3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
4WFNL 1VQPN 3CCEN 2OTJN 1YIJN 5H1SQ 4WFBL 1YI2N 1VQLN 3CC7N 4UY8O 1W2BM 5GAEP 1KD1O 3CCUN 1VQ4N 5JVHL 1NJIO 4WF9L 3G6EN 1VQ7N 5GADP 3I55N 4IOAL 3OW2M 2QA4N 1VQ9N 5DM7L 1VQ8N 3CPWM 1YHQN 3CXCM 5GAGP 3CCRN 1ILYA 3PIPL 5MLCQ 1QVGM 1QVFM 1S72N 1VQKN 1K73O 1M1KO 1VQ6N 1VQMN 1Q7YO 3CCQN 4IOCL 3CMAN 3CF5L 1N8RO 1VQ5N 3CCLN 1Q86O 1Q82O 1KQSM 3G4SN 3CCVN 2ZJPL 2ZJRL 2QEXN 4IO9L 5GAHP 1JJ2M 3CC4N 3CCMN 4WFAL 2ZJQL 1KC8O 5DM6L 3J7ZO 3CC2N 3G71N 1K9MO 3PIOL 1VQON 1M90O 1VQNN 1YJNN 3CCJN 2OTLN 3CD6N 1OVYA 1YJWN 1YITN 1YJ9N 1K8AO 3CCSN 4U67L 3CMEN 3I56N 4WCEL 5HL7L 3DLLL 1Q81O 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F0XA 3A5OC 4BR2A 5AR0A 4M3UA 4WFBL 4YOWA 1UWBA 4Z4HA 4EIAA 3CC7N 1W2BM 5GAEP 3LAMA 4FLTA 2Q2RA 3CCUN 1L5UA 4OPKA 4Z4EA 3BDPA 2F4VK 3AVKA 1NGCA 1KRPA 4RW6A 3OYDA 3VQAA 1VRUA 4AQYK 1SV5A 4ILGB 3MWPA 3WEEB 4I2PA 4O0IA 4B1VA 1ATNA 3D6RA 3ZSRA 3FGUA 3TTDA 3TARA 2VG5A 3NGIA 1IH7A 3V1OA 1IJJA 3CPWM 4W5QA 3P1GA 3P31A 3THYB 3OYCA 1KSPA 1CZ9A 1OH7A 4BC3A 1GLLO 4FWKA 3PY8A 3RMDA 1GLEG 2Q1NA 3WNGA 1NGDA 1NKBA 1TAQA 4M41A 4CZJA 2P51A 4DQSA 4CE9A 4F2RA 1RBUA 3OVNA 3NHGA 4YNQA 4F3OA 3SBGA 2YNHA 3CMAN 2HHWA 3EO3A 4BDYA 4PWDA 2KQ2A 1RBRA 3T7ZA 1O1WA 2A42A 2FBYA 5AZJA 5I3UA 1Q82O 1U2VB 4DHYA 3L2WA 2P9PA 2ZJPL 4DB3A 2P9PB 4JV5K 2E4LA 4CF0A 2HNDA 3O08A 3GBTA 1RGIA 5E84A 1ZC6A 4CZHA 3OYEA 3M8SA 5JLHA 2V52B 3C65A 2LSNA 5KPTA 1YJNN 4BE2A 4BRQA 3AVCA 2BUPA 5AQZA 2D1KA 3PX0A 4H4MA 3A5LC 4H03B 3I56N 2YNFA 1C0UA 3VF2A 3HPOA 5JVGL 3SYZA 1FJGK 3A5MC 1KAZA 1DEJA 1HX1A 1GLAG 3ZT3A 5DMRA 3QEPA 4DV0K 4J2DA 3B8AX 1D9FA 3ULDA 3U9DA 3V1RA 3HJFA 2O8CB 1WB9A 4DV1K 4CEAA 4H0VB 3TABA 3VF4A 4WYBA 5EU7A 4DFPA 2VWJA 3B6OA 3IDHA 4IFEA 1NJIO 2BDPA 4KTZA 3SAFA 2P9SB 3VPZA 3NAEA 4IBNA 3AVMA 1RNHA 3MWTA 1B9FA 4RW7A 3SUOA 4CHZA 4DSLA 1YHQN 3HVRA 4B1WB 1SL1A 3OS1A 4X62K 4H0TB 3NMUA 4QS9A 1QVGM 1ZXOA 1EWQA 3O9QA 3ZCMA 4FXDA 2EWSA 2QI2A 3DYAA 3C6TA 1T6CA 4AHVA 1X9WA 3QFPA 4CERA 3V9ZA 4H0YB 1HKGA 