3CJAA

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium and amppnp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 134
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjaA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cjaA02
5E84A 4FL9A 3WEEB 2VWBA 2QWLA 4K25A 3A5MC 4BRPA 4FWKA 1NGBA 2Q31A 4WQ5C 2QWRA 4H0PA 4JHDA 3VEOA 2D0PA 4J8FA 1NGGA 3CQYA 4K43A 3UKRB 4GY2B 5F0XA 5KQDA 2YCHA 2V7YA 3C7NA 3BUZB 3EZWA 5AQHA 5AQOA 1ATSA 3VGMA 4BC4A 1NGJA 2CH6A 1HKGA 4B9QA 4CZKA 3A8YA 2PBDA 3DAWA 1DEJA 5EOYA 3H3NO 4H5VA 5BRDA 1LCUA 2HMPA 3DXKB 3R6MA 2DPNA 4NB4A 4CBUA 4B1ZA 3F9MA 4BR7A 1QQMA 3GG4A 2QM1A 3L4IA 4IXCA 2HF3A 3KVGA 3D7EO 4H0VB 3O5BA 2FF6A 4JNEA 4FPAA 2P9NB 1QQNA 3H46O 4PL7A 3D2FB 4YDUA 3GOIA 3ID8A 2E8AA 2YJEA 2E88A 2Q36A 4BC3A 4H03B 2BUPA 4BVPA 2FLOA 4O8KA 2AP1A 2P9PB 2QXLA 5KQ8A 3ENHA 3LDPA 1ZXOA 3CJ9A 5AQQA 4BR4A 4I6MA 2A3ZA 4KBOA 1XC3A 4QS7A 4QS8A 5FPNA 3WEEA 3O6WA 5AZIB 3MN6A 3ULEB 1OKJA 1NMDA 2PAVA 1MWKA 3WQTA 2IVNA 3LM2A 5BN9A 3UKRA 3CJBA 4EAHD 1GLBG 5AQKA 4CZEA 3CIPA 1U2VB 2YJFA 4NO7A 4AM6A 3CQXA 1GLJO 1K8KA 2Q1NA 4H5NA 2H3GX 2Q2RA 3DXKA 1KAXA 4H5TA 2QWMA 4BRLA 5BRHA 1NGFA 4B1WB 3QFPA 3H1QA 1HUXA 5TKYA 4DB3A 1YAGA 2A6AA 3AARA 3AY9A 4FO0A 2GWKA 3HM8A 3GDQA 3KZBA 4WQ4C 2E1ZA 2P9NA 4A62A 4BRAA 4BVOA 3D2FA 1NGAA 3LM9A 1RFQA 3O8MA 4E1JA 1BA1A 2A5XA 4FWMA 5AQMA 3CETA 4BC5A 1IG8A 4A61A 3DXMB 1C0FA 2ITMA 3LDOA 4MO4A 4RTFD 5AQSA 1NGEA 4M63C 5EY4A 4PKIA 1NBWA 1Z6RA 2VCPA 3RSEB 4B1VA 5F1XA 2AA4A 5LJWA 1CZAN 5AZJB 1S3XA 1ATRA 4JD2A 1KAZA 5AQGA 3VEYA 1BDGA 3ULEA 3CJ7A 2P9IB 5BPMA 4FWSA 1V4TA 2ASMA 4CD3A 2W40A 3UKUB 5JLHA 4FWLA 4A2BA 1GLDG 1X3NA 3QBXA 4GNIA 3VF4A 5AFUH 3W0LA 3CJCA 2FSJA 4Z94A 1EQYA 4H0TB 4BR9A 1HKCA 4BRMA 5AFUA 1Y64A 4BREA 3H6EA 4EHUA 4JN4A 4CZLA 1MWMA 3VGKA 1D4XA 3C0BA 4CJ7A 2QW9A 3GE1A 3QBWA 5BRFA 1T6CA 1NWKA 5EXWA 4H0OA 1IJJA 3O1BA 5JICA 3VENA 3CJAA 4L3QA 3MMVA 1DKGD 1T44A 4BQLA 3A0IX 3VEXA 1WUAA 3FZKA 4ISFA 