1Q81O

Crystal structure of minihelix with 3' puromycin bound to a-site of the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q81O00
3CXCM 1YIJN 3I55N 3CC2N 4U67L 1VQ9N 1S72N 1K8AO 2ZJRL 1VQ5N 1QVFM 5GAGP 3DLLL 3CC4N 5GAHP 5JVHL 1YJWN 3CCVN 3CCMN 3G71N 3CCLN 1Q81O 5JVGL 1OVYA 1QVGM 3J7ZO 4WFNL 2QEXN 1Q7YO 1W2BM 4WCEL 3CD6N 3CCEN 3I56N 4IO9L 1KC8O 3CCUN 1VQ7N 1VQPN 2QA4N 1Q82O 1VQKN 1VQMN 1VQ8N 2OTJN 5GAEP 1N8RO 4UY8O 2ZJPL 1KQSM 1K9MO 3PIOL 1M90O 3CCSN 1VQLN 4WFAL 1YI2N 4WFBL 3CC7N 5MLCQ 4IOCL 3CPWM 1M1KO 1YJNN 3CCQN 1VQNN 3PIPL 3CCJN 3CCRN 1YITN 3G4SN 1JJ2M 3G6EN 1YJ9N 5HL7L 1ILYA 1Q86O 3CF5L 3OW2M 5DM6L 2ZJQL 4WF9L 1VQON 5GADP 4IOAL 1VQ6N 3CMAN 1KD1O 1VQ4N 2OTLN 1NJIO 1YHQN 3CMEN 5H1SQ 5DM7L 1K73O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A2FA 4H0OA 3F2KA 4CJ4A 1JLEA 3WT0A 4DTUA 3DYAA 1E4FT 1JLCA 2YNHA 3KLHA 4KH5A 3KK3A 1X3NA 3KK7A 2P1JA 3JXUA 1Q18A 3VQCA 1I94K 5KQDA 1HR0K 1IO2A 5D3GA 3HPGA 3J80O 5DK5A 2VQFK 4NXMK 2QI2A 4O4GA 4DQIA 1HKCA 5AFUH 2NRZA 3OJSA 5GAHP 4J2AA 3SUQA 4YOUA 3D45A 1Q8IA 3BP8A 4WE1A 4JAXA 1X1PA 3C6UA 4BR2A 3DWLA 2WBNA 1W2BM 3U3YA 1DLOA 4DTPA 2QKKA 1U2VB 3PX6A 2Z1JA 4WQ5C 1CXUA 4XIUA 4Q0BA 4FK4A 2ZWHA 3OYDA 1DEJA 4DCHA 3OYFA 2CH6A 1BOTO 4NB4A 3CHWA 3TSPA 2OA8A 1IV0A 5AQTA 1JCFA 1SKRA 4C8LA 3O3FA 3T19A 2ETJA 4M3TA 2UXDK 4B9MA 1ZBHA 4O44A 4X64K 4UY8O 1WAFA 1IKYA 1J5EK 3MWTA 1L3UA 4KRFA 3TI0A 1RBTA 5F0XA 4R79A 4DV4K 5J2QA 3VETA 4FJHA 4FWQA 4C8MA 5FRMA 3GOIA 4IJAA 4PQUA 3MXJA 2DPNA 1S5JA 1NK5A 4ILGB 2E2PA 1OH6A 4YOWA 4E7LA 1YITN 4A59A 3SQ4A 3O08A 1JJ2M 3CJ7A 1XNQK 4CD1A 3SUOA 1VSLA 2P5OA 2E4LA 3U3GA 3CIPA 1HPMA 4F2SA 1I3AA 1S9EA 5C12A 3CMAN 3K5LA 4CEDA 5AQKA 4C8KA 1R59O 4DU3A 2KFNA 5J1EA 4ZTFA 1JXBA 3IUCA 3LWLA 3LDOA 1P8ZA 3L2RA 5DMRA 3GBTA 2IC3A 4NCBA 1A5VA 1QZ5A 1REVA 1X3MA 4CFCA 4CJSA 4DS4A 3KKRA 1KLMA 2G8WA 3VGMA 5C25A 4EP5A 4JS4A 3EO3A 3SPYA 2IVNA 1RBRA 1IKWA 1BIUA 3CCMN 3QEIA 1Q81O 4FOEA 1KAXA 3SMPA 4CJKA 2FC0A 2Q0RA 3E66A 4XH5A 3ZT2A 3FE1A 2Z1HA 1EQYA 4ISFA 4CESA 3L8BA 4KPYA 4LF9K 2Q2RA 