The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| publication title |
Mechanism for Expanding the Decoding Capacity of Transfer Rnas by Modification of Uridines
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR3 K; 4DV5 K; 4B3S K; 2UXB K; 4KHP K; 2VQE K; 4LF8 K; 4DR6 K; 4OX9 K; 5LMN K; 1XNQ K; 1I94 K; 4YY3 K; 2UUC K; 4JI7 K; 5IT9 O; 4DR4 K; 4X65 K; 4V19 S; 4JYA K; 4JI1 K; 4DV0 K; 4DV1 K; 1J5E K; 5A2Q O; 3J7Y P; 5AJ3 K; 2E5L K; 3T1H K; 4B3T K; 1IBM K; 4CW7 B; 2HHH K; 5LL6 Z; 4JI3 K; 1HNX K; 4LFB K; 4JI8 K; 1XNR K; 2ZM6 K; 4DR2 K; 5BR8 K; 1XMQ K; 4LF4 K; 2F4V K; 4DUZ K; 1N34 K; 4B3M K; 4K0K K; 2UXD K; 4GKJ K; 4DR1 K; 3OTO K; 1N32 K; 5FLX O; 2VQF K; 3T1Y K; 1HR0 K; 4DV6 K; 4CVN E; 5LMU K; 4LFA K; 4GKK K; 4JI2 K; 2UXC K; 2UUA K; 4LF6 K; 4AQY K; 4DV3 K; 4DR7 K; 1IBL K; 4JI4 K; 2UU9 K; 4DV7 K; 4NXM K; 1N36 K; 4DV4 K; 3J80 O; 1N33 K; 1HNW K; 4B3R K; 4X62 K; 4X64 K; 4LFC K; 4X66 K; 4NXN K; 2UUB K; 4JV5 K; 1FJG K; 1HNZ K; 5IWA K; 1IBK K; 4JI6 K; 1XMO K; 3J7A P; 4LF9 K; 4DUY K; 4JI5 K; 4DR5 K; 4LF5 K; 3JAM O; 4DV2 K; 4LF7 K; 4YHH K; 4JI0 K; 3J81 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O8F A; 3SPY A; 2QEX N; 4RTF D; 4A2A A; 3EZW A; 5AFU A; 3VQ9 A; 4IFV A; 2YKM A; 2CGJ A; 4CZF A; 1EET A; 4H0Y B; 3HM8 A; 3O9U A; 3H08 A; 3NE6 A; 4OPA A; 4BRP A; 3P38 A; 4J2A A; 1K9M O; 2D0C A; 3F73 A; 1EX4 A; 5BRD A; 1EWQ A; 1OVQ A; 1VSI A; 3R1X A; 4H5N A; 1J5E K; 1OH5 A; 2HMP A; 1KXP A; 5J2Q A; 4M3T A; 4ILG B; 3DAW A; 2HBK A; 4NLC A; 3OS1 A; 1Q82 O; 4NO7 A; 3CF5 L; 1D9D A; 1VRT A; 1P90 A; 4B1V A; 4CJS A; 3CG7 A; 2HBJ A; 5KQD A; 3MN5 A; 5AQS A; 2OPP A; 4G9Z A; 1RBS A; 1HQU A; 3FLC O; 4E7L A; 1YVN A; 1JLB A; 3DRS A; 3EZ5 A; 5JS2 A; 4KAZ A; 2FBY A; 1RT7 A; 3I33 A; 4DTM A; 2PY5 A; 3ATU A; 2P9N A; 4AHU A; 4H03 B; 3TAP A; 3DJC A; 3DLR A; 3ZET A; 4EHU A; 3CJ9 A; 3G4S N; 1DKG D; 1BWF O; 3UKR B; 4NYN A; 3QEP A; 1GLF O; 3AVK A; 5EOY A; 