3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Ribulokinase
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Transferase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
5AQTA 2FF6A 2ITMA 2IVNA 4RWTA 5BN9A 4FPBA 3D2FB 3W0LA 5CE3A 3F9MA 2QWRA 3AAPA 2PBDA 4IZ9A 1HLUA 3KHYA 5AQNA 5AQMA 2F9TA 5AQWA 4PKGA 3I8BA 5JICA 4BG9A 2ZF5O 4ISFA 3VPZA 1NLVA 3QBXA 2I7PA 1P8ZA 1V4TA 3VF6A 1Y64A 5LJVA 5FPEA 1MWKA 4H0PA 4BC2A 2V7YA 4I6MA 3O6WA 3DXMB 3ENOA 5AQSA 3UB5A 1HJOA 4BQZA 4PKIA 3D2EA 5JLFA 2W40A 2VWBA 3U4LA 5BPNA 4MO5A 1TYQA 4B1WB 4BRCA 2KHOA 5AQVA 2YHXA 2OANA 5AQJA 2FSJA 2QWOA 2P9UA 2V7ZA 3C0BA 2A41A 1YXQA 2V51B 3VETA 4FPAA 1QQMA 3DXKB 3CJ7A 5E84A 3UKUB 2NRHA 4CD1A 3VERA 3RSEA 1TUUA 4M7YA 3CQXA 2NLXA 3ENHA 2QWQA 4LC9B 3EKUA 2QWNA 3ID8A 3EKSA 3D7EO 4DHYA 1LOTB 2Q1NA 4JD2A 2Q0RA 4BRKA 2V52B 5EX5A 2FLOA 1GLDG 4FWNA 3VGKA 4BROA 1H1VA 1KAXA 3HM8A 2HF4A 2WUSA 3H3NO 3CJBA 1QQNA 2IVPA 2DPNA 4IXCA 1YUWA 1JCFA 4IJNA 1HKBA 3ZETB 2YCHA 4QS7A 3QB0A 3BP8A 1NWKA 3WXLA 3A8YA 5AQIA 3CJAA 1KXPA 1NGHA 2A5XA 3AARA 4AM6A 4BQLA 5KPZA 3MN6A 4JHDA 4PL7A 1JCEA 4MO4A 4CI6A 1ATRA 4YDUC 3LDNA 4HWIA 3VGMA 4H0XB 4CBUA 3EO3A 4FWPA 2ASMA 2P9SA 4EAHD 1GLLO 3EZWA 5AFUA 5BPMA 2CH6A 1U6ZA 3LM2A 4BVOA 4FWSA 3BF3A 4F9OA 5EOYA 3WXKA 3O08A 3WQUA 3GOIA 4H03B 2P9KB 4BRNA 2CGKA 3QMLA 3P4IA 4Y0WA 2D1KA 3LM9A 5E26A 3TU5A 4BR2A 3CI5A 4EHUA 2GUPA 3L4IA 1DEJA 4PL8A 2FF3B 1IG8A 2HF3A 3VEVA 1SQKA 2Q2RA 5KPTA 2CH5A 4IWVA 1OKJA 1ESVA 2P9IA 2QWMA 3GBTA 1E4GT 2YJFA 5LJWA 4B1ZA 5AR0A 3KVGA 4J8FA 5AQLA 4EIAA 1X9JA 5AZJA 2IIRA 3JS6A 3VEXA 5AQHA 3VESA 4FWKA 2ZGYA 4BRMA 1NGFA 3VENA 3AAQA 4JN4A 5ELZA 2BUPA 3W3DA 2I7NA 2Q36A 3DWLA 1SAZA 2AA4A 5FPMA 3UE5A 4CZKA 1NGCA 4CBWA 5AQKA 1JCGA 1QZ5A 1CZAN 3CJ1A 2E2NA 4I6MB 2ASOA 1X3MA 4BRPA 3WUHA 3D2EB 3EN9A 2A3ZA 3LDOA 5AQGA 4XH4A 4M63C 1TYQB 1MWMA 5KQDA 1BWFO 3O4WA 2H3GX 5BN8A 2P9UB 4MLEA 3ZX3A 1U2VA 2D0OA 1BU6O 1X3NA 1RFQA 3FZLA 4PKHA 