3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
5AQWA 2V52B 3LDLA 2P9SA 3AAQA 3ZX2A 4M7YA 3WEEB 4CZHA 1GLDG 2Q1NA 3A8YA 3OHRA 2ZGYA 5BRFA 3RSEB 3BEXA 3W3DA 3TU5A 2YHYA 3VENA 3ZX0A 2UYTA 2BTFA 4QS7A 4AM7A 1RFQA 4B1ZA 3DJCA 5KQ8A 5BPNA 3DAWA 3QICA 3KZBA 3VGLA 5AQJA 2QM1A 1TYQA 2QWNA 3VGKA 3VGMA 2IIRA 2FSJA 4MLHA 3IFRA 1GLEG 4BRIA 5TKYA 4FOIA 5EOYA 2D4WA 5B8HA 1NWKA 3D2EB 5AQHA 2OANA 5BN9A 1RGIA 3WT0A 5KPRA 1HX1A 2W40A 2NLXA 1NGIA 4BR0A 2GTDA 1BUPA 1BO5O 5AQXA 1GLFO 2A6AA 1BDGA 2P9UA 3A5NC 3HM8A 3MMVA 2YJFA 5EVZA 1MDUB 4A2AA 4FWLA 2CH6A 2QWQA 4B1VA 3CJAA 3MN6A 4YDUA 1QZ6A 4CZEA 1XUPO 4FWMA 1KXPA 2GEMA 3LDPA 5AQZA 2F9WA 2QWMA 3R9PA 5FPEA 3HZ6A 2Q0UA 1SZ2A 3ZX3A 5BRHA 4IZ9A 2E2PA 1NBWA 2P9LB 4HWIA 3L4IA 1Y64A 2P9NA 1U2VA 4DB3A 4IJAA 3ULEB 4XH4A 2E2OA 3B8AX 3SK3A 2FSNA 3CQXA 3WQUA 1XQSC 2NZTA 1U6ZA 3CETA 3MK6A 4O5FA 1C0GA 3J8AA 3GOIA 5ELZA 2ZGZA 3QMLA 1IG8A 4RTFD 4CBWA 2A3ZA 5ADXA 1X3NA 5BREA 4RCHA 4CI6A 4F9OA 4BROA 1QHAA 1T44A 4FOEA 5AZJA 4CZFA 4FWQA 4I6MA 2QW9A 3U9DA 4BG8A 5AQTA 3FZLA 5AR0A 3S41A 2Q36A 1CZAN 4JD2A 3WUHA 3H1QA 4PKIA 1IJJA 1D4XA 4JHDB 4BRHA 1NGAA 4H5VA 3P4IA 4IXCA 1NGGA 5AQYA 3H3NO 3L0QA 2V51B 1T6DA 2V7YA 2DPNA 4EHUA 4CZKA 3G25A 3GE1A 4EIAA 2HOEA 4MO5A 3VEWA 1SQKA 1BU6O 4BRLA 3MN9A 4H0XB 2P9IB 4BRQA 4FWKA 3WXKA 4H5NA 4QS8A 4H0TB 3QFUA 5AQFA 1GLJO 4CZJA 3MDQA 4DHYA 1LCUA 5AQLA 1X9JA 2VYPA 2A41A 4NO7A 3JS6A 1K8KB 3GL1A 3LM9A 5BRDA 2CGJA 4FSVA 1RDWX 5JLHA 3EZWA 2FF6A 3VPZA 3JXUA 1ZC6A 4IWVA 3QB0A 3DWLA 4JN4A 3SJHA 1NGEA 5AZIA 3C0BA 3VOVA 1GLBG 4K43A 2P9KB 2NRHA 3VEVA 3DXMA 4BGAA 4BRFA 3H45C 1BA1A 3O08A 5E84A 3CIPA 2QWOA 1SAZA 4B1WB 1R59O 4BRNA 3MN5A 2GELA 1ESVA 4ISGA 3UKRB 5BN8A 4WQ5A 3ENHA 1ATRA 4FWNA 2P9SB 3O8MA 1XC3A 3A5OC 4H5TA 2ITMA 1C0FA 3CJ1A 1HJOA 3M3ZA 1MWKA 4XEIA 5I9EB 3EKSA 2YJEA 3FZFA 3R6MA 2FXUA 3CQYA 5AQVA 4H0PA 2VWBA 4CD3A 3FGUA 3HSCA 3QBXA 4A2BA 3FR0A 3DXMB 