1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
1A5WA 3C95A 5J1EA 1U49A 1D9FA 2VG7A 1Z26A 2Y1IA 1TAUA 4HTUA 1F21A 3I0SA 1TGOA 5DK5A 1HNIA 4EP5A 2D0BA 3KLFA 1VSLA 4QCLA 2DFHA 3L3UA 2Z1JA 3CQ8A 4F4KA 4I7FA 4RW4A 2AJQA 4DU1A 4CK3A 1JXEA 5HP1A 2A1RA 4CJFA 1IO2A 4AHTA 1BIZA 3AVBA 4DSEA 4DTXA 4FJMA 5J2PA 1IKVA 2KTQA 3QEWA 3TAEA 3BGRA 4IDKA 4C8NA 2IGIA 4B08A 4JRPA 5HROA 4CK1A 4AHRA 3AVNA 4YNQA 3CFRA 4I9QA 1HPZA 1RDCA 4EZ9A 4KO0A 3CFOA 1KCFA 4LH5A 3WNEA 3OYJA 1QHTA 1RT5A 3MEEA 3LWMA 1A5XA 4N56A 4C8KA 4GMJB 2P1JA 1BGXT 4CF9A 1QS4A 2IAJA 4FZYA 4CJPA 1RBTA 3RWUA 2YV0X 4Z4CA 3OJSA 5E41A 4CIEA 4K8ZA 4DF4A 1UA1A 4Z4GA 4H4MA 1LW0A 3TWHA 4O44A 2PZSA 3CYMA 3OY9A 3HP9A 1YT3A 1JKHA 1QSYA 3PY8A 2B4JA 3ZT0A 1SV5A 4DTOA 4CJ3A 4ZHRA 3M8SA 4HUGA 3NAEA 2IDOA 2QKKA 3RMBA 1ASVA 1TVRA 4OKEA 4BDPA 5J2MA 4DSJA 5KRTA 4PQUA 1RTDA 3RMDA 1JXBA 3MXJA 4LD0A 4WE1A 1UWBA 1CZBA 1RT2A 4CJTA 3NF6A 4Q0BA 4E7HA 4BWMA 1RTHA 3AO5A 4DFJA 4FLVA 3NGYA 3V1QA 1A5VA 1LWEA 5HRNA 4OGCA 4B9LA 4I2PA 3SUOA 1LW2A 4HHTA 1RNHA 4Z4IA 3ASMA 1W9HA 4R5PA 3HM9A 2DFFA 4FJIA 4DFPA 2WONA 2HNZA 1EX4A 5I3UA 3V9WA 1LAWA 4JRQA 2RF2A 2XO7A 1QSSA 4FLUA 2JLEA 1SL0A 5CZ1A 5CYMA 1WSEA 1X9SA 4B9SA 3TI0A 4KB1A 3ZT4A 3L2VA 1VSJA 3SV4A 4FJKA 2YKNA 3ZSWA 4CJWA 3SPZA 4J2DA 1RBVA 4CIFA 1REVA 2RPIA 2VG5A 4CGIA 1L3UA 1D5AA 4FJ5A 2HHQA 3HSTB 3IS9A 1YVUA 4CEEA 4FZXC 3V1RA 1KFSA 3K5OA 1EXQA 1J9AA 1TL3A 4CJRA 4J2AA 2X6NA 3U3YA 4QOZB 3T3FA 1QE1A 4ZTJA 2FBYA 2Q3SA 3LP3A 1VK0A 3QEIA 4KHYA 3SQ1A 1CXQA 3VQ9A 2RKIA 3ZSVA 4E7JA 2DY4A 1TKDA 3SUNA 3RR7A 3DLEA 4AHUA 3M8QA 4CEQA 5KRSA 1BQNA 4B8AB 1G15A 5J2NA 3AVGA 1XC9A 1TK8A 3NE6A 1LAVA 3HPOA 2RN2A 4CEOA 2XRIA 3OS2A 5C24A 1QTMA 1KFDA 4FXDA 4RW9A 4ELVA 4EZ6A 3HT3A 3VQ8A 1XI1A 4NYFA 2HNYA 4UQGA 4JS5A 1TKXA 4KV8A 3TAGA 1DLOA 1JLQA 3QIOA 3AO2A 3AA5X 1VRTA 3D0PA 3VQ5A 2IC3A 4B9MA 3ZSZA 1WLJA 1JLAA 4TSXA 2G8FA 4HCCA 3G10A 4RG8A 1ZBUA 3MXMA 3DLHA 4KTQA 1SL2A 3V9XA 3VQAA 4ID5A 3P1GA 4KREA 3LDSA 4CF1A 1BQMA 1L3VA 1ZBHA 4FCYA 1KVCA 3ITHA 2XY7A 4DU4A 3AA4A 1X9MA 1NK5A 2GV9A 