The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
23
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XNQ K; 4JI7 K; 5BR8 K; 1HNX K; 3J80 O; 1XMQ K; 4DR6 K; 4V19 S; 1HNZ K; 4GKJ K; 4LF5 K; 1IBL K; 3T1Y K; 4GKK K; 4JI0 K; 3T1H K; 3J81 O; 1N36 K; 4DV4 K; 4DUZ K; 4DR4 K; 5IT9 O; 5LL6 Z; 4B3S K; 4NXN K; 4X65 K; 5LMU K; 4LFC K; 5AJ3 K; 4LF7 K; 1XMO K; 1IBM K; 1N33 K; 4DR5 K; 5FLX O; 2VQF K; 4KHP K; 4DV6 K; 4DV2 K; 4DR1 K; 1I94 K; 4DV1 K; 2UUB K; 4DUY K; 4LF9 K; 4DR3 K; 2UUC K; 4X64 K; 4LFB K; 2UXC K; 4DR2 K; 4JI4 K; 4JI5 K; 4B3T K; 1FJG K; 4JYA K; 2UXB K; 3OTO K; 2VQE K; 4CVN E; 4AQY K; 4YY3 K; 1N34 K; 1HR0 K; 4LFA K; 4B3R K; 4K0K K; 3J7A P; 1HNW K; 4NXM K; 4JI1 K; 4DV7 K; 4JI3 K; 5LMN K; 4DV5 K; 4X62 K; 4DV0 K; 4DR7 K; 3J7Y P; 2HHH K; 3JAM O; 1N32 K; 4LF4 K; 1XNR K; 4OX9 K; 2UUA K; 5A2Q O; 4JI8 K; 4X66 K; 4JI6 K; 5IWA K; 1J5E K; 2E5L K; 4LF6 K; 1IBK K; 4YHH K; 4B3M K; 4LF8 K; 2F4V K; 2UU9 K; 4DV3 K; 4CW7 B; 2ZM6 K; 2UXD K; 4JI2 K; 4JV5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GG4 A; 3O4W A; 3SUO A; 2QWM A; 4FJG A; 3RMA A; 3OHR A; 3S3M A; 4W5O A; 3RMC A; 1BI4 B; 3G0Z A; 4F2R A; 1G15 A; 3O9S A; 3K5N A; 3ZT0 A; 3GBT A; 4PKH A; 4E7J A; 1BOT O; 2QWR A; 1VSM A; 4CIG A; 4BDZ A; 4FLZ A; 4DV4 K; 3FR0 A; 1R0A A; 2IVO A; 1MU2 A; 5IT9 O; 1HKC A; 3L2W A; 3AA5 X; 1S1V A; 2F8S A; 3MED A; 2HNY A; 4IO8 A; 4MDA A; 4K42 A; 3ULE A; 4FO0 A; 1XMO K; 1NKC A; 4AHR A; 3HO1 A; 2HOE A; 1B92 A; 2KLA A; 2HHX A; 4RG8 A; 1BHL A; 2Q1N A; 2YV0 X; 4BG8 A; 2HVH A; 4DV1 K; 3IRX A; 1ZYQ A; 3KK3 A; 1LWC A; 3I33 A; 1OVY A; 4A2B A; 5HOO A; 3L2U A; 1RGI A; 4LH4 A; 4CJ3 A; 2ZF5 O; 1VSE A; 3PLA A; 4CZK A; 3VQA A; 3EKS A; 4J2B A; 1HRH A; 2VG7 A; 2QWP A; 3JS6 A; 1WSE A; 3B6P A; 3E9O A; 1BDG A; 1NGH A; 4DSI A; 4CVN E; 2A41 A; 4DSL A; 4BRC A; 4JKC A; 4GVM A; 4PKI A; 5JS1 A; 2FSJ A; 4BE1 A; 4K0K K; 2ASO A; 3CCS N; 4AHS A; 4CGH A; 