1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
1S1UA 2YHBA 5K14A 1SKSA 4C8MA 4IG0A 1BGXT 3VQPA 1BISA 4GVMA 5KI6A 3RRGA 2RN2A 4CJUA 3VQCA 3L2UA 3LDSA 1UWBA 2XY8A 3AA2A 1ITGA 4RW8A 3DLGA 5SZTA 4AHSA 1G15A 4H4MA 4M41A 3CM6A 4CFDA 3ZSWA 2AJQA 4DMNA 4F4KA 4CIEA 4FJGA 3NGIA 1Z25A 3VA3A 5FRNA 4E1NA 4AHVA 1S1VA 2OPRA 5JS2A 4CHOA 4KTWA 4OPJA 2QKKA 4H4OA 4CHZA 4HUEA 3S3MA 3CG7A 4CESA 1HYSA 4DFPA 3OS1A 4C8LA 1RBVA 1VSLA 4I7FA 3HXMA 3AVMA 4FW2A 2BE2A 2JGUA 4DU4A 2OYQA 2G8WA 1WNSA 3VN5A 1EXQA 1TKXA 3I0SA 3BDPA 3NBPA 1L3UA 1GOCA 3K59A 1GOAA 4CEOA 1J54A 3E01A 5CZ2A 4TSXA 4Y1DA 4QAGA 3NGYA 1HJRA 1NK9A 3S3OA 3SUNA 1S9GA 3MAQA 2HVHA 3F73A 5CYQA 4O0JA 2FBTA 3HP6A 4YNQA 3SUQA 2FBYA 3RMDA 1NK0A 4BDPA 4LD0A 1JLAA 1TK5A 1ZBIA 1NJZA 4M3WA 1ZYQA 4FJ7A 1QTMA 4FW1A 3ZSVA 4DQSA 4EZ9A 4IBNA 3TAMA 2ZE2A 3ZT0A 1JLCA 4FCYA 1C0TA 1KSPA 3P83D 3RR8A 2PYJA 2O4IA 1DLOA 2R7YA 3KKRA 4DG1A 3V1RA 1VSIA 1WSJA 3NH2A 3KD1E 4CK2A 2KQ2A 3HVRA 1UA0A 2FBXA 1IO2A 4GMJB 3U3GA 3K5NA 1S9EA 2X6SA 2X78A 1BIZA 4FM2A 3IG1A 3MEGA 3EY1A 3DOKA 4B9LA 4Q0BA 1EETA 1DTQA 3CFRA 3ZSZA 2YNGA 3OYAA 4CJKA 3OYJA 4CFBA 4KHUA 2HHUA 3QLHA 2HHVA 1X9SA 4Z4CA 4DTOA 1KFDA 3OYCA 3NHGA 4KV8A 1BCOA 4Z4GA 4CJTA 4CGDA 1BI4A 4CF1A 4OLAA 1EKEA 4E1MA 4PWDA 5KRSA 3V1QA 3HPGA 2XHBA 3D45A 1KVBA 1RTHA 1QQCA 4R5PA 2YKMA 4KO0A 1RDBA 3NDKA 4DFKA 3ZT1A 1RT1A 3JSMA 1Q8IA 3LP2A 2A1SA 3SV3A 1X1PA 3JYTA 1XI1A 4F8RA 2DFFA 1VSFA 1ZBUA 4FLUA 1QSLA 3G10A 1D5AA 3KLGA 1RDAA 4AILC 2IS3A 4M45A 4JLHA 4DWIA 4FJ5A 4M3ZA 2HVIA 1SL0A 2HNYA 5C25A 4E7LA 4DSKA 1B9FA 1HYZA 4BE2A 4ZTFA 1LW2A 1VSHA 4CFCA 4JS4A 3SZ2A 1CZ9A 1WSFA 2D5RA 3OYKA 3NH1A 4FXDA 2QXFA 2QKBA 4J2DA 5EU7A 3AO2A 3O3GA 1XHXA 2D0CA 1D9DA 1CXUA 1ZBFA 4IFYA 4RW4A 3CQ8A 4DF8A 4O44A 5C24A 4AHCA 4FJKA 2VG6A 1ASVA 3C94A 1S1TA 3LANA 5CYMA 2EX3A 2IAJA 3DM2A 1C1AA 5FDLA 2XO7A 4DTSA 2ZD1A 1IKXA 4DTNA 1KLMA 2JLEA 4OJRA 2ZQBA 1LWCA 4KHQA 4FJJA 4RG8A 4PY5A 4JS5A 3S9HA 1JLFA 3U6FA 1QHTA 4DF4A 2G8KA 3MXJA 4DSEA 1KFSA 2WOMA 4CJ3A 1LWFA 4DU3A 4CEQA 1JLBA 3AVHA 1NKBA 1C6VA 2F8SA 