4PKHA 3ZX2A 3O80A 3MN5A 3M1FA 2HF4A 3GL1A 1HJOA 2ZGYA 5KPRA 1S22A 3FZMA 1YXQA 3DXMA 3BF1A 5KPZA 1TYQA 2Q97A 2E2PA 3CJ1A 3RSEA 5FPEA 4DQ8A 2A42A 2V7ZA 5AZJA 5BN8A 3MCPA 1X9JA 1YUWA 2ASOA 2P9IA 3FGUA 3WQUA 5ADXA 2CGLA 3ZETB 3H3OB 3MN9A 4H5WA 3R8EA 3VEZA 2P9SB 3CHWA 5AQJA 1P8ZA 1BOTO 2KHOA 3EN9A 1NGHA 1ESVA 3H45C 2W41A 2ZF5O 4WQ5A 1NGDA 3AAQA 1SQKA 3QICA 2D4WA 1JCGA 2ZWHA 4BGAA 1ZC6A 3IUCA 2GWJA 3OHRA 2P9KB 3L6QA 3ENOA 4K42A 5BPNA 3ZEUB 3SJHA 2ASPA 3SK3A 3SMPA 3U9ZA 4DCHA 2V51B 1BO5O 3B8AX 1QZ6A 4CBWA 1HPMA 5JMVA 3LDLA 2QWPA 3WT0A 3FLCO 3MDQA 5EX5A 3WXJA 3HBTA 4HTLA 4IWVA 4MLHA 1C0GA 1E4GT 4BROA 2E2NA 4BRHA 1QHAA 2QWNA 4H0XB 3O08A 3TPQA 3VPZA 2E1YA 5CE3A 4A2AA 2FF3B 2IVOA 4M7XA 3ZETA 1J6ZA 1LOTB 4CZHA 2P9PA 4K41A 1BU6O 3JXUA 2P9SA 3VEWA 1GLAG 3WXIA 1NLVA 3VGLA 1SAZA 3WXKA 1TUUA 3G25A 3U8XA 1JCFA 2GEMA 5AZIA 1XUPO 4IJAA 2QWOA 1MDUB 5ELZA 1H1VA 1X3MA 4B1XB 3O4WA 3BEXA 3EKSA 3EKUA 3IFRA 2P9KA 3LL3A 5FPMA 3ZEUA 2V52B 4EHTA 4BRFA 1U2VA 4CZJA 4O5FA 3QDKA 1G99A 3DWLA 4FWQA 2D0OA 4XH4A 5F2RA 1SZ2A 4ISGA 4IO8A 4YDUC 4EFHA 3W3DA 1BUPA 1YVNA 3CI5A 2E2OA 4PL8A 2GELA 1GLLO 2NZTA 5AQZA 3S41A 5AQYA 4CI6A 4CZFA 3P4IA 2A40A 4I6MB 3U4LA 1XQSC 1BG3A 4Y0WA 3UE5A 4RWTA 3ZX3A 5KPTA 2HOEA 3FZHA 2WUSA 1ZBSA 5JLFA 2IIRA 3M3ZA 4CZIA 2P9LB 3FFKB 5ADXH 5BREA 2CH5A 2EWSA 3VF2A 4CD1A 1MA9B 5AQXA 2IVPA 1BWFO 3FR0A 4DHYA 1K8KB 3M6GA 3CERA 2CGKA 4B1UB 3SLCA 3UKUA 4PKGA 1QZ5A 3IDHA 3QFUA 3FZLA 5AQTA 3HSCA 4FWOA 2D1KA 2UYTA 3AAPA 4BRCA 2QWQA 3SMSA 2YHYA 3ATUA 4BRKA 3IMXA 2I7PA 4BQZA 5AQNA 5LY3A 3LDNA 2BTFA 3BF3A 2NLXA 1HLUA 2VYPA 5AQIA 3L0QA 1BA0A 1RDWX 4BRDA 4LC9B 3A5OC 2FSKA 2ZGZA 3KHYA 3ZX0A 2I7NA 4IZ9A 1WOQA 4BG8A 2OANA 2YHWA 2J4RA 4FWRA 4CBXA 2GTDA 2P9UB 3TU5A 3A5NC 3MK6A 3HZ6A 4HWIA 1QQOA 3D2EB 3I33A 5E26A 4BGBA 2E20A 4FOIA 4JD2B 3QMLA 2Q0RA 2Q0UA 4BC2A 4FWNA 4FOEA 4BRIA 3EO3A 3I8BA 3BP8A 5AQVA 4B1YB 4H5RA 2GUPA 3VEVA 1GLFO 2P9LA 4MLEA 3UB5A 3VOVA 4CZGA 4F9OA 3HTVA 4EIAA 