4CEDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cedA00
1EX4A 1JLGA 1JKHA 1SV5A 1HYVA 5HRSA 4DU3A 4J2BA 1HQEA 4B9LA 3AA3A 2YV0X 1LW2A 5C42A 1HMVA 4Y1CA 2KFZA 1QE1A 4QCLA 1SL1A 3P5JA 1VRUA 3LP0A 4JLHA 4FM0A 2ITGA 2YHAA 4GVMA 2A1RA 4TSXA 2G8FA 3LALA 4FZYA 4DFMA 3HXMA 4HUEA 4ZTFA 4DSKA 3AV9A 3V1QA 4CJQA 1CZBA 1JLAA 3AVCA 4N47A 4CJVA 3K59A 4C8KA 1BISA 1UOCA 4LD0A 5FRMA 4HTUA 1KFSA 4HCBA 3NCIA 4KREA 4I2PA 1ZBLA 4CJPA 4CCHA 3HO1A 4KB0A 2YNGA 4ID1A 2ZD1A 3SUQA 1C0MA 1CZ9A 4ZHRA 1YVUA 1LWEA 3CG7A 2DFEA 4CGGA 4DQIA 4C8OA 5CZ2A 4DMNA 5DK5A 2OPRA 3OYFA 3M8RA 4JS5A 2Z1HA 4DTNA 1A5VA 4DTXA 4XIUA 1DLOA 1WSIA 4HUGA 1WN7A 4W5RA 3G10A 4DTPA 1RILA 3MXMA 4FJLA 1KVAA 2X6NA 2XY8A 4HCCA 1HJRA 5CZ1A 1XHZA 2Z1IA 3KLIA 1Q9XA 1NKEA 4FK2A 1JXBA 1S6PA 4KFBA 4O0IA 3OY9A 4GMJB 3T19A 3RMAA 3NHGA 3A2FA 3IRXA 3QIPA 1FXXA 4CJ4A 1D5AA 3KD1E 1BQMA 3FFIA 4CK1A 2BDPA 4QOZB 4CGIA 4DQRA 3SV4A 3S3NA 4I7FA 2X74A 3K5MA 4F4KA 2G8KA 4DU4A 4FJHA 3AA2A 4OPKA 3DOLA 4FVMA 1RDDA 3L2VA 2XY7A 5I3UA 4B9SA 1SUQA 4BDZA 2HNZA 4LY7A 4CJRA 4FJIA 4DLGA 2E6MA 3TAEA 3DLHA 4M3TA 2JGUA 5C25A 4DF4A 3QEVA 2YKMA 4IKFA 1BHLA 2HHWA 3ZSOA 3RR8A 4FLWA 4AHUA 1YT3A 4NCGA 3OYIA 3EZ5A 3K5OA 4KO0A 2EX3A 2R7YA 1ASVA 1RT1A 2D5RA 4CFBA 5FROA 3V81A 1TKDA 2FBVA 3QERA 3RRHA 1VSDA 3ZT0A 4CFAA 2E4LA 4KTZA 5HRNA 1N5YA 3CQ8A 3SZ2A 3BGRA 4W5TA 1XC9A 4FJXA 3MXJA 4O4GA 1TK0A 2P5GA 1BGXT 3SQ2A 3RWUA 4AHSA 1TK5A 1C0TA 3PO5A 3PY8A 2F8TA 4M45A 4J2EA 4F3OA 4CE9A 2W42A 4E0DA 1HRHA 3G0ZA 3L3UA 3V6DA 1ZBIA 3D45A 5HRPA 3NFAA 2Z1JA 3OS2A 4AHCA 4E19A 1FKPA 4Z4IA 4HVJA 1X1PA 1RTIA 3HJFA 2VG6A 4EZ6A 3LZIA 4RW4A 3WNHA 3KK3A 3I8DA 1TKTA 4IDKA 1TV6A 4E3SA 4DSIA 4FLZA 2D0BA 5SWMA 3QEIA 4Q0BA 3PO4A 4NYNA 2HHTA 3ZT1A 4Y1DA 1C6VA 3HVRA 1Z26A 3WNEA 3LP3A 1LWFA 1D8YA 4CIFA 4BWJA 3AA4A 3NF6A 4CF1A 3ZT2A 5D3GA 2X78A 3C94A 5J2MA 2OPPA 2RPIA 3ZSYA 3PV8A 3IAYA 3KLEA 4CEFA 4F3TA 4KTQA 1S6QA 3MAQA 2Z1GA 3MXIA 1DTTA 3DYAA 2KQ2A 4W5QA 2Y1IA 4M42A 1FKOA 5HRRA 4JRQA 1KVCA 3TANA 3VQ4A 4BDPA 4BWMA 4H4MA 2F8SA 4PWDA 3TAQA 2VWJA 1T03A 3OJSA 