3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
b'AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
4Z4CA 3OS1A 2RKIA 1JLCA 3OJSA 4KHSA 3AVFA 3V1QA 4KREA 4KI4A 4CEDA 1DLOA 3IRXA 1BIZA 3IS9A 4MFBA 1KTQA 4OPJA 2WOMA 3NE6A 3MAQA 2HMIA 3VQQA 4IFYA 1U04A 4E0DA 3AO5A 1REVA 3CYMA 1WSFA 1JLAA 1TL1A 3KLIA 3M8SA 4PY5A 1HYVA 3RRGA 5T7BA 1WN7A 4KO0A 1JLQA 1C0UA 4DFJA 1D9FA 1XI1A 1LAVA 2XY6A 4J2BA 1GOAA 3WNHA 4E89A 3THVA 1LWEA 2B6AA 3SQ0A 1D5AA 3OYGA 4WE1A 1QQCA 4CESA 4FW2A 1WSJA 3KD5E 4FJMA 2KQ2A 4FW1A 3SUNA 3AVIA 4KPYA 4G1QA 3ZT0A 1K6YA 3CFRA 4ZHRA 3A2FA 4HUEA 3QEIA 2PY5A 1QSYA 1X9WA 2HW3A 1EXQA 2D5RA 4CEEA 5SZTA 3SPYA 4J2AA 4IKFA 3IAYA 1WAJA 1SKWA 1EX4A 4FZYA 3HXMA 4KB1A 1RNHA 1WNSA 2DFHA 3S3NA 1NOZA 1RT2A 4JLHA 3M8QA 1RCHA 4CJSA 4JS5A 2IC3A 1L3UA 3LWMA 1TAQA 4JRQA 3SPZA 4E7IA 1IG9A 4M3YA 4DTXA 4KHYA 1J9AA 1VSKA 2P5OA 4KI6A 4B9TA 3NH0A 4DG1A 1N5YA 3VQCA 4DSEA 3CG7A 4EP4A 4KFBA 2FBTA 4M3UA 4O5BA 3SNNA 1RTJA 3SZ2A 3RR7A 3MEDA 3TAGA 3ZT3A 1WSIA 2G8FA 2IGIA 4KRFA 4KB0A 1QSSA 3WNGA 4AHRA 1GOBA 3VA3A 1NKEA 4MQ3A 4DTPA 2DTUA 1LAWA 3DOKA 4CK3A 2Q3SA 3MEEA 3AO3A 3TR8A 2PYJA 2QKBA 2HVIA 5JS2A 1HPZA 3CM5A 4CEZA 1VSDA 2WONA 3AA4A 4CHOA 1MU2A 1O1WA 3TWHA 3D45A 1U47A 3S3MA 4FZXC 1HYZA 3TAEA 2PYLA 2Z1IA 3K5MA 1S5JA 3KK1A 2JGUA 4OKJA 4DTOA 4J2DA 3PV8A 4OGEA 1A5WA 3ZSRA 3C6TA 4CF1A 4CFDA 1RT7A 4O0IA 3ZSQA 5HRSA 3SCXA 3HL8A 4I2QA 2QK9A 4IG0A 1S9EA 1UWBA 4CJRA 5KGXA 3L2VA 3NGIA 3K57A 4DQQA 5HROA 1U49A 1NJXA 3KKRA 4N76A 4ID5A 1RBVA 4HVJA 1NK8A 3M8PA 3MXIA 4N47A 3ISNC 1SKRA 3SQ1A 2OZSA 4DLGA 1FKPA 1S6PA 1TVRA 1Q9XA 2KZZA 4AHUA 5DK5A 3SUOA 1RTDA 3V9SA 3IG1A 4DSJA 2G8UA 2HHSA 1WSEA 4CHNA 4ELUA 1NK6A 4FYDA 3SQ2A 4FJGA 2HNZA 3KK3A 3KTQA 3LP1A 4AHVA 4FLXA 1BQNA 4C8OA 5FRMA 1T05A 1Z25A 1RBUA 4K8XA 4DFMA 4M3XA 4RW9A 2HHTA 1C1BA 4DQPA 4CJTA 1KLNA 4FLZA 4Z4HA 3LWLA 2XO7A 1IO2A 4BE1A 4KHQA 1U4BA 1HMVA 4Y1CA 2W42A 5CYMA 4FVMA 1LV5A 1XWLA 2F8TA 4KHWA 4W5OA 1T03A 1GOCA 3LPTA 3L8BA 3V9UA 4I7FA 1YTUA 1SUQA 2YNFA 4H8KA 3V9WA 1TGOA 4DTJA 1D8YA 4FZZA 5C25A 2X74A 4CF0A 2F96A 