3M6GA

Crystal structure of actin in complex with lobophorolide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
366
structure length
353
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Two molecules of lobophorolide cooperate to stabilize an actin dimer using both their "ring" and "tail" region.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 125
structure length 353
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m6gA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m6gA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m6gA03
3QMLA 4I6MA 1YAGA 1DKGD 3M3ZA 4LC9B 1NGDA 1BU6O 1XC3A 5AQZA 3DXMA 4AM7A 3JXUA 4YDUC 1YUWA 3MN5A 5AQKA 1X3MA 2D0OA 3J8AA 2NRHA 5AFUH 4CZLA 4H5VA 4PKIA 1NGGA 3LL3A 5LJWA 2Q31A 4A61A 3M6GA 5AQLA 2ASMA 4BGAA 4ISGA 4A2BA 5AQFA 2AA4A 2QWMA 2IVOA 4J8FA 4H5WA 3CQYA 3VGKA 5FPMA 4CBXA 5BRFA 3SK3A 4IO8A 2KHOA 4WQ4A 4CZGA 2E2QA 1TYQB 3KVGA 3SLCA 3WEEB 3FE1A 4BRFA 5ELZA 4FWPA 1TYQA 4H5TA 2VYPA 1RFQA 1XQSC 3A5OC 3CJ1A 4M7XA 2QWQA 1NM1A 3CETA 3WEEA 3VF4A 5BN8A 1E4GT 5BPLA 1NGJA 4YDUA 3H3OB 2ITMA 2P9SB 3FZFA 3FLCO 1JCGA 3H1VX 3L0QA 4K41A 2AP1A 3QICA 4CBWA 1NWKA 1BA0A 2D4WA 4JHDA 4FOEA 2D1KA 3D2EA 2ZF5O 4FSVA 2YCHA 3GG4A 4CJ7A 2CH6A 1BG3A 1MDUB 4IWVA 1C0FA 3O80A 1GLCG 3FZMA 1KXPA 3MN6A 2FSKA 3VENA 5JLHA 3CERA 1H1VA 5AZJA 3CI5A 1TUUA 1T6DA 2QWRA 3JS6A 5ADXA 1WUAA 1HJOA 3F9MA 1E4FT 1QQOA 4QS9A 1DGKN 4BVPA 4BQLA 4NO7A 3HI0A 3CJ9A 3LDPA 3VERA 1GLFO 1K8KB 1ZC6A 4B1YB 4BR5A 2GWKA 5KQDA 1QZ6A 3P4IA 5AQUA 5JMVA 3FGUA 2A41A 3HSCA 5F0XA 3WXIA 4H5RA 2A5XA 3A5MC 3A8YA 2CGKA 3FR0A 2I7PA 4BRNA 2IVNA 3KHYA 3U9DA 2YJEA 3VETA 1G99A 5EXWA 5AQOA 5AQNA 2P9PB 4FPAA 1Y64A 3IMXA 2QWLA 5KPRA 2ASPA 2CH5A 5AZJB 3LDNA 3O08A 2VWBA 5F1XA 4DQ8A 3MDQA 1MA9B 1ATRA 2F9TA 4BRIA 1MWKA 1Z6RA 2IIRA 5BREA 5FPEA 1QQMA 3D2EB 1V4TA 3I33A 4RTFD 4K25A 3C0BA 3CIPA 2HF4A 2OANA 4WQ4C 1NGBA 4FO0A 4KBOA 4BR4A 4DB3A 4BRAA 1ATNA 2A6AA 5BPMA 3EKSA 2ZGZA 3DJCA 4BQZA 1XUPO 3D7EO 5JLFA 3LDQA 4BRCA 4FPBA 4H0PA 3SMPA 4BRPA 1JCEA 4XH4A 