3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
3KLGA 4KTWA 4NYNA 4FLUA 3AA5X 1DTQA 4RW9A 4E3SA 3NF9A 3TAQA 4F3TA 1NOZA 2PYLA 4CJRA 2Y1IA 3CM5A 1TAQA 3V1QA 1VRTA 1EKEA 3U3YA 2PYJA 3TAGA 1ZBLA 4KAZA 4DTSA 1BHLA 2FBXA 3SUNA 4M42A 4FK4A 1TL1A 4FJIA 4O44A 3OS0A 5J2PA 3D45A 4DQSA 2RF2A 2D5RA 3DLKA 3S9HA 5HRPA 4ELVA 4ICLA 4CEAA 3NBPA 4M3RA 1NJYA 2HHUA 4MQ3A 5FRMA 4FYDA 2RN2A 4IKFA 3QNNA 2BANA 1NOYA 1QQCA 4CF8A 3RMCA 1X9WA 1C0UA 4OJRA 4E19A 4FLVA 1A5WA 2E6LA 2W42A 3I0SA 1DLOA 4NYFA 5J2QA 3QERA 1U04A 2VG6A 3OYDA 3QEWA 1L3UA 3E01A 4FJ8A 4ID5A 3T3FA 4B08A 1VSKA 3ZT3A 2VWJA 2PY5A 4CFCA 4CJEA 2AJQA 4HUFA 4DSKA 4B9TA 3O3FA 4DF4A 3OS2A 4KHSA 4KTZA 2X74A 2VG7A 3TAMA 4CJ5A 1TKXA 3DLGA 3DRSA 2FC0A 3VQ4A 3WNFA 4DTMA 4C8KA 3K2PA 4LD0A 2ZQBA 4FJMA 3QINA 2LSNA 3M8QA 5CY4A 5K14A 3RWUA 4KTQA 2HHVA 4FCYA 3ISNC 2XY7A 1ASVA 1SL2A 1D9DA 4Z4GA 2ZE2A 5CZ1A 4JRPA 2F96A 3C6UA 2HVHA 5I42A 4ZHRA 3HM9A 2XHBA 5KGXA 4M3XA 4DTOA 1NK0A 3PO5A 1HPZA 3K59A 3LANA 1U45A 4HTUA 3OYAA 3CFPA 3P5JA 2XY8A 4RW8A 4YFUA 4CEDA 4LSLA 4BE2A 3TAEA 1UA1A 2E4LA 1L5UA 2HW3A 1FKOA 3HPOA 3V9WA 4JS5A 2OA8A 4F4KA 2HHSA 2GV9A 1Q9YA 1IH7A 4HHTA 5JS2A 2HHTA 3WNEA 4HVJA 4BDPA 1IKWA 2B4JA 4CHNA 1WSEA 3HVRA 1HNIA 2OYQA 3B6OA 3V1OA 1RT6A 1LAWA 3LP3A 3C6TA 3S3NA 3CG7A 3L2WA 1VSLA 3IS9A 4Z0UA 3NFAA 3K5LA 3VA0A 3ZSQA 1RBVA 1BCOA 3DYAA 4RW7A 3BDPA 1HNVA 1HRHA 1VRUA 1Z26A 1ZBUA 4B8AB 4DQIA 3ZT2A 3TAFA 1KVBA 2RPIA 1RT3A 1HYSA 4MFBA 5C25A 3NH2A 1B9FA 1QTMA 4CHPA 1BIZA 1JLGA 4I2QA 3LPTA 4DU1A 3DLBA 2QKKA 3V4IA 3AO5A 4FK0A 1KLMA 1BCMA 4C8NA 2YNIA 3LZIA 3PX0A 4OKJA 1VSEA 3HP6A 1RT2A 3RMBA 3TI0A 4EZ6A 3OYBA 2IOCA 3FFIA 4IFVA 4H8KA 3ULDA 4I9LA 1RDAA 1CXUA 3OVNA 3ZT4A 4LSNA 3OYFA 3AA3A 1LW0A 3KK3A 3M8RA 4FLYA 3AA4A 4CEQA 3QLHA 4FJXA 4FJ7A 4CJSA 1FKPA 1TK8A 1YVUA 4LY7A 2G8UA 4DTPA 4M3UA 1XC9A 4CESA 4CGFA 3QEVA 1NK7A 3DLHA 3V6DA 2HNYA 1NK6A 3VQPA 2HNDA 3QIOA 4DFPA 1BQNA 1WAFA 1RDBA 2ZD1A 3LALA 2ATQA 4M45A 1TGOA 4E1NA 1KRPA 1C1BA 3V9SA 3I0RA 4F2RA 3CM6A 3NAEA 1G15A 1RBSA 3AVMA 3LP0A 4AHUA 4DLGA 4E7HA 