3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Ribulokinase
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Transferase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
2A6AA 2E20A 3CHWA 2D4WA 3KVGA 4JAXA 1YAGA 3O1WA 3CJ7A 3D2EA 1BWFO 3WEEA 3EZWA 4H0YB 2A5XA 3LDOA 3IDHA 4A2AA 3BEXA 3CJ1A 1ZXOA 4BROA 3CI5A 4BVOA 3DXMA 2W41A 4CZFA 3O08A 4O8KA 3A8YA 3LM9A 1Z6RA 1S3XA 4CBXA 1NGDA 5TKYA 3ZX0A 4M7YA 2IVPA 1QQOA 2H3GX 1ATSA 2P9KA 4AM6A 4CZJA 4XH4A 5BRDA 1BUPA 5AQKA 4B1VA 2FSKA 2W40A 1BU6O 4H5VA 3DXKA 3FZMA 5AZIA 5BN9A 1NGFA 3QDKA 3CJ9A 5LJVA 5AQLA 3WXJA 1ATRA 4CBUA 1X3MA 2GWJA 2YJFA 1JCGA 2BUPA 3QICA 3U9DA 2VWBA 3VEVA 2P9LB 3F9MA 4WYBA 4C23A 1G99A 3HBTA 1KAZA 2PAVA 4YDUA 1NGBA 3I33A 4DCHA 1RGIA 3ATUA 5AQHA 3MN5A 3WT0A 4PKIA 4H5NA 4BRDA 2P9PB 2P9IA 3KHYA 3BP8A 3VF6A 2QWOA 4H0XB 3ATVA 4BQZA 4BC2A 4BRIA 3FZFA 3FLCO 1NGHA 3ZEUA 4H5RA 4GY2B 4EAHD 5KQ8A 2NLXA 1QQMA 2EWSA 1NGJA 4BC4A 2A40A 4FWOA 4BREA 1NGEA 1XUPO 4J8FA 2D0PA 1U6ZA 3MMVA 5EY4A 4FWLA 3HTVA 5F1XA 1Z05A 4FOEA 1E4GT 1MDUB 4B1YB 1WUAA 2HMPA 2E8AA 4IO8A 2FF6A 4MLHA 4EFHA 4A2BA 2Q31A 2YCHA 4B1UB 3UB5A 5E26A 4NB4A 3AARA 3UE5A 1OKJA 2QWRA 3L4IA 1NMDA 3ZX2A 4BG8A 3MN7A 4RWTA 2KHOA 2E88A 1EQYA 4BRCA 3EO3A 3JXUA 3C0BA 4BG9A 4FWKA 4I6MA 3SLCA 3C7NA 3BUZB 4FPBA 1T44A 3UKRA 5I9EB 2FF3B 1GLBG 4FWMA 2E1ZA 1LCUA 3VERA 3GE1A 1SZ2A 3BF3A 3O8MA 2A41A 4QS8A 3H45C 5F2RA 1X9JA 5CE3A 3QBXA 3R8EA 3VEXA 3QB0A 5JLHA 5FPMA 4FL9A 4L3QA 3A5NC 5KPRA 3IFRA 4JHDA 4WQ5C 5AQVA 3GOIA 3DWLA 4FWSA 3M6GA 4DHYA 5LJWA 4XEIA 4B1WB 1TUUA 1DEJA 2V52B 4CZEA 1ZC6A 5ELZA 4BRLA 3CQYA 1XC3A 3WXLA 2ASMA 5AQIA 3D2EB 3WEEB 2AA4A 4WQ5A 4A61A 1U2VA 4M63C 4B1XB 1Q18A 1NGAA 3DXMB 2OANA 4FPAA 3H3OB 2ITMA 3H6EA 1JCFA 1S22A 4BC3A 1YUWA 2D1KA 5AFUH 4CZIA 2P9KB 3KZBA 4FWQA 1IJJA 3I8BA 5AZJA 2IVNA 2QWQA 4B9QA 4FOIA 1XQSC 3VESA 4BRNA 1C0FA 1J6ZA 3DXKB 5AZIB 3LL3A 4CZHA 4CJ7A 4PKGA 3UKUB 4CZKA 4B1ZA 3VGMA 1K8KA 3GG4A 