5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
b'VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
3TAEA 2A1SA 4HCCA 1HNVA 4F2SA 1CXQA 1CLQA 5JS1A 2KTQA 3OYCA 1U48A 1RT4A 3O4NA 3H08A 4H8KA 3O4QA 2OPPA 4XIUA 3ZT0A 3K5LA 1NJZA 4DTNA 3AVAA 4RW7A 3QEPA 4CEDA 3WNGA 4LH4A 1RCHA 4L8RB 1FKPA 3L3UA 4CF8A 2PYLA 3QEWA 4KI6A 3SQ4A 1KLMA 2Q3SA 4JS5A 3T19A 4EZ6A 1RBVA 1JLBA 1U04A 3KLHA 4DQRA 3KIOA 3CYMA 3OYEA 3SZ2A 1LWFA 1W0HA 2XRIA 4BE2A 3QO9A 3VQ6A 3G10A 2W42A 1BISA 2HHQA 1QHTA 4TSXA 1O1WA 4O0IA 4HTUA 4FK2A 2HHXA 3QEIA 2P1JA 3KD1E 1ASUA 3F73A 3VQEA 2BDPA 4CGFA 2HNYA 2XO7A 3LWLA 2R7YA 2HHVA 3CQ8A 2OPSA 1WSHA 2EX3A 1JXEA 5J2MA 4KB0A 4DU4A 2DY4A 4FZXC 4DQSA 5SZTA 3LP2A 4N76A 3VA3A 5DMRA 5KI6A 3LALA 3DLBA 1U4BA 2HVIA 3SQ0A 2VWJA 3C6TA 4FW2A 4FJ8A 1HYSA 4F3TA 1JLEA 1EP4A 5J2QA 3ZSRA 1NK8A 3OS1A 4Z4HA 5KGXA 4AHSA 3O3HA 5I42A 2IC3A 3AVCA 3VQ7A 4CHNA 1WSEA 3DMJA 2B5JA 3OVNA 4N56A 2YNHA 2VG6A 3S3OA 3RMCA 1UA0A 4B9VA 3K59A 2X6SA 4Y1DA 1VSHA 2G8UA 3DLGA 3BDPA 1RT5A 5HLFA 2YNFA 3HYFA 1VK0A 4W5OA 4M45A 3OYNA 4FLYA 2YNGA 4Z4GA 1QSYA 3KTQA 3V9WA 2HHSA 2OA8A 1S1VA 3OY9A 2VG7A 5KTQA 3QINA 3ITHA 5JS2A 3TAQA 3HVTA 4I7FA 1JL1A 4AHRA 3VQQA 5CZ2A 4CHYA 3NH0A 4KV8A 5C25A 4DSKA 2ZQBA 2P5OA 2G8KA 1TKZA 1NJWA 1SL1A 1Q8IA 1VSIA 1BQMA 4E7HA 4M3XA 1S6PA 3DOKA 1NK6A 1RTDA 1RDAA 1D9FA 1WSIA 4NYNA 1RNHA 1J5OA 3P5JA 4FLWA 1J54A 2YKNA 4CEZA 1S9EA 3TI0A 4J2EA 1EETA 2NUBA 3SPYA 4CIEA 1WSJA 2HB5A 3QERA 4LY7A 4AHTA 2D0CA 1U45A 4C8LA 4YFUA 4FM2A 4DTXA 1ASWA 1NK9A 3LANA 3CFOA 3DRRA 1TAUA 3E01A 4BDYA 4CJ4A 4FYDA 3RMAA 1N5YA 3RWUA 2QKKA 5J2NA 4N47A 1KTQA 3O3GA 4KAZA 4CEBA 4CEAA 3M8RA 1LWEA 1T03A 2EHGA 2XY7A 1L3UA 4DLEA 1XC9A 4HUGA 1TK8A 4DQQA 4UQGA 4CF9A 4K8ZA 1BL3A 5FDLA 2HNDA 1GOCA 2RKIA 3DLRA 1ASVA 4DS4A 4CF2A 2X78A 3M8QA 4E19A 2ETJA 4C8NA 2RN2A 4JS4A 2PYJA 4NYFA 1HYVA 3ZSXA 4KO0A 5FROA 4FM0A 1NK7A 4KHSA 3PX0A 4CJKA 4F8RA 4CE9A 3AVIA 4CESA 3SUPA 3L8BA 3V6DA 3TANA 3PX4A 3V9SA 4LSNA 3HPGA 4CJPA 2P5GA 4MQ3A 1QQCA 4ID1A 4B8CA 4CEEA 1ZBUA 4E1NA 2F96A 4FLUA 1WNSA 1QSLA 3DLHA 1RDDA 