3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Ribulokinase
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
2Q1NA 3JS6A 4FPBA 3LM9A 1HKBA 2YJEA 3GG4A 2QWRA 1K8KB 4IO8A 1NGEA 5AQQA 2P9PB 4BGBA 1NBWA 1NGJA 1RFQA 2DPNA 4CZHA 2GTDA 4FWPA 4H5WA 4BC4A 4WQ5A 4BRPA 4CJ7A 3VEYA 3DWLA 5FPNA 3RSEB 1XQSC 4CZIA 2GWJA 1ZC6A 4AM7A 1TYQA 3A5MC 5KQDA 3MN6A 3VERA 5EXWA 3QBXA 4I6MB 1NGCA 2CGJA 1GLCG 4BC3A 4BRIA 2I7NA 3QICA 5BPMA 2D0OA 1TUYA 3M3ZA 4NO7A 2FXUA 1IG8A 1C0FA 2YHXA 3A5NC 3A5LC 3GOIA 1NWKA 4H5VA 4A2BA 3VEOA 3EKSA 3L6QA 1NGIA 1NGAA 4FOEA 4QS9A 4JN4A 3ENHA 1LOTB 2KHOA 5KPZA 4BRCA 1HJOA 2VYPA 4ISGA 1KAYA 2QWLA 3VF4A 3ENOA 4GNIA 3BUZB 4BRGA 4NB4A 4IXCA 2E88A 5AQKA 2YHYA 1QHAA 1QQNA 2QXLA 3FZMA 3UE5A 5CE3A 2FSNA 1SQKA 2H3GX 4CZGA 4B1UB 3R8EA 3H1VX 4FL9A 4BRLA 3ZX2A 3MDQA 3VENA 5FPMA 2VWBA 3C7NA 4WQ4C 3BEXA 2P9LB 3B8AX 2E2PA 5AZIA 1NGFA 1BWFO 5I9EB 3FZLA 2UYTA 4PKGA 1ATNA 3KHYA 3O80A 3UKRA 5AQIA 4XH4A 5BN8A 3LDNA 5BPLA 3HZ6A 5JLFA 4BRNA 3LDQA 1X9JA 3O08A 5BN9A 1BU6O 1T44A 1HKGA 4YDUC 1T6DA 4BRFA 2A40A 3QBWA 1JCFA 3UKUA 1ZBSA 1NM1A 5AQYA 4MLEA 3EKUA 2YJFA 2P9IB 2HF3A 3D2FB 5BR9A 2E20A 4GY2B 3FFKB 1U2VB 2QW9A 3VOVA 2P9SB 5AZJB 2E2OA 4BC5A 3IDHA 3P4IA 3AAPA 3HTVA 5TKYA 4E1JA 4HWIA 3A8YA 1HX1A 1BA0A 1KXPA 3DAWA 3R9PA 4CZLA 4CBWA 5FPDA 5AQUA 2WUSA 4XH1A 1E4FT 1T6CA 4JHDA 2ASOA 5AQMA 1GLDG 5JLHA 4BVOA 2ZWHA 1HPMA 3AY9A 1Y64A 2HF4A 2FF6A 5JMVA 1X3MA 4DHYA 2PBDA 3ZX3A 4PL7A 1MA9B 4K42A 1GLEG 5AQOA 5F2RA 4BG9A 1Z6RA 3SJHA 2P9NA 3I8BA 5BRFA 3U4LA 3L0QA 2D1KA 2V7YA 3VGMA 3BF3A 2NZTA 1D4XA 1NGGA 1WOQA 1YXQA 3HM8A 2NLXA 1HLUA 3O5BA 4H0XB 3DXKA 3VEXA 3O1BA 5AQRA 4BQZA 5AQWA 5AQZA 4BRAA 3MN9A 5ADXA 3A0IX 5AQHA 2GEMA 3D2EA 4J8FA 4K43A 4IJAA 3QFUA 3CJCA 2VCPA 2QWOA 3ZETA 3L4IA 3AARA 1V4SA 3QMLA 4B1YB 1GLFO 2Q0RA 3ZEUA 2QWMA 4CZEA 3CETA 3DXMA 3HBTA 3FE1A 1BDGA 3TU5A 3LL3A 4WYBA 3MCPA 5AFUH 3VEZA 3WQTA 1V4TA 2F9WA 1EQYA 3FZHA 