The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| publication title |
Mechanism for Expanding the Decoding Capacity of Transfer Rnas by Modification of Uridines
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUC K; 2UUB K; 4JI4 K; 1HNZ K; 4K0K K; 2UXB K; 4YHH K; 5LL6 Z; 1HNX K; 4B3T K; 5LMU K; 1HR0 K; 4DV4 K; 4DR3 K; 4GKK K; 3JAM O; 4DR6 K; 4JI5 K; 4DUY K; 3OTO K; 3T1Y K; 4LF6 K; 4KHP K; 5FLX O; 3J81 O; 4DR1 K; 1XMQ K; 4JYA K; 4GKJ K; 5IWA K; 1N36 K; 4JI7 K; 5LMN K; 1I94 K; 4LFC K; 2UXD K; 4CW7 B; 4X62 K; 4OX9 K; 4DV6 K; 1N32 K; 4LF5 K; 4DV0 K; 4LFB K; 4LF8 K; 4JI3 K; 2F4V K; 4DV7 K; 1XNR K; 1XMO K; 2UXC K; 4DUZ K; 4X65 K; 2HHH K; 1IBK K; 4JV5 K; 1IBL K; 4AQY K; 5AJ3 K; 4DR2 K; 4B3M K; 4JI8 K; 4LF7 K; 2UU9 K; 4JI1 K; 4X66 K; 4LFA K; 4YY3 K; 4JI6 K; 1N34 K; 4JI2 K; 4DR5 K; 1IBM K; 4DV5 K; 3J7Y P; 4JI0 K; 4B3R K; 4LF4 K; 1J5E K; 4DV3 K; 4DR4 K; 2VQF K; 4LF9 K; 1HNW K; 4X64 K; 1FJG K; 4DR7 K; 4DV1 K; 4B3S K; 5IT9 O; 3J80 O; 2ZM6 K; 4NXM K; 3J7A P; 3T1H K; 2VQE K; 2UUA K; 1N33 K; 4NXN K; 4CVN E; 5BR8 K; 1XNQ K; 5A2Q O; 2E5L K; 4DV2 K; 4V19 S; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCE N; 2NUB A; 3AO4 A; 4XIU A; 1KFS A; 1YXQ A; 1IG9 A; 4H03 B; 4IOC L; 1ZBI A; 2QWP A; 3HL8 A; 3WNE A; 4RW7 A; 5AQM A; 1I39 A; 4ILG B; 3F9K A; 4JD2 B; 3V81 A; 3AO5 A; 1L3V A; 1WOQ A; 2Q97 A; 2KTQ A; 3VGM A; 2X74 A; 4E19 A; 4AIL C; 5KQ8 A; 2ITM A; 1VQ8 N; 1GOB A; 3J7Z O; 4QS7 A; 2HST A; 3EKU A; 3PSI A; 1Q81 O; 3GE1 A; 1ZBU A; 4GKJ K; 1YVU A; 2Z1I A; 3PSF A; 3ULE A; 3SUQ A; 3IS9 A; 3CCU N; 2P9I B; 4DTM A; 1ZYQ A; 1VQ5 N; 2P9S A; 4KHY A; 3BF3 A; 3DJC A; 4CW7 B; 4OGC A; 1WSH A; 4OX9 K; 2BE2 A; 1RDW X; 1RBT A; 1KAX A; 4RCH A; 4F3T A; 1QSY A; 3EE9 A; 1WAF A; 3L2U A; 4A57 A; 1SS6 A; 1HPZ A; 5M1O A; 2R7Y A; 2HHH K; 3CFO A; 3MN5 A; 4CJU A; 4FK4 A; 3DLR A; 1EX4 A; 3I33 A; 1NKC A; 4BGB A; 1LW2 A; 1NGA A; 3TU5 A; 4XH4 A; 2BTF A; 4C8N A; 