4BRIA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 117
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4briA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4briA02
2H3GX 3D2FA 2V7ZA 3B8AX 2V7YA 3CERA 3QBWA 2E2QA 4H0TB 3L6QA 4FPBA 3WXKA 4YDUA 3WXLA 1JCFA 2A3ZA 3LDLA 5AQKA 3QB0A 5KQ8A 3AARA 2W40A 3R6MA 4C23A 1GLDG 4AM6A 1Y64A 5I9EB 4H0VB 2YHYA 4BR7A 2I7NA 2QWMA 4MLEA 2P9IA 4CZKA 1TYQB 2ASMA 3CQXA 3TU5A 1HPMA 1LOTB 2ASOA 3CI5A 4CZEA 4IJNA 3R9PA 1NWKA 3UKUB 3W0LA 2P9SB 4CZLA 4BRMA 1NGAA 3M3ZA 5LJVA 1KAXA 2UYTA 4JN4A 5JLFA 3MN5A 1NGGA 4CZHA 3SK3A 3IFRA 1RGIA 1C0FA 1X3MA 4WQ4A 1D4XA 5AR0A 3ENHA 2GEMA 3WEEB 4EHUA 1NGEA 1QZ6A 4GY2B 4K42A 5AQGA 1SZ2A 2CH6A 3ZX0A 1RFQA 4NO7A 2Q1NA 1LCUA 4O8KA 5ADXH 2QWQA 4BR5A 5AQJA 5EVZA 5AQZA 3VESA 3C7NB 1HKCA 2FF3B 2V51B 4B1YB 3LDPA 2W41A 4BVPA 3VOVA 1IJJA 1GLEG 3VEOA 5AQXA 5AQNA 3VEYA 4H0YB 3UE5A 2QWLA 2FXUA 3D2EA 1T6DA 5CE3A 3EL2A 3SJHA 5JMVA 1K8KA 3DXMA 2ZGYA 3UKRA 3VPZA 3DAWA 1U2VA 1GLCG 2HF4A 3LL3A 4EAHD 3BUZB 1GLBG 4BRPA 4H5RA 2QWOA 3HSCA 4IJAA 2CGLA 4WYBA 3FE1A 3JXUA 2YJEA 3A5MC 3U9ZA 1NGDA 3U9DA 2Q2RA 2YHXA 4B9QA 2BUPA 2QW9A 4B1ZA 1HUXA 4WQ5C 2P9UB 4BRIA 4JNEA 3ZETB 5TKYA 3RSEA 5FPMA 2HOEA 5AFUA 3A5OC 2P9LB 4M63C 2P9KB 1BG3A 3VF6A 3OHRA 1MWMA 2P9NB 2E1YA 5AZIB 2E8AA 4CI6A 4O5FA 3QDKA 4BROA 3H46O 4FSVA 3EZWA 4A2BA 4ISEA 4FOEA 4FWPA 1E4GT 4FOIA 4BQZA 1ZBSA 3HM8A 4I6MB 3R8EA 2P9PB 1NM1A 1BOTO 5AQYA 4CBXA 4DQ8A 2Q36A 1CZAN 1NBWA 1ATNA 3MMVA 4BR0A 4JD2A 4M7XA 3A8YA 3CJBA 3GDQA 3VETA 3ID8A 1GLFO 3WUHA 1QQMA 3IMXA 3D2FB 4H0PA 2F9TA 3I8BA 4DCHA 3ZEUA 1S22A 3ULEA 1NLVA 4FPAA 3CJAA 4BRHA 2GUPA 5AQQA 3O6WA 2PAVA 1EQYA 2AA4A 2GWKA 4BVOA 4XH4A 5BRHA 5KPZA 4PL8A 2FF6A 5FPEA 1R59O 1JCEA 4BRNA 3VF4A 