3CJBA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with gelsolin-segment 1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 104
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjbA04
2ZGYA 1GLBG 1HKBA 4ISFA 2GWKA 2P9SA 4JHDA 2A40A 5AQKA 3J8AA 1NGGA 4IO8A 2HF4A 4B1ZA 4H0VB 3ZETA 4WQ4C 4CZMA 4Z94A 3BP8A 2HF3A 3R6MA 4BVPA 3WXKA 1GLFO 4CI6A 3FZHA 4BREA 2Q1NA 1YAGA 3WQTA 3SJHA 4CZFA 4IXCA 2W41A 2QXLA 1V4TA 3BF1A 1GLCG 1GLEG 4CZEA 2VCPA 4RWTA 3BF3A 1ATNA 4BVOA 5BPMA 2YHWA 4BRQA 2YHYA 1QQNA 2ASOA 3WEEB 2QM1A 4FWMA 2CH5A 2A41A 3ULEA 3VEYA 5EY4A 4JD2A 4BQLA 5AQNA 3MMVA 4Y0WA 4C23A 3M1FA 5LY3A 4B1XB 4CD1A 4XEIA 1SAZA 1U2VB 3H3NO 1HX1A 2Q2RA 4A2AA 4BR0A 5EVZA 1E4FT 1RDWX 4CBWA 4BRCA 3U9DA 4A61A 1TUYA 3EO3A 3QMLA 1Q18A 2PAVA 3FR0A 3ZX2A 3MN5A 5JLFA 3AY9A 4BC4A 1SQKA 4CZIA 4DB3A 3L4IA 3H6EA 3GL1A 4CZLA 2CGLA 3SLCA 3CI5A 5AQVA 4AM6A 3HI0A 4NB4A 2P9LA 4XH1A 3UKUB 4BGAA 2I7NA 4J8FA 3R8EA 4BC3A 5AFUH 3IUCA 2QWPA 1YUWA 2NZTA 4CJ7A 2E2OA 4K41A 3FFKB 1DGKN 1WUAA 4CZJA 3MN7A 5TKYA 3WEEA 4QS8A 4K42A 3VF6A 2EWSA 2J4RA 2A3ZA 1QQOA 2P9KB 4AM7A 4ISEA 5CE3A 5AZIB 2Q36A 1U2VA 3DXKB 3O8MA 3M3ZA 3KHYA 2FXUA 4B1VA 3VF4A 4H5TA 3W0LA 3G25A 1NGIA 2AA4A 2CGKA 1NBWA 2ZF5O 4WQ5C 4CZKA 4B1UB 3DXMB 3ATVA 1S3XA 2D1KA 3C7NB 3VERA 1HUXA 4RCHA 2QW9A 3FLCO 3MCPA 3WQUA 4XH4A 3UKUA 1QHAA 5BN9A 1S22A 5AQJA 4IJNA 4HTLA 4BR7A 1GLLO 2FSNA 4BRNA 5AQWA 3LL3A 4H0XB 4YDUC 2P9PB 3UE5A 3EL2A 5EOYA 2E2PA 5BRDA 2V51B 2P9KA 4IZ9A 4EFHA 2A5XA 3C0BA 4WQ4A 5FPNA 5AZIA 3H1QA 3VGKA 3DXKA 4BC2A 1NGEA 5AZJB 3WXIA 4JN4A 4BG8A 3BUZB 1NWKA 4M7YA 4DCHA 2E88A 3ID8A 4BR5A 3HSCA 5LJWA 3B8AX 3ATUA 3CIPA 4B9QA 1V4SA 3HZ6A 3U4LA 4KBOA 1BDGA 1HLUA 2FSJA 3DXMA 1BG3A 4FSVA 4BC5A 1KXPA 4WYBA 3HBTA 2QWNA 3VOVA 3UB5A 3C7NA 3MN6A 5AQHA 3GDQA 2IVPA 4RTFD 3WT0A 3CJCA 5JMVA 3O6WA 1RGIA 2FF6A 1BO5O 3QICA 3VF2A 1H1VA 1HJOA 2Q31A 3GE1A 5ADXA 4CBXA 1ESVA 3DJCA 5BPLA 1SZ2A 1DKGD 4GNIA 3O5BA 1X9JA 