3CJAA

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium and amppnp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 134
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjaA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cjaA02
3C7NB 5AQXA 3BUZB 2ITMA 1LOTB 3HSCA 4KBOA 4AM7A 2HOEA 2FSNA 4H0OA 3VERA 5BR9A 4ISGA 3VGKA 2CGLA 2D0PA 2FF3B 3DXKB 2YJEA 5B8HA 2DPNA 4BR4A 5JICA 2E2OA 1GLJO 2P9UB 1SZ2A 4H0PA 4JN4A 3WUHA 4M7XA 3C7NA 3VEWA 3SMPA 3W3DA 2QWOA 1NLVA 5FPNA 4DCHA 2H3GX 1QZ6A 2FSKA 2UYTA 4QS9A 1NWKA 3UKRA 3CJ7A 3IUCA 4K41A 3U9ZA 2Q0UA 3M6GA 3ZEUA 1T6CA 4BGAA 3O6WA 4JD2B 5AQQA 3VOVA 3R9PA 4A62A 4FPAA 1GLLO 3GE1A 1YAGA 1E4FT 3FGUA 1RGIA 3A5NC 4O8KA 3ZX3A 3CJAA 4PKGA 2D1KA 1V4TA 3CJ1A 3HBTA 3H46O 3IMXA 2IVPA 3EKSA 1X9JA 3LM9A 3UKUB 2HF3A 1S22A 2Q2RA 5FPDA 1WUAA 5E26A 2IVNA 3QICA 4BC2A 3FFKB 2P9NB 3H1QA 5KPTA 1GLFO 3UB5A 4CI6A 4CZFA 1KXPA 4BVOA 4CZEA 3GL1A 4QS7A 3A8YA 4IJNA 4ISEA 4EFHA 3QFPA 2P9PB 3UKUA 3QMLA 3RSEB 3O08A 2P9LB 1HX1A 2ASOA 5AZJA 1BA1A 4A2AA 2YHXA 3FLCO 3MN9A 1NGCA 5KQDA 2WUSA 4H0XB 4BRAA 3O80A 1DKGD 1J6ZA 5AQWA 3O1BA 5AZIB 5F1XA 1GLCG 4H5TA 3P4IA 3AAQA 3ATVA 4B1WB 2A6AA 2E2QA 3I33A 3MCPA 1G99A 4BR2A 5BREA 1MWKA 2Q31A 2P9LA 2QWLA 3L0QA 4H5WA 3A5OC 2QW9A 3OHRA 1Q18A 4BR7A 5EVZA 3ENOA 2NZTA 3WXLA 4M7YA 3A0IX 2FSJA 3LL3A 2QWMA 5AQNA 3GOIA 5AQTA 3LDQA 3LDOA 2VWBA 5AQGA 4BREA 1BO5O 4K43A 2V51B 3ID8A 2A5XA 4E1JA 4GNIA 1HKCA 4CZLA 5AQSA 1NGIA 2IIRA 5LY3A 2YHWA 4BRCA 5AQOA 4BRNA 4BRLA 4CZHA 5TKYA 2PAVA 2Q97A 1ESVA 2CGJA 3KHYA 4B1VA 4K25A 2GWJA 4FWRA 1P8ZA 1KAXA 1BUPA 3QFUA 4FWPA 3WXKA 2A40A 4BQZA 1X3MA 2ZGZA 4HWIA 5BN8A 3KVGA 4GY2B 1BU6O 3VPZA 4BR0A 2F9TA 3G25A 4MLHA 4CD3A 4BRHA 1ATRA 5E84A 4BGBA 3VEXA 4XH5A 3UKRB 3VEYA 4EAHD 3SLCA 3ZEUB 1X3NA 4FO0A 5BRDA 3VGMA 3GBTA 5AQZA 3MN5A 3WEEB 4FL9A 2P9KA 4FOIA 5KQ8A 3DJCA 3FZFA 4A61A 3ZX2A 1BDGA 5CE3A 5AQLA 3WQUA 1V4SA 3CETA 1HKGA 4FOEA 3EKUA 1HLUA 4H5RA 5AQYA 4CD1A 1XQSC 