3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
2PAVA 3DWLA 5BN8A 4HWIA 3WXJA 1T44A 3ENHA 3ZX3A 3GDQA 4BC4A 4QS7A 3VEZA 4JHDA 5LJVA 4B1WB 1GLFO 1Y64A 4BGBA 4FWQA 2QM1A 4WQ4C 2A6AA 2AA4A 4M7YA 3BUZB 3W3DA 3WEEB 3H1VX 2P9KA 1U2VA 4FPBA 1NM1A 1QQNA 5E84A 1QHAA 4PKGA 4HTLA 1NLVA 4BRHA 3HI0A 4H0XB 5KQ8A 5B8HA 1BA1A 3D7EO 5BRDA 4ISGA 4H5VA 5BPMA 3A5LC 4BR5A 3VEXA 2KHOA 1JCGA 3QMLA 5AQTA 1OKJA 4BG8A 3EKSA 1ATNA 4BR4A 4K25A 3HM8A 2QWNA 4FWNA 4CZHA 2P9UA 4J8FA 3MN5A 2YJEA 3R8EA 3A5MC 4RCHA 4O8KA 3EN9A 1TYQA 5AQYA 2A42A 1NGGA 3ZEUA 3DJCA 3FR0A 2YHWA 4O5FA 1WUAA 1RFQA 4FOEA 3WUHA 2I7PA 2YHXA 5BPLA 4IJNA 2E20A 3QFUA 5F0XA 4PKIA 3FFKB 4CZJA 4BRGA 4K42A 2CH5A 4BVPA 1GLAG 3BF3A 3ZX2A 4K41A 1NGIA 2E88A 2W40A 4I6MA 1WOQA 3B8AX 3AAQA 5KPZA 5AQKA 5AQRA 1IJJA 1GLBG 4H5RA 3H6EA 5BPNA 5LJWA 5AQUA 1NGCA 1BA0A 4CD1A 3AY9A 3VGLA 4H0TB 2Q0RA 2GWJA 3VESA 4K43A 5AQGA 2FSJA 1MWMA 3UKUB 4JHDB 4NB4A 5AQIA 3FZFA 4ISFA 3DXMB 3D2EA 4BR2A 5FPNA 4MO5A 3H46O 4H0PA 2E8AA 3A8YA 2E2NA 4L3QA 3ZETA 4CZFA 1SZ2A 4BRFA 1C0FA 2IVNA 2GTDA 5AQPA 1DGKN 5AQXA 3LDPA 3CERA 1YUWA 3O1WA 4KBOA 3ID8A 1Z6RA 1NGAA 1XQSC 4C23A 2D0PA 3RSEA 4EAHD 4BRAA 4IXCA 1HLUA 1QQMA 1GLCG 2FSKA 2QWLA 2HOEA 3CJ7A 4H0OA 3DXKB 1RGIA 5EOYA 2P9IB 3CJ9A 3LDOA 2QW9A 3DXKA 4XH5A 3LL3A 5EX5A 4BRPA 2P9IA 1ESVA 4DCHA 4BRQA 3M1FA 2BTFA 3VEYA 3IUCA 3CIPA 3CJBA 5EY4A 1KAYA 2DPNA 5AFUH 1TYQB 2IVPA 4JN4A 1SAZA 3IFRA 3KHYA 4JD2B 5AZIB 3VETA 4WQ5C 3VENA 2E2PA 5E26A 3S41A 1JCEA 3U9ZA 1DKGD 4CBWA 4WYBA 2HF4A 3FLCO 3WT0A 3P4IA 2CGJA 4H03B 4B1UB 1NGJA 3FZKA 1YAGA 3ENOA 5ELZA 1GLLO 4PL7A 1BUPA 3MN9A 1C0GA 1YXQA 3EKUA 2V52B 1BWFO 4PKHA 4CZIA 4CBUA 2GEMA 2J4RA 1KAZA 3FGUA 3U9DA 3SK3A 3LDNA 3TPQA 2Q31A 5F1XA 3O4WA 1U2VB 2AP1A 1HUXA 3SMSA 2IVOA 5JMVA 4FL9A 3AAPA 1JCFA 5KPRA 2I7NA 5TKYA 1MA9B 1QQOA 3R6MA 4H5WA 2QWRA 3ULEB 2FLOA 3EO3A 3I8BA 4BC5A 3IMXA 1V4SA 5AQVA 3R9PA 5AQOA 2GWKA 