3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
b'GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
4CD1A 3WXJA 5AQPA 3VERA 4Y0WA 3VEYA 4DCHA 2DPNA 4HTLA 3JS6A 4BROA 3MN5A 3VEXA 1Z6RA 4CBUA 2FLOA 1V4TA 3DXKB 3WQTA 5AQFA 2P9PB 3B8AX 2CH5A 3DWLA 2PAVA 1GLDG 1U2VA 5BPMA 1MA9B 2FSNA 4QS7A 1BA1A 1NGCA 5F1XA 3ZETA 4CI6A 4XH5A 4IZ9A 2CGLA 5AZIA 3CHWA 4BQLA 4FWQA 5KQ8A 2Q2RA 3LDQA 4CZLA 2ASOA 4JD2B 2V51B 2QXLA 4H0XB 5TKYA 3U9DA 1XUPO 1GLCG 1JCFA 1T6DA 1NGDA 3CQXA 3A0IX 1E4GT 4H5RA 3AARA 2ZWHA 3UE5A 5AFUH 4BG9A 4BRIA 2P9PA 1MDUB 3A5LC 5I9EB 3EL2A 2QWPA 3M3ZA 1YXQA 4BRDA 1HLUA 3H3OB 5AQGA 1QHAA 4MO5A 3QB0A 3BP8A 4JD2A 5KPRA 2GTDA 4J8FA 1HKBA 2A5XA 4BRMA 1NGBA 3FR0A 4JAXA 3LDPA 4M7XA 2HF3A 4AM6A 4GY2B 4IO8A 3H1VX 5AQIA 2P9NB 3A5MC 4EFHA 4H5NA 2KHOA 3AAQA 4XH4A 4IJNA 5AQYA 3SLCA 1MWMA 2P9SB 2FSJA 3MMVA 3VEWA 4M63C 3LM2A 4C23A 3FZKA 4M7YA 4F9OA 3LDNA 2E88A 2QWRA 1TYQB 4H5VA 1GLAG 1CZAN 4A62A 3IUCA 5EXWA 4AM7A 2WUSA 4BRNA 5LJVA 3U4LA 5LJWA 2A41A 4BRCA 3ENOA 3GE1A 1R59O 4IXCA 4BC2A 2ASPA 4O8KA 1ATNA 3GL1A 1HKCA 2P9NA 4A2AA 3ZX2A 1RDWX 1BG3A 4K42A 3EKUA 1MWKA 1ZC6A 2J4RA 4MLEA 2P9SA 5AQHA 3CETA 2VYPA 1GLLO 3CJBA 3LM9A 2YCHA 4CZIA 1NGJA 3ZX3A 4BC3A 1OKJA 5FPDA 3CJCA 1NBWA 5FPMA 2GELA 1TYQA 1LOTB 3CJ1A 2QW9A 3HI0A 2ITMA 3BUZB 2UYTA 2D1KA 5JLFA 3VESA 5AQRA 2V7ZA 5EOYA 1BWFO 4DB3A 4H0TB 1NM1A 2IVPA 2VWBA 2V7YA 2VCPA 4FWSA 3FZHA 4FPBA 2P9IB 4B1UB 4RCHA 5AQNA 4DHYA 3MDQA 4CJ7A 2D4WA 3G25A 4FWLA 1ZXOA 4BC4A 5BPLA 3WUHA 3ZEUB 4EIAA 4A2BA 3L4IA 3O08A 1JCEA 4WQ4C 2Q1NA 3MCPA 2YI1A 1NGFA 4CZFA 4YDUC 3CJAA 2E1YA 1HJOA 4HWIA 3FZLA 3H46O 3WEEA 1TUYA 3I8BA 2E8AA 1WOQA 5AR0A 2D0PA 4BGBA 2AA4A 1T6CA 3JXUA 1YAGA 3VOVA 4NB4A 4PL8A 2P9UB 5BRFA 5ADXA 3MN9A 2P9IA 3SMSA 4CZGA 1EQYA 2I7PA 2GWJA 4FOEA 3HSCA 3ZEUA 1ATSA 4K43A 4CZMA 5AQSA 1QQOA 1BOTO 2E20A 1BA0A 2FXUA 4JN4A 3RSEB 2YHXA 4BR0A 4RTFD 3R9PA 2BUPA 4B1XB 4E1JA 1Y64A 5AQMA 