The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
118
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structure length |
118
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Chain Sequence |
ASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
36
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| structure length |
118
|
| sequence length |
118
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P38 A; 3EE9 A; 3KWI A; 3F5T A; 3O9Q A; 3L4Q A; 3P39 A; 3O9T A; 2KKZ A; 3D6R A; 3KWG A; 3EE8 A; 2RHK A; 3O9U A; 3OA9 A; 3M5R A; 3O9S A; 3P31 A; 2GX9 A; 4OPA A; 4OPH A; 3RVC A; 3O9R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NBP A; 4I6M A; 5GAD P; 1RDU A; 4BQZ A; 3TAG A; 4M3Z A; 4KFB A; 2G8F A; 5FRM A; 4JI8 K; 2QWO A; 2PZS A; 3BUZ B; 3O4W A; 2RN2 A; 2E1Z A; 3O1W A; 1EKE A; 1HQU A; 1Q81 O; 4DTR A; 3WNG A; 1NGJ A; 3NVK A; 2E4L A; 4ISG A; 2W6L A; 4C1N K; 2BTF A; 3WXI A; 4B9N A; 3ZET A; 4IO9 L; 1UWB A; 4OKE A; 5M1K A; 5JS1 A; 5AQS A; 3P1G A; 1TKZ A; 1HPM A; 2YHB A; 1C0G A; 4W5O A; 4FJN A; 2GWK A; 4DLE A; 1JLF A; 1Z05 A; 3THW A; 3HO1 A; 3WNH A; 5LJV A; 1VSI A; 4O44 A; 3O1B A; 2J4R A; 1OKJ A; 4WFA L; 4DQR A; 2HVH A; 3SMP A; 2ZF5 O; 4WFN L; 2PAV A; 3QFP A; 5LMN K; 1JLE A; 1WSI A; 3V1R A; 2GUP A; 1J5E K; 4BG9 A; 3NVM A; 4JLH A; 1TGO A; 4OVL A; 4DV4 K; 1NK9 A; 4PY5 A; 2UXB K; 3KLG A; 4KI4 A; 1DT9 A; 4CER A; 3H45 C; 4E0D A; 2UXD K; 5BRE A; 3N4Q A; 4XEI A; 2YHA A; 4M3T A; 4CEB A; 3TI0 A; 3LM9 A; 2BH1 A; 2FF6 A; 2Z1H A; 1Q18 A; 3IMX A; 3HPH A; 5HRS A; 3VEY A; 4FJX A; 3RR7 A; 1CXQ A; 1WSH A; 3UKU B; 3GOI A; 4FWM A; 3NF8 A; 3DRP A; 3TU5 A; 4DS4 A; 3DM2 A; 4AQY K; 3FE1 A; 3E9P A; 4OPK A; 4CJF A; 1QQC A; 1BQN A; 3VQA A; 4M3R A; 3AY9 A; 3QO9 A; 4CFC A; 3VN5 A; 1NMD A; 3EKU A; 2Q2R A; 3KK7 A; 1X9M A; 1CZ9 A; 1QSL A; 1SAZ A; 2FC0 A; 2WOM A; 4IEE A; 2NLX A; 1A5V A; 4KRE A; 1VHX A; 4X65 K; 2F9T A; 3NH0 A; 4FLV A; 1U45 A; 4V19 S; 4FJ5 A; 3VPZ A; 3TWH A; 3VOV A; 