4FLXA 1VSDA 1C0MA 2VWKA 2WONA 4CFDA 4OKKA 3O3FA 1ITGA 1RTIA 3ZT1A 1WN7A 1KVBA 2Y1IA 3MXJA 4KHUA 3KKSA 4DFKA 4RW4A 2I5JA 4CJLA 4LSLA 4CGHA 3L2UA 4Z0UA 4KREA 3V1RA 1KFDA 1DTTA 2ITGA 2LSNA 4H4OA 1L5UA 1Y97A 1S5JA 1D5AA 4CECA 1KLNA 4E1MA 2DFEA 3SJJA 3AA3A 3NBPA 4E7LA 3L3VA 4KTZA 1Z25A 2E6MA 2Z1HA 1RT3A 1TK5A 3ZSQA 3V1QA 3HL8A 5KRSA 2D0BA 1DLOA 4DSJA 2Z1JA 4K8XA 3KJVA 4CF0A 1VSKA 4FLVA 2XHBA 4H4MA 3VQ9A 3S3MA 4C8MA 4CIFA 3L2WA 4LD0A 4FJKA 3B6OA 4EP5A 4FCYA 1TK0A 4WE1A 4CJVA 2P51A 3VQCA 2YV0X 3DRSA 4CFAA 1BIUA 3AA2A 3L2VA 2BE2A 4DLGA 4E0DA 3NGIA 1F21A 4KKOA 4CJ5A 4KTQA 3DOLA 3ZSYA 2DFHA 4IG0A 4B9SA 1BI4A 3FFIA 3OJUA 4B8AB 3JYTA 2HHUA 1QSSA 3OYIA 3IAYA 3OYFA 4I9QA 3OS0A 3QETA 4J2BA 4CJQA 3HXMA 1NJXA 1UA1A 2FBXA 2OPQA 4BWJA 5FRMA 2GUIA 4CK2A 4Z4CA 5HRRA 5HROA 3AVLA 5D3GA 3SQ2A 1JLFA 3K5MA 4B9LA 3RRGA 4CGDA 1CZBA 1ZBFA 1U47A 1RBSA 5HRNA 1ZBIA 3ZSVA 3QNNA 3QIOA 4FJNA 1J53A 3AO1A 3RTVA 3OYDA 1VSFA 2JLEA 4O44A 4CGIA 1NKBA 1SV5A 1FK9A 1S1WA 3ZSWA 3AA5X 4EP4A 3K58A 4CCHA 1BGXT 1KCFA 1NKEA 1YVUA 2IGIA 4CERA 3VA0A 3MXMA 1LV5A 1LW2A 3TWHA 3SPZA 1L3VA 1KFSA 3PO5A 3V9XA 3AVKA 4OPJA 1IKWA 3ZT2A 4DTRA 3AVNA 1T7PA 4ELUA 1S1TA 2Y1JA 3U6FA 4OLAA 2KZZA 4AHUA 2AJQA 1S1XA 3AVGA 2OZSA 4DTUA 1TAQA 4FJGA 1SL2A 3T1AA 4DTSA 3EY1A 3MEDA 4CIGA 5HRPA 3I8DA 1NK5A 4BWMA 3AO2A 3TAFA 1JLCA 4C8KA 3I0SA 3HSTB 5HRSA 3MEEA 5J1EA 4BDPA 2HHTA 1B9DA 4DU1A 3AO3A 5CYQA 1NOYA 1TKDA 1Z26A 3ZT4A 1JKHA 4W5NA 5T7BA 3ULDA 3KK2A 1Q9YA 4EZ9A 4CJFA 3ALYA 4KHYA 1RTHA 4O55A 4CHZA 2ATQA 1HMVA 3C95A 4FVMA 4Z4IA 4FK4A 3HK2A 2F8TA 3BGRA 2QK9A 1VSMA 1WAFA 3P1GA 4CEFA 4DS5A 3TABA 2G8FA 4DQIA 1HQUA 5KGWA 4OGCA 3RMDA 3QNOA 3VQPA 1UOCA 3HPOA 2HNZA 3QEXA 3SI6A 3OYBA 1TKTA 1TKXA 5FRNA 2KFZA 1JLQA 2YHAA 1CZ9A 3AVJA 2IOCA 4CJWA 4CJTA 4B9UA 1XI1A 4DFPA 4CEQA 1LWCA 3KK1A 4I9LA 1BQNA 1X1PA 1KSPA 4M3WA 3LAMA 4ELVA 3DI6A 3AVFA 2Z1IA 3DYAA 4FW1A 1KVCA 3OS2A 3AO5A 3D45A 4E89A 4LH5A 2QXFA 1UWBA 2Z1GA 4ZHRA 3L2RA 3VQBA 1TL3A 4NCAA 3ASMA 4AHVA 1YTUA 3KKRA 4DSFA 1X9SA 4B3OA 4FLTA 4KB1A 4Q5VA 2X6NA 3WNFA 3MEGA 5SWMA 