4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
4FK4A 4CF2A 4N47A 3KK1A 3TANA 3NGZA 1NOYA 1Q8IA 4Z0UA 4CERA 3V9ZA 2RPIA 4FJHA 1B92A 4PQUA 1VRUA 1BQMA 4RW8A 4HHTA 5KI6A 2OPQA 3IRXA 4O0IA 3K59A 1VSFA 5HRNA 1SKRA 3SUNA 5D3GA 3SI6A 3O4QA 1S1UA 1S1VA 2HB5A 3F9KA 1TK0A 2HHUA 4B3OA 1LW0A 1RTHA 5C24A 2OYQA 4CJQA 1IG9A 1JLAA 4M3UA 2P5GA 4FVMA 4W5QA 4FJ8A 1VK0A 1EETA 1JLFA 3KLHA 2OPSA 1RDAA 2KZMA 3ISNC 1RDCA 3NH2A 3HL8A 2W42A 1NOZA 4DTNA 5I42A 3V9XA 2QKKA 3B6OA 1WSHA 4NYFA 4M41A 4FJKA 2IDOA 3KKRA 4CGIA 4K8ZA 1ZBIA 4KRFA 2VG5A 1RT5A 3AO3A 3P5JA 5CYMA 3KJVA 1S9GA 1LAVA 2D5RA 3ZSZA 3OY9A 4N5SA 1EXQA 3AVKA 3CFPA 4E7JA 2A1RA 1D9FA 2DFEA 3G0ZA 1S6PA 5EU7A 3KK3A 1UWBA 5J1EA 3ZSRA 3TWHA 3RMAA 4CCHA 2ITGA 3KIOA 4CJTA 1X9SA 4FJLA 2G8HA 3PUFA 5DMRA 4CGHA 2KFNA 1JXBA 3OS0A 1C0MA 2YKMA 3QNOA 3ZT2A 2B4JA 4DQIA 1NKEA 4C8LA 3AVCA 4CJSA 1ASWA 3VQAA 4DU3A 3PX0A 1RBTA 4KI4A 2BE2A 3P1GA 4OGCA 4DQSA 4KREA 3RWUA 3S3NA 1TK8A 4CJ5A 3SQ1A 4O4GA 4KI6A 4C8NA 4O0JA 2G8UA 3LAMA 3VQPA 4CF8A 1D8YA 3SJJA 4Z4CA 4JS5A 3KLFA 1A5VA 4J2AA 2RKIA 3LP3A 4BE1A 3U6FA 4FLXA 1S6QA 2Y1JA 1HMVA 4CF9A 3MXMA 4L8RB 5J2NA 1VSLA 3AO2A 2DFHA 3V1OA 1HQUA 1RBVA 3HP9A 3ZCMA 4E7KA 4AHSA 4KHYA 1GOCA 2RF2A 3HP6A 5J2PA 3LP1A 1U48A 1KLMA 4KHSA 4HCCA 1RT3A 2F96A 1J54A 3SUPA 3O4NA 3QNNA 1EP4A 1FKPA 2PY5A 3PO4A 4FJGA 3OYJA 1U49A 1YTAA 4Q0BA 1BIUA 4DSIA 3LDSA 3TARA 1HYVA 3O3GA 1ZYQA 4C8KA 4Z4IA 1HNVA 4B8AB 2BDPA 2IC3A 2BGGA 1ZBLA 4RW6A 4FW2A 3LP0A 4CIEA 1NJZA 2PYJA 4RW4A 3LZIA 3DLKA 3KLGA 4HTUA 2Z1HA 1CZBA 1U4BA 5FROA 3TI0A 3VQ4A 3DLHA 3MAQA 3DRSA 2GUIA 4FZYA 4J2DA 4XIUA 2XHBA 3DMJA 4E7HA 2OPRA 3L2WA 1T05A 3OYBA 4ZHRA 2ZE2A 3D0PA 2O4GA 3AV9A 1RBUA 3QETA 1CLQA 4ELVA 2VG6A 2X6SA 3I0SA 1NK7A 2XY8A 1ZBFA 3OVNA 1IKVA 4IG0A 3DLEA 1KFDA 3V9WA 1TAUA 4CEEA 3RR8A 3I8DA 1UAXA 3V1QA 1KVBA 4DTSA 3DRRA 4DTOA 3NH0A 1XHZA 2JLEA 4NYNA 4KHNA 1TL3A 2ETJA 3JYTA 3AVGA 3EZ5A 4HUFA 4F2SA 1MU2A 4B9SA 3ULDA 1HRHA 3HPHA 4MFBA 4DQRA 4J2BA 4RW7A 1RDBA 4FLUA 4BWJA 2F8TA 1U45A 2AJQA 3F73A 4B9LA 4NCGA 5JS2A 3OYEA 4DU1A 