4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
b'DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 Integrase
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/inhibitor
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
4CIGA 4M3RA 3ITHA 3SQ4A 4M42A 4AHSA 2VWJA 1Y97A 2ATQA 1U4BA 1J5OA 4B9SA 3OS2A 3SPZA 4NCGA 2HB5A 1RTJA 2Q3SA 1WSGA 1X1PA 1KVCA 2VWKA 3P1GA 5E41A 2G8WA 3OYGA 3TAQA 5JS1A 3DYAA 2P51A 3L2WA 3AV9A 4HUEA 1UWBA 2JLEA 2A1SA 3NF9A 2PYJA 3O4QA 1XC9A 1FXXA 3TAFA 2IOCA 3RRGA 4E7JA 3AVNA 3VQ5A 2D0AA 1BIZA 3WNGA 1JL2A 2D5RA 2VG5A 4IBNA 3ZT4A 1N6QA 4DSLA 2KFZA 3SYZA 3LDSA 4HHTA 5J2MA 1HNIA 1EETA 4AHRA 5SZTA 5I42A 4LD0A 2Y1IA 4CJVA 4KHYA 4H8KA 4C8MA 3ZSWA 3NBPA 1JLBA 1CLQA 3ZSVA 1KLMA 3CG7A 2OYQA 4M3XA 2HHSA 1S6QA 1HPZA 2O4IA 1LAWA 2IS3A 4OKKA 4CHNA 4DG1A 3MXIA 3DRRA 4E7IA 4B9LA 3L8BA 3U3YA 4CJ5A 2OA8A 4KPYA 5D3GA 2KZMA 1G15A 1KFDA 1KCFA 2HNYA 4HTUA 4DSEA 4FZXC 1ZBFA 4CF0A 4DSKA 4EZ9A 2QK9A 2BDPA 4CHYA 1RTIA 4FLYA 4FLVA 1BIUA 3V9SA 2DFEA 3C6TA 4FM1A 1SL0A 1I39A 1TKZA 4ZTFA 4CF2A 4M3UA 3KJVA 1NK8A 3VA3A 1FK9A 4C8OA 4AILC 2QXFA 3TAEA 1A5VA 3SJJA 3DMJA 4AHUA 3KK3A 3VQ4A 4CE9A 2B6AA 3VQDA 1EP4A 1IH7A 3TI0A 1QTMA 4KB1A 1T03A 4DFPA 4NCBA 4ID1A 4L8RB 2X74A 1WLJA 4CFCA 3KLEA 4Z4FA 3AA3A 4KTQA 1RNHA 5KGXA 3HP6A 1L3TA 4CEAA 3OYNA 4CIFA 4F3TA 1WAFA 2RPIA 3CFPA 4CEEA 1IKXA 2WONA 4KTZA 3DLEA 4EP5A 3ALYA 4DTNA 1KFSA 1ZBIA 3OJUA 4YNQA 1CZBA 3QIOA 4PY5A 4CHOA 2HMIA 2RF2A 3PY8A 3SQ2A 1HYSA 1VSEA 1X9WA 3VQEA 2Z1IA 3KK1A 3VN5A 4CJPA 3I8DA 1ITGA 4CJKA 4W5NA 3JSMA 4FCYA 3V9ZA 3PX0A 2FBXA 4KHSA 3OS0A 3ZT1A 1U04A 4FZYA 2LSNA 3V9UA 2F8TA 1WNSA 1TK5A 3V1QA 3CFRA 1X9SA 3TAMA 1EKEA 2GV9A 3ZT3A 3ZSZA 3K5OA 1C1CA 1S9EA 2G8FA 4CECA 4OPKA 3OJSA 3SI6A 3DLKA 1WSFA 2BANA 5DMRA 3WNEA 3QEPA 4FJ5A 4DTJA 4QOZB 1S6PA 3OYIA 4OKJA 1TKDA 2X78A 1QSLA 4PQUA 4ELVA 3M8SA 1ZBUA 1NJXA 4DU4A 3G0ZA 3QNOA 3OYMA 3HVRA 1L3UA 2XY7A 1ASVA 4BDZA 1NJWA 1C6VA 4FM2A 1YT3A 1KTQA 1VSLA 3ZT0A 3LAKA 3MAQA 4RW6A 1S1UA 1RTDA 3RR7A 4NCAA 3LPUA 1QSSA 4DU3A 3DLHA 1RCHA 4CJ3A 3VQCA 3RRHA 1NOZA 1BCOA 3S3MA 3CFOA 4JS5A 