3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Transferase
molecule keywords Ribulokinase
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
4E1JA 2HF3A 3MN9A 4YDUA 1WUAA 3LM2A 3ID8A 1YVNA 4H0TB 2GWJA 4A61A 4B1XB 1EQYA 5AQZA 1ATSA 4FWPA 5JLHA 2OANA 1KXPA 3EL2A 1NMDA 3A0IX 4BRGA 4YDUC 5BRDA 4BR0A 4MO4A 3O1WA 3WXIA 4MLEA 2ITMA 1YAGA 3HTVA 1QZ5A 3H6EA 3UE5A 3DWLA 3KHYA 2P9IB 3L0QA 2A42A 4BVPA 1G99A 1K8KA 4FWRA 4EAHD 4FWSA 4BRDA 1Z6RA 3QB0A 3EZWA 3VGLA 3VF2A 3KZBA 3DJCA 1Q18A 3DXKA 4BR5A 4JNEA 4IJNA 3IDHA 4BRPA 3H1QA 5AFUH 3L4IA 1NGEA 1NGFA 1MA9B 3MK6A 3H3NO 3FZMA 3O8MA 4EHTA 1NGIA 3CI5A 3TPQA 4JN4A 3O80A 2WUSA 2A5XA 3FZKA 3MN7A 1H1VA 2YJFA 3J8AA 4B1UB 1BU6O 3A5OC 4PL7A 2VCPA 1X3NA 3FR0A 4H03B 1D4XA 3VGKA 4QS7A 3O6WA 2P9UA 2CH6A 1BA1A 4CZHA 4K25A 4BR2A 3VETA 4BVOA 1E4FT 3HSCA 3MN5A 3WXLA 3DAWA 3QFUA 3WXKA 2P9KA 2IVOA 2F9TA 4M7XA 4DQ8A 4JHDB 1YUWA 2IVNA 3FGUA 2P9NA 1BDGA 4FSVA 3AAPA 3VGMA 4PL8A 5KQDA 1GLAG 3ATUA 3WUHA 3FZHA 1X9JA 5BN9A 3R6MA 4XH5A 2W40A 4BRNA 1NGDA 2QWMA 3ZX0A 4BG9A 1E4GT 4CZLA 2QW9A 1HLUA 4WYBA 4CBXA 2UYTA 4CJ7A 4DB3A 3LDOA 4FWNA 1BWFO 1JCEA 1CZAN 4JD2B 4H0VB 3SJHA 5EOYA 1SAZA 1DGKN 4H0PA 4FPAA 2CGJA 2QXLA 3CERA 3ZETB 2YCHA 1P8ZA 1HJOA 3A5MC 2PAVA 4LC9B 5TKYA 5ADXA 1RFQA 2HMPA 3CHWA 1KAXA 4AM7A 4B9QA 1OKJA 2P9PA 2E20A 1RGIA 1RDWX 4Y0WA 1U6ZA 1TUYA 3H3OB 2QWOA 2AP1A 2A3ZA 2FF6A 5AZIB 1YXQA 2ZGYA 2GWKA 1V4TA 3A8YA 3AARA 4BQLA 4H5TA 1J6ZA 2Q0RA 3GBTA 3WQUA 5ELZA 5F0XA 4BROA 1S3XA 1NGGA 1MWMA 1TUUA 1T6DA 3QDKA 4BC4A 5AQUA 5AQWA 2QWNA 1HUXA 3FZFA 3W0LA 4CZGA 3HBTA 3L6QA 1T44A 2KHOA 3CJ1A 4CZJA 2I7PA 2YHXA 4O8KA 1X3MA 2BTFA 5AQLA 3UKRB 2HF4A 3ULEA 5BRHA 3VEWA 3GDQA 4JHDA 3DXMA 2Q97A 3BP8A 5BPNA 2V51B 3D2EA 4J8FA 3O1BA 1BUPA 2P9SB 5E84A 4BGBA 