3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
3WEEA 2BTFA 4BG8A 2IVOA 4CZKA 3J8AA 1U6ZA 3JXUA 4BGBA 3M6GA 2GWJA 4XH5A 4WYBA 1ATRA 4B1WB 3VEWA 3CETA 4RCHA 2E2PA 4BRGA 1KAZA 3SLCA 3HM8A 4YDUA 4LC9B 1ATSA 2OANA 4FWLA 2V51B 3EO3A 4XH4A 3QB0A 4H0OA 4DQ8A 3UKRA 4O8KA 1QQNA 2DPNA 2Q97A 3LM2A 2P9LB 4M7YA 4B1VA 4H5NA 4BRDA 3I8BA 2QM1A 3A5OC 3LDNA 3GE1A 2IIRA 3FZFA 5AQMA 5KPZA 3F9MA 3R6MA 5BPLA 5LY3A 3LDQA 2CGLA 1IG8A 3HBTA 2ASPA 1T6DA 2V7YA 1NGCA 4FWNA 4K41A 4BRCA 5KQ8A 3HZ6A 2GELA 3M3ZA 2YJFA 1TUYA 4BVOA 3ZEUB 2I7PA 1NMDA 2QWLA 2Q1NA 1KXPA 1C0FA 1NGJA 1RFQA 1V4TA 2QWMA 4H0TB 3ATUA 4BC4A 2D4WA 3G25A 4BGAA 1ZBSA 1X3MA 1KAYA 2FF3B 2NLXA 4BQLA 1BOTO 5AQKA 5AZIB 3AY9A 2Q36A 1R59O 3MMVA 4H0YB 4PKIA 4M63C 2PAVA 3HSCA 4K42A 3VEVA 2CH6A 2FSNA 4EHTA 4Z94A 2Q0UA 3LM9A 2H3GX 5F2RA 3MK6A 4EFHA 1KAXA 3O8MA 4CZFA 5FPEA 1BG3A 1HPMA 2YJEA 1T6CA 3U9ZA 3EN9A 3VF2A 2P9UB 5AQRA 4H5RA 5AZIA 1ATNA 3KHYA 2ZGYA 3CJ9A 2CGJA 3MN9A 4B1XB 5AQZA 3ENOA 5ADXH 1HKBA 3RSEA 3H3OB 2IVPA 2KHOA 1TYQB 5AFUH 3SK3A 3WXKA 1QQMA 2HOEA 1MWMA 4WQ4C 1TUUA 3BF3A 4CD1A 2GEMA 4A2AA 4JAXA 3JS6A 3GBTA 3A5NC 3P4IA 5LJVA 5F1XA 5E26A 2E88A 3WXLA 1GLCG 3ZX3A 2E8AA 2D0PA 4IWVA 4BR0A 1QZ6A 4QS8A 2Q31A 3H1VX 5AQFA 3QBWA 3VGMA 1NWKA 1GLLO 5BPNA 4YDUC 5E84A 3VESA 1MDUB 3LDLA 1NGHA 2F9WA 4BVPA 1BA1A 2W41A 1XQSC 3SMSA 4QS9A 2A41A 2NRHA 2E2QA 4BRNA 1DEJA 3CJAA 3ZX0A 3VEOA 3VGLA 3AAPA 2GUPA 4C23A 3DWLA 4GNIA 3UKRB 2EWSA 1E4GT 4BRQA 4CZEA 4JD2B 3MN7A 3QFUA 5B8HA 2UYTA 5AQXA 2FSKA 2P9SB 3QBXA 3BEXA 1NGBA 4BR4A 1BDGA 5JICA 3AARA 4XH1A 2QWPA 1GLBG 4M7XA 4QS7A 4ISFA 1X9JA 3VEYA 2FF6A 4JD2A 2VWBA 1RDWX 3CHWA 3AAQA 1YAGA 5AQQA 5I9EB 2FLOA 5JLHA 1G99A 3IFRA 4NB4A 3VEXA 3QICA 2P9SA 4PKGA 1NM1A 5AQOA 1GLFO 2V7ZA 3D7EO 4PL8A 1HKCA 3H45C 5AQHA 1E4FT 1BU6O 2VCPA 4ISGA 1NLVA 2D0OA 5ELZA 2AA4A 2QWRA 3O08A 4FSVA 5BR9A 4CZIA 5AQPA 3FZLA 5F0XA 3VEZA 5TKYA 3SMPA 1SZ2A 2ASMA 4RTFD 3ZX2A 