3ZX0A 1VQON 3HO1A 2YV0X 3CCRN 4FK4A 3CCSN 3WXIA 1ASUA 3V1OA 1U48A 1CLQA 1HJOA 2ZD1A 1JLEA 5JLFA 2YHYA 2AA4A 3THYA 3UKRB 3LWMA 3QMLA 2CGKA 3VQ9A 5LJVA 3KJVA 1DTQA 1QZ5A 3FZKA 2WUSA 3DXKA 5GIPA 4LFBK 4B1XB 3HK2A 3BY5A 5EY4A 3TAGA 3VGLA 3O9TA 4IJNA 5HRSA 1TVRA 4DCHA 2Z1GA 3QIPA 1IBMK 1KD1O 3N4QA 1O13A 4HHTA 3TARA 1SL0A 2HHTA 2E6LA 3OYGA 4CECA 4JKAA 4B1ZA 3HRGA 5HRNA 3LP3A 1Q86O 1KTQA 4AHTA 3HZ6A 3LP2A 3CFOA 3DMJA 4LF7K 4DQQA 5MLCQ 3KK7A 3KK2A 3AVBA 2GWJA 4C1NK 4JKGA 4B3OA 4FXDA 4JS4A 4BRGA 1GLFO 1VAZA 3MECA 4NXNK 4DTUA 3ID8A 5M1OA 4YY3K 3MXJA 3LDOA 4H5VA 4RTFD 3ZT4A 3ZETA 4DV7K 1X3NA 1XQSC 3MXIA 1RTIA 4EFHA 1CXUA 4FLYA 1HKCA 4B3MK 3WXJA 4NXMK 3HM9A 4BRIA 4GV6A 4BEBA 5EXWA 3K5NA 1OH7A 4E7IA 3F9MA 3JXUA 3P31A 3L3UA 3FGUA 2PAVA 3PIPL 1REVA 4B8CA 1YI2N 4AHCA 1FXXA 4H5TA 5F2RA 4A62A 3DRRA 4H5RA 4FPBA 5JS1A 1X9MA 5C12A 3RRGA 1U04A 4H0TB 1WSFA 5AQOA 3AVFA 4GV3A 1NWKA 1SL1A 1KCFA 3S3OA 3M3ZA 5JVGL 3VOVA 4H5WA 3RTVA 1WNSA 5IT9O 1SS6A 3CQYA 2GEMA 2P9NA 4FW2A 4I2PA 3THYB 3OYMA 4FLUA 1W2BM 1N36K 4WE1A 2YCHA 4O8UA 3T3FA 3DXKB 1XMQK 4JKHA 1NK0A 1IG8A 1NGFA 1J9AA 2VGMA 4DSLA 3QDKA 4ILHA 1WLJA 1TV6A 4V19S 2HBKA 4GV9A 1LV5A 3KHYA 1KXPA 3K5MA 4TSXA 4KHYA 1ZXOA 1NMDA 4R79A 3MEEA 4DFMA 4M3XA 4F9OA 2HMIA 1ZBIA 1FJGK 1WSJA 4N5SA 1WSEA 5AQFA 3O1WA 5AQLA 4DR4K 4Z4CA 4FO0A 3T7ZA 5BN8A 4BC5A 3SUOA 4IFYA 3HPHA 3KKRA 4E7LA 1X9JA 4CEBA 2B5JA 2B6AA 3JS6A 2KLAA 4BVOA 4M7XA 4JKGB 4CF9A 5GADP 3TABA 4DTSA 4G9ZA 4DV1K 1NU0A 2HB5A 3ISNC 4BRNA 4AILC 4DU4A 5HL7L 1BCOA 5BN9A 1W0HA 1A5VA 3ZETB 2YNGA 3FFIA 3RR7A 2FSJA 4H4OA 3KWGA 5CZ1A 3VQ8A 3AVAA 2ITMA 4OVLA 3FZHA 3OS1A 4HTLA 5AQVA 2G8KA 2E2NA 1Q82O 3T19A 1DLOA 5JS2A 1HUXA 1NGJA 3B8AX 1TAQA 