4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
1NGCA 1BO5O 2GEMA 5E26A 4CZLA 3MN9A 5AZIB 4H5WA 4CD1A 2FSJA 4FL9A 1ZXOA 4DQ8A 3VEVA 3FZLA 3G25A 3RSEB 4F9OA 2P9PB 3UE5A 3W0LA 2VWBA 3ZEUA 2E2OA 3L0QA 4DHYA 3KVGA 4L3QA 4BG9A 5KPZA 1D4XA 5AQIA 3WXJA 2QM1A 4IO8A 2F9TA 3WXIA 1NGAA 1DEJA 3VEWA 4FWRA 3DJCA 1NGIA 3W3DA 2P9SB 2NLXA 2ZGZA 1MDUB 3LM2A 4FOEA 5AQHA 5AQZA 3WXKA 4BRCA 3OHRA 5F0XA 1MWKA 3CHWA 3H45C 4CBWA 5AQTA 1BA1A 2P9KA 4JN4A 4CZEA 4CZIA 3AARA 3CQYA 3CJ7A 5ADXA 2A6AA 3BF1A 5EX5A 2HMPA 4NO7A 1GLCG 4BREA 1QQNA 4A2AA 3QFUA 1KXPA 3VPZA 4BC3A 1NGEA 3HM8A 2ASOA 1S22A 1ATNA 1T44A 4MLHA 2W41A 2ZWHA 4MO5A 5F2RA 4WQ4A 5AQMA 3DXMB 1C0GA 1NGHA 4BGBA 2IVNA 2YHWA 5LY3A 2FF6A 3IUCA 3WQTA 2GUPA 4JD2A 1WOQA 4CD3A 3ATVA 2F9WA 3TU5A 3LDNA 4PL8A 1ATRA 5AQGA 5BN9A 3UKRB 1IJJA 5BRHA 3O4WA 3A5OC 1ATSA 1JCFA 3EO3A 2I7NA 3WXLA 3ID8A 4A61A 3A8YA 2YHYA 2A42A 3FZHA 3KHYA 2AA4A 3O5BA 1U2VA 2E88A 1GLAG 3O8MA 2P9IB 1DKGD 4ISGA 3BEXA 2NZTA 1QZ6A 1HUXA 3M1FA 2D0PA 2ZGYA 3CJBA 4XH4A 3UB5A 1NMDA 4H5RA 3SMSA 4PKGA 3H1QA 3QBXA 4K42A 4QS7A 3VEYA 3WEEB 5LJWA 4JAXA 1RGIA 5AQLA 2QWOA 4KBOA 4K43A 2ITMA 3FGUA 2E2NA 2FXUA 2QWQA 2P9PA 4BRDA 2A41A 1GLEG 1Z05A 3A5NC 3ZX3A 4FOIA 1K8KB 1NGDA 4BRHA 2D0OA 4HTLA 4JD2B 3GG4A 3CJCA 4B1WB 5AQNA 1U6ZA 3MMVA 4IJAA 3CIPA 4H0VB 1NM1A 4XEIA 5AQRA 2V7ZA 2QWMA 4JNEA 3ATUA 2P9LB 2V52B 2P9SA 3VGMA 2PAVA 4CZMA 4H0XB 4B9QA 1TUUA 3RSEA 5F1XA 5FPNA 4A62A 3FZMA 5JLHA 3FFKB 4M7YA 4JHDA 2Q97A 5AQXA 4AM6A 3L6QA 5AQJA 3FLCO 2CGLA 4H5NA 3BUZB 3MK6A 1GLFO 5ELZA 1YXQA 1JCGA 4C23A 3AAPA 1ZBSA 4EHUA 2E2PA 3LDQA 5EY4A 2P9UB 1NLVA 4EHTA 4K41A 5BRFA 5BRDA 3H1VX 3VERA 1XQSC 1QHAA 5ADXH 3ULEA 4BR2A 1V4TA 5FPEA 4GY2B 3VGKA 2PBDA 2YI1A 2J4RA 4PKIA 1BU6O 2QWPA 3BF3A 4MLEA 2QXLA 1RFQA 2BUPA 3VENA 3UKRA 4WQ5C 4CJ7A 2P9IA 3A0IX 5EXWA 4GNIA 1WUAA 1MWMA 4BQLA 4B1VA 1T6CA 4BRKA 5AFUA 5BN8A 3WEEA 3FZKA 1GLBG 3D2EA 3SLCA 