2KZZA 4CGDA 3V1RA 4OLBA 5HRSA 3AO4A 2OZMA 3AA3A 4CJRA 2YNFA 3DLGA 3NF8A 1NKBA 3CYMA 4CJPA 3RRGA 4J2EA 4CHOA 1XI1A 3AA5X 1CXQA 4WE1A 4M3XA 5FRNA 1Y97A 3AA2A 4CHZA 3QEVA 4F3OA 4DF8A 3QEXA 1IKXA 3AVBA 4LSLA 3ZT4A 4AHRA 1VSJA 3OYIA 3LAKA 4H8KA 2X78A 4AHTA 3DM2A 1FKOA 5SWMA 4KTZA 2IGIA 2HHQA 4IFYA 4DFMA 4Z4FA 3VQ9A 3NGIA 1LW2A 1IKYA 4H4MA 1I3AA 4O5BA 3TR8A 4E19A 2B6AA 4GW6A 1WNSA 3ITHA 4ID1A 2ZQBA 4CEOA 4GVMA 1U47A 3NF7A 3LP2A 4E7IA 3QERA 1HYSA 3RMDA 4B9UA 4I2PA 2YNGA 3S3OA 3OYKA 1W0HA 4FM1A 4OKEA 3AVLA 3SQ0A 3THVA 4LD0A 3KLEA 3QLHA 2YV0X 1JKHA 3DOLA 4G1QA 3WNHA 3SQ2A 4O55A 2DTUA 1WAJA 1TKDA 2F8SA 4HUGA 1BI4B 1J9AA 4YFUA 3OYGA 4FJMA 1KSPA 1JXEA 3A2FA 3VQEA 1EKEA 1HJRA 4FCYA 5KRTA 4HUEA 4M3RA 3MEGA 4PWDA 4CHPA 4DG1A 2FBTA 4DSFA 3M8QA 2E6LA 3ZSQA 4CFBA 1G15A 3SYZA 4BE2A 1QSSA 5FRMA 4W5NA 4O44A 2WONA 1W9HA 1QSYA 3K58A 4N76A 3C6TA 2B5JA 2FBXA 4F3TA 2HNYA 3LPUA 4BE0A 2P1JA 1DTQA 5DK5A 4CFCA 4F8RA 1BGXT 3QESA 3PX6A 4OJRA 2BANA 2RN2A 3V6DA 2I5JA 3AVNA 5J2QA 4KV8A 1NK8A 1R0AA 1UA1A 3AVJA 4CE9A 3OJUA 2G8WA 4JLHA 3CFOA 3QIOA 4ICLA 3O3FA 3HO1A 1WAFA 4BDZA 4CHQA 4QOZB 5HP1A 4F4KA 1VSDA 3WNGA 5KRSA 3ZSXA 4NCBA 3L3VA 3ZSYA 3I0RA 3MXIA 4OKJA 1O1WA 3DLRA 2NUBA 3ZSVA 2R7YA 1B9FA 3SQ4A 1SL1A 3PY8A 4CEZA 4QCLA 3K5NA 3SUOA 2PYLA 1BIZA 4IBNA 4FM2A 3VA0A 2E6MA 3NDKA 3MEDA 4DQPA 1S5JA 5FDLA 3SCXA 1NK9A 4CEQA 3TAPA 3L2UA 1CZ9A 3AA4A 2XY6A 3H08A 4CHYA 4Z4HA 3OYAA 2IS3A 4BACA 4EP4A 4LY7A 4OPKA 2Y1IA 1RT1A 1NKCA 3KD5E 4DSJA 3HPGA 3VQ6A 4B9VA 4CJ4A 1D9DA 3NGYA 3FFIA 1BISA 4PY5A 2XO7A 4DFKA 2GBZA 1RCHA 5SZTA 3HXMA 1QHTA 4LH5A 4IG3A 4I9QA 2O4IA 2DY4A 4CJWA 3PV8A 2EHGA 3AVHA 3OYCA 5KGXA 1NK0A 4FJ9A 4DU4A 4DTJA 3TAQA 1Z26A 4ZTJA 1SL0A 4PUOA 1REVA 1XHXA 2D0BA 4FJ5A 4FXDA 1TKZA 3VQ7A 2HHWA 3CG7A 4DQQA 3OS2A 2P5OA 1DTTA 3M8PA 4KFBA 4TSXA 1TV6A 1X9WA 3BGRA 4AHCA 4F2RA 1HQEA 1VRTA 3AVMA 4CIGA 4CIFA 1L3TA 4Y1CA 1NJWA 4N41A 4M3ZA 3C95A 4ID5A 3HYFA 4B8CA 4DFJA 1SKSA 3ZT3A 3KK2A 3EY1A 2ATQA 1XWLA 4LSNA 4FLYA 1UA0A 3C94A 2KQ2A 4R5PA 1SUQA 4M3TA 1BCMA 3T19A 4NCAA 4FLVA 