3QFPA

Crystal structure of yeast hsp70 (bip/kar2) atpase domain
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
377
structure length
367
Chain Sequence
YGTVIGIDLGTTYSCVAVMKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDILPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
total genus 107
structure length 367
sequence length 377
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qfpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qfpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qfpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qfpA04
1U6ZA 4XH5A 3O08A 5AQGA 4BR5A 3TPQA 3I33A 4F9OA 5AQOA 3U8XA 1RFQA 4H0XB 1GLJO 4A61A 2ZGZA 2VCPA 4FOEA 3VEYA 3VF2A 2NZTA 1WUAA 4IO8A 4FPAA 4IJAA 4CZIA 3QBXA 3O1WA 3LL3A 2QWNA 4WQ4A 4LC9B 2P9SB 4WQ5C 4JHDB 4ISFA 3U9DA 3ENOA 3H1QA 4JN4A 3LM2A 4XH4A 1DEJA 1LCUA 4B1WB 2F9TA 3BF3A 2Q31A 3GOIA 5EVZA 4HTLA 4DB3A 1RDWX 3VF6A 5JLFA 3LM9A 3B8AX 4FSVA 3O1BA 1E4FT 4FWKA 4QS8A 3UKRA 2QWRA 2FSJA 2QWOA 1TUYA 3U9ZA 1GLEG 2V52B 1NBWA 1NGEA 4FWSA 5AQPA 5FPDA 1NM1A 1QZ6A 4MLEA 1HLUA 2I7NA 1Y64A 4BREA 3MN6A 3G25A 3O80A 3FZMA 4YDUA 5AQHA 5AQFA 3WEEB 3WXIA 2Q0UA 3FLCO 5BPLA 3QFPA 1MWKA 2FF3B 4BC2A 3VEWA 4B1XB 4BRFA 3VPZA 1YAGA 2A6AA 4DCHA 3VEZA 4CD1A 3QBWA 2Q0RA 4K42A 4J8FA 4PKIA 3VESA 2HF4A 4M7XA 1D4XA 4A2AA 5AR0A 2P9NA 2E20A 2VYPA 4H0OA 2E2OA 4M7YA 2BUPA 4K43A 3ZX0A 1OKJA 3BF1A 4QS9A 3MCPA 2CH6A 2NLXA 5AQMA 4BR7A 3TU5A 3CIPA 5EY4A 3CI5A 5AZJA 4RTFD 2A5XA 3ZEUB 4BRNA 5BRHA 5AQIA 4CI6A 3F9MA 5AQWA 4QS7A 1P8ZA 4FOIA 1GLFO 4WQ4C 4BR9A 1BDGA 5AQVA 1EQYA 4BC4A 4GY2B 2FSNA 2P9SA 5F2RA 4BG8A 1GLAG 3A8YA 1NGHA 3AAPA 1SZ2A 2QWLA 1Q18A 1HJOA 1NGIA 4I6MB 3L6QA 5AFUA 1NGBA 3A5OC 2QXLA 4CBUA 1ZC6A 2GELA 2IVOA 4WYBA 2ITMA 4CZFA 4EHUA 5KPTA 2HF3A 3DXKA 4DHYA 2QWPA 2E1ZA 3UKUB 3HBTA 4CZEA 4CZLA 2ASOA 1C0GA 3MK6A 