4IZ9A

Crystal structure of an acetate kinase from mycobacterium avium bound to an unknown acid-apcpp conjugate and manganese
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
383
structure length
381
Chain Sequence
DGARRVLVINSGSSSLKFQLVDPESGVAASTGIVERIGESPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALLGIEVARRLLPGIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSVVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLPGAKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium avium
molecule tags Transferase
molecule keywords Acetate kinase
total genus 135
structure length 381
sequence length 383
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2013-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A02
1HKGA 3O6WA 3GL1A 2E2NA 2P9SB 1JCGA 3SMPA 4FWSA 4H5RA 4JD2A 4BR4A 4A2AA 5ADXA 5KQ8A 2AA4A 2YHXA 3O1WA 4BQZA 5AQQA 4CD3A 3H1QA 3IFRA 1BDGA 2IIRA 4BGBA 1JCFA 3TU5A 1C0GA 2BTFA 3O8MA 5AQJA 3CJCA 3M6GA 3ATVA 3EL2A 4ISEA 3IUCA 4A2BA 1ATNA 4WQ4C 5BPNA 5BRDA 2IVOA 4KBOA 5AQKA 5TKYA 3ZX2A 3LDQA 2DPNA 2FSJA 4BR7A 1E4GT 3AAPA 4BVOA 2VYPA 1NGDA 4FWNA 4CZMA 5AQNA 5BREA 2QWQA 1NMDA 2ZF5O 2ZWHA 1T6CA 3FZHA 3VGKA 3LDLA 2Q31A 3EZWA 2ASPA 5BRHA 1E4FT 4H5TA 3CI5A 3CJ9A 3ZX3A 4CZKA 2E2QA 1NGHA 2E2OA 4JD2B 3MCPA 2E8AA 1ZC6A 2P9SA 1QQMA 4BC2A 1GLBG 1V4TA 1JCEA 4FOIA 4RCHA 4HTLA 2D1KA 5AQFA 4MO4A 3S41A 3WEEB 4BR5A 1T6DA 3C7NA 3HSCA 3LL3A 3U8XA 3FZFA 4CZIA 1R59O 3QICA 4B1YB 2E20A 5AQXA 4RWTA 4M7YA 3BF3A 3I8BA 5AZIB 2P9KB 3U4LA 2A41A 3O1BA 3F9MA 3IDHA 2D4WA 1QHAA 3DXKB 1G99A 4JAXA 4J8FA 5ELZA 5AQLA 2YI1A 3CETA 3QDKA 4EIAA 3DXMB 1HKCA 1ZXOA 3BUZB 1GLCG 4GNIA 2UYTA 3SLCA 3VEOA 4FWLA 1DKGD 3DXMA 3O4WA 1HJOA 2QW9A 1TUYA 3QMLA 5AQMA 1GLLO 1Z05A 3ZEUB 4BRPA 1YAGA 5BR9A 2E2PA 4FL9A 3R8EA 4E1JA 2PBDA 2P9UA 2P9KA 3JS6A 3GBTA 4H0YB 4DB3A 2A5XA 1U2VB 4H0XB 