4BRIA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 117
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4briA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4briA02
3GL1A 1D4XA 2E1YA 3O1BA 3O08A 1TYQB 1QZ5A 3SK3A 5AZIB 2IVPA 3CJBA 3CIPA 3UB5A 1C0GA 3KVGA 1XC3A 3G25A 3J8AA 3WXKA 5JLFA 3SLCA 3HZ6A 4BRKA 3R6MA 1TUYA 1YVNA 3H3OB 4BRPA 1U6ZA 1T6DA 1U2VB 4Y0WA 4H5WA 3BP8A 1BG3A 3C7NA 2ZWHA 5AQNA 4CBXA 4IZ9A 4QS9A 5E26A 3U8XA 4CBWA 4RTFD 2YHWA 3O5BA 2FLOA 3HI0A 1GLCG 5AQJA 4BG9A 3D2EA 5I9EB 4M7XA 4BR9A 3C0BA 2CH6A 4K42A 4BRAA 3QMLA 4YDUC 1SQKA 5LJVA 4CBUA 2P9IB 3UKRA 3FZFA 1NLVA 3ZETA 5AQKA 1V4SA 3O80A 2ASMA 4H5NA 5ELZA 2P9NA 4B9QA 4CI6A 3P4IA 1GLBG 1HJOA 3FZLA 5AR0A 3WXJA 3H6EA 3ZX3A 1XQSC 3DJCA 1Y64A 5KQDA 5AQUA 4JAXA 1HX1A 2P9UB 1CZAN 3DXMA 4JD2B 4QS7A 2ZGYA 2D4WA 1HLUA 2VCPA 4CD3A 3WEEA 4FOEA 5FPEA 4IXCA 1JCEA 2VWBA 2A41A 2HMPA 3MK6A 1TYQA 2P9SB 5F2RA 4C23A 3VF6A 1GLFO 1RDWX 5AQMA 2GTDA 4FWMA 3VGKA 3CJ9A 2GWKA 5BPNA 3VF4A 2PAVA 1WOQA 3UE5A 2Q36A 2AA4A 2Q2RA 4H0YB 4H5VA 2FXUA 3B8AX 1U2VA 3VF2A 3ENOA 3JS6A 1T44A 4JHDB 4AM7A 5AZJB 1GLEG 1X9JA 5EXWA 1G99A 3ATVA 5AQQA 3GDQA 4BROA 1KAXA 3VEWA 1QQOA 5AQXA 4H5RA 3VESA 5JLHA 4E1JA 1TUUA 4B1XB 3O4WA 2NRHA 4H0OA 1T6CA 2QWLA 2P9IA 2A5XA 4RWTA 4EIAA 3ENHA 4BRIA 3UKRB 1NGHA 1NWKA 2P9PA 5BR9A 1BA1A 2P9NB 2FF3B 3ULEB 5AQOA 3QDKA 2ITMA 1ATNA 2E88A 2P9UA 4JD2A 1P8ZA 3ZEUA 3EN9A 2QWOA 3H1VX 4WQ5C 1BUPA 1GLAG 3AY9A 4JNEA 4MO4A 3R9PA 2P9KB 5B8HA 3FR0A 4BG8A 5JMVA 2CGLA 2E2QA 4FWPA 3JXUA 3M6GA 3FLCO 1NMDA 2P9SA 1QHAA 1WUAA 3WXLA 3A5NC 4H03B 1EQYA 4WQ4C 5EY4A 4EHUA 1SAZA 1GLDG 3AARA 5AQPA 4B1WB 4PL7A 5AQIA 1X3MA 3MN7A 4FWSA 2V51B 5AQTA 4K41A 4ISFA 3MN5A 4DHYA 5AFUH 3WQTA 2GELA 3S41A 1H1VA 2YJEA 4JHDA 1BA0A 5AQLA 4A2AA 5AZJA 4DQ8A 2QXLA 4AM6A 1BU6O 4IJAA 3VERA 3H3NO 3O8MA 3LDLA 5BRFA 5LY3A 3D7EO 4BR7A 5AQVA 3MCPA 3AAPA 2A6AA 2ZGZA 3ZX0A 4BC2A 4BRFA 2UYTA 4PKIA 3DWLA 4BRLA 4BGAA 