3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
5DM6L 3CCQN 1M90O 1YJWN 1VQ9N 4WFAL 4UY8O 2ZJRL 3CCUN 4IOCL 1VQ4N 3CMEN 1OVYA 1K73O 1Q82O 5GAGP 3PIPL 5GAEP 3CCJN 4WFNL 3CMAN 3CC2N 1ILYA 2QEXN 2OTJN 2ZJQL 3CCMN 3CPWM 1JJ2M 2ZJPL 1VQON 5H1SQ 3CCVN 5JVHL 1VQ7N 3J7ZO 1M1KO 3CD6N 5MLCQ 1YIJN 5GAHP 1K9MO 1VQ5N 1Q81O 3OW2M 4WF9L 5DM7L 4WCEL 1K8AO 1KQSM 1NJIO 3CC7N 1VQPN 1YITN 1W2BM 4IO9L 3G6EN 2QA4N 3PIOL 3I56N 1VQMN 4U67L 1QVGM 1S72N 1KD1O 4WFBL 3DLLL 1VQ8N 1N8RO 3CCRN 4IOAL 3CF5L 3G71N 1KC8O 1YHQN 3I55N 1YJNN 3CCEN 1VQKN 3G4SN 5JVGL 3CCLN 3CC4N 2OTLN 1VQ6N 1Q7YO 3CCSN 1VQLN 1QVFM 5HL7L 1YJ9N 1VQNN 1Q86O 5GADP 3CXCM 1YI2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PX6A 1X1PA 3E66A 1NU0A 3B6PA 4NCAA 1GLEG 3PSFA 2QXFA 3HL8A 3ZYYX 3F73A 4FJXA 2GBZA 3TAEA 3VQAA 3AO4A 5AFUH 4LY7A 4FLYA 5M1KA 3VQ5A 3CC2N 4FJMA 1ILYA 4ISGA 2ZGZA 3AO5A 3SUPA 5EX5A 3WUHA 3OTOK 3AA4A 2KTQA 3I0SA 1KAYA 2E8AA 1NGGA 1U47A 3CD6N 3SV3A 3AV9A 5MLCQ 4DKWA 3SUQA 3HK2A 1JCFA 5JLHA 3SUNA 3C6HA 1DTTA 4OKJA 5SWMA 1QQOA 3SNNA 1NJIO 2BTFA 1W2BM 3OS2A 3DRPA 1MU2A 5AQPA 4PHTX 4Z94A 4H5WA 4BR4A 2W40A 3S3MA 4GKJK 1G15A 3AVIA 4DU1A 4MQ3A 3V81A 1LOTB 3THWB 3THXB 4IOAL 1NMDA 2RN2A 3EO3A 4BE1A 4CHNA 2QWPA 4CZGA 1N34K 3AGRA 2HHVA 4H03B 3QNNA 4CJEA 4FLVA 4B1WB 5GIPA 4DF8A 4DTPA 3CCLN 4PY5A 3THYA 2FBXA 3D2EB 4FCYA 4FJKA 1ESVA 1RDDA 2F7TA 4FW1A 5DK5A 4FSVA 3LM2A 4CJQA 4DUYK 4OPHA 4X62K 3HTVA 3SBGA 4H8KA 4XH5A 4Z4FA 3V9UA 1VQNN 4JHDA 4A2BA 1T03A 1WSFA 4AHSA 5BREA 5AQUA 4B08A 1GLCG 3L4IA 3IAYA 4ILHA 2O8DB 3M1FA 5DM6L 1YTUA 1HNIA 1BGXT 3CCQN 3EE9A 4UY8O 2VG7A 4OJRA 5KRTA 3WNFA 3MN5A 3ZX2A 1LWCA 3CMEN 5F2RA 3V4IA 2W6LA 3O9UA 1IBLK 3AVFA 1RBVA 5AQSA 3A5OC 1B92A 5IT9O 3VGKA 1SKWA 3ID8A 1HX1A 3VF4A 5ELZA 3NE6A 4YNQA 5JS1A 5KI6A 5BPMA 1N36K 4GW6A 2D4WA 4JI8K 4K8XA 2UXCK 5DM7L 3HVRA 