4YNQA

Trex1-dsdna complex
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
231
structure length
227
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLNLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASNGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Three-prime repair exonuclease 1
publication title Exonuclease TREX1 degrades double-stranded DNA to prevent spontaneous lupus-like inflammatory disease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 69
structure length 227
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2015-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ynqA01
3QINA 1WN7A 1RBTA 4CF8A 1U04A 3SPYA 1NK8A 4KKOA 1VSLA 1VSKA 3ISNC 2WOMA 3OYBA 1ITGA 4O55A 3VQ7A 3C6UA 4CF9A 2OPSA 1RT2A 4EP4A 3ZSZA 3LPUA 1LV5A 3F9KA 4KRFA 2LSNA 1QHTA 1W0HA 1EKEA 1BCMA 3KLGA 5J2NA 2FBYA 1TK0A 5KGWA 4FJNA 1B9FA 2KW4A 4CFBA 4OVLA 2FC0A 4DTJA 4FK4A 3KK3A 4DQSA 3SI6A 2YNFA 4KREA 3V9WA 4FLVA 3TAGA 1HJRA 3JSMA 1QTMA 3NBPA 4FZZA 3HK2A 1RT1A 3ZSOA 3TARA 3B6OA 3HP6A 2VG5A 3DOKA 4FM1A 3V9ZA 2PZSA 3QLHA 3NCIA 4W5NA 5I3UA 1LAVA 1TKTA 3DOLA 4RW6A 3QEWA 3TANA 1C6VA 1KLNA 4DQPA 3P5JA 3S3OA 2HB5A 1S5JA 4E19A 1IKXA 3VQ6A 4W5OA 2OPPA 3PV8A 4CJLA 4CIFA 3NHGA 4M3XA 1KLMA 3D45A 1U47A 4IKFA 4KV8A 1NJXA 3WNGA 4E89A 3OY9A 4J2BA 2P1JA 4KTZA 1U48A 2R7YA 4FZYA 4Z4EA 4C8MA 3OS1A 3TABA 4BE1A 4H4OA 5CZ2A 4CEQA 4HUEA 2IS3A 2G8KA 2RKIA 3TAPA 3HO1A 3HL8A 4DSEA 3AVLA 1NKCA 1Z26A 4G1QA 4E1MA 1KCFA 3KLHA 1YTAA 3SZ2A 1J9AA 3OYIA 1L3UA 4FJKA 3DM2A 2YNIA 1JLAA 4OJRA 1A5WA 1LAWA 4E7LA 2I5JA 4LSLA 4KB1A 1VSJA 2Z1IA 2KQ2A 3KIOA 3AVBA 1WSFA 2ETJA 3SYZA 4GVMA 3PX0A 1Q9XA 4AILC 4DTMA 4O5BA 2XY7A 3F73A 4NCGA 3WNEA 4B9UA 2P5OA 4DQIA 1UOCA 3DRSA 2XY5A 4CF1A 1T8EA 3RWUA 