3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Bacillus halodurans
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribulokinase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
1HJOA 1K8KB 5BR9A 3VEXA 4PKHA 1T44A 3ATUA 4H0XB 3GL1A 3MCPA 3LL3A 1CZAN 4BROA 3C7NA 5TKYA 4BR9A 4BRDA 1NGBA 1GLDG 5BPMA 2A6AA 2W41A 3B8AX 3AAPA 3QICA 3VF4A 2AA4A 3U9DA 1MA9B 4BVOA 4IZ9A 4CD3A 4FSVA 4A61A 3I8BA 5ADXA 2D0PA 1ZXOA 2E2NA 2H3GX 4DCHA 1C0GA 3WQUA 4M63C 3WXKA 1NGCA 4FWKA 3VETA 3EN9A 4CZJA 4H5TA 5AFUA 1LCUA 2QWLA 2YI1A 3CI5A 3JS6A 4AM7A 1RFQA 1ZC6A 5EXWA 4RWTA 2P9NA 4DB3A 2P9LB 3TU5A 2EWSA 3MK6A 4CZEA 3HSCA 4CZLA 3AARA 3DWLA 3ENHA 3WEEB 1MDUB 1X3NA 4BR7A 2GWJA 1Y64A 4BRKA 1RGIA 3CJ1A 4JHDA 3D2FB 4WQ5C 5E84A 4C23A 3ZEUB 5LJVA 4BC2A 1ATSA 2E8AA 4H5RA 1X3MA 3FZHA 2Q97A 2V7ZA 3CERA 4H5VA 4CZKA 1NM1A 2QWPA 5EOYA 2GELA 5AQYA 3VEYA 2ASMA 3IDHA 3MN6A 4FL9A 4H0VB 4I6MA 2FF6A 5KQDA 4BR0A 2IVOA 2QWRA 4CZIA 5FPNA 5F1XA 2GTDA 4XH1A 3DXKB 3MN7A 1TUUA 3ZETA 3EL2A 2VCPA 4KBOA 3L6QA 5AZIA 4BG9A 1V4TA 4BRCA 2F9TA 3HI0A 4BQLA 2P9SA 2J4RA 5F0XA 4ISGA 3U8XA 4DHYA 1HPMA 5BN9A 3WXIA 3AAQA 3S41A 1GLFO 2E2QA 1T6DA 2E2PA 3IUCA 3CQYA 2QWQA 3KVGA 2E2OA 2NZTA 3CHWA 3TPQA 4YDUC 5ADXH 3R8EA 2UYTA 4MO5A 1BA0A 5AZJB 1WOQA 3WQTA 4PKGA 1T6CA 4BRAA 5FPMA 1G99A 3LM9A 1BDGA 2P9IA 4RTFD 4IJNA 5ELZA 1MWMA 2HF3A 3ZX0A 3ID8A 1HKBA 3WEEA 5JLFA 4IO8A 3H3NO 3QBWA 3D7EO 2E20A 1YUWA 4O5FA 5AQVA 1NGIA 1P8ZA 3EKUA 1QQOA 2YHXA 3FZMA 4J8FA 4CZGA 3G25A 3D2FA 2Q0UA 4BQZA 1Z05A 1NGDA 1Q18A 2YHWA 3MDQA 3O1WA 3U9ZA 5AQPA 2A3ZA 4NO7A 1QQNA 3W3DA 3DAWA 3LM2A 3QBXA 2GUPA 2P9UA 4FWPA 4BGBA 1KXPA 1GLLO 3A5MC 3BP8A 3D2EA 3ENOA 1GLJO 4JAXA 2NLXA 3UKRA 2CGKA 1JCFA 4K25A 1IG8A 3CJ9A 4IXCA 3WT0A 3LDLA 4IJAA 1ZBSA 4QS7A 4E1JA 5AQHA 4CBUA 1V4SA 5BN8A 1NMDA 4MLHA 4BRLA 2V51B 2F9WA 2FLOA 3H1QA 3VENA 1YVNA 1QZ5A 1OKJA 4FOIA 1NBWA 4YDUA 3VESA 2PBDA 1R59O 3JXUA 1NGHA 4K41A 3A5LC 3CJAA 3OHRA 3ULEB 