3IFRA

The crystal structure of xylulose kinase from rhodospirillum rubrum
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
492
structure length
488
Chain Sequence
RQVIGLDIGTTSTIAILVRLPDTVVAVASRPTTLSSPHPGWAEEDPAQWWDNARAVLAELKTTAGESDWRPGGICVTGMLPAVVLLDDRGAVLRPSIQQSDGRCGDEVAELRAEVDSEAFLARTGNGVTQQLVTAKLRWIERHEPAVFGAIATVCGSYDYINMLLTGERVVDRNWALEGGFIDLASGTVEADLVALAHIPPSAVPPAHPTHRVLGAVTAEAAALTGLPTGLPVYGGAADHIASALAAGITRPGDVLLKFGGAGDIIVASATAKSDPRLYLDYHLVPGLYAPNGCMAATGSALNWLAKLLAPEAGEAAHAQLDALAAEVPAGADGLVCLPYFLGEKDPFASGTFTGLSLSHTRGHLWRALLEAVALAFRHHVAVLDDIGHAPQRFFASDGGTRSRVWMGIMADVLQRPVQLLANPLGSAVGAAWVAAIGGGDDLGWDDVTALVRTGEKITPDPAKAEVYDRLYRDFSALYATLHPFFHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Rhodospirillum rubrum
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Rhodospirillum rubrum
rcsb
molecule keywords Carbohydrate kinase, FGGY
total genus 144
structure length 488
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ifrA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ifrA02
4A62A 5AQHA 1BG3A 4H0OA 4PKGA 1T6CA 2P9LB 4PL8A 3DXKA 4XEIA 2A6AA 2HF3A 4EHUA 5AQPA 5AZJA 4BRLA 3VGLA 2Q31A 4XH4A 4H5NA 5KQ8A 1SQKA 2PAVA 1WOQA 3DXKB 4FO0A 3WQTA 3QB0A 3A5LC 3A5NC 2ITMA 3TU5A 4CZJA 4XH5A 1DEJA 4GY2B 2UYTA 3D2FA 1IG8A 3VESA 1YAGA 1CZAN 3B8AX 1QHAA 2E8AA 4JD2A 3MCPA 3VGMA 4BRKA 4NO7A 1NMDA 4BRMA 5EOYA 4K42A 1GLBG 4B1VA 1HKBA 1QQMA 2ZWHA 3FZKA 4MLEA 1MDUB 3D2FB 2A40A 3QBWA 2IVOA 2YI1A 2CGJA 1HLUA 4JD2B 3JXUA 3AY9A 2GTDA 2W40A 5BN8A 1JCEA 3HTVA 1YUWA 3O80A 4QS9A 5JLHA 3H45C 4K25A 3A5OC 3AAQA 4CZKA 3HBTA 3SK3A 2VYPA 2IVNA 4FWSA 3C7NA 2A42A 5AQZA 4BROA 1KAZA 3UB5A 3KZBA 3BUZB 4H5WA 4BG8A 3H6EA 1R59O 1XUPO 4MO5A 3MDQA 4K41A 1ATSA 4FWNA 5AZIA 3WEEA 1C0GA 2V51B 3C7NB 3D7EO 3M1FA 3MK6A 2GUPA 4CZLA 2HF4A 3D2EA 4WQ5C 5CE3A 2QWLA 1D4XA 1WUAA 5AQOA 2ASPA 4C23A 1RFQA 2V7ZA 2GWJA 5AZIB 2QWQA 3WEEB 4BR7A 2I7NA 4FWMA 3QFUA 2P9KB 1U2VA 1Z05A 2E1YA 1LOTB 5BN9A 3D2EB 1S3XA 5BPMA 3LL3A 5EVZA 4DCHA 1XQSC 4FWKA 4IZ9A 3BEXA 4Y0WA 2CH6A 3J8AA 2YHXA 3O1BA 2W41A 5BR9A 2Q36A 5AQKA 3SLCA 2NLXA 3I8BA 4JNEA 3VEOA 2E20A 5ELZA 4YDUA 3MN7A 2Q1NA 3DWLA 