4BGBA

Nucleotide-bound closed form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
HLTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840
total genus 100
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgbA01
1QQOA 3QFPA 4BREA 3GBTA 4EAHD 3CJBA 4H5VA 4A61A 2ASOA 3WT0A 2PBDA 1NLVA 2YJFA 4AM6A 1ZC6A 4H5TA 1LOTB 4BQZA 5FPMA 1NWKA 2E2OA 3SK3A 4BGAA 4IJAA 4BVOA 3H1QA 4NO7A 3TPQA 2Q0RA 3VERA 2YHXA 5AQQA 2HMPA 1GLDG 1BA1A 2FF3B 3QDKA 5AQFA 5LY3A 1V4SA 1T44A 4CBUA 3ATVA 2A5XA 4FOEA 1P8ZA 3DXKB 1KXPA 1NGGA 3WQUA 1HKCA 5ADXA 5FPEA 5BRFA 1BUPA 2E8AA 3FZKA 3R9PA 4YDUC 2NZTA 2HOEA 4BRFA 2ASMA 3H3OB 2A40A 2CGLA 4BR5A 2Q2RA 5AQKA 3WXLA 3FGUA 5BN8A 4CJ7A 1ATRA 1ESVA 3LM2A 2E2QA 3I8BA 2WUSA 3H3NO 5JLHA 1S22A 5ELZA 4BRKA 5F0XA 1GLEG 5B8HA 4B1XB 3VPZA 4WYBA 3AARA 2E1ZA 2Q36A 1TYQA 2W40A 4QS7A 5KPRA 4FOIA 2P9UA 3CIPA 2D4WA 5LJWA 3MN9A 1Z05A 1NGDA 4BR9A 2YI1A 3BF3A 2GWJA 4M7XA 3FLCO 1D4XA 3D2FB 3L0QA 3VF6A 1Y64A 1DKGD 4CBXA 5KPZA 4WQ5C 2QWPA 1HUXA 5I9EB 4FWKA 4H0VB 3A5OC 3BP8A 3ULEA 3LDPA 1DGKN 3FZLA 4FO0A 2HF4A 4FSVA 1JCGA 3H45C 3J8AA 1JCEA 3CI5A 1BO5O 4CZFA 3MN5A 5BPMA 2CH5A 1X9JA 3UKRA 4EHUA 5BPNA 5CE3A 4BVPA 1KAXA 2QWNA 3H1VX 4H5WA 2A3ZA 4KBOA 2ZGZA 3FFKB 3FR0A 1MWMA 4RTFD 1G99A 3BEXA 1ZXOA 1TYQB 4MO5A 2FSNA 4I6MA 4RCHA 2P9UB 3HM8A 4MLHA 3O08A 4CBWA 1GLJO 4DHYA 2P9SA 1CZAN 1HKBA 4IJNA 3W0LA 1Z6RA 3FZFA 4FPBA 1V4TA 3A5NC 1QZ6A 5KQ8A 3U4LA 1K8KA 2I7PA 3DAWA 2VWBA 4BC2A 5AQVA 1XC3A 1QQMA 3D2EA 3EKSA 3U9DA 4BR7A 1E4FT 1HX1A 1EQYA 3ULEB 5BPLA 4E1JA 3CQXA 2YHWA 1YXQA 3O4WA 4WQ4C 3HTVA 2GELA 3A5MC 2QWRA 4BRMA 4F9OA 4WQ5A 3VETA 4PKGA 3CJ9A 1MDUB 1NMDA 3UKRB 5AFUA 3VEXA 3MMVA 4FL9A 2V7ZA 4K25A 1XUPO 3A5LC 3KVGA 2GTDA 5AQGA 4B1UB 4CZEA 3DWLA 4JHDA 5TKYA 1WOQA 1GLFO 2FSJA 2H3GX 2AP1A 2CH6A 3JXUA 2A6AA 2YJEA 1GLLO 4I6MB 5AZJA 3O6WA 4DQ8A 4BRLA 4BQLA 2D1KA 2D0PA 2P9SB 4ISEA 3SLCA 2QM1A 1YAGA 3AY9A 3JS6A 2NLXA 2A42A 3H46O 3D2FA 3B8AX 4FWMA 4BGBA 