4IZ9A

Crystal structure of an acetate kinase from mycobacterium avium bound to an unknown acid-apcpp conjugate and manganese
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
383
structure length
381
Chain Sequence
b'DGARRVLVINSGSSSLKFQLVDPESGVAASTGIVERIGESPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALLGIEVARRLLPGIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSVVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLPGAKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Acetate kinase
publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium avium
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 381
sequence length 383
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2013-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A02
1U2VB 2UYTA 3A5NC 4HTLA 3KVGA 3ULEA 4EIAA 2WUSA 3IFRA 4L3QA 3BP8A 2P9PB 1SAZA 1NLVA 5EXWA 3VOVA 4BRHA 3R8EA 2QWRA 3MDQA 5JLHA 5AR0A 3KZBA 3WXJA 2F9WA 3VEXA 2FSKA 3O8MA 3BUZB 3WT0A 3KHYA 3DXMA 4E1JA 4KBOA 4LC9B 3IUCA 3LDLA 3LM2A 4A62A 3AAPA 1SZ2A 2DPNA 2P9LA 1NMDA 5AZJA 3D2EA 2YJEA 4BRPA 4BR7A 1GLCG 4FWSA 4DHYA 5FPNA 5F2RA 3GG4A 3FFKB 5AQPA 1ZBSA 3CETA 4BG8A 3B8AX 3U9ZA 2HMPA 3D2FA 2AP1A 3QFUA 3U8XA 3C7NB 3I8BA 5EVZA 1T44A 1U6ZA 2Q2RA 5BREA 4CZJA 2QM1A 1HKCA 5F0XA 1JCFA 3O6WA 1E4FT 2Q0UA 3AARA 3UB5A 2ASMA 2CH5A 4IJAA 5EX5A 4BRFA 5AFUA 2ITMA 1XUPO 2CH6A 1HKGA 2P9UB 4JD2B 1NGGA 2FXUA 5AQJA 5AQRA 4A2AA 4BC5A 4BRGA 3GL1A 3WQTA 2OANA 3CJ1A 1Q18A 4WQ5C 2E88A 3VENA 3H1QA 1BUPA 4CZMA 4FOEA 3ZEUB 5KPRA 4BVPA 1MWMA 4BROA 4YDUC 4H5TA 3AY9A 4A61A 3H6EA 4IXCA 5AQSA 3SLCA 2PAVA 4CZFA 2GWJA 3BEXA 1S22A 1G99A 1ZXOA 2P9IB 3IDHA 5TKYA 1D4XA 1YUWA 3SMPA 4CI6A 3FZMA 1TUUA 5ADXH 1SQKA 3F9MA 3QDKA 5LJVA 5LJWA 3CJBA 1RFQA 3JS6A 3ATVA 4FWRA 2HF3A 2E8AA 4WQ4A 5AQFA 4BGBA 5AQUA 1Y64A 2W40A 3CJCA 4BC4A 3H3NO 1P8ZA 2D0PA 