4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
1DGKN 4CZLA 2P9LA 5AQUA 4I6MA 3BF3A 4H5WA 4ISFA 3SMPA 3WEEA 3TPQA 2KHOA 1C0FA 3ZEUB 1MWMA 1LCUA 2FF6A 5AFUH 1U6ZA 2YHWA 3CIPA 3U4LA 1JCFA 2A41A 3EL2A 3ENOA 4B1WB 1SQKA 1LOTB 3ATUA 4JD2B 1NBWA 4DQ8A 3AY9A 3VENA 4DCHA 5AZJA 2E2NA 3WXIA 4FWMA 3GL1A 3VGMA 4CZHA 4H03B 3W3DA 1U2VA 3I8BA 4HTLA 1GLLO 1TYQB 4BRAA 3D7EO 4BVOA 3A8YA 3D2FB 3SJHA 3R9PA 4FWKA 4BG8A 5JLFA 2WUSA 2W41A 5EOYA 4BRHA 1G99A 3UKUB 3DXKA 3QBWA 1NWKA 4B9QA 4CZEA 5JMVA 3ZX0A 3UKRA 1MDUB 2HOEA 4GNIA 1ATSA 2A3ZA 1BA0A 2P9PA 2HF3A 3D2EA 3EZWA 4QS9A 4NB4A 1V4SA 5AQSA 3WXJA 4LC9B 3W0LA 5E84A 2NRHA 3L6QA 3L4IA 2IVOA 2IVNA 3LDPA 3O5BA 5FPMA 2DPNA 3TU5A 4IXCA 1J6ZA 4Y0WA 3VESA 4FWQA 4BGBA 2F9TA 3ZEUA 4J8FA 3ZX2A 1YAGA 2VCPA 5BPMA 4BRDA 1HX1A 1KAZA 3A5MC 3VPZA 5AQTA 1NGJA 3A5LC 3CHWA 5KQDA 2Q36A 1RFQA 1EQYA 4BQZA 1YXQA 3U9ZA 1DKGD 4BRNA 3EN9A 4CZIA 4IZ9A 2OANA 1XQSC 1YVNA 2UYTA 4A61A 2D0OA 5AZIB 4BG9A 3CQYA 4BC4A 4H0OA 4H5NA 1KAXA 4BR7A 3EKSA 1TYQA 5AQMA 4WQ5C 3VERA 2E1ZA 4CZJA 4IJAA 1NGBA 3D2FA 3FZKA 1TUUA 4EIAA 3IFRA 1Q18A 1D4XA 3FZFA 3G25A 2YHXA 4C23A 2AA4A 5AQLA 3UKUA 5AQWA 4DHYA 3CI5A 3VGKA 1GLDG 4FPBA 3QFPA 3VEXA 3EKUA 3ID8A 4BRFA 5B8HA 2GEMA 1JCEA 4CZGA 4K42A 4CZKA 4RCHA 2E20A 3IDHA 1QZ5A 1NGHA 5AQIA 1RDWX 4FOIA 3F9MA 1RGIA 3JXUA 4BGAA 4IWVA 2QW9A 2P9KA 2P9IA 4PKIA 2Q97A 1Z6RA 3CJAA 2J4RA 1NMDA 1BUPA 2P9SB 3FZLA 2CGKA 2V7ZA 3U9DA 2P9UB 2E2PA 2IVPA 4CBWA 1T6DA 4Z94A 3GDQA 3GG4A 3O08A 4FOEA 4H5TA 4EAHD 1QZ6A 3ZETA 3CJ7A 1E4FT 3LDLA 3VF2A 4B1YB 5ADXA 1H1VA 3J8AA 4FWRA 3M3ZA 4XH5A 5EVZA 2QWPA 3L0QA 3DXMB 3O1BA 1GLAG 2ASOA 2Q0UA 3JS6A 4CD1A 3CJ9A 1ESVA 4FO0A 2NZTA 2ZGZA 3GOIA 5AQJA 3ZX3A 3FLCO 3HM8A 2E2OA 2E1YA 5BR9A 2CGJA 3MN5A 3H1VX 4BRMA 2QXLA 4M7XA 1R59O 2A40A 1ZC6A 4PKHA 2HMPA 1V4TA 3QDKA 4CD3A 5F2RA 3WXLA 4BRGA 3DJCA 2D0PA 3LM2A 4BRQA 4MLEA 1HLUA 5FPDA 2FLOA 3RSEA 3DWLA 3UE5A 