1BCM A; 5FRN A; 4JI1 K; 1JL1 A; 1KLM A; 1U6Z A; 4BRK A; 2D0C A; 2NZT A; 3THY B; 4FLT A; 1LWE A; 1RIL A; 4JI2 K; 1HQU A; 3NFA A; 4BAC A; 4W5R A; 1YHQ N; 3VTI A; 3LDS A; 3ZCM A; 2CH5 A; 4DV3 K; 1RNH A; 5LY3 A; 4FJG A; 2VQF K; 1ASV A; 3VPZ A; 2GEM A; 3BZK A; 3LAK A; 2NRH A; 2Q1N A; 5M1K A; 3T7Z A; 1HJO A; 1QQM A; 3ULD A; 3THV A; 3KK3 A; 4CJ3 A; 1VQ9 N; 3S9H A; 3J7A P; 3T1H K; 1SV5 A; 1C0T A; 3HST B; 3RMB A; 5I3U A; 2HHW A; 4B9T A; 1JLF A; 4BVP A; 1QHT A; 4HUE A; 4KPY A; 4FWM A; 2XY7 A; 4GW6 A; 4DFK A; 3KLG A; 4CJK A; 4IDK A; 2LSN A; 3SQ1 A; 2UUB K; 1NK0 A; 3IKM A; 3DRP A; 3I55 N; 1YJ9 N; 1IH7 A; 1HUX A; 2HMP A; 2KFZ A; 3NGZ A; 5LMU K; 1ZC6 A; 3ENO A; 4OPH A; 4AH9 A; 3H08 A; 2G8W A; 3BEX A; 4DF8 A; 2E4L A; 3TAF A; 1D5A A; 1QZ5 A; 4GKK K; 1X1P A; 4B1X B; 4JI5 K; 4BGA A; 3IRX A; 4J8F A; 3L2Q A; 4OGE A; 2PYL A; 4LF6 K; 1HQE A; 4BG8 A; 1Q86 O; 3KTQ A; 3UKU A; 1BHL A; 4O5B A; 1T8E A; 1VK0 A; 3O4W A; 4FLW A; 3QML A; 1NK9 A; 4CGF A; 2P9K A; 3U3G A; 3OJS A; 4JKA A; 1DTQ A; 4DS5 A; 4J2A A; 5M1F A; 3VQ6 A; 1EO1 A; 4DSJ A; 3VQE A; 1C0F A; 2FC0 A; 4CHN A; 1JLB A; 3CCS N; 3HM8 A; 5KRT A; 4FJL A; 5B8H A; 1XMO K; 3OYA A; 4MDA A; 4JKB A; 4I6M A; 4DSI A; 1NMN A; 4DTX A; 2IVP A; 4JKH A; 3EY1 A; 3NHG A; 1KRP A; 3TTD A; 4DFP A; 4M45 A; 3EEQ A; 4O0I A; 1OVQ A; 4OKK A; 1VQP N; 1TKX A; 3KLE A; 3TAM A; 3QNO A; 5EVZ A; 3E9P A; 4JK8 A; 2NRR A; 3L3V A; 4LFA K; 2GWK A; 3UKR B; 2IAJ A; 2Q2R A; 1WN7 A; 3SI6 A; 3UIQ A; 3M1F A; 4YOV A; 3CJC A; 3PV8 A; 3M8Q A; 4QCL A; 3CYM A; 3Q7C A; 1QVF M; 2XY6 A; 1EKE A; 1T44 A; 5ELZ A; 4MQ3 A; 4DV1 K; 4JKF A; 4OVL A; 2WTU A; 3AVA A; 4HWI A; 3VF2 A; 2Q36 A; 2IS3 A; 3AVG A; 2UUA K; 4DCH A; 4IBN A; 3OBW A; 2P51 A; 3R6M A; 2KLA A; 1NLV A; 1BIU A; 1WSG A; 4FO0 A; 1C6V A; 2RE2 A; 3VTH A; 5C2F A; 4HVJ A; 2O8F B; 3QEX A; 1FKO A; 1JCF A; 5KGW A; 3G10 A; 4CEA A; 3BP8 A; 5KTQ A; 4ZTJ A; 1ZXO A; 1S1V A; 3D2E A; 3O9T A; 2E2O A; 2RPI A; 