4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
3G25A 4CBWA 4J8FA 1GLLO 3WQUA 3QBWA 3BP8A 3UE5A 4BRKA 4CZEA 2CGLA 3H45C 3VF6A 4BRLA 3CERA 4CJ7A 4FWLA 2WUSA 4FWRA 5AZJB 5AFUA 2YHXA 3VGMA 4EAHD 1WUAA 3GBTA 4H5VA 2CH5A 3ZX0A 3BF3A 4A2BA 2YI1A 4JD2A 1IG8A 3CI5A 1BU6O 3JS6A 1IJJA 2A42A 4NO7A 4BC2A 3LM2A 3WXIA 1E4GT 3IFRA 3GE1A 3FZLA 1NGEA 1NWKA 4MO4A 4B1VA 1JCEA 3CHWA 2KHOA 2CGJA 1NMDA 2A41A 1SZ2A 4B1YB 4PKHA 1YXQA 3HTVA 2AP1A 2A6AA 2E2OA 4BC3A 3ZX2A 3C0BA 4I6MA 3FR0A 4B1WB 3KHYA 4PL7A 4DQ8A 4H0PA 3ULEA 4LC9B 3KZBA 1XC3A 3A8YA 5ADXA 4EHTA 4DHYA 1BOTO 3M3ZA 2HMPA 2YHYA 1ATRA 1U2VB 3O1WA 4XEIA 4BRIA 3U4LA 4H5WA 3ULEB 5KQ8A 5AQIA 2P9KA 3MN9A 1NGGA 3C7NA 1QQMA 3EKUA 3CIPA 3LM9A 4H0OA 3IMXA 1NBWA 2FXUA 3VEWA 4IWVA 3W0LA 2P9PA 3C7NB 5AQKA 4ISGA 1RFQA 4JHDA 3EL2A 1ZXOA 1CZAN 2E2NA 5AQYA 3AARA 3U9ZA 4BRQA 1YAGA 1QQOA 2E8AA 4FOIA 3UKRA 1BO5O 2QWMA 4GNIA 2ZWHA 3IDHA 3CJBA 2E88A 2QWLA 5JICA 1TYQB 5KPTA 3FFKB 3FLCO 1MWKA 3H46O 3VEVA 4H0XB 3VPZA 3A0IX 2FSJA 4K43A 3L0QA 2J4RA 2QWQA 4ISEA 1X3NA 3EN9A 4BRPA 4BG9A 3CJ1A 1DGKN 4A62A 3BF1A 2GUPA 3H3NO 1TUUA 3DXMA 4BG8A 4F9OA 3M1FA 3DWLA 3H6EA 4C23A 4BRHA 4E1JA 3O8MA 5JLFA 3DXMB 5ELZA 4IZ9A 1QHAA 1NGHA 2Q2RA 5FPNA 4BR9A 1ATSA 3DAWA 1ZBSA 5AQGA 4CD1A 3ZETB 1T44A 2P9LB 3CQXA 5E26A 3KVGA 1QZ6A 2ZGYA 3VEYA 4EIAA 3ID8A 4FPBA 3FGUA 1GLDG 2P9SA 3DXKA 2VCPA 2VWBA 3J8AA 4BRGA 4CZIA 1HKCA 2VYPA 1C0FA 5AQPA 2E20A 1BA0A 2P9SB 4BRCA 4EHUA 3DXKB 4CZHA 5AQZA 1HX1A 3UB5A 1EQYA 1Y64A 1JCGA 5AZJA 4O8KA 5EXWA 1X9JA 4BVPA 3AAPA 4WQ5C 4CZMA 5FPDA 2P9IB 4YDUC 4XH4A 2ASPA 3R6MA 1C0GA 3SMPA 3U8XA 3WT0A 3HM8A 2FSKA 3WUHA 4AM7A 5BRHA 2GELA 4EFHA 1GLBG 3A5LC 2YCHA 3WXKA 4CZJA 3O08A 3UKUA 2OANA 5CE3A 4PKIA 3HZ6A 3A5NC 5AQQA 2FF6A 