3ENHA 2J4RA 5AQVA 4FWMA 5FPEA 4EIAA 2NLXA 5AQIA 5BR9A 4BC3A 3QMLA 3ZEUB 2V7ZA 1C0FA 2FXUA 4MO5A 5EY4A 4F9OA 5B8HA 3FLCO 4B1ZA 4H5NA 3VENA 2D0OA 3F9MA 3HI0A 2E88A 1C0GA 3LDPA 3UKUB 5FPMA 4XH4A 1IG8A 4FOEA 3UB5A 4IJAA 1LOTB 5EX5A 4BC2A 4CZFA 3M3ZA 1HKBA 3CETA 3I8BA 4I6MB 4DHYA 2A6AA 2ASOA 2E2QA 3QFPA 4BRLA 1SQKA 2A41A 4QS9A 3CJBA 4CD3A 5AQOA 1WOQA 1ZC6A 4IXCA 2QWLA 3VEYA 2CGLA 2NRHA 2GTDA 1SZ2A 1BA0A 3W3DA 1XUPO 5AQPA 3SMPA 5AR0A 1DKGD 1NGCA 1BG3A 5AQNA 5AQMA 5CE3A 3GL1A 4H5VA 4A62A 4BRFA 4PKIA 4FWQA 3TU5A 4CD1A 3G25A 3D2EB 4WQ4A 1GLLO 4PKGA 3ULEB 3ENOA 2BUPA 4CI6A 3VEXA 4CZMA 1GLCG 3D2FA 4BR4A 1NGBA 5KPRA 3M1FA 2ASMA 4O5FA 3A5NC 5BREA 1HKGA 1QQOA 3IFRA 5E26A 4GNIA 4BR7A 5F1XA 3EO3A 1K8KB 5AQJA 1XC3A 4A2BA 3JS6A 3CJ7A 1KAYA 2ZF5O 2ZGZA 3C0BA 1Y64A 1GLFO 3A5LC 4FPBA 1HKCA 5AZIA 2YHYA 1GLEG 3O5BA 1NGJA 4FWKA 2Q31A 3ATVA 3U8XA 2W41A 3H1VX 2YI1A 2D1KA 2GEMA 4HTLA 3VEOA 2VWBA 4DCHA 1ESVA 2V7YA 3MMVA 4JD2A 3BEXA 4BC5A 5FPNA 2E2NA 2D4WA 3QICA 2P9KB 3CJ9A 4CZIA 2H3GX 5AQHA 3RSEB 3S41A 1U2VB 1NBWA 3I33A 4K41A 3OHRA 4BGAA 4BRKA 4C23A 4L3QA 2QM1A 3MN6A 4EFHA 1GLJO 3QBWA 3U4LA 1BOTO 4RWTA 3CJCA 2PBDA 5FPDA 3HZ6A 4BR9A 5AQKA 5EVZA 3C7NB 3H45C 2P9LA 3R8EA 5JLFA 2FLOA 4BREA 1QHAA 4BRHA 4BRIA 4ISFA 3QBXA 4KBOA 4JAXA 1ATNA 4Z94A 2P9NB 2IIRA 2P9LB 3VOVA 3UKUA 2Q1NA 2P9UB 3GG4A 4FWOA 4B1YB 3LDQA 5LY3A 3EKUA 3VPZA 4H0XB 2Q2RA 5ADXH 4H0OA 4IWVA 3AAQA 1XQSC 2FSNA 3WT0A 3RSEA 2GUPA 1NLVA 4M7YA 1TYQB 1ZXOA 2F9WA 3MDQA 1QQMA 2V52B 3U9ZA 3LL3A 4WQ4C 5EXWA 3LM9A 4BRAA 2E2PA 5BPMA 1QZ6A 3AY9A 3DXMB 3LDLA 4CZEA 3M6GA 5LJVA 3UKRA 5AZJB 4XEIA 1HX1A 1QQNA 5AQXA 4RTFD 3D7EO 2IVPA 4GY2B 2FF3B 3SLCA 3WEEA 5JICA 5BPLA 3ZX2A 3BF3A 3BF1A 2P9IA 5AQQA 4EHUA 2E8AA 1R59O 2E1YA 3FZLA 3WQTA 3SMSA 4HWIA 