2FF3B 2HF4A 3L6QA 5B8HA 3EZWA 2HOEA 1XC3A 3TU5A 3S41A 4FO0A 1GLBG 1GLFO 2YHYA 1X9JA 3A8YA 4CZEA 4FWPA 1GLJO 2GUPA 2P9UA 1DKGD 4ISGA 3ATUA 3HTVA 3HBTA 3J8AA 3AAPA 5AQVA 1NGHA 1RFQA 4WQ5C 1C0FA 3FGUA 4ISFA 4BRKA 3CI5A 2CGJA 2A42A 3RSEA 4BVPA 3VF6A 5AQZA 3O6WA 3F9MA 2CH6A 1BUPA 2IVOA 1IG8A 4H5TA 2IVNA 5FPNA 3FE1A 3QBXA 2A40A 2E2PA 4BR5A 2HMPA 3CJ7A 1NGIA 4BRPA 2OANA 1T44A 4B1VA 3CJ9A 5EY4A 2Q0UA 4FWOA 4LC9B 3QFPA 5AQJA 2D0OA 2H3GX 5BRDA 1X3NA 1ATRA 2QWQA 3WXIA 4BGAA 4FPAA 4WYBA 1QZ6A 4B1YB 4B1WB 1SAZA 2YJFA 3QICA 1NLVA 3SJHA 3VF2A 1BDGA 1D4XA 2BTFA 2NRHA 4BREA 4CD3A 4KBOA 3FLCO 5JMVA 5AQQA 3LDOA 4H5WA 5BN8A 3O1BA 2Q0RA 3QBWA 2Q31A 2W40A 4EHUA 3BF1A 4FWRA 5AQLA 3C7NB 3QMLA 3H1QA 2YHWA 4A61A 2I7NA 3C0BA 3DJCA 3WEEB 1DEJA 3VGMA 5AQXA 4BRHA 2Q97A 2E2QA 3U8XA 2ZGZA 5E84A 3VF4A 4QS8A 4FWMA 1QZ5A 3LDLA 4MO4A 4PKGA 4BVOA 3D2EB 1LCUA 4NO7A 2NLXA 3FZMA 1KXPA 1YVNA 3BEXA 3L0QA 5AZJB 3C7NA 4CZJA 1KAXA 2AP1A 5AQKA 3VEZA 4BQZA 3VETA 1V4SA 3CERA 4FWNA 4BR7A 1ZBSA 2GEMA 5ELZA 1K8KB 1HX1A 4PKHA 3IDHA 1SZ2A 3EKSA 4H0VB 2V52B 3ENHA 1S3XA 1DGKN 1U6ZA 3AY9A 4BR4A 5JICA 4I6MA 5EX5A 3KHYA 3W3DA 3D2EA 1KAYA 4XEIA 5EVZA 2ZF5O 4WQ4A 3R6MA 4XH1A 4CZKA 2EWSA 1NMDA 3HZ6A 2QWMA 2F9TA 3H3NO 2QWOA 4YDUA 5AZJA 1G99A 2E1ZA 3SK3A 4EHTA 2QWNA 5BREA 1BU6O 3WQUA 5AQTA 4BR9A 1H1VA 1K8KA 2FSKA 3EO3A 1NGGA 4GNIA 1NWKA 1S22A 3I33A 4Z94A 3UKRB 4BC5A 4CBWA 3A5OC 3M1FA 4FOIA 4H03B 3VGKA 5BN9A 3WXKA 5AQOA 1TUUA 1QQNA 3SMPA 3FFKB 3LL3A 3CQYA 1NGAA 5CE3A 1P8ZA 3DXKA 4B1ZA 4IWVA 2NZTA 4DQ8A 2W41A 5KPZA 4B9QA 2ZGYA 3O1WA 1RGIA 4JHDB 1HKGA 3VENA 5KQDA 2E2OA 3A5NC 3MK6A 1HUXA 1X3MA 4EAHD 2A3ZA 5FPEA 3UKRA 2ASMA 3VEOA 3KZBA 4ISEA 5E26A 2P9LB 4WQ5A 3U9ZA 2FF6A 1Z05A 1IJJA 2IIRA 3BF3A 3P4IA 4FL9A 4BRQA 4BRAA 1WUAA 3H45C 4BRGA 1C0GA 3ULEB 3O5BA 4H0OA 3UKUB 4H0PA 3W0LA 3FZFA 5AQUA 4PL7A 2QWLA 3O8MA 4FSVA 4H0YB 3DAWA 2P9KB 5KPTA 3GBTA 2F9WA 3WXLA 1E4FT 3M6GA 4JHDA 