3MN9A 4B1ZA 2GUPA 3VGKA 2HMPA 2A42A 4FWNA 1NLVA 2Q2RA 2P9IA 4XH1A 2ASMA 3ATUA 1QZ5A 5AQUA 1QHAA 4BGAA 5B8HA 4NB4A 2NRHA 1XQSC 4M63C 4BRKA 3LDQA 4H5RA 5JICA 3VF4A 4BQZA 3IMXA 3DJCA 3FZHA 2GWKA 1E4GT 5AQLA 4O5FA 4BGBA 3BUZB 2FF6A 2P9UB 5AQSA 3IFRA 4H0VB 3EN9A 4MO4A 1BUPA 4CZGA 1NWKA 4JD2A 2YHWA 3MDQA 3SK3A 4BRHA 3CQYA 3H6EA 4BVPA 4C23A 2AP1A 4B1UB 2IVNA 1JCGA 4JNEA 3QICA 3LDPA 4CJ7A 5AZJB 2V7ZA 4EIAA 5AQTA 2P9PB 1J6ZA 4JHDA 4PKHA 3VEOA 3OHRA 3SMPA 1S22A 1JCFA 4FWOA 3O8MA 5I9EB 2DPNA 3U4LA 3FZLA 5BPMA 1TYQA 4FPBA 4O8KA 3ATVA 3QDKA 3ZX3A 3ID8A 1Z6RA 4BRAA 1KAYA 1CZAN 3R8EA 5ADXH 5E84A 3FZFA 4ISGA 2P9NB 4IWVA 4L3QA 4BVOA 3M6GA 5AQNA 1NGJA 5TKYA 3M1FA 2PBDA 5AZIB 1SAZA 3VEXA 1BOTO 4H5VA 1KXPA 3CHWA 3CJBA 4Y0WA 3DXKB 4CZMA 1BA1A 1ATNA 3QMLA 1GLBG 3HZ6A 4B9QA 5BR9A 5JMVA 4HWIA 2F9WA 4DQ8A 2VWBA 3A0IX 3WQTA 1HKGA 2A3ZA 2YHYA 5BREA 3RSEB 4EHTA 3IUCA 4BROA 5LJVA 1MA9B 1ESVA 2IVPA 1BO5O 3WXKA 2E88A 1C0FA 5FPEA 1SQKA 3AARA 3GBTA 2D0PA 3VEVA 2E2PA 4IZ9A 3MN7A 4H0TB 1HX1A 3C0BA 4H0PA 2CGJA 3CJ1A 1DGKN 4JAXA 3HTVA 5ADXA 3EL2A 2D1KA 4BRMA 4H5NA 3D2EA 2P9UA 3C7NB 4BR2A 1ZXOA 1NMDA 4PKGA 3ZETB 4FWLA 3CETA 4FWRA 3GE1A 2CGLA 3H3OB 3D2FB 1XUPO 1X3NA 1Z05A 2FXUA 4A62A 4PL8A 1H1VA 3FGUA 3VGMA 2YHXA 4IJNA 1TUUA 5KQ8A 4BQLA 2I7PA 4Z94A 1NGCA 4FWPA 3BEXA 3W0LA 3D2FA 3WUHA 5ELZA 3GG4A 3VERA 3AY9A 4FL9A 1G99A 2CGKA 3MMVA 2Q36A 3UKUA 3WT0A 4H5TA 1QQNA 5BN9A 3L4IA 3EKUA 2P9LB 4K25A 1XC3A 1HPMA 3EO3A 3EZWA 4RCHA 2H3GX 3O4WA 2KHOA 5F1XA 4H03B 1YUWA 3HSCA 2Q97A 4BRCA 3L0QA 5LJWA 3FFKB 4ISEA 1K8KA 3ZX2A 2E2NA 2P9PA 3SMSA 2GWJA 1HKBA 5AQQA 3ZETA 2V7YA 5LY3A 5KPZA 2Q1NA 3WQUA 4BRGA 1U2VB 5BPNA 2QW9A 5AQYA 2WUSA 4A2BA 3I8BA 2PAVA 1BA0A 1GLLO 3KZBA 1WOQA 5KQDA 3QFUA 3CJ9A 4EFHA 3KHYA 3DXMA 3A5LC 2BTFA 1QQMA 4KBOA 3H1VX 2OANA 3H46O 5BN8A 3WEEA 4XEIA 3WXJA 3IDHA 4MLHA 2UYTA 4PL7A 4BRLA 