2QW9A 4IJAA 2D0PA 2Q2RA 4B1XB 4EAHD 3FFKB 5TKYA 1U2VB 1KAXA 3GDQA 4NB4A 2FLOA 2H3GX 3MN9A 2YHWA 4CZFA 1U6ZA 1C0GA 3AY9A 2GWJA 4BR2A 2W41A 3B8AX 2QWNA 5I9EB 1BO5O 1HKBA 2ASOA 3O1WA 5AQYA 3WXLA 3WXJA 4BC4A 4H5NA 3D2FA 5AFUA 5E26A 3WUHA 2I7NA 2PAVA 1V4SA 2P9KB 2NLXA 1NLVA 4QS8A 3SJHA 3ZETA 4I6MB 3C7NB 1GLLO 1NBWA 4FWQA 3LM2A 2IVPA 3UKRA 3LDLA 3LM9A 3HM8A 1BOTO 1EQYA 3W0LA 3U9ZA 4FWKA 2E2PA 3U4LA 1P8ZA 2QWOA 4M63C 3UKUA 4CZIA 3ENHA 3VEYA 4BRHA 3MN7A 4BRKA 4FWRA 4FWNA 1RDWX 2QWPA 4XEIA 5AZIB 1QHAA 4IXCA 2NZTA 1CZAN 2FF3B 5AQMA 4GNIA 5F2RA 3RSEA 3ZEUB 3ID8A 5AQRA 1S22A 1HUXA 1HX1A 4BG8A 5EVZA 3CJ7A 2WUSA 3BF1A 1WOQA 4B1WB 5AQWA 2YHYA 1NGEA 2P9IA 3L4IA 5AQPA 2P9NB 2YJFA 1GLEG 2A40A 3R6MA 2YHXA 3QFUA 5FPDA 5BRHA 3C7NA 1JCFA 3EN9A 3ZETB 4H0OA 5FPNA 3U8XA 3L6QA 4EFHA 3HBTA 4FOIA 1GLAG 4QS7A 5BRDA 1HKGA 1X9JA 1NGIA 1T44A 3IDHA 3O1BA 2FSNA 4IZ9A 1QQNA 1ESVA 3DXKA 5AQVA 4ISFA 4BGBA 1IJJA 1NMDA 2GELA 3EZWA 4RWTA 4L3QA 4BRLA 2FF6A 1TUYA 4B1UB 3CHWA 4BVOA 2V7YA 4BRGA 2P9UB 2P9UA 2QM1A 1HLUA 4CD1A 1U2VA 4BR7A 1BUPA 3O8MA 3QB0A 1Q18A 5AQSA 3EL2A 3VEZA 4B9QA 4H0TB 1NGAA 4CZHA 1GLJO 2V51B 5KPZA 1D4XA 4JD2A 2UYTA 3ATVA 5LJVA 4DCHA 3H45C 4WQ5C 3M1FA 2E88A 2HMPA 5EX5A 1OKJA 4CD3A 5BPNA 2V7ZA 4BREA 1DEJA 1J6ZA 4JNEA 2ZWHA 2P9IB 3BF3A 3H46O 3O4WA 4ISEA 4BRDA 3WXKA 2ZGYA 4H0VB 2GEMA 3ZX0A 5AQHA 2P9NA 4PKHA 3H1QA 5EY4A 3ZEUA 2VCPA 3VPZA 3A5NC 3UB5A 2A3ZA 3ULEB 3H3NO 2E8AA 3FZKA 3A5LC 4MO5A 5AR0A 5BN9A 2J4RA 3O5BA 4CZMA 1YXQA 1IG8A 1MWMA 2Q0RA 3AARA 4A62A 1R59O 4CI6A 2HOEA 1NGCA 3BUZB 3MMVA 3UE5A 3ENOA 2F9WA 4JN4A 2Q1NA 3BP8A 3VEOA 3MK6A 2Q0UA 1KAYA 2E2OA 4HWIA 4WQ5A 3ULEA 2PBDA 4EIAA 3UKRB 4PKGA 3VGMA 3CJCA 4B1VA 4K42A 2DPNA 3GL1A 1K8KA 1SQKA 4BC2A 2EWSA 2QXLA 4PL8A 4CZKA 3VEVA 3LDOA 2P9KA 1ZBSA 3A0IX 4K43A 2E2NA 4FWMA 3WQTA 5AQXA 1YVNA 3ATUA 3HZ6A 3ZX3A 5AQQA 3DWLA 3D2FB 4GY2B 2CGLA 2V52B 3VESA 4XH5A 2CGJA 1ATSA 5JICA 5EOYA 5BR9A 1T6CA 3W3DA 4FWSA 1SAZA 4H0XB 5CE3A 5B8HA 3HTVA 4JD2B 5ADXH 5LY3A 4AM6A 1GLBG 4JHDB 4C23A 4E1JA 3AAQA 4BRQA 5AQTA 