4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
3UB5A 3ZEUB 3QDKA 3W0LA 5AFUA 2D0PA 4BC4A 1S3XA 2V7YA 1BOTO 4BRAA 1E4GT 3M6GA 1NGBA 5BPLA 4FWOA 3BF3A 3HM8A 5EOYA 2NRHA 2P9IA 4FPAA 4AM7A 3C7NB 2ZGYA 2QWPA 5BREA 4IZ9A 3IMXA 2QWLA 3WEEA 1GLCG 3CJ7A 5AQVA 3CI5A 4JD2B 3SJHA 4RWTA 1GLEG 2E2NA 3FZKA 3H3NO 3A0IX 4BVOA 1Z6RA 1ATSA 1YXQA 2CH5A 1H1VA 3CQYA 3DWLA 3GL1A 4FWSA 5LJWA 2D1KA 1QQMA 3CIPA 3ZX0A 3LDQA 2PAVA 4Y0WA 2Q0UA 5KQDA 3FR0A 3OHRA 4RTFD 3MK6A 4F9OA 4B1UB 2P9SA 1QHAA 4ISEA 3VPZA 2P9UA 4K43A 4FWRA 4BRFA 4MLHA 3C0BA 1DEJA 4WQ5C 3CQXA 5AQLA 2IVOA 1RFQA 3FE1A 3UKUA 1MWMA 5JLFA 2ZF5O 2W41A 1SZ2A 2ASMA 1J6ZA 3QMLA 5CE3A 4GNIA 1LCUA 4BG9A 2Q97A 4BRDA 3DXKB 2D0OA 3VEVA 2AA4A 4BC2A 1HKCA 3AARA 3H3OB 4CI6A 4A62A 5FPDA 5AQJA 4BGBA 1WUAA 2A3ZA 3MN6A 4FOEA 3ULEB 1U6ZA 3LM2A 5FPNA 2A42A 4MLEA 5ADXH 4JNEA 1HJOA 1C0FA 3AY9A 3GBTA 4XH1A 2YJFA 3O4WA 1BA1A 1ZC6A 3D7EO 1NGDA 3FZMA 4CZEA 2Q0RA 2QWOA 2NZTA 3WXKA 2IVPA 2D4WA 3LDNA 3IUCA 4BR2A 2YJEA 3J8AA 3A5NC 2YCHA 3D2EA 2IIRA 3O1WA 2UYTA 5JLHA 4XH4A 2CH6A 2GWJA 3A8YA 2V52B 2E2OA 4JN4A 4CBWA 3EKUA 2BUPA 4H0OA 1NMDA 1SAZA 4L3QA 3MN5A 1BA0A 2EWSA 3BP8A 3FZLA 2A5XA 3H46O 1GLFO 2P9LB 3MMVA 4H0VB 3GG4A 2P9PB 1DKGD 4K42A 4HWIA 2YHWA 2GUPA 3EZWA 5AQTA 3IFRA 4GY2B 3HTVA 5BPMA 4FSVA 4J8FA 3R9PA 3EN9A 2V51B 1HKBA 1BU6O 5TKYA 3UKRA 3R6MA 1KAYA 1JCGA 5AQNA 3ENOA 4H5WA 3EL2A 4H03B 3VF4A 4CZLA 2FSNA 1MWKA 3HSCA 1JCEA 2Q31A 3R8EA 3CHWA 3ULEA 3GDQA 5AQGA 3WXLA 3CJBA 3CJCA 3LDPA 3O08A 1MA9B 1NLVA 1NWKA 3HI0A 2HF4A 4B1ZA 2F9TA 4YDUA 5AQHA 5AFUH 3RSEB 3VEXA 1T6CA 1KAZA 3FZFA 2ZGZA 4MO5A 3DXMB 4O5FA 1ATNA 4A61A 5AQYA 4QS7A 4BRPA 5LJVA 4FWQA 5FPEA 4I6MA 3FFKB 4C23A 4H0YB 1GLAG 1YVNA 4H0TB 4PKGA 4NO7A 5AZJA 4DB3A 3LDOA 2OANA 5AZIB 2HMPA 2WUSA 4PKIA 4QS8A 4K25A 5AQIA 1KXPA 4EAHD 4FWLA 3ATUA 3HZ6A 2P9KA 5AQRA 1NBWA 3KVGA 3U9DA 4H5NA 1U2VA 3A5LC 1DGKN 3FZHA 2E8AA 3MCPA 4IJNA 