4B9MA 1TGOA 3KD5E 4O0JA 1HNIA 3NH2A 1R0AA 1FKOA 4J2AA 4CJSA 4CJUA 3AO4A 2FBTA 3OYGA 4FM1A 4IDKA 4JLHA 3ZCMA 4BACA 3SYZA 3LP3A 1A5WA 4CGJA 2G8WA 3OYAA 3V9ZA 4OKEA 1C1CA 4OJRA 3OJSA 1A5XA 1XWLA 3PV8A 4FJXA 4IKFA 3OYMA 4PY5A 3DLEA 4W5RA 3TR8A 2ZD1A 4O4GA 3AVHA 2KW4A 4M3ZA 4FJ5A 1ZYQA 4ICLA 3OYHA 1C1BA 1DTQA 4KHNA 4ID5A 1MU2A 4IBNA 3TAMA 3MAQA 4DSEA 1FXXA 4FJIA 1CXUA 3RR7A 3IG1A 4M3RA 1RT2A 4NCGA 3NAEA 3SUQA 3QLHA 4FLZA 4FJMA 1I39A 2FC0A 3NH1A 2JGUA 1HQEA 4GMJB 1RT1A 3TAGA 3S3NA 4FXDA 1EXQA 1WAJA 3C94A 2YKMA 2E4LA 1NJYA 1X9WA 1D8YA 3LP1A 3G0ZA 3EYZA 4QCLA 4DU3A 4ELTA 4FZZA 4PWDA 1IKYA 1SKSA 5C42A 2D5RA 4OPKA 2D0AA 3AA4A 4JRPA 2PY5A 2B6AA 2O4IA 2GV9A 2G8VA 4HCBA 3B6PA 3NDKA 3DRPA 3CFPA 4YNQA 5E41A 1RDBA 1RILA 4GVMA 3D0PA 4KTWA 4CHOA 5CYMA 3T3FA 5CY4A 2VG5A 3V4IA 3S9HA 3HPHA 4C8OA 4FJLA 4G1QA 3NGZA 4HUFA 2DFFA 1ZBHA 5C24A 3EZ5A 5I3UA 4KHWA 1I3AA 3RRHA 3SV4A 4R5PA 3V9UA 1ZBLA 1TL1A 3K2PA 1BCMA 2IS3A 4FJJA 4M42A 2HMIA 2WOMA 1HRHA 1TV6A 2OPRA 1IH7A 4DG1A 2F8SA 4CJRA 5J2PA 2DTUA 3LZJA 1Q9XA 1RBUA 3NF6A 1N6QA 4DSIA 4FZYA 2HVHA 1C6VA 3AVMA 1LAVA 3TAPA 4E3SA 3VN5A 1KRPA 3C6UA 3K57A 3K5NA 3NFAA 3WNEA 4CHQA 2HHWA 3LZIA 1XHZA 4BE0A 4CK3A 3LPUA 4RW8A 5K14A 4DTMA 3NF7A 3VQDA 3SUOA 2O4GA 1X9MA 4CHPA 3HJFA 4RW9A 2HW3A 1BI4B 3SCXA 3RMBA 3CG7A 4F3OA 4QAGA 3NCIA 4DTPA 2KZMA 4KFBA 3LPTA 3SUNA 3ISNC 1J9AA 4DF8A 4GW6A 4M3UA 4OGEA 1RT6A 4OLBA 3M8PA 4RW6A 1VSLA 4CEOA 3NE6A 4HUEA 4FJ7A 2BGGA 1VRTA 2FBYA 4BE1A 3V81A 2RPIA 4PQUA 1EKEA 3PO4A 3PUFA 3VQ5A 3NHGA 2OYQA 3WNHA 4CK1A 3OYLA 4DQPA 1WSFA 4DSLA 4Q0BA 1IG9A 4CJEA 4KRFA 1C0TA 2IAJA 4BDZA 2KQ2A 4PA1A 3TARA 4IG3A 1BCOA 4HVJA 1IKVA 2B4JA 3PX6A 2A1RA 4B9NA 3QESA 3OYJA 1EX4A 1JL2A 3KK3A 2PZSA 3NF9A 4J2DA 1K6YA 3ZT3A 1VSEA 3IS9A 3KLIA 4I2QA 4M41A 1RBTA 3UIQA 3VQAA 1SUQA 2GBZA 1BHLA 1WSGA 5EU7A 4CFCA 4QOZB 3ZSOA 4I2PA 1C0UA 2RF2A 3LDSA 3I0RA 2FBVA 1GOBA 1RDCA 3CFRA 4AILC 1T8EA 3LP0A 1HPZA 3HP9A 4AH9A 3HP6A 3M8SA 3HT3A 4DMNA 1UAXA 3HVRA 1IKXA 4DFMA 4IFYA 3QEVA 3U3YA 1REVA 4F2RA 5CZ1A 1A5VA 1VRUA 3LWMA 4M3YA 1GOAA 4W5TA 1C1AA 