5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
1IG9A 1RT1A 1WSIA 4E19A 1YVUA 3NH2A 4O4GA 3L8BA 4I2QA 1HYVA 3EZ5A 3NF8A 4CEOA 4O0JA 4EP5A 3KLEA 1NJXA 4CJRA 3KIOA 4JRQA 3QEWA 3V9UA 4FJ5A 3VQCA 3ASMA 3DLBA 2KZMA 3RR8A 4BE2A 4OJRA 1T03A 2X6NA 5KRTA 1CZBA 4GW6A 4BDYA 4B9UA 1NK8A 3ZT1A 4Z4EA 2XY7A 3SUQA 4FW1A 4EZ6A 4CJUA 4M3RA 2G8WA 2XY5A 3HPGA 2YNFA 2I5JA 3VQ4A 4B9MA 5JS1A 3MAQA 4KO0A 3VN5A 3V1QA 1ZBLA 1HYSA 3V9ZA 1QE1A 4N5SA 4DFKA 3QEVA 3PUFA 3AO1A 4DQPA 3QNNA 5SWMA 3ZT0A 2OZMA 3HK2A 4M42A 4DF4A 1VSFA 1Q8IA 1VRUA 3M8QA 1S9GA 2XY8A 3M8PA 4CF1A 5KTQA 3K5MA 3PX6A 3C95A 5HRNA 3K57A 4C8LA 2FBXA 3OY9A 1ASWA 3AVFA 1XC9A 4DSKA 2E4LA 3ZSWA 3SCXA 2ITGA 4J2DA 4BDPA 1BI4A 1VSJA 5HLFA 2PYLA 4HUFA 4ELUA 1TV6A 1RNHA 2B5JA 3QNOA 4KHWA 3BGRA 4NYNA 1VSDA 4RW7A 4O5BA 4LSLA 4FLWA 4OKJA 2KFZA 5EU7A 4CFCA 3AA5X 4ID1A 3RWUA 4I7FA 5T7BA 2ETJA 2W42A 4Y1DA 4IG3A 3MXMA 3KTQA 3IAYA 3WNFA 3OYDA 4DF8A 3MEGA 4LD0A 3OVNA 4DTSA 3ZSZA 2QKKA 4KV8A 3TWHA 2HNZA 5CZ1A 3LAMA 5CYMA 2YNHA 2IC3A 2WOMA 3HSTB 2D0BA 3T1AA 4E7IA 3S3NA 1FKOA 1D9DA 4B3OA 4DQSA 1G15A 4CEZA 1BQMA 4CF0A 5CY4A 3O3GA 3G10A 4QOZB 3LAKA 4Q5VA 4W5OA 4FK4A 5D3GA 2PY5A 1L3VA 4EZ9A 3LPUA 4B9SA 1W0HA 1BI4B 5KGWA 2KW4A 4CHZA 5KRSA 1XI1A 4F3TA 3OS0A 3HVRA 3KK3A 3KKSA 5KI6A 3SI6A 1RILA 2XY6A 1B9DA 3QIPA 1FXXA 3V9SA 1NOZA 2ZQBA 3LP3A 4DU1A 3SQ4A 5K14A 1BHLA 1NJZA 3DOKA 3HPOA 1BL3A 4CHNA 3TR8A 3OYKA 3QEIA 3LP0A 3HP6A 3TAFA 4I2PA 3TAEA 3DLKA 3CFOA 1TGOA 3QO9A 4DTRA 4KHYA 1I39A 2XHBA 4DFJA 5J1EA 4CGJA 3V6DA 4BWMA 5HRSA 1TKXA 3AO3A 1TKZA 1KCFA 4Y1CA 4FLXA 2JLEA 3THVA 4CHYA 1SKSA 4DSEA 2YHAA 3OYAA 3SQ1A 4B9TA 4CIGA 4B9NA 3VQ8A 3O3HA 3KLGA 1UAXA 3KK2A 1L3TA 4C8OA 2KQ2A 4EP4A 3B6PA 3MXIA 3ZCMA 1HPZA 4GMJB 4ZHRA 4CJPA 3PO5A 2BDPA 3VA3A 3HT3A 1QS4A 2VWKA 4OGCA 4DS4A 4DQQA 2Z1JA 1NK6A 3I8DA 3NHGA 1C1BA 4FJKA 4M3XA 1JLBA 3ZSQA 3ZSVA 3SQ2A 2KZZA 4CK3A 4PUOA 3MEDA 4M3ZA 3L2VA 4KPYA 2G8IA 2QKBA 1IKWA 4KHNA 4E7LA 3SV4A 4E89A 4DFPA 1IKVA 3UIQA 3O3FA 4KHUA 1QSYA 5C24A 1S9EA 4CJ4A 1NJYA 4HUGA 4J2EA 4DSJA 3AO2A 4IDKA 