2Q97A 1NJWA 1RDUA 2VQEK 3OYNA 4DR6K 1RBRA 1RDDA 1FW6A 3O9QA 4LF9K 5GIOA 3RR8A 5FDLA 5M1KA 4OJRA 4DSJA 2HHQA 1Y64A 4MLHA 4CF8A 3F5TA 3THWB 3C0BA 2RE2A 4JI2K 4DTJA 2QW9A 3C6AA 5AQHA 4IO8A 2Z1IA 4W5NA 4FCYA 2BE2A 1MDUB 2V7YA 4DSKA 2A3ZA 1XUPO 3T1HK 1XHXA 1QS4A 4RW6A 3HVRA 4FJLA 5KQ8A 3SV4A 4KHWA 1Y97A 3ZYYX 2Q2RA 2QI2A 2XHBA 4IWVA 3SUNA 2IVNA 3DLBA 1CZAN 1U2VA 1C1AA 1NOZA 1TL1A 3G4SN 1U45A 4CD3A 4BRFA 2HHXA 3V1RA 4O44A 2F7TA 1W9HA 3L2QA 2UXBK 5EOYA 4YOTA 5AR0A 1QVGM 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1JCEA 4CEEA 4A57A 3IAYA 2C1IA 1LWEA 2ETJA 4WFBL 3QERA 3ZT0A 3KTQA 1E4FT 3L4QA 3LDQA 4FOEA 4E7KA 5SWMA 1YAGA 3CCUN 2P9LB 4FW1A 2QK9A 3MX2A 2P51A 4FJGA 5FROA 1HPMA 2ASMA 4AF1A 3O5BA 4E72A 3QINA 1S3XA 3QB0A 1M90O 4FM0A 1BI4B 2FBTA 5TKWA 1D9FA 3J80O 4BR0A 3D6RA 4FVMA 1S1WA 4HUFA 4NCGA 3QBXA 4IOAL 2NRZA 1BA0A 2E20A 4JLHA 1KC8O 5HBMA 1GOCA 3H3OB 4BG9A 4A2AA 2QKBA 3EO3A 4LSLA 3SBTA 2OPPA 3KZBA 4M63C 3NF7A 4CI6A 3QETA 4Z4FA 4FJ8A 2V51B 1LW0A 3BDPA 3I0RA 5B8HA 3AVMA 3H1QA 1JLQA 3L2VA 4KTQA 3LANA 3LM2A 3E9OA 3ATVA 4J2BA 1O1WA 2JLEA 3UB5A 3CJ9A 2A1RA 4M3UA 1H1VA 1VQ5N 4JKEA 4ILJA 5CYMA 3KK1A 2O8EB 1ATNA 2WOMA 4KTWA 3MCAB 2E8AA 2P5OA 2OYQA 4NLBA 1VRUA 2YKNA 4JI4K 3KLGA 4ICLA 1BHLA 3VQAA 3ZEUB 4DQIA 2HHUA 4CEFA 4PL8A 3TI0A 3GE1A 1VSLA 3RMCA 1NMNA 1QHTA 4Q5VA 1NGIA 2VQFK 1EO1A 3C7NB 1OKJA 4BC3A 1BL3A 4DTNA 1YHQN 2F8SA 3A2FA 1X3MA 4IZ9A 1JLBA 3OJUA 2FC0A 4JD2B 3SMSA 4K8XA 3BF3A 5AQZA 1CXQA 1LWFA 3KKSA 2NNWA 4CF0A 5AQTA 4CFAA 4B9NA 2QKKA 3I55N 5EVZA 5I3UA 4FJ9A 2P1JA 4KHPK 2IC3A 3J7AP 2JGUA 2W40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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