5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
2ETJA 4E1NA 5FRNA 3DYAA 5JS1A 3TI0A 3VQBA 4M41A 4FW1A 3AA3A 4B9TA 1LWCA 1IO2A 1QHTA 5J2MA 4KI6A 4ELTA 3TARA 2G8IA 1S6PA 3ZSQA 3OYHA 4RW8A 2VG6A 1C0UA 3KKSA 4KB0A 1XC9A 1JL2A 1JLCA 5KI6A 1L3TA 4M3UA 4DF8A 3KLFA 2ITGA 4FJMA 4NCBA 4KTWA 1R0AA 1LW2A 2DTUA 3MXJA 1QSSA 4CEFA 4HVJA 3DRPA 3NE6A 2PYJA 1NOZA 4BE2A 1Q9YA 2QKKA 1EETA 3QESA 4O0IA 4O55A 1BI4B 1KVBA 1VSIA 4FM0A 3PO5A 4B9UA 4BE1A 3RMDA 3V9XA 4FLWA 4CIEA 3H08A 5HRRA 4FJHA 1KFSA 1Q8IA 1O1WA 3DLRA 1BCMA 4CERA 1SKSA 3PY8A 4DTPA 1S6QA 2ATQA 3LZJA 4FJ9A 3HPOA 3PX6A 4HUEA 2W42A 1ZYQA 4EZ9A 5FROA 1U04A 2E4LA 4IDKA 3OYIA 4Z4FA 3K57A 4Z4HA 3C6TA 3AVJA 1RBUA 2BGGA 2ZE2A 3HPGA 2D0CA 4DU3A 4ID5A 3LZIA 1CZ9A 4DQSA 3JYTA 1RTJA 5FDLA 4JLHA 3K5MA 3HP9A 1I39A 4NCGA 3QIOA 1RDAA 1RTIA 3AVKA 3DLGA 4EP4A 3K59A 4CEEA 3L3VA 3V1RA 3K5NA 4FJIA 1S9GA 3LPUA 4CF9A 1W9HA 1DTQA 1RDDA 2WOMA 1BQNA 4CJTA 1TL3A 4IG3A 3DI6A 4DQRA 3SPYA 5CY4A 4KTQA 4FYDA 4QCLA 4DSFA 4CGIA 4FM2A 1GOBA 4KHNA 4OPKA 2PYLA 3NF6A 3KD1E 1L3SA 4CF1A 2Z1HA 1A5VA 3TAFA 3I0SA 5EU7A 3SYZA 5HRPA 3ZSXA 1JLEA 4MQ3A 1NJZA 4BDPA 3VQPA 3OYDA 4ZHRA 4CJSA 4CJPA 3V9SA 4ZTFA 3NH1A 2A1RA 1L3UA 1S1UA 3HYFA 3T1AA 2G8KA 1NKEA 4CFAA 2HVHA 1JL1A 3O3FA 3NDKA 4CJLA 5HRSA 4FK4A 3PX4A 1BQMA 3LWMA 3NHGA 3LDSA 3SUNA 3MXMA 4N41A 3PUFA 1ZBLA 4Z4CA 4DQIA 4W5RA 1EKEA 3U3YA 3HO1A 1NK8A 3AVIA 1RT4A 3CM5A 3NCIA 1WSHA 4FJKA 3AVAA 5KRSA 3P83D 3AO3A 3TABA 5HP1A 3DLBA 2KZZA 3DLEA 4BDZA 2Y1JA 4UQGA 4Q5VA 5I42A 2JGUA 3ZT4A 1TKXA 3L2RA 1YTUA 4N47A 1B9FA 1ASUA 3NF7A 2F8SA 1TKZA 3RTVA 3KK1A 3SV3A 3SCXA 4CJRA 1F21A 3RMBA 4NYNA 4ID1A 5JS2A 4I2QA 3SPZA 4B9NA 1DTTA 4CK2A 1J9AA 1VK0A 3ZSYA 4CESA 1RTDA 1YT3A 4FXDA 1TV6A 3B6PA 2OPQA 3S9HA 3FFIA 4FLYA 4E7HA 4E19A 3P1GA 3VQ6A 3AVBA 3OYMA 1HQEA 4Z4EA 1IG9A 1J53A 2I5JA 2XRIA 3VQ9A 3JSMA 3T3FA 1BIZA 3RRHA 