4F3OA 2A1RA 4W5RA 1WSGA 3HM9A 4H4MA 3AVAA 4FVMA 5FROA 3SYZA 3SQ0A 3NBPA 3SUOA 1BCMA 3HO1A 3KLHA 4DU3A 1ITGA 4TSXA 4OPJA 2VWJA 3LP1A 1NK9A 3DLEA 4PWDA 3HP9A 5DMRA 1ASVA 1JLCA 4CGFA 1C6VA 4XIUA 1EKEA 3PV8A 1XWLA 4YNQA 1L5UA 1W9HA 2YKMA 5KGXA 4RW6A 1A5VA 3ZT2A 4K8XA 1VK0A 4KAZA 3TANA 1KRPA 2Z1IA 4MQ3A 3SNNA 3L2UA 1BGXT 4W5QA 1RDAA 4CGHA 3NCIA 1BISA 1C0UA 4PA1A 3I0SA 3CFPA 1J54A 2HHXA 4KI6A 3L3VA 3P83D 2P51A 3EY1A 1ZBUA 1SKWA 1JXBA 1HNIA 1KVBA 4IFVA 5J2MA 3KK1A 3LWMA 4CJTA 1QSLA 3U3GA 2RN2A 4FJMA 4HHTA 4O55A 4Z4HA 4DLGA 4CFDA 3S3OA 1KVCA 3WNEA 1SV5A 2EX3A 4CJ5A 4HVJA 1ASUA 3K5NA 2Y1JA 1KLNA 3NE6A 4FJHA 4CEAA 1RT6A 2Z1GA 4CGDA 4CF2A 1RT5A 5J2PA 4M41A 1UA1A 4H8KA 4FLUA 3OYJA 4RW4A 1LWFA 1RBRA 1SUQA 3OYIA 3SUNA 2DFHA 3K59A 1B92A 1JKHA 3CFRA 1HNVA 3RMCA 1O1WA 2HW3A 2X6SA 2P5OA 5HROA 4CJFA 5C25A 2LSNA 4RW8A 1RTHA 1WSHA 3HL8A 1U47A 1NKEA 3WNGA 1VSEA 5FDLA 3ZT4A 4FZZA 1A5WA 1LWCA 2IS3A 3VQBA 4DSLA 1YTAA 1X1PA 3OYCA 4M3WA 3CM6A 3K58A 3AVMA 4FW2A 3OJSA 1JLAA 1J5OA 2G8VA 1JL1A 4AILC 3K5OA 3VQDA 2AJQA 2HHVA 3CQ8A 4IKFA 1JLFA 3HVTA 4KFBA 4KTQA 4E1NA 3PO4A 2E6MA 4DTXA 3E01A 3IS9A 3VQQA 4AHUA 4CEQA 3SV3A 1CLQA 2XO7A 3B6OA 3L3UA 1S1UA 3LP2A 3NF7A 4B9LA 2BGGA 2RPIA 1LAVA 1D9FA 4FJ7A 2B6AA 4F8RA 1TVRA 4DSIA 2DY4A 4ZTFA 1JLEA 4FJJA 3S3MA 1TKTA 1VSIA 3ISNC 4AHCA 1NOYA 4K8ZA 4FYDA 1MU2A 4AH9A 1QSSA 4FJLA 3FFIA 2G8UA 3AVJA 1WSFA 4CJKA 3BDPA 3LZJA 3AV9A 4CEEA 3OYMA 4DLEA 1B9FA 1X9MA 2KTQA 3K2PA 3C94A 2VG5A 3PX4A 5FRNA 4FXDA 1J9AA 4DQIA 4CGIA 4DSFA 2YKNA 4BWJA 4JS5A 2F8TA 1QHTA 3AVGA 2GV9A 3KLIA 4KKOA 3AO5A 4DTMA 4W5TA 4FLYA 2F96A 4CK1A 4CJLA 3VQAA 3TAPA 3KKRA 3L2RA 3HXMA 1IKYA 4HUEA 2HMIA 1S1WA 2OA8A 1GOAA 1HRHA 1YTUA 2QXFA 1K6YA 3L2QA 4NCAA 4KHQA 4ICLA 2A1SA 1D8YA 1RDDA 2IOCA 4C8NA 4CE9A 3PX0A 3DLHA 4C8KA 1IKXA 1EP4A 4F2SA 4NCGA 4G1QA 3DRRA 3QIOA 3TAQA 4Z0UA 3KD1E 3OYLA 3P1GA 1TAUA 3OYFA 4FM2A 3M8SA 1TL1A 1N5YA 1REVA 3DOLA 4I9QA 4OKKA 5FRMA 1LW0A 3KJVA 4CJVA 1RDCA 1CZ9A 2Q3SA 3OYNA 5HRRA 4LSNA 1HQUA 1FK9A 3OYBA 5C42A 3VQ6A 1RBSA 1X9WA 4FJIA 1NK7A 