4CJ5A 3OYLA 3U3YA 4C8LA 1YVUA 3AA5X 3VQ9A 3OYNA 3V1RA 4J2EA 4I2QA 4IFVA 4CJWA 2HNDA 3CG7A 3ZSWA 4FK2A 2IC3A 1RCHA 2Y1IA 3RTVA 2FBXA 2HHWA 2XY8A 1WAFA 1B9DA 2E6LA 2ZD1A 3CFOA 2ITGA 1DTTA 1Y97A 4CJ4A 4M3UA 3U3GA 1WNSA 1NOZA 5HBMA 3T3FA 1QS4A 3AVGA 3IG1A 1BHLA 3DI6A 3RMCA 2VG6A 5CY4A 3SUOA 3C6TA 2GBZA 4DSJA 4N47A 4FK0A 1RT7A 1KFSA 4B8AB 5HRNA 3PO5A 3HT3A 1NJZA 4FJ7A 1L3VA 4Z0UA 1RT3A 3K2PA 3VQCA 4BDZA 1RBRA 3TAMA 3V81A 4CESA 3AVCA 3TAQA 3PO4A 1BI4B 1TAQA 3LDSA 4FM2A 5J2QA 4DWIA 2HHXA 4DTNA 3EZ5A 4B3OA 3KD1E 4CJEA 3S3MA 1KFDA 4B9MA 3OS0A 1RDCA 4CHPA 1RILA 3QEVA 1T05A 3G10A 1ASWA 3T1AA 4CEEA 1BCOA 4Q5VA 4DF8A 4K8XA 1NJWA 3DLGA 1NK7A 4AHUA 4MFBA 3S9HA 1KVAA 4I9LA 3LZIA 2PYLA 2D0CA 3K59A 3NAEA 1B92A 4E0DA 3PX4A 2G8FA 3AVFA 4RW7A 4CFDA 2A1SA 1SKSA 2DTUA 1TKZA 2YNHA 4KHUA 1FKPA 1D5AA 3M8RA 4BDYA 1KRPA 1VSHA 5C42A 3OYHA 2QK9A 3L2QA 1Q8IA 5HRSA 4Z4CA 2D0AA 4B8CA 4QAGA 3KK2A 1REVA 3UIQA 4B08A 1S6QA 3AO1A 2VWJA 1Q9YA 1BQMA 3SV3A 1TL1A 3G0ZA 4I2PA 1X9MA 3IRXA 3THVA 3KLFA 4AHRA 1HNVA 3SUQA 4C8OA 5FRMA 1RNHA 2X74A 1X1PA 5CYQA 3T19A 1MU2A 4DLEA 3RMDA 1WSEA 4DFKA 1LWFA 3V1QA 2HVHA 4RW4A 3V9SA 4DU1A 4KHYA 4ZHRA 1QSYA 2Y1JA 1KVCA 4H8KA 4Z4GA 4F3OA 2RN2A 3KK1A 3V9XA 3KKSA 2E6MA 3SJJA 4KI4A 3OYGA 2KZZA 2O4GA 4IFYA 1TAUA 4N41A 4DQRA 1CXUA 2VG7A 5KGXA 4OKJA 1WSJA 4RG8A 5HRRA 1JLEA 5D3GA 2KFNA 4LH4A 1S1UA 4OGCA 4LSNA 3HYFA 1VSFA 5K14A 4BDPA 4ELVA 2XO7A 3ZSYA 3L8BA 4NCBA 4Z4IA 2P51A 3M8PA 3LWMA 1L3TA 2PYJA 2WONA 4Z4HA 3OS2A 1VRTA 4NCAA 1SL0A 2KFZA 4CE9A 1KVBA 4W5TA 4DLGA 3SPZA 2A1RA 4IBNA 4PUOA 4FXDA 4W5RA 3AO3A 4FLTA 1RDAA 1FKOA 4NYNA 1U4BA 5HP1A 4AHCA 4Y1DA 4ZTJA 4FLZA 4AHVA 3SNNA 4CJUA 4RW9A 5SZTA 1LW2A 1RT4A 3NH1A 3RRHA 3NH2A 5HLFA 3L2VA 3AA2A 4E7IA 1BQNA 5SWMA 1ZBLA 3LPTA 