1QQNA 5FPNA 4BR2A 1NGJA 2CGJA 2P9IB 3I33A 3C0BA 4BC4A 4MO4A 2IVNA 4WQ5A 2ZWHA 3GG4A 5FPDA 1NGFA 1V4SA 3CHWA 2D1KA 5AQFA 4FWSA 1HLUA 4BC3A 4BG8A 3MCPA 4BC2A 3SLCA 3VENA 4BRQA 3WQTA 1TYQA 1HKGA 4CBUA 3O5BA 1HKBA 4FO0A 4H0OA 4RTFD 5KPRA 2YCHA 3CETA 5EY4A 3KHYA 1ZC6A 2PBDA 4BRAA 4EFHA 2D4WA 2P9SA 3WXIA 1G99A 4BC5A 3QFPA 4FWOA 3O08A 1GLJO 4IWVA 4CBWA 3MN6A 5AQOA 4KBOA 3CIPA 3A0IX 4IXCA 1BDGA 4CZJA 5BRFA 4K25A 3ATVA 2VWBA 4EHTA 2YJFA 1V4TA 2FSNA 1YXQA 2D0PA 3QBXA 4L3QA 1KAZA 1TUYA 2A6AA 2IIRA 2QWNA 4H5NA 4BRFA 4Z94A 4FWNA 5AQSA 1H1VA 3O8MA 3BF1A 4ISGA 4JHDA 3LM2A 3KVGA 1BO5O 5E84A 2EWSA 4CD3A 5JICA 4BRDA 2ITMA 3IUCA 3C7NA 2A40A 3D2EB 1T44A 5BR9A 1ESVA 2ZF5O 3DXKA 1K8KB 3DXMB 4NB4A 1HJOA 3LDOA 2FSKA 2GTDA 3VEZA 1BA1A 2V52B 5AQTA 5E26A 3L0QA 3M1FA 3FFKB 1HX1A 3QMLA 3FZFA 3A5NC 4CZMA 2KHOA 5BREA 3BP8A 3W3DA 5BPMA 3WXJA 3QICA 3MK6A 5KPTA 2WUSA 2NZTA 5AZJA 3HBTA 2VCPA 3ZX3A 5JLHA 1X3NA 4MLHA 3RSEB 1TUUA 1S3XA 3LM9A 4CJ7A 2Q0UA 4FWRA 4QS9A 3H45C 5AQMA 4IZ9A 1Q18A 2P9UA 4BRKA 2QXLA 1BU6O 2NLXA 3VGLA 2CGKA 3ZETA 5LY3A 5AQUA 5BN9A 4FWLA 3CJ7A 4BGBA 2P9LA 2DPNA 1DGKN 2P9KA 3KZBA 3QFUA 3ZX2A 2A41A 4B1XB 1QQOA 5BPNA 3MDQA 1XC3A 1E4FT 1Z05A 3SMSA 3H1QA 3L4IA 5ELZA 4H5VA 3MN7A 3WQUA 2F9WA 3IDHA 4H5TA 3VGMA 1DEJA 4JD2B 3BF3A 3VEXA 4I6MA 3HTVA 5AQHA 5BN8A 1DKGD 4H03B 4CD1A 4BR9A 4HWIA 2D0OA 2E2NA 2GELA 3H1VX 1ZXOA 3ZEUB 3ULEB 3DWLA 2E88A 3FZLA 1MA9B 1QHAA 2OANA 3CJCA 5LJWA 3ENOA 4AM7A 4XEIA 3U4LA 3AAPA 4BRLA 3FGUA 3M6GA 4HTLA 4LC9B 2A5XA 5B8HA 2QWRA 4FWMA 1ATRA 3EKUA 3H3OB 3GE1A 2VYPA 4B1UB 3J8AA 2CH5A 1NGBA 4BRCA 4H0XB 3LDQA 4JAXA 2FLOA 3UKUA 4K43A 4B1WB 2HF3A 5AFUH 1QZ5A 1WOQA 4BGAA 4CZIA 3SMPA 3FLCO 2Q97A 5EX5A 4BRGA 1YVNA 2ZGZA 2IVPA 1GLLO 4QS7A 4FL9A 