4CK3A 4BDYA 1JL1A 3MCAB 1JLBA 1JLAA 3MEGA 5AQVA 2YKNA 1BHLA 5AQXA 1Q8IA 3QERA 4XIUA 4YOUA 4CHZA 5CHIA 3I8BA 2HSTA 4KHNA 4RW7A 4CECA 2IVOA 3ITHA 4C8MA 4LSLA 1N32K 4W5OA 4M3TA 2QTDA 3S41A 1KD1O 1ZBFA 2UU9K 4J2BA 4BREA 4JKFA 2NLXA 3H08A 3IRXA 2A1SA 4DFKA 1KTQA 3QO9A 3LALA 5HRSA 4CBXA 4DV7K 3D45A 4CJKA 3QEWA 3OYKA 3MMVA 4JKAA 3VEXA 4H5VA 4UQGA 1TKTA 1GOBA 3R9PA 4FK4A 4IG3A 4KHSA 1VSEA 3CQYA 5HOOA 4K0KK 4YDUC 3EEQA 2XY5A 3IS9A 3A2FA 3DLKA 4AHRA 4CERA 1X9JA 4AHVA 3T7ZA 4OPJA 1YVNA 4ZTJA 2UXBK 1TL1A 4I6MB 4J2DA 3MEEA 3OY9A 3AVAA 3ULEB 3AARA 1NJWA 2BH1A 5J2QA 1K8KB 2P9NA 2AP1A 1NGAA 3PIPL 1JLCA 3BP8A 4IXCA 2Q0UA 1FW6A 3P31A 4C8KA 3LANA 5KPZA 3MWPA 1IG8A 5FLXO 2VWJA 1N6QA 4FJ7A 2KFNA 3M5RA 4JK7A 2BUPA 4G1QA 1EX4A 3P1GA 3WXKA 1D8YA 2V52B 5AZJB 4EP5A 3QFPA 3MXJA 4IBNA 3HOTA 4CEDA 3SQ2A 5GAHP 1VQ5N 2Q36A 5HP1A 1Q81O 1R0AA 1U6ZA 1K8AO 3FFIA 2EWSA 5AQGA 1Q18A 2QWMA 4LF4K 1RBRA 4RW9A 1BQMA 1RTIA 3KWGA 1BG3A 4GMJB 3TAMA 3BF1A 3J7YP 3IKMA 1VSFA 3UKUB 1BI4B 1LWEA 2WFBA 3PIOL 3OYLA 4DV6K 3ZEUB 3U9DA 3WNGA 1SKRA 5CZ2A 4KH5A 3MXMA 2F9WA 4YOVA 4WYBA 3LDSA 1WSGA 1G99A 5JICA 4FLWA 2IC3A 2HHUA 2FSKA 3RWUA 1LCUA 4CZHA 3NCIA 3WQUA 1LAVA 4X66K 5LJWA 2E2PA 4E7JA 1NBWA 4AHTA 3ATVA 1HRHA 4M45A 4A2AA 3A0IX 4C8NA 3WNHA 4RW4A 3O9QA 4OKEA 1S9EA 3V6DA 1ZBUA 4BRKA 1NLVA 3NGYA 1IJJA 3NVMA 5AQHA 3OYEA 3FZHA 1T8EA 3DI6A 3TI0A 3H6EA 4KHQA 1RT7A 4BE2A 4FVMA 1JLQA 3P5JA 4CJ4A 4GKKK 1BCOA 1NJXA 2X74A 1N33K 3CYMA 2GEMA 2QWNA 4YORA 2V7ZA 3SJHA 4CFDA 4OKKA 2E2NA 3AGKA 4EZ6A 1NK0A 5CYQA 3HSCA 2O8FB 1V4TA 2O8EB 1IH7A 2YCHA 4B3TK 4FO0A 4XH4A 3K5LA 4K8ZA 4IFVA 4LSNA 2AJQA 2RHKA 1NOZA 4J8FA 4CEZA 1GLLO 2HOEA 4CJVA 4MO4A 3RVCA 3MX5A 4ICLA 4O0IA 3DLBA 3FZLA 3C7NB 4JEPA 2D5RA 1RDCA 3L2VA 3B6OA 4NLBA 5J2NA 4DFJA 4C1NI 3ZETB 3HM8A 1S3XA 1JCEA 2ZWHA 3BUZB 1IBMK 3WXJA 2PYLA 3V9WA 3THVA 1BISA 