4BGBA

Nucleotide-bound closed form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
HLTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
total genus 100
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA01
1R59O 2P9LA 4BRLA 5AR0A 4BRGA 4CZEA 4BR2A 3F9MA 2Q31A 5FPEA 4BREA 3L6QA 4WQ4C 3VEOA 1NGAA 4BGBA 5E26A 1NM1A 3QMLA 3EKUA 4BR5A 4BVOA 1BWFO 5AQXA 1DGKN 1S3XA 5AQSA 3RSEA 2E88A 3H1QA 3LDOA 4O5FA 5AQZA 4LC9B 5JLHA 2GWJA 3LM2A 3VOVA 3MN7A 1G99A 5AQQA 1D4XA 2ITMA 5AQGA 4BROA 1KAYA 3WXKA 2QWRA 3ID8A 1WOQA 3SMPA 3WEEB 2CH5A 2J4RA 2ZGYA 3VF4A 2GELA 4K25A 3D7EO 3ZEUA 1MWMA 4CZHA 3DAWA 4FSVA 4FWLA 1GLFO 4FOIA 1Z6RA 2KHOA 3W3DA 4WYBA 1HUXA 1SZ2A 3VESA 1K8KA 3C7NA 4M63C 1QQMA 2AP1A 1ATRA 1BU6O 3U9DA 1NGJA 2E2PA 3B8AX 4B1XB 4JNEA 3LDPA 3WT0A 4BGAA 1DKGD 1NGBA 3D2EB 5LJWA 2FLOA 5F2RA 1NGIA 2EWSA 3VEVA 3ZX0A 1U2VA 1KXPA 2P9UB 3HTVA 3EZWA 4A2AA 4FWRA 1QHAA 3CI5A 4EAHD 4FWMA 2I7PA 3FZKA 4XH1A 1NMDA 5BN8A 3H46O 5AZIA 2D0OA 1SQKA 4DCHA 3MN9A 4NO7A 4FWNA 3O4WA 4JHDA 1ESVA 3FFKB 1U6ZA 5F1XA 4CZFA 3CETA 3M6GA 2E1ZA 4BRHA 1QZ6A 3EO3A 2YHWA 2E1YA 5EXWA 2ASPA 1GLJO 1IJJA 4H0XB 3W0LA 2QWLA 4C23A 1BO5O 4IWVA 3UKRA 5AQKA 3L4IA 2P9NB 4IO8A 4Z94A 3M1FA 3CJ9A 4H03B 3EL2A 3D2FA 3A8YA 2W40A 2VYPA 1BA0A 5B8HA 5AZJB 3QFPA 4FWPA 2W41A 4BVPA 3VEYA 3VPZA 2V51B 1LOTB 1KAXA 4I6MB 2E20A 1YAGA 3GE1A 1EQYA 3VEZA 3VGMA 4BQLA 3BF1A 3GDQA 5EX5A 2V7ZA 1TYQA 3GL1A 3LDQA 5EY4A 5AFUH 3O80A 4BC3A 3WQUA 3ZX3A 3H1VX 3CIPA 3I8BA 1QZ5A 3AAPA 1RFQA 1XC3A 1HKCA 1BUPA 3LDNA 4PKGA 4EHUA 3SMSA 5KPTA 2F9TA 4B1YB 1NGEA 5BRDA 4B1ZA 2PAVA 3FZFA 4CBXA 3HM8A 1X9JA 2CGLA 3KVGA 4BRKA 3U8XA 2GEMA 4Y0WA 1WUAA 2AA4A 4HTLA 3O8MA 4DQ8A 2NLXA 4HWIA 2YI1A 3A5LC 2D1KA 4BRCA 2HMPA 2IVNA 1JCFA 3MCPA 4QS8A 5CE3A 4CBWA 5FPNA 3BEXA 4EHTA 