3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Transferase
molecule keywords Ribulokinase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
5AQRA 1JCEA 1DGKN 3CQXA 1NGCA 4FWMA 3UE5A 3VGMA 1QZ6A 1X9JA 3VGKA 3ATUA 4O8KA 4QS9A 4NO7A 1V4TA 2FSJA 1X3MA 3ULEA 3EO3A 1ZC6A 1Y64A 2A40A 5AQSA 4FL9A 3UKRA 4CZIA 4RTFD 3IUCA 4PKHA 3QICA 4WQ5C 3D2EA 2D4WA 1QHAA 3LDNA 5AQOA 1NGBA 3P4IA 3ULEB 3WXKA 2D0PA 3H3NO 1ZBSA 2QWLA 4PKGA 3MN6A 3M3ZA 4E1JA 1T44A 1YVNA 2H3GX 2KHOA 4BVPA 3DXMB 1GLBG 5BRFA 3O6WA 3AAQA 4K25A 4B1YB 4CZJA 3M1FA 3R8EA 5B8HA 4Y0WA 5EVZA 4BRAA 4FWKA 3SJHA 4CZMA 3BEXA 4H5WA 2YI1A 2QWPA 3A5MC 4M7YA 5AQKA 3LM9A 4H0VB 2OANA 3VEOA 4BC5A 1CZAN 5FPNA 3VGLA 1WUAA 4AM6A 2HF4A 3VEZA 1MDUB 5JLFA 3W3DA 3J8AA 2PBDA 3H46O 4CBXA 3QFPA 1NLVA 1GLFO 2FLOA 2GEMA 1BG3A 1GLDG 1QQMA 2QXLA 2QWQA 3VF4A 2W41A 3OHRA 3RSEA 4H0OA 4DQ8A 4CBWA 3HZ6A 2D1KA 3LL3A 1WOQA 2A5XA 1HKBA 5TKYA 3CETA 4CZEA 4H5RA 1MWMA 4O5FA 1U2VA 2IVNA 1SQKA 5BREA 4MLEA 2P9LB 4CZLA 4L3QA 2P9SB 3VESA 2Q36A 4EFHA 3LM2A 4B9QA 4HTLA 4BQLA 3SK3A 1P8ZA 4I6MA 4RCHA 3LDPA 2ZGYA 4A62A 1TUUA 2QWMA 1DEJA 2BTFA 3CJAA 1HKGA 5AQZA 4DHYA 2EWSA 5AQHA 5EX5A 1ATNA 5AQJA 4RWTA 3C7NA 5AQTA 2P9UA 1BDGA 3H45C 3FR0A 3U9DA 3VETA 4ISEA 4CZGA 2YHWA 4BRIA 3D7EO 4BRNA 1TYQB 5BRDA 4GY2B 1KAYA 4EHUA 3HI0A 1JCGA 5FPEA 4H0YB 2I7PA 1Z6RA 4FOEA 1J6ZA 4H0XB 3FZHA 4H5NA 5AZIA 3DAWA 1ATRA 3M6GA 1V4SA 3CERA 3UB5A 2ITMA 4BRQA 2FXUA 4CZHA 4GNIA 4EHTA 4WYBA 1TUYA 5BPMA 1XQSC 3U8XA 2AP1A 4BRCA 3SMPA 1NGGA 3R6MA 2Q2RA 2A6AA 1GLJO 5AQNA 1NBWA 1HKCA 1HUXA 3VEWA 3FFKB 4FO0A 3HSCA 5E84A 5AQXA 1H1VA 3WXJA 4ISGA 2NZTA 3MDQA 3ZEUB 2P9UB 4PKIA 1EQYA 4BRMA 3I33A 3H3OB 4BC4A 4C23A 2P9PA 4CZFA 3GG4A 1BA1A 1NM1A 4B1WB 4H03B 3QDKA 3WT0A 4F9OA 1GLLO 3EZWA 2FF3B 3QB0A 5KQDA 3BF1A 5AQLA 3A0IX 5AZJB 2YJEA 1NGFA 4JHDA 4K42A 4WQ4A 5LJWA 3EN9A 5AQUA 4BGAA 4JHDB 4WQ5A 3A8YA 1SAZA 5AZJA 1XC3A 5CE3A 2P9NA 3QMLA 2Q31A 2E1ZA 