3WXJA 2QWQA 3EKSA 3LDNA 3VESA 3HM8A 1JCFA 4ISEA 2Q0UA 3D2FB 3R9PA 4B1VA 3FE1A 4B1WB 5AQGA 5AZJA 3VERA 2P9PB 5KPTA 4IZ9A 2E2OA 4BRMA 3JXUA 2VYPA 5JMVA 3KVGA 4IO8A 4XH1A 3ZETA 2CGKA 2YJEA 4QS8A 2Q36A 2NZTA 1T6CA 2ZWHA 3IMXA 5AQTA 2E1ZA 3SK3A 4BRQA 4FO0A 3B8AX 5I9EB 1DEJA 2QWRA 4K43A 3VF4A 1TYQA 3MCPA 5KPZA 1NGAA 4AM6A 3WEEB 5BRFA 4NB4A 1HPMA 1V4SA 3FFKB 4H5RA 5AQRA 4I6MA 3O4WA 2EWSA 2HOEA 5AQYA 3CJAA 4MLHA 1GLBG 4CBWA 2FSJA 4WQ5A 4FWLA 3GOIA 5LJWA 3GE1A 1Z05A 1ZBSA 1JCGA 3CQYA 3ZEUA 1ATRA 2CH5A 4H5WA 5KQ8A 3BUZB 3VF6A 3U9DA 2QWPA 3O08A 1U2VA 4BRCA 4WQ5C 4H0YB 4FL9A 4RCHA 3CQXA 1MDUB 1LCUA 5AQSA 1NGHA 2D0PA 3VEVA 2P9SA 4ISGA 1NWKA 3H46O 4FOIA 3ZX3A 5AFUA 2GELA 2YHWA 2DPNA 4M63C 4BQZA 2ASPA 4PKHA 2AA4A 5BN8A 1GLDG 3P4IA 1S22A 2I7NA 1IJJA 4CZKA 4A2AA 3C7NA 3VEZA 1NM1A 1MWKA 4K42A 1KAZA 3DXKB 3IUCA 5F2RA 3CIPA 1BO5O 4BG8A 3EN9A 4CBUA 2FSKA 4NO7A 5AQFA 2A40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1JA 3SI6A 5C2FA 3CXCM 3LM2A 4A61A 3QETA 1EQYA 1M90O 3NH2A 1KVBA 1SKSA 2OANA 1S1VA 4ZTJA 4IFYA 3WXIA 4MLEA 3CFOA 2KKZA 3UE5A 4ZHRA 2P9IB 2ZD1A 4GV3A 4ELTA 4KTQA 3T69A 5I3UA 3O9SA 3JYTA 1C6VA 4HCCA 3G10A 4JK9A 3THWB 3SUOA 2YHBA 4DKWA 4IKFA 3EZWA 3VGLA 3VF2A 4B9UA 1LAWA 2E5LK 1TKTA 3CD6N 2G8VA 4JNEA 3H1QA 3J7YP 3L4IA 3L3UA 4PQUA 1MA9B 1VK0A 2JWKA 4ELUA 4M42A 5HRRA 3O8MA 4ILGB 4FLTA 3PY8A 2HBKA 3O80A 2E4LA 4XIUA 2WUSA 2A5XA 4A5BA 4CFDA 2DFEA 3THVA 3J8AA 4B1UB 1VSIA 3SPZA 5CHIA 2VCPA 2O8FB 1VSHA 4J2EA 2HHUA 4FJGA 3VGKA 4QS7A 2CH6A 4CZHA 4J2BA 3NMUA 4KTWA 1EKEA 3QIOA 1E4FT 3ITHA 1N34K 3HSCA 3MN5A 2IVOA 4M7XA 4DQ8A 4CK2A 3CC2N 1YUWA 2P9NA 4PA1A 3WNEA 1KC8O 1BDGA 2XY7A 3AAPA 2HHSA 4RW9A 2HBMA 3TTDA 3K57A 1NK9A 3WUHA 3L2VA 5M1PA 1X9JA 4B3TK 2W40A 4BRNA 3RRGA 4CGGA 