3UKUA 4MLEA 1Q18A 2P9SA 1HJOA 3ENOA 3CJ1A 4BC5A 3WQTA 2VCPA 4YDUC 4A61A 1BDGA 1YVNA 3TU5A 4FWKA 1CZAN 1GLAG 3DXMA 4XH5A 4JD2A 4M7XA 3HBTA 1C0FA 4B1VA 3MN6A 1T6CA 1MWKA 3JS6A 4WQ5C 4B1WB 2P9UA 3CHWA 5AQNA 3O6WA 2QWNA 4PKIA 1IG8A 2P9KA 3AAQA 2DPNA 4FOEA 3L0QA 4IJNA 3ZETA 2A41A 2P9LB 3FZHA 5AQIA 2HF3A 1JCGA 4FL9A 2QWPA 4B9QA 5AQOA 4MO4A 1QQNA 3R8EA 1NLVA 3VEWA 4DHYA 4IJAA 2FSKA 3QDKA 4A2BA 3GOIA 1V4TA 2P9PA 2P9IA 5BR9A 2ZWHA 3R9PA 4ISEA 4BC2A 3RSEB 5BRFA 1GLLO 2HF4A 1JCEA 3TPQA 1QQOA 5BPMA 4QS9A 3EN9A 5KPZA 1GLDG 4BR0A 3A5NC 5FPDA 5AQUA 3ZX2A 2GWKA 4PL7A 2E2OA 2I7NA 3SK3A 5AQRA 5JICA 4MO5A 3KHYA 1HLUA 4RWTA 5AQMA 5AQVA 5FPMA 2A3ZA 3DWLA 3BUZB 3VETA 2PBDA 2V52B 1E4FT 3ZEUB 2D0PA 3HI0A 1X3MA 2Q97A 3MDQA 4AM6A 2V7YA 3GG4A 3GBTA 4BR9A 5ADXH 2CH6A 3IDHA 1T6DA 2UYTA 1NBWA 3C0BA 4IZ9A 3EKSA 1K8KB 3ULEB 4F9OA 3IUCA 5KPRA 1ATNA 2FF6A 3DXKA 4CZGA 5AQJA 4BRNA 4QS7A 3JXUA 3BF3A 3LDLA 3VGKA 3I33A 3WXJA 4AM7A 3FZMA 3U9ZA 5AFUA 1X3NA 1NWKA 4EFHA 2Q36A 4FPBA 1ATSA 4BRAA 4CD3A 4WQ4A 1OKJA 4EIAA 1BG3A 2NZTA 3QBXA 5KQDA 2QWQA 1C0GA 4FPAA 4PL8A 3FR0A 5ELZA 4FWSA 3S41A 1GLBG 3HZ6A 4H5TA 4JHDB 1KAZA 4H0OA 3CJCA 5F0XA 3VEXA 2CGJA 3AARA 4BQZA 3A5MC 2ZF5O 1P8ZA 5BN9A 2FSNA 3WEEA 5BPLA 2IVOA 4H5WA 1Z05A 5EVZA 1Y64A 3QICA 4JN4A 3QBWA 4WQ5A 2OANA 4JAXA 4FWQA 2QM1A 3UKRB 3O1WA 5LY3A 1RGIA 2A40A 5LJVA 3D2FB 3O08A 5AQPA 5AQYA 4E1JA 2IIRA 4CZJA 1XUPO 1ZC6A 4A62A 4BRFA 3HSCA 3QFUA 3H3OB 5E84A 5AQHA 1S22A 4CBUA 2WUSA 3J8AA 3D2EA 1ZBSA 4H0TB 4XEIA 3WXIA 4GNIA 1NGGA 2YHXA 1TYQB 4CZMA 1RDWX 2E2QA 4GY2B 3O5BA 2NRHA 2Q1NA 5AQTA 2BTFA 3IMXA 3H45C 2YHYA 2Q2RA 2QWMA 4CZKA 4BRMA 5AQFA 3M3ZA 4FO0A 1ZXOA 3WUHA 4H5VA 4CD1A 5EOYA 2YCHA 1HKGA 1GLEG 3AY9A 4NB4A 1TUUA 3WXLA 4H0PA 2D4WA 4BR4A 4BG9A 2E8AA 3BP8A 5JMVA 4CJ7A 