5KPTA 4A2AA 1XQSC 3VESA 4EIAA 2BTFA 2CGJA 4H0XB 2VYPA 2YI1A 3I33A 3KZBA 3QFPA 4FWKA 3L6QA 4WYBA 1ZBSA 4PKHA 2FLOA 1GLDG 2W40A 1GLJO 2FXUA 5KPRA 3A5OC 5B8HA 5EXWA 4A2BA 3TU5A 3ZEUA 2P9NB 4NB4A 2I7PA 1NGCA 5AQWA 2ZWHA 3SK3A 1LOTB 4CD1A 3B8AX 3ZX3A 5AQFA 1X3MA 4PL8A 3VETA 2FF3B 2E1ZA 1WOQA 1R59O 4YDUC 5AQKA 3RSEA 5AQMA 4M7XA 1BUPA 3SLCA 1XC3A 4BRHA 4H5TA 3C7NA 3VF6A 3ZX2A 2E88A 1V4SA 4BR7A 5E84A 3VEWA 3O8MA 4JHDB 1BDGA 1X3NA 2AP1A 4FWPA 3D2FB 4IXCA 5I9EB 3WT0A 4JD2A 5ADXA 1QQNA 4BRLA 1YUWA 5AQUA 5AZIA 5JICA 3GE1A 1YAGA 4FO0A 2Q1NA 4Z94A 2GWKA 4B1YB 2CGKA 4DCHA 1ESVA 5BRFA 3WXJA 3CJ9A 1ZXOA 4H5RA 4FWNA 4CZMA 4BRQA 1Q18A 2HF3A 4IO8A 3VEOA 4FL9A 4BVPA 2QWNA 5E26A 4H0PA 3HBTA 4CD3A 4BC5A 3ENHA 3WUHA 2A6AA 4BG8A 3ZETB 4BRKA 5AR0A 4ISFA 5AQQA 3BUZB 3ID8A 3H6EA 4M7YA 4XH5A 2ASPA 5AQPA 3G25A 3JXUA 2ASOA 4EHTA 2DPNA 3QBWA 3QB0A 4XEIA 5AQZA 3U9ZA 3O80A 4WQ4A 2F9WA 1JCFA 3DXKA 4B1VA 3O6WA 3EKSA 1V4TA 4BR5A 4CZIA 3SMSA 1X9JA 3FGUA 3SMPA 4BRNA 3A5MC 1Z05A 4E1JA 1GLLO 3QBXA 3U8XA 4KBOA 3S41A 3VF2A 2GTDA 2P9UB 2KHOA 4JHDA 3TPQA 3VGKA 4WQ5A 3MN7A 4K41A 3IDHA 3UKUB 3D2FA 3KHYA 3BEXA 1IG8A 1NGIA 2HOEA 1BWFO 5BR9A 3DAWA 1NGGA 4BQZA 5FPMA 1RDWX 2QXLA 3LDLA 5F2RA 3U4LA 4BQLA 4BREA 3ATVA 4CZFA 1BO5O 2E2PA 3LL3A 5AQOA 2CGLA 1C0GA 1HX1A 4QS9A 4CZGA 1NGHA 4BRIA 4BRGA 3VEZA 3VGLA 2IVNA 3H45C 1HKGA 1G99A 4B1XB 2P9LA 3AAPA 3VGMA 4BROA 3WQUA 2QWMA 4CBUA 2QWQA 3FLCO 4DQ8A 3LM9A 5BN9A 4M63C 5ELZA 3ZETA 1T44A 2P9PA 4BR9A 2ITMA 4IWVA 1NGAA 5JMVA 1TUUA 3VENA 1NM1A 1OKJA 4CJ7A 4ISGA 1QZ5A 2Q36A 4MO4A 5BRDA 4WQ4C 1T6DA 5AQXA 1MDUB 3DJCA 2VWBA 2V7ZA 4RCHA 2FF6A 1HPMA 3WXIA 3O1BA 5F0XA 2A41A 3D2EB 4HTLA 3CERA 1NGFA 5BN8A 1P8ZA 3QICA 4PL7A 4IJAA 1NGJA 2E20A 3L4IA 5LY3A 2A40A 2YHYA 4BR0A 1TYQB 3M1FA 3VEYA 1K8KB 2E2QA 3DXMA 3VERA 2Q2RA 3P4IA 2VCPA 4FWMA 3H1VX 3UE5A 1NGEA 1RGIA 2YHXA 5EX5A 3CJAA 3WQTA 4EFHA 2FSKA 4BC3A 4CZJA 3UKRB 1HLUA 