5BREA 4GY2B 4JAXA 4BRHA 2E1YA 4H5RA 1K8KB 2J4RA 4H0TB 1BU6O 2ZGYA 1QHAA 1ZBSA 2GEMA 3D2EB 1HJOA 3CETA 4BRAA 3MK6A 4EIAA 4MLEA 1BDGA 3HSCA 3AAQA 1NGJA 3O1WA 4BC4A 1MWKA 4AM7A 3ZX3A 2QWMA 2VYPA 2V51B 3CERA 4BRDA 3VEWA 4C23A 1MA9B 4PL7A 1J6ZA 4WQ4A 4JNEA 2V7YA 2P9LA 4JHDB 3AAPA 4IZ9A 3U9ZA 3EZWA 4CZGA 3LDQA 5AQIA 1NBWA 5FPDA 3OHRA 4GNIA 2HF3A 3UB5A 4J8FA 3GG4A 2W41A 1KAZA 3CJCA 5AZJB 3LL3A 4CZIA 4CD1A 5AQSA 5FPNA 4NB4A 4BROA 2QWQA 4FPAA 4A2BA 1ATNA 3HI0A 3LDOA 3P4IA 2P9NA 3H6EA 1SQKA 2IVPA 2YHYA 3L6QA 4H03B 2IVNA 4A2AA 4XEIA 3LDLA 1GLCG 3I33A 2EWSA 2Q0UA 5AR0A 5AQOA 2I7NA 3UE5A 3CHWA 2BTFA 2QXLA 4BR2A 3QICA 3VGLA 3VF2A 2P9LB 3UKUB 3DXMA 3M1FA 3EN9A 4IO8A 2FF6A 2P9PA 5AQWA 2AA4A 5AQUA 4CZHA 4HWIA 5AZIA 2E20A 5BN9A 4BRGA 1OKJA 1XQSC 3F9MA 2Q1NA 4K43A 5ADXH 4LC9B 3WUHA 2IVOA 4BC5A 4B9QA 2F9WA 1R59O 5LJVA 2FXUA 4H0PA 4PKHA 3D7EO 5KQDA 1SAZA 4FWOA 2P9NB 3IFRA 3WXIA 1NM1A 4K41A 2Q31A 5BR9A 2P9KA 2F9TA 3CJ7A 4A62A 4CZMA 3FE1A 1SZ2A 3EKUA 5AQLA 3GE1A 2KHOA 3HBTA 3GDQA 3ZEUA 3WXKA 1H1VA 3LDNA 1X3NA 3TU5A 3MN6A 2FLOA 1GLAG 1WUAA 3L4IA 1NGHA 2A41A 4M63C 4JN4A 4MO4A 1BOTO 4H0OA 3VEVA 3MN7A 5JICA 4CZLA 3W3DA 1NGFA 3ENOA 4HTLA 5F2RA 5EX5A 3EL2A 4EHTA 3O8MA 3BF1A 4H0XB 5EOYA 1HKGA 3CJ1A 4ISFA 3DXMB 3G25A 4B1YB 1U6ZA 3MDQA 1IJJA 2E2PA 5JLFA 4M7YA 3ENHA 3IUCA 4BR4A 2P9PB 2DPNA 1NGAA 4XH4A 5EXWA 3VGKA 5AZIB 1X3MA 1LCUA 3VOVA 1RFQA 4H5NA 4Z94A 5BRDA 3RSEA 3WEEA 2D0OA 3CQYA 4IWVA 3S41A 3QFUA 3U8XA 3VGMA 1RDWX 4B1VA 4FWLA 4RWTA 5KPTA 4BG9A 1IG8A 3KHYA 2P9KB 5E26A 2YCHA 2ZWHA 3CJAA 4CZKA 4PL8A 5E84A 3A0IX 2QWOA 3VEOA 3VF4A 4QS8A 3ZEUB 3FZMA 4FWNA 5AQTA 5F1XA 3VESA 5BRHA 4DCHA 5AQHA 4BR0A 4Y0WA 1U2VA 1T6CA 3R6MA 3QBWA 2FSKA 4B1WB 3O5BA 3SMPA 3C0BA 3UKUA 3VEZA 1QZ5A 3QBXA 4BRPA 1S3XA 2P9IA 3VEYA 4BG8A 2QW9A 1BA0A 3ZX2A 1BG3A 5AQZA 2CGJA 2E2NA 3FZHA 3ATUA 1HLUA 3ZETA 4FWQA 3QB0A 4B1ZA 4O5FA 2IIRA 3EO3A 5AQXA 3O80A 3VENA 3RSEB 2ITMA 3WEEB 4BRCA 5AQPA 3MCPA 