4MLHA 5AQQA 5BN9A 5BRDA 4BC3A 2QWMA 4CBXA 5KPTA 5LY3A 1HPMA 5BN8A 1XC3A 3MN6A 2Q2RA 1S22A 3A0IX 1DEJA 4CJ7A 5F0XA 4E1JA 4ISEA 4QS8A 1SZ2A 3MK6A 4WQ4A 4FWSA 3IMXA 3CJBA 3MCPA 5BREA 2HF4A 4H0PA 4PL8A 4L3QA 3SMSA 3LDOA 1QHAA 4BRIA 1NGIA 4A2AA 5ADXH 3B8AX 4IJNA 2E88A 1CZAN 3GBTA 3EO3A 3H3NO 3FE1A 3IUCA 5AQYA 3CERA 2Q0RA 4AM6A 1KAYA 3ATVA 4XH4A 4JN4A 4FWPA 1BA1A 4CI6A 3LDNA 4B1ZA 2FF3B 5AQFA 5I9EB 4M7YA 5BPLA 2A5XA 3KVGA 5LJVA 4JD2A 1NGAA 2CH6A 4B1XB 4A62A 3ENHA 4IO8A 1BDGA 4QS7A 4FL9A 3ULEB 5F1XA 3DXMA 4XH1A 1Y64A 3FR0A 1BO5O 3HZ6A 4KBOA 4BQLA 2QM1A 3HSCA 5AQXA 3CJCA 3AAPA 5CE3A 2Q1NA 2P9LB 2V52B 4JNEA 3P4IA 1HJOA 1BWFO 4CZMA 2A42A 2ASMA 3H1QA 4PKGA 1C0GA 3AARA 2YHYA 1HUXA 3A5NC 4O5FA 3H3OB 1X3MA 3LL3A 1K8KB 3DAWA 4H0XB 5AZJB 5BRHA 5KPZA 4BRCA 4H5VA 4NO7A 3FGUA 1ATRA 2BTFA 4BRLA 4DB3A 3VF6A 4FWNA 3QBXA 3FZMA 4H0TB 4BC2A 1MA9B 4EHTA 3VETA 2NLXA 4BR0A 1QQNA 1ATNA 3WQTA 4A2BA 4CBUA 3OHRA 4BRPA 3M1FA 4CZFA 2PAVA 5KQ8A 2P9PB 2QWLA 1BG3A 3D2EB 3VEVA 1HKBA 5AQHA 4YDUA 1NLVA 2GWJA 1X9JA 4K41A 4RTFD 3C7NB 4EFHA 4FSVA 2VYPA 2GTDA 4BROA 5AQGA 4BR9A 2VWBA 4K25A 1Z05A 1X3NA 1IG8A 1NGEA 4O8KA 3A5OC 5AZIA 2V51B 3SLCA 2ITMA 2GWKA 4BR5A 2AP1A 4GY2B 4EHUA 2QWOA 1HKGA 1NGDA 4WQ4C 1QQOA 4MO4A 5TKYA 3VOVA 2QWQA 2ASPA 1K8KA 3I33A 1NM1A 1TUYA 3O80A 4WYBA 3UB5A 3WT0A 2YJEA 5JLHA 3FFKB 4AM7A 4PL7A 3VGLA 3O6WA 2I7NA 2P9NB 4XEIA 3VEOA 2ZGYA 3CQXA 3MDQA 4BVPA 5BPNA 2ZF5O 5EXWA 4K43A 3VEYA 2IIRA 3LM9A 3H46O 2GUPA 2P9SA 3HBTA 4F9OA 2QWNA 1GLBG 5AQPA 3HTVA 2FSJA 4B1VA 2P9UA 5ELZA 3WQUA 4B1UB 1IJJA 1HKCA 3WUHA 5AQNA 3C0BA 2E8AA 5AQOA 3M6GA 4FWLA 4JHDB 5AR0A 3QICA 1ZXOA 1NGGA 2P9KB 5E26A 1NGCA 2P9IB 3C7NA 3CJ1A 3R8EA 2CH5A 4JAXA 3HI0A 2YCHA 1KXPA 3AAQA 3WXKA 3VEWA 2H3GX 1NGFA 1T6CA 2QWRA 3S41A 3QFUA 1ZBSA 1S3XA 4I6MB 3MN9A 2D1KA 5AQRA 3BUZB 3BF1A 3ZETB 3FZHA 3WEEB 4HWIA 1WUAA 1GLJO 3CETA 2YJFA 3O4WA 4ISGA 2Q31A 1MWKA 2GELA 5AQVA 