4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
4PKHA 2E1YA 3GE1A 3O1BA 4EAHD 5AQQA 4BRDA 1TUYA 3ENOA 3QMLA 5BPNA 4H5TA 2Q0UA 1Q18A 3A5LC 5AQPA 4MLHA 5AFUA 3WEEA 3EO3A 3SLCA 3C0BA 3WXJA 4CBUA 4B1VA 4E1JA 5KPRA 4XH5A 1GLJO 4B1YB 1YUWA 2A42A 1TYQA 3R8EA 4BRCA 3BEXA 4H5RA 2E2PA 2GELA 2IVNA 5AZIA 3MK6A 2CGKA 4CZKA 4NO7A 3UKRB 1YVNA 4FSVA 3VGLA 1MDUB 3IFRA 4XH1A 3UKUA 1HPMA 2E2NA 4WQ5A 1HJOA 1NGJA 5E26A 2ZF5O 3ZEUB 3VERA 4A62A 1T6CA 3FZHA 4FOEA 3ULEB 2YHWA 4Z94A 2YJFA 4EHUA 3GDQA 1BA1A 5LY3A 3DAWA 4DHYA 3KVGA 3D2FA 2F9TA 4FWKA 1QQNA 2Q2RA 1K8KB 3WXIA 5EOYA 2V52B 4CZJA 5FPMA 4EHTA 4RWTA 1U2VB 5BN8A 1BU6O 4GNIA 1YXQA 4BR0A 1KAZA 4FOIA 1BA0A 5AQIA 3VGMA 4YDUA 3O08A 4L3QA 4AM6A 3GL1A 3H3OB 3VEYA 2FSKA 1GLLO 4XH4A 2P9KB 5BR9A 3M1FA 1G99A 2FSJA 3EN9A 5BRDA 2QXLA 3HM8A 2I7NA 4BROA 4QS9A 5AQOA 1BOTO 2YHYA 5AFUH 3LDQA 2GWJA 4FL9A 4WQ5C 1XC3A 5AQMA 1BO5O 4XEIA 4J8FA 2QWPA 4K25A 3LL3A 4EIAA 1NGEA 3MN9A 1HKCA 2Q31A 3DWLA 3G25A 4FPBA 1NWKA 1GLCG 3AAQA 1ATRA 3BUZB 3QBWA 3WEEB 1NGIA 5BREA 3H45C 1GLDG 3GOIA 1XUPO 4PL8A 5AQZA 2D4WA 2ZGYA 4YDUC 2YJEA 2BUPA 4LC9B 3EKUA 4MLEA 5AQSA 1LCUA 3MN6A 1TYQB 2P9NA 5BRFA 5AQTA 1GLBG 3CJCA 3VF6A 3VEWA 5AZIB 1BG3A 4H5WA 1X3NA 4RTFD 1Y64A 5F2RA 1EQYA 2A3ZA 1NGDA 2P9IA 3L6QA 4B1WB 2YCHA 3ATUA 2PBDA 2P9SB 2ASOA 2Q1NA 3AAPA 1BWFO 4BGAA 3BF1A 1BDGA 4FWNA 5JLFA 3H6EA 2QW9A 2BTFA 2ZWHA 3VEOA 1NGAA 3ATVA 2P9UA 4HWIA 2NZTA 4M63C 4BR7A 2A6AA 2V7YA 3D2FB 4DQ8A 3M6GA 3OHRA 3U9DA 3TU5A 3I8BA 4PL7A 3CJ7A 3MMVA 3FZLA 3IDHA 4H5NA 2HMPA 2VCPA 4BR9A 3CQXA 3HI0A 3VPZA 4CJ7A 4DB3A 2QWMA 2E8AA 2GEMA 1KAYA 4BQZA 3DXKA 1IG8A 3R6MA 1QQMA 1JCFA 3LDNA 3ID8A 2CGLA 1S3XA 4BVOA 5LJVA 1V4SA 3S41A 1SQKA 2YHXA 4AM7A 1Z05A 3HBTA 3HSCA 2QWNA 4BRKA 5BPMA 3O6WA 4H0PA 5F0XA 5KQDA 1NLVA 2D0OA 1DKGD 4QS8A 2I7PA 3FLCO 1HUXA 1DGKN 3SJHA 4BRIA 3QFUA 1WUAA 3EKSA 4CBXA 3AARA 3KZBA 3ZX2A 1J6ZA 2W40A 1TUUA 3QFPA 