4BRQA 1Q18A 1C0FA 4BRIA 2E88A 3WXJA 1ATSA 5AQRA 4PKIA 1E4GT 4JD2A 3C7NA 3R8EA 1QQNA 3ID8A 2GUPA 5EVZA 3ZX0A 3WQTA 2OANA 3IMXA 4XH1A 4FWPA 2QWLA 1KAYA 3GL1A 1NGIA 5AFUH 4BRNA 1U2VB 4O8KA 3SMSA 3M3ZA 1TUUA 3HZ6A 4K42A 1JCFA 1TUYA 1NGCA 4XH5A 3LM9A 4FWRA 5AQJA 4BC3A 3IDHA 2GWKA 2P9IB 2V52B 4YDUA 5JMVA 4EFHA 5AQMA 2NRHA 1GLBG 2CGKA 3ZETB 1YVNA 4IXCA 4ISGA 1NGEA 1DEJA 2UYTA 3DJCA 1RGIA 2ASPA 3QMLA 4FWSA 1HPMA 4CI6A 2VCPA 4DB3A 2Q97A 4QS9A 1C0GA 3KZBA 1BWFO 3A8YA 4JD2B 3C7NB 2ZF5O 4CZJA 5AQYA 3BUZB 4CD3A 3DXKA 3M6GA 3SJHA 2BUPA 1NGBA 5EY4A 1T6DA 2PAVA 3O1BA 4L3QA 4H0YB 1YUWA 3GOIA 5AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9TA 4BREA 3GBTA 3K2PA 3A2FA 4CHZA 1TAQA 4HUFA 3L8BA 2ASOA 3ZSOA 1NLVA 3NCIA 4PY5A 3E9LA 4AM6A 3BZKA 5E41A 1NWKA 2E2OA 3SK3A 4IJAA 2ZJPL 4PUOA 1HMVA 4BVOA 3QESA 4LSLA 3LALA 4JK9A 1OVQA 4V19S 3QIPA 2JWKA 2YHBA 3H08A 2FF3B 1T05A 4DQQA 2BE2A 3ATVA 4CGFA 3THWA 3M5RA 2A5XA 1P8ZA 3NVMA 4IEEA 3K5NA 1KXPA 1NGGA 4PWDA 5ADXA 2E4LA 3QERA 5J2QA 3OW2M 3HM9A 2A40A 3SQ0A 1LWCA 3WNFA 1EKEA 4BR5A 4Z4GA 2HMIA 5AQKA 3TTCA 3FGUA 3L2RA 1ESVA 3LM2A 2D0BA 3T69A 3H3NO 1O1WA 1VSIA 4CF8A 4FM2A 4LD0A 4BRKA 2EHGA 3SPYA 4YFUA 1NJZA 3L2VA 3C6UA 3G4SN 2E6LA 3MEEA 4DUYK 2UXCK 2HHSA 3U6FA 1RBUA 1NK4A 1NGDA 4BR9A 3O3FA 2IOCA 3FLCO 4DTXA 5D3GA 2XY8A 3TI0A 2NRWA 3SUPA 1QSLA 1O13A 1HUXA 5I9EB 2O8FA 3OYBA 3BP8A 1EX4A 3FZLA 4FSVA 4FVMA 3AVIA 4KPYA 3HYFA 3J8AA 1BO5O 4IFEA 4CZFA 2CH5A 4LF9K 4CHPA 3SBTA 5FRMA 1RT1A 1YTAA 1KAXA 3K9KA 3H1VX 4I2PA 4KBOA 4YNQA 3FFKB 4N56A 4JKFA 3FR0A 4F4KA 2P51A 3BEXA 1ZXOA 4E7KA 4I6MA 4CFDA 4OPJA 4K0KK 4K8XA 3LP0A 4CBWA 2P9SA 1HKBA 1U04A 1YTUA 3FZFA 3A5NC 1QZ6A 3OYHA 1K8KA 1NJXA 3HL8A 3SUOA 5FROA 3THYA 4RW8A 4O5BA 3P1GA 1M90O 3VQEA 4BR7A 1E4FT 5BPLA 3ZT1A 2YHWA 1YXQA 1JLGA 2IS3A 2QWRA 4AHUA 4F9OA 4CCHA 4F8RA 5CY4A 1KVBA 1KC8O 4CZEA 1XUPO 5AQGA 2DTUA 3OYDA 4AILC 4N47A 3OJUA 4N5SA 2AP1A 1RDCA 2CH6A 2AJQA 4CJFA 3DMJA 4BQLA 