1NGIA 3FFKB 3VGLA 2QWMA 1V4SA 5EX5A 3O5BA 3VPZA 4JD2A 2NZTA 3IUCA 4EHUA 3M3ZA 1LOTB 5AQQA 5AQRA 4BR9A 1X3NA 2A42A 1NWKA 1KXPA 3SJHA 1GLFO 5AQFA 3AAQA 1MWMA 3FZKA 3LDNA 3CJCA 1WOQA 3LDQA 4DB3A 3HM8A 4DQ8A 2GWKA 3EKSA 2BTFA 2P9IB 3D2FA 3ENOA 4RTFD 3WUHA 2UYTA 3B8AX 3WQUA 2Q0RA 3H46O 2V7ZA 1DKGD 3CJBA 5BPMA 1DGKN 2Q0UA 3W0LA 1HKBA 1GLDG 5AQPA 2QWNA 1RFQA 3ZEUB 5AQXA 2PBDA 2J4RA 3ENHA 2ZWHA 2Q1NA 5AQSA 2YHWA 2ZGYA 2P9UA 1QQNA 2NRHA 4FWPA 2P9PA 3VEWA 5FPEA 1HUXA 4BRKA 2E2PA 4H5TA 4E1JA 2P9SA 2HF3A 5AQMA 4CBWA 2E1YA 4A62A 4Z94A 3ZETA 1ESVA 2QW9A 2E2NA 2FLOA 3AY9A 4HWIA 3LM2A 4CD1A 5BRHA 1QZ5A 4KBOA 2QWPA 3QMLA 3O6WA 3U9ZA 4FWNA 3RSEA 4H5WA 2HOEA 3CERA 1YXQA 3GBTA 3W3DA 4O5FA 3ID8A 4IWVA 2ZGZA 4BR2A 5AQNA 3DAWA 4XH1A 3ULEB 4I6MB 5AQWA 3O1BA 2CGLA 2ASPA 2F9TA 3GDQA 4BQLA 3C7NB 3QBWA 2CGJA 3UKRB 1BG3A 5BR9A 2P9NB 5AQTA 5KPZA 3OHRA 4FWRA 4BR5A 1RDWX 3R9PA 3VEOA 5FPDA 1QZ6A 2GUPA 1NGCA 2GELA 1MA9B 1P8ZA 1T6DA 5B8HA 2VYPA 2WUSA 4PL7A 5F0XA 1KAYA 4CZGA 1R59O 3MDQA 4BRQA 5BN8A 1HLUA 4JHDB 4BC5A 5AQOA 1BDGA 3G25A 4CI6A 1GLAG 3SMPA 2GTDA 3HSCA 2E2OA 3CQXA 1D4XA 3QFPA 2FSJA 3A0IX 2YI1A 1TUYA 3FZHA 3WQTA 4FO0A 3VF4A 4BRGA 3AAPA 1TYQA 3LDPA 2I7PA 1U2VB 4PKHA 5BRFA 5BPNA 5AFUA 4H0OA 3VOVA 2GEMA 4F9OA 2QWLA 3WXIA 3VF2A 3VGKA 2Q97A 5KQDA 3L6QA 2QM1A 2VCPA 5FPNA 4MLEA 4BRAA 5AZJB 5E84A 4AM7A 3J8AA 5AQGA 2FSNA 4BRPA 4H0TB 1NLVA 1HPMA 4ISGA 3FE1A 1K8KB 2V51B 4K42A 3R6MA 4XH5A 3MN9A 4JD2B 2QXLA 1NGGA 2A3ZA 1GLEG 1NM1A 1HX1A 4IXCA 5JLFA 4BR4A 3EN9A 2F9WA 1HKCA 4MO4A 4QS7A 3LDLA 1E4FT 3UKUA 5ADXA 3O4WA 4CD3A 3QFUA 4EIAA 4YDUC 5ADXH 3D2FB 3O80A 1CZAN 3IMXA 3H1QA 2CGKA 2P9LA 4H0VB 1SQKA 3FGUA 3A5MC 4IZ9A 4QS9A 3VEYA 1SAZA 4K43A 3TU5A 4JN4A 1GLCG 3MK6A 4BR0A 5LY3A 3H3NO 4BRMA 2P9UB 4HTLA 5AQZA 1C0GA 2I7NA 4ISEA 3H1VX 4BRHA 2ASOA 4IJAA 1BOTO 2HF4A 3CJAA 1QHAA 2P9SB 2YJEA 3S41A 1GLLO 2CH5A 1ATNA 1GLJO 5KPTA 5JICA 2FXUA 4H0PA 3ZETB 3SMSA 5AQUA 3P4IA 4K41A 