The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
27
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI5 K; 4LF7 K; 4B3R K; 1XMQ K; 4JI8 K; 4X62 K; 1XNR K; 4X66 K; 1IBK K; 4DR4 K; 4LFA K; 4DV7 K; 4LF9 K; 1N34 K; 4YHH K; 1XMO K; 5IT9 O; 3J7A P; 4LF6 K; 4LFB K; 3JAM O; 4LF8 K; 4CVN E; 5BR8 K; 5LMU K; 4YY3 K; 4DR7 K; 4B3M K; 4DV1 K; 4CW7 B; 4LF4 K; 4JYA K; 2VQF K; 4X64 K; 1HR0 K; 4JV5 K; 1N32 K; 4B3T K; 2E5L K; 5FLX O; 4LFC K; 4NXM K; 2ZM6 K; 4JI2 K; 4B3S K; 3OTO K; 4OX9 K; 2UUC K; 4DV0 K; 4JI3 K; 3T1Y K; 5A2Q O; 4X65 K; 4DR2 K; 4JI4 K; 4GKJ K; 3J81 O; 4GKK K; 4AQY K; 1FJG K; 4JI7 K; 1HNX K; 4JI1 K; 4DR6 K; 3J7Y P; 2UUB K; 2UXC K; 4DV6 K; 4DR3 K; 4DV4 K; 4DV3 K; 4LF5 K; 1J5E K; 2VQE K; 4DUY K; 5IWA K; 4NXN K; 1IBL K; 2UXB K; 1I94 K; 3J80 O; 1XNQ K; 4V19 S; 1N33 K; 1HNW K; 4DUZ K; 5AJ3 K; 4JI0 K; 1N36 K; 4K0K K; 1HNZ K; 4DV2 K; 2UUA K; 5LL6 Z; 2UXD K; 2HHH K; 4JI6 K; 1IBM K; 2UU9 K; 2F4V K; 3T1H K; 5LMN K; 4KHP K; 4DV5 K; 4DR1 K; 4DR5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OPQ A; 3A5M C; 4OVL A; 3AV9 A; 1NGC A; 3K2P A; 3DMJ A; 2HHW A; 4M41 A; 3O5B A; 1CZB A; 1ZBL A; 5EXW A; 2HF3 A; 4I9L A; 3PO5 A; 4DR4 K; 4O8K A; 2HB5 A; 4BRG A; 2HHU A; 3AO4 A; 2O8B B; 4CJT A; 3M5R A; 4HTU A; 3UKU A; 4BC2 A; 4MLE A; 3ZT2 A; 1XC3 A; 4DQP A; 2NRZ A; 1LV5 A; 4BR5 A; 4WCE L; 1DTT A; 3E9P A; 3SK3 A; 2B6A A; 5C42 A; 3DXK B; 4FLT A; 5GAH P; 3OYH A; 4N5S A; 1U47 A; 3AA4 A; 4PWD A; 4BRO A; 3CMA N; 4LF4 K; 2P9K A; 1RT5 A; 1IKW A; 1HNV A; 3RMC A; 2P9L B; 4RWT A; 4OPJ A; 2A1S A; 3FGU A; 1C0U A; 4J2D A; 2CH6 A; 1NJI O; 4LFC K; 4LY7 A; 4C8K A; 3AGK A; 5BN9 A; 2E1Y A; 1O13 A; 4B1X B; 2E6L A; 1Q81 O; 2A1R A; 1WSJ A; 5M1O A; 4BDP A; 4H4O A; 2RHK A; 3SJJ A; 4FZX C; 2O8D A; 4KHW A; 3UKR A; 4K43 A; 3OS2 A; 1BWF O; 5JVG L; 4A59 A; 1U45 A; 3THW A; 5AQK A; 3IUC A; 2OAN A; 3RMA A; 4A62 A; 4B08 A; 4FK0 A; 1TAU A; 4ISF A; 