5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
3QEPA 4M3TA 1JLFA 1RT2A 3QERA 4CJRA 1HNIA 4I2PA 4Q5VA 3M8PA 1UA1A 2OPQA 4NCGA 4FZXC 1MU2A 4FLZA 2XRIA 3IRXA 4H4MA 2B4JA 4FJMA 1C0MA 2G8WA 1QS4A 3KK3A 3VQ8A 2HMIA 1KTQA 4PA1A 3AVAA 3OYMA 3DRRA 4ELVA 1NK7A 4DSJA 4FJ8A 4FYDA 3V1RA 2VG6A 3NFAA 4NYFA 1ZYQA 1WAJA 5SWMA 3OYAA 1RBRA 4OGCA 5CZ2A 2G8HA 2QKKA 4E1MA 3TR8A 3RRHA 1T05A 5JS1A 3AO3A 5KGWA 3HSTB 1YVUA 1I39A 1ASUA 3AV9A 4O44A 3U3GA 4XIUA 4E19A 2DFFA 3FFIA 4BE2A 4DLEA 3S9HA 4CJKA 4CEFA 3MXIA 1X9SA 3AA3A 4HUFA 4DLGA 1ASWA 1NK5A 4BDPA 1FXXA 3IS9A 4FW1A 3OJUA 3IAYA 1NJWA 3K5NA 3QO9A 1TKXA 4DSKA 1JL1A 4KHWA 3V9UA 4CJWA 3LZIA 5J2NA 3AVHA 4RG8A 3OYGA 3MXMA 2YHBA 3LALA 3QIOA 2BDPA 1VK0A 4FJXA 2HHQA 3KK2A 4PWDA 1S9EA 1BI4B 1JLBA 4HHTA 4B9UA 1X9WA 3LPUA 3AVGA 3JSMA 2IS3A 4E7IA 4C8KA 3O3GA 1RBUA 4B9TA 4B9VA 3TAPA 4CEAA 2OPSA 1BIUA 1ITGA 1KFDA 5C24A 4DTSA 3LAMA 5HBMA 3S3OA 4CIFA 4QOZB 2XY8A 3QESA 4B3OA 4LD0A 3K59A 3LWLA 2P5OA 5FRNA 1SUQA 4CFAA 4UQGA 3A2FA 4CHZA 4CEEA 4CJPA 4N5SA 1ZBLA 1WNSA 4CGGA 3NH2A 1RBTA 1NKBA 4DTOA 5HLFA 1R0AA 4CIGA 4ZTJA 2A1RA 4FJKA 2X6NA 3VQAA 4FLTA 4KHQA 1N6QA 3HK2A 3DYAA 2I5JA 3ZT0A 4LY7A 4AHTA 3L3VA 3ZT1A 3V9SA 1SKSA 4NCBA 3OYCA 2YHAA 4AHCA 4B9LA 3S3MA 3K5OA 4CECA 4BDZA 3S3NA 2RF2A 2PZSA 4LH4A 3OS2A 4DG1A 4WE1A 5DK5A 1TK5A 3NGIA 4PQUA 1XHZA 1X9MA 4DFPA 2O4GA 3SQ0A 1HJRA 4GMJB 1FK9A 2IGIA 2JLEA 3OY9A 4FM2A 3RR7A 1T8EA 2ITGA 4CGIA 4DTMA 3O4QA 4LSNA 4EZ9A 1QSSA 2LSNA 4CEDA 4CJ4A 4FJGA 3ISNC 4CK2A 4E7HA 1VRTA 2XHBA 2OPRA 4E3SA 3VQ6A 4N41A 4KHSA 3AVKA 3ITHA 3JYTA 2OZMA 1JXBA 3RMDA 4J2AA 4L8RB 4KHNA 3L2RA 1EP4A 5CYQA 3WNEA 4AHSA 4FLUA 1BISA 1LWFA 3AA2A 1NK9A 2KZZA 2HW3A 1A5VA 1L3TA 1VSIA 4CGHA 1U47A 1HQUA 1I3AA 1DLOA 1BL3A 5CY4A 5I3UA 1L5UA 1IG9A 2PYLA 1S1UA 1U45A 3HPGA 2Z1JA 5KRTA 4IG0A 1NK0A 3ZT2A 2B6AA 1KLMA 1GOBA 2YNIA 4CJLA 3V6DA 5HP1A 4FJ9A 1LW0A 3OYFA 4BE0A 1RCHA 2X6SA 4DSLA 4DQSA 1D5AA 3OYEA 1BHLA 1Q8IA 4I2QA 2ATQA 2XY7A 1IKXA 1VSJA 1HYSA 3OJSA 3ZCMA 3ZSZA 3PX6A 4Z0UA 2E4LA 2ETJA 1WAFA 1L3UA 4KFBA 1WSHA 