4CHN A; 2AP1 A; 3VA0 A; 3THY B; 3U3Y A; 3WXL A; 1YIJ N; 3SZ2 A; 1A5V A; 5BPM A; 4PUO A; 3TTC A; 3OVN A; 3BP8 A; 2OPS A; 3O5B A; 3KD1 E; 4CJK A; 2Q1N A; 1LW0 A; 4DSK A; 5M1P A; 3WXI A; 4CER A; 1BU6 O; 1NGE A; 1BG3 A; 3VQE A; 1T03 A; 3LAL A; 1C6V A; 4JS5 A; 3KHY A; 2V7Y A; 3U6F A; 1W7A A; 1KTQ A; 4FVM A; 4B9V A; 2FBT A; 4DFJ A; 1TL3 A; 5LY3 A; 2VGM A; 2ZGZ A; 1BDG A; 1NLV A; 5AQT A; 3PO5 A; 4J8F A; 3SQ2 A; 1WSG A; 1CZA N; 4DR5 K; 1BI4 B; 3LWM A; 2YHY A; 3SK3 A; 2O8F B; 2UXB K; 1OVY A; 1X9S A; 1GOC A; 4N5S A; 1LWF A; 2NUB A; 3AVC A; 4HWI A; 4MFB A; 4ILJ A; 4IOC L; 4FJL A; 3RR8 A; 3QES A; 3CJC A; 3HXM A; 2OYQ A; 2IOC A; 3O9Q A; 1JLC A; 1WB9 A; 4JKG B; 4JKE A; 3BF3 A; 4JI1 K; 2FXU A; 3ATV A; 3IAY A; 2RHK A; 3KZB A; 4O44 A; 4E89 A; 1J9A A; 1A5X A; 3P5J A; 1EKE A; 4FL9 A; 2PFU A; 3OYJ A; 3NGZ A; 1VSH A; 3N4P A; 1RCH A; 4NYF A; 1ASV A; 3K5L A; 3VN5 A; 3FZF A; 4HCB A; 5BPL A; 4PY5 A; 3ZEU A; 4FJI A; 4WQ5 A; 3CCU N; 2VCP A; 3M6G A; 2HF3 A; 4KB1 A; 3I55 N; 5FPD A; 3JYT A; 1VSD A; 4FM0 A; 5HRR A; 4DR1 K; 2X6N A; 4AHS A; 4JEP A; 1XHZ A; 1UA0 A; 3I0S A; 4CGG A; 4CJV A; 2BAN A; 5FLX O; 4K41 A; 3RMD A; 3WQT A; 4OVL A; 4H5T A; 4I9L A; 1NM1 A; 2QM1 A; 1CXU A; 1L3T A; 5SZT A; 4GKK K; 4WFN L; 2YHB A; 1UA1 A; 4G1Q A; 4DTU A; 3F9M A; 2Q3S A; 2E6M A; 3SQ1 A; 5AQQ A; 4DR7 K; 4M3W A; 3ZLJ A; 2YHA A; 3TU5 A; 3PX0 A; 2A3Z A; 4Z4G A; 4B9S A; 3O8M A; 4LSL A; 4DQP A; 1TK5 A; 1Z25 A; 3PX4 A; 3TSU A; 3ULE A; 4AHC A; 1ZBH A; 5M1Q A; 3QML A; 2I7P A; 3VQQ A; 1VQP N; 4BR2 A; 4EP5 A; 5HOO A; 4IOA L; 4OKK A; 5IWA K; 1KVA A; 4JI6 K; 2KZZ A; 1IV0 A; 3WUH A; 2WFB A; 4I7F A; 3V1O A; 1RTJ A; 3VEY A; 3J81 O; 4MLH A; 1HPZ A; 1ZC6 A; 1LOT B; 2P5O A; 1YUW A; 4DQI A; 3AO2 A; 3MAQ A; 1G15 A; 4CGI A; 3QET A; 2I7N A; 4FM1 A; 1X9J A; 4W5N A; 3C7N A; 4FZY A; 4DLE A; 4BRO A; 2EHG A; 4ELU A; 4DR4 K; 3AAP A; 3BY5 A; 4DSI A; 3A5O C; 4BDP A; 3CYM A; 1C0U A; 2X74 A; 3IDH A; 3TI0 A; 