1NK5A 1JLQA 5KRSA 3ZT2A 4BDPA 3OYLA 4W5RA 4BACA 3D45A 3IS9A 4FJNA 1BQNA 1WN7A 3AO5A 4RW8A 4KV8A 4I9LA 4CGHA 3KLGA 1D5AA 1RT4A 4F8RA 2DY4A 1TKTA 4CGIA 1QE1A 4CGDA 3OYEA 1L3SA 4B8CA 1DLOA 3TAGA 3CYMA 3MEGA 2GUIA 5I3UA 3SQ1A 4FK2A 3AO1A 3VQ6A 3HXMA 4LY7A 4CF9A 1W9HA 5HLFA 3QESA 4DQQA 4E3SA 4DF8A 3ZSQA 1GOBA 3QERA 4FXDA 4OGCA 4J2DA 5JS2A 4OLAA 1F21A 3AVFA 3AVLA 4GMJB 4CERA 4C8KA 4QCLA 1RDCA 1S5JA 4JRQA 1SUQA 1HMVA 1BHLA 2Z1HA 4O0IA 4PWDA 2HHUA 4FLTA 3V6DA 3O3GA 3M8RA 3RTVA 4KHUA 3NE6A 3LAMA 3KKSA 4N47A 4DFKA 4Z4IA 4ICLA 3LP1A 1TL3A 3QLHA 1VSMA 4B9TA 4BE1A 1J54A 2D0CA 1C0TA 3I0RA 2XHBA 1BGXT 2OZSA 2YHBA 4B3OA 1RILA 4CEFA 2AJQA 4OPJA 3OY9A 4DS4A 3QETA 4DTMA 2XY8A 1T8EA 4CJEA 1KLNA 3T1AA 3VQQA 3OS1A 1JL1A 2G8HA 3NF7A 4QAGA 2RN2A 2F96A 1XHXA 4E7KA 1O1WA 4DTUA 1D8YA 4C8LA 3ZCMA 3NH0A 1J53A 2XY5A 1HQEA 1R0AA 4F2SA 4N56A 1JLEA 3VQBA 3AVGA 4RW7A 3TR8A 4AHTA 3HK2A 1WSEA 1BISA 3HP9A 2ZD1A 4OKEA 2HNZA 2KZZA 1TL1A 1S9GA 4O44A 4RW9A 2P5GA 3RWUA 4F2RA 3MXMA 3DOLA 1LWCA 2E6MA 1XHZA 5C24A 4CJ4A 1K6YA 1U47A 1TAUA 3VQPA 3RMDA 3SQ0A 2O4GA 3DOKA 1C0MA 4DTRA 4FJ9A 1C1AA 2RKIA 1NK6A 5J2PA 1IG9A 4FJKA 4K8XA 4DFJA 3BGRA 2X6SA 4CEBA 3EZ5A 4DQPA 4FJIA 4XIUA 1HYVA 3HT3A 4KB0A 3SV4A 3RMBA 4I7FA 3WNFA 4J2EA 4KO0A 4N76A 3B6PA 3HPGA 4DS5A 2PZSA 4B8AB 1LV5A 1BQMA 1S1VA 4LH5A 4RW4A 3NGIA 3DRPA 2QKKA 3QEIA 2BE2A 2BGGA 4LSLA 2DFHA 3AO4A 1SL2A 1B9FA 4DWIA 4DU1A 2ITGA 3V1OA 4FVMA 3LP3A 2E6LA 4O5BA 1UOCA 3HYFA 3P5JA 3VQ9A 4R5PA 3AVKA 1B92A 3HM9A 4CJSA 4CJLA 4CJTA 1D9FA 1C1BA 5EU7A 1VRTA 3MXJA 3MEDA 3QINA 3K57A 3DM2A 1WSHA 3NFAA 3H08A 1GOAA 1S1XA 4E1MA 4M3WA 2YV0X 3CM6A 4DSFA 3MECA 3B6OA 2G8IA 4UQGA 4M3YA 2YNHA 4Y1CA 4FLWA 5C42A 3KD5E 4CF8A 3L2QA 4AH9A 4O55A 2KQ2A 1VSDA 4CJUA 3IRXA 4Z4HA 2IAJA 4HCCA 2YHAA 2B5JA 4DFMA 4J2AA 1DTQA 1RT2A 1JXBA 4ELTA 2HHXA 2W42A 4FK4A 4E19A 5J2QA 1BCMA 5C25A 1JLAA 1A5WA 1VRUA 4GVMA 4ZTJA 1KRPA 2GBZA 1FKPA 1TGOA 1JLFA 1IKVA 1KVBA 5J2NA 3O4NA 4OVLA 3T3FA 4RG8A 3WNHA 3VQ8A 2P5OA 3DRSA 3TWHA 1NK7A 3NCIA 2FBVA 5CYMA 2D0BA 1N5YA 2FBTA 1JXEA 3HPOA 4HUFA 1WSIA 1MU2A 1Q8IA 4J2BA 3NGYA 4AHVA 