2ASOA 5AQZA 4RTFD 3ATUA 3MMVA 3S41A 4PKIA 2E2PA 2FF3B 2P9KA 1GLBG 1NGFA 2D0OA 3O08A 4BRLA 1KAYA 1YAGA 5KPZA 1V4TA 4M7XA 3WXKA 1GLJO 4JHDA 5BN9A 4F9OA 3LDOA 5KQ8A 3FE1A 3HTVA 2I7NA 5BRHA 5AQIA 1T6DA 3D7EO 3GDQA 4BRAA 1GLLO 3VEVA 2J4RA 2GELA 4FWNA 5AQQA 5AQWA 3UKUB 4O5FA 3VEZA 4XH4A 4BR9A 5FPEA 4CBXA 2VWBA 3HSCA 1GLDG 4FWLA 1C0GA 2P9SA 1QQMA 4H0TB 3W0LA 4ISGA 4B1WB 1RDWX 3O5BA 2A42A 2NLXA 4H0PA 4BR0A 2P9NB 2Q36A 1X3MA 3CJ7A 3MK6A 5AQKA 4BVOA 4FWOA 4BGAA 3ZX3A 4BRIA 1BA0A 3WEEA 3MCPA 3VEYA 3O1WA 3FR0A 4PKHA 5AQVA 5BRFA 2Q97A 1BG3A 4B1UB 4H5NA 4HWIA 4M63C 4K25A 5EY4A 4GY2B 4CZHA 4XH1A 1HX1A 2E2NA 3H3OB 4EHTA 3IMXA 4I6MA 3CHWA 5AQYA 1LCUA 2P9PA 3QFPA 4QS7A 4Y0WA 1JCEA 4BR5A 2YHWA 3H45C 5FPMA 2E1ZA 4MO5A 1QHAA 4JN4A 4EHUA 3DAWA 4PL7A 4PKGA 4B1XB 3LDNA 5ELZA 4XEIA 3CERA 2D1KA 3DXKA 3ENOA 3LM9A 2E2OA 3CJ9A 2GEMA 4RCHA 5EOYA 5AQTA 3H1VX 3ZETB 5BR9A 4H0XB 2QWPA 2QWNA 3JXUA 5B8HA 1IG8A 1HKBA 2F9TA 5KPTA 1BWFO 2E2QA 3FLCO 3A5MC 3BF1A 1NGEA 3L0QA 3UE5A 5BPMA 3ID8A 1J6ZA 1CZAN 1WUAA 4FO0A 3L4IA 1QZ6A 4FPBA 3MN9A 2YHXA 2BUPA 3FZLA 5AZIB 1ESVA 2AA4A 2FLOA 4NO7A 2HF4A 3BF3A 2CGLA 3GOIA 4DQ8A 1K8KA 3VGMA 3A8YA 2V7ZA 2VCPA 3I33A 4WQ5A 3UKRB 4BRKA 4CD3A 3O80A 4RWTA 4CZEA 1YXQA 1RGIA 3G25A 3VEWA 4BRNA 4JD2A 3CQXA 3AAQA 1JCGA 4YDUA 2QWLA 2VYPA 3WXIA 1HLUA 1HJOA 3QMLA 5AQGA 2PBDA 1QZ5A 1T6CA 1S3XA 2QXLA 3QB0A 5AFUH 2NZTA 5CE3A 3RSEA 3EN9A 3GE1A 2P9IA 1ATSA 1V4SA 5BPNA 1NGCA 1QQNA 1BA1A 1NGHA 3VGKA 1KXPA 2A5XA 1GLAG 4H5RA 3LDQA 4BC3A 4BRCA 2Q31A 5AQMA 2A41A 2NRHA 4BQZA 4CJ7A 4BQLA 3R6MA 4B1YB 4BRQA 3EO3A 1TUYA 3VF2A 4FWKA 1MA9B 1TYQA 1NWKA 2P9SB 3FZKA 4K42A 1NGAA 1H1VA 5AQHA 3ULEB 4XH5A 4H03B 1E4GT 4J8FA 1C0FA 1X9JA 3FGUA 1Z6RA 1NBWA 2A3ZA 1NGIA 1GLFO 2ZGYA 4B9QA 4H0YB 3SMSA 3U9DA 2Q1NA 4FSVA 4FPAA 1MWKA 2V7YA 3OHRA 1WOQA 3M3ZA 3CJAA 2A40A 2QW9A 2V52B 5JLFA 4AM6A 4M7YA 5JMVA 