4YNQA

Trex1-dsdna complex
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
231
structure length
227
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLNLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASNGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three-prime repair exonuclease 1
publication title Exonuclease TREX1 degrades double-stranded DNA to prevent spontaneous lupus-like inflammatory disease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 69
structure length 227
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2015-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ynqA01
3ZSQA 2HHTA 4KTQA 4B9SA 1NOZA 2DFEA 3DLRA 4CJKA 4O44A 3SV3A 4R5PA 1JL1A 4DTNA 4E7LA 1C6VA 3V6DA 3ZSZA 3S9HA 1L3VA 1ZBHA 4IG3A 4MQ3A 4RW6A 4FM0A 1J53A 3L2RA 1EETA 2YNHA 3A2FA 3P1GA 4HTUA 4FW2A 4E7HA 3DLEA 3I8DA 4CFDA 2G8HA 3L2UA 1LWEA 3FFIA 3HK2A 4IFYA 2XY5A 4F2RA 2IS3A 2RN2A 1EXQA 3IG1A 4KKOA 3UIQA 3LWMA 4FJ5A 1WSFA 1WSGA 2P1JA 1VRUA 3IRXA 1CZBA 5C24A 3O3GA 3AA2A 4DFJA 3ZSVA 3ZSXA 1RTIA 2FC0A 4PWDA 4CJPA 4NYFA 4FW1A 4BE0A 2OPSA 4DTPA 1NOYA 3VQ5A 4Z0UA 5CYQA 4DLEA 1S1TA 3HPOA 3G10A 5HRNA 1C1CA 4B9LA 1BCMA 3V1QA 4JRQA 1J9AA 1TAQA 1NK0A 4QAGA 4FZYA 4CIEA 2AJQA 3RR7A 5D3GA 3P5JA 3ZT0A 4DSIA 4FVMA 3CFPA 1HQUA 1ZBUA 2E6MA 3ZT2A 3RTVA 4ICLA 1QSYA 2OZSA 1IKYA 1D9DA 3HT3A 1FKPA 3LALA 1U45A 3KIOA 2YNGA 3DRPA 4CEZA 1KVBA 4CJ4A 4FM1A 2PZSA 4DTMA 1KFSA 1U47A 1BQMA 4EP4A 3AO1A 4HVJA 1ASWA 3KD5E 4UQGA 2HW3A 3ALYA 2YNIA 3MECA 3NAEA 2RF2A 2BANA 2BE2A 4W5RA 1D8YA 3BDPA 2HHQA 2KW4A 2VWKA 2FBTA 1ZBFA 3O3HA 4CJ3A 4BE1A 3IAYA 3VQAA 1RT2A 1ZYQA 4AH9A 4CF8A 4C8MA 5I3UA 4Z4GA 1JLGA 4LSNA 3ZT3A 2PYJA 4F3OA 4KHNA 2VG5A 3WNGA 3OYGA 3V9ZA 5HRSA 3OYDA 3AVGA 2R7YA 4KI6A 