The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| publication title |
Mechanism for Expanding the Decoding Capacity of Transfer Rnas by Modification of Uridines
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUA K; 4LF7 K; 2F4V K; 4JI6 K; 4DV7 K; 4GKJ K; 4OX9 K; 4LF9 K; 2UXD K; 1J5E K; 4DV1 K; 4B3M K; 4JI7 K; 1XMQ K; 1HR0 K; 4K0K K; 4LF5 K; 1I94 K; 4LFA K; 5BR8 K; 4YY3 K; 3J80 O; 5IT9 O; 4DR1 K; 2HHH K; 1IBM K; 3J81 O; 4DR2 K; 5IWA K; 4B3S K; 2UXC K; 1HNW K; 1N33 K; 5LMN K; 5LMU K; 2UUC K; 4B3R K; 4DV5 K; 4DR4 K; 2UU9 K; 4CW7 B; 3OTO K; 1IBK K; 4DUY K; 4DUZ K; 4X62 K; 4YHH K; 1XNQ K; 4JI1 K; 2E5L K; 4GKK K; 4LFB K; 1N32 K; 4LF4 K; 4LFC K; 4DV0 K; 5A2Q O; 4DV4 K; 4DV2 K; 4JI5 K; 4DR7 K; 4CVN E; 4LF8 K; 2UUB K; 4X64 K; 2VQF K; 4NXM K; 3J7Y P; 5LL6 Z; 4JI8 K; 1N34 K; 4JI0 K; 1FJG K; 2UXB K; 4JV5 K; 1XNR K; 4NXN K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 1IBL K; 1XMO K; 3T1Y K; 4DR5 K; 5FLX O; 4DV6 K; 4JI3 K; 4X66 K; 1N36 K; 4JI4 K; 4LF6 K; 4JYA K; 4JI2 K; 3T1H K; 4DR3 K; 1HNZ K; 4KHP K; 4X65 K; 3JAM O; 4AQY K; 5AJ3 K; 3J7A P; 4B3T K; 2VQE K; 4V19 S; 1HNX K; 4DR6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BI4 B; 1KXP A; 3TAR A; 1S3X A; 2GWJ A; 4OX9 K; 4LF9 K; 1JLB A; 3AGK A; 2O8D B; 4W5N A; 3AAR A; 2NNW A; 3C65 A; 4M3Y A; 2AJQ A; 1NKB A; 3GL1 A; 4B9M A; 2QKB A; 4CZH A; 3ULD A; 3KD5 E; 3CJ9 A; 1LOT B; 4Z4F A; 3BF3 A; 3M8R A; 3CM6 A; 2RKI A; 3VQ6 A; 1BIS A; 4JD2 A; 4IKF A; 3O4Q A; 3MMV A; 4BVO A; 4AF1 A; 3V1O A; 3RTV A; 3P31 A; 5FPM A; 1W9H A; 4BC3 A; 1XHX A; 2P9K B; 3LPT A; 5KGX A; 2E2O A; 1S9G A; 3SV4 A; 3QES A; 3CCM N; 1RDC A; 2FBT A; 1VAZ A; 2YNI A; 1C0G A; 1NMD A; 2OZS A; 1KAX A; 3M8P A; 3R9P A; 4QS8 A; 5SZT A; 3MN7 A; 5HL7 L; 4GKK K; 1GLL O; 4BRE A; 5GIO A; 4BRK A; 3QET A; 1RFQ A; 3K9J A; 4DV0 K; 3K9K A; 4YOY A; 3K58 A; 1CLQ A; 3ZX0 A; 1BA0 A; 1ZBS A; 3MK6 A; 4CFD A; 4DF8 A; 4FPB A; 1S1W A; 3DXM