3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
1W2BM 5GAEP 1YHQN 2QEXN 3OW2M 1YIJN 5H1SQ 5JVHL 1K73O 5GADP 1VQLN 5DM6L 5GAHP 2OTLN 3CCMN 4UY8O 1M1KO 3CCUN 3CPWM 1Q81O 4WFAL 3CCJN 1VQ7N 1M90O 5MLCQ 1YJ9N 3CCLN 1OVYA 1VQMN 1YJWN 1KC8O 3DLLL 5DM7L 2ZJRL 3CCVN 4IOCL 3CC2N 3G4SN 3CC7N 1VQ9N 2ZJPL 1VQNN 3CMAN 1YJNN 1QVFM 4WFBL 4IOAL 1VQ4N 3CCRN 5JVGL 3CCSN 1ILYA 2ZJQL 1KD1O 5GAGP 3CC4N 3CCEN 4WF9L 1S72N 1VQKN 1K9MO 3CCQN 3G6EN 3CXCM 1QVGM 2QA4N 1N8RO 4WCEL 3I56N 5HL7L 1VQ8N 3I55N 1Q82O 1VQPN 1YI2N 3CMEN 1YITN 3PIOL 1JJ2M 3PIPL 1KQSM 4WFNL 4U67L 3CF5L 3CD6N 1Q7YO 3G71N 1NJIO 1VQON 2OTJN 1Q86O 3J7ZO 1K8AO 4IO9L 1VQ6N 1VQ5N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR9A 1XNQK 3D45A 4LF7K 5JS2A 4ICLA 3O1BA 1VSLA 2O8CA 1HLUA 3TPQA 1JXBA 4E3SA 3ULEA 4BG8A 3THXA 2VCPA 4BC3A 4UY8O 4DV6K 3THVA 3I8DA 3J81O 4BACA 4IFVA 4I2QA 4JKHA 1A5WA 3QLHA 2UXBK 1YJ9N 2OYQA 4KHSA 1YJWN 2O8DB 5E84A 1HNZK 1WSEA 1O13A 5JLHA 3NCIA 4CF2A 2WFBA 1X9MA 2UXDK 3AY9A 4CJ7A 1HNWK 4JK7A 1BO5O 1T44A 4CEDA 4E1MA 1FKOA 5FDLA 1VQNN 1YJNN 3AARA 1S6PA 4CZIA 3AA5X 4Q0BA 4ID5A 1F21A 1BIUA 1I39A 3IAYA 1NGAA 1ZC6A 1XC9A 4WYBA 2W40A 2BDPA 2ZJQL 3W0LA 4AHCA 2E20A 4JK9A 1RT1A 2KKZA 4JI3K 3U4LA 4JKEA 3DRPA 5ELZA 5KRSA 3EKSA 5GINA 3CFPA 2QA4N 2CGLA 3K9KA 1JLCA 1RTHA 3NH2A 2WTUA 4BRAA 2HHWA 2DFFA 1SL1A 2ASOA 3C94A 1BL3A 1K8KB 4GV9A 3O4NA 5BR9A 2G8FA 3DXKB 5F2RA 4IG0A 1ZBUA 3HBTA 1G99A 1BOTO 2BH1A 1EWRA 2W41A 4JI5K 5C0YA 4PL8A 4CGJA 3OBYA 3LPUA 4Z4CA 4DTUA 4B1WB 4MDBA 3NHGA 1KLNA 4M3YA 4YNQA 1VRTA 3AO2A 4EIAA 4DR2K 3AAQA 3EN9A 2QWRA 1YXQA 5H1SQ 3Q7BA 1RT2A 1FKPA 3P31A 3QNOA 2YKNA 3VTIA 4AM6A 4H0PA 1Z25A 2V7YA 1ASVA 4H0TB 4A2AA 1M1KO 2CH5A 3TU5A 3KIOA 3HYFA 4AHUA 4FLXA 4H5VA 5FPMA 4JS4A 5AFUH 1NGHA 1NKEA 4JKGA 2ASMA 4FSVA 1KVAA 2P5OA 3DRSA 1XQSC 5DM7L 4DFPA 2RHKA 2ZJRL 3M8SA 