3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
b'KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Ribulokinase
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Transferase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
2NRHA 1C0GA 3VEXA 3DXMB 4BRLA 5AQVA 3VEVA 1YAGA 1ATNA 3AAQA 4O5FA 3DAWA 2YHXA 2PBDA 3CI5A 3QMLA 1XQSC 2P9LB 4FWRA 3H1QA 4H5TA 2V7YA 1TUYA 2OANA 1IJJA 3VPZA 3FFKB 1NMDA 4FO0A 2IVNA 3O1BA 5FPDA 3U8XA 1QZ6A 3WXLA 4H0OA 4PKGA 1MDUB 3H3OB 1V4TA 3LDOA 3U9ZA 4BG8A 4BQZA 3J8AA 1NBWA 2P9NA 3MCPA 3ZX0A 5AQLA 4BRPA 5AQZA 3CJBA 4C23A 4CZJA 2Q2RA 3QICA 2GWKA 5LJWA 4BRNA 2IVPA 2YCHA 2ZGZA 3L6QA 1GLBG 5E84A 2E2PA 3GE1A 2VYPA 2W40A 3KHYA 3O6WA 3C7NA 1V4SA 3UB5A 1MWKA 3RSEB 3CERA 4BGAA 4CZHA 5ADXA 4I6MA 3I8BA 3CJ7A 4PL7A 2D0OA 3CQXA 3HSCA 2CH6A 4B1WB 3H6EA 1SZ2A 3F9MA 2NLXA 5CE3A 2VCPA 3EKSA 4BC5A 2V51B 3L4IA 2P9IA 4H0TB 5AQPA 2Q1NA 5BPNA 1BOTO 4BR2A 4BRGA 4IZ9A 3R8EA 5F2RA 3SJHA 3HZ6A 3O8MA 3CIPA 3EKUA 4BC3A 4CD3A 3VEWA 1GLEG 1HX1A 5BRFA 4XH1A 2VWBA 2E20A 3R6MA 3CJ9A 3VGLA 4RTFD 4O8KA 5AQQA 3GDQA 1TYQA 3WT0A 2YI1A 3QB0A 4IJNA 2Q0UA 1S22A 4K43A 3GG4A 2IIRA 3D2FA 4BGBA 3IMXA 5FPEA 2BTFA 2Q31A 4BRQA 3WXIA 4NB4A 2AA4A 4B1YB 2PAVA 3C7NB 2W41A 5FPMA 4XH4A 5EVZA 4WQ5C 4K42A 3ATVA 4BC2A 4Z94A 3D7EO 2P9LA 3JS6A 1MWMA 2D0PA 2P9IB 3FZMA 4WQ4A 4H5VA 3SMSA 2YJFA 4A2BA 3UKRB 3O08A 2E88A 3ZX2A 3S41A 4MO5A 1BG3A 3CJCA 3UKUA 4H5NA 4J8FA 5ELZA 4EAHD 3M3ZA 3ATUA 4H0PA 5KQDA 5AQKA 3VETA 4BRCA 2A40A 1HKCA 1DGKN 5AQNA 4ISEA 4JN4A 3LM2A 4EHUA 2QWQA 2P9UB 4FWKA 1BDGA 3IDHA 3LDPA 1T6CA 1QQOA 4BRDA 3D2FB 1T6DA 2D1KA 3WUHA 2EWSA 1WUAA 1JCEA 1QQNA 4A2AA 4AM6A 4RCHA 4PKIA 2QWMA 3OHRA 3FGUA 3MK6A 4BC4A 2Q97A 4FPBA 3RSEA 5AZJB 3VESA 4BRMA 1Y64A 5AQJA 4M7YA 1BUPA 3VGMA 2QWRA 1ESVA 4FWOA 4XEIA 2KHOA 4FWPA 5EY4A 2CGJA 5BREA 1RFQA 5EX5A 3UKUB 2A41A 4M7XA 3FZKA 3DWLA 3H3NO 3KZBA 1BA0A 3HI0A 5KPZA 3ID8A 4MLHA 4CZEA 3GBTA 5AZIA 5B8HA 2ZGYA 4CD1A 1YVNA 