3QFPA

Crystal structure of yeast hsp70 (bip/kar2) atpase domain
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
377
structure length
367
Chain Sequence
YGTVIGIDLGTTYSCVAVMKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDILPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 107
structure length 367
sequence length 377
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qfpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qfpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qfpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qfpA04
4CI6A 3F9MA 4O8KA 1KAYA 1ESVA 3H45C 1JCEA 4JN4A 1YUWA 1S22A 2D1KA 1HPMA 1D4XA 1HKCA 5AZIA 1LCUA 3QB0A 4BR9A 2YHYA 2HF3A 3D2FB 4DHYA 4NO7A 5KPTA 4BGAA 4CJ7A 3U4LA 3CJ7A 1NGAA 5AQWA 1GLDG 1YXQA 3WXKA 2KHOA 1JCFA 1GLEG 4FWQA 5BRDA 4QS9A 4BC4A 3D2EB 3R9PA 3O1WA 4BG8A 3FLCO 3H3NO 2VCPA 5KPZA 3U9ZA 1DKGD 1MDUB 2FSKA 2IVOA 4BRFA 1C0FA 2P9LB 4BQLA 4H5TA 3QICA 3R8EA 5AQZA 5BN8A 2FF3B 3FZKA 3W0LA 5ADXH 3QDKA 4CZJA 3AAQA 4FOEA 1HUXA 2VYPA 3CJ9A 4ISEA 3ZX2A 1S3XA 1GLJO 3KHYA 3LM9A 4I6MA 4O5FA 3VGKA 3ZETA 3U8XA 4JHDB 1E4FT 4H5NA 3G25A 4BGBA 2P9PA 3C0BA 1Y64A 3CQXA 4FWKA 2PBDA 1MWMA 2FXUA 5BPLA 2GWJA 3L6QA 1GLBG 2AP1A 2QM1A 5E26A 2ASMA 1BA0A 4EIAA 4A2AA 5AQSA 4IXCA 3GDQA 1V4SA 2ZF5O 3MK6A 2E1YA 2F9TA 4MO5A 3UKUA 4Z94A 4JD2A 3I8BA 1YVNA 2D0OA 2A3ZA 3JXUA 5LJVA 2ZWHA 4MLHA 4FWRA 2YHXA 3HSCA 4BC2A 1ZC6A 3FR0A 1T44A 2CGJA 1U2VA 3BF3A 2EWSA 4FWMA 3KZBA 3FZLA 3EO3A 2H3GX 4C23A 4H0PA 1NLVA 3SMSA 3H3OB 4BR2A 3AARA 4FWNA 4B1WB 1IJJA 2HF4A 3EKSA 3U9DA 1QQMA 4CZHA 5ADXA 3O1BA 5BPMA 3H46O 3ID8A 4JNEA 3M1FA 3LDQA 2CGLA 5I9EB 4BR7A 1KAZA 2P9NB 5JICA 3M3ZA 5F1XA 2QW9A 2YCHA 2P9IA 5KQDA 4AM7A 5BR9A 1TUYA 2P9SB 4HTLA 1Q18A 3WUHA 1NWKA 1DEJA 4ISFA 2E2QA 3GE1A 3GOIA 3CIPA 4WQ5C 2J4RA 4J8FA 2NRHA 3SLCA 3ZX3A 3HTVA 3O5BA 