4YOU A; 4XH5 A; 3LWL A; 2PZS A; 5AZI B; 2QXL A; 2WON A; 3NF7 A; 1SL1 A; 3HRG A; 3G4S N; 1N8R O; 1HNI A; 3NH2 A; 4MFB A; 5BRE A; 3MDQ A; 2PY5 A; 1QQC A; 4IJA A; 2VG5 A; 3QO9 A; 4KRE A; 1VSL A; 5T7B A; 2QXF A; 2ZF5 O; 5HLF A; 2HHT A; 3CC4 N; 1QTM A; 5AQT A; 5J2N A; 5F2R A; 5LMN K; 3P4I A; 3ZSV A; 4CK1 A; 3ZSW A; 2NRX A; 2UXD K; 2HVH A; 1N32 K; 4PKH A; 3EO3 A; 2Y1J A; 4FVM A; 1J6Z A; 4JKG A; 4YOR A; 3U4L A; 2HMI A; 4DV7 K; 1XNR K; 2AJQ A; 1G99 A; 2B4J A; 3T19 A; 1WSJ A; 4FJH A; 3KVG A; 4DUZ K; 2UXC K; 1W7A A; 4KHQ A; 4O8K A; 2BAN A; 4A2B A; 3AO1 A; 5HOO A; 4CZG A; 1G15 A; 1YIJ N; 2W41 A; 4JKD A; 3SQ0 A; 4CJL A; 1VQ7 N; 4DF4 A; 4O55 A; 4W5O A; 1JLQ A; 4H8K A; 4CJ4 A; 1EET A; 3SUP A; 2VWB A; 2HHU A; 4CE9 A; 4CK2 A; 4CZL A; 1N5Y A; 4C8O A; 4N47 A; 3SV4 A; 1BU6 O; 1TK0 A; 1GLC G; 3DOL A; 4KTW A; 5JVG L; 1VQ6 N; 2A40 A; 1NGD A; 3O3H A; 1SKR A; 4BR9 A; 3HXM A; 1FJG K; 5E84 A; 3OA9 A; 5AQJ A; 2HBK A; 5KQD A; 4F2S A; 1QVG M; 2IVO A; 3EYZ A; 4FPB A; 4H0O A; 4XH1 A; 4GVE A; 4CJ7 A; 4U67 L; 2VQE K; 4BRA A; 3PLA A; 1HNV A; 1WLJ A; 3VGK A; 5FRO A; 4F8R A; 3C6H A; 1RBU A; 4HTU A; 4JKE A; 2DY4 A; 3L0Q A; 2HNZ A; 4OJR A; 4LY7 A; 5EOY A; 1UWB A; 2WBN A; 3F2K A; 2DFF A; 3DXK A; 4B9V A; 3K5O A; 5FPD A; 3CC2 N; 1IKV A; 2VCP A; 1BQN A; 3AVC A; 1RGI A; 4NB4 A; 4NYN A; 3OY9 A; 1RTJ A; 1BG3 A; 1YF5 L; 4WFB L; 4L8R B; 3JYT A; 4PQU A; 4FWN A; 3OYF A; 3EKS A; 5JLH A; 3WEE B; 4WFN L; 3SJH A; 2HW3 A; 2JLE A; 4JRQ A; 3DAW A; 3ENH A; 1XHZ A; 2Z1H A; 3B6P A; 1T3V A; 4JI7 K; 4IFE A; 3V9W A; 3LP1 A; 2B6A A; 3CD6 N; 1D4X A; 1QHA A; 2FSJ A; 3SJJ A; 4CCH A; 2CGK A; 5C42 A; 4FLZ A; 3I8B A; 3M5R A; 4Z0U A; 1P8Z A; 3O6W A; 4B1U B; 4JAX A; 2HOE A; 4A5A A; 1X9J A; 1GOA A; 1WSF A; 3L2W A; 3T3F A; 5BN8 A; 2YJE A; 4CHP A; 3VN5 A; 2ITG A; 4NLC A; 2V52 B; 4IG3 A; 4JK7 A; 1RDU A; 1YIT N; 4ICL A; 4CIG A; 3PO5 A; 2HVI A; 1EP4 A; 1U4B A; 1TL1 A; 2ASP A; 3LDO A; 4LSN A; 1K9M