3HM8A 2P9IB 3GL1A 1X9JA 2GTDA 2E1YA 4WQ5A 1MDUB 1JCEA 2ZF5O 1ZBSA 5EOYA 3SJHA 4B1VA 4YDUC 4H5WA 3A5MC 2A41A 3RSEA 3LDNA 4FWQA 3O5BA 1R59O 2EWSA 1K8KB 3UE5A 5BRFA 1ATSA 5AQZA 3HI0A 4BRIA 3M3ZA 2GEMA 3DAWA 3ZEUA 4FWMA 5EXWA 4BRPA 1V4SA 4CZJA 4BR4A 2YJFA 1V4TA 3GDQA 3QB0A 1ATRA 5AQXA 1BWFO 1IJJA 2ZWHA 3FR0A 1IG8A 4B1YB 1HUXA 2HOEA 5CE3A 1X3MA 3CJ7A 1NGGA 2AA4A 5BRDA 1DKGD 4NO7A 4CBWA 2V51B 2YJEA 3JXUA 4CZKA 3R6MA 4AM7A 3UB5A 3VETA 3MN5A 3R9PA 1T44A 2QM1A 3D7EO 1S3XA 4MO5A 5AQJA 3BP8A 3J8AA 1BU6O 1TYQB 1T6DA 1KAXA 3H3NO 2W40A 2FLOA 2ZGYA 2E2QA 4BRQA 4AM6A 4BG9A 4RWTA 2CH5A 2D0OA 1U2VA 5JLHA 3EKSA 5EX5A 4BRDA 5AQKA 2QWMA 3CQXA 1KAZA 1LOTB 5AZIA 4BC3A 1YVNA 1NGDA 1BG3A 3AAQA 2D4WA 5FPMA 3DXMB 1GLCG 2A40A 3VOVA 3DWLA 5F0XA 3ENHA 3VENA 3CJAA 2W41A 3S41A 2E8AA 3FE1A 1YXQA 5AQRA 2YI1A 2IIRA 3H45C 4IXCA 2J4RA 5KPRA 1HKCA 3FZKA 2FSKA 2YCHA 1MWMA 4JD2B 2QWQA 3ULEB 1RGIA 3WXLA 3JS6A 3CJCA 3W3DA 3D2EB 4CD3A 5AFUH 2P9KA 3SLCA 3A5NC 4EAHD 5FPNA 3KVGA 3LDLA 4CZHA 2P9LA 1NGFA 3VGLA 1QQOA 4H0YB 5E26A 3O6WA 3C7NA 4FO0A 3LDOA 4CBXA 4BR0A 1GLDG 1NGAA 4K41A 4BC5A 3UKRB 3ULEA 3P4IA 4I6MA 2ASPA 3CERA 4E1JA 4GNIA 1T6CA 2P9KB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XH5A 2KKZA 3LP2A 4BR5A 1BGXT 2HHIA 3HP6A 5CYQA 4HHTA 4YFUA 1GLJO 1Z26A 3AVMA 1ASWA 4CJ4A 4IO8A 2E4LA 3D6RA 1NKCA 1FXXA 4WQ4A 4JKGA 1QVFM 3V9UA 1JL1A 1OVQA 3THXA 2BRZA 4WQ5C 4JI1K 1NKBA 4PHTX 3CMAN 2YHAA 1WSIA 1QSLA 3I8DA 1VQMN 2Q31A 2EX3A 3KK2A 2HNYA 5JLFA 5M1KA 3UKRA 2YEOA 5DK5A 1GLEG 1NPIA 1YJNN 2HHSA 4FWSA 1NM1A 3WNFA 5GADP 1HLUA 4F2SA 1O13A 1Y64A 4DV6K 3O80A 3FZMA 4CJEA 2Y1IA 2Q0UA 5BPLA 1NK6A 3QFPA 2O8DB 4BE2A 4B1XB 3NMUA 5C24A 1YAGA 4CHQA 2GX9A 3RTVA 1ITGA 3KOWA 3VEZA 1KFSA 3QBWA 2Q0RA 4K42A 4PKIA 4V19S 4G1QA 4M7XA 2VWKA 5CZ1A 4V1DC 1K6YA 2E20A 1VSIA 3V81A 4NCBA 2I5JA 3BF1A 4QS9A 3VQ6A 