1YXQA 4J8FA 1TYQB 5E26A 1HKCA 3O80A 1NMDA 3TPQA 1ZXOA 2YHXA 5LJVA 3ZEUA 2J4RA 3VF2A 2A5XA 1BOTO 4ISEA 3CJ9A 3WQTA 1BWFO 1NGBA 3KVGA 4BRAA 4BRMA 3UE5A 2GUPA 3VEYA 4K41A 2YHWA 5F0XA 3QFPA 4BC5A 3GG4A 1V4SA 4MLEA 3A0IX 3H6EA 3U8XA 2ZWHA 1TUUA 2ASPA 2QWPA 4ISFA 5EX5A 2VCPA 5AFUH 4FPBA 3IDHA 2P9UB 1WUAA 2CH5A 2I7PA 1E4FT 2HMPA 2QWLA 1T6CA 5AQIA 5AQQA 3WXLA 3IUCA 3H3OB 4FWRA 4KBOA 2HF3A 2Q97A 3BUZB 1Q18A 2CGLA 2D1KA 2W41A 4JAXA 1GLCG 2I7NA 4EHTA 3HBTA 5FPNA 4PL7A 1ATSA 4BR2A 2H3GX 3GBTA 3LDNA 1Z05A 2GWKA 1BA0A 2P9PA 3LM2A 5AQKA 4RWTA 2ASMA 3ID8A 1JCFA 4DCHA 5ADXH 1QQNA 5AQOA 3D2FA 3UKUA 4BRKA 3CJCA 1H1VA 2P9NB 1U2VB 3VEZA 4CZGA 4FPAA 1HPMA 2Q2RA 4XH5A 5KQDA 3DXKA 3FE1A 1G99A 1P8ZA 3O1WA 4BR7A 4WQ4C 1DGKN 1EQYA 3EO3A 3ZETA 1QQMA 2V7ZA 5FPMA 1NGFA 1S22A 3QDKA 1NLVA 5AZJB 4PL8A 3WXIA 3WEEA 2PAVA 3WXJA 4B9QA 4I6MB 4CZLA 2PBDA 4MO4A 3VF4A 2E20A 4BVOA 3RSEA 2E2NA 4JD2B 4HTLA 3ENOA 2EWSA 5BPLA 3FZHA 3O1BA 3O5BA 4M7XA 3AAPA 3EL2A 5AQUA 1GLAG 4FO0A 4GY2B 4B1YB 5EXWA 5F2RA 1YVNA 4B1XB 3AY9A 4WQ5C 3ZETB 1LOTB 4M63C 4CBXA 4CJ7A 4IJNA 3KHYA 4BC2A 5KPTA 2QWRA 3D2EA 5BPMA 1NGDA 3VEXA 1NGHA 2BUPA 1JCGA 3CJ7A 1JCEA 3F9MA 3VF6A 5KPZA 5LY3A 1S3XA 4EFHA 3VERA 4H0YB 3VESA 4BRPA 4BRCA 5AQSA 1KAXA 5F1XA 1HKGA 1HUXA 1ZBSA 5AZIB 1BG3A 4YDUC 5AQMA 3MCPA 3A5MC 3IMXA 4B1UB 3QBWA 4CD1A 2A40A 3U9ZA 3ATUA 2D0OA 4EAHD 4FL9A 4NB4A 4BG9A 3BP8A 4CBUA 4CZIA 4BRGA 4BQZA 2HF4A 3AARA 2YI1A 1J6ZA 2CGKA 3U4LA 3UB5A 3FZMA 2P9LA 2Q31A 1X3MA 4PKHA 4QS9A 4WYBA 4H5RA 5AQNA 5AQRA 5JMVA 3ULEA 3LDQA 3FLCO 4E1JA 1HKBA 4BR9A 4PKGA 1NGJA 4BC4A 3H1VX 2E1YA 3HTVA 5AQGA 3I8BA 5FPDA 1KAZA 3H46O 3CI5A 4Z94A 3O4WA 4L3QA 4Y0WA 3CJBA 4H5WA 1E4GT 2YCHA 4H0VB 1DEJA 4AM6A 3R8EA 3I33A 4BREA 2QXLA 4H0OA 3O6WA 1KAYA 5AFUA 2F9TA 3W0LA 3CHWA 1ATNA 3EKUA 5EY4A 4LC9B 3ZEUB 4JHDA 1GLLO 2D0PA 1HLUA 2A42A 5JICA 1QZ5A 3BF1A 4BR4A 1YAGA 3SLCA 2IVOA 3VEOA 4XH1A 1DKGD 5AQPA 