2IAJA 2KZMA 2IGIA 4CGDA 2X78A 4OGEA 3ZCMA 4BE0A 3DLKA 4C8KA 4OLAA 3V1OA 1HRHA 1O1WA 1UWBA 2EHGA 1C1AA 3AVAA 5HROA 4HUFA 3BGRA 4B9LA 2XRIA 3LALA 3V4IA 2P5GA 4UQGA 1N6QA 4FW1A 3L3VA 3QEIA 1BIZA 3AO4A 3QERA 4PWDA 4NYFA 1QQCA 2G8WA 4FJJA 3OJSA 3RMBA 4N76A 1EP4A 3VQAA 3ZSXA 3C94A 1A5XA 4F3TA 2G8UA 2HHUA 1J5OA 1VSIA 1HMVA 4B9NA 4CHQA 1C0MA 2DFFA 2QXFA 3E01A 3ZSRA 4DF4A 1U49A 1I39A 1N5YA 4DSKA 4IG3A 4KAZA 3K57A 1WAJA 4JLHA 2Q3SA 4YFUA 1RBUA 1YT3A 3ZSQA 5KTQA 4CEFA 3SQ2A 2BDPA 4CGJA 3I0SA 4KHQA 2KTQA 3QIOA 3MECA 4CFCA 4FLYA 3OVNA 4DSLA 1KSPA 3QESA 3K5OA 3CYMA 4PY5A 2G8VA 3O4QA 3DLRA 4M45A 3SUPA 4DU4A 2DFEA 4EZ9A 4FZXC 3M8QA 5CZ1A 3L2RA 1JLCA 1T7PA 1C0TA 1WSHA 1F21A 3MXJA 4C8NA 3VQQA 4CJSA 3TAFA 1RTHA 3MEEA 5C24A 4B9TA 3NE6A 1BL3A 3OYCA 5T7BA 1L5UA 3ZT0A 3I0RA 5HRPA 2OYQA 2HHVA 1S1XA 4CF0A 4R5PA 4EZ6A 3SQ0A 4CGHA 4CHNA 3OYDA 3AVJA 5DK5A 1IKWA 4FJXA 4DS5A 4CHOA 3AO2A 4CEDA 3HM9A 4JS4A 2VWKA 1NK4A 1UAXA 1SL1A 1TK5A 4CK3A 3AVKA 4HTUA 1NOYA 4OLBA 3O3HA 1CZ9A 4DTRA 4AHTA 3WNFA 3L2UA 2RPIA 1TL3A 5C25A 2YHBA 4M42A 2HHTA 1BIUA 3KLIA 4O4GA 2O4IA 4J2AA 2IDOA 3LAMA 4BWMA 2HMIA 1ZYQA 3P1GA 1NK6A 4EP5A 4KHWA 3LP3A 2OZSA 3CM6A 1ZBFA 4E3SA 4CHYA 1RBSA 2XY6A 1C0UA 1J53A 3DLHA 3ULDA 2OZMA 4FJ5A 4WE1A 3WNHA 4L8RB 5JS1A 4XIUA 3NF9A 1K6YA 4FJLA 2DFHA 3VN5A 3C95A 4LD0A 5JS2A 2D0BA 4CFAA 5J2PA 4FW2A 4DFJA 2D5RA 4DTSA 1BISA 1LWEA 2F96A 4ICLA 3HXMA 3LZJA 3CQ8A 3NF6A 3LWLA 3NH0A 3LP0A 4CIGA 4ZTFA 2OA8A 4KTWA 1A5VA 3DYAA 4KFBA 1XC9A 2G8HA 4DFMA 3QEPA 3TWHA 3SCXA 1HQUA 4CJVA 4HUGA 1VRUA 3LP2A 4CJFA 4CK2A 4J2DA 1UA0A 3DRRA 1TGOA 2GV9A 4CJKA 4FLWA 2DY4A 1LW0A 4FVMA 4ID5A 4CJTA 4FM0A 3JYTA 5J2MA 1HYZA 4HCBA 4RW8A 1QSSA 4BE2A 5I42A 3IS9A 4JRQA 4CEBA 4HCCA 4CJRA 1ASVA 4DMNA 1JXBA 4KO0A 3MEGA 