4LC9B 2E8AA 4HTLA 3A5MC 4BRHA 3QBXA 2F9TA 4H0YB 1Z05A 4RWTA 2DPNA 2CGKA 1KAZA 5JLFA 2QM1A 3VF2A 3B8AX 5BN9A 4BR5A 5JMVA 3BF3A 3FR0A 4FWMA 3W0LA 2H3GX 2ASOA 3CJ1A 4H5RA 4NO7A 3WXJA 3A5NC 1ZBSA 5EOYA 3UKRA 3AARA 1NGJA 3DJCA 3FLCO 4FWLA 1T44A 1E4GT 2P9KB 2E2OA 1HKGA 3BUZB 2FLOA 2V7ZA 5ADXH 3QFUA 4AM7A 3A5OC 2E2NA 4K41A 4IWVA 3D2EA 5AQHA 2P9UA 3AY9A 3WQTA 5AZIB 1X3MA 1NGDA 4ISFA 3HBTA 3ZEUB 4H0VB 4BQLA 4WQ4C 3O5BA 1KAXA 3O80A 5AQRA 3HM8A 1OKJA 4CI6A 2P9SA 4M63C 5AQWA 3IUCA 4CBXA 4WYBA 5AFUH 4BG9A 5JLHA 1TUUA 2CGLA 5AQMA 1NGBA 2IVOA 4FPAA 2HF4A 1SQKA 1NGIA 2ASPA 4BVOA 5AZJA 2FF3B 4HWIA 1H1VA 4BVPA 3HTVA 5AQFA 2QXLA 4BR7A 4GNIA 3LDQA 3ZETB 1ZC6A 3CJAA 3CETA 4IXCA 3ENOA 3WEEB 5BPLA 3FZLA 2P9PA 1NGGA 1DKGD 1J6ZA 4EFHA 4FL9A 4CZMA 1NGFA 5AQUA 2A42A 1WOQA 2D4WA 3D2EB 5EXWA 5KPTA 1CZAN 1K8KB 1EQYA 1HPMA 2A6AA 2Q36A 1C0FA 3BEXA 4JHDA 4BRKA 3VEYA 2P9SB 3MN9A 1BU6O 4A62A 2ASMA 3MN7A 1U2VB 4B1XB 4JAXA 2QW9A 4H03B 2HMPA 3IFRA 3MMVA 1GLCG 3AAPA 3FZFA 3ENHA 1XC3A 3VF6A 4BR4A 2ZWHA 1MA9B 5AQYA 1KXPA 2AP1A 3LDNA 3L0QA 4BRAA 1NGEA 2FF6A 4PL8A 3EO3A 4BRFA 2A3ZA 1GLFO 1X9JA 3WXKA 2E2QA 4E1JA 5KQ8A 1GLDG 3G25A 1YXQA 2P9PB 3FE1A 5BR9A 2CH5A 2Q0RA 4K25A 5BRDA 5BPMA 3QBWA 3O1WA 3FZHA 1BA1A 3ULEB 3VEOA 2FSNA 2P9KA 4FSVA 3GL1A 2V52B 4FOIA 4YDUA 4BREA 4FWNA 3ZEUA 2FSJA 2QWLA 1JCFA 4Y0WA 5F1XA 3U4LA 4CBWA 4DQ8A 1NGAA 4JHDB 5E26A 1HJOA 5BRHA 3BF1A 5FPNA 3SLCA 5LJVA 2FXUA 5I9EB 1NM1A 3EL2A 3MN6A 4PKHA 5F0XA 3SK3A 1QHAA 3EZWA 4DHYA 1HKBA 2ITMA 2GWJA 4GY2B 4B1ZA 1RGIA 3VEZA 2GTDA 1NLVA 3I33A 3KVGA 1GLLO 2YHYA 4IJAA 3ZETA 2YHWA 1D4XA 1SAZA 4B1UB 4BROA 2GUPA 1HUXA 3H46O 1NWKA 2GEMA 3M1FA 4L3QA 3WEEA 3SMPA 4CZIA 2ZF5O 1RDWX 2QWOA 4FOEA 3A8YA 4MLEA 3VF4A 3P4IA 5AQTA 4ISGA 5AQOA 3A0IX 2HF3A 4H0XB 4CJ7A 1NGHA 3VENA 4XH5A 3CQYA 4JD2A 3U9DA 3C0BA 2NZTA 2J4RA 1K8KA 1ATSA 3R9PA 4B9QA 3H45C 2BUPA 1Q18A 5AFUA 4DCHA 1XUPO 2QWNA 3MDQA 4QS8A 2FSKA 1U2VA 4FWSA 3ZX3A 1DEJA 2WUSA 3DXKA 