3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
5AZIA 4A62A 2E2PA 1XC3A 3O08A 4FOEA 4BRDA 4K25A 1QZ5A 3DXKB 3SMSA 4DB3A 2D0OA 1YVNA 2D0PA 2Q0UA 4FWKA 3VEWA 3O6WA 4BR9A 2W40A 4I6MA 4BRQA 2YJFA 1TYQA 2IVNA 5CE3A 5AQGA 1GLCG 3ENOA 2ASOA 3C7NB 3GE1A 2P9PA 3UKRA 1T44A 5AQHA 4O8KA 3TU5A 3GOIA 1BOTO 4F9OA 1JCFA 3SJHA 3QFUA 3U4LA 3LM9A 4QS8A 5KQ8A 2E1YA 2CGLA 3DWLA 1BA0A 2P9LB 1ZBSA 4IXCA 1BU6O 2Q31A 3LDQA 3MK6A 4CBXA 3UB5A 4Z94A 3ZX0A 2P9KB 3R6MA 4PKGA 4BQLA 4QS9A 1NGIA 1H1VA 1D4XA 4NB4A 5KPZA 2PBDA 2YJEA 2P9NA 3WXJA 5I9EB 2GWKA 3A5MC 1LOTB 2ASPA 2QWOA 1YAGA 5LJWA 4FWSA 1P8ZA 3CHWA 4RWTA 4BRLA 3KZBA 4XEIA 1GLDG 4BQZA 3D2EA 3ID8A 3R9PA 3LM2A 3GG4A 3QBXA 4BG8A 1Y64A 4CZEA 4EHTA 1NGHA 1LCUA 3SMPA 4CZKA 1SZ2A 1ATRA 2FLOA 2ZGZA 3I33A 3CIPA 2ASMA 4H0TB 4FOIA 5E84A 3SK3A 4XH4A 1JCEA 2GELA 1MWMA 3L4IA 4FWMA 4JN4A 4FO0A 3DXMA 1ZC6A 3H6EA 3M3ZA 3P4IA 1ZXOA 2E2OA 1NM1A 3I8BA 1Z05A 4BC5A 5BN8A 4IWVA 2QWNA 4BRCA 5JLFA 4BR2A 3A0IX 3ZX3A 3M6GA 5AQJA 3GDQA 4B1UB 4FPAA 3HTVA 3UE5A 4H5TA 4BG9A 2QWRA 3J8AA 3WEEA 2QW9A 5BPLA 2YHYA 5AZJA 1X3NA 3VENA 5KQDA 1HKGA 2V51B 1JCGA 1NGCA 3VF6A 3CJBA 3MN6A 3QB0A 3LL3A 1BG3A 2ITMA 3UKUA 4ISEA 3OHRA 3VOVA 3B8AX 2AP1A 5AFUH 3IUCA 4CZGA 1NBWA 3QMLA 4BRFA 5BRDA 2GUPA 3CJ9A 3MN5A 3VPZA 2Q2RA 1BDGA 3RSEB 3VERA 5JLHA 5AFUA 3O5BA 4BRNA 3HI0A 1BO5O 4H5NA 3ZEUA 1BUPA 2Q0RA 3EZWA 1NGDA 4JNEA 2FXUA 4RTFD 4CD3A 3AY9A 2KHOA 1TUYA 5AQTA 3MMVA 4E1JA 1GLEG 3ZETA 5BRHA 2GEMA 4CBWA 1HJOA 2E88A 3H45C 4XH1A 4YDUC 3ULEA 1MDUB 2HF4A 4DQ8A 3CI5A 4BVPA 4WYBA 2V7ZA 3R8EA 4BRKA 3FGUA 3WUHA 4M7XA 2YHXA 5AQLA 4H5VA 1K8KA 4A2AA 4BC2A 1MWKA 4IO8A 3VETA 1QQMA 3O1WA 4BR5A 3FZHA 5KPTA 4CJ7A 2CGKA 5EOYA 4K42A 2NRHA 1HUXA 1HKCA 1CZAN 2QM1A 5B8HA 5BRFA 3A8YA 2Q1NA 2ZWHA 2FSNA 1YXQA 1QHAA 2P9UB 4AM7A 3MN9A 2IIRA 3TPQA 3ENHA 4MO5A 4PKHA 5AQIA 2PAVA 4WQ4A 5LY3A 4CD1A 3U8XA 1GLLO 2A40A 5AQSA 3C7NA 3VEZA 2CH5A 