5AQVA 5BREA 1YUWA 3OHRA 4CZFA 3O80A 4WQ5A 4JAXA 2EWSA 3D2EA 3UKUB 5I9EB 4YDUA 2IIRA 1ZC6A 4IJNA 5AQMA 4A2AA 3D2EB 2V51B 1U2VA 2NLXA 5FPEA 4KBOA 2P9UA 3R8EA 4BROA 3HI0A 5BPLA 5AQSA 4Y0WA 2P9NB 3I8BA 4H5RA 4B1ZA 4BR5A 2P9UB 3VEZA 3MDQA 3VENA 1MA9B 4O5FA 4QS9A 3ATVA 3H1VX 4ISFA 2GWJA 3D7EO 2CGKA 5JMVA 4JN4A 2QWNA 4Z94A 1GLCG 1T6CA 2D1KA 2YJFA 2QWPA 3LDPA 1KXPA 4WYBA 4FWNA 3O6WA 2ZGZA 1BA1A 4BR2A 3H1QA 1V4TA 4FWSA 1E4FT 4CZLA 4HWIA 1TYQA 5BN9A 3U9DA 4B1XB 3EZWA 1NGCA 3MMVA 3HSCA 5AR0A 5AQXA 5AQLA 3A5OC 3VESA 2IVPA 4BREA 3LDNA 5KPZA 1H1VA 2GEMA 4MLHA 3H3OB 4M7XA 4QS8A 4BC5A 2HF4A 3ATUA 3D2FB 3SK3A 3GG4A 5F1XA 1NM1A 5EX5A 1YVNA 2A5XA 1G99A 2I7PA 2QW9A 1Z6RA 4BGBA 2GTDA 2YJEA 4NB4A 3VEOA 5BRDA 3HBTA 4WQ4C 4BRDA 2H3GX 1Z05A 2ZF5O 4A61A 3MN7A 2A3ZA 5B8HA 4DB3A 4XH5A 1QQNA 3P4IA 4FWQA 2Q31A 1DKGD 1ATNA 4IO8A 2HOEA 4CBUA 3QB0A 3BEXA 3ZETA 2P9LA 3RSEA 4FL9A 3ZEUA 4GY2B 4L3QA 2PBDA 4B1UB 2D4WA 3RSEB 1ESVA 3WEEB 4H0TB 1NLVA 3ZEUB 4MLEA 3QMLA 2FLOA 5KQDA 3VGKA 4RTFD 3VGLA 1GLFO 4BR7A 5AQTA 1XQSC 5EOYA 5F0XA 3FZMA 3QICA 3WXLA 2HF3A 4BR4A 5AZIB 2P9IA 3LDQA 2E2QA 1J6ZA 5KPRA 3WQTA 4BR0A 1LCUA 5AQUA 4RCHA 5BRFA 1D4XA 3GL1A 3LDOA 1OKJA 2AA4A 4JNEA 1HKGA 1JCFA 4IJAA 2D0OA 3CJAA 3CJ9A 3M6GA 1S22A 4FPAA 1V4SA 3FE1A 3MCPA 3LDLA 1P8ZA 2D0PA 3MN6A 1S3XA 2Q0UA 4DCHA 1LOTB 3O1BA 2V52B 3ZX3A 3R9PA 2UYTA 2GWKA 3SJHA 2I7NA 3L6QA 2E2PA 1RDWX 3ENOA 2P9NA 3F9MA 4HTLA 5E84A 4AM6A 4FOEA 1Q18A 3IUCA 3ENHA 2NZTA 1GLJO 4RWTA 3VOVA 5FPMA 3W3DA 4FWOA 4JD2B 3QBXA 1X3MA 4BRFA 3QFPA 3DJCA 3CETA 4H5TA 2Q1NA 4K42A 1HUXA 3VERA 5BR9A 4IXCA 4XH1A 4PL8A 1HKBA 5AQOA 5EVZA 3CQYA 3MK6A 3EKSA 4I6MB 1T6DA 3WXJA 4BC4A 5BPMA 3CJCA 3CJ7A 5BPNA 4FO0A 2F9TA 5AQHA 4CD3A 1SAZA 4B9QA 5AFUH 3GDQA 2Q0RA 