3CJAA

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium and amppnp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 134
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjaA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cjaA02
4H5NA 2V7YA 3DXMA 1IG8A 5BRDA 5AQGA 1NGJA 1S22A 2P9LB 4BR4A 3H46O 3QDKA 2V52B 4PL7A 3UE5A 4MO4A 4BR9A 1T6DA 2HOEA 4PKHA 4H5TA 4BRNA 2P9IB 5AQVA 2QWLA 4B1WB 1LCUA 3LM2A 3QFPA 4BRFA 1HKCA 2IVNA 3EN9A 3LDLA 2ASMA 3VPZA 2J4RA 1RGIA 1SQKA 3VOVA 3WQUA 1C0FA 3M6GA 3GL1A 2P9UB 4EAHD 3VGLA 1S3XA 4CZLA 5CE3A 1U6ZA 4I6MB 5FPDA 1NGEA 2ZGZA 1HKGA 5AQOA 4EHTA 1HJOA 2YCHA 2YHWA 3WEEB 3H1VX 3MN7A 2ASOA 4A2AA 1NMDA 2D4WA 4B9QA 1NGIA 4M7XA 1TYQB 3C0BA 3LDNA 4B1UB 3KVGA 3HSCA 3QFUA 4K43A 5BN9A 4A62A 4BR7A 4B1ZA 3O1WA 1JCGA 4DQ8A 3EKSA 3AARA 5EXWA 2A3ZA 4C23A 2E1ZA 3VGMA 4FWOA 3VENA 5AQSA 5BRHA 4AM7A 4RWTA 5FPEA 2NLXA 2ZGYA 3H45C 4BC2A 3MDQA 2AP1A 2P9SB 3LL3A 3FZHA 4H0XB 1MWKA 2F9WA 2VYPA 2AA4A 3ENOA 3VEXA 2P9NB 4CZKA 2GWJA 5KPTA 5AQTA 3CJ9A 1R59O 3JS6A 1OKJA 4JNEA 3O80A 2V51B 1NGDA 2D0PA 2E2QA 5BREA 5AQYA 4FWNA 3I33A 4FPAA 2W41A 1QQNA 4MLEA 2YHXA 1JCFA 1KAZA 1IJJA 1G99A 1BO5O 2CGKA 4QS7A 3D2FA 5AQZA 2P9PA 4CZMA 2EWSA 2ASPA 5AZIA 4BVOA 1V4SA 5EY4A 5B8HA 4QS9A 4CZEA 2PAVA 3O6WA 4K41A 4H0TB 4MLHA 4IWVA 4JHDA 5AQQA 5F0XA 4H0PA 3FZKA 1NGBA 3GDQA 4FWKA 3A5NC 3DWLA 4J8FA 3VF2A 4FWQA 3GOIA 3ZETA 5LY3A 4YDUC 5LJVA 1WUAA 5KQDA 3C7NA 3CI5A 4BRAA 4JAXA 3ZEUA 3BF1A 5AQIA 3VF4A 2P9NA 4BR5A 5KPRA 1MDUB 2I7NA 3I8BA 3FZMA 4CBXA 3FGUA 2W40A 4WQ4C 3KHYA 3VETA 1X9JA 4FL9A 4BG8A 2E2OA 4BRGA 3U9DA 3FZFA 5AFUA 4CZFA 3SK3A 3R8EA 1YAGA 4K42A 2E2NA 3EKUA 2Q36A 3JXUA 3ATVA 5E84A 5AQPA 4NO7A 1X3NA 3VERA 2GTDA 1NGFA 3FFKB 1QZ5A 1DEJA 3GE1A 3ZX0A 1ZBSA 4WQ5A 4YDUA 1GLLO 3BUZB 3ZX3A 2CH5A 3MMVA 3CERA 3UB5A 5AFUH 3WXLA 2F9TA 4I6MA 3O4WA 3L4IA 3SJHA 4BRCA 4CZIA 4IO8A 3S41A 4NB4A 4ISFA 3WXJA 3B8AX 4H5WA 2KHOA 4BR0A 1BA1A 3QBWA 2ZWHA 1NGCA 4XH5A 