3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
1QQCA 3MEDA 4GW6A 4KREA 2XO7A 3K58A 2YNIA 1TL1A 3OJUA 3AVBA 4TSXA 3MAQA 4FJNA 3T19A 3QERA 1FKPA 3NE6A 3DLGA 3OS0A 4BE2A 3PV8A 5KI6A 4FLXA 3I0SA 3S3OA 4DWIA 4FJLA 4JS5A 1Q8IA 4FVMA 1MU2A 5SWMA 4M45A 2G8HA 4DSFA 4CJWA 4CHYA 3L2WA 4KTWA 1WN7A 4FK4A 3D45A 4DF4A 3KLEA 3OYKA 3ULDA 4FK2A 1BIZA 3OYAA 4DQSA 3TR8A 3E01A 1IH7A 4EP5A 3CQ8A 1J54A 3M8RA 4CGHA 5I3UA 4FZZA 3L3VA 1C1CA 4DLGA 4DMNA 4CF1A 1JXBA 3RTVA 3OS2A 1RTDA 4IDKA 1SV5A 3CM5A 4FLZA 4NCAA 2YHAA 4M3WA 1QSLA 2G8IA 2RPIA 1JL1A 1I39A 1VSEA 5KRSA 3DLHA 4ELTA 2OPSA 2IDOA 4NCGA 2IAJA 4NYFA 4OKKA 2VWJA 4DTUA 3VQ6A 2O4GA 4FJGA 2OYQA 4M41A 1EETA 4CGDA 1L5UA 3PO5A 5HRSA 4Q5VA 4W5OA 3KIOA 3RMAA 4LY7A 1U45A 1T05A 4N47A 3OY9A 1U49A 4FJ9A 3QETA 2YV0X 3HYFA 1LW2A 4I2QA 2X78A 1QTMA 1T7PA 2X74A 3HL8A 3V4IA 3HVRA 4OPKA 4OPJA 3KD5E 3OS1A 3HT3A 2WOMA 3K2PA 1SL1A 2PZSA 3ZSYA 1HQUA 3F9KA 4DG1A 3SPZA 1WSHA 3DLBA 3OYBA 3MXMA 3I0RA 3ZT1A 1X9MA 1QSYA 2I5JA 5DK5A 2FBVA 2HHQA 4Z0UA 1DTTA 3HM9A 1HYSA 1KFSA 3HPGA 3V1RA 4L8RB 1NJYA 1VRUA 4WE1A 3CFPA 4FJIA 1RT1A 1VSMA 1X1PA 2FBTA 2VG6A 3WNHA 3V1OA 1B9DA 3O3FA 2YNGA 2ITGA 1Q9YA 5DMRA 4IFVA 4LH5A 3CFRA 4BDZA 3TABA 4XIUA 3OJSA 3VQCA 1WLJA 3NDKA 1ZBHA 1X9WA 5HRNA 3SQ4A 2HHSA 3ALYA 4OLAA 2G8KA 4M3YA 4CEDA 1NKCA 4DF8A 4DQRA 1N5YA 3ZSWA 1XHXA 3O4QA 3MEGA 4B9SA 2XHBA 1C0UA 1LAWA 4BWMA 1WAFA 4H4OA 3KJVA 4DU1A 4F2SA 1Y97A 3RMCA 3TAMA 3KLHA 1HYVA 1UAXA 3DLKA 1NK4A 4KHQA 1RBSA 1W0HA 3HPHA 1IG9A 2HVIA 3OVNA 1IKWA 4KTZA 4AHVA 2W42A 3TAGA 1KFDA 2G8FA 3SUPA 2BGGA 3DRPA 2BDPA 4Z4HA 3TAFA 4KI6A 1VSDA 3G10A 2HNYA 3LP3A 3HSTB 4OJRA 4E7HA 2VG7A 3LZJA 4N41A 3QNOA 2JLEA 3EY1A 5I42A 1U4BA 4RW6A 2OPPA 3RRHA 4HCBA 1D9FA 4FJXA 4BDYA 3CYMA 3LZIA 1C1AA 3VQQA 1KLMA 1EX4A 2AJQA 1K6YA 4JRQA 1BI4B 3AVNA 3NHGA 3HO1A 1J9AA 4PUOA 4B3OA 3LPUA 2FBXA 4HHTA 1NK5A 4HCCA 4DQIA 3LP1A 4FLUA 4DSKA 4CJLA 3LALA 1FKOA 4KKOA 3OYLA 2BANA 3L2RA 3QEPA 5SZTA 1XI1A 2F8TA 5T7BA 3SV4A 4O44A 3QLHA 3K5LA 3V9UA 3TAPA 3VQEA 4E7IA 4AHUA 2F96A 1TK5A 3ITHA 3OYCA 