1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
b'DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Transferase/dna
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
2G8VA 1KLMA 4CE9A 4HUEA 2EX3A 3SUNA 2ETJA 2WOMA 3AVIA 5E41A 3L2UA 3PO5A 4C8KA 1J53A 1T8EA 4KREA 1XHXA 3NFAA 3TWHA 5J1EA 2GUIA 4BDPA 5J2PA 1NJWA 1NOZA 4J2BA 1JLGA 3PO4A 4J2AA 4B3OA 1LWCA 4BACA 4HCBA 4DSIA 3V6DA 4QOZB 4IG3A 3KK1A 2IOCA 3B6OA 4FJJA 3QLHA 4H4OA 3AVAA 3F9KA 4I9QA 3KKSA 1T03A 1JLCA 3V9SA 4KRFA 5JS1A 1ZYQA 2IDOA 4NYFA 1Y97A 4OPJA 4KTZA 4PQUA 5HBMA 2Z1IA 1JLEA 4OKEA 4K8XA 1WSHA 1HJRA 3AVNA 4NYNA 2RKIA 2Z1JA 3HM9A 4ZTJA 2HHVA 3L2QA 3QNOA 1IH7A 1QSYA 2JGUA 1BGXT 2OPRA 3O3FA 1RT2A 2DTUA 2F8SA 3P83D 3DLEA 1TAUA 4OGEA 1U4BA 3NF8A 4CEEA 4N56A 4JS4A 1CXUA 4IFYA 4HTUA 4CHNA 4E7HA 3DLBA 3QEWA 4KB0A 3LZJA 4LH4A 4YNQA 4CF9A 4CFDA 1W9HA 1NOYA 4AHCA 1IO2A 3AA5X 3ZSRA 4CJUA 1NK5A 1SKWA 2B5JA 4FJIA 3V4IA 3P5JA 4CHPA 1S1VA 3L3UA 1S1WA 3MEGA 1T7PA 1ZBHA 2VWJA 3AA2A 1TVRA 5KI6A 2PZSA 3PY8A 2PY5A 3OYNA 2G8WA 1KVAA 3OJSA 3HYFA 3KTQA 1ASVA 1FKPA 2XRIA 4AHUA 1WSFA 3S3MA 4IKFA 1LAVA 1NK7A 4I2QA 4FJXA 5FDLA 4JS5A 4E1NA 2OZMA 4CEQA 4CK1A 3LALA 3OJUA 4CGDA 5J2MA 1FK9A 1Z25A 1U45A 2DY4A 4OLAA 4CEFA 1L3SA 4DS5A 4C8MA 3FFIA 4KFBA 1BQMA 2Z1GA 3LAMA 3WNHA 3M8SA 4CCHA 1GOAA 1HQUA 4FLVA 4JLHA 3HO1A 3ZSQA 2X6NA 2A1RA 3L2VA 4CF8A 4JRQA 4K8ZA 3T19A 3DI6A 2OPQA 3OS2A 4CHQA 3K5MA 3ZT0A 4M3XA 3JYTA 3RR7A 4B9UA 4Z0UA 1YT3A 3G10A 1RT5A 4KTQA 2YNIA 3OYFA 1X9SA 1WLJA 3DYAA 4O55A 3VQ8A 4E7LA 1R0AA 1HNVA 3AA3A 1RT3A 4CERA 1ZBLA 4FJLA 4DSJA 4ZHRA 1VSHA 1T05A 4CK3A 1VK0A 3M8RA 5FRNA 1FXXA 4HHTA 3H08A 4DF4A 3THVA 2HHQA 3NF6A 2VG5A 2VWKA 3SYZA 1KFSA 1ZBFA 4Q0BA 5KRTA 1KSPA 2PYJA 2GV9A 1YVUA 4ICLA 2KFZA 1A5XA 4R5PA 3HP6A 1X9WA 2XO7A 3OYMA 4BE1A 3OYGA 4DSEA 3AA4A 1HPZA 5JS2A 3AVCA 5CZ1A 4AH9A 1K6YA 1UAXA 2KTQA 2HHTA 3ZT2A 3PX6A 1FKOA 4CJ4A 3AVJA 1RT6A 1RTIA 1C6VA 1LWEA 3SI6A 3TI0A 3TARA 1SKSA 1S6QA 4M3ZA 4YFUA 3AVGA 3KLEA 1XI1A 1X9MA 1TGOA 4N76A 2QKBA 3AVMA 4KPYA 2FBXA 4BWJA 3SQ0A 4DTNA 3VQ6A 4FZZA 2R7YA 4HVJA 4I9LA 