O; 3QES A; 1KD1 O; 2OPP A; 1IBM K; 4FWQ A; 3ATV A; 1OVY A; 3K57 A; 4CIE A; 4FJX A; 3OVN A; 3HVR A; 1Q18 A; 5AZJ A; 2IVN A; 3LPT A; 1HNW K; 5TKW A; 3HOS A; 1TK5 A; 4MO4 A; 2ZM6 K; 1SUQ A; 3MN6 A; 2QEX N; 3VEX A; 1NOZ A; 3TPQ A; 4OLA A; 3K9K A; 4YOY A; 4FJM A; 3NAE A; 3MEE A; 1YJN N; 3KK2 A; 3CQX A; 3SQ2 A; 3ATU A; 3D7E O; 4GMJ B; 2D0P A; 4PKI A; 1NBW A; 4UQG A; 3CXC M; 2E6L A; 4KH4 A; 4CJF A; 3I0S A; 1DTT A; 3MWT A; 3W0L A; 3L2V A; 5DMR A; 2D0A A; 5AQS A; 1M1K O; 1BIZ A; 2YKN A; 2AP1 A; 3CPW M; 4FJK A; 3NF9 A; 5MLC Q; 3ENB A; 3OYH A; 4FM2 A; 3HM9 A; 1DGK N; 1S1T A; 4AHC A; 4M3Y A; 1NJZ A; 2V7Y A; 2FSK A; 5C15 A; 1XMQ K; 2OAN A; 4CBW A; 2NRV A; 3CI5 A; 4CBU A; 1UA1 A; 5C2D A; 5KGX A; 3BUZ B; 4AHV A; 2V7Z A; 4A59 A; 3CG7 A; 3PUF A; 1ATR A; 4ELV A; 3ASM A; 1V4S A; 4I9Q A; 4M3Z A; 1TKZ A; 1RDD A; 3CHW A; 1JLC A; 2HBL A; 3R8E A; 1OH7 A; 4NCB A; 1HYV A; 4E1J A; 4BC5 A; 4FK2 A; 4JEP A; 2YHX A; 1YTA A; 3E01 A; 3HK2 A; 3QFP A; 1S72 N; 4LH5 A; 3AA4 A; 4JV5 K; 3DRR A; 1JXB A; 1QQO A; 5AQF A; 2G8I A; 2JGU A; 1W0H A; 4CJR A; 4FWP A; 4PUO A; 4EIA A; 3GG4 A; 1C1B A; 4M41 A; 1NK6 A; 2QWQ A; 3AVJ A; 2KQ2 A; 3LM2 A; 3DXM B; 1DKG D; 2HF3 A; 1B9D A; 3LZJ A; 1VSM A; 3ZX3 A; 1T6C A; 1KLN A; 3THX B; 3CET A; 4B9S A; 3QIP A; 2X6N A; 4BRM A; 2Q0U A; 2P9N A; 3D2F B; 1YVN A; 4DG1 A; 4U7B A; 3SBG A; 4CGI A; 5EU7 A; 4IEE A; 3CCM N; 1NGJ A; 1RDA A; 5GIO A; 2UYT A; 3ZEU A; 4BVO A; 5AQH A; 3CF5 L; 4BR5 A; 5HRN A; 1U45 A; 5C0Y A; 3MN9 A; 2E2P A; 4UY8 O; 1T7P A; 2BDP A; 1BI4 B; 1GLE G; 4BRF A; 5SWM A; 2O4G A; 2VG7 A; 5CZ2 A; 2E5L K; 2G8V A; 2GUP A; 3AVM A; 1JL2 A; 3O9S A; 5AQZ A; 1U04 A; 4A62 A; 3MXM A; 4B3T K; 2Z1G A; 2YHA A; 1S22 A; 2ETJ A; 1NGG A; 2WUS A; 2FXU A; 2YJF A; 2NRW A; 3OJU A; 1ZBH A; 1WSI A; 4TSX A; 3AVL A; 4CD3 A; 3AAR A; 4JS4 A; 4FM1 A; 3SUN A; 4FJ9 A; 1LWC A; 3MXJ A; 3O4N A; 4PY5 A; 1NGB A; 3DLG A; 2FBV A; 2YNH A; 1KXP A; 4Y0W A; 1A5X A; 1GLL