3THVA 4L8RB 4CE9A 2KTQA 1J5OA 3TANA 1QHTA 4CJVA 1TKDA 3VQAA 4DSFA 4DU4A 1BQMA 4CFDA 4CEFA 1UAXA 1C6VA 4O0JA 1F21A 4FW1A 5HBMA 1RTIA 3LAKA 3ZT0A 2F8SA 4OGEA 3DRRA 4IG0A 4DTRA 3F9KA 2HNZA 4CGDA 1KTQA 4QCLA 5HLFA 2KZZA 3ASMA 4B9VA 1S5JA 4JS4A 1C1AA 4QAGA 1JL2A 3ZSXA 2R7YA 2Z1GA 4J2EA 3V9XA 3SI6A 5KTQA 1T8EA 2FBVA 3G10A 4CIGA 2KW4A 3AV9A 3SV4A 1VSIA 4WE1A 3ZCMA 2ETJA 5FDLA 1U4BA 4KHNA 4NCAA 4OPJA 4KRFA 4J2BA 2HHXA 1JLCA 4W5RA 4W5TA 1ASWA 4AHVA 2XO7A 4FJ9A 1RNHA 4AILC 2FBTA 3AVLA 1BGXT 4OLBA 4TSXA 3CFRA 4O5BA 4CERA 4F2SA 1KFDA 4KFBA 3AO2A 4M41A 3QETA 4FZYA 3TWHA 4DQRA 3DOLA 4OGCA 3ZSZA 1VSJA 5EU7A 1CZ9A 1A5XA 1XI1A 1JLEA 1IKYA 4BDZA 3AO3A 3SUQA 2XRIA 4XIUA 1TV6A 4PWDA 4PY5A 3DLEA 3SQ2A 2X6NA 4CFAA 3L2QA 3KIOA 3PUFA 4CHOA 2BE2A 1MU2A 2A1RA 4CGIA 1NK9A 3QESA 1KLNA 4BDYA 4BE1A 1SKWA 3PO4A 1XHZA 1LW2A 4DF8A 1REVA 4CJ4A 2G8KA 2JLEA 4CK3A 4Z4HA 1CLQA 4CK2A 2FBYA 1KSPA 2OPQA 3QEPA 2IAJA 1L3TA 1IKVA 4C8LA 3QEIA 4RW6A 4LH4A 3WNHA 3SUOA 3VQ9A 3SNNA 1HMVA 1HYZA 4KHQA 5HP1A 4Y1DA 3NH0A 2Z1IA 1QSSA 2BDPA 4K8XA 1FXXA 4YNQA 1FK9A 1RBRA 2NUBA 4KO0A 3MXMA 1QSYA 3OYNA 3O4QA 3PV8A 3RRGA 4IDKA 1RTHA 3P1GA 4J2AA 3HO1A 4KHYA 1NK5A 2D0AA 2OPPA 3OYEA 1RCHA 4Z4CA 1R0AA 1IG9A 3MAQA 1IKXA 1VSHA 4Q5VA 1RT1A 4W5OA 2EHGA 3ZSVA 1SL1A 1L3VA 2P5OA 1RDCA 3K5MA 2BGGA 2KFNA 1EP4A 1CXQA 1X1PA 4CF0A 1T7PA 1Z25A 2QKBA 1UA0A 1L3SA 3VA3A 1B9DA 4DU3A 3SPZA 3ALYA 4DSJA 2EX3A 1J54A 4DSLA 2OPRA 1D9FA 1YTUA 1S1UA 4CHZA 3EYZA 3TAPA 4C8OA 1S1WA 3DM2A 3VQ6A 5CYMA 4AHTA 4DG1A 3S3MA 3DRPA 3RMDA 2KZMA 1GOCA 4PA1A 5HRRA 3VQDA 1S9EA 1W9HA 2O4GA 1WSFA 3WNGA 3OYHA 5E41A 4DFJA 2DFFA 4CEEA 3KD5E 3OYMA 3AO4A 3VQQA 4DTUA 3DOKA 4N47A 3L3UA 1T05A 1RT7A 4I7FA 1KFSA 4CK1A 1EX4A 2YHBA 3OYIA 4BWMA 2QK9A 1QS4A 1EXQA 3KK2A 3P83D 3EZ5A 4QOZB 4CCHA 4M3YA 3T19A 3RTVA 5CYQA 4FJ5A 3AVAA 1RDDA 3K58A 3HK2A 4Z4IA 4O55A 3HXMA 3HPGA 3NF8A 1HJRA 4OKKA 1T03A 1W0HA 3KLHA 1NJXA 3ZSOA 3KK1A 4N41A 3NH1A 3TARA 4HUGA 3SYZA 3DMJA 1SKSA 4KB1A 2OPSA 3MXJA 2WONA 3IRXA 4FZZA 4FLWA 2IDOA 3MEDA 1NKBA 1WSHA 3H08A 4CJPA 