1NGDA 4CZKA 4PKIA 3ZEUA 2YJFA 3TU5A 3BP8A 4M63C 3DXMA 3EKUA 1BU6O 1IG8A 3WQUA 1NM1A 2ASPA 4BRHA 4CBWA 2AA4A 4M7XA 3ENOA 3QBXA 1X3NA 4WQ4A 5BRFA 4JD2B 4E1JA 1U6ZA 1G99A 1TYQB 1GLLO 1QQOA 3LDOA 3O6WA 4EHUA 4BR5A 3O4WA 1HX1A 3VF4A 2GEMA 4LC9B 3IFRA 5AQJA 3VEXA 2Q36A 2D0PA 3IUCA 1GLCG 4A2BA 4MO4A 4PL7A 4FL9A 4NB4A 1BA1A 2E2NA 2A6AA 2CH6A 3ULEA 4PKGA 2P9KA 2V51B 4K42A 3VEYA 3WT0A 5AFUH 2ITMA 2QWLA 1YAGA 1KAXA 2YI1A 1BUPA 2OANA 4B1ZA 2Q2RA 2A42A 1K8KA 4RTFD 4KBOA 4XH1A 3LDNA 3D7EO 1SZ2A 1J6ZA 4H0XB 4QS7A 4BC5A 3VGMA 1X9JA 2A5XA 1NGFA 2NZTA 3HBTA 2E88A 3MN5A 1ATNA 2Q1NA 5AZJB 5EXWA 4K25A 1X3MA 3CJCA 3ATVA 4CZLA 1ATSA 1QQNA 1EQYA 4K41A 2Q31A 2GUPA 3ENHA 3ZX0A 4L3QA 2QWOA 3QFPA 5E84A 2V52B 3VESA 1MA9B 2CH5A 4YDUC 3VEOA 2UYTA 2BUPA 2A41A 2NLXA 3FGUA 4CBUA 1GLFO 3CHWA 2DPNA 5BRHA 3MCPA 4Y0WA 2QWQA 3EZWA 3H6EA 5AZIB 4XH5A 1C0GA 3VPZA 3MN6A 3KVGA 4CZIA 2IVPA 3IDHA 5AQVA 3J8AA 3FZFA 4XH4A 3D2FA 5KQ8A 3FZHA 4PKHA 1KXPA 4FWPA 1NGHA 5JLFA 2V7YA 4EFHA 4H5RA 4JAXA 5AFUA 3EL2A 4DQ8A 3VEVA 2V7ZA 2HOEA 1DGKN 1BG3A 3SJHA 1NGIA 2P9UA 3D2EA 4BREA 4BRCA 3QFUA 1GLAG 1MWKA 3CI5A 2E20A 5AR0A 1XUPO 2FSJA 3O80A 3VETA 4AM6A 3UKRA 1P8ZA 2FLOA 4GNIA 2P9LA 2F9WA 2Q97A 4BRDA 5JLHA 3EN9A 4B1YB 4A61A 4FO0A 4RWTA 3VF6A 2WUSA 2E2PA 3P4IA 4FPAA 4FOIA 5ELZA 1K8KB 5AQFA 5F2RA 5TKYA 4I6MB 3ZETB 2QWPA 4H5WA 1ZXOA 4ISGA 4BRLA 2QWRA 3CJAA 5CE3A 2P9PB 1SQKA 4BRIA 1JCGA 4JHDA 5FPMA 3QBWA 2IIRA 3TPQA 4H0TB 4XEIA 3WXLA 4B1XB 3I33A 3H1VX 4CD1A 4BVOA 1QZ5A 2CGKA 2GWKA 1ATRA 3A5NC 3VEZA 4CZEA 4HWIA 3UE5A 4RCHA 5AQKA 1Z05A 1ZBSA 5EVZA 2E2OA 3UKUB 4F9OA 5LJWA 4FSVA 3VGLA 3DWLA 4DCHA 3RSEA 1QHAA 2PAVA 5KPRA 4IO8A 3FFKB 3O8MA 2D4WA 2ZGZA 4A62A 1U2VB 4WQ5A 3VENA 4BVPA 3GG4A 2ZGYA 3HZ6A 3IMXA 4DB3A 2QWNA 1HJOA 2HMPA 3MN7A 3CQYA 3O08A 5EX5A 4IJNA 4H0YB 2GTDA 4BC3A 3CJ1A 3VEWA 3DJCA 1CZAN 3MDQA 4BR4A 