A; 4CBX A; 2VQF K; 4CF0 A; 4NXM K; 4OGC A; 5KPR A; 1ASV A; 4H0P A; 4RWT A; 3LDS A; 3DRP A; 3THY B; 3L2V A; 3MXM A; 3LP3 A; 3K57 A; 1TYQ A; 4BWM A; 5M1N A; 1WBD A; 5I42 A; 4DG1 A; 4J2E A; 4CER A; 1N36 K; 4B08 A; 3B6O A; 2WC9 A; 1UOC A; 4CBW A; 3C0B A; 1N5Y A; 1G99 A; 1RBU A; 2X78 A; 1RTH A; 4QOZ B; 3TAE A; 3P1G A; 1ATN A; 5KI6 A; 4E7L A; 1VSH A; 3VER A; 2V51 B; 3SV3 A; 4PKG A; 4GNI A; 1HYS A; 4EZ9 A; 4ZHR A; 3M8Q A; 4DSF A; 1YIT N; 2ZJQ L; 1FKO A; 3ENO A; 3TTC A; 2DY4 A; 2D0O A; 3C7N A; 1REV A; 3CJA A; 3P39 A; 4EAH D; 4IO9 L; 3CCE N; 2WFB A; 2FSJ A; 5DK5 A; 2Q0U A; 4KRF A; 1TGO A; 4OPK A; 4LFA K; 1Z05 A; 4A5B A; 4NYF A; 5AZI A; 3DOL A; 3NVK A; 3F9M A; 1VRU A; 1QQC A; 1WN7 A; 4DWI A; 3LWM A; 4DLE A; 2QW9 A; 2YV0 X; 3WQU A; 4FJ8 A; 3SZ2 A; 3R3L A; 3NE6 A; 1CZB A; 5F2R A; 4DTS A; 3U4L A; 4FWL A; 4NCG A; 2HHT A; 3LDL A; 1IV0 A; 4OPA A; 1OKJ A; 3DMJ A; 3IRX A; 3QER A; 4B1V A; 4F4K A; 5CY4 A; 2XHB A; 2OPP A; 1XI1 A; 4CJL A; 1E4F T; 4HCC A; 1NGJ A; 3ULE A; 3K5N A; 1TUY A; 3OYL A; 3L0Q A; 4CE9 A; 4CJT A; 4WYB A; 3KIO A; 4K42 A; 1RT6 A; 4FSV A; 3T1A A; 3QDK A; 1WSJ A; 2B6A A; 4KKO A; 2X6N A; 4OKJ A; 4IXC A; 4LSN A; 3O9U A; 4WE1 A; 5JS1 A; 1HLU A; 4KRE A; 4FJN A; 4NYN A; 2IVP A; 1S6Q A; 1VSK A; 3I8B A; 1WB9 A; 3ZT4 A; 3OYA A; 4JNE A; 4EP5 A; 4CIF A; 3P4I A; 3I0R A; 2YJE A; 1I3A A; 3H46 O; 2GEL A; 2VG7 A; 1EQY A; 2HHW A; 4FJK A; 1NKE A; 4H5V A; 2EX3 A; 2PBD A; 3E9P A; 4BR7 A; 1KTQ A; 1HMV A; 4IG3 A; 4BGA A; 2HOE A; 2YKN A; 2KZZ A; 3FGU A; 4DR3 K; 1VQ6 N; 3QEP A; 4DU4 A; 5M1P A; 3CG7 A; 5BPM A; 2DFH A; 3CPE A; 5AQP A; 4ELU A; 1RGI A; 4PY5 A; 4LFB K; 3Q7C A; 3ITH A; 4EHT A; 2GWK A; 4BR5 A; 3UB5 A; 4FLU A; 2A5X A; 5AQQ A; 4DV1 K; 1ZC6 A; 1V4T A; 1SKS A; 4FZY A; 2F96 A; 5AQL A; 3MDQ A; 1LAV A; 3VGM A; 3ZSR A; 4OLA A; 3AVJ A; 3HPG A; 3J81 O; 1C0U A; 1TUU A; 1VQK N; 3E01 A; 3TI0 A; 3NAE A; 3DLR A; 2BAN A; 1TAU A; 2VWB A; 4EHU A; 3I56 N; 4J2D A; 