5AQJA 3VEZA 3JS6A 2V7YA 4XEIA 2YI1A 1NGDA 2V52B 1HJOA 1XUPO 4RTFD 3WEEA 3R8EA 4BG8A 1ZXOA 3CQYA 4FWMA 4PL8A 3FE1A 3GG4A 2E1ZA 3WT0A 1BWFO 2IVOA 3VF4A 4XH4A 3WXIA 3D2FA 4CBXA 4H0VB 3QDKA 2GEMA 2P9SB 1K8KA 1NM1A 3QBXA 2VYPA 3BP8A 4BRGA 2QWNA 3FZLA 3HZ6A 4NO7A 3FZMA 1SAZA 1CZAN 5AZJB 3H3NO 4B9QA 2ASPA 4RWTA 5AQHA 4FSVA 3VEOA 2GTDA 5BPLA 1GLEG 3O4WA 5AQIA 4EHTA 2PBDA 4PL7A 3SJHA 2P9SA 1DEJA 3D2EA 3VGLA 4DB3A 1BG3A 3S41A 4BQLA 1YUWA 1GLDG 1JCFA 3O5BA 3U8XA 1NGEA 1NGJA 3LDNA 4EIAA 3H6EA 4H5VA 2NLXA 2ZF5O 4I6MB 4RCHA 4BRMA 4CJ7A 3AAPA 4JHDA 4A2BA 3UE5A 4MO4A 1TUYA 2KHOA 3CI5A 1ZC6A 3ENHA 3B8AX 4AM6A 2QWPA 1GLAG 1R59O 3FR0A 4H03B 1H1VA 1T44A 3FZKA 3GDQA 4XH1A 3MK6A 2W40A 3O1WA 2I7NA 3ATUA 2OANA 2A42A 4EHUA 2QM1A 4YDUA 3C0BA 1NGBA 5BPNA 4I6MA 2FXUA 5EY4A 4Y0WA 4QS8A 2QWRA 4O5FA 1Z05A 4K42A 5BN9A 3MDQA 2E88A 3O8MA 3KZBA 5ADXA 3TU5A 1OKJA 2V7ZA 2CH5A 3M1FA 3VENA 4MO5A 3VETA 4LC9B 3SK3A 3ZETB 3I8BA 1HUXA 1YVNA 4FWQA 4B1ZA 1ATSA 2FLOA 2HMPA 4FWOA 2YJFA 4PKIA 5BRHA 3F9MA 4BRIA 2W41A 3SMSA 4YDUC 1TYQB 4NB4A 4BG9A 4BC5A 3FZHA 3D7EO 2P9KB 2E2PA 3MMVA 1HPMA 1RDWX 3LDPA 1D4XA 4BR5A 1LCUA 3ZETA 5F0XA 3IFRA 4JAXA 4JNEA 3ZX0A 1TYQA 4HTLA 2YHYA 1ATNA 5AQFA 3TPQA 4DHYA 3DWLA 1NBWA 3CHWA 3ULEA 4MLEA 3EZWA 3LDLA 4IJAA 3D2FB 1QHAA 5AQMA 4IO8A 2BUPA 3VF6A 2GUPA 5JMVA 4PKHA 3MN7A 1K8KB 1U6ZA 1NMDA 4CZJA 4FWKA 1YXQA 3MN6A 3CJBA 1QQMA 1SQKA 2VCPA 2D4WA 3HI0A 5AR0A 4BC4A 4WQ5A 3W0LA 3BF3A 1Y64A 2A3ZA 2NRHA 2AA4A 4B1UB 2D0OA 3BF1A 3IDHA 4FWSA 3BEXA 4BRFA 4BRKA 2E20A 3QBWA 5EOYA 3H1VX 3EN9A 4BRPA 1MA9B 3D2EB 3VESA 3DXKA 3CJ9A 2QWQA 3DAWA 2P9UA 2YCHA 3DXMB 5AQUA 4BRDA 5EXWA 1JCEA 1Z6RA 4DQ8A 4BROA 4BR9A 1T6DA 4CBWA 4IXCA 2BTFA 4WQ5C 2E1YA 2J4RA 3J8AA 5LJVA 4JHDB 1DGKN 1QQOA 3HM8A 5JLFA 2HF4A 4FPBA 1U2VB 3JXUA 1NGFA 4CZKA 3A5MC 1KAYA 4M63C 3DXMA 2GELA 3M3ZA 4JD2A 2ZWHA 4ISFA 5I9EB 5AQVA 4WYBA 3H3OB 3U4LA 1C0FA 3WQTA 1MDUB 1C0GA 1XC3A 2P9IB 5AQRA 3CQXA 5LJWA 2I7PA 3QB0A 4WQ4A 