3CJCA 2QWPA 2UYTA 5TKYA 4M7YA 1QQMA 4BRIA 2IVPA 2OANA 2GWKA 5KQ8A 1KAXA 3VESA 3HZ6A 3O08A 2ITMA 3VEZA 2QXLA 2FSJA 5EX5A 3HTVA 2P9IA 4GY2B 2Q97A 1XUPO 3WXIA 1K8KA 3ENHA 2GELA 3J8AA 4MO5A 1BOTO 1T6CA 3W0LA 3WQTA 2E20A 2P9LA 1KAYA 4RCHA 3QMLA 2QWNA 3LDOA 4BC3A 2NZTA 1HKBA 3ULEB 2QWOA 4JD2B 4PL8A 4A2BA 5AQJA 4XH4A 4PKGA 2QWMA 5AQNA 2VWBA 3FE1A 1ATRA 3BF3A 2VCPA 3ZX2A 1GLFO 1K8KB 2FSKA 3FR0A 4BREA 3UKUB 4H5RA 4XEIA 3VEYA 3TPQA 5BPMA 3A5LC 3DXKB 4AM6A 1TUUA 2FLOA 4CZJA 2E1YA 2GUPA 4HWIA 2A5XA 3H3OB 3M3ZA 2CGLA 4CD3A 5JICA 3WT0A 4FWSA 1BUPA 3DAWA 4FWRA 3LM9A 3CJBA 3RSEA 1LOTB 3QBXA 4JD2A 2NRHA 4K25A 3ULEA 3GG4A 1NWKA 5ADXA 4F9OA 3VF6A 2FXUA 4IXCA 3W3DA 4EIAA 3TU5A 3H3NO 2YJEA 3A5OC 4WQ4A 4O8KA 4RTFD 2A40A 1U2VB 3WXKA 5BPNA 1P8ZA 5AQWA 4CJ7A 2IVOA 3CHWA 3P4IA 1Y64A 1DKGD 3UKRA 2P9KB 3IUCA 5AQUA 4BRLA 5AQFA 1SAZA 2FF6A 5JLFA 1NM1A 3CIPA 4BRPA 1E4GT 1YXQA 3U9ZA 3AAPA 4FO0A 4H0VB 4H5VA 3KZBA 1NGAA 5BN8A 4CZHA 2Q0RA 4BRKA 2QWQA 3SMPA 3VEOA 2Q0UA 2Q2RA 1NLVA 4BGBA 4FSVA 3ZEUB 4BG9A 5BR9A 5AZJA 3BEXA 5F1XA 3VEVA 5AQXA 4BC4A 2FSNA 5FPMA 2I7PA 5EOYA 4O5FA 3QICA 1WOQA 3A5MC 4FWPA 3H6EA 1QQOA 1HLUA 1XC3A 1Z05A 2YI1A 3EO3A 4IJAA 4BRQA 1ZXOA 2E2PA 2ZF5O 2H3GX 3WUHA 5AZIB 2P9PB 1JCEA 4Y0WA 4EFHA 4B1YB 1ZC6A 3ATUA 4EHUA 1GLBG 2QW9A 2D1KA 4WQ5C 4FWMA 3MN5A 1BWFO 1NBWA 1HX1A 3SMSA 1Q18A 2HF4A 4CI6A 5AQKA 5AZJB 4BRMA 3HI0A 3L6QA 4CZGA 4DCHA 1RFQA 4CBUA 1QZ6A 4XH1A 5JMVA 5ADXH 1D4XA 3MK6A 2BTFA 3C7NB 4QS8A 4FWLA 4IJNA 3BP8A 2IIRA 3M1FA 1ATSA 3IDHA 4GNIA 4ISEA 1C0GA 4IZ9A 3ZETB 2YHYA 2P9KA 5AQMA 1NGHA 4JHDB 1NGGA 5E26A 5BRFA 2QWRA 3D7EO 2A42A 1ESVA 3IMXA 4BROA 4BVPA 3D2FB 4CBWA 3CJ1A 1U2VA 2WUSA 1DGKN 2PBDA 4WYBA 4BC5A 1ATNA 3EZWA 3HM8A 5BPLA 1BA0A 1TYQA 5EVZA 3U8XA 1YVNA 3L0QA 1J6ZA 2HF3A 5I9EB 4BRHA 4BR2A 3MN6A 2YJFA 5KPZA 4PKIA 4FOIA 4CD1A 4B1VA 3FLCO 3AAQA 1T44A 2P9UA 1H1VA 3MCPA 2BUPA 3IFRA 1BG3A 4A61A 2Q1NA 3A0IX 2P9SA 2D0OA 5JLHA 4FOEA 1CZAN 1MA9B 3ID8A 