2Q0UA 3CJBA 2BTFA 1BDGA 5AQLA 4BRMA 2QWMA 3AY9A 4H5VA 1TUUA 2I7PA 4H03B 3MMVA 5B8HA 2GELA 3WEEA 2P9UB 1E4GT 5AQMA 3W3DA 3VERA 4IZ9A 4BRNA 3GL1A 2P9IB 3BF1A 3CETA 3SMPA 3UKRB 2P9NA 3DXKA 1HKGA 4QS8A 1HKBA 1XQSC 4MLEA 1H1VA 3C7NA 2P9SA 5AQGA 5BN9A 1BO5O 1WOQA 4IWVA 3LDLA 2QXLA 1Z6RA 4EHTA 4BRQA 3ZEUB 1NGCA 5AQOA 1NGBA 3A5LC 1NMDA 4H0OA 3WQTA 3DXMB 4WYBA 4BROA 5AQXA 4BQZA 2I7NA 5AQPA 5F0XA 4M7YA 3VOVA 5AQNA 1BWFO 1WUAA 3GBTA 4CZMA 1SAZA 5AQUA 4B1UB 3CERA 5AQHA 4FPBA 3RSEB 3QMLA 3HM8A 4FWLA 3ATUA 4BG9A 5FPDA 1TYQA 3VF2A 5FPEA 1NBWA 5AQTA 2Q0RA 5AQRA 1RDWX 2E1ZA 3BUZB 1NGEA 3MN9A 2YHWA 3H1QA 5AQQA 5LY3A 4YDUA 3ULEB 3LDPA 3BEXA 3DAWA 2P9KB 5AQYA 3WXJA 3FZMA 1RGIA 4B1VA 1V4TA 2A40A 2VWBA 4FWOA 2FSNA 4PL8A 1QZ6A 3LL3A 5BREA 1RFQA 4K43A 3WEEB 2FF6A 3SK3A 3FE1A 2IVNA 5EOYA 5JMVA 1T6CA 1NGGA 3JS6A 4WQ4C 2W40A 3A0IX 4BRKA 4CZFA 1OKJA 3R6MA 3AAPA 2E8AA 3DXKB 3HI0A 3B8AX 3OHRA 5FPNA 3UB5A 4BRGA 3LM2A 5AQIA 2YJEA 3M6GA 3A5MC 4FWSA 5BPNA 4B9QA 3L0QA 3C7NB 4EAHD 1NGJA 1HLUA 3A5OC 4H0VB 2W41A 4GY2B 1R59O 5EY4A 4CD3A 5AZJA 3S41A 3A8YA 1BOTO 3WXIA 4BRAA 4CBXA 1XC3A 4IJAA 3L4IA 1LOTB 2ASOA 4BR0A 4CZGA 1T6DA 4BRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIFA 4CK2A 1PE4A 5I3UA 3HL8A 1JCEA 4JN4A 4CHYA 1KCFA 4ILJA 5DM6L 2W00A 1UWBA 3E9OA 3A2FA 3AO5A 3M8SA 3D2FB 5KPTA 3DLKA 1TV6A 3O9RA 4BGAA 4M3YA 4L8RB 3Q7BA 3CCMN 1CXQA 3KOWA 5FLXO 3OYIA 4KB0A 4KFBA 4CFAA 2KJAA 4O8UA 2KHOA 3TI0A 2VGMA 3K0SA 2HNYA 5CYMA 3L3VA 3R9PA 4I2QA 1LV5A 4JK7A 4J2DA 1JLGA 4BG8A 1YI2N 1JLBA 1B7DA 1N4NA 2VY6A 3DOKA 3H3NO 4M3UA 2VCPA 1JZAA 5CY4A 5KPZA 3U9ZA 1I94K 3TAMA 2FSKA 4BRFA 1JLAA 4H5TA 3HO1A 2UUBK 3ZYYX 3J7AP 4N5SA 5AQZA 5BN8A 3C6UA 1VSFA 1U4BA 3CG7A 4CZJA 5GINA 3SF4D 3O3FA 2OTLN 3DLBA 3OYGA 2XY8A 4CJLA 3NF6A 4JKAA 4DQQA 3VQEA 1S3XA 1GLJO 3LM9A 3VGKA 1L3UA 3RTVA 3U8XA 3G25A 4IDKA 