1BWFO 2P9SA 4CBUA 4IJNA 4MO4A 2BUPA 4FWLA 3GBTA 3GE1A 3IUCA 1ZXOA 3IFRA 4Y0WA 4BG9A 4FL9A 4BR9A 1BA1A 5E84A 4FWOA 3WT0A 3I8BA 4BC3A 4A2AA 2Q97A 3VEXA 4BR0A 3DXKB 4BROA 2FSJA 4O5FA 4BRMA 1GLDG 2HF3A 4BC5A 5KPTA 3EKUA 4M7YA 3ZX2A 3OHRA 1HPMA 4XH1A 5AQJA 5KQ8A 3VF6A 1NGHA 4O8KA 5AQIA 2W40A 4CZEA 2GUPA 4H0YB 4WYBA 4DHYA 1RGIA 1LCUA 1HKCA 3H6EA 4HTLA 4F9OA 2E1YA 2YI1A 4PL7A 4H03B 2Q36A 3QBXA 3VOVA 2FXUA 1LOTB 3VF2A 3VGLA 3R8EA 3DXMB 4EHUA 3BEXA 3S41A 3TPQA 3RSEB 4MLEA 2E1ZA 5AQGA 4B1ZA 3VEWA 3CJAA 3KZBA 5AZIA 4JAXA 2P9LA 1SZ2A 2P9PA 3O6WA 1X3NA 3SMSA 3CJBA 1QZ5A 3R9PA 4EHTA 3DAWA 4MLHA 3CQXA 4RCHA 1KAZA 2GTDA 3FZLA 3TU5A 3WQUA 3EO3A 2A42A 3MCPA 3UKUB 2E20A 1NGFA 3FZHA 1BDGA 2BTFA 3QFPA 3QDKA 1Z05A 2P9LB 3QBWA 3GOIA 4Z94A 3AAPA 3G25A 1S3XA 4CZJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVBA 1OH6A 3M3ZA 5AQZA 1HQUA 3AO5A 3NDKA 3OYBA 3MN5A 1X3MA 4JI1K 1SKSA 4CF8A 4JI5K 2NRHA 1HYSA 3S3OA 3ZSZA 4CJ4A 1NGGA 3LL3A 5LJWA 4OLAA 2QTDA 3M6GA 4A61A 5DM7L 3OBWA 2AA4A 4FJ9A 2IVOA 4HTUA 3VGKA 3P1GA 3AVJA 1WSEA 2O8EA 1JL1A 4WQ4A 3QEWA 4ILHA 1LWFA 3M8QA 3KD5E 4KTQA 1BCMA 3B6OA 5ELZA 3HP9A 4CF2A 2BANA 4H5TA 4RW8A 2UXCK 3O9UA 3OYCA 1XMOK 1HPZA 3SUPA 1XQSC 3WNEA 2G8UA 1SKRA 4ZTFA 1NK9A 5GIOA 1QQCA 3WEEA 1Q8IA 1JLQA 4FZXC 2HHXA 1WSHA 3CQ8A 5BPLA 1XWLA 4KI4A 1NGJA 3RMAA 4Z4CA 3FZFA 2AP1A 4DR6K 1NWKA 2E6MA 1BA0A 3QO9A 1HJRA 2D1KA 3D2EA 3CFPA 2ZF5O 4K0KK 2YCHA 3GG4A 3M8SA 2CH6A 3O80A 1OH5A 2D0CA 2O8CA 2XY6A 4G1QA 1LW2A 3C65A 1E4FT 1QQOA 1N33K 3T1AA 2LSNA 3CJ9A 4LF9K 1W2BM 3LDPA 3VERA 3CYGA 1GLFO 1ZC6A 2GWKA 4ILGB 4JKCA 5AQUA 3MEGA 4GKKK 5JMVA 4K8XA 2A41A 2IGIA 1YJNN 4IOXA 1TL1A 3K59A 4JI7K 3R1XA 2UUBK 3HYFA 1VSDA 2CGKA 2I7PA 4BRNA 3KHYA 3U9DA 4CJWA 1I3AA 4FPAA 1B9FA 1Y64A 4BECA 2ASPA 4YOXA 3OTOK 2VWBA 5F1XA 4DLGA 3A2FA 1NOYA 4DQ8A 1MA9B 4BRIA 5HOOA 2IIRA 2DFEA 4ID1A 1Q7YO 5GIPA 3D2EB 3RR7A 2GUIA 5J2QA 3ZSWA 2O8FA 3MAQA 4LF8K 3CIPA 2HF4A 2QKKA 4YOYA 4J2BA 4FO0A 4KBOA 4JI2K 1RTDA 3QEPA 1C0MA 5BPMA 4H8KA 1W0HA 4KTWA 4BQZA 3OA9A 3J7AP 