5KI6 A; 3SUP A; 1Q86 O; 1VK0 A; 3C6T A; 3OYF A; 5AQV A; 2NRV A; 3V1R A; 4JKD A; 4JI8 K; 1BA0 A; 1NGI A; 2YX6 A; 5C10 A; 1C1C A; 1JCF A; 4H5R A; 4FJJ A; 4CIE A; 3OW2 M; 3ZEU B; 4BDZ A; 2ZD1 A; 3HO1 A; 3DLG A; 4FZX C; 1NGC A; 2UXD K; 3L3V A; 4Z4F A; 2P9S B; 4DMN A; 4JN4 A; 1RGI A; 3C6A A; 3VQD A; 4H4M A; 4UQG A; 3QFP A; 2X6S A; 4DQQ A; 3EE9 A; 5AQX A; 1RTH A; 3CIP A; 1Q7Y O; 3C6U A; 3VEZ A; 1KSP A; 1YT3 A; 4LF6 K; 5AQY A; 3QEW A; 2YV0 X; 3B6P A; 3IS9 A; 5AQK A; 4HTU A; 5KPR A; 3C65 A; 1U47 A; 3LM2 A; 2ETJ A; 1ESV A; 2YHX A; 4M3Y A; 1HQE A; 2GUI A; 4ZTJ A; 3Q7C A; 4GV6 A; 1P8Z A; 4JHD A; 2DPN A; 3S3O A; 4X66 K; 1U4B A; 3KLF A; 4LY7 A; 3KIO A; 2GEM A; 1R59 O; 3NMU A; 1TKZ A; 2JLE A; 3QIN A; 4BR7 A; 3LDS A; 4H8K A; 4DQR A; 4DS4 A; 4CIG A; 4LF9 K; 1VQ8 N; 3VES A; 3ZT1 A; 1NGH A; 2QWR A; 1NMN A; 2Z1J A; 3VQ6 A; 4BGB A; 4FPB A; 3ZX2 A; 4J2D A; 2O8C B; 1YJW N; 1NJI O; 4R5P A; 4BRK A; 4QOZ B; 3U3G A; 4DSL A; 3VEW A; 1L5U A; 4UY8 O; 3C7N B; 2W41 A; 3T1A A; 4BRL A; 5IT9 O; 1QZ6 A; 1GLD G; 5F1X A; 4DV0 K; 4RWT A; 4FJX A; 3ZX0 A; 3OYD A; 1C0F A; 3O9S A; 3DI6 A; 1YTU A; 1RDU A; 3A5M C; 4DWI A; 3FZL A; 2CGK A; 5LL6 Z; 1T7P A; 4CJL A; 4FWK A; 4BRA A; 3MXI A; 4CFA A; 3K9J A; 3VA3 A; 2P9I A; 1YVU A; 4GY2 B; 1BHL A; 3A5N C; 4YOX A; 2A5X A; 4FJH A; 4B1W B; 1BQM A; 3LPU A; 4DUZ K; 4B3M K; 4K0K K; 1ATS A; 1QE1 A; 4DF4 A; 4YOW A; 1MU2 A; 2YNI A; 1WAF A; 1C1A A; 5ELZ A; 2P9U A; 3TAN A; 4DG1 A; 1HNV A; 3FZK A; 3CI5 A; 1W9H A; 3ULD A; 1VSK A; 4OGE A; 4FLT A; 5JLF A; 2ASP A; 4DV6 K; 3DOL A; 1ATN A; 1B9F A; 4WE1 A; 3ZSZ A; 3LDN A; 3MN7 A; 3CPW M; 2OTL N; 3MEG A; 4LH5 A; 4C1N I; 4DF8 A; 4FSV A; 2KFZ A; 4W5T A; 1HYS A; 4CHY A; 1B92 A; 2FF6 A; 3I56 N; 1B9D A; 4W5R A; 3J80 O; 5GAH P; 1JLE A; 4CZI A; 3CCQ N; 1HNW K; 3SQ4 A; 3WEE B; 4FOI A; 4JHD B; 4CJE A; 4FZZ A; 1S1X A; 3LPT A; 4BR0 A; 1W97 L; 3H46 O; 3G6E N; 3I8B A; 4AM6 A; 2GUP A; 4IO8 A; 5JIC A; 2WTU