4K41A 4PKGA 3QB0A 5ADXH 2FSKA 3ULEB 1MA9B 1U2VA 1XC3A 2NRHA 2FF6A 3GOIA 4B1ZA 5LY3A 1NLVA 1BWFO 4NB4A 3ULEA 4MO5A 3VF2A 3CIPA 5JLFA 1BO5O 2I7PA 4BC5A 2FSNA 2J4RA 4WYBA 4CZJA 1NGEA 4XH1A 5KPTA 3HI0A 3DWLA 1HX1A 4BREA 1V4SA 3D2EB 3WQTA 1NGIA 5KPRA 3FR0A 2VWBA 3LDNA 5BPLA 2CGKA 1S22A 4M7XA 4K25A 4H5NA 4Y0WA 3UKUA 1LCUA 3CQYA 4A62A 1XUPO 3RSEA 2P9LB 4AM7A 4BQLA 3CJAA 3UKUB 4WQ5C 4H0OA 3SK3A 4BRNA 1ATSA 3TPQA 3U9DA 5AQOA 1X3MA 2W41A 3BP8A 2NZTA 4B1UB 5BRFA 3C0BA 1YXQA 4BRIA 1RFQA 1SAZA 1BA0A 4FWPA 2YJEA 2CH6A 3D2EA 3H3NO 1YVNA 4M63C 3ZETA 1TUUA 3ZX0A 4ISFA 1Z6RA 3OHRA 1RGIA 1D4XA 2Q36A 4BRKA 4K43A 4CBWA 4I6MB 1S3XA 5AZJB 5AQRA 4K42A 3FGUA 4CBUA 4IZ9A 1NGGA 3MN5A 3QFPA 1NGBA 3A5MC 5FPNA 2NLXA 2P9LA 4DQ8A 3IMXA 1Q18A 4EHUA 2A6AA 2W40A 1SZ2A 4FPAA 4IWVA 2QXLA 3EO3A 3HM8A 3HBTA 3CJ1A 2GTDA 3L6QA 4AM6A 5AQSA 1TYQA 5F1XA 4Z94A 3VENA 2V51B 3WUHA 5B8HA 1GLDG 3QBWA 3UB5A 1T44A 5EY4A 4PL8A 2BUPA 3KZBA 3FFKB 3A0IX 5AFUH 1EQYA 3VGMA 3WT0A 3WXKA 1NBWA 3DXKA 3ENHA 3UE5A 3ATUA 4EHTA 4FO0A 4PL7A 4B1WB 2ASMA 4CZLA 4DCHA 3H6EA 2HF3A 3SJHA 1IJJA 3GE1A 3I33A 2FLOA 3ENOA 4H5VA 3FZMA 4WQ5A 4BG9A 4C23A 2Q1NA 3UKRA 5AQIA 1X3NA 3BF1A 3D2FA 1QZ6A 3D7EO 3O08A 1RDWX 2H3GX 1K8KB 4A61A 2A42A 3U9ZA 4F9OA 1CZAN 1KXPA 5KQDA 2ZGYA 4PKHA 2ITMA 4B1XB 3MN6A 3AARA 4PKIA 2P9PB 4IJNA 5BN8A 3VGLA 3P4IA 4QS7A 5EXWA 2QM1A 2E1YA 4FWOA 3VEXA 1KAXA 1TYQB 3WXJA 3EKUA 4XEIA 4BGAA 3W0LA 4MLEA 3R9PA 2P9NB 3DJCA 2V7YA 2HMPA 3LM2A 4BROA 3H1VX 4YDUA 4BRAA 3MDQA 3VPZA 2P9IA 3ZETB 5AZJA 3ID8A 1IG8A 4I6MA 1SQKA 4BR0A 4B1VA 1K8KA 4QS9A 3LM9A 3G25A 2Q2RA 4BR9A 5I9EB 1GLEG 2QWMA 2D0OA 2AP1A 5AQGA 2GWKA 2YCHA 2CGJA 4IO8A 4QS8A 1GLFO 2YJFA 2FF3B 2Q0UA 1Y64A 3A5NC 3QBXA 3FLCO 3WXIA 5E84A 4XH4A 2P9NA 5AQYA 2V52B 3H46O 4JN4A 2CH5A 5AQHA 5JLHA 4DHYA 1NGAA 1YUWA 3WQUA 5BPMA 2GUPA 3CHWA 4L3QA 1HPMA 5AQZA 5AQWA 5FPEA 