2GV9A 4IDKA 3DLBA 4FZYA 4DTXA 3V9ZA 3VQBA 4BWMA 1NOYA 4ICLA 4BE0A 5FRMA 2HHSA 4JRQA 3AVLA 3RWUA 4KHWA 4N47A 1I3AA 4DFJA 3LALA 4C8NA 4B9VA 3LWMA 3DRPA 2I5JA 1VSJA 4CHQA 3QEXA 4KHYA 4NCGA 3QO9A 4W5QA 4FLZA 3PUFA 4CJQA 1RBRA 4CF9A 1S1XA 3V4IA 3IRXA 1ZBLA 2HB5A 3OYBA 3ZSYA 4FK2A 4DQPA 3KLEA 2HHWA 3V6DA 2OPQA 3QIPA 3U3YA 1SKWA 4DSFA 2PY5A 2BDPA 4CIFA 3MEEA 1SL1A 3K58A 4PUOA 4IG3A 4CHNA 3OJSA 1YVUA 3TAGA 3B6OA 4N56A 1UA1A 3LPTA 4BDYA 1NK8A 1X9MA 4IFVA 3HP9A 1WSHA 4Z4EA 4BDZA 3AA5X 4CK1A 3M8PA 1HMVA 1S1WA 4RW9A 1RBSA 5DK5A 1VK0A 1U49A 4FLTA 2D0BA 4N41A 3AVJA 1FXXA 3LP0A 2QK9A 2B5JA 1RT2A 2FBVA 3OS0A 1XC9A 2G8IA 4M3YA 4FK4A 3WNFA 3QNNA 4O55A 3AVBA 1S5JA 4MFBA 3LZIA 3VQ7A 3DRRA 1KLNA 1TAUA 4XIUA 4J2BA 2OPSA 1MU2A 3L8BA 4KPYA 4KRFA 1VSMA 1U48A 3SJJA 2X74A 4B08A 1L5UA 4EZ6A 4AH9A 1NK6A 2WONA 1RTDA 4DTMA 3UIQA 4RW6A 3AVIA 2XRIA 4DTRA 3AO1A 3LP1A 4CHYA 2DTUA 1WN7A 3L2RA 1Q9XA 1U47A 3V9UA 1RNHA 1F21A 4Z4FA 3SPZA 1JLGA 4BE1A 5JS1A 4FJNA 1ASWA 3EYZA 3K5MA 3SYZA 4AHTA 3HJFA 5KRTA 3AO5A 1UAXA 3OYLA 4I9LA 3VQ8A 2GUIA 2IGIA 2IDOA 4CJFA 3HPHA 3QERA 1YTUA 2Z1GA 2KW4A 2B4JA 1FK9A 3AA3A 1O1WA 3QIOA 2E6LA 1KCFA 3VQAA 2XY6A 3L2VA 3C6TA 4EP5A 1HNIA 1RCHA 1JL2A 1KRPA 2W42A 3PX0A 3L3VA 4L8RB 2P1JA 2Q3SA 4CJPA 5SWMA 5J2PA 2OZSA 1RILA 4KTQA 3OYNA 4CHPA 3V9SA 1D9FA 4Z4HA 3AVAA 3HPOA 2HHTA 3VQ9A 3AV9A 4ZTJA 4FJXA 3K57A 4M42A 3DLKA 4CJ5A 3T3FA 4CEDA 4KHSA 3NF7A 4CK3A 5J2QA 1W0HA 1N6QA 1CLQA 3V81A 2B6AA 4CF0A 1VSDA 2YNHA 3VQ6A 2Z1IA 4H8KA 3LP3A 5HBMA 3OYGA 4PQUA 3NAEA 1JL1A 1C1BA 1SUQA 2FC0A 3SPYA 3NH0A 3V9XA 3QESA 3KD5E 4PA1A 3K5LA 4M3RA 4I2PA 3EZ5A 3PV8A 4K8ZA 3SCXA 3O4NA 4CEFA 4CGJA 1JXEA 2LSNA 3KIOA 4LH4A 3ALYA 4OGEA 3HO1A 4E0DA 2KTQA 2PYLA 3TR8A 4FK0A 5HP1A 5E41A 3AO3A 4HHTA 3VQQA 1S6QA 3KKSA 1HQEA 3G0ZA 4DU1A 3LPUA 4CJRA 1K6YA 3RRHA 2G8FA 1TK8A 4CJLA 3NGZA 3TAQA 3V1OA 4DSLA 3O3HA 2HMIA 4W5OA 3O4QA 2IOCA 4NYNA 3P1GA 2EHGA 3HYFA 3KLFA 3CFPA 2HHQA 5FROA 2HW3A 4KFBA 1Q9YA 1J53A 1NK4A 3OVNA 3AVCA 2Y1IA 1IKYA 2ATQA 1RT6A 5HROA 2PZSA 3QEPA 4ID5A 4G1QA 2ITGA 