1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Transferase/dna
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
4DQIA 3SJJA 1L3TA 4PUOA 1VSHA 4CF8A 4CFAA 5I42A 2IGIA 4HUFA 4FYDA 1TL3A 2HB5A 4J2EA 3L2VA 4M3WA 2GUIA 4CEAA 4O5BA 3KIOA 5SWMA 3VQBA 1DTTA 3F9KA 3LP2A 1VSLA 4H4OA 4CGHA 4OKEA 4I9QA 1S1TA 3QEXA 2OPQA 5HRSA 3V9WA 4RW4A 1FXXA 1ZBIA 1KSPA 4KB1A 1C1BA 2DFFA 2ETJA 3SQ1A 1LW2A 4DQRA 3KLFA 3L2RA 2ZD1A 4DG1A 4CJEA 4I2QA 1IKWA 4OGEA 3WNEA 3D0PA 4L8RB 5J2QA 2IOCA 4E7KA 2VG7A 3LP1A 5JS1A 3PY8A 1TV6A 4AILC 4CGJA 4CGGA 1DLOA 1T8EA 1SUQA 3KLEA 4DS4A 2EHGA 1WSIA 1WLJA 4FM1A 1SV5A 1IG9A 4FM2A 1JLAA 5CYQA 3NH2A 3CFPA 3TAMA 1B9FA 1XWLA 3I8DA 1NK8A 3DMJA 2XY5A 4LSNA 3CG7A 2D5RA 3AVKA 4CJLA 1KLNA 3HJFA 1TK5A 3CFOA 4HHTA 4HCBA 2BE2A 3AO3A 3DYAA 1SL0A 3DLHA 2Q3SA 3ZSYA 4AHSA 3CM6A 2G8KA 1BIUA 3OYAA 2HHXA 1TK0A 2VWJA 1WSFA 3QLHA 1C0MA 4ZHRA 3LPUA 2F96A 4RW9A 4CK2A 4CF1A 3AA5X 2D0AA 3K5LA 2FBVA 5C25A 3TAGA 3ZT0A 4KTZA 3ZSQA 4CHQA 4E7LA 4DSJA 4IKFA 3JYTA 4DFPA 4Q0BA 2G8VA 2QKKA 3OS2A 2NUBA 1L5UA 4MFBA 1T05A 2DFEA 4CJ3A 4KHNA 1DTQA 1YTUA 4EZ6A 4CHYA 1JXBA 5J1EA 2P1JA 1RT4A 3NGZA 1SKRA 4B8AB 4ZTJA 4BDPA 1A5XA 3DRPA 2YV0X 3M8PA 3O4QA 1RBUA 3P1GA 4FW2A 4GMJB 1U4BA 4DTUA 3C6TA 4OJRA 2JGUA 1VSKA 3HSTB 4G1QA 4KTQA 2HHUA 3AVGA 1X9SA 5CZ1A 2D0BA 1NOZA 3OYMA 1J53A 2ZE2A 4RW7A 1GOAA 3DRRA 3WNGA 4FJKA 4B08A 4OPJA 4LD0A 4KREA 4PQUA 3O3GA 4NYFA 4RG8A 3HL8A 1D9FA 3TI0A 4N47A 3AVBA 4CJQA 4FJHA 3KLGA 3LZIA 3MEGA 1QS4A 3T19A 2GV9A 4DLEA 4DLGA 4M42A 3OY9A 4OVLA 4N76A 3NAEA 3ISNC 1J5OA 2B6AA 3AVMA 2HNYA 3ZT1A 4E3SA 4B9LA 3NDKA 5CY4A 3NCIA 2RKIA 3ALYA 2R7YA 1BGXT 4CEFA 1NK9A 3C6UA 3SZ2A 4CJ4A 1S1UA 4C8MA 2IC3A 5J2NA 4FJMA 4KAZA 5EU7A 1HYSA 4ICLA 3VQPA 4CJRA 4AHCA 4ID5A 4DFKA 5HLFA 1T03A 1L3SA 4FZYA 1WSHA 4K8XA 4CHNA 1U45A 4CEEA 4W5QA 5FDLA 3EZ5A 3RTVA 5HROA 5HRNA 1NK0A 1CXUA 1VSEA 1QSLA 2BGGA 4H4MA 3LP3A 4KKOA 1O1WA 3AA3A 3QEIA 4KHYA 1RTJA 3QIOA 2OPSA 4CGIA 4CF2A 2HVHA 3NE6A 3TARA 1QSYA 2KZMA 2W42A 4Z4HA 3LZJA 1WSJA 1S5JA 3T3FA 1RDAA 4BWMA 1IKVA 1IO2A 1TAQA 1BHLA 