3CJ7A 3U9ZA 1QQOA 2A41A 2CH5A 3GOIA 1BUPA 2GWJA 2I7NA 3DXKB 5BPNA 4A61A 2P9IB 1U6ZA 4J8FA 4CD1A 1BWFO 4FWQA 3KZBA 5E26A 5BR9A 3GBTA 2A42A 4BRDA 3L6QA 3EKSA 3RSEB 4H5TA 1GLCG 2E1YA 5BRHA 3A5NC 5AQMA 1T6CA 4FSVA 4FPAA 4JD2A 5JLHA 3CJ9A 2GUPA 1LCUA 3FZMA 3QBWA 4KBOA 4B1UB 1BOTO 1TYQA 1S3XA 1KAXA 2VYPA 5AR0A 3O4WA 3ZETB 4PL8A 3CJ1A 3DWLA 4AM7A 1K8KA 1X3NA 4B1XB 4ISFA 2F9WA 2P9SA 3IFRA 1K8KB 3FZLA 1ATSA 5KPZA 2CGKA 3TPQA 3O5BA 3S41A 1MA9B 5EOYA 3D2FB 2CGLA 5AQWA 2ASPA 2P9KA 3LDQA 5LJVA 1U2VB 4FPBA 3FGUA 1HPMA 2QWOA 3O8MA 4H0PA 4K41A 4WQ4C 1OKJA 1E4FT 3DXMA 4BR2A 3MMVA 4BRPA 3H1VX 2V52B 3G25A 5F2RA 1XUPO 3ENHA 5F0XA 4BC3A 3WXLA 3VF2A 3UKRB 4FWLA 3U4LA 3R9PA 3FE1A 3SMSA 3VEYA 3ID8A 1NGEA 3ATVA 3IDHA 3H6EA 3VEXA 3D2FA 4BG9A 3CHWA 3VERA 2Q0RA 1MWKA 5KPTA 2FF6A 4CZKA 5EY4A 3O80A 4BG8A 3CJCA 3MN7A 3D2EB 3O1WA 5AFUA 3O08A 3UKUB 2HF3A 1DKGD 2CGJA 5AQVA 2DPNA 1GLEG 3CI5A 3GE1A 4IJAA 1NGIA 2E2NA 3JXUA 3VF6A 3WEEA 2E88A 3BUZB 5AQQA 4JD2B 3AARA 4BVOA 3ZX2A 3VEVA 2BUPA 3QFUA 2HMPA 1Q18A 1LOTB 3CIPA 2V7YA 3JS6A 4FWSA 4BR5A 1JCFA 4BQZA 4QS7A 1ZXOA 4CD3A 3A5OC 3WEEB 1NMDA 1YUWA 3ENOA 5AQGA 5KQ8A 3GDQA 1YAGA 1NGJA 2WUSA 3KHYA 3CJBA 3VOVA 5BN8A 2YHYA 3H1QA 2AA4A 4M7XA 4HWIA 1KAZA 3O1BA 2W40A 2IVPA 1KXPA 1BA0A 2P9KB 2ZWHA 3MN9A 2Q1NA 2YCHA 4FWPA 1T6DA 5BN9A 3I8BA 4BC2A 4XH1A 1NGHA 4CJ7A 4IXCA 4FWRA 5AQIA 2V7ZA 1ESVA 5ELZA 2IVOA 4H0TB 4IJNA 4K43A 5AQFA 4FWNA 4BR0A 5F1XA 3LDOA 4DB3A 5ADXA 3HTVA 1IG8A 4PL7A 3A5LC 2A3ZA 3HBTA 2NLXA 1IJJA 2FSKA 5AQYA 1QQNA 4CI6A 2ASOA 3MCPA 2HOEA 5EXWA 3ZETA 2UYTA 3L0QA 3WQUA 3ZX0A 2ASMA 4BRKA 1S22A 3ZEUA 5JMVA 1GLAG 3HM8A 2P9IA 4BREA 2GTDA 3FLCO 3DXKA 2CH6A 5ADXH 4A2AA 3F9MA 1BU6O 4BRFA 2IIRA 4JNEA 4BRHA 4XH4A 3WXIA 5JICA 2P9PB 4MO5A 4YDUA 4FOIA 1RGIA 3WUHA 2NRHA 2VWBA 5BPLA 3C0BA 4BROA 3BF3A 2QW9A 1HLUA 2QWNA 1NWKA 4M63C 5AZIB 4IO8A 2E2OA 1SZ2A 2E20A 2VCPA 3B8AX 4FWOA 4DCHA 1C0FA 4YDUC 4QS8A 2E2QA 2QM1A 2Q97A 