4BGBA

Nucleotide-bound closed form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
HLTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 100
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA01
1GLBG 4B1YB 5E84A 2FF6A 1GLEG 3D2EA 1X3MA 3GG4A 1S3XA 4MLEA 5AQMA 4BQZA 4K25A 3LDLA 4NO7A 2GWKA 2I7NA 1IG8A 2A41A 4J8FA 5AQHA 3SMPA 3VPZA 4EFHA 4BRHA 3I8BA 3VEVA 4YDUC 3VGLA 1NWKA 4MO5A 2VWBA 4RWTA 4CBWA 3CJ9A 5BN9A 3JXUA 4MLHA 1KXPA 3KHYA 2D0OA 3ATUA 1XUPO 2GTDA 2AA4A 2FF3B 2YI1A 5KPTA 2ZF5O 1ATRA 5AQZA 3U4LA 2P9SB 2P9NA 4ISFA 3D7EO 5TKYA 1YAGA 4GY2B 2QW9A 1NGJA 4XH5A 4DHYA 2YJFA 3DAWA 3ULEB 3L0QA 2FXUA 3QDKA 1Z6RA 1SQKA 2YHXA 2UYTA 2V52B 5F0XA 1IJJA 2A40A 2YJEA 3J8AA 1Y64A 4YDUA 2ZGZA 4WYBA 4H5VA 3EKSA 1RFQA 1GLFO 1YXQA 4O8KA 3D2FA 1BDGA 3R6MA 2F9WA 3VEZA 4B1XB 4QS7A 3O4WA 2P9LA 2QWNA 4BR4A 1OKJA 2AP1A 5LJWA 4QS8A 4H5WA 4Z94A 3FE1A 4BR5A 3I33A 3A0IX 4BVPA 4BREA 4A62A 3H45C 1CZAN 1QZ6A 4BC4A 4H0TB 3CJ7A 1JCEA 4B9QA 2ZWHA 5AQTA 3EO3A 2KHOA 2ASOA 3FFKB 4DCHA 4K42A 3UKUA 2IVNA 3CHWA 5E26A 3R9PA 4CZIA 5BN8A 1TUUA 4DQ8A 3MN9A 1JCGA 2FSKA 4BROA 1MA9B 3ATVA 1E4GT 2E1ZA 3S41A 2P9PA 3HSCA 5AZIB 3VERA 4CZMA 3A5OC 3FZHA 2FLOA 4IZ9A 4BRIA 1C0GA 2Q2RA 1K8KB 4JHDA 5AQOA 4BC2A 2HMPA 3MN7A 3A5MC 1E4FT 4PL7A 3EN9A 2YHWA 5CE3A 4JNEA 1X9JA 5F2RA 3C7NB 1GLAG 3LM9A 4H0XB 5AR0A 3BF3A 5FPEA 2QM1A 3UB5A 3CJ1A 3EL2A 3AAPA 4EHUA 2A42A 5F1XA 3IUCA 5AQPA 1P8ZA 2QWRA 3HBTA 3RSEA 2QWOA 2V7YA 3SMSA 4BRAA 1BWFO 3IMXA 3IFRA 1KAXA 1BU6O 2GUPA 4CBXA 5AFUA 3UKRA 2BUPA 4I6MA 3BEXA 1HLUA 2QXLA 4BVOA 5BPNA 2E2QA 3CI5A 1MDUB 4CZLA 1ATNA 3TPQA 1LOTB 4C23A 4AM7A 4CZEA 2P9SA 1T6DA 2Q36A 1WOQA 3SLCA 4BRFA 3L4IA 5BRDA 3ENHA 3CJAA 3VF6A 4BRKA 4JD2A 2YCHA 5EXWA 3ULEA 3LDPA 2NZTA 4CI6A 3CQYA 3LM2A 1NGFA 4CZFA 1MWKA 4M7XA 5BRHA 1U2VB 4H03B 3W0LA 3ZX2A 5ADXA 1HX1A 5AQQA 1NBWA 2GEMA 2P9UB 3B8AX 4RTFD 2A6AA 1HJOA 2FSNA 2P9IB 2H3GX 3WEEB 4LC9B 3L6QA 3MN5A 1GLLO 3VESA 3CQXA 