3UIQA 1QQCA 1S1XA 2YKNA 4JS4A 4EZ6A 1IKWA 3MECA 3LWLA 4RG8A 1BCOA 4CF1A 4E1MA 3IG1A 4DTPA 4KHUA 1BI4A 2HNZA 4B08A 1YTUA 4DSLA 1S9EA 2JGUA 3S9HA 2Z1IA 4FK0A 2HHTA 2EX3A 1KVAA 3AVFA 4KO0A 4OPJA 3V9UA 1D5AA 2FBVA 1BL3A 3KLIA 5HRRA 3T1AA 1L3SA 2PZSA 4H4OA 4KHWA 4E3SA 4FZXC 3WNFA 1ASUA 3CM5A 1LWEA 4EP5A 3DI6A 4CHNA 3NCIA 1L5UA 2VWJA 3EYZA 4AH9A 1X9MA 4DSEA 4KTQA 4I2QA 1C0UA 4FJ7A 2X74A 3OS1A 4CK2A 2XY5A 3V9SA 1WSFA 3VN5A 1NK5A 1LWCA 4B9NA 3HPOA 1QE1A 4OKKA 4E89A 2HMIA 2VWKA 1QSLA 2A1SA 4JRQA 3TAFA 1S1TA 2WOMA 4AHVA 2HVHA 1I39A 3RMCA 1C6VA 1RT4A 2KTQA 1KVCA 1VSEA 2YHBA 1T7PA 2G8IA 3HM9A 2QXFA 1YVUA 4W5RA 3NHGA 2OPPA 2G8KA 3KTQA 3L2RA 2Z1JA 5J2MA 3PX4A 1GOBA 1RTDA 4N56A 4W5TA 1CXUA 1VSIA 3TAMA 4DTXA 2IOCA 3V81A 4K8XA 1HPZA 1SV5A 1FK9A 2G8VA 4C8OA 1C1AA 4B9MA 3D45A 1T03A 3U3GA 4DFPA 4CEFA 3PO5A 1LAWA 3SV4A 4KPYA 1TVRA 1WSGA 3TAGA 1Z25A 1J53A 4CJ3A 1NJYA 5K14A 3LALA 4HVJA 3C6UA 2Z1GA 3QEWA 2D0CA 3AO5A 1ASVA 1N5YA 1C1BA 1VSHA 3AVIA 5CZ1A 4CGFA 3ZT0A 4CGJA 2YNHA 1RT2A 3K57A 3QINA 4E7LA 2DFFA 1B9DA 4CGGA 3RMBA 3BDPA 1GOAA 3ZSWA 5HRPA 4Z4EA 3JSMA 3CFRA 5T7BA 4KKOA 4FM0A 3NE6A 1ITGA 3K5OA 4OVLA 1JLCA 3WNEA 3HSTB 4GMJB 3L2VA 2OA8A 3DYAA 4CECA 3SUQA 4W5OA 1SL2A 1SKWA 1A5XA 1NK4A 1LV5A 1RDDA 2P51A 1LWFA 2VG7A 3L8BA 1KCFA 4FLWA 4CJEA 3OYNA 4FJJA 3LANA 4DLGA 3NAEA 4CK1A 1RILA 1RT7A 2IAJA 3OJSA 4C8MA 4FJXA 2KW4A 3RRHA 5E41A 3SPYA 1WSEA 4I7FA 1RT6A 2YNIA 1L3VA 3VQ8A 4FZZA 5C25A 3MXJA 1J5OA 1F21A 3B6PA 1IH7A 3OYFA 1X1PA 1RNHA 4DS4A 1TGOA 1JLQA 3VQCA 4BDPA 3L2QA 3HT3A 4ZTFA 3HVTA 3NF6A 1WSJA 4PA1A 1YT3A 2Q3SA 1UOCA 4BWMA 1EX4A 1QS4A 2D0AA 1KLNA 1U04A 3OYMA 2FC0A 5HLFA 2HHVA 5CYQA 1RTJA 4UQGA 4MQ3A 3OYHA 1C0TA 1RBRA 3NBPA 4CJFA 4CFAA 4CJLA 3S3MA 5HROA 5JS1A 4JRPA 1IO2A 3HVRA 1JL2A 2E4LA 4CJKA 4B9TA 4DLEA 3OYLA 3NH1A 3K5LA 3IAYA 3LWMA 3VQDA 4DS5A 4DMNA 3HK2A 4FJIA 1T8EA 3M8SA 1Q9XA 2FBYA 3P83D 2G8FA 1VSMA 4DSKA 3QO9A 4IFVA 5CZ2A 1XC9A 3VQQA 3VQ5A 1Q9YA 3DLBA 3AO1A 1TAQA 3HJFA 4Q5VA 4KTWA 2ZD1A 4OGEA 3K2PA 4BDYA 3QEPA 2HVIA 4ELTA 4I9LA 4RW9A 4CK3A 