1HJOA 1BA1A 2IIRA 1H1VA 2DPNA 4CZLA 3RSEB 4M7XA 4PL8A 3GL1A 5EOYA 3L0QA 4MO5A 1HKGA 2V7YA 4JNEA 4CZMA 4K25A 1Y64A 4WQ4C 3VEZA 3ZX3A 3EKUA 3MCPA 5EXWA 2D0OA 1KAXA 4IJNA 4BGBA 4GNIA 3D7EO 3DJCA 3WXKA 1BO5O 4FSVA 4LC9B 3VETA 1BA0A 2Q36A 3A5OC 4H03B 4WQ4A 3HZ6A 3VENA 1V4TA 5BREA 4ISFA 5BPLA 3TPQA 4BRFA 3CETA 3ULEA 2AP1A 1YVNA 5EVZA 4BVPA 1NBWA 3CIPA 2P9NA 3U4LA 3U8XA 1T6CA 2YHXA 3A5LC 3M1FA 4BGAA 5JMVA 1ZBSA 3FR0A 2CH6A 3HI0A 2Q2RA 2YHYA 3MN6A 5AQYA 5AR0A 3EL2A 5AQJA 2E2QA 1MWKA 2ZF5O 1IG8A 3FZLA 1JCEA 4RCHA 4Y0WA 1TYQB 3SK3A 4BR7A 4NO7A 3BF1A 4EHTA 2IVOA 3JS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q5VA 4YOUA 4CF1A 2E20A 1WSJA 3O9QA 1RBSA 2D4WA 3DI6A 2PYJA 3OYHA 1EKEA 4MQ3A 1Q86O 3D2EA 3WEEA 4H0YB 3K5OA 1TK8A 2BE2A 1JL1A 3U3YA 3D0PA 1G15A 1ZXOA 3KWGA 4DR4K 4Z4HA 1W0HA 1NKBA 3C65A 3A8YA 3LM9A 1M90O 4HUGA 2F8SA 4LH5A 2HNDA 2HHXA 4AM6A 4CZJA 1KTQA 1S1VA 3ZSWA 5KTQA 1QQCA 2W40A 4DV2K 4F3TA 4E7HA 1BU6O 3D45A 2B5JA 1XHZA 3T1AA 3F73A 4AHTA 4CGFA 3CPWM 4G1QA 3EE9A 4CBUA 4K8ZA 5GIPA 4OPJA 3JSMA 1C0TA 3ASMA 3DLKA 1FJGK 3CM5A 2UXCK 3TTCA 4NXMK 3QICA 3U9DA 3S3MA 3F9MA 4C23A 1G99A 2KZZA 1C0UA 2PAVA 4YDUA 3L3UA 3E9PA 3CM6A 3MN5A 3WT0A 2YHBA 3VF6A 3ALYA 4IBNA 5HROA 2XRIA 4FJJA 3QINA 3J80O 4FLVA 1KLMA 3ZEUA 2G8IA 1LWEA 1KLNA 2QKKA 2F96A 3VMFB 1XUPO 1VQ8N 1SUQA 5IWAK 3CYMA 4B3RK 2EHGA 5F1XA 4FVMA 1Z05A 1MDUB 2D0BA 4E1MA 3ZSXA 4R5PA 4IO8A 4DTSA 1RTHA 1LW2A 1WBDA 4LF7K 3H08A 4EFHA 3BZCA 1ASUA 3AARA 3UE5A 1TL3A 2QWRA 3ZX2A 3L4IA 1BQNA 2ZM6K 4PQUA 1RT5A 3MN7A 3SYZA 4LFCK 1A5XA 4HTUA 3VA3A 4DG1A 3SNNA 3G71N 2OPPA 4EZ9A 1UA1A 4Z4CA 3C7NA 3BUZB 3WNHA 4FPBA 3IKMA 3UKRA 4CHOA 4FJ8A 4CK3A 4U7BA 1NK5A 4I9LA 1LCUA 4CECA 3AA4A 2NRRA 3BF3A 4LF6K 3OYLA 1M1KO 5CE3A 3QBXA 1L5UA 3R8EA 3V9ZA 3MECA 3QEVA 3QERA 2A1SA 4DV6K 4FL9A 4FW2A 4J2EA 4H4OA 1SL2A 3CFRA 3E1YA 2WFBA 3DRPA 4FWSA 1ZBFA 3CC7N 2V52B 3QO9A 3M5RA 2AJQA 1YHQN 4JI5K 3TSQA 3NGZA 2ASMA 