2DPNA 4CZJA 1QQOA 3VEVA 3F9MA 4B1XB 4WQ5C 2J4RA 4B1YB 3ATVA 1J6ZA 1T6DA 2P9LA 2QWLA 4EAHD 2A41A 2QWMA 1Q18A 4H0VB 3VEXA 5AQPA 3BEXA 1S22A 2QWQA 3EKSA 3CETA 2P9KA 3CQXA 5FPMA 4FSVA 4BREA 1NGEA 5AQUA 2EWSA 3QFPA 2D1KA 2P9SB 4IJNA 5ELZA 1U2VA 3HZ6A 3U9DA 1R59O 1NGBA 2IVOA 3BF3A 2FSJA 2OANA 2I7NA 3CERA 3HSCA 4CZIA 2HMPA 4JD2B 3BP8A 3VEOA 5F0XA 5BPNA 4FWNA 4CZMA 5ADXH 3S41A 3WXKA 1EQYA 4KBOA 1XQSC 4CBUA 5JMVA 2NLXA 5EVZA 4HWIA 4FL9A 3DAWA 4L3QA 5ADXA 4FWPA 1QQNA 4DHYA 2A42A 4QS7A 5AQVA 4HTLA 4MO4A 1WUAA 4M63C 5AQQA 5AR0A 4BRPA 4EHUA 1X9JA 1QZ6A 3L6QA 3SLCA 3VGMA 4EFHA 3A5NC 5EXWA 2VCPA 1GLFO 3UKUB 4H0XB 4BR7A 1HPMA 1TUUA 2E8AA 2I7PA 3IMXA 4ISFA 5LJVA 5BR9A 3JS6A 1RFQA 2AA4A 3QDKA 1IJJA 4IZ9A 4J8FA 4YDUA 5AQOA 4JHDA 4CZFA 1NMDA 2FF6A 3O8MA 5EX5A 3MCPA 2P9IB 1HX1A 1S3XA 5FPNA 5F1XA 4BRAA 2F9TA 2YHWA 3FZKA 4BRGA 5AZIB 5AQXA 1ESVA 3A5LC 3WXLA 1KAZA 2Q97A 3EO3A 3VGLA 3MDQA 2A5XA 4MLEA 1ATSA 3H3OB 3CJ7A 3ZETB 5F2RA 4B1WB 4H0PA 4GY2B 5BREA 3ULEB 4I6MB 1BA1A 3L0QA 3A5OC 2QWPA 1GLBG 1TYQB 3VF2A 2IVPA 4BC3A 5FPEA 4GNIA 4ISGA 3CJAA 1NWKA 2FSKA 3UKRB 2P9PB 2H3GX 1K8KB 1E4GT 1C0GA 1WOQA 4XH5A 5AQZA 3RSEA 3D2FA 5BPMA 2Q36A 4C23A 3H1VX 1G99A 4WQ5A 2ZF5O 4A2BA 1YUWA 3JXUA 1MA9B 3H46O 4B1VA 2VWBA 4BR4A 2V52B 3FFKB 2A6AA 1NGGA 4FPBA 2CH6A 3KVGA 1V4SA 3DXKA 4B1ZA 2GTDA 3FE1A 1T6CA 2V7YA 2E2NA 4BGBA 3IDHA 3QBWA 3HM8A 2P9NB 3CQYA 3VEYA 1HKBA 3QICA 4H5RA 4EIAA 3FZLA 4H0OA 3GL1A 2W41A 4BRHA 2QXLA 4B9QA 3DJCA 3FR0A 2FF3B 4O5FA 5AQKA 3D2EB 3LDOA 4FWOA 1KAYA 3EL2A 3WXIA 1OKJA 5E26A 1DKGD 1NGJA 4CI6A 1ATNA 5JICA 1XUPO 1E4FT 4H0YB 4NO7A 3ZX2A 2P9UA 4H03B 1U2VB 3FLCO 3FZMA 3EKUA 5AQFA 3DXMB 4JAXA 5AQWA 3LDNA 3G25A 1RDWX 2BUPA 4AM6A 2WUSA 4CZHA 4PL7A 3H1QA 2YCHA 1X3MA 3CJ1A 3O1BA 4MLHA 1NGFA 4BR0A 4FWLA 3AARA 5KPRA 2A3ZA 1GLAG 4BRIA 1SAZA 2CGJA 3LDPA 3M1FA 4K43A 2HOEA 3LDLA 3C0BA 2E2QA 2UYTA 1Z6RA 4Y0WA 4H5WA 1DGKN 3WEEB 4WQ4C 