4FJ5A 3VQ7A 1BI4A 5CY4A 4CGIA 1S1XA 4CJVA 2QK9A 2D0AA 4AH9A 1T03A 4B9TA 3NF7A 2RN2A 1L3SA 1ZBUA 3U3GA 4CJEA 4FM1A 3G0ZA 4CIGA 1UWBA 1CXQA 3OYNA 1NK8A 1EKEA 3LPTA 5CZ1A 1VSJA 3VQBA 5C24A 3ZSQA 4CJ4A 3VQ9A 4FLTA 1IKYA 3P83D 1RDDA 2RKIA 4I9LA 3ZSZA 1ZBLA 4KAZA 4KPYA 4J2BA 4CERA 1XHZA 1DLOA 2XRIA 1JLEA 3PX6A 4EZ9A 4CF8A 2FC0A 4ID5A 2BE2A 1A5WA 2XY5A 2DFFA 5FRMA 1NKBA 3DRRA 3OYGA 3L2UA 5HRRA 2HHTA 1TAQA 1JKHA 2HW3A 2KZMA 2KQ2A 1S6PA 1HMVA 3DMJA 3NAEA 5E41A 5J2QA 4Z4GA 2P5OA 3NCIA 3RMBA 4I2PA 1A5XA 1RT4A 2FBYA 2YNFA 4DS4A 4M3ZA 4ZHRA 1HNIA 2Y1JA 1UOCA 1LWEA 3TAEA 1HNVA 2HHXA 2JGUA 1YTUA 1BL3A 4B8AB 4F4KA 2EHGA 3P1GA 4M3RA 4E3SA 3SQ0A 4B9VA 1QS4A 3IAYA 4ELUA 3RWUA 4PY5A 1HYZA 2HHUA 4PA1A 2YNHA 2DFEA 3C95A 3AA5X 3VA3A 3V6DA 4ZTJA 3DM2A 4CJ5A 4KHUA 3HJFA 2O4IA 1CZ9A 3V9SA 1Z26A 4AILC 4CCHA 1TAUA 1JLAA 3AO3A 1BHLA 4KB1A 2ZD1A 4OKJA 4RW7A 3NF6A 1G15A 4MQ3A 3A2FA 3WNGA 1GOAA 3SUOA 3AVIA 1N6QA 4KB0A 3S3MA 1TL3A 3SUQA 3SPYA 2Z1GA 3M8QA 4C8NA 1NOYA 1C1BA 3VQAA 4FW1A 3HK2A 2QXFA 4YFUA 3DI6A 4DTRA 4C8LA 3OYEA 4FK0A 3QEIA 3AVCA 3MECA 3VQ5A 5KTQA 3S3NA 3LAKA 4B9UA 1QSSA 4FM2A 4Z4IA 1YT3A 2YKNA 1L3TA 1VK0A 3K5OA 4CEOA 4CJPA 2G8WA 3EYZA 2YKMA 1ASVA 3ZT3A 3SYZA 4KRFA 3IG1A 4KHNA 4E7LA 2HVHA 3HVTA 4E0DA 2X6NA 4DFPA 1WSJA 3AO4A 3SQ2A 4CGFA 1O1WA 4OGEA 5C42A 2Z1JA 1TKTA 3PX0A 4FZXC 3L8BA 1JLQA 4E7KA 4DTSA 2PYJA 2HNZA 3DLEA 3OYDA 3KLGA 4CHQA 5FDLA 3SQ1A 3KLFA 1J53A 4G1QA 5KGWA 3T1AA 4CHNA 1NK9A 5KGXA 1VRTA 3IRXA 1RBVA 4I9QA 1RBUA 4CFDA 4N5SA 1RT7A 3NGIA 1BIUA 1RT2A 4FJMA 3ISNC 1CZBA 4J2DA 1B92A 4CEBA 2Y1IA 3PX4A 4CEZA 5HLFA 2E6MA 1U47A 4M3TA 2DY4A 4DTPA 1RDBA 1IKVA 5CYQA 1RDAA 2DTUA 5C25A 4CJTA 1QE1A 4H8KA 4O4GA 3WNFA 3DOLA 1KRPA 3WNEA 4KHYA 2F8SA 4H4MA 2B4JA 2GUIA 4DSEA 4CFBA 1SKRA 4AHSA 4QOZB 4IG0A 3LWLA 1GOBA 1HPZA 1LAVA 3AA3A 3SJJA 4F2RA 4CECA 4DTXA 1BCOA 4FXDA 4CF9A 3SUNA 3NH1A 1NOZA 3HPOA 4I7FA 3CM6A 3AVLA 4HVJA 4JRPA 1JLCA 2KZZA 4CGGA 1JLBA 3D0PA 3MXJA 4DTJA 2VWKA 2HMIA 1NJZA 4IKFA 3BGRA 3KLIA 3PO4A 3RMDA 5FRNA 1I3AA 1BCMA 1ZYQA 3NF9A 3VQPA 