The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
23
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE K; 1XNQ K; 4DR6 K; 3T1Y K; 5FLX O; 4DR3 K; 4B3S K; 2HHH K; 4LF7 K; 1IBL K; 4DV4 K; 4X65 K; 3J80 O; 1N33 K; 1N32 K; 1HR0 K; 4JI4 K; 4DV2 K; 1J5E K; 2UXB K; 4AQY K; 4X66 K; 4DR5 K; 5LMN K; 4NXM K; 3JAM O; 2UU9 K; 1HNZ K; 5LL6 Z; 4CW7 B; 4JV5 K; 2UUA K; 4LF5 K; 4DUY K; 4CVN E; 5AJ3 K; 4DR1 K; 2UUB K; 4JYA K; 2ZM6 K; 4LF6 K; 4LFB K; 4JI1 K; 4X62 K; 1HNX K; 4DV1 K; 4B3M K; 2E5L K; 4K0K K; 4GKK K; 2UXC K; 4JI0 K; 3T1H K; 5LMU K; 4DV0 K; 4DV3 K; 4JI3 K; 4YY3 K; 4LFA K; 4B3R K; 3J7A P; 4KHP K; 4DV5 K; 1XNR K; 4DR2 K; 1XMO K; 5IWA K; 4DV7 K; 4X64 K; 5BR8 K; 4NXN K; 4LF4 K; 4YHH K; 4DV6 K; 2F4V K; 1I94 K; 4V19 S; 4JI2 K; 4LFC K; 5A2Q O; 1IBK K; 4JI8 K; 3OTO K; 4JI7 K; 2UXD K; 4OX9 K; 4LF9 K; 4DR4 K; 4DR7 K; 4DUZ K; 4B3T K; 1XMQ K; 3J7Y P; 1N34 K; 4LF8 K; 5IT9 O; 4JI5 K; 3J81 O; 2UUC K; 1HNW K; 4JI6 K; 2VQF K; 1FJG K; 1N36 K; 4GKJ K; 1IBM K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QNO A; 2VGN A; 3OHR A; 4CIF A; 3MEG A; 2FC0 A; 3KZB A; 1JLQ A; 1WB9 A; 4LF7 K; 4OPK A; 5AQW A; 3SAH A; 4DV4 K; 4JD2 A; 1OVY A; 4KFB A; 4FWO A; 1QZ5 A; 5TKY A; 4Q5V A; 2PBD A; 3UKU A; 3QLH A; 5HRR A; 3EZ5 A; 4H0O A; 1T7P A; 4C8L A; 3MCP A; 4CFB A; 4KH5 A; 5AQG A; 3V1O A; 3TAP A; 5GAD P; 1LCU A; 5FDL A; 3VEX A; 5LJV A; 1QS4 A; 3KWG A; 3OA9 A; 4Y1D A; 2WTU A; 3U9D A; 3NH2 A; 4CES A; 1L3S A; 2IGI A; 4CZF A; 3M6G A; 2PAV A; 1BDG A; 4FK0 A; 3ZT1 A; 4CHY A; 3AA5 X; 4KO0 A; 2E1Z A; 4B8A B; 2OA8 A; 1O13 A; 3PUF A; 4IEI A; 1S22 A; 4ELU A; 3TAN A; 3MCA B; 4IO9 L; 4JI3 K; 3L6Q A; 1JLE A; 1VSE A; 2W41 A; 1EQY A; 1EP4 A; 4CHO A; 4FWK A; 4B3R K; 4CF2 A; 1U47 A; 1NMD A; 5AQU A; 3DWL A; 2E2P A; 3MEE A; 3QEI A; 4KHW A; 2GEM A; 1HNV A; 4RW9 A; 4CJQ A; 3WQU A; 3SUN A; 4QOZ B; 4B9S A; 3AV9 A; 3LM9 A; 4WQ5 A; 2PZS A; 4FWN A; 3O9U A; 