2VWBA 2GUPA 4J8FA 2F9WA 2P9NA 2Q0UA 2IVPA 1NGFA 4BR7A 3ULEA 2QW9A 3UKUB 2P9SB 3VERA 3MMVA 5BREA 4BRQA 1NGDA 5AZJA 3UE5A 3MK6A 3ENHA 3QB0A 3P4IA 4H5RA 4KBOA 4RCHA 2ASOA 3DXMB 4M7YA 4JD2B 4PKHA 4I6MA 3VGLA 5ADXA 1YUWA 4BC4A 1BA1A 4H0YB 3CJAA 1BOTO 2A5XA 4K41A 3SLCA 2GTDA 3FLCO 4O8KA 4BRDA 1V4SA 3OHRA 1J6ZA 4K42A 4H0VB 2CGKA 4MLHA 2P9KB 4B1UB 4IXCA 3CQXA 4CI6A 3CJ7A 4H5NA 3ATUA 4K43A 3ZETB 3C7NB 5TKYA 3A0IX 3FE1A 4CZIA 5JLFA 3CQYA 1MA9B 2ZGZA 2H3GX 4FWOA 3LM9A 1HX1A 3O1BA 1NGCA 2QXLA 3MN5A 3A5OC 2P9PB 4DB3A 1SAZA 4L3QA 3R6MA 2HOEA 5AQLA 3VF2A 1NGHA 2P9IB 2A6AA 2YJEA 5BPNA 1U2VB 2FSJA 4CZLA 2BUPA 4RTFD 2ASMA 1YXQA 4BRIA 1DEJA 3DJCA 1T44A 3CJBA 5AZIB 3UB5A 2E2NA 1HKBA 3LL3A 3FZLA 3H3NO 5BRHA 2A42A 1LCUA 3G25A 4YDUA 2Q0RA 1E4GT 3CERA 1XQSC 3KZBA 4XH4A 1MDUB 3IFRA 1TUYA 3ATVA 3FGUA 2FXUA 4ISGA 4BG8A 5AQWA 3H6EA 2FF3B 3VENA 4BRPA 1GLCG 3SJHA 5I9EB 2YJFA 3U4LA 4ISFA 3VF6A 5KQ8A 3DXKB 1H1VA 2QWOA 1HPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELTA 4BRGA 4CGJA 3SAGA 4QOZB 4DSKA 5FPEA 4CK3A 4ICLA 2JWKA 4WQ4C 3I55N 1FW6A 4DS4A 3AVKA 5AQXA 4PUOA 5FROA 1RBRA 3LDOA 3RMCA 5JLHA 3DLEA 1EWQA 4U7BA 3Q7BA 1G99A 1D4XA 4JYAK 1N32K 1X1PA 4OPKA 1KFDA 4O0IA 4K25A 2GX9A 4KHWA 2D0AA 4FWLA 1GLFO 4HUFA 4CK1A 1SL1A 4A57A 2KHOA 3HO1A 1ASUA 2OA8A 3C7NA 1VQNN 2RN2A 1QQMA 2A1RA 4E7KA 5I3UA 5C0YA 3T69A 3VQCA 4LF5K 1RTIA 3B8AX 3AO5A 4E7HA 2HBMA 4CIEA 2FLOA 5F2RA 3J81O 1NGIA 2EWSA 3VEVA 3ZX0A 4CF8A 1S6QA 4E7IA 4B9NA 2E6MA 3NE6A 3KTQA 1B9FA 3RRHA 2EHGA 4NYNA 4BE1A 1M1KO 1Y97A 4C1NK 1S1UA 2I7PA 1NMDA 3P31A 1CLQA 5BN8A 3H46O 4KO0A 3THYA 3HOTA 4KPYA 4DCHA 3MN9A 4NO7A 3NF6A 3O4WA 4JHDA 1ESVA 2IS3A 4JKGB 3CFOA 4B9TA 2E1ZA 1QZ6A 2YHWA 1KRPA 1LAWA 2XHBA 1GLJO 1X9MA 1CZ9A 1IJJA 4FJIA 3KK1A 3W0LA 3O9RA 1BO5O 