5F0XA 2A6AA 4BG8A 3MN6A 5AQWA 3GOIA 3EN9A 3IFRA 5ADXH 2QM1A 4MLHA 3VEVA 4CZHA 1SQKA 3ATVA 3TPQA 3ZX0A 3D2FB 5AFUA 3O80A 2P9LA 1ESVA 5F2RA 4BRLA 4QS9A 3UB5A 1KAZA 4K25A 3KVGA 2GWKA 1J6ZA 3VPZA 4IJAA 1HPMA 3VGLA 3ULEA 3DXMB 5LY3A 3UKUA 1BO5O 3QFUA 1Q18A 4I6MB 3HM8A 2P9KA 4BR2A 3ID8A 4O5FA 1JCGA 4L3QA 3OHRA 2YJEA 3CIPA 3MN7A 1QQMA 4FWKA 1GLEG 3GG4A 2PBDA 5JLHA 5BR9A 4CBXA 3O4WA 5BPNA 2Q36A 3H6EA 3IMXA 3D2FA 4BRFA 4JNEA 4RWTA 3GDQA 1U2VB 1YUWA 1XQSC 3D7EO 2E2NA 3ZETB 3QDKA 5AZIB 4K41A 1NGEA 2CGKA 3DXMA 5BRHA 4PKIA 3WT0A 3R8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AGRA 4Y0WA 3G6EN 4IOCL 4HTLA 4N41A 2PFUA 4CBUA 2WBNA 3DXKB 5BR8K 3WQTA 3QESA 1JXBA 1Q8IA 2P9PB 3B8AX 1CLQA 3EEQA 3OW2M 4JV5K 1U2VA 3VQEA 5CYQA 5BPMA 1DLOA 1MA9B 2FSNA 4FVMA 1BA1A 5F1XA 3ZETA 4CI6A 3T1YK 1LW0A 2UXBK 4MQ3A 3SAHA 1IBKK 4H0XB 3F73A 3O4NA 5C25A 2Z1GA 1VRUA 1XUPO 1YJNN 3QNOA 3MXJA 3SQ4A 1T6DA 3CQXA 3P38A 1E4GT 3T19A 3AARA 3QEXA 4E0DA 4OLBA 1NU0A 3CPEA 1FK9A 1OVQA 1IKWA 3E1YA 4UY8O 2HHTA 3H3OB 2FC0A 1RT7A 2W6KA 4F8RA 3B6PA 1U04A 4L8RB 2VQFK 3T1AA 3OYDA 2Y1IA 2GTDA 4OX9K 4IG3A 1NGBA 4EP5A 4LH4A 4FW1A 2X78A 4H5NA 1VQPN 2RKIA 3AAQA 4DUYK 4XH4A 3LWLA 1HNZK 1MWMA 1QTMA 3BY5A 3TI0A 4ZTJA 3MMVA 3VEWA 4C23A 4GW6A 4BDZA 3FZKA 3LDNA 5FDLA 4CEBA 4KTZA 1TYQB 1T03A 4FLZA 1BI4A 1Z26A 2WUSA 3SUQA 3I55N 5C10A 5C42A 3U4LA 5LJWA 5GADP 4NCBA 1R59O 1YF5L 2P1JA 3LAMA 4O8KA 2P9NA 1LAVA 4A2AA 2XY7A 4I2PA 3K5LA 3EKUA 1MWKA 1NK0A 1IKVA 1ZC6A 2J4RA 4B9SA 2P9SA 2VYPA 3CJBA 2YCHA 1Q82O 4CIFA 1C1AA 4DR7K 1NBWA 3SYZA 4OJRA 3SAFA 2HHQA 1VSHA 2UYTA 1S1XA 2PZSA 1HMVA 4HUGA 4E7HA 4MDBA 5AQRA 4RW4A 2UUAK 1RDCA 1NM1A 1X9SA 4DKWA 2KFZA 4FWSA 5HOOA 4FPBA 2P9IB 2R7YA 4RCHA 4CJ7A 2D4WA 2GBZA 1WSGA 4DLGA 4CFCA 1DT9A 3L4IA 2YI1A 3WNHA 1SUQA 3DLEA 3DMJA 3I0SA 4HWIA 1HJOA 2JGUA 5HRPA 3SUPA 3F5TA 3H46O 4KI6A 2E8AA 5KGXA 4C8KA 3SMSA 3NVMA 2I7PA 1A5WA 2GWJA 1YITN 1IKYA 2E20A 