3VF4A 3A0IX 4CJ7A 3BF1A 1G99A 2VYPA 5ADXH 3H1VX 2HMPA 2P9PA 4BR5A 1BDGA 1KAZA 3O80A 4FOIA 5BR9A 3RSEB 2QM1A 3U9ZA 4BC4A 1NGJA 1R59O 2D0PA 2E2PA 4FWLA 2P9NA 3MDQA 5I9EB 3FGUA 4CZMA 2CGJA 5BPLA 4FL9A 2GEMA 4JD2B 4XH5A 3BUZB 4H5WA 3WXJA 4RCHA 4CZJA 3ATUA 1NM1A 1BG3A 2ASPA 3FFKB 4BRQA 4CD3A 1YAGA 5AQPA 3HTVA 1MA9B 1C0FA 3HI0A 4CZEA 1WOQA 3CHWA 3IMXA 4YDUA 4BR7A 5BRHA 5AQXA 2E2OA 3WEEA 1NGIA 3H1QA 2A6AA 4EHTA 3O5BA 2A40A 4BR0A 2GWJA 3GG4A 5AQFA 1QHAA 3FR0A 4CBXA 1D4XA 4GY2B 2E1ZA 3C7NA 1NGBA 3QDKA 4JHDB 4NB4A 1HPMA 1HX1A 3IDHA 3MN7A 1BOTO 5AZIA 4Z94A 1NGEA 2P9SB 2GELA 3H3OB 2A42A 4BRGA 4BRIA 3CJ9A 3FZMA 3LDQA 1QQOA 3WQTA 1DGKN 2QWPA 3WXIA 3G25A 4DQ8A 1T6CA 5AQOA 4FSVA 1HKCA 5AQZA 4BC5A 4AM7A 4WQ5C 4WYBA 2P9LA 4B1XB 2Q97A 3R9PA 4BC3A 1NGDA 3UKRA 4K42A 2PAVA 4B9QA 4JAXA 5AQRA 1LCUA 3MMVA 4FWRA 3SJHA 3VOVA 3MN9A 2QW9A 2F9WA 1EQYA 1RDWX 4BG8A 4FWOA 3M1FA 3HBTA 5F2RA 1S3XA 4CZLA 1K8KA 1MDUB 3QFPA 3ZEUA 2D4WA 4XH1A 1C0GA 5AZJB 4BRAA 4A2AA 3OHRA 2HOEA 2IVOA 5EVZA 2YJEA 4FWQA 2GTDA 4O8KA 3ULEA 4O5FA 5KPRA 1BA1A 2QXLA 1ZC6A 5AQYA 3SLCA 4HTLA 1HUXA 3MK6A 4A62A 1NGGA 3FZKA 3U8XA 3J8AA 2ZWHA 1BUPA 5AFUH 3FE1A 1V4SA 4K25A 3IUCA 3QFUA 1RGIA 4QS9A 1BA0A 3TPQA 2J4RA 4H5RA 1U2VB 4EFHA 5F1XA 2YHWA 3ZX0A 3D2FA 3DJCA 5BREA 4BR4A 4DB3A 3JXUA 2P9PB 2YHYA 3DAWA 4WQ4C 3U9DA 4XEIA 2E20A 4M7XA 2UYTA 3B8AX 4H0VB 4A61A 2P9NB 5EXWA 3FZHA 1NBWA 1ATNA 2YI1A 3SK3A 4BRLA 5B8HA 3A5NC 4B1YB 1HKGA 1E4FT 3A5LC 3QICA 1GLEG 4ISEA 3L0QA 3O1WA 4NO7A 2W41A 3DXMA 2FSKA 3ATVA 5AQQA 5AQUA 1Z6RA 4H5NA 3WEEB 1GLFO 3HSCA 1NMDA 4BRFA 3CQYA 3BEXA 3S41A 1ZBSA 1KAYA 4H0TB 4A2BA 3M6GA 1GLJO 3R8EA 3GL1A 3GDQA 1TUYA 1XUPO 2NZTA 3M3ZA 3CERA 4ISGA 3VGLA 2FSNA 3C7NB 2E1YA 1YVNA 4DCHA 4GNIA 4WQ5A 5EY4A 3H46O 3DXKA 3UKUA 4QS8A 3H6EA 5AZIB 1Q18A 1S22A 2AP1A 4C23A 3A5MC 3VEYA 3VEOA 1XC3A 4CZIA 3L6QA 3H45C 3I33A 4BGBA 4BRHA 3QBWA 2CGLA 2QWLA 1WUAA 3VEZA 4CZGA 3LDLA 1GLBG 2P9LB 4H5TA 3SMPA 