2RPIA 1RTHA 4CF2A 4W5TA 2E4LA 3OYJA 4FK2A 4E7LA 4FJHA 1KVAA 4FLWA 2E6MA 4CEAA 4DU1A 4B9UA 2OYQA 1VSEA 1RT1A 5SWMA 2BGGA 3KJVA 2ATQA 2I5JA 1QS4A 3ZSOA 3OYBA 2KTQA 3AO2A 4ZTJA 2VG5A 1KFDA 4FK4A 5KTQA 3ULDA 3AV9A 4AH9A 4CERA 1NOYA 4NCBA 2HHWA 4I2PA 3DYAA 3TAMA 3KLHA 1TL3A 5DMRA 2A1SA 3VQDA 3ZSXA 4KTQA 1X1PA 4N5SA 3DLHA 3AVCA 3TAQA 2RN2A 3V1RA 1I39A 2GUIA 2GV9A 3MXJA 1NK7A 4AHTA 3QEPA 2HVHA 3KLGA 1UOCA 3E01A 4AHSA 4CECA 4CEQA 1J54A 4CHZA 5KRTA 4BDYA 1VSMA 5K14A 4E7KA 1WSGA 1T7PA 4DTSA 3HK2A 1RT5A 5HRNA 1F21A 2B5JA 1HNIA 4NYFA 2P1JA 3KK2A 4OGCA 1S1TA 3LZJA 1RT3A 4E19A 4RW6A 4DS5A 2NUBA 4CJQA 2FBXA 1B92A 2FBVA 3QETA 2VG7A 1S9GA 3K59A 2ETJA 5J2NA 1IKYA 1S1VA 4CFCA 1RBSA 2O4GA 3V81A 1N6QA 4Z4FA 4BE0A 4LY7A 1Y97A 1D9DA 4CFAA 1VSIA 3RMAA 2P5GA 3NDKA 4ELTA 1CXUA 4EZ9A 1BQMA 3AVNA 4ICLA 4I9LA 3TARA 4CGDA 4HCBA 4RW4A 3AO1A 3HP6A 2XY5A 3NH1A 4I9QA 4KHNA 1KLMA 4LH5A 4FJ9A 4ZTFA 3KD1E 3LDSA 3G10A 1VSHA 2YNHA 3AVJA 4DTUA 4PUOA 3HJFA 5KI6A 3OYNA 1RDBA 1UA0A 1JLBA 4CFBA 3VQ6A 4CJVA 4CGHA 1ZYQA 4OLAA 5HP1A 4RW8A 2XY8A 4CE9A 2X78A 3H08A 3SUQA 4DLEA 3QEVA 3VQAA 4CJLA 1L3TA 3RWUA 1G15A 3NFAA 2BDPA 4NCGA 3VQEA 1FXXA 2Y1JA 1JKHA 1KFSA 4CJPA 3AVHA 3FFIA 1S1WA 3DRPA 3NGZA 1Q9YA 1L5UA 4O55A 4E1MA 3G0ZA 4M3TA 1S1UA 1NJWA 5CZ2A 4FLVA 2ZE2A 3B6PA 1TKZA 4CK2A 4BDZA 4LH4A 4CJ3A 3WNEA 3QNOA 1VSJA 2HNYA 3U3YA 3RMDA 4CGJA 5KRSA 3T3FA 4GMJB 3RMCA 1ASWA 1KVCA 3M8RA 4CGGA 4E7JA 2DFFA 3OJUA 4Z4GA 1C0MA 5FROA 3ZSZA 2QKKA 2OPQA 2Z1JA 3MXMA 2JLEA 5HBMA 4DFKA 3VA0A 1BHLA 1C0TA 1LWCA 3VQPA 5J1EA 3LALA 3QEXA 1XHXA 2P51A 1ZBIA 4FJXA 2HHXA 2G8HA 2X6SA 4B3OA 1SV5A 4RW7A 4Z4EA 4GW6A 2G8IA 3NHGA 3O3GA 1IKVA 2QXFA 1LW0A 4YNQA 4F3TA 1HYSA 4KTZA 4BE2A 1X9MA 4K8ZA 3AA2A 3DRRA 4CGIA 2X6NA 1HNVA 3DLKA 4IDKA 4O4GA 5C42A 3I8DA 3CFPA 4FLYA 3QNNA 2XY7A 3LAKA 3SQ4A 3PX4A 4E1NA 1NK0A 1RBTA 1YT3A 1CXQA 4DTRA 1RT6A 4KKOA 3VQ7A 4B9NA 3QIPA 1UAXA 1R0AA 2DFEA 2D0CA 4CJUA 1RBRA 3AA5X 3L2WA 3JYTA 1NJZA 4N41A 3AVMA 3V9XA 3LP2A 4QCLA 3DRSA 4FJ5A 1HQUA 1L3VA 2FBYA 4CGFA 4W5NA 4CEFA 4FK0A 4HCCA 4DF8A 1NK4A 