2P9PA 3HTVA 2CH6A 3LM9A 4BRMA 5BRHA 4FWPA 2E2NA 5ELZA 1BU6O 5FPEA 4MO4A 4QS7A 5KPRA 3F9MA 5AZJA 4H5WA 4BRPA 3LDQA 1XC3A 3A0IX 5AQGA 1K8KB 1Z6RA 3VGLA 1CZAN 1KAXA 3LDOA 3LM2A 4BR9A 4PKHA 1XUPO 1E4GT 4PL7A 4NO7A 1XQSC 4LC9B 4JAXA 1GLDG 2ASMA 2I7PA 2E20A 3CERA 3H1VX 5AQYA 1ATSA 3U9ZA 3QDKA 2QWOA 4H0PA 4B1WB 1ZBSA 3MDQA 3TU5A 2AP1A 3SMPA 3FE1A 5AQXA 3VEXA 5JICA 3EKUA 1HPMA 1QZ5A 3QBWA 4GY2B 3CJ9A 1ZXOA 2HMPA 3ENHA 4FPBA 3ENOA 5EXWA 4CZHA 2IIRA 2VWBA 1MWKA 1Y64A 2GELA 1YXQA 5KPZA 3QB0A 5AQLA 1IJJA 2A42A 3CJAA 1J6ZA 1EQYA 3MK6A 4WQ5A 2BTFA 1OKJA 1R59O 5AQTA 3UKRB 4MO5A 5B8HA 2E2QA 1IG8A 1BA1A 2E1ZA 1ZC6A 1K8KA 2GEMA 5E84A 4BG9A 3DWLA 1ATRA 2P9NB 4PKGA 2GTDA 2QWRA 2W40A 3O4WA 3EN9A 3H45C 3WXLA 3FZMA 2D0PA 1JCFA 3DAWA 2D4WA 4BQZA 4I6MB 3O08A 4IWVA 1NLVA 4YDUA 2NLXA 1BWFO 3D2FB 3EKSA 3GBTA 3W3DA 2FSKA 4H5RA 1Z05A 3RSEB 3HM8A 3QBXA 2BUPA 1QQMA 3O1WA 4FWSA 4PL8A 5F1XA 2HOEA 3VPZA 4K25A 4BRDA 2YJEA 3D2EB 3CJ1A 2DPNA 4H5NA 5AQZA 1MA9B 4L3QA 4PKIA 3L0QA 3O1BA 3CHWA 3CJ7A 4DQ8A 1NGHA 3ZX3A 5BPNA 2V7YA 2YCHA 4E1JA 3UKRA 3VENA 2WUSA 3AAQA 2YJFA 4MLHA 2V52B 5I9EB 2FF3B 2OANA 1C0GA 4MLEA 3H46O 5AQQA 4H5VA 2P9NA 1YVNA 5AQOA 4CBUA 5BR9A 4FPAA 1BUPA 2ZWHA 4CZGA 4M7XA 2Q0RA 5E26A 4QS9A 1TYQB 1X3MA 2E1YA 2Q0UA 3A8YA 3I33A 4I6MA 2IVOA 3A5LC 2E8AA 3D2FA 3WUHA 1KAYA 2P9LB 2ZGZA 3CJBA 3RSEA 4F9OA 3H3OB 3VEZA 3MN9A 4FWNA 3SK3A 5AQUA 4EIAA 2YHXA 3TPQA 3D2EA 1X3NA 4BR2A 4EAHD 3OHRA 1NGBA 4FL9A 2CGJA 5EX5A 2F9TA 5BN8A 4BR4A 3SMSA 3KVGA 5AQIA 1NMDA 4JNEA 2VYPA 1MDUB 3VEOA 5ADXH 4M63C 2GWJA 2P9UB 4A62A 1T44A 5F0XA 1T6CA 4BRHA 4ISGA 5AFUA 5AR0A 4BRIA 3S41A 2ASPA 3KZBA 3ZEUB 3BEXA 4H0OA 3CQXA 1NM1A 5AQSA 1BOTO 1LOTB 2UYTA 1DEJA 4BROA 4BRKA 1KAZA 3IDHA 4A2BA 5AQMA 1LCUA 2FLOA 3D7EO 4FWKA 4FWLA 1T6DA 4H0TB 1TYQA 4HWIA 1QZ6A 1G99A 2KHOA 2D0OA 1D4XA 3R9PA 1NGFA 3JXUA 5BREA 5BRFA 5FPDA 1NGDA 3U8XA 3FZKA 1HKCA 4B1YB 1GLJO 1TUUA 4FOEA 3EZWA 3CQYA 4FOIA 4O5FA 3LDPA 3M6GA 