1RDDA 4AILC 1L3UA 1WSJA 2RPIA 3NF9A 4IFVA 4CGIA 3AO3A 4KAZA 4CEDA 3L2VA 4ELTA 3K5NA 4CEOA 4OKJA 4AHUA 1KVCA 4NCGA 3B6OA 1XI1A 1JXEA 1S1VA 3QERA 1K6YA 4BDYA 1Y97A 3AVFA 1VK0A 4DS5A 1S1XA 3TANA 3NGZA 5KI6A 4N76A 2E4LA 3OY9A 3SQ0A 5HRRA 1R0AA 5FRNA 3TAFA 4FJLA 4OLAA 1BHLA 3QNNA 4CHZA 3KLHA 4I2QA 4CF9A 2XY6A 4KHUA 4QCLA 2YKNA 4E19A 2Z1JA 1TK0A 1T05A 3RRGA 4B9MA 4J2AA 4OLBA 3D45A 2P5OA 2DFHA 3LP0A 4CJEA 4CGGA 2JGUA 3OJSA 4HUEA 3EY1A 4JS4A 1UA0A 1L3SA 2XHBA 2WOMA 1SKSA 5SZTA 2B5JA 1B92A 3V1RA 3QESA 3TAQA 3L3VA 4FM2A 2FBXA 3DI6A 4DTJA 2A1SA 4JRPA 4DU3A 5FDLA 2LSNA 4NYNA 3VQ7A 1LW2A 4CGDA 4RW4A 4JLHA 4M3RA 5KGWA 1WSIA 4H4OA 1WSHA 1SL1A 1T7PA 1RDAA 3NGIA 1TKTA 3I0SA 4KB0A 4FJ8A 3NH2A 4GVMA 3V9XA 2I5JA 3V4IA 3SUPA 4KHSA 2DFFA 2B6AA 5KRSA 2PYLA 4N47A 4B08A 2E6LA 2IDOA 3AO2A 2GUIA 1I3AA 4H4MA 2O4GA 1GOCA 2EHGA 3V81A 1TKZA 1RT3A 1UWBA 4IBNA 4XIUA 4FLVA 2RKIA 3SNNA 1RBRA 1KLMA 2X6NA 3PUFA 4Y1CA 3JYTA 4E7IA 3PX0A 1SL0A 3V1OA 3LAMA 1N6QA 1LWCA 3AO4A 3AV9A 1TK8A 3L3UA 3O3FA 3EZ5A 1X9SA 1IO2A 2G8KA 3SCXA 1YT3A 1RT6A 4M3ZA 1Z25A 1HNVA 3MAQA 3C94A 3V9UA 4RW9A 4N41A 2QKBA 1NK7A 4DMNA 1TKDA 5C25A 2X78A 2HHSA 2HHWA 3SUOA 3QEWA 4FJXA 1CXUA 1RCHA 1HRHA 1HPZA 3ZSYA 3OYEA 3OYBA 4IG0A 3OYJA 4FXDA 3M8SA 1YVUA 3LP1A 3AVJA 1S9EA 4HUGA 1S9GA 1QS4A 2F8TA 4CHNA 4BDPA 2HVIA 3AA4A 4DF8A 4EZ6A 3M8QA 4FLTA 3VQBA 1VSJA 1MU2A 1RTJA 4CJRA 4YFUA 4B8AB 3NH0A 4CHQA 1HJRA 2VWJA 3HVRA 3SPZA 1QHTA 1FKOA 3OYCA 1RNHA 1JKHA 5CYMA 4CEEA 4AHCA 3S3NA 1X9WA 1QSSA 4NCBA 2QXFA 3SV4A 1ZBIA 4DTOA 3SJJA 1W9HA 3LANA 3NBPA 3CFRA 4ELVA 1HYSA 2HB5A 5K14A 1QTMA 2OPRA 1QQCA 3KK1A 4RW7A 4CK3A 1WAJA 3ZT4A 4CJVA 3OYHA 3HYFA 3DMJA 3V9SA 4W5QA 3KK2A 4E7KA 4B8CA 1CXQA 4CERA 1TAUA 3SI6A 3KLEA 4FYDA 4EP5A 4DTXA 1KVAA 4PQUA 