4DV6 K; 1R0A A; 5BPN A; 2FSN A; 2HHT A; 1GLA G; 3MN6 A; 2A1R A; 4I9Q A; 4H0T B; 4CGI A; 3EYZ A; 1RBR A; 3IMX A; 4EHT A; 1NBW A; 1CZA N; 3CIP A; 4FJ8 A; 4GV6 A; 5AFU H; 3K58 A; 3M1F A; 3T3F A; 1A5X A; 3HYF A; 4FSV A; 3U4L A; 3MMV A; 2FSK A; 2OYQ A; 4B1X B; 4A2B A; 4FJL A; 4KKO A; 3MN9 A; 5BRF A; 1MA9 B; 1Y97 A; 3AVH A; 4MDA A; 4B1Y B; 2ZGY A; 3K0S A; 2YHY A; 1W7A A; 4O8U A; 3N4Q A; 1MWK A; 5C25 A; 4FM1 A; 3DXM B; 4YFU A; 1XUP O; 3M8R A; 5CZ2 A; 1IBL K; 1IKY A; 3O5B A; 1UOC A; 1HR0 K; 5TKW A; 3WXK A; 1JCG A; 3VQP A; 4FJJ A; 3C6U A; 4O5B A; 1K73 O; 3ASM A; 4FWM A; 3AY9 A; 2KLA A; 4CJU A; 4YOR A; 5AQQ A; 3G0Z A; 4BVP A; 3UKU B; 5C12 A; 2P51 A; 4JKC A; 2G8W A; 3SV4 A; 1VSI A; 3TSU A; 3S3M A; 4CHP A; 3NMU A; 1RDD A; 4BRO A; 1S5J A; 1YJ9 N; 2FF6 A; 3IAY A; 3SV3 A; 4DR1 K; 3EKS A; 3DRP A; 1RT7 A; 3SBG A; 4LF6 K; 2BUP A; 2I7N A; 3ALY A; 3FFK B; 4LH5 A; 1QSS A; 1BI4 A; 3CJB A; 1NGJ A; 5C2F A; 1H1V A; 3TTD A; 5F0X A; 3HO1 A; 2VGM A; 3NF8 A; 3NGZ A; 2GUP A; 3NH0 A; 3J7A P; 5AQT A; 3GL1 A; 1EXQ A; 3I56 N; 3OW2 M; 5KPT A; 2FF3 B; 1VSL A; 3AAP A; 4H5T A; 3VTH A; 2XY6 A; 4QS7 A; 3E9P A; 1WSI A; 5EXW A; 3ZSV A; 4AHV A; 4W5Q A; 4B1U B; 3CCM N; 2WC9 A; 2NRZ A; 4FWQ A; 3BP8 A; 5KRS A; 2G8U A; 4LD0 A; 5AQS A; 2UXD K; 4CJ3 A; 4OX9 K; 1X9W A; 4GVM A; 1YTU A; 4IWV A; 2QA4 N; 5KPZ A; 1QZ6 A; 4HUE A; 4MQ3 A; 3WXL A; 3F9K A; 4JKG A; 4JLH A; 3BDP A; 4FLT A; 2HHW A; 4RWT A; 4CZM A; 2VQF K; 5AQJ A; 3WNH A; 4CBU A; 2FBV A; 4BAC A; 3H3N O; 4CBW A; 3ZT4 A; 1VQN N; 1S3X A; 5FLX O; 4Z4H A; 4YOW A; 3MEC A; 4IXC A; 1P8Z A; 3H6E A; 4FPB A; 4FJ9 A; 2WBN A; 3J80 O; 3CCU N; 3MX2 A; 1D9F A; 1NMN A; 4H0P A; 1YI2 N; 4IFY A; 4DFJ A; 2DTU A; 3Q7B A; 4ZHR A; 1C0U A; 3C95 A; 3QO9 A; 3L2Q A; 3F73 A; 3C7N A; 4JV5 K; 3SQ1 A; 3MK6 A; 3CM5 A; 4CVN E; 2RPI A; 4QS8 A; 4I6M B; 4YDU C; 1QHT A; 5AQX A; 1L3T A; 4BRE A; 1JLF A; 1RDA A; 3CF5 L; 2ZM6 K; 3SQ0 A; 