5AQGA 3GOIA 5JICA 4FWQA 4BR0A 1P8ZA 3H1VX 3EN9A 1BO5O 2UYTA 2P9NB 4KBOA 3UE5A 1JCGA 1S3XA 1X3NA 2I7NA 4CBUA 4CZFA 5LY3A 1Z6RA 1ATRA 4QS9A 5AQSA 5BN8A 3VERA 1QZ5A 4CZGA 2E1YA 2QWPA 1G99A 3VOVA 3A5LC 3DXMA 3ULEA 1E4FT 4I6MB 3O4WA 1YUWA 1ZXOA 4F9OA 4IO8A 3LL3A 1U6ZA 4JD2B 3CHWA 2I7PA 3TU5A 3LDLA 3WQUA 3W3DA 5AQIA 3TPQA 1LCUA 1GLJO 4BR9A 4DB3A 1GLAG 4CZLA 4CZKA 4H5WA 3VGKA 3LM9A 1R59O 3DXKB 5TKYA 3JXUA 3MN5A 1NGCA 3QDKA 4EIAA 5AR0A 5AQXA 4WQ5A 3M6GA 4MO4A 4YDUC 1TYQB 3BP8A 4QS7A 4A61A 4BRIA 3QFPA 1IG8A 5KPRA 2GELA 2HOEA 4EHTA 4JNEA 1HLUA 1QQMA 2A5XA 1LOTB 2F9WA 2YJEA 4B1VA 2E1ZA 1BWFO 1KAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEXA 2Z1IA 3NF9A 3CPEA 1JLGA 1VQPN 3VEVA 4EZ6A 1YAGA 3QMLA 3ZSVA 5HL7L 3H1QA 1OVYA 3QINA 4H5TA 1JXBA 4A5BA 3OS1A 1QVGM 3RMDA 1QSLA 4DF4A 5FPDA 2NUBA 4EP5A 5GADP 4KB0A 4LY7A 3H3OB 4FW1A 5HLFA 1IH7A 1BISA 3KJVA 3THXB 4DTSA 3J8AA 3ZX0A 2QKBA 1KVBA 2HBMA 3CJBA 4C23A 4CZJA 3QICA 4E7IA 3KKRA 3EEQA 4JI0K 1XHXA 2HHTA 4CJVA 3L6QA 4ZTFA 4FLWA 1KFSA 3O6WA 3C7NA 3K57A 3QEPA 1MWKA 3F73A 3CERA 3U3GA 4CZHA 3U6FA 3I8BA 3OYCA 2D0OA 3HSCA 4ID1A 4DSFA 1SZ2A 2VCPA 3QEXA 1E3MA 4W5OA 4H0TB 4DTUA 3QESA 4G9ZA 1HPZA 3AVGA 3HXMA 4HUGA 4DV7K 5HROA 5F2RA 4BC3A 1TKXA 4WFNL 4B8CA 2E20A 4KRFA 3R6MA 4DTXA 3VGLA 1A5WA 4J2DA 4LSNA 1QHTA 3PO4A 1EXQA 3HJFA 3WT0A 4CVNE 3VQ6A 1S22A 3GG4A 1KRPA 2IIRA 3IMXA 4LH5A 4CF1A 1KCFA 2Q31A 2AA4A 5TKWA 4O55A 3M8SA 3C7NB 4FLVA 5FPMA 5J2QA 4K42A 2FBYA 3B6PA 3D7EO 2P9LA 2D0PA 4CGJA 1C0UA 3HYFA 4W5RA 3M5RA 3WNEA 2ZJQL 2P5OA 3ID6A 1BG3A 3CJCA 3UKUA 2DFFA 3QEVA 3M3ZA 4FM2A 4DKWA 3N4PA 3PLAA 4DR2K 2NRVA 4EHUA 4ILGB 1BDGA 3HO1A 2D1KA 4B9NA 1VSFA 2QXFA 4KHNA 3HVRA 4AM6A 1L3TA 1WSHA 3VMFB 4FYDA 3TR8A 3VESA 1ZBHA 4F3TA 5C10A 2KZZA 1Y64A 4M7YA 3JAMO 1BUPA 3TAMA 3HK2A 2UUBK 3JYTA 2E4LA 1NK9A 3V1QA 1SKSA 4KHWA 2IDOA 5EY4A 2HHWA 5J2PA 3SNNA 4W5QA 1RFQA 1KQSM 3UKUB 5CYQA 3CPWM 3FZKA 2RPIA 4JS4A 4DR3K 4CFCA 1JLAA 3RR7A 