3DXMB 2H3GX 3H46O 3UKUA 2P9LB 3HM8A 3O1BA 5AZJB 3D2EB 1NGDA 1U2VA 1BU6O 3VPZA 3HI0A 4CBWA 4JAXA 5AQLA 1OKJA 2IVOA 2YHYA 4I6MB 4ISFA 3L6QA 3QBWA 4O8KA 4BRMA 1XQSC 3D2FB 3DWLA 3ZX2A 2P9NA 5FPDA 5KQDA 2E1YA 3EKUA 2FSNA 4QS8A 1X3NA 1BOTO 3A0IX 4MO4A 5BRDA 3ZX0A 3O4WA 3MN7A 4CZGA 5LY3A 3DXKB 3U4LA 4BG9A 4K41A 3CIPA 3EL2A 1HPMA 4EAHD 3VF4A 3CQYA 3GBTA 2ASPA 3QBXA 3M1FA 3M6GA 3EZWA 2A6AA 4B1ZA 5AQNA 3VEOA 5E84A 4AM7A 4Z94A 5BN8A 4DB3A 1YVNA 5AQXA 5F1XA 5ADXA 2EWSA 3A5OC 4A2BA 5JICA 1DGKN 3DJCA 3VGLA 5I9EB 5BPLA 1KAZA 2QWQA 3C7NA 3HBTA 4WYBA 3J8AA 3VF6A 4CD1A 1R59O 3C0BA 1EQYA 3TPQA 1K8KB 1BO5O 1ATNA 4CZIA 3ZETA 3VERA 1KAXA 2Q0RA 3FZHA 4CZLA 4BC2A 2BTFA 4GNIA 1DEJA 2GWKA 2P9UA 3WUHA 2E20A 4MLEA 3R9PA 2YI1A 3WXLA 4FWQA 4BR2A 2ZF5O 3ZEUA 3MN6A 2D4WA 2KHOA 1Z05A 4WQ4C 1MDUB 5AZIA 3RSEB 4MLHA 1QQOA 2IVPA 4PL8A 3VESA 4CBUA 3FZFA 4IJNA 4C23A 3QICA 2YJFA 4H0VB 2P9KB 3UKRA 2W41A 1NGJA 4QS9A 2IIRA 4JNEA 3MN5A 3WQUA 1NGBA 3TU5A 4CZKA 5E26A 4IWVA 4JHDB 2FSJA 2V51B 2QWOA 3ENHA 3VETA 4IO8A 4DCHA 4FWMA 3LL3A 4FOIA 4ISEA 3SK3A 2CGKA 1NM1A 4BRDA 4K43A 1DKGD 1HUXA 3W3DA 1TYQB 1BDGA 3EKSA 3CI5A 4EFHA 2ZGZA 3SJHA 3P4IA 2ZWHA 4H5WA 2YCHA 1LOTB 4H5VA 4NB4A 2GTDA 2QWMA 4FL9A 4BREA 4B1VA 2I7PA 1ZC6A 1IJJA 2CGJA 4H0OA 4FWPA 3LDPA 1ATRA 1XC3A 2HOEA 3WEEB 2GUPA 4IZ9A 3HZ6A 4BR4A 2IVNA 2FF6A 5AQOA 1GLEG 3A5LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFJA 2UYTA 4JLHA 1N5YA 3A5NC 3K9KA 4WFBL 1S9GA 4L3QA 3BP8A 3VOVA 3AVJA 3R8EA 1U4BA 1TAQA 2A1SA 4DTNA 1M90O 1RBRA 3KK2A 4GKJK 5AR0A 2O8EA 3WXJA 4CJ4A 3WT0A 1IH7A 4DTUA 3LM2A 4A62A 3D2EA 4H4OA 4BRPA 5HRPA 2YNIA 4CEEA 1GLCG 2GV9A 3VMFB 3OYJA 4MDBA 3GG4A 3CPWM 3C7NB 1VSDA 3AGRA 1JJ2M 2F8SA 1T44A 1TAUA 2QM1A 3J80O 4YOYA 3OTOK 3RMCA 1VSFA 4N5SA 5AFUA 2P5OA 1KLMA 3V81A 1S9EA 2GUIA 1HKGA 4Y1DA 3WQTA 4DV7K 1FW6A 5JVHL 3V9UA 4E0DA 4DF8A 2HHWA 