1QQCA 3AVCA 3NH0A 2HHWA 3DI6A 1RT7A 3P5JA 1LAWA 2YV0X 4F4KA 1GOCA 4KREA 3OS2A 1CXQA 2PYJA 1SL1A 4O0IA 1TL3A 3RTVA 4HCCA 3OJUA 2F8SA 3AA4A 3V4IA 4RW9A 4OGEA 1LW2A 4CJWA 1C1AA 3AVKA 4B8AB 3V1OA 3I0RA 3WNHA 4E3SA 2PZSA 1KVAA 3ZSYA 4B08A 4H4OA 1RBUA 2D0AA 2X74A 3AVIA 4CEBA 3D0PA 4QCLA 3HJFA 4CESA 4KTZA 1L3UA 2E6LA 3CYMA 5E41A 4CECA 3AVBA 1KLMA 2YHBA 4N56A 1RTIA 3JYTA 2VG7A 4FM1A 5HP1A 4M3TA 4AHTA 3G0ZA 4CFAA 1S6QA 2BANA 1HQEA 5SZTA 2WONA 3ZT3A 3SUPA 3SPYA 4BE0A 4IBNA 4DTNA 4FJXA 5J2NA 1HJRA 4CGGA 1SKRA 3DLGA 1NK4A 2DFFA 3DMJA 3NF6A 4AHVA 3CG7A 4ZTJA 3RRGA 4L8RB 1FKPA 5I42A 3NF9A 4LH4A 3K5LA 1KFDA 1HMVA 3KLFA 3NAEA 4DTUA 5I3UA 2DFEA 1U45A 4CCHA 1WSJA 4CHPA 4ID5A 3OYHA 5JS2A 3U3YA 2D0CA 4CF9A 3RRHA 4NCBA 3LWLA 1Z25A 3VQ7A 4DTPA 4AHRA 1U49A 1VSKA 4GVMA 4JRPA 1QTMA 4FZYA 2HHTA 4DS5A 4OLBA 1BCOA 3OYGA 3TAMA 3JSMA 1BIUA 3SJJA 2HNDA 4FJ8A 2DTUA 3A2FA 1KTQA 4FCYA 4N47A 4UQGA 1ZBHA 1GOBA 3KD5E 1DTTA 3CM5A 4DTOA 1RT2A 3NDKA 1CXUA 1A5XA 4PQUA 3DRPA 4E7KA 1TK8A 4LY7A 2HB5A 2Y1IA 4FM0A 4FLTA 2ATQA 3AVHA 4Z4FA 2RF2A 4OLAA 1RDBA 1Q9XA 2YNIA 2HVIA 1ZBFA 1LV5A 2G8FA 3V1RA 4C8MA 3C6TA 4CERA 2OPSA 3LPTA 4OVLA 3AVLA 3ZSRA 2FBYA 4Z4CA 4NYFA 4FK0A 1N6QA 3VA0A 1NK5A 1S1VA 2OZSA 1ZBIA 3QLHA 2O4IA 2B4JA 3D45A 4CJQA 3TABA 1RBVA 2P5GA 4KRFA 3QINA 4E1MA 1VSMA 2XRIA 3QERA 4CF8A 2G8HA 1Y97A 4Z4IA 1S6PA 4W5NA 3VQ9A 1RTDA 1RT4A 4CJ3A 3LDSA 4FLVA 2FC0A 1NK0A 1L3SA 1T7PA 4KB0A 3EYZA 1U4BA 1JXEA 2OYQA 2HHUA 3NGZA 4CEFA 3T3FA 3RMDA 3T19A 3RR7A 1YT3A 2OPQA 3QEPA 3PY8A 4BE1A 4KI4A 1S1XA 3DM2A 1IO2A 1S1TA 1WN7A 3SZ2A 1TKDA 1Q9YA 1BIZA 4M3YA 2O4GA 1SL2A 3DRSA 4WE1A 2VG6A 1T8EA 5HBMA 4N41A 1R0AA 1C0TA 3LANA 1XHXA 3IG1A 1F21A 3VQEA 4HTUA 3QETA 5DK5A 3O4QA 3ZSXA 4DG1A 4FJGA 4CIEA 4ELVA 3ZSOA 3MEEA 4CJEA 4YFUA 1T05A 1KFSA 4DWIA 4CHOA 4DMNA 3SPZA 2HHQA 2EHGA 3F9KA 4FK2A 4RG8A 1X9SA 2RKIA 4CHQA 3NGIA 3U6FA 4F2RA 3VQ5A 1C1CA 2GBZA 4M3UA 1UA0A 4FZXC 3TI0A 2R7YA 1TAQA 3OS1A 1RT3A 4LH5A 2P1JA 4QAGA 3F73A 4PY5A 1WNSA 4JLHA 1ZYQA 3ITHA 4AHSA 2BE2A 3OYEA 3L2WA 1TK0A 3MECA 5HRPA 