5KQ8A 2E1YA 4H5VA 5BPNA 5KPZA 3L0QA 1XUPO 1IJJA 2QW9A 4JAXA 2QM1A 1S22A 3O5BA 4EHUA 5F1XA 2QWRA 4FPBA 5BRHA 1QQOA 4BR4A 2FSJA 4FOIA 2P9IB 1BG3A 3MDQA 4AM6A 3W3DA 1ATRA 1EQYA 3WEEB 3H1QA 4I6MB 5EVZA 3GOIA 3M3ZA 2P9NA 5AZJB 2H3GX 3BF1A 3I8BA 1KAXA 1CZAN 4CZKA 3CJ1A 2I7NA 4BGAA 1GLBG 4CZHA 4B1WB 3VOVA 1Y64A 1HUXA 3AAQA 2P9KB 5EY4A 4LC9B 4BRMA 4DHYA 1U2VB 3CETA 5AQSA 4O8KA 1TYQA 1K8KA 3JS6A 2P9SB 4CBXA 1E4FT 2NLXA 1D4XA 3EO3A 1TUYA 3F9MA 2PBDA 1SQKA 2J4RA 2GELA 1QZ6A 4B9QA 4BRCA 2GEMA 3MN9A 3QFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UB5A 1Z26A 2D0PA 3ALYA 2V7YA 1BOTO 3U6FA 2FBVA 1NGBA 1S9EA 1K8AO 4FWOA 3J7YP 4YOTA 2NRHA 4GVMA 4CIFA 1L3SA 4RW9A 3PUFA 5J2NA 1RT3A 3ZLJA 3RMDA 5GIPA 3HPOA 3IMXA 2QWLA 4LH5A 1EXQA 3F73A 2E6MA 3CI5A 3SJHA 3FZKA 3CC2N 3A0IX 3SAGA 2CH5A 1WB9A 1NJXA 3GL1A 1TK0A 4M3RA 4CGIA 2HBJA 4Y0WA 4RTFD 3MK6A 1T05A 2KZMA 2P5GA 1B9FA 5J2MA 5A2QO 5BR8K 5AQLA 1YTUA 3FE1A 3UKUA 2W41A 2ASMA 1J6ZA 3OYDA 4FJJA 1RNHA 3L3VA 4BE1A 3AVBA 3AO5A 4FK4A 4U67L 2Q97A 4DQSA 4BRDA 5C25A 3EE9A 3CC7N 2FC0A 2YX6A 4CI6A 4O0JA 4FJHA 4BGBA 1VQ6N 4FOEA 1LAVA 5ADXH 1J53A 3THXA 2KFNA 2EHGA 3SBGA 1Q82O 3QNNA 3CFOA 2OPSA 1IKYA 3PLAA 3GBTA 1U49A 1KSPA 1VAZA 2YJFA 4FLZA 1IBLK 4Q0BA 4CZEA 4X62K 1WSGA 3LPTA 4DV0K 1VQMN 1Q9XA 2QWOA 1JLFA 3IUCA 1N34K 3J8AA 1NJWA 4CF1A 4IO9L 3ZSVA 2UUAK 3D2EA 3LWLA 4OPHA 4JI0K 3CPEA 4Z4IA 1JLAA 3ZSXA 3VN5A 1D9FA 4B9LA 4NCAA 2GWJA 3O3GA 2V52B 4YNQA 4IG3A 3V1RA 4JN4A 3EKUA 1LWCA 1NMDA 3BP8A 1GOBA 3H46O 1KQSM 1GLFO 2P9LB 3SAHA 4O8UA 3GG4A 4FW1A 1DKGD 3CMEN 3G6EN 4E3SA 2YHWA 1LV5A 2GUPA 5AQTA 4CJUA 3K59A 4AHTA 1SKRA 1IO2A 4E1NA 3R9PA 5SZTA 2KW4A 2V51B 5H1SQ 4M3XA 4CESA 3LP1A 3SBTA 3N4QA 3V9WA 4E7LA 3ENOA 1TKZA 2FSNA 4IOAL 4A57A 1NU0A 3ULEA 4CEQA 5HL7L 3NAEA 4F3TA 1RTJA 4JKFA 3LDPA 4B3OA 3HPHA 3HI0A 3WNEA 2HF4A 3RSEB 5AQHA 1T6CA 5KRSA 3QESA 1Q7YO 3FZFA 4B3MK 2ZGZA 2FBYA 3DXMB 