2QK9 A; 4CJK A; 5C42 A; 4DV5 K; 1QS4 A; 4F3T A; 4NB4 A; 2GUI A; 4HCC A; 1B9D A; 1U6Z A; 3EZ5 A; 3LL3 A; 1A5W A; 4OGE A; 2O8B B; 3SUQ A; 4GMJ B; 1ASV A; 3V1O A; 1VHX A; 1RT4 A; 3NH0 A; 4CHN A; 4LC9 B; 1IG8 A; 4Y1C A; 1IV0 A; 3B6O A; 3P38 A; 2OZM A; 3M8Q A; 2PAV A; 4E0D A; 1NK6 A; 3RMD A; 1K6Y A; 5KPT A; 4JRQ A; 3RVC A; 2P9S B; 1U47 A; 2YNI A; 3OA9 A; 4CHY A; 1X9J A; 1LW2 A; 3CJ9 A; 2Q2R A; 2CH6 A; 5AQH A; 3SMP A; 3TTD A; 1HNI A; 1HNZ K; 3KLI A; 1VSD A; 4XIU A; 3BUZ B; 1NMD A; 5KQD A; 3BDP A; 4YDU A; 3VGL A; 2E88 A; 3DLR A; 2ZJP L; 5E41 A; 4CEB A; 1HLU A; 4JLH A; 1Q82 O; 4B3S K; 2NRW A; 3LPT A; 3DLB A; 4CD3 A; 2HHS A; 4BGB A; 4B9S A; 1U45 A; 4FJK A; 4B9V A; 3AY9 A; 2QTD A; 4BQZ A; 2VQF K; 3CI5 A; 2G8U A; 1TVR A; 3CJ1 A; 4BQL A; 1Y64 A; 2P9K B; 1ITG A; 4LF9 K; 1OH5 A; 3QEW A; 2YKN A; 4ELV A; 4G1Q A; 3HXM A; 3HSC A; 3QES A; 1L3S A; 3C0B A; 4EP4 A; 3M8S A; 3OJU A; 5JIC A; 2UYT A; 1Q9X A; 3SV4 A; 1JLG A; 3R9P A; 2QA4 N; 1EQY A; 5AQT A; 4JD2 A; 4DMN A; 3C6A A; 5KRS A; 5CZ2 A; 3QEV A; 3J7A P; 3VF2 A; 4CFD A; 4PL7 A; 4CJF A; 4JI3 K; 1CZB A; 4FW1 A; 3CCR N; 1VRU A; 4JHD B; 2D0C A; 5EXW A; 2FSK A; 1YHQ N; 4IEI A; 2NRV A; 1QZ5 A; 4CJ7 A; 1TAU A; 4M41 A; 4CJ5 A; 4NYF A; 3OYJ A; 4IJN A; 2ASP A; 2KZZ A; 1BGX T; 3D6R A; 4JI8 K; 4JI6 K; 3QER A; 4JKG A; 1T6C A; 4CK2 A; 3QET A; 3OS2 A; 1IBK K; 1YJN N; 3O9R A; 4CJS A; 4PWD A; 1P90 A; 4I2Q A; 1JCE A; 3DOL A; 1XNQ K; 3MCP A; 5FRM A; 1RT3 A; 2LSN A; 1JLA A; 4FL9 A; 3ZCM A; 2VWJ A; 4JI7 K; 3I0R A; 2OAN A; 4H8K A; 2ITM A; 4Z4G A; 1JJ2 M; 3CQX A; 3BZC A; 4HCB A; 3MMV A; 3HM8 A; 3C6T A; 1DGK N; 4JI0 K; 3SLC A; 4DQS A; 4DTJ A; 3LDS A; 3VQB A; 2NUB A; 4NCG A; 2WON A; 4N76 A; 1BU6 O; 3KIO A; 4OKJ A; 1N5Y A; 2I7N A; 4BRD A; 5SWM A; 4BC4 A; 4DU1 A; 1I3A A; 4BRA A; 5LL6 Z; 1X3M A; 2G8V A; 5CYM A; 1QE1 A; 4FLY A; 5C0Y A; 4KTW A; 5SZT A; 1TGO A; 4FZZ A; 4BE0 A; 1S1X A; 1NOY A; 1I39 A; 