3NFAA 3QLHA 1VQ9N 4RW6A 4FPBA 1VSIA 1W97L 4YOUA 4FZZA 2Q2RA 4JRPA 5TKYA 1KAXA 1UAXA 2FBTA 2FLOA 1Q81O 4Q5VA 3LZIA 2YHWA 1A5VA 4CZFA 1ILYA 4W5RA 4E72A 5EU7A 5DM6L 2QWNA 1YHQN 2WFBA 1RTJA 4KH4A 4BC4A 3DMJA 3O9SA 4B3TK 4E89A 4LSNA 2PAVA 3C6TA 4DFJA 3AVHA 3TABA 3ZETA 5H1SQ 1JKHA 3OW2M 3CCQN 4FWQA 3LM2A 1HYZA 1E3MA 1NKBA 3LM9A 2HNZA 1BOTO 1S1VA 3U9ZA 1XMQK 1YVUA 3THWB 1WB9A 4B9TA 3SZ2A 3ITHA 4HHTA 4DR5K 3I55N 3VA0A 3VMFB 3VQ7A 3KTQA 1RDWX 4XEIA 5AZIB 4U7BA 4DS4A 1S1TA 4CJPA 1TAQA 5F2RA 3RSEA 3ZEUB 3ID8A 5AQRA 5M1OA 4BG8A 3KIOA 4CEQA 2WUSA 1U47A 1VK0A 5AQWA 3L4IA 1NGEA 2P9IA 4X62K 3BDPA 3V9XA 2NRZA 2P9NB 5HRNA 4FJNA 1WSFA 3C7NA 3VN5A 1X9SA 1HYVA 4M3XA 3EN9A 3V1OA 3I0RA 3OYJA 3CC4N 3L6QA 1NJZA 2XY8A 1EO1A 4LH5A 5BRDA 2O8BA 1NGIA 2HBKA 4BE0A 1HNZK 3IDHA 3O1BA 1ESVA 3AVBA 3HJFA 4BGBA 1JLAA 2GELA 2VG5A 4Y1DA 5C42A 4RWTA 4L3QA 4FXDA 4KV8A 2FF6A 4BRLA 2QM1A 3O9RA 1QHTA 1YJWN 4DSIA 5KGXA 1I94K 2A1RA 5C12A 3AO1A 3HPOA 4A5BA 3SAFA 1Q18A 4KO0A 1HNIA 1KFDA 1VQ7N 4KRFA 2ITGA 1GLJO 2VG6A 1D4XA 4JD2A 2IS3A 3VTHA 3H45C 2Y1IA 3SQ2A 4DR2K 4WQ5C 1EWRA 1NK4A 4J2DA 1HNWK 2DFFA 4CGJA 5BPNA 1LAWA 2O8BB 1BQMA 4JLHA 4QCLA 4JNEA 3P5JA 1RBVA 2ZWHA 2P9IB 3BF3A 4CGIA 3TAGA 4OPHA 3KLEA 4BRDA 3WXKA 4B3RK 4H0VB 1D9DA 3JYTA 3H1QA 5EY4A 4JKDA 3TTDA 1FXXA 3ZEUA 3DLBA 4M3WA 3C6HA 1VSEA 3FZKA 4EZ9A 1BCOA 1BI4A 1VAZA 4CEEA 3EY1A 1RILA 1LAVA 1RT4A 2KLAA 1U04A 1O13A 3AARA 3P83D 4DTUA 2IC3A 3Q7CA 2HOEA 4CI6A 3NHGA 4IOAL 4NXNK 1EWQA 2EHGA 4H4MA 1L5UA 3ENOA 4LY7A 4JN4A 4X64K 3BP8A 3L8BA 4EP4A 3NF9A 5SZTA 4EIAA 1VQNN 4DUYK 4DV2K 4B1VA 4K42A 4C8KA 3K9KA 1SQKA 1Q86O 4E7LA 2Z1IA 3OS1A 1R0AA 1IBKK 4NCGA 1X9MA 1ZBHA 4FK0A 1ZBSA 3A0IX 4IBNA 4JKGA 2E2NA 4DUZK 1VSKA 4HCCA 2CGLA 2V52B 1D8YA 3NGYA 1RTHA 1ATSA 1VSMA 3D6RA 4XH5A 5JICA 4GW6A 3PX0A 4JYAK 4CHQA 4H0XB 5C0YA 3L2RA 4JD2B 4FJHA 4F2RA 4FVMA 2OZSA 3PSFA 1K8AO 4CESA 2BUPA 3NF6A 3GE1A 4CGHA 3PO5A 4PA1A 4BR9A 3SPZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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