2E2OA 3SLCA 2NRHA 5BN9A 2Q36A 3ZX0A 1KAXA 3FZHA 3VEVA 2ASPA 2CH6A 5ADXA 3JXUA 5EXWA 2YHYA 3HBTA 3MN6A 5F2RA 2GELA 2P9KB 3GG4A 4MO4A 4BRMA 2WUSA 2YCHA 3BP8A 3H3NO 3IDHA 4CZMA 5AZJA 3SMPA 1CZAN 1E4GT 4NO7A 3WQUA 3VF4A 4FO0A 3VEOA 4IZ9A 3MK6A 3WXIA 1TUYA 2Q2RA 2VWBA 3QICA 3WXLA 1R59O 2F9WA 3VEWA 4FPAA 1BG3A 3H45C 2QXLA 3D2FA 3VGKA 4WQ4A 2P9PA 1EQYA 5CE3A 3I33A 1Z05A 3AARA 3FZLA 4M63C 5KPTA 3C7NA 1U6ZA 5JLHA 1NGEA 3DAWA 4XH1A 2Q1NA 4LC9B 1RDWX 2F9TA 2QWMA 5BRHA 2HF3A 4B9QA 3D2FB 2BUPA 2UYTA 1S22A 4B1ZA 1ZBSA 1LOTB 2PBDA 4CZGA 5AQFA 4E1JA 1ZC6A 2V7ZA 3WXKA 1HKCA 2CGLA 1HKBA 2VYPA 4Y0WA 3CQYA 5JLFA 5AQNA 2E1YA 2D4WA 4FWLA 4A61A 1P8ZA 3ULEA 1ATSA 1SQKA 3LDQA 5AR0A 2ITMA 1X3NA 3L4IA 1T6DA 1D4XA 1BU6O 4EHUA 2P9NA 4H5TA 3CJAA 2EWSA 3DXMA 3LDLA 4RWTA 3KVGA 4CBXA 2P9LB 4JAXA 3LM9A 3OHRA 4H0YB 4DHYA 3VF6A 2ASOA 5I9EB 1Q18A 3CETA 2ASMA 4CZLA 4A62A 3L6QA 4BR0A 1J6ZA 5AQLA 4BRIA 1X3MA 2FF3B 4BVOA 1HPMA 3M3ZA 2W41A 5BREA 5BRFA 1KXPA 1QZ5A 3O6WA 3VERA 5AQZA 2OANA 2P9LA 4MLEA 3QB0A 3QFPA 3VF2A 3HZ6A 4H5NA 1NBWA 4CD3A 4BC3A 5BR9A 2ZWHA 2P9UB 1S3XA 1QZ6A 1T6CA 3MDQA 1NGDA 4FWSA 2ZF5O 4FWOA 3VGMA 4FSVA 3ZETB 3VOVA 5AFUA 4FWKA 3WQTA 2YJFA 5AZIA 4BG9A 5EVZA 3EL2A 3L0QA 1E4FT 3JS6A 4B1VA 3W0LA 4BR9A 4CZEA 3HTVA 1V4TA 4BRLA 1G99A 4MLHA 2Q97A 3ATVA 2QWOA 2QWQA 3BEXA 3O08A 4PL8A 5ADXH 3ATUA 1GLJO 3C0BA 2P9PB 3A5NC 4CZKA 4EFHA 1X9JA 1ZXOA 2E2QA 3UKRA 3J8AA 3O80A 4IO8A 4JD2A 4A2AA 1NMDA 2E1ZA 3CJCA 5AQMA 5LY3A 2ZGZA 2Q0UA 3H3OB 4BRKA 2NZTA 4JNEA 3H1QA 4I6MB 4IWVA 1IG8A 2FXUA 3SJHA 4IJAA 1HKGA 4AM6A 3MCPA 3GL1A 4GY2B 1NGFA 2P9SB 4Z94A 1DEJA 5AQWA 1NGBA 4F9OA 2P9NB 4RTFD 3EZWA 3UB5A 2V7YA 3QBXA 3M6GA 5FPDA 3A5OC 3CHWA 3U4LA 4BQZA 4M7XA 3O5BA 1LCUA 4DB3A 3RSEB 2VCPA 3CI5A 4FWPA 5AZJB 1K8KA 4CJ7A 2IIRA 3MMVA 5KQDA 5FPEA 3GBTA 3GOIA 2CGKA 3F9MA 1H1VA 5JICA 2YI1A 1K8KB 3UE5A 1BO5O 1GLDG 1YVNA 3FZMA 3QDKA 4CI6A 4H0VB 4WQ5A 4BRCA 