4FWLA 1ZXOA 2FSJA 2Q0UA 4A2AA 2Q1NA 2E2PA 3BF1A 3WXJA 3JS6A 1H1VA 3WQUA 4ISEA 1NGAA 3FZFA 5BR9A 5KQDA 1BUPA 4FOIA 2CGKA 2F9TA 3LDOA 3ZEUB 3QBXA 4K41A 3O1WA 1V4TA 4JN4A 4H0YB 4BG8A 4H0OA 5AZJB 1Z05A 1HKCA 2J4RA 1DKGD 1K8KA 2NRHA 4IO8A 2P9KA 4H0PA 3VEXA 5JLFA 2W40A 4BGBA 1NGCA 4FWKA 3C7NA 1R59O 2PBDA 4A2BA 1BG3A 3D2EB 3FZLA 5BPMA 1BOTO 3VF4A 4QS9A 5EVZA 2E2OA 3G25A 3WQTA 4BRPA 1GLCG 5AQLA 3U8XA 1HUXA 4B1UB 4WQ5C 4JAXA 2HF4A 3F9MA 4CJ7A 3VEOA 1BO5O 3DXMB 5AQRA 3GE1A 1TYQB 2VYPA 5FPMA 3O6WA 1ESVA 5JICA 4EHTA 1GLDG 5FPNA 3IDHA 1D4XA 3M6GA 5AQFA 1HPMA 4FOEA 2WUSA 2QWLA 2E20A 3VEYA 4BC3A 3AAQA 3U9DA 1QQOA 1XQSC 4L3QA 5JLHA 4FWOA 1SAZA 4FWPA 2D4WA 3DXKB 3EKUA 1NGDA 4WQ4C 5AFUH 1U2VA 4WQ5A 5AQSA 2YHYA 1J6ZA 5EX5A 2V7ZA 2P9UA 3P4IA 3ZX3A 3LDQA 2E1YA 4A61A 1NGBA 2P9IA 3LDNA 3KZBA 2QWMA 4XH1A 3FZMA 5AQIA 2DPNA 3FGUA 4H5RA 1NGIA 5AQWA 4IJNA 2ZGYA 3FR0A 5KQ8A 2Q97A 1T44A 5JMVA 3W3DA 1QZ5A 3ZETB 1NM1A 4BRNA 3ZEUA 3WXLA 3BP8A 4F9OA 4B1VA 5ADXH 4WQ4A 4IWVA 5KPZA 2P9PB 3QB0A 2W41A 3GL1A 3R8EA 3WXKA 4AM6A 4CZJA 1LCUA 2ITMA 4K43A 3O80A 3O8MA 5ELZA 1ZC6A 5FPDA 4Y0WA 4BG9A 4CZHA 3VEWA 4FWQA 1BA1A 2HOEA 4PKHA 4E1JA 4H0VB 5EY4A 3ID8A 3VOVA 1NGEA 4BRLA 4FWNA 3MN6A 3H1QA 2CH6A 2CGLA 2VCPA 4CZKA 3O5BA 4HWIA 4BC5A 4M7YA 2HF3A 4RCHA 3RSEB 1KAZA 1C0FA 4FPAA 4CZGA 3SJHA 3A8YA 1S22A 1QHAA 3DXMA 1NGGA 2QWQA 3EZWA 3VF2A 3DJCA 3UKRB 4I6MB 1X3NA 1TYQA 3QMLA 5AZIA 4BGAA 1RGIA 4BR2A 1RDWX 3HM8A 4PL8A 1EQYA 3AY9A 1NMDA 3H6EA 1MWMA 3QFPA 5KPRA 3VENA 2D1KA 3M3ZA 4EAHD 1NGHA 2A3ZA 2E8AA 1WUAA 3VGKA 3UE5A 3H3NO 2ASPA 4FL9A 1DEJA 4CBUA 1GLJO 3CJCA 4HTLA 3WXIA 5BREA 4O5FA 4JD2B 4FWRA 4CD1A 2BTFA 1KAYA 4DB3A 3DXKA 1G99A 5AQXA 4IXCA 1YUWA 2EWSA 3H1VX 1V4SA 3HZ6A 1ATSA 1HKGA 3DWLA 3QBWA 4M63C 3MMVA 1HKBA 3U9ZA 3MDQA 2NLXA 1DGKN 3FLCO 1BA0A 3GBTA 1SZ2A 4PKIA 4FWSA 3WT0A 4CD3A 1XC3A 4XEIA 1NLVA 5AQUA 5AQVA 2A5XA 2OANA 5I9EB 3SK3A 2E2NA 4EIAA 1T6CA 4NB4A 3AARA 4BRQA 3CIPA 2GELA 