3DXKA 3AY9A 3O5BA 3UKRB 3CJ7A 2DPNA 2GEMA 5AQRA 3EL2A 2A6AA 5FPNA 1YUWA 4Z94A 4DHYA 3DJCA 1E4FT 3GBTA 3A8YA 1RDWX 4BRDA 1GLAG 2E88A 1MWMA 4BQZA 3DXMB 1XQSC 1BU6O 1X3MA 2Q31A 3WEEA 3F9MA 4HTLA 4BQLA 3CETA 3RSEB 1GLEG 3LDQA 2V7ZA 3LDPA 4H0YB 5ELZA 1Z6RA 2HMPA 3VGKA 3VEWA 3G25A 1QHAA 5AR0A 4LC9B 4M63C 5AQHA 4E1JA 1V4TA 3FZLA 2FF3B 4H0OA 3R9PA 2E8AA 3O8MA 3H1QA 3CQYA 4BGAA 1EQYA 4KBOA 3MN9A 1HPMA 1KXPA 2A41A 4FPBA 3R6MA 2CGJA 1SZ2A 3UKUA 4B1XB 3OHRA 2QM1A 4JN4A 4L3QA 4DB3A 1GLCG 1TUYA 1GLJO 4ISGA 5AQLA 1HUXA 3CQXA 3QB0A 4H03B 1BDGA 5F2RA 3HBTA 3SLCA 3U4LA 1GLDG 3CJAA 3D2EB 2CH6A 3D2EA 5LJWA 3O1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZBA 1S22A 1BQNA 4BR4A 4JI4K 3QDKA 3LWLA 4PKHA 2IC3A 3WNFA 1BISA 2DTUA 3OYAA 1ITGA 2W6LA 3E9LA 4BACA 2IGIA 3EN9A 4B3TK 3LDLA 2ZQBA 3NH2A 1K8AO 3WQUA 1NJYA 1VSIA 3M6GA 3GL1A 3QIOA 2P9UB 3L2RA 5EU7A 4DR1K 3ZLJA 1RTHA 3L2QA 4JI1K 1HJOA 2YHWA 4UQGA 3MN7A 1NMDA 3ITHA 1TYQB 1T7PA 3LDNA 1XI1A 1S1XA 4NXMK 2B4JA 1U49A 3TSQA 3AARA 5EXWA 5J2QA 3MX2A 1NK9A 3VGMA 4K8XA 4M3ZA 1N6QA 3CPWM 4E7LA 4RWTA 3CCSN 1UOCA 1Q82O 2NRZA 1VSDA 1HYSA 1N32K 3K57A 1U45A 3K5MA 3LL3A 4H0XB 2VYPA 2O8FB 2P9NB 4CZKA 4B3OA 1EX4A 2D0CA 4CK2A 4M3YA 1R59O 4KREA 2G8KA 3JS6A 2D0PA 1ASVA 4AHUA 5BREA 4FWNA 4FPAA 4MLEA 1QQNA 3TTDA 1IJJA 1JXEA 4DTPA 4EZ6A 4PY5A 2Y1IA 2CGKA 3K2PA 4J2DA 1BCOA 3WNEA 5AZIA 2ASPA 3NFAA 1VQLN 1YI2N 2OZMA 1EWRA 3PSFA 4H0PA 3G71N 1NGBA 4OGCA 1UA1A 3CYMA 3BZKA 3KLEA 4HTUA 4FJMA 5LJVA 3ISNC 5KQDA 3C7NA 1BQMA 3C6AA 4GVEA 3CCVN 1Q9XA 5MLCQ 3R1XA 1XNQK 1NOZA 3NDKA 4DV6K 3T19A 2KLAA 2KW4A 3OYEA 1X9WA 1ASWA 4FL9A 4BRGA 2E2OA 3U9DA 3FZFA 1BIUA 4CK3A 1S9GA 4LF9K 3KK7A 4DF4A 4W5NA 4K42A 4FK2A 4E3SA 1JLEA 4KH5A 3AVBA 4CF1A 4M3RA 3QETA 1JL2A 1X3NA 4NO7A 3H08A 2BGGA 4E7JA 1CLQA 1NGFA 2R7YA 4BDPA 2HW3A 4FZYA 4OGEA 3ZX0A 5HRSA 4FLXA 1GLLO 3BUZB 4B9LA 2CH5A 1JLCA 3WXLA 2UXCK 1FKOA 5D3GA 1YVUA 4F3TA 5M1QA 5M1OA 4CZIA 4UY8O 1Z25A 2KHOA 1BA1A 