4DQ8A 2E88A 4A61A 1YUWA 2E8AA 2GWJA 2AP1A 2E1ZA 2P9IA 2KHOA 3MN7A 3M6GA 1OKJA 4BVPA 4C23A 4IO8A 4FWOA 4BQLA 3C7NA 4BR5A 1WOQA 3BF3A 3D7EO 5CE3A 4K25A 1MA9B 3FFKB 4BGBA 2FLOA 4O8KA 1K8KA 1QQOA 2ZF5O 4A62A 2WUSA 2Q0RA 2FF3B 2E2QA 2FSKA 4JNEA 3GDQA 3FZKA 2P9PB 3M1FA 3A5LC 4FWSA 2AA4A 4H03B 5LJWA 3VETA 4FWPA 3SMSA 3L6QA 5JLFA 1Z6RA 2ASOA 3ATVA 3D2FB 3UKUB 2P9KA 1MWMA 3HI0A 3CERA 2IVNA 3EN9A 4CZMA 3LL3A 4K42A 1TUYA 3DXKB 4GNIA 1V4TA 4BRDA 1NGCA 4BC3A 3C7NB 1NM1A 2IVPA 5BR9A 3SMPA 3LDOA 3UKRA 4WQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P83D 2FBVA 2V52B 4O4GA 4CZHA 4UQGA 5BRFA 5KGWA 3RSEB 3T19A 1U04A 4KHNA 3ZSOA 3O9TA 2XY6A 3VENA 1EX4A 2UYTA 3BZKA 4OX9K 5EU7A 3DJCA 2UU9K 1E3MA 2O4GA 4DV7K 3CFOA 3THYA 1X9SA 3DAWA 3NF8A 3QICA 1JLQA 3KZBA 4K8XA 1TYQA 2QWNA 3VGKA 4OKEA 2IIRA 2FSJA 3SQ2A 4BRIA 4Z4FA 5GAEP 3ZT2A 4IG0A 3KWGA 4CGIA 2WFBA 1X9WA 3N4PA 1RGIA 4KO0A 3AA4A 5J2NA 3E9LA 3DLHA 3SAHA 5TKWA 1BDGA 2P9UA 2YKNA 3NF7A 3MMVA 3K2PA 4PA1A 4DU3A 4AH9A 1WAJA 2QWQA 3CCQN 1QZ6A 4KI6A 4CZEA 1KXPA 2GEMA 4OPAA 5HRPA 1J5EK 2Q0UA 1VK0A 4DUYK 3THXA 4DS5A 5BRHA 2ETJA 4IZ9A 3OYBA 1NBWA 3MXIA 1W0HA 2IDOA 3PX4A 3NVKA 1Y64A 4CGHA 4IJAA 3ULEB 4E7IA 4XH4A 3B8AX 1IKXA 4DSJA 4FZZA 2FSNA 5C0YA 4H4OA 5D3GA 2HBMA 3WQUA 3TTFA 4CIFA 2VQFK 5BREA 1M90O 4BROA 4FM2A 1QHAA 4JS4A 4FJ7A 4CZFA 4FWQA 3U9DA 5AQTA 3G71N 3AVMA 3H1QA 1CZBA 3ZSRA 3TAPA 3CCJN 3HVTA 1SKRA 1UAXA 3HPOA 1NGGA 1IO2A 2V7YA 3RRGA 1NU0A 4EHUA 3EY1A 3G25A 4IFYA 3GE1A 3TSPA 3ZSWA 2YHBA 2W42A 3QESA 1SQKA 3OYDA 2HHWA 1BIZA 1C0TA 2D0AA 4BRQA 4DFPA 1EKEA 3T1HK 4H5NA 3QFUA 1WSJA 1RT6A 1TAQA 3NBPA 3MDQA 1JLEA 3CPEA 1X9JA 2P5OA 3KTQA 1KD1O 1K8KB 5LL6Z 4KHQA 3GL1A 3KKSA 4ZTFA 3A2FA 5JLHA 1RDWX 3EZWA 3P39A 4HUGA 4IWVA 3ITHA 1NGEA 2YKMA 3VOVA 1NJXA 4K43A 3OS0A 3VEVA 1ASWA 4CGGA 1JLGA 3OS1A 3H45C 1VSMA 3CIPA 4B1WB 1JLCA 3AO5A 1HYSA 1ESVA 1LWFA 3E1YA 2VGMA 2D5RA 3QERA 