3U9DA 1U2VA 2Q0RA 1MWMA 3L6QA 5AFUA 1RFQA 5FPMA 4Z94A 4J8FA 1EQYA 1GLBG 2QXLA 5FPEA 2ZGYA 3A5LC 3H45C 2P9NA 2A41A 5BRFA 2Q36A 3R6MA 4CZMA 2P9IA 4IWVA 5EX5A 4B1XB 2P9PA 3WXJA 3RSEA 4CZIA 1ZBSA 5AFUH 4C23A 5ELZA 4BC3A 4WQ4C 2F9WA 4H0TB 4FWNA 4BRQA 4CBUA 2AP1A 1IJJA 2CGKA 3AARA 1NGGA 5KPZA 5AZIA 2E2NA 3L4IA 1QQNA 4H5NA 4CZGA 2E8AA 1NGHA 1WOQA 2EWSA 1QZ5A 3VEVA 1JCGA 5ADXH 2Q1NA 1NGAA 4IZ9A 1TUUA 3ULEB 3CIPA 2GWKA 3AY9A 1KAZA 2CH6A 5F2RA 1BA0A 3CERA 3VF2A 5AQKA 5JLHA 3EO3A 5BPMA 1E4GT 3LM2A 1S3XA 5AQPA 4BVPA 1BOTO 2ASMA 4L3QA 2FF6A 4FWLA 3EL2A 5KPRA 1HKBA 4B1YB 3CJCA 3HTVA 4H0YB 1IG8A 4F9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GIOA 4DSKA 2ITMA 4ISGA 1NK5A 4RW8A 1SL2A 3DXKB 4CEQA 2DPNA 2E2OA 4JN4A 4KTWA 4M7XA 3VEWA 1JL1A 4NYFA 4JKFA 1K73O 4YHHK 1LAWA 3CPWM 3THYB 2X78A 3U9ZA 3ZEUA 4DS5A 4DV3K 2FBXA 3VOVA 2WTUA 1JLBA 1GLLO 1EETA 3GE1A 3CCJN 1RGIA 3A5NC 3DRPA 1YIJN 1EWQA 4C1NK 4LF4K 1V4TA 2HHTA 3T69A 3IG1A 3IMXA 4DTPA 3CFRA 4CFAA 2Q2RA 3K59A 3V9ZA 3ID6A 1WUAA 3ASMA 4NLBA 2WONA 2QKBA 4E3SA 2P9NB 1YJ9N 3ITHA 1HMVA 4JKGA 1C0MA 3UB5A 4E7IA 5M1FA 3CC7N 4CZFA 1KXPA 3RWUA 3NF7A 3OTOK 1FJGK 3OS1A 4HCBA 3A8YA 3BZKA 3QFPA 4DTNA 3UKUA 3OYMA 3QMLA 3THWA 2P5OA 1HX1A 1TAQA 4DQRA 1NGCA 3O80A 3BY5A 5AQWA 2HMIA 2KTQA 1GLCG 4KHWA 5GAEP 4CJSA 2W42A 2E2QA 3I33A 4C8NA 3BZCA 5BREA 4H5WA 3A5OC 3H08A 4CGDA 1KRPA 3VQCA 1Q82O 1KLMA 5EVZA 1YHQN 3NH1A 4KPYA 1NK6A 5AQTA 3LDQA 2DFFA 5AQGA 1BI4B 1CXUA 1BO5O 2GBZA 3OYFA 1Q7YO 4CVNE 2G8FA 3ID8A 1HKCA 5AQSA 5CYMA 4B9LA 1WB9A 1U48A 2YHWA 4DTJA 4DF4A 2G8VA 1VQKN 3QEWA 4BDPA 4QOZB 2HBKA 3O3HA 3QEXA 4DR7K 3WNEA 3D45A 1VQLN 1S6PA 2NRTA 2GWJA 4FWRA 1P8ZA 1ZYQA 1W9HA 4I2PA 1G15A 3O9UA 1OH8A 2ZGZA 2ZE2A 4HWIA 1DTQA 3SAGA 3G25A 1VQ4N 3VA0A 4CEDA 5FRNA 3O4QA 1MU2A 3ZT3A 1T8EA 4FJHA 2EX3A 1SL0A 3ZSWA 3E66A 4OPJA 5KQ8A 2OPRA 3ZX2A 3NE6A 4DTSA 1VQON 5AQLA 4LF9K 3OYJA 3LAMA 4JV5K 1FK9A 1RDDA 1YVUA 2LSNA 5C42A 4JRPA 4LF8K 2ZM6K 