3KHYA 4FPAA 3QB0A 3LDQA 5AFUA 1BU6O 2YI1A 2FXUA 3MMVA 2FSKA 5EY4A 5EX5A 3BP8A 5LJWA 4YDUC 4H0YB 2P9NA 2I7PA 2CGLA 1U2VB 5KPRA 1E4GT 3H45C 2ZWHA 2V7YA 1GLEG 2EWSA 2PBDA 1JCGA 4BREA 3O1WA 4M63C 3H6EA 1GLCG 2A6AA 4BC5A 3MN7A 1SAZA 3KZBA 3QMLA 4RWTA 2FSNA 3DXKB 5FPNA 3RSEB 4H5RA 1OKJA 5JICA 2BUPA 2E2QA 3UKRB 3U8XA 3VEZA 4BRKA 4BR2A 2D4WA 1QQMA 3GE1A 5AQKA 2W40A 3O8MA 1GLFO 1XUPO 3SK3A 1P8ZA 4JHDA 3BEXA 1WOQA 5AQZA 1T44A 5BRFA 1BOTO 4MO5A 3R6MA 1YUWA 4WQ5A 3VF4A 4H0VB 3ULEA 4BR4A 4FWOA 5FPEA 2F9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZLA 4OVLA 2KLAA 2HHIA 4O0JA 3OYKA 2KHOA 3ZEUB 3AVKA 1MWMA 2FF6A 5AFUH 1HYVA 2YHWA 3CIPA 3U4LA 3EL2A 3WNGA 1K73O 4E1NA 1LOTB 4JD2B 4PQUA 1NBWA 4KTWA 3AGRA 4KI4A 5AZJA 2E2NA 2E5LK 2F8SA 3NDKA 3O3FA 4FVUA 3GL1A 4OPAA 3ZSZA 4CF0A 5CZ1A 3E1YA 1NJXA 3I0SA 4DV0K 3P1GA 4CZHA 3CYGA 2Y1IA 1WSFA 4GV9A 3PX0A 1LAWA 4BRAA 3OYEA 5JLFA 4BRHA 4CZEA 3QBWA 3ZX0A 1MDUB 1ATSA 2F4VK 4XJXA 3CCMN 1BA0A 1HRHA 3ZCMA 5C25A 3QLHA 3VQEA 4NYFA 4NYNA 4EP5A 4JKBA 4CF1A 3L4IA 2IVOA 3NAEA 2IVNA 3LDPA 2DFEA 3ID6A 4R79A 2DPNA 2YNGA 1J6ZA 3KWIA 3HK2A 3P83D 4BGBA 2HHVA 2F9TA 4Z4CA 3QEIA 2NRZA 1EWQA 2VCPA 1XC9A 4KB0A 1W2BM 3C6TA 3HJFA 5AQTA 2O8EA 3A5LC 3CHWA 4DS4A 5KQDA 3TTFA 2X78A 1YXQA 1VSKA 4DSJA 4BRNA 3EN9A 3NGYA 4IZ9A 1YVNA 4E3SA 2VWKA 4RW4A 3CQYA 4H0OA 2VQFK 3EKSA 3TSUA 3ZSVA 3MAQA 1TYQA 4CEZA 4JKFA 2ETJA 3D2FA 3M8QA 3G0ZA 1FK9A 1VSEA 2PYLA 3IFRA 1RDUA 3FZFA 3G25A 3VA3A 3H08A 3KTQA 1S9EA 3CFRA 4X62K 2G8IA 3UKUA 4Q5VA 4DHYA 4FPBA 2YKNA 3VEXA 3HPHA 4CZGA 2E20A 3K5LA 5SWMA 2O8DB 3Q7BA 1Z25A 3OYFA 4W5OA 3RMCA 1XNQK 4FOIA 1VSLA 4KAZA 2UXDK 2HHXA 2QW9A 4JYAK 2P9KA 2Q97A 3MEEA 1O1WA 3MXJA 1KD1O 3NF8A 4BWJA 4AHRA 2CGKA 3S5TA 2P9UB 4CJPA 4CJKA 3NF7A 4EAHD 3ZETA 3CJ7A 3VF2A 4CJFA 3LPTA 4MFBA 4FM1A 1KC8O 4DR5K 3OBWA 2UXBK 2QXFA 4DS5A 3M3ZA 4XH5A 1LWFA 3K0SA 1RT7A 2ASOA 1BI4A 3B6PA 3JS6A 4G1QA 