3P1GA 1WT7A 4BDPA 1MWMA 2NY9X 3VQ4A 4JKBA 3L6QA 4M3WA 2AP1A 4BY9C 1T8EA 2HHSA 2N2QA 2B3CA 1RT1A 4BWJA 3QEPA 3THYB 4QOZB 4UJ0A 2O8FB 4DKWA 3WNHA 1BISA 4IBNA 3SQ0A 2A3ZA 5JS1A 3HSCA 2E4LA 2E0HA 1T44A 1Z26A 1VNBA 1T7EA 1SKWA 2RPIA 4FWMA 3FZLA 4F2RA 3SMSA 4CGJA 2KZZA 1S9EA 4OJRA 3CF5L 1J53A 3EKSA 3LPTA 4RW6A 4QCLA 1VQ5N 1A5XA 2WC9A 5ADXA 4LF8K 3H46O 3TARA 3OYBA 3VQ9A 3AO3A 5H1SQ 3I0RA 2P9NB 4E89A 3THWA 3KOXA 1KVAA 4MFBA 3VQ5A 1NWKA 4LH5A 1VQ6N 1DEJA 4ISFA 3MXJA 3IKMA 4KI4A 2GMOA 3MEGA 2J4RA 2NRHA 3EE8A 5GAGP 3HTVA 2HNDA 4LF5K 1NGDA 4CZKA 4PKIA 3ZEUA 4E7JA 4C8OA 2WOMA 3BP8A 1NK4A 4M63C 1NKBA 1HNZK 4CIEA 4WCEL 1BU6O 3TTCA 2XY6A 2HHHK 1NM1A 1HMVA 3MEEA 1ZVGA 2LN8A 1QS4A 5M1KA 3MXMA 2KKZA 4O55A 1NK7A 4JD2B 1U6ZA 2LJ7A 4M3RA 4F8RA 1SN4A 2QI2A 1FKPA 2LY6A 4EHUA 4NLBA 1HX1A 3VF4A 2GEMA 3PO5A 4M3XA 3O3HA 1Q86O 2D0PA 1GLCG 4MO4A 2OYQA 2KPYA 4PL7A 1VSHA 3IS9A 3RMCA 1JJ2M 1BA1A 2A6AA 3M8QA 3ULEA 4BDYA 3JYTA 4OKKA 3U3GA 4HHTA 3CMAN 1S1TA 2YNFA 2YI1A 4W5TA 1BUPA 4FXDA 1JXCA 2Q2RA 3OTOK 4JKFA 1K8KA 1VRUA 1L3SA 4J2AA 4KBOA 4RW4A 3LDNA 2OPRA 3C95A 3D7EO 4E1NA 3SCXA 3LP3A 4BECA 4UADE 1FXXA 2QTDA 3HBTA 4A57A 3FFIA 3O9UA 3R3LA 3ZSZA 2Q1NA 5AZJB 4K25A 3CJCA 2YNHA 1G15A 3BY5A 4CZLA 5A2QO 5J1EA 2KSKA 1TL3A 5EU7A 1SL1A 4L3QA 1OH5A 1T7AA 3V9ZA 3AV9A 3VESA 1MA9B 3NDKA 3SNNA 2BUPA 2A41A 2YNGA 3FGUA 4CBUA 1EWQA 4DTSA 3MCPA 1RBRA 1SL0A 4A5AA 3SUPA 4FJ5A 4CZIA 1NMNA 1WSIA 3IDHA 3O3GA 5J2QA 3FZFA 3D2FA 1WSFA 3U6FA 4JI3K 4CEZA 1IH7A 3BZKA 4DUYK 3CCLN 4G1QA 1KC8O 4OKJA 4DG1A 4Z4HA 1TI5A 1TKTA 3NH0A 2F8SA 4DQ8A 3VEVA 1NJYA 1MYNA 3ZT1A 3KLGA 4DR2K 1KVCA 1BG3A 3AVAA 2LR3A 1NGIA 1NG9A 4B3TK 4ELVA 4O4GA 1RDAA 3SV4A 1NOZA 4M45A 1LQHA 2PYLA 1BL3A 4W5RA 2Q97A 3DRSA 4M41A 4A61A 4FO0A 2WUSA 1UGLA 4FOIA 5ELZA 4FK4A 2GL1A 5F2RA 3KLIA 4I6MB 4H5WA 5TKYA 3ZSWA 3NGYA 4CJTA 4BRLA 4DTXA 