The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
258
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structure length |
258
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Chain Sequence |
VKIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre mRNA splicing protein
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Sulfolobus solfataricus
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| total genus |
97
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| structure length |
258
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| sequence length |
258
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVM A; 2NNW A; 5GIN A; 4BY9 C; 5GIP A; 3PLA A; 3NMU A; 3NVK A; 3ID6 A; 5GIO A; 3T7Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CZ2 A; 3JSM A; 4BDZ A; 1NNE A; 1NK5 A; 1VQL N; 2KQ2 A; 4BR5 A; 1VQ5 N; 2XY6 A; 4XH1 A; 4ISG A; 1U04 A; 1N8R O; 3FE1 A; 3PX6 A; 3KJV A; 4WYB A; 4CBU A; 4B9S A; 3HOT A; 1RTH A; 2HMI A; 3ZSV A; 2Q31 A; 3DOL A; 2OAN A; 1GLE G; 5K14 A; 1X9M A; 1U4B A; 3THW B; 1NK7 A; 4F9O A; 2O4I A; 3UKU A; 4B1U B; 4YOT A; 4BRQ A; 4M3U A; 1XUP O; 1NKE A; 1X9J A; 1XNQ K; 5J2M A; 3R6M A; 3KTQ A; 4YOW A; 2QEX N; 2XO7 A; 3HK2 A; 2B4J A; 4DMN A; 2UXD K; 2QKB A; 4YOX A; 4CZK A; 2DPN A; 3L4I A; 2V51 B; 4F3O A; 3FGU A; 3SZ2 A; 1ZXO A; 5M1P A; 3U9D A; 1XHZ A; 3U9Z A; 4EAH D; 2HBL A; 4E7L A; 3LP2 A; 4DTP A; 3K9K A; 3V81 A; 5AQQ A; 3FZF A; 1NKB A; 1VSE A; 2HBM A; 4CF1 A; 5I3U A; 4QAG A; 4CD1 A; 3MXM A; 3HZ6 A; 2Q0R A; 3HI0 A; 3J7Y P; 3SV4 A; 3ULD A; 1JXE A; 1QSS A; 4BRP A; 3AAQ A; 3THX A; 4EP5 A; 1ATS A; 4HCC A; 2YJE A; 3SQ4 A; 1UA1 A; 1UOC A; 3GG4 A; 5C10 A; 4B1X B; 2QTD A; 3IUC A; 1H1V A; 1S6Q A; 3CC7 N; 2D5R A; 3MED A; 4CK1 A; 4DTN A; 3CM6 A; 3TU5 A; 3BDP A; 4W5O A; 4CGI A; 2ZJR L; 1UAX A; 4O5F A; 3ZSW A; 4ELV A; 4LF4 K; 1DKG D; 5DK5 A; 4BC5 A; 2WFB A; 1LWF A; 5FRN A; 3CCV N; 3CC4 N; 1YTA A; 2E4L A; 4H5R A; 5LMU K; 3LZJ A; 4DWI A; 3V9U A; 3J7A P; 4RTF D; 3QO9 A; 5GIP A; 1YJW N; 4ZTF A; 3SBG A; 2E2O A; 4JKB A; 3CME N; 1T6C A; 1FKO A; 4OKJ A; 3CCQ N; 4G9Z A; 1MWK A; 1HJO A; 3LM2 A; 4JKH A; 3TAQ A; 4LF5 K; 1X9S A; 1L3U A; 1SKR A; 4IWV A; 4LSN A; 1RT2 A; 3RRH A; 3SPY A; 1BUP A; 3DYA A; 3RMA A; 3IS9 A; 3NE6 