4FJIA 4Y1CA 4CJPA 2HHQA 4AH9A 4W5QA 3VQ4A 1JLQA 4LH5A 1U45A 3SQ1A 4HHTA 1TKXA 1UA1A 1D9DA 4M41A 1SKWA 1I3AA 2W42A 1SL2A 2ATQA 4F4KA 4CGIA 3HP9A 4KHSA 2FBVA 1NKBA 4M3TA 3MAQA 1S6PA 3OYJA 4E7KA 1EETA 2RF2A 4E7JA 3CM5A 2ZE2A 1VSEA 4F2RA 2HVIA 1IG9A 3K58A 4FLXA 4DQQA 3RRGA 3TR8A 1JLGA 4KHNA 3AV9A 2GUIA 1CZBA 3DLBA 1TV6A 4K8ZA 1YTUA 4CHZA 3K5MA 1WSGA 4DTPA 1ZBUA 4O0IA 1XI1A 1RT5A 5FROA 4E7HA 1X9SA 4DS4A 1ZBHA 3AVHA 4TSXA 4CEAA 3VA0A 4DTUA 1RDDA 3EYZA 3TI0A 4KB0A 3KD5E 3V9UA 1VK0A 1S9EA 3DMJA 4FCYA 2BE2A 2Z1GA 3AA3A 1JKHA 3DRPA 4H4MA 3L2WA 5KRTA 3SUNA 1J54A 2HW3A 3AVNA 2OPRA 1TK8A 3MXMA 3QNNA 1Z25A 2YV0X 1HNIA 1S1TA 4DTOA 3RR7A 2Z1JA 1VSDA 1TVRA 1S1VA 2X6SA 4MQ3A 1R0AA 4QOZB 1CXQA 1JLBA 1FK9A 4M3YA 2ZQBA 5EU7A 4FJHA 3LAKA 1TKDA 3HVTA 1ASUA 4YNQA 3OYFA 4FJ8A 4FYDA 2G8IA 1IO2A 4PQUA 4OPKA 1NK9A 3VA3A 5KRSA 1JL2A 3HVRA 1NK0A 3AA4A 3NGZA 3AVIA 5E41A 2BANA 4CF2A 4E1NA 1BGXT 4CGGA 2YKMA 4B9SA 1HYVA 2OPQA 4N5SA 2HHSA 4KPYA 1KTQA 4DU3A 3B6PA 1RBVA 4IDKA 1C1BA 1ZBIA 2E4LA 4JRPA 2Z1HA 3NF7A 2JGUA 4CGFA 3V6DA 4ELUA 2PY5A 3SQ4A 4JS5A 3NF8A 4I7FA 2QKBA 3ZT4A 4M3ZA 4KI6A 4KTQA 3VQDA 1HYSA 3LANA 1SUQA 3ALYA 3FFIA 3OYEA 1RTDA 4FJMA 5FRNA 3O3FA 2BGGA 3VQ5A 5FDLA 3HJFA 2FBTA 1WSIA 3L3UA 3DLEA 1GOCA 1WLJA 3HPGA 4AHSA 1DLOA 4DG1A 3M8SA 4FLUA 2QKKA 1NKEA 3KTQA 4CERA 4N56A 4GMJB 4CEZA 3EY1A 5DMRA 3PX6A 3VQ8A 1QSLA 4HVJA 3K5NA 4PA1A 3IAYA 4O0JA 3D0PA 2EX3A 3ASMA 1HPZA 3K5LA 1S9GA 4OKEA 1XWLA 3QEXA 4B9VA 3AVMA 3H08A 2IOCA 4CJ3A 3QNOA 3S3NA 1NK5A 1W9HA 1QE1A 1RDBA 4M3WA 2AJQA 3OYKA 1SKRA 2YKNA 4CCHA 4ELTA 1IKYA 2HNZA 3VQBA 3MXIA 2X6NA 3ZSVA 4F8RA 3HSTB 2F8SA 3PUFA 1CLQA 4LY7A 4BACA 5KI6A 4QCLA 1LWCA 1HQEA 1S1WA 1EX4A 3SV4A 3HPHA 3I8DA 1D9FA 4CK1A 3PY8A 3QIPA 1IKVA 3QO9A 4DSIA 1L3SA 