5J2NA 4CHPA 2HB5A 1HJRA 1JL2A 1RILA 2P5GA 4AHCA 4DSLA 4Z4EA 5JS1A 4DFKA 2Z1IA 2YHBA 1KVAA 4CFAA 3L2VA 1WSIA 1LWCA 1LV5A 1RBRA 3PUFA 4CGJA 3V9WA 4O55A 1KVBA 1XWLA 3CG7A 4ZTFA 3QIOA 3AVMA 1EP4A 1FK9A 1YVUA 2GBZA 4FM0A 1L3VA 4F3TA 3ZSRA 3AVKA 4E7JA 3DYAA 4Y1DA 1WNSA 4C8KA 1REVA 3SZ2A 1DTQA 3OYIA 3VQ8A 1TGOA 3AVFA 1C0MA 4KFBA 1XC9A 2OPQA 4CEAA 2WONA 2G8UA 4KHSA 4E1MA 4FJHA 4LD0A 4J2AA 3VQ4A 1RDCA 3RRGA 1RT3A 4JS4A 3HP6A 4FCYA 2IGIA 2G8VA 4DS5A 3B6OA 4B8CA 1TK8A 4FJ8A 3MEEA 4M42A 4HUEA 4MFBA 4CIEA 4E89A 1J5OA 4LSLA 3K59A 4FLWA 3O4NA 1F21A 3ZT4A 4FLYA 4FJKA 3LP0A 4IBNA 3SV3A 3VA0A 3LANA 4LSNA 2QKKA 1VSKA 4NCBA 3HP9A 1BGXT 1C0TA 2D0CA 4O0JA 5HBMA 3LWMA 2D0BA 3BDPA 1TKZA 2OZMA 3DRSA 3OYMA 1WSEA 3CFOA 2XY6A 4PQUA 4AHRA 4CIFA 3ZSOA 2NUBA 4CEEA 4R5PA 2ATQA 3SCXA 4DTOA 4W5NA 1TK0A 4CJRA 1S1UA 1NJWA 4BE1A 3TWHA 4OLBA 2OZSA 1HRHA 1NK0A 1S5JA 1SKSA 1W9HA 1VSFA 1BISA 5CZ2A 2HHWA 1RTIA 1S9EA 2LSNA 3H08A 4DU3A 2OA8A 3DLRA 3L3UA 3PY8A 1BQMA 4DFJA 4O0IA 3LDSA 4RG8A 4CEQA 4CHZA 3AV9A 4O5BA 1EXQA 4CEFA 4HUFA 1Q9XA 2B6AA 3IS9A 4B08A 1NKEA 2XY7A 4OGCA 1D9DA 4CHOA 3V81A 3KK2A 5HRPA 3ASMA 3OYJA 3SNNA 1JLFA 4AHTA 1QHTA 5HROA 4OVLA 4UQGA 1KTQA 4FJ7A 4CFCA 1A5VA 4CK1A 2A1RA 4B9NA 4CJ3A 1CLQA 1RT5A 3P5JA 3KD1E 3RR8A 1VSLA 1GOCA 4Z4CA 4K8ZA 1B9FA 3DOKA 2RF2A 3I8DA 1YTAA 3C94A 1NK7A 2R7YA 4CJQA 2IOCA 5K14A 4CK3A 4Y1CA 1BQNA 3K5MA 3AA2A 3AVHA 4ELVA 4CESA 2P1JA 3QINA 3ZSXA 4CJUA 4EP4A 2HHVA 1L3UA 2GV9A 1Z25A 5JS2A 5HP1A 2KFZA 3ZT2A 1VSIA 2HNDA 2XY8A 3UIQA 4E19A 2Q3SA 3V1QA 4RW9A 1ZBFA 2PY5A 2EX3A 3SI6A 1NK6A 1S6QA 3AO5A 5KRTA 4ID1A 1S1VA 3S9HA 3LP2A 4CE9A 3K5NA 1ITGA 1VSHA 1SKWA 4KO0A 4CJSA 4KTQA 3NH2A 2QKBA 4CF0A 4W5TA 3T3FA 1D8YA 3AVGA 2X6SA 1IKXA 3VN5A 3L2QA 1JXEA 4N56A 4DTMA 4DQPA 1D5AA 3AVJA 4FJJA 4BWJA 3NGZA 3C6UA 2KFNA 4CJKA 4LH4A 3QIPA 1ASWA 1TKDA 1IO2A 2IS3A 4IFYA 4CJFA 3F73A 3QESA 4K8XA 1LW0A 3QO9A 4N76A 3ZSVA 3KKSA 2B5JA 4FYDA 1RTJA 3NBPA 3KKRA 2OPRA 3NF8A 1WSGA 2ETJA 1CXUA 1S1WA 2KW4A 3THVA 1S1TA 1KCFA 4DTNA 4FW2A 1TV6A 1TVRA 4B9MA 4IG3A 1T8EA 4HUGA 