4BDYA 1BI4A 2XY8A 4CJKA 3QO9A 3VQQA 4CEAA 3L2WA 4JS4A 2G8KA 3KJVA 2G8IA 1ZYQA 3V9ZA 4E89A 4FK4A 3AV9A 3K5LA 3K59A 3AVIA 3V81A 1NJYA 3DLKA 4DTMA 2HHSA 4DQSA 1NKBA 3VQEA 4N5SA 2QK9A 3TARA 4CHYA 4CJVA 4OGEA 3L8BA 3JYTA 3QEPA 4HUEA 1T8EA 3F9KA 4C8LA 4CGDA 2D5RA 5HRPA 4CGFA 3SCXA 2OZSA 4FM0A 1SKRA 1L3SA 1NJXA 1X1PA 1UAXA 3L2QA 3V9SA 2YNFA 3AVCA 3ISNC 4DG1A 4NCBA 3LALA 4CFBA 3IRXA 3ZSRA 3HL8A 5KGXA 3MEGA 1U48A 1RT6A 1NKEA 4CJEA 4CHQA 1QQCA 4FLXA 4CJQA 4FM1A 3K5NA 4YFUA 1EKEA 3AVFA 3NF7A 3PO5A 1KVBA 3SUQA 4W5TA 3RMCA 4KI4A 4HVJA 1ASUA 3C6UA 3S9HA 1JLEA 4AHVA 3LZIA 1TL1A 3D45A 1TK0A 3DLRA 4DS5A 4FLTA 1CZ9A 1S1VA 3KKSA 4FLWA 1WAFA 4KTZA 1VSEA 2KFZA 3RR8A 2JGUA 3NCIA 1U04A 1VSKA 1LWFA 4ICLA 2KZMA 3IG1A 1TK5A 3PO4A 3SQ2A 4PY5A 4NCAA 1KLMA 4IG3A 1NK8A 2GUIA 2YKMA 4DTRA 1BL3A 2D0AA 4HUFA 1JL2A 1GOBA 3DMJA 4NYNA 4PA1A 3QNOA 2XHBA 2HMIA 4RW6A 4AHCA 2PYJA 2W42A 2QKBA 4KRFA 5J2QA 3SQ4A 4FW2A 1C1BA 4IBNA 1VRUA 2NUBA 1CXUA 4DFMA 3KK3A 2YHBA 3K2PA 5CY4A 4CFDA 3LP0A 4J2BA 4PWDA 1NOYA 3NH0A 2OPSA 4KB0A 3B6PA 3QLHA 1KVAA 3SI6A 1T7PA 3BDPA 2OZMA 3QERA 5EU7A 3WNGA 1Q9YA 4BDZA 2HHVA 2IS3A 3SPYA 4DTPA 4OPJA 2HVHA 1D8YA 3DRPA 4FK0A 4B9NA 2E4LA 1O1WA 2EX3A 2KQ2A 4DSKA 3PX6A 3LP1A 2VG6A 5SWMA 1TKZA 3QNNA 2Y1JA 2ATQA 3L3VA 4B8CA 4CERA 4CGGA 4BWJA 3T19A 4CJ5A 3CFPA 1WSFA 2FBVA 3OVNA 3VN5A 4AH9A 3PV8A 1SKSA 4DWIA 3O3FA 3K5MA 3KLIA 1EETA 3AVAA 3ZSOA 4KKOA 1UOCA 4KFBA 3QETA 1NK0A 3HYFA 1DTTA 1L3TA 3C6TA 3VQBA 2O4GA 4RW8A 1B92A 4Z4HA 4DQPA 3OYGA 1NOZA 4CHZA 3OYEA 2DFEA 3TAFA 3DI6A 3MEDA 4DFKA 4ID1A 4FJLA 1S6QA 4MQ3A 4FJ8A 3S3OA 4F2SA 4M3TA 3P5JA 2X78A 4JLHA 1BCMA 1HRHA 4FJHA 5HLFA 3I8DA 1X9WA 3OYNA 3NGIA 3DLBA 1VSIA 4W5NA 2F8SA 2HHTA 4E7IA 4OKKA 1IKXA 3HVRA 1I39A 1ZBIA 1SKWA 1JL1A 4N47A 3NHGA 3TAMA 4DTNA 1QSLA 3V4IA 3NF8A 4FJNA 3LAKA 3SQ0A 4CEZA 4CFAA 4BE1A 3VA3A 5JS1A 1SUQA 3TAQA 4NCGA 3QEXA 2FC0A 3S3NA 1RTIA 3KLHA 4E3SA 5HRRA 4F2RA 1HYZA 1Y97A 3TANA 1RDAA 4DTSA 4H4OA 2HHWA 4E1NA 1HQUA 4M3XA 3G0ZA 4DQIA 5SZTA 4DLGA 4F8RA 2B6AA 2X6SA 3E01A 4MFBA 3VQDA 4CHPA 