4ELTA 4JV5K 4FO0A 1KLNA 3GOIA 5AQJA 2ZM6K 5JVHL 1IKYA 4UQGA 3OYMA 2E2OA 2E1YA 1N6QA 2CGJA 3AVBA 3QETA 1U47A 3CMAN 3LZJA 1SV5A 1M1KO 2QKKA 2B6AA 4BRGA 1D9DA 2BANA 4BRQA 1RILA 4LY7A 4MLEA 3OYGA 3K58A 3HPOA 3N4QA 3TR8A 3KWGA 3KIOA 5AQQA 3QEWA 4DQIA 4BC3A 2OZMA 1YI2N 4OKEA 3NF6A 4JKEA 1XC3A 1O13A 3CCSN 4E7HA 3SI6A 4E1JA 4ISEA 4FLWA 3ZSYA 2E6MA 3V1QA 1SZ2A 3MK6A 3KLGA 5LMNK 4F4KA 4FWSA 3IMXA 3MCPA 3S9HA 1DT9A 4H0PA 3PIOL 4FJ5A 4PL8A 3C65A 4O55A 2KZZA 1Q86O 4ELVA 2JWLA 1CZAN 3SAHA 3IUCA 5AQYA 4O5BA 3QEXA 2Q0RA 4AM6A 3ZSQA 1J5OA 2GBZA 4CI6A 3T1HK 2FF3B 5I9EB 3DM2A 2A5XA 1T8EA 5LJVA 1ASVA 4JD2A 1NGAA 2CH6A 4AHCA 5F1XA 1BDGA 4QS7A 4XH1A 5KRTA 1BO5O 1P90A 4ZTFA 4KBOA 4BQLA 4DTUA 3CJCA 1TKZA 3AAPA 2Q1NA 1HYZA 2C1GA 3P4IA 1HJOA 1RT3A 4M3XA 2ASMA 1JLQA 1GOBA 3NH2A 2LSNA 3LP1A 2XY7A 4O5FA 3H3OB 3P5JA 1VSJA 1TK0A 5BRHA 4FM0A 4KRFA 5KPZA 1SL0A 4CJQA 3SQ2A 1QHTA 3VF6A 4H0TB 5HRNA 5C42A 3DLHA 3C6AA 3VQCA 4AHSA 2NNWA 4IDKA 5FROA 5KTQA 3TI0A 4CGIA 3M1FA 2ZD1A 3VA0A 3T7ZA 3VEVA 1HKBA 2AJQA 3ENBA 3MECA 4B3MK 1S9GA 4Z4GA 3OJSA 4K41A 4RTFD 4I2QA 4EFHA 4FSVA 1LWCA 5AQGA 2VWBA 3Q7CA 4K25A 2Q3SA 1C0MA 3R1XA 5J2QA 2G8WA 1IO2A 3AA5X 3A5OC 4ID5A 2V51B 3L3UA 3SLCA 4IG3A 4DF8A 3V9XA 4LFBK 3EE9A 5C15A 2WTUA 1HNXK 2D5RA 1HKGA 3AVIA 3NVKA 3J7YP 3O9QA 4ILJA 1K8KA 3I33A 1NM1A 1TUYA 3KK7A 3FFKB 4HUFA 3QEVA 4PL7A 3O6WA 2O8DA 3QIPA 2ZGYA 3CQXA 3MDQA 1TAUA 3MXIA 4FLVA 5SZTA 2ZF5O 5EXWA 5BR8K 3R3LA 4F8RA 3M8RA 3ZSRA 3CG7A 2OZSA 4CGFA 1UA1A 4JK7A 3EE8A 4CHPA 4MDAA 2P9UA 2IS3A 4YOUA 4B1UB 1J5EK 2RE2A 4IEIA 4GV6A 5H1SQ 5HOOA 1NOYA 2R7YA 4JAXA 4J2DA 3WXMB 5HL7L 3P38A 4CJEA 4DTSA 3S41A 3QFUA 3VTIA 1VK0A 4DTPA 3MN9A 1NK5A 1S1WA 3ZSOA 4HWIA 4CHNA 3BDPA 4DSEA 1WUAA 3KK2A 1UAXA 4ISGA 4E7KA 1UWBA 1VRUA 1WLJA 4NLCA 4YOYA 5AQVA 3KHYA 4IO9L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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