A; 4E3S A; 4E1M A; 1JCF A; 3NF7 A; 2Q97 A; 5AR0 A; 4OKE A; 3T1Y K; 4AH9 A; 2P51 A; 3PLA A; 2ASO A; 1YI2 N; 2YKM A; 3VQP A; 5BRE A; 3OYK A; 2Y1J A; 3N4P A; 5JLF A; 4DV4 K; 3KHY A; 3O4Q A; 1ZBI A; 3I0S A; 1J5O A; 3OBW A; 4FSV A; 4N47 A; 4N5S A; 3KLI A; 2OPR A; 3GE1 A; 4JKF A; 3M1F A; 1S1U A; 4FJX A; 3G10 A; 1DEJ A; 2VWJ A; 5FDL A; 1KVC A; 4BRD A; 3VGK A; 4X66 K; 4DF4 A; 4J2D A; 4OGC A; 3SUP A; 4GVM A; 3HP6 A; 1S9G A; 4IJN A; 4DLG A; 4FOE A; 3J7Z O; 1EP4 A; 4BR9 A; 4F2R A; 1VK0 A; 5LJW A; 3QIO A; 1KVA A; 1XNR K; 4W5R A; 3E9P A; 1S22 A; 2E1Y A; 3QNO A; 3QET A; 4H4O A; 3SQ0 A; 4LF7 K; 1M1K O; 3AA3 A; 1WUA A; 4EFH A; 4DU4 A; 3KK7 A; 1RTI A; 1P90 A; 1WSE A; 3OYN A; 4JKA A; 1QVG M; 4C8O A; 3VA0 A; 3CMA N; 5GIO A; 3T7Z A; 1KRP A; 1KXP A; 3AVG A; 1U47 A; 4KHY A; 1NK8 A; 5B8H A; 1D5A A; 2P9S B; 2NRZ A; 4JN4 A; 1YTU A; 4N41 A; 4HTU A; 2Y1I A; 4E1J A; 2UUC K; 4B9L A; 2GUP A; 1BOT O; 3NDK A; 1HKB A; 1NGG A; 1KAY A; 3WXM B; 3CQY A; 1YUW A; 3QBX A; 2HHX A; 3ZX3 A; 1C1C A; 4DV2 K; 3LL3 A; 4B3O A; 3D6R A; 5BRD A; 1DTQ A; 1GLL O; 4WF9 L; 4H0V B; 4DR3 K; 2A41 A; 2Z1J A; 1VQP N; 2Q36 A; 3LPT A; 4JD2 B; 3TSQ A; 1BCO A; 2WUS A; 2CH6 A; 3TAR A; 1XI1 A; 3H1Q A; 4Y1D A; 4YOU A; 3ZT2 A; 1GOA A; 2W41 A; 2PZS A; 2YNF A; 3BY5 A; 3FZM A; 4RW6 A; 4BE2 A; 3O9T A; 5AQJ A; 3VQC A; 3CCR N; 1TKZ A; 4ISF A; 1D8Y A; 3VTI A; 4C8M A; 1NK9 A; 3KLE A; 4CJP A; 3NVM A; 3D45 A; 1JLC A; 3LDP A; 3LAM A; 3RWU A; 5A2Q O; 1L3T A; 4M3T A; 2HBJ A; 4N76 A; 2A1R A; 2GWJ A; 1YT3 A; 1VSL A; 4WQ4 C; 3G71 N; 1NWK A; 4OLA A; 3K5N A; 3QFU A; 4KBO A; 4FOI A; 1I3A A; 3WXK A; 4Z0U A; 3OS1 A; 4FJH A; 5ADX H; 1FW6 A; 1J5E K; 1HKG A; 4IG3 A; 2E88 A; 4KRF A; 3UKU B; 4BQL A; 4FLY A; 5GAH P; 2O8D A; 1CZA N; 3CJA A; 5AZJ A; 1EWQ A; 1U6Z A; 4Z4C A; 4KH5 A; 3TI0 A; 4FK4 A; 3VER A; 2AP1 A; 4AHC A; 3AVN A; 4B1V A; 3HPH A; 3O4W A; 4IOX A; 4L8R B; 4XEI A; 3VQ6 A; 3QLH A; 1YAG A; 1JCE A; 3MEC A; 1IKV A; 3LP3 A; 1TV6 A; 2YHB A; 1VQ8 N; 1X3N A; 4CVN E; 4ELU A; 3A5M C; 3CCE N; 4FWO A; 1SQK A; 4AHU A; 4OLB A; 3TWH A; 1NGD A; 2GEM A; 3EY1 A; 3ID6 A; 4LC9 B; 1RNH A; 4CHQ A; 4NXM K; 4PL8 A; 5C0Y A; 4EP4 A; 3ZX0 A; 4JI4 K; 4M41 A; 4X64 K; 2YNI A; 4IDH A; 1S6P A; 4KTQ A; 3QEI A; 3MCA B; 1NGI A; 2P5O A; 3ZX2 A; 2F9T A; 