1RTIA 3T3FA 3O3HA 1TL1A 3SV3A 1K6YA 4KB1A 3SZ2A 3E01A 5KGWA 2GV9A 4CF0A 4ELUA 4CEDA 3QEIA 4KB0A 4KHQA 3SNNA 1JLEA 4M45A 4HCBA 1DLOA 1KTQA 1WN7A 3RR7A 3VQBA 3OYDA 1NK6A 1JL1A 4M3YA 1L3UA 2QKBA 4Z4GA 3DOKA 4FLZA 1KFSA 4YNQA 4AHUA 3K5MA 1N6QA 1ZBHA 2KFZA 3L3UA 1S1WA 4DF4A 1WSIA 4FW1A 3KKSA 2HNDA 4IDKA 3G10A 1BHLA 3ASMA 5C42A 3VA3A 3NF9A 1HYZA 4AILC 4QAGA 4OLAA 1WLJA 3U3YA 3LPTA 1TK5A 2HHSA 3DRPA 2OZSA 1TKXA 4CJVA 1JLBA 4FJNA 1VSKA 3CQ8A 1QTMA 4FLTA 1ZBUA 2LSNA 3ZT1A 4DTUA 4FYDA 3CM6A 4CEBA 2YHAA 2XY7A 3LZJA 4M42A 1JLGA 4CESA 4Y1DA 1KRPA 5KTQA 3V4IA 4DWIA 4DTRA 5HBMA 3RTVA 1C1CA 4M3WA 1HNIA 5I3UA 4LH4A 3ZSOA 1TKTA 4E0DA 5CY4A 4E1NA 4FK2A 2XRIA 3ALYA 3TAEA 3SPZA 4DTMA 1RBSA 2X6NA 1FXXA 4EZ9A 2HHXA 4CEAA 4CFDA 2QK9A 4IKFA 1NJXA 3TABA 3QIPA 3M8RA 2HW3A 1BQNA 3AVAA 3KD1E 4KAZA 3MEEA 3NFAA 4CJUA 1A5WA 3IS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK4A 3KK1A 4FVUA 1NGEA 2E2OA 3V9ZA 3O9QA 1KD1O 1B92A 2VGMA 1VRUA 1BQMA 5KI6A 1VSFA 3SUNA 2YJEA 4DCHA 4CZIA 3DJCA 1BDGA 5C24A 3CJBA 3KLHA 2HOEA 2GX9A 1RDCA 3HL8A 4H0PA 3V9XA 4M41A 4IO8A 2IDOA 1ZBIA 4K8ZA 3U4LA 4RTFD 4H0XB 3LL3A 3VMFB 2E2PA 4N5SA 2A1RA 5EU7A 3G0ZA 1S6PA 3JS6A 4G9ZA 1YJWN 1K8KA 4H5VA 3ZSRA 2ITGA 2G8HA 4U67L 1JXBA 1C0MA 2QWPA 4C8LA 3PX0A 5LJVA 1RBTA 3FR0A 3P1GA 3CHWA 4IEEA 3WXKA 4JKBA 2VYPA 3CCLN 2QWNA 4C8NA 3KK7A 2BH1A 3P39A 4LFAK 2RKIA 4BE1A 4FLXA 1HMVA 4CF9A 1VSLA 2RHKA 3C6AA 5AQRA 5MLCQ 3AO2A 2DFHA 4M7XA 3DXMB 3K9JA 2RF2A 5J2PA 1U48A 2O8EA 1J54A 2Q0RA 3QNNA 1EP4A 3SAHA 3VTIA 1U49A 2F9WA 1BIUA 3LDSA 4KHPK 3O3GA 2EWSA 4WQ5C 4BQZA 4RW6A 1YHQN 2PYJA 4JNEA 4RW4A 4HTUA 1CZBA 1U4BA 5FROA 3MAQA 3A5NC 3QBXA 1ATSA 3DRSA 1J5EK 4BRIA 3BZCA 2OPRA 1T05A 3OYBA 4ISEA 2ZE2A 3D0PA 1RBUA 1ZBFA 4BR9A 5F0XA 1T44A 2RE2A 3NVMA 3HSCA 1U2VB 3I8DA 1UAXA 4YOUA 3NH0A 1NGGA 3ZETB 3JYTA 3AVGA 1VQ7N 3CMAN 3HPHA 4MFBA 4J2BA 4JK7A 3VENA 1K9MO 1HLUA 1KAZA 1TYQB 1VHXA 4DU1A 2KZZA 2CGLA 4CGDA 4OLBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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