1D4XA 1QQOA 3H1QA 1ATNA 2P9LA 2QWRA 1XQSC 1MWMA 4PKIA 4I6MB 4H03B 4MO5A 4Y0WA 4IO8A 4JHDA 1P8ZA 2HOEA 4JD2B 3MCPA 4EFHA 3DJCA 2FF3B 2ASMA 5ADXA 3D2EB 4JNEA 4WQ4A 4CZGA 2P9UB 2GTDA 3L4IA 3MN7A 2QWQA 4BRPA 2NLXA 3C7NA 1SZ2A 3MN5A 5AQRA 2E20A 2P9PA 3WXKA 3FR0A 5FPEA 2Q36A 3LDOA 4BRGA 4O8KA 1WOQA 1BUPA 2Q97A 3FZKA 4MO4A 5AQNA 3WT0A 3CJ9A 5KPTA 1T6DA 3CJ1A 2CGJA 4RCHA 1GLFO 3FFKB 3ZETA 4K42A 5EXWA 3VEXA 2VYPA 3B8AX 1S22A 1KXPA 4B1XB 4BRLA 3O4WA 3U8XA 3UKRA 2F9WA 1NBWA 3DXKB 4GY2B 3J8AA 4FWOA 4FO0A 3W3DA 1JCGA 1NGGA 4BREA 4M7YA 4ISEA 3QDKA 2E88A 3O8MA 1R59O 3LDPA 4WQ4C 1ZXOA 4CD3A 3UKUB 4CZFA 4IJNA 2QWOA 4BRAA 2IVPA 3GBTA 2GUPA 2A5XA 3SK3A 3CERA 3A5NC 2HF4A 1NGBA 3EL2A 3SMSA 3A5OC 4BG8A 2J4RA 2WUSA 1MA9B 3FGUA 2Q0RA 4A2AA 2A41A 2P9KA 4M7XA 4FWLA 3JS6A 4BRFA 5AQFA 5E84A 3H1VX 5EVZA 5ADXH 4ISFA 2W41A 3D7EO 1H1VA 1SAZA 2ITMA 5AQGA 2E2OA 1GLAG 5EX5A 3VF2A 4H5VA 5BPLA 2D1KA 2AP1A 4A2BA 4FWRA 2D0PA 3L0QA 4JHDB 3VEVA 3TPQA 1NM1A 4DCHA 3UE5A 4H0XB 5AQLA 3RSEA 4CI6A 4IXCA 5KQ8A 2FF6A 4CD1A 1NMDA 2UYTA 1RDWX 3O1WA 4FWSA 4FWPA 3FE1A 4CZMA 3VENA 3IUCA 3JXUA 3C7NB 1ZBSA 5AQUA 4PKGA 2P9PB 4FPAA 2CH6A 3A8YA 4H0OA 5JICA 4WYBA 4IZ9A 4BC5A 5AQVA 3CJAA 3CJBA 3ENHA 1IJJA 1E4GT 5AR0A 3ZETB 2QWLA 4BR5A 3VESA 3BP8A 1V4TA 1NGCA 2V7ZA 3I33A 1RGIA 2HF3A 2YI1A 3FZFA 3H46O 1NGFA 4BG9A 1NGHA 2P9NB 4BC4A 1X9JA 4F9OA 1ATSA 3HZ6A 4H0TB 4K43A 3AY9A 3CI5A 2P9SA 1HKGA 2ZGZA 5AQYA 3GG4A 2P9IB 5AQJA 1U6ZA 3A5MC 5BN9A 2AA4A 3A0IX 3M3ZA 4BRMA 4BQLA 1JCEA 3WXLA 5AZJA 4FWMA 3DXMA 1X3MA 4BR2A 1E4FT 3EZWA 3MDQA 1T44A 2GWKA 1MWKA 3F9MA 3KHYA 1QZ5A 2DPNA 1RFQA 4JAXA 4CZIA 2E2QA 5AQHA 3LM2A 4K41A 4H0VB 2ASPA 3QB0A 1LOTB 1YAGA 4QS7A 3CHWA 1CZAN 2IIRA 4A61A 3H3NO 3HTVA 2H3GX 1Z6RA 4JN4A 3WQUA 5JMVA 1QHAA 4BC3A 1KAXA 2PAVA 3O5BA 4IWVA 5AQKA 2FLOA 4ISGA 1QZ6A 4CZEA 3P4IA 3O80A 4CZHA 5KPZA 2EWSA 3RSEB 1HX1A 3BF3A 3LDLA 2FSNA 4HTLA 4O5FA 1DEJA 3ZX3A 