4DTMA 3SV4A 4CJVA 2OZSA 2XY5A 1HNIA 1VSIA 4CJ5A 4E0DA 2OPPA 3LP1A 4BWMA 4CJLA 4XIUA 4KV8A 3NE6A 3NF7A 1REVA 3U6FA 1S5JA 3IRXA 4AHRA 2A1SA 4EP4A 4F2SA 2HW3A 1CZ9A 3ZSOA 4B9VA 3WNFA 3G0ZA 1LAWA 1BL3A 3M8PA 1CXQA 4OVLA 2BDPA 4C8OA 3AV9A 4B9NA 4CHOA 3T1AA 3PX4A 5KGWA 1TKTA 1J5OA 3C94A 4H4MA 3OYBA 1S9GA 1YTAA 3TR8A 1RNHA 4DQRA 2X78A 4F3TA 3TAEA 4DTJA 1QS4A 2YKMA 4RW8A 1SL1A 1VSKA 4CJQA 1DTQA 5I3UA 3NH1A 4DTPA 4FYDA 5CYMA 4CJPA 4Y1DA 3VQDA 3SUPA 1C1BA 4WE1A 3AO5A 3VQ9A 1WSIA 3LWLA 2HVIA 4FJKA 2IGIA 1L3UA 4FZXC 3V9UA 2D0AA 3MXIA 3TABA 3U3YA 3ZCMA 2X74A 3SPZA 1JL1A 1VRTA 5K14A 1ITGA 1JLAA 1Q8IA 1NK8A 4CJ3A 1S6PA 4CIEA 3TAGA 1BHLA 2FC0A 1TL3A 3VQBA 3OYJA 3MXMA 3RWUA 3K2PA 1B92A 3E01A 3OVNA 2G8HA 3IG1A 5HLFA 4RW7A 1LW0A 3AVBA 2ZE2A 3IS9A 4PUOA 4UQGA 1RBVA 4FK2A 3AVFA 3CFPA 4M45A 2DFHA 2OA8A 1UWBA 4CEOA 3CQ8A 1TL1A 2RPIA 4LSNA 3DMJA 5HRRA 3JSMA 4KKOA 3SUOA 3KD5E 4O0JA 4W5QA 1D5AA 3MECA 4RW6A 2Q3SA 4O44A 2KW4A 4CJWA 2XY7A 1S1XA 3K59A 3VA3A 2QXFA 3VQ4A 4CFAA 1Q9YA 3QINA 3WNGA 4DSFA 4FK0A 3V9WA 3HPHA 4DQPA 1JXBA 1RT4A 2HHUA 4FJGA 1RT1A 3VQQA 4CJSA 4CGJA 1S1TA 4KAZA 1BIZA 3SQ2A 1TV6A 4FCYA 1NJYA 2BANA 4DFPA 3MXJA 4PA1A 3OS0A 1QTMA 1EP4A 1NK9A 4E7JA 4G1QA 1SL0A 1LV5A 4AHTA 5KRSA 4N47A 3ZSZA 4AILC 2IAJA 2G8FA 1RTDA 4M3RA 1SKRA 2KQ2A 3RR8A 1SV5A 4DLGA 4KHNA 4KHYA 1A5WA 1IKVA 1ASUA 3SQ4A 2RN2A 4LD0A 3VN5A 3RRHA 3AO4A 4DF8A 1KVCA 4OJRA 2B6AA 1VSFA 3OYLA 2BE2A 4OGCA 4M3UA 4DLEA 5I42A 2G8UA 3QEXA 3DOKA 3ZSYA 3I0RA 3SPYA 1QSSA 3ZSWA 4B8CA 2WONA 3D0PA 2VG6A 3QEPA 1RILA 2E6LA 1QE1A 3QO9A 4FZYA 1IG9A 2YNFA 1XC9A 3NGYA 3DM2A 4CF1A 3QESA 4FLTA 3OYDA 4DWIA 1WAFA 1HYZA 4QCLA 3TAQA 1VSDA 4FW1A 1DTTA 3LPUA 4L8RB 4Z4FA 3C95A 1A5VA 1KLNA 4Z4CA 3HPOA 3U3GA 2GBZA 1VSEA 3ASMA 3V81A 3BGRA 4MFBA 1J9AA 4KI4A 1XWLA 3ZSVA 1NJXA 1LW2A 3VQ7A 4M3TA 1EETA 1C0UA 3ISNC 4AHVA 4CHZA 5SZTA 4DFKA 5J2QA 1ASWA 1X1PA 4KHUA 3DRPA 3AO1A 1O1WA 2ATQA 4FLZA 3VQEA 3ULDA 3WNEA 3EY1A 3LWMA 2O4IA 1SUQA 2D0CA 4HUFA 4B8AB 3L2WA 1D9DA 3LP0A 4DG1A 1SL2A 5D3GA 1NKEA 4DFMA 1KVBA 4KB1A 3V9ZA 3IAYA 1C1CA 3LP2A 4FJNA 2Y1IA 1KCFA 