3C6UA 3T19A 4JS4A 1VK0A 2XHBA 4L8RB 2D0BA 3JSMA 1JL2A 4DQRA 4HHTA 3CFOA 1JLEA 3SI6A 1C6VA 2BE2A 2EX3A 3HYFA 3NF8A 1U48A 4DWIA 4M3WA 3UIQA 5FDLA 1WSHA 2OPRA 3AVAA 4FJNA 4FXDA 4CJ5A 3VQ5A 1RDDA 1Z26A 3P5JA 2HHVA 4Y1DA 5D3GA 3HSTB 1NKCA 1QSLA 1T8EA 4C8LA 3EYZA 3QO9A 2YHBA 2DY4A 1VRTA 4CJ4A 1KCFA 1VSFA 3L3VA 3U6FA 3AA3A 4FJJA 4FJ7A 5CY4A 3AVKA 3QLHA 4AILC 1W9HA 3NCIA 4TSXA 1IKXA 3HVRA 3TAPA 3NGYA 4B9MA 1FK9A 2RF2A 2YKMA 3AVBA 3I0RA 1SL2A 4M42A 3ALYA 1ZBUA 1IH7A 5KGWA 3V6DA 4FLTA 3V1OA 1A5VA 4FJLA 4DQIA 4DSLA 1CLQA 4GVMA 3HO1A 1XHZA 1YTAA 4B9VA 2AJQA 1BI4B 2LSNA 4NYNA 5EU7A 4UQGA 4CF9A 3TAFA 1ITGA 2OPPA 3TI0A 3K5NA 1I3AA 4LSNA 2HNDA 1TAUA 3DM2A 2GBZA 4BWJA 2Y1IA 4OKKA 2D0AA 4HUFA 1NK5A 3T1AA 3OY9A 2G8VA 4B9LA 4CK1A 1RDAA 1HQEA 1RT4A 1FKOA 4EP5A 1CZBA 1JXEA 1B9FA 4PQUA 1SL0A 5HLFA 1HJRA 5CZ1A 3HPOA 4BACA 3CM6A 4FCYA 1QE1A 4DF4A 2G8WA 4DU3A 3ZT1A 3V9ZA 3WNFA 1S1XA 4OPKA 5J2PA 5I42A 2F8SA 4OJRA 3ASMA 3OYLA 3SV3A 2G8KA 1BL3A 2YKNA 3O3HA 3L2RA 4CJKA 4DMNA 4AHCA 3HPGA 4F4KA 1CZ9A 4DSIA 1BCOA 3DLBA 3MECA 5J2QA 3SV4A 4QOZB 3SYZA 1YVUA 3DLGA 4ID1A 1NK9A 3D0PA 3KKSA 2BANA 1HRHA 1X9SA 3OYMA 3EZ5A 4DSKA 2KW4A 4B8AB 2XRIA 3QEWA 4IFVA 2A1RA 1NKBA 2HHQA 3HP9A 5I3UA 4EZ6A 4OLBA 3KLFA 1ZBFA 4F2RA 3DOLA 4BWMA 1KRPA 3HVTA 3LAMA 1TKDA 2IS3A 1ZBLA 4HUGA 2HHUA 3DLEA 1JL1A 3U3GA 4CHPA 2IOCA 1WAFA 2ZD1A 4YFUA 4IG3A 4FLUA 1TK5A 4CCHA 2KFNA 3VQBA 1ZBHA 3SUPA 5HRPA 4CIFA 3RRHA 3ZCMA 1B9DA 2YNIA 3QINA 2YV0X 4BDPA 4CIGA 4O0JA 3NAEA 4ELVA 1TK0A 1C1CA 3PO5A 2O4IA 1EKEA 2VG6A 4KHUA 3PUFA 3TABA 1NJYA 3I0SA 4PA1A 4E7HA 1UA1A 1JXBA 3QIOA 3O4NA 1QTMA 1DTTA 1VRUA 3AO4A 4C8MA 3F73A 4CIEA 1SL1A 1LW2A 3OYIA 3S9HA 4N56A 4DTMA 4C8KA 3O3FA 2B4JA 3ZSYA 3OYEA 5FRNA 5E41A 1JLGA 4CF8A 4XIUA 4Z4IA 3K5LA 3RTVA 4M45A 3OYAA 3HT3A 3PX0A 3ZT4A 4FM2A 1J5OA 2E6LA 1VSLA 2EHGA 4F3OA 4CHYA 4H4OA 3PO4A 3AVGA 4M41A 5JS1A 3OYHA 2R7YA 2VWKA 1KVBA 4Z0UA 4B08A 5HRRA 4W5RA 3NH2A 3QESA 4FJ8A 4FJKA 3PY8A 3O4QA 4FJIA 1U45A 4FM1A 3BDPA 1Q8IA 3CQ8A 4KV8A 3VN5A 4Q5VA 3OS2A 4HTUA 4F8RA 3LZIA 1TK8A 4DU4A 2Z1HA 4CJWA 