2HHTA 1RTDA 3HPGA 5HRRA 4CHOA 4FLYA 4JS4A 4F2SA 4W5TA 1UAXA 3HYFA 3HPHA 4Z4FA 3CFRA 4UQGA 1A5WA 1UA0A 1JLCA 4DTNA 2D0CA 2RN2A 3NBPA 5DMRA 4YFUA 4FCYA 2BDPA 3RR8A 3CYMA 4DQQA 1RBTA 3VQ8A 4O4GA 4BE1A 1EETA 5HRPA 4ZTFA 1YT3A 3OJUA 3I0SA 4PA1A 3V9SA 2JLEA 3V9ZA 5FRNA 1C6VA 1B9DA 4AHUA 1RT6A 4CE9A 1LWCA 1U04A 3QEVA 3LALA 4CK1A 4DSEA 5J2MA 4DTOA 1I3AA 1RT7A 1UOCA 2PZSA 4E0DA 3KK3A 1JLQA 3QEPA 1C1CA 1S1VA 1LV5A 1D8YA 4I7FA 4DFJA 3WNHA 1WAFA 1N5YA 2F8SA 2KFNA 1S1XA 3L8BA 1A5VA 4CEDA 4IG3A 5K14A 5C42A 3RMCA 4XIUA 1MU2A 4CJKA 4AHVA 2B4JA 4DF4A 3S9HA 4J2DA 4CEZA 3ZCMA 1U47A 4KPYA 1VK0A 2E6MA 2QK9A 4KO0A 4QAGA 1Q8IA 3DM2A 2GBZA 1VSJA 3HP9A 2HHQA 1BI4A 4FZXC 1D5AA 4CJPA 1B92A 3LAMA 3S3MA 2X6NA 4FLZA 1CLQA 4W5OA 3CM5A 5HBMA 4CFCA 5JS2A 3MAQA 1CZ9A 3V4IA 1NKBA 3RMDA 4NCGA 5E41A 4FJNA 4JRQA 2G8UA 4CJFA 4B9NA 2B5JA 3TABA 1BL3A 5KTQA 2ATQA 1RDBA 3HK2A 4F3OA 1CXQA 3PX4A 3L3VA 4F2RA 4HCCA 5FRMA 3AV9A 2IS3A 3VQAA 1LW0A 5KGXA 4DS5A 1C0TA 3AVNA 4Y1DA 3VQ4A 3K57A 3JSMA 2G8FA 3OYNA 1JLEA 1HQEA 4NCBA 2HHSA 4FVMA 3MECA 1RTHA 1NKCA 2OPRA 5C24A 2XY7A 1LWFA 4BDYA 4FK4A 3SUPA 1BQNA 2A1SA 3I0RA 2I5JA 2DY4A 1ZBUA 4BWJA 4PWDA 1BCOA 3LWMA 1X9WA 3ASMA 4CJUA 3K2PA 4OKJA 1VSDA 4M45A 2X78A 3O3HA 3ZT3A 3U3YA 3DLEA 3HPOA 2P5GA 4O55A 5CZ2A 3V1QA 1EKEA 2YNFA 4N5SA 1NK4A 4BDZA 3SI6A 3OYDA 3OYEA 4DSFA 5I3UA 3OS1A 1NJZA 3AA4A 4Z4CA 4DU1A 3RMBA 2Z1HA 1KFSA 3F73A 1QHTA 1GOBA 3IAYA 2Z1GA 1KTQA 4KTWA 3V1RA 1IKXA 4CIGA 4HVJA 4E1NA 1KCFA 4W5RA 4AHTA 4GW6A 2G8WA 4QCLA 4FJLA 4DWIA 4DQSA 1UA1A 3OYJA 2XY6A 3CQ8A 3SNNA 3NH1A 1Q9XA 1GOCA 2OYQA 4FJGA 4ELTA 1YTAA 2YHAA 1KVAA 3AVLA 1QQCA 2Y1JA 1NJWA 1X9MA 1TK8A 3QINA 3MXJA 4CJ5A 4CJVA 3V9XA 3QESA 2FBTA 3AO2A 4M3ZA 2EX3A 4IFVA 2YHBA 4M41A 5KRSA 2PYLA 2A1RA 4DF8A 1R0AA 4M3YA 2RF2A 4DTRA 1LAWA 1CZBA 3ZT2A 1BIZA 1KFDA 3VQEA 3K5NA 4B8CA 3AVAA 4CF9A 2OPPA 4BACA 4LH4A 3EY1A 1ASVA 1S6QA 3C95A 3DRSA 2PYJA 1Y97A 4CCHA 4C8NA 4IBNA 3KLHA 4CHZA 4CJWA 1JXEA 1HJRA 4CHPA 1KVCA 2DFHA 3DI6A 4Z0UA 1RNHA 2KTQA 3VQDA 3KKRA 3OYBA 4DSKA 3TAQA 4ELVA 3SV4A 4FLVA 3K59A 1XHZA 