4IZ9A

Crystal structure of an acetate kinase from mycobacterium avium bound to an unknown acid-apcpp conjugate and manganese
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
383
structure length
381
Chain Sequence
DGARRVLVINSGSSSLKFQLVDPESGVAASTGIVERIGESPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALLGIEVARRLLPGIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSVVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLPGAKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium avium
molecule tags Transferase
molecule keywords Acetate kinase
total genus 135
structure length 381
sequence length 383
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2013-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A02
4EIAA 4FWKA 1KXPA 4H5WA 1NGFA 4H0VB 4BGAA 3ZEUB 2A6AA 4DCHA 4BR0A 1JCFA 1MWMA 4MLEA 1NLVA 1NGIA 1TYQB 2E2QA 2P9IB 2GWKA 3WXJA 1ZC6A 2GEMA 3VESA 2Q36A 3H6EA 4B1XB 4H5NA 3UKRB 5JICA 2P9LA 2PAVA 4WQ4A 4CZIA 1S22A 4GNIA 3CHWA 3CJAA 2YCHA 4YDUA 3VETA 2W41A 5ELZA 3EZWA 3ULEB 3D7EO 3BF3A 3WXKA 4NB4A 4FWOA 4E1JA 1D4XA 5KQ8A 2Q0RA 4BRIA 4C23A 2QWOA 2P9PA 5LJVA 2FSJA 4H5TA 4BRNA 4BVOA 5AQKA 3D2EB 2D0PA 3UKUA 4J8FA 3UB5A 2YJEA 4FL9A 5AQWA 2ITMA 3KZBA 4BRFA 4FWNA 2QWPA 1NGEA 2BUPA 2YI1A 3ATUA 1RFQA 3DJCA 3VGLA 3IMXA 1V4TA 2P9NA 3H1QA 2J4RA 4NO7A 1P8ZA 2ZGZA 3F9MA 4QS7A 1DKGD 3A5LC 3FZMA 3ATVA 1QHAA 2ZWHA 4AM7A 2VYPA 4CBWA 2W40A 1TUYA 3I33A 1BU6O 1H1VA 1XQSC 2QXLA 5AQXA 4Y0WA 5AQNA 3BUZB 3GG4A 3CJ9A 1SZ2A 1NGJA 4B1WB 4CD1A 2DPNA 2FSNA 3D2EA 2HF3A 3CERA 3CJ1A 4L3QA 5TKYA 4CZFA 4Z94A 3ZEUA 3HTVA 3CJBA 1HPMA 2V7ZA 3M6GA 2ASOA 3GE1A 3MCPA 2E2NA 4CZJA 3VPZA 5ADXA 5AQIA 3VOVA 1Q18A 5AQTA 2CH6A 4RWTA 5CE3A 1YUWA 5FPEA 4IJAA 1XUPO 1QQNA 4MLHA 1HX1A 3H46O 3QFPA 4WYBA 1BO5O 1QQOA 2ASMA 3GL1A 3O5BA 2IIRA 3IDHA 3C7NA 4HTLA 1BUPA 4B1ZA 4CI6A 5BR9A 4A2AA 3QICA 4PKGA 2P9PB 1RGIA 2A40A 2WUSA 3FZLA 3JXUA 4BRCA 5AQGA 3RSEB 3VF4A 1GLBG 5JMVA 3SMPA 2FF6A 4M63C 2VCPA 1GLJO 4CZKA 1E4GT 3CI5A 3IFRA 3AY9A 3LDNA 3ENOA 4BC2A 2GUPA 4BRGA 4BG9A 1Z6RA 3DXKA 5BRDA 4BQLA 1NGBA 