A; 4C8N A; 4F3O A; 3RRG A; 3JAM O; 1Y64 A; 3D2E B; 4O55 A; 1QZ5 A; 3LAM A; 3QDK A; 3TSQ A; 3SUQ A; 2KTQ A; 3MDQ A; 3UKU A; 4OGC A; 2HMI A; 3CJA A; 3SLC A; 3HL8 A; 1NU0 A; 4Y0W A; 4I2Q A; 4CCH A; 3DLB A; 5MLC Q; 4JYA K; 4C8L A; 4MDB A; 3NH1 A; 4DV1 K; 3BGR A; 1JCG A; 4N76 A; 4ID5 A; 5A2Q O; 3I0R A; 4CD3 A; 4CES A; 3VQ7 A; 3OS2 A; 4HVJ A; 5LJW A; 3E9L A; 3CM6 A; 5KGW A; 1HLU A; 2VGN A; 3L2Q A; 3CD6 N; 4FLX A; 3KLG A; 4IWV A; 3MED A; 4QS9 A; 2VYP A; 2G8V A; 4ISF A; 4CEA A; 3NFA A; 3W3D A; 5LJV A; 1TYQ B; 4KBO A; 1NJX A; 4O5B A; 3HOT A; 2NZT A; 4DR2 K; 1W2B M; 4U67 L; 2CH6 A; 1XMQ K; 5AQR A; 4CJP A; 3V81 A; 5AZI A; 1VQK N; 4CGF A; 3KKR A; 4CJ7 A; 3U9Z A; 2VWK A; 4PWD A; 3IFR A; 1QQO A; 1QQC A; 1HKB A; 3ZSR A; 4DFP A; 4YDU C; 4CBX A; 4CJT A; 1XC3 A; 4H5V A; 4FM2 A; 1BIZ A; 2V7Z A; 1LV5 A; 4CK2 A; 5TKY A; 4QAG A; 3FFI A; 3GG4 A; 4E3S A; 3OYI A; 5FRN A; 3D0P A; 3ENH A; 4BQZ A; 1NK9 A; 3ID8 A; 1GLA G; 2QWQ A; 2Q36 A; 1WOQ A; 1NGJ A; 3O1W A; 3LP3 A; 2W6L A; 1HJR A; 2NRR A; 4KO0 A; 4Q0B A; 3KWG A; 4KI4 A; 4BC3 A; 1BIS A; 3ZSV A; 1IBK K; 5AQO A; 3V4I A; 4W5Q A; 4DS5 A; 3A8Y A; 4JK7 A; 3OYC A; 3HBT A; 3HZ6 A; 3LM9 A; 2YNF A; 4PQU A; 4JKA A; 3WNE A; 4DV5 K; 4JRQ A; 4E7K A; 4B3S K; 5E41 A; 3JXU A; 4NLB A; 2HHV A; 1JLQ A; 2GWK A; 1VQ4 N; 4CZE A; 1WUA A; 3VQA A; 4H0O A; 1VQ7 N; 2A6A A; 3EN9 A; 3GBT A; 4EZ9 A; 4ELT A; 3DXK B; 5CZ2 A; 1HKG A; 4FWS A; 4U7B A; 4DFM A; 2O4G A; 2P9K A; 4DSE A; 1TAU A; 2E20 A; 4FK4 A; 3JSM A; 2BDP A; 4CBW A; 3HYF A; 4IBN A; 3THX B; 2HHH K; 4A61 A; 1NK6 A; 4TSX A; 3NH2 A; 3VEO A; 1NOY A; 3NF8 A; 1O13 A; 5HL7 L; 2WUS A; 4KH6 A; 2WON A; 3SBG A; 3EL2 A; 2D5R A; 4HUF A; 5JMV A; 3DMJ A; 4B3O A; 4HUG A; 2O8D A; 4LF4 K; 2A1S A; 3CER A; 1ZBS A; 3MX5 A; 4CIF A; 5AZI B; 2YNG A; 2F8S A; 4IJN A; 3AY9 A; 3HTV A; 3RMC A; 3D7E O; 3MN6 A; 3L2V A; 2VG5 A; 3SUO A; 5KRS A; 3V9W A; 3AAR A; 2ZJQ L; 2HNZ A; 3O3G A; 2Y1J A; 1C0G A; 1BQN