1QQOA 1GLLO 5EOYA 1Z6RA 2HF4A 4B1UB 2VCPA 1SAZA 3LDPA 4IJNA 3BP8A 3P4IA 4DCHA 3H6EA 4BVOA 4NB4A 3GBTA 2E20A 2H3GX 3M3ZA 2NRHA 1KAXA 3A5MC 2GWKA 4BRPA 4ISFA 3CJAA 1NGGA 4JHDB 5FPDA 4I6MB 5BREA 3MDQA 1BUPA 3AAQA 2FLOA 1HX1A 2IVPA 4BR5A 3JS6A 3O1WA 3MN5A 4CI6A 4WYBA 1QQMA 3UKUA 2P9NB 3VEXA 1U2VB 4RCHA 2V7YA 1BG3A 4AM7A 3ZETA 3LL3A 1ZC6A 4M7XA 1LCUA 5AQFA 1H1VA 4XH5A 5BPLA 4FWLA 5AQPA 1TUYA 4H5TA 1NWKA 2HOEA 5AQKA 5TKYA 4H03B 3D2FB 4K25A 2CGKA 3R9PA 3H3NO 2P9LA 4FPBA 2Q0UA 4B1XB 2E1ZA 4BRLA 4FWQA 4ISEA 4LC9B 3AY9A 3EKUA 1LOTB 2IIRA 5AQOA 4BRAA 3DXKB 1YUWA 4PKHA 3CJ1A 2ASPA 2EWSA 3QMLA 4EAHD 1NGFA 4FWKA 5KPTA 2GTDA 4BR0A 3DAWA 2E1YA 1DGKN 3JXUA 3ENHA 2YJFA 3F9MA 4BRIA 3CETA 2Q1NA 1CZAN 1MA9B 4BVPA 2P9UA 1EQYA 1NGBA 5JICA 5KQ8A 4IXCA 3MCPA 3A5LC 5AQWA 5BPMA 3O6WA 5EVZA 4FSVA 3QFPA 2W40A 5E84A 1SZ2A 5AZJB 3I8BA 1HKCA 4HWIA 1P8ZA 4M63C 5I9EB 4FWMA 1BOTO 2CGJA 2D4WA 1GLJO 3VEZA 2HF3A 2QWLA 3M6GA 2KHOA 3B8AX 2A40A 3ULEB 4CZFA 1XUPO 3HTVA 3O1BA 3L4IA 3VEOA 2FSNA 4IWVA 3TPQA 1Q18A 5KPRA 4O5FA 1QZ5A 5AQSA 4BROA 2FF3B 2A3ZA 1JCEA 3C0BA 1OKJA 4FWOA 3EL2A 1R59O 2YJEA 4B1YB 4BG8A 2CH5A 2ASMA 3O08A 3C7NB 1IG8A 4WQ5A 3D2EB 1NGJA 3U8XA 4H0PA 2BTFA 4YDUC 3VETA 3WT0A 1G99A 1T6DA 3LDOA 4RWTA 5AQYA 3LDLA 3VF4A 4BRMA 5LJVA 3ENOA 4FO0A 2YCHA 2WUSA 5AZIA 2A5XA 5BR9A 4EFHA 2Q0RA 4CZHA 3U4LA 2E8AA 1GLDG 2P9NA 3DXKA 1HLUA 3I33A 2IVOA 3R6MA 3VF6A 3HZ6A 4BRGA 3VOVA 4BRQA 4B1ZA 3HI0A 4I6MA 3GL1A 1X3MA 3R8EA 4WQ4C 1TYQB 5AQQA 3D2FA 1KAYA 3CERA 2QWRA 4BR4A 1XC3A 3VGLA 3D7EO 3HBTA 2Q36A 2QW9A 4BC4A 4CZJA 3FE1A 5AQVA 4H0TB 2AP1A 4FWNA 3EN9A 4A2BA 3ZETB 4Y0WA 5JLFA 3WUHA 4Z94A 1ESVA 1YVNA 4H5VA 3DWLA 5FPMA 1YAGA 3CI5A 3IMXA 1HJOA 3H3OB 4DB3A 3QB0A 3GDQA 4BR7A 3QBWA 3SJHA 4EIAA 3QICA 4BR9A 1V4SA 1HKGA 2OANA 4QS9A 3UKUB 1HPMA 1BA0A 2CH6A 1E4FT 3ZX0A 3IDHA 1SQKA 3O80A 4CZKA 2YHXA 3DXMA 2E2QA 2P9KB 1E4GT 4QS8A 5AZJA 2VYPA 1X9JA 1S3XA 