5AQUA 1DGKN 3O1WA 1NGCA 1KAYA 2F9WA 4CZMA 3U9DA 1HKBA 2FSNA 3J8AA 1NM1A 4JHDB 3DJCA 3C7NB 1HX1A 1E4FT 5AQLA 4FWPA 3MN7A 4XH1A 5AQWA 3H1VX 4BG9A 2YHXA 1ATNA 3FE1A 1Z05A 3QB0A 3A5LC 3VERA 1V4SA 4RCHA 4BRNA 3EL2A 3VESA 5EVZA 3WUHA 4FPBA 4H0YB 4XEIA 5FPDA 1NGIA 3WXLA 4ISEA 1R59O 4BRQA 1GLCG 2FXUA 2F9TA 3ATVA 3VETA 4M7YA 2P9UA 2E2QA 3HI0A 4JAXA 1TYQB 4BR0A 4QS9A 5AQPA 3R9PA 3D2EA 3GBTA 2YI1A 1GLEG 5BPLA 4XH5A 1T6DA 1RGIA 1TUYA 3JS6A 4FSVA 4IJNA 4AM7A 4WYBA 4C23A 3VF6A 5BR9A 5LJVA 4BR2A 4MO5A 5AR0A 5AQRA 2A41A 1U6ZA 3FZFA 5I9EB 1JCEA 2NRHA 4WQ4A 1Q18A 4BR5A 1KXPA 3LDQA 2CGJA 5AQFA 5B8HA 4BRGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWBA 2QWLA 2VWKA 3CQ8A 3A5MC 4AQYK 4BRPA 4FWKA 2Q31A 3MEEA 2QWRA 1HJRA 4IFEA 5FRNA 3CQYA 3ISNC 2OZSA 2X74A 3PSIA 1KFSA 4M42A 4IFYA 2F4VK 3NGYA 1NGJA 4CHPA 3VQAA 4FJHA 1TK0A 2PBDA 2ZE2A 2RE2A 5BRDA 3DLHA 2E4LA 1BI4A 4NB4A 3RTVA 4B1ZA 4IEEA 3AVLA 3C6HA 3F9MA 3GG4A 1JLGA 4PWDA 4DFMA 3LZJA 3SCXA 3AVGA 4FJ9A 4DUZK 2P9NB 3DLGA 3ULDA 4KO0A 3D2FB 1FJGK 5D3GA 1B92A 2E88A 4M41A 4FJ8A 2P9PB 2QXLA 5KQ8A 4FVMA 3LDPA 1ZXOA 4BR4A 1QTMA 2A3ZA 2NRWA 5FPNA 4YHHK 3O6WA 3MN6A 1NMDA 3QESA 4CJTA 4J2AA 3LM2A 3UKRA 2ZJPL 4FJ5A 2FBXA 3OYJA 4UQGA 3AVCA 3MX2A 1YTUA 4O8UA 3BDPA 4KV8A 1IKXA 4H5NA 3MEGA 3T1AA 2Q2RA 4H5TA 4Q5VA 3ASMA 1NGFA 3F73A 4KHQA 4FK4A 3H1QA 2BGGA 4WFBL 1BCOA 3K5MA 4CF9A 1RBVA 3EE9A 3AARA 4JS5A 4J2EA 3T1YK 3ZSWA 3ZSQA 3O9RA 3PX4A 2IOCA 1ZBIA 1WSEA 4X65K 2Y1IA 3O8MA 1RBTA 4E3SA 1BA1A 4FWMA 3AO2A 1K73O 1XWLA 4WCEL 3K9KA 3A2FA 1NBWA 2VCPA 2KKZA 1HYSA 3L2UA 4Z0UA 3PSFA 1S3XA 4JLHA 5AQGA 1BDGA 3ULEA 4O44A 3KLHA 1V4TA 3UKUB 5JLHA 4O0IA 4A59A 4GNIA 3VF4A 1WNSA 3CJCA 3T19A 4IKFA 1RDCA 4FK2A 4BRMA 4R79A 2XY5A 1HNZK 1I39A 1Y64A 4BREA 3O9QA 4YOYA 3H6EA 4DV0K 5FLXO 2NRZA 4GV6A 1MWMA 2GV9A 1Q81O 4B3OA 2ITGA 2QW9A 3VQDA 5BRFA 3HM9A 2NRRA 3AGKA 1IJJA 3O1BA 3QNNA 3C95A 1UA0A 3MMVA 1L3TA 1T44A 1WSGA 3A0IX 3C6UA 2DFEA 3FZKA 3ZX2A 