4Q0BA 1REVA 4BE2A 1XUPO 4RTFD 2O8CA 3WEEA 1VQ6N 3KWIA 1JLAA 4CEFA 3V9SA 1SKWA 1S1WA 1U4BA 4XH4A 3WXIA 3D2FA 2HW3A 4JS5A 3EYZA 2OTJN 1VQPN 4OX9K 3QDKA 2YNIA 2P9SB 4KI4A 2WOMA 4CJVA 4BRGA 3FZLA 3HZ6A 1ASWA 2NRWA 4YOTA 4FJ8A 4ELTA 4CIEA 3PIOL 2PY5A 4RWTA 3VEOA 3O4WA 4DFPA 3C65A 3ZLJA 3D2EA 3MAQA 3BGRA 3CMEN 3RRHA 4U7BA 1WLJA 3S41A 1N34K 1YUWA 5CR4A 3DI6A 4OO1J 4DU3A 3CC4N 3SBTA 4DLEA 5CY4A 4MO4A 1TUYA 3CI5A 1W7AA 1GLAG 4Z4HA 3P5JA 3J7ZO 4CF9A 1T44A 2NRZA 3MK6A 3QIOA 2W40A 1HYZA 1TGOA 3IAYA 2OANA 3TAFA 2A42A 4EHUA 4I6MA 5EY4A 4QS8A 4OKEA 2HNYA 1IKVA 2F7TA 4O5FA 3L8BA 1HJRA 2G8IA 5EU7A 4O55A 1HPZA 4Z4IA 3SUOA 3J7AP 2W6KA 3M1FA 1BHLA 1XHXA 3AO3A 4MO5A 4CESA 2RE2A 5GINA 1U47A 1RT5A 5BRHA 2HMPA 4J2EA 3THXA 4CIGA 4DSJA 4BRIA 1RBRA 4JK9A 4LH5A 4YDUC 3M8QA 4DR5K 4X65K 4DR2K 4IEIA 3O3GA 5LMNK 3LDPA 4KAZA 3EE8A 3CPEA 3AVFA 4EZ6A 1LCUA 5F0XA 3NCIA 4NCAA 1ZBLA 4JNEA 4KKOA 4BWJA 4KHNA 3ZYYX 4FJ5A 3CCVN 3E1YA 3AVCA 4FLVA 3CHWA 4B3SK 3LDLA 4W5TA 4CF8A 1YTUA 3FFIA 3MN7A 1SV5A 1NJXA 4W5RA 1NMNA 4JYAK 3MN6A 3CJBA 4BC4A 3W0LA 3SJJA 4IO9L 5C15A 2AA4A 2D0OA 1J53A 3BEXA 1NOZA 1K6YA 1RNHA 5EOYA 3H1VX 4ICLA 3EN9A 3HL8A 4BRPA 5AJ3K 3T3FA 3DXKA 4FZYA 3TABA 3DXMB 5HBMA 2GUIA 4BRDA 1JCEA 1N5YA 4GW6A 4BROA 4BR9A 4YOVA 3KK1A 2BTFA 4WQ5C 3L2RA 5GADP 3S3MA 3OW2M 4X62K 1XWLA 1DGKN 2O8BB 3U3YA 3PX6A 3M8RA 4CZKA 4FPBA 2P5GA 4M63C 1LWCA 4CHPA 3M3ZA 4WYBA 3VQ8A 1C0FA 5H1SQ 4JI6K 3G6EN 3V6DA 2G8KA 5M1OA 1XC3A 1MWMA 4MDBA 3L2WA 3CCQN 3VQDA 3TTFA 3L6QA 1BQNA 3PUFA 1RFQA 5J2QA 3SQ4A 4KH4A 1GLBG 5FPEA 1ILYA 5KRTA 1W2BM 2P9NA 3HVTA 3V81A 1TK0A 3NAEA 1FW6A 4ELUA 2VGNA 3JSMA 1B92A 1DLOA 3WXJA 1QVGM 1DT9A 5GAGP 4F2SA 2OZMA 2AP1A 2UXCK 2CGKA 1VSKA 2XRIA 4J2BA 3S3NA 3L4IA 3RR7A 4H5NA 4CZGA 2E8AA 3VEVA 1QZ5A 1I94K 4AHTA 3EE9A 3OBWA 4FCYA 1VSFA 5ADXH 2Q1NA 1N33K 3ZT1A 4IZ9A 3Q7BA 4R79A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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