4CFCA 3KD1E 1L3TA 4DSJA 4MFBA 1ASVA 1UOCA 2OPPA 4ID5A 1C1AA 4DSLA 1REVA 3CG7A 3QLHA 1C0UA 2HNDA 3O4QA 4DS4A 4CJWA 3RR8A 3ZSRA 4B9NA 5DK5A 1EKEA 2Y1JA 1XWLA 1RT1A 1KSPA 4FLUA 3MXMA 1VSIA 4B9TA 4CF1A 1S6QA 1CZ9A 4DU4A 3D0PA 4DQQA 5J2PA 4Z4EA 3ZSWA 4HUFA 1JXBA 3HVTA 1A5VA 4LD0A 3CQ8A 2Z1IA 3M8RA 1WAFA 3AA5X 3CM5A 3F9KA 1QSLA 2YKMA 3DLHA 4DQPA 1TL1A 4PA1A 2G8WA 3S3OA 3WNEA 4CEAA 4FK2A 2FBVA 3TWHA 4BWJA 3ZT1A 1BISA 2O4IA 2Z1HA 3NH1A 3I0RA 3NE6A 1VRTA 4AHTA 4DWIA 3CFOA 4Z4IA 5HRPA 3SUQA 1IH7A 4OKKA 3L2QA 3ZCMA 1SL2A 4FZXC 4K8XA 2DTUA 4M45A 3HSTB 3TI0A 4KO0A 3SQ4A 2IC3A 3AVCA 3T1AA 1C0MA 4DTUA 1VSFA 4CJUA 3PV8A 5I42A 4Q5VA 1SKWA 2KTQA 4CJFA 3OYFA 3SUNA 3ASMA 3QNOA 1NJWA 2EX3A 1IKXA 3QO9A 3OS2A 1KFDA 1BIUA 4LH4A 3MEDA 5HROA 1Q9YA 1RTHA 2IGIA 3T3FA 4N56A 4FJIA 4E3SA 1NK6A 2P5GA 3G0ZA 2BDPA 3TR8A 5T7BA 4CF2A 2A1RA 1RDCA 4CGJA 3S3MA 1U49A 3K2PA 1XC9A 1S1UA 5JS1A 2GBZA 3ISNC 4OKEA 3U3GA 3NGYA 4CECA 4F4KA 4OGEA 4M42A 3KKRA 4CJ5A 2JLEA 1JLEA 4ZTJA 1C0TA 1YTAA 4CEFA 4CK1A 1LAWA 3OS1A 1JLFA 3MEEA 3B6PA 2ATQA 3K5MA 1VSKA 3OS0A 4FJGA 3RMCA 2XO7A 1U4BA 2D0BA 3K5LA 1HYZA 3CM6A 4M3UA 1SUQA 2XRIA 3NCIA 4J2EA 1XHZA 4KRFA 3AVKA 3QETA 3OYIA 3OYKA 4OVLA 1LAVA 3DLGA 4DU1A 1DTTA 1HYVA 4CEBA 1WSEA 4FJKA 3AVHA 1RDBA 3RMBA 3C6TA 1X1PA 2D5RA 4DFPA 4DQRA 1NKEA 2OYQA 3O4NA 4K8ZA 1TGOA 3LAKA 2HVHA 4CJLA 4FLYA 3VQ9A 4FCYA 3NF7A 3PO5A 4W5TA 3HP6A 4EZ9A 4O55A 1Z26A 3KJVA 1RT7A 1SKRA 4M3WA 1B9DA 4FJNA 2BGGA 1S6PA 3T19A 3AVAA 3MXIA 1X9MA 1KCFA 4RW8A 1BI4A 4HHTA 4LSLA 3HPHA 3SYZA 2X6SA 4IDKA 5CZ1A 4FZZA 3QEPA 1LV5A 2G8FA 2XY7A 4FK4A 3VQDA 3EYZA 1VSMA 3TAEA 1N5YA 4FLWA 1JLQA 3K5OA 4CCHA 5KRTA 1TVRA 5HLFA 1CLQA 3TARA 4KTWA 3L2WA 2ZD1A 4B9VA 3TAMA 2Z1GA 2QKKA 2OZMA 1GOBA 4W5OA 2HMIA 4OJRA 3H08A 