4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 Integrase
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/inhibitor
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
2PYLA 3V9XA 3KD5E 1TKTA 1W9HA 2DFEA 4CJSA 2HHWA 4FJMA 1RT6A 3DLGA 4KV8A 4HCCA 3AO4A 1VSIA 3HPHA 3HM9A 2EX3A 4RW8A 3O3HA 1RDCA 1RT1A 2IGIA 3CFPA 1KVCA 3AVKA 3QO9A 4DSFA 1X1PA 4AILC 1C0TA 3ZSXA 3SI6A 2HNDA 4RW6A 1RBTA 3OYBA 3OYDA 2ZE2A 2FBTA 3I0RA 4KKOA 4FCYA 4CHYA 1WAJA 1LV5A 1JKHA 1CXQA 1KVBA 1HJRA 1TL1A 1XC9A 4FXDA 2Y1JA 1VSEA 1ASWA 3CM5A 1QS4A 3NF8A 3B6OA 4AHRA 3V9ZA 2I5JA 4FLVA 4KB0A 3DRSA 2WOMA 1J53A 4OGEA 1SKRA 3PY8A 4WE1A 3V1RA 4DTXA 2YNGA 4I2QA 4PQUA 3SUQA 4CEZA 3LDSA 1WSGA 4DSIA 4FJ5A 2E6LA 4DU3A 4J2DA 4CFBA 3DLHA 4ZHRA 2B6AA 1R0AA 3SV4A 3G0ZA 5HBMA 4KHYA 1C0MA 3S3NA 1BISA 1NKCA 3OYFA 1NOYA 4PUOA 4M3RA 1ZBIA 2YV0X 4C8KA 4NCBA 3OYIA 1TK0A 1WN7A 3NE6A 1ASVA 3CM6A 4I9LA 3LAKA 2VWJA 4E7HA 3LP2A 3SYZA 4DTOA 1X9SA 1NKBA 4M3XA 2IDOA 5J2NA 1CLQA 3V9UA 1XWLA 3K57A 2BE2A 3ZT2A 3SQ4A 1T03A 3VQEA 3U6FA 4M42A 1BI4B 3HPGA 3ITHA 4Z4CA 3KLGA 4Z4GA 3V9WA 3VQ7A 4QCLA 2XY8A 1VRTA 4N47A 3TANA 4J2BA 2YHAA 3DRRA 3VA3A 3QNNA 4FK0A 4CJ3A 4OPKA 1ZBUA 4CJLA 4ID5A 4DTRA 4OKJA 4CERA 2OA8A 4L8RB 3ALYA 4KHQA 2JLEA 3M8RA 2PZSA 4CEQA 1TGOA 2GUIA 1WAFA 4N5SA 4E3SA 1ZBHA 4CCHA 1UA1A 1U48A 3O4QA 1RT2A 1JLCA 4AHVA 1QQCA 4BWJA 3T3FA 3AA2A 1WSFA 4FYDA 3O3GA 2RKIA 1B9DA 4CESA 4BWMA 3QEVA 3HVTA 4DLEA 1IG9A 3T1AA 3ZSZA 1Y97A 3OYGA 4O4GA 4O5BA 1BCOA 1TVRA 4O0JA 1HMVA 1RT5A 1J5OA 4CEBA 1ZBFA 3AVNA 4ICLA 3RMAA 4AHSA 4LY7A 2RPIA 1HPZA 4CEDA 4RG8A 1L5UA 2Z1GA 3QIOA 3NAEA 5KRSA 1L3VA 4RW9A 2P51A 2D0CA 3MEGA 3F73A 4CJ5A 1JLEA 4O0IA 4LSNA 4CIEA 3LAMA 5I3UA 2P1JA 4EP5A 2O4GA 4CJPA 4CFDA 4NCGA 2XO7A 3K5LA 4KTQA 4JRPA 1TKZA 4RW4A 1DTTA 1RBVA 3V1QA 3HXMA 4F4KA 5EU7A 2BDPA 2E6MA 3L3UA 4DFKA 3QERA 3TAQA 1WSHA 2G8UA 3TR8A 4KO0A 4N56A 1B9FA 