1NM1A 1VQ5N 3AO5A 4MDBA 4O4GA 1DKGD 5HRSA 4E7HA 4JLHA 5AQRA 4FWOA 3F2KA 4NLBA 2P1JA 3HYFA 4JK8A 3G0ZA 1QE1A 3VQPA 3NE6A 2B6AA 1QSSA 2G8WA 1NNEA 1ZBHA 4EP4A 3MAQA 3SQ0A 3DRSA 4MDAA 1G99A 3DOLA 2QWQA 1HYZA 4ICLA 2YX6A 3WNEA 1NGHA 2E1ZA 4KHQA 1YUWA 4CVNE 3LAKA 1CZBA 1KLNA 4NO7A 1H1VA 1QQMA 1UOCA 1XHZA 1HPMA 3WQUA 3K58A 3VETA 4Y0WA 5M1PA 4X66K 3TANA 3LALA 2DY4A 4DR4K 3M5RA 4B9MA 5J1EA 5BRHA 2AP1A 4CZFA 2P9UA 2OCEA 4NXMK 4K42A 3O9RA 1EKEA 3AA2A 3DLRA 3O9UA 4LC9B 5C10A 1ZBIA 3MX5A 3PSIA 5AQTA 1VQLN 3OYHA 4B9LA 1HYSA 4M3WA 2OPRA 4HUGA 1HNXK 4B9UA 1RT5A 3ZETB 3F9MA 3IG1A 3TTFA 2O8BB 4FWLA 3FR0A 1TL1A 3VEZA 3KLIA 1TK5A 4M3TA 3QO9A 4FLXA 1MDUB 2KTQA 3V9WA 4Z4FA 4IXCA 1B92A 1OVQA 3L2RA 2Q3SA 4OPJA 4PKHA 3LP1A 1XI1A 3R3LA 1TL3A 3O4QA 2OPQA 3MMVA 2ZF5O 1RDCA 3R8EA 4DV3K 5SZTA 3GOIA 4C23A 3CJ7A 3CJAA 1RTDA 2GV9A 4CEBA 4JI0K 4M3YA 4DTSA 3AVHA 3SMSA 3G25A 2QK9A 3LPTA 3OHRA 4PQUA 2GEMA 1HMVA 4KHSA 4EFHA 2IVNA 2XY8A 3HBTA 3KIOA 5AQMA 1JLCA 2NNWA 4A2AA 1S1VA 4CGIA 5GAHP 3DLGA 2NRVA 3CC4N 1NK6A 4WQ4A 2NLXA 3QB0A 5AZJB 3S9HA 2O4GA 3WQTA 2CGJA 3ISNC 1T44A 4PUOA 3RR8A 4TSXA 3KLFA 3BP8A 3CD6N 1O13A 1IO2A 5AQXA 3O8MA 4M3RA 1JLEA 1HR0K 1S9GA 4JAXA 3LM9A 3QEWA 4Z0UA 1RDBA 2HHTA 1TKTA 1VK0A 3TWHA 4CJLA 4LH4A 2YHAA 3AVNA 3LL3A 1K8KB 1EO1A 2FBTA 4H5TA 2QWPA 4KFBA 2IC3A 1Q9XA 4L8RB 4HVJA 1DT9A 4C8KA 4RG8A 4KTQA 4Z4IA 2XY5A 1S22A 4HTUA 3E9OA 4Q0BA 3MXJA 2GWKA 2FLOA 2FSJA 3LWMA 1RT6A 1BIZA 3DI6A 1BCOA 4RW9A 4H5NA 4CIGA 2OPPA 2O8FB 1D5AA 3NH0A 4B1XB 3C6UA 4E3SA 2GWJA 3SPYA 2VQFK 2IGIA 2HMPA 4C8OA 2KZMA 3CJCA 4OVLA 5AQJA 3TSQA 4FPBA 4K25A 2WBNA 4CK2A 3VGMA 2UXCK 4F4KA 3KKRA 2G8UA 1YTAA 3LWLA 3IKMA 3F73A 3AVFA 3MN5A 1T7PA 4FZZA 3THYA 1W7AA 3QIOA 4KO0A 4H0OA 4IDHA 4ISGA 3HP9A 3W3DA 5HRRA 1Q9YA 2W6KA 4LF5K 1LAWA 2XY6A 1QHAA 3LANA 1IG9A 1RBVA 3KK1A 3D0PA 5J2QA 1U4BA 4I9LA 5HBMA 1U47A 4IKFA 3DXMB 4JKHA 3TSUA 4N41A 1KAYA 1NGIA 2VWBA 1J9AA 3TAPA 3VTHA 4GV9A 4NYNA 4ILHA 3OY9A 3CFOA 3K2PA 3L8BA 1RT2A 4B3MK 1SKRA 3VEOA 2ZWHA 3OYBA 4E7LA 3CHWA 2HVHA 4CW7B 