4I2P A; 3GDQ A; 2VCP A; 3P83 D; 3I0S A; 3TTD A; 3EY1 A; 3KD1 E; 4O5B A; 4K42 A; 1HKG A; 1WSF A; 3QBX A; 4BRI A; 1RTH A; 2X6S A; 5HBM A; 4CZJ A; 4KB1 A; 3CJ9 A; 2QWN A; 4H0Y B; 1IG9 A; 3ULD A; 1RT2 A; 3DAW A; 4JS5 A; 3CFR A; 3WEE A; 3HXM A; 3QEX A; 2F9W A; 2HOE A; 4JKG B; 5I9E B; 4AHT A; 1HNZ K; 1BHL A; 3MWT A; 3ZT0 A; 4NCB A; 1NGH A; 2FBV A; 4MQ3 A; 3TAP A; 2FXU A; 4FYD A; 5DMR A; 4M7X A; 1RDA A; 2ZQB A; 4GW6 A; 1L3V A; 1HQU A; 4JHD A; 3ENO A; 4KV8 A; 1XNR K; 3HOS A; 3VPZ A; 5CYQ A; 3MK6 A; 3BY5 A; 3LP0 A; 3DXM A; 2P51 A; 4R5P A; 3OYL A; 3TU5 A; 4B8C A; 4R79 A; 1VQO N; 4DF4 A; 4IDK A; 5AQS A; 1CXU A; 3HO1 A; 4LF6 K; 3PLA A; 3O9U A; 3L2Q A; 4BR0 A; 3V9U A; 4CE9 A; 3FZK A; 1HQE A; 4IG3 A; 4MDA A; 4NLB A; 3ZX0 A; 5FRO A; 4H0X B; 3VF4 A; 3M8S A; 2ZJR L; 3R9P A; 1NK0 A; 4BC5 A; 5ELZ A; 3O4Q A; 4HWI A; 4PA1 A; 1K6Y A; 2HHQ A; 1X3N A; 1XHX A; 3H6E A; 2GEL A; 2XY5 A; 3TAR A; 4PQU A; 2DFE A; 2D5R A; 1OVY A; 3C0B A; 3EE9 A; 1RT6 A; 3C6A A; 1RBS A; 1NK6 A; 4DSK A; 1K73 O; 4RTF D; 3J81 O; 5D3G A; 1E4G T; 2QWL A; 4M7Y A; 4B1V A; 4XH4 A; 1TKT A; 1RTJ A; 3NGI A; 2OZM A; 3QIP A; 3TAM A; 2E20 A; 4EFH A; 4EHT A; 5KI6 A; 4GV9 A; 4CK3 A; 2KTQ A; 5AQV A; 3VEZ A; 3R1X A; 1KAY A; 2QEX N; 3CCE N; 3H46 O; 3AO2 A; 3VF6 A; 3NVK A; 3LAK A; 2YHA A; 4DWI A; 5GIN A; 3HRG A; 3O08 A; 2OPP A; 4CHO A; 1QQC A; 2HHT A; 1T03 A; 4OJR A; 5LJW A; 2JLE A; 4DV2 K; 4FM1 A; 3DOK A; 3IRX A; 3JSM A; 4H4M A; 3U4L A; 4CI6 A; 4KHP K; 4M3Y A; 4DTR A; 2J4R A; 1NKC A; 3M8Q A; 4CBU A; 5KRS A; 1UA0 A; 5EY4 A; 5H1S Q; 3TWH A; 4CED A; 4CES A; 2W6L A; 4FLY A; 4AHC A; 4K8X A; 1A5W A; 2JGU A; 5C12 A; 2P9I B; 1HLU A; 3L2R A; 5EX5 A; 4FVU A; 1ZC6 A; 4IZ9 A; 3CFP A; 1SKS A; 5J2M A; 4FOI A; 3NVM A; 5JS2 A; 2CH5 A; 3CCM N; 2F8T A; 3QEV A; 2HNZ A; 3HM8 A; 5KPR A; 1OH8 A; 4CFC A; 3K5L A; 5C25 A; 3DRP A; 4CD1 A; 3JAM O; 4B9V A; 1QVG M; 5MLC Q; 4OGE A; 4KRE A; 3ZT1 A; 