3KZBA 1KAZA 4H0YB 1Y64A 3GE1A 2I7PA 1HKBA 3U9DA 4XH1A 3VESA 3CJ9A 1NBWA 1C0FA 5AFUH 4RTFD 4BRNA 1X3NA 2DPNA 3MN6A 1BDGA 4CBUA 3SK3A 4IZ9A 4BRFA 2D1KA 3WQUA 2GELA 5B8HA 3HSCA 3ZEUB 1BWFO 3SMPA 4J8FA 4BC2A 5JMVA 3FZFA 4YDUA 4H0OA 1J6ZA 3IFRA 4BQZA 3J8AA 5BPNA 3S41A 4MO4A 4BGAA 4BC5A 5KQDA 5AQUA 1K8KA 2ZF5O 3QDKA 1RDWX 3MN7A 3GOIA 3C7NA 4O8KA 4FPAA 2GWJA 2QWNA 1TYQA 2UYTA 3H46O 3CQXA 3LM9A 4FWPA 3U9ZA 3FR0A 3EZWA 3VF2A 4FWSA 5CE3A 4CBXA 2FSKA 4PL7A 3EKSA 4E1JA 2Q31A 2Q2RA 3ZX2A 5AR0A 4CZGA 2V51B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DUYK 4CFDA 5GAEP 1IV0A 1Y97A 2ZJQL 5E26A 3MN9A 5AZIB 4B3MK 1KCFA 3NFAA 4CD1A 1JLCA 4LFAK 5GAHP 2FBYA 2KLAA 3VEVA 2NNWA 4F9OA 3UE5A 2VWBA 3L0QA 3AVFA 3T69A 4CHYA 1D4XA 4LF5K 3DOKA 1NG9A 2F9TA 1SS6A 3QO9A 5M1KA 3RMBA 1NGAA 4CHOA 4FWRA 2E4LA 1Q8IA 1S6PA 4KHYA 3E9OA 3LM2A 2HW3A 1MWKA 3CHWA 3H45C 3IG1A 1O13A 4KRFA 1RDDA 2P9KA 4JN4A 4CZEA 3VN5A 3CJ7A 3J80O 1Q7YO 3BF1A 1NOZA 3G6EN 1WSHA 3G71N 2KZZA 1NGEA 2QXFA 3EY1A 4K8ZA 1S22A 5C2FA 4E72A 4MLHA 1N36K 1WN7A 2ZWHA 4MO5A 4DS4A 5AQMA 4R79A 4BGBA 5TKWA 3V1QA 5LY3A 2GUPA 3DLEA 4GVMA 3OS1A 2HHSA 3VQPA 3VQCA 4J2AA 1C1BA 4YNQA 3O4WA 1ATSA 3SV3A 1ZBLA 4IFVA 4G1QA 1WBDA 1JLQA 4LF7K 3L2VA 3O8MA 2YNGA 3OYAA 3OTOK 1QZ6A 4JKEA 2WTUA 3L2UA 4XH4A 2E5LK 1NMDA 4ILGB 3SMSA 3IRXA 2QKBA 3D0PA 1YI2N 3HVTA 2ITMA 4FLUA 1BI4A 2O4GA 4NCGA 3L2RA 2OCEA 4WE1A 4E0DA 1K8KB 2HBJA 3TI0A 1RNHA 4X65K 2QTDA 3SUPA 2D0OA 4ID5A 5AQNA 1U6ZA 3SAFA 3S3OA 2P51A 3CIPA 4DSFA 4DQIA 5AQRA 2QWMA 4JNEA 4H0XB 3CCRN 3TTFA 1N34K 3CMEN 1B9DA 2Z1GA 4JKCA 3QEXA 3O3HA 1OH8A 5JLHA 3FFKB 4JHDA 5AQXA 4AM6A 1RT5A 3FLCO 5AJ3K 4ILHA 4C1NI 4H5NA 1VQ5N 2DFFA 4B9MA 1A5WA 1VHXA 1JCGA 3ULDA 3I56N 4EHUA 4JEPA 4FJ9A 5HRSA 3V9UA 3K2PA 4ILJA 3JAMO 3G0ZA 4LF4K 2HHXA 4OPJA 4CJUA 2D0CA 1MU2A 3VQ4A 3VERA 2IAJA 3AO3A 1ZBIA 1L3UA 3SNNA 3PY8A 5CR4A 2O8FA 4B9LA 1VK0A 3VQ8A 4GKKK 3NF7A 