4YDUC 1LW2A 4A61A 2GWJA 4KHWA 2QEXN 1ZBLA 4AHSA 4CF8A 3BEXA 4NXMK 3R1XA 3IDHA 1S1UA 3L2QA 1LWFA 1VSHA 4CI6A 4CJVA 1TUUA 3QDKA 3PIPL 1YJWN 5LJWA 2OTJN 3Q7BA 1WSHA 1RFQA 3ATVA 4JK8A 4CERA 3E01A 2ZJQL 3OS2A 4UQGA 2VG7A 2W40A 3AVHA 2PYJA 1TKXA 5AQZA 5SZTA 1C1CA 3S3NA 1JLQA 3H08A 3KKSA 4A59A 3MMVA 2YNGA 4CHQA 4X66K 3QERA 4PKIA 2E2PA 2YHBA 4OX9K 1VQ9N 1IO2A 2Z1JA 1ASWA 4E1MA 3CG7A 4K8XA 3WXKA 5LL6Z 4JHDA 2BE2A 5BN9A 3NVKA 3LDOA 1NG9A 3MECA 1JLEA 5C24A 4BRAA 4DV1K 4PY5A 1LW0A 3UKUB 3QNOA 2RHKA 3J7AP 3KKRA 4CBXA 1GLDG 2P9SA 4H0TB 4IFVA 5TKWA 4EZ6A 4DMNA 4M3XA 1TK8A 1M1KO 2WC9A 2HHQA 2Q36A 1XMQK 1RTIA 2Z1HA 5AQKA 4BVOA 3K59A 1Q86O 4FWOA 1NKBA 4I9LA 3MCPA 3VEYA 3O1WA 2E6LA 5M1KA 4YORA 1BG3A 4B1UB 3CQ8A 5LMUK 3DLLL 1I39A 3LWMA 1VQMN 3HM9A 4JI7K 1NJXA 4LF9K 3EZ5A 2YKMA 4B3TK 1SUQA 4B8CA 4Y0WA 3VQCA 4BR5A 4GMJB 5HRNA 4MO5A 2WOMA 4PL7A 4DU3A 5LMNK 4JS5A 4FW1A 5J2NA 3O9QA 3DXKA 2ATQA 3ENOA 1W0HA 3JAMO 1D9FA 4Z4FA 1XNQK 5AQTA 5BR9A 1HYSA 2O8FA 4H0XB 3J7YP 3DRSA 2QWNA 1HKBA 2F9TA 5KPTA 3DLEA 2E2QA 4FJ7A 4GW6A 4DSLA 1SL2A 2YKNA 3L0QA 4FYDA 4X62K 2O4GA 5BPMA 4CW7B 1WUAA 5J2PA 3NH0A 4DV0K 4B9LA 5GADP 3P5JA 4HUGA 2BUPA 5AZIB 3C6UA 4HUFA 1VQKN 4ILGB 3GOIA 4LF6K 2V7ZA 2P51A 3EE8A 3M8QA 1UOCA 3O80A 4ZTFA 4KREA 1RGIA 1RCHA 2NRRA 4AHRA 3VEWA 3SQ0A 4BRNA 2YV0X 3AAQA 1JCGA 1RT3A 3L3VA 4KHSA 4B3RK 1EX4A 3QIPA 3MCAB 3S3MA 3DLKA 3PIOL 4CGIA 3KD5E 4KH5A 4LF8K 2VGNA 3LP0A 4DSJA 1IKWA 5C42A 5AFUH 3HT3A 3SYZA 5CE3A 3GE1A 1C1BA 2HBMA 3VQ8A 5A2QO 1KRPA 4CF0A 4B9SA 5BPNA 1NGCA 4I7FA 4IBNA 1KXPA 2KFZA 1NU0A 2Q31A 4KHYA 3DI6A 4B1YB 2WONA 4M45A 1SKSA 2QKKA 4OO1J 1EXQA 4TSXA 3VQQA 3ZCMA 4CJ3A 4BWJA 1BQMA 1NWKA 4B08A 5AQHA 3PX0A 2RPIA 1WBDA 3KLHA 3NGYA 4H03B 3SUPA 1E4GT 4J8FA 1C0FA 3AO2A 3QEIA 3SMSA 3AGKA 4FPAA 1BI4B 1BIUA 3MWPA 4AF1A 2V7YA 4ELVA 3CJAA 2HHHK 5JLFA 4O4GA 2HB5A 3DXMB 3DMJA 2XY8A 