1Z6RA 2Q97A 4JAXA 4FPBA 2PBDA 4ISEA 1YXQA 3HSCA 2P9LA 5AQNA 2GWKA 4XH1A 4AM7A 4CZFA 1HKCA 4PKIA 3CHWA 1BO5O 3CQYA 3GBTA 1JCGA 5KQDA 2CGKA 4FL9A 4BRIA 3RSEA 2IVPA 4BRPA 3WT0A 3VETA 3C0BA 3MN9A 2P9UA 5AQFA 3MN6A 4FWLA 1BOTO 4H5TA 5LJWA 1TYQA 5AQTA 4KBOA 1GLFO 1NGIA 4E1JA 3VF2A 3RSEB 3DXMA 4BR5A 3EO3A 2BUPA 3I33A 2P9UB 3VERA 3AARA 2YHWA 4BRCA 2F9WA 1V4TA 4Z94A 3WXLA 1JCFA 3CJ7A 3GG4A 1TYQB 2D0OA 3CJAA 2EWSA 3VOVA 1DKGD 3KHYA 3QBXA 1V4SA 4CI6A 5FPDA 4BR4A 3DXMB 2NRHA 1QQNA 4BRAA 4CZGA 2ZF5O 1BDGA 1HPMA 3CJ1A 3FGUA 2KHOA 2CGLA 4J8FA 5EX5A 5FPEA 4B1ZA 2Q0UA 3O08A 2BTFA 2P9IA 5BPNA 2H3GX 1C0FA 1Y64A 3EN9A 4M63C 3O5BA 5AQSA 2YCHA 4A2BA 1S22A 2I7PA 2QWNA 1QQOA 5B8HA 3ZX3A 4CZMA 2FLOA 4GNIA 2E2QA 2P9NA 3GE1A 1GLCG 3P4IA 3FZHA 4BRGA 1ATRA 2A5XA 1K8KA 4CZIA 2P9IB 4AM6A 3LM9A 2CH5A 3CJBA 4EFHA 2FF6A 1P8ZA 2Q0RA 5AQLA 3WUHA 3EKSA 2QWRA 3A0IX 1BWFO 2A3ZA 3LDLA 4MO4A 2P9NB 1ZXOA 5AQWA 5KPTA 3GL1A 1K8KB 4WQ5A 4BRFA 2DPNA 4BR0A 1GLEG 1KAYA 3FE1A 4HTLA 5E84A 1X3NA 3W0LA 5JLFA 2Q2RA 2P9KA 1SAZA 3IMXA 3DJCA 4NB4A 4EAHD 4IWVA 4QS7A 1TUYA 1G99A 3IFRA 3U9ZA 2YJEA 5ADXH 4JHDA 1HX1A 3LDOA 3ULEB 4H0YB 3S41A 3CI5A 3LM2A 3FFKB 4QS8A 4FOIA 1GLDG 1HUXA 4CBXA 2E1ZA 3UKUA 1GLJO 3VEWA 3CJCA 4JHDB 3VGKA 3H46O 4K43A 2P9SA 4H0PA 4BGAA 1ZC6A 3ZX0A 1NBWA 1ZBSA 2FSJA 1NLVA 3IDHA 1NGBA 3G25A 3SMPA 3O8MA 1J6ZA 3UKUB 4BVPA 4BRNA 1TUUA 1BA1A 4M7XA 1GLAG 4ISFA 1OKJA 4DHYA 3WQUA 4O8KA 3ENOA 3AAPA 2P9SB 1BA0A 4I6MA 2J4RA 1NGGA 5FPMA 3U9DA 3LDNA 2HOEA 5AQGA 4A61A 4BQLA 5BRDA 4PL7A 4FWRA 4BRDA 2E2PA 3ENHA 3A8YA 4FWQA 4I6MB 3H1VX 5KPZA 4M7YA 1HKGA 2WUSA 3LDQA 3A5MC 2GELA 3U4LA 2GEMA 1GLLO 1KAXA 4H0XB 3CIPA 3FLCO 1NGHA 4H0VB 5TKYA 3O6WA 3W3DA 3L4IA 2QW9A 4CD1A 2P9PA 4FWOA 1SZ2A 4H03B 4BG9A 4WQ4A 4BRQA 4FOEA 2ASMA 5AQMA 3R9PA 5AQJA 4CD3A 1DGKN 1EQYA 4JN4A 4BC3A 4EIAA 3HI0A 4CZEA 4IXCA 3VPZA 4BC5A 1RGIA 4CBWA 2D4WA 2QWPA 4BR2A 2V7YA 4WQ4C 4BC2A 2P9PB 4B1WB 4RWTA 2YHYA 2FSNA 3BF1A 4HWIA 5KPRA 5BPLA 3O1WA 4H0TB 2D0PA 1ATNA 2VCPA 4FWPA 3MN5A 3UKRA 3MMVA 5AZJB 1NGEA 2E2OA 3UE5A 1IJJA 5EXWA 5JMVA 3JS6A 5AFUA 3BP8A 2ASOA 1NWKA 3R6MA 4CBUA 1U6ZA 3BF3A 4FSVA 2QM1A 2V52B 5AFUH 3UKRB 