4BR9A 3UKRB 1NGAA 3R6MA 2E2QA 3SMSA 2Q31A 5LY3A 5FPDA 2ZGZA 3MN5A 5JLHA 4K43A 3CIPA 4B1UB 1Z05A 4FWMA 4H0OA 3CJCA 3IFRA 3GE1A 4CZHA 4BRDA 4FOEA 3HZ6A 4L3QA 3CETA 4KBOA 5BRDA 2E88A 4H5VA 4IJAA 3ZETA 1BO5O 1K8KB 1ATSA 2E8AA 4E1JA 2BTFA 4B1VA 1XQSC 3AY9A 3A5OC 3ZEUB 4FO0A 5BRFA 2P9IB 3FZFA 1J6ZA 3LL3A 4K41A 4CZFA 4JNEA 4MLHA 1SZ2A 4H0YB 5KQ8A 1IJJA 1DKGD 3ULEB 3VEWA 3WT0A 1T44A 3ZX2A 2VCPA 1QZ6A 4BREA 5FPNA 3FLCO 5JMVA 1T6DA 2EWSA 2P9KA 3MCPA 4BGAA 3O1BA 2FXUA 1ZXOA 2GWKA 4RTFD 3KZBA 1GLCG 5TKYA 2Q0UA 4IO8A 5ADXA 4WQ4A 5F0XA 3LDPA 3EL2A 1GLAG 3VF2A 4BVPA 3O8MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK0A 2ITMA 4RWTA 1U4BA 4CJPA 1CXUA 3SCXA 1KVCA 4F3TA 4ELUA 3SAFA 4KV8A 3KHYA 2GV9A 5AQWA 2RPIA 2W6KA 4PKGA 4KH5A 1HQEA 3I8BA 1NJXA 4ISFA 1QSYA 1IKWA 3AO1A 3QBXA 1P8ZA 1T7PA 1V4TA 3ZT1A 4KHWA 5FPEA 2V7YA 4AHTA 2O8DB 4I6MA 3O6WA 2BH1A 4JKGB 4ID1A 4PKIA 3DLKA 3NGIA 4HCCA 3NF6A 1J9AA 1TYQA 2E6LA 2RF2A 3RMBA 5AQJA 5C24A 3MEEA 3TAEA 5TKWA 2NRWA 5SWMA 2HHTA 4CHOA 5LMUK 1BQMA 3M8PA 3R1XA 3UKUB 3G71N 2VGMA 2KFZA 3SBTA 3V9XA 3NBPA 3RSEA 1TUUA 1KSPA 2QWQA 3VTIA 4Y1CA 3ID8A 3LWLA 2HHSA 3D7EO 3T1HK 4E7IA 1RDUA 3CMAN 1XHXA 1QTMA 3P83D 1FKPA 3HT3A 4B9TA 1JLBA 3T3FA 1WNSA 4OPKA 2WFBA 3OYCA 1GLDG 1NK8A 3VGKA 1KAXA 3LAMA 2WUSA 3H3NO 4I9LA 4R5PA 3DRPA 4DFMA 1HMVA 2ATQA 2IVPA 2DPNA 4IXCA 1YUWA 1RT4A 1RBTA 3ZETB 3U6FA 3KJVA 3BP8A 4DU1A 1YITN 1WSHA 4BQLA 4CJKA 4IO9L 4J2DA 1QE1A 1YJ9N 1HNWK 2KW4A 2UUCK 1N34K 1IKYA 4W5NA 4YDUC 4HWIA 3O9TA 4CBUA 4DQRA 4DTPA 3VQ6A 2CH6A 4B8CA 3LM2A 4FWSA 1ZBHA 4F9OA 2QK9A 5EOYA 2O8EA 3SUQA 3QMLA 5HRRA 2D1KA 3TU5A 2GUPA 1DTQA 4FJ9A 2Q2RA 1RDBA 1KC8O 1ESVA 2P9IA 4NXMK 3KLGA 5GAGP 4DR3K 3KVGA 4W5OA 1X9JA 1RBVA 5AQHA 3VESA 4FWKA 3VQCA 4JS4A 1YT3A 4GVEA 3O3FA 2I7NA 3NVMA 4JI8K 1TAUA 3UE5A 2OZMA 3OYHA 4CBWA 3KLEA 1QZ5A 1VQNN 4CHNA 4LFAK 1X3MA 4X66K 3T7ZA 1WLJA 3EN9A 2A3ZA 4K8XA 1M90O 3LDOA 3ZT3A 2KKZA 4CECA 2D0AA 