1J53A 3CM5A 4CEDA 3ZSQA 4EP5A 1QS4A 1B92A 4F8RA 3I0SA 1S1WA 5KRTA 4CGFA 3O4QA 1SKRA 2YHBA 1NOZA 3TAPA 1KTQA 3DLKA 4N5SA 2QK9A 1NJYA 4OKJA 3VQ6A 4OPJA 4DQPA 1T7PA 2D0CA 2DY4A 1VSHA 1XI1A 1EETA 3VQBA 2Q3SA 1GOBA 3KKRA 2IOCA 1B9FA 3NBPA 2O4GA 3U3GA 4CHQA 3KLFA 3NF8A 1U45A 1QHTA 4AHRA 4CFDA 4M41A 4CEZA 5J1EA 3NAEA 4E7KA 1UWBA 2HMIA 3VQQA 2PY5A 1TAUA 1JLEA 5KI6A 3WNGA 2XHBA 1QSYA 2LSNA 4BDYA 4E1NA 1TL1A 4DTMA 1W0HA 3LAMA 4KHSA 4CJTA 4OVLA 3TAFA 1RT6A 4H4OA 1N6QA 3OYGA 3RTVA 1KLNA 1BCOA 1WSFA 2OPQA 3ZT3A 3KLHA 1NK5A 3OYNA 3AVGA 1RT5A 4LSNA 1QTMA 4CECA 3JYTA 1BIUA 4DS5A 3QEPA 3LAKA 4CIGA 4ZTJA 1ASWA 3ITHA 5C24A 3HPOA 3MEDA 1JL1A 4JS4A 4M3RA 3D0PA 1I39A 2VG7A 1TKXA 1NK8A 3AVAA 3QETA 4PUOA 4FW2A 4DTRA 4HUFA 1B9DA 4E89A 3NE6A 3HVTA 2G8UA 1CXQA 3VQCA 1IO2A 4DG1A 4EZ9A 4B8CA 4KHYA 3VQEA 5KTQA 2OPSA 1VSMA 4DTJA 3AVMA 1D9FA 4FJ8A 1GOAA 1WAJA 4FJNA 3ALYA 2HVIA 3AA5X 3HM9A 5J2QA 2PYJA 1LWCA 4QAGA 4Z0UA 3F73A 3SPYA 1BI4B 1BI4A 4DTUA 1S1XA 1NJXA 4B8AB 4OLAA 2F96A 1JXEA 4LH4A 5T7BA 4B08A 1T8EA 3RRGA 4ELUA 4N41A 3P1GA 3K57A 1KCFA 1WNSA 1X9WA 1VSJA 4DFKA 4C8LA 4DFPA 1VRTA 2DFFA 4FJKA 5K14A 3AO1A 1TAQA 4DLEA 3LPUA 4CJ3A 1NOYA 1EP4A 1NK9A 1EXQA 2HHSA 2IC3A 1LAVA 3DI6A 2WONA 3F9KA 1BL3A 3H08A 4CGHA 1LV5A 3CFPA 3NGYA 5KGXA 3B6OA 3KJVA 3LWMA 3OYLA 3TABA 3OYAA 5EU7A 3HPGA 3RR7A 1GOCA 1WSGA 4AHVA 2WOMA 3T1AA 3WNFA 2KZMA 4CK3A 1VSEA 3VQ8A 1BIZA 4E1MA 5KRSA 3OYHA 4E7IA 1UA0A 4CHYA 1SKWA 3VQAA 3AO5A 2E6LA 1Q9YA 3UIQA 1NK4A 4F2RA 2HVHA 2NUBA 3MECA 1ZYQA 4CJLA 3TR8A 5HBMA 3HSTB 3HL8A 4AILC 3V1OA 1U47A 2ZE2A 3ISNC 1LAWA 3EYZA 4FJ7A 4PQUA 4CGDA 2FBTA 2GUIA 4LSLA 5KGWA 2IDOA 3E01A 1D9DA 2OZMA 4CJEA 3HP6A 2YNFA 2HNDA 1XWLA 1RTDA 1J9AA 3QO9A 2HHUA 1JLCA 4DSLA 2D0AA 4N56A 4Z4GA 3ULDA 3M8SA 3C6UA 1CXUA 4DSEA 3AVIA 1S9GA 1VSFA 4L8RB 3L3VA 4CHZA 2HB5A 3DLBA 2YKNA 2IAJA 3S3OA 1BCMA 1VK0A 3ZSXA 1HYSA 3L2RA 1K6YA 1IKWA 3DRSA 4CF8A 4Z4FA 1RDCA 4FLYA 4IG0A 5CYMA 5FRNA 2ETJA 4CESA 5JS1A 4DQQA 4CJFA 3NDKA 3VN5A 1X9SA 4NCAA 1QSSA 4ELTA 4FJJA 1RDBA 3DLEA 4UQGA 4MFBA 4M3ZA 