3DLLL 3MCPA 1PTXA 2CH6A 4QOZB 3VMFB 2LSNA 4BR7A 3TU5A 3CIPA 3CI5A 3O9UA 3AO3A 2F7TA 2YX6A 4E7LA 2A5XA 4M3ZA 3DOLA 4DR1K 1SUQA 1SL0A 4DR7K 4M3YA 4JI7K 4FLXA 3DRSA 4CJRA 4O8UA 4NCAA 1QQCA 1Q18A 4HCCA 3PSFA 3I55N 2QXLA 4MDBA 3NGYA 4EP4A 1GPTA 5LL6Z 2ITMA 2YHBA 3LANA 4GV3A 2ZJQL 3MEGA 3S5TA 1IG9A 1GPSA 4CZEA 4CZLA 4LSNA 3MK6A 2GUPA 1U47A 3LWMA 2A42A 2Q3SA 1ZBFA 3M8QA 3G0ZA 3QEPA 5AQUA 1VSMA 1OH6A 1QHAA 5B8HA 3QLHA 4NB4A 4M63C 4BRKA 1ZYQA 2KZZA 2HSTA 2PYLA 3DJCA 2NY8X 3FZHA 4CF9A 3AVIA 3KWGA 3BUZB 3PY8A 4PY5A 1C0MA 5AQSA 3LZIA 1QSYA 2P5GA 4NYFA 3V1QA 4CZGA 1NWKA 1YIJN 4MQ3A 1D5AA 2VGNA 4GVMA 3RMAA 4C23A 3L2QA 3KLIA 4KH4A 2VG5A 4E3SA 4CJ7A 3F9KA 5H1SQ 4EIAA 3MX5A 4DV0K 3HOTA 4PKHA 1S22A 1WB9A 1VQNN 3VQ8A 4DFPA 4FLWA 3QINA 3HL8A 3FZLA 2DFEA 3QEVA 2VGMA 5J2NA 1KQSM 3QDKA 3ZX3A 3ID8A 2YILA 3F73A 1IKYA 3NF8A 4L3QA 1IH7A 1S1TA 1BCGA 3DLRA 3CCMN 1OMYA 3VQBA 4L8RB 1WBBA 4CJWA 1SAZA 1SS6A 1BQNA 2QKBA 1BOTO 1KXPA 1RT2A 3OW2M 2QTDA 4CZMA 3AVNA 1BA1A 2YNGA 1ATNA 1GLBG 4C8KA 4CHPA 1QSSA 5JS1A 1JLFA 1HNZK 4GVEA 2F9WA 4H4MA 2VWBA 2B3CA 1TK5A 4EHTA 1MA9B 4A57A 1SNBA 1U48A 1C0FA 1EXQA 1C1BA 4OPJA 1N34K 5LMNK 4DTPA 1Q81O 5HRSA 2E2PA 2VWJA 3MN7A 4H0TB 1AYJA 1LQQA 1N36K 1ZU3A 2CGJA 4ELVA 2FC0A 4PQUA 1DGKN 3TABA 2DFFA 2HHUA 1HMVA 3L2VA 4FVUA 4DQRA 4ICLA 4DU4A 4H5NA 3IAYA 1VQON 4RW8A 5J2PA 4LH4A 4PKGA 3ZETB 1RDDA 3CETA 3D2FB 1XUPO 1ZFUA 3L3UA 3M5RA 2IS3A 1C56A 4RW4A 4A62A 1NK9A 4IJNA 2KBKA 1NK7A 1PX9A 4I7FA 4JK7A 4KTQA 3W0LA 1KTQA 1E3MA 4N41A 4LF7K 2G8IA 1CLQA 2CGKA 3CCRN 3MMVA 2Q36A 1RBVA 3UKUA 3CXCM 1J54A 4H5TA 5E41A 3NE6A 4KHWA 1HR0K 1HPMA 2WFBA 4YORA 4O5BA 3O4WA 4KHSA 4LF4K 1JXBA 3SQ1A 1JLQA 2QI2A 1VSHA 3SQ4A 3L0QA 2OA8A 3K5NA 1X1PA 4DU1A 3TSQA 4OPAA 2WONA 1ICAA 4JKHA 2V7YA 3I0RA 1RBSA 4WE1A 1W2BM 5KPZA 3DYAA 4O55A 3C6HA 3KD5E 4JV5K 3MXIA 4CK2A 1VQLN 4ZTFA 1TAQA 1AHOA 