2FXUA 1DKGD 4O8KA 5KPZA 2QWOA 2CGJA 1HLUA 4A2AA 3FZLA 2YHYA 3GE1A 3CIPA 3RSEB 2D0OA 1ESVA 4F9OA 1S3XA 2KHOA 3DXMB 4EHUA 2Q36A 2IIRA 4FWMA 4FWQA 3A5NC 5JMVA 3CETA 1ATNA 4WYBA 2Q1NA 5AQKA 5JICA 3HTVA 4ISFA 3QFUA 1BA1A 3LDNA 3HM8A 1K8KA 2ZGYA 5AQTA 1SAZA 1DEJA 1HUXA 2ZGZA 4BRIA 3UB5A 2A5XA 4FO0A 3SMPA 1BOTO 4K43A 4H0TB 4FWSA 2VWBA 5E26A 1HKGA 3ZX2A 3MMVA 5BPLA 5AQRA 3SK3A 4BRMA 3FE1A 1BWFO 1DGKN 3QFPA 4FPBA 3VGKA 4B1VA 1NGJA 4BG8A 5BRDA 4PL7A 3QMLA 3MN5A 4FOEA 4H0OA 3L4IA 2BTFA 3UE5A 3CJ7A 2ITMA 4FWLA 4EAHD 1GLBG 4H0PA 4L3QA 5KQ8A 2VYPA 5KPRA 3VEVA 4B9QA 3EKSA 1NGFA 2GWKA 3J8AA 5I9EB 4BR4A 3IMXA 4FWRA 1IJJA 2BUPA 3VEZA 2CH5A 2HOEA 2A41A 2P9LA 2P9NB 4A2BA 3HBTA 4EIAA 2IVNA 4H0YB 2Q2RA 3ULEA 1SQKA 1Z6RA 3BEXA 1TYQB 1SZ2A 1KAZA 3WUHA 3CJCA 3M1FA 3SJHA 1C0FA 1GLEG 2E1ZA 3HZ6A 3BUZB 4BRHA 5AQJA 4CJ7A 1KAXA 3IFRA 5AQZA 3ZEUA 4Y0WA 4BGAA 4QS8A 5AQSA 5AQFA 3CQXA 5BRFA 5AQGA 5JLHA 4BRGA 2Q31A 4JN4A 4BVPA 3O5BA 5KPTA 2D4WA 4CD1A 2HMPA 3SMSA 4GY2B 1XC3A 3ZX3A 5B8HA 3H6EA 4FWNA 3SLCA 3EO3A 3LDOA 3M3ZA 1MWKA 2V7YA 1X9JA 2P9PB 2ZWHA 2QW9A 2QXLA 4I6MB 1ATRA 5AQQA 4BC3A 3H3OB 2E88A 2QM1A 1YAGA 3R6MA 4CBXA 1WUAA 1GLAG 2HF4A 5FPEA 5BPNA 3DXKA 3H45C 2FSKA 4EHTA 1NLVA 3A5OC 3GDQA 3ZETB 3VF2A 3FGUA 3GBTA 5AZIB 4HTLA 3UKUB 4WQ4A 3O6WA 4BREA 3W0LA 5BREA 1QHAA 1U2VB 2P9SB 3BF3A 1BUPA 3BF1A 4B1YB 3LDQA 4BR2A 3FZFA 4MO4A 1GLCG 1HX1A 1BG3A 5F2RA 1BO5O 3FLCO 5AQNA 4ISEA 3R9PA 3F9MA 3FR0A 1HKCA 3ATVA 2P9KB 4CBWA 3A0IX 5LY3A 1XQSC 2FSNA 1NWKA 2YJFA 4B1UB 2FF3B 4RCHA 4BR5A 5AZJA 3GG4A 4B1WB 2OANA 2ASOA 1H1VA 2A42A 3VEWA 4JD2B 2P9IB 1XUPO 2V52B 4K42A 3U4LA 4BRQA 4NB4A 2Q0RA 3MN9A 3O80A 4BRNA 5AQLA 3VOVA 1TYQA 3L0QA 3LDPA 2YCHA 4Z94A 4BC4A 2CH6A 2QWNA 4BC5A 3WXLA 4MLEA 3M6GA 3VPZA 3O08A 3VGLA 2GEMA 3FFKB 1NGAA 5AQMA 1J6ZA 3VF6A 4H03B 3C7NB 3WXJA 1JCGA 2P9UB 1QZ6A 5LJWA 3D2EB 4M7XA 5CE3A 4GNIA 3UKRB 2P9PA 1E4FT 3O4WA 4A62A 5BRHA 3A8YA 4DQ8A 3KHYA 3CJBA 3VEOA 