3FZMA 3H3NO 3VGKA 4RCHA 1JCGA 4QS8A 4E1JA 3HZ6A 1BA0A 3TPQA 3U8XA 5EXWA 4H5WA 3WEEA 3O80A 3O4WA 3FZHA 3O1BA 2ASPA 1KXPA 2E2PA 1P8ZA 4GNIA 5AQLA 4BREA 3VF2A 4ISFA 5AQRA 4JHDB 2Q31A 3VEVA 4DB3A 5EOYA 3MN9A 3GOIA 2A42A 3UKRB 1BUPA 2YI1A 4FWQA 3O1WA 3G25A 2FSJA 4RWTA 4K41A 1U2VB 3EKSA 3DXKB 1GLAG 5AQPA 3VERA 5F0XA 4IO8A 5AQVA 4XH1A 4A61A 2E20A 3LDNA 2I7PA 3EO3A 1KAYA 1SQKA 3CJ1A 3FZKA 2Q0RA 3CQYA 4YDUC 5AQWA 1T6CA 4PL7A 1J6ZA 5KQDA 5F2RA 4BQLA 4A62A 1RDWX 3H6EA 1IG8A 5BRDA 5AZJB 2BTFA 1NGHA 4BR4A 4EIAA 4A2AA 1MWKA 4FWKA 3DJCA 5F1XA 1U6ZA 1NGIA 3GBTA 2QWPA 4MO5A 1MDUB 3EN9A 1NGCA 2GWJA 2J4RA 1ATSA 2YHWA 4BG9A 2E2OA 3S41A 4F9OA 3AAQA 3JS6A 3GL1A 2P9NA 2NRHA 1OKJA 5AZIA 4DHYA 5ADXA 4M7YA 2HMPA 2E1ZA 1YAGA 2QM1A 4WQ4C 4XH5A 3AY9A 4B1VA 1XQSC 2IVOA 1WUAA 1XUPO 4CZGA 1YUWA 1NMDA 3WT0A 3FR0A 2P9PA 3BEXA 3D7EO 1SAZA 3HI0A 5BPLA 1C0GA 1Z6RA 4J8FA 4PKIA 3A5LC 2AP1A 1BWFO 1X9JA 4Y0WA 3VEWA 4PKGA 5AQIA 3F9MA 3ATUA 3P4IA 3UB5A 3CJ9A 4CZFA 4PKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EWRA 1WSEA 3CERA 4CFDA 2E2QA 4WFNL 3IAYA 2A1SA 1W9HA 1GOAA 4F2SA 4JKAA 4E7KA 1NJYA 5T7BA 4FJIA 1RTJA 5HOOA 3AARA 1GLDG 4AM6A 4LF9K 4NXNK 2YHYA 4NYNA 3C95A 3B6PA 4MLEA 3SAHA 4AHSA 3TU5A 3QNOA 4JKDA 3M8RA 4GV6A 4QOZB 3C6HA 4IJNA 5FDLA 4CZEA 4JK9A 3KK2A 3TSUA 3K5LA 3LP2A 4BRMA 4PUOA 3CC7N 1VSIA 2UYTA 4JI4K 4EP4A 3G4SN 4CJTA 4CZHA 2HHVA 1X1PA 4WQ4A 4FLYA 4FJLA 5AR0A 4ILHA 4RW7A 3WEEB 4DLEA 2O8EA 3MWTA 4DUYK 4K42A 3RR7A 1RFQA 3OBYA 4NO7A 3HO1A 1CZ9A 5ADXH 2QWQA 4E7HA 3MX5A 4BR5A 2HHQA 5AQZA 1YTUA 3C7NB 4DSEA 4BVPA 3LDPA 1NJZA 3KK3A 1NK5A 3SQ0A 3F73A 1O1WA 3WNGA 2PFUA 3C6TA 3NHGA 3EE9A 4H0YB 1T6DA 4N47A 1RT7A 5CE3A 1K8KA 3DXMA 2BGGA 3THYA 1KCFA 1VAZA 3CCQN 3DAWA 4KTQA 3QNNA 