1C0GA 3VQDA 4Z4IA 3OYIA 2QA4N 1VSJA 2CGKA 4IZ9A 3KD1E 4N47A 3FFIA 3P38A 3TARA 4B8AB 1NMNA 1HYZA 3BGRA 3G10A 3HYFA 2F4VK 2Z1GA 3E01A 4J8FA 2HB5A 4FWPA 2E20A 4RTFD 2P9SA 2Y1JA 4CERA 4LFBK 1BU6O 2P9SB 1CLQA 3TAQA 2IS3A 3AO4A 3EZ5A 3J81O 5LL6Z 4M7XA 1Y97A 1EP4A 2XO7A 4BE2A 1MA9B 1N34K 1O13A 3LDPA 4DG1A 4ID1A 4C1NK 4BG8A 2A40A 3CCJN 5I9EB 3NAEA 4OPKA 4JKFA 4HWIA 4DV7K 4BR7A 3CFPA 5AQSA 2HHWA 5I3UA 3T1YK 2WUSA 4OKJA 3VOVA 3SQ1A 3F5TA 4AHVA 2D0PA 1NK9A 1C0TA 2W40A 3AY9A 3GDQA 3SCXA 1X9SA 3IKMA 4H03B 1RCHA 5GIPA 2A42A 4A62A 3TAMA 2JLEA 4JI7K 2NRXA 3CJAA 2R7YA 1TGOA 1RBVA 2F8SA 1BWFO 3MEEA 4F9OA 4CZKA 2W41A 4U67L 1TK0A 2ASMA 5BN9A 3QEVA 3CQ8A 1BI4A 1F21A 1L3VA 3P39A 4LD0A 4MLHA 3NCIA 4KAZA 4CZEA 3E9PA 4CJ7A 4DSJA 4NXNK 3EE8A 3QIOA 2G8VA 4J2DA 1WB9A 3V9ZA 3MX2A 3SQ0A 3IDHA 1OKJA 1T6DA 1RDCA 3DRRA 3TANA 1OH8A 2YV0X 1VAZA 1SL2A 1IH7A 5EVZA 4DU4A 4CJEA 4M3RA 4PKIA 4FLXA 2HHTA 1YVNA 3CCUN 4NCGA 1ASWA 1SV5A 4DFKA 4CEQA 3V6DA 2GWJA 1JLQA 2F96A 3HXMA 2YX6A 1WOQA 4DQSA 3SV4A 3PX0A 2HNDA 3HM9A 2A5XA 4KHSA 2HW3A 4E19A 3O1BA 3O9UA 2D5RA 1J54A 4BRNA 3SAGA 1EO1A 3HZ6A 3VQQA 1GOCA 4MO4A 1RTJA 3CFRA 4CGGA 3DI6A 4CEEA 1SAZA 4M63C 4CW7B 3IAYA 2D0AA 3AVBA 4Z4GA 1FJGK 1ZXOA 1HRHA 1QE1A 3EE9A 1U47A 1FW6A 2NZTA 5MLCQ 4BRIA 1QQMA 2KTQA 4I9QA 3PV8A 4FWRA 4BDYA 4FWNA 5KRSA 2VQEK 3TPQA 3L0QA 4FZXC 5EXWA 4A2AA 4XH4A 2O8EA 4H0YB 2QXLA 1HNZK 2VGNA 2O4GA 2Q36A 1TKXA 4H8KA 2ZF5O 3O4QA 4DSIA 1U48A 3ZSZA 2B6AA 2RF2A 3HSCA 4AF1A 3C7NA 1NKEA 1BA0A 3O80A 3VGKA 2VWKA 3I55N 5C2FA 5JS1A 1VSMA 2VG6A 3MXIA 3C6TA 3C7NB 3I33A 3ASMA 3QEPA 3IMXA 4O8UA 2Q31A 4OO1J 5E84A 4DR5K 1S72N 5CY4A 5LJVA 2IOCA 3AA2A 4MLEA 3O6WA 3OYGA 3WEEA 4JI2K 2QWQA 1CZBA 4K0KK 3M3ZA 3L2VA 4FJGA 5JVHL 1NGDA 3WEEB 3ZT3A 1VSEA 3T7ZA 2LSNA 1IG8A 4F4KA 1IJJA 3BZKA 2V7ZA 3H08A 3BDPA 4OX9K 5K14A 2F9WA 5EX5A 1RTDA 1TVRA 3I0RA 1NBWA 3CYMA 1BA1A 1RBUA 1MWKA 3CI5A 4H4OA 2RHKA 1X9MA 3LDNA 2GWKA 1NK0A 1BUPA 1UA0A 1QTMA 4ELUA 4LH5A 3TTDA 3R8EA 3VA0A 3PIOL 2B4JA 3FFKB 4CJQA 1WSGA 1BCMA 4N56A 3T69A 4KFBA 3QIPA 4FO0A 1BIZA 