2QM1A 3CIPA 3CQYA 2NRHA 1ESVA 3QBXA 3VGKA 2E1ZA 2FXUA 3LM9A 4IJAA 4CZLA 2KHOA 4H0YB 3VEZA 2CH5A 4BC2A 3ZEUA 4CBWA 4BRHA 5TKYA 3ULEA 5EY4A 2OANA 2A40A 3WQTA 4BR4A 1ZC6A 4FWQA 3VF4A 4BRQA 3CETA 4C23A 3QICA 3UB5A 1K8KA 1C0FA 5I9EB 3FZMA 1C0GA 5LJWA 5F1XA 1U2VA 5AQXA 1GLEG 1OKJA 4BRNA 5ELZA 3ZX0A 4B1UB 4BVPA 2IVOA 1HKBA 4I6MA 5FPNA 3U4LA 3W0LA 3VETA 3IMXA 1HLUA 3VOVA 5B8HA 4KBOA 5JLHA 2P9LB 5AQWA 3R9PA 4JD2A 5BRHA 3SMPA 4NB4A 3U9ZA 5FPDA 3D2EA 4BGBA 2V51B 5AZJB 2VWBA 4B1ZA 5CE3A 3DXMB 3WUHA 4B9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CY4A 2E1YA 4FJHA 3GE1A 5AQQA 1WAJA 3KK7A 4C1NI 1TUYA 3ENOA 4LFCK 1GOAA 4LH5A 1WN7A 2UUCK 3DYAA 2E6MA 4M3TA 3SLCA 1LW2A 1REVA 5KGWA 4KI4A 5M1PA 3G71N 1VQLN 3F9KA 3LZIA 4Y1CA 3KLIA 3BEXA 3SAHA 3CG7A 4CK2A 4OLAA 3K59A 1XI1A 3HL8A 3CMEN 4FSVA 1J5EK 4FJ7A 3O4NA 1HJOA 2O8FA 3ZEUB 4KB0A 4IG3A 4ELVA 3P31A 3ULEB 4EHUA 1FXXA 1ITGA 4DHYA 5J2QA 4DQIA 1FK9A 1I39A 3WXIA 1RT6A 3VQ5A 4O4GA 4JKGB 1UOCA 4BR0A 5C2FA 4AHRA 1RBUA 5DM6L 1HYVA 1BCOA 3V6DA 5J2NA 1XHZA 1G99A 2W42A 5BRDA 3HM8A 4KHNA 4CJWA 3I8DA 4BROA 3NF7A 4DU3A 5AQOA 1T7PA 2GWJA 3OYBA 2YNHA 1BO5O 2FC0A 2DY4A 4K25A 2YHAA 3TAFA 1GOCA 3MN9A 4CERA 1HKCA 4OPAA 4JI2K 1GLCG 1HYZA 1UA0A 2OCEA 2R7YA 2XRIA 1SL2A 3WEEB 5BREA 1HYSA 5LMNK 4GVEA 4BWMA 2YJEA 2DFEA 2HSTA 2BUPA 1TKXA 2Z1GA 4DTSA 1LCUA 2NNWA 1ILYA 4O44A 2FBVA 1GLBG 1JLEA 3HO1A 1BG3A 1BQMA 4IFYA 1Y64A 1EQYA 4Q5VA 3DRSA 3OTOK 3OYNA 4FJXA 2YCHA 1IBLK 2W00A 3Q7CA 1BDGA 4KO0A 3QNNA 2BTFA 5CR4A 5KI6A 1F21A 1D9FA 2ZWHA 3VEOA 2NRTA 3D2FB 5KGXA 4DQ8A 3M6GA 2XY8A 3U9DA 1QQCA 4JKFA 1UWBA 2LSNA 2VGNA 3PSFA 3HI0A 1W97L 3HYFA 4DG1A 3V1RA 1YHQN 2VQFK 3K2PA 2GUIA 3EY1A 1DTQA 2HBKA 2BDPA 1RBSA 1QQMA 4PA1A 3ZT3A 2HVHA 3HSTB 4BVOA 3V4IA 3G0ZA 1C1BA 5HOOA 3HPOA 1TK5A 4CF1A 1Z05A 3HBTA 4KTZA 3U6FA 3OYDA 1NU0A 3AVNA 1RDDA 5F0XA 5KQDA 3OYFA 4AF1A 1HUXA 1NJIO 1DGKN 2O4GA 3SJHA 3OY9A 