2IAJA 3V9ZA 1RT7A 4DSLA 2P1JA 3WNEA 3V4IA 1VRTA 2FBYA 4H4MA 4RW9A 3KK3A 3U6FA 3VQEA 1X1PA 3OYGA 1L3VA 4JRPA 1JXBA 3S3MA 5J2QA 2HNYA 4L8RB 1U48A 1KSPA 2KFZA 4KHYA 1TAUA 4Q0BA 3LP1A 1XHXA 4FVMA 3CFOA 1QQCA 2P51A 3KLIA 5E41A 4Z0UA 1KLNA 3VQ7A 3SNNA 3P5JA 3I8DA 1KLMA 4DFPA 1NK5A 2HW3A 2ZQBA 3ITHA 1VSMA 4RW6A 4M3ZA 2QKBA 3M8SA 4IFYA 4DFJA 3ZT0A 1X9WA 3KKRA 1QS4A 4DTOA 4G1QA 1T7PA 4FZYA 3O3HA 4OGEA 4CHQA 5KTQA 3AVCA 5J2PA 4OGCA 1TK5A 1NJXA 1SL2A 4KHQA 3NBPA 4I9LA 4DSJA 2G8WA 1D9DA 4DTJA 2NUBA 4ZTJA 5SWMA 4OPJA 3NH0A 1HNIA 4LY7A 4ELVA 1JLGA 4GW6A 2X78A 1LAVA 3HXMA 1N6QA 3RR7A 4C8KA 4I9QA 3F9KA 4M3TA 1YTAA 1HJRA 2Z1JA 2QXFA 3TAMA 4KHWA 1U4BA 2DFHA 5HBMA 3KD5E 2D0BA 4CJ4A 3PX0A 2F8TA 1S1WA 3AVHA 3OYKA 3SUOA 4KV8A 4LH5A 1UA1A 4OLAA 3VQAA 1TGOA 1JXEA 2YNFA 3V1OA 3SV4A 2YHAA 3NF8A 3SZ2A 3RR8A 1XWLA 4CHNA 1I3AA 4KREA 2IDOA 5C24A 3HJFA 4CHZA 3LPTA 4CJUA 5FRMA 2IOCA 4FJNA 3OY9A 3AA5X 4FJXA 4DSIA 1REVA 1T8EA 3TWHA 3DLHA 4E0DA 1WSIA 3K5OA 5CZ2A 1NK9A 3V1QA 3K58A 4DTSA 1C1CA 4CJFA 2Z1GA 3HVRA 1RNHA 3CG7A 2KFNA 2OPSA 3OYBA 1JKHA 3QETA 3AO5A 3MEDA 4CHPA 4DFKA 4Y1DA 3KLEA 1L5UA 1B9DA 3KJVA 4KHUA 1WLJA 2HHTA 1JLQA 4CJ3A 1S1XA 2D5RA 1J54A 3S3NA 4DFMA 1B92A 3QO9A 4FM1A 4AHVA 1S1TA 4LSLA 3SQ0A 4OKKA 2XY5A 1C6VA 4AHTA 1ASVA 1VSEA 4CEAA 2FBVA 3S3OA 3NAEA 1U45A 2BDPA 4PWDA 3AA2A 3VQCA 3LP2A 3HT3A 4RW7A 1BL3A 3ZCMA 1BI4A 2Z1IA 2RPIA 5J2NA 4HUFA 2PY5A 1BISA 4LH4A 4CCHA 3HL8A 4HUGA 1VRUA 3CQ8A 4C8MA 3VN5A 1RILA 3MEGA 4DTMA 4FLXA 1RT5A 1HYVA 4CGHA 4W5TA 4FJ7A 5CYMA 2GBZA 2HB5A 1EP4A 3L2VA 1ZBUA 3AO1A 3MECA 4KO0A 3LANA 1LV5A 2LSNA 5DMRA 4BWJA 2XHBA 4PY5A 2YV0X 2OZSA 3AVMA 4OKEA 5KGXA 3DLKA 2QK9A 1JLAA 4DU4A 3M8PA 1SKWA 2E6LA 4MFBA 1S1VA 1Z26A 4FLZA 2G8HA 4B9VA 1S5JA 4CEDA 1A5WA 1TK0A 4BWMA 4FJ5A 3C95A 3LAKA 3QEWA 1RT3A 2HNZA 2YNIA 1TK8A 1Q9XA 1JLBA 2FBXA 3DM2A 1WAFA 4CK1A 3OYEA 