4KFBA 3TAGA 2A3ZA 2X6SA 1XWLA 3LAMA 1XUPO 2FC0A 2ZQBA 3L3UA 3WT0A 4CJ3A 3I56N 1QS4A 2YI1A 3OBYA 2NRTA 1XHZA 1QSYA 1BCMA 4YFUA 4DR1K 3CPEA 3OA9A 3THWA 4CD3A 4KREA 2X78A 3G0ZA 4JKGA 3G71N 1SZ2A 5HROA 4O4GA 1TL3A 4CF1A 3CC4N 1HKCA 3ISNC 3KK3A 5ADXA 2X6NA 3DXMB 1WN7A 2VG5A 3JS6A 3SQ1A 4Q5VA 3D2EA 5EXWA 5I42A 3RMBA 4E1JA 4FM0A 3VQ4A 2DPNA 4B9SA 4K43A 3RR8A 1LWFA 3R3LA 3PY8A 3K5OA 4IWVA 2D0AA 5E26A 1W97L 1YI2N 2FF6A 5HRNA 1RDBA 1Y97A 4YHHK 2O8DA 2O4IA 5BRHA 4DWIA 3AA3A 4H0XB 4NYNA 4AM7A 3QETA 1J5EK 1NK9A 3UB5A 1IV0A 3OS1A 3CFPA 2V7YA 3OYNA 1KSPA 3QEXA 2HHSA 4FJHA 3HYFA 4IEIA 4QAGA 1S6QA 1UA1A 2FSJA 1U49A 3A8YA 2E5LK 3E9PA 5AZIA 1CZAN 2ZJQL 3CCMN 3RSEB 1SL2A 1X9SA 3OYMA 3WNEA 3CCVN 5E84A 2Q31A 4R5PA 4OLBA 3J7ZO 2QK9A 4H0YB 3RMCA 4YOYA 3TSPA 1YT3A 1BQNA 3LP2A 4B9NA 4CEFA 2O8CA 2HBKA 3UIQA 1O13A 3TAQA 4FWKA 2OZMA 1XMQK 3O08A 3MK6A 3QBXA 4W5TA 3SAHA 2NRHA 3H1QA 4QS7A 5KPRA 4A5AA 4BR7A 4YOXA 4CF9A 5EOYA 1KAXA 4E7HA 5AQQA 2VQEK 4U67L 5LMUK 1QVGM 1DGKN 3EZ5A 3GL1A 3HPOA 4ELUA 1NGEA 3U3YA 3WXLA 4CBUA 1NOYA 4JRQA 3NH0A 2OANA 2WOMA 4OLAA 4ID1A 1WNSA 4KH6A 4RCHA 3GBTA 1YXQA 1JLEA 1ASWA 3AA5X 3K58A 4BDZA 1Q7YO 4QS9A 3JYTA 2CGLA 1OH8A 3NF8A 4XEIA 3LP3A 3DXKA 1QE1A 4E19A 4KRFA 1S5JA 3NDKA 3CJAA 3DJCA 3UE5A 4BC4A 4DV0K 1NG9A 3HI0A 1RGIA 3CJ1A 1S1WA 4CEQA 4O8KA 5M1PA 4CJRA 4I6MA 3MAQA 3EZWA 4JD2B 4WFAL 1GOCA 3MWTA 3BEXA 3RR7A 3ULEA 3T69A 2AA4A 5B8HA 3O1WA 3TSQA 4WE1A 2G8WA 1L5UA 4CJSA 4N47A 1JLGA 1GLAG 3F2KA 1I94K 1TKXA 4ISEA 2D0OA 3K5MA 2HMIA 2E6MA 1J53A 1QZ6A 1YF5L 1YUWA 2HF3A 1RTDA 3P83D 3O3FA 3T1HK 2QM1A 1LW2A 3DRSA 3CHWA 3BF3A 4DV5K 4O5BA 1WSIA 1T44A 3CJ7A 1M1KO 3P4IA 4WQ5A 4ID5A 3OYFA 4FLXA 2YNFA 5EU7A 4CHQA 4LF9K 4QS8A 2GWJA 3A5NC 1KVCA 3GOIA 5LL6Z 4FPAA 1WBDA 1EQYA 4CJ5A 4L3QA 1BDGA 2FBTA 5AQOA 2P9SA 5C42A 4B3SK 2G8IA 3SYZA 4JKBA 1WSEA 4MFBA 4JI2K 