1Q86O 3EKSA 3P1GA 4DV7K 3AARA 2HVIA 2OA8A 4FLZA 1WSFA 3PO5A 2W40A 4E7LA 1VSFA 1D4XA 4FCYA 4CJPA 4DV5K 1VQ6N 2UUBK 4FJKA 3AA5X 4KH4A 4OGCA 3QESA 1P8ZA 1ZBUA 2HOEA 4JD2B 4K0KK 3CXCM 4HHTA 4KKOA 1W0HA 4KHPK 4WQ4A 3IAYA 3V9XA 3MN7A 1D8YA 2NLXA 5AQRA 2E20A 2P9PA 3LDOA 2Q97A 4UQGA 5M1NA 4C8OA 1YTAA 1T6DA 1NK7A 1GLFO 5SWMA 3FFKB 1IBMK 4DUYK 4K42A 2F96A 1TK0A 2AJQA 3VEXA 4KFBA 1S22A 3AVHA 1KXPA 3CCRN 3E9LA 3NE6A 5CHIA 4J2DA 4B1XB 4LF6K 1EWRA 1TKZA 3AA3A 3ZSZA 2F9WA 1X9MA 3K9KA 3HOTA 2G8HA 4JI3K 3M8QA 1BISA 1IKYA 4NCBA 4OPJA 3LWLA 3QDKA 3O8MA 3PIPL 4WQ4C 4IJNA 4ID1A 4DV1K 4BRAA 2IVPA 2GUPA 3VTHA 4YNQA 3CERA 1NGBA 1R0AA 1NKCA 4CJEA 1LWEA 3K57A 5AQFA 4GMJB 5E84A 3H1VX 5EVZA 3D7EO 5FRMA 1GOBA 1GLAG 1XNRK 4FWRA 3L0QA 4JKEA 4JHDB 3T1AA 3TPQA 3KTQA 4H0XB 4KHUA 1C0UA 4IXCA 5KQ8A 4ELTA 4CJRA 4CD1A 1KLNA 2UYTA 3J80O 3CCQN 4LFBK 1VQON 1UAXA 4O5BA 1RT1A 3AGRA 4W5RA 3HOSA 1P90A 3CQ8A 3SPYA 3UIQA 1EP4A 1ZBSA 3L2UA 4H0OA 3T19A 2OTJN 2C1IA 1J9AA 2G8FA 2HMIA 4K8XA 4B08A 3ENHA 3EYZA 4AILC 5AR0A 3BP8A 4G9ZA 1EO1A 2JGUA 4IKFA 3U3YA 2P51A 2HB5A 3U3GA 2KTQA 5HRSA 1T8EA 1RTIA 4FM0A 1XHXA 4K43A 4AHUA 2X78A 4DR7K 1ZBLA 3G10A 3S3MA 1YJ9N 3RTVA 3CCEN 3PO4A 1M1KO 2P9IB 3A5MC 5BN9A 2AA4A 3EZ5A 3ZSYA 3A0IX 3P39A 4NLBA 2GV9A 4MDAA 3WNHA 1JJ2M 1VSEA 3KKRA 3R1XA 4CK3A 4CEZA 4IDKA 3BGRA 2RHKA 1NJXA 3SNNA 4DV3K 1RFQA 3AVAA 1I94K 2E2QA 1Z26A 3LM2A 4K41A 4LD0A 1LWFA 4KAZA 5HROA 1LOTB 1YAGA 1VSMA 1JLCA 4CHZA 4X65K 3CHWA 4A61A 3H3NO 3NF8A 2H3GX 2KW4A 2B6AA 3KK3A 1OH5A 4FVMA 1KAXA 4RW9A 4IO9L 3O5BA 5AQKA 2FLOA 3CF5L 1VQ8N 1QZ6A 4CZEA 2HHQA 3AO2A 2O8EB 3PX6A 3LDLA 4O5FA 1DEJA 2QM1A 3J7ZO 1RBVA 4RW6A 4C8MA 3CQYA 2NRHA 4WCEL 2E1ZA 3E9PA 3P5JA 3CC7N 3VEZA 4BC2A 4CBWA 1JL2A 4BRHA 3ZSRA 5EY4A 5I42A 2OANA 2A40A 2UXBK 3AO1A 4BR4A 2FBTA 5DM7L 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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