4M3TA 3MXJA 3NH0A 1EETA 5C25A 4DQSA 4DTUA 2G8FA 3NBPA 3KIOA 4AH9A 4OLAA 3DRPA 4CJKA 1DLOA 1U45A 1D9DA 2XHBA 4KTZA 3TABA 2Z1HA 3UIQA 1KLMA 3I0SA 1IKXA 1JLAA 3MEDA 3EZ5A 1RILA 3OYCA 1GOAA 2XY5A 4QOZB 1Q8IA 4CGFA 1NJYA 3U3YA 4FJXA 3AVLA 2YNIA 2D0BA 3AA4A 2HMIA 4IG3A 5CZ2A 4Z4FA 1HYSA 1KVAA 4ELVA 1RDAA 3CFOA 1G15A 4CF9A 4CHOA 3OS2A 1LAVA 1D8YA 1S9GA 3WNGA 3ZSOA 1VSLA 1QTMA 4KPYA 1J54A 1WSIA 4KHWA 3QIPA 2DY4A 4DMNA 3K5OA 4PY5A 4HCBA 5CYQA 3OVNA 4FW1A 1S6PA 3L8BA 4C8LA 4J2AA 2YKNA 4CK2A 4MFBA 5D3GA 1LWFA 3QNOA 1YTAA 2XRIA 4JS5A 4HUGA 4CGIA 4G1QA 1BIZA 3SPZA 3RMDA 5K14A 3KLHA 1RBRA 3K2PA 3CYMA 1LWCA 5E41A 3CG7A 3LWMA 1KFSA 4MQ3A 1MU2A 4DU1A 1IKWA 2FC0A 3RRHA 2IOCA 4JS4A 1RTIA 2FBVA 1NK6A 2YNFA 1I39A 4HTUA 1UAXA 3C94A 4JLHA 5J1EA 1RNHA 1NK0A 4FJIA 4LSLA 1HRHA 3K5NA 3NDKA 3PV8A 1C6VA 1BIUA 3T19A 3VQ5A 4FK4A 3LZIA 4EZ6A 1SKSA 4W5QA 3OS0A 3OYHA 4CGGA 1KTQA 5J2MA 3RRGA 2OZMA 4KREA 1VSDA 1L3SA 3VQCA 4CEAA 3P83D 3ZSYA 4FJLA 1REVA 4KHNA 3IRXA 4CF0A 1XI1A 5SWMA 1JL1A 4E7IA 1FKOA 2IC3A 3OJSA 3K5MA 4JRQA 3NGIA 4CJUA 4BDYA 3AVBA 5J2QA 4CIFA 2G8VA 4ELUA 2YHBA 4NYFA 3VA0A 4O44A 4CE9A 3AO1A 4B8CA 2F8TA 3PX6A 1RTDA 4CHNA 1KCFA 4LH5A 4QAGA 4FZXC 3SJJA 3SNNA 1D9FA 1ITGA 3RMBA 1QSSA 4CGJA 1HNIA 3LP0A 2QK9A 1QSYA 2W42A 3ZT1A 3OJUA 1WSJA 3AO2A 3AO5A 4BE0A 3C6TA 4CF2A 2NUBA 1NK9A 4DS4A 3KKRA 4EP4A 3OYJA 2OZSA 5JS1A 1DTQA 1BGXT 3OYAA 3DMJA 4F2SA 1T05A 2Z1JA 1C1CA 3DLRA 2R7YA 5SZTA 3ZT0A 1GOBA 3CFRA 3AVHA 1NK5A 3NF9A 3O3FA 3ZSRA 1UOCA 4W5TA 1ZBLA 4N76A 3ZSWA 1FKPA 2F8SA 1VK0A 3OYLA 3TAEA 1TK8A 3OS1A 4B9TA 3MEEA 2ZQBA 3AV9A 1KFDA 3NCIA 5CZ1A 3AVJA 3DLEA 2OPRA 2F96A 3VQ4A 3AVIA 4PA1A 4UQGA 1LWEA 4DQIA 4B08A 3H08A 3ZSVA 3MECA 1QHTA 2IAJA 4Q5VA 4M45A 2OYQA 1CXUA 1X9MA 4OVLA 2HHUA 3QEPA 3DLKA 4OKEA 4DF4A 1N5YA 1VSJA 3L3VA 4DTMA 4DTJA 3E01A 4B9VA 1NJZA 3U3GA 4M3UA 3HK2A 2KZMA 4KI6A 2BGGA 4FLXA 4E89A 1TL3A 