4DCHA 2BTFA 1TYQB 3BF1A 4H03B 4F9OA 3W3DA 4PL8A 1MWKA 2E2NA 3A5OC 5AQXA 4FSVA 4CI6A 1OKJA 1P8ZA 4M7YA 4B1VA 1XUPO 4Z94A 3JXUA 4WQ4A 3FR0A 1LCUA 2IVOA 1R59O 4A2AA 3EL2A 4FWSA 2ASMA 2HMPA 4H5TA 3VF6A 4Y0WA 5LY3A 2YI1A 3GBTA 3LDPA 3ULEA 1G99A 2I7PA 4EIAA 1JCGA 3VESA 4BR7A 2YHWA 2QWQA 2OANA 2V7ZA 4B1WB 4C23A 4YDUA 1QZ5A 4JAXA 4XEIA 2QWPA 1NGDA 3ID8A 2PAVA 3CHWA 3R6MA 1Q18A 5FPEA 4BG8A 3BP8A 1U6ZA 4DB3A 5LJVA 3U9DA 3C0BA 1BO5O 2CH6A 3HI0A 3LDLA 4MO4A 1QZ6A 3AAQA 3ATUA 5AQPA 3VGKA 4RCHA 4H0VB 5EX5A 3H45C 1X3NA 4PKHA 5AFUA 3U9ZA 4BRDA 2P9UA 3CIPA 5JICA 1C0GA 3CQYA 3SK3A 1BA1A 2Q36A 3C7NB 1DKGD 3EZWA 2ZF5O 5LJWA 1KAZA 4FWOA 4XH5A 5AZIB 4FOIA 4B1XB 4BRKA 3H3NO 2P9KA 3UKRB 2QWNA 2D0PA 1S22A 1YAGA 3ATVA 1RDWX 4QS8A 2QM1A 4FWRA 3WT0A 3I33A 4IWVA 2ASPA 3O6WA 3MMVA 4K25A 5BPNA 4BGAA 2A42A 4IJNA 3SMPA 1HUXA 1IJJA 1K8KA 5AQNA 3UKUB 1GLJO 1Z05A 3O1WA 3U8XA 1GLBG 3IUCA 5AQVA 3VEWA 2P9PA 3O8MA 2IVNA 5AQJA 3SLCA 5KQ8A 4JNEA 4CD1A 1S3XA 1NMDA 1HKCA 4MO5A 2IVPA 5BRHA 4H0TB 4O8KA 3RSEA 2FSKA 3GDQA 5KPTA 2CGKA 4FO0A 2NRHA 3QB0A 2Q2RA 3KZBA 2FF3B 1WUAA 2FSJA 3H6EA 3M6GA 3CERA 3WXLA 4JHDB 4M63C 3IMXA 4I6MA 3LM2A 1JCEA 2E8AA 3CJAA 1KAXA 2YCHA 3WXJA 3WEEA 2AA4A 3VF2A 4JD2A 4H0OA 4CZFA 2GUPA 4IZ9A 4BROA 4DQ8A 4BR0A 4A61A 4A62A 4FWMA 1ESVA 1NGHA 4FWLA 2P9NB 4BR5A 4FWNA 1YVNA 5AQSA 1MDUB 2A41A 2Q31A 2ZGZA 3FZFA 4H5NA 3VPZA 1E4GT 3EN9A 4BR9A 3CJ9A 3CQXA 3MN5A 4FWKA 3GE1A 3VEVA 3WXIA 4EHUA 5AR0A 1TUUA 1H1VA 1J6ZA 3UB5A 4QS7A 4CBXA 1BOTO 4WQ5C 3DXKB 3MN7A 2EWSA 1NLVA 3H1QA 5AQFA 5BREA 5E84A 2A6AA 2ITMA 3WEEB 4JD2B 3D2EB 1QQOA 4CZMA 4CD3A 3ZETB 2V51B 4BC2A 4EAHD 3CJ1A 2CH5A 3HSCA 4BRHA 3ZEUB 3OHRA 3DJCA 4BRQA 2P9LA 4H0YB 2GWKA 3MK6A 2BUPA 3DXMB 1RGIA 3FGUA 4RWTA 2F9TA 3FLCO 2GELA 3FZKA 5AQGA 2HOEA 3VETA 4BRMA 1YUWA 2ZGYA 3J8AA 4BR2A 3D7EO 3F9MA 1ATSA 5KPRA 1CZAN 1SZ2A 2E1ZA 4BVPA 3CJBA 4H5RA 5ELZA 4B9QA 2P9IA 2Q97A 3D2FA 2IIRA 4LC9B 5EOYA 