1T03A 3ZT1A 4DTXA 3OYAA 3VQEA 1RT6A 1EXQA 4CECA 4OKKA 2F8TA 1BI4A 3AO5A 3U6FA 3ZT2A 4DSFA 1SV5A 3NFAA 3ZT3A 1JLFA 2B5JA 3HPOA 3OYMA 3QETA 1XHZA 4F2SA 3TAEA 1D8YA 1FXXA 1IH7A 3O3GA 3RMAA 3LP1A 4CIEA 4GW6A 2B4JA 3KKRA 4IG0A 4O44A 1JL1A 3OJUA 4ID1A 3CFPA 2B6AA 3NGIA 2XHBA 1X9WA 3KJVA 3VQPA 1XHXA 1VSMA 4FJGA 3ITHA 1DTQA 2YNGA 3NGYA 4CJQA 2NUBA 3MEDA 4CEOA 5J1EA 3CFRA 4M3RA 3O4NA 3BDPA 4FJ9A 2HNYA 4OPJA 1RTJA 3KLEA 5CYMA 3RR8A 3P83D 1JXEA 2JLEA 1GOBA 1RTIA 4I9QA 4Z4FA 3NDKA 4Q0BA 1GOAA 2YHAA 4DFPA 3A2FA 1C1CA 4BWJA 1G15A 1NJYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T69A 3GL1A 3KWIA 4YOWA 2ZJQL 4O8UA 1NK8A 2WOMA 3A5MC 2OPSA 4CF9A 5BRFA 1RT2A 4EP4A 5FLXO 4R79A 1N32K 2LSNA 1W0HA 4GNIA 5C10A 1TK0A 2KW4A 2WFBA 1X3NA 3FFKB 3TAGA 4FLVA 4LF7K 4DCHA 3HP6A 2VG5A 3V9ZA 3NCIA 5I3UA 3TANA 4DQPA 3H3OB 2HB5A 5GINA 4E19A 1IKXA 4WF9L 3C6AA 4PKHA 3VF6A 4FWLA 1ZC6A 4K43A 5BN8A 4IKFA 1XNRK 3FZKA 3WNGA 4E89A 3OY9A 1NJIO 1X3MA 3SMSA 3O1WA 4BE1A 4Y0WA 2Q31A 2IS3A 2RKIA 3IMXA 2QWQA 1Z26A 3LDPA 4B3TK 3CQYA 1YTAA 3SZ2A 1L3UA 5AQGA 2FF3B 1JLAA 4JD2B 4YOUA 4OJRA 1NGAA 3L4IA 5I9EB 3KIOA 3EE9A 5AQIA 5M1NA 4O5BA 2HSTA 2XY7A 3F73A 4NCGA 3WNEA 4MO4A 1UOCA 4CF1A 4C8LA 4JV5K 4GV6A 4CJWA 1GLCG 3ZSWA 5M1OA 4CBUA 1WAFA 4DR4K 3RSEA 3O9TA 3F9MA 2FF6A 4CJ4A 4AM7A 1NOZA 5HBMA 3HOSA 3T3FA 5KPZA 3IG1A 3EO3A 4IOXA 4BGBA 4JI6K 5LJVA 2YHYA 2VG6A 3H1VX 1YHQN 3Q7BA 5HRNA 4WQ4C 5B8HA 5DM7L 4Z0UA 4PKGA 3K2PA 2UXBK 1RBRA 3TAMA 3V81A 4B1UB 3R3LA 1BI4B 3O08A 4FM2A 1BUPA 2V7YA 4XH4A 4M7XA 3EZ5A 4B3OA 3KD1E 2YHXA 4AM6A 3OS0A 1RILA 2P9PA 1ASWA 3T1AA 4K8XA 3BZKA 4AHUA 4FL9A 3S9HA 1KVAA 3AGKA 2IIRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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