4NLCA 4MLHA 1NJIO 3LWLA 3VA3A 4CD1A 4F8RA 4GW6A 4F2SA 1LW2A 4HTLA 3AO1A 4RW7A 1VQ9N 4CK2A 4FJLA 4J2BA 1LW0A 3AVKA 3AA2A 3VF2A 2QA4N 3IRXA 3BF3A 1B92A 4OVLA 3W0LA 2OCEA 2H3GX 3CJ1A 4H5RA 4NO7A 1C1CA 3RRGA 4J2EA 3PV8A 1JL1A 3RMBA 5EU7A 1U47A 3T1YK 2P5GA 4K8XA 4WE1A 3UKRA 3AARA 3OYFA 3DJCA 4X64K 4DR4K 4PY5A 1EO1A 4LF9K 3ENBA 4DSJA 4IWVA 1VQNN 1HNVA 3AY9A 1RDCA 1X3MA 3HBTA 4Q5VA 3O80A 1OKJA 4M63C 4E7JA 4CBXA 1OH7A 3THYA 3SQ2A 2IVOA 3DLKA 3MXIA 4WFAL 1N5YA 3ZT1A 4E7KA 4BVPA 5E41A 2FBTA 4GMJB 3TSUA 4BWJA 1IBMK 4MDAA 4WF9L 1FXXA 3CJAA 2ZQBA 3ENOA 1DKGD 2VWJA 1RTDA 1QSSA 4EFHA 4FL9A 3ZT3A 3K5OA 1L3VA 3BY5A 4CK3A 1WOQA 5BR8K 3C6TA 5KPTA 3L2QA 4KI6A 3QEIA 1CZAN 1K8KB 4CJKA 1VSEA 3CC7N 4FJGA 3HPGA 1OH5A 5GIOA 4DFJA 1IBKK 3MN9A 2HHVA 4MFBA 1BU6O 4A62A 3L2UA 4JAXA 4H03B 2ETJA 4CJEA 3FZFA 2G8KA 1XC3A 3VF6A 4BR4A 4YY3K 4FLYA 3RVCA 3CCLN 3THWA 1KFDA 4HUFA 4KHPK 2UXCK 1QQCA 1S1TA 2FF6A 4PL8A 4BRFA 1NK5A 1OH8A 3G25A 2O8FB 3NF6A 1VSJA 5BR9A 4DS4A 2EHGA 2Q0RA 3SI6A 3C65A 3O1WA 3FZHA 3ULEB 3VEOA 4BE1A 4FLTA 2QKKA 3ZSYA 1NOZA 3KKSA 1OH6A 3AA3A 4M3UA 5FROA 4Z4FA 1RDBA 3NGZA 3U3YA 4YDUA 2FBVA 4FLUA 3ZEUA 3RTVA 3O9SA 4Y0WA 4CIGA 5F1XA 4CBWA 4DQ8A 2ZJRL 2YNHA 3BF1A 2XY8A 1NM1A 3EL2A 4NLBA 2NRWA 1KVAA 5C15A 1QVFM 1S6QA 4JKGA 2YHBA 2HNZA 1TKDA 2GTDA 3KVGA 3R3LA 3D6RA 2YHYA 1UWBA 1ITGA 3ZETA 3NFAA 1MU2A 3H46O 1IO2A 1HUXA 2RF2A 3WEEA 2RKIA 3M1FA 1YJWN 4CZIA 2B5JA 4B3OA 1LAWA 2QWOA 4DV3K 4JK8A 3A8YA 3P4IA 4DMNA 4H0XB 1NGHA 4XH5A 2HHXA 3CQYA 4KTWA 3K5MA 4JD2A 4U7BA 2G8UA 2HBLA 1JLBA 3C0BA 1HQEA 3SBTA 3OA9A 1ATSA 4CF0A 2ZM6K 3AO4A 3R9PA 3AVMA 3C6AA 2BUPA 3LANA 4DV6K 3MDQA 4DSKA 4IEEA 4KH6A 4CJRA 4BR0A 3PSIA 1SL2A 2BH1A 4WCEL 2P9NB 2Z1JA 1TAQA 4HTUA 5IWAK 2O8DB 1A5XA 2I7NA 4HVJA 4CZFA 5HOOA 5CYMA 1ATRA 4DU3A 1WAFA 4IFEA 5BN8A 1QZ5A 2E1YA 2NNWA 1G99A 1VRUA 3WNGA 3AVFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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