4NCBA 1E4GT 4CZLA 2QW9A 4O4GA 3LZIA 3O9RA 3SV4A 5LMNK 3P83D 1BWFO 4JD2B 4IO9L 3SJHA 4DR5K 2UXCK 1IO2A 1SAZA 2P5OA 3PO5A 1I39A 1VSJA 2YCHA 5TKYA 3A5MC 4DFPA 2XHBA 3KD1E 3NH0A 1KAXA 2X74A 1VSLA 5M1NA 1XHZA 2HHXA 1RDWX 1TUYA 3TR8A 4JKHA 4DSLA 1S1WA 3TABA 4M3UA 4KV8A 2FF6A 2ZGYA 4H8KA 2RKIA 3A8YA 4BQLA 3RMCA 4IG3A 1IKYA 4BROA 2YV0X 1T6DA 4BC4A 1RT6A 3MWTA 3RMBA 1T44A 4KB0A 3HPGA 4M3RA 3I55N 3ULEA 4IOAL 1B9FA 3BP8A 5BPNA 1X1PA 3KWGA 3P1GA 2HHWA 3OYIA 4FWMA 4I9QA 4DTRA 1UA0A 4BC3A 1C0FA 2G8FA 4CEBA 2O8FA 4CJVA 2E88A 3LDPA 4E7HA 4XH4A 2BGGA 1BCOA 4AHUA 1U47A 4JK8A 4OPJA 1LOTB 5EX5A 4CHPA 1HKBA 1ZBLA 2ASOA 1YJNN 4BRLA 1SQKA 1TK5A 4CD3A 1ZC6A 3DLGA 1N32K 4IXCA 3RMDA 4Z4CA 1L5UA 4AHVA 3ZT4A 4JI8K 1SZ2A 1BA0A 3AA2A 1XUPO 5KRSA 1DKGD 1NGCA 1Z26A 1BG3A 5AQNA 1NJXA 2NRXA 1X9WA 4F8RA 4CD1A 4YORA 2GBZA 3D6RA 4PKGA 2BUPA 4HUFA 1NGBA 5KPRA 4O5FA 2ASMA 3VQ5A 1IBMK 4BR7A 1K8KB 3RRHA 3CJ7A 2YNFA 4DQQA 4KHYA 5AZIA 2YHYA 4JI2K 3E01A 1W9HA 1NGJA 4FWKA 3C6UA 1NMNA 1OH7A 2GEMA 3DLBA 5KGXA 3K59A 4E7LA 5IWAK 3OYEA 1L3VA 4JD2A 3Q7BA 3SQ2A 1KTQA 4DUYK 5FPNA 2R7YA 1QTMA 1CXQA 5HL7L 2P9KB 3LANA 2H3GX 3ZSVA 3BZKA 2IC3A 4KFBA 3QO9A 3CCUN 4EFHA 3G71N 1RTDA 1GLJO 2NRZA 3VMFB 4Z4HA 4WE1A 4RWTA 3CJCA 5FPDA 4DMNA 1KLNA 2P9LA 1IH7A 2QKBA 3K5NA 2D5RA 3KLHA 4FM2A 4CJPA 2IIRA 2P9LB 3VOVA 4DV1K 1IG9A 1TAUA 3HYFA 4LD0A 1VQKN 4RG8A 3LP2A 3UKUA 3QNNA 3SPYA 4FWOA 4B1YB 3MXJA 5LY3A 1Z25A 1WBBA 3VPZA 1ZBIA 2OA8A 3DLKA 3AAQA 3CCRN 3P39A 2UUAK 1GOBA 1HYVA 2G8HA 4M7YA 3P38A 1Y97A 3MDQA 3PO4A 3LL3A 3LM9A 2RHKA 4ID5A 3DXMB 3HXMA 5CR4A 5LJVA 2KW4A 3M5RA 3UKRA 4DTSA 1XWLA 2QTDA 1U45A 1Q82O 5AQXA 4RTFD 1Q9XA 3TAEA 4KRFA 3AVFA 5H1SQ 2FF3B 3ENBA 2D0BA 2HBJA 5BPLA 2QXFA 2BE2A 2EHGA 2P9IA 4FYDA 4CGFA 2KFNA 1FXXA 2E8AA 