4MLHA 3EZWA 4BRAA 2ZGZA 3ENHA 4BC5A 4BC3A 2QWNA 4FWRA 1LOTB 1NGIA 4BQZA 3O5BA 4B1ZA 2P9NA 2A6AA 4HTLA 1NGDA 3VPZA 4BRFA 4AM6A 5BRHA 3RSEB 3DXKB 4H0PA 4NO7A 2AP1A 3C0BA 5ADXA 3WXJA 4FWMA 4CD3A 1YUWA 3VGKA 1BA0A 5AFUA 5LJWA 5AQJA 1XC3A 3A8YA 5AQVA 3GG4A 4KBOA 2D1KA 2YI1A 1Q18A 4PL7A 1WOQA 4XEIA 4CBXA 2E1ZA 3MCPA 4IXCA 3DXKA 3FLCO 3O1BA 3CQXA 5EVZA 2A40A 2J4RA 1DKGD 4AM7A 3HTVA 3W0LA 4FWPA 5AQUA 4DB3A 2ASOA 3CERA 3DJCA 2YHYA 3R8EA 1QHAA 3TPQA 1ZXOA 2GTDA 4L3QA 2Q2RA 1OKJA 3CI5A 3HI0A 3U4LA 1S22A 3ULEA 1D4XA 5KQDA 3CIPA 4EIAA 4A2BA 3IUCA 1U2VA 4BRPA 3IDHA 3L0QA 4BRKA 3A0IX 3D2FB 3H3NO 4FWKA 1SAZA 3VETA 3UB5A 3KVGA 4K25A 4FL9A 2CGKA 3ID8A 1BWFO 1K8KB 5AQNA 4H5TA 3TU5A 3CJBA 3OHRA 3O6WA 5AZJB 1T44A 4MO4A 3SJHA 3CJ1A 4FWOA 3D2FA 4MLEA 4JNEA 4MO5A 4J8FA 3B8AX 4H0VB 5FPNA 3FFKB 3WT0A 4BR9A 4BR5A 4A62A 2W40A 3L6QA 3S41A 4BRMA 3UKUB 4H5WA 5KPTA 3C7NB 3D2EA 3H6EA 4GY2B 1K8KA 1GLDG 1EQYA 5AZJA 3WQTA 4JHDB 3VOVA 3WXIA 3DXMB 3O1WA 2P9IB 4BC2A 3EKUA 1GLAG 2NZTA 5EY4A 4F9OA 1H1VA 3I33A 1NGGA 2PBDA 5BRFA 1NGAA 1GLEG 3CJ7A 3UKUA 3U9DA 3C7NA 1HUXA 3LDPA 5EOYA 4CBWA 5AQLA 3FGUA 4BG9A 4CZJA 4BROA 4H03B 1ESVA 4I6MB 1HX1A 4JHDA 3IMXA 1HJOA 1Y64A 3DXMA 2A5XA 4ISEA 2P9IA 2Q0RA 3LDOA 5AQWA 4FO0A 3GL1A 5CE3A 1RGIA 3MN6A 2CH5A 4WQ5A 1MA9B 3H1QA 1Z05A 1ZC6A 4PKHA 5AQYA 4I6MA 1JCGA 3ZETB 2E2OA 2YHWA 3FR0A 4Y0WA 3VF6A 1J6ZA 3M1FA 2P9NB 4BR7A 5JLFA 1HLUA 3FZKA 4BRLA 3EL2A 2ITMA 1GLJO 3ATVA 4FWQA 4H5VA 1Z6RA 4BRIA 2I7NA 5AQTA 3L4IA 1NBWA 4IZ9A 4DCHA 1YXQA 3FZMA 3GDQA 4HWIA 3A5LC 3ZETA 4EHUA 3FZHA 1MWKA 3VENA 4FOIA 3U8XA 1LCUA 2IVNA 3CJCA 3UE5A 5FPDA 1CZAN 1YVNA 2P9LA 5AQGA 2A42A 2E20A 4FPBA 5BN9A 3FE1A 1NGEA 1S3XA 1QQOA 2GWKA 2E1YA 3EKSA 3CQYA 5EX5A 1JCEA 3MDQA 1NGFA 4CZGA 4B9QA 4EAHD 4CJ7A 4DHYA 4A61A 4RWTA 3ULEB 1BUPA 2FXUA 4CZMA 1U2VB 3ZEUA 5AR0A 4FOEA 5BPMA 2QXLA 2QWQA 2FSJA 4O5FA 5KPRA 2QW9A 3QDKA 5AQSA 2QWOA 5BRDA 3BF1A 2ZWHA 1DGKN 2E2NA 