O; 3LPU A; 2KZZ A; 1QZ6 A; 4DB3 A; 2VYP A; 3AO3 A; 3TAR A; 4JHD B; 1SAZ A; 2XY8 A; 5DM6 L; 2OPR A; 5AQL A; 3KWG A; 3ZYY X; 3NGY A; 3TTC A; 2E6M A; 1XQS C; 1Z05 A; 1WSE A; 2ZWH A; 4IEI A; 4X65 K; 3TSP A; 1VRU A; 4O44 A; 3A5O C; 4CEC A; 4F3O A; 1TYQ B; 2FSN A; 4K43 A; 3HO1 A; 4MO5 A; 1RFQ A; 4CZF A; 2HNY A; 3B6O A; 3OYE A; 2QWM A; 2QWR A; 4H0T B; 2FF6 A; 2E2N A; 2HBJ A; 5AQQ A; 3AVI A; 3MK6 A; 3CCQ N; 1HKC A; 4NYF A; 4CJP A; 3HYF A; 4CGH A; 1FW6 A; 1IG8 A; 2E1Y A; 3O3F A; 2P9L B; 2D0B A; 5CYQ A; 3UB5 A; 1LCU A; 4FW1 A; 3DLB A; 1XUP O; 2Q0R A; 4DQP A; 4WQ5 A; 4DTJ A; 5AQX A; 2ZQB A; 4WE1 A; 3QBW A; 4B3S K; 2ZE2 A; 2O8B B; 4B08 A; 1OH8 A; 3CFR A; 4FK0 A; 4DTP A; 4R79 A; 3LM9 A; 3DLL L; 3IDH A; 4FVU A; 3QEW A; 2QK9 A; 3GDQ A; 3DM2 A; 1S9E A; 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2FBT A; 5BRD A; 1NGF A; 4W5Q A; 3M8R A; 4HUG A; 2GEL A; 4KHU A; 2HHV A; 4FWS A; 3AVK A; 2P5O A; 2GWJ A; 1K8A O; 1X3M A; 4N56 A; 1NG9 A; 5AQU A; 1B92 A; 5C10 A; 1K73 O; 3NVM A; 4E7H A; 3G25 A; 1YAG A; 3ZT0 A; 4A61 A; 4GNI A; 4DR6 K; 3U8X A; 4F4K A; 1HRH A; 5C25 A; 4EAH D; 4DTU A; 3C6U A; 4CES A; 4CJQ A; 4FYD A; 2RKI A; 3ZT2 A; 1RT4 A; 2I7N A; 4WFA L; 3ULE B; 3DLE A; 3U9D A; 1RT1 A; 4WQ5 C; 3ZSQ A; 3OBY A; 3WXL A; 2P9S B; 4Z94 A; 2X6S A; 4CF2 A; 3CJ9 A; 2HND A; 1S3X A; 4KKO A; 4C1N K; 1U49 A; 1QSL A; 3SAH A; 3RMD A; 5CZ1 A; 4ILH A; 4DV0 K; 1ATN A; 4RW9 A; 4H4O A; 3M3Z A; 1UA0 A; 4BRC A; 1XI1 A; 3WQU A; 1REV A; 2D1K A; 4IFY A; 4CGD A; 4FJ5 A; 3NH0 A; 3KK1 A; 5TKY A; 3AVN A; 4B3M K; 1TV6 A; 4M7X A; 4WYB A; 3OHR A; 4FLV A; 1ASU A; 1FKP A; 3AAQ A; 4Z4C A; 2A1R A; 2GTD A; 4B8A B; 3SBT A; 3FZH A; 3THW B; 1NK4 A; 4BC3 A; 4O8U A; 4X66 K; 4FJ7 A; 4IFV A; 3C7N A; 4CF1 A; 3LP0 A; 2EWS A; 5JLF A; 4CZM A; 4DKW A; 4M7Y A; 1Y64 A; 4IO9 L; 3J7Y P; 4B3R K; 3KJV A; 3VF6 A; 1HYS A; 1OH5 A; 3IG1 A; 3K59 A; 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