1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
molecule tags Transferase/dna
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
4FJKA 3SYZA 3VQDA 1C1AA 4I2PA 3SI6A 1X9WA 1S1WA 2YKNA 2YNFA 5J1EA 2BGGA 4FXDA 1RDAA 4E19A 4CJKA 3ISNC 4FJMA 1ZBUA 2FBVA 3B6OA 3VQEA 1UA1A 4KHNA 3CG7A 4K8XA 3HT3A 1LAVA 2R7YA 1GOCA 1IKXA 1S5JA 3M8PA 1S6PA 3P5JA 4M3ZA 1U49A 1T03A 1NK7A 1RTDA 5HLFA 1FXXA 4Z0UA 4LSLA 3HJFA 4FJ9A 5KI6A 1KRPA 2B5JA 4DFKA 1JLCA 1JLEA 3VA3A 1B92A 1BIUA 1C1CA 1LV5A 4O0JA 2QXFA 4KRFA 3I0SA 4GVMA 2HNYA 1BCMA 3L2QA 4BE2A 1TK5A 4E1MA 1TK0A 4FZXC 5HRNA 4DFJA 2XY5A 1WSEA 3AA2A 1TVRA 4CJ5A 1A5XA 1RDCA 3SQ0A 2P1JA 4NCAA 3VQ7A 4CGJA 1VK0A 3LPTA 4HVJA 1ZBHA 4CEZA 2F8TA 1WN7A 3S3NA 3G0ZA 4KAZA 4B8AB 3QEIA 3FFIA 4CEEA 3SJJA 3QIOA 1BI4B 2OPRA 3NHGA 1VSDA 5CZ2A 1TK8A 4DSKA 4CF0A 4CGHA 3OS0A 2HHSA 3VQ8A 1HJRA 3BDPA 5DMRA 1NK5A 3OYLA 2ZQBA 4IDKA 4FJXA 3AVMA 4DTJA 4I2QA 4RW4A 4C8NA 2Y1IA 4DS5A 1SKRA 1GOAA 3NFAA 3DI6A 4CK3A 2GUIA 2Y1JA 2DFFA 4CF2A 3PO4A 3IS9A 4GMJB 3VQQA 5J2QA 2OA8A 3OYIA 1NKEA 2W42A 4FVMA 4FJ5A 4PWDA 1HPZA 1S1UA 1UAXA 3TAQA 1N6QA 1YTUA 3CFRA 4FM1A 4L8RB 4CEBA 3QEVA 4CHQA 1HNIA 4HUGA 1CZ9A 2YHAA 3K59A 4KHSA 3G10A 4CIFA 3VQCA 4CJWA 4N5SA 3KLEA 3SPZA 2VWKA 1BI4A 1HRHA 2A1SA 4FJIA 5HP1A 3ZT0A 2XHBA 3DLHA 3TWHA 2FBYA 1XWLA 2Z1GA 2F96A 2GBZA 3P1GA 4FJ8A 1WSHA 3L2RA 3LWLA 2XY8A 1BHLA 1BIZA 2JLEA 4E1NA 3O3GA 3EYZA 5I3UA 1L3SA 2ITGA 5J2MA 4O5BA 5D3GA 1S1VA 1KLMA 1EETA 3V6DA 4B9NA 1J54A 1JXEA 4R5PA 1IO2A 3SUQA 4AHCA 3EZ5A 4FLXA 2D0CA 3DM2A 1C6VA 4OKEA 1O1WA 4AH9A 4E7LA 4RW7A 3V9UA 3NGZA 4FW2A 3OYJA 1XC9A 4DSIA 1XHZA 3LAMA 4PQUA 1CXQA 1NK6A 3ZSWA 3V81A 1SKSA 3SQ1A 4B9VA 3V9ZA 4KREA 3HP6A 3AO3A 3S9HA 2G8WA 4FK2A 4CFAA 4OPJA 3CFPA 1SV5A 2YHBA 4DS4A 1RT1A 1QTMA 2D0AA 3DOKA 4KTZA 3K5LA 3V9SA 4W5QA 4AHUA 5T7BA 3HL8A 3TAPA 4FLWA 3I0RA 3KJVA 4W5OA 4M45A 4CJEA 2HVHA 1KFDA 1S1XA 4CEDA 3MXMA 5CZ1A 4BWMA 3AVKA 2Q3SA 4LSNA 4AHRA 3CQ8A 2FC0A 2Z1IA 3KKRA 4CEOA 4DLEA 2EHGA 4BE0A 4BDYA 3M8QA 1KVBA 4M41A 2P5GA 1ASWA 4FZZA 4FLUA 1UOCA 2G8VA 1KVCA 2PYLA 3OYAA 