3F9K A; 3VMF B; 3THX B; 4JKE A; 4JLH A; 1BDG A; 3NBP A; 3CCU N; 1X1P A; 2FF3 B; 2A3Z A; 1RT4 A; 5FRO A; 3O9R A; 2NZT A; 1F21 A; 4IFE A; 4X62 K; 4CK3 A; 4B9M A; 2HHV A; 1U49 A; 1ZC6 A; 4NO7 A; 4G1Q A; 1MWM A; 1GLB G; 3ENO A; 3SJH A; 5CYQ A; 3T1A A; 3FLC O; 3QFP A; 4GMJ B; 1C0T A; 1KSP A; 3NF9 A; 2V7Y A; 4CHN A; 1T6D A; 4CGG A; 1WB9 A; 1QZ6 A; 1UA0 A; 3GBT A; 3LWL A; 1E3M A; 2O8E A; 4KAZ A; 4CJQ A; 4LF9 K; 4JRQ A; 3HSC A; 3K0S A; 4FZZ A; 4QS9 A; 4FJL A; 2XRI A; 4EZ9 A; 4B08 A; 2OTJ N; 1WAJ A; 3MWP A; 3I55 N; 2HST A; 3AAP A; 5HRS A; 1Y64 A; 3AVA A; 4IOA L; 3VF2 A; 3OYJ A; 3RRG A; 3KIO A; 4HTL A; 1HNI A; 3CCL N; 4ILG B; 4DSL A; 3L3U A; 5KRS A; 3KK1 A; 1YJ9 N; 3WXJ A; 3WXL A; 2W40 A; 2D0C A; 2Q1N A; 2I7N A; 1NJZ A; 2B5J A; 3SJJ A; 2E20 A; 1Y97 A; 3ZET A; 3CJB A; 4UQG A; 4AIL C; 2I5J A; 1K6Y A; 4CGH A; 1OH7 A; 3S3M A; 5AQV A; 4CEA A; 3S3N A; 3IFR A; 2OYQ A; 5E41 A; 4IO9 L; 2ETJ A; 4DV5 K; 3T19 A; 4FW2 A; 4HVJ A; 4H5T A; 4H5V A; 4CJV A; 4KHU A; 3NF8 A; 4OJR A; 3DI6 A; 2NLX A; 3R3L A; 3KWG A; 1VQ7 N; 3UE5 A; 3WNH A; 4FLW A; 5EY4 A; 1SL0 A; 1IH7 A; 2F7T A; 3DMJ A; 1W0H A; 4LF6 K; 2Z1G A; 3G6E N; 4M42 A; 4F4K A; 4KHW A; 3C6U A; 3O3F A; 3QB0 A; 4CJ7 A; 2KW4 A; 4GW6 A; 4CJ5 A; 1W7A A; 3U3Y A; 2RPI A; 1WBD A; 1CXU A; 1RT3 A; 5BN8 A; 5SWM A; 1IV0 A; 3NH2 A; 3NGY A; 1TKT A; 3W0L A; 2NUB A; 3C6A A; 2F96 A; 2HOE A; 4I9L A; 1G99 A; 4ELT A; 4JYA K; 3MN9 A; 1KQS M; 3NF6 A; 4JK8 A; 4CZI A; 4XIU A; 4FJI A; 4EHT A; 5FPN A; 3BF1 A; 4LFC K; 1J54 A; 1U2V A; 3BUZ B; 3VET A; 3EZW A; 3VQE A; 4B9Q A; 1XHX A; 3OTO K; 2GTD A; 2IIR A; 2O8C A; 3DLB A; 2FBY A; 2EX3 A; 4IJA A; 3SAF A; 1O13 A; 3SV3 A; 4CJL A; 1HRH A; 3VQA A; 2IGI A; 2UUA K; 2P9U A; 4JI0 K; 3BZK A; 1GLD G; 4FZX C; 1LV5 A; 2IOC A; 4JKC A; 1Q81 O; 3CCJ N; 4CGF A; 4DV1 K; 2P9I A; 1NKC A; 4DF8 A; 4LD0 A; 3VES A; 4PUO A; 5AQH A; 4CJ4 A; 4K43 A; 1YHQ N; 3RTV A; 3IG1 A; 3R8E A; 4FM2 A; 4AHS A; 1YVN A; 2IC3 A; 2Z1H A; 3VQ7 A; 5FRM A; 3FFI A; 4FK2 A; 3C7N A; 3M3Z A; 4IFY A; 5LMN K; 4BWJ A; 5CE3 A; 3FZH A; 4DR4 K; 3DXK A; 3LDQ A; 2HND A; 4CJ3 A; 2W6L A; 3HVR A; 1L3S A; 3Q7B A; 1KD1 O; 2E8A A; 5M1N A; 3O80 A; 3NH0 A; 4I9Q A; 4BQZ A; 5I42 A; 4FJ7 A; 1T8E A; 4DR6 K; 4CZF A; 3VTH A; 4WQ4 A; 3MXJ A; 2A1S A; 1VQ6 N; 4H0T