3F9M A; 3PUF A; 4WFB L; 2Z1G A; 3AVL A; 1RBU A; 3ENB A; 1GLF O; 2IVN A; 4O4G A; 4MFB A; 1JXB A; 4DFJ A; 2ASM A; 3BGR A; 3EEQ A; 4DFK A; 2UUC K; 1N8R O; 2RHK A; 3AVA A; 4ISG A; 2O8E B; 1S9E A; 1T6D A; 3NAE A; 1ESV A; 2IVP A; 2P9P B; 3H08 A; 4B3T K; 2E8A A; 5M1P A; 4JYA K; 2UXB K; 1VSH A; 1VQ8 N; 3THW B; 3VOV A; 4AQY K; 1DTT A; 4ZHR A; 4KBO A; 4YY3 K; 4ISF A; 4KHN A; 3AVM A; 2Q36 A; 5DM6 L; 2HST A; 4XEI A; 5FRO A; 4W5R A; 3EYZ A; 3P5J A; 3ID8 A; 4U7B A; 4FVM A; 3QO9 A; 4H0P A; 5AQS A; 1BL3 A; 3SCX A; 3O8M A; 3HL8 A; 1IJJ A; 1QQM A; 1LWE A; 5C10 A; 3VQP A; 3TAF A; 4JKD A; 1C0U A; 3QFU A; 3PSI A; 4CGG A; 2FBV A; 4CF0 A; 4CZL A; 4M3U A; 3TU5 A; 3VGM A; 3NVK A; 3AV9 A; 4LF6 K; 3NGZ A; 3HP6 A; 1E4F T; 4ID1 A; 4FWN A; 3K5M A; 2QW9 A; 3RSE A; 1U4B A; 1M1K O; 4CHZ A; 5AZJ B; 1KD1 O; 5DM7 L; 5AQK A; 3THX B; 1C1C A; 1QQN A; 4Y0W A; 3VQ4 A; 3L6Q A; 4MDB A; 5AQN A; 1N6Q A; 2F7T A; 4QS7 A; 3J8A A; 1RT1 A; 3AGK A; 3K58 A; 2QKK A; 5KPR A; 4KI6 A; 1KVC A; 3NF6 A; 4M3Z A; 2OPS A; 4C8N A; 4BR7 A; 4J2E A; 5HRS A; 3TAN A; 2NRX A; 1D9F A; 1TYQ A; 2X78 A; 2F8T A; 2P9L B; 4FWL A; 1JLQ A; 3GOI A; 3EZW A; 5AJ3 K; 1HYV A; 3AVF A; 3S3N A; 3AO4 A; 3K2P A; 3HZ6 A; 4BDP A; 1HPZ A; 4KHW A; 3KHY A; 1BG3 A; 4FJH A; 3SPY A; 1M90 O; 3L2R A; 4DV6 K; 3L4Q A; 4FZX C; 3CFO A; 3SK3 A; 3TI0 A; 3LAK A; 2FLO A; 2H3G X; 3KLH A; 1NK0 A; 1Q9Y A; 3A0I X; 3EE9 A; 1W9H A; 3SZ2 A; 3ULE B; 2QKB A; 1QVF M; 1C0F A; 4H0T B; 1VQM N; 3TSP A; 1ASU A; 2VCP A; 2XY8 A; 5FDL A; 4CEC A; 3ISN C; 4YFU A; 5HP1 A; 1L5U A; 1GLA G; 1VK0 A; 4BR9 A; 3SV3 A; 4LSN A; 1RIL A; 4JNE A; 1V4T A; 3H46 O; 4CJW A; 4NYN A; 3UE5 A; 3VQ9 A; 2ZJR L; 4B3R K; 1HNW K; 2I5J A; 3I8D A; 3DMJ A; 3ZX0 A; 4OJR A; 3SJH A; 4JKF A; 3QIC A; 4OKK A; 1KFD A; 4DCH A; 1YTU A; 3WNF A; 1RT2 A; 4ELT A; 4FLV A; 1YJ9 N; 4N41 A; 5H1S Q; 5BPL A; 4Z94 A; 3O9Q A; 3HTV A; 2W6K A; 4O5B A; 2YHY A; 3O3G A; 3KK1 A; 