4KI6A 4BE0A 3ZT3A 2O8EB 2O8BA 4BG9A 1QTMA 2PY5A 5CYQA 4IKFA 3WNEA 3W3DA 4DF4A 4ISGA 1DLOA 1NKCA 3FZHA 3FZMA 5J1EA 2HNZA 3LWLA 3CC4N 3OTOK 1VQKN 4E0DA 2O8CB 3PO4A 3CJAA 3SZ2A 4DF8A 3CCQN 1Q9XA 3AGKA 1HX1A 1BG3A 2HBKA 2GUPA 1HPZA 3ULEB 1NK9A 3A2FA 3THXB 1Q9YA 4BRQA 2D0AA 3MMVA 1K6YA 3O9RA 5KPZA 3VQEA 3D2FA 3TAFA 3AVCA 1Y64A 3OYKA 2A1SA 4FXDA 4HWIA 2A40A 3VEOA 3JSMA 2A41A 3E01A 3LM9A 5SZTA 3S41A 3MXIA 3BUZB 3VGMA 1NJZA 1NGGA 2RE2A 2YJFA 2F8SA 1ASUA 3CD6N 4BDZA 3SUQA 4DQIA 3DM2A 3IDHA 3E9OA 4XEIA 4CGDA 3V1OA 5KI6A 1NGBA 2FF3B 3CM6A 1GLCG 2HB5A 2P1JA 5BPMA 4Z4FA 4H0XB 3OYGA 4QS9A 3EL2A 4E89A 1S3XA 3FGUA 4DS4A 2O4GA 2Q3SA 3CM5A 4HHTA 2VWBA 5CZ2A 4E7KA 4AILC 1JKHA 2ZD1A 2QWPA 2JWLA 3LDLA 4EFHA 4L8RB 4IEIA 2OPRA 3DOLA 4CFBA 4E7LA 3FZKA 4DKWA 1IG8A 2GBZA 1JLGA 4F2SA 4FLZA 2GV9A 4H5RA 4JKCA 2IS3A 1JCEA 4IZ9A 3OYAA 2JLEA 3LL3A 4LSNA 2XO7A 1BHLA 2I7NA 1VHXA 1D5AA 5FLXO 1HPMA 2QI2A 1GLBG 3TAQA 4KB0A 4CHYA 4YOUA 2GWKA 1YT3A 4CE9A 3F9KA 2FC0A 4X66K 3BDPA 4WE1A 3O3HA 4KTWA 3CCRN 2H3GX 4FJLA 2QWMA 3TTFA 1ILYA 2D4WA 1IBKK 3EE8A 1BQNA 3KKSA 3VQPA 1BA0A 4LD0A 1J9AA 4IOXA 4QS8A 3KD5E 4FJIA 4RW6A 1HUXA 4FLVA 4O5BA 3LZJA 2KZMA 5AQYA 2E2NA 3VMFB 4K25A 4BRCA 1U47A 3BY5A 1YUWA 1YITN 3F73A 1R59O 4GVMA 3VEZA 1QE1A 2HBMA 4O4GA 1Z26A 4JKGB 1EETA 1X3NA 1NK0A 3DLRA 4ILJA 2F7TA 4M7YA 2B6AA 1W97L 5CR4A 3CF5L 4JKDA 3G71N 4GKKK 2A6AA 3L0QA 3LDQA 2O8BB 3AO4A 1JL2A 2FSKA 3TAPA 1GOAA 5I42A 1ZBIA 3LM2A 4HTUA 5GAEP 5FPEA 1SZ2A 4HCCA 4QOZB 3OYDA 4CERA 5AJ3K 3KJVA 4C1NK 3A8YA 5D3GA 1K73O 2KZZA 4FLUA 3T19A 4HUGA 1J5OA 1JLBA 1WLJA 2JGUA 4FW1A 3KK2A 3KWIA 3CJ1A 4PKHA 3OYMA 1NJWA 1NBWA 3LALA 4E7HA 4DV2K 4E19A 5MLCQ 1HNXK 4CJLA 2YI1A 1WSIA 2QKKA 3D2FB 2D0BA 3O6WA 3HP6A 4CHNA 3P83D 3LP1A 3CCVN 4ELTA 2XY7A 4BC5A 2IDOA 4DCHA 3G4SN 4OKEA 4DSFA 4RW9A 1C0GA 4A5AA 5TKYA 1TKXA 3NAEA 2HHUA 