3GDQA 2P9PA 3VEWA 3LDOA 5AFUA 2GELA 1MWKA 2A3ZA 4BRLA 4H0TB 5F0XA 5AZIA 3UKRB 1XQSC 3H45C 4MLHA 5EOYA 1OKJA 5AR0A 3VF4A 2E88A 1QZ5A 2WUSA 3R6MA 4CZGA 1BOTO 3VEYA 3VERA 3B8AX 3C7NB 3A8YA 3VF6A 1HUXA 1DGKN 2V7ZA 3WEEA 5JICA 4CZFA 1KAYA 3CQXA 5FPDA 2A40A 3ZEUA 2QWNA 4H5WA 3MMVA 4GY2B 2GWJA 1HKBA 2P9IB 3W3DA 3CJ7A 2F9WA 4BRDA 1NWKA 3BEXA 4JNEA 1QQOA 2ASOA 4EAHD 2PAVA 3A5LC 5LJWA 2CGLA 2QWPA 2Q97A 3GG4A 4BVPA 1WOQA 2EWSA 1U6ZA 1NGJA 1LOTB 2HF4A 2QWLA 4BG8A 3CJBA 1MWMA 1DEJA 5AQTA 4BRMA 4B9QA 4O5FA 1C0FA 4CJ7A 2E1ZA 2HOEA 3FZLA 2F9TA 5BN9A 4H03B 3JXUA 3HTVA 2IVNA 2VCPA 4HWIA 4BRCA 3RSEB 3L4IA 3KHYA 1QQNA 4JHDA 5AQVA 2KHOA 4FWQA 5FPMA 3CERA 4BC3A 5EX5A 5EVZA 1NM1A 1X9JA 4H0PA 4LC9B 1ESVA 1BG3A 1P8ZA 3EN9A 1WUAA 4FSVA 3VEZA 5KPZA 1HLUA 1ZBSA 4BRHA 3J8AA 2FXUA 5AQPA 4CD1A 3D2FB 4YDUC 3H3OB 4EFHA 3O5BA 3HZ6A 3LDPA 4JHDB 4H0VB 3VOVA 4FOEA 4CZHA 3MN7A 3SMSA 2OANA 1ATRA 4FPBA 3L0QA 4XH5A 3DAWA 3FZKA 4BR2A 1GLAG 3VESA 2D0PA 3M3ZA 4BC4A 4RTFD 4BRFA 1KAZA 5JMVA 3FE1A 2IVPA 3MN9A 4FWKA 4CZEA 3AY9A 3VETA 1BUPA 2GEMA 1J6ZA 2YHWA 3KVGA 3M1FA 5LJVA 3VEVA 4CBXA 4NO7A 4O8KA 4BRGA 1NGFA 3A5OC 1BU6O 4FWRA 1GLJO 3AAQA 2ZGZA 1BA1A 3QFUA 3WXLA 3MK6A 2YHYA 5CE3A 3O80A 5AQUA 4WQ4A 3EKSA 4ISGA 1H1VA 4IXCA 1NGCA 2QWRA 2QWOA 4CI6A 4BRQA 2I7NA 4IJAA 2Q0RA 5F2RA 2P9UB 1MDUB 5E26A 4FWMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKGA 1VSHA 1RT1A 3PSIA 2P9SB 4N56A 4FWSA 4JD2A 3LWLA 3KTQA 5AJ3K 2D5RA 3H1QA 3IFRA 4CHYA 1NOZA 3DOKA 3QNNA 1C0GA 1N8RO 1W9HA 5AQJA 3ATVA 3IUCA 1ASVA 2QA4N 4FJ8A 1UWBA 1VRUA 4IEEA 4B3RK 4KHSA 4A5AA 5KRTA 3LPTA 2DPNA 1S72N 1WBBA 1NGDA 5KRSA 2KZMA 1YHQN 3K5OA 4CHOA 5BREA 4YOWA 2ZWHA 1X9SA 3E9PA 3EZWA 2E6MA 1E4FT 4CECA 4W5OA 2PYLA 4H5TA 5J2QA 2DY4A 3ZX3A 4JD2B 2E2OA 1KRPA 2E8AA 1WBDA 3O3HA 1ZBFA 4OKJA 1JCEA 4FOIA 4RCHA 2D1KA 3OYLA 4N5SA 3F9KA 3WEEB 4BR5A 