4RTFD 4NCGA 2O8CB 4FXDA 5B8HA 3THWB 2HOEA 1TKXA 1XC3A 4CF2A 5J1EA 3S41A 4FO0A 4Z4GA 3PX4A 2YHYA 4QCLA 4FWPA 2GUPA 4ISGA 1YHQN 2NRTA 3IS9A 3U3GA 3J8AA 4DFPA 1VQ8N 4WQ5C 4A5BA 4OPKA 5M1PA 1C0MA 3ZSVA 4BRKA 4N5SA 4M3RA 3SJJA 4BVPA 2RE2A 5AQZA 3O6WA 5C0YA 3LP3A 1VSFA 2IVOA 1HJRA 1KC8O 3LZIA 5FPNA 3QBXA 1N8RO 4C1NK 1XHZA 3NF7A 4CCHA 3TAMA 4X65K 5C2FA 4M3UA 4V19S 1NGIA 2G8UA 5EY4A 5C12A 4LC9B 1YIJN 2D0OA 1HYSA 2H3GX 3E01A 4CHNA 1L5UA 2IAJA 4IO9L 4CJPA 1SAZA 3OYLA 3QICA 3SJHA 1EO1A 4PWDA 3RVCA 4DG1A 3FLCO 3OJSA 3ZT0A 3LDOA 4E1MA 4YOYA 4R5PA 2Q0RA 1FJGK 4YY3K 3NGZA 2ZD1A 2O8BB 3DJCA 4NXMK 2UUCK 3WEEB 3VMFB 3CMAN 4O55A 3OS1A 1BCOA 4FJ5A 3S9HA 4C8OA 5E84A 2ZE2A 3PIPL 4LF9K 5JVHL 1ASVA 2KTQA 1Q81O 4MO4A 4U67L 3JYTA 1NK5A 1LCUA 3NH0A 3TTDA 1YVNA 1SS6A 1ASUA 4DQQA 1VSDA 3OYAA 2AP1A 3VEZA 4PA1A 4CESA 4BR7A 2YKNA 5ELZA 4DV1K 1HX1A 2EX3A 4IBNA 4BE1A 1NK7A 3G4SN 4BR4A 4YNQA 1FKOA 5JICA 3HOTA 4ID5A 3NF6A 3D2EA 1KAYA 4IOXA 1KRPA 1XNRK 2HNYA 3OYHA 4DTXA 2HHVA 4DTUA 3IRXA 3VQ6A 1NMDA 1FKPA 4JI2K 4EHTA 1RDAA 4KHQA 2QWNA 3WQUA 5HLFA 1NGGA 4GNIA 3ZT2A 1RCHA 1NK9A 4JLHA 4PUOA 3A5OC 4W5RA 3M1FA 4E19A 1KVCA 4FOIA 4H03B 5BN9A 3F9KA 3KWGA 1OH6A 3CQYA 1P8ZA 1QSYA 3L2UA 4B1ZA 3ZSXA 1JLEA 3C94A 2ZGYA 3RMCA 3VENA 2QTDA 2I5JA 3CCEN 4ILGB 4CEDA 1T8EA 1VSIA 3UKRA 3MEDA 4HUEA 4BWMA 3O4QA 2ASMA 2P9LB 4WQ5A 3K57A 4CEZA 1Z05A 3ZSRA 1RT3A 1C0UA 4DS5A 4BRAA 3ULEB 4H0PA 4PL7A 1ZBFA 3DAWA 4DSEA 3GBTA 2F9WA 4JHDA 1TV6A 3ZSQA 3LDSA 3NCIA 4FLVA 1C1CA 1REVA 2A6AA 2IGIA 3GOIA 4CHZA 3EN9A 2QM1A 3VEVA 4CZHA 4JI0K 4AHCA 1SQKA 3ZX0A 2D0BA 3LALA 1Q86O 4X62K 3UB5A 4G9ZA 2NRWA 1IO2A 1KD1O 1J6ZA 4OPAA 3DRRA 5FRMA 3DXMB 2ZJPL 3UKUA 1VK0A 1ZBUA 3BGRA 1Q18A 4I6MB 3WNEA 1RT1A 1S1WA 4O5FA 3MN7A 4FWKA 4ILJA 4AF1A 3TAEA 3SI6A 3NGYA 3DI6A 4QOZB 3O4WA 1TK0A 2Q36A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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