3CYMA 4CJSA 4NB4A 2E2OA 2X74A 3ZCMA 1D9FA 2RF2A 3THYA 5AZJA 1U6ZA 3CHWA 3LDOA 4O8UA 4G9ZA 3ALYA 4CF1A 4CW7B 3LP2A 2OPPA 3CETA 1RBSA 4WF9L 3DYAA 3HPGA 1J53A 4ID1A 2NRTA 3M8PA 5JLFA 2VG6A 1MU2A 1VSHA 4K42A 5LMUK 2HMIA 3RWUA 2ZM6K 1UA1A 3DJCA 3OBWA 1KCFA 1WN7A 1Q82O 3H1VX 3QFPA 3MK6A 4CGGA 4CESA 4W5RA 3OJSA 2ETJA 4A5BA 4JN4A 4B9NA 2I5JA 3QIOA 3MEDA 1S1VA 4U67L 4JD2A 3ZT0A 1KAXA 1WSJA 4CFDA 5AQHA 1ZBFA 3OHRA 3C95A 3AA3A 4GW6A 4DV7K 2HHXA 1SKSA 4DU1A 4B3MK 2CGKA 3DLEA 1XMOK 4NCBA 1W2BM 2EHGA 5M1NA 1XI1A 1RFQA 4DFKA 3VOVA 4GKJK 1RDWX 4KHYA 3QFUA 1T6CA 3ATUA 3ZLJA 2P9NA 3DAWA 1RBUA 3EY1A 1C0MA 2GUIA 3VQQA 3L4QA 4HUFA 4DV5K 1NGCA 4ELUA 3FZLA 5IWAK 1C1CA 3CCLN 1OVYA 3SQ1A 1TKZA 1JLFA 3VA3A 4WQ5A 4X65K 4PKGA 1IV0A 1IBLK 3AAPA 2ASPA 3KZBA 4JI8K 1RT3A 1N33K 4CJEA 4YOXA 4AH9A 4NYFA 2P9PA 1RT6A 3V9ZA 3DRRA 4WFBL 3A5OC 3IRXA 3KK1A 1YF5L 1WOQA 3ITHA 3AA2A 3B6OA 3J7AP 4BGBA 5ADXH 3QEIA 3G10A 1YTUA 4FK0A 3C6UA 1LW0A 2AP1A 3LP0A 5C10A 4DTRA 1N34K 1HKGA 2E6LA 4CGFA 3L2QA 4OKJA 3O9TA 4JHDA 3CMEN 1N6QA 3J8AA 4A59A 4LF6K 2IC3A 2NRZA 3AVHA 3MN5A 5AQGA 1C0FA 4FJHA 3HZ6A 1JCFA 4CGHA 3GDQA 4DTXA 3CQXA 1T05A 4IG3A 2GWJA 1CXQA 1JLAA 3UB5A 5C42A 3NH0A 2YHAA 4FPBA 1XNRK 1ATSA 5AQMA 2OTJN 2HW3A 4CBWA 1KSPA 4CBUA 4AF1A 1Z6RA 1ESVA 2YHXA 3HM8A 4CJUA 4NXMK 3SQ4A 3THYB 5AZJB 3E66A 4B3OA 1YHQN 4CEEA 2E5LK 3P39A 3BGRA 3RRHA 1HYSA 3OYIA 4J2DA 3ID6A 5AFUA 4N5SA 3JAMO 1GLLO 4I6MA 2PBDA 5M1PA 1KAZA 4B1VA 4BROA 3FE1A 3M5RA 4BR0A 1DEJA 4WFAL 1NU0A 5CHIA 1IKYA 1V4TA 1RDDA 4LSLA 1BCOA 4KHUA 3VPZA 3A5NC 1Q18A 2RKIA 1SS6A 3ZSZA 4BWJA 2YNIA 5EX5A 2NUBA 1LAVA 3RMAA 4CJ5A 3TAGA 3AVFA 2QWQA 2E4LA 2UUBK 3H08A 4JD2B 3V9UA 3CMAN 1WAJA 4CZMA 3K9JA 3KLIA 4JS5A 3T3FA 3WXJA 3SMPA 5HP1A 2F8TA 1GLEG 4Z4EA 3DLGA 4JKFA 2KHOA 5JVGL 3FZFA 3NFAA 4AHSA 1W0HA 2QM1A 4MFBA 3KLFA 4O8KA 4JI7K 3T1YK 3UE5A 