4JKCA 1WOQA 5KQDA 3CJ9A 3KHYA 1N6QA 1RNHA 3A5LC 4IEEA 2BTFA 4OGEA 1RTDA 2D0AA 3HP9A 1I6GA 3L4QA 5BN8A 3LP1A 1YHQN 2VQEK 4FYDA 5M1PA 2NRRA 1DLOA 5GINA 3GL1A 1VNAA 4WQ5A 1MDUB 1ZBSA 4LSLA 4B1VA 4YDUC 3A5MC 1HYSA 4FJ8A 2G8WA 2IGIA 4FWQA 3HM9A 4CEEA 4ILHA 5HBMA 2FBTA 1ATSA 1JXCA 2O8FB 4FWMA 4BRPA 4AQYK 3RMBA 1V4SA 1XRSB 4XJXA 3KK1A 1ATRA 5AQXA 4IOCL 1IJJA 2OPRA 4B1YB 3IG1A 4IO9L 4ZHRA 1ZBHA 4HUGA 4U67L 1VQ7N 4CESA 2NRWA 1TV6A 5KI6A 2GMOA 4CFCA 3UB5A 3OJUA 3R9PA 1T44A 3ZT2A 3D7EO 4JI2K 5CY4A 4CJVA 4MO5A 3E1YA 3BP8A 2UUAK 1KAXA 3VTIA 5GAEP 4A5BA 2FLOA 3O9QA 2E2QA 4FXDA 1YF5L 4FLYA 3ZT4A 1T0ZA 4DSEA 5AQKA 3CQXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XH5 A;  2KKZ A;  3LP2 A;  4BR5 A;  1BGX T;  2HHI A;  3HP6 A;  5CYQ A;  4HHT A;  4YFU A;  1GLJ O;  1Z26 A;  3AVM A;  1ASW A;  4CJ4 A;  4IO8 A;  2E4L A;  3D6R A;  1NKC A;  1FXX A;  4WQ4 A;  4JKG A;  1QVF M;  3V9U A;  1JL1 A;  1OVQ A;  3THX A;  2BRZ A;  4WQ5 C;  4JI1 K;  1NKB A;  4PHT X;  3CMA N;  2YHA A;  1WSI A;  1QSL A;  3I8D A;  1VQM N;  2Q31 A;  2EX3 A;  3KK2 A;  2HNY A;  5JLF A;  5M1K A;  3UKR A;  2YEO A;  5DK5 A;  1GLE G;  1NPI A;  1YJN N;  2HHS A;  4FWS A;  1NM1 A;  3WNF A;  5GAD P;  1HLU A;  4F2S A;  1O13 A;  1Y64 A;  4DV6 K;  3O80 A;  3FZM A;  4CJE A;  2Y1I A;  2Q0U A;  5BPL A;  1NK6 A;  3QFP A;  2O8D B;  4BE2 A;  4B1X B;  3NMU A;  5C24 A;  1YAG A;  4CHQ A;  2GX9 A;  3RTV A;  1ITG A;  3KOW A;  3VEZ A;  1KFS A;  3QBW A;  2Q0R A;  4K42 A;  4PKI A;  4V19 S;  4G1Q A;  4M7X A;  2VWK A;  5CZ1 A;  4V1D C;  1K6Y A;  2E20 A;  1VSI A;  3V81 A;  4NCB A;  2I5J A;  3BF1 A;  4QS9 A;  3VQ6 A;  3DLL L;  3MCP A;  1PTX A;  2CH6 A;  4QOZ B;  3VMF B;  2LSN A;  4BR7 A;  3TU5 A;  3CIP A;  3CI5 A;  3O9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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