3I0SA 1S6QA 2R7YA 3VEOA 3A5OC 2ITMA 2XO7A 4DR2K 4CFCA 3V1QA 3FZFA 1K6YA 2FXUA 3CQYA 4FK4A 3CCLN 1B9FA 1C6VA 1T03A 3FGUA 2P5GA 3CYMA 3QBXA 3M5RA 2ZQBA 3DXMB 1YXQA 4J8FA 4CJWA 4EP5A 1HYVA 1HPZA 3O80A 1ZXOA 4X64K 4HUEA 2J4RA 1K8AO 4CHYA 1TL3A 4ISEA 4PY5A 3TWHA 3WQTA 1RDUA 3C6UA 3UE5A 1T05A 4ELTA 4KTZA 3QFPA 3CF5L 1VQNN 2D0CA 1U47A 3A0IX 2ZWHA 1N32K 3IS9A 3ZLJA 3AVIA 2QWLA 3DLBA 4AF1A 1T6CA 5AQIA 5AQQA 1X1PA 3WXLA 3H3OB 3QNOA 2Q97A 1J5OA 1RBSA 4DSLA 4FW2A 2W41A 3KK2A 1GLCG 4CGFA 1JLFA 1Q7YO 1BISA 1W9HA 3VQ7A 4CHNA 3OBYA 3QIOA 1JL1A 3K58A 4DSEA 1Z05A 2GWKA 5AQKA 1HRHA 3SV3A 2BE2A 4CF8A 4RWTA 3PSIA 3SI6A 1Q9YA 1RCHA 4FLYA 5AQOA 3CJCA 2P9NB 4DFJA 1U2VB 2GUIA 4FPAA 2Q2RA 4XH5A 5KQDA 5LMNK 4DV1K 3DXKA 2OTLN 3FE1A 3AVLA 1G99A 4DTUA 1VSKA 3O1WA 4BR7A 4WQ4C 1OH7A 2KTQA 1NK8A 1DGKN 2OPRA 3ZETA 2ZM6K 4PQUA 1SV5A 1EWQA 1S22A 1NLVA 3PIPL 3RWUA 5IWAK 4X65K 4IBNA 3SUQA 3WEEA 2PAVA 4B9QA 2A1RA 1VSDA 3LWMA 2E2NA 5I3UA 2HB5A 4M3UA 2EWSA 2PY5A 2KKZA 3EL2A 1D8YA 4B1YB 5F2RA 3G6EN 1I3AA 1LOTB 4AHTA 4FK2A 3KHYA 3AVJA 4WE1A 3CCVN 3VEXA 1DTQA 3OYHA 4B9TA 4DS4A 5KPZA 3QEIA 3DRRA 4BRPA 4RW6A 4CVNE 4JYAK 5F1XA 3QETA 4GVMA 4CJ4A 3AVHA 3JSMA 2B6AA 3DOLA 1VSJA 3IMXA 1B9DA 2A40A 1CXQA 4EAHD 4CK3A 4FL9A 4CGJA 2X74A 2HBLA 4C8LA 1N36K 4F2RA 3F5TA 4C8NA 4CFDA 1BI4B 3FZMA 5HLFA 3LZJA 4WYBA 4H5RA 5JMVA 3PV8A 3LDQA 4EZ9A 3WNHA 4E1JA 4HCBA 4BR9A 5HP1A 2E1YA 4LH4A 5AQGA 3CI5A 1NK4A 3KKRA 2B4JA 3P38A 3QLHA 4H0OA 4DTRA 3NF9A 4BDYA 4Z4CA 5DMRA 3EZ5A 2ZJRL 3EKUA 4LC9B 2WOMA 2G8UA 2D0PA 1HLUA 2PFUA 5JICA 4O0IA 4CJRA 2G8VA 3L2QA 2O8FB 4FM0A 3QEXA 5FDLA 4FVMA 1NJZA 2ITGA 5AQPA 4FLTA 4GMJB 3CCEN 2AP1A 2OA8A 3C95A 1OKJA 4BQLA 4DTJA 4E3SA 3BF3A 2BDPA 1TV6A 5CE3A 1MA9B 4NYNA 1JL2A 4JKBA 3EYZA 2YX6A 2WUSA 3AVNA 2FF3B 2RF2A 2FSKA 4YOWA 4EZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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