4CEAA 4CJWA 1BQMA 1HPZA 4CJ4A 3HVTA 4Z4IA 2RKIA 2F8TA 3KLHA 3QINA 4M3XA 1JKHA 4E89A 3AA4A 3WNHA 4HVJA 4OPKA 4FJMA 4B9SA 1CXQA 1QE1A 1QS4A 4CGIA 1L3SA 4DTJA 3KK1A 1NKEA 3MEDA 2YKNA 5HLFA 2A1RA 1WSIA 1W9HA 3QEVA 4M3TA 1BHLA 2YNIA 3C95A 1LAVA 4OVLA 3TARA 4Y1CA 2VG7A 1RDCA 1WAFA 1RTJA 1T03A 4B9UA 1RDDA 4J2EA 1HRHA 3T19A 4NCBA 1L3TA 1LV5A 4CEEA 1RT3A 3OY9A 2E6MA 3DLRA 1LAWA 4HUFA 3D0PA 4FLYA 4OGCA 3T1AA 3QNOA 2XY7A 4KI4A 4KAZA 3SQ4A 3TI0A 4CF2A 1LWEA 1Z26A 3FFIA 2XY5A 2NUBA 4DTPA 3OYFA 1TL3A 3TAFA 4ELVA 4GW6A 1KVAA 1NOZA 3VQ5A 3VQEA 4CEBA 4DQIA 4KB1A 4LSNA 2G8VA 3ZSQA 4F2RA 1XWLA 1RT4A 4E19A 1I39A 3DYAA 3RR7A 4QCLA 3OJUA 1WSGA 5HRNA 3SUOA 4K8XA 2D0AA 2GBZA 4B9MA 3SUPA 2HNZA 2G8UA 3RTVA 1R0AA 1REVA 1ASUA 1B92A 3ITHA 3RMBA 3DOLA 1N5YA 4B9NA 1JLEA 3OYEA 1TGOA 4FJ8A 1J9AA 4B8CA 3QEIA 4Q5VA 3ASMA 1DTTA 4C8KA 3OYDA 3NF8A 4F3TA 4E7KA 1NKCA 5KTQA 3ZT4A 1IH7A 4YFUA 4M3UA 3DMJA 3K5OA 3NF6A 4WE1A 1A5VA 4FLWA 4FJ9A 4FM0A 1FKOA 1JLQA 3C6UA 4O5BA 3TAEA 3SQ0A 3LAKA 5C42A 2KFNA 3ZT2A 5HRPA 2P5GA 3OS2A 4BACA 4LSLA 3CFOA 3M8RA 2G8HA 3KK3A 4CCHA 4Z0UA 2P51A 2HNDA 5HRRA 4DSJA 2VWKA 3CM5A 3L2WA 5T7BA 4KI6A 3V9WA 4CEZA 4FZXC 3I0RA 1D8YA 4E3SA 1RTIA 4AHUA 4OLBA 2KZMA 2YV0X 1BIUA 4J2AA 4OKEA 2O4GA 3ZSOA 4CJSA 4I2QA 3DLEA 1TL1A 1T05A 4E7HA 2DFEA 4CECA 3SV4A 4FLXA 1ZBHA 1C0MA 4OKJA 1UOCA 3WNEA 3HT3A 3M8SA 3HK2A 2OPPA 1SV5A 2Z1HA 4FLVA 4FJHA 2YHAA 2BANA 3RMAA 3ZCMA 3O3FA 1IKVA 1QSYA 1TK0A 2E4LA 3AVGA 3DI6A 1HNVA 1EX4A 5HRSA 4HUGA 4DS4A 4O4GA 3B6PA 1WLJA 4DQQA 4UQGA 4KREA 1IG9A 1L3VA 3ZT3A 3HSTB 1HYVA 3PX6A 3A2FA 1C0UA 3K2PA 3KLIA 3TAPA 3LWLA 4CJVA 1TKTA 2YNFA 3AVKA 5CY4A 1LW0A 4W5RA 3KJVA 4OKKA 1VSKA 1KVCA 5D3GA 5KGWA 4CGGA 1NJXA 1S6PA 1U4BA 4BWJA 3ZSXA 1HQUA 1RBUA 1U04A 4LY7A 1FKPA 3I8DA 3MXMA 1NK7A 4DSIA 3AO4A 4ZHRA 2BGGA 4DLEA 1WSEA 3ISNC 4KKOA 3KK2A 3LAMA 3PO4A 4EP4A 3RMCA 1BL3A 4NYFA 1RT7A 4CGFA 2DFHA 1BQNA 3VQ4A 3HM9A 1YTAA 3F9KA 3OYHA 1SKRA 1TV6A 5J2MA 3PX4A 4CF8A 1VRUA 2F96A 3VA0A 3NCIA 2OA8A 4IKFA 5J1EA 3S3NA 2Z1JA 3KTQA 4FVMA 3WNGA 4DFMA 3MXIA 