2HMPA 3O8MA 4FWRA 3D2EB 3ZEUB 3G25A 3FE1A 1HX1A 3LM2A 4BREA 3BF1A 3QBWA 4BROA 2H3GX 2D0OA 4DQ8A 1BDGA 4QS9A 4BC2A 2A40A 2ZGYA 1TUUA 4FWMA 4FOIA 4GNIA 5AQJA 2FSNA 4BQLA 1HJOA 4XH4A 1MDUB 4BRDA 3CQXA 4XEIA 2A3ZA 2A41A 3C7NB 3U8XA 4ISEA 1MWKA 2QWPA 4BGAA 4BRNA 4YDUA 2GUPA 1GLEG 1NGHA 2FF6A 4B1XB 3A0IX 3UKRB 5AQSA 5AQHA 4A2BA 5FPMA 4EHTA 4QS8A 4YDUC 4B1YB 2V51B 3WEEA 2D1KA 4EIAA 3UKUA 4BR7A 2A5XA 1ATRA 2NLXA 3MN7A 3TU5A 4AM7A 3O1BA 1BOTO 5AQQA 3KZBA 3GE1A 3CJ1A 2P9SA 1NWKA 1XC3A 1XUPO 3HSCA 3VPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MX5A 1SKSA 2PAVA 4AQYK 3WXJA 3GDQA 1S1WA 4CFAA 5LJVA 1U49A 5DK5A 1ZBFA 4WQ4C 2AA4A 4JI4K 3BUZB 2G8HA 2P9KA 1YJWN 1QHTA 3NHGA 3OYJA 1X1PA 1KVBA 1NK5A 3F5TA 2OYQA 3AA3A 1J53A 1KLMA 5BRDA 3KLHA 1NJIO 4DU1A 4H5VA 3DRRA 1UA1A 1OKJA 3EKSA 1FK9A 3OYKA 4K25A 4FWNA 1SKWA 1HNZK 1TK5A 2F4VK 1IKYA 1KLNA 3THYB 3A5MC 4RCHA 4DUZK 3NGYA 3FR0A 2IAJA 3WUHA 3E1YA 2W6LA 5BPLA 4IJNA 2WFBA 3QFUA 3V1RA 4JKAA 1A5XA 2O8BA 5J2MA 1WAJA 3ZX2A 3SUQA 4DSJA 3NGZA 2E88A 1RBRA 3EE9A 4I6MA 2DY4A 5CR4A 2JWLA 4AF1A 3CCUN 1EETA 2BDPA 2VWJA 1NKBA 1K73O 4WCEL 4H5RA 3U3YA 5FDLA 2FC0A 4CJUA 2O8DA 3SJJA 1BA0A 2B5JA 4F4KA 1A5WA 1VSLA 3SAGA 4J2AA 1WN7A 5C24A 3VGLA 3AGRA 3CPWM 3PIOL 1SUQA 3EZ5A 4LFCK 3VESA 3N4PA 4ELVA 4ILJA 3OYFA 3TAGA 3MEDA 2VGMA 1MWMA 3UKUB 5AQIA 4BE2A 3DXMB 4EP4A 5FPNA 3AVFA 3H46O 3M8SA 3CMAN 5HL7L 2PY5A 3A8YA 4RW8A 2O4IA 1C0FA 2GTDA 3K2PA 5TKWA 4NYNA 1HNXK 4WFNL 4C23A 3MAQA 1NG9A 1RT2A 4DFPA 1NOZA 3DOLA 4IXCA 2FSKA 3CJ7A 1RGIA 2UXDK 3CJ9A 3LDOA 3DXKA 4LF7K 5HROA 4LF9K 3CM6A 3NAEA 4O4GA 1BIZA 4BRPA 3AGKA 1ESVA 4KHYA 2VQFK 3K5OA 3I0SA 4YFUA 1N34K 4JK7A 3RR7A 1T03A 3VEYA 3DMJA 4A57A 3CIPA 1SKRA 1D8YA 1TYQB 3IFRA 3VETA 3TARA 2Q3SA 5E26A 3SUNA 4A59A 3QINA 4WYBA 4CF1A 4G9ZA 3P4IA 2CGJA 3THXB 4H03B 4LFAK 4B1UB 2O8CB 1TKDA 5ELZA 3RRHA 1GLLO 2GBZA 4CIGA 3O3GA 3MN9A 1YXQA 1VQ9N 3C6TA 