3MMVA 3WEEA 4MO5A 4WQ5C 5AQOA 3FFKB 2KHOA 3U8XA 4BR4A 4JNEA 3DXKB 4BRMA 1NGGA 3FR0A 5AQMA 3P4IA 3SMSA 3B8AX 3RSEA 3ID8A 4WQ4C 1HKCA 3MDQA 4WQ5A 3BP8A 5KPTA 4M7YA 2ZF5O 4K43A 3ZETA 4CZGA 2GELA 4JD2B 5AZJB 3U9ZA 4ISGA 3VF2A 2F9WA 3HM8A 3BF1A 2QWMA 2V52B 1E4FT 1WOQA 3C7NB 3S41A 3ZX0A 2CGJA 5E84A 1NGHA 4FO0A 4XH5A 4K41A 5EXWA 1WUAA 1J6ZA 2YJFA 5EX5A 5AQJA 1T6DA 4K25A 2YHYA 4FWQA 4IO8A 3KVGA 1SAZA 1IG8A 1BA0A 2F9TA 2FXUA 3QDKA 1GLDG 1YVNA 4BR2A 4FPBA 1NWKA 3SK3A 2IVNA 4CZHA 2I7NA 2AA4A 3DXMA 3H3NO 4CZMA 4BRQA 5AZJA 1MA9B 5AQSA 3LDLA 1NMDA 3O8MA 5AQQA 3J8AA 3MK6A 3CETA 2E2PA 4BROA 4BC5A 2E20A 3R6MA 3U9DA 5AFUA 3G25A 3HI0A 3DAWA 2FF3B 5BRFA 4IXCA 3H3OB 3WXLA 3WUHA 4JHDA 3R9PA 1EQYA 4B1YB 1BG3A 2YHWA 4B1UB 1TUUA 2IVPA 3FLCO 5F1XA 2P9KA 4FWMA 4AM6A 1RDWX 3A0IX 4M7XA 5AQPA 1Z05A 1NGDA 2D1KA 5AQFA 4JN4A 2PBDA 4CBXA 1OKJA 2AP1A 3L4IA 4QS9A 4H0YB 4DQ8A 2FLOA 4KBOA 4I6MA 2UYTA 2P9KB 3VEXA 1HKBA 3D2FA 1GLAG 3DWLA 2E1YA 3VF6A 2E2OA 2Q31A 1BWFO 5AZIA 4CJ7A 4BR5A 4I6MB 2P9LB 4FOIA 4FWPA 2P9NB 1KAZA 5KPZA 3H45C 1X3NA 2A5XA 5E26A 4JD2A 4CD3A 1ESVA 3UKRA 4A61A 3VEYA 3A8YA 3FZKA 4H0TB 4RCHA 4XH4A 3ZX3A 1QZ6A 4F9OA 5LJWA 3A5NC 3U4LA 5ADXH 3ULEA 2GWJA 4H0OA 1K8KA 4PKIA 3I8BA 5AQHA 4EFHA 3L6QA 2CH5A 2HF4A 2OANA 3WQUA 3VERA 1Y64A 4CBUA 3FZHA 1T6CA 2V51B 3EO3A 4EAHD 3MN7A 2Q2RA 2E88A 4BREA 2BTFA 3A5MC 5AFUH 4FWRA 4ISFA 3TPQA 4IJNA 3O4WA 2YHXA 4BC3A 1LCUA 2H3GX 1ATSA 4HWIA 5AR0A 4DB3A 1C0GA 3HZ6A 2Q0UA 4A62A 4BR9A 2D4WA 2QWRA 2QWQA 3KHYA 3WXIA 4DHYA 5BN9A 1X9JA 2A3ZA 1YAGA 3VGMA 4IZ9A 4BVPA 2NRHA 5LY3A 5AZIB 4BRLA 2QWNA 1HLUA 4XH1A 5BPMA 1U2VA 2NZTA 4JHDB 5EVZA 2V7YA 3W3DA 1SQKA 3WEEB 1XC3A 4CZEA 3IUCA 3LDQA 2P9IA 3M1FA 2FSKA 3UE5A 3O6WA 2VWBA 1BOTO 3EKUA 3O1BA 2HMPA 1DGKN 2E1ZA 2P9UB 3VENA 4BR7A 3HBTA 2CGKA 1KAXA 3CIPA 3UKUB 3AAQA 3SJHA 3QB0A 4LC9B 4H5VA 1GLEG 1QZ5A 5BN8A 3EKSA 3MN9A 1MWKA 3DXMB 3O1WA 5BRHA 3VGKA 5B8HA 3GBTA 3SLCA 5FPNA 2A42A 4K42A 2NLXA 2P9SB 4A2BA 1GLCG 5I9EB 4ISEA 3LDOA 5BPLA 4GY2B 1U2VB 3LL3A 5FPDA 1GLFO 4PKHA 1JCEA 4BRAA 1K8KB 4CZLA 3HSCA 3A5OC 2IVOA 2Q97A 4QS8A 