1NNEA 3IAYA 4XH5A 4DUZK 2BE2A 4M42A 1QQMA 1YJ9N 5KQ8A 4G9ZA 1XWLA 3O08A 2ITMA 3C6HA 5EX5A 1CXQA 3HTVA 2NNWA 2Q97A 3WXIA 2HMIA 5LL6Z 3ENHA 4CEAA 4FVUA 3J7ZO 1T6CA 3ZSQA 1RT4A 3J7YP 4CHZA 3J7AP 5JS1A 3LP0A 3EE9A 1JJ2M 4BC3A 4FZZA 1S1TA 1TKXA 3MEEA 4XH4A 3CCRN 3MXIA 1HJRA 3V9WA 2YV0X 4CFAA 1NU0A 4JI0K 3F2KA 5J2NA 2RE2A 2D0AA 1K8KB 2FSKA 3FR0A 2VGNA 1OVYA 4FJ5A 5BPMA 3F5TA 2FLOA 3LDSA 1NG9A 2IS3A 4CJKA 4TSXA 3OTOK 2A5XA 3M3ZA 4CD3A 5JICA 3TSPA 3WT0A 2HB5A 4DSFA 3TTCA 3G6EN 1L3TA 5J1EA 4CF8A 4FWRA 1IBMK 3RRHA 3DMJA 2XY8A 1N8RO 3VF6A 2FXUA 4IXCA 2G8UA 3HT3A 3TU5A 4KHPK 3SPZA 3A5OC 4WQ4A 3QNOA 3TARA 3K5LA 4B9VA 1P8ZA 2O8BB 1TGOA 4CJ7A 1Y64A 1DKGD 4PWDA 1Q81O 1SAZA 3SCXA 5M1KA 1E4GT 3PLAA 3U9ZA 4FLZA 4H5VA 4H0VB 3IS9A 1HPZA 1VSLA 4E7HA 1WAJA 1JKHA 2UUBK 4DSLA 4LFAK 1YTUA 2RF2A 1NJIO 3AA5X 4BGBA 3ZEUB 5BR9A 3THXB 5AZJA 3CFPA 3AGKA 4CGJA 5AQXA 4OLBA 5FPMA 4FCYA 4O8UA 1WOQA 3A5MC 1IKXA 1TKZA 2VG5A 2I5JA 1SL1A 4J2EA 4B9SA 4BRQA 3AVLA 4LD0A 3WUHA 4CJEA 1EETA 1UAXA 1JCEA 1ZC6A 4ID1A 3K5OA 1Q7YO 3VN5A 5IWAK 4FWMA 3CF5L 4FJHA 5GIOA 4FM2A 1O13A 1IBLK 1NOYA 4C8OA 4B9UA 1Q18A 3L6QA 4CZGA 1RBVA 5JMVA 4DV3K 1HYVA 1BHLA 3DLRA 3IRXA 3OYIA 3C7NB 4IJNA 3BP8A 4JKAA 3ZT3A 1W2BM 4GNIA 3D0PA 3RMAA 3OW2M 3O9RA 3ZSWA 3HXMA 3PIOL 2Z1GA 2QWRA 2Q3SA 4RG8A 2X74A 4B8AB 4BROA 4BVPA 3L4QA 1JLFA 1U2VA 5DMRA 4CERA 2WUSA 3EZWA 3MEGA 1BA0A 2HVIA 1C0MA 3AVMA 4PA1A 5EVZA 3U8XA 3VQ7A 3ZSRA 2HF3A 4OO1J 2OPQA 2PFUA 1RBSA 3RRGA 4CD1A 3DRPA 3MCPA 3IFRA 4ILGB 4DV7K 1TAQA 2Q1NA 2EHGA 3LP2A 5AJ3K 3AY9A 1K73O 5AQRA 4CJFA 4CVNE 5H1SQ 3QIPA 4Z94A 1LWFA 4DHYA 3DJCA 4FJJA 4DTOA 3PO4A 3E01A 3A8YA 4A5BA 3EZ5A 2OCEA 4CEFA 4CF2A 4JEPA 4L8RB 2VGMA 1BU6O 2Q31A 3QEWA 3RVCA 3O9UA 1VQ6N 2HBMA 3NHGA 1YJNN 3C6TA 2OYQA 4B08A 3QERA 3KJVA 3LDPA 4H0YB 4Y1CA 5GAHP 1S1WA 2DFFA 3PIPL 5AR0A 3NF6A 4LC9B 4E1JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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