4JNE A; 1VQ9 N; 1N6Q A; 3ZSX A; 2X78 A; 4CJF A; 4PQU A; 2E88 A; 3ZEU A; 1CZB A; 2XO7 A; 1HUX A; 4E1J A; 1KVA A; 4LSN A; 3HM9 A; 2VWK A; 4ILG B; 3QET A; 4L3Q A; 1REV A; 2QEX N; 4R5P A; 4CJL A; 1BL3 A; 4AM6 A; 1BI4 B; 5JLF A; 1YT3 A; 3RMB A; 4KI4 A; 3DXK A; 4K43 A; 2D0A A; 3NDK A; 4NXN K; 1TL3 A; 1A5W A; 4DU1 A; 1YF5 L; 3HP9 A; 1KC8 O; 2CH6 A; 2NLX A; 3ULD A; 3KKS A; 4FZX C; 3B8A X; 2G8I A; 3V6D A; 4IFE A; 1TUY A; 3D7E O; 3VN5 A; 4A62 A; 1E4G T; 1VQ4 N; 2YNF A; 4KRE A; 4E0D A; 4FLU A; 3EKU A; 1CZ9 A; 4JI6 K; 1OH8 A; 4PA1 A; 2O8E A; 4CF0 A; 3CG7 A; 3H3O B; 3WEE B; 1RFQ A; 2HHV A; 4BC5 A; 5DK5 A; 3S41 A; 4BRA A; 3VES A; 3FE1 A; 1JXB A; 5ELZ A; 4B3S K; 1IG9 A; 4JKG B; 3R3L A; 3LDS A; 3GE1 A; 4N41 A; 4O4G A; 3IUC A; 4A2A A; 2DFH A; 4JK9 A; 4MLH A; 5AQO A; 4HVJ A; 3THY A; 4EZ6 A; 1N33 K; 2P9K B; 4H0Y B; 1TK5 A; 1N32 K; 4C8M A; 2OPR A; 2QTD A; 1Q8I A; 3DLK A; 3HBT A; 4UQG A; 3LPU A; 1L3V A; 1TKX A; 1NK5 A; 4WFB L; 1B9F A; 2P9L A; 4DTN A; 4H5N A; 3D2F A; 5E84 A; 4GVE A; 4DTU A; 1ASW A; 4BVO A; 2B4J A; 3ENO A; 3U3G A; 3ZLJ A; 5KRT A; 1NGA A; 4LSL A; 1K9M O; 1SKW A; 2D4W A; 2ATQ A; 2P9P A; 4B9T A; 4GV3 A; 4CEA A; 3L2U A; 4CJ4 A; 1JL1 A; 1RTH A; 2V7Z A; 3C7N B; 3T7Z A; 4BC2 A; 3VA3 A; 4K8X A; 2ASO A; 5JVH L; 5GAE P; 2A40 A; 3KLH A; 1BQM A; 4AH9 A; 4O5F A; 1ZBH A; 1S9G A; 1UWB A; 3CYM A; 1S1X A; 3SJH A; 1G99 A; 3AAR A; 3I33 A; 4ISG A; 4CFC A; 4JRQ A; 1XNR K; 1RCH A; 3RRH A; 4ISE A; 1BIU A; 5BR9 A; 3S3O A; 3SI6 A; 3ZEU B; 3HOT A; 2HW3 A; 3TAF A; 3PX0 A; 4LF4 K; 4K25 A; 3OYD A; 3P31 A; 5GIN A; 1YAG A; 1VQ5 N; 3VQA A; 1N8R O; 5AZI A; 1HYV A; 5EY4 A; 3DXK B; 4CZG A; 1ZBL A; 3AO3 A; 4A5B A; 1HNI A; 1VSD A; 4NB4 A; 1N34 K; 3MWT A; 3ITH A; 3AA3 A; 3CMA N; 3ATU A; 2Q3S A; 3KVG A; 4E7H A; 1SL2 A; 2P9I A; 4N56 A; 3KLI A; 4CJT A; 2E2N A; 4B1W B; 2F9W A; 3CCV N; 5GIO A; 4CJV A; 4PL8 A; 4XH1 A; 1SL1 A; 2HHH K; 3SLC A; 2OPS A; 