4CF1A 3ID8A 4OJRA 2E2QA 3OA9A 5AQFA 2IVOA 4I9QA 1RDUA 1C0FA 4DQRA 1LCUA 2BANA 3VQEA 4B1YB 1KFDA 2PZSA 1DTQA 3LZJA 3CCSN 3DAWA 4AHSA 4FCYA 4WQ5C 3M8RA 4W5NA 1R0AA 4LF9K 1HLUA 4FLUA 3D45A 4IJNA 3W0LA 5IWAK 4BRIA 1JKHA 4WFNL 4CHNA 4RCHA 3U4LA 1SUQA 5KGXA 3L2QA 3ZSVA 3AAQA 1ESVA 3Q7BA 1BQMA 2ZE2A 3SAGA 1S9EA 4LF6K 2A1RA 1UAXA 2GELA 5AQNA 4CHYA 4DR2K 2YKMA 1C1AA 4DMNA 1YVNA 3THXA 5LY3A 2O8FA 3KLGA 2Q36A 4JI6K 1KVAA 2NRTA 1NGAA 1VSDA 5CZ1A 4W5OA 1N36K 3CYMA 3AO1A 1CZAN 1FXXA 2P9SA 3L3VA 3ID6A 5AFUA 2XY7A 4FJKA 3CQYA 4JI5K 4NCBA 4CHOA 3QESA 2O8DA 2OA8A 4GY2B 1JL1A 1NGJA 3ITHA 3E9PA 2YCHA 1YXQA 3MEDA 2RF2A 3VEWA 4ELTA 1HNIA 3VQCA 4DV6K 4JKAA 3HI0A 1RBTA 2X78A 1TUYA 1BI4B 1C0MA 4DLGA 2PYJA 1ASUA 2FBXA 2AA4A 3DMJA 5JLFA 2IDOA 3AVJA 1OH5A 1BDGA 1NOZA 4Z94A 3TU5A 1N33K 2BTFA 2VG6A 1KTQA 4EAHD 1VSJA 3MX2A 2HOEA 3AA4A 1VSIA 1YF5L 4LFBK 5KTQA 4FW1A 3THWA 5BPLA 4M3ZA 4E7IA 3MN6A 2UYTA 3J81O 5HOOA 3O4NA 4C8NA 3K5OA 4JEPA 2O8BA 4CJPA 1JCFA 3M8PA 4PKIA 2O8EB 1HNVA 5AQSA 3O3HA 1D8YA 1U04A 3CC2N 4DTJA 4M3XA 2CH5A 3ZX0A 4BR4A 2NRHA 4NB4A 3KJVA 3CCJN 2YI1A 1BGXT 5TKYA 3SV3A 1D9DA 2P9KB 4O8UA 4KHUA 1YAGA 4B08A 1QHTA 1RT3A 4FPAA 4JRQA 5JS1A 2D0AA 5ADXA 4DTRA 1VSEA 4ID1A 1SQKA 3HOTA 2KFNA 2OZMA 5FROA 4OX9K 4FJ7A 1QQCA 3TI0A 1BCMA 2G8IA 5KQDA 2ITMA 1VSMA 1FKPA 3V6DA 3H46O 3D2EB 3QNOA 3D7EO 1V4TA 4ELUA 3FZKA 3ZSOA 3TAFA 2IOCA 2GTDA 2D0BA 4R79A 3K9KA 4JKGA 4XIUA 2RPIA 3OYIA 2RE2A 4BWMA 3SBTA 2HF4A 5C24A 1GLFO 2E1YA 3WXMB 4IEIA 2KHOA 4FM1A 3VMFB 3CI5A 3U6FA 3SQ2A 3H3NO 5GADP 5GIOA 2XRIA 3O4WA 4BRGA 3VN5A 4CK3A 4CJEA 4OGEA 4QCLA 5EVZA 3DXKB 2AJQA 2P9KA 3T69A 4CI6A 3RMCA 1XHXA 4E89A 4UQGA 2QXLA 4IJAA 2HBKA 4A5AA 3QNNA 3GG4A 2RKIA 4MLEA 4FJLA 1X3MA 1XUPO 3O80A 3WEEA 2P9LA 4YOYA 2PBDA 3HTVA 1BA0A 5C2FA 3OYMA 4FJHA 2UUBK 4DU3A 3VQ6A 4BRDA 1W0HA 2I7PA 5BR9A 4CZIA 4FJMA 1GLJO 1JL2A 1NJYA 3O3GA 1BISA 4IO9L 2NRWA 5AQOA 3VF6A 1KCFA 2XO7A 4BRFA 2RN2A 1KC8O 3V9UA 2QM1A 1OKJA 2ATQA 2WUSA 3HPGA 3G71N 4CEQA 3ZETA 2IIRA 1NK9A 4BQZA 4FOEA 3I0RA 4GV3A 1YJWN 