1U04A 1NK8A 2PY5A 3HO1A 1IKWA 3IS9A 4CFAA 1TV6A 1Q9XA 1RILA 4IKFA 2ZE2A 3BGRA 1A5WA 3L8BA 4E0DA 4F2SA 4FJJA 4DTRA 4CESA 4FLZA 4Z4FA 1DTQA 3SQ1A 2G8VA 4Z4CA 3TAPA 3VQPA 3TAGA 3DOLA 1BCOA 3VQ6A 3U6FA 1J5OA 3RWUA 4M3TA 2HHXA 4J2DA 1W0HA 1C1BA 4DQSA 4M3XA 3AA3A 4KREA 3LP3A 4CJSA 4H8KA 2XY8A 1TK5A 2ETJA 1NK9A 2KQ2A 4CHPA 3KK3A 1Q8IA 1DLOA 4L8RB 4HCCA 3RMAA 4CHOA 3NHGA 1LW0A 4DFKA 4DLGA 4YNQA 4HCBA 1T03A 4CFBA 3V9WA 1NKBA 4B3OA 1FK9A 2WONA 3KKSA 4OGCA 5CY4A 1LWFA 2GV9A 4LH5A 4DG1A 1XHXA 4E1MA 2OPQA 3OYMA 3KLFA 2KFNA 1RBVA 3NF6A 3MEGA 4CE9A 4FJMA 3OYAA 4I2PA 4CGHA 4CJTA 3HJFA 4GMJB 1L5UA 3AVMA 3HXMA 4BACA 3LPTA 1QE1A 1VSEA 3OVNA 4ZTFA 4B9UA 1WN7A 4FJHA 4KPYA 5DMRA 2F8SA 4LY7A 4DSKA 1I39A 3HM9A 1D5AA 5J1EA 2YNFA 1ASUA 5FROA 4KHWA 3OYLA 4N5SA 3LP2A 1VSHA 1NJZA 2Y1IA 3OYNA 3DLBA 1HQEA 4G1QA 1T8EA 1FXXA 4E7JA 4ID1A 1HNIA 1EX4A 4FLXA 1NK5A 4I9LA 1G15A 2X74A 1BGXT 3DRSA 4CIGA 1KTQA 1ITGA 4F8RA 3PX4A 2VG6A 3ZSOA 5J2QA 3VA0A 4CIFA 4C8NA 3VQ4A 2ZQBA 5EU7A 3PY8A 3VQCA 4PY5A 2HHVA 3F73A 3LZIA 4E1NA 4O0JA 4ELUA 1KLNA 1JL2A 3PX6A 4Q0BA 3QIPA 4RG8A 2IAJA 3THVA 3DM2A 2NUBA 4AHVA 4I9QA 3E01A 4AHRA 4FJ9A 5E41A 3RRHA 4NCAA 2KFZA 4W5NA 1NK4A 1WLJA 3WNFA 3MXJA 4BWMA 4O0IA 3U3YA 2G8UA 3DRRA 3M8PA 1RTDA 4O5BA 2G8IA 3ULDA 5CZ2A 2KZZA 2HHUA 3KLIA 2IOCA 1GOAA 4BDZA 3QEVA 4KHQA 3DOKA 3AVIA 4CGFA 1S5JA 5KGXA 3QEXA 5HP1A 1VSDA 2YHAA 1RT4A 3VA3A 1NJYA 5C42A 1NJXA 4AHSA 2F96A 4QOZB 1RBUA 3JSMA 2Q3SA 3DYAA 3ITHA 3K58A 4JS5A 3VQQA 1JLAA 4C8KA 1B9FA 1VSLA 1WNSA 4OPKA 3KLGA 2OA8A 1IKVA 3C6UA 2QK9A 4E89A 1D9FA 4DTSA 1KRPA 2D0CA 1F21A 3HPGA 3LZJA 2HNYA 3NFAA 3TABA 1BIZA 2W42A 4C8LA 1BI4B 2KZMA 1UAXA 4FK0A 3QEIA 3SQ2A 1TL3A 3NDKA 4BE2A 2VG7A 4PUOA 3K57A 1YTUA 1A5XA 2YV0X 1JLCA 3WNHA 3C95A 1O1WA 