5AQKA 4DKWA 1RILA 1BIZA 1RDUA 1ZBUA 3K0SA 1YI2N 2O4IA 5M1PA 4CE9A 3EL2A 3A8YA 4KHQA 2VYPA 3LP1A 4E0DA 3ISNC 3VQ4A 5B8HA 4F3TA 1A5XA 3QFPA 1VQ5N 3PLAA 3VPZA 3LPUA 4KRFA 4DTPA 2NUBA 3NH1A 1BL3A 2E20A 4AHCA 3GE1A 1ZBLA 1IKXA 4YOVA 3I56N 3AVIA 3LDQA 1E3MA 4BC3A 3H1VX 4DQSA 3I8BA 3SAFA 2Z1JA 4C8MA 5FRMA 4EHUA 3SMSA 4B1YB 3MEDA 1O13A 3HM8A 4BRKA 3U8XA 2NNWA 1KLMA 1WUAA 2HVHA 2O4GA 4DU1A 3DLLL 4NYFA 3O4NA 5C2DA 3NHGA 4CHNA 4BRCA 4CGGA 3MCPA 4DV4K 3SV4A 4CJSA 4EZ9A 4ZHRA 3V9SA 1Q18A 2P9SA 3P39A 1HJOA 3TTFA 4F2SA 2VCPA 3LAMA 3KJVA 4A61A 1YVNA 4IOCL 1TVRA 3QEPA 4HUEA 4JD2A 3HBTA 3SQ2A 1C0FA 2YNHA 1SS6A 3DLGA 4BWJA 3J7YP 1TKZA 5AQNA 3CHWA 4PHTX 3SZ2A 1NJWA 4PKIA 1IG8A 2HB5A 2W6KA 2DPNA 3L0QA 3O9TA 1HPZA 2A41A 4CEQA 3ZSXA 4CFBA 1C0UA 3VEWA 3THXA 3QDKA 1Q86O 2IC3A 4DFJA 2PZSA 3NVKA 3L2VA 2P9IA 4M41A 1NK8A 1T7PA 3LP0A 3RSEB 2HF4A 2OCEA 1C1BA 3EN9A 3U3GA 2NRRA 4BDPA 2GUIA 2HNDA 3HSTB 4NLBA 1JL1A 2GWKA 4PL7A 4FJJA 3DRPA 1QVFM 3KHYA 5GAGP 1HLUA 3TI0A 5AQMA 5FPMA 1OH5A 3ZSZA 2KZZA 3DWLA 1E4FT 4ID1A 4DFKA 1NG9A 4HCCA 4FJ8A 3IRXA 4BR9A 3CG7A 3OVNA 5DM6L 4YOUA 2I5JA 1T6DA 2ZE2A 2WBNA 1K8KB 3DOLA 5KPRA 1VSLA 4K8ZA 4J2DA 1TK5A 4JKEA 3BDPA 2IOCA 4QS7A 3BF3A 2P1JA 3P5JA 3PX4A 4B3RK 4FJ7A 4F2RA 4B3SK 4ELUA 2ITGA 4FPBA 4E3SA 3NAEA 4EIAA 3OS2A 4FJ9A 3DLBA 4FPAA 4PL8A 4KFBA 3S41A 1GLBG 3HZ6A 3LZIA 3G6EN 4DLEA 3VEXA 4DV2K 4X62K 2ZF5O 2FSNA 4TSXA 2BGGA 2IVOA 4FZYA 3SQ1A 1Y64A 5CY4A 3K2PA 2QM1A 2FBTA 5LY3A 2VQEK 2D0BA 4CEOA 4CFDA 5LJVA 2JWLA 5AQYA 2WONA 3TR8A 4F3OA 4CZJA 4DG1A 2DY4A 3H3OB 3SPYA 4NXNK 3I0RA 5AQHA 2WUSA 3J8AA 2G8HA 1ZBSA 2IAJA 4KHYA 2X6SA 3QERA 4LF7K 1NGGA 2E4LA 3NGIA 1NOYA 2QTDA 5AQTA 2Q1NA 2OYQA 1LWFA 1W2BM 1F21A 2VGNA 4DV7K 5LMNK 4M3YA 1XI1A 4NB4A 4GMJB 4CW7B 3CCJN 3R3LA 2O8EA 1S1TA 