3LP2A 1TL3A 1REVA 3PX4A 3TI0A 1WSHA 2YNIA 4CJKA 3V1RA 3RMDA 3SCXA 4N76A 3S3MA 1A5WA 2B6AA 4KKOA 4O55A 1U4BA 5DMRA 2DTUA 3KLGA 3K5NA 3ZT4A 4Z4HA 1SL0A 3SUOA 1L3UA 4FJ9A 4CEOA 3K58A 4RW8A 1G15A 3PX6A 2PZSA 3HT3A 1X9MA 1S1TA 2HW3A 3SJJA 4IG3A 4KTWA 5E41A 1WSEA 2QKKA 2BE2A 1S1VA 2X6SA 1VSKA 3L2WA 4DQSA 3AVJA 3HYFA 5SZTA 4FK0A 3MEEA 2PYLA 4F2SA 1ZBUA 2B4JA 2P51A 4ICLA 4CJSA 2G8IA 2KZZA 2B5JA 4NCBA 3EY1A 3V9XA 3V9ZA 3ZCMA 2I5JA 2HHVA 3AVKA 1TKZA 1JLQA 3ZSRA 4CF0A 1I3AA 3LANA 4DTOA 1RT3A 2KW4A 4CF2A 1JLBA 2RF2A 4GW6A 4KI4A 2JLEA 3DOKA 5HLFA 1QSLA 1LW0A 3RMCA 3OYCA 3V9SA 1IKVA 1U48A 1C1BA 1RBSA 2GBZA 3DLGA 3U6FA 2OA8A 4FJ5A 4FW1A 5HP1A 1Z25A 5J2NA 4CHPA 1UA1A 4DSJA 3KKSA 3VA0A 1NKBA 1O1WA 4CERA 3B6PA 4YFUA 1C1CA 4ELVA 2HHQA 1C1AA 2IGIA 1C0UA 3QLHA 1RT2A 1S1UA 4MQ3A 4H8KA 4C8MA 3QNNA 2AJQA 3CM6A 3AVBA 2EHGA 3OYBA 3CYMA 1KLMA 4LH5A 4C8NA 3OS0A 4ID5A 3QEXA 4K8ZA 4CF9A 4B9UA 4FK4A 1XHXA 3OS1A 4IBNA 4E7HA 2P5OA 2XO7A 1SKSA 1JLFA 4DF8A 3V4IA 4M3UA 1NJZA 3NH2A 1RCHA 1HNVA 3LPTA 4KRFA 3QINA 4O44A 4J2DA 4B9TA 3LZJA 3TAMA 4FLXA 3NGZA 3SQ4A 3PX0A 4CEQA 4DTSA 3QEWA 1IKXA 4CIEA 3OYDA 3HK2A 4CEEA 4M3WA 4E7LA 3V9WA 3SYZA 3IS9A 1L5UA 1HPZA 1ZBHA 3VQDA 4DWIA 3VQ5A 3KIOA 2O4IA 2DFHA 1A5XA 3THVA 1F21A 3K5LA 1U49A 4NYFA 1KVBA 3L8BA 1T05A 3NH1A 3L2QA 3IG1A 1RT4A 3OYMA 4B9MA 2OZSA 4RG8A 4DS4A 2G8VA 1L3VA 4OLBA 1NK6A 3P83D 4K8XA 3M8QA 2FBYA 1YTAA 5JS2A 3HPHA 3PUFA 3SQ1A 3TARA 4KHWA 3AVNA 4BE1A 3MEGA 4O0JA 1FK9A 2VG5A 4BE0A 3DLRA 3LP1A 4PY5A 3VQ7A 1HNIA 3T3FA 1WAFA 3AO4A 4IFYA 2RN2A 3QIOA 2GV9A 3AO3A 1HQUA 1CLQA 3DM2A 1RDAA 3ASMA 4CK2A 4CJUA 2G8WA 1ZBFA 4M3YA 3O3GA 2HNYA 3DRPA 4KPYA 1RNHA 4R5PA 3O3FA 1IKYA 1U04A 4B3OA 1NKCA 1WSJA 3KK2A 3ZSVA 3SUPA 2FC0A 2RKIA 4DSFA 4B9NA 4IFVA 2ATQA 3KK1A 1WLJA 2OYQA 1KFDA 4OJRA 3TWHA 2Y1JA 1RBRA 3DRRA 4KI6A 4DFJA 4FXDA 5CY4A 3KD5E 2YNHA 2XY6A 3BDPA 1IH7A 2ZQBA 3SI6A 1S5JA 1VSIA 1ITGA 2A1SA 4B9VA 4FZXC 4CHOA 1KSPA 4W5NA 2BANA 4FLTA 3NGIA 4CFCA 4KAZA 1UAXA 1DTQA 3C95A 4KV8A 1TVRA 3O4NA 1R0AA 2BGGA 1RTHA 2QKBA 3ZSWA 3C6TA 4JRPA 