4Z94 A; 4K8Z A; 3K57 A; 2O8E B; 3W3D A; 3H08 A; 4CK1 A; 1XHZ A; 4W5N A; 1J5E K; 3OVN A; 5LMN K; 1GLE G; 2NZT A; 4IG0 A; 3HOS A; 2A6A A; 4CZE A; 5AQN A; 3OJS A; 5SZT A; 4OPJ A; 4CGJ A; 4CK3 A; 1IKW A; 1NKB A; 4Z0U A; 1RT1 A; 3C94 A; 3SUO A; 4DFP A; 3EY1 A; 2KQ2 A; 4DUY K; 1TVR A; 4FOE A; 1MU2 A; 3CJC A; 1C1A A; 3B6O A; 3K9K A; 3ZET A; 4CF1 A; 5C10 A; 3M3Z A; 3D2F B; 4JYA K; 3ZCM A; 2OPQ A; 1TKZ A; 4KHY A; 4X62 K; 1KCF A; 2QKK A; 1T3V A; 4FJ5 A; 4BRC A; 1HJO A; 3AVN A; 4F9O A; 5FPM A; 4AHT A; 4CF9 A; 2YNG A; 2HVI A; 1RT6 A; 2P9P B; 3VOV A; 3Q7C A; 2W40 A; 5F1X A; 1S1V A; 4FLW A; 1TKT A; 2YHA A; 2OCE A; 2ETJ A; 3RR7 A; 4CJW A; 3VGL A; 1HX1 A; 4CIE A; 5HRP A; 3I0S A; 4JKA A; 4DTJ A; 1NJZ A; 5AQH A; 1S1W A; 4YHH K; 3VF4 A; 4BDY A; 2Y1I A; 1NK7 A; 2XY8 A; 4Y0W A; 5KGX A; 4WF9 L; 4CZL A; 1Q9X A; 4YOY A; 4BC4 A; 3THX B; 4WQ4 A; 5GIP A; 2CGJ A; 4IDH A; 5EU7 A; 5AQK A; 1WAF A; 1ZBU A; 3UKR A; 4JKE A; 2ZJP L; 4OKJ A; 5AQY A; 4CFD A; 4BWM A; 4H5V A; 4CED A; 3J81 O; 5HRN A; 3M8Q A; 4FM2 A; 1RBS A; 3L3U A; 1QE1 A; 3FZM A; 1U04 A; 5AZI B; 3OYM A; 1NGC A; 4YNQ A; 2IVO A; 4BRG A; 1V4S A; 3WNF A; 4XEI A; 2NRV A; 3A5N C; 3AO5 A; 4C23 A; 3AVB A; 3OY9 A; 1XWL A; 2ASP A; 3NVK A; 1ESV A; 4JS4 A; 4CD3 A; 3KK2 A; 2Q31 A; 2QWM A; 2Z1H A; 2P9I B; 3IFR A; 2X6S A; 1WNS A; 2O8F A; 4M3R A; 3OYF A; 1J5O A; 3IG1 A; 5J1E A; 2HNZ A; 3JAM O; 1C0T A; 1VSH A; 2BAN A; 4KTW A; 5LL6 Z; 4F3T A; 4RW6 A; 1Q82 O; 2W42 A; 4W5R A; 1LOT B; 3AO4 A; 1ZYQ A; 1VQK N; 5BPL A; 1K6Y A; 3SJJ A; 4CF8 A; 2NRR A; 4DCH A; 3U3Y A; 4J2B A; 4BQL A; 4BRF A; 3NFA A; 1HYZ A; 4A57 A; 4RW7 A; 3KD5 E; 1YUW A; 4KH6 A; 4FK2 A; 3IS9 A; 3CJA A; 4U67 L; 4YOX A; 5LMU K; 3ZET B; 1BGX T; 5AQP A; 2NRT A; 4LFA K; 2AJQ A; 4BRP A; 3BY5 A; 4K42 A; 4B1Z A; 4BGA A; 1NM1 A; 3LAK A; 3NGY A; 4NO7 A; 3OJU A; 3HXM A; 1Y64 A; 1NKC A; 3C65 A; 2NRX A; 1OKJ A; 3LP2 A; 1J53 A; 4LFC K; 2CGK A; 