3DWL A; 5AQN A; 4DV1 K; 1NKE A; 1EKE A; 1NNE A; 3OJS A; 1QQO A; 2A42 A; 5LJV A; 4DFP A; 1FK9 A; 1KFS A; 4B3T K; 3ZEU B; 2LSN A; 3O9S A; 4FVM A; 2NRW A; 3ISN C; 4FM2 A; 3VN5 A; 5GAG P; 3LPU A; 4OX9 K; 5CZ1 A; 2BH1 A; 1BI4 B; 1S22 A; 4KHQ A; 3IFR A; 4B8A B; 1WOQ A; 3ENH A; 4FPA A; 1K8K A; 5C2F A; 3HPH A; 3HYF A; 2BTF A; 3AAR A; 4KHU A; 3CCJ N; 2O4I A; 4ILH A; 4B9N A; 2EX3 A; 3QET A; 1JLA A; 3OJU A; 4DR3 K; 2E6M A; 2VWJ A; 4MO4 A; 3LZI A; 5M1F A; 3CIP A; 4QS7 A; 4A61 A; 4OKE A; 2PYL A; 2Z1I A; 1HJO A; 4FWO A; 3J80 O; 4Y1C A; 3LAL A; 4B9U A; 2BUP A; 3O6W A; 3CJA A; 3O3F A; 3QFP A; 3WNG A; 3THX B; 1REV A; 5BRE A; 1BUP A; 3H1V X; 4BAC A; 2HW3 A; 5BRD A; 3I55 N; 1VSL A; 3FZF A; 1X9W A; 1Q9Y A; 4CZK A; 3FZH A; 4DG1 A; 3EZW A; 4E3S A; 1HKB A; 4KRF A; 3U6F A; 2CGL A; 4JEP A; 3RTV A; 3BDP A; 2ITG A; 3KKR A; 4M3X A; 1KTQ A; 1UOC A; 2NRH A; 4PY5 A; 1B9D A; 5AZJ B; 2E4L A; 4B3O A; 4JKD A; 2HST A; 1ATS A; 3O8M A; 3ZSZ A; 5AQM A; 1YJ9 N; 3OYB A; 1W97 L; 1S6Q A; 3ALY A; 1JLB A; 3B8A X; 3P38 A; 4KFB A; 3DLB A; 4J8F A; 1JXB A; 2BAN A; 3CCL N; 2P1J A; 4CEQ A; 4YFU A; 1JKH A; 4DSE A; 3KK2 A; 1WSI A; 2GTD A; 5GAD P; 4IBN A; 4CIF A; 4CJU A; 3G25 A; 4CHZ A; 2QM1 A; 3K5M A; 4LSN A; 3B6P A; 4KHS A; 4CGJ A; 4E1J A; 2O4G A; 2ZM6 K; 4C1N I; 4H03 B; 3LP2 A; 4B3S K; 4IDH A; 4CEF A; 1NGG A; 3H3O B; 4M3Z A; 2A3Z A; 2P9P A; 4E7I A; 5J2P A; 3CJB A; 2HHV A; 3PX0 A; 4H8K A; 4CGG A; 3KJV A; 1FKO A; 1RT3 A; 3C6H A; 4B1Y B; 1B92 A; 4E1M A; 3VQB A; 3J7Y P; 2YNG A; 2UXC K; 4CJ5 A; 4EZ9 A; 3RSE B; 4I7F A; 4FJJ A; 3L6Q A; 3OYE A; 1WBB A; 4F2R A; 1Z6R A; 2V7Y A; 3M6G A; 4LF5 K; 4B9Q A; 3G6E N; 1QE1 A; 1U4B A; 2NUB A; 4KTZ A; 3PX4 A; 2XY8 A; 3PSF A; 4F3T A; 1VQM N; 3CPE A; 2PAV A; 4H0P A; 3HOT A; 3HJF A; 3D0P A; 1KAZ A; 4A5A A; 1HNW K; 1NGF A; 4DKW A; 4BGB A; 2G8F A; 4JS4 A; 3SV3 A; 1ATR A; 3A5L C; 2G8I A; 4OKK A; 3ZSX A; 3F9M A; 1ZBH A; 3HT3 A; 