4QOZB 3QEPA 3VQ5A 4DG1A 4CFCA 2G8UA 1IKWA 1DLOA 4CHYA 4AH9A 3TAQA 2YKNA 3QEXA 3ASMA 3OYLA 4CE9A 4CHOA 1NK4A 1GOAA 1VSJA 4CJKA 3THVA 3ISNC 3HM9A 1T03A 2G8FA 4E7KA 2HHQA 3ZT3A 2X6SA 2B6AA 1CXUA 4BDYA 4DU1A 4M3XA 1A5XA 1HNVA 3WNHA 3WNFA 4DWIA 3AVGA 2YNGA 4QAGA 4B8CA 4IFVA 4M45A 3L8BA 3DOLA 3O4QA 4LD0A 4B08A 3L2UA 4J2EA 2HHSA 4CF2A 4CGJA 1XHZA 4B3OA 4GVMA 3LP3A 3SUPA 4O0JA 4FK2A 4IKFA 4FCYA 4M3WA 2RKIA 4K8ZA 1EX4A 1KVAA 2DFFA 4E7JA 2DY4A 4DTRA 2EX3A 3ALYA 4DS4A 1LAWA 4CF0A 4I2PA 2PZSA 3HP6A 2P5GA 1FXXA 2HHXA 3HSTB 3CYMA 3VQ4A 3A2FA 3L2WA 2XY7A 2HHVA 4FZXC 3QINA 3LALA 1RT6A 1QSLA 1NKCA 3G0ZA 3L3UA 1HMVA 1RT1A 1SKRA 1WN7A 1LW0A 3TR8A 3OJSA 2HVIA 3NGZA 3NGIA 2P5OA 4CGDA 1IH7A 1UA0A 1SV5A 3SQ4A 4CK3A 2GUIA 1RDCA 1TVRA 3ZT1A 1KFDA 4CJVA 1IKVA 1D9FA 4KFBA 1BHLA 4CEZA 3DRSA 1FK9A 5KGWA 3V9UA 5KRTA 3F73A 4O44A 3WNGA 1G15A 2XY8A 3AVNA 3IRXA 4NYFA 4W5NA 4FJGA 4N5SA 1NKBA 2GV9A 1ZBFA 1EXQA 1Z25A 3ZSRA 2HNDA 4HHTA 4CECA 4W5OA 1UOCA 4I7FA 4KRFA 4DS5A 1HRHA 1HYZA 1RBVA 1WSEA 1WSFA 4CEQA 1HYSA 3IAYA 4AHRA 3V9WA 3CFRA 1XI1A 3AO2A 3IS9A 3RRGA 4JS4A 4CJQA 5HLFA 3HVTA 4E3SA 2HHWA 3OYNA 2OPRA 1RCHA 2B5JA 3BGRA 1RT2A 3B6OA 1UWBA 3E01A 4CGFA 3KLGA 4YFUA 1SUQA 3ZSWA 4Y1CA 4E1MA 4BE0A 2ZD1A 3T19A 4FJ8A 1WSJA 4KB1A 3SUQA 3ULDA 1C0MA 3K5LA 4O5BA 1NJWA 4CF8A 4F3TA 2KZMA 3AVLA 3D45A 1ASWA 2X74A 1RBRA 3OJUA 3BDPA 1KTQA 3VA0A 1TKDA 4LSNA 1TAQA 1LWEA 5CZ1A 1WSGA 3QNNA 3SJJA 3AVFA 1VSFA 2R7YA 1W0HA 2HMIA 3SQ1A 4M3RA 4DTXA 3QERA 3SI6A 4KI4A 2A1SA 2VG5A 1U47A 1JLFA 4J2AA 4FJJA 4NCAA 5T7BA 4GMJB 3RWUA 3OYFA 3M8QA 2KQ2A 5K14A 2O4IA 1QE1A 4AHCA 1NOYA 4IG0A 3SQ2A 4DLEA 4PA1A 2XO7A 3L2QA 3NF9A 4AHUA 3I0RA 4KTZA 4C8NA 3M8RA 3EY1A 3ZSOA 1NJYA 1N5YA 4KHSA 3ZT2A 4E89A 3OVNA 1C1BA 3RMAA 4ICLA 2KTQA 2DFEA 3RMCA 3AO4A 4CGGA 4E7IA 1X9MA 1QSYA 4CJ5A 1VSLA 2Q3SA 3VQQA 2OYQA 3PV8A 4CFDA 4AILC 1D8YA 