3JS6 A; 3D6R A; 1MWM A; 4JI7 K; 4N76 A; 2QWO A; 5FRO A; 1WSH A; 1EWQ A; 1D9D A; 5J2Q A; 1ATR A; 1J9A A; 3CJ9 A; 3OS0 A; 2HBJ A; 4H4M A; 1BO5 O; 1BCO A; 4BRL A; 1TAQ A; 4KHS A; 3E1Y A; 1L5U A; 3DM2 A; 3LDP A; 3QES A; 3VQ6 A; 1IBM K; 2ZJQ L; 2O8C A; 4XH5 A; 3UKR B; 3O3F A; 4JRP A; 2XHB A; 2VG6 A; 3KK3 A; 4CJS A; 3O9R A; 2A41 A; 5AQZ A; 3LDO A; 2JLE A; 1D8Y A; 2B6A A; 2FLO A; 2Z1G A; 1OH7 A; 1C0F A; 1NGD A; 4CIG A; 3WXJ A; 2GX9 A; 2Q1N A; 1BWF O; 3K5M A; 5KTQ A; 1VHX A; 2G8V A; 4RG8 A; 5HLF A; 3DLB A; 4GV9 A; 4ISF A; 5C15 A; 3LZJ A; 2UU9 K; 1BA0 A; 4PHT X; 3FZL A; 2QWL A; 1NWK A; 5M1P A; 3BUZ B; 2O8F B; 3QEP A; 5FRN A; 1T6D A; 3TTC A; 1HMV A; 4OGE A; 3SUQ A; 3CD6 N; 1HRH A; 3CC2 N; 1B9D A; 4FYD A; 1VSF A; 2UYT A; 2D0B A; 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2IOC A; 1KXP A; 1X3M A; 3A5M C; 2RN2 A; 4CZH A; 2GV9 A; 5M1O A; 4OGC A; 1IKX A; 1WN7 A; 3ZSZ A; 4A5A A; 3LDL A; 4DSI A; 1RTJ A; 3JSM A; 1JLG A; 5JMV A; 4BR9 A; 2UUB K; 1GOC A; 3FR0 A; 3O3H A; 3AVC A; 4BE2 A; 2PYL A; 5EX5 A; 4NCA A; 4CER A; 3LWL A; 4KBO A; 4CFA A; 2UXC K; 1XI1 A; 2E8A A; 4CZJ A; 3CER A; 4M45 A; 1I3A A; 1ZBI A; 3MXJ A; 3CFO A; 5CR4 A; 4FWS A; 3VA0 A; 3AVG A; 3V9S A; 3KLG A; 1NJY A; 1VQP N; 2O8B B; 4N5S A; 1BQN A; 3BF1 A; 4FZZ A; 1K8K B; 2VWJ A; 3DMJ A; 3CFP A; 1T03 A; 1BCM A; 4NYF A; 4PKI A; 3BF3 A; 3P1G A; 3PSI A; 4ID5 A; 1W0H A; 1VSJ A; 1I94 K; 1NOY A; 1XQS C; 1S1U A; 3RWU A; 2FBY A; 4M63 C; 1JLA A; 3HPO A; 3G25 A; 3AGR A; 2YX6 A; 4DB3 A; 3ZSR A; 3CPE A; 2E2O A; 1HKB A; 3J7Y P; 1NK9 A; 4M3U A; 3V9U A; 5AQR A; 3T1A A; 4AIL C; 2VYP A; 5JS1 A; 3O9S A; 4OJR A; 3VQC A; 4GY2 B; 1FJG K; 4DFM A; 1N36 K; 2BH1 A; 2VQE K; 2KFZ A; 4N47 A; 3QML A; 2A42 A; 1RDB A; 3RVC A; 5HOO A; 4C8K A; 4ID1 A; 2QWN A; 3V9Z A; 4M7Y A; 1DGK N; 3VGK A; 3O4Q A; 4CJ7 A; 2PFU A; 1GLB G; 5KQD A; 3E01 A; 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