3PX6 A; 3SBT A; 1KD1 O; 1ZBF A; 1QZ6 A; 4CJF A; 2YNF A; 3BUZ B; 2OA8 A; 4JD2 A; 4BDY A; 1QZ5 A; 5KGX A; 1BOT O; 1RDB A; 4H5T A; 4CJS A; 2KFN A; 5CYM A; 5E26 A; 5AQJ A; 2OTJ N; 4CEE A; 1XMQ K; 1SAZ A; 4FWS A; 4Z0U A; 5M1N A; 3NBP A; 3CJ7 A; 2XHB A; 3P31 A; 2XY6 A; 4BVP A; 1SZ2 A; 4DFM A; 2YV0 X; 3ATU A; 4DFK A; 3AY9 A; 3R8E A; 1C0M A; 2VGN A; 4DS4 A; 4N76 A; 1VSM A; 1JLC A; 1U2V B; 4BWJ A; 3NMU A; 4C1N K; 4KPY A; 2E2P A; 4QS9 A; 4BRH A; 4Q5V A; 2FBT A; 2FBY A; 2D1K A; 4U7B A; 3TSQ A; 1TL3 A; 3C94 A; 4E7L A; 4ICL A; 1EO1 A; 1BA0 A; 2IVO A; 5FLX O; 4H0T B; 1TUY A; 4IOX A; 1Q82 O; 2YJF A; 1JLG A; 4LC9 B; 3OW2 M; 3CER A; 2VWB A; 2G8V A; 4Y1D A; 4CFD A; 4X65 K; 4DQ8 A; 3MCA B; 3VQP A; 1FJG K; 4J2B A; 3OYD A; 2GUI A; 2QWM A; 1NJZ A; 2GBZ A; 3WNH A; 3SPY A; 3K5O A; 3QIN A; 3VTI A; 1U04 A; 3EE8 A; 1DGK N; 2D0P A; 4JKF A; 3NH1 A; 4BE1 A; 4DV4 K; 1BCO A; 3HM9 A; 1BO5 O; 4CIG A; 3J8A A; 4C8O A; 2P9U A; 1XHZ A; 1N5Y A; 2ZWH A; 3VQ8 A; 3NDK A; 3VES A; 1I39 A; 4KH4 A; 1NK8 A; 4YDU A; 5AZI A; 3DJC A; 1N33 K; 1VAZ A; 4FZY A; 4OKJ A; 3M1F A; 3QO9 A; 3OS1 A; 4HVJ A; 4AM6 A; 2HNY A; 1BIS A; 4ELU A; 3G0Z A; 4KHN A; 2HHH K; 1VSF A; 1OH5 A; 4JI6 K; 3QIC A; 2UU9 K; 3NH0 A; 4DQI A; 4FLZ A; 4NCG A; 3QES A; 1VSH A; 4DHY A; 4I2Q A; 2WUS A; 3F9K A; 1E3M A; 3AVL A; 3VGM A; 3ITH A; 3AAP A; 5I42 A; 3CM5 A; 1X9M A; 2YKM A; 1MWK A; 4CFB A; 3UIQ A; 4BRL A; 1SL1 A; 1Q86 O; 2P9N A; 4FWK A; 1YTA A; 4LFA K; 5M1K A; 1W7A A; 1GLL O; 2F7T A; 3OYG A; 4CIE A; 3GL1 A; 1JJ2 M; 4CF9 A; 3NH2 A; 3TAE A; 2OPS A; 3R6M A; 3IAY A; 4JK8 A; 3ULE B; 3K5N A; 1C1A A; 4FJX A; 4CK2 A; 3OYN A; 4DQQ A; 4DR7 K; 3LM9 A; 4BY9 C; 1NGE A; 1YIJ N; 2VQF K; 3THY A; 5J1E A; 1VSE A; 2D0O A; 4EIA A; 3O80 A; 4PKG A; 1ZBS A; 1HYZ A; 3L4I A; 3WNE A; 3M8P A; 4CZF A; 1RT7 A; 3JXU A; 1NJW A; 1S6P A; 1SKW A; 4ZHR A; 4RW4 A; 3KK1 A; 3KK7 A; 4CHN A; 1L3T A; 5FPM A; 5KRT A; 1T6C A; 