3O4WA 3WUHA 3GL1A 1MWMA 2A3ZA 3TPQA 3ULEB 1U2VA 4CZJA 1ATRA 4K41A 4MLHA 3H46O 3SMSA 3KVGA 2P9SA 5AZJA 1QQMA 1GLLO 4EFHA 4AM6A 5B8HA 2W40A 4BQLA 2W41A 4L3QA 2E2QA 2E1YA 1ZXOA 5EVZA 5F1XA 3EO3A 4ISEA 4EHTA 4BR4A 3VGLA 3LDOA 3WXKA 2AP1A 2Q0UA 3H3OB 2CGLA 3WQUA 2FLOA 4CZKA 5E26A 3CI5A 2V52B 3S41A 5AQTA 3ZX0A 2P9UB 4BREA 3CJ7A 2J4RA 4KBOA 1GLAG 3W0LA 3QFPA 5BRDA 5ADXH 5EY4A 3IFRA 2D4WA 3QDKA 4PKIA 1SAZA 3M1FA 4RTFD 1BUPA 4CBUA 2P9KB 4FPAA 4M7XA 4ISFA 1DGKN 4FWQA 4HTLA 4B1ZA 5AQLA 5F0XA 2A5XA 1XC3A 3G25A 4H0PA 1BG3A 1DEJA 4O5FA 1NGBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEIA 3OYKA 1NKBA 1HKBA 1K8KB 3I0SA 1NGEA 1QQCA 3KK7A 3T1HK 4FW1A 2O8CA 2DPNA 1NGJA 3SI6A 4CF0A 1HRHA 2HNYA 2ZD1A 2OZMA 4CJ7A 3DWLA 1DT9A 2DFEA 1VSKA 4CJWA 1IKXA 4O55A 1XI1A 1ZC6A 4DSJA 1VQ4N 4KB0A 3MN6A 4CK3A 5EXWA 1NGCA 4CJQA 4BC3A 2WFBA 4DQSA 2F4VK 4BRIA 4EP4A 1NK6A 3QICA 3OYBA 3M3ZA 1TUYA 2JLEA 1IG8A 2YHXA 3A5NC 1ILYA 2QKKA 2XY5A 1NWKA 5CHIA 3VEOA 2YKNA 1FKOA 1QE1A 3ISNC 2GX9A 2RE2A 2RF2A 4CJTA 4B9TA 3KWIA 4NB4A 4IXCA 2AJQA 3HPHA 3RTVA 1I94K 4GKJK 1QHAA 5CE3A 2H3GX 1RDAA 5C42A 4DR2K 4CHZA 3CM6A 4FL9A 4CESA 2D0CA 4I7FA 3VENA 2HBMA 1BGXT 2NRWA 2F7TA 1BWFO 4I2QA 2W6KA 3L2QA 3FZLA 2UYTA 1ATNA 2DFFA 1NJIO 2EHGA 5CZ1A 3KK2A 4XH4A 4CJ4A 4Q5VA 4DLGA 2HVIA 4FLUA 1U4BA 3TAGA 5BN9A 1HKGA 3O3GA 1UA0A 4CEOA 4GVEA 2A40A 1NKCA 4CERA 1JCFA 4V19S 5HRRA 3OBWA 3ZT1A 3ITHA 2HF3A 3D2FB 2E20A 4OLBA 1S9GA 4KAZA 3OYEA 1S1UA 3K2PA 3RR8A 1U2VB 3DLHA 2XY8A 3KLFA 3VOVA 2P9SB 5H1SQ 3TSQA 3ID6A 4BC5A 4IO9L 2IGIA 2HW3A 1CZBA 4CGHA 2O4IA 3LAKA 2HHWA 3R9PA 1S1WA 1VQON 3DRRA 2YV0X 4CHOA 1N5YA 2ASOA 4DTPA 1WSHA 4JKGB 4AHUA 1RT6A 2ZWHA 1HPMA 4DS5A 2DFHA 3OBYA 1X9WA 3V4IA 3E9PA 5KRTA 5AQOA 3TARA 1IBMK 3I8BA 3AVIA 1JLAA 5BRFA 3TTDA 5JVGL 4DF4A 3T19A 5TKWA 3KTQA 2R7YA 2HHTA 4FLYA 1WOQA 3T1YK 3I55N 3HM8A 1RNHA 1HLUA 2W42A 2KQ2A 5AQRA 3MCAB 3ZSVA 4CEDA 3DLBA 3CXCM 4FVMA 