1QZ5A 3VENA 2D0OA 5KPRA 2PAVA 1G99A 2F9TA 4MO4A 4Z94A 1D4XA 2P9NB 1HX1A 4XH5A 5LY3A 3CQYA 3WQTA 4JN4A 2QWRA 4BGBA 5AQPA 4EAHD 5FPDA 4MLHA 4IZ9A 2V51B 4BR9A 2GWKA 3EKUA 3EL2A 2GELA 4I6MB 5FPMA 3MN5A 3W0LA 3UKUA 3C7NB 3LDLA 1E4GT 1NGAA 2YJFA 3L4IA 2E2PA 3KVGA 4BRGA 1BO5O 4NB4A 2ZF5O 2E8AA 3MK6A 1NGDA 4H5VA 4CBUA 4BR4A 1RFQA 2ZGZA 3TU5A 4JAXA 1HJOA 3QBXA 1RDWX 4B1ZA 1YXQA 3BP8A 3DJCA 1C0GA 3FZFA 3AY9A 2P9LA 4LC9B 3FZKA 4A2BA 4BR7A 3GL1A 1R59O 4EIAA 4IWVA 2FSNA 2YHXA 3AAPA 3IMXA 3VPZA 3SLCA 4BRLA 5I9EB 2J4RA 1Z05A 4XEIA 3ZX3A 5AFUH 4B1VA 2Q0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G4SN 3CFOA 1KRPA 3VGMA 3O3GA 5DM7L 5FRMA 1Q8IA 5J2MA 3ATUA 4O8KA 3CD6N 4QS9A 5FLXO 3NGIA 1NKEA 4JS5A 1JLCA 3EE8A 1Y64A 4JS4A 4DR4K 3UKRA 3KK2A 4KREA 4O55A 3THWB 4BACA 3VQ4A 4FJKA 4JK8A 3T1AA 1VAZA 4PKHA 5KRSA 2F96A 4X66K 3G71N 3QLHA 3TR8A 2D4WA 2PYLA 1YVUA 4CF9A 3E9PA 3WXKA 2NRVA 3H3NO 3OYLA 4PKGA 3L2VA 1TK0A 5M1NA 1YTUA 1T44A 1YVNA 2H3GX 2KHOA 3DXMB 4CFBA 4B1YB 4NYFA 5T7BA 2NRWA 1KLNA 4FWKA 4M3UA 5SZTA 3T7ZA 2QWPA 4M7YA 3CCQN 2G8FA 4Q0BA 1CZAN 4KHQA 3VGLA 1ASUA 1WUAA 4FLUA 4AM6A 2HF4A 3VEZA 2G8UA 1YJ9N 3H46O 5LL6Z 3QFPA 1NLVA 4C8OA 4FK2A 2KLAA 3HO1A 2QKBA 1EWRA 3AGRA 1FK9A 3CCJN 5C42A 2O4IA 4TSXA 1IBKK 4NLBA 3OHRA 4LFAK 3RSEA 4N41A 3HZ6A 1E3MA 3VQ9A 1Q9XA 3B6OA 2GX9A 3M5RA 1WOQA 3U3GA 2PYJA 4CZEA 2HBJA 4DF8A 5A2QO 2IVNA 3AVKA 5BREA 4K8XA 2P9LB 3O9QA 2P9SB 2Q36A 4DLGA 4KHUA 2ZE2A 1JLFA 3C6UA 1BHLA 2G8IA 1RT2A 3SK3A 3KD1E 4I6MA 3SQ2A 2VWJA 5HROA 4M3XA 1TV6A 4HHTA 3LDPA 3M8QA 4CGHA 5GIOA 4A62A 5HL7L 4DTNA 3F9KA 2IDOA 1TUUA 2QWMA 2WONA 3J81O 1VQ9N 1W97L 4DHYA 1RT4A 4RWTA 3FR0A 3OS1A 3HSTB 4F8RA 3D7EO 1TYQB 4EHUA 3QEXA 3P5JA 1Z6RA 2VG7A 3AVIA 4H5NA 3QIPA 5AZIA 1ATRA 4BE0A 1N33K 1UA0A 4BRQA 4HUFA 3MEDA 3L2UA 1TUYA 2AP1A 2OPQA 1RDAA 3T1HK 3PSFA 3SMPA 1NGGA 2HHWA 3VEWA 4KI6A 3FFKB 1U04A 3PO5A 3DI6A 4MDBA 4AHRA 1IG9A 3AV9A 1M1KO 2P9UB 