2VG5A 1VQON 2P5OA 3C6AA 1U2VA 2R7YA 1X3NA 4M45A 4AHCA 3DOKA 3BF1A 1G99A 1BI4B 3ISNC 5ADXH 4AHRA 3NGYA 1BDGA 1TL3A 1YJWN 3O80A 3KD1E 3RMCA 4JKEA 3U9ZA 1KCFA 2E2PA 4FWLA 2P9NA 2OCEA 3HJFA 4IKFA 4FYDA 1YTUA 4CZJA 3ATUA 2OZSA 4Z4FA 1NKEA 1UA1A 4CK2A 2O8BB 3FFKB 3HL8A 4PUOA 1MA9B 1C0FA 3RTVA 4BR7A 5BRHA 3H1QA 4EHTA 3NH1A 2A40A 4U7BA 1XMOK 1W7AA 3FR0A 2BE2A 1CXQA 4DTMA 4KHUA 1D4XA 1NOYA 3C7NA 1NGBA 1KFSA 3SUPA 3AA2A 4JHDB 4NB4A 1VSDA 1U48A 1YVUA 1RBRA 1OH5A 3DLHA 3H3OB 3QESA 4FVUA 4BRGA 3THXB 3FZMA 3LDQA 1QQOA 3WQTA 4GKKK 1JLFA 5AQOA 3AVKA 1NK5A 1JLEA 4HTUA 2P9LA 4B1XB 1QHTA 4DTRA 5HL7L 4K42A 4KHPK 1JLGA 1LCUA 2F7TA 2VG7A 4XIUA 3DYAA 3CXCM 2QKBA 3VOVA 3TABA 3PUFA 2QW9A 1C1AA 1A5VA 1WSFA 2F9WA 1EQYA 4BG8A 3HPGA 5F2RA 1S3XA 4NYNA 3K58A 4IEIA 2HHVA 4OJRA 4KFBA 3FFIA 4M3ZA 3OHRA 5EVZA 4FM0A 1S5JA 3HVTA 2GTDA 3TTCA 4A57A 3WNFA 3N4PA 3MECA 2QXLA 5AQYA 4G9ZA 3CFPA 1ILYA 5FROA 3MK6A 4DTXA 4GVMA 3NH0A 4LF4K 3D6RA 1JXEA 3CCJN 3CCUN 4K25A 4DQPA 1RGIA 1LAWA 3TPQA 3RMDA 1S6PA 2YNFA 2YKNA 4N5SA 3QEIA 4NYFA 4EFHA 2BDPA 3ZT4A 3SUNA 3RRGA 4FLYA 1Q8IA 4DB3A 3DAWA 1U47A 3DI6A 2YX6A 3HOTA 1EXQA 2BANA 3FZHA 1YHQN 2G8HA 1U04A 4CHZA 4CHYA 3L0QA 4CFAA 1T05A 3K2PA 3O3GA 4ZTFA 4W5QA 1Z6RA 1OH6A 1GLFO 1NMDA 3TAQA 3BEXA 3OW2M 2EX3A 1KAYA 3OBYA 1GLJO 3R8EA 1TKXA 4OX9K 3SI6A 1XUPO 4FW1A 4GNIA 4LFCK 3WNGA 4QAGA 2KTQA 5AZIB 4EZ9A 2AP1A 1W2BM 3B6OA 3HRGA 4CZIA 1TL1A 4DTSA 4FJ5A 3V9ZA 3QBWA 4DF4A 3LDLA 4A59A 4KRFA 3NF8A 2X6SA 3RRHA 3G10A 3UKRB 4YORA 2E2QA 3AVBA 1TKDA 2ZGZA 3OYFA 5JLHA 1TKZA 3AA5X 4B1UB 4H0OA 4JS5A 3IFRA 3SAHA 4CHPA 3AV9A 4MDBA 2QA4N 2FBTA 3CETA 3UIQA 1QSSA 2E88A 2P1JA 3BY5A 1K8KB 3CD6N 1RT1A 1JL1A 2IGIA 4I7FA 1EWQA 3LL3A 1KRPA 3VQ9A 1SZ2A 3ULEB 4IBNA 1VK0A 4V19S 3ZX2A 4BDPA 3LZIA 2VCPA 4OGEA 3L8BA 3SQ4A 3I56N 2EWSA 1WN7A 2P5GA 1E3MA 3OYKA 4I9QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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