1S3XA 3LDNA 3VEZA 1IJJA 1NGFA 4FWOA 3U9DA 2BTFA 5LJWA 5AQFA 2OANA 3A5MC 1HKGA 2P9PB 3MMVA 3U4LA 3ULEA 3A0IX 1NGEA 2YHYA 4CZGA 4WYBA 3ATUA 5AQRA 4FWLA 2CGJA 5AQHA 2P9KA 3ZEUB 1GLLO 1K8KA 4B1VA 4J8FA 1JCGA 1BOTO 2HF3A 3CERA 2NZTA 3I33A 3SMPA 1ZBSA 4DCHA 1HUXA 3FZKA 3F9MA 5F0XA 2Q0RA 2E2PA 1QQNA 4FWRA 4BRCA 4FWKA 1NM1A 3W3DA 5BN9A 3IFRA 4BR2A 4IWVA 3UKUB 3VEOA 4PKGA 3SMSA 3FGUA 4WQ5A 1HKBA 4B1UB 3A8YA 4O8KA 3IDHA 3EZWA 5EOYA 2Q0UA 2W40A 4BRDA 3WT0A 3BF3A 2KHOA 2CH5A 2GEMA 3L0QA 1DKGD 3CHWA 3QFPA 4O5FA 2QM1A 1NBWA 3VPZA 5CE3A 2FSKA 5KPTA 1ZC6A 5AQZA 3LDPA 2A40A 4BRHA 4MO5A 1ATSA 2P9LA 2V52B 4IO8A 1GLJO 1YUWA 2QWNA 4L3QA 1C0FA 4FO0A 3FE1A 2E2NA 4LC9B 2QW9A 4NB4A 4CZMA 4FWNA 4A61A 4I6MB 1HKCA 2FSNA 3KHYA 2E1ZA 3RSEB 3QICA 2DPNA 2QWRA 1LOTB 4FOIA 1KAYA 4YDUA 5E84A 3H46O 1K8KB 4H5TA 2Q31A 3CJ1A 2NLXA 2YJFA 4BC3A 1QQMA 3MN6A 5TKYA 4CZJA 3HSCA 5FPMA 5AQSA 1MWMA 2Q97A 4BVOA 3KZBA 5ADXH 4ISGA 2ASOA 4K43A 3LL3A 4CJ7A 3UKUA 2D0PA 2FF6A 3LDQA 5F1XA 3ZX2A 3LM2A 4FWQA 5BRDA 1RFQA 3HM8A 4HTLA 5AFUA 3VEYA 3CJ7A 4QS8A 3WUHA 3D2FB 1ZXOA 4BQLA 2QWMA 2J4RA 3HBTA 4BR5A 1DEJA 4H0XB 5BRHA 3A5OC 2E2OA 3VENA 3DXKA 3U9ZA 3WQUA 2CGKA 1HPMA 5EVZA 3CETA 2HF4A 4BRGA 3VEVA 2A3ZA 3EKUA 3TPQA 3IUCA 4BRNA 3VETA 3QFUA 1JCFA 4CZFA 5KQ8A 4PL8A 2P9LB 1J6ZA 1DGKN 3CJAA 1LCUA 1NGDA 1E4FT 3H1QA 4ISEA 5FPNA 3I8BA 2D1KA 5KPZA 3EL2A 4MLHA 4I6MA 5AQGA 3QB0A 3VGMA 4BRMA 1OKJA 4BC4A 3TU5A 3SJHA 3MDQA 4MLEA 2GUPA 1RGIA 4XH4A 4JN4A 1E4GT 1SZ2A 4RCHA 3R8EA 3GBTA 1MDUB 3RSEA 4GNIA 4BR4A 2HOEA 3M1FA 3CQYA 1ATRA 3FZMA 3FFKB 1Z6RA 4B1YB 1NGCA 1MA9B 1YXQA 3QBWA 4CZKA 1ESVA 2AP1A 4CZHA 2H3GX 1KAZA 1Q18A 2V7ZA 5BPMA 4HWIA 1V4TA 5FPDA 1Z05A 4K25A 4BRQA 3VGLA 1MWKA 1S22A 2VYPA 4H0VB 3VEXA 4Z94A 3DAWA 2W41A 1NGBA 3H45C 4M7YA 4CZIA 1BO5O 4IJNA 2BUPA 3D2FA 2YI1A 4EFHA 2IIRA 1X3NA 1NGIA 2F9WA 4NO7A 2E8AA 5BREA 2F9TA 2YHXA 2YCHA 2ZF5O 4EAHD 2I7PA 4CZLA 5KPRA 4WQ4A 3L4IA 2I7NA 4F9OA 3EO3A 