4CJVA 1YI2N 2NRRA 2A1SA 3AVGA 1W9HA 1NGJA 3NF6A 4CJ3A 3V1RA 4IFEA 3VERA 4RW7A 3DLRA 4CZJA 3WNEA 4KB1A 4BRAA 1N33K 2I7NA 5IT9O 4CBXA 3F73A 1IKXA 4JKGA 4H0PA 4CVNE 1ATRA 4OGCA 4CBUA 2BDPA 4FSVA 2NRVA 2FBVA 4B1YB 4JKGB 5C15A 1UAXA 1HX1A 3E9LA 4WF9L 1RDAA 3DOKA 3ZT1A 5GADP 3TTFA 4FJ9A 1C0FA 1LW0A 1YHQN 3KWGA 4BACA 2BUPA 1W0HA 3LPTA 3UB5A 1KVBA 3CC2N 1Z05A 4O5FA 2P9NA 4YNQA 3VTIA 3K9KA 3N4QA 3WXJA 1WSHA 1VQ9N 4CJFA 5BRHA 2P9NB 4OPJA 4B3MK 4R5PA 3UKUA 1BQMA 3P1GA 1XMOK 4CJLA 4OJRA 3ULEA 2FSNA 2OZMA 4BRFA 3UKUB 4F8RA 3ZSVA 4PL7A 3VF4A 4IXCA 3E1YA 3ULEB 3QEWA 1OVYA 3DLEA 1NNEA 4IG0A 5EOYA 3ATUA 4WFNL 1NLVA 1O1WA 3SK3A 4JYAK 3JYTA 3AGRA 4ISEA 5I42A 1HKGA 1Q82O 1NGGA 1XWLA 2PFUA 5HRNA 3VQBA 2H3GX 5BREA 4UQGA 5AQVA 5BPNA 3CJCA 4KI6A 2DTUA 2B5JA 3OJUA 4BR5A 3U8XA 2G8FA 3LAMA 3AO3A 2VWJA 4JRQA 2X74A 2EHGA 4GVEA 1VQLN 4L3QA 2V51B 3E9OA 5CR4A 3EKUA 4RW8A 2CH5A 3VEYA 3C6AA 4CK3A 3H6EA 4BRPA 5HRSA 2G8IA 1M1KO 2X6NA 4CEAA 1VQNN 1QHAA 3WQTA 4IFYA 3QFUA 3BF3A 3G6EN 4KTZA 4E7JA 4OPAA 5B8HA 3DLKA 1Q86O 4FLTA 1KAYA 3ISNC 3NH0A 1N6QA 4TSXA 5KRTA 3NH2A 4CE9A 3O9QA 2VG7A 4W5RA 1VQ4N 2P9UB 3WUHA 4AHCA 4FL9A 1JL1A 1KRPA 3CQYA 1HYVA 3H1QA 4C8NA 4W5QA 3NH1A 1VRUA 3VQ6A 2YKNA 4AQYK 4ZTJA 4O5BA 1NMDA 4A61A 2F7TA 3NE6A 4FWKA 3TSUA 4B3OA 3OYMA 3AVHA 4DLGA 4YFUA 4FVUA 1HLUA 4EHTA 5FDLA 3OYLA 3NFAA 4BGBA 4FJKA 3QBXA 5AQHA 1VSDA 3L4IA 1K8KA 3VPZA 5LY3A 3L2WA 4PA1A 4MO5A 4DFJA 1VSKA 4LH4A 1IG9A 1JLBA 4FJ7A 3SNNA 4E7IA 3ZSRA 3DLHA 1L3SA 1ATSA 4AHUA 3OYKA 4BDZA 2P9LA 4BE1A 1RDDA 2F9TA 2YKMA 3VQAA 1K9MO 4CCHA 2P9LB 3DOLA 4BRMA 4B3RK 3CCSN 3KVGA 3NF8A 2A1RA 4FJNA 1B92A 3IG1A 1NGFA 5HROA 4CFBA 3LM2A 3DRPA 1UWBA 3L4QA 4LC9B 3O9TA 2HBJA 4BQLA 1WBDA 3P4IA 2P51A 2O8CA 4GNIA 3ZSXA 1SKWA 1XHXA 2HMPA 1YXQA 2O8CB 4IO8A 4BRLA 2D4WA 2DFHA 4H4MA 3HI0A 1HUXA 1T6CA 1JLAA 3R1XA 5AQMA 2VCPA 2X6SA 3VQPA 2E5LK 3AVNA 3DAWA 2E1YA 1ZBIA 1GLAG 2E8AA 2PYJA 4FW1A 1VQ6N 4CEZA 3WQUA 3NGZA 1ASUA 4H0XB 3RTVA 3HJFA 1KXPA 2YHYA 1S1TA 3K58A 5SZTA 4DUZK 4DR1K 4X65K 1ZYQA 2KHOA 1BQNA 3VEWA 2E6LA 3JSMA 