5FDLA 4O5BA 1SL2A 5CYQA 3SV3A 4FJGA 1EKEA 4CHNA 4FCYA 3QNOA 4KHNA 4KHQA 4EP4A 3KTQA 4RW6A 4KHUA 1J54A 4I9LA 4WE1A 3OYEA 4FYDA 3AVHA 3NH0A 4BE2A 4CJWA 1RT7A 3VQPA 1J5OA 1RBVA 4Z4EA 4CJ5A 4YNQA 3HP9A 4G1QA 4AH9A 4FM1A 3VQ9A 1RBTA 3QESA 2KFNA 2HHXA 4CEBA 4FLUA 3K2PA 1S9EA 4RW7A 4AHTA 3AO2A 4OGEA 3RMBA 1RBUA 4Z4CA 4KB1A 2VWKA 4M3XA 1NK0A 4CGJA 1JL2A 1Y97A 3DMJA 3OYKA 1BQNA 1TGOA 3L2UA 4DU1A 3U3YA 4FJMA 1YTUA 4I9QA 1L3SA 4FM2A 4Q5VA 2XY5A 3LDSA 1RTJA 3NF7A 4PA1A 1VSLA 3SNNA 1W9HA 4I2QA 4HHTA 1IG9A 3OYJA 4BACA 1QQCA 1MU2A 4J2AA 1NK7A 4RW9A 3CFRA 3AVFA 4FLVA 1ASUA 1HYZA 1NJWA 3I0RA 3TAGA 2G8HA 5I42A 2XRIA 4OGCA 4E7JA 3SQ0A 4FZZA 4W5OA 3AVLA 3NF9A 3OJUA 1TK8A 3O3HA 2KTQA 3S9HA 2IS3A 3LWLA 4OKKA 1Q8IA 2P1JA 3V9UA 3SUNA 3ZSZA 2QXFA 3VA3A 1KRPA 1L3TA 4CEAA 3CFOA 3M8PA 4OKEA 2FBXA 5HROA 5J2PA 3JSMA 3SPZA 3OVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU3A 4J2BA 5B8HA 1HQEA 2YV0X 1HMVA 3CERA 2KFZA 2O8DA 1GLAG 3DWLA 2G8FA 4TSXA 2GELA 4FZYA 3MK6A 3PSIA 3MMVA 4DSKA 3V1QA 3W3DA 3U9ZA 2OTLN 4MLHA 4HTUA 3NCIA 2IVOA 5CE3A 3HO1A 3EO3A 1C0MA 4RTFD 5DK5A 3F5TA 4JS5A 2Z1HA 1BA1A 3G4SN 3A0IX 4DTXA 3MN9A 1DLOA 3MXMA 4DTPA 4FJLA 2X6NA 1HJRA 5CZ1A 1NKEA 4U7BA 1JXBA 4KFBA 1N36K 3SMPA 3A2FA 3IRXA 1E4GT 1FXXA 1T3VA 3FFIA 1RGIA 4QOZB 4DV3K 3VESA 4DQRA 3S3NA 4DU4A 4BRHA 3AA2A 4OPKA 5EVZA 1RDDA 3U4LA 5I3UA 4BDZA 5C25A 3ZSOA 2WUSA 4A62A 2QWRA 3RR8A 3WT0A 4K0KK 3EZ5A 4EIAA 1JCFA 4BRNA 1TUYA 2EX3A 1ASVA 1RT1A 2D5RA 3V81A 2GWJA 3AGKA 3RRHA 5EXWA 3WXLA 1KAXA 1BGXT 3RWUA 1TK5A 2FSKA 1C0TA 3PO5A 3PY8A 2O8EB 4CE9A 2CGJA 1HRHA 3L3UA 2UXBK 3V6DA 1ZBIA 3OS2A 1QVFM 4CJ7A 4FWKA 3ZYYX 3UKUB 4JI7K 1NGIA 4KH5A 3WNHA 3D6RA 1O13A 1T6CA 2PBDA 3BP8A 4A57A 2BUPA 4FLZA 2FXUA 4M7XA 4Y1DA 3GDQA 4DV0K 3HVRA 4DR6K 1LWFA 1D8YA 4BWJA 3I56N 1M1KO 3C94A 1ILYA 3MXIA 1DTTA 2Y1IA 5HRRA 3WQTA 3TANA 4BDPA 3VQ4A 4LF7K 4BWMA 2O8BA 4NLBA 2ASMA 1T03A 1XQSC 3CPEA 3TTCA 3THYA 3I0SA 1N32K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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