3BP8A 3W3DA 3WUHA 3VERA 5BN8A 5AQIA 2P9PB 4BREA 4CZLA 1V4SA 4BR2A 3QMLA 2ZF5O 4FWSA 4H0XB 5BREA 3GOIA 2YHXA 3H46O 3A5MC 3WQUA 5EXWA 1IJJA 4IO8A 2A3ZA 2F9TA 4FPAA 3VF4A 2P9UA 4IJAA 4B1YB 4K43A 3D2EB 3BUZB 2VYPA 4E1JA 1BO5O 2P9KB 2HF3A 2P9PA 4IJNA 2WUSA 1C0GA 2BUPA 4BRHA 3O4WA 1SQKA 1QZ5A 3R9PA 2YCHA 5JMVA 1TYQA 1WUAA 2HMPA 5FPMA 2HF4A 2P9KA 3WEEB 4WQ5C 3DAWA 3KZBA 1P8ZA 1JCFA 3O80A 4B1UB 3MN5A 3LL3A 4JN4A 4CZHA 4CI6A 1X3NA 4WQ4A 3QFPA 2V52B 1XUPO 1HKGA 4CBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 2IVOA 3J8AA 4PA1A 4CIEA 3ZT4A 1NK0A 2GWJA 5LMNK 2G8IA 4CEFA 3DOLA 4AHUA 5HP1A 4DQQA 1XI1A 4BRGA 3PIPL 2YX6A 2V51B 4RW6A 3EO3A 1D9FA 3QB0A 3TTDA 4DQ8A 1ZBLA 3KWIA 4Z4GA 1QQNA 2DPNA 1KD1O 4B1VA 4H5NA 4BDZA 1RTJA 2HHWA 1N34K 1JKHA 4YOXA 3OYAA 5C42A 1L3UA 1JLGA 2IIRA 3FZFA 1VQMN 3NVKA 3K9JA 1IG8A 4X66K 3HVTA 4XIUA 2PYLA 1T6DA 1J9AA 4CJ3A 4FWNA 4DTMA 3LPUA 3ZLJA 4DQSA 1GOCA 1JL1A 1TUYA 2YJFA 1RTIA 3ZEUB 5JVGL 2ATQA 4YOYA 5D3GA 1KXPA 1C0FA 3U6FA 3CCJN 1XMQK 1X3MA 2D5RA 4YOVA 2FF3B 2KQ2A 4FVUA 3D45A 3ASMA 4ICLA 4X64K 2Q36A 1QE1A 1R59O 3MMVA 3P5JA 3F2KA 3DLBA 4PKIA 5HBMA 3VEVA 4Z94A 4EHTA 2NRWA 2HBKA 4WE1A 4EFHA 3EYZA 5FPEA 1S6PA 1HPMA 2YJEA 4DTRA 4MDAA 3EN9A 2PZSA 3KHYA 1VSHA 3MN9A 4B1XB 1KSPA 1RDDA 2ZD1A 1Y97A 3ENOA 5ADXH 1NK7A 4CJFA 3H3OB 4E7JA 4FLYA 3OYLA 2HOEA 2IS3A 3BF3A 2O8DB 3JS6A 4CJ4A 5LJVA 4E1MA 2GUIA 1VSMA 3I0RA 4IOCL 3T1AA 3AVAA 3NF7A 4DFMA 5HLFA 2E8AA 4O44A 1VQNN 4EP5A 3H1VX 1D9DA 4RW7A 1NWKA 2HHUA 2O8DA 5BPNA 3OYHA 3KD5E 1MDUB 2NRXA 3LDLA 3MECA 4OJRA 2W41A 4AF1A 1NK9A 4IG3A 3KLHA 4KHSA 1DEJA 4JEPA 4DG1A 3SQ1A 1SL1A 4O55A 3ZX0A 3VEOA 3VGLA 3AAPA 3DWLA 3CCSN 1NK4A 3LANA 3K5NA 2YV0X 3NF9A 3NF6A 4DFJA 5B8HA 5AQXA 1J54A 1Q82O 5CR4A 1BDGA 1GLBG 1VK0A 2QKKA 3VEYA 4YFUA 5HRNA 3ZCMA 1RDWX 5I9EB 1G99A 1EKEA 3VEXA 1IKYA 4CK2A 1YIJN 3KLEA 4DF4A 3T3FA 1K73O 4OKJA 3T19A 1HKCA 5AJ3K 3LDSA 2YNGA 1NLVA 5ELZA 2QWRA 