1NOYA 4LSNA 2P9PB 1L3TA 5LMNK 1JCGA 1XI1A 5DM7L 2IIRA 4AHRA 3WXLA 4B1XB 3H1VX 1NK5A 4BVOA 1QZ5A 4KI6A 3O4NA 2B5JA 1ATRA 4HWIA 3CYMA 3UE5A 1VQLN 2P51A 3DMJA 5EVZA 3UKUB 3HT3A 1RCHA 1W9HA 4U7BA 3THYA 5KPRA 5I42A 2O8FA 2D0CA 1NRBA 2D4WA 3QNOA 2ZGZA 3V9XA 4WQ5A 3GG4A 2ZGYA 3IMXA 2G8KA 4AH9A 2HMPA 3MN7A 1BHLA 5KGWA 1WNSA 4FK2A 3MDQA 4BR4A 1BDGA 5AQLA 4YOWA 4BRMA 3QESA 3AY9A 3NHGA 3CXCM 4B9VA 3E01A 5AQMA 3W3DA 4UAEF 3L2RA 3WNGA 1YT3A 5FROA 3BF1A 3UKRB 2P9NA 5HP1A 4QS8A 2KGQA 1M1KO 4Y1DA 1H1VA 1QVFM 1DTTA 2NY8X 1FKOA 3DLGA 5BN9A 3I8DA 3AVHA 1Z6RA 4OGCA 4KTQA 1S1UA 4DTJA 4KRFA 4IEEA 5SZTA 1LWCA 3ZCMA 2I7NA 3KK3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CIF A;  4CK2 A;  1PE4 A;  5I3U A;  3HL8 A;  1JCE A;  4JN4 A;  4CHY A;  1KCF A;  4ILJ A;  5DM6 L;  2W00 A;  1UWB A;  3E9O A;  3A2F A;  3AO5 A;  3M8S A;  3D2F B;  5KPT A;  3DLK A;  1TV6 A;  3O9R A;  4BGA A;  4M3Y A;  4L8R B;  3Q7B A;  3CCM N;  1CXQ A;  3KOW A;  5FLX O;  3OYI A;  4KB0 A;  4KFB A;  4CFA A;  2KJA A;  4O8U A;  2KHO A;  3TI0 A;  2VGM A;  3K0S A;  2HNY A;  5CYM A;  3L3V A;  3R9P A;  4I2Q A;  1LV5 A;  4JK7 A;  4J2D A;  1JLG A;  4BG8 A;  1YI2 N;  1JLB A;  1B7D A;  1N4N A;  2VY6 A;  3DOK A;  3H3N O;  4M3U A;  2VCP A;  1JZA A;  5CY4 A;  5KPZ A;  3U9Z A;  1I94 K;  3TAM A;  2FSK A;  4BRF A;  1JLA A;  4H5T A;  3HO1 A;  2UUB K;  3ZYY X;  3J7A P;  4N5S A;  5AQZ A;  5BN8 A;  3C6U A;  1VSF A;  1U4B A;  3CG7 A;  4CZJ A;  5GIN A;  3SF4 D;  3O3F A;  2OTL N;  3DLB A;  3OYG A;  2XY8 A;  4CJL A;  3NF6 A;  4JKA A;  4DQQ A;  3VQE A;  1S3X A;  1GLJ O;  3LM9 A;  3VGK A;  1L3U A;  3RTV A;  3U8X A;  3G25 A;  4IDK A;  3P1G A;  1WT7 A;  4BDP A;  1MWM A;  2NY9 X;  3VQ4 A;  4JKB A;  3L6Q A;  4M3W A;  2AP1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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