1YVUA 1DTTA 3P5JA 1GLCG 4KTWA 1EP4A 4H5RA 4C1NK 1NKEA 3A5MC 1B9DA 4FLXA 4B1ZA 4JKFA 3AVLA 4WQ5C 3PX0A 3SUQA 3RWUA 4W5NA 2O8DA 4DV6K 3HJFA 5I42A 3NF7A 4YHHK 1X9MA 3VF6A 1VSDA 1I3AA 4AHUA 2E1YA 3LANA 5AZIB 3VTHA 3K9KA 4U67L 3QDKA 3H46O 2YKMA 3VQQA 2BDPA 1NK9A 4KREA 3J80O 2OZSA 4FOEA 1BCOA 5J2NA 1E4GT 1REVA 3THXA 2O4GA 3R8EA 3CCEN 4CBXA 4F8RA 1XI1A 1VQ9N 4Z4IA 1CZAN 1NBWA 4CEDA 1SUQA 3MX2A 4JD2A 3CFRA 3GDQA 3VETA 1GLFO 3CCJN 3IMXA 1VSMA 2X6NA 2HHUA 4H0PA 3PUFA 3OYNA 4DCHA 3NBPA 1XHXA 4JK8A 5HL7L 1WSGA 1TKTA 3CJAA 4DTMA 4FZZA 5AQQA 1EQYA 5KPZA 5FPEA 3HPHA 1JCEA 4OLAA 4BRNA 4BR2A 1NGJA 3DLBA 2CGJA 3GG4A 3ZSOA 3E9LA 1NGFA 1V4SA 4KKOA 3NH0A 3I55N 3ZSQA 1M1KO 4BC3A 3MCPA 1KLNA 3SLCA 3VENA 3MECA 4CBUA 4DQIA 3NE6A 1C1CA 4BRAA 1GOCA 1KFSA 1ASVA 3WXIA 1G99A 4BC5A 3QFPA 1KFDA 3O08A 4DFPA 4IWVA 1M90O 4DTJA 4B9LA 2KZZA 5AQOA 4KBOA 3CIPA 3IRXA 3DI6A 3CCSN 2VWBA 1YXQA 3ISNC 2IIRA 2QWNA 4BRFA 4Z94A 2WFBA 4FWNA 3LALA 3LM2A 4FM1A 3EY1A 1TK0A 4V19S 1JJ2M 5JICA 4YOXA 1XNRK 2YV0X 2A40A 3NVMA 1K8KB 3DXMB 4N76A 3THYB 3LDOA 3VEZA 2NRVA 4ZTFA 5E26A 4MDAA 1RBRA 1HX1A 3QMLA 2O4IA 3A5NC 2LSNA 5HRNA 4CHYA 3QETA 2KQ2A 3BP8A 3OVNA 1S5JA 1SS6A 3LP1A 3W3DA 3WXJA 5BPMA 3QICA 3ZT3A 2GV9A 2NZTA 3BZCA 4LH5A 2VCPA 5DM7L 4FLTA 5JLHA 3THWA 1W0HA 1EX4A 2HNDA 4AHCA 3RMAA 2Q0UA 1BI4A 4FCYA 4IZ9A 1UWBA 4BRKA 4IDKA 3VGLA 4Z4CA 4C8LA 3O9TA 4FM0A 4CGIA 3NCIA 1WBBA 1DGKN 1IBMK 3KZBA 3QFUA 3ZX2A 1QQOA 3TI0A 5BPNA 3MDQA 4JI2K 4FJJA 4WCEL 2FBXA 3L4IA 3VA3A 5ELZA 5SWMA 4DTUA 3V9ZA 3HSTB 1XNQK 2GBZA 3N4PA 4CFCA 1N34K 3VGMA 1DEJA 4JD2B 3VEXA 4DV4K 5AQHA 1NJWA 1U04A 4ELUA 3CCRN 3SZ2A 2F7TA 1T3VA 1JLFA 4W5QA 4FJXA 1C6VA 2E88A 2OCEA 3FZLA 3KKRA 3CCMN 3PIPL 1HNIA 4AM7A 4R5PA 3L8BA 2NNWA 4CFAA 