1IKYA 1K6YA 4CJWA 3AV9A 3V6DA 1SL0A 2D0AA 1KRPA 4KAZA 4F2RA 3C6UA 4JS5A 1CXQA 3LAMA 3MXIA 2G8VA 1ITGA 3HK2A 3QIPA 1KVCA 2E6MA 4FLVA 3VQ8A 2FBTA 2OZMA 2OA8A 4KPYA 4FLUA 4DTUA 3IG1A 3EYZA 3CM6A 4C8LA 3TAPA 4WE1A 1FKPA 2HHUA 4CEBA 4FW2A 4J2BA 1KCFA 2AJQA 4IBNA 2WONA 3C94A 1D5AA 4M42A 4HCCA 1BIUA 4AHSA 4FJLA 4DQQA 5HROA 3D0PA 3U3GA 2VWJA 1LWFA 2IS3A 3VA3A 4DQPA 5D3GA 4CFBA 1C0TA 4B9LA 2B4JA 4DSEA 3LWLA 3HPHA 3MEEA 4ELUA 4BACA 4K8XA 3OS2A 3VQDA 3OYJA 4R5PA 1CZBA 1NK7A 4CEOA 1TL1A 5DK5A 4EP5A 5J1EA 3QNOA 3TAGA 1U49A 4F4KA 4YNQA 2O4GA 3NGYA 1VSHA 1YVUA 4RG8A 1UAXA 4OKJA 1J5OA 4M3YA 2JLEA 3V81A 2Y1IA 2FC0A 3O3GA 4DF4A 3MAQA 3TANA 1C1AA 4JRQA 1FKOA 1RBTA 1RBSA 3AA4A 2BANA 3KTQA 4DSKA 4Z4IA 3DOKA 4CJEA 1GOCA 3NFAA 4RW4A 4DLGA 1T05A 4XIUA 1RDBA 4OVLA 3OS0A 3OYAA 4B8AB 4J2DA 1HQUA 4FK0A 3K2PA 4DMNA 1RTHA 4C8OA 4N76A 2IC3A 2XY6A 5SZTA 4CIGA 4B9SA 4F8RA 3KK2A 4PQUA 1ZBHA 4KKOA 2KW4A 3EZ5A 2YNHA 3ZSZA 4E7LA 4H8KA 4H4OA 1HPZA 4FZZA 1WAJA 4FLTA 1QTMA 2YHBA 2YKMA 4W5QA 3OS1A 2VWKA 2X6NA 3TAEA 3DRRA 4OJRA 2RN2A 2IGIA 3ZSVA 3NH2A 3PO4A 4B9MA 1CLQA 1TKTA 3O4NA 1S9EA 1SL1A 5CYQA 4N56A 2EHGA 4PUOA 5C42A 2VG7A 1VSDA 1MU2A 3CFPA 3KLHA 4CIFA 1X9SA 2BE2A 3LP0A 3QEIA 3DMJA 1WNSA 4O4GA 1VSKA 3UIQA 1NK6A 4OLBA 1BGXT 4DTNA 3QEVA 4F3OA 2OPPA 1ZBIA 5C25A 4HTUA 2RF2A 4F2SA 4HCBA 5I3UA 1Y97A 5HRNA 2F96A 3G10A 3OYCA 3QLHA 3KIOA 1BCOA 4EZ6A 4Z4GA 1NK0A 4TSXA 1IKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEB 2D1KA 5GADP 3VQBA 3JXUA 4M41A 3AA3A 3PSIA 1LWCA 1QHTA 4ELTA 4V19S 2D0OA 2G8IA 1S6PA 5DM6L 5M1PA 4KB0A 1JLCA 4DF8A 3KLFA 2ITGA 3A0IX 1NGCA 3SK3A 1R0AA 3UE5A 3AARA 4CEFA 3NE6A 4BE2A 1EETA 2VCPA 1BI4B 1KVBA 2FSJA 5AQHA 3PO5A 4FLWA 3GL1A 5HRRA 3J8AA 3DLRA 4CERA 4BG9A 1SKSA 4CD1A 1VQPN 5LJWA 1YJWN 3HPOA 5AZIA 4Z4HA 3AVJA 3HPGA 4FWQA 1RTJA 5FDLA 4NCGA 2P9SB 1RDAA 3EN9A 4JHDB 