2HB5 A; 3IG1 A; 4IOC L; 3PY8 A; 4B1Y B; 1NGC A; 4CJL A; 1TK8 A; 3DM2 A; 1JLC A; 5ELZ A; 4B3M K; 4LF8 K; 2P9U A; 2VYP A; 3HYF A; 3A5M C; 4DV3 K; 2KKZ A; 4MO4 A; 2O8D A; 4FJ5 A; 1C0T A; 3TPQ A; 4I2P A; 4A61 A; 1B9F A; 3AO1 A; 3FZF A; 3W0L A; 2V7Z A; 1Q18 A; 3CXC M; 1HNX K; 4F8R A; 2GWJ A; 2P1J A; 4KH4 A; 1K8A O; 3TAR A; 1VSI A; 2Q0R A; 3IS9 A; 3R3L A; 1UAX A; 1DKG D; 4DKW A; 3DXK A; 3VER A; 3T1H K; 4BRO A; 4K8Z A; 2O8C A; 3VPZ A; 1S1U A; 5KQ8 A; 3MX5 A; 3OS0 A; 1NM1 A; 1MA9 B; 4E7K A; 4CZJ A; 3HBT A; 3M8P A; 4YOR A; 3RRH A; 4FPA A; 3I56 N; 2BUP A; 4BRF A; 3PIO L; 1OH6 A; 4DTM A; 4JAX A; 4KTQ A; 3VQ6 A; 4HUE A; 3VQ5 A; 1HNV A; 3VQC A; 3MN5 A; 5AQG A; 3HJF A; 4KRE A; 4JKE A; 2UUB K; 4Z4E A; 2QXL A; 3JXU A; 4EAH D; 1T05 A; 3VEO A; 4DR3 K; 1SL2 A; 2GEM A; 1QHT A; 2FBY A; 4C8O A; 3D7E O; 1IG9 A; 1T44 A; 2JWL A; 4KAZ A; 3HVT A; 4TSX A; 4FJ9 A; 4JI4 K; 1YXQ A; 4CGI A; 4BDY A; 4H0O A; 4CF1 A; 4B1U B; 1J53 A; 3QIO A; 4FJX A; 1BQN A; 1JL2 A; 3L8B A; 1IH7 A; 1RDD A; 1GLB G; 4E19 A; 4IXC A; 4CE9 A; 2KHO A; 3DJC A; 4JD2 B; 4W5N A; 2Z1J A; 3CFP A; 3C6H A; 4CD1 A; 3B8A X; 3OBW A; 4M3W A; 3UKU A; 1SQK A; 1RFQ A; 3ATU A; 1VQ9 N; 4ISE A; 3ZSV A; 2WUS A; 4IEE A; 5FPD A; 4FJM A; 4LSL A; 1JLE A; 3FE1 A; 5AQW A; 1WBD A; 2ITG A; 3NF7 A; 4DTR A; 1NK5 A; 3VEW A; 1WLJ A; 4R79 A; 3HPG A; 3HT3 A; 4HTL A; 2UU9 K; 5AFU A; 1EWQ A; 3MWP A; 1NK9 A; 3VEX A; 4CBX A; 4JKG B; 2I7P A; 3NHG A; 3F2K A; 1SKW A; 1YVU A; 3MWT A; 3DRS A; 3OJS A; 1TL1 A; 3H3N O; 2HF3 A; 3TAG A; 4ZTJ A; 3C7N B; 4LF5 K; 4B9N A; 3O1B A; 4QS8 A; 1GLC G; 4CED A; 2O8F A; 4GY2 B; 4JK7 A; 3T19 A; 1BCO A; 5HRN A; 3ENH A; 3K9J A; 2FBT A; 3NGY A; 5AQX A; 4DQP A; 4FK0 A; 3VA3 A; 1N36 K; 3CM5 A; 2G8F A; 4GNI A; 3V1Q A; 1KCF A; 3MN6 A; 4I9L A; 3OYD A; 5ADX A; 4YDU C; 3V6D A; 2IC3 A; 1NK7 A; 2G8W A; 3CFR A; 1NJI O; 1LAV A; 4CEZ A; 3SQ4 A; 4E3S A; 1XC3 A; 3ATV A; 4H5V A; 4BC2 A; 