4MO5A 5AQNA 4CBXA 3D2FA 1XUPO 2V7ZA 3JXUA 4H5NA 2E1YA 3S41A 3LL3A 2P9KB 3A5MC 5TKYA 3MN5A 4CZKA 2V7YA 2QWOA 4H0VB 1HJOA 2BTFA 2W40A 4BQLA 2P9PB 3VF2A 1NGDA 1WOQA 3QDKA 1KAYA 4JHDB 3VEXA 2E1ZA 2IVNA 1NGFA 2FF3B 3B8AX 3QFUA 3O4WA 4K25A 2QXLA 1K8KA 5LY3A 4BQZA 2BUPA 2A40A 3SMSA 1RGIA 2Q97A 3UKRB 3SLCA 4PKGA 4FWMA 2QM1A 1K8KB 1QZ5A 2W41A 2CH6A 5AQRA 1DEJA 3WEEA 5ADXH 4K41A 1HPMA 1GLEG 5AQFA 3O5BA 3AAQA 2FSNA 3TPQA 4FWKA 1MWMA 1NGJA 2IVOA 4WQ4A 5JLHA 4M63C 5LJWA 3FZFA 1BG3A 2QWRA 5F2RA 4CI6A 1BDGA 3I33A 5AQWA 2ITMA 1NGAA 2ASOA 1GLAG 4H03B 2Q36A 3BUZB 3VETA 5AZIA 2DPNA 1TUYA 3FZHA 1NGIA 4FSVA 3FZKA 5AQJA 1BWFO 3L4IA 5EY4A 1KAZA 2YHWA 2NRHA 4BRMA 1HLUA 3EO3A 4CZGA 2F9WA 4QS7A 4BRNA 4H0YB 1MDUB 3VF4A 4M7YA 1NGBA 4BVOA 5LJVA 3GOIA 4BGAA 2ASMA 1R59O 1SQKA 5BN8A 4BRAA 4FWPA 3AY9A 3TU5A 1U6ZA 2PAVA 1BUPA 1KAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9XA 3AVCA 3D6RA 4J8FA 3QBWA 5C2DA 2FBTA 1VSFA 5J2PA 3VF6A 3H45C 1JLEA 4FWLA 1RBUA 1IKXA 4FJMA 1VQKN 3BF3A 2QKBA 2YI1A 3DI6A 1BU6O 3OW2M 3JS6A 3OTOK 4KHYA 4CIGA 2A42A 3LM2A 4F3TA 4LSNA 5SZTA 1HYZA 4DTJA 4CJPA 4QAGA 1TL3A 2AJQA 1NWKA 4DLEA 3TSPA 1WBBA 2NRTA 1UAXA 4CEBA 2CGJA 1NMDA 1RDCA 1YXQA 2VGNA 4KI6A 3FR0A 1Z26A 4DQ8A 4H0PA 3PO4A 3ULEA 4DS4A 3A8YA 3T1AA 4ICLA 1BOTO 1TKZA 3M3ZA 4H4MA 3TTFA 4XEIA 1RCHA 1XMQK 2BANA 3VQQA 4IEIA 3HP9A 3TANA 4NYNA 1NGGA 4OPJA 1QQMA 4M3YA 4CGGA 1HNIA 3CIPA 3IMXA 1G15A 4DQRA 4HUGA 3P39A 1KRPA 3LP1A 1B9DA 4JHDA 1EP4A 3O3FA 1ZXOA 3BDPA 5AQYA 3AARA 1N6QA 1S9GA 4DMNA 3NGIA 4FOIA 3UKRA 1BO5O 1YJWN 2BDPA 4NCGA 4TSXA 3CJBA 4FJHA 1DTQA 3M5RA 4C8KA 4F2RA 1W0HA 4LFAK 4H0XB 3PIPL 4CK3A 1N34K 2WONA 4K43A 3K0SA 1VQMN 4K8XA 3L0QA 1BCMA 3O3GA 4W5OA 4GVMA 3HPHA 3IKMA 3E9OA 4BRPA 2ZQBA 