4M41A 3CC4N 5J1EA 4CECA 3HP6A 1YF5L 3O1BA 5AZJB 5C15A 3OYAA 1U2VA 4PUOA 2W6LA 3VPZA 2RN2A 1OKJA 5KGXA 2DY4A 1RT5A 3D2FB 2P9NA 1SL1A 4UY8O 1NK7A 5BRDA 3T3FA 3O4WA 1J53A 5LY3A 1VQNN 1SKRA 4K41A 3VF4A 3CXCM 5FRMA 2OPRA 3QBXA 2A6AA 4FJXA 1CXUA 3CYMA 3PX6A 4BE2A 2DFEA 4CEDA 1Z25A 3SV4A 4C8OA 3KK3A 4KHUA 1DGKN 4W5RA 3DJCA 1WB9A 2QWQA 4OJRA 4O8UA 4JV5K 1A5VA 3MXIA 4ZHRA 4G1QA 4JKGB 3PO4A 4ID1A 3TPQA 1ATNA 1ZBIA 1KAXA 3FZHA 5DM7L 3MWTA 4BC2A 4CZLA 2AJQA 1GOCA 3QINA 1SS6A 4MLEA 1VSJA 3P1GA 3TTDA 5H1SQ 3TAFA 4N41A 3MEDA 1RBTA 2Q3SA 4KB1A 4IEEA 4E89A 2HHUA 3FFIA 4GVEA 1QQOA 1HNIA 2IVPA 5HL7L 4I9QA 3HL8A 3THWB 4IJNA 5GINA 4C23A 3QICA 4H0VB 3NGIA 2P9KB 3UKRA 1Q9XA 3CCEN 4DFPA 4YOTA 4A5AA 4DTOA 1U47A 1J5EK 1VQ4N 1RT1A 1U04A 3WQUA 4X65K 1X9SA 4IWVA 2V51B 2QWOA 1L3SA 1EP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DV2 K;  1R59 O;  3C0B A;  4LFB K;  1EQY A;  4CZI A;  1TK0 A;  2BTF A;  5FDL A;  1RNH A;  3IAY A;  3K5M A;  3AVA A;  3WUH A;  1HRH A;  1UAX A;  2YI1 A;  4GV3 A;  4BR2 A;  4IG3 A;  3MN6 A;  4FLU A;  4DLE A;  3BZK A;  3RSE B;  3DLR A;  3E1Y A;  3HP9 A;  3VES A;  3FZF A;  4DTR A;  3TAN A;  4HCC A;  4CGJ A;  3I55 N;  3VTH A;  2W41 A;  3O9U A;  4QS9 A;  3DLH A;  3CCV N;  1DTT A;  1KFD A;  2E5L K;  3PSF A;  2HW3 A;  3VET A;  4IOA L;  4B3S K;  4LSN A;  4DCH A;  4FWM A;  1XNR K;  4FOI A;  4DSE A;  3VA0 A;  4F3O A;  3VQB A;  2CGK A;  2B5J A;  4WFA L;  4K43 A;  3ZSO A;  1HUX A;  4XIU A;  4CHP A;  3F2K A;  4DSI A;  2HNZ A;  3KWI A;  4EFH A;  3OJS A;  2HHX A;  3AVM A;  3P4I A;  4H5W A;  2P5G A;  4LFA K;  1JLB A;  2X78 A;  4IOX A;  4RW4 A;  2CGJ A;  2UUA K;  3WEE B;  2GUP A;  5HRO A;  2G8I A;  5GIP A;  4J2A A;  1QSL A;  4W5O A;  1GLE G;  1N32 K;  3A5L C;  4OKK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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