4DTOA 1T8EA 2KQ2A 5FROA 3HSCA 2HHQA 4CZIA 2YV0X 3P5JA 5GIPA 4B3SK 1VQLN 2JWLA 4RWTA 3BF3A 5AZIB 4FK2A 1QHAA 2VG6A 3VQ5A 4CK3A 1LAWA 4FLZA 2G8UA 5C12A 3KLEA 3DI6A 4JRQA 4DTUA 2UYTA 1DKGD 4EP4A 3O9RA 1TUYA 3ZEUB 4BRPA 1YAGA 1SUQA 3G4SN 2E2PA 1OH6A 3AA5X 4DV4K 4K0KK 5KGWA 4WFAL 2P9KA 3G0ZA 4GKJK 4DS4A 2A5XA 4W5NA 1WAFA 4DKWA 1JL1A 1X1PA 5T7BA 2FSKA 1VQKN 1C0UA 1XC3A 5LY3A 4B1ZA 4CIGA 5JVGL 3ASMA 3RVCA 4OVLA 3K57A 3M8QA 4KB1A 1GOBA 4GVEA 4MO5A 3VF2A 4F8RA 3HPHA 3QIOA 1BO5O 5JLFA 1L3UA 2O8CB 4CVNE 2J4RA 3MX5A 1NGEA 2ZQBA 3SQ0A 3D2EB 3WQTA 3I0SA 5BPLA 1OH7A 3P38A 1S22A 4CJFA 3CYMA 4H5NA 1T3VA 2NNWA 3OBYA 3V1OA 1XMOK 3UKUB 4EZ6A 4XIUA 2RKIA 4GV6A 5AQOA 4CCHA 2NZTA 4Q0BA 2GX9A 4PQUA 4FXDA 2OYQA 1Y97A 4BDPA 3TWHA 3LAMA 4IDKA 1YJ9N 3AVBA 2G8IA 3HRGA 5FDLA 3KKRA 1TK8A 3L3UA 1QVGM 1D4XA 4CBWA 2HNZA 3T1HK 3RMCA 1SS6A 1S3XA 3V9ZA 5AZJB 3NMUA 3K58A 1KVCA 3MN5A 1NKBA 4DWIA 3QFPA 3A2FA 1LWFA 1YITN 4EHUA 2JWKA 4DSFA 4FPAA 4X65K 1NJWA 2HVHA 1N33K 2VQEK 1IBKK 4UY8O 3CJ1A 3R3LA 3L6QA 4IOAL 1QTMA 1HJRA 1WLJA 1T44A 5EY4A 4JKDA 2BUPA 2FBTA 3MECA 3TAFA 2YKMA 4G9ZA 3LAKA 4J2AA 2WBNA 1NBWA 3DXKA 3MXMA 4KRFA 3VQ8A 3O9SA 3ATUA 1NK4A 4FO0A 4FZZA 4PL7A 4B1WB 1HNZK 4KPYA 1JLBA 3V1RA 3H6EA 3HSTB 4CZLA 3I33A 3K9KA 3OY9A 4KTWA 4MFBA 4CJ4A 2Q1NA 5AQIA 3KLIA 1X3NA 5C0YA 3O08A 1RDWX 4RG8A 2H3GX 1K8KB 4FJHA 4I9QA 4AH9A 5GAEP 1VQMN 1CZAN 1KXPA 3AVHA 4B1XB 1VRTA 3N4QA 2UXDK 3AARA 4E7LA 5FRMA 4CJQA 1WNSA 3VGLA 3P4IA 4JI4K 3LPUA 1QQCA 3K9JA 5EXWA 1SV5A 3PV8A 3L3VA 1ZBUA 4FWOA 1DTQA 4FZXC 4YORA 3C6TA 1KAXA 4FK0A 2KZZA 4LSLA 3WXJA 4DSJA 3C95A 3JYTA 3VQ6A 4MLEA 1YTAA 3R9PA 4C1NK 3SPZA 3LM2A 1RT6A 1A5VA 2QK9A 4YDUA 3OYHA 3J7AP 3MDQA 1RCHA 3EYZA 3SBTA 3ID8A 3QEXA 2F7TA 3G71N 2NRVA 4V19S 3LM9A 2YNIA 1JLCA 4CEDA 2O8EA 3HYFA 4FLVA 4OJRA 5AQGA 5I42A 4NXMK 3OVNA 3U3YA 3OYIA 4YOVA 1Y64A 3WXIA 3V9SA 