2IGIA 1EETA 1EXQA 3IRXA 4CEDA 1XHZA 3MXJA 4ELTA 4DFMA 5CZ2A 1UWBA 2GUIA 3TAGA 2NUBA 3NGYA 2ZD1A 4OPKA 3AA2A 1SL0A 1WAJA 4CFBA 4FLZA 3V9XA 3VQPA 5CYQA 2X78A 4KB1A 1DLOA 3TARA 1EX4A 3RMBA 2HHSA 3RMAA 3AO4A 4FJ9A 2OPPA 4OKEA 2D5RA 1HYZA 2OPRA 3QESA 1VSHA 3V81A 3C6UA 3LALA 3M8RA 2HVHA 4IG0A 4Z4GA 3S9HA 4JS4A 1NJWA 1DTQA 4J2BA 4KTWA 2ZE2A 4HCBA 3ULDA 1NKCA 1VRTA 3HPHA 3DLRA 1WSEA 1U04A 3AVNA 2YNGA 4R5PA 4FJNA 1C0MA 4B9VA 4B8CA 1WLJA 4IFYA 2JGUA 1J53A 1JLQA 3HYFA 1Z26A 2G8KA 3O4NA 1JL2A 4I9LA 4CJSA 2QK9A 2HNYA 1LWEA 4E7HA 3V9WA 1UOCA 3QEXA 1RTJA 1D5AA 2KFNA 4O44A 3ALYA 4DQRA 4E0DA 4DU4A 1IH7A 1KSPA 4CIFA 4BDZA 1U48A 4BACA 3AA3A 1JLGA 3H08A 3NFAA 1BQNA 3DYAA 4Q0BA 2FBTA 1RBTA 4M45A 1NKBA 2IAJA 3NH1A 1WAFA 1TK5A 2FBVA 1VSLA 4J2AA 5J2QA 4DTJA 4KHSA 4CK2A 3LZIA 4N76A 4E7JA 1RCHA 1I3AA 1S5JA 2IDOA 2Z1HA 4MFBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DUZK 1RT1A 3OHRA 4CZLA 4E19A 1NGEA 4I2QA 3EZ5A 4NLCA 3NF8A 4JN4A 4CJRA 3QEWA 4DB3A 4OJRA 4JKAA 3THYB 4B9UA 2QA4N 3UB5A 4ILJA 2P9KA 3ZT1A 2XY7A 4FW1A 4EZ6A 3O9UA 4DV4K 2UXBK 4IJAA 3HPGA 4B9MA 1JCFA 5B8HA 2P9UB 1XNQK 1TUYA 4N5SA 3QEVA 3PUFA 2IVPA 2OZMA 3HK2A 1VSFA 3R8EA 3M8QA 3M8PA 1L3TA 4CZMA 2ASPA 5KTQA 5E26A 1NG9A 3JAMO 5HRNA 1ASWA 2E4LA 3H3OB 1SZ2A 3CJCA 5A2QO 1TV6A 3QNOA 3BGRA 2P9KB 3PIOL 4FSVA 1YUWA 4LSLA 3FFKB 4CFCA 3IAYA 3OYDA 3THWA 4DTSA 3OVNA 2E1YA 1R59O 2QKKA 2HNZA 5CZ1A 3LAMA 2YNHA 4JI3K 4LF6K 3T1AA 3VTIA 4E7IA 4DQSA 1G15A 4QOZB 2PY5A 3N4PA 4BGAA 5MLCQ 3HVRA 4LFBK 5KI6A 1FXXA 3SQ4A 3GL1A 4FWQA 1BHLA 1Q81O 1WBBA 4PL8A 5AQOA 3HPOA 3OYKA 1YI2N 3THWB 4K0KK 3TAEA 3VENA 1HR0K 3QO9A 3BF3A 4BR4A 3CETA 2XHBA 3B8AX 3ULEA 4BWMA 4BGBA 4Y1CA 1KCFA 3LM2A 4ISGA 2JLEA 4CHYA 4IWVA 3VERA 5M1NA 3O3HA 5JVGL 2CH5A 2KQ2A 3ZCMA 2NRVA 3HT3A 2VWKA 4DQQA 2Z1JA 3GE1A 3I8DA 3NHGA 2IVOA 4CZJA 4CK3A 2G8IA 2QKBA 4JKGA 1VAZA 4GV3A 4KHNA 4JYAK 3UIQA 3CCRN 3M1FA 3ULEB 1S9EA 1XNRK 4PHTX 4DSJA 4FVMA 3SYZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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