4B1ZA 2QWPA 3MK6A 4FO0A 2P9NB 2IVOA 4GNIA 3ZETA 5BPLA 5AQKA 3HTVA 2ASMA 3A5LC 1ZBSA 2I7PA 4BR0A 3ZX0A 2IIRA 2CH5A 3FZKA 5AQGA 3WUHA 4B1WB 2GWJA 3BUZB 3HI0A 3ENOA 4MO4A 3MCPA 5LJVA 4H5TA 3O08A 3QFUA 2E88A 3VGMA 3GDQA 5AQYA 3CETA 4XH4A 2P9KB 3CERA 3D2FB 2D0PA 4FSVA 5AQNA 3C0BA 4BRGA 2IVPA 4KBOA 2P9LB 3WEEA 3KVGA 5B8HA 4BR7A 2V51B 3A5NC 1QQMA 2CGJA 3M1FA 1QQNA 1U6ZA 4FWMA 4BQLA 5AQJA 1YVNA 4BRCA 1JCFA 3O1BA 4BR9A 4ISGA 5BRFA 3LL3A 3TU5A 1TUYA 2Q0RA 4FPBA 3UKUB 3CJBA 3H46O 1Q18A 5AZJA 3H3OB 4IJAA 4BRMA 4BRDA 2PAVA 5EOYA 4H5NA 3VETA 3GOIA 3QICA 5LY3A 2Q31A 3OHRA 4JHDB 4PKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLBG 1S1VA 1IV0A 4FVMA 3TABA 3DI6A 4MLEA 4CF1A 3V9UA 3OYEA 4CFBA 2JWKA 1OH6A 3ULDA 2GWKA 1IG8A 2XY7A 3DOLA 4BRHA 3VGLA 2Q3SA 4MO5A 4HUEA 2VWBA 1D9DA 3CF5L 2Z1HA 4MLHA 1KLMA 2NRVA 5T7BA 3NDKA 5KPTA 3NF8A 5FRNA 5AQZA 1WN7A 3MXMA 3L2WA 2P9NA 3DYAA 5HL7L 2UUBK 4JV5K 4MQ3A 3DAWA 2OYQA 3ULEB 4FJMA 2FXUA 5F0XA 1N6QA 4WFBL 1ASUA 2ZGZA 1TL1A 4FLZA 1YVUA 2KFZA 3OS0A 4FJXA 4O8KA 3D2FA 1WSIA 4ILJA 4KHUA 5KRTA 4IFVA 4B1XB 3DLLL 2O8CA 4H5WA 3OYJA 4KHPK 1R0AA 3FE1A 3I33A 1RT5A 1L5UA 2P5GA 5DMRA 3OVNA 1QZ6A 4OGCA 3CJ7A 4DTMA 5AQTA 2KHOA 4JLHA 3M8QA 3V9ZA 4K42A 3CHWA 3WNFA 3LWMA 5HRRA 3OYDA 1MA9B 3ATVA 1E4GT 2E1ZA 3NH1A 2P9PA 3HSCA 5AZIB 4CZMA 2FLOA 4IZ9A 1C0GA 2KQ2A 5AQOA 4BC2A 4BWMA 3SQ0A 3WNEA 2F8SA 3SI6A 3MN7A 4BACA 1E4FT 3DOKA 5CE3A 2KZZA 3C7NB 3KIOA 1X9MA 3HVTA 1NKCA 3R1XA 5SZTA 3TAGA 3HYFA 4LFCK 3AAPA 4DKWA 1VQLN 3T69A 1KFSA 1T03A 2KFNA 2VG5A 1W9HA 3EY1A 3SMSA 2OTLN 5IT9O 2QWOA 2X6NA 2ETJA 3LWLA 4CBXA 4I6MA 1QE1A 2QXLA 4BVOA 1T8EA 3ZT0A 1X9WA 3FFIA 3TPQA 5GINA 1N34K 4C23A 2F8TA 4CZEA 1RBTA 1T6DA 4LFAK 1LV5A 3L4IA 1RCHA 4E7LA 3CG7A 1VK0A 3SAGA 4BRKA 1RT3A 3SBGA 3ULEA 3BGRA 4CI6A 3AO1A 3J80O 2Y1JA 3G6EN 4W5RA 4CZFA 4NLCA 1SV5A 5BRHA 3NFAA 4QOZB 3W0LA 4OLAA 1HX1A 1J53A 2P9UB 2YX6A 3B8AX 2DFHA 3C6HA 4OPHA 2DY4A 1EX4A 2P9IB 3DLHA 