3WNFA 4OGEA 4CJFA 4CFDA 4E7IA 3LPUA 1WAFA 4I9QA 4ELUA 4FM0A 1RTIA 3P83D 3HSTB 4Q5VA 4CFCA 3VQAA 1REVA 4E7HA 1T05A 5FRNA 2KZMA 3MXIA 3WNEA 1WSFA 4DTRA 1RBUA 2Z1JA 3C94A 3KLIA 3NF9A 3O3FA 4Z4IA 2ATQA 4DU3A 3RR8A 2IAJA 4MQ3A 4DG1A 4XIUA 2P51A 4FYDA 4CEAA 4M3YA 2I5JA 4FJ7A 3HXMA 4O4GA 4C8MA 4DQSA 4DTUA 3VQPA 4H8KA 2XY7A 2G8HA 2HVIA 5CYMA 2O4GA 2KTQA 1NJWA 3TAEA 4C8LA 2VWJA 3DOLA 4FLTA 3HPOA 2E4LA 2RN2A 4CGIA 3MAQA 2WONA 1ASUA 1X9MA 1CXUA 3ZT2A 2XO7A 4BACA 1Q9XA 3ZSYA 4W5TA 4CJ4A 2D5RA 4JRPA 1IH7A 1S9GA 4J2BA 1JL2A 3H08A 2OYQA 3IRXA 4IFVA 2QK9A 4CJRA 1HNVA 1CLQA 3T1AA 3E01A 1U04A 2E6LA 2X74A 3LP3A 3VQ5A 4B08A 4HUFA 1VRTA 3VN5A 1NJXA 1A5WA 3L2WA 4N41A 3AVJA 2QKBA 1RT5A 2G8FA 1KSPA 3SUNA 2HHTA 3KKSA 3QESA 1HYZA 1Y97A 5HRRA 3ZSXA 3RRHA 2FBXA 2QKKA 1T7PA 4HTUA 4DWIA 1WAJA 1XHXA 4CJVA 1LWEA 2HHXA 4IKFA 4ZTJA 4DTSA 4CK2A 2YNGA 3DLGA 4FJJA 4KV8A 3MEDA 1VSKA 3ZT4A 4CJSA 4JS4A 4E0DA 5EU7A 1L3TA 2KZZA 3AVHA 4EP5A 3HVRA 3NE6A 1J53A 3DRPA 4DSEA 4DU4A 1S6QA 1LWFA 2ZE2A 4DU1A 3AO5A 5E41A 1UA0A 5KRSA 4F2SA 3KK2A 2Z1HA 1QE1A 4OJRA 3TAFA 2IC3A 3CYMA 3ITHA 4Q0BA 3U3GA 2G8KA 1RT3A 4NYFA 1C1BA 3LP1A 1W9HA 2XRIA 3HPGA 2YKMA 3HP9A 1L3UA 4Z4GA 5HBMA 4KI4A 1WSIA 3QINA 4ZHRA 4KPYA 3O4NA 3ZT3A 1QS4A 4Z4EA 3KLFA 1SKWA 4OGCA 4KHQA 2D0BA 3F73A 3QIPA 1UWBA 5FROA 1SL2A 4UQGA 2A1RA 2YNHA 1SL0A 4F3OA 3L8BA 1LAWA 3LAKA 1ZBLA 3S3OA 3ULDA 1BL3A 3QETA 1U4BA 1X1PA 4DMNA 1D5AA 4DF8A 4E89A 4Z4HA 5C25A 4GW6A 5JS2A 3SQ4A 1HMVA 2YNIA 1ITGA 3QERA 1VSFA 1KTQA 1Q8IA 5C42A 1F21A 3AO4A 3D0PA 2B6AA 2XY6A 4Z4FA 4B9SA 1RNHA 4ICLA 3NH0A 3KTQA 2HHVA 4M42A 1B9FA 2OZSA 3HO1A 3RMCA 3OS1A 4JS5A 4IG0A 4CEQA 4J2AA 1Q9YA 4FLZA 2DY4A 4FM2A 4KHUA 3DRSA 1VSHA 3L2VA 1FK9A 1NKCA 4PY5A 4PA1A 1TKTA 3V1QA 1TV6A 3LANA 3ZSQA 4OLAA 2O4IA 3QEPA 4JRQA 2IDOA 4N47A 1BQNA 3OYBA 4CF8A 3V9XA 5SZTA 4DTNA 1HQEA 2HNZA 4MFBA 4DQQA 2HMIA 4B9MA 3QNNA 4IG3A 3DMJA 3PV8A 4N76A 4CJUA 1YVUA 5CY4A 3KD5E 5HROA 1N5YA 3KK3A 1FKPA 1HYVA 1TL1A 3TR8A 3OYNA 3ASMA 4CEFA 1B9DA 4B8CA 1SL1A 1NK0A 1BISA 1S9EA 4LH4A 4DSJA 3AVAA 4AILC 3NH1A 3LZIA 3T19A 