2FBTA 4CJUA 4ELTA 4FVMA 1YTUA 2HHUA 4N41A 4I9LA 1I3AA 3K58A 3V6DA 1LV5A 3HJFA 1B9DA 5KGWA 1LWCA 3KK2A 3ZCMA 3VQPA 1T05A 1ITGA 4KAZA 2GBZA 5FRNA 2KZZA 3EY1A 4O55A 5CYQA 3OYCA 4F3OA 3DOKA 1RT3A 2D0CA 4Z0UA 5HRSA 4CEFA 2G8UA 1U4BA 5I42A 3O4NA 4LY7A 5DMRA 2OPPA 3ZT2A 1BIUA 2QXFA 1HYVA 2WOMA 1S1UA 3SYZA 3VQCA 1N6QA 3P83D 4O4GA 3OYDA 4BE2A 2Z1HA 3O4QA 3HO1A 1CLQA 5HBMA 4B9TA 5C42A 4CE9A 1XWLA 1WN7A 3KKRA 3RMAA 4CJLA 3KLGA 1Q9XA 2XY6A 3AO1A 3LPUA 4IKFA 2ITGA 3V9UA 1RT4A 2E6MA 1GOCA 3WNHA 4KTWA 3S3MA 1BISA 1NJZA 2OA8A 3TR8A 4CJ4A 1Z25A 4I2QA 1J54A 2OPQA 1C1CA 1RTJA 1WSIA 3AA2A 4KHQA 3C94A 3SNNA 4CK2A 3HP6A 3V1OA 3DRSA 4CEDA 3PX0A 2G8VA 4DSLA 5KI6A 1SL1A 1ZBLA 1VSFA 4FJXA 1DTQA 3KTQA 3RRHA 4E0DA 4FYDA 3EYZA 3MXIA 3AVHA 4ELUA 3AVLA 3L2RA 4L8RB 4M41A 2BANA 4M3WA 4CECA 4BE0A 4FJ7A 3NH1A 1J53A 2EHGA 1C6VA 3NF9A 3T1AA 1VSMA 4CGHA 4Z4FA 3AVJA 3LP2A 3OJUA 1YTAA 2F96A 4LSLA 1JLBA 1HNVA 3WNFA 2KW4A 2FBXA 3TABA 3RTVA 4DS4A 1IG9A 4K8XA 4O0JA 4IG0A 3AVKA 3OS1A 3NDKA 2XY5A 3HPHA 4N76A 1WSJA 3ZSQA 3CM5A 4OJRA 1K6YA 2DTUA 1TAQA 1RBSA 3SV3A 1S9GA 1S1XA 1BHLA 4OLBA 1C1AA 4J2EA 2HHXA 2LSNA 3DOLA 4CHNA 5KTQA 1R0AA 5FROA 3KD5E 1KLNA 1WSHA 1RCHA 4FW1A 4E19A 2P51A 3THVA 3LZJA 1BCOA 3UIQA 1RILA 2ZQBA 3QESA 4KHUA 3DM2A 4Y1DA 1KSPA 5D3GA 3CG7A 3ALYA 4CFCA 3KK1A 3CM6A 5FDLA 1VSDA 3AO4A 2HW3A 4M3RA 4M42A 1RBRA 1RDBA 1TV6A 5JS2A 3K57A 4Y1CA 4DLEA 2YNIA 1N5YA 1J5OA 1S1WA 4CESA 2G8HA 1KRPA 3SUPA 4FLYA 3VQ7A 2KFNA 3U3GA 3M8RA 4Z4EA 2P5OA 3ULDA 3DLGA 4E7LA 4FJGA 4HCBA 4KPYA 1S5JA 4B9UA 4KHSA 2PY5A 5C25A 3O3GA 1WAJA 1S1TA 2P5GA 1GOAA 3B6OA 4EP4A 3HXMA 3F73A 5T7BA 3LANA 1HMVA 3OYMA 3OYAA 4DTJA 1MU2A 3HVTA 1RT1A 3NH2A 3JSMA 3OYFA 3MAQA 2Z1GA 2PYLA 1NK7A 4CCHA 3KD1E 1XHZA 4FZZA 2VWJA 1W0HA 2ZD1A 3NBPA 3OYHA 3HK2A 3A2FA 1TKTA 1NK9A 1JLCA 1FKPA 1JLFA 1S9EA 2O4IA 3ZSXA 2YNGA 4OLAA 4DF8A 1NJWA 4M3UA 4E1MA 4IFVA 1HJRA 4F3TA 2HNDA 2YHAA 4AHSA 1C0UA 3DRRA 1S6PA 4PUOA 1U45A 4FLZA 4LSNA 1HYSA 3KLEA 4RW7A 3RRGA 4W5QA 3OYLA 4DU3A 4DQQA 3EZ5A 3NFAA 3ZT1A 4C8OA 4KHNA 1RBUA 4FJJA 1IKYA 