2GEMA 1K6YA 4K43A 2O8BA 3QFUA 2QWOA 2BANA 2Z1HA 3QMLA 4BDPA 2O8CB 1G15A 3Q7CA 3OYFA 2QWMA 5HL7L 3F9KA 3M5RA 3AGRA 2PYJA 3VEZA 3WQTA 2F9WA 1EQYA 4RG8A 3THYA 4A59A 3FFIA 3W3DA 1ASUA 1KVBA 3QERA 1MWKA 5A2QO 4X64K 3CG7A 3AGKA 4LF4K 4B1VA 1D5AA 1XUPO 3FR0A 1LCUA 2IVOA 3QO9A 3EL2A 2ASMA 2HMPA 4F8RA 3OYIA 2QI2A 3D6RA 3PLAA 3GBTA 3DOKA 1VSLA 1BQNA 4WFAL 4FLXA 1G99A 4EZ9A 2I7PA 3PO5A 4ELUA 3VESA 1KTQA 2OANA 2V7ZA 3V6DA 4YDUA 3L2WA 4IKFA 4GV6A 2VQFK 1NGDA 1EO1A 3J7YP 1S6QA 4M41A 4DTSA 1Q18A 4WE1A 3OYCA 5FPEA 4DSFA 1SL2A 3U9DA 4NCAA 1BO5O 3HI0A 2QTDA 2F8TA 3BGRA 4CEEA 2RN2A 3CCEN 1VQLN 3DM2A 4DFMA 1C0GA 3CQYA 4DTRA 3CM5A 3NHGA 3EZWA 5LJWA 4AILC 4XH5A 4BWMA 1VAZA 5K14A 3H3NO 1BI4A 1C1CA 2QWNA 4DU3A 2F8SA 2UUBK 4RW6A 4QS8A 2QM1A 3DRPA 1N33K 4IWVA 1EWQA 1TV6A 3O6WA 3AA4A 3M8RA 4JRQA 3MMVA 4CJ3A 1VSHA 4KTQA 1IJJA 4N41A 4KHWA 3DLKA 1NJWA 1Z05A 3O1WA 3U8XA 3EYZA 4JI5K 2P9PA 3O8MA 3S3OA 2IVNA 3HP6A 4JNEA 2Q3SA 3OS2A 4LH5A 2XY7A 1IBKK 2G8HA 3WNFA 4HUEA 3PO4A 4FJ5A 4L8RB 2CGKA 4E7JA 1TVRA 5MLCQ 3CC4N 5M1OA 3AVAA 1TAQA 3KZBA 2FSJA 3M6GA 2Y1IA 4I9QA 2Y1JA 4LD0A 3LM2A 1M1KO 1HNIA 3MEGA 1KAXA 3WXJA 4LFBK 4CZFA 4JD2A 3D45A 4IZ9A 4DQ8A 4W5QA 3J7AP 4A62A 4FWMA 1ESVA 1SKRA 3C95A 1IBLK 3T7ZA 2ZGZA 3FZFA 1E4GT 3VQQA 1RBVA 3GE1A 3VEVA 3IRXA 4KHNA 1RDUA 4CBXA 2X6NA 3MN7A 5LL6Z 4BE2A 3U6FA 3AA5X 4FJXA 1VQPN 5BREA 2D5RA 4IFVA 2ITMA 3HP9A 2O8BB 4CZMA 4EAHD 2CH5A 4BRHA 3O9UA 1EKEA 4BRQA 4DUYK 1RGIA 4GVMA 3FZKA 4WF9L 4JKEA 4GMJB 4BRMA 4E7IA 1QS4A 1VSJA 3THYB 3TTCA 1ASWA 4CCHA 1ZBFA 2HBJA 2OZSA 1SUQA 5DMRA 1T7PA 4LSNA 2YKMA 3VMFB 1KSPA 1NMNA 2Q97A 3K58A 5CYMA 3WUHA 3VQ8A 1MWMA 3TPQA 4CJEA 4CF9A 4CZJA 3P83D 3CCVN 3NDKA 4FJLA 4LF8K 4MLHA 4IDHA 3SMSA 1VQ6N 1X1PA 3KIOA 4DV1K 2LSNA 5B8HA 2W40A 4BQLA 1HR0K 4JKCA 2VGNA 3EO3A 4JLHA 3ZSQA 5HP1A 4RW8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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