5BR9A 1RT2A 2G8FA 1RNHA 4CEBA 5J2MA 3VEZA 4FW2A 4W5RA 1SZ2A 2QEXN 1SV5A 5GADP 4Q0BA 3SZ2A 4BC3A 2QWNA 4HCCA 4FWRA 2FBYA 4PUOA 3DYAA 4B1ZA 3BDPA 4JK9A 3DXKB 1HNXK 3O3HA 4B3MK 2X78A 3LP3A 3WXJA 1VSIA 4FWMA 1VRUA 3VGKA 1NNEA 3IG1A 3PUFA 5AQJA 3GG4A 4KBOA 3J7AP 1EX4A 4CEEA 2E1ZA 3DXKA 4KKOA 3CQXA 3AO2A 5K14A 4CK1A 5KI6A 1DKGD 1XMOK 3T1HK 3HTVA 5T7BA 3HYFA 1UWBA 3CXCM 2YHYA 1QHAA 3TPQA 2YKMA 2GTDA 4CHNA 1ITGA 2Q2RA 1OKJA 3CI5A 1D4XA 5KQDA 3DOKA 3IUCA 4BRPA 4C8KA 3K5MA 3L0QA 4H8KA 3BZCA 3E9OA 4DUZK 1TK8A 1S1TA 4LH5A 4LY7A 2VWJA 1RDBA 4KHQA 1U47A 1Z25A 3AA2A 5AQNA 1QSYA 1IV0A 4OPHA 5EU7A 4BE0A 3OYBA 2XHBA 4H0VB 3V9XA 2EX3A 4ZTFA 3WNHA 4JK7A 5KPTA 3L6QA 3UKUB 1NMNA 4GY2B 3LAKA 5FROA 1S9GA 1EQYA 4JRPA 4KREA 2WOMA 3VOVA 4DV6K 2KZZA 1GLAG 5EY4A 1KFDA 3NF8A 2PBDA 1GLEG 3UKUA 1IO2A 2KTQA 5EOYA 4CJTA 3FGUA 2YNHA 4E0DA 4B08A 4C1NI 1HJOA 3LPTA 4M3XA 1WSGA 4KTWA 4NYFA 2Y1JA 2A5XA 4CE9A 3GL1A 4FJXA 5CE3A 3MEGA 1T8EA 2GX9A 4FJHA 2BH1A 4ID5A 4WQ5A 1C6VA 1MA9B 4FW1A 4JKEA 2HMIA 4KI4A 5AQYA 3AVMA 3ZETB 2IC3A 4JI3K 4AHVA 1SL2A 3VF6A 4HUFA 2P9NB 5JLFA 3DM2A 2O8CB 3VN5A 4BRLA 2ITMA 1GLJO 3ATVA 4FWQA 4E19A 2I7NA 5IT9O 3FZMA 4IBNA 3ZETA 3FZHA 4DV1K 4CEQA 3MX5A 3PSIA 4FOIA 3U8XA 1I94K 5FPDA 2OA8A 2P9LA 1VAZA 1D8YA 2O8CA 3B6OA 2RPIA 2E20A 3AO4A 4MQ3A 5HROA 1XHZA 4RG8A 1QSLA 5BN9A 3MEEA 4CIFA 1S3XA 1LWEA 3P31A 2OCEA 4GMJB 3WXMB 4DR4K 1B9DA 5EX5A 3VQCA 1NOZA 3MDQA 4N41A 4NCAA 1RTDA 3V9SA 3T7ZA 4CESA 1RBRA 4JS4A 1U2VB 1JL2A 3CCMN 3THXB 2QXLA 2QWQA 3PX0A 2V52B 4KPYA 1KCFA 4DFKA 3BF1A 3BGRA 5CZ2A 3J7YP 1DGKN 1EXQA 4B3RK 1RBSA 3VERA 4JI5K 2P9PB 2HHTA 3SCXA 4K0KK 1V4SA 4H0XB 4DV7K 3DLGA 5BREA 1HPZA 3R1XA 3C6AA 4Z4HA 2IDOA 1NJZA 3ZYYX 4CFDA 2KKZA 1A5VA 1S1XA 2P9PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4MLE A;  1RT3 A;  1C1A A;  3HOT A;  4DV4 K;  1JLC A;  3B8A X;  2O8B B;  3QEV A;  4YOT A;  1HNV A;  1RBT A;  4BRM A;  5KGW A;  4FJL A;  