3KLGA 3L8BA 3B6PA 4GW6A 4AHSA 4Y1CA 3RMAA 4RW9A 4FJ8A 2HMIA 3MAQA 1QQCA 2D0BA 3RRGA 1IKWA 5CZ2A 5CYQA 3KK3A 1UA0A 1WSJA 5KGXA 3S3OA 4CJEA 2ITGA 3V1QA 5HRNA 3OYKA 3HXMA 4O5BA 4Z4IA 4RW4A 4EP5A 3K57A 1CLQA 4FVMA 4DU1A 3F73A 1U04A 5HRSA 3HVRA 4FM0A 3NDKA 3M8QA 2XY6A 2YKNA 4DQIA 1TK8A 1BQNA 4CFCA 1W0HA 1WSEA 3I8DA 1BI4B 1RTHA 1RDAA 2P51A 1EX4A 3TAMA 4CGFA 2G8KA 1WAJA 5J2NA 1KRPA 1VSJA 2XY8A 3DLHA 3K5LA 3I0SA 4O4GA 3TANA 1JLFA 4HUGA 3V9XA 1BI4A 1F21A 2D5RA 3OYEA 1IKXA 1TKXA 4W5RA 3EYZA 3L3VA 5C25A 4M3WA 2YHBA 3O4QA 2OPSA 2HHSA 1C1AA 4E3SA 3NGZA 1C0MA 2FBTA 3OYHA 4JRPA 4M41A 4Z4HA 3O3GA 3RMBA 4KHQA 3SCXA 3OYCA 2DFEA 1TK0A 2HHXA 1L3VA 2E4LA 4DU4A 4M42A 2Z1HA 4I7FA 4CIGA 4OLBA 4GMJB 4PWDA 4IFVA 4CECA 3AO2A 4C8LA 4TSXA 4NCGA 4CFBA 2NUBA 4B9LA 1J54A 1RCHA 1LWFA 3NF9A 1XHZA 4Z4EA 4CF0A 1VSLA 3RTVA 1JL2A 3LZIA 4CEBA 5C42A 1HRHA 1QHTA 4IDKA 4Z4GA 4ELUA 3HVTA 3NCIA 4CJRA 3K58A 4FJHA 2HNYA 3SZ2A 2YV0X 3VA0A 1D8YA 4N5SA 4NCAA 2IC3A 1RBSA 4KI6A 4DTRA 2B4JA 3CM5A 2YHAA 3KK2A 4FK4A 4CGIA 5HRPA 4FW2A 1B9DA 1HYVA 4ELTA 4EZ9A 4I2PA 3ZSXA 4DTOA 3ITHA 4FJMA 1U49A 1IKYA 1MU2A 4H8KA 2KZMA 1BCOA 4BE0A 1I39A 2E6MA 3AVKA 1B9FA 3QIOA 4IG0A 4Q5VA 3AO3A 3KLHA 2HNZA 2ZQBA 3VQAA 2KZZA 3LP3A 4ID1A 3OS1A 3CYMA 4J2EA 2P1JA 5HP1A 1VSMA 3C6TA 5KTQA 3DLGA 4CEDA 4CJFA 2W42A 3SV3A 3OY9A 4F3OA 3QERA 3NH0A 3O3HA 3TAPA 4LSLA 2XHBA 3HPGA 1NKBA 4CF2A 4FLWA 1N5YA 1UA1A 4FLUA 3VQ5A 3PX0A 3SQ1A 4DU3A 1EXQA 1UOCA 1L3TA 3HL8A 2KFNA 1RTJA 2X6SA 1TKZA 1TK5A 2LSNA 3K5NA 4LH5A 4CIFA 3KLIA 1GOBA 4W5OA 1U48A 4DS4A 2P5GA 3A2FA 4IBNA 4KO0A 5CY4A 4CJKA 1ZBIA 4FLXA 2BGGA 4F4KA 1NK6A 3UIQA 1I3AA 2VG7A 1BCMA 4O0IA 1RDCA 1DLOA 1N6QA 2HVHA 3MEEA 3VQCA 3RMCA 4KHWA 4W5TA 2FBVA 3EZ5A 3C6UA 3CFOA 3LANA 4LY7A 1KTQA 1S9EA 4KHSA 3HJFA 1Q9XA 3NH2A 1CZBA 4BDYA 3HP9A 1C0TA 3LPTA 2JLEA 1WN7A 3NHGA 4GVMA 3QIPA 2PYLA 1RDDA 4CGHA 3AVLA 4E7IA 3NGIA 1WSGA 2YNGA 2Y1JA 3KLFA 1JLQA 3S9HA 4N41A 1RBTA 3DLKA 4J2DA 4DQSA 2EHGA 3HSTB 1EKEA 3K5OA 4DTSA 3T3FA 2YNHA 4DSLA 4CK2A 1QSLA 3D45A 4CESA 2P5OA 3KJVA 3CFRA 2I5JA 1NJZA 3KIOA 1NK4A 2F96A 