4PWDA 1HJRA 5AQYA 4QS7A 4BRPA 3K5MA 3SJJA 4C8OA 4I9LA 4I6MA 4H0YB 1YJWN 1GLAG 4NO7A 5AZJA 5C2FA 3EEQA 4DB3A 2OPPA 2BE2A 4FJ9A 3J7AP 4OVLA 4L8RB 1HYSA 3AA3A 5AZIB 3BZKA 4FZYA 2AJQA 3OYHA 3AVAA 2HHTA 4IEEA 4EAHD 1KXPA 2X74A 3AGKA 3AVNA 1RDDA 2HSTA 3KVGA 2Z1GA 3U9DA 4H5NA 2WBNA 3A5LC 1Q81O 4IJNA 4HCBA 4EZ6A 4A2AA 3K5OA 3KZBA 4HCCA 3O9UA 2GUIA 1ZBSA 4PKHA 3E66A 5KTQA 1NOZA 5KPRA 2NNWA 4A5BA 2VWJA 2ZQBA 2R7YA 4NB4A 4CFBA 1C0MA 1J5OA 4CJSA 3AVHA 4LF4K 3SK3A 1LOTB 2D5RA 1XHXA 3P39A 1U04A 2YNIA 4JYAK 1QE1A 1R59O 5AQMA 4H5TA 3KK2A 4CHOA 1VSFA 3VF6A 2DFEA 2E88A 3VQ8A 4BR7A 1VRTA 3CPWM 4Y1CA 4BRLA 3TTDA 5JICA 3GE1A 4B9TA 3NFAA 2G8WA 2GWKA 3QIPA 4JKHA 1SUQA 2P5OA 4NLBA 4FWNA 1B9DA 4KFBA 4YOXA 4CHNA 3SYZA 4J2BA 2BGGA 2Z1JA 4MDBA 4BVPA 3KLFA 3PV8A 1HYVA 2PYLA 4F3OA 2JGUA 2A6AA 1HR0K 3KK1A 4KTWA 1ZBLA 5AQQA 4M7YA 2ASPA 5AQPA 4DS4A 2UUBK 3QB0A 5AQZA 1KTQA 4YOYA 4DFPA 3SQ0A 2O4IA 3HSTB 1XI1A 3SMSA 3FGUA 4CHQA 4CJ3A 3C6HA 1Z05A 4E1JA 3AO4A 4KBOA 3KIOA 3TWHA 2GTDA 2P9UB 3VQQA 2KHOA 2PYJA 3IAYA 1WSJA 3TPQA 4WQ5A 3MN7A 3D2FA 4JI5K 1G15A 4DUYK 3BEXA 2W6KA 2IC3A 1NGIA 5FLXO 4H8KA 2O8DB 1S1TA 4ELUA 1NGGA 4BQZA 4FVMA 1RTIA 4BREA 4MDAA 5GAGP 3ATVA 1BO5O 2E2PA 3LWMA 1JLGA 3LL3A 4AH9A 2W00A 3P31A 3SPYA 4BRGA 2UU9K 4W5RA 3F5TA 2IVNA 2P9LA 1NNEA 4OLBA 3FLCO 4E7JA 1IKVA 3ZETA 3MXJA 4FJ7A 2VWKA 4MQ3A 4BWJA 4B3SK 4N41A 4E19A 3VENA 4CJ7A 4ISGA 2VG5A 2XY8A 1TK8A 1T6DA 5AQXA 5C15A 2E5LK 2V7ZA 4X66K 2FF6A 4DSEA 4BEBA 3O1BA 4IOXA 4X65K 4CJKA 1A5XA 3MEEA 4E1MA 3DOLA 2YHYA 1K73O 1RBUA 2WC9A 3HJFA 3M1FA 3VQPA 2ZJRL 3DXMA 3VERA 2VCPA 3AVCA 3UE5A 1NG9A 1WN7A 3EZ5A 1NGEA 5EX5A 3CJAA 3TI0A 3SQ1A 4R5PA 2FSKA 4JI6K 3SV3A 5KQ8A 1S1XA 2E1YA 3JAMO 2OZMA 1IJJA 2HBKA 3P1GA 3LAKA 1HNZK 3VQAA 1VSIA 2EX3A 3NMUA 5F1XA 2QWRA 4FPBA 5BRHA 4IKFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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