1SZ2A 1YJ9N 4FO0A 3OBYA 4DF4A 1TYQA 4CJSA 3DLKA 2P9NA 4JHDB 1IKYA 4BQLA 3VA3A 5EOYA 4JN4A 4K41A 1T8EA 5FLXO 3L0QA 1RT1A 3VQ4A 1SAZA 3S3MA 2QWOA 4LF8K 4FZYA 4CF9A 2D0CA 4CEOA 4IG0A 5JVHL 1VSKA 3G6EN 1Z26A 3OJSA 1V4SA 3KLHA 1XWLA 1NG9A 5C2DA 2HMIA 4BGBA 4ILJA 4GW6A 1SL0A 4JD2B 4BACA 3VENA 4R5PA 2OYQA 2HVIA 3JAMO 3QEXA 3RVCA 4XH1A 1KVCA 1NMNA 4EHUA 3OJUA 4DTMA 1WUAA 3UIQA 2ITGA 1WAJA 3I33A 2JWLA 3NFAA 1S72N 2D4WA 5K14A 3KK7A 4CFBA 4ZTJA 4J8FA 3VEXA 1C6VA 1SKSA 4E0DA 1VQMN 2HF3A 4M63C 1IBLK 3UKUB 3UKUA 5IT9O 3QDKA 3LDPA 1NJXA 2G8FA 2NZTA 4DFKA 1RTHA 5FPNA 1XC9A 1J5EK 4GKJK 4XH4A 3MECA 4JKGB 4CBWA 1C0TA 4QS7A 3ZSZA 4DCHA 3EE9A 2G8HA 2QEXN 4PY5A 3VESA 1MA9B 2HHVA 3ZX3A 3J7ZO 4KI6A 1E3MA 4B8CA 1JXEA 1VQNN 3CJ1A 4BWJA 1E4GT 3O1BA 1CXQA 3DRPA 3VA0A 2P5GA 1U2VA 2B5JA 3A0IX 4HHTA 3SNNA 4BR7A 4WQ5A 1Y64A 4X65K 2J4RA 4CIFA 1WOQA 1U45A 4NYFA 4JS4A 3QBWA 3LDSA 1ZBSA 3SAHA 2Y1JA 3C6HA 3K9JA 3ALYA 3ZSWA 4OKKA 3MK6A 4FJNA 2YJFA 4JI4K 3RSEA 3ULEB 4DV4K 1GLCG 1QS4A 2Q0UA 4AF1A 4CFDA 2D5RA 2ASOA 4WF9L 1P90A 1I3AA 4KV8A 1VQ7N 3EKUA 4DSJA 1WSIA 4A62A 4E19A 4BRLA 3VQ5A 3EEQA 1VHXA 2YV0X 4CJKA 3VERA 5DK5A 4FJ8A 2FSNA 3CQ8A 3NF7A 3AVIA 1S1UA 3AVBA 3P83D 3SJJA 2P9NB 3KD5E 4DWIA 5JS2A 1RDAA 3WUHA 2O8DB 1TUUA 3QINA 4K43A 3SUQA 4OLBA 2DFFA 3J80O 3TAQA 3GE1A 2X6NA 1LWCA 2ZGYA 2A41A 1Z25A 4YDUC 3DLEA 3FFIA 4DR3K 1ZBFA 4JHDA 1EWRA 4KAZA 2E88A 3T1YK 4PL7A 3CCLN 1WLJA 4JI7K 4J2BA 3NF9A 2WONA 3O9SA 4XEIA 2FF3B 3HZ6A 2F96A 1RT7A 2VYPA 2P9IB 5SWMA 2CH6A 3FZFA 3HT3A 1CXUA 1ATSA 3H1QA 4LSNA 1JLGA 3CIPA 2UUAK 4CIEA 1IKVA 1LV5A 3CG7A 4LH5A 4JRPA 4CD1A 1JLBA 4BRHA 5AQKA 3THXB 3IS9A 4FWNA 4DG1A 4GMJB 3I0SA 4Y1CA 5A2QO 3WNHA 1TYQB 4EHTA 4YOVA 4U67L 1SKWA 2GUPA 4BE1A 3A2FA 3P4IA 4CJ4A 3AV9A 2FXUA 4A61A 5J2NA 3HOSA 1YIJN 5H1SQ 1XNQK 4XH5A 5KQ8A 4U7BA 4GVEA 3O6WA 3DM2A 4O0JA 4DV2K 1HQEA 3TSPA 2OANA 1LOTB 4BRKA 4E1NA 4FLVA 3WXIA 4KHNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WFN L;  1VQP N;  3CCE N;  2OTJ N;  1YIJ N;  5H1S Q;  4WFB L;  1YI2 N;  1VQL