1YITN 1CXQA 1HYVA 1DGKN 4GVEA 4A62A 4F9OA 3H3NO 3M1FA 3H6EA 4C23A 2O4GA 3HL8A 3DXMB 2DTUA 2Q2RA 3HSTB 3S9HA 4CJFA 2DFFA 4O5BA 5GADP 3VQCA 3CCVN 4DLGA 5E26A 1QZ6A 3LAMA 3OYBA 4O55A 1I39A 5C2FA 1NKEA 1K6YA 2VCPA 2VWBA 1R0AA 5BR8K 1HKCA 1LAVA 1LWCA 4CEAA 3HYFA 4FJLA 4DQIA 3OYLA 2PFUA 3M8PA 5KRSA 3OYIA 3DXKB 3TAQA 3CCSN 1Y64A 1T3VA 4CW7B 1X9JA 1NK7A 4CESA 4BVPA 2O8DB 4WQ5C 3AVLA 4XH4A 4A59A 1X9MA 3WUHA 3LWMA 1GLBG 4CZJA 3QNNA 1VSJA 3SYZA 2OTJN 1UOCA 4J2AA 3O08A 3UKUA 2OANA 3HZ6A 2FF6A 3AA5X 5AQVA 3SZ2A 1Z25A 3OHRA 2YNGA 1J5EK 1S5JA 4Q5VA 3AVIA 2IIRA 4NYFA 1ZYQA 4HUFA 1S1VA 3D2EB 3D45A 3V4IA 2NLXA 5FPEA 4YOYA 3TI0A 3PLAA 5AQSA 5D3GA 2W00A 2JLEA 2P9NB 3VQ7A 3CXCM 3KLHA 5M1OA 2WOMA 4M3WA 3MDQA 3O9QA 3VENA 4E7LA 4O5FA 1BIUA 3F73A 1UWBA 3H1VX 2CGKA 1EO1A 2D1KA 2YJFA 4DTNA 4N47A 4CJUA 2QTDA 4FWNA 2PZSA 4DV6K 1VQPN 4HWIA 1TYQA 4W5TA 4JI2K 4E1NA 1VQ4N 5AQXA 4LF6K 3VESA 2IVPA 3CM5A 3LDNA 4BREA 4CHNA 5KPZA 5H1SQ 1H1VA 2YKNA 3E9LA 2G8IA 1N5YA 3FFIA 1WSFA 3ZSOA 3D2FB 1YHQN 4LH4A 2PYJA 2JWLA 4LF8K 3GG4A 1NM1A 2A5XA 2I7PA 2QW9A 2HBKA 1HNVA 1D9DA 3G71N 3MX5A 2OCEA 2A3ZA 4BY9C 3O9UA 4XH5A 1NK6A 2NNWA 1DKGD 2Y1IA 3G6EN 1L5UA 4IO8A 1RT7A 3BEXA 4BECA 1SKSA 3THYB 2Z1IA 1IO2A 4JKFA 3LDSA 3THWA 3ZT2A 1QSLA 3QMLA 3KIOA 5KQDA 3CFRA 2FC0A 4OX9K 4MFBA 1WLJA 5AQTA 4HTUA 2DY4A 5F0XA 3TAPA 1VRUA 4DTMA 4BR4A 5AZIB 3NH0A 4OPKA 4I2PA 2E2QA 3P38A 1J6ZA 5CR4A 4F3OA 4H8KA 2FBVA 1LCUA 3OY9A 3VQ9A 1MU2A 4RCHA 1D4XA 4JLHA 1HKGA 4DS5A 3G4SN 1HNWK 3CJAA 1HR0K 4U7BA 1VQON 4JRQA 4KHQA 2Z1HA 4FM0A 1V4SA 1LWFA 1P8ZA 2D0PA 2LSNA 3B6OA 4DF8A 3ZX3A 4O44A 2I7NA 3F9MA 4DFKA 1Q82O 3PUFA 3IUCA 4CIFA 3VOVA 4DSKA 2YHAA 3W3DA 3AVKA 2DFHA 4FWOA 4DU4A 1NK5A 3RR7A 1HJRA 4KH5A 2F7TA 3DLLL 4H5TA 