4CHPA 1RDCA 4ID1A 2IAJA 4CEQA 1JLQA 1B92A 4PY5A 4RW4A 3B6PA 3U6FA 2HVHA 4EZ6A 1ASVA 4FK0A 4M3YA 5D3GA 3SV4A 4KREA 1YTAA 1KVCA 3DLRA 3QEWA 1LAVA 3M8RA 1TL3A 4M41A 3VQ9A 3SYZA 3ALYA 1UA0A 2GUIA 1TKZA 1VSFA 4KO0A 4R5PA 1RT1A 2XO7A 4FM0A 1QTMA 4FLWA 3MECA 3H08A 1S6QA 4CESA 4H8KA 1NJYA 2RKIA 2IDOA 3QEVA 1S1WA 3VA3A 3OYNA 3SNNA 3THVA 4F2SA 4CHOA 4DSFA 3SPZA 3ZSVA 3DRPA 3QEXA 3CG7A 4F2RA 3SJJA 3VQEA 3K57A 4DWIA 3PUFA 1NJXA 2IC3A 1JLCA 3DM2A 4OJRA 4JS4A 1U49A 4Q0BA 2R7YA 1KVBA 3AVBA 1QQCA 4CEBA 4EP4A 1T03A 3DOKA 2G8FA 1D9FA 4CHNA 4B9MA 1RBVA 1VSKA 4KTQA 1UAXA 4Y1DA 1HYVA 4JS5A 1ZBFA 1IH7A 4YNQA 3PX0A 3VN5A 3DOLA 4W5QA 4NYNA 3L2QA 4KI4A 1LW2A 1SL1A 1NJZA 4IFVA 2EX3A 1XHXA 3WNGA 3RRGA 1X1PA 2FBXA 4DS5A 2F96A 1UOCA 2QKBA 1W9HA 3I0RA 2HNDA 2YNGA 2YNHA 1EX4A 4OLBA 3OVNA 1CXUA 3SUNA 1DTTA 5FDLA 3L8BA 4DFJA 3TAMA 1L3SA 4CJSA 4CJTA 4IBNA 1D8YA 2RPIA 4LSLA 4Z4HA 3NF9A 4E7LA 4KHYA 3KKSA 4FZYA 3M8SA 3VQDA 4FCYA 3MEEA 1BQMA 2P51A 4BWJA 4BE1A 1WLJA 1NK6A 1FKOA 3V81A 3TANA 4DU3A 4FLYA 5KI6A 5J1EA 3VQCA 5J2MA 1RT5A 3KD1E 1EETA 2OA8A 1WSIA 4LH5A 2XY6A 4FK4A 4B8AB 2HHXA 4DSIA 3DI6A 4N76A 3DMJA 1IO2A 2HHVA 2X74A 3NGZA 4DTUA 1WN7A 1J9AA 1J53A 1N5YA 4KAZA 1WSFA 4GW6A 3DRSA 1S1XA 1WSJA 4H4OA 1G15A 1S1VA 1TV6A 3LWMA 3U3YA 2AJQA 4Z4GA 1RTHA 3RMBA 4CIEA 4ZHRA 4DSEA 3TAQA 2XY5A 5FROA 2D5RA 3AVFA 1RILA 4B08A 5T7BA 1QSYA 3AVCA 4KV8A 2HHSA 3L3UA 3AVLA 1NK8A 3L2WA 3HT3A 1S1TA 3AO4A 3PV8A 2GV9A 2O4IA 4ZTFA 3PO5A 1RT6A 2PY5A 3G0ZA 3CFRA 3TARA 2D0BA 2WOMA 1CXQA 4FVMA 4CF8A 1WSEA 3ULDA 4ID5A 1SL0A 2G8IA 3PO4A 4KTZA 3QIPA 4DQIA 1IKYA 2YV0X 3V9XA 4RW7A 1S9GA 3SV3A 4Z4FA 2VG5A 1LWCA 3RMAA 1W0HA 4RW8A 2E6MA 4CCHA 1JLAA 4HUEA 1JL2A 3C94A 1IKWA 3KLHA 3ZSQA 1FKPA 3KLEA 1S5JA 2EHGA 4PUOA 4EP5A 4CF9A 3VQ5A 4OPKA 1TGOA 3WNHA 2VWKA 3NH1A 4NCAA 4B9NA 1CZ9A 1HYZA 2FC0A 4CHQA 2G8KA 3EYZA 3OYBA 3LZJA 1U48A 4ELTA 4F4KA 1QHTA 4O0JA 4RW9A 1BQNA 3AA4A 4I7FA 3F9KA 3C95A 4FXDA 1RBSA 1ZBIA 2F8SA 3CYMA 4DMNA 4DTXA 2Z1HA 4CEZA 4OKKA 3TABA 4RW6A 3ASMA 3KKRA 4CGFA 4CHYA 3ZSOA 3OYJA 3SCXA 