3DLBA 3DLRA 1RT6A 4JLHA 3JYTA 1Z26A 1ZBIA 3JSMA 1ZYQA 4PUOA 3IG1A 4RW9A 3M8SA 4CHOA 5HRSA 2OPSA 1NOZA 3O3HA 1RT7A 2PY5A 3I8DA 4F4KA 1JKHA 1DTQA 2JGUA 4KHYA 2HHQA 3AVGA 3KIOA 1ZBFA 1DLOA 4CECA 4BDZA 4FJHA 4FCYA 2B4JA 3C6TA 1R0AA 1EP4A 2BDPA 2KFZA 1RCHA 1NJYA 2X6NA 1QHTA 4Z4CA 4DSLA 4M3XA 1TKZA 1VSMA 4KKOA 1YTAA 4DQIA 3QEXA 5J2NA 4H4MA 1TKXA 3LALA 2VG5A 3AVLA 1K6YA 3NH2A 3MECA 1NK4A 3RTVA 1RDBA 3V9WA 4H4OA 2FBTA 2G8IA 1WLJA 3V4IA 2RF2A 4DTXA 4FLYA 1G15A 4CESA 2VG7A 4DLGA 4QAGA 3ZSOA 3IAYA 2PZSA 5C24A 4CGGA 2KFNA 4CF1A 4CIEA 5KGXA 3PX4A 4RW8A 3AA4A 3OYFA 1NOYA 4HUEA 1KFSA 4AHSA 1TAUA 1JLAA 1KCFA 1J5OA 5DK5A 3NGIA 1RT4A 1T8EA 3THVA 2ETJA 3TAMA 1EX4A 1TGOA 3VQBA 1TAQA 3NDKA 4K8ZA 5KGWA 4ID5A 4F8RA 4KTQA 1VSJA 3K5NA 2LSNA 1NJZA 3HM9A 1X9SA 4Y1CA 2GV9A 3OYCA 3LP2A 3U3YA 2X6SA 2G8UA 1IG9A 3ZSVA 3QEWA 3K58A 4HCCA 2HHUA 3TAGA 1JL1A 3RR7A 1C0TA 3AV9A 1CZBA 4FJNA 3LP0A 4ZTFA 1IKYA 1RBVA 3NF6A 4F3TA 1HQUA 1QQCA 1RDDA 3HPHA 4KO0A 4CIGA 4CF9A 4C8OA 4M3UA 5FRMA 4CJTA 3SZ2A 3OYMA 3RMAA 5I42A 1DTTA 1U47A 1D9FA 4C8KA 2YV0X 4CK1A 4O55A 4OLBA 4CGFA 4B9TA 4TSXA 4J2DA 4DFMA 3SV4A 2OPPA 4DSFA 4BWJA 4CCHA 3PY8A 4M3RA 4NCGA 1JLBA 2OZMA 4M3WA 2AJQA 3V1RA 3SUPA 4WE1A 2KQ2A 1QSLA 4CHZA 4OKJA 4FZYA 4ELVA 1TL3A 2OPQA 3NF8A 4KI6A 3K5OA 5K14A 4YNQA 1VRUA 3VQ4A 4CERA 3OYDA 4QOZB 3U6FA 1J9AA 3SNNA 2HB5A 3LWMA 3OJUA 4E7JA 2DFEA 4KB1A 1I3AA 1WSJA 1Z25A 4IBNA 4NYNA 1C0MA 1JLGA 1S1TA 5HRPA 4E7KA 1RBSA 4CHYA 3PX6A 4B9LA 1U48A 1W0HA 4AHVA 3DYAA 2X78A 3KK1A 4FLVA 4DTMA 5KTQA 4BE1A 2ZD1A 3SQ2A 4FJGA 4OVLA 1C0UA 1RILA 3MEEA 3DRRA 3DLEA 4RG8A 1RBRA 5SWMA 3VA0A 1QSSA 3QNOA 1HYSA 2HNDA 3AA5X 4OKKA 4CJ3A 3RRGA 4QCLA 4O44A 1BCOA 3OVNA 4ELTA 2DFHA 5FDLA 1I39A 1RT2A 3HVTA 4DTPA 4DQPA 4FJLA 3HYFA 2E6MA 3OYGA 1JLFA 1U45A 3ZSRA 1EXQA 3AO1A 3AVIA 4CHNA 4N56A 3PX0A 3T3FA 4NCBA 4EP4A 3CM5A 4CJQA 1L3VA 1BGXT 3AVFA 3OS2A 3KD1E 5JS1A 1JXBA 3L3UA 1RBTA 2DTUA 2HW3A 3TABA 1XI1A 3OY9A 3HK2A 2BE2A 1NKBA 4I9LA 3OYHA 1WNSA 1GOBA 4OPKA 3AA3A 1QSYA 3VQ6A 3DLKA 3SV3A 4IFYA 1A5VA 1VSEA 2F8SA 3LZJA 3SPYA 1SUQA 2PYJA 