4FJ7A 4DQIA 1HMVA 1RBTA 4CF0A 1S1WA 3SPYA 3QINA 4CHYA 1J54A 4F3TA 4C8OA 4CJQA 5FRMA 1TKXA 4KI4A 1BL3A 1BQNA 1JLBA 3NF8A 4Z4HA 5SWMA 1RBSA 2P51A 1UA1A 5J2NA 2DY4A 4WE1A 5JS2A 3CYMA 3AVBA 4O4GA 3AVNA 3SZ2A 4Y1DA 5J2MA 1ZBLA 4DSFA 3VQ8A 3K59A 4TSXA 3VQEA 4DSEA 2B4JA 2YHBA 3RMDA 4M3YA 4OPJA 4GW6A 3AO5A 4KV8A 3HP9A 2FBYA 3AVLA 1RT5A 3DLKA 3LWLA 2HNZA 4DF4A 4KFBA 1U48A 3PO4A 3HL8A 4ZHRA 4M41A 2D0AA 3KTQA 4KB1A 1SV5A 3P83D 1EP4A 4CEQA 3OJUA 1IG9A 4KHYA 5KTQA 4DFMA 3QIOA 5HBMA 4J2BA 4I7FA 2ITGA 3VN5A 3LPUA 3LDSA 1NKCA 4CK2A 4KTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRDA 3J7YP 4IO8A 2GELA 4H0OA 4B9SA 3DLRA 5AZJB 3SV3A 1JL1A 2VWBA 5M1NA 3IFRA 2KKZA 3ZSZA 4FWLA 1J53A 3L2RA 4HTUA 4FW2A 4E7HA 1CZAN 4FWPA 4B1ZA 4CFDA 2G8HA 3SMPA 2YHYA 2F9WA 1GLDG 5GAGP 4IFYA 3ZLJA 3UIQA 5AQHA 4F9OA 3KK7A 5C24A 1LCUA 4DFJA 4CW7B 1RTIA 3ZX0A 2CGLA 2QWOA 5GINA 3CCVN 3VQ5A 4IJNA 5CYQA 3HPOA 5HRNA 3CXCM 4B9LA 4BRHA 3V1QA 1TAQA 4QAGA 4FZYA 3RR7A 5D3GA 4DSIA 1HQUA 1ZBUA 1QSYA 1IKYA 2A41A 1FKPA 3E9OA 4B1VA 4CEZA 2PZSA 4DTMA 3HZ6A 4IOXA 1EO1A 2HW3A 4UQGA 3AARA 3O9RA 2KW4A 2VWKA 3MN7A 1RT2A 2HF3A 4C8MA 3HRGA 3VEVA 3M3ZA 3WNGA 3OYGA 3O1BA 5HRSA 3AVGA 1DEJA 3EE9A 1RDDA 3H6EA 1WSJA 4CGIA 3AO3A 3L2VA 3M6GA 3TU5A 4OKJA 4AHUA 1KVCA 4NCGA 4FO0A 3QERA 2W40A 4BDYA 3DXKA 1Y97A 3AVFA 3WXJA 4DS5A 3TANA 4O8KA 4N76A 4LFBK 5FRNA 3BZCA 4FJLA 4OLAA 3CI5A 4CHZA 3KLHA 4CF9A 2XY6A 3SAHA 4QCLA 1Q86O 3D45A 4JYAK 1NMNA 4HUEA 4LFAK 4AF1A 1SKSA 3QESA 3WT0A 1X3MA 4FM2A 3DI6A 1KAZA 5FDLA 2LSNA 4BC4A 4CGDA 1N8RO 4M3RA 3CCJN 1SL1A 3I0SA 4FJ8A 2B6AA 2PYLA 2O4GA 3G71N 3WXIA 4IBNA 4NXNK 1UWBA 1NGDA 1RBRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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