3VQ5A 1HMVA 5GIOA 4DLGA 4KHNA 2WBNA 5FPNA 4DR6K 2P9NB 3QEWA 1LWFA 1U2VA 4EHTA 3ID8A 4JV5K 4E7JA 1NOYA 4FO0A 3SJJA 4PWDA 4QAGA 1SKRA 4B1XB 1VQPN 3GG4A 4C8KA 3WXKA 4RG8A 1OH8A 4RTFD 4DSKA 3PSIA 4EZ6A 2HBLA 2YHWA 1T7PA 1VK0A 5M1KA 3NGIA 4M42A 2FSJA 4CD1A 3PIPL 2KFNA 1QSSA 4DQPA 2OPSA 4CFCA 3TI0A 4WFNL 3MEEA 4BR2A 1L3SA 3AVMA 2NRHA 3H46O 1BCMA 3C65A 4KV8A 1SL2A 3MN6A 4B3SK 1TK5A 1LW2A 2P9PB 4JI6K 4KHPK 4DSIA 4O44A 1BIZA 3QICA 1YIJN 2NLXA 3NF7A 3NF6A 3ZETA 5KQDA 3U9ZA 1I3AA 4OLAA 3ZX2A 4FOIA 4DTJA 3VETA 3V4IA 5GAHP 4DFMA 2P9IA 3M8QA 4FJ5A 4FWOA 1T03A 2BGGA 2E1YA 4YY3K 5AQJA 1X9JA 5LY3A 4GV3A 4JHDB 4AQYK 4LH4A 4H5WA 4WQ4C 4H0YB 4IFYA 3EO3A 4A57A 3S3OA 3OYBA 3G25A 1S9EA 4BC4A 3C6HA 1LAWA 2W6LA 4W5TA 3S3NA 3VEWA 3WEEA 4FWPA 5T7BA 3HI0A 1FW6A 2HNDA 4GY2B 4B1ZA 5C25A 1TUUA 2WC9A 2YX6A 3OYFA 5AZIA 3RR7A 3L2VA 2YHYA 3HTVA 1VRUA 2OA8A 2ZWHA 4B1YB 3HXMA 4B9LA 5C2DA 3RR8A 2IAJA 4CEAA 4M3UA 2Z1HA 3M3ZA 2A42A 1VQ8N 1IO2A 2IOCA 1VSFA 4KH4A 3DI6A 3QEXA 4LF8K 4OX9K 1MA9B 4I6MB 4M63C 4BDPA 3TTDA 3GE1A 3VESA 1SQKA 3OYHA 3IUCA 3BF3A 3U8XA 4K8XA 2FBYA 3K5MA 2V7ZA 2HOEA 3SAGA 1WBBA 3WNGA 4CHPA 3O3GA 3NBPA 4K0KK 4I2PA 3HPHA 3H3NO 5HRRA 1FJGK 3J7ZO 4J2AA 4H0OA 3VERA 3MCPA 1YAGA 3QERA 1ITGA 2F4VK 3DXMA 4FM1A 3ULDA 4ZTJA 1IBMK 1E3MA 2DPNA 5E26A 3OW2M 3OA9A 3BF1A 2ZF5O 2PYLA 4RCHA 3AO5A 3M6GA 3ASMA 3ZT2A 4JK8A 3TAMA 4UQGA 1RGIA 2UXCK 1U2VB 2YJEA 4CF0A 2PYJA 4N56A 4CJKA 2BTFA 4KO0A 1QSYA 4FJJA 1OKJA 4AHRA 5LJVA 5HROA 5HRNA 4B9UA 3U3GA 4CF9A 4B9TA 4B9MA 3KKRA 1TL3A 4CZLA 1REVA 3H45C 1TYQA 4IOCL 3ZSYA 3MXJA 5KTQA 4ZTFA 3PUFA 3AA4A 2GX9A 4CJ4A 2P9UA 4BDYA 2Y1JA 5BR8K 3VTHA 2GEMA 3SMSA 3E9PA 1A5VA 1LV5A 2P5GA 1E4GT 4Q5VA 3DOKA 2YNFA 2W42A 3K5LA 4NXNK 3V81A 2B4JA 4DV0K 3K58A 3ZETB 1I94K 4FZXC 3ZX0A 4OJRA 1BA1A 4WCEL 3C6AA 2FLOA 2P9IB 2VGMA 1J54A 3A5LC 2DFHA 1KLMA 