4IBNA 2O8CB 2VQFK 3THVA 5KPRA 2PY5A 4ZTJA 3BF1A 2VQEK 4Z4FA 5KPZA 1N32K 4JI4K 4DQPA 3P31A 1N8RO 4E89A 4OGCA 4DQ8A 1OVYA 1HQUA 1VSHA 1FKPA 1S1XA 3I8DA 1X9JA 3TSQA 1VK0A 1YUWA 4PY5A 2P9IA 1QS4A 1J54A 4ZTFA 2CGLA 1S72N 1SS6A 4H5WA 4CESA 4FW2A 2Y1JA 1JL1A 4CEAA 3VEZA 2P9SB 4PQUA 2EX3A 3SI6A 1GOAA 2KTQA 1P8ZA 2KHOA 3EN9A 3O9UA 1NU0A 3DI6A 3AAQA 1SQKA 1VRTA 2D4WA 1HMVA 4BGAA 4KHWA 3SQ2A 4JK7A 3ENOA 4NLBA 1SL1A 3SMPA 3U9ZA 3LZIA 2V51B 4C8KA 3JYTA 4JI2K 5C12A 1HPMA 3FLCO 5EX5A 1TKZA 3VQQA 3AO3A 3OYMA 4HTLA 4KKOA 3E1YA 4MLHA 1X9WA 3V9SA 1E4GT 4B8CA 4JKCA 3CCLN 3WXMB 3AA5X 3KLFA 5DM7L 2ZJRL 3TTCA 3NH1A 3I0SA 4ELUA 3V1RA 4FYDA 2FF3B 4M45A 4DTMA 4UY8O 3ID6A 4YOTA 5C10A 1JL2A 4C8NA 4K41A 1BU6O 1FK9A 3OYGA 3VGLA 3HL8A 2OPQA 3OJSA 2FBYA 3TANA 2GEMA 4MFBA 3DOLA 1XUPO 4IJAA 2ATQA 1MDUB 4CJLA 1T7PA 1L5UA 1BHLA 2RHKA 1IH7A 1BI4B 1KD1O 3BEXA 4F2RA 3EKUA 3SNNA 4AHUA 2P9KA 1QQCA 5K14A 2W6LA 4DSLA 5HRSA 4CZJA 1BISA 4O5FA 3QDKA 2W6KA 2O4IA 1G99A 3I0RA 2B6AA 5SWMA 4FXDA 4CJ5A 1Q8IA 1YHQN 2PYLA 4DU4A 3VA0A 4LF8K 2DTUA 3CI5A 1Q9YA 2E2OA 4OPKA 2GELA 2KFZA 4HUGA 2NZTA 5AQZA 4CI6A 2KFNA 3VMFB 4CZFA 4Y1DA 2A40A 3FFIA 3AVIA 4ID1A 2OTLN 4ILHA 4C1NK 4KFBA 5I42A 4RG8A 4Y0WA 4BY9C 1NJXA 4EZ6A 4RWTA 1EETA 3PV8A 4LF5K 3K5LA 2HOEA 2XRIA 2WUSA 1IBLK 4DU3A 3ZT2A 3SQ1A 1FKOA 2XO7A 4GMJB 1N36K 1NJWA 2P9LB 5BREA 1XMQK 2IVPA 3FR0A 4X64K 3CERA 4DSJA 3SLCA 3QEWA 3FZLA 3QEIA 1VHXA 2UYTA 5HL7L 2QWQA 3SMSA 4EZ9A 4FJGA 3CXCM 3KKSA 4IEIA 4FLZA 2YNGA 1VQ8N 3MECA 2WONA 5C42A 2HBMA 1RTHA 2ZGZA 3KHYA 1SL0A 2I7NA 3PO5A 4CEQA 2YHWA 4FM2A 2J4RA 4FWRA 5FRMA 2WBNA 1EO1A 2XY8A 3TAEA 4B08A 1QQOA 3AA3A 3O3GA 5E26A 2P1JA 2E20A 4CIFA 2Q3SA 3CF5L 3V81A 1RT1A 3DLBA 1C1AA 2Q0UA 2ZJQL 4BRIA 3EO3A 5C2DA 3HK2A 5AQVA 4B1YB 1OH8A 1LAWA 3LP2A 4EIAA 3OY9A 1T03A 1IO2A 2O8BB 3K5OA 4CZMA 3AVBA 3QERA 4XH1A 1XMOK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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