2BTFA 3FZFA 5AZJB 2P9SA 1DEJA 1BWFO 2D4WA 1U6ZA 3WT0A 5BN9A 3ATUA 5TKYA 3IFRA 4JD2A 4BVOA 3VF4A 1NLVA 4IJAA 4K41A 4CZLA 1GLJO 3VGKA 3MN7A 5EY4A 3O4WA 4JHDB 1HLUA 3WQUA 3HBTA 2HF3A 3H3NO 5AQYA 3GBTA 3VESA 4BC4A 4DCHA 3KHYA 3ZEUB 4BROA 2F9WA 1KXPA 2E20A 1NGAA 4RCHA 5AQRA 4LC9B 3BF1A 2GWJA 3CJCA 5AQMA 1SQKA 2YI1A 3U9ZA 4FWRA 4M7YA 3W3DA 3AAQA 2NZTA 3EN9A 4PL8A 1RGIA 1IG8A 3WQTA 4A61A 3D7EO 1C0FA 3O80A 3W0LA 2VYPA 3D2FB 4FWQA 2ZGYA 1KAXA 3BUZB 2P9IA 4BRMA 1V4TA 2E1ZA 3AAPA 5AQNA 4BGAA 4PKIA 5FPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HPHA 5CZ2A 1N6QA 4ILHA 2E2PA 3O08A 2O8CA 4O55A 3I56N 3SMSA 2XY5A 2D0OA 3NBPA 2D5RA 3CF5L 4NCAA 4FK0A 3CCEN 4CF0A 1EWQA 1EO1A 2WC9A 4BR9A 3VQEA 2IVNA 5CE3A 5AQGA 3ISNC 1GOAA 2VQEK 2VG7A 4JK7A 4CJTA 4ILJA 3L2UA 2ASOA 2JWKA 1CXQA 3GOIA 5GAHP 3QFUA 3O9SA 4E0DA 2CGLA 1BA0A 1ZBSA 3M8SA 2YV0X 1S1WA 3I55N 4DV5K 3ZX0A 4KTWA 4W5QA 2ITGA 1HQEA 4PKGA 2XY7A 1J53A 4NB4A 3E66A 3VA0A 1TKZA 5I9EB 1U49A 2ASPA 4OO1J 1YAGA 1FXXA 4AHTA 1VSDA 4KHSA 3DOKA 3F5TA 4WFAL 4CEDA 4W5TA 3P83D 3TSPA 1W0HA 4CZEA 2ZM6K 1NGHA 1TVRA 3QEVA 3L4QA 2ZD1A 3I33A 3OTOK 3V9XA 3CCLN 1OH7A 4FWMA 4JN4A 1WAFA 1ZBFA 5JVHL 3WNGA 3HP6A 2E2OA 3WNFA 4GVMA 4BC5A 4FK2A 1IKWA 4IWVA 2QWNA 4Z4CA 1IH7A 3A0IX 5AQJA 4B1UB 3PLAA 3DRRA 1KVAA 4FPAA 3DMJA 1NK6A 4FM1A 2HHXA 4BG9A 4O0IA 4Z4IA 1Q8IA 2YHYA 1Z26A 5KQDA 4BDYA 4E7KA 1NGCA 3OYLA 3HJFA 2NRZA 4B8AB 3QB0A 1I39A 4YFUA 4ISEA 3D45A 3VOVA 4NCGA 4Q0BA 4N41A 3E9LA 3OJUA 2IAJA 3VPZA 3O9QA 3RSEB 2UUCK 5I42A 3U6FA 3HI0A 4O0JA 4IEIA 3EY1A 4H5NA 1S6PA 3DOLA 1HYZA 2Q0RA 3EZWA 4CGFA 4CHOA 4KHYA 1ZBLA 1EP4A 1BHLA 3NGIA 4XIUA 4RW9A 4CK1A 3MMVA 3KLFA 4QCLA 3KKSA 3SI6A 2ZE2A 2HF4A 1CZ9A 4B9LA 4BVPA 3QIOA 2HHVA 5AQLA 3K59A 1MWKA 4CGGA 3D0PA 2HMIA 4N56A 3FZHA 4CJKA 4K8XA 3NF7A 4K42A 2OZMA 4M3UA 2QM1A 2B5JA 1HNZK 4F2RA 1YXQA 1OVYA 3MAQA 3PX6A 3TPQA 5C2FA 3AO5A 4DSIA 4MO5A 4PKHA 