4FO0 A; 4PKI A; 4I2Q A; 3CI5 A; 3THV A; 2WUS A; 3C6T A; 3K5N A; 4B1Z A; 1WAF A; 1U2V B; 2F96 A; 1RCH A; 3W0L A; 4JK8 A; 3ZSO A; 4F3O A; 2OPR A; 3O9R A; 5EY4 A; 2RKI A; 4E7H A; 4JS4 A; 1N6Q A; 2VYP A; 1HPZ A; 4HHT A; 4CZE A; 3AGK A; 3AO5 A; 3AVN A; 1RTI A; 3LPT A; 3QDK A; 4YOT A; 5HRO A; 4KH5 A; 4B9T A; 1WNS A; 3KHY A; 3L2V A; 3HM9 A; 3WEE A; 1RTJ A; 3AA3 A; 3N4P A; 4FYD A; 4BY9 C; 4DV1 K; 2DPN A; 5BRF A; 1KSP A; 2W42 A; 2O8D B; 1IG9 A; 5AQL A; 3I0R A; 2O4I A; 5H1S Q; 4CCH A; 3OYM A; 4DV0 K; 4BRG A; 2HNZ A; 3ENH A; 4BRP A; 4GNI A; 1I39 A; 4KTW A; 4CFD A; 3ZSY A; 2XY8 A; 3CCS N; 3A5N C; 4CI6 A; 2WTU A; 4DR6 K; 4E89 A; 4IEI A; 3IRX A; 3L2Q A; 1QSY A; 3LAL A; 4OJR A; 1T8E A; 4DR4 K; 4DWI A; 4Q0B A; 1M90 O; 1ATN A; 4G1Q A; 4MFB A; 3OS1 A; 3V1O A; 3SV4 A; 1YVU A; 1U4B A; 4OKK A; 2P9P A; 4CJ7 A; 1HQE A; 2ZE2 A; 2EX3 A; 4FWR A; 1RBU A; 3AO2 A; 1XQS C; 1EX4 A; 1BI4 B; 1TVR A; 4JI7 K; 1C1C A; 1D5A A; 3MXJ A; 4FJ9 A; 4Y1C A; 4IG0 A; 4JRP A; 3QEX A; 1QZ6 A; 4CFB A; 4O5B A; 5LY3 A; 3ZSQ A; 3I8D A; 4JI6 K; 3WXM B; 3HXM A; 4KHP K; 1NOY A; 4CJK A; 4CGJ A; 1Q9Y A; 1C1A A; 4L3Q A; 3RTV A; 3CC4 N; 5A2Q O; 2I5J A; 2NRH A; 1Y97 A; 1DKG D; 1GOB A; 4H0O A; 1RT6 A; 4DSI A; 4F2R A; 4WCE L; 4F8R A; 2AJQ A; 4CGI A; 3VQ7 A; 1N33 K; 3V9X A; 4BVO A; 4YDU C; 2NRR A; 5BR9 A; 1IBL K; 3RR8 A; 4CFA A; 1QQM A; 3CQX A; 3CCR N; 5MLC Q; 4TSX A; 5AQH A; 3TTD A; 3U9D A; 3LDL A; 1QQO A; 2E6L A; 4CD3 A; 1L3S A; 1XUP O; 3AVG A; 3NCI A; 3CYM A; 4IOA L; 5AQZ A; 5AQY A; 3NHG A; 4KV8 A; 4H4O A; 1MWK A; 3K58 A; 4IG3 A; 3I55 N; 1DGK N; 3THY A; 3JS6 A; 1RTD A; 3AAP A; 3VER A; 4DR2 K; 4B9M A; 4DQP A; 4F3T A; 4H5T A; 3G10 A; 4RWT A; 4JRQ A; 5C15 A; 1DLO A; 2ATQ A; 4K42 A; 4HUE A; 1YI2 N; 2O8E B; 4F2S A; 2P1J A; 5DM7 L; 1QVF M; 4BRL A; 2B6A A; 3B6O A; 5AJ3 K; 4I9L A; 1HKG A; 3HVT A; 5AQG A; 1TAU A; 3LWL A; 3A5M C; 3ZSR A; 3J8A A; 4BRQ A; 4EP4 A; 3QIP A; 5M1N A; 4DQS A; 4YOV A; 3ULE A; 4CHQ A; 3MN6 A; 2BE2 A; 5T7B A; 