5CY4A 1A5XA 4B9SA 3AV9A 2FF6A 4H5NA 4N47A 5FRMA 2DY4A 2E6MA 4DTMA 3ZSVA 1ZYQA 4C8LA 4F8RA 2HF4A 4DSLA 4CEOA 4BGAA 3VN5A 1NK7A 3MECA 3KVGA 3KLHA 1C0TA 3L8BA 3TR8A 5LJWA 4QCLA 4FWSA 3VEYA 1P8ZA 1NMDA 1HR0K 3SK3A 1DT9A 3VQ8A 1Q8IA 1VSJA 3WEEB 4E1JA 1K8AO 4B8CA 2FXUA 1DKGD 2KQ2A 4DQ8A 5EU7A 4FJNA 5AQLA 5AZIB 1OH7A 5EVZA 2QEXN 4PA1A 2IVPA 1S1XA 3PLAA 1TK8A 2OZSA 4FWQA 1GLAG 5BN9A 1NM1A 4DV1K 4DMNA 1XWLA 3AVKA 5J2MA 3OS1A 3PO5A 3HK2A 3K57A 3R8EA 3H1QA 3IS9A 5M1FA 5BRFA 3QETA 3KK7A 4JI4K 4EZ9A 4DQSA 5J2PA 3CQ8A 3L4IA 4IBNA 4LF4K 3MAQA 1W9HA 1TV6A 1BQMA 3KHYA 5AR0A 4PL7A 4FWNA 2KW4A 3QMLA 2E8AA 4DR5K 3Q7CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BR9 A;  1XNQ K;  3D45 A;  4LF7 K;  5JS2 A;  4ICL A;  3O1B A;  1VSL A;  2O8C A;  1HLU A;  3TPQ A;  1JXB A;  4E3S A;  3ULE A;  4BG8 A;  3THX A;  2VCP A;  4BC3 A;  4UY8 O;  4DV6 K;  3THV A;  3I8D A;  3J81 O;  4BAC A;  4IFV A;  4I2Q A;  4JKH A;  1A5W A;  3QLH A;  2UXB K;  1YJ9 N;  2OYQ A;  4KHS A;  1YJW N;  2O8D B;  5E84 A;  1HNZ K;  1WSE A;  1O13 A;  5JLH A;  3NCI A;  4CF2 A;  2WFB A;  1X9M A;  2UXD K;  3AY9 A;  4CJ7 A;  1HNW K;  4JK7 A;  1BO5 O;  1T44 A;  4CED A;  4E1M A;  1FKO A;  5FDL A;  1VQN N;  1YJN N;  3AAR A;  1S6P A;  4CZI A;  3AA5 X;  4Q0B A;  4ID5 A;  1F21 A;  1BIU A;  1I39 A;  3IAY A;  1NGA A;  1ZC6 A;  1XC9 A;  4WYB A;  2W40 A;  2BDP A;  2ZJQ L;  3W0L A;  4AHC A;  2E20 A;  4JK9 A;  1RT1 A;  2KKZ A;  4JI3 K;  3U4L A;  4JKE A;  3DRP A;  5ELZ A;  5KRS A;  3EKS A;  5GIN A;  3CFP A;  2QA4 N;  2CGL A;  3K9K A;  1JLC A;  1RTH A;  3NH2 A;  2WTU A;  4BRA A;  2HHW A;  2DFF A;  1SL1 A;  2ASO A;  3C94 A;  1BL3 A;  1K8K B;  4GV9 A;  3O4N A;  5BR9 A;  2G8F A;  3DXK B;  5F2R A;  4IG0 A;  1ZBU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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