3TU5 A; 3IG1 A; 4KHY A; 4O55 A; 3KK2 A; 3NH0 A; 1RT2 A; 5HBM A; 3T7Z A; 2O8E A; 3AAQ A; 1NK9 A; 1QQN A; 2P9U B; 3H3O B; 1BCO A; 3ZET A; 4PQU A; 4DTP A; 1HKB A; 5BN9 A; 3BGR A; 1X9M A; 3PX0 A; 3PIP L; 5E84 A; 4CFB A; 1A5V A; 1WAF A; 3HPO A; 4HUE A; 5AZJ B; 4C8K A; 3OS2 A; 4BRF A; 4BRC A; 3MXI A; 3CFO A; 1DKG D; 2Z1H A; 4OVL A; 3SMP A; 4DTU A; 2QXL A; 4KHW A; 3V81 A; 3SPZ A; 5FLX O; 1QSL A; 2I5J A; 1VHX A; 1MWK A; 4ISG A; 3ASM A; 1S1T A; 4OGE A; 3VQE A; 5BPL A; 1RDD A; 3JAM O; 3SYZ A; 4O0J A; 3D7E O; 3VES A; 3DLE A; 4JAX A; 3VMF B; 2E2Q A; 4ID5 A; 3F5T A; 3KVG A; 1OH8 A; 1Q8I A; 3WQT A; 3K5M A; 4IOA L; 2YNF A; 3W3D A; 3VEZ A; 2BGG A; 3MX2 A; 4FLX A; 4DTJ A; 3IMX A; 4KHU A; 4H0V B; 2KQ2 A; 1TK5 A; 3HVR A; 3N4Q A; 1IKV A; 3VA3 A; 1B9D A; 1ZBF A; 1XMQ K; 2OPS A; 2HVH A; 4LH5 A; 1LWC A; 4EFH A; 3V1Q A; 4OLB A; 4Y1D A; 3DJC A; 4Z4E A; 1JXE A; 5HLF A; 4GV3 A; 1X9W A; 3MN9 A; 4MLH A; 4A2A A; 4RCH A; 4O44 A; 4MFB A; 1QSS A; 1QTM A; 1ZBU A; 1S9E A; 3RMD A; 1UA0 A; 3AGR A; 5C0Y A; 4IEI A; 4Z4C A; 1JLE A; 2HNZ A; 2B5J A; 2KZM A; 1HNW K; 4DSE A; 3T19 A; 4BE0 A; 3AO2 A; 4KV8 A; 2OCE A; 3THY A; 4OKK A; 4G1Q A; 3RRH A; 2QWR A; 3DXK A; 2GEM A; 2QEX N; 4M3X A; 1TK0 A; 4CHP A; 3OBY A; 3W0L A; 2ITM A; 5AQS A; 2ASO A; 3NGZ A; 1TV6 A; 5GIN A; 3MEG A; 3O4N A; 4F2R A; 2ITG A; 2RE2 A; 4EZ6 A; 1P90 A; 1RT3 A; 2E5L K; 1BO5 O; 3O5B A; 2V7Y A; 2HVI A; 3M6G A; 1VQ8 N; 3NCI A; 4HHT A; 2ZQB A; 1C1C A; 1WLJ A; 2JWL A; 4Z4H A; 3MWT A; 3CCR N; 3THX B; 4CJ7 A; 2D1K A; 3J7Y P; 3KK3 A; 4JI8 K; 3CC7 N; 1LWE A; 2VYP A; 1KRP A; 4JRP A; 1XC9 A; 2GX9 A; 2A42 A; 4QS7 A; 1NKC A; 2DPN A; 2RN2 A; 3RMB A; 3VET A; 3RRG A; 5AQZ A; 5JLF A; 1JKH A; 1RBS A; 1NGF A; 2VGM A; 2OAN A; 4E1N A; 5HRR A; 1VSF A; 1M90 O; 1U04 A; 1BIZ A; 3D2E B; 4MQ3 A; 5M1Q A; 2P9L B; 1VQN N; 1RDA A; 4W5Q A; 3AY9 A; 3PLA A; 1T6C A; 3N4P A; 4AHV A; 3MN5 A; 3AVL A; 1Z25 A; 4CES A; 3ATU A; 3NF9 A; 3VN5 A; 2HB5 A; 