2VG6A 2HNYA 3TAGA 4DF8A 3SUNA 1Q9XA 4DSLA 3VQBA 4Z4HA 4ZTFA 1JLQA 4I9QA 3DOKA 3QETA 1UA0A 3ZSQA 3DYAA 4CJTA 3L2QA 4W5RA 2KFNA 2KFZA 1WNSA 3C6UA 1VSMA 2FBXA 3LWLA 4ZTJA 4CGHA 3NH1A 2G8IA 2KQ2A 5CYMA 1VRUA 5T7BA 4FLYA 1VSHA 4CJEA 1TKXA 4E1MA 3SV3A 1SL2A 1K6YA 4HHTA 3L2VA 3WNHA 3HPOA 2PYJA 3QEIA 2KTQA 2HW3A 3QEWA 4E0DA 1T7PA 4CJRA 4CECA 3NH2A 3NFAA 4FJJA 1FXXA 1NK4A 1C1AA 4XIUA 1IH7A 1IO2A 1LW2A 1SKWA 4CJWA 4DFMA 3AVCA 1N6QA 3KK2A 4CF8A 3V81A 2P5GA 1WSEA 1NJXA 4AHUA 1TKDA 1NKEA 2Z1IA 3AO3A 3MAQA 3QESA 5HRRA 4FJNA 4DTPA 3PUFA 1LAWA 1TV6A 3BDPA 3G10A 4I2PA 4IDKA 1ASUA 1SL1A 1S1WA 1RCHA 1S5JA 3D45A 3VQQA 3DM2A 3ULDA 4FZYA 4W5NA 4FLUA 4B9SA 5CY4A 3KK3A 3K59A 4FM1A 2QXFA 2OPPA 1L3UA 2RN2A 4IFVA 1HYVA 3IG1A 4RW7A 1EX4A 1RT4A 2GV9A 5HROA 3LP1A 3L2RA 4KRFA 3BGRA 3VQDA 2X6NA 4KTWA 3PX0A 1BQMA 4LD0A 4F3TA 1S9EA 4CEFA 2GBZA 1VSFA 3M8PA 3LALA 3TAFA 4F2RA 4CK3A 1SL0A 3KK1A 4K8XA 2RF2A 3NF7A 3PX4A 3LPUA 4DQQA 4B9NA 4M41A 1XHXA 1SV5A 4DQPA 4GMJB 1YVUA 3TARA 1YT3A 4GW6A 4NCAA 2P5OA 4E7KA 1GOCA 2OPSA 2DTUA 4DQRA 1BQNA 4Y1CA 4F3OA 3HT3A 5C24A 4BDPA 3MXMA 1HYZA 3L2UA 3AVAA 1U47A 1XHZA 3V9SA 4BE1A 3THVA 2EHGA 3SUPA 4H8KA 3HL8A 1NJWA 2XY6A 2G8HA 3RR8A 1U04A 4KAZA 3M8QA 2D5RA 2HHVA 1UWBA 1QE1A 4FVMA 4FJ7A 3B6PA 3VN5A 4DWIA 3HSTB 3S9HA 4CIGA 4BACA 4B8AB 4Z4IA 1ZYQA 4N41A 2X6SA 2ATQA 1L3TA 4Z4EA 4FJ8A 4M3WA 4AHTA 5DK5A 1U4BA 1YTUA 2VG5A 3HP9A 4KFBA 3HO1A 1S1XA 3NGYA 4DTNA 2QKBA 5FRMA 2ITGA 1W0HA 3L2WA 1BI4A 2D0AA 3PO4A 4C8OA 1JLGA 3SUOA 1RBUA 4AHCA 1BCMA 1LW0A 1NK8A 2KZZA 1CZ9A 5FROA 3SZ2A 2O4IA 2AJQA 1HNVA 3KLEA 2IS3A 3KJVA 3TAMA 4B9LA 4HVJA 3EY1A 3D0PA 3IAYA 4FK2A 2Y1IA 2HHSA 1HQEA 1A5VA 4FM0A 2B5JA 3C95A 3KTQA 3ASMA 2DFFA 3SCXA 4CHQA 3QLHA 2LSNA 3OY9A 3LP3A 1A5WA 3VQAA 3OYEA 4O55A 3ISNC 1BL3A 3QINA 5FDLA 4DSJA 3NF6A 4FW2A 2VG7A 3O4NA 3VQPA 3HP6A 3ZCMA 4CJVA 3HVRA 1S6QA 1Z25A 1BHLA 4E7JA 3NHGA 