3C7N B;  1WSE A;  4JHD B;  3SI6 A;  3L8B A;  5M1O A;  3ULD A;  3EKU A;  4F9O A;  1H1V A;  4DTX A;  1L5U A;  1NGG A;  3KK1 A;  4I9L A;  3C7N A;  4KTZ A;  5H1S Q;  4CZJ A;  4YOW A;  4H03 B;  4IFE A;  5TKW A;  5KTQ A;  4JHD A;  3IMX A;  4JI2 K;  2BDP A;  4FZY A;  4E3S A;  5LMU K;  3F5T A;  5FRM A;  4KFB A;  2ETJ A;  3CME N;  1VQ7 N;  4KHP K;  1VRT A;  4CGD A;  1JCG A;  1FJG K;  3SNN A;  1RCH A;  1X9M A;  4FZX C;  3TAE A;  1JLQ A;  1U04 A;  3M1F A;  1FXX A;  3EY1 A;  3V1O A;  2HHS A;  3MCA B;  3MAQ A;  1TK0 A;  3MWT A;  1Z6R A;  3CQ8 A;  3L4I A;  4IZ9 A;  4KH6 A;  3DI6 A;  3P1G A;  3AVH A;  4KHU A;  3A5L C;  4CGI A;  4EHU A;  1OH6 A;  3VEN A;  1VQO N;  1CZA N;  1YVN A;  4LFC K;  4DTU A;  4PQU A;  2A42 A;  4DSK A;  3IKM A;  2HW3 A;  5BR8 K;  3FE1 A;  1NGE A;  4FK4 A;  2R7Y A;  3EKS A;  3CM5 A;  2NUB A;  4U67 L;  4DLE A;  1JCE A;  3RR8 A;  1NG9 A;  4CHY A;  3LWM A;  4A61 A;  4RWT A;  3ULE B;  1BUP A;  3N4P A;  3ZSX A;  1W9H A;  2YNF A;  5BPM A;  4FOE A;  1YT3 A;  3VQ4 A;  1VSJ A;  5KPR A;  3V6D A;  1YIT N;  4G1Q A;  5AQS A;  2QWO A;  2QK9 A;  1TAU A;  2X6S A;  3B6P A;  5DK5 A;  4JRQ A;  5AQI A;  4B9U A;  4CZL A;  4BR2 A;  3AVL A;  2ZF5 O;  1QQC A;  3H46 O;  3WQU A;  3PO5 A;  4C8O A;  1IJJ A;  4KHN A;  2YKN A;  2HBM A;  4IO8 A;  3VF4 A;  1K8A O;  2NNW A;  3ZT1 A;  4IJA A;  2XY7 A;  5C2F A;  4YHH K;  1M90 O;  4AHR A;  4E1J A;  1BO5 O;  2P9K B;  3EEQ A;  4Z4C A;  4FLV A;  3TSQ A;  3V81 A;  1C0G A;  1T03 A;  1WAJ A;  2Y1I A;  1RT1 A;  4DSJ A;  2HMP A;  2LSN A;  2P9K A;  3VMF B;  4DKW A;  3LP0 A;  1S6Q A;  3IS9 A;  4LFA K;  4K8Z A;  3THV A;  3O80 A;  4B1U B;  3RMD A;  3MN5 A;  1RIL A;  3LL3 A;  4I7F A;  4JN4 A;  5GIN A;  3ZT0 A;  4DR6 K;  4LH4 A;  1X3N A;  4DLG A;  4WQ4 A;  3EE9 A;  3CC2 N;  5BRD A;  1HKG A;  3I8D A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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