2PAVA 4M7YA 2I7NA 5AQIA 4XH4A 4LC9B 4WQ4C 4B1XB 1JCEA 3QB0A 1YXQA 4CZMA 5EY4A 2DPNA 2D1KA 2FSJA 3UKUA 4IWVA 3FZKA 1E4GT 4BRPA 3H1VX 4FPAA 1U2VA 2ASPA 3C0BA 4QS9A 4XH5A 4AM6A 4FWOA 4CI6A 2A40A 3VGMA 3O1BA 3P4IA 3GOIA 3DJCA 1EQYA 3QDKA 4XEIA 4BRFA 5AR0A 1LOTB 2CGLA 2P9KA 1BU6O 1TUYA 4JNEA 5AQOA 4CZHA 4JHDB 3RSEA 2IVPA 4EFHA 3VERA 1D4XA 4H5NA 3DXMA 1NGGA 2YJEA 2W40A 1NGEA 2NRHA 1KAYA 5EX5A 1U6ZA 4JD2A 1S22A 3O8MA 4WQ5A 3KZBA 5AFUH 4PKIA 2E1YA 4B1ZA 5AQUA 3EZWA 2I7PA 2AP1A 1QQMA 1RDWX 2ZF5O 3AY9A 5EVZA 3H46O 3I33A 5AQWA 5FPDA 4CZFA 5AQXA 4H5WA 4HWIA 2QWMA 2WUSA 4PL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZ2A 3PO4A 3M5RA 3LAKA 3MCAB 2A1RA 2BANA 1WAFA 4H8KA 3MX5A 3MCPA 4CJEA 1SL0A 3N4PA 4KI6A 2D5RA 4UQGA 3UIQA 1HQEA 1NGBA 4DSFA 1L5UA 5C25A 4E1MA 4DTXA 3VF4A 4PY5A 1ZBFA 4MQ3A 2AA4A 3U9DA 4JKAA 1MA9B 4BVOA 2F4VK 3NH0A 2JWLA 4B3MK 4DCHA 4KO0A 1C0GA 2JLEA 2FC0A 3ZLJA 3L2RA 2HHWA 3VETA 1O13A 3DLKA 3OYHA 5AFUA 3QNOA 1IG9A 4AM7A 1RFQA 1ZC6A 4DSKA 3NVMA 4OGEA 5SZTA 1WSFA 4CZEA 1C6VA 3AARA 4DFJA 1BCOA 4YOVA 3CCUN 4CGFA 3MXJA 4DUZK 2G8UA 3ZSYA 1RGIA 3LPTA 4CIFA 3OYIA 4WQ5C 2ITGA 3ZEUB 3R1XA 4BC2A 3HOTA 5LL6Z 4KAZA 3FZHA 4FLZA 2Q97A 3F9KA 3ID6A 1N33K 3I0RA 4DR3K 5EOYA 1VQON 1EWQA 1Q82O 4F3TA 2DFFA 2FF6A 5KQDA 1TK0A 3MEEA 1FK9A 2WC9A 4BR0A 3F5TA 3THYA 1KSPA 2GTDA 4XH1A 4DFPA 3ZETA 3L6QA 4GV3A 2Y1IA 1V4TA 2P9SA 3LP0A 2J4RA 4E0DA 1X1PA 4DHYA 1SL2A 3OYNA 3LAMA 3KTQA 1NK6A 2E2PA 3HPHA 3O9TA 3LWLA 5LMNK 2QXFA 4R5PA 2HHSA 3JYTA 4CGHA 4MO5A 5AZJB 3TSQA 4OPAA 4CESA 2VQFK 1G99A 3QIPA 3LM9A 4RTFD 5DK5A 1IKXA 3ZX0A 1ASVA 3ID8A 4LF9K 1FJGK 1HKBA 1VQKN 3BGRA 4C8KA 1NGIA 1P8ZA 1XC9A 2G8KA 4JYAK 2YHXA 3FZMA 3G25A 4CF1A 3ZSVA 2Q0UA 4KH4A 1Z05A 4BE1A 4OX9K 4NLCA 3U9ZA 1XHZA 2OTJN 4O8UA 2XY7A 4NO7A 1NMNA 4KTQA 3LM2A 4FK2A 2GUPA 4AHSA 2A1SA 4FWPA 4DV7K 1GLJO 3UKRA 2O8BB 4HCBA 3AO2A 3AVBA 4U7BA 5DM6L 2VG6A 3DLHA 5KGWA 3B6PA 2QKBA 1S72N 1IG8A 1U45A 