5KQ8A 2IVNA 1HKGA 1U6ZA 2A6AA 3FZFA 5AQRA 5F2RA 2P9IB 3FZLA 2Q97A 3IMXA 4JHDB 2P9SB 4FO0A 3AARA 3I8BA 4BRAA 3L6QA 3QFPA 3ZETB 4BGBA 2P9UA 1WOQA 2QWMA 2PBDA 1NGAA 4FWQA 4BRGA 3ZX0A 4BRFA 5LJVA 3VGMA 1BA0A 4EHUA 3QFUA 3VEWA 2V7ZA 4H03B 5JLHA 3GG4A 4K43A 1RFQA 2NRHA 3ZEUA 3A5OC 2ITMA 2YI1A 3AAPA 3FGUA 4DHYA 3O80A 4CD3A 2QWLA 1MWMA 4FWOA 1NGJA 2QWQA 3A5MC 5FPMA 1NGCA 5KQDA 3CETA 3VESA 4BRLA 4FWRA 4O8KA 5KPTA 4H0YB 1GLAG 2GUPA 3LDLA 3IFRA 3ULEB 3VETA 1JCGA 3A5NC 3VEVA 4JD2B 1P8ZA 4EHTA 3P4IA 4XH5A 5AQFA 4IJAA 5AQPA 3WXJA 3GOIA 3JS6A 2H3GX 2P9IA 2F9WA 3LDNA 1JCEA 1C0FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7AP 4ISFA 5LMUK 4M3YA 2O8FB 5AQKA 3J8AA 1RBSA 4JI6K 4B1ZA 1TK5A 2P5GA 4DR6K 4A59A 1YTAA 3CC4N 2HF3A 4NXNK 3NF8A 1GLFO 4FJJA 2KFZA 4KH5A 4W5OA 3WQTA 3SJHA 4BEBA 2W41A 3BF1A 2RE2A 2VCPA 4RWTA 1JLBA 4YORA 4BVOA 4GV9A 1KFDA 3RMDA 3VQ7A 3SNNA 2IC3A 3AVKA 1QQNA 3CFRA 2EHGA 3ULEA 3SZ2A 4JD2A 3J80O 3MCAB 3MMVA 3M1FA 4DG1A 1XHZA 4FJXA 4CD1A 3H3NO 4LSNA 1WSHA 1HX1A 3TTFA 5GIOA 4AHRA 4CJKA 3U9DA 4C8KA 1VSFA 2O8FA 1RTJA 3FR0A 3AVCA 3RMCA 1TKZA 2YV0X 4KB1A 1FKPA 1EO1A 1J54A 1SQKA 1KLMA 3I0RA 4BC4A 1KC8O 2G8VA 3H6EA 4JK9A 4KH6A 3CI5A 4YFUA 2IS3A 4B8CA 4NB4A 4XH1A 3UKUB 3NAEA 4J8FA 3KD1E 3IUCA 3EZ5A 1N34K 4YOYA 2DFHA 3K58A 4ID1A 2E2OA 4K41A 4CJ7A 3SUOA 1U49A 4B3OA 3TAFA 4QS8A 5J2MA 2EWSA 2J4RA 2A3ZA 4JKDA 1ZBHA 1QSLA 3MWTA 3DXKB 2ZJPL 3VN5A 4EP5A 2EX3A 3VF4A 4H5TA 3W0LA 1M90O 1ASUA 4CJQA 1S6PA 1UA0A 1SL0A 2XY5A 4B1UB 3DXMB 4DV6K 3PUFA 4CJWA 3C7NB 3VERA 1HUXA 1QS4A 4AF1A 3FLCO 2OPPA 2D0CA 4MDAA 3CCRN 3KWIA 3MCPA 5KI6A 3N4QA 3PV8A 3UKUA 1IBLK 1VK0A 5BN9A 1QVFM 4BR7A 2FSNA 2DTUA 4LF9K 1RBRA 3O3FA 4BDYA 4H0XB 3WNEA 4CHYA 4BECA 2KZMA 1JL2A 1G15A 2V51B 3OJUA 4IZ9A 2A5XA 3ZLJA 5FPNA 4R79A 2NRTA 1JXBA 3VGKA 3DXKA 1KVCA 1NGEA 3CC2N 3PLAA 4KHYA 3WXIA 4JK7A 5HBMA 2P51A 3IAYA 4CJUA 4NXMK 5JS1A 3ID8A 3OYFA 2HMIA 3HZ6A 4KBOA 4H8KA 4CEEA 2FSJA 