2P5OA 1RBTA 4N5SA 4FJLA 3L2QA 1SL2A 3M8QA 1GOBA 3QEWA 1TKZA 3L3UA 4CIGA 3TANA 4C8OA 1U45A 4NCAA 4DLGA 1J5OA 1VSEA 5J2NA 3NFAA 3ZSRA 1YT3A 4KHNA 3HL8A 4FZZA 5I42A 1IKWA 4DTUA 1KTQA 3AVNA 3OYIA 2VWJA 2HHXA 3BGRA 5KGXA 3PY8A 1A5XA 4B3OA 1BCMA 3OYMA 3CYMA 1NJYA 3LZJA 1Y97A 2Y1JA 1VRTA 3SNNA 1WAJA 1C1CA 2DY4A 4DS5A 1RT5A 2OZMA 3DLHA 3NF9A 4E7IA 3AVFA 4F3OA 1NK5A 1BI4B 2KFZA 1TVRA 1EP4A 1CZBA 5CZ1A 4O0IA 3SQ1A 3NE6A 3H08A 4HTUA 1NJWA 4JRPA 4E7JA 4HCCA 3SQ2A 4LH5A 3VQDA 2X6NA 3DRSA 2RF2A 4ID1A 3TWHA 3SI6A 1TKDA 2ETJA 5DMRA 4RW7A 4ELUA 2RPIA 1XHZA 4CFAA 4AHRA 4HCBA 4ELTA 4W5TA 4CERA 1TAQA 1B9DA 4FYDA 2KZZA 1JXBA 3MECA 3IAYA 3IS9A 3ULDA 3QETA 4I9QA 1T8EA 1T7PA 1A5WA 3P5JA 4QOZB 4W5NA 3PO5A 4FM1A 4B8AB 4F2SA 4KB0A 2IC3A 4MQ3A 4N76A 4DQRA 1QSSA 2VG5A 4KTZA 4CJEA 3THVA 4FJIA 3TABA 5I3UA 1X9WA 4CGHA 4B9TA 4CE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8CB 3CCUN 1NBWA 4J8FA 5KI6A 3VGKA 3SAGA 4CJUA 3L2UA 3RRGA 3THYB 1UWBA 1VQNN 4CFDA 3A5OC 1HPMA 4FJGA 1W7AA 3F9MA 4E1NA 2H3GX 1KAZA 2HSTA 4KTWA 2QKKA 3S3MA 3IMXA 3VEYA 1RBVA 1VSLA 2P9IA 4L3QA 1XMQK 3MCPA 1J54A 4H0YB 3J80O 5C2FA 3NGYA 1HJRA 2UUBK 4GKJK 3F73A 4C1NI 4GV6A 3EE8A 4O0JA 3HP6A 3SUQA 1YXQA 1U6ZA 1JLAA 3MWTA 1TK5A 2GEMA 4WQ5C 4OO1J 1NJZA 1ZYQA 4DV2K 4KH4A 4FJ7A 2QWOA 1GLDG 4FW1A 2WTUA 3CMAN 4IBNA 2ZE2A 4FCYA 4Y0WA 2O4IA 2PYJA 3KKRA 4JKHA 4CK2A 2AP1A 4NLBA 1N33K 3F2KA 5AQPA 3U3GA 1S9EA 1BIZA 3THWA 3O9SA 3ZSZA 1NGGA 5FPEA 4FWKA 3QLHA 1Z05A 4Z4CA 2HBJA 4O8KA 3OYCA 4Z4GA 1HKGA 4CF1A 3GDQA 4OLAA 4E1MA 4PWDA 5KRSA 2V51B 2YKMA 3T1HK 1Q8IA 2A1SA 1KXPA 3SV3A 1XI1A 2F4VK 2DFFA 1ZBUA 1QSLA 2P9PB 4JLHA 4M3ZA 1SL0A 5JLFA 5C25A 2O8EA 3ZEUA 1VSHA 1CZ9A 3OYKA 4IFYA 4RW4A 4AHCA 2VG6A 5FDLA 3VEXA 3DM2A 2IAJA 3JAMO 1LWCA 4JS5A 4I6MA 4FVUA 2ASOA 3VEVA 2P9SB 1TUUA 4DU3A 3AVHA 1C6VA 2F8SA 4H5TA 1NMDA 3DLBA 4FZYA 3GL1A 1H1VA 5FRMA 4MLEA 4N47A 2UUCK 4B9VA 4A5BA 2I5JA 1U2VB 3QEXA 4CHQA 1BO5O 3DXKB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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