1V4TA 1IBMK 3P31A 3VGKA 4DFKA 5GADP 3WNEA 4CJRA 2J4RA 3AA4A 2NUBA 1RFQA 4FLXA 4CJ7A 5FLXO 3LP3A 3F5TA 3A2FA 3O4QA 5BN8A 3FZKA 3P39A 3SLCA 3V1RA 5GINA 1Z6RA 1RCHA 2UUCK 2W00A 2HHIA 3LDPA 1REVA 4FVUA 3ZSVA 3ITHA 1RBVA 2E20A 4CGJA 5BR8K 1YT3A 1KAXA 3A5MC 2GWKA 3HP6A 3CJAA 4I6MB 5BREA 4DTPA 2HHWA 4CGGA 2PZSA 4BR5A 3JS6A 3O1WA 1R0AA 4CI6A 3J81O 3S3MA 1BIUA 4ID1A 3NH1A 3ZETA 2F7TA 3LL3A 1WB9A 1ZC6A 1VQ4N 4FM1A 4DV1K 4FWLA 5H1SQ 1HQUA 5JS1A 2O8BA 4CF1A 1JL2A 1QE1A 4K25A 3RR7A 2C1IA 3H3NO 1VSDA 4IO9L 5HRPA 4CVNE 4GMJB 4CHQA 4YOTA 3OBYA 4DU4A 2P1JA 1TK8A 3LP2A 5HP1A 3DLBA 4FPBA 4JK7A 4BRLA 4FJMA 4FWQA 5HRNA 3OBWA 1U4BA 1LOTB 2IIRA 1YUWA 3CJ1A 2EWSA 3RMCA 4FWKA 1KVBA 2KW4A 4B9SA 1YHQN 3DAWA 3O9SA 2E1YA 1OH6A 4DS5A 2OZSA 1GOCA 2P5GA 3CETA 2Q1NA 1CZAN 3F73A 2HNZA 3NF9A 1IBKK 2FBVA 1NGBA 5J2MA 3A5LC 4E7KA 5KRSA 5AQWA 1VQ7N 3L4QA 3O6WA 4CF2A 3QIOA 2NRRA 4CJFA 5AZJB 2W40A 5E84A 5CZ1A 1HKCA 1VSJA 4AH9A 4YOUA 3V9ZA 3QEPA 1IH7A 5I9EB 3MXMA 4FWMA 2YKNA 2OA8A 2HF3A 3IKMA 4JI2K 4FM0A 2JLEA 4JYAK 1WSGA 1ILYA 3O1BA 3L4IA 4IWVA 5LMUK 5KPRA 4O5FA 3NDKA 3K9KA 4IOXA 3C0BA 1OKJA 1EETA 1RTHA 4BG8A 4M41A 2CH5A 3TSPA 4CIFA 5GAGP 3ZSRA 3KWIA 3U8XA 3K5NA 4KHWA 1VQ9N 3O3FA 3G4SN 4CEQA 5LJVA 4ZTJA 1VSEA 2BH1A 2UXDK 1I3AA 4FW2A 4KTZA 2YCHA 3QNNA 5AZIA 2FBTA 3CYGA 3U4LA 3S5TA 3CCVN 3THYA 4LFBK 2IVOA 1Z25A 3VF6A 3SV4A 5KRTA 4BRQA 3KK7A 1YJWN 3AVMA 5CY4A 3GL1A 2NRVA 1TK5A 1EWQA 1I39A 5AQQA 2OPRA 3D2FA 3I55N 1NOYA 3CERA 2QWRA 3WXMB 4HCCA 5J2QA 3HBTA 3K58A 4DLEA 2XHBA 3FE1A 4ZHRA 1IKXA 1FKPA 4DQQA 4H0TB 2AP1A 4FWNA 3NGYA 3KLFA 1XI1A 4Y0WA 3WUHA 1Z26A 2VG5A 3MAQA 4H5VA 2EHGA 1HJOA 3D45A 4OLAA 4CW7B 1NNEA 3SJHA 3MCAB 3MEGA 4KH5A 4BR9A 3CG7A 2YKMA 3JSMA 3DLKA 1SKRA 1E4FT 4FXDA 5J2PA 3IDHA 4CJ5A 3O80A 2YHBA 3S3NA 2P9KB 1RDUA 5AZJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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