2ZGYA 4RCHA 2QXLA 5BREA 5AQYA 5LY3A 2QWMA 3QFPA 2D1KA 5BRHA 3EL2A 4BREA 4PKHA 4BC4A 3CERA 4H5RA 3OHRA 1NGAA 2IIRA 3ULEA 4WYBA 5AQRA 1BU6O 5AQVA 3FZFA 5ADXA 3VF6A 2AP1A 3H1QA 4L3QA 4BR9A 3HM8A 3ZX2A 4B1XB 4BQZA 3O4WA 3DAWA 2YJFA 3KVGA 5EY4A 4H5VA 1H1VA 3FZMA 2FSKA 4BVOA 4FPAA 3TPQA 3VF4A 2OANA 3FR0A 3L6QA 3VEZA 4O5FA 1MWKA 4LC9B 3CETA 3CQXA 4B1YB 4IJNA 2FXUA 1KXPA 1RDWX 3U8XA 2QWOA 3FZLA 3L0QA 1ESVA 2VWBA 3ID8A 3WXIA 1NGCA 3ZEUA 2ZGZA 1NM1A 2HMPA 3LDPA 3M3ZA 3QMLA 4B1UB 3EZWA 3R8EA 1MWMA 1NGJA 3ATUA 1NGFA 5FPNA 5LJVA 3WXJA 1Q18A 1X3MA 3GOIA 3HZ6A 4IO8A 4DQ8A 1QZ5A 5AQIA 3CJ9A 4CZHA 3M6GA 2A41A 3H3NO 3ZETA 1QZ6A 5AQUA 1LCUA 3ZEUB 4CJ7A 4EHTA 4IJAA 1NGDA 4ISGA 1BUPA 5BRFA 2F9TA 1E4GT 5AQQA 5F2RA 1U2VB 5JICA 3ATVA 4B9QA 2FF3B 3SJHA 2E88A 3H3OB 3GDQA 3EKUA 1E4FT 1HJOA 5F0XA 1MA9B 1X9JA 3ZETB 3WXKA 2E2NA 3VEVA 3SMSA 3IUCA 4F9OA 1YVNA 1XC3A 1T6DA 5I9EB 4YDUC 1T44A 3QICA 3QDKA 5F1XA 4BRHA 3F9MA 3VENA 3VEYA 4MLHA 3VEXA 4RTFD 2NZTA 5AQXA 5AR0A 4DB3A 4A2AA 4BGBA 2AA4A 5E26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQHA 4PKGA 4LF8K 4ZTFA 1C1AA 2Y1IA 2JWLA 3DLGA 2A6AA 2LSNA 1UOCA 5A2QO 2PZSA 1YTAA 3NH2A 5LL6Z 3ZT1A 4DTSA 3DXKB 3AO4A 4G1QA 3QB0A 3A5LC 4E7IA 3O4QA 2ITMA 3TTDA 4CZJA 2HHHK 1TV6A 3VESA 3PIPL 3N4PA 1ZYQA 4CJ4A 3VQ8A 1NG9A 1OVYA 4FLVA 4JD2A 3MAQA 4BRKA 1QVGM 5HRNA 4CGHA 4BRMA 3CCSN 3D6RA 4ELUA 1WLJA 1EETA 3FZKA 1HNXK 3K0SA 4J2BA 3QBWA 4LFBK 1QTMA 2BANA 3V9ZA 1JCEA 3VTIA 1KFSA 2O8DB 3H45C 1VQ9N 2G8FA 3O3GA 3T19A 2IVNA 2A42A 4DV6K 1LAWA 2JLEA 4LF5K 4BROA 4CW7B 1SL2A 3VA0A 4KH4A 5HRPA 1D8YA 1FW6A 5TKWA 3OS2A 3ZSQA 2FBXA 2A1RA 4OPAA 3H6EA 1R59O 2YKMA 4M3TA 4K41A 1ATSA 5AZIA 1IO2A 3WEEA 1QSLA 2V51B 3C7NB 1XMOK 3M1FA 1IKYA 1YIJN 1KFDA 2GUPA 1KD1O 4I2QA 3D2EA 1YITN 2YNIA 4E3SA 2QWLA 3SZ2A 3ZSVA 3CMEN 4X65K 2QI2A 4C8KA 2QWQA 4B9TA 2KFZA 1IG9A 1MU2A 3AVMA 1U2VA 4AQYK 1RT7A 2E1YA 1N8RO 1DTQA 5BN9A 1S3XA 3T1YK 3U3YA 3TARA 2F8TA 5J1EA 4F3TA 3G4SN 4FZZA 4IZ9A 3BEXA 5BR8K 1WAJA 2YHXA 2QTDA 2ITGA 3I8BA 5ELZA 3WNGA 1Q9YA 2O8BA 3MN7A 1BCMA 3K5NA 2Q97A 3AVKA 4CESA 5FLXO 4C8LA 4CERA 3V9UA 1YXQA 5HOOA 2P9LA 2GWKA 5DM7L 3E9OA 4PKIA 3PX0A 