N;  3CC7 N;  4UY8 O;  1W2B M;  5GAE P;  1KD1 O;  3CCU N;  1VQ4 N;  5JVH L;  1NJI O;  4WF9 L;  3G6E N;  1VQ7 N;  5GAD P;  3I55 N;  4IOA L;  3OW2 M;  2QA4 N;  1VQ9 N;  5DM7 L;  1VQ8 N;  3CPW M;  1YHQ N;  3CXC M;  5GAG P;  3CCR N;  1ILY A;  3PIP L;  5MLC Q;  1QVG M;  1QVF M;  1S72 N;  1VQK N;  1K73 O;  1M1K O;  1VQ6 N;  1VQM N;  1Q7Y O;  3CCQ N;  4IOC L;  3CMA N;  3CF5 L;  1N8R O;  1VQ5 N;  3CCL N;  1Q86 O;  1Q82 O;  1KQS M;  3G4S N;  3CCV N;  2ZJP L;  2ZJR L;  2QEX N;  4IO9 L;  5GAH P;  1JJ2 M;  3CC4 N;  3CCM N;  4WFA L;  2ZJQ L;  1KC8 O;  5DM6 L;  3J7Z O;  3CC2 N;  3G71 N;  1K9M O;  3PIO L;  1VQO N;  1M90 O;  1VQN N;  1YJN N;  3CCJ N;  2OTL N;  3CD6 N;  1OVY A;  1YJW N;  1YIT N;  1YJ9 N;  1K8A O;  3CCS N;  4U67 L;  3CME N;  3I56 N;  4WCE L;  5HL7 L;  3DLL L;  1Q81 O;  5JVG L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5F0X A;  3A5O C;  4BR2 A;  5AR0 A;  4M3U A;  4WFB L;  4YOW A;  1UWB A;  4Z4H A;  4EIA A;  3CC7 N;  1W2B M;  5GAE P;  3LAM A;  4FLT A;  2Q2R A;  3CCU N;  1L5U A;  4OPK A;  4Z4E A;  3BDP A;  2F4V K;  3AVK A;  1NGC A;  1KRP A;  4RW6 A;  3OYD A;  3VQA A;  1VRU A;  4AQY K;  1SV5 A;  4ILG B;  3MWP A;  3WEE B;  4I2P A;  4O0I A;  4B1V A;  1ATN A;  3D6R A;  3ZSR A;  3FGU A;  3TTD A;  3TAR A;  2VG5 A;  3NGI A;  1IH7 A;  3V1O A;  1IJJ A;  3CPW M;  4W5Q A;  3P1G A;  3P31 A;  3THY B;  3OYC A;  1KSP A;  1CZ9 A;  1OH7 A;  4BC3 A;  1GLL O;  4FWK A;  3PY8 A;  3RMD A;  1GLE G;  2Q1N A;  3WNG A;  1NGD A;  1NKB A;  1TAQ A;  4M41 A;  4CZJ A;  2P51 A;  4DQS A;  4CE9 A;  4F2R A;  1RBU A;  3OVN A;  3NHG A;  4YNQ A;  4F3O A;  3SBG A;  2YNH A;  3CMA N;  2HHW A;  3EO3 A;  4BDY A;  4PWD A;  2KQ2 A;  1RBR A;  3T7Z A;  1O1W A;  2A42 A;  2FBY A;  5AZJ A;  5I3U A;  1Q82 O;  1U2V B;  4DHY A;  3L2W A;  2P9P A;  2ZJP L;  4DB3 A;  2P9P B;  4JV5 K;  2E4L A;  4CF0 A;  2HND A;  3O08 A;  3GBT A;  1RGI A;  5E84 A;  1ZC6 A;  4CZH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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