2V52B 1SS6A 3V9UA 4FK0A 3G6EN 3MEGA 1WB9A 3SK3A 3LDNA 2Q31A 1Q9XA 3TABA 4AHSA 2QA4N 4FJGA 2IVOA 2Z1GA 4BACA 1JCFA 2D0AA 1QQOA 4O0IA 5M1OA 4I9LA 1WLJA 4BC5A 3SQ4A 3OVNA 2G8WA 1BCMA 1I3AA 3NFAA 4IFEA 4FCYA 5BN9A 1QVGM 1KAXA 4M3RA 2CH6A 3DLHA 4JKEA 4W5RA 4CEBA 4B9LA 2BGGA 3BDPA 1Z25A 4C8LA 4OJRA 1X9WA 3OYCA 2D0BA 4C1NK 4DR1K 2VWBA 4FJ7A 2KZZA 1R59O 3VEWA 4DSEA 1BG3A 1IBLK 3TR8A 3VGKA 4WQ4A 4KTWA 4Y1DA 2DFHA 5CE3A 4FJHA 1VQ6N 3I33A 4LH5A 3DLKA 1TAQA 3C7NA 1QS4A 1EWRA 4B3TK 3R3LA 3DAWA 4YOUA 4LF5K 2ITGA 4ZTJA 4M3TA 3RMCA 1VQ5N 5J1EA 4NLCA 3D2FB 4QOZB 3D6RA 1ZBSA 1LOTB 2PBDA 4B1ZA 5AQFA 1KD1O 3WNHA 4E1MA 2O8FB 2ZD1A 1VAZA 2CGLA 4KFBA 2VYPA 5JLFA 4HTUA 1RDAA 1RT7A 4FWLA 1QTMA 1VK0A 3ULEA 3HSTB 4E19A 4CHZA 1SQKA 5AR0A 3OYGA 1L3UA 2NRRA 4CJ5A 1NJXA 3CJAA 2EWSA 1ZBIA 2KFNA 2UXCK 4KH5A 3AO2A 4UY8O 4JRQA 3CM5A 3OHRA 3S3OA 2G8VA 3VF6A 2JLEA 5J2NA 5I9EB 3CETA 4DV0K 1Q8IA 5M1KA 3L6QA 2PFUA 4BVOA 4NCGA 1RTJA 1KXPA 1DT9A 3SNNA 3G4SN 4F2SA 2OANA 4CJ3A 4B9MA 4MLEA 3TSUA 3QB0A 1BISA 5JS1A 3D0PA 3PSIA 4EZ9A 4Y1CA 2HBLA 2P9UB 3OYAA 2ZF5O 4FWOA 3MECA 4HHTA 3OY9A 3ZT3A 4FWKA 3OYEA 5EVZA 3L0QA 2X6SA 3W0LA 1GOCA 4GV3A 4M45A 4IEIA 3ZSOA 1J5OA 1Z26A 4CF9A 4PL8A 5ADXH 2YHAA 3UKRA 2ZE2A 4DG1A 3ASMA 1NMNA 1Y97A 3PO5A 3C95A 3DM2A 2IC3A 3ZSWA 3H3OB 2Q0UA 3RVCA 1S72N 3T69A 3VQQA 4E0DA 1M90O 4CESA 2NUBA 1T05A 4CGHA 4KB1A 4KO0A 3KLGA 3O5BA 3HOSA 1R0AA 1LCUA 2VCPA 5T7BA 3CI5A 4FWPA 4JKCA 4CJ7A 3MMVA 3GBTA 1BI4B 2CGKA 2XO7A 2RHKA 3LAKA 4JKBA 4U67L 3QDKA 4AHCA 1EX4A 3L2RA 4L8RB 2HMPA 2P51A 3O8MA 4B9UA 3CG7A 3BZKA 3D2EB 3DYAA 4JKGA 1KQSM 3G25A 3TANA 1S6QA 5HLFA 2HHQA 1W9HA 3AVCA 3S3MA 4BROA 1EP4A 1DLOA 2H3GX 3K57A 1QQCA 5AJ3K 1LV5A 1CLQA 1HPZA 4H4OA 4IEEA 4BQLA 3AVMA 4PWDA 2FBTA 2P5GA 1TL1A 2Z1JA 3TSQA 4JI2K 2A3ZA 3U8XA 2QWPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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