2ZQBA 3TAQA 2A1SA 1RBTA 2P51A 1UA0A 1S9GA 1RTHA 3RR7A 3AA4A 4DSIA 3TARA 3B6PA 2IC3A 4BACA 1FXXA 2E6LA 1RCHA 3KK3A 3U6FA 1KVCA 3ZCMA 4B9LA 5D3GA 3NH0A 1LWFA 3AVAA 4DFMA 4C8MA 1WAJA 3JSMA 3HXMA 3M8PA 3NFAA 4JLHA 5J1EA 4W5RA 4DLEA 1U48A 1NJXA 4RW4A 1JLGA 4Q0BA 4M3UA 4QCLA 3KK1A 1ASUA 3VQDA 3FFIA 4OKEA 1SL2A 2VG5A 4W5QA 1X9SA 4F8RA 4FZYA 3QEWA 3TI0A 1UA1A 4PWDA 3NGYA 4QAGA 4YNQA 3V9ZA 3LAMA 3K57A 3OYFA 1SL0A 3QEXA 3ZT0A 4HTUA 4GVMA 4C8OA 4DU4A 3U3YA 4F3OA 3V9XA 2PYLA 4J2EA 4Z4FA 1SUQA 4GMJB 4ICLA 1HQEA 2Z1HA 1U04A 3AO1A 4DQQA 1KSPA 4M3XA 3TANA 3OYHA 1C6VA 2KTQA 3QNNA 5CYMA 3QEVA 5J2MA 3O3GA 4FLVA 4KHWA 4CF2A 4RW8A 1RT6A 1TKXA 5EU7A 3C6TA 4KV8A 4BDPA 4KI4A 1R0AA 3JYTA 4BE0A 1KLNA 2ZE2A 3M8SA 4EZ6A 5J2PA 4DSJA 3KTQA 4E1NA 4CK2A 2D5RA 1WSFA 3AO2A 2DFHA 3EZ5A 2E4LA 1ZBIA 1RNHA 3O3HA 4NYNA 3MXIA 5FROA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QQCA 3MEDA 4GW6A 4B3RK 2XO7A 3K58A 3MAQA 4FSVA 1FKPA 3PV8A 5KI6A 4DWIA 4FJLA 1U2VA 3D2FB 4WQ5A 1ESVA 1HX1A 1MU2A 1T6CA 1NGJA 4A57A 4DSFA 4CHYA 5KPZA 3L2WA 3CMAN 4DF4A 4CZGA 3GE1A 1BIZA 3OYAA 2Q1NA 3TR8A 4JKCA 5EOYA 4EP5A 3M6GA 4CGHA 4FZZA 2QWNA 4K43A 1V4TA 3D2FA 2P9UB 1TUYA 3SBGA 3I8BA 1QSLA 2ZJQL 2G8IA 2RPIA 1VSEA 5M1NA 2OPSA 3MCAB 2VWJA 3VQ6A 1BU6O 2D0OA 2FLOA 1RGIA 1EETA 5HRSA 3KIOA 4OPHA 3B8AX 5M1QA 1T05A 4N47A 3LM9A 3OY9A 4FWMA 3QETA 3KWGA 1QTMA 3V4IA 5EX5A 4JD2A 2KHOA 3OA9A 4HTLA 5DM7L 4OPJA 3OS1A 3ZSYA 1HQUA 4DG1A 3DLBA 1X9MA 3ZT1A 2FBVA 3ZX2A 2HHQA 3HM9A 4CVNE 3OBYA 3HPGA 3V1RA 1NJYA 3WXJA 1VSMA 1X1PA 2VG6A 1Q9YA 5FPEA 3J7YP 3CFRA 4BDZA 2WC9A 4LH5A 3NDKA 1X9WA 3FZKA 5HRNA 4EIAA 3SQ4A 4OLAA 2HHSA 2G8KA 4M3YA 4DR7K 2A41A 1YUWA 4IFEA 3CD6N 4H4OA 3KJVA 4DU1A 3RMCA 3TAMA 1W0HA 2HVIA 2O8CB 3T1YK 1KFDA 4DR1K 4Z4HA 5AQNA 3LP3A 4JHDB 4E7HA 2VG7A 3J80O 4GV3A 3EY1A 5FPNA 3L0QA 1U4BA 5AQIA 4H0YB 1C1AA 4I6MB 5AQYA 3WQUA 3O1WA 5BR9A 4DR2K 3HO1A 1J9AA 1YIJN 4BREA 1OKJA 3MN6A 1VQPN 4X65K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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