3WT0A 3KLFA 2RPIA 1VQ5N 5JVGL 3T69A 3CCRN 2O4GA 1V4SA 2YNGA 3VN5A 1NMDA 3U6FA 3K2PA 3TAMA 3VQPA 2F9WA 3V1QA 3TWHA 2YHBA 4I9LA 1W2BM 4DSJA 4HUGA 2PBDA 2B4JA 3C6HA 3JXUA 2FXUA 3TANA 4CJRA 4E3SA 3KKSA 4CHOA 3FZLA 3OYGA 3NBPA 1REVA 2O8FB 5J2MA 2KHOA 3LANA 3QETA 3MECA 3V9WA 4DTJA 4B08A 5DMRA 1HYSA 3J80O 5JMVA 3CETA 2UXCK 5AQKA 1Q86O 1RT6A 1L3VA 3OYMA 3HM8A 4CFCA 4BWMA 4JI5K 2IGIA 2G8FA 3M8PA 1ZYQA 3PY8A 1RT4A 3RWUA 2DFHA 1OH5A 3OYEA 4B3RK 3U3GA 4CJFA 4Q0BA 5E26A 3ZX2A 4E7KA 4IDKA 5BPLA 3V9UA 4BRMA 2HVHA 3FE1A 1VSHA 1S6QA 2HNDA 4W5QA 4H0OA 4M41A 4JLHA 1B92A 4H0PA 5KPRA 3RMAA 1BHLA 4B9QA 3AVIA 1NGFA 3CF5L 3J8AA 4LF4K 2FBVA 3P38A 3IMXA 3MWPA 4E89A 2HHTA 1XMOK 4N5SA 2IVNA 3PSIA 3ULEA 3KLHA 4B9MA 4M3ZA 1SQKA 4J2AA 3CJCA 4C8NA 2DFEA 3HZ6A 3ZYYX 4BRHA 1KAXA 3QEPA 3ZEUA 1XNQK 1RTIA 2YNIA 3HP9A 5BRFA 4JKGB 2Q31A 3O5BA 5KPTA 2D4WA 1CLQA 4CD1A 4K8XA 2E6LA 4C1NI 4KI4A 3ZX3A 3LDSA 1SUQA 2I5JA 1N6QA 1JLGA 3M3ZA 1X9JA 2JGUA 2P9PB 4FZYA 3H3OB 2QM1A 4CBXA 5FPEA 1RNHA 5BPNA 4EHTA 1HMVA 3A5OC 1BIUA 3VF2A 3FGUA 3MX2A 4J2EA 4AHTA 1WLJA 2PY5A 3OVNA 1UWBA 4IFVA 3W0LA 5BREA 1QHAA 1U2VB 1BUPA 3BF3A 4EP5A 1T7PA 4FJNA 4JI8K 3E9PA 5HBMA 4DLGA 2DTUA 5C42A 5F2RA 3O9SA 2OPSA 1IH7A 3SPYA 4FLTA 3FR0A 3OYDA 3NMUA 1RTHA 2P9KB 3A0IX 3LALA 1XQSC 1BI4B 4DTOA 4B1UB 1S6PA 4JI3K 5FROA 3ZSWA 2ZQBA 5AZJA 4B1WB 4BACA 2ASOA 4JK8A 1H1VA 3IAYA 3L2UA 4N56A 3VEWA 3MAQA 3V9SA 1D8YA 3M8SA 1JLAA 1GOAA 1NU0A 4KHYA 2V52B 3TTCA 4DF8A 3U4LA 4O44A 4O5BA 2Q0RA 3PIOL 1DT9A 3QESA 5AQLA 4KFBA 3LDPA 4BC4A 2CH6A 3VTHA 2NRXA 4QCLA 3C6AA 4O4GA 1CXQA 4FW1A 4MFBA 3G6EN 3SZ2A 1RBRA 3M6GA 3VGLA 2GEMA 4ZTJA 3L3VA 2P51A 1J6ZA 3VF6A 4H03B 4YOXA 5KRTA 5D3GA 3MEDA 1UOCA 4E19A 1CZ9A 2P9UB 1QZ6A 4DU4A 3WNGA 3D2EB 4M7XA 3OYBA 2NNWA 3SQ4A 2IAJA 4GNIA 3L2QA 1E4FT 4DQ8A 1TKDA 3DLLL 1VRTA 3B6OA 1U04A 4XH4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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