4CIGA 4M3WA 4HWIA 1K8AO 4N5SA 3PV8A 2Q0UA 3FE1A 4F2SA 5AZJA 3NH1A 1T7PA 2P5GA 4IZ9A 3AA3A 2RPIA 5JMVA 4K8XA 2Y1IA 3ZSQA 3E66A 4BE1A 2UU9K 3SNNA 4O0IA 1T6CA 3IMXA 2WONA 2FBYA 4DQPA 3TI0A 5M1OA 2QWRA 1XMQK 1IKWA 4F2RA 2ZJRL 1KD1O 1C0TA 1JLFA 4AM6A 1W7AA 4CHZA 4NB4A 3VQAA 4LH4A 1V4SA 3VTIA 3FFKB 5SWMA 4CJ5A 2XY8A 4JV5K 1WAJA 3MX2A 4DS4A 1G15A 3ZCMA 4DQIA 4DS5A 1XHXA 5M1QA 3C6HA 1NK0A 4WQ5A 1NK8A 5J2QA 5TKWA 3HVRA 3TWHA 3VF6A 1EXQA 2JLEA 4WQ5C 3EY1A 1RT5A 1HJRA 1MDUB 1LCUA 3VEVA 2WC9A 3NFAA 3L2RA 1JJ2M 4ISGA 3DLEA 1RBVA 4F4KA 3ZX3A 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2UYTA 4FK0A 2RF2A 3LDOA 4KI4A 3DM2A 4JK7A 4C8OA 3KLGA 4FJIA 1KCFA 1NJIO 4H0PA 4FPAA 5EU7A 3ZETB 1P8ZA 3I0RA 1RFQA 4FCYA 3DRRA 4AM7A 3OYBA 1OKJA 2LSNA 4CK1A 4YHHK 2E20A 4OKEA 4WF9L 4EP4A 3EYZA 4JYAK 4CJWA 1U6ZA 4MDBA 3SCXA 2AP1A 3OVNA 2GWKA 4NYNA 2KTQA 2HHQA 3WQUA 4JI6K 2O8DB 2HHHK 2GUIA 1S3XA 1MWMA 5GADP 1TUUA 3QDKA 1EX4A 5AQUA 1FKPA 5AQWA 1VSMA 4JEPA 3NCIA 3AO5A 4I2PA 3HBTA 1VQ4N 4MFBA 2OPQA 3OYCA 2I7PA 1X3MA 2BTFA 5AQLA 3SQ0A 4DUZK 3GDQA 2V51B 3D2EA 3O1BA 4W5QA 1FW6A 1TL1A 4FW1A 4FZXC 1HNZK 3HJFA 3P5JA 4GKJK 3SZ2A 4E19A 2BDPA 3QMLA 3ZEUB 2FBVA 2FXUA 2OZSA 4F9OA 3CFRA 4GKKK 3FLCO 4NYFA 5E41A 4H5NA 4O44A 4KHWA 3F9MA 3HI0A 5HLFA 2IGIA 2HMIA 1OH8A 1ZBUA 4FOEA 1BIUA 3CPWM 4IJAA 3K9JA 1TV6A 4GVMA 4CZFA 3CETA 3I8BA 4FLWA 3QFPA 3CJBA 4DFKA 3DOLA 4CIEA 1JLBA 4KHNA 3KD5E 1RDBA 1S1TA 3ASMA 1WNSA 1BI4B 1C0MA 3AO3A 3AVIA 5AR0A 3PSFA 5AQMA 5CE3A 1TGOA 4PKIA 3D2EB 4K8ZA 4CGDA 4WQ4A 4DV6K 5FLXO 4CI6A 4CZMA 2O8CB 3S9HA 4B3MK 3M1FA 4M3ZA 1HKGA 1QQOA 3G0ZA 4KI6A 5F1XA 4A2BA 2F8SA 3F2KA 3JS6A 1BHLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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