A; 1HKC A; 4CVN E; 1G99 A; 3PLA A; 2UUA K; 5FPM A; 2AA4 A; 5HLF A; 5HRN A; 5EX5 A; 3SBT A; 1NGD A; 2O8B A; 1WSF A; 4BG9 A; 3GDQ A; 3LZJ A; 4FLU A; 4DQ8 A; 3WXK A; 5I42 A; 3AVF A; 4O8U A; 4PL8 A; 4RG8 A; 1N36 K; 4B9T A; 4WCE L; 3EO3 A; 2HND A; 2G8W A; 2KKZ A; 2PBD A; 4M42 A; 5AQN A; 3PIO L; 4BAC A; 5AQJ A; 4KHS A; 4LC9 B; 4CZJ A; 4NXN K; 3VMF B; 3RVC A; 4DTS A; 4H4O A; 4I6M A; 4E0D A; 2O8E A; 3CXC M; 3WNG A; 1RBU A; 3AGR A; 1SQK A; 4DV2 K; 1JXE A; 3UE5 A; 4JI0 K; 1DT9 A; 4JD2 A; 4FLW A; 5HBM A; 4ID1 A; 3VQ8 A; 4CF2 A; 4KHP K; 4CHQ A; 1Q81 O; 2ASO A; 3AO3 A; 4EAH D; 5GIO A; 3L3U A; 2G8U A; 2V51 B; 1A5W A; 1WSJ A; 3CCS N; 3CJ7 A; 4YOV A; 4XH5 A; 1DTT A; 2QKB A; 4BRD A; 4DKW A; 4FVU A; 3LAN A; 1X9M A; 2P9K B; 3VQ5 A; 4BWM A; 4GW6 A; 1SV5 A; 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1L3V A; 4GMJ B; 2F96 A; 2XY6 A; 1C0M A; 4YY3 K; 1S3X A; 1CLQ A; 5C2F A; 4M3R A; 3OJU A; 5CHI A; 3SI6 A; 4YOT A; 2DFF A; 3T19 A; 2IS3 A; 4YNQ A; 3U4L A; 2QWP A; 1VQO N; 1FW6 A; 1U2V A; 3DRP A; 4BVO A; 3MEE A; 2FBV A; 3DYA A; 3FZM A; 2P1J A; 1ITG A; 1RT2 A; 1TKT A; 3VGK A; 1KLN A; 3CHW A; 2O4I A; 4DSF A; 2QTD A; 1X9W A; 3OYB A; 1BCM A; 4FOE A; 3ZYY X; 4AF1 A; 5BRH A; 3FE1 A; 3MWT A; 3DLH A; 1IKY A; 4GNI A; 5AFU H; 4CF0 A; 2ASM A; 2PAV A; 1GOB A; 4DTJ A; 3O6W A; 4GKJ K; 3G71 N; 3EE8 A; 5AQL A; 4OPH A; 3IRX A; 5AQZ A; 3LDQ A; 1LAV A; 3WT0 A; 1V4T A; 5AZJ A; 3ID6 A; 5AQW A; 3D2F B; 3E9O A; 2E2O A; 1XI1 A; 3AA2 A; 4CF1 A; 1ZBI A; 4AIL C; 1TK8 A; 1IG8 A; 4CE9 A; 5KPT A; 3O1B A; 4CK1 A; 4FLV A; 3TR8 A; 1N5Y A; 4Y1D A; 4BRG A; 4FXD A; 4B1X B; 4BRF A; 5FPN A; 3R8E A; 1KVC A; 3SUN A; 3TAQ A; 2E2Q A; 2R7Y A; 4JK9 A; 4BRE A; 5GIP A; 4CZL A; 1NWK A; 1NKC A; 3MN9 A; 2G8H A; 3QIO A; 4X62 K; 4L8R B; 3A0I X; 1TUU A; 3K5M A; 3CQX A; 1EP4 A; 1KAY A; 2XY8 A; 4HUE A; 2KZM A; 2HHU A; 4KH4 A; 4CJ3 A; 4J2E A; 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