1NGG A; 1SQK A; 2F9W A; 4M7Y A; 2YCH A; 3IS9 A; 3VTI A; 4CJ4 A; 1C1A A; 3VEN A; 1VQ5 N; 2G8K A; 1QHA A; 1ILY A; 2QWP A; 4IJN A; 2Q36 A; 4CEZ A; 2A41 A; 1QVG M; 3QIN A; 1KQS M; 4I6M B; 2O8F A; 4Z94 A; 1P8Z A; 1U6Z A; 1IKY A; 3UKU B; 1T7P A; 3AO3 A; 5J2Q A; 4RW8 A; 4HCB A; 3CQY A; 4Q5V A; 4WQ5 A; 4I2P A; 4CEF A; 3SUQ A; 4KFB A; 2G8U A; 3NF7 A; 3OYK A; 2QWL A; 1DGK N; 4QS9 A; 2P9N B; 4MO4 A; 1YT3 A; 4QAG A; 4JKA A; 2Q31 A; 3B8A X; 5AQU A; 1ATS A; 3A8Y A; 2FF6 A; 3O1B A; 3O9Q A; 3IUC A; 3FFK B; 1KCF A; 5F0X A; 3WXJ A; 1KAY A; 4RTF D; 2PZS A; 2UYT A; 4ISE A; 4CZI A; 5LL6 Z; 3C95 A; 3D45 A; 4BE2 A; 5D3G A; 2D0C A; 4M3R A; 3OYC A; 2QI2 A; 1VQO N; 1RNH A; 3HP6 A; 1L3T A; 1QZ5 A; 3BEX A; 1BG3 A; 3QEI A; 3RSE B; 3CQ8 A; 3HXM A; 1YTU A; 1N8R O; 4B8A B; 2P5G A; 3VQC A; 3BP8 A; 4CJV A; 4IDK A; 5J2P A; 5MLC Q; 3G0Z A; 4C8O A; 4CD3 A; 3DM2 A; 2ZWH A; 3AVA A; 1SZ2 A; 4ELV A; 4FVM A; 5HOO A; 3L6Q A; 4TSX A; 4K25 A; 3F2K A; 4L8R B; 1HNX K; 4KHN A; 2V52 B; 1CXU A; 4ISF A; 4BR0 A; 4ZTF A; 1RBT A; 4N41 A; 2HMI A; 4OO1 J; 3ZSV A; 3CJ7 A; 1J5E K; 1NNE A; 3V9X A; 2P9S B; 3TAG A; 1GOB A; 1JLF A; 4IDH A; 4CGG A; 1JLA A; 2IIR A; 3V1R A; 5AQR A; 3WNG A; 5HRN A; 4E1J A; 1NGE A; 2VCP A; 1O1W A; 3OJS A; 2E6L A; 4LSL A; 2F8S A; 4KHS A; 2ZE2 A; 1N33 K; 5LMN K; 4CHZ A; 4I7F A; 2ASP A; 3VF6 A; 4CEB A; 3HTV A; 4E7J A; 1JLC A; 1C0M A; 4FZZ A; 3HO1 A; 4B3R K; 4DV5 K; 4DQQ A; 3SQ0 A; 1QQM A; 1RCH A; 2ZF5 O; 4F8R A; 3G10 A; 1IBK K; 3O9S A; 4DSK A; 4JKG A; 3QEW A; 1E4G T; 1W0H A; 3NFA A; 4FWQ A; 4J2B A; 2PY5 A; 2KTQ A; 2BH1 A; 3CC2 N; 4J2A A; 2ATQ A; 4H5T A; 4OJR A; 3THW A; 2AA4 A; 3E66 A; 5FRO A; 4O5B A; 3DAW A; 4DTX A; 1BWF O; 3D2F A; 3PSI A; 2W6L A; 4O8K A; 4KH4 A; 3QBW A; 1YUW A; 2I7N A; 4NXN K; 2PYJ A; 2Z1J A; 3OYM A; 4CJS A; 4GMJ B; 2RF2 A; 4DFK A; 3G4S N; 3OYE A; 4X66 K; 3G25 A; 3OS0 A; 1Z26 A; 3LAN A; 3FE1 A; 4X65 K; 5FDL A; 3C6A A; 4PKH A; 5C12 A; 2P1J A; 3AAP