4DTOA 3ALYA 3AVBA 3K57A 3WNGA 4CJLA 3NGYA 1JLQA 2HHWA 3NCIA 3CM6A 4G1QA 1RTJA 3NBPA 3KLHA 3RMBA 4KTWA 1LWCA 3ZT1A 1BQMA 3EY1A 1KVAA 3OJSA 4Y1DA 3K2PA 1NK8A 4AHTA 4W5NA 2IGIA 3C6UA 3C95A 3MEGA 2P5OA 1FKOA 3AVCA 4CE9A 4W5RA 3NF7A 1RTHA 1D9DA 3O4QA 4LY7A 3PO5A 4M3TA 4HCBA 4RW6A 4HHTA 3B6PA 1MU2A 3AVNA 3D45A 4BDPA 3UIQA 3M8RA 3L2UA 4DFPA 4KFBA 4CHPA 4FK0A 3KLGA 3ZCMA 3BGRA 1IKWA 2EX3A 4LD0A 3OYKA 3LDSA 4EZ6A 4B3OA 3TARA 1NK9A 3RWUA 5KRTA 3NAEA 1WSGA 3L3VA 3SUOA 1LW2A 4FK4A 3SCXA 4I7FA 1VSLA 3MXJA 1KLNA 1EKEA 4KB0A 4B9UA 2BANA 3A2FA 4CFBA 4DQRA 5J2PA 4J2EA 3TANA 1D8YA 3TI0A 3OYEA 1TKDA 3QO9A 3VQ9A 4DF4A 4CJPA 2IS3A 4O0IA 1IKVA 3F9KA 1ASVA 5CYQA 3RMDA 2WOMA 3V1OA 3WNHA 3AO2A 1L5UA 2KW4A 4F2RA 4ID1A 3QLHA 1YT3A 3PUFA 4FW1A 3CFOA 2RKIA 4CGDA 4EZ9A 4KHWA 2VG6A 2IOCA 2NUBA 1LW0A 3ZSZA 2RPIA 3K5MA 3S3MA 4LH5A 1VSIA 4E3SA 4YFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FLXO 3VQDA 1C1AA 5AZJB 2YNFA 1K8AO 3UKRA 4FXDA 1RDAA 2QWRA 3P38A 4FJMA 2FBVA 4PHTX 4BRDA 3HT3A 1LAVA 2R7YA 1IKXA 1S6PA 1U49A 4M3ZA 1T03A 4BR2A 3VA3A 4H5WA 1B92A 1C1CA 1LV5A 4KRFA 4BE2A 3CJBA 2XY5A 1VAZA 1A5XA 1RDCA 1VK0A 4HVJA 1OVQA 3S3NA 1FW6A 1NGHA 4B8AB 3VF2A 5AZJA 3NHGA 1VSDA 1TK8A 4CGHA 2HHSA 5DMRA 2Q97A 3OYLA 3HOTA 3E9LA 5AR0A 4DTJA 4I2QA 2HBJA 3LM2A 3DI6A 2P9LA 5F2RA 3VQQA 5LJWA 2VQEK 1HPZA 1UAXA 1YTUA 4NLCA 2CGLA 4CHQA 1HNIA 3VGMA 4HUGA 3BZKA 2YHAA 3G10A 3VQCA 1YUWA 3QB0A 2VWKA 2BUPA 1XWLA 2YHYA 3L2RA 4WFNL 3EYZA 5AFUA 5I3UA 5D3GA 2ITGA 3R9PA 1KLMA 1EETA 4R5PA 4A2AA 4AHCA 4FLXA 2D0CA 3DM2A 2UXBK 4RW7A 3CC7N 3V9UA 2FLOA 4DSIA 3UB5A 3HM8A 4B1VA 4PQUA 5M1FA 1EO1A 3SQ1A 4B9VA 1NNEA 3V9ZA 2W6LA 3KWGA 3HP6A 2O8CB 4OPJA 3CCEN 4JD2B 3WXIA 1QTMA 5HOOA 2O8DB 3TAPA 1DKGD 4B1WB 3KJVA 4CZJA 4CJEA 2HVHA 2HOEA 1W7AA 3MXMA 2QI2A 2Q3SA 5JLHA 2V52B 2FC0A 4CEOA 3KKRA 4BE0A 4FZZA 4FLUA 2G8VA 4LFAK 4B1XB 4E7IA 1WAFA 2E5LK 3BP8A 5M1KA 1RTIA 3HSTB 3VQAA 1REVA 4DR6K 3WNEA 4DTRA 2Z1JA 3C94A 4Z4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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