1JCGA 3LDPA 1HKGA 1GLLO 1V4SA 4BQZA 1BA1A 3ENHA 1NGCA 4H0PA 3TU5A 3GDQA 3QFUA 4JAXA 5KQDA 1ZXOA 4EHUA 1X3MA 3O80A 4O5FA 3VEWA 3MN6A 1G99A 4BRHA 1DEJA 2CGLA 2D0OA 5JLFA 4B1VA 1IJJA 4FPAA 3CJ7A 1ATRA 3D2FB 4FWLA 5BREA 3R8EA 3EL2A 4BRPA 4O8KA 3WT0A 2I7PA 3CQXA 5F2RA 1U6ZA 5AQYA 3AARA 4B9QA 1CZAN 2GTDA 1NM1A 2Q1NA 3ZETB 4EHTA 5F0XA 1TYQA 3M3ZA 3CQYA 2QM1A 5AQZA 1ZBSA 3O08A 1ATNA 2E8AA 3QMLA 1R59O 3ZX2A 4BRKA 4YDUC 1S3XA 3CJCA 4PL8A 1NGAA 3FZFA 1HUXA 3WQTA 4PL7A 4BG8A 2QWLA 3BEXA 5EOYA 1LOTB 2EWSA 4BC4A 3FGUA 4RTFD 2HOEA 1HJOA 3JS6A 3OHRA 3H1VX 2A41A 1BDGA 1T44A 3VEZA 1C0FA 3VEOA 2P9SA 4H0XB 4FOEA 4MO4A 2ZGYA 3GOIA 2ASPA 3MN5A 1MDUB 5EY4A 4BRDA 3VEVA 4FSVA 4BGBA 4IWVA 1QQMA 1KAYA 1NBWA 5AQUA 3LM2A 5AQVA 5KPRA 1YXQA 3L0QA 3QBXA 5JLHA 4FWSA 3W0LA 2P9UA 3C0BA 5AQLA 4XEIA 5FPMA 3EN9A 3QBWA 5AQRA 4H03B 3AAPA 2QW9A 3LM9A 4H5RA 3FE1A 5BPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EIAA 4DWIA 2GV9A 3HOTA 1KXPA 1NGFA 4CHQA 4H0VB 5C2FA 3EYZA 3LP2A 1S1UA 3G4SN 1RT2A 1KD1O 3CCJN 4DU3A 1BQMA 2P9IB 3LZIA 1WNSA 1NJZA 1ZC6A 3CCEN 4HUFA 3AVJA 3UKRB 5JICA 2P9LA 4WQ4A 5SWMA 4KO0A 1VSIA 1OH8A 5C25A 4CJSA 4GNIA 3CHWA 3CJAA 4YDUA 2D5RA 1A5WA 2W41A 4W5TA 5ELZA 2QEXN 5KRTA 3ULEB 2OPSA 4Y1DA 3WXKA 1HYSA 4BY9C 1L3TA 4E1JA 1NJYA 3SNNA 3THVA 3Q7BA 3CG7A 4OPKA 2KKZA 3SUOA 1NKBA 1VQ7N 3P31A 3V9XA 4BRNA 3D2EB 3SBTA 4JI4K 2YJEA 3PUFA 4NYNA 1HYVA 5AQWA 2ITMA 3TSUA 3ZSWA 4DV7K 4FWNA 3VGLA 2YI1A 3DJCA 1CLQA 3ALYA 4DTNA 1RBSA 1SL0A 1TL3A 3LP0A 3ZSQA 2J4RA 1P8ZA 3L3VA 2JWLA 1RT6A 2VYPA 2W40A 4CBWA 4FJKA 3BDPA 2ITGA 1XQSC 2NRRA 5AQNA 5FLXO 3KK3A 2W6KA 2VGMA 1YVUA 4B1WB 2FSNA 1KLNA 4FYDA 3CERA 5TKYA 1JLAA 4CZFA 2G8KA 3AVKA 3CJBA 3M8PA 2E2NA 4OPHA 1FKOA 2FC0A 4CJ5A 4RWTA 1VSMA 1YUWA 5CE3A 2PFUA 4B3RK 2EHGA 4LF4K 3AGRA 3QFPA 1DLOA 3L2RA 3O9UA 2UUBK 4HTLA 3C7NA 1BUPA 5BR9A 1NK6A 3QICA 4PKGA 3CQ8A 4PUOA 2A40A 2WUSA 3FZLA 5I42A 5AQGA 4BDPA 2VG6A 3TAFA 3OYLA 1Q86O 5EU7A 2Y1JA 2FF6A 4M63C 2VCPA 3LDNA 3AO4A 3VQ4A 3ENOA 3DRPA 2GUPA 4HTUA 5BRDA 5K14A 4JRPA 3MMVA 2BH1A 1QSYA 4X62K 1KVCA 4MO5A 4WQ5C 