1NOYA 4RW8A 3SYZA 3ZT4A 1QSSA 3VQ7A 1QE1A 3VN5A 3QNOA 4M3XA 4OLBA 1IKYA 4E1MA 2YKNA 3OYIA 4N41A 1SKWA 4CESA 3NHGA 3LPTA 4DU3A 4PY5A 1VRUA 3V9UA 3DOKA 3S3NA 4FK0A 3TAPA 3SQ4A 2KZZA 3K58A 4DTPA 4DTJA 4YNQA 3RRHA 1C0UA 4IDKA 3V81A 4KHQA 2XRIA 4CEOA 2QXFA 2X74A 3HT3A 1I39A 4JS5A 1TKTA 3AO1A 2YKMA 3TAFA 1JL1A 4N56A 3MXIA 1D9DA 3D45A 1JLFA 1RT1A 4FM0A 3NF7A 2HW3A 2HNZA 1WSEA 3PV8A 3THVA 2HVIA 1U48A 4IFYA 4MQ3A 4FW1A 1N6QA 1HNVA 3KJVA 1YVUA 3NGYA 1HPZA 3T1AA 3ZSOA 1ZBFA 3KTQA 3PUFA 2AJQA 3HXMA 4DTXA 4BE2A 3SUQA 4O0IA 1UWBA 4B9MA 1RILA 4C8LA 2O4GA 1ITGA 3V1OA 4C8OA 5HP1A 3KK2A 3OYCA 4B9VA 4FJXA 1X1PA 1XHXA 1KRPA 4EZ9A 5D3GA 3A2FA 1J54A 3LAKA 3AO5A 3OS0A 4Z4IA 1TKZA 2IAJA 3NF9A 5KRTA 4OKKA 4CFDA 1F21A 1NKEA 4I2PA 4AH9A 1JL2A 1S9EA 4FJ5A 4KI4A 4KHWA 1FKPA 2G8IA 1TL1A 4F4KA 4CIFA 1RBVA 4R5PA 3K5MA 1T7PA 4ID1A 1NK7A 3BGRA 1WN7A 4DTMA 3KLIA 3BDPA 2WONA 4BE0A 1TKXA 4FLUA 4CGDA 1RT5A 4TSXA 1HRHA 4NYNA 3HO1A 4FJ9A 3VQCA 3DLRA 4FJ7A 4Z4GA 2WOMA 3L3UA 3HP6A 4DU4A 3DOLA 1C1AA 1HYZA 4FJIA 1TVRA 3P5JA 3L2UA 4DMNA 1ZBLA 1TKDA 3WNFA 4F3TA 1TAUA 4OLAA 1VSFA 1KLMA 2VG5A 1HNIA 5FROA 1ZYQA 4CGFA 2HNDA 1XI1A 3VQQA 4AHRA 1FK9A 4KB0A 2ITGA 5CYMA 4DSLA 3SUNA 1LAVA 1JLGA 2IDOA 1EX4A 3LWLA 4FZZA 1BQMA 2BANA 3L2WA 3MEEA 1QTMA 2P5OA 3KK1A 1S6PA 2QKBA 1WSGA 4C8KA 3HVTA 4M3TA 1JKHA 4FJ8A 3L2QA 4FXDA 1ZBHA 3B6PA 2OZMA 3VA3A 3E01A 1HMVA 1W0HA 3NH0A 1RDCA 1SKSA 2G8HA 3G0ZA 1J9AA 1Q9YA 4J2BA 4EP4A 2HHWA 4CERA 4FLWA 4QOZB 1HQUA 1VRTA 1BCMA 4K8ZA 1VSMA 2FC0A 3OVNA 3QERA 2O4IA 1ASUA 3DLGA 3S3OA 1SL2A 1NJXA 3LDSA 3MEDA 5KGWA 4GVMA 3M8RA 4HUGA 3RMAA 3AVFA 1VSIA 3OYHA 3IS9A 1BI4B 3LANA 2FBXA 3NF6A 3ZSRA 4CFBA 3UIQA 1NK6A 4EP5A 4E89A 1K6YA 2Y1IA 3OJSA 4CJTA 1S9GA 4OPKA 2HHVA 1Z26A 2PY5A 3IG1A 4B9TA 2XO7A 2XY8A 4CEBA 4E19A 4KHSA 4E7IA 4FLTA 3VQ9A 4DFMA 2DTUA 3C94A 4J2AA 2YNIA 1RT3A 2Z1JA 3IRXA 3KD5E 1SL1A 3H08A 1BISA 3LP0A 3OYFA 3VQ5A 3SPYA 4I9LA 4LY7A 3EYZA 3ZSXA 3AVHA 4KFBA 4FLXA 4O0JA 5T7BA 3PO4A 4Z4EA 4FJJA 1RBSA 1S1WA 4Q5VA 3DLKA 3KKSA 3VA0A 4DTSA 4KI6A 3HVRA 4IG0A 4WE1A 3OYLA 1HYVA 