B; 4CF9 A; 2F4V K; 2PFU A; 4KV8 A; 4RW7 A; 2VCP A; 1SZ2 A; 3AA4 A; 1N5Y A; 2W6K A; 3W3D A; 1RTD A; 3OJU A; 4B3R K; 2G8K A; 3RR7 A; 1LAW A; 1WNS A; 2JWK A; 2KFN A; 1QQN A; 2HVH A; 1EO1 A; 4B1W B; 3AO4 A; 4EZ6 A; 2VQE K; 3OYC A; 3UB5 A; 2V52 B; 3GL1 A; 1MU2 A; 1QSL A; 2GX9 A; 1XC9 A; 1ESV A; 4CZE A; 1Q7Y O; 4CHY A; 5EU7 A; 4U7B A; 1NGB A; 3JYT A; 2O8D B; 4CFD A; 5AZJ B; 5AQL A; 1TL1 A; 5TKW A; 5HL7 L; 2LSN A; 3G25 A; 2DTU A; 3CER A; 3KVG A; 4FWN A; 1U45 A; 1L3V A; 3S3O A; 2FXU A; 2XY5 A; 4AHR A; 2E2N A; 2E1Z A; 3FR0 A; 5AQW A; 3QEP A; 5AFU H; 1FK9 A; 2YX6 A; 3F73 A; 1S1X A; 1BIZ A; 4AHT A; 2O8F A; 3ZSX A; 3PSF A; 2YHX A; 4PY5 A; 1C6V A; 1Q82 O; 1VSH A; 1NJW A; 4CGD A; 1WLJ A; 4BDP A; 1C1A A; 1B9F A; 2PYL A; 3HM9 A; 3K5M A; 3SYZ A; 4DV7 K; 4J2A A; 2ZF5 O; 3CI5 A; 5AQY A; 1CZ9 A; 1IBL K; 1BGX T; 4WE1 A; 4K0K K; 3JAM O; 1JKH A; 3VEX A; 3P83 D; 4CEC A; 3B6P A; 2ZD1 A; 4BR7 A; 3EO3 A; 4IKF A; 1QVF M; 1SKS A; 2RF2 A; 3C0B A; 4H0O A; 5SZT A; 4NCB A; 2HNZ A; 3O9U A; 1YVU A; 3KKR A; 1X9W A; 5BRF A; 3RVC A; 2YHA A; 3AVI A; 3CJ9 A; 3VQ8 A; 4JRP A; 1MDU B; 1TAQ A; 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1HKC A; 3TSU A; 3OYE A; 3J80 O; 4B9N A; 3LAK A; 1TK0 A; 4WFA L; 4NB4 A; 4BRE A; 2O8C B; 2H3G X; 3QIN A; 2HBK A; 5KPR A; 3RMD A; 1VRU A; 2D0P A; 4CJT A; 2NRV A; 3E1Y A; 1SS6 A; 5M1K A; 2ZQB A; 1BQM A; 2P9U B; 3MXI A; 1TK5 A; 5FLX O; 4BC4 A; 1HQU A; 4BVP A; 3OS0 A; 2P9I B; 2QM1 A; 3ZSQ A; 2OPQ A; 4DR1 K; 1LOT B; 3LDN A; 3CQ8 A; 4BGA A; 1NGF A; 3C7N B; 2OA8 A; 4F3T A; 3ZLJ A; 5C42 A; 4WFN L; 1QZ5 A; 3I8D A; 4LY7 A; 1I94 K; 3DXK B; 2D4W A; 1YF5 L; 3OYB A; 1BA1 A; 5EVZ A; 3DLL L; 4IEE A; 4IG0 A; 4CFB A; 1QE1 A; 2FC0 A; 3O8M A; 5AQN A; 2QWP A; 3D7E O; 1D4X A; 2P9L A; 4OVL A; 1TGO A; 1RBS A; 1BCM A; 1Q18 A; 1WSF A; 4CIF A; 1VQ4 N; 4JI1 K; 4CEZ A; 1S5J A; 4E7H A; 1N33 K; 4BE1 A; 3WT0 A; 3ATU A; 3VQ9 A; 1RBV A; 4O8K A; 1OH5 A; 3NCI A; 2JLE A; 2YHY A; 1ATN A; 2A42 A; 3O9Q A; 1Q9Y A; 1KFD A; 4EHU A; 4F8R A; 2QWQ A; 4MLH A; 1D9D A; 1NOZ A; 5C25 A; 2A5X A; 1S9E A; 1ASU A; 4M3Y A; 1WSH A; 4W5T A; 3H6E A; 4C23 A; 1B9D A; 4DTO A; 4L3Q A; 2Q3S A; 5KQ8 A; 5M1O A; 2PAV A; 1ASV A; 4GKJ K; 5LL6 Z; 2P9P A; 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