4DFJA 4KI4A 4CHPA 4I7FA 3AVMA 5KGXA 3CQ8A 2X78A 3F9KA 4HUEA 3V4IA 4E1NA 4DS5A 3V6DA 5FRNA 4DU4A 1WLJA 3P5JA 4ID1A 4CF1A 2G8KA 3AVGA 4CEEA 4CHZA 4M3YA 4IBNA 2Q3SA 3AVFA 2XY7A 1C0UA 4FM2A 1HQUA 4KB1A 1S1TA 3MXIA 1B92A 3LPTA 2FBYA 2WONA 3S3MA 2B4JA 4DSEA 4YNQA 4DSKA 1SUQA 4LH4A 2A1RA 1EP4A 1TAUA 2HHQA 3NGZA 5DMRA 3TWHA 4KHSA 3EYZA 1NK7A 1EKEA 2HHXA 4GVMA 4B9UA 1KLNA 3RR7A 1S1UA 2A1SA 2OPQA 4J2EA 2X74A 3WNFA 1JLFA 1QSLA 4CJ4A 4ELTA 1NOZA 1TAQA 4FLWA 4PWDA 3JSMA 2HNZA 1KSPA 4FZZA 2E4LA 3AA5X 3VQ8A 3TAPA 4FJHA 3TI0A 3IS9A 3RTVA 1A5XA 3P1GA 1VSKA 3SQ1A 5HLFA 2HB5A 4DLGA 3I8DA 1KRPA 4OGCA 3OYKA 4OPJA 1EXQA 4FLZA 1RDDA 4OKKA 5KI6A 1S1VA 5HRNA 1FK9A 3KD1E 3JYTA 3AA3A 4M3ZA 3OYNA 2JGUA 1T8EA 3QEXA 1IKVA 1JXBA 4YFUA 1JXEA 3LZJA 3FFIA 4CGDA 3SQ0A 1IKYA 3DI6A 2HVHA 3A2FA 1J9AA 4H4MA 4E19A 5KGWA 1RT3A 2HVIA 2PY5A 3WNEA 4Z0UA 4CK1A 4FJ9A 4C8MA 2HHTA 4HUFA 3KLIA 1JLBA 1Q9YA 4B9MA 4EZ9A 3KLFA 4DG1A 4BE2A 5I42A 4CFCA 2ZD1A 5KTQA 3LANA 3HJFA 3V1OA 2DFHA 4FLTA 3K58A 1X9WA 2YKMA 4FJGA 4DTSA 4W5OA 3PO5A 3HYFA 2QKKA 1RT7A 4C8NA 5C42A 1O1WA 1RBSA 3VQ6A 4OJRA 3S3OA 5JS2A 3DLBA 4Q0BA 4NYNA 3M8SA 2KW4A 4IKFA 4TSXA 1I3AA 2ETJA 4IFYA 5J2PA 3ZT3A 3RMCA 4B3OA 1CZBA 1D5AA 5KRTA 3SQ2A 2VWKA 4CJFA 4KHUA 1Z26A 2YNHA 4CFAA 3KKSA 4CJQA 5HRSA 4E7LA 1F21A 4H4OA 1RDBA 3SPYA 1U49A 1TK5A 4DFPA 5HRPA 4K8ZA 3RWUA 3OYMA 4OLBA 3ZT4A 4F8RA 5HP1A 1RTJA 4BDZA 3VQ9A 4R5PA 4FJKA 2BANA 1C1BA 1RTHA 2G8WA 1JL2A 4CEOA 4IG0A 3DOLA 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PYLA 2E88A 1W9HA 2DFEA 2P9SB 3UKUB 4FJMA 3CIPA 4HCCA 1SAZA 3ZX0A 5EVZA 2UU9K 3HM9A 1XUPO 3L4QA 4AILC 3ZSXA 3M5RA 1RBTA 3Q7BA 3BEXA 4CHYA 4BRCA 1JKHA 4FWPA 3PSIA 1TL1A 4JKAA 4FXDA 1KC8O 2YJFA 1QS4A 4WQ5A 4AHRA 3V9ZA 4BRPA 4FLVA 4KB0A 3HZ6A 3K9KA 1N32K 4GV6A 2WOMA 4DR4K 3O8MA 4WE1A 4DTXA 2YNGA 4I2QA 1HUXA 4K42A 2E6LA 4J2DA 4IXCA 4IO8A 3G0ZA 3H1QA 1C0MA 