2Z1HA 3G0ZA 3DLRA 1JLFA 4E1MA 4CF9A 3EY1A 4DQQA 3O3HA 4DSIA 1VSFA 2GUIA 5HROA 1O1WA 4CHYA 4CHQA 3O3GA 4AHRA 4AH9A 3CFOA 4N76A 1ZBHA 2KQ2A 3HP9A 2G8VA 4GVMA 4FJHA 4EZ9A 3TABA 1VK0A 5HRSA 4PQUA 2HHWA 3JYTA 4JLHA 3DI6A 4DMNA 3BGRA 4BWJA 4HUEA 4CJFA 4HCCA 1U47A 5DMRA 4DSEA 1RTJA 1RT5A 2B5JA 1D8YA 3ZSYA 5C42A 3AVFA 4Y1CA 4FLXA 4KI6A 1WSJA 1B92A 4H4MA 2G8IA 1ZYQA 4FW2A 2VWKA 5T7BA 3RRHA 1BIUA 2XY6A 4DS4A 3PX6A 1WNSA 1RILA 3KLIA 2YKNA 2G8FA 4C8MA 3LWMA 3JSMA 3SPYA 4KPYA 1WLJA 1C0TA 2WOMA 3K5OA 4FVMA 1NK4A 4Z4FA 4EP5A 3MECA 4KV8A 1Y97A 4E7IA 3O4NA 3AVNA 1NJWA 4F3OA 4FJKA 5D3GA 1LWCA 3NHGA 4E7JA 1S6PA 2Z1JA 3HPHA 3AVKA 3QNOA 1X9MA 2IGIA 3VQEA 4DTJA 1NKCA 1JXBA 2HMIA 4B9SA 2VG5A 3VQ7A 3C95A 4DTNA 3OYLA 2JGUA 3OYCA 3TR8A 1JXEA 4CGGA 1XHXA 3OS1A 1GOBA 1RBTA 3U3GA 3ITHA 1LAVA 4AHSA 1N6QA 3LAMA 2YNGA 3AO1A 4EP4A 3AA2A 1Q9XA 1X9SA 2P1JA 4B9NA 3L2VA 4CIEA 4CJUA 3NGZA 4OVLA 4K8ZA 4CFBA 4B9LA 4CGHA 2KFZA 4IG3A 1QE1A 1LWEA 1YT3A 4CJ3A 4DFKA 1TK0A 3LPUA 5JS1A 4N5SA 3HJFA 4Q0BA 1BISA 4I9QA 3SV3A 3MXIA 1RTDA 5KGWA 2X78A 4FK2A 4HCBA 2HHQA 1TKTA 1TK5A 2PZSA 3ZSWA 1XWLA 4CJKA 2YNHA 3LP2A 4PUOA 4IBNA 3NF6A 5SWMA 3I8DA 3SQ0A 4KHWA 1C1CA 1A5VA 5DK5A 3UIQA 2HVIA 3AVGA 2XY5A 2B6AA 3QEXA 4F8RA 3VQ8A 1J53A 4E0DA 4OLAA 1LWFA 3AVHA 2D0CA 4CF2A 3V1RA 4CJLA 4RG8A 4H4OA 5J1EA 2E6MA 4NCBA 1I3AA 1UOCA 5C24A 5HRNA 3PY8A 4ELUA 3RR7A 4ELTA 2DY4A 3HT3A 4W5NA 4RW4A 4CGJA 3KKRA 4CECA 4FM1A 3S3OA 2DFHA 4KHUA 1S1TA 2Y1JA 4E7LA 4KI4A 4FM0A 4FLTA 5FRNA 3SCXA 3KTQA 1WSIA 2A1SA 4CIFA 1ITGA 1UWBA 1JKHA 4LH5A 3L2UA 1SUQA 3KLFA 4DLEA 3L3VA 1ASUA 3HYFA 3QIPA 4B3OA 1IO2A 3KD1E 1SKRA 2F8TA 3VQBA 2O4IA 5J2NA 1WAJA 2ITGA 1VSDA 1SL0A 1BL3A 3L8BA 3V81A 1KCFA 4UQGA 2DFEA 3VN5A 4DWIA 4FXDA 2IC3A 4KKOA 1RT4A 4R5PA 3LDSA 4FM2A 3SQ4A 3QO9A 5FROA 1I39A 3AVBA 4E89A 5J2MA 4JRQA 1DTTA 4CEOA 2QXFA 3CYMA 3LWLA 1NK8A 4I2PA 4OKEA 3NDKA 1TKZA 1TVRA 3IAYA 3F73A 1S1XA 3MEGA 4N56A 2X6SA 3SUPA 1RBUA 5I3UA 4B9MA 3K5NA 1TL3A 4B8CA 1N5YA 4G1QA 4M3ZA 3C94A 3IG1A 1KVCA 3NGIA 2OZSA 4FZXC 2YKMA 1ZBFA 3HL8A 