3BGR A; 4H5V A; 4H5N A; 5C0Y A; 3DMJ A; 3TSP A; 3SPY A; 1SZ2 A; 3R8E A; 1LAW A; 4JHD B; 3A0I X; 1ZBU A; 4OX9 K; 3KZB A; 1BIU A; 4M41 A; 2VWJ A; 4E1M A; 2ZGZ A; 3MN9 A; 3S9H A; 3CCM N; 3OYD A; 3ZT3 A; 4CJU A; 3KK2 A; 5BRH A; 1G15 A; 4CW7 B; 4DQI A; 4JKG A; 4DF8 A; 4DTU A; 2QWR A; 2P9U B; 1KAY A; 1S1V A; 4DV5 K; 1BL3 A; 1D9D A; 3OYL A; 3ZEU B; 4BRH A; 4FXD A; 1YVN A; 2A5X A; 4O55 A; 2UUA K; 1A5X A; 4CZI A; 5SZT A; 3IUC A; 4DTM A; 5GIP A; 4DTJ A; 3LAM A; 1ITG A; 2GV9 A; 5TKW A; 1SL1 A; 4YOX A; 1BCO A; 1XI1 A; 3SUP A; 4Z4G A; 1NK7 A; 1EET A; 4E1J A; 3MAQ A; 3JXU A; 5ELZ A; 3KK1 A; 4FJG A; 1B92 A; 4OKJ A; 5JLF A; 1BQM A; 1OH7 A; 3MEE A; 5CHI A; 1TYQ A; 2F4V K; 3OS2 A; 2FF3 B; 2P9L A; 2ITM A; 5AZJ A; 4K0K K; 3TAB A; 4DSE A; 3TPQ A; 2QWQ A; 1G99 A; 2VCP A; 3IAY A; 3CG7 A; 5E41 A; 1K6Y A; 4BAC A; 3DLB A; 1IKY A; 3PIO L; 2XRI A; 4B9U A; 4LF5 K; 2F7T A; 3NFA A; 3J81 O; 2HF4 A; 3DLG A; 2P9N B; 4DQQ A; 4DTO A; 2P9I A; 3LP1 A; 1J5O A; 1GLD G; 4BDZ A; 4Z4H A; 1OVY A; 1VQ5 N; 1RDB A; 5ADX H; 1W2B M; 1BA1 A; 4M3X A; 2FLO A; 2HBK A; 3MED A; 1BCM A; 4A59 A; 5AQU A; 4GY2 B; 4CJ3 A; 3OBW A; 1HYS A; 5AQM A; 1RT3 A; 5TKY A; 2GEM A; 4YY3 K; 3OJS A; 1QTM A; 4E7L A; 1YIJ N; 1JKH A; 3CPE A; 4JKC A; 3BZC A; 2ZM6 K; 3VQP A; 1JCF A; 3JAM O; 3VGL A; 4DR7 K; 4HTU A; 2FSK A; 4CZM A; 5J2P A; 3H3N O; 4CF0 A; 4DCH A; 2E5L K; 3I33 A; 1KVB A; 3DLE A; 1T03 A; 4BGB A; 1VQK N; 1Q86 O; 3VQ6 A; 4O0J A; 4ILG B; 4JKB A; 5LJW A; 3VMF B; 1JL1 A; 3B6P A; 2RHK A; 5AZI B; 4JI4 K; 4B3M K; 4FWL A; 4FSV A; 4DLG A; 2LSN A; 3VQQ A; 3O3H A; 4EZ6 A; 1L5U A; 5JIC A; 3QET A; 4RW6 A; 3C7N B; 2OCE A; 1GLL O; 2FBT A; 4DTS A; 4Z0U A; 3CFP A; 3P39 A; 1VSL A; 4LH4 A; 2OPS A; 4DMN A; 5C12 A; 3DOK A; 4WQ4 C; 1NJI O; 3CME N; 1V4S A; 4A5A A; 3VQB A; 4MDB A; 4NCG A; 4CZK A; 3S41 A; 2PY5 A; 4J8F A; 3QNN A; 3OVN A; 2QWL A; 4PKG A; 1E4F T; 4C8K A; 4E1N A; 3UIQ A; 2NRW A; 2IVO A; 3ZYY X; 4BE1 A; 1T6C A; 3ZX0 A; 2YNH A; 3MK6 A; 4FW1 