5JS2A 3SBGA 2Z1IA 1VQ5N 1ZBSA 4FPAA 2DFFA 3LPUA 1TKZA 4DV3K 4Z0UA 1KTQA 4OVLA 4BRHA 4DV0K 1LW2A 3RWUA 4JN4A 2KFZA 3TAEA 4AHSA 1GLFO 4LSLA 3TAPA 4M42A 4QOZB 4ID5A 5FPMA 5JMVA 1D5AA 3U9ZA 4Y0WA 4FM0A 4FJ8A 3VMFB 1D8YA 1W7AA 3I56N 3U9DA 1VQ7N 1TV6A 1NGHA 5KI6A 2I5JA 3QLHA 2QWLA 4IDHA 2A41A 1XI1A 4DR2K 4OKEA 3K59A 3HSTB 1VQKN 3LM9A 5AJ3K 1ZBLA 4JS5A 3EN9A 4H5RA 3CPEA 2HNYA 4JI1K 5AQFA 3SAFA 1S3XA 3AO1A 2ASOA 1U45A 1BHLA 1XC3A 1T03A 2P9IA 4FOIA 5SWMA 2WONA 5M1NA 1YVUA 4FM2A 1MDUB 3ENOA 3CJ1A 4BC3A 1KFDA 3QETA 3TU5A 3CETA 4RG8A 2GV9A 5CYQA 2RN2A 4QS9A 2J4RA 5E41A 4CEOA 3V4IA 2PZSA 4DR4K 1VSFA 1GLJO 1C1BA 3VEVA 3TABA 3M1FA 4X66K 1QQNA 5KPRA 2PBDA 3VQ7A 2YJEA 4LF7K 1LCUA 4ILHA 4F3TA 4IEEA 4KH6A 2VG5A 3CMEN 4KHQA 2ATQA 3LZJA 1TK8A 3DRSA 3VA3A 2NRTA 5HLFA 4OLBA 1GOBA 4KV8A 3RMBA 1IBKK 3DLGA 5ADXA 3SJHA 3B8AX 4H0TB 5AR0A 3NF7A 3QDKA 3F9KA 4YDUA 4N5SA 3KJVA 4JI4K 1NJZA 4IWVA 5BRDA 1VSIA 5KGWA 1BL3A 5EY4A 4BC4A 2BANA 1QZ6A 3MN7A 4CZGA 3OYAA 3CCLN 4DU1A 1ATNA 2OPRA 3MN5A 3LALA 4MFBA 3PO5A 4M3WA 3GE1A 5CYMA 1TUYA 4B9QA 4PHTX 3FLCO 3LANA 4JV5K 4I6MA 4CZIA 4U7BA 5AQPA 4M3XA 1BI4B 1RT5A 1VQMN 2P5GA 2P9KA 1HQUA 4I6MB 4FW2A 4DKWA 2ITMA 3VN5A 2GEMA 4GW6A 1Z26A 2FLOA 2P9KB 2QM1A 5HRPA 3BY5A 3ZT4A 3OYCA 1ZC6A 2OPQA 3ENBA 3LDLA 4FJMA 4BRGA 3UKRA 2XRIA 3OTOK 3K0SA 5AQYA 4PKGA 3K5NA 4DF8A 4ILJA 4EZ6A 3RMDA 3J7AP 1ITGA 4CD3A 4CIEA 1Q9XA 2UXBK 3AA4A 1SQKA 1ZBFA 1U6ZA 4M41A 4Y1DA 5LJWA 2FF6A 3MXMA 5AQZA 3ZSWA 4AHRA 1BCOA 1KSPA 4B1UB 4AILC 4CGIA 3ZX3A 4YDUC 5FPNA 2ZJQL 3V1QA 1VQON 1RNHA 4FPBA 4K42A 3ATVA 2CGLA 1HKBA 1OH7A 2E1ZA 3PX4A 3V1OA 4B1WB 3G25A 1R0AA 5C42A 5AQUA 3K2PA 1NGIA 2E2NA 4JKHA 3VENA 1RDUA 4AHTA 3H45C 3WXLA 4LFAK 3BZCA 4KHPK 2D0OA 3K57A 4DSKA 2E88A 2ZJRL 4IG3A 1EXQA 3L3VA 3FZHA 3LDQA 1NOZA 4A5AA 5KPZA 3RSEA 4CF2A 3V9SA 2O8EB 1TKDA 1JCGA 1C0MA 2YJFA 3W0LA 5J2NA 4GKKK 4CJRA 4EP4A 3S3MA 4EIAA 3RSEB 4CHQA 1T8EA 3T1AA 3D6RA 2ITGA 4BGAA 3G71N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CXC M;  1YIJ N;  3I55 N;  3CC2 N;  4U67 L;  1VQ9 N;  1S72 N;  1K8A O;  2ZJR L;  1VQ5 N;  1QVF M;  5GAG P;  3DLL L;  3CC4 N;  5GAH P;  5JVH L;  1YJW N;  3CCV N;  3CCM N;  3G71 N;  3CCL N;  1Q81 O;  5JVG L;  1OVY A;  1QVG M;  3J7Z O;  4WFN L;  2QEX N;  1Q7Y O;  1W2B M;  4WCE L;  3CD6 N;  3CCE N;  3I56 N;  4IO9 L;  1KC8 O;  3CCU N;  1VQ7 N;  1VQP N;  2QA4 N;  1Q82 O;  1VQK N;  1VQM N;  1VQ8 N;  2OTJ N;  5GAE P;  1N8R O;  4UY8 O;  2ZJP L;  1KQS M;  1K9M O;  3PIO L;  1M90 O;  3CCS N;  1VQL N;  4WFA L;  1YI2 N;  4WFB L;  3CC7 N;  5MLC Q;  4IOC L;  3CPW M;  1M1K O;  1YJN N;  3CCQ N;  1VQN N;  3PIP L;  3CCJ N;  3CCR N;  1YIT N;  3G4S N;  1JJ2 M;  3G6E N;  1YJ9 N;  5HL7 L;  1ILY A;  1Q86 O;  3CF5 L;  3OW2 M;  5DM6 L;  2ZJQ L;  4WF9 L;  1VQO N;  5GAD P;  4IOA L;  1VQ6 N;  3CMA N;  1KD1 O;  1VQ4 N;  2OTL N;  1NJI O;  1YHQ N;  3CME N;  5H1S Q;  5DM7 L;  1K73 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A2F A;  4H0O A;  3F2K A;  4CJ4 A;  1JLE A;  3WT0 A;  4DTU A;  3DYA A;  1E4F T;  1JLC A;  2YNH A;  3KLH A;  4KH5 A;  3KK3 A;  1X3N A;  3KK7 A;  2P1J A;  3JXU A;  1Q18 A;  3VQC A;  1I94 K;  5KQD A;  1HR0 K;  1IO2 A;  5D3G A;  3HPG A;  3J80 O;  5DK5 A;  2VQF K;  4NXM K;  2QI2 A;  4O4G A;  4DQI A;  1HKC A;  5AFU H;  2NRZ A;  3OJS A;  5GAH P;  4J2A A;  3SUQ A;  4YOU A;  3D45 A;  1Q8I A;  3BP8 A;  4WE1 A;  4JAX A;  1X1P A;  3C6U A;  4BR2 A;  3DWL A;  2WBN A;  1W2B M;  3U3Y A;  1DLO A;  4DTP A;  2QKK A;  1U2V B;  3PX6 A;  2Z1J A;  4WQ5 C;  1CXU A;  4XIU A;  4Q0B A;  4FK4 A;  2ZWH A;  3OYD A;  1DEJ A;  4DCH A;  3OYF A;  2CH6 A;  1BOT O;  4NB4 A;  3CHW A;  3TSP A;  2OA8 A;  1IV0 A;  5AQT A;  1JCF A;  1SKR A;  4C8L A;  3O3F A;  3T19 A;  2ETJ A;  4M3T A;  2UXD K;  4B9M A;  1ZBH A;  4O44 A;  4X64 K;  4UY8 O;  1WAF A;  1IKY A;  1J5E K;  3MWT A;  1L3U A;  4KRF A;  3TI0 A;  1RBT A;  5F0X A;  4R79 A;  4DV4 K;  5J2Q A;  3VET A;  4FJH A;  4FWQ A;  4C8M A;  5FRM A;  3GOI A;  4IJA A;  4PQU A;  3MXJ A;  2DPN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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