4BRMA 4JKHA 3H3OB 4BC4A 1ASVA 3GG4A 4OX9K 3RVCA 3TI0A 1NM1A 4B1WB 4DTSA 2I5JA 2ITGA 1GLLO 4E19A 3G10A 5AZJB 1C1BA 2NRTA 2ZM6K 3OW2M 4JI1K 2UUBK 5JVGL 1LAVA 1XC3A 3QEWA 2KQ2A 3THYA 3QMLA 4GKJK 2Q31A 3P83D 1QQOA 2D0BA 2ETJA 1JLBA 2I7NA 4A61A 2HVIA 1VSLA 3ALYA 4CD1A 1BWFO 3VQQA 1VSIA 1IBLK 4DV5K 5BR9A 3GBTA 1JXEA 3IAYA 2A42A 1QSSA 4BRDA 3MWTA 3RSEB 4H5TA 1T6CA 5J2QA 4FSVA 4FPAA 2GUPA 3FZMA 3QBWA 1TL3A 1YIJN 1BOTO 3C65A 4YOYA 1TYQA 3ZETB 3DLLL 2O8CB 4DQSA 3DWLA 3QEPA 5H1SQ 1K8KA 3NF8A 4K8ZA 4IEIA 3ZCMA 4CHOA 3O5BA 4DR1K 4CF2A 5JVHL 4G1QA 5LJVA 2ASPA 3I0SA 1NK5A 4FYDA 2EX3A 1S5JA 3FGUA 3O8MA 1VQKN 4WQ4C 4J2EA 1RBUA 3MMVA 4DSKA 3H1VX 3OYAA 3G25A 5DK5A 1WSGA 3ENHA 1O1WA 3RMDA 1BGXT 3WXLA 4DQQA 2YNHA 4CJKA 2HHVA 3R9PA 4Z4FA 1UAXA 3SMSA 2OTLN 4B3SK 1DT9A 1MWKA 3WXMB 4CZKA 3DOLA 5JS2A 1YTAA 4M45A 3O80A 3O1WA 1NJIO 3CFRA 3U3YA 5AFUA 4JKAA 3CM6A 1DKGD 3SV3A 4KAZA 5AQVA 3GE1A 5HBMA 1KVAA 3AGKA 3WEEA 3BUZB 5AQQA 3OJSA 3AARA 2X6NA 3CIPA 3WNEA 4BR5A 4CHPA 2RHKA 4BQZA 4QS7A 4CD3A 3A5OC 1NMDA 2B5JA 4A57A 1HR0K 2VQFK 4N76A 1UA1A 3GDQA 1T8EA 4LFBK 3TSPA 4F3OA 3KHYA 3TSQA 1N34K 2YHYA 3H1QA 4A59A 1NKBA 4Y1CA 4DQPA 4M7XA 4ZTFA 4FZYA 3P31A 5JS1A 1KAZA 2OZSA 2E4LA 3SV4A 1NKCA 1KLMA 1VHXA 1X9SA 2ZWHA 2KKZA 3SPZA 3IRXA 5BN9A 1BCOA 1VSFA 1L3VA 1C6VA 4IXCA 3OYMA 2IVOA 1RCHA 4O4GA 5M1QA 3N4QA 3OS2A 4BR0A 3O9SA 3VTHA 3LPUA 3TWHA 2HHQA 1JL2A 1F21A 3MXJA 1HYZA 3S3OA 2NLXA 1IJJA 2FSKA 3JAMO 3MCPA 2HOEA 1VSDA 2IAJA 2HNZA 4DMNA 3V1QA 2YNIA 3AA2A 2O8BB 2GTDA 3QNNA 3DXKA 2ZJRL 3M8PA 1O13A 4BRFA 2IIRA 4JNEA 1IH7A 1W9HA 4IDHA 1D9FA 5BPLA 2VWBA 4W5RA 3SCXA 1GOCA 4H8KA 3AVJA 2JGUA 2QW9A 1EETA 3AO1A 3KD5E 5AZIB 2E20A 3SAGA 4CEOA 3G6EN 1WN7A 4QS8A 2E2QA 4C1NK 2Y1IA 1DTQA 5KPRA 4ZHRA 5IT9O 2OA8A 1BCMA 5KGWA 3O9RA 4CEEA 3RR7A 2B6AA 1JLEA 2HHXA 4JN4A 5FPDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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