1JLGA 4FJ9A 1JXBA 4OKJA 4OVLA 1YTAA 1RBRA 1B92A 2IDOA 1QTMA 4B08A 4FK0A 1BIZA 3L2QA 4DFJA 1QS4A 3NF8A 4B9TA 2E6LA 3VQ4A 2QKBA 3V1OA 3A2FA 1NKCA 3P83D 1SKWA 1SL0A 1G15A 4N5SA 4N41A 4DTJA 1JLAA 5HBMA 2G8HA 1S9GA 1NOZA 3ZSZA 4CF1A 3KLGA 3K5OA 4KPYA 3THVA 1LW0A 1S1UA 3CM5A 1YT3A 3CM6A 2X74A 3LAKA 2KFNA 3JSMA 1T05A 4FJHA 3OYKA 1L3SA 4NCBA 4MFBA 4AHCA 3PY8A 3RR8A 3KLFA 4PUOA 3NGYA 4Z4FA 4DWIA 3MECA 2XY6A 4E7IA 3IRXA 5KRTA 2G8IA 3HO1A 1D9DA 3HM9A 4O5BA 5HP1A 1NK0A 4ZTJA 1L3TA 1B9FA 1KVAA 1TVRA 4HHTA 2XY5A 4F4KA 3F9KA 3KLEA 4E7JA 1QE1A 1HYZA 1RT7A 3U3GA 3MXIA 4KI4A 4ZTFA 1IO2A 1WLJA 1SKRA 2OZMA 3AVBA 3VQ8A 2YNIA 5DK5A 3DM2A 3SV3A 4E7KA 1S6QA 4JRQA 4DTOA 1NK4A 2XY8A 3AV9A 1RTJA 3SQ1A 3QIPA 1HJRA 2YHBA 4Y1CA 1W9HA 4KHQA 4CFBA 4M3TA 1VSJA 4W5QA 4RG8A 2ZE2A 4IFVA 2BANA 3SNNA 1LAWA 3DLKA 4DF4A 1XHXA 1U49A 4Z4EA 4CJ3A 4CGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKB 2FF3B 3AY9A 3H3OB 3SJHA 1RT4A 4H8KA 3O4QA 4XIUA 3ZT0A 4DTNA 4X66K 4RW7A 5AFUH 3P31A 4CEDA 4B3MK 2HBKA 4CF8A 1OH7A 2PYLA 3QEWA 5KPZA 3G4SN 3SQ4A 1KLMA 4JEPA 4K43A 3T19A 1JLBA 3DAWA 5M1NA 3I33A 3CC2N 2XRIA 1VQLN 1HNXK 2O8BB 4IOXA 3G10A 3W0LA 4GKKK 3EKSA 1QHTA 4FK2A 1SAZA 3SK3A 2UUBK 5BRHA 3KD1E 2BDPA 2QWNA 2OPSA 3CQ8A 2EX3A 1JXEA 4IOAL 4FPBA 1KD1O 3VA3A 1U4BA 2VWJA 3WXLA 3C6TA 4F3TA 1EP4A 5J2QA 5FPMA 1X3NA 4BRGA 4M7YA 4CBUA 5KGXA 3O3HA 3VQ7A 4Z94A 2B5JA 2A3ZA 2X6SA 2IVOA 4Y1DA 2QTDA 5F2RA 4FWOA 3DLGA 2W41A 4CZMA 3CCQN 5HLFA 4W5OA 1VK0A 4M45A 2E8AA 5KTQA 3TAQA 3FR0A 1MA9B 5GAGP 2ASOA 1JL1A 4YOVA 2ZQBA 5AQGA 1VHXA 1S22A 1Q8IA 4M3XA 1RTDA 1TUYA 4CEZA 3TI0A 4B1VA 1EETA 3QERA 1N36K 4AHTA 2D0CA 4C8LA 4YFUA 4FM2A 5M1QA 4BR0A 3CFOA 1TAUA 4FYDA 3LL3A 2FLOA 5J2NA 1KTQA 3M8RA 4CEAA 1C0GA 4FO0A 2CGJA 2FSKA 2A40A 4RWTA 4FOIA 4K8ZA 3E1YA 4JHDB 1E3MA 1ASVA 2X78A 1ZXOA 4E19A 2ETJA 4C8NA 4NYFA 3IUCA 4KO0A 5FROA 4FM0A 3LDNA 4M63C 3J81O 3AVIA 3M1FA 5M1PA 4FWRA 3PX4A 4MDAA 3QBXA 2P5GA 1MWKA 2AP1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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