3M8RA 3HM9A 1VQMN 1X9MA 1BI4A 3HPGA 2DFFA 1YVUA 3KZBA 1S72N 1SL0A 2NRWA 3KWIA 3PSIA 4OGCA 3D2FB 3CFOA 3VN5A 2HVIA 3ENHA 4CVNE 3HBTA 5AQRA 3LP0A 1TYQA 3JAMO 5GIOA 2PFUA 4JK8A 5JMVA 4H4MA 3QICA 3CIPA 2BE2A 4WQ4A 3VQPA 2P9PB 1HLUA 1UWBA 3VGLA 3I8DA 1SQKA 2VG6A 1BUPA 4CGDA 3TSUA 2PZSA 3K9JA 4BRDA 4FK0A 3OJUA 4DS4A 5CYMA 1XI1A 2F8SA 2E6LA 4FJGA 1VQ9N 1TGOA 4I2QA 3FE1A 3H45C 4KI4A 3GE1A 1WLJA 3KIOA 4H5RA 4HUEA 5FPEA 3NAEA 4KHYA 4OX9K 4IOCL 3D0PA 4B3MK 1U2VB 3LDNA 4JAXA 2HBLA 4NXMK 4JNEA 3ID6A 5T7BA 4XH1A 2ZF5O 2P51A 2W42A 1OKJA 3ZT3A 3QBWA 4O44A 3K5NA 3S9HA 4DUZK 3PX0A 4B3RK 2HNDA 1RT4A 3B8AX 5JVHL 3AVGA 4F3TA 2Q2RA 5M1QA 2HHTA 4M7YA 3C7NA 3TWHA 1ZBHA 3MN6A 2G8KA 4YDUA 1D5AA 4IJAA 4BROA 4BWJA 4B1YB 4DTUA 1IBKK 4C23A 2IDOA 2RE2A 1Z05A 3NF6A 3O8MA 3KLEA 3J80O 2P9UA 2HBMA 3DLGA 3V9XA 2E2OA 4WCEL 1C1CA 3OVNA 4LH4A 3RMAA 3MCPA 3SMSA 4F2SA 3C65A 1JCGA 3DAWA 3MDQA 1HNWK 1HNZK 1YAGA 4BACA 4BR2A 4DR4K 4DR6K 4BRAA 4CGHA 3KD5E 1HYZA 3U3GA 4LC9B 3VQ9A 3QINA 1I3AA 1RTJA 1JL2A 1SL1A 1WAJA 3MN9A 5JVGL 2KZZA 2DY4A 4GNIA 4OO1J 1X9WA 4CGGA 2P9LA 3TAPA 1U4BA 1UA0A 1VRUA 2E20A 3VEZA 3T1YK 2KW4A 1QQNA 1S22A 4E7IA 3AVMA 2O8BB 2YNGA 3F9MA 5F1XA 4FJLA 1D9DA 1WSHA 4FWSA 2NRZA 3DWLA 4B1XB 3ALYA 4ELVA 4AM6A 2G8UA 2E4LA 3H1VX 2FBVA 1L3VA 3LWLA 1NGDA 1VQ4N 4RW6A 2P5GA 3W0LA 1NK7A 4B1ZA 3PO5A 3WEEB 3CM5A 3SI6A 4RWTA 1H1VA 4FOIA 4CESA 2P9KA 4KHUA 2PBDA 2YHYA 4JI0K 1EWRA 2QEXN 4BG8A 4JKDA 1Q9XA 1BWFO 4BRPA 4CJTA 2A1RA 1T6DA 3F9KA 3ZSWA 3NMUA 1NGBA 5E41A 1K6YA 3G10A 3LDPA 4A61A 3O4WA 3R1XA 5KGXA 3AVCA 1QSSA 4FLTA 3W3DA 3TABA 4ELTA 3CG7A 4WF9L 3QEIA 2YNHA 4CGJA 2A6AA 1KRPA 1E4FT 5M1NA 4FK2A 2PY5A 1REVA 4M3RA 5AR0A 4M3ZA 4BVOA 4FYDA 2G8HA 3VQBA 4MDBA 2ASOA 1VAZA 2JWKA 3SAGA 2QI2A 3C6UA 2G8VA 1J9AA 4I9QA 2WC9A 3VTHA 3KKRA 4DR5K 4DFPA 4E7LA 4BRCA 1NK4A 2FSNA 2PAVA 4FWRA 3AY9A 