1EETA 1GOAA 3LP1A 5KRTA 1U48A 1KVAA 1S9GA 2P51A 4GMJB 3M8PA 1JLAA 3A2FA 4GW6A 4CF1A 4AHCA 1JL1A 3SQ1A 3RR8A 2G8WA 1U49A 1BI4A 3SZ2A 5CZ2A 3OJSA 4ID1A 4CEBA 3ZSRA 3L2RA 4ZTFA 3OY9A 1S1VA 1YTAA 3T1AA 3V9ZA 5KRSA 4ZTJA 1JLQA 4DQPA 4FJJA 4M3TA 1S6QA 4DS5A 4KREA 3NE6A 3KKSA 4CEZA 3OJUA 4E7KA 3M8SA 4FJNA 2Q3SA 4B9UA 2DTUA 1HQUA 5KI6A 3KLEA 4DTXA 1WSGA 3OYGA 3V9UA 1SV5A 3ZT1A 4BACA 1HYVA 3NF7A 4FLZA 1TAUA 3VQCA 3PX4A 2IS3A 4OPKA 4J2DA 1HQEA 4NCGA 1NKEA 4Z4EA 2D0BA 4BE0A 5SZTA 4CJWA 2P5GA 3RMAA 3NCIA 3LZJA 1VSMA 3AVJA 3D0PA 1J9AA 4FJGA 4O0IA 1C0MA 3AVCA 3MEEA 3KJVA 2GBZA 3K57A 3CQ8A 2HB5A 3U6FA 1K6YA 2G8HA 1D5AA 4CJTA 2OZMA 4KB0A 1ZBIA 3HSTB 1BI4B 4W5QA 2RKIA 2YHAA 1Q8IA 3OYKA 2YV0X 4DFMA 1QSLA 3B6PA 3SJJA 2I5JA 4CJQA 1NJZA 3NGYA 1CZBA 4FJLA 4O4GA 3VQ5A 3OYJA 4M3WA 1WN7A 3AVIA 4IFYA 1JLBA 2YNFA 1LV5A 3HVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTWA 4E3SA 3AA5X 4MLHA 3WXIA 4XEIA 2Q2RA 2PYLA 4CJRA 1EKEA 2P9UA 4M42A 3CQYA 3G6EN 4FWRA 4O44A 2PAVA 3LDPA 3EN9A 3S9HA 5HRPA 3NBPA 4M3RA 1K8KB 3ENHA 4B3SK 3J81O 3B8AX 1NOYA 4CF8A 4YOUA 4FLVA 2FXUA 1NMNA 1NGHA 4BRIA 1U04A 1L3UA 2E8AA 4IEIA 4BQLA 3ZT3A 4CJEA 2AJQA 4HUFA 4X64K 2QWQA 3AGKA 2O8FA 4C1NK 3OS2A 3L4IA 2VG7A 4C8KA 2FC0A 3WNFA 5F1XA 3VPZA 4DTMA 5M1NA 4LD0A 3M8QA 1BOTO 3RWUA 2HHVA 2KHOA 3ISNC 3O9UA 4A5AA 4DR1K 2XY7A 1ASVA 5KQ8A 1D9DA 2ZE2A 5CZ1A 3C6UA 2HVHA 3WXJA 5KGXA 3PIPL 4B1WB 3E9LA 3K59A 4AQYK 3CFPA 4RW8A 2XY8A 3FZKA 4CEDA 3HPOA 3V9WA 4CZFA 4F4KA 2HHSA 4AF1A 2GV9A 1HKCA 3H45C 3WNEA 4CZMA 2B4JA 1VQON 2OYQA 2O8CA 3EE8A 1RT6A 3WXMB 3C6TA 3CG7A 4BC5A 2HF4A 1BCOA 2FF3B 4H5VA 1HNVA 1VRUA 4DQIA 3P31A 5C12A 1Z6RA 2RPIA 5C25A 5LJWA 3KZBA 1BIZA 1WOQA 5EOYA 1VHXA 2P9PB 4YHHK 3CCRN 3V4IA 5FPEA 4FK0A 3RMBA 5GAGP 4I9LA 1CXUA 3QETA 4LSNA 1LW0A 3AA4A 4CEQA 4FJXA 3J7ZO 5GAHP 4DTPA 2QM1A 3MN6A 4CESA 4CGFA 2J4RA 3V6DA 3DLHA 2HNYA 1NK6A 3VQPA 1BO5O 3ID6A 2ATQA 4M45A 3V9SA 1R59O 1RBSA 4DB3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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