4EHTA 3GG4A 5AZIA 1YAGA 2D0OA 3DXKB 4FL9A 4FPBA 4A2BA 2FSJA 3ID8A 4FSVA 1BWFO 2QWPA 2IVOA 3FZHA 3WXIA 3A5LC 5BN8A 3LDOA 4BVPA 2Q1NA 4PKHA 5AQWA 5AQYA 3OHRA 3BF1A 2A42A 3CJCA 3GE1A 3O6WA 4XEIA 4BC5A 2WUSA 3IMXA 3C7NB 4A62A 3LM9A 4BQZA 3MN9A 1NGGA 1IG8A 2E20A 2IVNA 3CI5A 4CD1A 2GWJA 3BUZB 3D2EB 4FPAA 5ADXA 3BEXA 1BDGA 4M63C 5BPLA 4DB3A 5EX5A 4BR0A 3VOVA 4GY2B 3ZETB 3CQXA 2EWSA 3EKSA 4BREA 4BGBA 3QBXA 1QZ6A 4CZEA 3HTVA 3M3ZA 4KBOA 4XH1A 1KXPA 1NGJA 3O1WA 3AAQA 1NGAA 3L6QA 4XH5A 1XUPO 1R59O 5JICA 3DXMB 4H0PA 4B1ZA 2ASPA 2QWQA 3W0LA 2PBDA 3GOIA 4H0TB 3WEEB 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D4XA 2E1YA 3LDSA 1WB9A 2QI2A 2BE2A 3ZCMA 2AJQA 2YHBA 3WXKA 3ASMA 5JLFA 3HZ6A 1WSIA 3NVMA 2RE2A 1TKXA 2RKIA 4Y0WA 4H5WA 3BP8A 3DRRA 5AQNA 1BHLA 2HHXA 1RT7A 3O3FA 1QE1A 3O5BA 2FLOA 3ZSRA 1HNXK 5AQJA 3D2EA 4JV5K 3C94A 3NGIA 3LWMA 3U3YA 4M7XA 4CBUA 1RNHA 1NJWA 3WNEA 3UKRA 3FZFA 1V4SA 1Q7YO 5ELZA 3HRGA 1S1UA 1RBTA 2VWKA 2HVIA 3OJSA 3WXJA 3TABA 5C0YA 3ZX3A 1W97L 2PY5A 1OH7A 2Q3SA 1Y64A 1HYVA 3SUPA 3LPTA 2P9UB 1NMNA 3V9ZA 2VCPA 4MDAA 4AH9A 4FOEA 4I9QA 3EE9A 1RTHA 3OYCA 2HMPA 3MK6A 3C95A 3THVA 3CCJN 3OYNA 3LANA 4A5AA 4Z0UA 5MLCQ 4LY7A 3CJ9A 3KD5E 1TGOA 5SZTA 2PAVA 2ZM6K 1D9DA 3PV8A 2UXBK 2AA4A 2GUIA 4CK3A 3NF7A 4H5VA 3HK2A 2KFZA 3VF2A 1VSIA 2JWLA 1X9JA 4ILHA 3ATVA 4C8MA 3CD6N 3DRPA 1KVAA 1J9AA 3LP0A 4H5RA 3MEDA 1C0TA 1YVUA 3VESA 3LZIA 4E1JA 5JVHL 1TUUA 3ZSWA 1K6YA 4TSXA 3O4NA 4ILJA 4RWTA 4H4MA 4DU3A 4Z4CA 5JS1A 3ZYYX 1RT2A 4OGEA 4M3ZA 3V81A 1BA1A 3ISNC 1VQLN 4KO0A 5AQOA 3QDKA 5HP1A 1KC8O 3HT3A 1YHQN 1ATNA 3ZEUA 3H1VX 3MX5A 4WQ5C 1GLAG 4MO4A 1C1AA 5B8HA 2BGGA 5JS2A 3FR0A 4KHPK 2CGLA 1VQKN 2E6LA 2GX9A 4BY9C 4K8ZA 4IFVA 4YY3K 2P9SA 3DOLA 4FJ7A 1S9GA 2OPQA 1WUAA 3RWUA 3VQCA 3WXLA 1WBDA 4H03B 3TTCA 2Z1HA 3C6HA 1Q9XA 4IOCL 3SYZA 4EHUA 1SAZA 3AARA 4N56A 5AQIA 3SAHA 4AF1A 2IOCA 3MN7A 4FWSA 4JKGA 5AQTA 3HVRA 3VTIA 3KLFA 4Z4GA 3RMDA 5AFUH 