4M3RA 2VWKA 4M3UA 4CECA 4CJSA 2P51A 3RR7A 1RDDA 3QNNA 3TAEA 3AVIA 1NJYA 4FK2A 3SUOA 1JLBA 4NCAA 1EXQA 1Z25A 4LH5A 3M8SA 3ZSZA 4B9SA 3SQ0A 4KHUA 1RBRA 3RWUA 2E4LA 4DQPA 3SQ2A 1XC9A 4OGCA 4CK3A 3NGIA 3QEWA 3SPZA 2KQ2A 2YNGA 2ZQBA 3SCXA 3AO4A 3ITHA 4Y1CA 3VQ6A 3P83D 3U6FA 1L3UA 3OYKA 4CEQA 1KVBA 4HTUA 3K5OA 1U49A 4B9UA 1WAJA 4JLHA 3QO9A 4ELUA 5KI6A 1IH7A 3ZSWA 3QETA 3TANA 3PO5A 3TWHA 4RW6A 1NK5A 1FKOA 1RCHA 2RPIA 4O44A 1WNSA 2FBYA 3ULDA 4CF0A 2F8TA 4DSIA 3PX0A 2E6LA 2HMIA 3OYGA 3O3FA 3U3GA 3AVJA 2VG6A 3AVCA 2OZSA 3KD1E 3B6OA 2LSNA 4E7HA 3MXMA 1L3VA 1LWEA 2KFZA 3NFAA 3DLBA 1REVA 2YNHA 1RT2A 1RTIA 3ZSVA 3V6DA 2X6SA 2KW4A 2Z1IA 1EP4A 5SZTA 1W9HA 3NF8A 3RRGA 3G10A 4W5NA 4H8KA 4JRPA 4HUEA 5J2PA 3PX6A 1G15A 5DK5A 3HM9A 3M8QA 3O4NA 3FFIA 3QIPA 3TR8A 4E7JA 4F8RA 4LSLA 3SV3A 1ASWA 4CIEA 1TGOA 2XHBA 3AA2A 4B3OA 4KRFA 4KV8A 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQIA 3PLAA 1VSHA 4OX9K 1XNQK 4FYDA 4O5BA 5SWMA 3H3NO 3ID8A 4JNEA 4I9QA 1S1TA 3V9WA 2OPQA 1ZBIA 5EXWA 4KB1A 2Q0RA 1LW2A 1P90A 4BG9A 2ZD1A 1BO5O 3WNEA 4OGEA 3D0PA 1YI2N 1M1KO 4L8RB 5J2QA 2IOCA 2ITMA 2VG7A 1Q81O 4CGGA 4DS4A 1WLJA 4LF8K 3MX2A 2YHWA 5CYQA 3VEVA 3DMJA 2GELA 1TK5A 1WUAA 2BE2A 3MDQA 3AO3A 3DYAA 1SL0A 3DLHA 1Q18A 3ZSYA 3JS6A 3CM6A 4JK8A 4PKHA 2G8KA 2KHOA 1BIUA 4WQ4A 2HHXA 2VGMA 2VWJA 2UXCK 1C0MA 4DV6K 1NGJA 4CF1A 4DQ8A 3ZSQA 3JYTA 2G8VA 5AQGA 3EE8A 3T69A 4WCEL 4MFBA 2DFEA 2VQEK 3SAGA 4KHNA 4NXNK 4EZ6A 4IXCA 3NGZA 4BVPA 5GIOA 4BDPA 1A5XA 3M8PA 2UYTA 2YV0X 1U4BA 1VQLN 4DTUA 4OJRA 1VSKA 4G1QA 5FPMA 3AVGA 3MCPA 2D0BA 1NOZA 1J53A 3QBXA 1GOAA 3DRRA 5BRDA 1XMQK 4NYFA 2JWLA 3HL8A 1D9FA 3TI0A 3AVBA 4CJQA 2J4RA 4DLEA 5AQQA 4MLHA 4X62K 3OY9A 1K8AO 4C1NK 4A59A 2B6AA 1E4FT 5AQTA 3AAPA 3I55N 4R79A 2HBKA 3E9OA 5FPEA 3ID6A 2ZM6K 5FDLA 4YOXA 4WYBA 3RTVA 5MLCQ 1NK0A 2FLOA 1CXUA 1VSEA 4A62A 2BGGA 3TPQA 3LP3A 1NNEA 2NRHA 4JI3K 3QEIA 4H0YB 3LZJA 1WSJA 4KH6A 3ZX0A 1N32K 1I94K 3O6WA 1RTDA 2O8CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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