A; 2VWK A; 1W2B M; 2HHS A; 3BF1 A; 4JN4 A; 4R5P A; 3TPQ A; 5EVZ A; 4A61 A; 3HT3 A; 5KRT A; 1R0A A; 4K8Z A; 1XHZ A; 3AVK A; 3J8A A; 5J1E A; 4M3Z A; 4FOE A; 4B1X B; 2UUA K; 3NH1 A; 3U3Y A; 1ZBL A; 1HJR A; 4MO5 A; 4YOU A; 4BDY A; 4KTQ A; 4WQ4 A; 2W40 A; 3DRR A; 3VQD A; 4B8C A; 3H08 A; 1QQO A; 3AVG A; 4Z4I A; 3V9Z A; 1X9S A; 5KGW A; 1YHQ N; 2EWS A; 4E1M A; 2O8B B; 1S1X A; 3ISN C; 4E19 A; 2A40 A; 1CXQ A; 4MDB A; 3S3N A; 3CMA N; 4CHQ A; 3THX A; 3SJJ A; 1UA1 A; 3S9H A; 1WBB A; 1D5A A; 3BUZ B; 2CH5 A; 4CD1 A; 4BDP A; 4BRQ A; 4DR4 K; 2A6A A; 3VQP A; 4FJX A; 4DUZ K; 3KLF A; 3AA3 A; 2IVN A; 3LAK A; 4AH9 A; 4YHH K; 3CCL N; 3F73 A; 3T3F A; 3PX4 A; 2NRV A; 5SWM A; 2QWN A; 4CEE A; 1WNS A; 3VGK A; 3K0S A; 3PV8 A; 3JXU A; 3QEV A; 3IDH A; 1J9A A; 4I9Q A; 4CHY A; 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1SKR A; 5HRO A; 4CF1 A; 2KFN A; 3VEV A; 5CZ2 A; 3V9U A; 3TWH A; 1U45 A; 1YXQ A; 1IO2 A; 1J53 A; 1EP4 A; 1N32 K; 1TL3 A; 4BRM A; 4FJM A; 3SAH A; 5DMR A; 2HBL A; 5E41 A; 1KLM A; 4FJ7 A; 2NRH A; 4DTR A; 3RR8 A; 1E3M A; 1NU0 A; 3EEQ A; 2PAV A; 4JV5 K; 1XNR K; 3CFR A; 2G8W A; 1TVR A; 4YDU A; 4DV3 K; 3KLI A; 1MDU B; 2YHX A; 3MX5 A; 1JLQ A; 2NRX A; 4FOI A; 4RW7 A; 1K8K B; 2P9S A; 1Q18 A; 4CIG A; 4U7B A; 5BRE A; 4B9V A; 4M3W A; 4IO8 A; 4BE1 A; 4FM2 A; 2FBX A; 4CFA A; 4WF9 L; 4B3T K; 1V4S A; 3SK3 A; 2X6S A; 1BI4 A; 2KHO A; 2BE2 A; 5FPE A; 3UE5 A; 3U9Z A; 1ATR A; 1K9M O; 2O8D A; 4IG0 A; 5C15 A; 2NRR A; 4CZE A; 3ZLJ A; 3MEC A; 4W5R A; 3CI5 A; 3VOV A; 2D0P A; 2ZD1 A; 5AQH A; 1D9D A; 4JI7 K; 1ZXO A; 1XC3 A; 3IFR A; 1RT4 A; 4PHT X; 2ZJP L; 2R7Y A; 1JJ2 M; 5AQJ A; 1IH7 A; 1WSH A; 3OYD A; 2NZT A; 3QLH A; 4DB3 A; 5BR8 K; 4YY3 K; 3J7Z O; 4FJJ A; 4CZL A; 2HHH K; 4FWM A; 2E1Z A; 4CZG A; 4FVU A; 4CJQ A; 4B3S K; 2AP1 A; 3HZ6 A; 3JSM A; 1NOY A; 3QB0 A; 3UIQ A; 3PSF A; 4HWI A; 5KPZ A; 4FXD A; 2P9K A; 1SUQ A; 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