3WQTA 1H1VA 4JHDA 5M1OA 3S9HA 5AQLA 5GIOA 3THXB 5J2MA 2G8KA 1D9FA 4JK8A 3LDLA 3NH0A 2OCEA 4B9NA 3CCLN 1FKOA 3SAFA 2O8FB 2Y1IA 3T1YK 3T3FA 4FM0A 3MCPA 4KV8A 1J53A 3DLLL 2ZGZA 1VQNN 3ULDA 3KD1E 1LW2A 3PUFA 4AILC 4BRLA 4IO9L 4BGAA 3C6UA 1BCOA 4O44A 3V6DA 4JYAK 1IJJA 5FDLA 1LWCA 1NGFA 3AVAA 4CECA 3A5MC 3ULEA 4LF9K 4F3TA 4BE2A 3OA9A 3SQ0A 4M41A 4AHCA 1U48A 3E01A 2HNYA 5AQRA 3F5TA 3AVNA 5AQHA 2P9KA 4CFCA 4LFBK 3OBYA 2P5OA 4B1VA 1WLJA 3SMPA 4YOVA 1Q81O 1HUXA 1QTMA 2WONA 1QQNA 4IEIA 3T7ZA 1IBMK 4KI6A 5FROA 4DFJA 4BR2A 1NK5A 3ZT0A 3UKUB 3AVFA 3F9KA 5DMRA 1NJIO 3FGUA 3A8YA 2I5JA 4DR4K 4BRDA 3WT0A 3ENBA 2KHOA 4DS5A 1NKEA 3L0QA 2B4JA 4JI0K 3QO9A 3QFPA 5J2NA 2R7YA 3OYEA 3TAGA 3QEPA 3VPZA 5GIPA 3P83D 3EZ5A 1KFDA 3EYZA 5HROA 4FJHA 4O8UA 3OYGA 4RW9A 1XNQK 2FBTA 5M1PA 4CF2A 3AVBA 5GINA 4DUYK 3QNOA 4LC9B 2QW9A 4DSLA 4CEOA 2P5GA 1TK5A 1WSJA 1HKCA 2E1ZA 1IV0A 3OYLA 2W42A 2P51A 1LOTB 4B9TA 1HMVA 2PFUA 4DQSA 4B3SK 2Q31A 1A5VA 4X64K 1QQMA 1IBKK 2RHKA 4JKEA 1MWMA 2Q97A 4BVOA 3LL3A 3J80O 2D0PA 3LDQA 5F1XA 3LZJA 5BRDA 1RBRA 3OYFA 3VEYA 3EE8A 1X9WA 4O55A 2J4RA 3M8QA 4Z4EA 2O4IA 3M8SA 4C8KA 3SAGA 2O8EA 2XO7A 3VTHA 4GKKK 4BWMA 4CHNA 3H08A 1TV6A 2E2OA 3U9ZA 3WNHA 3OY9A 2CGKA 3KKSA 4JKBA 5I42A 3OYBA 5KRSA 1JLBA 3VEVA 3TPQA 4BRNA 3VETA 4CEQA 4CZFA 3KK2A 3L2QA 1WSEA 2P9LB 1J6ZA 3CJAA 4E3SA 2X74A 4WF9L 4ISEA 3I8BA 3P38A 1YTUA 4FM2A 1NJYA 4BC4A 3TU5A 3SJHA 2GUPA 1SZ2A 4CIFA 1MDUB 2JGUA 4OGCA 4BR4A 4BACA 2HOEA 2OTLN 4LH5A 1Q86O 1KCFA 3ITHA 3QNNA 4CGGA 1BIZA 4B1YB 3PIOL 3VQ5A 4CEAA 2KKZA 1ESVA 1IKWA 2KQ2A 1V4TA 3B6PA 1Z05A 1UWBA 4H0VB 3OS2A 3DAWA 5HBMA 1T05A 1SL1A 2W41A 1NGBA 1JXBA 5GAEP 2YNIA 3HO1A 2E4LA 4EFHA 4IFYA 1M1KO 1X3NA 1NGIA 1R0AA 4AHRA 2ZJPL 2E8AA 2HVHA 4CHYA 4DU1A 3BDPA 1RDDA 1JLGA 1T8EA 2I7PA 4AHSA 2I7NA 3GG4A 2OPPA 3DXKB 1E3MA 3RMAA 4A2BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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