3SPZA 3DXMA 1BG3A 3HBTA 4BWJA 3C7NA 3MN6A 1QSYA 3I55N 3P1GA 4DFMA 3GDQA 3WT0A 1NOZA 4DV4K 2FF6A 3QIPA 3QICA 3QO9A 4TSXA 3AO4A 5FROA 4CECA 3V6DA 4HCBA 1SL1A 3GE1A 4I9QA 5ADXA 2IGIA 1ESVA 4CBXA 3DJCA 2ITGA 3TSQA 4DSLA 4LFAK 3TABA 1SZ2A 1DKGD 4X65K 1X9JA 3V9ZA 3OYDA 4LFCK 4CHZA 1UOCA 4CEAA 3DRSA 5ELZA 3SI6A 4MO4A 3L3UA 3NMUA 1RILA 4BWMA 3AA2A 4IBNA 4O55A 3J7YP 4V19S 3CCMN 3KJVA 3K9KA 1K8KB 4CK2A 1TKXA 4DU1A 1SL2A 3LPUA 1XUPO 4LC9B 1LV5A 2ASMA 2E20A 3H1VX 3S5TA 5AQYA 4FLZA 1W97L 2NRZA 1KTQA 3OA9A 1CXQA 3P38A 3MAQA 3S9HA 4HTUA 3SMPA 2O4GA 1KCFA 3BGRA 3EKUA 1RTDA 3VQDA 1ZXOA 4CFBA 1FW6A 4FPBA 2VQFK 4CZHA 4LF4K 4WCEL 1IBKK 4Z4GA 1K73O 2VWBA 4FYDA 1OH8A 4JKGB 5KPZA 4DR2K 4E19A 5AQLA 1JLFA 3TR8A 3CJAA 1EQYA 1RDAA 2E1ZA 3WNHA 1ZC6A 1K8KA 3K9JA 1NK7A 1WAFA 1RT3A 1C0TA 3EE8A 3KLIA 1TKDA 4MFBA 3O9SA 2D0PA 1JCFA 1U4BA 5KGXA 3DAWA 1YTUA 3HVTA 4I6MB 4PQUA 2NLXA 3D2FB 3W3DA 2ZQBA 1Z05A 3SQ2A 1VQ9N 4PL8A 2YJEA 4IOXA 2QK9A 3SPYA 4JKGA 1MA9B 1Q82O 4OO1J 2JWKA 3O1BA 3CHWA 1YVUA 3ZX3A 3PO5A 4CCHA 3SYZA 3LWLA 4E7KA 1FKOA 3CCVN 2YCHA 2G8WA 4E1JA 2PZSA 3CPWM 1SKWA 3AAQA 4IFEA 1T03A 4MLHA 1IBMK 4A5AA 4CJ4A 2E5LK 4MLEA 1YT3A 3A2FA 4DV3K 3KD5E 3AVJA 4DS5A 2XO7A 2LSNA 1Q8IA 4H4MA 1S1WA 2GV9A 4CGHA 1BUPA 5K14A 3DM2A 2G8KA 3O4NA 5LL6Z 5HL7L 5E26A 1RTIA 2ZJRL 4FLVA 1LAWA 5C42A 1X3MA 4I6MA 4CJEA 3A5LC 4CF0A 3CYMA 3D2FA 4O44A 2HVHA 3M8PA 3CJBA 5C2FA 1YJ9N 1A5WA 4AHSA 3VEZA 4JI8K 3LZJA 4EIAA 3TAMA 3HP6A 4EAHD 1LW0A 4CEZA 1NGBA 1P90A 2F9TA 4BR4A 4Z4IA 2HNYA 3VQCA 1HNIA 1JKHA 2VYPA 3IG1A 1MDUB 4DTNA 1VSEA 1RT7A 2P9UB 4RW4A 1CZ9A 1T6CA 3NGIA 1OH5A 4I2QA 5AR0A 4AHCA 4LF6K 3G10A 3OBWA 2QXFA 4DQSA 5E41A 3BEXA 3QEIA 4M3XA 4B3RK 1WLJA 5JS2A 3SAFA 4RW8A 1L5UA 1LOTB 2UYTA 4GV6A 4BROA 1EP4A 4NYNA 4A2BA 1LCUA 2FLOA 3L2WA 1QZ6A 1JLCA 4B9TA 1CXUA 5BREA 4FXDA 3VA0A 1RBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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