5JICA 3K5NA 5DM7L 3HM8A 2QXLA 3MK6A 3CMAN 3QB0A 5CY4A 4KTQA 4FYDA 4CGIA 1GOBA 4CD3A 3NF6A 3KD1E 3VENA 1L3SA 2Z1HA 3TAFA 3I0SA 3SYZA 5HRPA 1JLEA 4FWRA 4JKAA 2CH6A 4BDPA 4BRNA 3VQPA 5M1NA 4ZHRA 3HOTA 3V9SA 1K73O 2HVHA 3HYFA 3T1AA 2G8KA 4M7XA 4X66K 4BRHA 3LL3A 3SUNA 1BQMA 4N41A 4H5VA 4F9OA 2BUPA 4CI6A 3NCIA 4FJKA 3AVAA 2Q1NA 4CW7B 5HP1A 3DLBA 2QWLA 4BDZA 4Q5VA 2JGUA 1YTUA 5AFUH 1ASUA 2O8BA 1F21A 4KHPK 1U2VA 5AQIA 5JS2A 4DV2K 3OBYA 1RTDA 3S9HA 5H1SQ 3P1GA 3VQ6A 3AVBA 3OYMA 1YUWA 3A5NC 2YHWA 5ADXH 2XRIA 3IKMA 3D6RA 2PBDA 5JLFA 1HNXK 1TUUA 3V9ZA 1RT7A 2QI2A 2P1JA 4DSLA 1NGJA 2FBYA 1O13A 3U6FA 4A62A 1L3VA 3BY5A 3FR0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ULE B;  2D1K A;  5GAD P;  3VQB A;  3JXU A;  4M41 A;  3AA3 A;  3PSI A;  1LWC A;  1QHT A;  4ELT A;  4V19 S;  2D0O A;  2G8I A;  1S6P A;  5DM6 L;  5M1P A;  4KB0 A;  1JLC A;  4DF8 A;  3KLF A;  2ITG A;  3A0I X;  1NGC A;  3SK3 A;  1R0A A;  3UE5 A;  3AAR A;  4CEF A;  3NE6 A;  4BE2 A;  1EET A;  2VCP A;  1BI4 B;  1KVB A;  2FSJ A;  5AQH A;  3PO5 A;  4FLW A;  3GL1 A;  5HRR A;  3J8A A;  3DLR A;  4CER A;  4BG9 A;  1SKS A;  4CD1 A;  1VQP N;  5LJW A;  1YJW N;  3HPO A;  5AZI A;  4Z4H A;  3AVJ A;  3HPG A;  4FWQ A;  1RTJ A;  5FDL A;  4NCG A;  2P9S B;  1RDA A;  3EN9 A;  4JHD B;  5JIC A;  3K5N A;  5DM7 L;  3HM8 A;  2QXL A;  3MK6 A;  3CMA N;  3QB0 A;  5CY4 A;  4KTQ A;  4FYD A;  4CGI A;  1GOB A;  4CD3 A;  3NF6 A;  3KD1 E;  3VEN A;  1L3S A;  2Z1H A;  3TAF A;  3I0S A;  3SYZ A;  5HRP A;  1JLE A;  4FWR A;  4JKA A;  2CH6 A;  4BDP A;  4BRN A;  3VQP A;  5M1N A;  4ZHR A;  3HOT A;  3V9S A;  1K73 O;  2HVH A;  3HYF A;  3T1A A;  2G8K A;  4M7X A;  4X66 K;  4BRH A;  3LL3 A;  3SUN A;  1BQM A;  4N41 A;  4H5V A;  4F9O A;  2BUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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