2HSTA 1LW2A 5BR9A 3HPOA 4XH1A 1VQNN 1HKBA 5AQOA 2HHXA 3OBYA 4LFCK 3CQYA 3NHGA 3OS2A 1Q7YO 1T6DA 2VG5A 5HROA 4B9MA 2BE2A 3CJCA 4FLYA 5AQHA 4CHPA 5KI6A 4MO5A 1YJNN 1E3MA 3JXUA 4ILJA 4H5NA 3LL3A 4PUOA 3A5MC 3ITHA 2V7YA 4CGFA 2VG7A 4YOWA 3MWPA 2BTFA 2W40A 4M42A 1LW0A 1NGDA 3S3NA 4IBNA 5C12A 2W6KA 1JXEA 1NGFA 3C95A 2IS3A 4C1NI 2YHBA 1SL1A 1O1WA 1RGIA 3SLCA 3H08A 4FWMA 1VSDA 2W6LA 2YX6A 1QZ5A 3OYKA 3KLGA 4K41A 2QXFA 3DLKA 3PX4A 2FSNA 3TPQA 4FWKA 3SQ0A 4JI8K 2IVOA 4WQ4A 5C10A 1NK0A 2GX9A 3V9SA 2QWRA 4CI6A 4CFCA 2P5GA 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3FFKB 3FLCO 3LP2A 2X6SA 5C24A 1NNEA 3A0IX 3L3UA 4Z4IA 3VQ5A 2UU9K 1RDBA 4B08A 3K2PA 2QWQA 2F8TA 3O9RA 4BG9A 3MEGA 3EZ5A 3DXMA 4BG8A 1BI4B 3NBPA 3A2FA 1ZBUA 3VQ8A 4YY3K 2WTUA 4GKJK 3HJFA 2B5JA 2O8FA 1ATSA 4KTWA 3DAWA 4CJVA 2KKZA 3TABA 1HQUA 3CQ8A 4NXMK 1QE1A 4CFAA 3VEYA 4M3UA 3CCQN 3MXIA 4FPBA 4WF9L 4A5BA 4FJNA 1GLDG 3DXKA 3J8AA 1W2BM 3KJVA 2G8FA 1C0FA 2RPIA 3L3VA 4JKHA 2E20A 1BA0A 2P9SB 4BRCA 3IRXA 4JKEA 4QOZB 1EQYA 4CF2A 1SS6A 2Y1JA 4YOXA 4FJ5A 5CYMA 4DV4K 2VG6A 3ZT3A 3AAPA 4IG0A 5J2NA 4DFMA 5FPDA 3U8XA 2BGGA 4AM7A 2HBMA 3MAQA 2GELA 2YCHA 2HHIA 5KRTA 3HXMA 3THVA 3I8DA 1QVFM 1XMOK 4B8CA 4LF7K 4BE1A 3AVMA 4DG1A 3RMBA 1RT5A 1TAUA 1TKDA 3HOSA 1X9WA 3L2RA 3O80A 4WQ5A 3L8BA 5DMRA 2EWSA 3D2EA 2HBLA 4DR6K 5HLFA 4IJNA 4KB0A 4Z4HA 4FLUA 1WAJA 2V51B 1U2VA 3OYJA 3LPTA 1BIZA 4GW6A 1X9SA 4CE9A 4KBOA 3E66A 3U3YA 2F4VK 4CF8A 3KK2A 4G9ZA 4BDPA 2P51A 5IWAK 4H5RA 4B1ZA 4BR5A 5KGWA 3DYAA 3WNFA 3AGRA 4ID1A 4DV1K 1MA9B 4FLWA 4QS9A 2RKIA 1A5XA 2GWJA 3D7EO 3U6FA 5JMVA 2QWNA 3RTVA 1T6CA 1WN7A 4FJ7A 4XJXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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