1RTIA 3OYDA 4E3SA 4B9SA 3SJJA 4OKEA 2OA8A 1XC9A 4FM0A 4DFPA 4DS4A 1S6QA 4PWDA 3C94A 3MEGA 4O44A 3HPHA 2YHAA 3DI6A 5CYQA 3EY1A 3AVLA 1BI4A 4QAGA 3KIOA 1ASVA 4J2EA 1TV6A 3LANA 2VWJA 4CEOA 1BGXT 1DTQA 2OPSA 3P83D 4DTNA 3L2UA 3NF7A 4M3RA 3L3UA 3ZT2A 3QERA 4KTWA 3VQ8A 1W0HA 3L2QA 1QHTA 3OYFA 3ITHA 3HM9A 4LD0A 1JLFA 3RR8A 1RILA 4CEBA 1LWFA 2KFZA 3OS0A 3ZSWA 2PZSA 1A5XA 4M3ZA 4IBNA 3OYKA 2ZQBA 1J53A 1EP4A 1TKXA 1EETA 3DLRA 4H4MA 4W5QA 3V4IA 3NF6A 2Z1GA 3C95A 4RG8A 2YNGA 1SKSA 4LSLA 4R5PA 1ASUA 1IKWA 3OYCA 1BISA 1KSPA 3DMJA 3P1GA 4DSFA 2OZMA 4NCAA 4CJEA 3K5OA 3LPUA 3TANA 2KZMA 1BCMA 1C1AA 1TKTA 2HB5A 3ZSVA 4OVLA 5C24A 3B6OA 3K58A 1L3SA 3NBPA 4F2SA 4Q0BA 4CHQA 1BIUA 3F9KA 3LP3A 2IAJA 4KAZA 1RDCA 4DQSA 3LP0A 3K2PA 4B8CA 3OVNA 3KLEA 3S3OA 3VQ4A 2IDOA 3NF9A 4C8NA 4CJFA 3VQ9A 3BGRA 3PX6A 3RMBA 5J2MA 1WLJA 2ITGA 4JRPA 2FC0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 1IJJA 4BRHA 3OJSA 3AVFA 3FFKB 4CEDA 1OH7A 3NE6A 1BIZA 1KTQA 2P9NA 4CBXA 2O8EA 5BPNA 1REVA 3CYMA 4CZIA 4PKIA 4DR5K 5GIPA 4JKEA 5E84A 1JLQA 1LAVA 2NRZA 3LDNA 3T7ZA 4J2BA 1LWEA 2B6AA 1RDUA 4NO7A 1QQCA 2Q1NA 3UKRB 1WSJA 4CZJA 4FW1A 4A2AA 1OH6A 1G99A 3ID6A 1K6YA 4CVNE 3AARA 2HW3A 3SPYA 4IKFA 4FZYA 1WAJA 2QI2A 4CW7B 3R8EA 2A42A 5ELZA 1XC3A 2IC3A 5AQVA 5AQZA 2FSJA 4CZLA 1YIJN 1Q81O 1IG9A 4NLBA 4M3YA 1MA9B 4DTXA 1J9AA 3TSPA 2P5OA 4KI6A 2FSKA 2I7NA 3CCLN 4IDHA 3ID8A 4B1VA 4M3UA 4KFBA 4O5BA 1VQMN 3WXKA 1FJGK 3JXUA 1HPMA 1JJ2M 1NKEA 4H0TB 2PYJA 3AO3A 4IEEA 5JS2A 1HPZA 3CM5A 3AA4A 1NGJA 3D45A 3ENBA 1DKGD 3S3MA 2OTLN 2Z1IA 3KK1A 3HRGA 4OKJA 2P9PA 3DJCA 4FL9A 4J2DA 3PV8A 3IMXA 3NVKA 3H3NO 1A5WA 4BRMA 1NGFA 3HL8A 3QICA 1VQNN 3HTVA 3DLLL 1YF5L 3L2VA 3NGIA 1U49A 5HROA 1NJXA 3KKRA 4ID5A 3MXIA 3EKUA 2GUPA 2A5XA 1BO5O 2HSTA 4DSJA 3V9SA 3H1VX 2G8UA 3WXJA 3FZKA 2HNZA 4JKGB 3J81O 3KK3A 3LP1A 3JS6A 5FRMA 4K8XA 4DFMA 3A8YA 4DQPA 5BRDA 3M5RA 2XO7A 1IO2A 4BE1A 4KH4A 5CYMA 2Q36A 3V9UA 1YTUA 4I7FA 3V9WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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