3MX5A 1RTHA 2FBXA 1ZYQA 5K14A 5JMVA 3F5TA 2Q0UA 3DLHA 2IVPA 3OJSA 1NGFA 3UKUB 3VQAA 3VERA 1LWEA 2UU9K 5BREA 4KTZA 4BDZA 5AZJA 3UE5A 3ENHA 3ZT4A 3P4IA 4M7YA 3QEVA 1NJXA 5T7BA 1YUWA 3LAKA 3C6UA 3V6DA 4O8KA 3FLCO 4MQ3A 4JI7K 1KQSM 3HRGA 4H0VB 4YOYA 3AVFA 4MLHA 2NRWA 3HJFA 3CQXA 4CI6A 4F4KA 4H5NA 4K43A 4C1NI 3OYCA 5TKYA 3A0IX 3SI6A 3CQYA 1TL1A 5CYQA 2H3GX 3L2WA 1HNIA 1NGCA 4DQIA 3TAPA 1WAFA 4OPJA 4FLXA 1U2VB 2FSJA 1VSDA 1SL2A 3G4SN 3A2FA 3ZT2A 2KW4A 2KZMA 2QKKA 1DEJA 5CZ2A 1JLBA 2FBVA 2ZQBA 3EE9A 3G10A 3AGKA 3N4QA 3VQBA 3CJBA 3UB5A 1XMQK 1FXXA 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2IDOA 4J2EA 3WNEA 1XMOK 4KH6A 1K8AO 3OYEA 4B9SA 4KB0A 4KB1A 3RMAA 1RBSA 4NCGA 4YORA 3MXMA 2O8CA 1BI4B 3V9XA 1RDBA 3M1FA 1L3TA 1BA0A 4BE0A 4FWPA 2XRIA 4X65K 3VEYA 3ZYYX 1FK9A 1LOTB 1KAXA 3L4QA 3AO2A 1YAGA 1QSLA 1JLQA 3VEZA 5M1KA 3PUFA 1QVGM 4DTRA 4LY7A 3V81A 2HNYA 3O80A 3JYTA 3NF7A 2YHAA 3CIPA 1QZ5A 1IKYA 3AAPA 1RFQA 1XC3A 2HBJA 3SV3A 1HKCA 1BUPA 3HP9A 4PKGA 1TAUA 1O1WA 1OVYA 2F9TA 2WTUA 1TKXA 3E9LA 2NRXA 4CJWA 2BE2A 2PAVA 4IOAL 4CBXA 4HUGA 4GKKK 3KVGA 4Y0WA 3ZSQA 4CGFA 2AA4A 1DTQA 1SKRA 4MDAA 3UIQA 1NNEA 4KHUA 3S3MA 1S1VA 4FJGA 3TSUA 2D1KA 4DTXA 2HMPA 1JCFA 1YJ9N 2EX3A 5FPNA 3ZT1A 1HQUA 1G15A 2DTUA 4FJKA 1KC8O 5HRRA 4R5PA 4FM0A 4MLEA 3OBYA 3ENOA 3CJ1A 4BC5A 5A2QO 3TU5A 4N41A 4CHOA 3DXMA 4XH5A 4E19A 4CEZA 1KVBA 4B1VA 3MN6A 4CF0A 1MWKA 4WQ5C 4B1WB 4HCBA 5LL6Z 3ITHA 4WFAL 2QXFA 3V9WA 2P9KA 2D5RA 4FOEA 3NH2A 4CGDA 3ZETA 1XNRK 3RTVA 4FK2A 3FZHA 4B9QA 3OY9A 5AQOA 4MO4A 4DHYA 4EP5A 4FM2A 1EO1A 1RT7A 2FSKA 1V4TA 4CJEA 3CF5L 3RWUA 5GIOA 2F8TA 4FZXC 3R9PA 4JS5A 3TPQA 1QQOA 4ZTJA 5KPZA 3LDSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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