1YJNN 2D0CA 4CJFA 2RKIA 4O5BA 4HTLA 3HM9A 4LC9B 3T1AA 1BISA 4B3RK 3OYDA 1NU0A 4LY7A 4FZXC 1NK0A 2VYPA 1YI2N 2CH5A 1Q82O 4BRCA 4DR1K 1OH5A 4K43A 3RTVA 1VSHA 4RG8A 1SL1A 2Q97A 3FLCO 1YVNA 5CZ2A 2YKNA 3P31A 1VQ5N 3THVA 4FL9A 2O8CA 3H3NO 5GIPA 3AVHA 1KC8O 1HRHA 3AA5X 4X65K 1BA0A 1KQSM 1T05A 3O80A 2G8FA 4FK2A 5M1NA 3SCXA 5HBMA 2F4VK 1P8ZA 4YOTA 2VGMA 2A1RA 2IGIA 3QINA 3U6FA 1YJWN 2E6MA 5IT9O 4DB3A 1VQPN 3WNHA 3UKRB 3CFPA 4FWQA 3G25A 1U2VB 3VERA 5HRRA 4IO8A 3VMFB 2E20A 1N33K 4CJQA 3OYBA 3T1HK 2I7PA 3QIPA 2Q0RA 5AQWA 4CJVA 4JKHA 4BQLA 3G10A 1RDWX 1IG8A 3OJUA 4DS4A 5BRDA 4DQQA 3K59A 4IFEA 4R79A 2QEXN 3R3LA 1D8YA 1NGHA 1OH6A 1C0UA 4EIAA 4L8RB 3THWB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2KLA A;  1IKV A;  5EOY A;  3KTQ A;  4CEQ A;  1D5A A;  2B5J A;  1NJI O;  1BUP A;  4RWT A;  4GKJ K;  3EKS A;  4PHT X;  4IG0 A;  5AQP A;  3S3M A;  4JLH A;  4O0I A;  4N5S A;  3CCL N;  2ITG A;  4DLG A;  1KAY A;  1SQK A;  3CJ1 A;  3FZK A;  4IKF A;  5KQD A;  4DFM A;  4Z4H A;  1HNX K;  2HBJ A;  3H6E A;  1NK4 A;  3SAF A;  4AHT A;  4DTP A;  1HQU A;  5CYQ A;  5AZJ B;  3K5N A;  5TKW A;  4BR4 A;  5KGW A;  3ZSX A;  1OVY A;  1WSI A;  1U6Z A;  3GBT A;  1CLQ A;  1S6P A;  4MO5 A;  1MDU B;  3OA9 A;  3CG7 A;  3S41 A;  3EEQ A;  5CY4 A;  3LZI A;  5SZT A;  4KHN A;  3G6E N;  4NXM K;  3GL1 A;  4AF1 A;  5AZI A;  3PO4 A;  2OTJ N;  3CCU N;  3NDK A;  4KH5 A;  1XQS C;  3T1Y K;  4CZG A;  4G9Z A;  1IBK K;  1YUW A;  1CZB A;  3WT0 A;  3S3N A;  3BEX A;  3D7E O;  3MWP A;  2W42 A;  1BWF O;  4Y0W A;  3VEW A;  3V9S A;  3DMJ A;  4KPY A;  3P4I A;  4OGC A;  4DR6 K;  1IKX A;  1Q9Y A;  3O4Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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