4JI7 K; 1S1T A; 3DLL L; 4KTW A; 1TKX A; 4C23 A; 4IO9 L; 3C7N B; 4YNQ A; 1X1P A; 3MEG A; 3O9R A; 4C8N A; 2NRX A; 1YAG A; 3AVM A; 4AIL C; 2DY4 A; 1WN7 A; 4KB0 A; 1JLE A; 3HZ6 A; 3TSU A; 2CGK A; 3KK3 A; 2HBL A; 4BR4 A; 1V4T A; 3BP8 A; 1Y97 A; 4DSF A; 4B1U B; 4E0D A; 1IG8 A; 3CJ1 A; 3TAF A; 4YDU C; 5AQL A; 3KHY A; 3U9Z A; 3SAG A; 3N4Q A; 4IEI A; 3BF1 A; 4CGI A; 4FXD A; 5TKY A; 2WON A; 3CXC M; 1GLB G; 1TKD A; 4JKB A; 4NB4 A; 3F73 A; 1EQY A; 3V9X A; 4Z4F A; 3MAQ A; 1R59 O; 3L2U A; 3QEP A; 4NCA A; 4GVM A; 3AVJ A; 5AQQ A; 1NBW A; 1RTD A; 4J2E A; 4OLB A; 1D8Y A; 4XIU A; 2EWS A; 3R3L A; 1B9F A; 4BDZ A; 2ZGY A; 4CJ4 A; 5HRR A; 5CZ2 A; 4DQS A; 1ZBU A; 3VQ5 A; 3L0Q A; 1GLD G; 5BR8 K; 4IOC L; 3VQE A; 4NYN A; 3MN5 A; 3T3F A; 2OPR A; 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3LM2 A; 4A57 A; 4CJ7 A; 2O8B A; 2E2N A; 4YOU A; 3SUN A; 5IT9 O; 1QQM A; 4YOY A; 3J7A P; 3VEN A; 5I3U A; 3LAN A; 5HL7 L; 4W5Q A; 2IVN A; 4GVE A; 1ZBI A; 3VEY A; 3DXK A; 5TKW A; 2V52 B; 3E01 A; 2CGJ A; 2ASO A; 1YJW N; 1P90 A; 4CEZ A; 2VWK A; 5KPZ A; 1MA9 B; 3E9O A; 4IFE A; 2P9L A; 5SWM A; 4N56 A; 5CHI A; 1KVA A; 1GLF O; 2DFF A; 3QNN A; 3K58 A; 4M3W A; 4Z4H A; 2ZJQ L; 3NGZ A; 2YHB A; 3VGL A; 3VOV A; 3KD5 E; 4KAZ A; 2W42 A; 3U3G A; 5FRN A; 2FF6 A; 4CJK A; 3FE1 A; 1WNS A; 1SKR A; 4FWM A; 1G99 A; 3SMP A; 4CEA A; 4E1N A; 3CM6 A; 1T3V A; 2QW9 A; 3DLR A; 1VRU A; 4W5R A; 4ELV A; 2VG6 A; 3I33 A; 4M42 A; 1KLN A; 3WXJ A; 2FSK A; 4ILG B; 4IO8 A; 4G9Z A; 2GWJ A; 4I6M B; 4QOZ B; 4HCB A; 4KI6 A; 1KLM A; 5BR9 A; 2X78 A; 1VQ4 N; 2W6K A; 2V51 B; 4JKG A; 3DYA A; 4PKI A; 2I7N A; 3QER A; 3D2F B; 5JLH A; 3NF7 A; 3LDQ A; 5BPM A; 4DTN A; 4DSJ A; 1M1K O; 3AA5 X; 3AVC A; 3GBT A; 3OVN A; 3SUO A; 4W5O A; 3L8B A; 3MMV A; 4GMJ B; 4KI4 A; 3VQ7 A; 1EET A; 2ZGZ A; 4K8Z A; 3LP3 A; 3SAH A; 4CHP A; 1IBK K; 1YI2 N; 4WYB A; 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