3RRHA 5CZ1A 1YHQN 1NNEA 1KLMA 3OBWA 4CZKA 3OYDA 1E3MA 3O4NA 4DQ8A 1BA1A 3SBTA 5C12A 3VEVA 4CIFA 5ADXH 4QOZB 3R6MA 3GDQA 4FXDA 3HXMA 2HNZA 2D1KA 3BGRA 4O8UA 1U45A 4V19S 4C8LA 4GVEA 2PYJA 3VQ7A 4KPYA 2IGIA 3DLEA 1DLOA 2OPPA 3AO2A 4BC3A 2WBNA 1RBUA 2A40A 4M3UA 4CFCA 4LFAK 4JD2A 3VQQA 1TKZA 3LWMA 3AAPA 3ZT2A 4Y1CA 1TK5A 1O1WA 1KVBA 2JWLA 3UKRA 3O6WA 1JXEA 1C0MA 1Q82O 1S9GA 4B9UA 5FRMA 3TAFA 3CCJN 1NWKA 2HBJA 3VEYA 3VEOA 4A5BA 4Z4HA 4DV4K 4DB3A 2P5OA 3OJSA 4I2PA 5HLFA 1C0GA 3LP1A 3CPWM 4J2EA 3OS0A 2GX9A 4CW7B 3VESA 2FXUA 5H1SQ 3QIPA 3G25A 2UUBK 4FPBA 4CK1A 1T3VA 2W6KA 4DTJA 3KTQA 1C1BA 4PUOA 3O9RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PX6 A;  1X1P A;  3E66 A;  1NU0 A;  3B6P A;  4NCA A;  1GLE G;  3PSF A;  2QXF A;  3HL8 A;  3ZYY X;  3F73 A;  4FJX A;  2GBZ A;  3TAE A;  3VQA A;  3AO4 A;  5AFU H;  4LY7 A;  4FLY A;  5M1K A;  3VQ5 A;  3CC2 N;  4FJM A;  1ILY A;  4ISG A;  2ZGZ A;  3AO5 A;  3SUP A;  5EX5 A;  3WUH A;  3OTO K;  3AA4 A;  2KTQ A;  3I0S A;  1KAY A;  2E8A A;  1NGG A;  1U47 A;  3CD6 N;  3SV3 A;  3AV9 A;  5MLC Q;  4DKW A;  3SUQ A;  3HK2 A;  1JCF A;  5JLH A;  3SUN A;  3C6H A;  1DTT A;  4OKJ A;  5SWM A;  1QQO A;  3SNN A;  1NJI O;  2BTF A;  1W2B M;  3OS2 A;  3DRP A;  1MU2 A;  5AQP A;  4PHT X;  4Z94 A;  4H5W A;  4BR4 A;  2W40 A;  3S3M A;  4GKJ K;  1G15 A;  3AVI A;  4DU1 A;  4MQ3 A;  3V81 A;  1LOT B;  3THW B;  3THX B;  4IOA L;  1NMD A;  2RN2 A;  3EO3 A;  4BE1 A;  4CHN A;  2QWP A;  4CZG A;  1N34 K;  3AGR A;  2HHV A;  4H03 B;  3QNN A;  4CJE A;  4FLV A;  4B1W B;  5GIP A;  4DF8 A;  4DTP A;  3CCL N;  4PY5 A;  3THY A;  2FBX A;  3D2E B;  4FCY A;  4FJK A;  1ESV A;  1RDD A;  2F7T A;  4FW1 A;  5DK5 A;  4FSV A;  3LM2 A;  4CJQ A;  4DUY K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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