3FFKB 1QQCA 1NJWA 3S9HA 2QK9A 4JNEA 4DQQA 4JV5K 1C0UA 3SMSA 1N5YA 1M90O 1VQ8N 4C1NI 4WQ4C 2VGNA 4M7YA 3PV8A 2W6LA 2F9WA 3AO1A 3PIOL 4J2EA 3HM8A 1S72N 1BCMA 1WOQA 3C7NB 3NH0A 2CGJA 4DF4A 5C10A 5EXWA 1LWCA 2YJFA 5EX5A 1RDAA 3E9PA 5AQJA 4C1NK 1T6DA 1S1WA 4IO8A 4M3WA 3QDKA 1RT7A 1NWKA 3DLGA 4DS4A 4CECA 2IVNA 4ZTFA 1Q9YA 3LDLA 2GX9A 4B9UA 3CETA 4NYFA 4PHTX 4BC5A 3U9DA 3G10A 5M1NA 1M1KO 3V9ZA 1IV0A 2FF3B 3SV4A 3LPUA 3WXLA 3WUHA 3ZT3A 3ASMA 4B1YB 3PO5A 2YHWA 4B1UB 5J2MA 1TUUA 3FLCO 1ZBIA 4FWMA 4AM6A 4IEIA 4M7XA 4CHOA 1RT4A 5AJ3K 5KGXA 1S9GA 3J80O 1NGDA 2RE2A 5AQFA 1NK4A 4B9VA 1L5UA 4CBXA 5CR4A 4QS9A 1YTUA 4JK7A 4I6MA 4LFBK 3DWLA 4C8OA 4FJLA 5AZIA 4WF9L 2VG5A 1EWQA 1W97L 1VSFA 4J2BA 3TR8A 4E7HA 4OLBA 3AVBA 2OZMA 2A5XA 4X64K 4E7KA 3VEYA 3A8YA 3VQ7A 3NH1A 2EX3A 4CJ4A 4E1NA 4KPYA 1RDUA 3ZX3A 1J54A 3U4LA 3LAMA 5ADXH 1L3VA 4LH4A 4DQPA 3HM9A 2HF4A 1TKZA 1DTQA 3WQUA 3VERA 2HB5A 4JI8K 3HK2A 1DT9A 4IDKA 4BE0A 4CBUA 1T6CA 2V51B 4EAHD 3MN7A 1EKEA 2HBKA 4O5BA 2HVIA 5KGWA 2BTFA 2B6AA 5C0YA 4ISFA 4IJNA 2FBVA 4MFBA 3LWMA 1C0GA 1U47A 4B9SA 3HZ6A 3CCUN 4CFBA 2Q0UA 3DLHA 4DHYA 4FXDA 3TAQA 4DLGA 4CJTA 2A3ZA 4DLEA 1YAGA 3DLBA 3CXCM 4BVPA 2NRHA 2G8VA 3E01A 3AA4A 5DK5A 5M1OA 4CIFA 4DTXA 4NXNK 3DOKA 1HLUA 1RDDA 1HR0K 2DFFA 4CJLA 1L3UA 3WEEB 4CJWA 1RBVA 1XC3A 3CCLN 4IKFA 4CIGA 4DV5K 3LDQA 3IS9A 3O6WA 1BGXT 4CF9A 4L8RB 2HMPA 4DQRA 2RF2A 1Z26A 3KLEA 3KK7A 3TAPA 3SJHA 3J7YP 4DV0K 1WSIA 1VHXA 3EKSA 1ITGA 4CVNE 3MN9A 1MWKA 5BRHA 3VGKA 5BR8K 3I55N 4K42A 5IT9O 1CXQA 3ULDA 4A2BA 4DKWA 1IBLK 2HHWA 2E5LK 4JRQA 1U2VB 4N41A 1NOZA 1GLFO 3SPZA 1JCEA 3QEPA 1J9AA 1WSFA 2HSTA 4O44A 3KKRA 4DTMA 3WNEA 5GAGP 3A5OC 2IVOA 5H1SQ 2UUCK 4AQYK 3SZ2A 3ENHA 3TARA 1C1BA 1VRTA 2R7YA 1C1CA 1ZXOA 4EHUA 4FM1A 2KW4A 1SL2A 1D8YA 1VQKN 3VN5A 3OYEA 4FM0A 4AF1A 4E7LA 3T3FA 1RBUA 3KK2A 1IJJA 4JI3K 4B08A 1ATRA 4X65K 3AO3A 1WBDA 4O8KA 3WT0A 2I7PA 3CQXA 1YF5L 2GBZA 4KRFA 4B9QA 5HOOA 4AHRA 1KRPA 5CYMA 2Q1NA 3ZETB 4EHTA 3VQPA 1TYQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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