2E6LA 1VSHA 3OYBA 3OYKA 2B5JA 2YNHA 2Z1IA 1NK4A 4DSFA 4G1QA 1NK6A 2BGGA 3PUFA 3ZSYA 4CHOA 2ETJA 3SZ2A 5FRMA 3HPGA 3MECA 4OPKA 1WSGA 1FKOA 4CF2A 4ZTFA 3DYAA 3LWLA 3IAYA 1C0MA 3KIOA 2OPRA 1RT7A 1ZBFA 4B9VA 3L2UA 1FK9A 4E7KA 2HVIA 1RDDA 3QINA 3QEVA 4LH4A 4B3OA 1FXXA 2A1SA 3VQ4A 1U47A 3VA0A 4DMNA 4W5RA 4CF8A 1T03A 4W5OA 4O5BA 2OYQA 4FK2A 4KI6A 4OVLA 1JLGA 5CZ2A 4M3ZA 4OKJA 4FJ9A 1D9DA 4DSIA 2R7YA 3TAPA 1NKCA 4FM2A 1B9FA 4XIUA 2F8TA 3LAMA 4IFYA 3ZT3A 4CIGA 1BI4B 4CGJA 3SJJA 1EP4A 3U6FA 1HQEA 4QAGA 2IOCA 1ASWA 3VQ6A 4AILC 2BE2A 4GW6A 2ZE2A 4H8KA 2X74A 4BACA 3OS0A 2BDPA 3O3HA 4KHWA 5K14A 3I0RA 4CF0A 4CJSA 3NGZA 3PX4A 3AO3A 2VWKA 2G8WA 2I5JA 3AA3A 3M8PA 4M45A 4DQRA 3LPTA 1WNSA 1C0TA 1KTQA 2HB5A 1XHXA 3AVMA 3QIPA 4C8MA 1L5UA 3FFIA 1Q8IA 1IKWA 4GVMA 3H08A 4CEBA 4Q5VA 4DTUA 3OYIA 1UA0A 4O0IA 1IH7A 4M3YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C95A 3UKRB 2Y1IA 1F21A 1TGOA 5DK5A 1HNIA 3H1QA 1J5EK 4QCLA 3L3UA 3UB5A 4I7FA 4RW4A 3DWLA 4CK3A 2A1RA 1IO2A 4AHTA 3AVBA 1HR0K 1IKVA 4IDKA 4CK1A 2V51B 3F9MA 3K9JA 3WNEA 1QHTA 1RT5A 3BEXA 3HTVA 1VQMN 3RWUA 2YV0X 3ZYYX 5E41A 4DF4A 3TWHA 3M3ZA 2QKKA 3ULEB 1M1KO 5AZIB 1BA0A 1JXBA 1QZ6A 1D4XA 1UWBA 1CZBA 1RT2A 5GIOA 4FSVA 4Q0BA 1KXPA 2VWBA 1A5VA 1LWEA 1RNHA 2DFFA 4FJIA 4IJAA 1EX4A 4EIAA 5AQUA 4OO1J 1GLBG 2RF2A 2XO7A 1QSSA 4FLUA 1SL0A 4B9SA 5CYMA 2YJEA 3TTFA 4CJWA 3ZSWA 4J2DA 2VG5A 2RPIA 4NLBA 2P9UB 2HHQA 3KHYA 3HSTB 1BO5O 3IS9A 3P39A 4CJRA 3IMXA 4QS8A 4DV5K 4WFNL 1VK0A 3EE9A 3VQ9A 3RR7A 3SUNA 5BN8A 1V4SA 4XH1A 3KWIA 3EN9A 3OS2A 4HWIA 5C24A 4H0XB 4FXDA 4ELVA 2ZGZA 1XI1A 4NYFA 3D2FB 4FWRA 3QIOA 3AO2A 3AA5X 5HOOA 3W0LA 2GWKA 4EAHD 5BPMA 4RG8A 3MXMA 1ZBUA 3LDQA 3DLHA 2Q0UA 4JI3K 4DR1K 3V9XA 3VQAA 4ID5A 4WFBL 4JHDA 4CF1A 1BQMA 2P9SA 1L3VA 1ZBHA 1KVCA 4FWKA 2IIRA 2WBNA 4BVPA 4BDYA 3DLLL 4JS4A 3MWTA 3D7EO 2G8IA 5LJWA 4E89A 3K59A 2KLAA 2HHSA 1NKBA 4CVNE 3TARA 3L8BA 1T8EA 3QEPA 3F9KA 2F7TA 2Q1NA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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