3S3NA 4PUOA 1ZBIA 3OYFA 1NOYA 4BRGA 4A57A 5BREA 3CM6A 4I9LA 1VQKN 3SYZA 3NVKA 5AQHA 3OBYA 1K8KB 4DKWA 3ITHA 4Z4CA 3V9WA 3VQ7A 4QCLA 1VRTA 3TANA 1ZBSA 2IVPA 3VA3A 3QNNA 3MCPA 3VGKA 4BQLA 3CJ9A 4N5SA 1WAFA 4E3SA 5AQZA 3O9TA 3VPZA 5LY3A 4CD1A 5BR8K 3O4QA 5M1QA 2RHKA 4AHVA 1QQCA 2CGLA 3MK6A 3T3FA 4DV7K 1IG9A 3T1AA 1Y97A 4O4GA 3FLCO 4DR3K 4H0YB 4PKHA 3AVNA 4H5WA 1OVYA 4AHSA 4LY7A 3ZEUA 3NAEA 3VTIA 3TSQA 4BQZA 4LSNA 4CIEA 2O4GA 2QTDA 4CFDA 1TKZA 4JKDA 3HXMA 3ZYYX 1JJ2M 3QERA 5AZIA 3TR8A 3H6EA 3NH0A 4DQSA 5C25A 3HOTA 1NGHA 2KLAA 3EKSA 2XHBA 3UIQA 4JKCA 4BRHA 2E1YA 3MEDA 3MDQA 5M1KA 3OYCA 4X64K 1KAZA 3SJHA 1Q8IA 2F7TA 1NGFA 1HJOA 4RTFD 4WQ4C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PYL A;  2E88 A;  1W9H A;  2DFE A;  2P9S B;  3UKU B;  4FJM A;  3CIP A;  4HCC A;  1SAZ A;  3ZX0 A;  5EVZ A;  2UU9 K;  3HM9 A;  1XUP O;  3L4Q A;  4AIL C;  3ZSX A;  3M5R A;  1RBT A;  3Q7B A;  3BEX A;  4CHY A;  4BRC A;  1JKH A;  4FWP A;  3PSI A;  1TL1 A;  4JKA A;  4FXD A;  1KC8 O;  2YJF A;  1QS4 A;  4WQ5 A;  4AHR A;  3V9Z A;  4BRP A;  4FLV A;  4KB0 A;  3HZ6 A;  3K9K A;  1N32 K;  4GV6 A;  2WOM A;  4DR4 K;  3O8M A;  4WE1 A;  4DTX A;  2YNG A;  4I2Q A;  1HUX A;  4K42 A;  2E6L A;  4J2D A;  4IXC A;  4IO8 A;  3G0Z A;  3H1Q A;  1C0M A;  3S3N A;  4PUO A;  1ZBI A;  3OYF A;  1NOY A;  4BRG A;  4A57 A;  5BRE A;  3CM6 A;  4I9L A;  1VQK N;  3SYZ A;  3NVK A;  5AQH A;  3OBY A;  1K8K B;  4DKW A;  3ITH A;  4Z4C A;  3V9W A;  3VQ7 A;  4QCL A;  1VRT A;  3TAN A;  1ZBS A;  2IVP A;  3VA3 A;  3QNN A;  3MCP A;  3VGK A;  4BQL A;  3CJ9 A;  4N5S A;  1WAF A;  4E3S A;  5AQZ A;  3O9T A;  3VPZ A;  5LY3 A;  4CD1 A;  5BR8 K;  3O4Q A;  5M1Q A;  2RHK A;  4AHV A;  1QQC A;  2CGL A;  3MK6 A;  3T3F A;  4DV7 K;  1IG9 A;  3T1A A;  1Y97 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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