5AQYA 2F4VK 4LF5K 5AQHA 4FLTA 3KK7A 1EWRA 4DHYA 3AVLA 4CJ5A 4CEZA 3NHGA 1HMVA 1YUWA 4RW8A 1LV5A 3WQUA 1KVBA 3LZJA 5BPMA 2HHHK 2GUPA 3BZKA 1K8AO 3SV3A 4L3QA 3OYJA 2B4JA 3DLEA 1HPMA 5AQZA 4YY3K 5AQWA 4HHTA 3OYBA 5F0XA 2UUAK 4WCEL 4KFBA 2E88A 1VSMA 4DSLA 4Z4HA 1QZ5A 3R6MA 1RTHA 3CC7N 4CZGA 1BOTO 4W5TA 1XNRK 3KK3A 2QTDA 3VERA 3SUOA 4O0JA 2V7ZA 4CZFA 1BI4A 3AGRA 1HNIA 3EE8A 3CQXA 1SKSA 4H5WA 4CFAA 3VQDA 3I0RA 3O3FA 4BRDA 2F9WA 3RR7A 1NWKA 4F2RA 2ASOA 1XMQK 5LJWA 2QWPA 5J2PA 1S9EA 2Q97A 4BVPA 1K6YA 2QXFA 2HF4A 4BG8A 1DEJA 4BRMA 4O5FA 2IDOA 1KLNA 3CCRN 2HOEA 1X9WA 3IAYA 4OGCA 4H03B 4DTMA 3HTVA 3VQ7A 3IKMA 3AO3A 2IVNA 4CE9A 4H4MA 5C10A 4KV8A 4HWIA 3K5NA 5IT9O 3Q7CA 4CIEA 4E1MA 1W0HA 5EX5A 5HRSA 4C8LA 2VWJA 1IKVA 4PA1A 4CESA 3T1AA 1U4BA 4OO1J 3MWTA 2E6LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5M1P A;  3V1Q A;  4PY5 A;  1IG9 A;  3JXU A;  4CGD A;  1BCO A;  1RBU A;  4NYF A;  3ZSR A;  3V6D A;  4BRC A;  3RSE B;  3L4I A;  3KHY A;  1BQN A;  4ZHR A;  1NJI O;  1DLO A;  1QQN A;  5CZ2 A;  3OJS A;  3CER A;  3CCV N;  4KHU A;  1NM1 A;  3NF8 A;  4B3T K;  4H0P A;  1UOC A;  1ESV A;  2O8D A;  1BG3 A;  4KO0 A;  4JKE A;  4JI3 K;  1WB9 A;  5KPZ A;  3CF5 L;  3S3M A;  1S1W A;  3AVJ A;  3CM6 A;  4B9U A;  2Z1I A;  3T3F A;  1U49 A;  4JHD B;  4IOC L;  2Y1I A;  4JV5 K;  1RNH A;  4LFA K;  4B9M A;  1YF5 L;  3DAW A;  4BR2 A;  4AHR A;  1JXE A;  3B6P A;  5JMV A;  4FWK A;  4CHZ A;  3BY5 A;  4CZE A;  3AY9 A;  3VET A;  4DTP A;  2GEM A;  3OYD A;  1J6Z A;  3TAE A;  4O4G A;  1HYZ A;  1LWE A;  3HL8 A;  4KTQ A;  2HNY A;  3QIN A;  3I8D A;  1UAX A;  4KTZ A;  4BWJ A;  1XNQ K;  3ZT2 A;  4BE1 A;  1BQM A;  4ISG A;  5M1N A;  4IXC A;  1NGC A;  2QWO A;  1C1A A;  2Q0R A;  3NDK A;  5E26 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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