4DR1K 4ELUA 4K8XA 2IC3A 2X6NA 4IFVA 4B1XB 2OANA 5J2NA 3K2PA 3THVA 1RDCA 1S22A 5GAHP 1RT7A 5AFUH 4FJMA 1RTIA 3M8RA 2B6AA 2P9KB 4IOCL 3I8BA 1K73O 1N6QA 2QWQA 3Q7CA 4B3OA 1J6ZA 3DXKB 4WFNL 4I9QA 3TAPA 3MEDA 4CZKA 4Q0BA 4LF8K 3VGLA 4JKBA 2PFUA 4JD2A 1QSSA 1KQSM 2QXFA 3HM9A 2A42A 1GLFO 5AQFA 3AAQA 4OLBA 2O8DA 4H8KA 4OKKA 3CJCA 3LDQA 3RTVA 2GWKA 4JI0K 3AGRA 3OS2A 1T05A 1W9HA 2BTFA 1X1PA 3N4PA 3WQUA 4YOVA 1K6YA 2WONA 2FBTA 1TAQA 5AQPA 3AVKA 4LSLA 2O8FB 1IG9A 5AQXA 1TK5A 4CJSA 4KHWA 1XI1A 2ZWHA 2Q1NA 5AQSA 2NRWA 2HB5A 2NRHA 2P9PA 5GAEP 4CESA 1XNRK 2P9SA 4B9MA 1T7PA 1TKXA 1UWBA 4HWIA 1VAZA 3LM2A 4CD1A 3SCXA 1IH7A 1XC9A 2OZMA 1CXQA 1IKYA 3NVMA 3EYZA 3DLRA 2ZGZA 3AO5A 4CEFA 3RMCA 4CFDA 4BQLA 2F9TA 3GDQA 5LMUK 3QBWA 3P83D 1BG3A 1RBVA 4CGIA 1BI4B 1S6PA 3NF7A 3O9UA 4IO9L 3O9SA 3OHRA 4FJ5A 1NGCA 2GELA 4DV3K 2VYPA 1VHXA 3MEGA 4PL7A 4FXDA 3VQBA 1R59O 5M1NA 4DSIA 3OYCA 4KHYA 4BC5A 4CEZA 1U45A 2ZJPL 2O4IA 4LSNA 1GLAG 3SMPA 4C8MA 2GTDA 5AJ3K 2OPQA 2E2OA 4BWJA 1HNIA 1Y97A 4DU3A 3PX0A 4J2DA 3VF4A 4BRGA 3AAPA 3SUPA 3K57A 1Q9YA 4KHSA 3LDPA 3CF5L 4GW6A 3WNFA 5FRNA 4C1NI 4H0OA 3ZCMA 3PX6A 5GIOA 4RW8A 3L6QA 1JLAA 3SAFA 3OS0A 2BH1A 4BRPA 2KFNA 4FJKA 4CJ5A 1LAWA 4DLEA 1HPMA 5SWMA 1X9WA 4DLGA 4FLXA 3RMBA 2EX3A 3HRGA 3MCAB 2O8EB 1HX1A 1B92A 4QS7A 4PA1A 4CJQA 4LD0A 1E4FT 4JYAK 4E19A 3O4WA 1JLBA 2ZJQL 4YDUC 3D2FB 4FYDA 4KAZA 4Z4FA 4OX9K 4IZ9A 4QS9A 1SAZA 1GLCG 5T7BA 3RRHA 2P9UB 3SUNA 5AQZA 2I7NA 1NG9A 4C8NA 3KD5E 4JI1K 2O8BB 3CCUN 3LDSA 2HF4A 3CJAA 4U67L 4DQIA 2JLEA 3CCMN 3KLEA 3VQ9A 3JYTA 2FXUA 3HOSA 4JLHA 4JEPA 5AQUA 3THYB 1S1XA 4DUZK 5C24A 1JLEA 1H1VA 1I3AA 2LSNA 4W5TA 1JLGA 1ILYA 1XMOK 2V7YA 4I2PA 3VA0A 4JS5A 3AVIA 4H4MA 1U49A 2ATQA 1Y64A 3PSIA 4IEIA 4WQ4C 3C6UA 4N47A 4QAGA 1RBUA 1JLFA 1KAXA 3AVMA 4ELVA 1SKRA 5CY4A 3DJCA 4KO0A 3I55N 3WXKA 4LC9B 3SQ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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