2KFNA 1B9FA 2B5JA 4IFYA 4AHRA 3TAFA 1U4BA 2JGUA 3TI0A 3T3FA 2OYQA 4J2DA 1B9DA 1REVA 3BGRA 4OPJA 3CFPA 3O3HA 4HUGA 2PYJA 2QK9A 4ELUA 3CQ8A 1TAUA 2DFHA 2KFZA 3ZT4A 1IKVA 5KGXA 4FJNA 3B6OA 3DLEA 3MEGA 1J54A 5K14A 1KCFA 3ZSYA 4HVJA 4DTRA 5E41A 2E6LA 2VG7A 3PY8A 3RMCA 1Z26A 4KI6A 1T7PA 1JXEA 1O1WA 4AH9A 4CFBA 3QNNA 3NGYA 4FJ7A 3DLKA 3C6TA 1BCOA 4W5OA 3V9ZA 2ZQBA 5HRNA 3T19A 2HVIA 3PX4A 3QLHA 4JRPA 4DF8A 1VRUA 4OKJA 5C25A 1U04A 3AVNA 3WNFA 3HYFA 4TSXA 3KK1A 3NDKA 4DU1A 1C6VA 4FLVA 4Z4IA 3C6UA 4W5NA 1NKEA 1YTUA 1KVAA 1UWBA 1F21A 1BCMA 1XI1A 5JS2A 4M45A 3ZT3A 3KLIA 4O0IA 1Q9XA 3NAEA 1EKEA 1C0TA 3P83D 4CGJA 4DFKA 2P5GA 3AO5A 2ZE2A 3AVMA 4IDKA 4G1QA 1L3VA 2HB5A 2DY4A 2BANA 5J2QA 3KLGA 2KZMA 4CE9A 2OPPA 3RWUA 5KRSA 3NE6A 4DTPA 3D0PA 4CF1A 2Y1JA 3OYDA 3VA0A 1RT3A 4M3ZA 3O3FA 4YFUA 3HPOA 3EY1A 1VSMA 4FM1A 1BGXT 3SZ2A 4JRQA 2YKNA 3NH0A 1CZBA 4CJEA 2BE2A 4O5BA 3LDSA 3KIOA 3KJVA 4KB0A 3RR8A 3SI6A 3LP0A 3K5LA 3TAGA 3OS0A 1HQEA 3SQ2A 4FJJA 3F73A 1LV5A 4KRFA 4BACA 2DFEA 1S6PA 5J2PA 2RN2A 4O55A 4KHUA 1RT4A 4CERA 4KPYA 4BDYA 4FJ5A 3AO1A 2FBYA 4FZZA 2FBVA 4CK3A 1LWEA 4C8OA 2HHWA 4W5RA 3NF8A 1RNHA 2WONA 3VQ4A 3ZSWA 5CZ1A 1C1CA 2X78A 5FRMA 1NKCA 3LPTA 4O4GA 4CF2A 3V4IA 4DQQA 1ZBUA 4AHUA 1KLNA 5EU7A 3G10A 1DTQA 5HRSA 4E7JA 2BGGA 1TKTA 3AA5X 3ZSRA 3SUPA 1LAWA 1CLQA 4C8LA 1Z25A 2A1SA 3VQBA 1XWLA 3V9WA 1A5XA 3ZSXA 1XC9A 4IKFA 2KW4A 2D0CA 5C42A 2HHTA 4QCLA 4Y1CA 4M3XA 4CJ5A 4E89A 1A5WA 2QXFA 3KD5E 2KTQA 4N56A 3RTVA 3HVRA 3K5MA 3QETA 3SUQA 2W42A 1KFSA 4MQ3A 4QAGA 3I8DA 4DF4A 1RDBA 2HNZA 4N47A 4HTUA 4HCBA 1HRHA 3HO1A 3OYKA 4E7KA 1SKWA 4M3RA 1GOAA 1C1BA 3NCIA 5SZTA 3HM9A 4KB1A 2YNFA 1VSHA 3AVJA 4DQPA 4M3WA 1WSGA 2HNYA 1NOZA 4J2BA 1SL2A 3P1GA 3P5JA 1VSDA 1SKRA 3KTQA 3CM6A 3HL8A 3NBPA 3KLFA 3SQ1A 3LP1A 4IG3A 1JLGA 4CJQA 1Y97A 5I42A 1TK8A 1TVRA 4CFDA 1JKHA 4DS4A 3L2VA 4OKEA 4DTNA 3LP3A 3E01A 3HP6A 4JLHA 3AO2A 4OVLA 4C8NA 4CJFA 3SPYA 3OYIA 3DLBA 3NF7A 3SQ4A 1JLEA 5DMRA 1TL1A 1D9DA 3QINA 4FJHA 3DLHA 1HPZA 2P1JA 5KTQA 3TWHA 1RDAA 1C0UA 4CK1A 3QEIA 1GOCA 5HROA 