1G15A 3RRGA 2QM1A 4KAZA 4B8AB 2KKZA 3B8AX 1Y97A 5BREA 4DU3A 2O8CA 1VRTA 4IOXA 1BU6O 2ZGYA 1E3MA 1QHAA 4C8NA 1ZBSA 4DSKA 3SQ1A 1HNXK 1QVGM 3OYFA 4WCEL 2Z1IA 3V1OA 3ZLJA 1JKHA 4W5OA 3MK6A 4EIAA 3ZSXA 4A57A 1BDGA 3OYLA 3CCLN 3HSCA 3WNGA 3VA0A 1NGJA 1TV6A 3ZSVA 4AHSA 2OPQA 2QEXN 4BRDA 2O8BA 4WQ4A 1SV5A 1YHQN 1J5EK 3AAPA 4CZGA 1XMQK 2KW4A 4GNIA 1EWQA 2F7TA 2HF3A 5DMRA 3UB5A 1DTQA 3HP9A 2WTUA 2W41A 3CJCA 3IG1A 4LF5K 4B9SA 2PZSA 1VSJA 3PX0A 4GVMA 4M41A 4KH4A 1IO2A 1QS4A 4NB4A 3PX6A 3HI0A 3LDOA 2YNHA 3QEXA 3HO1A 5CZ2A 4DTNA 2Z1HA 1YVUA 4IG0A 3P83D 4M45A 5KGXA 4CGDA 2QA4N 1RDDA 4BE2A 4XEIA 2DY4A 2EWSA 4CF9A 3RMCA 1XC9A 1D5AA 3O9UA 3P5JA 2I7NA 3CHWA 1VK0A 5HROA 3TABA 2OZMA 1T3VA 3ZSZA 3TAQA 1L5UA 3UKUB 4CGIA 3DXMA 3M1FA 3KD1E 4KO0A 1YJ9N 4IO8A 3NF9A 3TAGA 4FK2A 4O0IA 5GINA 2AA4A 4CZHA 1CZBA 4B3OA 3G6EN 3AO1A 4BRGA 3F9MA 1XQSC 4UQGA 3FFIA 2HHQA 5LJVA 2FXUA 1RDUA 4ID1A 1YIJN 4K41A 1D8YA 1RBTA 3CJ7A 3FE1A 4C1NK 3QEIA 4DSJA 3CC2N 3HBTA 1H1VA 1X3NA 2FLOA 1NG9A 3OYEA 1GLAG 3TSPA 1J5OA 1S6PA 1XHZA 2D0AA 1M1KO 4MO4A 5EX5A 1S6QA 3C6TA 4EHTA 3BF1A 5EOYA 4R5PA 2O4IA 3AVFA 2YKNA 3G25A 1U6ZA 3MDQA 4FCYA 1IJJA 3PV8A 3VN5A 3IUCA 2P9PB 1C0MA 4HVJA 3PIPL 1X3MA 1LCUA 2VGNA 2HNZA 4Z94A 4O0JA 1C1CA 3AVCA 4IFYA 4IWVA 4DS5A 3QFUA 4FWLA 2QTDA 3PX4A 1S1UA 4CEQA 2VWKA 4M3RA 4GV3A 3SAGA 1VQ5N 4DV2K 3BZCA 2ZWHA 3VEOA 2QWOA 1UA0A 4DR5K 1LWEA 3FZMA 3DOLA 2UUBK 3SAFA 1TKXA 2FBYA 3TANA 1ZBFA 2VG6A 3J7ZO 4BR0A 3LDSA 4CJEA 4LF4K 3LANA 1R0AA 3UIQA 2G8HA 4B1WB 1NK9A 4FK0A 3C0BA 3LAMA 3L3UA 1KQSM 4JI3K 3VEZA 1KLNA 2NRZA 4LF6K 2P9IA 4O4GA 2QW9A 3SV4A 1BA0A 5AQZA 1QTMA 3ATUA 1Q9YA 1ITGA 4O5FA 3LAKA 4JRPA 3O80A 3RSEB 3OA9A 3MCPA 1Q18A 1C0FA 4LH4A 1RBRA 3O9RA 4BRIA 4DTOA 4JD2A 4K8ZA 1IKWA 1JLFA 2NRVA 4M3XA 3C7NA 3CPWM 1QQNA 4FJ7A 3QEVA 4B9NA 5EVZA 1VSEA 3ZX0A 4IBNA 4JLHA 4Z4EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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