3QEIA 3DLRA 5C24A 3SJJA 4RG8A 1G15A 4NCBA 3DRRA 4F8RA 5HROA 4E89A 4CHYA 4HCCA 3V1RA 4PY5A 3LDSA 1KFDA 2ZD1A 4CEAA 1NK0A 4CGGA 4OPKA 2OYQA 3O4NA 2QKKA 4E7KA 2F8TA 3VQPA 3S3NA 3HT3A 3QNNA 5FROA 5T7BA 3HK2A 3AVHA 4M3YA 3TAFA 4FJ9A 3L2RA 1JXEA 4DQQA 1TAQA 4DFJA 4ELVA 2RF2A 3PUFA 2AJQA 4CEZA 3CM6A 3RMDA 3MEDA 2QK9A 2IS3A 4CJTA 4EZ6A 1U47A 3ZT4A 4W5NA 4ID5A 1BISA 4OKKA 4QAGA 4FJ5A 1BIUA 1HMVA 1WNSA 4BDZA 4FXDA 4E1MA 4FJ7A 1HYSA 1JKHA 5DK5A 3OYAA 1TKDA 1RT7A 1VRUA 5SWMA 4DTXA 3KD1E 3NAEA 4DMNA 1YTUA 4KTWA 3SNNA 3V1OA 3DOLA 4MQ3A 1Z26A 3SUQA 5EU7A 3ZT3A 3OYIA 2HNDA 3CG7A 3LAKA 2HB5A 4B9MA 1RBUA 2HHWA 4B08A 3PV8A 4BE2A 2O4GA 2FBYA 1D9FA 3P1GA 4FM1A 3DRSA 3ZT1A 4FLYA 3QEVA 3NBPA 4FM2A 4OKJA 3BDPA 4DSKA 4F2RA 5FRMA 1HQEA 1RDBA 3QETA 3KKRA 4DTUA 5DMRA 2DFFA 1ZBUA 1JLBA 1RBRA 3ALYA 1S1UA 4E19A 1NKCA 1L5UA 4B9SA 4ZTFA 4B9TA 1GOCA 4C8NA 2G8IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8VA 4A61A 2ETJA 4C8KA 5E41A 3IDHA 3BF3A 5BPLA 1XHXA 3NFAA 5J2PA 3ENBA 4J2AA 4B3OA 4BACA 3V9SA 4U67L 4KRFA 4NYFA 4PQUA 4KTZA 3ZETB 1JLEA 3EN9A 4DV7K 4DHYA 2RKIA 4ZTJA 3THXA 5C0YA 3HOSA 4LF8K 2DTUA 2Q31A 3DLEA 3WXLA 1U4BA 4CEEA 4N56A 4JS4A 3EE8A 3DLBA 3H3OB 4JKFA 3CC7N 2JWKA 4LH4A 4YNQA 4CJUA 3AA5X 3WXIA 3V4IA 4CHPA 1S1VA 4BRKA 1T7PA 3AA2A 1TVRA 1YJWN 3OYNA 2XRIA 3VETA 2FF6A 4I2QA 5FDLA 4E1NA 2OZMA 3LALA 3OJUA 4CGDA 4CJ7A 3AARA 2ZM6K 1ZBSA 4B3MK 4WFBL 3M8SA 1GOAA 2GEMA 3L2VA 4CF8A 3CXCM 4L3QA 2Q97A 3DI6A 1VQKN 3K5MA 2OTLN 4M3XA 3JYTA 4B9UA 1U2VA 4Z0UA 2E1ZA 4KTQA 3OYFA 4DSJA 1HNVA 1NGDA 1ZBLA 1VSHA 1T05A 2BH1A 3WXMB 1FXXA 4DF4A 2HHQA 3NF6A 2VWKA 1KFSA 1ZBFA 1KSPA 1XQSC 2PYJA 1VQ6N 2KFZA 3OYMA 4DV4K 1SAZA 2YI1A 4JD2A 2E5LK 3AVCA 3EZWA 4BQZA 1Q82O 3IMXA 3CJ7A 1UAXA 2HHTA 4M63C 1FKOA 4CJ4A 4AQYK 4JKBA 5JVHL 1SKSA 5AQFA 3SI6A 3UKUB 4XEIA 4RTFD 3AVGA 2QKBA 3OHRA 5AQJA 4BWJA 5AQHA 1HLUA 4CJVA 4YOXA 2OZSA 4E0DA 1VSIA 4CZKA 4XIUA 4CJLA 4KV8A 3NE6A 4BC2A 3IRXA 4EP4A 5M1KA 5MLCQ 4O8KA 3M8PA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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