3MXJA 3LAKA 1BIZA 4CFCA 2YKMA 2Q3SA 4FW2A 4W5TA 3DLGA 3CM5A 2ZD1A 3I0SA 3O4NA 4FLXA 2Y1IA 4J2EA 1RT7A 3T1AA 1RDDA 3TAEA 2NUBA 4K8XA 3V1OA 3OS1A 2IOCA 4CGDA 4CEOA 3IG1A 4KTWA 5HRRA 4CJUA 3VQPA 4E1NA 1NK4A 4FJLA 5HRPA 3AVIA 4DQRA 3HP9A 1SV5A 3LANA 2GBZA 2KQ2A 3SUOA 3BDPA 3LP2A 4CJVA 4F8RA 1C1AA 3VQQA 4KKOA 3VQ7A 3L2UA 1BI4A 1QE1A 4MFBA 4CJ3A 3D45A 4Z4CA 4DFMA 3OYHA 3UIQA 3MAQA 1J5OA 2D0AA 4AILC 4B8CA 2Z1GA 4GVMA 4DU4A 3NF6A 4HCCA 3V1QA 3HXMA 4C8MA 1EXQA 1VSEA 4B9SA 3OYLA 1RTDA 1YT3A 2Z1IA 2G8VA 1Q9YA 4I9QA 3NHGA 4ICLA 4CF0A 3QNOA 2FBTA 4M42A 4F3OA 3HJFA 3K58A 2OZSA 4F3TA 3M8QA 1RTIA 4E0DA 3HVTA 1HMVA 5CYMA 4K8ZA 4FK2A 1TKDA 4M3UA 2VWJA 4AHVA 2F8TA 4OLAA 3CFOA 1NOYA 1K6YA 1QSLA 1RTJA 3HPHA 2G8UA 1HNVA 2DTUA 1ZBHA 4Z4EA 4OGEA 4DTJA 3EZ5A 4FJIA 1KRPA 3K2PA 1KSPA 2HHUA 4BWMA 1TK0A 1VSLA 1TAQA 4I9LA 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HBLA 4CBUA 1JLFA 4FZXC 1V4SA 4MLEA 4FLZA 2XRIA 4H4MA 5AJ3K 1TUYA 5EVZA 1C0MA 2QI2A 1KAYA 4JN4A 1NNEA 4NYFA 3OYAA 4H5WA 2G8HA 3MCPA 3AO3A 5KGWA 4O44A 3SAFA 1X9SA 4CEFA 4BDPA 3IAYA 3OJUA 2A6AA 1Q81O 2O8DB 4FWLA 3QO9A 2I7NA 1GLDG 3V9UA 3LZIA 5J2NA 4DV0K 1KAXA 4PWDA 3DAWA 2IS3A 4E7IA 3O3GA 4JI1K 4B9VA 1ESVA 4CEAA 2OPSA 5FPNA 3S3OA 3EO3A 2OZMA 3LAMA 4DUYK 4IXCA 2GWJA 3K59A 3AGKA 5FRNA 3R8EA 2W6LA 2VQFK 1WNSA 4EIAA 4JI6K 4DTOA 3GG4A 3VQAA 1N6QA 3ZT0A 4AHTA 1S72N 3AAPA 3OYCA 3S3MA 4BDZA 2PZSA 4WE1A 3THWA 3NVMA 4CI6A 4DFPA 5GAEP 3OY9A 4LSNA 3H1VX 4FPBA 4CK2A 3FFKB 4E3SA 4N41A 1OVQA 3AVKA 3ITHA 4IJNA 4J2AA 1EP4A 5F1XA 1HKGA 3AA2A 1NK9A 2KZZA 4BRKA 1BG3A 1U47A 3K9JA 1DLOA 5CY4A 5C2FA 1HKBA 4ISGA 2VYPA 1C0GA 2Z1JA 3HPGA 5KRTA 4IG0A 3PLAA 2YNIA 3OYFA 4BE0A 3THYA 1BHLA 3RVCA 4CZHA 1IKXA 3ZCMA 3R9PA 4Z0UA 1WSHA 4BQLA 4CEQA 4RW4A 2HVHA 2VQEK 2CGKA 1RFQA 1ASVA 4FK0A 1SS6A 2HSTA 1YTAA 2DPNA 1DGKN 4HTLA 4M41A 3ALYA 1UA0A 1GLBG 1RT1A 4YOUA 1NGCA 1S6QA 4H8KA 1VQKN 2RKIA 2IDOA 1S1WA 3CCSN 5CR4A 3VA3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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