2IGIA 3ZSYA 4I2PA 1U45A 2XY6A 1L3VA 1QSYA 5J1EA 4IFYA 4KI6A 1CZ9A 4I2QA 3K58A 3D0PA 3KLHA 3OYBA 4IG0A 3SUOA 4B9UA 4EZ6A 1ZYQA 1IO2A 4BWJA 4FLUA 4DQRA 1SKWA 3OYHA 1RBSA 3ZSOA 4W5QA 4Z4GA 2IDOA 4B9MA 4N41A 1VSKA 3NGZA 3OYCA 3OYKA 1FKOA 3LP2A 4HCBA 4M45A 2HHTA 2DTUA 1LW2A 2PYLA 4F4KA 1TAQA 3S3OA 4FJ7A 4FK0A 1Z26A 4TSXA 4DLEA 3RMAA 3KIOA 1ASUA 1UA0A 1SKRA 3DLRA 4MFBA 4CFAA 4E1NA 4E89A 2HHVA 4JLHA 1U48A 3M8PA 4E7HA 1Q9XA 1RDBA 4FW2A 1W0HA 4E7LA 5CY4A 3V1RA 1KSPA 3K2PA 4M3ZA 4M3TA 4DQIA 4CGGA 4HVJA 1JLGA 3KK2A 1NJZA 1Z25A 1NJYA 1L5UA 2YNIA 3TABA 2EHGA 3VQAA 4DTPA 2WOMA 1JKHA 3HL8A 1RTHA 5FRMA 5FROA 2G8VA 4CHPA 3AVBA 4IG3A 3RMCA 2OPRA 1YVUA 4FLZA 3LANA 2HVHA 4O0JA 4CIEA 3QEXA 1RBRA 3I0SA 5FDLA 4E0DA 4FJ8A 3V4IA 3C6UA 1RT7A 4WE1A 4JS4A 2ZE2A 2VG6A 3L3UA 3ZSRA 4W5TA 3OYJA 2YKNA 1X9MA 4DTSA 2FBYA 4CJFA 2YNFA 3L2VA 3LWMA 3K5LA 4KI4A 1QQCA 3K5MA 4IFVA 3G10A 4DSIA 1UA1A 3HPHA 4CGFA 1TVRA 4LSNA 3AA2A 3O3HA 3C95A 3HSTB 1VK0A 4NYFA 4CHZA 2OPPA 3NDKA 1B9DA 4CJWA 4HUGA 4BWMA 1LWEA 2XO7A 3AA5X 1RBVA 3QNNA 1U49A 3TARA 3ULDA 1GOCA 4Q0BA 5KGWA 4CFBA 3L2RA 3SCXA 3SUPA 3AVMA 4PUOA 1S1TA 1HQUA 4CJRA 1SV5A 5HRPA 1RT5A 3NF6A 3S9HA 4DMNA 4IDKA 4CK2A 1HNVA 5SWMA 3RR8A 3PUFA 2A1RA 1NKCA 3A2FA 4FJGA 3NF8A 4BDYA 4DF4A 2PY5A 3LP0A 1DTTA 3F9KA 2P1JA 3AVAA 3T19A 3KLFA 3K59A 3P83D 5HROA 4CCHA 3QIPA 3CQ8A 2R7YA 3V9XA 4N5SA 4W5OA 2KFNA 4PA1A 1WAJA 1CXUA 2B4JA 4CEOA 3L2UA 1HRHA 1YTAA 3KTQA 4FYDA 5DK5A 1Q9YA 1LWFA 3SZ2A 4CEDA 4KRFA 3PV8A 4B9VA 2Z1GA 4CEQA 3SNNA 1NKEA 5KTQA 1D9DA 1XI1A 1IKWA 4GW6A 4DQSA 5CZ2A 4C8NA 1NK9A 3L3VA 4KHWA 2ZQBA 2ETJA 3LZIA 3PX6A 3IAYA 2YNGA 4DSJA 1BL3A 2JGUA 4H4MA 4CFDA 3SUQA 3OYFA 5HRNA 4OGEA 2HVIA 1LW0A 4AHCA 3TANA 2IC3A 4DLGA 1REVA 3F73A 3OYAA 3HO1A 2KTQA 2G8KA 1CXQA 5KI6A 4FJXA 4FLXA 1NOYA 4MQ3A 1RBUA 3TAPA 2KW4A 3M8QA 4KKOA 4Z4CA 4Q5VA 1VSJA 5HP1A 3ASMA 3K5NA 3VA0A 5HBMA 4BE2A 1WSJA 3UIQA 1SL1A 3SUNA 4DTXA 4DTOA 3PX4A 1TK0A 3LZJA 2OZMA 4FM0A 2F8SA 1JLCA 3U6FA 3NAEA 2Z1JA 1NKBA 1RT6A 3AVIA 1NK0A 4KHQA 3KKRA 1VSIA 1T05A 4CEZA 1C0UA 4JRPA 3OYDA 4ID5A 4ZHRA 1NK4A 4OLBA 3LALA 4NYNA 