1JLBA 5KQDA 4CHPA 4A5BA 5GINA 3VETA 3C0BA 4LD0A 2NRXA 2QA4N 4FWLA 2D5RA 5LJWA 3D45A 5AQTA 2IS3A 3OYIA 4DQQA 4E1JA 4JRPA 3VF2A 4HUEA 2G8HA 4WE1A 4OPJA 2P5GA 2RPIA 4JKGA 2BUPA 3I33A 2P9UB 3AARA 2YHWA 4BRCA 1EP4A 1V4TA 1DLOA 1JXBA 3GG4A 3OYFA 3KWIA 3VOVA 3T7ZA 2NRHA 1TVRA 1HPMA 1ZBFA 3V4IA 3LPUA 5J2PA 2KHOA 2CGLA 4J8FA 4H4MA 4B3RK 2HNYA 5T7BA 4DR2K 3ALYA 1Z26A 3CM5A 3CYMA 2P9IA 2X6SA 4B9LA 3EN9A 4M63C 3QIOA 4B3MK 3QLHA 4LH4A 4A2BA 2QWNA 1GOAA 5B8HA 5J2QA 4JK8A 1JXEA 4KV8A 1RT6A 2A5XA 1K8KA 4CZIA 4DU4A 3CJBA 2FF6A 2Q0RA 1HNIA 3WUHA 1L3VA 2QWRA 1OH5A 1Q8IA 5C2DA 1S1XA 3IAYA 4E89A 3RMCA 2P9NB 1WB9A 1LWEA 1HQEA 3GL1A 3OYEA 1HNZK 2G8VA 1VK0A 2DPNA 4BR0A 3TSPA 4JYAK 2KQ2A 1F21A 3SI6A 3MEGA 1TL3A 3IMXA 5DM6L 4JI0K 1QSSA 4BE2A 4DS5A 4EAHD 4E1MA 1TUYA 3ASMA 1RDDA 3IFRA 3U9ZA 2YJEA 3LDOA 4OJRA 1RTJA 3ULEB 5CR4A 5I3UA 4DV2K 3CI5A 4YOVA 4FOIA 1GLDG 1RT1A 4Y1DA 3RMDA 1GLJO 5I42A 4DR7K 4EP4A 3KJVA 2EHGA 4H0PA 4BGAA 4E1NA 1KRPA 1ILYA 1U48A 2RF2A 3V9XA 3J80O 1BISA 3SMPA 3CCRN 1R0AA 1JJ2M 3THXA 2HHXA 1J6ZA 4CHYA 4O0JA 1W97L 4IBNA 3CCQN 4BVPA 4BRNA 1TUUA 4NXMK 1IKVA 3WQUA 4O8KA 4NLBA 4FW1A 1RDCA 4GVMA 3CCVN 3QEIA 4I6MA 2J4RA 1NGGA 4CGJA 3EY1A 2HMIA 3RWUA 3SBTA 2O4GA 5BRDA 4PL7A 4BWMA 4FJMA 4FM0A 2E2PA 2IDOA 5KPZA 1VQ7N 1TK5A 2WUSA 1VQ8N 4DQIA 1J5OA 1S5JA 2UUCK 1S6QA 1S9EA 1Q7YO 1RILA 2GELA 3KLEA 5CYQA 3U4LA 3M8RA 3S3NA 1HYSA 5IT9O 1GLLO 3MXMA 5KI6A 4CHZA 4PY5A 4DQRA 3ZT2A 3ZSXA 5GAEP 3SPYA 2FBVA 1SZ2A 4FWOA 4LY7A 4A5AA 4WQ4A 3C95A 5GAHP 2EX3A 5JS1A 3AA2A 3AA4A 3NF8A 1S6PA 4JN4A 1D9DA 2RHKA 3HI0A 3RVCA 3OYNA 3HRGA 4BR2A 1QHTA 2V7YA 1NK4A 1K73O 4BC2A 3CFOA 4X66K 4OX9K 4ZHRA 3BF1A 4HWIA 5KGXA 5KPRA 4GVEA 4FJGA 4DR4K 1N6QA 4FWPA 1UAXA 1REVA 5JMVA 2E6MA 3BP8A 3MWPA 3AO1A 4CJ5A 3AVHA 3R6MA 1U6ZA 3K5LA 4CEFA 2NRZA 2QM1A 2V52B 3UKRB 4CVNE 1SKSA 1OH6A 3ZT3A 4CJUA 1SKWA 2IIRA 4WYBA 3AA5X 1J5EK 4X64K 3G71N 3M8PA 1X9WA 1ASWA 3FZFA 3LDSA 1NKCA 3CCLN 1KSPA 1GOCA 3H1QA 2X78A 4LFAK 3OYJA 3HM8A 3ZX2A 4B1XB 4FCYA 1VQPN 4GW6A 3DAWA 4B8AB 2YJFA 3TTCA 1P90A 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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