2HVHA 3VQ9A 1IV0A 3AVJA 1GLLO 5LL6Z 4OX9K 3PIPL 3VEZA 2CH5A 3VEVA 3OYAA 2OPSA 3F9MA 2O8EA 3U3YA 4CJFA 1J6ZA 5M1PA 5M1NA 4EP4A 4H0VB 1S9EA 5AQPA 5E41A 2QWQA 4CECA 1VRTA 4KAZA 3CETA 3CQXA 1ZBUA 3DRPA 4KTQA 2O8FA 3BF3A 2FSJA 3CERA 2VWJA 3HSCA 4FJHA 4UQGA 4KHPK 3VEOA 5BPNA 3DM2A 2FBXA 2QEXN 4KV8A 5ADXH 3WXKA 1RT4A 5LMNK 4KBOA 1J5EK 1YHQN 4CBUA 1Q81O 2NLXA 5JS1A 4FWPA 3Q7BA 2A42A 4YOTA 4HTLA 4MO4A 4M63C 1RBRA 3U3GA 2HHQA 2W6KA 2YHBA 1CZBA 4EHUA 3P31A 3NDKA 1X9JA 2BANA 4KKOA 3SLCA 5J2QA 5EXWA 2VCPA 3UKUB 3O9TA 1YIJN 1NKBA 1U04A 4FJ5A 5BR9A 3JS6A 4FJGA 4M3XA 3V4IA 2AA4A 1BQMA 5AQOA 4J8FA 4CZFA 4CHQA 3J7YP 3V6DA 3TAFA 4KHNA 1S3XA 5FPNA 4CFCA 4OLAA 4JS5A 4BRGA 3L2WA 5HROA 1YTUA 3AGRA 4AHRA 5AQXA 3HPGA 1JXBA 2Q97A 3VGLA 2HNDA 4EP5A 1ATSA 1RBUA 2KLAA 2ETJA 4B1WB 3SCXA 3AVNA 3MX2A 4CF1A 1NK7A 2D0BA 3F2KA 4DSFA 1RDCA 1JLGA 1RBSA 3VF2A 1NJIO 4ISGA 4DSJA 2H3GX 1C0GA 4XH5A 5AQZA 3KK7A 1VSHA 5BPMA 1UOCA 3HP9A 4IOAL 2ZF5O 1N5YA 1WNSA 4JI4K 5JS2A 3JXUA 4CJWA 3SV4A 4E7HA 4LFAK 2VWBA 2A6AA 2Z1JA 3OS0A 1BCOA 3HPOA 4FPBA 2CH6A 1V4SA 4CERA 3PUFA 1W2BM 3OW2M 1A5XA 3SNNA 1BQNA 4NLBA 4KHUA 3CQYA 3QICA 1FKPA 1RILA 1RDDA 4EIAA 1N32K 1SUQA 1Q7YO 3GL1A 1WAJA 2W41A 5HRSA 3SUPA 4OPKA 4J2AA 3FR0A 2FF3B 5AQKA 1LW2A 1U4BA 4FWOA 1KAYA 3EL2A 1OKJA 4W5RA 3JAMO 1T7PA 1ATNA 4JKAA 1REVA 4H0YB 3CYMA 1VSKA 1YJNN 3AO2A 2WONA 1IG9A 4YOWA 5AQWA 3MEGA 3LDNA 1Q82O 1RDWX 1HNVA 4PL7A 1KD1O 3HVRA 4FLVA 3H1QA 1X3MA 4BR0A 2KFZA 4DR1K 4JI7K 4K43A 4B8CA 3CCRN 3CCMN 1T05A 1Z6RA 3QETA 2P9SA 1DEJA 3MXJA 2W6LA 3Q7CA 2JWLA 3SYZA 4DV6K 3ATUA 5TKYA 1HYSA 3AVCA 4BVOA 3IG1A 2Y1JA 4LF6K 4IJAA 1OH8A 4Z4HA 4K41A 4OLBA 4CZLA 1S1XA 3MN7A 5EY4A 3T69A 3J80O 4C8LA 4F3TA 2AJQA 3O4WA 2VGMA 3NVMA 3WQUA 5C24A 4Z4GA 4IO9L 4IDKA 2ATQA 2G8IA 1JL2A 4BDZA 3LP2A 3VESA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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