2DY4 A; 2R7Y A; 1S1W A; 1Q7Y O; 2FXU A; 1JLB A; 2VG5 A; 4FJL A; 2GBZ A; 1C1A A; 4BC5 A; 4RCH A; 1KTQ A; 3KK7 A; 3PIP L; 4H5T A; 4DR2 K; 3O08 A; 2X6S A; 3IAY A; 5CZ1 A; 1QHA A; 3CC2 N; 2NLX A; 3ZSR A; 1RDA A; 3ZYY X; 4MQ3 A; 3RMB A; 3KLF A; 1GLJ O; 4JI1 K; 4CEA A; 4ID5 A; 4BRP A; 1Q86 O; 4N47 A; 3L4I A; 3DRR A; 3R8E A; 3G71 N; 4CF8 A; 1C6V A; 3M8R A; 2UUA K; 2OPQ A; 4O5F A; 4FK2 A; 2FBX A; 3AAP A; 2EX3 A; 3CME N; 3SUN A; 3I0S A; 4AHC A; 1WB9 A; 1KQS M; 4GVE A; 3VET A; 3AAR A; 3LM2 A; 4OVL A; 4YOU A; 4JN4 A; 2KTQ A; 3O80 A; 1J9A A; 1Y97 A; 5M1Q A; 3R1X A; 4BRL A; 3SYZ A; 5C24 A; 4FWM A; 2HNZ A; 4O8U A; 4DQR A; 3CJB A; 3NVM A; 3J80 O; 5EVZ A; 5BN9 A; 3V81 A; 2F96 A; 3VEY A; 3RSE B; 1TKX A; 5CE3 A; 4IDH A; 1EWR A; 3D2E A; 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3EY1 A; 4V19 S; 4FVU A; 4MO5 A; 3UB5 A; 1KVA A; 1NGF A; 3KJV A; 3F5T A; 2GWK A; 4RWT A; 2O8D B; 3QEP A; 4OPA A; 3AA4 A; 4M42 A; 4CK3 A; 1NBW A; 3AO2 A; 4HVJ A; 3AVI A; 3CCM N; 1NK4 A; 4N56 A; 4CJP A; 1DEJ A; 4EHT A; 1LWF A; 1VQ4 N; 3WXJ A; 3V9S A; 4KKO A; 4DSF A; 1WAF A; 1EXQ A; 4IBN A; 4KFB A; 4C1N K; 1VAZ A; 1YUW A; 4CGD A; 4CK1 A; 2ZGZ A; 3ZT3 A; 3CHW A; 1HYS A; 4CI6 A; 4JS4 A; 4DR1 K; 1RBT A; 2CGJ A; 3CPE A; 3H3O B; 3WXM B; 2HMP A; 1ZBF A; 4Z4H A; 2D0B A; 4XH1 A; 4LFB K; 4G9Z A; 4B8A B; 3WUH A; 1NKB A; 2E20 A; 3HM9 A; 3JYT A; 1X9M A; 1VQN N; 3V9W A; 2ZGY A; 1N34 K; 4AM6 A; 1HR0 K; 4C8M A; 3WEE B; 1C0G A; 4KHS A; 4DLE A; 5LMN K; 4GV9 A; 4AHV A; 2HHT A; 5EU7 A; 2HF4 A; 4DU4 A; 4M7X A; 5D3G A; 1KAZ A; 4L3Q A; 3NMU A; 4GV3 A; 4OX9 K; 5JLF A; 3LP2 A; 2YHB A; 3BF3 A; 5BPN A; 3NF9 A; 1FKO A; 1F21 A; 3EKU A; 4J8F A; 2FC0 A; 3HK2 A; 3SAG A; 2W41 A; 3V9X A; 3SQ2 A; 3TTC A; 3BZK A; 4YOX A; 4E7L A; 2RPI A; 4IO9 L; 1NLV A; 2DTU A; 2RF2 A; 2A1R A; 3ZT1 A; 1R59 O; 5BR8 K; 5E26 A; 2HBL A; 2Q31 A; 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