A; 4HWI A; 1VQO N; 4KBO A; 3DLR A; 3QES A; 3ISN C; 2XY6 A; 4GKK K; 1C6V A; 2DY4 A; 2A6A A; 4I6M B; 3V9W A; 2IGI A; 3TAR A; 5BRD A; 2CGJ A; 3GL1 A; 5JMV A; 3LDN A; 4LFB K; 4JKF A; 3AVJ A; 4C8M A; 1SKR A; 2E88 A; 5M1F A; 4GMJ B; 3DWL A; 1Y64 A; 1S6Q A; 3OTO K; 4RTF D; 4KHQ A; 4LFA K; 3L8B A; 2QM1 A; 1BHL A; 3JYT A; 5DMR A; 1XNR K; 3ZET B; 4JK9 A; 2D0C A; 2E2N A; 3O9U A; 2XO7 A; 1GLE G; 4DSJ A; 3PLA A; 4IOC L; 4RCH A; 1NOZ A; 5HLF A; 1QQN A; 3U4L A; 2W41 A; 1JXE A; 1NKE A; 3F9M A; 4HCB A; 3VEZ A; 2KQ2 A; 2PBD A; 3THW B; 1J54 A; 5AQT A; 1IG8 A; 3PX0 A; 4C1N I; 2KTQ A; 1SL0 A; 4FOE A; 3U3Y A; 2KFZ A; 1X3M A; 3UB5 A; 2VQF K; 2WFB A; 3PX6 A; 4OGE A; 4DTN A; 3QBW A; 3EE8 A; 4O0I A; 3HI0 A; 4HUF A; 1V4T A; 2HHQ A; 1O13 A; 3O9S A; 4H0Y B; 4DTX A; 1JLQ A; 1HX1 A; 2QK9 A; 3P38 A; 3D7E O; 3M3Z A; 4H5R A; 1VSD A; 4JI5 K; 2NRX A; 1W0H A; 3OBY A; 3VQ8 A; 1BIZ A; 3D6R A; 4CJS A; 3L0Q A; 3TR8 A; 3WQU A; 1K8K A; 2VGM A; 2E2P A; 3HP6 A; 4BWM A; 4O8U A; 4AHC A; 2QI2 A; 3R6M A; 3FFK B; 1FJG K; 3R9P A; 5GAG P; 5BR8 K; 2X74 A; 3VEV A; 4YOW A; 1TUU A; 3V81 A; 4JKE A; 3U6F A; 3CC7 N; 3T7Z A; 3OYC A; 4BC5 A; 4QS7 A; 1IJJ A; 4BRA A; 3C0B A; 3L2R A; 1TKT A; 1XMQ K; 1W7A A; 4CZG A; 4XH4 A; 2PFU A; 1O1W A; 4EFH A; 1REV A; 3G6E N; 1YHQ N; 2VGN A; 2QKK A; 3CM5 A; 2KHO A; 3AAR A; 4JI1 K; 3VF2 A; 2XY5 A; 2QA4 N; 1WOQ A; 4GKJ K; 1WB9 A; 3L4Q A; 3CXC M; 1KRP A; 2GWJ A; 1C0U A; 3OYF A; 1XNQ K; 2VG7 A; 1GLJ O; 3HOS A; 3OY9 A; 4ELT A; 1ESV A; 4FPA A; 2HMI A; 1GLC G; 1NWK A; 4AHV A; 4BRN A; 1W97 L; 4K8Z A; 4LFC K; 2HND A; 3A5O C; 3OYE A; 4CJR A; 2G8H A; 1HYZ A; 2HMP A; 3BP8 A; 1BA0 A; 1KFD A; 3AVK A; 4DTP A; 3MEG A; 2O8B A; 4DFJ A; 2UU9 K; 1X3N A; 2HOE A; 3AA2 A; 5AQW A; 5DM6 L; 1S1U A; 3WEE B; 3FR0 A; 4O5F A; 3WNF A; 3F9K A; 3MDQ A; 3J80 O; 4BR0 A; 1HJR A; 4RW4 A; 4EHT A; 3A5L C; 3IKM A; 4Z4E A; 4Y0W A; 4KO0 A; 1VSF A; 4RW7 A; 4QS8 A; 3M6G A; 1HNV A; 1HNW K; 3AGR A; 3OYB A; 3ATV A; 4O4G A; 1ASW A; 3CCJ N; 4JV5 K; 4CD1 A; 1NK6 A; 2A1S A; 1YF5 L; 3JSM A; 4FZZ A; 4LD0 A; 2OTL N; 3EL2 A; 1HKC A; 3RMD A; 3PUF A; 4FOI A; 2R7Y A; 2HBL A; 4DKW A; 3H1Q A; 2RPI A; 1KFS A; 1NMN A; 4IZ9 A; 3C6H A; 3LDQ A; 1MWM A; 2YJE A; 3I0S A; 4CF2 A; 4CIF A; 1HJO A; 1JCG A; 4DFK A; 3HZ6 A; 2P9P B; 4RW8 A; 4MLH A; 3CCU N; 1HLU A; 1QVG M; 3O9Q A; 5C2D A; 5AQF A; 3AO4 A; 2Q3S A; 4BRD A; 4U67 L; 5HP1 A; 3T69 A; 4W5T A; 4JKD A; 4EHU A; 4A5B A; 4U7B A; 3V6D A; 4NCA A; 5CZ1 A; 3PV8 A; 1DEJ A; 1YAG A; 3T1H K; 2ZJR L; 3TSQ A; 4HCC A; 2JWK A; 2OPQ A; 5AQO A; 4G9Z A; 4B1U B; 2QWN A; 4IJA A; 4AH9 A; 3G25 A; 2GTD A; 4NCB A; 5AQP A; 4E3S A; 2IAJ A; 3SAH A; 4EAH D; 2BAN A; 3ENO A; 3M8S A; 2V52 B; 3NF6 A; 3QEI A; 1H1V A; 3SCX A; 2YI1 A; 2X78 A; 4DSF A; 3SUN A; 4DSL A; 1IO2 A; 5M1O A; 4BWJ A; 3L6Q A; 3OYJ A; 1CZB A; 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1NJY A; 3D2F A; 4OPA A; 4AM7 A; 4K41 A; 2ZJQ L; 4DQ8 A; 1KAX A; 2YJF A; 1WSE A; 4FLU A; 4K43 A; 1HRH A; 3CF5 L; 2ITG A; 5BPM A; 3IDH A; 5LMU K; 1TK8 A; 4B3T K; 2O4G A; 2O8F A; 3K9K A; 5F2R A; 1NGD A; 4BQL A; 4KHY A; 3BF1 A; 2Z1I A; 1OH8 A; 2JGU A; 1TYQ B; 1VSJ A; 2NUB A; 4OGC A; 4A61 A; 2F9W A; 4JI0 K; 2FXU A; 2D5R A; 4AF1 A; 2P9L B; 5AZJ B; 4UQG A; 3OYH A; 1VK0 A; 4FJH A; 4CF8 A; 2P9K A; 4JD2 A; 3SQ4 A; 1KLM A; 2IVN A; 1ASU A; 3NGZ A; 4CHO A; 2HVI A; 3DXK A; 3T1A A; 2P9I B; 1BDG A; 1VSM A; 1D9F A; 1RDC A; 4CGF A; 5CR4 A; 1QZ5 A; 5I42 A; 5JLH A; 4B1W B; 5KRS A; 3LZJ A; 3AVB A; 3VEN A; 1VSH A; 3V9U A; 4E7I A; 4CEQ A; 3CJ7 A; 3VTH A; 3TAE A; 2QWP A; 3LL3 A; 1ZXO A; 1KQS M; 4B9Q A; 3D2E A; 2QKB A; 4CEF A; 1YJW N; 1QHT A; 4H8K A; 4CJV A; 4ID5 A; 2UUB K; 4KB0 A; 4FWK A; 1L3V A; 4FL9 A; 3F2K A; 1KD1 O; 3PO5 A; 3ZSV A; 4BGA A; 4ICL A; 3IS9 A; 1TL3 A; 4ILJ A; 4CZF A; 2JWL A; 2EWS A; 3WUH A; 4KHN A; 4AM6 A; 1TV6 A; 2OA8 A; 1BO5 O; 4DSK A; 3AVA A; 3QIN A; 4AHU A; 4UY8 O; 3R3L A; 5IT9 O; 2QEX N; 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