3WEEB 4JS5A 4LC9B 3L6QA 3CQXA 5KI6A 4CFCA 3NMUA 1MU2A 2E2PA 3PSFA 2ZE2A 1QVFM 4DSKA 5BR9A 5KQDA 1VAZA 3AVMA 1YJWN 4W5OA 3VQCA 2QEXN 3PO5A 3O1WA 4JN4A 1L3TA 3K5LA 1Z05A 2GX9A 2OPPA 4X66K 4FZXC 1FKPA 3O9SA 4CCHA 4JYAK 1IKXA 2XO7A 3C7NA 1YTUA 3FZLA 4ID5A 3ZT3A 5EVZA 3G25A 3V9XA 1L3VA 4YOWA 2WBNA 3PSIA 1YT3A 4B1UB 4WQ5C 1WBDA 1N8RO 4CJ7A 3VEOA 2OZMA 1C1CA 3N4QA 5FROA 3GE1A 2HBJA 2D0CA 5JICA 4EHTA 3HPOA 1GLDG 1IKWA 1A5VA 3IDHA 3NBPA 4WE1A 5MLCQ 3RRGA 5AQFA 4M3YA 3B6OA 2QWLA 1WSHA 3VEYA 4BC3A 4DV5K 3AAQA 1A5WA 2YNHA 3V6DA 1XQSC 2IS3A 2ZJPL 1KVBA 4M3TA 1SL0A 3KKRA 3WXMB 1JXBA 1NGDA 3EE8A 4WQ4C 5AFUH 4WQ5A 5CZ1A 4AILC 2P9UA 3B6PA 1DLOA 4KREA 2E1YA 3EEQA 1FK9A 1OH8A 2P9IA 4NCGA 1CZBA 3LDNA 1OH7A 3KZBA 1NJWA 5AQIA 3PY8A 1HNVA 1S1WA 2HNDA 4N76A 1NGIA 3SV4A 3O4QA 1QSLA 5GAGP 3MXIA 4CK1A 2G8FA 1Q8IA 3MCAB 3ZETB 3THXA 4KB0A 4EP5A 4RG8A 4E0DA 2G8UA 5ADXH 3QEWA 2P51A 4DTRA 4WQ4A 4IWVA 4C8MA 5KPZA 3SUNA 3P31A 3O9RA 4PUOA 3GL1A 3N4PA 4CZJA 1KVAA 3O80A 2QK9A 3AVLA 3HXMA 1KLNA 5FPDA 4CZHA 4PKHA 1S9GA 3SBTA 1BI4B 1UWBA 4JKGB 5EY4A 1NKEA 1NGEA 4BRLA 3RVCA 2CH6A 2ZJRL 2VCPA 2D0AA 3O5BA 4HWIA 4BC5A 3I55N 1J5EK 1KC8O 3SAHA 2P1JA 1CXUA 3ID6A 1KAZA 1C0FA 3P39A 4FPAA 4CZGA 3O9UA 1NGGA 1T3VA 4G9ZA 2YHBA 1BQMA 1TVRA 3QMLA 4CEAA 4CF8A 3BDPA 5M1QA 4LFBK 4HHTA 4M3UA 4DTOA 1NK5A 3H6EA 1K73O 3VENA 2D1KA 3M3ZA 4EAHD 1VQ8N 4FXDA 3H3NO 3VQ7A 4EZ6A 3K58A 4FJGA 4ZTJA 4YFUA 4B8AB 4JD2B 1SL2A 3K9KA 4Y1DA 4KFBA 2BTFA 3SQ2A 3CCQN 3V9SA 4DF4A 3SUQA 1LAVA 1YUWA 1HJRA 3HZ6A 1LWEA 1WAJA 1VRUA 4KTZA 1X9SA 3G0ZA 3DWLA 3QEIA 2KKZA 1HRHA 3M8PA 3ZSXA 3FLCO 2QTDA 1VSJA 1SZ2A 4LF7K 3WT0A 2WONA 1NLVA 3DRSA 4E1NA 2BE2A 5AQVA 3SK3A 4DQPA 4EIAA 2IC3A 3ZSRA 3AARA 2AJQA 3CIPA 3EZ5A 1XI1A 1Q9XA 1UOCA 4FO0A 1D5AA 3ZETA 2ZM6K 3HTVA 2X74A 4GVMA 4IOCL 4HCBA 3KLEA 5C42A 2E6LA 3DMJA 4M3WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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