4CHQA 2HHWA 5K14A 3KD1E 4KREA 3AVHA 3LPTA 4FJLA 2EX3A 1ZBHA 3KLIA 5CZ1A 2FC0A 4Y1DA 4IKFA 2HW3A 5T7BA 4CJQA 4FW1A 3JYTA 3NHGA 3THVA 4Z0UA 1TK8A 4I9QA 3E01A 3O3FA 2OPSA 3DLGA 4O4GA 1TKXA 1VSHA 3ISNC 1VSFA 4M41A 3PO4A 1RT1A 5HRSA 1RBTA 1I3AA 3AVCA 5HRRA 2XRIA 3EYZA 3EY1A 1ASWA 3MEEA 2NUBA 3HJFA 4LH4A 1SKSA 2X6NA 4CK1A 3ZSXA 1IKYA 1BI4B 2OPQA 2E4LA 2DFFA 3AVJA 4FJMA 4FJJA 1RDDA 4OJRA 2Y1JA 3SPYA 3NH2A 2HHQA 4EP4A 4Z4EA 1UAXA 3FFIA 1T7PA 4KTWA 4H4OA 2G8UA 3AO3A 2YKMA 4CF1A 1ZBLA 3DLBA 1BI4A 4CGJA 1XWLA 3VQ7A 1S1WA 3HVTA 3C94A 3OVNA 4YFUA 4KHNA 3BDPA 5KRTA 1EX4A 1HYZA 2HNDA 1J9AA 1EXQA 5CYQA 4CK3A 3QO9A 3LWLA 3V81A 4FJHA 1YTUA 4B9NA 1KVAA 1LAVA 4BE0A 4F3OA 4CESA 1QS4A 4ELUA 3QEWA 3V9WA 3DI6A 3IG1A 2VG7A 2I5JA 3AO2A 3NH1A 1RDAA 4K8ZA 1A5XA 4FZZA 3PO5A 3S3NA 1RT3A 5FRNA 4G1QA 4KFBA 3U3GA 1TV6A 4B08A 2QKBA 3AA4A 3SV3A 1QHTA 1HJRA 3QEVA 4KAZA 3CM5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3RA 3ITHA 3ZETB 2VQEK 1NM1A 4JI4K 3UKUA 2OTJN 4JKBA 2VWKA 1KVCA 3P1GA 3QDKA 3AV9A 1YI2N 4BR2A 2A1SA 4DR1K 1FXXA 3TAFA 3VQ5A 3WNGA 1NG9A 2D5RA 4DSLA 2GX9A 5LMNK 3VGMA 3SYZA 4XH4A 3HBTA 4HHTA 1EETA 4H0VB 3CPEA 4C8MA 2NRVA 2WC9A 1JLBA 4X65K 3ZSVA 1KLMA 2HHSA 2VQFK 4OKKA 4NXMK 4CHNA 4DG1A 4B9LA 3DRRA 4E7IA 1K8AO 3U3YA 4BREA 1KFDA 4BR7A 1KCFA 4FWOA 2KZMA 4BGBA 2D1KA 3DXMA 3P39A 4FLVA 1BIUA 1GLCG 2D4WA 1BA0A 1I39A 2F4VK 3CCSN 2QWNA 4C8OA 3CCVN 1RDUA 1QVFM 3KK3A 3CCQN 2B6AA 3VENA 4ID1A 4MDBA 3CF5L 3CCRN 1WLJA 4DR6K 3AA3A 4B3SK 4OO1J 4BR5A 4CEAA 3OYNA 4YOUA 1WAFA 3AAQA 2WONA 4EP5A 3DLEA 2E2OA 2ASMA 3OJUA 3QIOA 4CHOA 3SAHA 3SQ2A 1X9WA 2FXUA 3I8DA 4B1WB 3PX0A 4JHDA 3OS0A 1NMDA 4FZYA 2LSNA 3GDQA 4BQZA 4CJ7A 4EIAA 4DV1K 2GV9A 4M63C 1C1CA 2D0PA 4CECA 4RWTA 4YORA 4FJ5A 4K25A 4LFCK 4QOZB 3ULEB 1TKDA 4PQUA 3QNOA 3OYMA 1L3UA 1ASVA 3CIPA 1C6VA 1KTQA 5AQJA 4NCAA 1RTDA 2P9SA 3DLHA 1Y64A 3AAPA 2HMPA 3NVMA 3RRHA 3CCMN 4JI3K 4JS5A 1JLQA 3D45A 3IS9A 3SMSA 4I9LA 2WFBA 4YOVA 2A5XA 1TKTA 1QE1A 1BOTO 3OYEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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